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Diff of /branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp

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trunk/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp revision 1080 by gross, Wed Apr 11 06:07:30 2007 UTC branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp revision 5136 by caltinay, Tue Sep 9 07:13:55 2014 UTC
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 // $Id$  
 /*  
  ******************************************************************************  
  *                                                                            *  
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  ******************************************************************************  
 */  
1    
2  #ifdef PASO_MPI  /*****************************************************************************
3  #include <mpi.h>  *
4  #endif  * Copyright (c) 2003-2014 by University of Queensland
5  #include "MeshAdapter.h"  * http://www.uq.edu.au
6    *
7    * Primary Business: Queensland, Australia
8    * Licensed under the Open Software License version 3.0
9    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10    *
11    * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development 2012-2013 by School of Earth Sciences
13    * Development from 2014 by Centre for Geoscience Computing (GeoComp)
14    *
15    *****************************************************************************/
16    
17    #include <pasowrap/PasoException.h>
18    #include <pasowrap/TransportProblemAdapter.h>
19    #include "MeshAdapter.h"
20  #include "escript/Data.h"  #include "escript/Data.h"
21  #include "escript/DataFactory.h"  #include "escript/DataFactory.h"
22    #include "esysUtils/blocktimer.h"
23    #include "esysUtils/EsysRandom.h"
24    
25    #include <boost/python/import.hpp>
26    #ifdef USE_NETCDF
27    #include <netcdfcpp.h>
28    #endif
29    
30  using namespace std;  using namespace std;
31  using namespace escript;  using namespace paso;
32    namespace bp = boost::python;
33    
34  namespace finley {  namespace finley {
35    
 //  
36  // define the static constants  // define the static constants
37  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType MeshAdapter::m_functionSpaceTypeNames;  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType MeshAdapter::m_functionSpaceTypeNames;
38  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
# Line 43  const int MeshAdapter::ReducedContactEle Line 49  const int MeshAdapter::ReducedContactEle
49  const int MeshAdapter::ContactElementsOne=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2;  const int MeshAdapter::ContactElementsOne=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2;
50  const int MeshAdapter::ReducedContactElementsOne=FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2;  const int MeshAdapter::ReducedContactElementsOne=FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2;
51    
52  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* finleyMesh)  MeshAdapter::MeshAdapter(Mesh* finleyMesh)
53  {  {
54    setFunctionSpaceTypeNames();      setFunctionSpaceTypeNames();
55    //      // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_free deletes the pointer
56    // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_dealloc deletes the pointer      // for us.
57    // for us.      m_finleyMesh.reset(finleyMesh, null_deleter());
   m_finleyMesh.reset(finleyMesh,null_deleter());  
58  }  }
59    
60  //  //
61  // The copy constructor should just increment the use count  // The copy constructor should just increment the use count
62  MeshAdapter::MeshAdapter(const MeshAdapter& in):  MeshAdapter::MeshAdapter(const MeshAdapter& in) :
63  m_finleyMesh(in.m_finleyMesh)      m_finleyMesh(in.m_finleyMesh)
64  {  {
65    setFunctionSpaceTypeNames();      setFunctionSpaceTypeNames();
66  }  }
67    
68  MeshAdapter::~MeshAdapter()  MeshAdapter::~MeshAdapter()
69  {  {
70    //      // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of
71    // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of.      if (m_finleyMesh.unique()) {
72    //  cout << "In MeshAdapter destructor." << endl;          delete m_finleyMesh.get();
73    if (m_finleyMesh.unique()) {      }
74      //   cout << "Calling dealloc." << endl;  }
75      Finley_Mesh_dealloc(m_finleyMesh.get());  
76      //   cout << "Finished dealloc." << endl;  int MeshAdapter::getMPISize() const
77    }  {
78  }      return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->size;
79    }
80  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const {  
81     return m_finleyMesh.get();  int MeshAdapter::getMPIRank() const
82  }  {
83        return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank;
84  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const  }
85  {  
86    char *fName = (fileName.size()+1>0) ? TMPMEMALLOC(fileName.size()+1,char) : (char*)NULL;  void MeshAdapter::MPIBarrier() const
87    strcpy(fName,fileName.c_str());  {
88    Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);  #ifdef ESYS_MPI
89    checkFinleyError();      MPI_Barrier(m_finleyMesh.get()->MPIInfo->comm);
90    TMPMEMFREE(fName);  #endif
91    }
92    
93    bool MeshAdapter::onMasterProcessor() const
94    {
95        return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank == 0;
96    }
97    
98    MPI_Comm MeshAdapter::getMPIComm() const
99    {
100        return m_finleyMesh->MPIInfo->comm;
101    }
102    
103    Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const
104    {
105        return m_finleyMesh.get();
106    }
107    
108    void MeshAdapter::write(const string& fileName) const
109    {
110        m_finleyMesh.get()->write(fileName);
111        checkFinleyError();
112    }
113    
114    void MeshAdapter::Print_Mesh_Info(const bool full) const
115    {
116        m_finleyMesh.get()->printInfo(full);
117    }
118    
119    void MeshAdapter::dump(const string& fileName) const
120    {
121    #ifdef USE_NETCDF
122        const NcDim* ncdims[12] = {NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL};
123        NcVar *ids;
124        int *int_ptr;
125        Mesh *mesh = m_finleyMesh.get();
126        int num_Tags = 0;
127        int mpi_size                         = mesh->MPIInfo->size;
128        int mpi_rank                         = mesh->MPIInfo->rank;
129        int numDim                           = mesh->Nodes->numDim;
130        int numNodes                         = mesh->Nodes->numNodes;
131        int num_Elements                     = mesh->Elements->numElements;
132        int num_FaceElements                 = mesh->FaceElements->numElements;
133        int num_ContactElements              = mesh->ContactElements->numElements;
134        int num_Points                       = mesh->Points->numElements;
135        int num_Elements_numNodes            = mesh->Elements->numNodes;
136        int num_FaceElements_numNodes        = mesh->FaceElements->numNodes;
137        int num_ContactElements_numNodes     = mesh->ContactElements->numNodes;
138    #ifdef ESYS_MPI
139        MPI_Status status;
140    #endif
141    
142    /* Incoming token indicates it's my turn to write */
143    #ifdef ESYS_MPI
144        if (mpi_rank>0) {
145            MPI_Recv(&num_Tags, 0, MPI_INT, mpi_rank-1, 81800, mesh->MPIInfo->comm, &status);
146        }
147    #endif
148    
149        const std::string newFileName(esysUtils::appendRankToFileName(fileName,
150                                                         mpi_size, mpi_rank));
151    
152        // Figure out how much storage is required for tags
153        num_Tags = mesh->tagMap.size();
154    
155        // NetCDF error handler
156        NcError err(NcError::verbose_nonfatal);
157        // Create the file.
158        NcFile dataFile(newFileName.c_str(), NcFile::Replace);
159        string msgPrefix("Error in MeshAdapter::dump: NetCDF operation failed - ");
160        // check if writing was successful
161        if (!dataFile.is_valid())
162            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"Open file for output");
163    
164        // Define dimensions (num_Elements and dim_Elements are identical,
165        // dim_Elements only appears if > 0)
166        if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("numNodes", numNodes)) )
167            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(numNodes)");
168        if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("numDim", numDim)) )
169            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(numDim)");
170        if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("mpi_size_plus_1", mpi_size+1)) )
171            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(mpi_size)");
172        if (num_Elements>0)
173            if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("dim_Elements", num_Elements)) )
174                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Elements)");
175        if (num_FaceElements>0)
176            if (! (ncdims[4] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements", num_FaceElements)) )
177                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_FaceElements)");
178        if (num_ContactElements>0)
179            if (! (ncdims[5] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements", num_ContactElements)) )
180                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_ContactElements)");
181        if (num_Points>0)
182            if (! (ncdims[6] = dataFile.add_dim("dim_Points", num_Points)) )
183                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Points)");
184        if (num_Elements>0)
185            if (! (ncdims[7] = dataFile.add_dim("dim_Elements_Nodes", num_Elements_numNodes)) )
186                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Elements_Nodes)");
187        if (num_FaceElements>0)
188            if (! (ncdims[8] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements_numNodes", num_FaceElements_numNodes)) )
189                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_FaceElements_numNodes)");
190        if (num_ContactElements>0)
191            if (! (ncdims[9] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements_numNodes", num_ContactElements_numNodes)) )
192                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_ContactElements_numNodes)");
193        if (num_Tags>0)
194            if (! (ncdims[10] = dataFile.add_dim("dim_Tags", num_Tags)) )
195                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Tags)");
196    
197        // Attributes: MPI size, MPI rank, Name, order, reduced_order
198        if (!dataFile.add_att("mpi_size", mpi_size))
199            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(mpi_size)");
200        if (!dataFile.add_att("mpi_rank", mpi_rank))
201            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(mpi_rank)");
202        if (!dataFile.add_att("Name",mesh->m_name.c_str()))
203            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Name)");
204        if (!dataFile.add_att("numDim",numDim))
205            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(order)");
206        if (!dataFile.add_att("order",mesh->integrationOrder))
207            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(order)");
208        if (!dataFile.add_att("reduced_order",mesh->reducedIntegrationOrder))
209            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(reduced_order)");
210        if (!dataFile.add_att("numNodes",numNodes))
211            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(numNodes)");
212        if (!dataFile.add_att("num_Elements",num_Elements))
213            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Elements)");
214        if (!dataFile.add_att("num_FaceElements",num_FaceElements))
215            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_FaceElements)");
216        if (!dataFile.add_att("num_ContactElements",num_ContactElements))
217            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_ContactElements)");
218        if (!dataFile.add_att("num_Points",num_Points))
219            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Points)");
220        if (!dataFile.add_att("num_Elements_numNodes",num_Elements_numNodes))
221            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Elements_numNodes)");
222        if (!dataFile.add_att("num_FaceElements_numNodes",num_FaceElements_numNodes) )
223            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_FaceElements_numNodes)");
224        if (!dataFile.add_att("num_ContactElements_numNodes",num_ContactElements_numNodes) )
225            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_ContactElements_numNodes)");
226        if (!dataFile.add_att("Elements_TypeId", mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
227            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Elements_TypeId)");
228        if (!dataFile.add_att("FaceElements_TypeId", mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
229            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(FaceElements_TypeId)");
230        if (!dataFile.add_att("ContactElements_TypeId", mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
231            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(ContactElements_TypeId)");
232        if (!dataFile.add_att("Points_TypeId", mesh->Points->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
233            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Points_TypeId)");
234        if (!dataFile.add_att("num_Tags", num_Tags) )
235            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Tags)");
236    
237        // // // // // Nodes // // // // //
238    
239        // Nodes nodeDistribution
240        if (! (ids = dataFile.add_var("Nodes_NodeDistribution", ncInt, ncdims[2])) )
241            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_NodeDistribution)");
242        int_ptr = &mesh->Nodes->nodesDistribution->first_component[0];
243        if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )
244            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_NodeDistribution)");
245    
246        // Nodes degreesOfFreedomDistribution
247        if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_DofDistribution", ncInt, ncdims[2])) )
248            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_DofDistribution)");
249        int_ptr = &mesh->Nodes->degreesOfFreedomDistribution->first_component[0];
250        if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )
251            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_DofDistribution)");
252    
253        // Only write nodes if non-empty because NetCDF doesn't like empty arrays
254        // (it treats them as NC_UNLIMITED)
255        if (numNodes>0) {
256            // Nodes Id
257            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Id", ncInt, ncdims[0])) )
258                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Id)");
259            int_ptr = &mesh->Nodes->Id[0];
260            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
261                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Id)");
262    
263            // Nodes Tag
264            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Tag", ncInt, ncdims[0])) )
265                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Tag)");
266            int_ptr = &mesh->Nodes->Tag[0];
267            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
268                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Tag)");
269    
270            // Nodes gDOF
271            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gDOF", ncInt, ncdims[0])) )
272                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_gDOF)");
273            int_ptr = &mesh->Nodes->globalDegreesOfFreedom[0];
274            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
275                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_gDOF)");
276    
277            // Nodes global node index
278            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gNI", ncInt, ncdims[0])) )
279                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_gNI)");
280            int_ptr = &mesh->Nodes->globalNodesIndex[0];
281            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
282                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_gNI)");
283    
284            // Nodes grDof
285            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grDfI", ncInt, ncdims[0])) )
286                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_grDfI)");
287            int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedDOFIndex[0];
288            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
289                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_grDfI)");
290    
291            // Nodes grNI
292            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grNI", ncInt, ncdims[0])) )
293                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_grNI)");
294            int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedNodesIndex[0];
295            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
296                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_grNI)");
297    
298            // Nodes Coordinates
299            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Coordinates", ncDouble, ncdims[0], ncdims[1]) ) )
300                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Coordinates)");
301            if (! (ids->put(&(mesh->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,0,numDim)]), numNodes, numDim)) )
302                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Coordinates)");
303        }
304    
305        // // // // // Elements // // // // //
306        if (num_Elements>0) {
307            // Elements_Id
308            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Id", ncInt, ncdims[3])) )
309                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Id)");
310            int_ptr = &mesh->Elements->Id[0];
311            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
312                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Id)");
313    
314            // Elements_Tag
315            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Tag", ncInt, ncdims[3])) )
316                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Tag)");
317            int_ptr = &mesh->Elements->Tag[0];
318            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
319                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Tag)");
320    
321            // Elements_Owner
322            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Owner", ncInt, ncdims[3])) )
323                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Owner)");
324            int_ptr = &mesh->Elements->Owner[0];
325            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
326                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Owner)");
327    
328            // Elements_Color
329            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Color", ncInt, ncdims[3])) )
330                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Color)");
331            int_ptr = &mesh->Elements->Color[0];
332            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
333                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Color)");
334    
335            // Elements_Nodes
336            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Nodes", ncInt, ncdims[3], ncdims[7]) ) )
337                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Nodes)");
338            if (! (ids->put(&(mesh->Elements->Nodes[0]), num_Elements, num_Elements_numNodes)) )
339                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Nodes)");
340        }
341    
342        // // // // // Face_Elements // // // // //
343        if (num_FaceElements>0) {
344            // FaceElements_Id
345            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Id", ncInt, ncdims[4])) )
346                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Id)");
347            int_ptr = &mesh->FaceElements->Id[0];
