/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3792 by caltinay, Wed Feb 1 06:16:25 2012 UTC revision 4495 by caltinay, Fri Jul 5 02:19:47 2013 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    
20    #include <boost/scoped_array.hpp>
21    
22    #ifdef USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26  #if USE_SILO  #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 33  extern "C" {
33  #include <iomanip>  #include <iomanip>
34    
35  using namespace std;  using namespace std;
36    using esysUtils::FileWriter;
37    
38  namespace ripley {  namespace ripley {
39    
40  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
41               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :
42      RipleyDomain(3),      RipleyDomain(3)
     m_gNE0(n0),  
     m_gNE1(n1),  
     m_gNE2(n2),  
     m_x0(x0),  
     m_y0(y0),  
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0),  
     m_NX(d0),  
     m_NY(d1),  
     m_NZ(d2)  
43  {  {
44        // ignore subdivision parameters for serial run
45        if (m_mpiInfo->size == 1) {
46            d0=1;
47            d1=1;
48            d2=1;
49        }
50    
51        bool warn=false;
52        // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
53        // ratio as the number of elements
54        if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
55            warn=true;
56            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
57            d0=max(1, d0);
58            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
59            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
60            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
61                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
62                // dividing 2 sides only
63                if (n0>=n1) {
64                    if (n1>=n2) {
65                        d0=d1=0;
66                        d2=1;
67                    } else {
68                        d0=d2=0;
69                        d1=1;
70                    }
71                } else {
72                    if (n0>=n2) {
73                        d0=d1=0;
74                        d2=1;
75                    } else {
76                        d0=1;
77                        d1=d2=0;
78                    }
79                }
80            }
81        }
82        if (d0<=0 && d1<=0) {
83            warn=true;
84            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
85            d1=m_mpiInfo->size/d0;
86            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
87                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
88                if (n0>n1) {
89                    d0=0;
90                    d1=1;
91                } else {
92                    d0=1;
93                    d1=0;
94                }
95            }
96        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
97            warn=true;
98            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
99            d2=m_mpiInfo->size/d0;
100            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
101                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
102                if (n0>n2) {
103                    d0=0;
104                    d2=1;
105                } else {
106                    d0=1;
107                    d2=0;
108                }
109            }
110        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
111            warn=true;
112            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
113            d2=m_mpiInfo->size/d1;
114            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
115                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
116                if (n1>n2) {
117                    d1=0;
118                    d2=1;
119                } else {
120                    d1=1;
121                    d2=0;
122                }
123            }
124        }
125        if (d0<=0) {
126            // d1,d2 are preset, determine d0
127            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
128        } else if (d1<=0) {
129            // d0,d2 are preset, determine d1
130            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
131        } else if (d2<=0) {
132            // d0,d1 are preset, determine d2
133            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
134        }
135    
136      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
137      // among number of ranks      // among number of ranks
138      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
139          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
140    
141      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
142          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
143                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
144        }
145    
146        double l0 = x1-x0;
147        double l1 = y1-y0;
148        double l2 = z1-z0;
149        m_dx[0] = l0/n0;
150        m_dx[1] = l1/n1;
151        m_dx[2] = l2/n2;
152    
153        if ((n0+1)%d0 > 0) {
154            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
155            l0=m_dx[0]*n0;
156            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
157                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
158        }
159        if ((n1+1)%d1 > 0) {
160            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
161            l1=m_dx[1]*n1;
162            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
163                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
164        }
165        if ((n2+1)%d2 > 0) {
166            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
167            l2=m_dx[2]*n2;
168            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
169                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
170        }
171    
172      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
173          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
174    
175        m_gNE[0] = n0;
176        m_gNE[1] = n1;
177        m_gNE[2] = n2;
178        m_origin[0] = x0;
179        m_origin[1] = y0;
180        m_origin[2] = z0;
181        m_length[0] = l0;
182        m_length[1] = l1;
183        m_length[2] = l2;
184        m_NX[0] = d0;
185        m_NX[1] = d1;
186        m_NX[2] = d2;
187    
188      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
189      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
190      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
191          m_NE0++;          m_NE[0]++;
192      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
193          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
194    
195      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
196      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
197          m_NE1++;          m_NE[1]++;
198      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
199          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
200    
201      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
202      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
203          m_NE2++;          m_NE[2]++;
204      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
205          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
206    
207      // local number of nodes      // local number of nodes
208      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
209      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
210      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
211    
212      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
213      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
214      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
215          m_offset0--;          m_offset[0]--;
216      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
217      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
218          m_offset1--;          m_offset[1]--;
219      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
220      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
221          m_offset2--;          m_offset[2]--;
222    
223      populateSampleIds();      populateSampleIds();
224      createPattern();      createPattern();
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 241  bool Brick::operator==(const AbstractDom
241      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
242      if (o) {      if (o) {
243          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
244                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
245                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
246                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
247                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
248      }      }
249    
250      return false;      return false;
251  }  }
252    
253    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
254                const vector<int>& first, const vector<int>& numValues,
255                const vector<int>& multiplier) const
256    {
257    #ifdef USE_NETCDF
258        // check destination function space
259        int myN0, myN1, myN2;
260        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
261            myN0 = m_NN[0];
262            myN1 = m_NN[1];
263            myN2 = m_NN[2];
264        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
265                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
266            myN0 = m_NE[0];
267            myN1 = m_NE[1];
268            myN2 = m_NE[2];
269        } else
270            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
271    
272        if (first.size() != 3)
273            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
274    
275        if (numValues.size() != 3)
276            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
277    
278        if (multiplier.size() != 3)
279            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
280        for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)
281            if (multiplier[i]<1)
282                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
283    
284        // check file existence and size
285        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
286        if (!f.is_valid())
287            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
288    
289        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
290        if (!var)
291            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
292    
293        // TODO: rank>0 data support
294        const int numComp = out.getDataPointSize();
295        if (numComp > 1)
296            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
297    
298        const int dims = var->num_dims();
299        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
300    
301        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
302        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
303        if ( (dims==3 && (numValues[2] > edges[0] || numValues[1] > edges[1]
304                          || numValues[0] > edges[2]))
305                || (dims==2 && numValues[2]>1)
306                || (dims==1 && (numValues[2]>1 || numValues[1]>1)) ) {
307            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
308        }
309    
310        // check if this rank contributes anything
311        if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
312                first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
313                first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
314            return;
315        }
316    
317        // now determine how much this rank has to write
318    
319        // first coordinates in data object to write to
320        const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
321        const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
322        const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
323        // indices to first value in file
324        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
325        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
326        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
327        // number of values to read
328        const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
329        const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
330        const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);
331    
332        vector<double> values(num0*num1*num2);
333        if (dims==3) {
334            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
335            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
336        } else if (dims==2) {
337            var->set_cur(idx1, idx0);
338            var->get(&values[0], num1, num0);
339        } else {
340            var->set_cur(idx0);
341            var->get(&values[0], num0);
342        }
343    
344        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
345        out.requireWrite();
346    
347        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
348            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
349    #pragma omp parallel for
350                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
351                    const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]
352                                            +(first1+y*multiplier[1])*myN0
353                                            +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;
354                    const int srcIndex=z*num1*num0+y*num0+x;
355                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
356                        for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {
357                            for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {
358                                for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {
359                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
360                                                   +m1*myN0
361                                                   +m2*myN0*myN1;
362                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
363                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
364                                        *dest++ = values[srcIndex];
365                                    }
366                                }
367                            }
368                        }
369                    }
370                }
371            }
372        }
373    #else
374        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
375    #endif
376    }
377    
378    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
379                               const vector<int>& first,
380                               const vector<int>& numValues,
381                               const std::vector<int>& multiplier,
382                               int byteOrder, int dataType) const
383    {
384        // the mapping is not universally correct but should work on our
385        // supported platforms
386        switch (dataType) {
387            case DATATYPE_INT32:
388                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, first, numValues,
389                                        multiplier, byteOrder);
390                break;
391            case DATATYPE_FLOAT32:
392                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, first, numValues,
393                                          multiplier, byteOrder);
394                break;
395            case DATATYPE_FLOAT64:
396                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, first, numValues,
397                                           multiplier, byteOrder);
398                break;
399            default:
400                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
401        }
402    }
403    
404    template<typename ValueType>
405    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
406                                   const vector<int>& first,
407                                   const vector<int>& numValues,
408                                   const vector<int>& multiplier,
409                                   int byteOrder) const
410    {
411        if (byteOrder != BYTEORDER_NATIVE)
412            throw RipleyException("readBinaryGrid(): only native byte order supported at the moment.");
413    
414        // check destination function space
415        int myN0, myN1, myN2;
416        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
417            myN0 = m_NN[0];
418            myN1 = m_NN[1];
419            myN2 = m_NN[2];
420        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
421                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
422            myN0 = m_NE[0];
423            myN1 = m_NE[1];
424            myN2 = m_NE[2];
425        } else
426            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
427    
428        if (first.size() != 3)
429            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
430    
431        if (numValues.size() != 3)
432            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
433    
434        if (multiplier.size() != 3)
435            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
436        for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)
437            if (multiplier[i]<1)
438                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
439    
440        // check file existence and size
441        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
442        if (f.fail()) {
443            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
444        }
445        f.seekg(0, ios::end);
446        const int numComp = out.getDataPointSize();
447        const int filesize = f.tellg();
448        const int reqsize = numValues[0]*numValues[1]*numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
449        if (filesize < reqsize) {
450            f.close();
451            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
452        }
453    
454        // check if this rank contributes anything
455        if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
456                first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
457                first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
458            f.close();
459            return;
460        }
461    
462        // now determine how much this rank has to write
463    
464        // first coordinates in data object to write to
465        const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
466        const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
467        const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
468        // indices to first value in file
469        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
470        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
471        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
472        // number of values to read
473        const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
474        const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
475        const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);
476    
477        out.requireWrite();
478        vector<ValueType> values(num0*numComp);
479        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
480    
481        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
482            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
483                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*numValues[0]+(idx2+z)*numValues[0]*numValues[1]);
484                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
485                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
486    
487                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
488                    const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]
489                                            +(first1+y*multiplier[1])*myN0
490                                            +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;
491                    for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {
492                        for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {
493                            for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {
494                                const int dataIndex = baseIndex+m0
495                                               +m1*myN0
496                                               +m2*myN0*myN1;
497                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
498                                for (index_t c=0; c<numComp; c++) {
499                                    if (!std::isnan(values[x*numComp+c])) {
500                                        for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
501                                            *dest++ = static_cast<double>(values[x*numComp+c]);
502                                        }
