/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3792 by caltinay, Wed Feb 1 06:16:25 2012 UTC revision 4615 by caltinay, Mon Jan 13 05:05:33 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    
20    #include <boost/scoped_array.hpp>
21    
22    #ifdef USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26  #if USE_SILO  #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 33  extern "C" {
33  #include <iomanip>  #include <iomanip>
34    
35  using namespace std;  using namespace std;
36    using esysUtils::FileWriter;
37    
38  namespace ripley {  namespace ripley {
39    
40  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
41               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :
42      RipleyDomain(3),      RipleyDomain(3)
     m_gNE0(n0),  
     m_gNE1(n1),  
     m_gNE2(n2),  
     m_x0(x0),  
     m_y0(y0),  
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0),  
     m_NX(d0),  
     m_NY(d1),  
     m_NZ(d2)  
43  {  {
44        // ignore subdivision parameters for serial run
45        if (m_mpiInfo->size == 1) {
46            d0=1;
47            d1=1;
48            d2=1;
49        }
50    
51        bool warn=false;
52        // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
53        // ratio as the number of elements
54        if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
55            warn=true;
56            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
57            d0=max(1, d0);
58            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
59            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
60            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
61                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
62                // dividing 2 sides only
63                if (n0>=n1) {
64                    if (n1>=n2) {
65                        d0=d1=0;
66                        d2=1;
67                    } else {
68                        d0=d2=0;
69                        d1=1;
70                    }
71                } else {
72                    if (n0>=n2) {
73                        d0=d1=0;
74                        d2=1;
75                    } else {
76                        d0=1;
77                        d1=d2=0;
78                    }
79                }
80            }
81        }
82        if (d0<=0 && d1<=0) {
83            warn=true;
84            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
85            d1=m_mpiInfo->size/d0;
86            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
87                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
88                if (n0>n1) {
89                    d0=0;
90                    d1=1;
91                } else {
92                    d0=1;
93                    d1=0;
94                }
95            }
96        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
97            warn=true;
98            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
99            d2=m_mpiInfo->size/d0;
100            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
101                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
102                if (n0>n2) {
103                    d0=0;
104                    d2=1;
105                } else {
106                    d0=1;
107                    d2=0;
108                }
109            }
110        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
111            warn=true;
112            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
113            d2=m_mpiInfo->size/d1;
114            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
115                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
116                if (n1>n2) {
117                    d1=0;
118                    d2=1;
119                } else {
120                    d1=1;
121                    d2=0;
122                }
123            }
124        }
125        if (d0<=0) {
126            // d1,d2 are preset, determine d0
127            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
128        } else if (d1<=0) {
129            // d0,d2 are preset, determine d1
130            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
131        } else if (d2<=0) {
132            // d0,d1 are preset, determine d2
133            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
134        }
135    
136      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
137      // among number of ranks      // among number of ranks
138      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
139          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
140    
141      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
142          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
143                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
144        }
145    
146        double l0 = x1-x0;
147        double l1 = y1-y0;
148        double l2 = z1-z0;
149        m_dx[0] = l0/n0;
150        m_dx[1] = l1/n1;
151        m_dx[2] = l2/n2;
152    
153        if ((n0+1)%d0 > 0) {
154            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
155            l0=m_dx[0]*n0;
156            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
157                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
158        }
159        if ((n1+1)%d1 > 0) {
160            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
161            l1=m_dx[1]*n1;
162            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
163                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
164        }
165        if ((n2+1)%d2 > 0) {
166            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
167            l2=m_dx[2]*n2;
168            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
169                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
170        }
171    
172      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
173          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
174    
175        m_gNE[0] = n0;
176        m_gNE[1] = n1;
177        m_gNE[2] = n2;
178        m_origin[0] = x0;
179        m_origin[1] = y0;
180        m_origin[2] = z0;
181        m_length[0] = l0;
182        m_length[1] = l1;
183        m_length[2] = l2;
184        m_NX[0] = d0;
185        m_NX[1] = d1;
186        m_NX[2] = d2;
187    
188      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
189      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
190      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
191          m_NE0++;          m_NE[0]++;
192      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
193          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
194    
195      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
196      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
197          m_NE1++;          m_NE[1]++;
198      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
199          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
200    
201      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
202      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
203          m_NE2++;          m_NE[2]++;
204      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
205          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
206    
207      // local number of nodes      // local number of nodes
208      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
209      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
210      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
211    
212      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
213      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
214      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
215          m_offset0--;          m_offset[0]--;
216      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
217      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
218          m_offset1--;          m_offset[1]--;
219      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
220      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
221          m_offset2--;          m_offset[2]--;
222    
223      populateSampleIds();      populateSampleIds();
224      createPattern();      createPattern();
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 241  bool Brick::operator==(const AbstractDom
241      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
242      if (o) {      if (o) {
243          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
244                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
245                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
246                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
247                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
248      }      }
249    
250      return false;      return false;
251  }  }
252    
253    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
254                const GridParameters& params) const
255    {
256    #ifdef USE_NETCDF
257        // check destination function space
258        int myN0, myN1, myN2;
259        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
260            myN0 = m_NN[0];
261            myN1 = m_NN[1];
262            myN2 = m_NN[2];
263        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
264                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
265            myN0 = m_NE[0];
266            myN1 = m_NE[1];
267            myN2 = m_NE[2];
268        } else
269            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
270    
271        if (params.first.size() != 3)
272            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
273    
274        if (params.numValues.size() != 3)
275            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
276    
277        if (params.multiplier.size() != 3)
278            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
279        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
280            if (params.multiplier[i]<1)
281                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
282    
283        // check file existence and size
