/[escript]/branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1064 by gross, Tue Mar 27 06:21:02 2007 UTC revision 1339 by ksteube, Wed Nov 7 01:53:12 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
 // $Id$  
 /*  
  ******************************************************************************  
  *                                                                            *  
  *       COPYRIGHT  ACcESS 2004 -  All Rights Reserved                        *  
  *                                                                            *  
  * This software is the property of ACcESS. No part of this code              *  
  * may be copied in any form or by any means without the expressed written    *  
  * consent of ACcESS.  Copying, use or modification of this software          *  
  * by any unauthorised person is illegal unless that person has a software    *  
  * license agreement with ACcESS.                                             *  
  *                                                                            *  
  ******************************************************************************  
 */  
1    
2  #ifdef PASO_MPI  /* $Id$ */
3  #include <mpi.h>  
4  #endif  /*******************************************************
5  #include "MeshAdapter.h"   *
6     *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16    #include "MeshAdapter.h"
17  #include "escript/Data.h"  #include "escript/Data.h"
18  #include "escript/DataFactory.h"  #include "escript/DataFactory.h"
19    extern "C" {
20    #include "escript/blocktimer.h"
21    }
22    #include <vector>
23    
24  using namespace std;  using namespace std;
25  using namespace escript;  using namespace escript;
# Line 47  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* fi Line 47  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* fi
47  {  {
48    setFunctionSpaceTypeNames();    setFunctionSpaceTypeNames();
49    //    //
50    // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_dealloc deletes the pointer    // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_free deletes the pointer
51    // for us.    // for us.
52    m_finleyMesh.reset(finleyMesh,null_deleter());    m_finleyMesh.reset(finleyMesh,null_deleter());
53  }  }
# Line 66  MeshAdapter::~MeshAdapter() Line 66  MeshAdapter::~MeshAdapter()
66    // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of.    // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of.
67    //  cout << "In MeshAdapter destructor." << endl;    //  cout << "In MeshAdapter destructor." << endl;
68    if (m_finleyMesh.unique()) {    if (m_finleyMesh.unique()) {
69      //   cout << "Calling dealloc." << endl;      Finley_Mesh_free(m_finleyMesh.get());
     Finley_Mesh_dealloc(m_finleyMesh.get());  
     //   cout << "Finished dealloc." << endl;  
70    }    }
71  }  }
72    
73    int MeshAdapter::getMPISize() const
74    {
75       return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->size;
76    }
77    int MeshAdapter::getMPIRank() const
78    {
79       return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank;
80    }
81    
82    
83  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const {  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const {
84     return m_finleyMesh.get();     return m_finleyMesh.get();
85  }  }
# Line 85  void MeshAdapter::write(const std::strin Line 93  void MeshAdapter::write(const std::strin
93    TMPMEMFREE(fName);    TMPMEMFREE(fName);
94  }  }
95    
96    void MeshAdapter::Print_Mesh_Info(const bool full=false) const
97    {
98      Finley_PrintMesh_Info(m_finleyMesh.get(), full);
99    }
100    
101    void MeshAdapter::dump(const std::string& fileName) const
102    {
103      char *fName = (fileName.size()+1>0) ? TMPMEMALLOC(fileName.size()+1,char) : (char*)NULL;
104      strcpy(fName,fileName.c_str());
105      Finley_Mesh_dump(m_finleyMesh.get(),fName);
106      checkFinleyError();
107      TMPMEMFREE(fName);
108    }
109    
110  string MeshAdapter::getDescription() const  string MeshAdapter::getDescription() const
111  {  {
112    return "FinleyMesh";    return "FinleyMesh";
# Line 220  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape( Line 242  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(
242     switch (functionSpaceCode) {     switch (functionSpaceCode) {
243        case(Nodes):        case(Nodes):
244             numDataPointsPerSample=1;             numDataPointsPerSample=1;
245             if (mesh->Nodes!=NULL) numSamples=mesh->Nodes->numNodes;             numSamples=Finley_NodeFile_getNumNodes(mesh->Nodes);
246             break;             break;
247        case(ReducedNodes):        case(ReducedNodes):
            /* TODO: add ReducedNodes */  
248             numDataPointsPerSample=1;             numDataPointsPerSample=1;
249             if (mesh->Nodes!=NULL) numSamples=mesh->Nodes->numNodes;             numSamples=Finley_NodeFile_getNumReducedNodes(mesh->Nodes);
            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes is not supported yet.");  
250             break;             break;
251        case(Elements):        case(Elements):
252             if (mesh->Elements!=NULL) {             if (mesh->Elements!=NULL) {
# Line 285  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape( Line 305  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(
305        case(DegreesOfFreedom):        case(DegreesOfFreedom):
306             if (mesh->Nodes!=NULL) {             if (mesh->Nodes!=NULL) {
307               numDataPointsPerSample=1;               numDataPointsPerSample=1;
308  #ifndef PASO_MPI               numSamples=Finley_NodeFile_getNumDegreesOfFreedom(mesh->Nodes);
              numSamples=mesh->Nodes->numDegreesOfFreedom;  
 #else  
              numSamples=mesh->Nodes->degreeOfFreedomDistribution->numLocal;  
 #endif  
309             }             }
310             break;             break;
311        case(ReducedDegreesOfFreedom):        case(ReducedDegreesOfFreedom):
312             if (mesh->Nodes!=NULL) {             if (mesh->Nodes!=NULL) {
313               numDataPointsPerSample=1;               numDataPointsPerSample=1;