348            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
349                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Id)");
350    
351            // FaceElements_Tag
352            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Tag", ncInt, ncdims[4])) )
353                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Tag)");
354            int_ptr = &mesh->FaceElements->Tag[0];
355            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
356                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Tag)");
357    
358            // FaceElements_Owner
359            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Owner", ncInt, ncdims[4])) )
360                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Owner)");
361            int_ptr = &mesh->FaceElements->Owner[0];
362            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
363                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Owner)");
364    
365            // FaceElements_Color
366            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Color", ncInt, ncdims[4])) )
367                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Color)");
368            int_ptr = &mesh->FaceElements->Color[0];
369            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
370                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Color)");
371    
372            // FaceElements_Nodes
373            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Nodes", ncInt, ncdims[4], ncdims[8]) ) )
374                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Nodes)");
375            if (! (ids->put(&(mesh->FaceElements->Nodes[0]), num_FaceElements, num_FaceElements_numNodes)) )
376                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Nodes)");
377        }
378    
379        // // // // // Contact_Elements // // // // //
380        if (num_ContactElements>0) {
381    
382            // ContactElements_Id
383            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Id", ncInt, ncdims[5])) )
384                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Id)");
385            int_ptr = &mesh->ContactElements->Id[0];
386            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
387                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Id)");
388    
389            // ContactElements_Tag
390            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Tag", ncInt, ncdims[5])) )
391                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Tag)");
392            int_ptr = &mesh->ContactElements->Tag[0];
393            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
394                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Tag)");
395    
396            // ContactElements_Owner
397            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Owner", ncInt, ncdims[5])) )
398                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Owner)");
399            int_ptr = &mesh->ContactElements->Owner[0];
400            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
401                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Owner)");
402    
403            // ContactElements_Color
404            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Color", ncInt, ncdims[5])) )
405                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Color)");
406            int_ptr = &mesh->ContactElements->Color[0];
407            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
408                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Color)");
409    
410            // ContactElements_Nodes
411            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Nodes", ncInt, ncdims[5], ncdims[9]) ) )
412                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Nodes)");
413            if (! (ids->put(&(mesh->ContactElements->Nodes[0]), num_ContactElements, num_ContactElements_numNodes)) )
414                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Nodes)");
415        }
416    
417        // // // // // Points // // // // //
418        if (num_Points>0) {
419            // Points_Id
420            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Id", ncInt, ncdims[6])) )
421                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Id)");
422            int_ptr = &mesh->Points->Id[0];
423            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
424                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Id)");
425    
426            // Points_Tag
427            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Tag", ncInt, ncdims[6])) )
428                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Tag)");
429            int_ptr = &mesh->Points->Tag[0];
430            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
431                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Tag)");
432    
433            // Points_Owner
434            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Owner", ncInt, ncdims[6])) )
435                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Owner)");
436            int_ptr = &mesh->Points->Owner[0];
437            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
438                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Owner)");
439    
440            // Points_Color
441            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Color", ncInt, ncdims[6])) )
442                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Color)");
443            int_ptr = &mesh->Points->Color[0];
444            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
445                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Color)");
446    
447            // Points_Nodes
448            // mesh->Nodes->Id[mesh->Points->Nodes[INDEX2(0,i,1)]]
449            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Nodes", ncInt, ncdims[6]) ) )
450                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Nodes)");
451            if (! (ids->put(&(mesh->Points->Nodes[0]), num_Points)) )
452                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Nodes)");
453        }
454    
455        // // // // // TagMap // // // // //
456        if (num_Tags>0) {
457            // Temp storage to gather node IDs
458            vector<int> Tags_keys;
459    
460            // Copy tag data into temp arrays
461            TagMap::const_iterator it;
462            for (it=mesh->tagMap.begin(); it!=mesh->tagMap.end(); it++) {
463                Tags_keys.push_back(it->second);
464            }
465    
466            // Tags_keys
467            if (! (ids = dataFile.add_var("Tags_keys", ncInt, ncdims[10])) )
468                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Tags_keys)");
469            int_ptr = &Tags_keys[0];
470            if (! (ids->put(int_ptr, num_Tags)) )
471                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Tags_keys)");
472    
473            // Tags_names_*
474            // This is an array of strings, it should be stored as an array but
475            // instead I have hacked in one attribute per string because the NetCDF
476            // manual doesn't tell how to do an array of strings
477            int i = 0;
478            for (it=mesh->tagMap.begin(); it!=mesh->tagMap.end(); it++, i++) {
479                stringstream tagnamestream;
480                tagnamestream << "Tags_name_" << i;
481                const string tagname = tagnamestream.str();
482                if (!dataFile.add_att(tagname.c_str(), it->first.c_str()))
483                    throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Tags_names_X)");
484            }
485        }
486    
487        // Send token to next MPI process so he can take his turn
488    #ifdef ESYS_MPI
489        if (mpi_rank<mpi_size-1) {
490            MPI_Send(&num_Tags, 0, MPI_INT, mpi_rank+1, 81800, mesh->MPIInfo->comm);
491        }
492    #endif
493    
494       // NetCDF file is closed by destructor of NcFile object
495    
496    #else // USE_NETCDF
497        setError(IO_ERROR, "MeshAdapter::dump: not configured with netCDF. Please contact your installation manager.");
498    #endif // USE_NETCDF
499        checkFinleyError();
500  }  }
501    
502  string MeshAdapter::getDescription() const  string MeshAdapter::getDescription() const
503  {  {
504    return "FinleyMesh";      return "FinleyMesh";
505  }  }
506    
507  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const
508  {  {
509    FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;      FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;
510    loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);      loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);
511    if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {      if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {
512      return "Invalid function space type code.";          return "Invalid function space type code.";
513    } else {      } else {
514      return loc->second;          return loc->second;
515    }      }
516  }  }
517    
518  bool MeshAdapter::isValidFunctionSpaceType(int functionSpaceType) const  bool MeshAdapter::isValidFunctionSpaceType(int functionSpaceType) const
519  {  {
520    FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;      FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;
521    loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);      loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);
522    return (loc!=m_functionSpaceTypeNames.end());      return (loc!=m_functionSpaceTypeNames.end());
523  }  }
524    
525  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNames()  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNames()
526  {  {
527    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
528      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(DegreesOfFreedom,"Finley_DegreesOfFreedom"));                  DegreesOfFreedom,"Finley_DegreesOfFreedom [Solution(domain)]"));
529    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
530      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedDegreesOfFreedom,"Finley_ReducedDegreesOfFreedom"));                  ReducedDegreesOfFreedom,"Finley_ReducedDegreesOfFreedom [ReducedSolution(domain)]"));
531    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
532      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Nodes,"Finley_Nodes"));                  Nodes,"Finley_Nodes [ContinuousFunction(domain)]"));
533    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
534      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedNodes,"Finley_Reduced_Nodes"));                  ReducedNodes,"Finley_Reduced_Nodes [ReducedContinuousFunction(domain)]"));
535    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
536      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Elements,"Finley_Elements"));                  Elements,"Finley_Elements [Function(domain)]"));
537    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
538      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedElements,"Finley_Reduced_Elements"));                  ReducedElements,"Finley_Reduced_Elements [ReducedFunction(domain)]"));
539    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
540      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(FaceElements,"Finley_Face_Elements"));                  FaceElements,"Finley_Face_Elements [FunctionOnBoundary(domain)]"));
541    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
542      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedFaceElements,"Finley_Reduced_Face_Elements"));                  ReducedFaceElements,"Finley_Reduced_Face_Elements [ReducedFunctionOnBoundary(domain)]"));
543    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
544      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Points,"Finley_Points"));                  Points,"Finley_Points [DiracDeltaFunctions(domain)]"));
545    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
546      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0"));                  ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0 [FunctionOnContactZero(domain)]"));
547    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
548      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsZero,"Finley_Reduced_Contact_Elements_0"));                  ReducedContactElementsZero,"Finley_Reduced_Contact_Elements_0 [ReducedFunctionOnContactZero(domain)]"));
549    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
550      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1"));                  ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1 [FunctionOnContactOne(domain)]"));
551    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
552      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsOne,"Finley_Reduced_Contact_Elements_1"));                  ReducedContactElementsOne,"Finley_Reduced_Contact_Elements_1 [ReducedFunctionOnContactOne(domain)]"));
553  }  }
554    
555  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const
556  {  {
557    return Nodes;      return Nodes;
558  }  }
559    
560  int MeshAdapter::getReducedContinuousFunctionCode() const  int MeshAdapter::getReducedContinuousFunctionCode() const
561  {  {
562    return ReducedNodes;      return ReducedNodes;
563  }  }
564    
565  int MeshAdapter::getFunctionCode() const  int MeshAdapter::getFunctionCode() const
566  {  {
567    return Elements;      return Elements;
568  }  }
569    
570  int MeshAdapter::getReducedFunctionCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionCode() const
571  {  {
572    return ReducedElements;      return ReducedElements;
573  }  }
574    
575  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const
576  {  {
577    return FaceElements;      return FaceElements;
578  }  }
579    
580  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnBoundaryCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnBoundaryCode() const
581  {  {
582    return ReducedFaceElements;      return ReducedFaceElements;
583  }  }
584    
585  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const
586  {  {
587    return ContactElementsZero;      return ContactElementsZero;
588  }  }
589    
590  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactZeroCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactZeroCode() const
591  {  {
592    return ReducedContactElementsZero;      return ReducedContactElementsZero;
593  }  }
594    
595  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const
596  {  {
597    return ContactElementsOne;      return ContactElementsOne;
598  }  }
599    
600  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactOneCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactOneCode() const
601  {  {
602    return ReducedContactElementsOne;      return ReducedContactElementsOne;
603  }  }
604    
605  int MeshAdapter::getSolutionCode() const  int MeshAdapter::getSolutionCode() const
606  {  {
607    return DegreesOfFreedom;      return DegreesOfFreedom;
608  }  }
609    
610  int MeshAdapter::getReducedSolutionCode() const  int MeshAdapter::getReducedSolutionCode() const
611  {  {
612    return ReducedDegreesOfFreedom;      return ReducedDegreesOfFreedom;
613  }  }
614    
615  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCode() const  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionsCode() const
616  {  {
617    return Points;      return Points;
618  }  }
619    
620  //  //
# Line 203  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo Line 622  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo
622  //  //
623  int MeshAdapter::getDim() const  int MeshAdapter::getDim() const
624  {  {
625    int numDim=Finley_Mesh_getDim(m_finleyMesh.get());      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
626    checkFinleyError();      return mesh->getDim();
627    return numDim;  }
628    
629    //
630    // Return the number of data points summed across all MPI processes
631    //
632    int MeshAdapter::getNumDataPointsGlobal() const
633    {
634        return m_finleyMesh.get()->Nodes->getGlobalNumNodes();
635  }  }
636    
637  //  //
# Line 214  int MeshAdapter::getDim() const Line 640  int MeshAdapter::getDim() const
640  //  //
641  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(int functionSpaceCode) const  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(int functionSpaceCode) const
642  {  {
643     int numDataPointsPerSample=0;      int numDataPointsPerSample=0;
644     int numSamples=0;      int numSamples=0;
645     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
646     switch (functionSpaceCode) {      switch (functionSpaceCode) {
647        case(Nodes):          case Nodes:
648             numDataPointsPerSample=1;              numDataPointsPerSample=1;
649             if (mesh->Nodes!=NULL) numSamples=mesh->Nodes->numNodes;              numSamples=mesh->Nodes->getNumNodes();
650             break;              break;
651        case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
652             /* TODO: add ReducedNodes */              numDataPointsPerSample=1;
653             numDataPointsPerSample=1;              numSamples=mesh->Nodes->getNumReducedNodes();
654             if (mesh->Nodes!=NULL) numSamples=mesh->Nodes->numNodes;              break;
655             throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes is not supported yet.");          case Elements:
656             break;              if (mesh->Elements!=NULL) {
657        case(Elements):                  numSamples=mesh->Elements->numElements;
658             if (mesh->Elements!=NULL) {                  numDataPointsPerSample=mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
659               numSamples=mesh->Elements->numElements;              }
660               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElement->numQuadNodes;              break;
661             }          case ReducedElements:
662             break;              if (mesh->Elements!=NULL) {
663        case(ReducedElements):                  numSamples=mesh->Elements->numElements;
664             if (mesh->Elements!=NULL) {                  numDataPointsPerSample=mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
665               numSamples=mesh->Elements->numElements;              }
666               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;              break;
667             }          case FaceElements:
668             break;              if (mesh->FaceElements!=NULL) {
669        case(FaceElements):                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
            if (mesh->FaceElements!=NULL) {  
                 numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
670                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
671             }              }
672             break;              break;
673        case(ReducedFaceElements):          case ReducedFaceElements:
674             if (mesh->FaceElements!=NULL) {              if (mesh->FaceElements!=NULL) {
675                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
676                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
677             }              }
678             break;              break;
679        case(Points):          case Points:
680             if (mesh->Points!=NULL) {              if (mesh->Points!=NULL) {
681               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
682               numSamples=mesh->Points->numElements;                  numSamples=mesh->Points->numElements;
683             }              }
684             break;              break;
685        case(ContactElementsZero):          case ContactElementsZero:
686             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
687               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
688               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
689             }              }
690             break;              break;
691        case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedContactElementsZero:
692             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
693               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
694               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
