/[escript]/branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp
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Diff of /branches/diaplayground/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp

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trunk/esys2/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp revision 153 by jgs, Tue Oct 25 01:51:20 2005 UTC trunk/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp revision 798 by gross, Fri Aug 4 01:05:36 2006 UTC
# Line 12  Line 12 
12   *                                                                            *   *                                                                            *
13   ******************************************************************************   ******************************************************************************
14  */  */
 extern "C" {  
 #include "finley/finleyC/Finley.h"  
 #include "finley/finleyC/Assemble.h"  
 #include "finley/finleyC/Mesh.h"  
 #include "finley/finleyC/Finley.h"  
 #include "paso/SystemMatrix.h"  
 }  
 #include "finley/CPPAdapter/SystemMatrixAdapter.h"  
 #include "finley/CPPAdapter/MeshAdapter.h"  
 #include "finley/CPPAdapter/FinleyError.h"  
 #include "finley/CPPAdapter/FinleyAdapterException.h"  
 #include "escript/Data/FunctionSpaceFactory.h"  
 #include "escript/Data/Data.h"  
 #include "escript/Data/DataArrayView.h"  
 #include "escript/Data/FunctionSpace.h"  
 #include "escript/Data/DataFactory.h"  
 #include <boost/python/extract.hpp>  
15    
16  #include <iostream>  #include "MeshAdapter.h"
17  #include <sstream>  
18    #include "escript/Data.h"
19    #include "escript/DataFactory.h"
20    
21  using namespace std;  using namespace std;
22  using namespace escript;  using namespace escript;
# Line 85  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh Line 70  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh
70    
71  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const
72  {  {
73    char fName[fileName.size()+1];    char *fName = (fileName.size()+1>0) ? TMPMEMALLOC(fileName.size()+1,char) : (char*)NULL;
74    strcpy(fName,fileName.c_str());    strcpy(fName,fileName.c_str());
75    Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);    Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);
76    checkFinleyError();    checkFinleyError();
77      TMPMEMFREE(fName);
78  }  }
79    
 // void MeshAdapter::getTagList(int functionSpaceType,  
 //                  int* numTags) const  
 // {  
 //   Finley_Mesh_tagList(m_finleyMesh.get(),functionSpaceType,tagList,numTags);  
 //   return;  
 // }  
   
80  string MeshAdapter::getDescription() const  string MeshAdapter::getDescription() const
81  {  {
82    return "FinleyMesh";    return "FinleyMesh";
# Line 182  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo Line 161  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo
161  }  }
162    
163  //  //
 // returns a pointer to the tag list of samples of functionSpaceType  
 //  
 void MeshAdapter::getTagList(int functionSpaceType, int** tagList,  
                  int* numTags) const  
 {  
   *tagList=NULL;  
   *numTags=0;  
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   switch (functionSpaceType) {  
   case(Nodes):  
     if (mesh->Nodes!=NULL) {  
       *tagList=mesh->Nodes->Tag;  
       *numTags=mesh->Nodes->numNodes;  
     }  
     break;  
   case(Elements):  
     if (mesh->Elements!=NULL) {  
       *tagList=mesh->Elements->Tag;  
       *numTags=mesh->Elements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(FaceElements):  
     if (mesh->FaceElements!=NULL) {  
       *tagList=mesh->FaceElements->Tag;  
       *numTags=mesh->FaceElements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(Points):  
     if (mesh->Points!=NULL) {  
       *tagList=mesh->Points->Tag;  
       *numTags=mesh->Points->numElements;  
     }  
     break;  
   case(ContactElementsZero):  
     if (mesh->ContactElements!=NULL) {  
       *tagList=mesh->ContactElements->Tag;  
       *numTags=mesh->ContactElements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(ContactElementsOne):  
     if (mesh->ContactElements!=NULL) {  
       *tagList=mesh->ContactElements->Tag;  
       *numTags=mesh->ContactElements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(DegreesOfFreedom):  
     if (mesh->Nodes!=NULL) {  
       *tagList=NULL;  
       *numTags=0;  
     }  
     break;  
   case(ReducedDegreesOfFreedom):  
     if (mesh->Nodes!=NULL) {  
       *tagList=NULL;  
       *numTags=0;  
     }  
     break;  
   default:  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
     throw FinleyAdapterException(temp.str());  
     break;  
   }  
   if (*tagList==NULL) {  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - no tags available for " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
     throw FinleyAdapterException(temp.str());  
   }  
   return;  
 }  
   
 //  
 // returns a pointer to the reference no list of samples of functionSpaceType  
 //  
 void MeshAdapter::getReferenceNoList(int functionSpaceType, int** referenceNoList,  
                  int* numReferenceNo) const  
 {  
   *referenceNoList=NULL;  
   *numReferenceNo=0;  
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   switch (functionSpaceType) {  
   case(Nodes):  
     if (mesh->Nodes!=NULL) {  
       *referenceNoList=mesh->Nodes->Id;  
       *numReferenceNo=mesh->Nodes->numNodes;  
     }  
     break;  
   case(Elements):  
     if (mesh->Elements!=NULL) {  
       *referenceNoList=mesh->Elements->Id;  
       *numReferenceNo=mesh->Elements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(FaceElements):  
     if (mesh->FaceElements!=NULL) {  
       *referenceNoList=mesh->FaceElements->Id;  