284        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
285        if (!f.is_valid())
286            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
287    
288        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
289        if (!var)
290            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
291    
292        // TODO: rank>0 data support
293        const int numComp = out.getDataPointSize();
294        if (numComp > 1)
295            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
296    
297        const int dims = var->num_dims();
298        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
299    
300        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
301        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
302        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
303                          params.numValues[1] > edges[1] ||
304                          params.numValues[0] > edges[2]))
305                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
306                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
307            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
308        }
309    
310        // check if this rank contributes anything
311        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
312                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
313                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
314                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
315                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
316                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
317            return;
318        }
319    
320        // now determine how much this rank has to write
321    
322        // first coordinates in data object to write to
323        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
324        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
325        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
326        // indices to first value in file
327        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
328        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
329        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
330        // number of values to read
331        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
332        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
333        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
334    
335        vector<double> values(num0*num1*num2);
336        if (dims==3) {
337            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
338            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
339        } else if (dims==2) {
340            var->set_cur(idx1, idx0);
341            var->get(&values[0], num1, num0);
342        } else {
343            var->set_cur(idx0);
344            var->get(&values[0], num0);
345        }
346    
347        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
348        out.requireWrite();
349    
350        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
351            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
352    #pragma omp parallel for
353                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
354                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
355                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
356                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
357                    const int srcIndex=z*num1*num0+y*num0+x;
358                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
359                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
360                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
361                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
362                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
363                                                   +m1*myN0
364                                                   +m2*myN0*myN1;
365                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
366                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
367                                        *dest++ = values[srcIndex];
368                                    }
369                                }
370                            }
371                        }
372                    }
373                }
374            }
375        }
376    #else
377        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
378    #endif
379    }
380    
381    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
382                               const GridParameters& params) const
383    {
384        // the mapping is not universally correct but should work on our
385        // supported platforms
386        switch (params.dataType) {
387            case DATATYPE_INT32:
388                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
389                break;
390            case DATATYPE_FLOAT32:
391                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
392                break;
393            case DATATYPE_FLOAT64:
394                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
395                break;
396            default:
397                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
398        }
399    }
400    
401    template<typename ValueType>
402    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
403                                   const GridParameters& params) const
404    {
405        // check destination function space
406        int myN0, myN1, myN2;
407        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
408            myN0 = m_NN[0];
409            myN1 = m_NN[1];
410            myN2 = m_NN[2];
411        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
412                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
413            myN0 = m_NE[0];
414            myN1 = m_NE[1];
415            myN2 = m_NE[2];
416        } else
417            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
418    
419        if (params.first.size() != 3)
420            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
421    
422        if (params.numValues.size() != 3)
423            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
424    
425        if (params.multiplier.size() != 3)
426            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
427        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
428            if (params.multiplier[i]<1)
429                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
430    
431        // check file existence and size
432        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
433        if (f.fail()) {
434            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
435        }
436        f.seekg(0, ios::end);
437        const int numComp = out.getDataPointSize();
438        const int filesize = f.tellg();
439        const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
440        if (filesize < reqsize) {
441            f.close();
442            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
443        }
444    
445        // check if this rank contributes anything
446        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
447                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
448                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
449                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
450                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
451                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
452            f.close();
453            return;
454        }
455    
456        // now determine how much this rank has to write
457    
458        // first coordinates in data object to write to
459        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
460        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
461        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
462        // indices to first value in file
463        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
464        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
465        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
466        // number of values to read
467        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
468        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
469        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
470    
471        out.requireWrite();
472        vector<ValueType> values(num0*numComp);
473        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
474    
475        for (int z=0; z<num2; z++) {
476            for (int y=0; y<num1; y++) {
477                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
478                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
479                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
480                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
481    
482                for (int x=0; x<num0; x++) {
483                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
484                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
485                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
486                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
487                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
488                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
489                                const int dataIndex = baseIndex+m0
490                                               +m1*myN0
491                                               +m2*myN0*myN1;
492                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
493                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
494                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
495    
496                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
497                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
498                                        // this will alter val!!