695             }              }
696             break;              break;
697        case(ContactElementsOne):          case ContactElementsOne:
698             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
699               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
700               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
701             }              }
702             break;              break;
703        case(ReducedContactElementsOne):          case ReducedContactElementsOne:
704             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
705               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
706               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
707             }              }
708             break;              break;
709        case(DegreesOfFreedom):          case DegreesOfFreedom:
710             if (mesh->Nodes!=NULL) {              if (mesh->Nodes!=NULL) {
711               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
712  #ifndef PASO_MPI                  numSamples=mesh->Nodes->getNumDegreesOfFreedom();
713               numSamples=mesh->Nodes->numDegreesOfFreedom;              }
714  #else              break;
715               numSamples=mesh->Nodes->degreeOfFreedomDistribution->numLocal;          case ReducedDegreesOfFreedom:
716  #endif              if (mesh->Nodes!=NULL) {
717             }                  numDataPointsPerSample=1;
718             break;                  numSamples=mesh->Nodes->getNumReducedDegreesOfFreedom();
719        case(ReducedDegreesOfFreedom):              }
720             if (mesh->Nodes!=NULL) {              break;
721               numDataPointsPerSample=1;          default:
722  #ifndef PASO_MPI              stringstream temp;
723               numSamples=mesh->Nodes->reducedNumDegreesOfFreedom;              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceCode << " for domain: " << getDescription();
724  #else              throw FinleyAdapterException(temp.str());
725               numSamples=mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution->numLocal;              break;
726  #endif      }
727             }      return pair<int,int>(numDataPointsPerSample,numSamples);
            break;  
       default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceCode << " for domain: " << getDescription();  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
       }  
       return pair<int,int>(numDataPointsPerSample,numSamples);  
728  }  }
729    
730  //  //
731  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right hand side:  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right
732    // hand side:
733  //  //
734  void MeshAdapter::addPDEToSystem(  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
735                       SystemMatrixAdapter& mat, escript::Data& rhs,          escript::AbstractSystemMatrix& mat, escript::Data& rhs,
736                       const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,          const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,
737                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,          const escript::Data& D, const escript::Data& X, const escript::Data& Y,
738                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const          const escript::Data& d, const escript::Data& y,
739  {          const escript::Data& d_contact, const escript::Data& y_contact,
740     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();          const escript::Data& d_dirac, const escript::Data& y_dirac) const
741     escriptDataC _A  =A.getDataC();  {
742     escriptDataC _B=B.getDataC();      SystemMatrixAdapter* smat=dynamic_cast<SystemMatrixAdapter*>(&mat);
743     escriptDataC _C=C.getDataC();      if (!smat)
744     escriptDataC _D=D.getDataC();          throw FinleyAdapterException("finley only supports Paso system matrices.");
745     escriptDataC _X=X.getDataC();  
746     escriptDataC _Y=Y.getDataC();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
747     escriptDataC _d=d.getDataC();      paso::SystemMatrix_ptr S(smat->getPaso_SystemMatrix());
748     escriptDataC _y=y.getDataC();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, S, rhs, A, B, C, D, X, Y);
749     escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();      checkFinleyError();
    escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();  
   
    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
750    
    Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );  
    checkFinleyError();  
751    
752     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, S, rhs,
753     checkFinleyError();              escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), d,
754                escript::Data(), y);
755        checkFinleyError();
756    
757        Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, S, rhs,
758                escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), d_contact,
759                escript::Data(), y_contact);
760        checkFinleyError();
761    
762     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, S, rhs, escript::Data(),
763     checkFinleyError();              escript::Data(), escript::Data(), d_dirac, escript::Data(), y_dirac);
764        checkFinleyError();
765    }
766    
767    void MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(escript::Data& mat,
768            const escript::Data& D, const escript::Data& d,
769            const escript::Data& d_dirac, const bool useHRZ) const
770    {
771        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
772        Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->Elements, mat, D, useHRZ);
773        checkFinleyError();
774    
775        Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, mat, d, useHRZ);
776        checkFinleyError();
777    
778        Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->Points, mat, d_dirac, useHRZ);
779        checkFinleyError();
780  }  }
781    
782  //  //
783  // adds linear PDE of second order into the right hand side only  // adds linear PDE of second order into the right hand side only
784  //  //
785  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::Data& rhs, const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y, const escript::Data& y, const escript::Data& y_contact) const  void MeshAdapter::addPDEToRHS(escript::Data& rhs, const escript::Data& X,
786  {          const escript::Data& Y, const escript::Data& y,
787     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();          const escript::Data& y_contact, const escript::Data& y_dirac) const
788    {
789        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
790        Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, paso::SystemMatrix_ptr(), rhs,
791                escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
792                X, Y);
793        checkFinleyError();
794    
795     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, paso::SystemMatrix_ptr(),
796     escriptDataC _X=X.getDataC();              rhs, escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
797     escriptDataC _Y=Y.getDataC();              escript::Data(), escript::Data(), y);
798     escriptDataC _y=y.getDataC();      checkFinleyError();
799     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();  
800        Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, paso::SystemMatrix_ptr(),
801     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, &_X, &_Y );              rhs, escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
802     checkFinleyError();              escript::Data(), escript::Data(), y_contact);
803        checkFinleyError();
804     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y );  
805     checkFinleyError();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, paso::SystemMatrix_ptr(), rhs,
806                escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
807     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, 0, &_rhs , 0, 0, 0, 0, 0, &_y_contact );              escript::Data(), y_dirac);
808     checkFinleyError();      checkFinleyError();
809  }  }
810    
811  //  //
812  // interpolates data between different function spaces:  // adds PDE of second order into a transport problem
813  //  //
814  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(escript::Data& target,const escript::Data& in) const  void MeshAdapter::addPDEToTransportProblem(
815  {          escript::AbstractTransportProblem& tp, escript::Data& source,
816    const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(in.getFunctionSpace().getDomain());          const escript::Data& M, const escript::Data& A, const escript::Data& B,
817    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());          const escript::Data& C, const escript::Data& D, const escript::Data& X,
818    if (inDomain!=*this)            const escript::Data& Y, const escript::Data& d, const escript::Data& y,
819      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");          const escript::Data& d_contact, const escript::Data& y_contact,
820    if (targetDomain!=*this)          const escript::Data& d_dirac, const escript::Data& y_dirac) const
821      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");  {
822        TransportProblemAdapter* tpa=dynamic_cast<TransportProblemAdapter*>(&tp);
823    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      if (!tpa)
824    escriptDataC _target=target.getDataC();          throw FinleyAdapterException("finley only supports Paso transport problems.");
825    escriptDataC _in=in.getDataC();  
826    switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {      source.expand();
827       case(Nodes):  
828          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
829             case(Nodes):      paso::TransportProblem_ptr _tp(tpa->getPaso_TransportProblem());
830             case(ReducedNodes):  
831             case(DegreesOfFreedom):      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, _tp->mass_matrix, source,
832             case(ReducedDegreesOfFreedom):                          escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
833                 Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                          M, escript::Data(), escript::Data());
834                 break;      checkFinleyError();
835             case(Elements):  
836             case(ReducedElements):      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, _tp->transport_matrix,
837                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                          source, A, B, C, D, X, Y);
838                 break;      checkFinleyError();
839             case(FaceElements):  
840             case(ReducedFaceElements):      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, _tp->transport_matrix,
841                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                          source, escript::Data(), escript::Data(),
842                 break;                          escript::Data(), d, escript::Data(), y);
843             case(Points):      checkFinleyError();
844                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);  
845                 break;      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements,
846             case(ContactElementsZero):                          _tp->transport_matrix, source, escript::Data(),
847             case(ReducedContactElementsZero):                          escript::Data(), escript::Data(), d_contact,
848                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                          escript::Data(), y_contact);
849                 break;      checkFinleyError();
850             case(ContactElementsOne):  
851             case(ReducedContactElementsOne):      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, _tp->transport_matrix,
852                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                          source, escript::Data(), escript::Data(),
853                 break;                          escript::Data(), d_dirac, escript::Data(), y_dirac);
854             default:      checkFinleyError();
855                 stringstream temp;  }
856                 temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();  
857                 throw FinleyAdapterException(temp.str());  //
858                 break;  // interpolates data between different function spaces
859          }  //
860          break;  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(escript::Data& target, const escript::Data& in) const
861       case(ReducedNodes):  {
862          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {      const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(in.getFunctionSpace().getDomain()));
863             case(Nodes):      const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(target.getFunctionSpace().getDomain()));
864             case(ReducedNodes):      if (inDomain!=*this)
865             case(DegreesOfFreedom):          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");
866             case(ReducedDegreesOfFreedom):      if (targetDomain!=*this)
867                 Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");
868                 break;  
869             case(Elements):      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
870             case(ReducedElements):      switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
871                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);          case Nodes:
872                 break;              switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
873             case(FaceElements):                  case Nodes:
874             case(ReducedFaceElements):                  case ReducedNodes:
875                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                  case DegreesOfFreedom:
876                 break;                  case ReducedDegreesOfFreedom:
877             case(Points):                      Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
878                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);                      break;
879                 break;                  case Elements:
880             case(ContactElementsZero):                  case ReducedElements:
881             case(ReducedContactElementsZero):                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in,target);
882                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                      break;
883                 break;                  case FaceElements:
884             case(ContactElementsOne):                  case ReducedFaceElements:
885             case(ReducedContactElementsOne):                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
886                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                      break;
887                 break;                  case Points:
888             default:                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
889                 stringstream temp;                      break;
890                 temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();                  case ContactElementsZero:
891                 throw FinleyAdapterException(temp.str());                  case ReducedContactElementsZero:
892                 break;                  case ContactElementsOne:
893          }                  case ReducedContactElementsOne:
894          break;                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
895       case(Elements):                      break;
896          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {                  default:
897             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);                      stringstream temp;
898          } else {                      temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
899             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");                      throw FinleyAdapterException(temp.str());
900          }                      break;
901          break;              }
902       case(ReducedElements):              break;
903          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {          case ReducedNodes:
904             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);              switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
905          } else {                  case Nodes:
906             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements with reduced integration order possible.");                  case ReducedNodes:
907          }                  case DegreesOfFreedom:
908          break;                  case ReducedDegreesOfFreedom:
909       case(FaceElements):                      Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
910          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {                      break;
911             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);                  case Elements:
912          } else {                  case ReducedElements:
913             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in, target);
914         }                      break;
915         break;                  case FaceElements:
916       case(ReducedFaceElements):                  case ReducedFaceElements:
917          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
918             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);                      break;
919          } else {                  case Points:
920             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements with reduced integration order possible.");                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
921         }                      break;
922         break;                  case ContactElementsZero:
923       case(Points):                  case ReducedContactElementsZero:
924          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {                  case ContactElementsOne:
925             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Points,&_target,&_in);                  case ReducedContactElementsOne:
926          } else {                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
927             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");                      break;
928          }                  default:
929          break;                      stringstream temp;
930       case(ContactElementsZero):                      temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
931       case(ContactElementsOne):                      throw FinleyAdapterException(temp.str());
932          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {                      break;
933             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);              }
934          } else {              break;
935             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");          case Elements:
936             break;              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {
937          }                  Assemble_CopyElementData(mesh->Elements, target, in);
938          break;              } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
939       case(ReducedContactElementsZero):                  Assemble_AverageElementData(mesh->Elements, target, in);
940       case(ReducedContactElementsOne):              } else {
941          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");
942             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);              }
943          } else {              break;
944             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements with reduced integration order possible.");          case ReducedElements:
945             break;              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
946          }                  Assemble_CopyElementData(mesh->Elements, target, in);
947          break;              } else {
948       case(DegreesOfFreedom):                        throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements with reduced integration order possible.");
949          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {              }
950             case(ReducedDegreesOfFreedom):              break;