503                                    }
504                                }
505                            }
506                        }
507                    }
508                }
509            }
510        }
511    
512        f.close();
513    }
514    
515    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
516                                int byteOrder, int dataType) const
517    {
518        // the mapping is not universally correct but should work on our
519        // supported platforms
520        switch (dataType) {
521            case DATATYPE_INT32:
522                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
523                break;
524            case DATATYPE_FLOAT32:
525                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
526                break;
527            case DATATYPE_FLOAT64:
528                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
529                break;
530            default:
531                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
532        }
533    }
534    
535    template<typename ValueType>
536    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
537                                    const string& filename, int byteOrder) const
538    {
539        // check function space and determine number of points
540        int myN0, myN1, myN2;
541        int totalN0, totalN1, totalN2;
542        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
543            myN0 = m_NN[0];
544            myN1 = m_NN[1];
545            myN2 = m_NN[2];
546            totalN0 = m_gNE[0]+1;
547            totalN1 = m_gNE[1]+1;
548            totalN2 = m_gNE[2]+1;
549        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
550                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
551            myN0 = m_NE[0];
552            myN1 = m_NE[1];
553            myN2 = m_NE[2];
554            totalN0 = m_gNE[0];
555            totalN1 = m_gNE[1];
556            totalN2 = m_gNE[2];
557        } else
558            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
559    
560        const int numComp = in.getDataPointSize();
561        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
562        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
563    
564        if (numComp > 1 || dpp > 1)
565            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
566    
567        escript::Data* _in = const_cast<escript::Data*>(&in);
568    
569        // from here on we know that each sample consists of one value
570        FileWriter fw;
571        fw.openFile(filename, fileSize);
572        MPIBarrier();
573    
574        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
575            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
576                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
577                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
578                ostringstream oss;
579    
580                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
581                    const double* sample = _in->getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
582                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
583                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
584                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
585                    } else {
586                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
587                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
588                    }
589                }
590                fw.writeAt(oss, fileofs);
591            }
592        }
593        fw.close();
594    }
595    
596  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
597  {  {
598  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 129  void Brick::dump(const string& fileName) Line 601  void Brick::dump(const string& fileName)
601          fn+=".silo";          fn+=".silo";
602      }      }
603    
     const int NUM_SILO_FILES = 1;  
     const char* blockDirFmt = "/block%04d";  
604      int driver=DB_HDF5;          int driver=DB_HDF5;    
605      string siloPath;      string siloPath;
606      DBfile* dbfile = NULL;      DBfile* dbfile = NULL;
607    
608  #ifdef ESYS_MPI  #ifdef ESYS_MPI
609      PMPIO_baton_t* baton = NULL;      PMPIO_baton_t* baton = NULL;
610        const int NUM_SILO_FILES = 1;
611        const char* blockDirFmt = "/block%04d";
612  #endif  #endif
613    
614      if (m_mpiInfo->size > 1) {      if (m_mpiInfo->size > 1) {
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 653  void Brick::dump(const string& fileName)
653      }      }
654      */      */
655    
656      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
657      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
658      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
659      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
660  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
661      {      {
662  #pragma omp for  #pragma omp for
663          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
664              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
665          }          }
666  #pragma omp for  #pragma omp for
667          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
668              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
669          }          }
670  #pragma omp for  #pragma omp for
671          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
672              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
673          }          }
674      }      }
675      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
676      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
677        // write mesh
678        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
679              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
680    
681      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
682        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
683              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
684    
685      // write element ids      // write element ids
686      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
687      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
688              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
689    
690      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
691      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 778  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
778          case ReducedElements:          case ReducedElements:
779              {              {
780                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
781                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
782                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
783                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
784                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
785              }              }
786          case FaceElements:          case FaceElements:
787          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
788              {              {
789                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
790                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
791                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
792                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
793                      if (id<n) {                      if (id<n) {
794                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
795                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
796                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
797                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
798                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
799                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
800                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
801                          } else { // left or right                          } else { // left or right
802                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
803                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
804                          }                          }
805                      }                      }
806                  }                  }
# Line 352  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 823  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
823          {          {
824              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
825  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
826                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
827                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
828                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
829                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
830                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
831                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 837  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
837    
838              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
839  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
840                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
841                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
842                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
843                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
844                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
845                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 851  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
851    
852              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
853  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
854                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
855                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
856                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
857                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
858                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
859                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 865  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
865    
866              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
867  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
868                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
869                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
870                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
871                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
872                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
873                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 879  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
879    
880              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
881  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
882                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
883                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
884                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
885                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
886                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
887                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 893  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
893    
894              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
895  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
896                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
897                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
898                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
899                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
900                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
901                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 911  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
911          {          {
912              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
913  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
914                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
915                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
916                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
917                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
918                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
919                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 923  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
923    
924              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
925  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
926                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
927                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
928                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
929                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
930                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
931                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 935  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
935    
936              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
937  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
938                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
939                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
940                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
941                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
942                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
943                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 947  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
947    
948              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
949  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
950                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
951                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
952                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
953                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
954                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
955                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 959  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
959    
960              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
961  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
962                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
963                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
964                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
965                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
966                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
967                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 971  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
971    
972              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
973  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
974                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
975                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
976                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
977                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
978                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
979                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 996  void Brick::setToSize(escript::Data& out
996              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
997          out.requireWrite();          out.requireWrite();
998          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
999          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=min(min(xSize,ySize),zSize);  
1000  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1001          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1002              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1006  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1006              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1007          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1008          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1009  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1010          {          {
1011              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1012                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1013  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1014                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1015                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1016                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1017                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1018                      }                      }
1019                  }                  }
1020              }              }
1021    
1022              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1023                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1024  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1025                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1026                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1027                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1028                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1029                      }                      }
1030                  }                  }
1031              }              }
1032    
1033              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1034                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1035  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1036                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1037                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1038                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1039                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1040                      }                      }
1041                  }                  }
1042              }              }
1043    
1044              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1045                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1046  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1047                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1048                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1049                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1050                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1051                      }                      }
1052                  }                  }
1053              }              }
1054    
1055              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1056                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1057  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1058                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1059                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1060                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1061                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1062                      }                      }
1063                  }                  }
1064              }              }
1065    
1066              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1067                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1068  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1069                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1070                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1071                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1072                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1073                      }                      }
1074                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1083  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1083      }      }
1084  }  }
1085    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1086  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1087  {  {