314  #ifndef PASO_MPI               numSamples=Finley_NodeFile_getNumReducedDegreesOfFreedom(mesh->Nodes);
              numSamples=mesh->Nodes->reducedNumDegreesOfFreedom;  
 #else  
              numSamples=mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution->numLocal;  
 #endif  
315             }             }
316             break;             break;
317        default:        default:
# Line 344  void MeshAdapter::addPDEToSystem( Line 356  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
356     checkFinleyError();     checkFinleyError();
357  }  }
358    
359    void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(
360                         escript::Data& mat,
361                         const escript::Data& D,
362                         const escript::Data& d) const
363    {
364       escriptDataC _mat=mat.getDataC();
365       escriptDataC _D=D.getDataC();
366       escriptDataC _d=d.getDataC();
367    
368       Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
369    
370       Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_mat, &_D);
371       Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_mat, &_d);
372    
373       checkFinleyError();
374    }
375    
376    
377  //  //
378  // adds linear PDE of second order into the right hand side only  // adds linear PDE of second order into the right hand side only
379  //  //
# Line 454  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 484  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
484       case(Elements):       case(Elements):
485          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {
486             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
487            } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
488               Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
489          } else {          } else {
490             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");
491          }          }
# Line 468  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 500  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
500       case(FaceElements):       case(FaceElements):
501          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {
502             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
503            } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
504               Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
505          } else {          } else {
506             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");
507         }         }
# Line 490  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 524  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
524       case(ContactElementsOne):       case(ContactElementsOne):
525          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {
526             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
527            } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
528               Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
529          } else {          } else {
530             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");
531             break;             break;
# Line 508  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 544  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
544          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
545             case(ReducedDegreesOfFreedom):             case(ReducedDegreesOfFreedom):
546             case(DegreesOfFreedom):             case(DegreesOfFreedom):
            case(Nodes):  
            case(ReducedNodes):  
547                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
548                break;                break;
549  #ifndef PASO_MPI  
550             case(Elements):             case(Nodes):
551             case(ReducedElements):             case(ReducedNodes):
552                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                if (getMPISize()>1) {
553                break;                    escript::Data temp=escript::Data(in);
554             case(FaceElements):                    temp.expand();
555             case(ReducedFaceElements):                    escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
556                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                    Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);
557                break;                } else {
558             case(Points):                    Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
559                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);                }
560                break;                break;
            case(ContactElementsZero):  
            case(ContactElementsOne):  
            case(ReducedContactElementsZero):  
            case(ReducedContactElementsOne):  
               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
              break;  
 #else  
            /* need to copy Degrees of freedom data to nodal data so that the external values are available */  
561             case(Elements):             case(Elements):
562             case(ReducedElements):             case(ReducedElements):
563                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                if (getMPISize()>1) {
564                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
565                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
566                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);
567                  } else {
568                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
569                  }
570                break;                break;
571             case(FaceElements):             case(FaceElements):
572             case(ReducedFaceElements):             case(ReducedFaceElements):
573                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                if (getMPISize()>1) {
574                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
575                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