951             case(DegreesOfFreedom):          case FaceElements:
952             case(Nodes):              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {
953             case(ReducedNodes):                  Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements, target, in);
954                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);              } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
955                break;                  Assemble_AverageElementData(mesh->FaceElements, target, in);
956  #ifndef PASO_MPI              } else {
957             case(Elements):                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");
958             case(ReducedElements):              }
959                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);              break;
960                break;          case ReducedFaceElements:
961             case(FaceElements):              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
962             case(ReducedFaceElements):                  Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements, target, in);
963                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);              } else {
964                break;                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements with reduced integration order possible.");
965             case(Points):              }
966                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);              break;
967                break;          case Points:
968             case(ContactElementsZero):              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {
969             case(ContactElementsOne):                  Assemble_CopyElementData(mesh->Points, target, in);
970             case(ReducedContactElementsZero):              } else {
971             case(ReducedContactElementsOne):                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");
972                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);              }
973               break;              break;
974  #else          case ContactElementsZero:
975             /* need to copy Degrees of freedom data to nodal data so that the external values are available */          case ContactElementsOne:
976             case(Elements):              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {
977             case(ReducedElements):                  Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements, target, in);
978                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );              } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
979                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);                  Assemble_AverageElementData(mesh->ContactElements, target, in);
980                break;              } else {
981             case(FaceElements):                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");
982             case(ReducedFaceElements):              }
983                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );              break;
984                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);          case ReducedContactElementsZero:
985                break;          case ReducedContactElementsOne:
986             case(Points):              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
987                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                  Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements, target, in);
988                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);              } else {
989                break;                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements with reduced integration order possible.");
990             case(ContactElementsZero):              }
991             case(ContactElementsOne):              break;
992             case(ReducedContactElementsZero):          case DegreesOfFreedom:
993             case(ReducedContactElementsOne):              switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
994                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                  case ReducedDegreesOfFreedom:
995                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);                  case DegreesOfFreedom:
996               break;                      Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
997  #endif                      break;
998             default:  
999               stringstream temp;                  case Nodes:
1000               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();                  case ReducedNodes:
1001               throw FinleyAdapterException(temp.str());                      if (getMPISize()>1) {
1002               break;                          escript::Data in2=escript::Data(in);
1003          }                          in2.expand();
1004          break;                          Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in2);
1005       case(ReducedDegreesOfFreedom):                      } else {
1006         switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {                          Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
1007            case(Nodes):                      }
1008               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");                      break;
1009               break;                  case Elements:
1010            case(ReducedNodes):                  case ReducedElements:
1011               Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                      if (getMPISize()>1) {
1012               break;                          escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1013            case(DegreesOfFreedom):                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in2, target);
1014               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");                      } else {
1015               break;                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in, target);
1016            case(ReducedDegreesOfFreedom):                      }
1017               Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                      break;
1018               break;                  case FaceElements:
1019            case(Elements):                  case ReducedFaceElements:
1020            case(ReducedElements):                      if (getMPISize()>1) {
1021               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                          escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1022               break;                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in2, target);
1023            case(FaceElements):                      } else {
1024            case(ReducedFaceElements):                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
1025               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                      }
1026               break;                      break;
1027            case(Points):                  case Points:
1028               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);                      if (getMPISize()>1) {
1029               break;                          //escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this) );
1030            case(ContactElementsZero):                      } else {
1031            case(ContactElementsOne):                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
1032            case(ReducedContactElementsZero):                      }
1033            case(ReducedContactElementsOne):                      break;
1034               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                  case ContactElementsZero:
1035               break;                  case ContactElementsOne:
1036            default:                  case ReducedContactElementsZero:
1037               stringstream temp;                  case ReducedContactElementsOne:
1038               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();                      if (getMPISize()>1) {
1039               throw FinleyAdapterException(temp.str());                          escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1040               break;                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in2, target);
1041         }                      } else {
1042         break;                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
1043       default:                      }
1044          stringstream temp;                      break;
1045          temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type %d" << in.getFunctionSpace().getTypeCode();                  default:
1046          throw FinleyAdapterException(temp.str());                      stringstream temp;
1047          break;                      temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
1048    }                      throw FinleyAdapterException(temp.str());
1049    checkFinleyError();              }
1050                break;
1051            case ReducedDegreesOfFreedom:
1052                switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1053                    case Nodes:
1054                        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");
1055                    case ReducedNodes:
1056                        if (getMPISize()>1) {
1057                            escript::Data in2=escript::Data(in);
1058                            in2.expand();
1059                            Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in2);
1060                        } else {
1061                            Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
1062                        }
1063                        break;
1064                    case DegreesOfFreedom:
1065                        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");
1066                        break;
1067                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1068                        Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
1069                        break;
1070                    case Elements:
1071                    case ReducedElements:
1072                        if (getMPISize()>1) {
1073                            escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this) );
1074                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in2, target);
1075                        } else {
1076                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in, target);
1077                        }
1078                        break;
1079                    case FaceElements:
1080                    case ReducedFaceElements:
1081                        if (getMPISize()>1) {
1082                            escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this) );
1083                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in2, target);
1084                        } else {
1085                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
1086                        }
1087                        break;
1088                    case Points:
1089                        if (getMPISize()>1) {
1090                            escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this));
1091                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in2, target);
1092                        } else {
1093                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
1094                        }
1095                        break;
1096                    case ContactElementsZero:
1097                    case ContactElementsOne:
1098                    case ReducedContactElementsZero:
1099                    case ReducedContactElementsOne:
1100                        if (getMPISize()>1) {
1101                            escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this));
1102                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in2, target);
1103                        } else {
1104                            Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
1105                        }
1106                        break;
1107                    default:
1108                        stringstream temp;
1109                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
1110                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1111                        break;
1112                }
1113                break;
1114            default:
1115                stringstream temp;
1116                temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type %d" << in.getFunctionSpace().getTypeCode();
1117                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1118                break;
1119        }
1120        checkFinleyError();
1121  }  }
1122    
1123  //  //
1124  // copies the locations of sample points into x:  // copies the locations of sample points into x
1125  //  //
1126  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& arg) const  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& arg) const
1127  {  {
1128    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());      const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1129    if (argDomain!=*this)      if (argDomain!=*this)
1130       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of data point locations");          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of data point locations");
1131    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1132    // in case of values node coordinates we can do the job directly:      // in case of appropriate function space we can do the job directly:
1133    if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {      if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {
1134       escriptDataC _arg=arg.getDataC();          Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes, arg);
1135       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_arg);      } else {
1136    } else {          escript::Data tmp_data=Vector(0., continuousFunction(*this), true);
1137       escript::Data tmp_data=Vector(0.0,continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()),true);          Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes, tmp_data);
1138       escriptDataC _tmp_data=tmp_data.getDataC();          // this is then interpolated onto arg:
1139       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_tmp_data);          interpolateOnDomain(arg, tmp_data);
1140       // this is then interpolated onto arg:      }
1141       interpolateOnDomain(arg,tmp_data);      checkFinleyError();
   }  
   checkFinleyError();  
1142  }  }
1143    
1144  //  //
1145  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object:  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object
1146  //  //
1147  void MeshAdapter::setToNormal(escript::Data& normal) const  void MeshAdapter::setToNormal(escript::Data& normal) const
1148  {  {
1149    const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(normal.getFunctionSpace().getDomain());      const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(normal.getFunctionSpace().getDomain()));
1150    if (normalDomain!=*this)      if (normalDomain!=*this)
1151       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");
1152    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1153    escriptDataC _normal=normal.getDataC();      switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1154    switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          case Nodes:
1155      case(Nodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");
1156        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");              break;
1157        break;          case ReducedNodes:
1158      case(ReducedNodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced nodes");
1159        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced nodes");              break;
1160        break;          case Elements:
1161      case(Elements):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");
1162        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");              break;
1163        break;          case ReducedElements:
1164      case(ReducedElements):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements with reduced integration order");
1165        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements with reduced integration order");              break;
1166        break;          case FaceElements:
1167      case (FaceElements):          case ReducedFaceElements:
1168        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);              Assemble_getNormal(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, normal);
1169        break;              break;
1170      case (ReducedFaceElements):          case Points:
1171        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");
1172        break;              break;
1173      case(Points):          case ContactElementsOne:
1174        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");          case ContactElementsZero:
1175        break;          case ReducedContactElementsOne:
1176      case (ContactElementsOne):          case ReducedContactElementsZero:
1177      case (ContactElementsZero):              Assemble_getNormal(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, normal);
1178        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);              break;
1179        break;          case DegreesOfFreedom:
1180      case (ReducedContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");
1181      case (ReducedContactElementsZero):              break;
1182        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);          case ReducedDegreesOfFreedom:
1183        break;              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced degrees of freedom.");
1184      case(DegreesOfFreedom):              break;
1185        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");          default:
1186        break;              stringstream temp;
1187      case(ReducedDegreesOfFreedom):              temp << "Error - Normal Vectors: Finley does not know anything about function space type " << normal.getFunctionSpace().getTypeCode();
1188        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced degrees of freedom.");              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1189        break;              break;
1190      default:      }
1191        stringstream temp;      checkFinleyError();
1192        temp << "Error - Normal Vectors: Finley does not know anything about function space type " << normal.getFunctionSpace().getTypeCode();  }
1193        throw FinleyAdapterException(temp.str());  
1194        break;  //
1195    }  // interpolates data to other domain
1196    checkFinleyError();  //
1197  }  void MeshAdapter::interpolateACross(escript::Data& target, const escript::Data& source) const
1198    {
1199  //      throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not allow interpolation across domains.");
1200  // interpolates data to other domain:  }
1201  //  
1202  void MeshAdapter::interpolateACross(escript::Data& target,const escript::Data& source) const  //
1203  {  // calculates the integral of a function defined on arg
1204    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());  //
1205    if (targetDomain!=*this)  void MeshAdapter::setToIntegrals(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1206       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target");  {
1207        const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1208    throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not allow interpolation across domains yet.");      if (argDomain!=*this)
1209  }          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");
1210    
1211  //      double blocktimer_start = blocktimer_time();
1212  // calculates the integral of a function defined of arg:      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1213  //      switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1214  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::vector<double>& integrals,const escript::Data& arg) const          case Nodes:
1215  {              {
1216    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());                  escript::Data temp(arg, escript::function(*this));