499                                        byte_swap32(cval);
500                                    }
501                                    if (!std::isnan(val)) {
502                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
503                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
504                                        }
505                                    }
506                                }
507                            }
508                        }
509                    }
510                }
511            }
512        }
513    
514        f.close();
515    }
516    
517    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
518                                int byteOrder, int dataType) const
519    {
520        // the mapping is not universally correct but should work on our
521        // supported platforms
522        switch (dataType) {
523            case DATATYPE_INT32:
524                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
525                break;
526            case DATATYPE_FLOAT32:
527                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
528                break;
529            case DATATYPE_FLOAT64:
530                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
531                break;
532            default:
533                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
534        }
535    }
536    
537    template<typename ValueType>
538    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
539                                    const string& filename, int byteOrder) const
540    {
541        // check function space and determine number of points
542        int myN0, myN1, myN2;
543        int totalN0, totalN1, totalN2;
544        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
545            myN0 = m_NN[0];
546            myN1 = m_NN[1];
547            myN2 = m_NN[2];
548            totalN0 = m_gNE[0]+1;
549            totalN1 = m_gNE[1]+1;
550            totalN2 = m_gNE[2]+1;
551        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
552                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
553            myN0 = m_NE[0];
554            myN1 = m_NE[1];
555            myN2 = m_NE[2];
556            totalN0 = m_gNE[0];
557            totalN1 = m_gNE[1];
558            totalN2 = m_gNE[2];
559        } else
560            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
561    
562        const int numComp = in.getDataPointSize();
563        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
564        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
565    
566        if (numComp > 1 || dpp > 1)
567            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
568    
569        escript::Data* _in = const_cast<escript::Data*>(&in);
570    
571        // from here on we know that each sample consists of one value
572        FileWriter fw;
573        fw.openFile(filename, fileSize);
574        MPIBarrier();
575    
576        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
577            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
578                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
579                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
580                ostringstream oss;
581    
582                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
583                    const double* sample = _in->getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
584                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
585                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
586                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
587                    } else {
588                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
589                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
590                    }
591                }
592                fw.writeAt(oss, fileofs);
593            }
594        }
595        fw.close();
596    }
597    
598  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
599  {  {
600  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 129  void Brick::dump(const string& fileName) Line 603  void Brick::dump(const string& fileName)
603          fn+=".silo";          fn+=".silo";
604      }      }
605    
     const int NUM_SILO_FILES = 1;  
     const char* blockDirFmt = "/block%04d";  
606      int driver=DB_HDF5;          int driver=DB_HDF5;    
607      string siloPath;      string siloPath;
608      DBfile* dbfile = NULL;      DBfile* dbfile = NULL;
609    
610  #ifdef ESYS_MPI  #ifdef ESYS_MPI
611      PMPIO_baton_t* baton = NULL;      PMPIO_baton_t* baton = NULL;
612        const int NUM_SILO_FILES = 1;
613        const char* blockDirFmt = "/block%04d";
614  #endif  #endif
615    
616      if (m_mpiInfo->size > 1) {      if (m_mpiInfo->size > 1) {
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 655  void Brick::dump(const string& fileName)
655      }      }
656      */      */
657    
658      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
659      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
660      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
661      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
662  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
663      {      {
664  #pragma omp for  #pragma omp for
665          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
666              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
667          }          }
668  #pragma omp for  #pragma omp for
669          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
670              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
671          }          }
672  #pragma omp for  #pragma omp for
673          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
674              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
675          }          }
676      }      }
677      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
678      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
679        // write mesh
680        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
681              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
682    
683      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
684        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
685              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
686    
687      // write element ids      // write element ids
688      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
689      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
690              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
691    
692      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
693      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 780  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
780          case ReducedElements:          case ReducedElements:
781              {              {
782                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
783                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
784                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
785                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
786                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
787              }              }
788          case FaceElements:          case FaceElements:
789          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
790              {              {
791                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
792                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
793                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
794                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
795                      if (id<n) {                      if (id<n) {
796                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
797                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
798                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
799                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
800                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
801                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
802                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
803                          } else { // left or right                          } else { // left or right
804                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
805                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
806                          }                          }
807                      }                      }
808                  }                  }
# Line 352  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 825  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
825          {          {
826              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
827  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
828                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
829                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
830                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
831                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
832                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
833                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 839  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
839    
840              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
841  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
842                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
843                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
844                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
845                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
846                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
847                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 853  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
853    
854              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
855  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
856                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
857                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
858                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
859                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
860                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
861                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 867  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
867    
868              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
869  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
870                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
871                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
872                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
873                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
874                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
875                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 881  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
881    
882              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
883  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
884                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
885                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
886                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
887                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
888                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
889                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 895  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
895    
896              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
897  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
898                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
899                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
900                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
901                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
902                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
903                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 913  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
913          {          {
914              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
915  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
916                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
917                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
918                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
919                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
920                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
921                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 925  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
925    
926              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
927  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
928                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
929                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
930                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
931                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
932                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
933                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 937  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
937    
938              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
939  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
940                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
941                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
942                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
943                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
944                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
945                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 949  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
949    
950              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
951  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
952                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
953                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
954                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
955                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
956                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
957                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 961  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
961    
962              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
963  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
964                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
965                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
966                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
967                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
968                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
969                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 973  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
973    
974              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
975  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
976                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
977                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
978                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
979                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
980                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
981                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 998  void Brick::setToSize(escript::Data& out
998              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
999          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1000          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1001          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=min(min(xSize,ySize),zSize);  
1002  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1003          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1004              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1008  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1008              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1009          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1010          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1011  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1012          {          {
1013              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1014                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1015  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1016                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1017                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1018                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1019                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1020                      }                      }
1021                  }                  }
1022              }              }
1023    
1024              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1025                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1026  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1027                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1028                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1029                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1030                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1031                      }                      }
1032                  }                  }
1033              }              }
1034    
1035              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1036                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1037  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1038                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1039                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1040                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1041                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1042                      }                      }
1043                  }                  }
1044              }              }
1045    
1046              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1047                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1048  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1049                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1050                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1051                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1052                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1053                      }                      }
1054                  }                  }
1055              }              }
1056    
1057              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1058                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1059  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1060                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1061                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1062                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1063                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1064                      }                      }
1065                  }                  }
1066              }              }
1067    
1068              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1069                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1070  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1071                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1072                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1073                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1074                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1075                      }                      }
1076                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1085  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1085      }      }
1086  }  }
1087    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1088  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1089  {  {
1090      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1092  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1092          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1093          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1094          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1095          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1096              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1097                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1098                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1099                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1100          }          }
1101      }      }
1102  }  }
1103    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1104    
1105  //protected  //protected
1106  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1112  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1112      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1113          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1114    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1115      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1116  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1117      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1118          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1119              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1120                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1121                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1122                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1123                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1124              }              }
1125          }          }
1126      }      }
# Line 757  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1130  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1130  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const
1131  {  {
1132      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l1/m_gNE2;  
1133      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1134      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1135      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 770  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1140  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1140    