       *numReferenceNo=mesh->FaceElements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(Points):  
     if (mesh->Points!=NULL) {  
       *referenceNoList=mesh->Points->Id;  
       *numReferenceNo=mesh->Points->numElements;  
     }  
     break;  
   case(ContactElementsZero):  
     if (mesh->ContactElements!=NULL) {  
       *referenceNoList=mesh->ContactElements->Id;  
       *numReferenceNo=mesh->ContactElements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(ContactElementsOne):  
     if (mesh->ContactElements!=NULL) {  
       *referenceNoList=mesh->ContactElements->Id;  
       *numReferenceNo=mesh->ContactElements->numElements;  
     }  
     break;  
   case(DegreesOfFreedom):  
     if (mesh->Nodes!=NULL) {  
       *referenceNoList=NULL;  
       *numReferenceNo=0;  
     }  
     break;  
   case(ReducedDegreesOfFreedom):  
     if (mesh->Nodes!=NULL) {  
       *referenceNoList=NULL;  
       *numReferenceNo=0;  
     }  
     break;  
   default:  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
     throw FinleyAdapterException(temp.str());  
     break;  
   }  
   if (*referenceNoList==NULL) {  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - reference number list available for " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
     throw FinleyAdapterException(temp.str());  
   }  
   return;  
 }  
   
 //  
164  // return the spatial dimension of the Mesh:  // return the spatial dimension of the Mesh:
165  //  //
166  int MeshAdapter::getDim() const  int MeshAdapter::getDim() const
# Line 382  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape( Line 217  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(
217        case(DegreesOfFreedom):        case(DegreesOfFreedom):
218             if (mesh->Nodes!=NULL) {             if (mesh->Nodes!=NULL) {
219               numDataPointsPerSample=1;               numDataPointsPerSample=1;
220    #ifndef PASO_MPI
221               numSamples=mesh->Nodes->numDegreesOfFreedom;               numSamples=mesh->Nodes->numDegreesOfFreedom;
222    #else
223                 numSamples=mesh->Nodes->degreeOfFreedomDistribution->numLocal;
224    #endif
225             }             }
226             break;             break;
227        case(ReducedDegreesOfFreedom):        case(ReducedDegreesOfFreedom):
228             if (mesh->Nodes!=NULL) {             if (mesh->Nodes!=NULL) {
229               numDataPointsPerSample=1;               numDataPointsPerSample=1;
230    #ifndef PASO_MPI
231               numSamples=mesh->Nodes->reducedNumDegreesOfFreedom;               numSamples=mesh->Nodes->reducedNumDegreesOfFreedom;
232    #else
233                 numSamples=mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution->numLocal;
234    #endif
235             }             }
236             break;             break;
237        default:        default:
# Line 404  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape( Line 247  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(
247  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right hand side:  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right hand side:
248  //  //
249  void MeshAdapter::addPDEToSystem(  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
250                       SystemMatrixAdapter& mat, Data& rhs,                       SystemMatrixAdapter& mat, escript::Data& rhs,
251                       const Data& A, const Data& B, const Data& C,const  Data& D,const  Data& X,const  Data& Y,                       const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,
252                       const Data& d, const Data& y,                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,
253                       const Data& d_contact,const Data& y_contact) const                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const
254  {  {
255       escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
256       escriptDataC _A  =A.getDataC();
257       escriptDataC _B=B.getDataC();
258       escriptDataC _C=C.getDataC();
259       escriptDataC _D=D.getDataC();
260       escriptDataC _X=X.getDataC();
261       escriptDataC _Y=Y.getDataC();
262       escriptDataC _d=d.getDataC();
263       escriptDataC _y=y.getDataC();
264       escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();
265       escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
266    
267     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
268     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(),&(rhs.getDataC()),  
269                         &(A.getDataC()),&(B.getDataC()),&(C.getDataC()),&(D.getDataC()),&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );
270     checkFinleyError();     checkFinleyError();
271     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,  
272                    mat.getPaso_SystemMatrix(),     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );
                   &(rhs.getDataC()),  
                                   &(d.getDataC()),&(y.getDataC()),  
                                   Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);  
273     checkFinleyError();     checkFinleyError();
274     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,  
275                    mat.getPaso_SystemMatrix(),     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );
                   &(rhs.getDataC()),  
                                   &(d_contact.getDataC()),  
                   &(y_contact.getDataC()),  
                                   Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);  
276     checkFinleyError();     checkFinleyError();
277  }  }
278    
279  //  //
280  // adds linear PDE of second order into the right hand side only  // adds linear PDE of second order into the right hand side only