1088      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1090  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1090          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1091          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1092          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1093          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1094              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1095                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1096                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1097                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1098          }          }
1099      }      }
1100  }  }
1101    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1102    
1103  //protected  //protected
1104  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1110  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1110      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1111          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1112    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1113      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1114  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1115      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1116          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1117              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1118                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1119                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1120                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1121                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1122              }              }
1123          }          }
1124      }      }
# Line 757  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1128  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1128  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const
1129  {  {
1130      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l1/m_gNE2;  
1131      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1132      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1133      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 770  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1138  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1138    
1139      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1140          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1141  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1142          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1143              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1144                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1145                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1146                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1147                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1148                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1149                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1150                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1151                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1152                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1153                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1154                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1155                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1156                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1157                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1158                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1159                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1160                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1161                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1162                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1163                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1164                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1165                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1166                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1167                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1168                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1169                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1170                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1171                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1172                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1173                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1174                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1175                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1176                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1177                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1178                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1179                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1180                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1181                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1182                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1183                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1184                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1185                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1186                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1187                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1188                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1189                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1190                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1191                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1192                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1193              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1194          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1195                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1196                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1197                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1198                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1199                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1200                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1201                            } // end of component loop i
1202                        } // end of k0 loop
1203                    } // end of k1 loop
1204                } // end of k2 loop
1205            } // end of parallel section
1206      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1207          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1208  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1209          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1210              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1211                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1212                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1213                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1214                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1215                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1216                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1217                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1218                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1219                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1220                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1221                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1222                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1223                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1224                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1225                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1226                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1227              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1228          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1229                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1230                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1231                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1232                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1233                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1234                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1235                            } // end of component loop i
1236                        } // end of k0 loop
1237                    } // end of k1 loop
1238                } // end of k2 loop
1239            } // end of parallel section
1240      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1241          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1242  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1243          {          {
1244                vector<double> f_000(numComp);
1245                vector<double> f_001(numComp);
1246                vector<double> f_010(numComp);
1247                vector<double> f_011(numComp);
1248                vector<double> f_100(numComp);
1249                vector<double> f_101(numComp);
1250                vector<double> f_110(numComp);
1251                vector<double> f_111(numComp);
1252              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1253  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1254                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1255                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1256                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1257                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1258                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1259                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1260                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1261                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1262                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1263                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1264                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1265                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1266                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1267                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1268                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1269                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1270                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1271                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1272                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1273                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1274                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1275                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1276                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1277                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1278                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1279                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1280                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1281                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1282                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1285  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1285              } // end of face 0              } // end of face 0
1286              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1287  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1288                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1289                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1290                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1291                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1292                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1293                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1294                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1295                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1296                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1297                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1298                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1299                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1300                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1301                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1302                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1303                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1304                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1305                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1306                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1307                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1308                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1309                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1310                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1311                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1312                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1313                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1314                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1315                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1316                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1319  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1319              } // end of face 1              } // end of face 1
1320              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1321  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1322                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1323                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1324                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1325                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1326                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1327                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1328                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1329                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1330                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1331                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1332                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1333                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1334                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1335                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1336                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1337                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1338                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1339                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1340                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1341                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1342                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1343                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1344                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1345                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1346                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1347                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1348                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1349                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1350                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1352  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1352              } // end of face 2              } // end of face 2
1353              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1354  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1355                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1356                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1357                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1358                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1359                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1360                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1361                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1362                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1363                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1364                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1365                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1366                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1367                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1368                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1369                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1370                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1371                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1372                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1373                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1374                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1375                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1376                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1377                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1378                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1379                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1380                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1381                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1382                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1383                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1384                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1386  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1386              } // end of face 3              } // end of face 3
1387              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1388  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1389                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1390                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1391                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1392                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1393                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1394                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1395                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1396                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1397                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1398                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1399                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1400                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1401                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1402                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1403                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1404                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1405                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1406                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1407                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1408                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1409                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1410                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1411                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1412                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1413                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1414                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1415                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1416                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1417                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1418                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1419                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1420              } // end of face 4              } // end of face 4