1141      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1142          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1143  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1144          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1145              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1146                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1147                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1148                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1149                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1150                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1151                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1152                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1153                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1154                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1155                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1156                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1157                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1158                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1159                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1160                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1161                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1162                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1163                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1164                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1165                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1166                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1167                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1168                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1169                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1170                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1171                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1172                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1173                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1174                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1175                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1176                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1177                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1178                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1179                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1180                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1181                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1182                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1183                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1184                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1185                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1186                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1187                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1188                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1189                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1190                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1191                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1192                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1193                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1194                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1195              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1196          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1197                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1198                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1199                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1200                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1201                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1202                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1203                            } // end of component loop i
1204                        } // end of k0 loop
1205                    } // end of k1 loop
1206                } // end of k2 loop
1207            } // end of parallel section
1208      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1209          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1210  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1211          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1212              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1213                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1214                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1215                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1216                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1217                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1218                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1219                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1220                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1221                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1222                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1223                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1224                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1225                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1226                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1227                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1228                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1229              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1230          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1231                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1232                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1233                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1234                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1235                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1236                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1237                            } // end of component loop i
1238                        } // end of k0 loop
1239                    } // end of k1 loop
1240                } // end of k2 loop
1241            } // end of parallel section
1242      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1243          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1244  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1245          {          {
1246                vector<double> f_000(numComp);
1247                vector<double> f_001(numComp);
1248                vector<double> f_010(numComp);
1249                vector<double> f_011(numComp);
1250                vector<double> f_100(numComp);
1251                vector<double> f_101(numComp);
1252                vector<double> f_110(numComp);
1253                vector<double> f_111(numComp);
1254              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1255  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1256                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1257                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1258                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1259                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1260                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1261                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1262                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1263                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1264                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1265                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1266                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1267                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1268                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1269                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1270                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1271                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1272                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1273                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1274                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1275                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1276                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1277                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1278                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1279                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1280                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1281                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1282                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1283                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1284                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1287  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1287              } // end of face 0              } // end of face 0
1288              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1289  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1290                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1291                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1292                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1293                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1294                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1295                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1296                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1297                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1298                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1299                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1300                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1301                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1302                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1303                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1304                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1305                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1306                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1307                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1308                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1309                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1310                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1311                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1312                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1313                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1314                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1315                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1316                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1317                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1318                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1321  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1321              } // end of face 1              } // end of face 1
1322              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1323  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1324                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1325                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1326                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1327                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1328                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1329                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1330                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1331                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1332                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1333                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1334                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1335                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1336                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1337                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1338                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1339                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1340                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1341                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1342                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1343                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1344                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1345                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1346                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1347                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1348                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1349                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1350                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1351                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1352                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1354  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1354              } // end of face 2              } // end of face 2
1355              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1356  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1357                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1358                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1359                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1360                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1361                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1362                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1363                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1364                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1365                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1366                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1367                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1368                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1369                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1370                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1371                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1372                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1373                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1374                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1375                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1376                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1377                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1378                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1379                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1380                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1381                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1382                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1383                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1384                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1385                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1386                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1388  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1388              } // end of face 3              } // end of face 3
1389              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1390  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1391                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1392                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1393                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1394                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1395                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1396                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1397                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1398                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1399                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1400                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1401                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1402                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1403                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1404                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1405                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1406                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1407                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1408                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1409                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1410                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1411                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1412                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1413                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1414                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1415                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1416                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1417                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1418                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1419                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1420                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1421                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1422              } // end of face 4              } // end of face 4
1423              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1424  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1425                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1426                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1427                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1429                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1430                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1431                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1432                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1433                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1434                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1435                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1436                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1437                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1438                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1439                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1440                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1441                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1442                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1443                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1444                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1445                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1446                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1447                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1448                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1449                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1450                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1451                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1452                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1453                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1454                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1455                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1459  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1459          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1460  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1461          {          {
1462                vector<double> f_000(numComp);
1463                vector<double> f_001(numComp);
1464                vector<double> f_010(numComp);
1465                vector<double> f_011(numComp);
1466                vector<double> f_100(numComp);
1467                vector<double> f_101(numComp);
1468                vector<double> f_110(numComp);
1469                vector<double> f_111(numComp);
1470              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1471  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1472                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1473                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1474                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1475                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1476                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1477                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1478                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1479                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1480                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1481                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1482                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1483                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1484                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1485                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1486                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1487                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1488                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1489                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1490              } // end of face 0              } // end of face 0