281  //  //
282  void MeshAdapter::addPDEToRHS( Data& rhs,  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::Data& rhs, const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y, const escript::Data& y, const escript::Data& y_contact) const
                      const  Data& X,const  Data& Y, const Data& y, const Data& y_contact) const  
283  {  {
284     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
285    
286     // Finley_Assemble_PDE_RHS(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(rhs.getDataC()),&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
287     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,0,&(rhs.getDataC()),0,0,0,0,&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     escriptDataC _X=X.getDataC();
288     checkFinleyError();     escriptDataC _Y=Y.getDataC();
289       escriptDataC _y=y.getDataC();
290       escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
291    
292     // Finley_Assemble_RobinCondition_RHS(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(rhs.getDataC()),&(y.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, &_X, &_Y );
293     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,0,&(rhs.getDataC()),0,&(y.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);     checkFinleyError();
294    
295       Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y );
296     checkFinleyError();     checkFinleyError();
297     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,0,&(rhs.getDataC()),0,&(y_contact.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);  
298     // Finley_Assemble_RobinCondition_RHS(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(rhs.getDataC()),&(y_contact.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, 0, &_rhs , 0, 0, 0, 0, 0, &_y_contact );
299     checkFinleyError();     checkFinleyError();
300  }  }
301    
302  //  //
303  // interpolates data between different function spaces:  // interpolates data between different function spaces:
304  //  //
305  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(Data& target,const Data& in) const  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(escript::Data& target,const escript::Data& in) const
306  {  {
307    const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(in.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(in.getFunctionSpace().getDomain());
308    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());
309    if (inDomain!=*this)    if (inDomain!=*this)  
310       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");
311    if (targetDomain!=*this)    if (targetDomain!=*this)
312       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");
313    
314    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
315    switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
# Line 523  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(Da Line 373  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(Da
373             break;             break;
374          }          }
375          break;          break;
376       case(DegreesOfFreedom):       case(DegreesOfFreedom):      
377          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
378             case(ReducedDegreesOfFreedom):             case(ReducedDegreesOfFreedom):
379             case(DegreesOfFreedom):             case(DegreesOfFreedom):
380             case(Nodes):             case(Nodes):
381                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));
382                break;                break;
383    #ifndef PASO_MPI
384             case(Elements):             case(Elements):
385                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));
386                break;                break;
# Line 543  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(Da Line 394  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(Da
394             case(ContactElementsOne):             case(ContactElementsOne):
395                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));
396               break;               break;
397    #else
398               /* need to copy Degrees of freedom data to nodal data so that the external values are available */
399               case(Elements):
400               {
401                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
402                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(nodeTemp.getDataC()),&(target.getDataC()));
403                  break;
404               }
405               case(FaceElements):
406               {
407                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
408                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(nodeTemp.getDataC()),&(target.getDataC()));
409                  break;
410               }
411               case(Points):
412               {
413                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
414                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&(nodeTemp.getDataC()),&(target.getDataC()));
415                  break;
416               }
417               case(ContactElementsZero):
418               case(ContactElementsOne):
419               {
420                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
421                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(nodeTemp.getDataC()),&(target.getDataC()));
422                 break;
423               }
424    #endif
425             default:             default:
426               stringstream temp;               stringstream temp;
427               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
# Line 593  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(Da Line 472  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(Da
472  //  //