1421              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1422  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1423                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1424                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1425                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1426                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1427                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1429                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1430                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1431                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1432                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1433                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1434                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1435                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1436                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1437                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1438                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1439                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1440                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1441                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1442                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1443                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1444                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1445                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1446                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1447                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1448                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1449                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1450                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1451                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1452                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1453                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1457  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1457          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1458  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1459          {          {
1460                vector<double> f_000(numComp);
1461                vector<double> f_001(numComp);
1462                vector<double> f_010(numComp);
1463                vector<double> f_011(numComp);
1464                vector<double> f_100(numComp);
1465                vector<double> f_101(numComp);
1466                vector<double> f_110(numComp);
1467                vector<double> f_111(numComp);
1468              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1469  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1470                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1471                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1472                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1473                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1474                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1475                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1476                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1477                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1478                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1479                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1480                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1481                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1482                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1483                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1484                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1485                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1486                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1487                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1488              } // end of face 0              } // end of face 0
1489              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1490  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1491                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1492                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1493                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1494                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1495                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1496                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1497                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1498                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1499                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1500                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1501                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1502                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1503                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1504                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1505                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1506                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1507                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1508                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1509              } // end of face 1              } // end of face 1
1510              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1511  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1512                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1513                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1514                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1515                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1516                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1517                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1518                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1519                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1520                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1521                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1522                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1523                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1524                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1525                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1526                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1527                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1528                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1529                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1530              } // end of face 2              } // end of face 2
1531              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1532  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1533                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1534                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1535                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1536                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1537                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1538                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1539                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1540                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1541                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1542                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1543                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1544                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1545                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1546                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1547                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1548                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1549                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1550                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1551              } // end of face 3              } // end of face 3
1552              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1553  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1554                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1555                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1556                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1557                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1558                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1559                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1560                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1561                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1562                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1563                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1564                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1565                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1566                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1567                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1568                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1569                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1570                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1571                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1572              } // end of face 4              } // end of face 4
1573              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1574  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1575                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1576                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1577                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1578                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1579                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1580                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1581                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1582                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1583                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1584                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1585                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1586                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1587                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1588                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1589                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1590                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1591                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1592                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1193  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1599  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1599  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const
1600  {  {
1601      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1602      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1603      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1604      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1605      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1606      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1607      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
     if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {  
         const double w_0 = h0*h1*h2/8.;  
1608  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1609          {          {
1610              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1611  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1612              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1613                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1614                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1615                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1616                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1617                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1618                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1228  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1632  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1632              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1633                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1634          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1635      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
1636          const double w_0 = h0*h1*h2;      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1637            const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1638  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1639          {          {
1640              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1641  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1642              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1643                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1644                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1645                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1646                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1647                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1648                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1249  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1654  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1654              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1655                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1656          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1657      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
1658          const double w_0 = h1*h2/4.;      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1659          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1660          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1661            const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1662  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1663          {          {
1664              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1665              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1666  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1667                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1668                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1669                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1670                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1671                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1672                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1274  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1680  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1680    
1681              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1682  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1683                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1684                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1685                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1686                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1687                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1688                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1290  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1696  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1696    
1697              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1698  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1699                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1700                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1701                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1702                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1703                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1704                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1306  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1712  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1712    
1713              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1714  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1715                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1716                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1717                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1718                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1719                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1720                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1322  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1728  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1728    
1729              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1730  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1731                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1732                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1733                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1734                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1735                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1736                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1338  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1744  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1744    
1745              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1746  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1747                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1748                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1749                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1750                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1751                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1752                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1357  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1763  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1763                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1764          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1765    
1766      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1767          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1768          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1769          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1770  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1771          {          {
1772              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1773              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1774  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1775                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1776                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1777                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1778                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1779                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1780                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1378  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1784  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1784    