1491              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1492  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1493                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1494                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1495                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1496                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1497                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1498                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1499                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1500                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1501                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1502                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1503                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1504                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1505                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1506                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1507                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1508                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1509                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1510                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1511              } // end of face 1              } // end of face 1
1512              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1513  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1514                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1515                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1516                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1517                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1518                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1519                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1520                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1521                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1522                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1523                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1524                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1525                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1526                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1527                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1528                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1529                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1530                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1531                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1532              } // end of face 2              } // end of face 2
1533              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1534  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1535                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1536                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1537                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1538                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1539                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1540                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1541                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1542                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1543                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1544                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1545                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1546                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1547                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1548                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1549                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1550                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1551                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1552                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1553              } // end of face 3              } // end of face 3
1554              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1555  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1556                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1557                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1558                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1559                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1560                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1561                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1562                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1563                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1564                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1565                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1566                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1567                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1568                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1569                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1570                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1571                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1572                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1573                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1574              } // end of face 4              } // end of face 4
1575              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1576  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1577                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1578                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1579                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1580                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1581                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1582                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1583                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1584                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1585                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1586                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1587                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1588                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1589                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1590                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1591                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1592                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1593                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1594                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1193  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1601  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1601  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const
1602  {  {
1603      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1604      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1605      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1606      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1607      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1608      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1609      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
     if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {  
         const double w_0 = h0*h1*h2/8.;  
1610  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1611          {          {
1612              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1613  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1614              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1615                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1616                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1617                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1618                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1619                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1620                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1228  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1634  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1634              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1635                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1636          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1637      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
1638          const double w_0 = h0*h1*h2;      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1639            const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1640  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1641          {          {
1642              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1643  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1644              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1645                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1646                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1647                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1648                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1649                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1650                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1249  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1656  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1656              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1657                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1658          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1659      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
1660          const double w_0 = h1*h2/4.;      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1661          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1662          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1663            const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1664  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1665          {          {
1666              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1667              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1668  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1669                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1670                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1671                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1672                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1673                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1674                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1274  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1682  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1682    
1683              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1684  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1685                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1686                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1687                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1688                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1689                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1690                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1290  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1698  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1698    
1699              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1700  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1701                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1702                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1703                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1704                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1705                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1706                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1306  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1714  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1714    
1715              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1716  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1717                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1718                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1719                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1720                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1721                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1722                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1322  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1730  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1730    
1731              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1732  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1733                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1734                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1735                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1736                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1737                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1738                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1338  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1746  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1746    
1747              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1748  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1749                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1750                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1751                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1752                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1753                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1754                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1357  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1765  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1765                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1766          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1767    
1768      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1769          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1770          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1771          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1772  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1773          {          {
1774              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1775              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1776  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1777                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1778                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1779                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1780                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1781                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1782                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1378  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1786  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1786    
1787              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1788  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1789                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1790                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1791                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1792                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1793                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1794                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1390  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1798  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1798    
1799              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1800  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1801                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1802                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1803                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1804                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1805                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1806                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1402  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1810  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1810    
1811              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1812  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1813                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1814                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1815                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1816                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1817                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1818                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1414  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1822  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1822    
1823              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1824  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1825                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1826                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1827                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1828                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1829                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1830                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1426  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1834  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1834    
1835              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1836  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1837                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1838                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1839                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1840                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1841                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1842                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1440  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1848  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1848              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1849                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1850          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1851        } // function space selector
     }  
1852  }  }
1853    
1854  //protected  //protected
1855  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1856  {  {
1857      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1858      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1859      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1860      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1861      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1862      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1484  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1891  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1891      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1892      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1893    
1894      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1895      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1896      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1897      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1898      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1899      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1900  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1901      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1902          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1903              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1904                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1905                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1906                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1907              }              }
# Line 1521  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1928  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1928                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1929          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1930      }      }
1931        Paso_Coupler_free(coupler);
1932  }  }
1933    
1934  //private  //private
1935  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1936  {  {
1937      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1938      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1939        // left-right, bottom-top, front-back).
1940        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1941        // helps when writing out data rank after rank.
1942    
1943      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1944      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1541  void Brick::populateSampleIds() Line 1952  void Brick::populateSampleIds()
1952      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1953      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1954      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1955    
1956        // populate face element counts
1957        //left
1958        if (m_offset[0]==0)
1959            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1960        else
1961            m_faceCount[0]=0;
1962        //right
1963        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1964            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1965        else
1966            m_faceCount[1]=0;
1967        //bottom
1968        if (m_offset[1]==0)
1969            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1970        else
1971            m_faceCount[2]=0;
1972        //top
1973        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
1974            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
1975        else
1976            m_faceCount[3]=0;
1977        //front
1978        if (m_offset[2]==0)
1979            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
1980        else
1981            m_faceCount[4]=0;
1982        //back
1983        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
1984            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
1985        else
1986            m_faceCount[5]=0;
1987    
1988      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
1989    
1990        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1991        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1992        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1993        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1994        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1995        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1996    
1997        // the following is a compromise between efficiency and code length to
1998        // set the node id's according to the order mentioned above.
1999        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2000        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2001        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2002        // the 6 faces are set but only if required...