473  // copies the locations of sample points into x:  // copies the locations of sample points into x:
474  //  //
475  void MeshAdapter::setToX(Data& arg) const  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& arg) const
476  {  {
477    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());
478    if (argDomain!=*this)    if (argDomain!=*this)
# Line 603  void MeshAdapter::setToX(Data& arg) cons Line 482  void MeshAdapter::setToX(Data& arg) cons
482    if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {    if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {
483       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&(arg.getDataC()));       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&(arg.getDataC()));
484    } else {    } else {
485       Data tmp_data=Vector(0.0,continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()),true);       escript::Data tmp_data=Vector(0.0,continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()),true);
486       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&(tmp_data.getDataC()));       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&(tmp_data.getDataC()));
487       // this is then interpolated onto arg:       // this is then interpolated onto arg:
488       interpolateOnDomain(arg,tmp_data);       interpolateOnDomain(arg,tmp_data);
# Line 614  void MeshAdapter::setToX(Data& arg) cons Line 493  void MeshAdapter::setToX(Data& arg) cons
493  //  //
494  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object:  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object:
495  //  //
496  void MeshAdapter::setToNormal(Data& normal) const  void MeshAdapter::setToNormal(escript::Data& normal) const
497  {  {
498    const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(normal.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(normal.getFunctionSpace().getDomain());
499    if (normalDomain!=*this)    if (normalDomain!=*this)
# Line 655  void MeshAdapter::setToNormal(Data& norm Line 534  void MeshAdapter::setToNormal(Data& norm
534  //  //
535  // interpolates data to other domain:  // interpolates data to other domain:
536  //  //
537  void MeshAdapter::interpolateACross(Data& target,const Data& source) const  void MeshAdapter::interpolateACross(escript::Data& target,const escript::Data& source) const
538  {  {
539    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());
540    if (targetDomain!=*this)    if (targetDomain!=*this)
# Line 667  void MeshAdapter::interpolateACross(Data Line 546  void MeshAdapter::interpolateACross(Data
546  //  //
547  // calculates the integral of a function defined of arg:  // calculates the integral of a function defined of arg:
548  //  //
549  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::vector<double>& integrals,const Data& arg) const  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::vector<double>& integrals,const escript::Data& arg) const
550  {  {
551    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());
552    if (argDomain!=*this)    if (argDomain!=*this)
# Line 711  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve Line 590  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve
590  //  //
591  // calculates the gradient of arg:  // calculates the gradient of arg:
592  //  //
593  void MeshAdapter::setToGradient(Data& grad,const Data& arg) const  void MeshAdapter::setToGradient(escript::Data& grad,const escript::Data& arg) const
594  {  {
595    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());
596    if (argDomain!=*this)    if (argDomain!=*this)
# Line 721  void MeshAdapter::setToGradient(Data& gr Line 600  void MeshAdapter::setToGradient(Data& gr
600       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");
601    
602    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
603      escriptDataC nodeDataC;
604    #ifdef PASO_MPI
605      escript::Data nodeTemp( arg, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
606      if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() != Nodes )
607      {
608        Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(nodeTemp.getDataC()),&(arg.getDataC()));
609        nodeDataC = nodeTemp.getDataC();
610      }
611      else
612        nodeDataC = arg.getDataC();
613    #else
614      nodeDataC = arg.getDataC();
615    #endif
616    switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
617         case(Nodes):         case(Nodes):
618            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");
619            break;            break;
620         case(Elements):         case(Elements):
621            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(grad.getDataC()),&nodeDataC);
622            break;            break;
623         case(FaceElements):         case(FaceElements):
624            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(grad.getDataC()),&nodeDataC);
625            break;            break;
626         case(Points):         case(Points):
627            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");
628            break;            break;
629         case(ContactElementsZero):         case(ContactElementsZero):
630            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(grad.getDataC()),&nodeDataC);
631            break;            break;
632         case(ContactElementsOne):         case(ContactElementsOne):
633            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(grad.getDataC()),&nodeDataC);
634            break;            break;
635         case(DegreesOfFreedom):         case(DegreesOfFreedom):
636            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");
# Line 758  void MeshAdapter::setToGradient(Data& gr Line 650  void MeshAdapter::setToGradient(Data& gr
650  //  //