1785              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1786  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1787                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1788                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1789                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1790                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1791                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1792                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1390  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1796  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1796    
1797              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1798  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1799                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1800                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1801                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1802                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1803                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1804                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1402  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1808  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1808    
1809              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1810  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1811                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1812                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1813                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1814                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1815                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1816                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1414  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1820  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1820    
1821              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1822  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1823                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1824                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1825                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1826                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1827                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1828                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1426  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1832  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1832    
1833              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1834  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1835                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1836                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1837                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1838                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1839                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1840                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1440  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1846  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1846              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1847                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1848          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1849        } // function space selector
     }  
1850  }  }
1851    
1852  //protected  //protected
1853  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1854  {  {
1855      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1856      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1857      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1858      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1859      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1860      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1484  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1889  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1889      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1890      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1891    
1892      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1893      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1894      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1895      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1896      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1897      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1898  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1899      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1900          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1901              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1902                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1903                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1904                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1905              }              }
# Line 1521  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1926  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1926                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1927          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1928      }      }
1929        Paso_Coupler_free(coupler);
1930  }  }
1931    
1932  //private  //private
1933  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1934  {  {
1935      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1936      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1937        // left-right, bottom-top, front-back).
1938        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1939        // helps when writing out data rank after rank.
1940    
1941      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1942      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1541  void Brick::populateSampleIds() Line 1950  void Brick::populateSampleIds()
1950      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1951      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1952      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1953    
1954        // populate face element counts
1955        //left
1956        if (m_offset[0]==0)
1957            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1958        else
1959            m_faceCount[0]=0;
1960        //right
1961        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1962            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1963        else
1964            m_faceCount[1]=0;
1965        //bottom
1966        if (m_offset[1]==0)
1967            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1968        else
1969            m_faceCount[2]=0;
1970        //top
1971        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
1972            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
1973        else
1974            m_faceCount[3]=0;
1975        //front
1976        if (m_offset[2]==0)
1977            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
1978        else
1979            m_faceCount[4]=0;
1980        //back
1981        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
1982            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
1983        else
1984            m_faceCount[5]=0;
1985    
1986      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
1987    
1988        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1989        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1990        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1991        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1992        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1993        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1994    
1995        // the following is a compromise between efficiency and code length to
1996        // set the node id's according to the order mentioned above.
1997        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
1998        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
1999        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2000        // the 6 faces are set but only if required...
2001    
2002    #define globalNodeId(x,y,z) \
2003        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2004        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2005        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2006    
2007  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2008      {      {
2009            // set edge id's
2010            // edges in x-direction, including corners
2011  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2012          // nodes          for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2013          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2014              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2015                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2016                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2017                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
2018                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in y-direction, without corners
2019                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for nowait
2020            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2021                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2022                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2023                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2024                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2025            }
2026            // edges in z-direction, without corners
2027    #pragma omp for
2028            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2029                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2030                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2031                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2032                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2033            }
2034            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2035            // below
2036    
2037            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2038    #pragma omp for nowait
2039            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2040                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2041                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2042                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2043                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2044                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2045                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
2046                  }                  }
2047              }              }
2048          }          }
2049    
2050          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2051            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2052    #pragma omp for nowait
2053                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2054                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2055                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2056                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2057                        m_nodeId[nodeIdx]
2058                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2059                    }
2060                }
2061            }
2062            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2063    #pragma omp for nowait
2064                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2065                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2066                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2067                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2068                        m_nodeId[nodeIdx]
2069                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2070                    }
2071                }
2072            }
2073            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2074    #pragma omp for nowait
2075                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2076                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2077                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2078                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2079                        m_nodeId[nodeIdx]
2080                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2081                    }
2082                }
2083            }
2084            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2085  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2086          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2087              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2088                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2089                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2090                        m_nodeId[nodeIdx]
2091                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2092                    }
2093                }
2094            }
2095            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2096    #pragma omp for nowait
2097                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2098                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2099                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2100                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2101                        m_nodeId[nodeIdx]
2102                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2103                    }
2104                }
2105            }
2106            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2107    #pragma omp for nowait
2108                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2109                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2110                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2111                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2112                        m_nodeId[nodeIdx]
2113                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2114                    }
2115                }
2116            }
2117    
2118          // elements          // populate element id's
2119  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2120          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2121              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2122                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2123                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2124                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2125                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2126                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2127                  }                  }
2128              }              }
2129          }          }
# Line 1582  void Brick::populateSampleIds() Line 2134  void Brick::populateSampleIds()
2134              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2135      } // end parallel section      } // end parallel section
2136    
2137    #undef globalNodeId
2138    
2139      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2140      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2141    
# Line 1589  void Brick::populateSampleIds() Line 2143  void Brick::populateSampleIds()
2143      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2144    
2145      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2146      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2147      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2148      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2149      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2150      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2151      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2152          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2153              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2154              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2155              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2156          }          }
2157      }      }
2158      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1614  void Brick::populateSampleIds() Line 2167  void Brick::populateSampleIds()
2167  //private  //private
2168  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2169  {  {
2170      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2171      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2172      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2173      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2174      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2175      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2176    
2177      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2178      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1628  void Brick::createPattern() Line 2181  void Brick::createPattern()
2181      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2182          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2183              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2184                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2185              }              }
2186          }          }
2187      }      }
# Line 1642  void Brick::createPattern() Line 2195  void Brick::createPattern()
2195      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2196      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2197      int numShared=0;      int numShared=0;
2198      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2199      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2200      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2201      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2202          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2203              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1655  void Brick::createPattern() Line 2208  void Brick::createPattern()
2208                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2209                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2210                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2211                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2212                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2213                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2214                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2215                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2216                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2217                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2218                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2219                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2220                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2221                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2222                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2223                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1697  void Brick::createPattern() Line 2250  void Brick::createPattern()
2250                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2251                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2252                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2253                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2254                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2255                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2256                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2257                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1731  void Brick::createPattern() Line 2284  void Brick::createPattern()
2284                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2285                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2286                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2287                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2288                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2289                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2290                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2291                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1755  void Brick::createPattern() Line 2308  void Brick::createPattern()