576                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);
577    
578                  } else {
579                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
580                  }
581                break;                break;
582             case(Points):             case(Points):
583                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                if (getMPISize()>1) {
584                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
585                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
586                  } else {
587                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
588                  }
589                break;                break;
590             case(ContactElementsZero):             case(ContactElementsZero):
591             case(ContactElementsOne):             case(ContactElementsOne):
592             case(ReducedContactElementsZero):             case(ReducedContactElementsZero):
593             case(ReducedContactElementsOne):             case(ReducedContactElementsOne):
594                escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                if (getMPISize()>1) {
595                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
596                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
597                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);
598                  } else {
599                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
600                  }
601               break;               break;
 #endif  
602             default:             default:
603               stringstream temp;               stringstream temp;
604               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
# Line 567  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 612  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
612               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");
613               break;               break;
614            case(ReducedNodes):            case(ReducedNodes):
615               Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                if (getMPISize()>1) {
616               break;                    escript::Data temp=escript::Data(in);
617                      temp.expand();
618                      escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
619                      Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);
620                  } else {
621                      Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
622                  }
623                  break;
624            case(DegreesOfFreedom):            case(DegreesOfFreedom):
625               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");
626               break;               break;
# Line 577  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 629  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
629               break;               break;
630            case(Elements):            case(Elements):
631            case(ReducedElements):            case(ReducedElements):
632               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                if (getMPISize()>1) {
633                     escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
634                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
635                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);
636                  } else {
637                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
638                 }
639               break;               break;
640            case(FaceElements):            case(FaceElements):
641            case(ReducedFaceElements):            case(ReducedFaceElements):
642               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                if (getMPISize()>1) {
643                     escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
644                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
645                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);
646                  } else {
647                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
648                  }
649               break;               break;
650            case(Points):            case(Points):
651               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);                if (getMPISize()>1) {
652                     escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
653                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
654                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in2,&_target);
655                  } else {
656                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
657                 }
658               break;               break;
659            case(ContactElementsZero):            case(ContactElementsZero):
660            case(ContactElementsOne):            case(ContactElementsOne):
661            case(ReducedContactElementsZero):            case(ReducedContactElementsZero):
662            case(ReducedContactElementsOne):            case(ReducedContactElementsOne):
663               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                if (getMPISize()>1) {
664                     escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
665                     escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
666                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);
667                  } else {
668                     Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
669                 }
670               break;               break;
671            default:            default:
672               stringstream temp;               stringstream temp;
# Line 707  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve Line 783  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve
783    if (argDomain!=*this)    if (argDomain!=*this)
784       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");
785    
786      double blocktimer_start = blocktimer_time();