1217    if (argDomain!=*this)                  Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, temp, &integrals[0]);
1218       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");              }
1219                break;
1220    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();          case ReducedNodes:
1221    escriptDataC _arg=arg.getDataC();              {
1222    switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {                  escript::Data temp(arg, escript::function(*this));
1223       case(Nodes):                  Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, temp, &integrals[0]);
1224          /* TODO */              }
1225          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on nodes is not supported.");              break;
1226          break;          case Elements:
1227       case(ReducedNodes):          case ReducedElements:
1228          /* TODO */              Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, arg, &integrals[0]);
1229          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on reduced nodes is not supported.");              break;
1230          break;          case FaceElements:
1231       case(Elements):          case ReducedFaceElements:
1232          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);              Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, arg, &integrals[0]);
1233          break;              break;
1234       case(ReducedElements):          case Points:
1235          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);              throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");
1236          break;              break;
1237       case(FaceElements):          case ContactElementsZero:
1238          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);          case ReducedContactElementsZero:
1239          break;          case ContactElementsOne:
1240       case(ReducedFaceElements):          case ReducedContactElementsOne:
1241          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);              Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, arg, &integrals[0]);
1242          break;              break;
1243       case(Points):          case DegreesOfFreedom:
1244          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");          case ReducedDegreesOfFreedom:
1245          break;              {
1246       case(ContactElementsZero):                  escript::Data temp(arg, escript::function(*this));
1247          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);                  Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, temp, &integrals[0]);
1248          break;              }
1249       case(ReducedContactElementsZero):              break;
1250          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);          default:
1251          break;              stringstream temp;
1252       case(ContactElementsOne):              temp << "Error - Integrals: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1253          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1254          break;              break;
1255       case(ReducedContactElementsOne):      }
1256          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);      checkFinleyError();
1257          break;      blocktimer_increment("integrate()", blocktimer_start);
      case(DegreesOfFreedom):  
         throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on degrees of freedom is not supported.");  
         break;  
      case(ReducedDegreesOfFreedom):  
         throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on reduced degrees of freedom is not supported.");  
         break;  
      default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Integrals: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
   }  
   checkFinleyError();  
 }  
   
 //  
 // calculates the gradient of arg:  
 //  
 void MeshAdapter::setToGradient(escript::Data& grad,const escript::Data& arg) const  
 {  
   const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());  
   if (argDomain!=*this)  
     throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient argument");  
   const MeshAdapter& gradDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(grad.getFunctionSpace().getDomain());  
   if (gradDomain!=*this)  
      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");  
   
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   escriptDataC _grad=grad.getDataC();  
   escriptDataC nodeDataC;  
 #ifdef PASO_MPI  
   escript::Data nodeTemp( arg, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
   if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() != Nodes )  
   {  
     Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(nodeTemp.getDataC()),&(arg.getDataC()));  
     nodeDataC = nodeTemp.getDataC();  
   }  
   else  
     nodeDataC = arg.getDataC();  
 #else  
   nodeDataC = arg.getDataC();  
 #endif  
   switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
        case(Nodes):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");  
           break;  
        case(ReducedNodes):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced nodes is not supported.");  
           break;  
        case(Elements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedElements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(FaceElements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedFaceElements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(Points):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");  
           break;  
        case(ContactElementsZero):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedContactElementsZero):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ContactElementsOne):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedContactElementsOne):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(DegreesOfFreedom):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");  
           break;  
        case(ReducedDegreesOfFreedom):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced degrees of freedom is not supported.");  
           break;  
        default:  
           stringstream temp;  
           temp << "Error - Gradient: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();  
           throw FinleyAdapterException(temp.str());  
           break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1258  }  }
1259    
1260  //  //
1261  // returns the size of elements:  // calculates the gradient of arg
1262    //
1263    void MeshAdapter::setToGradient(escript::Data& grad, const escript::Data& arg) const
1264    {
1265        const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1266        if (argDomain!=*this)
1267            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient argument");
1268        const MeshAdapter& gradDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(grad.getFunctionSpace().getDomain()));
1269        if (gradDomain!=*this)
1270            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");
1271    
1272        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1273        escript::Data nodeData;
1274        if (getMPISize()>1) {
1275            if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == DegreesOfFreedom) {
1276                nodeData=escript::Data(arg, continuousFunction(*this));
1277            } else if(arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
1278                nodeData=escript::Data(arg, reducedContinuousFunction(*this));
1279            } else {
1280                nodeData = arg;
1281            }
1282        } else {
1283            nodeData = arg;
1284        }
1285        switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1286            case Nodes:
1287                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");
1288                break;
1289            case ReducedNodes:
1290                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced nodes is not supported.");
1291                break;
1292            case Elements:
1293            case ReducedElements:
1294                Assemble_gradient(mesh->Nodes, mesh->Elements, grad, nodeData);
1295                break;
1296            case FaceElements:
1297            case ReducedFaceElements:
1298                Assemble_gradient(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, grad, nodeData);
1299                break;
1300            case Points:
1301                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");
1302                break;
1303            case ContactElementsZero:
1304            case ReducedContactElementsZero:
1305            case ContactElementsOne:
1306            case ReducedContactElementsOne:
1307                Assemble_gradient(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, grad, nodeData);
1308                break;
1309            case DegreesOfFreedom:
1310                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");
1311                break;
1312            case ReducedDegreesOfFreedom:
1313                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced degrees of freedom is not supported.");
1314                break;
1315            default:
1316                stringstream temp;
1317                temp << "Error - Gradient: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1318                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1319                break;
1320        }
1321        checkFinleyError();
1322    }
1323    
1324    //
1325    // returns the size of elements
1326  //  //
1327  void MeshAdapter::setToSize(escript::Data& size) const  void MeshAdapter::setToSize(escript::Data& size) const
1328  {  {
1329    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1330    escriptDataC tmp=size.getDataC();      switch(size.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1331    switch(size.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          case Nodes:
1332         case(Nodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");
1333            throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");              break;
1334            break;          case ReducedNodes:
1335         case(ReducedNodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced nodes is not supported.");
1336            throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced nodes is not supported.");              break;
1337            break;          case Elements:
1338         case(Elements):          case ReducedElements:
1339            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);              Assemble_getSize(mesh->Nodes, mesh->Elements, size);
1340            break;              break;
1341         case(ReducedElements):          case FaceElements:
1342            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);          case ReducedFaceElements:
1343            break;              Assemble_getSize(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, size);
1344         case(FaceElements):              break;
1345            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);          case Points:
1346            break;              throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");
1347         case(ReducedFaceElements):              break;
1348            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);          case ContactElementsZero:
1349            break;          case ContactElementsOne:
1350         case(Points):          case ReducedContactElementsZero:
1351            throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");          case ReducedContactElementsOne:
1352            break;              Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,size);
1353         case(ContactElementsZero):              break;
1354         case(ContactElementsOne):          case DegreesOfFreedom:
1355            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);              throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");
1356            break;              break;
1357         case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1358         case(ReducedContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced degrees of freedom is not supported.");
1359            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);              break;
1360            break;          default:
1361         case(DegreesOfFreedom):              stringstream temp;
1362            throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");              temp << "Error - Element size: Finley does not know anything about function space type " << size.getFunctionSpace().getTypeCode();
1363            break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1364         case(ReducedDegreesOfFreedom):              break;
1365            throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced degrees of freedom is not supported.");      }
1366            break;      checkFinleyError();
        default:  
           stringstream temp;  
           temp << "Error - Element size: Finley does not know anything about function space type " << size.getFunctionSpace().getTypeCode();  
           throw FinleyAdapterException(temp.str());  
           break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1367  }  }
1368    
1369  // sets the location of nodes:  //
1370    // sets the location of nodes
1371    //
1372  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)
1373  {  {
1374    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1375    escriptDataC tmp;      const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(new_x.getFunctionSpace().getDomain()));
1376    const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(new_x.getFunctionSpace().getDomain());      if (newDomain!=*this)
1377    if (newDomain!=*this)          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");
1378       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");      if (new_x.getFunctionSpace() == continuousFunction(*this)) {
1379    tmp = new_x.getDataC();          mesh->setCoordinates(new_x);
1380    Finley_Mesh_setCoordinates(mesh,&tmp);      } else {
1381    checkFinleyError();          throw FinleyAdapterException("As of escript version 3.3 SetX() only accepts ContinuousFunction arguments. Please interpolate.");
1382  }      }
1383        checkFinleyError();
1384  // saves a data array in openDX format:  }
1385  void MeshAdapter::saveDX(const std::string& filename,const boost::python::dict& arg) const  
1386  {  bool MeshAdapter::ownSample(int fs_code, index_t id) const
1387      int MAX_namelength=256;  {
1388      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      if (getMPISize() > 1) {
1389    /* win32 refactor */  #ifdef ESYS_MPI
1390    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;          int myFirstNode=0, myLastNode=0, k=0;
1391    for(int i=0;i<num_data;i++)          int* globalNodeIndex=0;
1392    {          Mesh* mesh_p=m_finleyMesh.get();
1393      names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;          /*
1394    }           * this method is only used by saveDataCSV which would use the returned
1395             * values for reduced nodes wrongly so this case is disabled for now
1396    char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;          if (fs_code == FINLEY_REDUCED_NODES) {
1397    escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;              myFirstNode = NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
1398    escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;              myLastNode = NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
1399                globalNodeIndex = NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
1400      boost::python::list keys=arg.keys();          } else
1401      for (int i=0;i<num_data;++i) {          */
1402           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);          if (fs_code == FINLEY_NODES) {
1403           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)              myFirstNode = mesh_p->Nodes->getFirstNode();
1404               throw FinleyAdapterException("Error  in saveDX: Data must be defined on same Domain");              myLastNode = mesh_p->Nodes->getLastNode();
1405           data[i]=d.getDataC();              globalNodeIndex = mesh_p->Nodes->borrowGlobalNodesIndex();
1406           ptr_data[i]=&(data[i]);          } else {
1407           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);              throw FinleyAdapterException("Unsupported function space type for ownSample()");
1408           c_names[i]=&(names[i][0]);          }
1409           if (n.length()>MAX_namelength-1) {  
1410              strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);          k=globalNodeIndex[id];
1411              c_names[i][MAX_namelength-1]='\0';          return ((myFirstNode <= k) && (k < myLastNode));
          } else {  
             strcpy(c_names[i],n.c_str());  
          }  
     }  
     Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);  
     checkFinleyError();  
       
       /* win32 refactor */  
   TMPMEMFREE(c_names);  
   TMPMEMFREE(data);  
   TMPMEMFREE(ptr_data);  
   for(int i=0;i<num_data;i++)  
   {  
     TMPMEMFREE(names[i]);  
   }  
   TMPMEMFREE(names);  
   
     return;  
 }  
   
 // saves a data array in openVTK format:  
 void MeshAdapter::saveVTK(const std::string& filename,const boost::python::dict& arg) const  
 {  
     int MAX_namelength=256;  
     const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());  
   /* win32 refactor */  
   char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;  
   for(int i=0;i<num_data;i++)  
   {  
     names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;  
   }  
   
   char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;  
   escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;  
   escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;  
   
     boost::python::list keys=arg.keys();  
     for (int i=0;i<num_data;++i) {  
          escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);  
          if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)  
              throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");  
          data[i]=d.getDataC();  
          ptr_data[i]=&(data[i]);  
          std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);  
          c_names[i]=&(names[i][0]);  
          if (n.length()>MAX_namelength-1) {  
             strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);  
             c_names[i][MAX_namelength-1]='\0';  
          } else {  
             strcpy(c_names[i],n.c_str());  
          }  
     }  
 #ifndef PASO_MPI      
     Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);  
 #else  
     Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);  
1412  #endif  #endif
1413        }
1414        return true;
1415    }
1416    
1417  checkFinleyError();  
1418    /* win32 refactor */  //
1419    TMPMEMFREE(c_names);  // creates a SystemMatrixAdapter stiffness matrix an initializes it with zeros
1420    TMPMEMFREE(data);  //
1421    TMPMEMFREE(ptr_data);  escript::ASM_ptr MeshAdapter::newSystemMatrix(const int row_blocksize,
1422    for(int i=0;i<num_data;i++)                              const escript::FunctionSpace& row_functionspace,
1423    {                              const int column_blocksize,
1424      TMPMEMFREE(names[i]);                              const escript::FunctionSpace& column_functionspace,
1425    }                              const int type) const
   TMPMEMFREE(names);  
   
     return;  
 }  
                                                                                                                                                                           
                                                                                                                                                                           
 // creates a SystemMatrixAdapter stiffness matrix an initializes it with zeros:  
 SystemMatrixAdapter MeshAdapter::newSystemMatrix(  
                       const int row_blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& row_functionspace,  
                       const int column_blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& column_functionspace,  
                       const int type) const  
1426  {  {
1427        // is the domain right?