2308                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2309                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2310                                  }                                  }
2311                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2312                              }                              }
2313                          }                          }
2314                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1763  void Brick::createPattern() Line 2316  void Brick::createPattern()
2316                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2317                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2318                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2319                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2320                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2321                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2322                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2323                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1780  void Brick::createPattern() Line 2333  void Brick::createPattern()
2333                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2334                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2335                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2336                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2337                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2338                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2339                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2340                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2341                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1790  void Brick::createPattern() Line 2344  void Brick::createPattern()
2344                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2345                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2346                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2347                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2348                          }                          }
2349                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2350                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2351                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2352                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2353                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2354                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2355                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2356                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2357                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2358                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2359                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1807  void Brick::createPattern() Line 2362  void Brick::createPattern()
2362                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2363                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2364                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2365                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2366                          }                          }
2367                      } else {                      } else {
2368                          // sharing a node                          // sharing a node
2369                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2370                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2371                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2372                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2373                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2374                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2375                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2376                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2377                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1927  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2482  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2482      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2483      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2484      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2485      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2486      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2487      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2488      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2489      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2490      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2491      if (addF) {      if (addF) {
2492          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2493          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1955  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2510  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2510      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2511      if (reduced) {      if (reduced) {
2512          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2513          const double c0 = .125;  #pragma omp parallel
2514  #pragma omp parallel for          {
2515          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              vector<double> f_000(numComp);
2516              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_001(numComp);
2517                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_010(numComp);
2518                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2519                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2520                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2521                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2522                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2523                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2524                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2525                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2526                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2527                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2528                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2529                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2530                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2531              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2532          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2533                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2534                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2535                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2536                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2537                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2538                            } // end of component loop i
2539                        } // end of k0 loop
2540                    } // end of k1 loop
2541                } // end of k2 loop
2542            } // end of parallel section
2543      } else {      } else {
2544          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2545          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2546          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2547          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2548          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2549  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2550          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2551              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2552                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2553                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2554                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2555                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2556                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2557                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2558                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2559                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2560                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2561                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2562                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2563                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2564                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2565                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2566                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2567                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2568                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2569                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2570                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2571                      } // end of component loop i                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2572                  } // end of k0 loop                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2573              } // end of k1 loop                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2574          } // end of k2 loop                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2575                                o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2576                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2577                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2578                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2579                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2580                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2581                            } // end of component loop i
2582                        } // end of k0 loop
2583                    } // end of k1 loop
2584                } // end of k2 loop
2585            } // end of parallel section
2586      }      }
2587  }  }
2588    
# Line 2017  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2593  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2593      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2594      if (reduced) {      if (reduced) {
2595          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2596  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2597          {          {
2598                vector<double> f_000(numComp);
2599                vector<double> f_001(numComp);
2600                vector<double> f_010(numComp);
2601                vector<double> f_011(numComp);
2602                vector<double> f_100(numComp);
2603                vector<double> f_101(numComp);
2604                vector<double> f_110(numComp);
2605                vector<double> f_111(numComp);
2606              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2607  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2608                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2609                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2610                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2611                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2612                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2613                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2614                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2615                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2616                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2617                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2618                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2619                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2620              } // end of face 0              } // end of face 0
2621              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2622  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2623                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2624                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2625                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2626                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2627                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2628                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2629                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2630                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2631                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2632                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2633                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2634                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2635              } // end of face 1              } // end of face 1
2636              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2637  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2638                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2639                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2640                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2641                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2642                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2643                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2644                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2645                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2646                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2647                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2648                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2649                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2650              } // end of face 2              } // end of face 2
2651              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2652  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2653                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2654                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2655                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2656                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2657                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2658                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2659                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2660                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2661                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2662                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2663                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2664                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2665              } // end of face 3              } // end of face 3
2666              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2667  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2668                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2669                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2670                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2671                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2672                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2673                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2674                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2675                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2676                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2677                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2678                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2679                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2680              } // end of face 4              } // end of face 4
2681              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2682  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2683                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2684                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2685                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2686                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2687                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2688                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2689                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2690                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2691                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2692                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2693                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2694                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2118  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2701  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2701          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2702  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2703          {          {
2704                vector<double> f_000(numComp);
2705                vector<double> f_001(numComp);
2706                vector<double> f_010(numComp);
2707                vector<double> f_011(numComp);
2708                vector<double> f_100(numComp);
2709                vector<double> f_101(numComp);
2710                vector<double> f_110(numComp);
2711                vector<double> f_111(numComp);
2712              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2713  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2714                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2715                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2716                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2717                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2718                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2719                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2720                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2721                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2722                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2723                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2138  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2729  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2729              } // end of face 0              } // end of face 0
2730              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2731  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2732                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2733                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2734                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2735                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2736                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2737                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2738                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2739                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2740                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2741                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2156  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2747  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2747              } // end of face 1              } // end of face 1
2748              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2749  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2750                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2751                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2752                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2753                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2754                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2755                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2756                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2757                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2758                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2759                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2174  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2765  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2765              } // end of face 2              } // end of face 2
