/[escript]/branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3259 by jfenwick, Mon Oct 11 01:48:14 2010 UTC revision 3379 by gross, Wed Nov 24 04:48:49 2010 UTC
# Line 18  Line 18 
18  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
19  #include <netcdfcpp.h>  #include <netcdfcpp.h>
20  #endif  #endif
 #ifdef ESYS_MPI  
 #include <mpi.h>  
 #include "esysUtils/Esys_MPI.h"  
 #endif  
21  extern "C" {  extern "C" {
22  #include "esysUtils/blocktimer.h"  #include "esysUtils/blocktimer.h"
23  }  }
24    
25    #include <boost/python/import.hpp>
26    
27  using namespace std;  using namespace std;
28  using namespace escript;  using namespace escript;
29    
# Line 770  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape( Line 768  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(
768  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right hand side:  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right hand side:
769  //  //
770  void MeshAdapter::addPDEToSystem(  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
771                                   SystemMatrixAdapter& mat, escript::Data& rhs,                                   AbstractSystemMatrix& mat, escript::Data& rhs,
772                                   const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,                                   const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,
773                                   const escript::Data& d, const escript::Data& y,                                   const escript::Data& d, const escript::Data& y,
774                                   const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const                                   const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const
775  {  {
776       SystemMatrixAdapter* smat=dynamic_cast<SystemMatrixAdapter*>(&mat);
777       if (smat==0)
778       {
779        throw FinleyAdapterException("finley only supports its own system matrices.");
780       }
781     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
782     escriptDataC _A  =A.getDataC();     escriptDataC _A  =A.getDataC();
783     escriptDataC _B=B.getDataC();     escriptDataC _B=B.getDataC();
# Line 789  void MeshAdapter::addPDEToSystem( Line 792  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
792    
793     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
794    
795     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,smat->getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );
796     checkFinleyError();     checkFinleyError();
797    
798     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, smat->getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );
799     checkFinleyError();     checkFinleyError();
800    
801     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, smat->getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );
802     checkFinleyError();     checkFinleyError();
803  }  }
804    
805  void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(  void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(
806                                          escript::Data& mat,                                          escript::Data& mat,
807                                          const escript::Data& D,                                          const escript::Data& D,
808                                          const escript::Data& d) const                                          const escript::Data& d,
809                                            const bool useHRZ) const
810  {  {
811     escriptDataC _mat=mat.getDataC();     escriptDataC _mat=mat.getDataC();
812     escriptDataC _D=D.getDataC();     escriptDataC _D=D.getDataC();
# Line 810  void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem( Line 814  void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(
814    
815     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
816    
817     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_mat, &_D);     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_mat, &_D, useHRZ);
818     checkFinleyError();     checkFinleyError();
819        
820     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_mat, &_d);     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_mat, &_d, useHRZ);
821     checkFinleyError();     checkFinleyError();
822    
823  }  }
# Line 845  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript:: Line 849  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::
849  // adds PDE of second order into a transport problem  // adds PDE of second order into a transport problem
850  //  //
851  void MeshAdapter::addPDEToTransportProblem(  void MeshAdapter::addPDEToTransportProblem(
852                                             TransportProblemAdapter& tp, escript::Data& source, const escript::Data& M,                                             AbstractTransportProblem& tp, escript::Data& source, const escript::Data& M,
853                                             const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,                                             const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,
854                                             const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,                                             const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,
855                                             const escript::Data& d, const escript::Data& y,                                             const escript::Data& d, const escript::Data& y,
856                                             const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const                                             const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const
857  {  {
858       TransportProblemAdapter* tpa=dynamic_cast<TransportProblemAdapter*>(&tp);
859       if (tpa==0)
860       {
861        throw FinleyAdapterException("finley only supports its own transport problems.");
862       }
863    
864    
865     DataTypes::ShapeType shape;     DataTypes::ShapeType shape;
866     source.expand();     source.expand();
867     escriptDataC _source=source.getDataC();     escriptDataC _source=source.getDataC();
# Line 867  void MeshAdapter::addPDEToTransportProbl Line 878  void MeshAdapter::addPDEToTransportProbl
878     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
879    
880     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
881     Paso_TransportProblem* _tp = tp.getPaso_TransportProblem();     Paso_TransportProblem* _tp = tpa->getPaso_TransportProblem();
882    
883     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,_tp->mass_matrix, &_source, 0, 0, 0, &_M, 0, 0 );     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,_tp->mass_matrix, &_source, 0, 0, 0, &_M, 0, 0 );
884     checkFinleyError();     checkFinleyError();
# Line 1538  void MeshAdapter::saveDX(const string& f Line 1549  void MeshAdapter::saveDX(const string& f
1549  //  //
1550  void MeshAdapter::saveVTK(const string& filename,const boost::python::dict& arg,  const string& metadata, const string& metadata_schema) const  void MeshAdapter::saveVTK(const string& filename,const boost::python::dict& arg,  const string& metadata, const string& metadata_schema) const
1551  {  {
1552     int num_data;      boost::python::object pySaveVTK = boost::python::import("esys.weipa").attr("_saveVTK");
1553     char **names;      pySaveVTK(filename, const_cast<MeshAdapter*>(this)->getPtr(),
1554     escriptDataC *data;                metadata, metadata_schema, arg);
    escriptDataC **ptr_data;  
   
    extractArgsFromDict(arg, num_data, names, data, ptr_data);  
    Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(), m_finleyMesh.get(), num_data, names, ptr_data, metadata.c_str(), metadata_schema.c_str());  
    checkFinleyError();  
   
    /* win32 refactor */  
    TMPMEMFREE(data);  
    TMPMEMFREE(ptr_data);  
    for(int i=0; i<num_data; i++)  
    {  
       TMPMEMFREE(names[i]);  
    }  
    TMPMEMFREE(names);  
1555  }  }
1556    
1557  bool MeshAdapter::ownSample(int fs_code, index_t id) const  bool MeshAdapter::ownSample(int fs_code, index_t id) const

Legend:
Removed from v.3259  
changed lines
  Added in v.3379

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26