651  // returns the size of elements:  // returns the size of elements:
652  //  //
653  void MeshAdapter::setToSize(Data& size) const  void MeshAdapter::setToSize(escript::Data& size) const
654  {  {
655    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
656    escriptDataC tmp=size.getDataC();    escriptDataC tmp=size.getDataC();
# Line 795  void MeshAdapter::setToSize(Data& size) Line 687  void MeshAdapter::setToSize(Data& size)
687  }  }
688    
689  // sets the location of nodes:  // sets the location of nodes:
690  void MeshAdapter::setNewX(const Data& new_x)  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)
691  {  {
692    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
693      escriptDataC tmp;
694    const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(new_x.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(new_x.getFunctionSpace().getDomain());
695    if (newDomain!=*this)    if (newDomain!=*this)
696       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");
697    Finley_NodeFile_setCoordinates(mesh->Nodes,&(new_x.getDataC()));    tmp = new_x.getDataC();
698      Finley_Mesh_setCoordinates(mesh,&tmp);
699    checkFinleyError();    checkFinleyError();
700  }  }
701    
# Line 810  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri Line 704  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri
704  {  {
705      int MAX_namelength=256;      int MAX_namelength=256;
706      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());
707      char names[num_data][MAX_namelength];    /* win32 refactor */
708      char* c_names[num_data];    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
709      escriptDataC data[num_data];    for(int i=0;i<num_data;i++)
710      escriptDataC* ptr_data[num_data];    {
711        names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;
712      }
713    
714      char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
715      escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;
716      escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;
717    
718      boost::python::list keys=arg.keys();      boost::python::list keys=arg.keys();
719      for (int i=0;i<num_data;++i) {      for (int i=0;i<num_data;++i) {
720           Data& d=boost::python::extract<Data&>(arg[keys[i]]);           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);
721           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)
722               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");               throw FinleyAdapterException("Error  in saveDX: Data must be defined on same Domain");
723           data[i]=d.getDataC();           data[i]=d.getDataC();
724           ptr_data[i]=&(data[i]);           ptr_data[i]=&(data[i]);
725           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);
# Line 833  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri Line 733  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri
733      }      }
734      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
735      checkFinleyError();      checkFinleyError();
736        
737          /* win32 refactor */
738      TMPMEMFREE(c_names);
739      TMPMEMFREE(data);
740      TMPMEMFREE(ptr_data);
741      for(int i=0;i<num_data;i++)
742      {
743        TMPMEMFREE(names[i]);
744      }
745      TMPMEMFREE(names);
746    
747      return;      return;
748  }  }
749    
# Line 841  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 752  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
752  {  {
753      int MAX_namelength=256;      int MAX_namelength=256;
754      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());
755      char names[num_data][MAX_namelength];    /* win32 refactor */
756      char* c_names[num_data];    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
757      escriptDataC data[num_data];    for(int i=0;i<num_data;i++)
758      escriptDataC* ptr_data[num_data];    {
759        names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;
760      }
761    
762      char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
763      escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;
764      escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;
765    
766      boost::python::list keys=arg.keys();      boost::python::list keys=arg.keys();
767      for (int i=0;i<num_data;++i) {      for (int i=0;i<num_data;++i) {
768           Data& d=boost::python::extract<Data&>(arg[keys[i]]);           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);
769           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)
770               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");
771           data[i]=d.getDataC();           data[i]=d.getDataC();
# Line 862  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 779  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
779              strcpy(c_names[i],n.c_str());              strcpy(c_names[i],n.c_str());
780           }           }
781      }      }
782    #ifndef PASO_MPI    
783      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
784      checkFinleyError();  #else
785        Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
786    #endif
787    
788    checkFinleyError();
789      /* win32 refactor */
790      TMPMEMFREE(c_names);
791      TMPMEMFREE(data);
792      TMPMEMFREE(ptr_data);
793      for(int i=0;i<num_data;i++)
794      {
795        TMPMEMFREE(names[i]);
796      }
797      TMPMEMFREE(names);
798    
799      return;      return;
800  }  }
801                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
# Line 1059  int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(c Line 991  int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(c
991     return out;     return out;