2766              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2767  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2768                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2769                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2770                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2771                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2772                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2773                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2774                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2775                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2776                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2777                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2192  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2783  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2783              } // end of face 3              } // end of face 3
2784              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2785  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2786                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2787                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2788                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2789                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2790                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2791                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2792                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2793                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2794                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2795                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2210  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2801  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2801              } // end of face 4              } // end of face 4
2802              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2803  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2804                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2805                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2806                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2807                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2808                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2809                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2810                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2811                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2812                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2813                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2236  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2827  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2827          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
2828          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
2829  {  {
2830      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double SQRT3 = 1.73205080756887719318;
2831      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double w10 = -m_dx[0]/288;
2832      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double w6 = w10*(SQRT3 - 2);
2833      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w12 = w10*(-SQRT3 - 2);
2834      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      const double w4 = w10*(-4*SQRT3 + 7);
2835      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      const double w18 = w10*(-4*SQRT3 - 7);
2836      const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      const double w11 = m_dx[1]/288;
2837      const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;      const double w5 = w11*(-SQRT3 + 2);
2838      const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;      const double w15 = w11*(SQRT3 + 2);
2839      const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;      const double w2 = w11*(4*SQRT3 - 7);
2840      const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      const double w17 = w11*(4*SQRT3 + 7);
2841      const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;      const double w8 = m_dx[2]/288;
2842      const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;      const double w1 = w8*(-SQRT3 + 2);
2843      const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      const double w16 = w8*(SQRT3 + 2);
2844      const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;      const double w20 = w8*(4*SQRT3 - 7);
2845      const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;      const double w21 = w8*(-4*SQRT3 - 7);
2846      const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;      const double w50 = m_dx[0]*m_dx[1]/72;
2847      const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      const double w65 = -m_dx[0]*m_dx[1]/48;
2848      const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      const double w35 = w65*(-SQRT3 - 3)/36;
2849      const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;      const double w42 = w65*(SQRT3 - 3)/36;
2850      const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;      const double w32 = w65*(5*SQRT3 - 9)/36;
2851      const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;      const double w43 = w65*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2852      const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;      const double w40 = w65*(-19*SQRT3 - 33)/36;
2853      const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;      const double w41 = w65*(19*SQRT3 - 33)/36;
2854      const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;      const double w63 = w65*(SQRT3 + 2);
2855      const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;      const double w67 = w65*(-SQRT3 + 2);
2856      const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;      const double w51 = -m_dx[0]*m_dx[2]/72;
2857      const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;      const double w64 = -m_dx[0]*m_dx[2]/48;
2858      const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;      const double w34 = w64*(-SQRT3 - 3)/36;
2859      const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;      const double w37 = w64*(SQRT3 - 3)/36;
2860      const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;      const double w31 = w64*(5*SQRT3 - 9)/36;
2861      const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;      const double w39 = w64*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2862      const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;      const double w44 = w64*(19*SQRT3 + 33)/36;
2863      const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w45 = w64*(-19*SQRT3 + 33)/36;
2864      const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;      const double w62 = w64*(SQRT3 + 2);
2865      const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      const double w68 = w64*(-SQRT3 + 2);
2866      const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      const double w53 = -m_dx[1]*m_dx[2]/72;
2867      const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;      const double w66 = -m_dx[1]*m_dx[2]/48;
2868      const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;      const double w33 = w66*(SQRT3 - 3)/36;
2869      const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      const double w36 = w66*(-SQRT3 - 3)/36;
2870      const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;      const double w30 = w66*(5*SQRT3 - 9)/36;
2871      const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      const double w38 = w66*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2872      const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;      const double w46 = w66*(19*SQRT3 - 33)/36;
2873      const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;      const double w47 = w66*(-19*SQRT3 - 33)/36;
2874      const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;      const double w61 = w66*(SQRT3 + 2);
2875      const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;      const double w69 = w66*(-SQRT3 + 2);
2876      const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;      const double w55 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/1728;
2877      const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;      const double w57 = w55*(-SQRT3 + 2);
2878      const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;      const double w58 = w55*(SQRT3 + 2);
2879      const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;      const double w54 = w55*(-4*SQRT3 + 7);
2880      const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;      const double w56 = w55*(4*SQRT3 + 7);
2881      const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;      const double w59 = w55*(15*SQRT3 + 26);
2882      const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;      const double w60 = w55*(-15*SQRT3 + 26);
2883      const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;      const double w71 = w55*6*(SQRT3 + 3);
2884      const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;      const double w72 = w55*6*(-SQRT3 + 3);
2885      const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;      const double w70 = w55*6*(5*SQRT3 + 9);
2886      const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;      const double w73 = w55*6*(-5*SQRT3 + 9);
2887      const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      const double w13 = -m_dx[0]*m_dx[1]/(288*m_dx[2]);
2888      const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;      const double w23 = w13*(SQRT3 - 2);
2889      const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;      const double w25 = w13*(-SQRT3 - 2);
2890      const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;      const double w7 = w13*(-4*SQRT3 + 7);
2891      const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;      const double w19 = w13*(4*SQRT3 + 7);
2892      const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;      const double w22 = -m_dx[0]*m_dx[2]/(288*m_dx[1]);
2893      const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;      const double w3 = w22*(SQRT3 - 2);
2894      const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;      const double w9 = w22*(-SQRT3 - 2);
2895      const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;      const double w24 = w22*(4*SQRT3 + 7);
2896      const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;      const double w26 = w22*(-4*SQRT3 + 7);
2897      const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;      const double w27 = -m_dx[1]*m_dx[2]/(288*m_dx[0]);
2898      const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;      const double w0 = w27*(SQRT3 - 2);
2899      const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;      const double w14 = w27*(-SQRT3 - 2);
2900      const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;      const double w28 = w27*(-4*SQRT3 + 7);
2901      const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;      const double w29 = w27*(4*SQRT3 + 7);
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
2902    
2903      rhs.requireWrite();      rhs.requireWrite();
2904  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2905      {      {
2906          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
2907  #pragma omp for  #pragma omp for
2908              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
2909                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
2910                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
2911                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
2912                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
2913                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
2914                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
2915                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
2916                          ///////////////                          ///////////////
2917                          // process A //                          // process A //
2918                          ///////////////                          ///////////////
2919                          if (!A.isEmpty()) {                          if (!A.isEmpty()) {
2920                              add_EM_S=true;                              add_EM_S = true;
2921                              const double* A_p=const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);                              const double* A_p = const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);
2922                              if (A.actsExpanded()) {                              if (A.actsExpanded()) {
2923                                  const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];                                  const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];
2924                                  const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];                                  const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];
# Line 2516  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2992  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2992                                  const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];                                  const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];
2993                                  const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];                                  const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];
2994                                  const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];                                  const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];
2995                                  const double tmp160_0 = A_12_0 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_6;                                  const double tmp0 = w18*(-A_12_7 + A_21_3);
2996                                  const double tmp8_0 = A_21_0 + A_21_6;                                  const double tmp1 = w13*(A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6);
2997                                  const double tmp135_0 = A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;                                  const double tmp2 = w11*(-A_02_2 - A_02_5 + A_20_1 + A_20_6);
2998                                  const double tmp67_0 = A_02_2 + A_02_7;                                  const double tmp3 = w14*(A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7);
2999                                  const double tmp211_0 = A_12_6 + A_21_6;                                  const double tmp4 = w7*(A_22_0 + A_22_4);
3000                                  const double tmp180_0 = A_10_2 + A_10_6;                                  const double tmp5 = w10*(A_12_1 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_5);
3001                                  const double tmp37_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3;                                  const double tmp6 = w3*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6);
3002                                  const double tmp92_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;                                  const double tmp7 = w1*(A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4);
3003                                  const double tmp195_0 = A_02_2 + A_20_2;                                  const double tmp8 = w4*(A_12_0 - A_21_4);
3004                                  const double tmp70_0 = A_01_0 + A_01_7;                                  const double tmp9 = w15*(-A_02_3 - A_02_6 + A_20_2 + A_20_7);
3005                                  const double tmp139_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp10 = w0*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5);
3006                                  const double tmp200_0 = A_12_3 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_5;                                  const double tmp11 = w16*(A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7);
3007                                  const double tmp60_0 = A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6;                                  const double tmp12 = w9*(A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7);
3008                                  const double tmp192_0 = A_01_5 + A_10_5;                                  const double tmp13 = w12*(-A_12_3 - A_12_5 + A_21_1 + A_21_7);
3009                                  const double tmp46_0 = A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp14 = w5*(-A_02_1 - A_02_4 + A_20_0 + A_20_5);
3010                                  const double tmp48_0 = A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp15 = w8*(A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6);
3011                                  const double tmp166_0 = A_11_5 + A_11_7;                                  const double tmp16 = w6*(-A_12_2 - A_12_4 + A_21_0 + A_21_6);
3012                                  const double tmp221_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_4;                                  const double tmp17 = w19*(A_22_3 + A_22_7);
3013                                  const double tmp50_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_4 + A_20_6;                                  const double tmp18 = w17*(-A_02_7 + A_20_3);
3014                                  const double tmp217_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_3 + A_20_4;                                  const double tmp19 = w2*(A_02_0 - A_20_4);
3015                                  const double tmp216_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_5;                                  const double tmp20 = w13*(-A_22_0 - A_22_1 - A_22_2 - A_22_3 - A_22_4 - A_22_5 - A_22_6 - A_22_7);
3016                                  const double tmp104_0 = A_22_2 + A_22_6;                                  const double tmp21 = w11*(-A_02_1 - A_02_3 - A_02_4 - A_02_6 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7);
3017                                  const double tmp72_0 = A_20_3 + A_20_6;                                  const double tmp22 = w14*(-A_00_4 - A_00_5 - A_00_6 - A_00_7);
3018                                  const double tmp79_0 = A_10_4 + A_10_7;                                  const double tmp23 = w20*(A_01_2 + A_10_1);
3019                                  const double tmp86_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp24 = w10*(A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 - A_21_0 - A_21_1 - A_21_6 - A_21_7);
3020                                  const double tmp214_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp25 = w3*(-A_11_0 - A_11_1 - A_11_2 - A_11_3);
3021                                  const double tmp32_0 = A_02_0 + A_02_2;                                  const double tmp26 = w1*(-A_01_0 - A_01_3 - A_10_0 - A_10_3);
3022                                  const double tmp112_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7;                                  const double tmp27 = w15*(-A_02_5 - A_02_7 + A_20_4 + A_20_6);
3023                                  const double tmp197_0 = A_12_0 + A_21_0;                                  const double tmp28 = w0*(-A_00_0 - A_00_1 - A_00_2 - A_00_3);
3024                                  const double tmp106_0 = A_22_1 + A_22_5;                                  const double tmp29 = w16*(-A_01_4 - A_01_7 - A_10_4 - A_10_7);
3025                                  const double tmp2_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp30 = w9*(-A_11_4 - A_11_5 - A_11_6 - A_11_7);
3026                                  const double tmp115_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2;                                  const double tmp31 = w21*(A_01_5 + A_10_6);
3027                                  const double tmp175_0 = A_01_3 + A_01_7;                                  const double tmp32 = w12*(-A_12_6 - A_12_7 + A_21_4 + A_21_5);
3028                                  const double tmp126_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_6;                                  const double tmp33 = w5*(-A_02_0 - A_02_2 + A_20_1 + A_20_3);
3029                                  const double tmp90_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp34 = w8*(-A_01_1 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_5);