1428        const MeshAdapter& row_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(row_functionspace.getDomain()));
1429        if (row_domain!=*this)
1430            throw FinleyAdapterException("Error - domain of row function space does not match the domain of matrix generator.");
1431        const MeshAdapter& col_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(column_functionspace.getDomain()));
1432        if (col_domain!=*this)
1433            throw FinleyAdapterException("Error - domain of column function space does not match the domain of matrix generator.");
1434    
1435      int reduceRowOrder=0;      int reduceRowOrder=0;
1436      int reduceColOrder=0;      int reduceColOrder=0;
1437      // is the domain right?      // is the function space type right?
1438      const MeshAdapter& row_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(row_functionspace.getDomain());      if (row_functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
     if (row_domain!=*this)  
           throw FinleyAdapterException("Error - domain of row function space does not match the domain of matrix generator.");  
     const MeshAdapter& col_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(column_functionspace.getDomain());  
     if (col_domain!=*this)  
           throw FinleyAdapterException("Error - domain of columnn function space does not match the domain of matrix generator.");  
     // is the function space type right  
     if (row_functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {  
         reduceRowOrder=0;  
     } else if (row_functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {  
1439          reduceRowOrder=1;          reduceRowOrder=1;
1440      } else {      } else if (row_functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1441          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");
1442      }      }
1443      if (column_functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {      if (column_functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
         reduceColOrder=0;  
     } else if (column_functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {  
1444          reduceColOrder=1;          reduceColOrder=1;
1445      } else {      } else if (column_functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1446          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix columns.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix columns.");
1447      }      }
1448    
1449      // generate matrix:      // generate matrix:
1450            paso::SystemMatrixPattern_ptr pattern = getFinley_Mesh()->getPattern(
1451      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(getFinley_Mesh(),reduceRowOrder,reduceColOrder);              reduceRowOrder, reduceColOrder);
1452      checkFinleyError();      checkFinleyError();
1453      Paso_SystemMatrix* fsystemMatrix=Paso_SystemMatrix_alloc(type,fsystemMatrixPattern,row_blocksize,column_blocksize);      paso::SystemMatrix_ptr fsystemMatrix;
1454        const int trilinos = 0;
1455        if (trilinos) {
1456    #ifdef TRILINOS
1457            // FIXME: Allocation Epetra_VrbMatrix here...
1458    #endif
1459        } else {
1460            fsystemMatrix.reset(new paso::SystemMatrix(type, pattern,
1461                                row_blocksize, column_blocksize, false));
1462        }
1463      checkPasoError();      checkPasoError();
1464      Paso_SystemMatrixPattern_dealloc(fsystemMatrixPattern);      SystemMatrixAdapter* sma=new SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix, row_blocksize, row_functionspace, column_blocksize, column_functionspace);
1465      return SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix,row_blocksize,row_functionspace,column_blocksize,column_functionspace);      return escript::ASM_ptr(sma);
1466  }  }
1467    
1468  //  //
1469  // vtkObject MeshAdapter::createVtkObject() const  // creates a TransportProblemAdapter
 // TODO:  
1470  //  //
1471    escript::ATP_ptr MeshAdapter::newTransportProblem(const int blocksize,
1472            const escript::FunctionSpace& functionspace, const int type) const
1473    {
1474        // is the domain right?
1475        const MeshAdapter& domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(functionspace.getDomain()));
1476        if (domain!=*this)
1477            throw FinleyAdapterException("Error - domain of function space does not match the domain of transport problem generator.");
1478    
1479        // is the function space type right?
1480        int reduceOrder=0;
1481        if (functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
1482            reduceOrder=1;
1483        } else if (functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1484            throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for transport problem.");
1485        }
1486    
1487        // generate transport problem:
1488        paso::SystemMatrixPattern_ptr pattern = getFinley_Mesh()->getPattern(
1489                reduceOrder, reduceOrder);
1490        checkFinleyError();
1491        paso::TransportProblem_ptr transportProblem(new paso::TransportProblem(
1492                                                    pattern, blocksize));
1493        checkPasoError();
1494        TransportProblemAdapter* tpa=new TransportProblemAdapter(
1495                transportProblem, blocksize, functionspace);
1496        return escript::ATP_ptr(tpa);
1497    }
1498    
1499  //  //
1500  // returns true if data at the atom_type is considered as being cell centered:  // returns true if data on functionSpaceCode is considered as being cell centered
1501    //
1502  bool MeshAdapter::isCellOriented(int functionSpaceCode) const  bool MeshAdapter::isCellOriented(int functionSpaceCode) const
1503  {  {
1504    switch(functionSpaceCode) {      switch(functionSpaceCode) {
1505         case(Nodes):          case Nodes:
1506         case(DegreesOfFreedom):          case DegreesOfFreedom:
1507         case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1508            return false;              return false;
1509            break;          case Elements:
1510         case(Elements):          case FaceElements:
1511         case(FaceElements):          case Points:
1512         case(Points):          case ContactElementsZero:
1513         case(ContactElementsZero):          case ContactElementsOne:
1514         case(ContactElementsOne):          case ReducedElements:
1515         case(ReducedElements):          case ReducedFaceElements:
1516         case(ReducedFaceElements):          case ReducedContactElementsZero:
1517         case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedContactElementsOne:
1518         case(ReducedContactElementsOne):              return true;
1519            return true;          default:
1520            break;              stringstream temp;
1521         default:              temp << "Error - Cell: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
1522            stringstream temp;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1523            temp << "Error - Cell: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;              break;
1524            throw FinleyAdapterException(temp.str());      }
1525            break;      return false;
1526    }  }
1527    checkFinleyError();  
1528    return false;  bool
1529  }  MeshAdapter::commonFunctionSpace(const vector<int>& fs, int& resultcode) const
1530    {
1531  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source,int functionSpaceType_target) const      /* The idea is to use equivalence classes. [Types which can be interpolated
1532  {         back and forth]:
1533    switch(functionSpaceType_source) {          class 1: DOF <-> Nodes
1534       case(Nodes):          class 2: ReducedDOF <-> ReducedNodes
1535          switch(functionSpaceType_target) {          class 3: Points
1536             case(Nodes):          class 4: Elements
1537             case(ReducedNodes):          class 5: ReducedElements
1538             case(ReducedDegreesOfFreedom):          class 6: FaceElements
1539             case(DegreesOfFreedom):          class 7: ReducedFaceElements
1540             case(Elements):          class 8: ContactElementZero <-> ContactElementOne
1541             case(ReducedElements):          class 9: ReducedContactElementZero <-> ReducedContactElementOne
1542             case(FaceElements):  
1543             case(ReducedFaceElements):      There is also a set of lines. Interpolation is possible down a line but
1544             case(Points):      not between lines.
1545             case(ContactElementsZero):      class 1 and 2 belong to all lines so aren't considered.
1546             case(ReducedContactElementsZero):          line 0: class 3
1547             case(ContactElementsOne):          line 1: class 4,5
1548             case(ReducedContactElementsOne):          line 2: class 6,7
1549                 return true;          line 3: class 8,9
1550             default:  
1551                 stringstream temp;      For classes with multiple members (eg class 2) we have vars to record if
1552                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;      there is at least one instance.
1553                 throw FinleyAdapterException(temp.str());      e.g. hasnodes is true if we have at least one instance of Nodes.
1554          }      */
1555          break;      if (fs.empty())
1556       case(ReducedNodes):          return false;
1557          switch(functionSpaceType_target) {  
1558             case(ReducedNodes):      vector<int> hasclass(10);
1559             case(ReducedDegreesOfFreedom):      vector<int> hasline(4);    
1560             case(Elements):      bool hasnodes=false;
1561             case(ReducedElements):      bool hasrednodes=false;
1562             case(FaceElements):      bool hascez=false;
1563             case(ReducedFaceElements):      bool hasrcez=false;
1564             case(Points):      for (int i=0;i<fs.size();++i) {
1565             case(ContactElementsZero):          switch(fs[i]) {
1566             case(ReducedContactElementsZero):              case Nodes:
1567             case(ContactElementsOne):                  hasnodes=true; // fall through
1568             case(ReducedContactElementsOne):              case DegreesOfFreedom:
1569                 return true;                  hasclass[1]=1;
1570            case(Nodes):                  break;
1571            case(DegreesOfFreedom):              case ReducedNodes:
1572               return false;                  hasrednodes=true; // fall through
1573             default:              case ReducedDegreesOfFreedom:
1574                 stringstream temp;                  hasclass[2]=1;
1575                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;                  break;
1576                 throw FinleyAdapterException(temp.str());              case Points:
1577          }                  hasline[0]=1;
1578          break;                  hasclass[3]=1;
1579       case(Elements):                  break;
1580          if (functionSpaceType_target==Elements) {              case Elements:
1581             return true;                  hasclass[4]=1;
1582          } else {                  hasline[1]=1;
1583             return false;                  break;
1584          }              case ReducedElements:
1585       case(ReducedElements):                  hasclass[5]=1;
1586          if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {                  hasline[1]=1;
1587             return true;                  break;
1588          } else {              case FaceElements:
1589             return false;                  hasclass[6]=1;
1590          }                  hasline[2]=1;
1591       case(FaceElements):                  break;
1592          if (functionSpaceType_target==FaceElements) {              case ReducedFaceElements:
1593             return true;                  hasclass[7]=1;
1594          } else {                  hasline[2]=1;
1595             return false;                  break;
1596          }              case ContactElementsZero:
1597       case(ReducedFaceElements):                  hascez=true; // fall through
1598          if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {              case ContactElementsOne:
1599             return true;                  hasclass[8]=1;
1600          } else {                  hasline[3]=1;
1601             return false;                  break;
1602          }              case ReducedContactElementsZero:
1603       case(Points):                  hasrcez=true; // fall through
1604          if (functionSpaceType_target==Points) {              case ReducedContactElementsOne:
1605             return true;                  hasclass[9]=1;
1606          } else {                  hasline[3]=1;
1607             return false;                  break;
1608          }              default:
1609       case(ContactElementsZero):                  return false;
      case(ContactElementsOne):  
         if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {  
            return true;  
         } else {  
            return false;  
1610          }          }
1611       case(ReducedContactElementsZero):      }
1612       case(ReducedContactElementsOne):      int totlines=hasline[0]+hasline[1]+hasline[2]+hasline[3];
1613          if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {  
1614             return true;      // fail if we have more than one leaf group
1615          } else {      if (totlines>1)
1616             return false;          return false; // there are at least two branches we can't interpolate between
1617        else if (totlines==1) {
1618            if (hasline[0]==1)              // we have points
1619                resultcode=Points;
1620            else if (hasline[1]==1) {
1621                if (hasclass[5]==1)
1622                    resultcode=ReducedElements;
1623                else
1624                    resultcode=Elements;
1625            } else if (hasline[2]==1) {
1626                if (hasclass[7]==1)
1627                    resultcode=ReducedFaceElements;
1628                else
1629                    resultcode=FaceElements;
1630            } else {   // so we must be in line3
1631                if (hasclass[9]==1) {
1632                    // need something from class 9
1633                    resultcode=(hasrcez ? ReducedContactElementsZero : ReducedContactElementsOne);
1634                } else {
1635                    // something from class 8
1636                    resultcode=(hascez?ContactElementsZero:ContactElementsOne);
1637                }
1638          }          }
1639       case(DegreesOfFreedom):      } else { // totlines==0
1640          switch(functionSpaceType_target) {          if (hasclass[2]==1) {
1641             case(ReducedDegreesOfFreedom):              // something from class 2
1642             case(DegreesOfFreedom):              resultcode=(hasrednodes ? ReducedNodes : ReducedDegreesOfFreedom);
1643             case(Nodes):          } else {
1644             case(ReducedNodes):              // something from class 1
1645             case(Elements):              resultcode=(hasnodes ? Nodes : DegreesOfFreedom);
            case(ReducedElements):  
            case(Points):  
            case(FaceElements):  
            case(ReducedFaceElements):  
            case(ContactElementsZero):  
            case(ReducedContactElementsZero):  
            case(ContactElementsOne):  
            case(ReducedContactElementsOne):  
               return true;  
            default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
1646          }          }
1647          break;      }
1648       case(ReducedDegreesOfFreedom):      return true;
        switch(functionSpaceType_target) {  
           case(ReducedDegreesOfFreedom):  
           case(ReducedNodes):  
           case(Elements):  
           case(ReducedElements):  
           case(FaceElements):  
           case(ReducedFaceElements):  
           case(Points):  
           case(ContactElementsZero):  
           case(ReducedContactElementsZero):  