992  }  }
993    
994  Data MeshAdapter::getX() const  escript::Data MeshAdapter::getX() const
995  {  {
996    return continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()).getX();    return continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()).getX();
997  }  }
998    
999  Data MeshAdapter::getNormal() const  escript::Data MeshAdapter::getNormal() const
1000  {  {
1001    return functionOnBoundary(asAbstractContinuousDomain()).getNormal();    return functionOnBoundary(asAbstractContinuousDomain()).getNormal();
1002  }  }
1003    
1004  Data MeshAdapter::getSize() const  escript::Data MeshAdapter::getSize() const
1005  {  {
1006    return function(asAbstractContinuousDomain()).getSize();    return function(asAbstractContinuousDomain()).getSize();
1007  }  }
1008    
1009  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const
1010  {  {
1011    int* tagList;    int out=0;
1012    int numTags;    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1013    getTagList(functionSpaceType, &tagList, &numTags);    switch (functionSpaceType) {
1014    return tagList[sampleNo];    case(Nodes):
1015        out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];
1016        break;
1017      case(Elements):
1018        out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];
1019        break;
1020      case(FaceElements):
1021        out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];
1022        break;
1023      case(Points):
1024        out=mesh->Points->Tag[sampleNo];
1025        break;
1026      case(ContactElementsZero):
1027        out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1028        break;
1029      case(ContactElementsOne):
1030        out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1031        break;
1032      case(DegreesOfFreedom):
1033        break;
1034      case(ReducedDegreesOfFreedom):
1035        break;
1036      default:
1037        stringstream temp;
1038        temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1039        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1040        break;
1041      }
1042      return out;
1043  }  }
   
1044  int MeshAdapter::getReferenceNoFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const  int MeshAdapter::getReferenceNoFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const
1045  {  {
1046    int* referenceNoList;    int out=0,i;
1047    int numReferenceNo;    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1048    getReferenceNoList(functionSpaceType, &referenceNoList, &numReferenceNo);    switch (functionSpaceType) {
1049    return referenceNoList[sampleNo];    case(Nodes):
1050        if (mesh->Nodes!=NULL) {
1051          out=mesh->Nodes->Id[sampleNo];
1052          break;
1053        }
1054      case(Elements):
1055        out=mesh->Elements->Id[sampleNo];
1056        break;
1057      case(FaceElements):
1058        out=mesh->FaceElements->Id[sampleNo];
1059        break;
1060      case(Points):
1061        out=mesh->Points->Id[sampleNo];
1062        break;
1063      case(ContactElementsZero):
1064        out=mesh->ContactElements->Id[sampleNo];
1065        break;
1066      case(ContactElementsOne):
1067        out=mesh->ContactElements->Id[sampleNo];
1068        break;
1069      case(DegreesOfFreedom):
1070        for (i=0;i<mesh->Nodes->numNodes; ++i) {
1071           if (mesh->Nodes->degreeOfFreedom[i]==sampleNo) {
1072              out=mesh->Nodes->Id[i];
1073              break;
1074           }
1075        }
1076        break;
1077      case(ReducedDegreesOfFreedom):
1078        for (i=0;i<mesh->Nodes->numNodes; ++i) {
1079           if (mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]==sampleNo) {
1080              out=mesh->Nodes->Id[i];
1081              break;
1082           }
1083        }
1084        break;
1085      default:
1086        stringstream temp;
1087        temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1088        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1089        break;
1090      }
1091      return out;
1092    }
1093    
1094    void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const
1095    {
1096      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1097      escriptDataC tmp=mask.getDataC();
1098      switch(functionSpaceType) {
1099           case(Nodes):
1100              Finley_NodeFile_setTags(mesh->Nodes,newTag,&tmp);
1101              break;
1102           case(DegreesOfFreedom):
1103              throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
1104              break;
1105           case(ReducedDegreesOfFreedom):
1106              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
1107              break;
1108           case(Elements):
1109              Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);
1110              break;
1111           case(FaceElements):
1112              Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);
1113              break;
1114           case(Points):
1115              Finley_ElementFile_setTags(mesh->Points,newTag,&tmp);
1116              break;
1117           case(ContactElementsZero):
1118              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1119              break;
1120           case(ContactElementsOne):
1121              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1122              break;
1123           default:
1124              stringstream temp;
1125              temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;
1126              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1127      }
1128      checkFinleyError();
1129      return;
1130  }  }
1131    
1132    
1133  }  // end of namespace  }  // end of namespace

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