787    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
788      escriptDataC _temp;
789      escript::Data temp;
790    escriptDataC _arg=arg.getDataC();    escriptDataC _arg=arg.getDataC();
791    switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
792       case(Nodes):       case(Nodes):
793          /* TODO */          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );
794          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on nodes is not supported.");          _temp=temp.getDataC();
795            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);
796          break;          break;
797       case(ReducedNodes):       case(ReducedNodes):
798          /* TODO */          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );
799          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on reduced nodes is not supported.");          _temp=temp.getDataC();
800            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);
801          break;          break;
802       case(Elements):       case(Elements):
803          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);
# Line 746  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve Line 827  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve
827          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);
828          break;          break;
829       case(DegreesOfFreedom):       case(DegreesOfFreedom):
830          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on degrees of freedom is not supported.");          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );
831            _temp=temp.getDataC();
832            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);
833          break;          break;
834       case(ReducedDegreesOfFreedom):       case(ReducedDegreesOfFreedom):
835          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on reduced degrees of freedom is not supported.");          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );
836            _temp=temp.getDataC();
837            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);
838          break;          break;
839       default:       default:
840          stringstream temp;          stringstream temp;
# Line 758  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve Line 843  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve
843          break;          break;
844    }    }
845    checkFinleyError();    checkFinleyError();
846      blocktimer_increment("integrate()", blocktimer_start);
847  }  }
848    
849  //  //
# Line 775  void MeshAdapter::setToGradient(escript: Line 861  void MeshAdapter::setToGradient(escript:
861    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
862    escriptDataC _grad=grad.getDataC();    escriptDataC _grad=grad.getDataC();
863    escriptDataC nodeDataC;    escriptDataC nodeDataC;
864  #ifdef PASO_MPI    escript::Data temp;
865    escript::Data nodeTemp( arg, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );    if (getMPISize()>1) {
866    if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() != Nodes )        if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == DegreesOfFreedom ) {
867    {          temp=escript::Data( arg,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
868      Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(nodeTemp.getDataC()),&(arg.getDataC()));          nodeDataC = temp.getDataC();
869      nodeDataC = nodeTemp.getDataC();        } else if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom ) {
870            temp=escript::Data( arg,  reducedContinuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
871            nodeDataC = temp.getDataC();
872          } else {
873            nodeDataC = arg.getDataC();
874          }
875      } else {
876         nodeDataC = arg.getDataC();
877    }    }
   else  
     nodeDataC = arg.getDataC();  
 #else  
   nodeDataC = arg.getDataC();  
 #endif  
878    switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
879         case(Nodes):         case(Nodes):
880            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");
# Line 917  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri Line 1005  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri
1005    escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;    escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;
1006    escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;    escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;
1007    
1008      boost::python::list keys=arg.keys();    boost::python::list keys=arg.keys();
1009      for (int i=0;i<num_data;++i) {    for (int i=0;i<num_data;++i) {
1010             std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);
1011           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);
1012           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)
1013               throw FinleyAdapterException("Error  in saveDX: Data must be defined on same Domain");               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");
1014           data[i]=d.getDataC();           data[i]=d.getDataC();
1015           ptr_data[i]=&(data[i]);           ptr_data[i]=&(data[i]);
          std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);  
1016           c_names[i]=&(names[i][0]);           c_names[i]=&(names[i][0]);
1017           if (n.length()>MAX_namelength-1) {           if (n.length()>MAX_namelength-1) {
1018              strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);              strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);
# Line 967  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 1055  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
1055    
1056      boost::python::list keys=arg.keys();      boost::python::list keys=arg.keys();
1057      for (int i=0;i<num_data;++i) {      for (int i=0;i<num_data;++i) {
1058             std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);
1059           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);
1060           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)
1061               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");