           case(ContactElementsOne):  
           case(ReducedContactElementsOne):  
               return true;  
           case(Nodes):  
           case(DegreesOfFreedom):  
              return false;  
           default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
        }  
        break;  
      default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_source;  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
   }  
   checkFinleyError();  
   return false;  
1649  }  }
1650    
1651  bool MeshAdapter::probeInterpolationACross(int functionSpaceType_source,const AbstractDomain& targetDomain, int functionSpaceType_target) const  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source,
1652                                                 int functionSpaceType_target) const
1653  {  {
1654        switch(functionSpaceType_source) {
1655            case Nodes:
1656                switch(functionSpaceType_target) {
1657                    case Nodes:
1658                    case ReducedNodes:
1659                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1660                    case DegreesOfFreedom:
1661                    case Elements:
1662                    case ReducedElements:
1663                    case FaceElements:
1664                    case ReducedFaceElements:
1665                    case Points:
1666                    case ContactElementsZero:
1667                    case ReducedContactElementsZero:
1668                    case ContactElementsOne:
1669                    case ReducedContactElementsOne:
1670                        return true;
1671                    default:
1672                        stringstream temp;
1673                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1674                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1675                }
1676                break;
1677            case ReducedNodes:
1678                switch(functionSpaceType_target) {
1679                    case ReducedNodes:
1680                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1681                    case Elements:
1682                    case ReducedElements:
1683                    case FaceElements:
1684                    case ReducedFaceElements:
1685                    case Points:
1686                    case ContactElementsZero:
1687                    case ReducedContactElementsZero:
1688                    case ContactElementsOne:
1689                    case ReducedContactElementsOne:
1690                        return true;
1691                    case Nodes:
1692                    case DegreesOfFreedom:
1693                        return false;
1694                    default:
1695                        stringstream temp;
1696                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1697                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1698                }
1699                break;
1700            case Elements:
1701                if (functionSpaceType_target==Elements) {
1702                    return true;
1703                } else if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1704                    return true;
1705                } else {
1706                    return false;
1707                }
1708            case ReducedElements:
1709                if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1710                    return true;
1711                } else {
1712                    return false;
1713                }
1714            case FaceElements:
1715                if (functionSpaceType_target==FaceElements) {
1716                    return true;
1717                } else if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1718                    return true;
1719                } else {
1720                    return false;
1721                }
1722            case ReducedFaceElements:
1723                if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1724                    return true;
1725                } else {
1726                    return false;
1727                }
1728            case Points:
1729                if (functionSpaceType_target==Points) {
1730                    return true;
1731                } else {
1732                    return false;
1733                }
1734            case ContactElementsZero:
1735            case ContactElementsOne:
1736                if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {
1737                    return true;
1738                } else if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1739                    return true;
1740                } else {
1741                    return false;
1742                }
1743            case ReducedContactElementsZero:
1744            case ReducedContactElementsOne:
1745                if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1746                    return true;
1747                } else {
1748                    return false;
1749                }
1750            case DegreesOfFreedom:
1751                switch(functionSpaceType_target) {
1752                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1753                    case DegreesOfFreedom:
1754                    case Nodes:
1755                    case ReducedNodes:
1756                    case Elements:
1757                    case ReducedElements:
1758                    case Points:
1759                    case FaceElements:
1760                    case ReducedFaceElements:
1761                    case ContactElementsZero:
1762                    case ReducedContactElementsZero:
1763                    case ContactElementsOne:
1764                    case ReducedContactElementsOne:
1765                        return true;
1766                    default:
1767                        stringstream temp;
1768                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1769                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1770                }
1771                break;
1772            case ReducedDegreesOfFreedom:
1773                switch(functionSpaceType_target) {
1774                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1775                    case ReducedNodes:
1776                    case Elements:
1777                    case ReducedElements:
1778                    case FaceElements:
1779                    case ReducedFaceElements:
1780                    case Points:
1781                    case ContactElementsZero:
1782                    case ReducedContactElementsZero:
1783                    case ContactElementsOne:
1784                    case ReducedContactElementsOne:
1785                        return true;
1786                    case Nodes:
1787                    case DegreesOfFreedom:
1788                        return false;
1789                    default:
1790                        stringstream temp;
1791                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1792                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1793                }
1794                break;
1795            default:
1796                stringstream temp;
1797                temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_source;
1798                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1799                break;
1800        }
1801      return false;      return false;
1802  }  }
1803    
1804  bool MeshAdapter::operator==(const AbstractDomain& other) const  signed char MeshAdapter::preferredInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source, int functionSpaceType_target) const
1805    {
1806        if (probeInterpolationOnDomain(functionSpaceType_source, functionSpaceType_target))
1807            return 1;
1808    
1809        if (probeInterpolationOnDomain(functionSpaceType_target, functionSpaceType_source))
1810            return -1;
1811    
1812        return 0;
1813    }
1814    
1815    bool MeshAdapter::probeInterpolationACross(int functionSpaceType_source,
1816            const escript::AbstractDomain& targetDomain,
1817            int functionSpaceType_target) const
1818  {  {
   const MeshAdapter* temp=dynamic_cast<const MeshAdapter*>(&other);  
   if (temp!=0) {  
     return (m_finleyMesh==temp->m_finleyMesh);  
   } else {  
1819      return false;      return false;
   }  
1820  }  }
1821    
1822  bool MeshAdapter::operator!=(const AbstractDomain& other) const  bool MeshAdapter::operator==(const escript::AbstractDomain& other) const
1823    {
1824        const MeshAdapter* temp=dynamic_cast<const MeshAdapter*>(&other);
1825        if (temp) {
1826            return (m_finleyMesh==temp->m_finleyMesh);
1827        } else {
1828            return false;
1829        }
1830    }
1831    
1832    bool MeshAdapter::operator!=(const escript::AbstractDomain& other) const
1833    {
1834        return !(operator==(other));
1835    }
1836    
1837    int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(const bp::object& options) const
1838  {  {
1839    return !(operator==(other));      const escript::SolverBuddy& sb = bp::extract<escript::SolverBuddy>(options);
1840    
1841        return SystemMatrixAdapter::getSystemMatrixTypeId(sb.getSolverMethod(),
1842                    sb.getPreconditioner(), sb.getPackage(), sb.isSymmetric(),
1843                    m_finleyMesh->MPIInfo);
1844  }  }
1845    
1846  int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(const int solver, const int package, const bool symmetry) const  int MeshAdapter::getTransportTypeId(int solver, int preconditioner, int package, bool symmetry) const
1847  {  {
1848     int out=Paso_SystemMatrix_getSystemMatrixTypeId(SystemMatrixAdapter::mapOptionToPaso(solver),SystemMatrixAdapter::mapOptionToPaso(package),symmetry?1:0);      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1849     checkPasoError();      return TransportProblemAdapter::getTransportTypeId(solver, preconditioner,
1850     return out;                  package, symmetry, mesh->MPIInfo);
1851  }  }
1852    
1853  escript::Data MeshAdapter::getX() const  escript::Data MeshAdapter::getX() const
1854  {  {
1855    return continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()).getX();      return continuousFunction(*this).getX();
1856  }  }
1857    
1858  escript::Data MeshAdapter::getNormal() const  escript::Data MeshAdapter::getNormal() const
1859  {  {
1860    return functionOnBoundary(asAbstractContinuousDomain()).getNormal();      return functionOnBoundary(*this).getNormal();
1861  }  }
1862    
1863  escript::Data MeshAdapter::getSize() const  escript::Data MeshAdapter::getSize() const
1864  {  {
1865    return function(asAbstractContinuousDomain()).getSize();      return escript::function(*this).getSize();
1866  }  }
1867    
1868  int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceIDs(int functionSpaceType) const  const int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceIDs(int functionSpaceType) const
1869  {  {
1870    int *out=0,i;      int *out = NULL;
1871    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1872    switch (functionSpaceType) {      switch (functionSpaceType) {
1873      case(Nodes):          case Nodes:
1874        if (mesh->Nodes!=NULL) {              out=mesh->Nodes->Id;
1875          out=mesh->Nodes->Id;              break;
1876          break;          case ReducedNodes:
1877        }              out=mesh->Nodes->reducedNodesId;
1878      case(ReducedNodes):              break;
1879        throw FinleyAdapterException("Error -  ReducedNodes not supported yet.");          case Elements:
1880        break;          case ReducedElements:
1881      case(Elements):              out=mesh->Elements->Id;
1882        out=mesh->Elements->Id;              break;
1883        break;          case FaceElements:
1884      case(ReducedElements):          case ReducedFaceElements:
1885        out=mesh->Elements->Id;              out=mesh->FaceElements->Id;
1886        break;              break;
1887      case(FaceElements):          case Points:
1888        out=mesh->FaceElements->Id;              out=mesh->Points->Id;
1889        break;              break;
1890      case(ReducedFaceElements):          case ContactElementsZero:
1891        out=mesh->FaceElements->Id;          case ReducedContactElementsZero:
1892        break;          case ContactElementsOne:
1893      case(Points):          case ReducedContactElementsOne:
1894        out=mesh->Points->Id;              out=mesh->ContactElements->Id;
1895        break;              break;
1896      case(ContactElementsZero):          case DegreesOfFreedom:
1897        out=mesh->ContactElements->Id;              out=mesh->Nodes->degreesOfFreedomId;
1898        break;              break;
1899      case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1900        out=mesh->ContactElements->Id;              out=mesh->Nodes->reducedDegreesOfFreedomId;
1901        break;              break;
1902      case(ContactElementsOne):          default:
1903        out=mesh->ContactElements->Id;              stringstream temp;
1904        break;              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1905      case(ReducedContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1906        out=mesh->ContactElements->Id;              break;
1907        break;      }
1908      case(DegreesOfFreedom):      return out;
       out=mesh->Nodes->degreeOfFreedomId;  
       break;  
     case(ReducedDegreesOfFreedom):  
       out=mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedomId;  
       break;  
     default:  
       stringstream temp;  
       temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
       throw FinleyAdapterException(temp.str());  
       break;  
   }  
   return out;  
1909  }  }
1910  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const
1911  {  {
1912    int out=0;      int out=0;
1913    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1914    switch (functionSpaceType) {      switch (functionSpaceType) {
1915    case(Nodes):          case Nodes:
1916      out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];              out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];
1917      break;              break;
1918    case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
1919      throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedNodes does not support tags.");              throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedNodes does not support tags.");
1920      break;              break;
1921    case(Elements):          case Elements:
1922      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];          case ReducedElements:
1923      break;              out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];
1924    case(ReducedElements):              break;
1925      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];          case FaceElements:
1926      break;          case ReducedFaceElements:
1927    case(FaceElements):              out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];
1928      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];              break;
1929      break;          case Points:
1930    case(ReducedFaceElements):              out=mesh->Points->Tag[sampleNo];
1931      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];              break;
1932      break;          case ContactElementsZero:
1933    case(Points):          case ReducedContactElementsZero:
1934      out=mesh->Points->Tag[sampleNo];          case ContactElementsOne:
1935      break;          case ReducedContactElementsOne:
1936    case(ContactElementsZero):              out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1937      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
1938      break;          case DegreesOfFreedom:
1939    case(ReducedContactElementsZero):              throw FinleyAdapterException(" Error - DegreesOfFreedom does not support tags.");
1940      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
1941      break;          case ReducedDegreesOfFreedom:
1942    case(ContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags.");