2003    
2004    #define globalNodeId(x,y,z) \
2005        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2006        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2007        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2008    
2009  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2010      {      {
2011            // set edge id's
2012            // edges in x-direction, including corners
2013  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2014          // nodes          for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2015          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2016              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2017                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2018                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2019                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
2020                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in y-direction, without corners
2021                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for nowait
2022            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2023                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2024                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2025                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2026                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2027            }
2028            // edges in z-direction, without corners
2029    #pragma omp for
2030            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2031                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2032                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2033                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2034                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2035            }
2036            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2037            // below
2038    
2039            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2040    #pragma omp for nowait
2041            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2042                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2043                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2044                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2045                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2046                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2047                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
2048                  }                  }
2049              }              }
2050          }          }
2051    
2052          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2053            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2054    #pragma omp for nowait
2055                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2056                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2057                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2058                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2059                        m_nodeId[nodeIdx]
2060                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2061                    }
2062                }
2063            }
2064            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2065    #pragma omp for nowait
2066                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2067                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2068                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2069                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2070                        m_nodeId[nodeIdx]
2071                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2072                    }
2073                }
2074            }
2075            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2076    #pragma omp for nowait
2077                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2078                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2079                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2080                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2081                        m_nodeId[nodeIdx]
2082                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2083                    }
2084                }
2085            }
2086            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2087  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2088          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2089              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2090                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2091                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2092                        m_nodeId[nodeIdx]
2093                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2094                    }
2095                }
2096            }
2097            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2098    #pragma omp for nowait
2099                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2100                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2101                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2102                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2103                        m_nodeId[nodeIdx]
2104                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2105                    }
2106                }
2107            }
2108            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2109    #pragma omp for nowait
2110                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2111                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2112                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2113                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2114                        m_nodeId[nodeIdx]
2115                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2116                    }
2117                }
2118            }
2119    
2120          // elements          // populate element id's
2121  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2122          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2123              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2124                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2125                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2126                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2127                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2128                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2129                  }                  }
2130              }              }
2131          }          }
# Line 1582  void Brick::populateSampleIds() Line 2136  void Brick::populateSampleIds()
2136              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2137      } // end parallel section      } // end parallel section
2138    
2139    #undef globalNodeId
2140    
2141      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2142      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2143    
# Line 1589  void Brick::populateSampleIds() Line 2145  void Brick::populateSampleIds()
2145      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2146    
2147      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2148      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2149      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2150      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2151      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2152      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2153      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2154          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2155              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2156              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2157              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2158          }          }
2159      }      }
2160      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1614  void Brick::populateSampleIds() Line 2169  void Brick::populateSampleIds()
2169  //private  //private
2170  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2171  {  {
2172      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2173      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2174      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2175      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2176      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2177      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2178    
2179      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2180      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1628  void Brick::createPattern() Line 2183  void Brick::createPattern()
2183      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2184          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2185              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2186                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2187              }              }
2188          }          }
2189      }      }
# Line 1642  void Brick::createPattern() Line 2197  void Brick::createPattern()
2197      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2198      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2199      int numShared=0;      int numShared=0;
2200      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2201      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2202      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2203      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2204          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2205              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1655  void Brick::createPattern() Line 2210  void Brick::createPattern()
2210                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2211                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2212                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2213                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2214                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2215                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2216                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2217                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2218                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2219                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2220                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2221                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2222                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2223                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2224                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2225                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1697  void Brick::createPattern() Line 2252  void Brick::createPattern()
2252                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2253                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2254                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2255                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2256                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2257                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2258                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2259                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1731  void Brick::createPattern() Line 2286  void Brick::createPattern()
2286                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2287                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2288                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2289                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2290                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2291                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2292                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2293                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1755  void Brick::createPattern() Line 2310  void Brick::createPattern()
2310                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2311                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2312                                  }                                  }
2313                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2314                              }                              }
2315                          }                          }
2316                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1763  void Brick::createPattern() Line 2318  void Brick::createPattern()
2318                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2319                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2320                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2321                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2322                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2323                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2324                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2325                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1780  void Brick::createPattern() Line 2335  void Brick::createPattern()
2335                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2336                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2337                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2338                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2339                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2340                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2341                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2342                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2343                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1790  void Brick::createPattern() Line 2346  void Brick::createPattern()
2346                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2347                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2348                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2349                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2350                          }                          }
2351                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2352                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2353                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2354                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2355                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2356                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2357                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2358                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2359                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2360                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2361                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1807  void Brick::createPattern() Line 2364  void Brick::createPattern()
2364                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2365                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2366                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2367                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2368                          }                          }
2369                      } else {                      } else {
2370                          // sharing a node                          // sharing a node
2371                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2372                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2373                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2374                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2375                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2376                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2377                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2378                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2379                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1927  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2484  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2484      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2485      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2486      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2487      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2488      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2489      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2490      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2491      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2492      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2493      if (addF) {      if (addF) {