3030                                  const double tmp47_0 = A_12_0 + A_12_6;                                  const double tmp35 = w6*(-A_12_0 - A_12_1 + A_21_2 + A_21_3);
3031                                  const double tmp205_0 = A_02_7 + A_20_7;                                  const double tmp36 = w20*(-A_01_6 + A_10_4);
3032                                  const double tmp148_0 = A_01_3 + A_01_4;                                  const double tmp37 = w18*(A_12_3 - A_21_1);
3033                                  const double tmp113_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4;                                  const double tmp38 = w11*(-A_02_0 - A_02_2 - A_02_5 - A_02_7 - A_20_0 - A_20_2 - A_20_5 - A_20_7);
3034                                  const double tmp43_0 = A_20_4 + A_20_6;                                  const double tmp39 = w14*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3);
3035                                  const double tmp161_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp40 = w26*(A_11_4 + A_11_6);
3036                                  const double tmp69_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp41 = w0*(A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3037                                  const double tmp176_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6;                                  const double tmp42 = w10*(-A_12_2 - A_12_5 + A_21_0 + A_21_7);
3038                                  const double tmp105_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_6;                                  const double tmp43 = w22*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_5 + A_11_7);
3039                                  const double tmp22_0 = A_01_5 + A_10_6;                                  const double tmp44 = w1*(A_01_4 + A_01_7 - A_10_5 - A_10_6);
3040                                  const double tmp91_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp45 = w25*(A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7);
3041                                  const double tmp206_0 = A_12_7 + A_21_7;                                  const double tmp46 = w4*(-A_12_4 + A_21_6);
3042                                  const double tmp188_0 = A_02_5 + A_20_5;                                  const double tmp47 = w15*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_1 - A_20_3);
3043                                  const double tmp117_0 = A_21_1 + A_21_6;                                  const double tmp48 = w21*(-A_01_1 + A_10_3);
3044                                  const double tmp165_0 = A_01_1 + A_01_6;                                  const double tmp49 = w16*(A_01_0 + A_01_3 - A_10_1 - A_10_2);
3045                                  const double tmp66_0 = A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp50 = w5*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_4 - A_20_6);
3046                                  const double tmp57_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp51 = w12*(A_12_1 + A_12_7 - A_21_3 - A_21_5);
3047                                  const double tmp31_0 = A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp52 = w24*(A_11_1 + A_11_3);
3048                                  const double tmp3_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6;                                  const double tmp53 = w8*(A_01_2 + A_01_5 - A_10_0 - A_10_7);
3049                                  const double tmp183_0 = A_12_0 + A_12_7;                                  const double tmp54 = w6*(A_12_0 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_4);
3050                                  const double tmp61_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp55 = w23*(A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6);
3051                                  const double tmp54_0 = A_10_5 + A_10_6;                                  const double tmp56 = w18*(A_12_4 - A_21_6);
3052                                  const double tmp18_0 = A_02_3 + A_02_6;                                  const double tmp57 = w14*(A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3053                                  const double tmp119_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp58 = w26*(A_11_1 + A_11_3);
3054                                  const double tmp29_0 = A_21_2 + A_21_3;                                  const double tmp59 = w20*(-A_01_1 + A_10_3);
3055                                  const double tmp17_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7;                                  const double tmp60 = w1*(A_01_0 + A_01_3 - A_10_1 - A_10_2);
3056                                  const double tmp212_0 = A_02_6 + A_20_6;                                  const double tmp61 = w25*(A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6);
3057                                  const double tmp220_0 = A_02_3 + A_20_6;                                  const double tmp62 = w4*(-A_12_3 + A_21_1);
3058                                  const double tmp78_0 = A_20_0 + A_20_7;                                  const double tmp63 = w15*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_4 - A_20_6);
3059                                  const double tmp215_0 = A_01_6 + A_10_6;                                  const double tmp64 = w0*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3);
3060                                  const double tmp203_0 = A_01_7 + A_10_7;                                  const double tmp65 = w16*(A_01_4 + A_01_7 - A_10_5 - A_10_6);
3061                                  const double tmp87_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp66 = w24*(A_11_4 + A_11_6);
3062                                  const double tmp114_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp67 = w21*(-A_01_6 + A_10_4);
3063                                  const double tmp0_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4;                                  const double tmp68 = w12*(A_12_0 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_4);
3064                                  const double tmp202_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp69 = w5*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_1 - A_20_3);
3065                                  const double tmp4_0 = A_20_0 + A_20_5;                                  const double tmp70 = w6*(A_12_1 + A_12_7 - A_21_3 - A_21_5);
3066                                  const double tmp65_0 = A_00_2 + A_00_3;                                  const double tmp71 = w23*(A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7);
3067                                  const double tmp24_0 = A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp72 = w20*(A_01_5 + A_10_6);
3068                                  const double tmp64_0 = A_10_0 + A_10_3;                                  const double tmp73 = w14*(-A_00_0 - A_00_1 - A_00_2 - A_00_3);
3069                                  const double tmp170_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_0 + A_20_2;                                  const double tmp74 = w0*(-A_00_4 - A_00_5 - A_00_6 - A_00_7);
3070                                  const double tmp11_0 = A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp75 = w3*(-A_11_4 - A_11_5 - A_11_6 - A_11_7);
3071                                  const double tmp82_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp76 = w1*(-A_01_4 - A_01_7 - A_10_4 - A_10_7);
3072                                  const double tmp99_0 = A_01_4 + A_10_7;                                  const double tmp77 = w15*(-A_02_0 - A_02_2 + A_20_1 + A_20_3);
3073                                  const double tmp49_0 = A_12_1 + A_12_7;                                  const double tmp78 = w21*(A_01_2 + A_10_1);
3074                                  const double tmp130_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7;                                  const double tmp79 = w16*(-A_01_0 - A_01_3 - A_10_0 - A_10_3);
3075                                  const double tmp144_0 = A_01_0 + A_10_3;                                  const double tmp80 = w9*(-A_11_0 - A_11_1 - A_11_2 - A_11_3);
3076                                  const double tmp109_0 = A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7;                                  const double tmp81 = w12*(-A_12_0 - A_12_1 + A_21_2 + A_21_3);
3077                                  const double tmp185_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_5;                                  const double tmp82 = w5*(-A_02_5 - A_02_7 + A_20_4 + A_20_6);
3078                                  const double tmp157_0 = A_01_4 + A_10_4;                                  const double tmp83 = w6*(-A_12_6 - A_12_7 + A_21_4 + A_21_5);
3079                                  const double tmp51_0 = A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7;                                  const double tmp84 = w6*(-A_12_2 - A_12_3 - A_21_2 - A_21_3);
3080                                  const double tmp146_0 = A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp85 = w11*(A_02_1 + A_02_6 - A_20_0 - A_20_7);
3081                                  const double tmp147_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_0 + A_21_1;                                  const double tmp86 = w20*(A_01_3 - A_10_2);
3082                                  const double tmp150_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp87 = w10*(A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7);
3083                                  const double tmp62_0 = A_21_3 + A_21_5;                                  const double tmp88 = w3*(A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3);
3084                                  const double tmp223_0 = A_12_2 + A_21_4;                                  const double tmp89 = w23*(A_22_2 + A_22_3 + A_22_6 + A_22_7);
3085                                  const double tmp16_0 = A_02_2 + A_02_5;                                  const double tmp90 = w1*(-A_01_1 - A_01_2 + A_10_0 + A_10_3);
3086                                  const double tmp168_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_6;                                  const double tmp91 = w25*(A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5);
3087                                  const double tmp88_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3;                                  const double tmp92 = w15*(A_02_0 + A_02_5 - A_20_1 - A_20_4);
3088                                  const double tmp142_0 = A_01_7 + A_10_4;                                  const double tmp93 = w21*(A_01_4 - A_10_5);
3089                                  const double tmp34_0 = A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp94 = w16*(-A_01_5 - A_01_6 + A_10_4 + A_10_7);
3090                                  const double tmp71_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp95 = w28*(A_00_2 + A_00_3);
3091                                  const double tmp213_0 = A_02_1 + A_20_1;                                  const double tmp96 = w12*(-A_12_4 - A_12_5 - A_21_4 - A_21_5);
3092                                  const double tmp227_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_4;                                  const double tmp97 = w29*(A_00_4 + A_00_5);
3093                                  const double tmp228_0 = A_12_1 + A_21_7;                                  const double tmp98 = w5*(A_02_2 + A_02_7 - A_20_3 - A_20_6);
3094                                  const double tmp140_0 = A_01_2 + A_01_6;                                  const double tmp99 = w8*(-A_01_0 - A_01_7 + A_10_1 + A_10_6);
3095                                  const double tmp74_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5;                                  const double tmp100 = w9*(A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7);
3096                                  const double tmp167_0 = A_11_0 + A_11_2;                                  const double tmp101 = w27*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7);
3097                                  const double tmp143_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp102 = w17*(A_02_4 - A_20_5);
3098                                  const double tmp83_0 = A_02_0 + A_02_5;                                  const double tmp103 = w2*(-A_02_3 + A_20_2);
3099                                  const double tmp14_0 = A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6;                                  const double tmp104 = w13*(A_22_0 + A_22_1 + A_22_2 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_5 + A_22_6 + A_22_7);
3100                                  const double tmp5_0 = A_12_1 + A_12_6;                                  const double tmp105 = w6*(-A_12_4 - A_12_5 - A_21_2 - A_21_3);
3101                                  const double tmp94_0 = A_02_1 + A_02_3;                                  const double tmp106 = w22*(A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7);
3102                                  const double tmp193_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_6;                                  const double tmp107 = w1*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_1 - A_10_5);
3103                                  const double tmp97_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7;                                  const double tmp108 = w15*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_4 - A_20_6);
3104                                  const double tmp131_0 = A_01_1 + A_01_5;                                  const double tmp109 = w16*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_2 - A_10_6);
3105                                  const double tmp124_0 = A_01_6 + A_10_5;                                  const double tmp110 = w12*(-A_12_2 - A_12_3 - A_21_4 - A_21_5);
3106                                  const double tmp149_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp111 = w5*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_1 - A_20_3);
3107                                  const double tmp187_0 = A_01_2 + A_10_2;                                  const double tmp112 = w8*(-A_01_0 - A_01_3 - A_01_4 - A_01_7 - A_10_0 - A_10_3 - A_10_4 - A_10_7);
3108                                  const double tmp93_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2;                                  const double tmp113 = w27*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3109                                  const double tmp25_0 = A_01_4 + A_01_7 + A_10_4 + A_10_7;                                  const double tmp114 = w11*(A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 - A_20_1 - A_20_3 - A_20_4 - A_20_6);
3110                                  const double tmp156_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_5;                                  const double tmp115 = w21*(-A_01_4 - A_10_7);
3111                                  const double tmp20_0 = A_21_2 + A_21_5;                                  const double tmp116 = w20*(-A_01_3 - A_10_0);
3112                                  const double tmp55_0 = A_21_2 + A_21_4;                                  const double tmp117 = w15*(A_02_4 + A_02_6 - A_20_5 - A_20_7);
3113                                  const double tmp208_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp118 = w16*(A_01_5 + A_01_6 + A_10_5 + A_10_6);
3114                                  const double tmp125_0 = A_12_4 + A_12_5;                                  const double tmp119 = w5*(A_02_1 + A_02_3 - A_20_0 - A_20_2);
3115                                  const double tmp158_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp120 = w8*(A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4);
3116                                  const double tmp108_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp121 = w1*(A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2);
3117                                  const double tmp199_0 = A_12_2 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_4;                                  const double tmp122 = w18*(A_12_2 - A_21_6);
3118                                  const double tmp10_0 = A_02_1 + A_02_4;                                  const double tmp123 = w13*(A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7);
3119                                  const double tmp182_0 = A_02_3 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_6;                                  const double tmp124 = w11*(-A_02_0 - A_02_7 + A_20_3 + A_20_4);
3120                                  const double tmp132_0 = A_02_1 + A_20_4;                                  const double tmp125 = w7*(A_22_1 + A_22_5);
3121                                  const double tmp191_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_3 + A_21_4;                                  const double tmp126 = w10*(-A_12_3 - A_12_4 + A_21_0 + A_21_7);
3122                                  const double tmp35_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3;                                  const double tmp127 = w3*(A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7);
3123                                  const double tmp164_0 = A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp128 = w1*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_1 - A_10_5);
3124                                  const double tmp190_0 = A_12_5 + A_21_5;                                  const double tmp129 = w4*(-A_12_5 + A_21_1);
3125                                  const double tmp73_0 = A_02_1 + A_02_6;                                  const double tmp130 = w16*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_6);
3126                                  const double tmp98_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp131 = w9*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6);
3127                                  const double tmp225_0 = A_12_4 + A_21_2;                                  const double tmp132 = w19*(A_22_2 + A_22_6);
3128                                  const double tmp103_0 = A_02_4 + A_02_6;                                  const double tmp133 = w17*(-A_02_2 + A_20_6);
3129                                  const double tmp194_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_7;                                  const double tmp134 = w2*(A_02_5 - A_20_1);
3130                                  const double tmp207_0 = A_12_0 + A_21_6;                                  const double tmp135 = w11*(A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6);
3131                                  const double tmp102_0 = A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp136 = w1*(A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4);
3132                                  const double tmp1_0 = A_22_3 + A_22_7;                                  const double tmp137 = w15*(A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7);
3133                                  const double tmp172_0 = A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp138 = w16*(A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7);
3134                                  const double tmp222_0 = A_12_5 + A_21_3;                                  const double tmp139 = w5*(A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2);
3135                                  const double tmp201_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_2 + A_20_5;                                  const double tmp140 = w18*(A_12_5 - A_21_1);
3136                                  const double tmp155_0 = A_12_4 + A_21_4;                                  const double tmp141 = w14*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5);
3137                                  const double tmp174_0 = A_02_1 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_4;                                  const double tmp142 = w7*(A_22_2 + A_22_6);
3138                                  const double tmp59_0 = A_01_0 + A_01_3;                                  const double tmp143 = w1*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_6);
3139                                  const double tmp21_0 = A_20_2 + A_20_7;                                  const double tmp144 = w4*(-A_12_2 + A_21_6);
3140                                  const double tmp141_0 = A_02_2 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_7;                                  const double tmp145 = w15*(-A_02_1 - A_02_4 + A_20_0 + A_20_5);
3141                                  const double tmp210_0 = A_01_1 + A_10_1;                                  const double tmp146 = w0*(A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7);
3142                                  const double tmp145_0 = A_00_0 + A_00_1;                                  const double tmp147 = w16*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_1 - A_10_5);
3143                                  const double tmp121_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp148 = w5*(-A_02_3 - A_02_6 + A_20_2 + A_20_7);
3144                                  const double tmp224_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_5;                                  const double tmp149 = w19*(A_22_1 + A_22_5);
3145                                  const double tmp186_0 = A_02_2 + A_20_7;