1062           data[i]=d.getDataC();           data[i]=d.getDataC();
1063           ptr_data[i]=&(data[i]);           ptr_data[i]=&(data[i]);
          std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);  
1064           c_names[i]=&(names[i][0]);           c_names[i]=&(names[i][0]);
1065           if (n.length()>MAX_namelength-1) {           if (n.length()>MAX_namelength-1) {
1066              strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);              strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);
# Line 981  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 1069  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
1069              strcpy(c_names[i],n.c_str());              strcpy(c_names[i],n.c_str());
1070           }           }
1071      }      }
 #ifndef PASO_MPI      
1072      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
 #else  
     Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);  
 #endif  
1073    
1074  checkFinleyError();    checkFinleyError();
1075    /* win32 refactor */    /* win32 refactor */
1076    TMPMEMFREE(c_names);    TMPMEMFREE(c_names);
1077    TMPMEMFREE(data);    TMPMEMFREE(data);
# Line 1038  SystemMatrixAdapter MeshAdapter::newSyst Line 1122  SystemMatrixAdapter MeshAdapter::newSyst
1122            
1123      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(getFinley_Mesh(),reduceRowOrder,reduceColOrder);      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(getFinley_Mesh(),reduceRowOrder,reduceColOrder);
1124      checkFinleyError();      checkFinleyError();
1125      Paso_SystemMatrix* fsystemMatrix=Paso_SystemMatrix_alloc(type,fsystemMatrixPattern,row_blocksize,column_blocksize);      Paso_SystemMatrix* fsystemMatrix;
1126        int trilinos = 0;
1127        if (trilinos) {
1128    #ifdef TRILINOS
1129          /* Allocation Epetra_VrbMatrix here */
1130    #endif
1131        }
1132        else {
1133          fsystemMatrix=Paso_SystemMatrix_alloc(type,fsystemMatrixPattern,row_blocksize,column_blocksize);
1134        }
1135      checkPasoError();      checkPasoError();
1136      Paso_SystemMatrixPattern_dealloc(fsystemMatrixPattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);
1137      return SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix,row_blocksize,row_functionspace,column_blocksize,column_functionspace);      return SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix,row_blocksize,row_functionspace,column_blocksize,column_functionspace);
1138  }  }
1139    
# Line 1131  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1224  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1224       case(Elements):       case(Elements):
1225          if (functionSpaceType_target==Elements) {          if (functionSpaceType_target==Elements) {
1226             return true;             return true;
1227            } else if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1228               return true;
1229          } else {          } else {
1230             return false;             return false;
1231          }          }
# Line 1143  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1238  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1238       case(FaceElements):       case(FaceElements):
1239          if (functionSpaceType_target==FaceElements) {          if (functionSpaceType_target==FaceElements) {
1240             return true;             return true;
1241            } else if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1242               return true;
1243          } else {          } else {
1244             return false;             return false;
1245          }          }
# Line 1162  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1259  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1259       case(ContactElementsOne):       case(ContactElementsOne):
1260          if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {          if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {
1261             return true;             return true;
1262            } else if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1263               return true;
1264          } else {          } else {
1265             return false;             return false;
1266          }          }
# Line 1275  int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceI Line 1374  int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceI
1374    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1375    switch (functionSpaceType) {    switch (functionSpaceType) {
1376      case(Nodes):      case(Nodes):
1377        if (mesh->Nodes!=NULL) {        out=mesh->Nodes->Id;
1378          out=mesh->Nodes->Id;        break;
         break;  
       }  
1379      case(ReducedNodes):      case(ReducedNodes):
1380        throw FinleyAdapterException("Error -  ReducedNodes not supported yet.");        out=mesh->Nodes->reducedNodesId;
1381        break;        break;
1382      case(Elements):      case(Elements):
1383        out=mesh->FaceElements->Id;        out=mesh->Elements->Id;
1384        break;        break;
1385      case(ReducedElements):      case(ReducedElements):
1386        out=mesh->Elements->Id;        out=mesh->Elements->Id;
# Line 1310  int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceI Line 1407  int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceI
1407        out=mesh->ContactElements->Id;        out=mesh->ContactElements->Id;
1408        break;        break;
1409      case(DegreesOfFreedom):      case(DegreesOfFreedom):
1410        out=mesh->Nodes->degreeOfFreedomId;        out=mesh->Nodes->degreesOfFreedomId;
1411        break;        break;
1412      case(ReducedDegreesOfFreedom):      case(ReducedDegreesOfFreedom):
1413        out=mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedomId;        out=mesh->Nodes->reducedDegreesOfFreedomId;
1414        break;        break;
1415      default:      default:
1416        stringstream temp;        stringstream temp;

Legend:
Removed from v.1064  
changed lines
  Added in v.1339

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26