2494          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2495          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1955  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2512  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2512      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2513      if (reduced) {      if (reduced) {
2514          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2515          const double c0 = .125;  #pragma omp parallel
2516  #pragma omp parallel for          {
2517          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              vector<double> f_000(numComp);
2518              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_001(numComp);
2519                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_010(numComp);
2520                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2521                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2522                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2523                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2524                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2525                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2526                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2527                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2528                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2529                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2530                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2531                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2532                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2533              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2534          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2535                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2536                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2537                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2538                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2539                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2540                            } // end of component loop i
2541                        } // end of k0 loop
2542                    } // end of k1 loop
2543                } // end of k2 loop
2544            } // end of parallel section
2545      } else {      } else {
2546          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2547          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2548          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2549          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2550          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2551  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2552          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2553              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2554                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2555                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2556                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2557                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2558                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2559                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2560                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2561                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2562                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2563                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2564                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2565                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2566                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2567                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2568                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2569                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2570                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2571                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2572                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2573                      } // end of component loop i                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2574                  } // end of k0 loop                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2575              } // end of k1 loop                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2576          } // end of k2 loop                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2577                                o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2578                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2579                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2580                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2581                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2582                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2583                            } // end of component loop i
2584                        } // end of k0 loop
2585                    } // end of k1 loop
2586                } // end of k2 loop
2587            } // end of parallel section
2588      }      }
2589  }  }
2590    
# Line 2017  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2595  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2595      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2596      if (reduced) {      if (reduced) {
2597          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2598  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2599          {          {
2600                vector<double> f_000(numComp);
2601                vector<double> f_001(numComp);
2602                vector<double> f_010(numComp);
2603                vector<double> f_011(numComp);
2604                vector<double> f_100(numComp);
2605                vector<double> f_101(numComp);
2606                vector<double> f_110(numComp);
2607                vector<double> f_111(numComp);
2608              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2609  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2610                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2611                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2612                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2613                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2614                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2615                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2616                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2617                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2618                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2619                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2620                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2621                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2622              } // end of face 0              } // end of face 0
2623              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2624  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2625                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2626                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2627                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2628                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2629                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2630                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2631                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2632                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2633                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2634                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2635                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2636                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2637              } // end of face 1              } // end of face 1
2638              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2639  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2640                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2641                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2642                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2643                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2644                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2645                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2646                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2647                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2648                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2649                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2650                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2651                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2652              } // end of face 2              } // end of face 2
2653              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2654  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2655                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2656                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2657                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2658                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2659                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2660                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2661                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2662                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2663                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2664                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2665                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2666                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2667              } // end of face 3              } // end of face 3
2668              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2669  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2670                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2671                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2672                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2673                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2674                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2675                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2676                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2677                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2678                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2679                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2680                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2681                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2682              } // end of face 4              } // end of face 4
2683              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2684  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2685                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2686                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2687                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2688                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2689                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2690                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2691                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2692                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2693                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2694                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2695                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2696                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2118  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2703  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2703          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2704  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2705          {          {
2706                vector<double> f_000(numComp);
2707                vector<double> f_001(numComp);
2708                vector<double> f_010(numComp);
2709                vector<double> f_011(numComp);
2710                vector<double> f_100(numComp);
2711                vector<double> f_101(numComp);
2712                vector<double> f_110(numComp);
2713                vector<double> f_111(numComp);
2714              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2715  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2716                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2717                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2718                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2719                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2720                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2721                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2722                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2723                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2724                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2725                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2138  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2731  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2731              } // end of face 0              } // end of face 0
2732              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2733  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2734                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2735                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2736                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2737                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2738                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2739                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2740                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2741                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2742                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2743                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2156  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2749  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2749              } // end of face 1              } // end of face 1
2750              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2751  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2752                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2753                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2754                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2755                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2756                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2757                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2758                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2759                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2760                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2761                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2174  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2767  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2767              } // end of face 2              } // end of face 2