1943      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
1944      break;          default:
1945    case(ReducedContactElementsOne):              stringstream temp;
1946      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1947      break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1948    case(DegreesOfFreedom):              break;
1949      throw FinleyAdapterException(" Error - DegreesOfFreedom does not support tags.");      }
1950      break;      return out;
   case(ReducedDegreesOfFreedom):  
     throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags.");  
     break;  
   default:  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
     throw FinleyAdapterException(temp.str());  
     break;  
   }  
   return out;  
1951  }  }
1952    
1953    
1954  void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const  void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const
1955  {  {
1956    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1957    escriptDataC tmp=mask.getDataC();      switch(functionSpaceType) {
1958    switch(functionSpaceType) {          case Nodes:
1959         case(Nodes):              mesh->Nodes->setTags(newTag, mask);
1960            Finley_NodeFile_setTags(mesh->Nodes,newTag,&tmp);              break;
1961            break;          case ReducedNodes:
1962         case(ReducedNodes):              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
1963            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");          case DegreesOfFreedom:
1964            break;              throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
1965         case(DegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1966            throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
1967            break;          case Elements:
1968         case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedElements:
1969            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");              mesh->Elements->setTags(newTag, mask);
1970            break;              break;
1971         case(Elements):          case FaceElements:
1972            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);          case ReducedFaceElements:
1973            break;              mesh->FaceElements->setTags(newTag, mask);
1974         case(ReducedElements):              break;
1975            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);          case Points:
1976            break;              mesh->Points->setTags(newTag, mask);
1977         case(FaceElements):              break;
1978            Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);          case ContactElementsZero:
1979            break;          case ReducedContactElementsZero:
1980         case(ReducedFaceElements):          case ContactElementsOne:
1981            Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);          case ReducedContactElementsOne:
1982            break;              mesh->ContactElements->setTags(newTag, mask);
1983         case(Points):              break;
1984            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Points,newTag,&tmp);          default:
1985            break;              stringstream temp;
1986         case(ContactElementsZero):              temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;
1987            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1988            break;      }
1989         case(ReducedContactElementsZero):      checkFinleyError();
1990            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);  }
1991            break;  
1992         case(ContactElementsOne):  void MeshAdapter::setTagMap(const string& name, int tag)
1993            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);  {
1994            break;      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1995         case(ReducedContactElementsOne):      mesh->addTagMap(name.c_str(), tag);
1996            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);      checkFinleyError();
1997            break;  }
1998         default:  
1999            stringstream temp;  int MeshAdapter::getTag(const string& name) const
2000            temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;  {
2001            throw FinleyAdapterException(temp.str());      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2002    }      int tag = mesh->getTag(name.c_str());
2003    checkFinleyError();      checkFinleyError();
2004    return;      return tag;
2005  }  }
2006    
2007  void MeshAdapter::setTagMap(const std::string& name,  int tag)  bool MeshAdapter::isValidTagName(const string& name) const
2008  {  {
2009    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2010    Finley_Mesh_addTagMap(mesh, name.c_str(),tag);      return mesh->isValidTagName(name.c_str());
2011    checkPasoError();  }
2012    // throwStandardException("MeshAdapter::set TagMap is not implemented.");  
2013  }  string MeshAdapter::showTagNames() const
2014    {
2015  int MeshAdapter::getTag(const std::string& name) const      stringstream temp;
2016  {      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2017    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      TagMap::const_iterator it = mesh->tagMap.begin();
2018    int tag=0;      while (it != mesh->tagMap.end()) {
2019    tag=Finley_Mesh_getTag(mesh, name.c_str());          temp << it->first;
2020    checkPasoError();          ++it;
2021    // throwStandardException("MeshAdapter::getTag is not implemented.");          if (it != mesh->tagMap.end())
2022    return tag;              temp << ", ";
2023  }      }
2024        return temp.str();
2025  bool MeshAdapter::isValidTagName(const std::string& name) const  }
2026  {  
2027    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  int MeshAdapter::getNumberOfTagsInUse(int functionSpaceCode) const
2028    return Finley_Mesh_isValidTagName(mesh,name.c_str());  {
2029  }      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2030        switch(functionSpaceCode) {
2031  std::string MeshAdapter::showTagNames() const          case Nodes:
2032  {              return mesh->Nodes->tagsInUse.size();
2033    stringstream temp;          case ReducedNodes:
2034    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
2035    Finley_TagMap* tag_map=mesh->TagMap;          case DegreesOfFreedom:
2036    while (tag_map) {              throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
2037       temp << tag_map->name;          case ReducedDegreesOfFreedom:
2038       tag_map=tag_map->next;              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
2039       if (tag_map) temp << ", ";          case Elements:
2040    }          case ReducedElements:
2041    return temp.str();              return mesh->Elements->tagsInUse.size();
2042            case FaceElements:
2043            case ReducedFaceElements:
2044                return mesh->FaceElements->tagsInUse.size();
2045            case Points:
2046                return mesh->Points->tagsInUse.size();
2047            case ContactElementsZero:
2048            case ReducedContactElementsZero:
2049            case ContactElementsOne:
2050            case ReducedContactElementsOne:
2051                return mesh->ContactElements->tagsInUse.size();
2052            default:
2053                stringstream ss;
2054                ss << "Finley does not know anything about function space type "
2055                     << functionSpaceCode;
2056                throw FinleyAdapterException(ss.str());
2057        }
2058        return 0;
2059    }
2060    
2061    const int* MeshAdapter::borrowListOfTagsInUse(int functionSpaceCode) const
2062    {
2063        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2064        switch(functionSpaceCode) {
2065            case Nodes:
2066                return &mesh->Nodes->tagsInUse[0];
2067            case ReducedNodes:
2068                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
2069            case DegreesOfFreedom:
2070                throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
2071            case ReducedDegreesOfFreedom:
2072                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
2073            case Elements:
2074            case ReducedElements:
2075                return &mesh->Elements->tagsInUse[0];
2076            case FaceElements:
2077            case ReducedFaceElements:
2078                return &mesh->FaceElements->tagsInUse[0];
2079            case Points:
2080                return &mesh->Points->tagsInUse[0];
2081            case ContactElementsZero:
2082            case ReducedContactElementsZero:
2083            case ContactElementsOne:
2084            case ReducedContactElementsOne:
2085                return &mesh->ContactElements->tagsInUse[0];
2086            default:
2087                stringstream temp;
2088                temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
2089                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2090        }
2091        return NULL;
2092    }
2093    
2094    
2095    bool MeshAdapter::canTag(int functionSpaceCode) const
2096    {
2097        switch(functionSpaceCode) {
2098            case Nodes:
2099            case Elements:
2100            case ReducedElements:
2101            case FaceElements:
2102            case ReducedFaceElements:
2103            case Points:
2104            case ContactElementsZero:
2105            case ReducedContactElementsZero:
2106            case ContactElementsOne:
2107            case ReducedContactElementsOne:
2108                return true;
2109            default:
2110                return false;
2111        }
2112    }
2113    
2114    escript::AbstractDomain::StatusType MeshAdapter::getStatus() const
2115    {
2116        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2117        return mesh->getStatus();
2118    }
2119    
2120    int MeshAdapter::getApproximationOrder(const int functionSpaceCode) const
2121    {
2122        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2123        int order =-1;
2124        switch(functionSpaceCode) {
2125            case Nodes:
2126            case DegreesOfFreedom:
2127                order=mesh->approximationOrder;
2128                break;
2129            case ReducedNodes:
2130            case ReducedDegreesOfFreedom:
2131                order=mesh->reducedApproximationOrder;
2132                break;
2133            case Elements:
2134            case FaceElements:
2135            case Points:
2136            case ContactElementsZero:
2137            case ContactElementsOne:
2138                order=mesh->integrationOrder;
2139                break;
2140            case ReducedElements:
2141            case ReducedFaceElements:
2142            case ReducedContactElementsZero:
2143            case ReducedContactElementsOne:
2144                order=mesh->reducedIntegrationOrder;
2145                break;
2146            default:
2147                stringstream temp;
2148                temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
2149                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2150        }
2151        return order;
2152    }
2153    
2154    bool MeshAdapter::supportsContactElements() const
2155    {
2156        return true;
2157    }
2158    
2159    escript::Data MeshAdapter::randomFill(const escript::DataTypes::ShapeType& shape,
2160           const escript::FunctionSpace& what, long seed, const bp::tuple& filter) const
2161    {
2162        escript::Data towipe(0, shape, what, true);
2163        // since we just made this object, no sharing is possible and we don't need to check for
2164        // exlusive write
2165        escript::DataTypes::ValueType& dv=towipe.getExpandedVectorReference();
2166        const size_t dvsize=dv.size();
2167        esysUtils::randomFillArray(seed, &(dv[0]), dvsize);
2168        return towipe;  
2169    }
2170    
2171    
2172    void MeshAdapter::addDiracPoints(const vector<double>& points,
2173                                     const vector<int>& tags) const
2174    {
2175        // points will be flattened
2176        const int dim = getDim();
2177        int numPoints=points.size()/dim;
2178        int numTags=tags.size();
2179        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2180    
2181        if ( points.size() % dim != 0 ) {
2182            throw FinleyAdapterException("Error - number of coords does not appear to be a multiple of dimension.");
2183        }
2184    
2185        if (numPoints != numTags)
2186        {
2187        throw FinleyAdapterException("Error - number of diractags must match number of diracpoints.");
2188        }
2189    
2190        if (numPoints > 0) {
2191            mesh->addPoints(numPoints, &points[0], &tags[0]);
2192            checkFinleyError();
2193        }
2194  }  }
2195    
2196    // void MeshAdapter::addDiracPoints(const bp::list& points, const bp::list& tags) const
2197    // {
2198    //       const int dim = getDim();
2199    //       int numPoints=bp::extract<int>(points.attr("__len__")());
2200    //       int numTags=bp::extract<int>(tags.attr("__len__")());
2201    //       Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2202    //
2203    //       if  ( (numTags > 0) && ( numPoints !=  numTags ) )
2204    //       throw FinleyAdapterException("Error - if tags are given number of tags and points must match.");
2205    //
2206    //       double* points_ptr=TMPMEMALLOC(numPoints * dim, double);
2207    //       int*    tags_ptr= TMPMEMALLOC(numPoints, int);
2208    //
2209    //       for (int i=0;i<numPoints;++i) {
2210    //         int tag_id=-1;
2211    //         int numComps=bp::extract<int>(points[i].attr("__len__")());
2212    //         if  ( numComps !=   dim ) {
2213    //                stringstream temp;
2214    //                temp << "Error - illegal number of components " << numComps << " for point " << i;
2215    //                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2216    //         }
2217    //         points_ptr[ i * dim     ] = bp::extract<double>(points[i][0]);
2218    //         if ( dim > 1 ) points_ptr[ i * dim + 1 ] = bp::extract<double>(points[i][1]);
2219    //         if ( dim > 2 ) points_ptr[ i * dim + 2 ] = bp::extract<double>(points[i][2]);
2220    //
2221    //         if ( numTags > 0) {
2222    //                bp::extract<string> ex_str(tags[i]);
2223    //                if  ( ex_str.check() ) {
2224    //                    tag_id=getTag( ex_str());
2225    //                } else {
2226    //                     bp::extract<int> ex_int(tags[i]);
2227    //                     if ( ex_int.check() ) {
2228    //                         tag_id=ex_int();
2229    //                     } else {
2230    //                          stringstream temp;
2231    //                          temp << "Error - unable to extract tag for point " << i;
2232    //                          throw FinleyAdapterException(temp.str());
2233    //                    }
2234    //                }
2235    //         }
2236    //            tags_ptr[i]=tag_id;
2237    //       }
2238    //
2239    //       Finley_Mesh_addPoints(mesh, numPoints, points_ptr, tags_ptr);
2240    //       checkPasoError();
2241    //
2242    //       TMPMEMFREE(points_ptr);
2243    //       TMPMEMFREE(tags_ptr);
2244    // }
2245    
2246    /*
2247    void MeshAdapter:: addDiracPoint( const bp::list& point, const int tag) const
2248    {
2249        bp::list points =  bp::list();
2250        bp::list tags =  bp::list();
2251        points.append(point);
2252        tags.append(tag);
2253        addDiracPoints(points, tags);
2254    }
2255    */
2256    
2257    /*
2258    void MeshAdapter:: addDiracPointWithTagName( const bp::list& point, const string& tag) const
2259    {
2260        bp::list points =   bp::list();
2261        bp::list tags =   bp::list();
2262        points.append(point);
2263        tags.append(tag);
2264        addDiracPoints(points, tags);
2265    }
2266    */
2267  }  // end of namespace  }  // end of namespace
2268    

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