2768              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2769  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2770                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2771                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2772                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2773                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2774                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2775                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2776                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2777                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2778                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2779                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2192  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2785  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2785              } // end of face 3              } // end of face 3
2786              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2787  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2788                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2789                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2790                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2791                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2792                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2793                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2794                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2795                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2796                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2797                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2210  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2803  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2803              } // end of face 4              } // end of face 4
2804              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2805  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2806                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2807                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2808                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2809                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2810                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2811                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2812                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2813                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2814                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2815                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2236  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2829  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2829          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
2830          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
2831  {  {
2832      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double SQRT3 = 1.73205080756887719318;
2833      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double w10 = -m_dx[0]/288;
2834      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double w6 = w10*(SQRT3 - 2);
2835      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w12 = w10*(-SQRT3 - 2);
2836      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      const double w4 = w10*(-4*SQRT3 + 7);
2837      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      const double w18 = w10*(-4*SQRT3 - 7);
2838      const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      const double w11 = m_dx[1]/288;
2839      const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;      const double w5 = w11*(-SQRT3 + 2);
2840      const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;      const double w15 = w11*(SQRT3 + 2);
2841      const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;      const double w2 = w11*(4*SQRT3 - 7);
2842      const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      const double w17 = w11*(4*SQRT3 + 7);
2843      const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;      const double w8 = m_dx[2]/288;
2844      const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;      const double w1 = w8*(-SQRT3 + 2);
2845      const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      const double w16 = w8*(SQRT3 + 2);
2846      const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;      const double w20 = w8*(4*SQRT3 - 7);
2847      const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;      const double w21 = w8*(-4*SQRT3 - 7);
2848      const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;      const double w50 = m_dx[0]*m_dx[1]/72;
2849      const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      const double w65 = -m_dx[0]*m_dx[1]/48;
2850      const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      const double w35 = w65*(-SQRT3 - 3)/36;
2851      const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;      const double w42 = w65*(SQRT3 - 3)/36;
2852      const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;      const double w32 = w65*(5*SQRT3 - 9)/36;
2853      const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;      const double w43 = w65*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2854      const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;      const double w40 = w65*(-19*SQRT3 - 33)/36;
2855      const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;      const double w41 = w65*(19*SQRT3 - 33)/36;
2856      const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;      const double w63 = w65*(SQRT3 + 2);
2857      const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;      const double w67 = w65*(-SQRT3 + 2);
2858      const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;      const double w51 = -m_dx[0]*m_dx[2]/72;
2859      const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;      const double w64 = -m_dx[0]*m_dx[2]/48;
2860      const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;      const double w34 = w64*(-SQRT3 - 3)/36;
2861      const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;      const double w37 = w64*(SQRT3 - 3)/36;
2862      const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;      const double w31 = w64*(5*SQRT3 - 9)/36;
2863      const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;      const double w39 = w64*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2864      const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;      const double w44 = w64*(19*SQRT3 + 33)/36;
2865      const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w45 = w64*(-19*SQRT3 + 33)/36;
2866      const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;      const double w62 = w64*(SQRT3 + 2);
2867      const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      const double w68 = w64*(-SQRT3 + 2);
2868      const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      const double w53 = -m_dx[1]*m_dx[2]/72;
2869      const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;      const double w66 = -m_dx[1]*m_dx[2]/48;
2870      const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;      const double w33 = w66*(SQRT3 - 3)/36;
2871      const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      const double w36 = w66*(-SQRT3 - 3)/36;
2872      const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;      const double w30 = w66*(5*SQRT3 - 9)/36;
2873      const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      const double w38 = w66*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2874      const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;      const double w46 = w66*(19*SQRT3 - 33)/36;
2875      const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;      const double w47 = w66*(-19*SQRT3 - 33)/36;
2876      const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;      const double w61 = w66*(SQRT3 + 2);
2877      const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;      const double w69 = w66*(-SQRT3 + 2);
2878      const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;      const double w55 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/1728;
2879      const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;      const double w57 = w55*(-SQRT3 + 2);
2880      const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;      const double w58 = w55*(SQRT3 + 2);
2881      const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;      const double w54 = w55*(-4*SQRT3 + 7);
2882      const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;      const double w56 = w55*(4*SQRT3 + 7);
2883      const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;      const double w59 = w55*(15*SQRT3 + 26);
2884      const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;      const double w60 = w55*(-15*SQRT3 + 26);
2885      const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;      const double w71 = w55*6*(SQRT3 + 3);
2886      const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;      const double w72 = w55*6*(-SQRT3 + 3);
2887      const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;      const double w70 = w55*6*(5*SQRT3 + 9);
2888      const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;      const double w73 = w55*6*(-5*SQRT3 + 9);
2889      const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      const double w13 = -m_dx[0]*m_dx[1]/(288*m_dx[2]);
2890      const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;      const double w23 = w13*(SQRT3 - 2);
2891      const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;      const double w25 = w13*(-SQRT3 - 2);
2892      const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;      const double w7 = w13*(-4*SQRT3 + 7);
2893      const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;      const double w19 = w13*(4*SQRT3 + 7);
2894      const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;      const double w22 = -m_dx[0]*m_dx[2]/(288*m_dx[1]);
2895      const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;      const double w3 = w22*(SQRT3 - 2);
2896      const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;      const double w9 = w22*(-SQRT3 - 2);
2897      const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;      const double w24 = w22*(4*SQRT3 + 7);
2898      const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;      const double w26 = w22*(-4*SQRT3 + 7);
2899      const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;      const double w27 = -m_dx[1]*m_dx[2]/(288*m_dx[0]);
2900      const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;      const double w0 = w27*(SQRT3 - 2);
2901      const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;      const double w14 = w27*(-SQRT3 - 2);
2902      const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;      const double w28 = w27*(-4*SQRT3 + 7);
2903      const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;      const double w29 = w27*(4*SQRT3 + 7);
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
2904    
2905      rhs.requireWrite();      rhs.requireWrite();
2906  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2907      {      {
2908          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
2909  #pragma omp for  #pragma omp for
2910              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
2911                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
2912                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
2913                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
2914                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
2915                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
2916                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
2917                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
2918                          ///////////////                          ///////////////
2919                          // process A //                          // process A //
2920                          ///////////////                          ///////////////
2921                          if (!A.isEmpty()) {                          if (!A.isEmpty()) {
2922                              add_EM_S=true;                              add_EM_S = true;
2923                              const double* A_p=const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);                              const double* A_p = const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);
2924                              if (A.actsExpanded()) {                              if (A.actsExpanded()) {
2925                                  const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];                                  const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];
2926                                  const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];                                  const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];
# Line 2516  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2994  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2994                                  const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];                                  const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];
2995                                  const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];                                  const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];
2996                                  const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];                                  const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];
2997                                  const double tmp160_0 = A_12_0 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_6;                                  const double tmp0 = w18*(-A_12_7 + A_21_3);
2998                                  const double tmp8_0 = A_21_0 + A_21_6;                                  const double tmp1 = w13*(A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6);
2999                                  const double tmp135_0 = A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;                                  const double tmp2 = w11*(-A_02_2 - A_02_5 + A_20_1 + A_20_6);
3000                                  const double tmp67_0 = A_02_2 + A_02_7;                                  const double tmp3 = w14*(A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7);
3001                                  const double tmp211_0 = A_12_6 + A_21_6;                                  const double tmp4 = w7*(A_22_0 + A_22_4);
3002                                  const double tmp180_0 = A_10_2 + A_10_6;                                  const double tmp5 = w10*(A_12_1 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_5);
3003                                  const double tmp37_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3;                                  const double tmp6 = w3*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6);
3004                                  const double tmp92_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;                                  const double tmp7 = w1*(A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4);
3005                                  const double tmp195_0 = A_02_2 + A_20_2;                                  const double tmp8 = w4*(A_12_0 - A_21_4);
3006                                  const double tmp70_0 = A_01_0 + A_01_7;                                  const double tmp9 = w15*(-A_02_3 - A_02_6 + A_20_2 + A_20_7);
3007                                  const double tmp139_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp10 = w0*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5);
3008                                  const double tmp200_0 = A_12_3 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_5;                                  const double tmp11 = w16*(A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7);
3009                                  const double tmp60_0 = A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6;                                  const double tmp12 = w9*(A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7);
3010                                  const double tmp192_0 = A_01_5 + A_10_5;                                  const double tmp13 = w12*(-A_12_3 - A_12_5 + A_21_1 + A_21_7);
3011                                  const double tmp46_0 = A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp14 = w5*(-A_02_1 - A_02_4 + A_20_0 + A_20_5);
3012                                  const double tmp48_0 = A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp15 = w8*(A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6);
3013                                  const double tmp166_0 = A_11_5 + A_11_7;                                  const double tmp16 = w6*(-A_12_2 - A_12_4 + A_21_0 + A_21_6);
3014                                  const double tmp221_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_4;                                  const double tmp17 = w19*(A_22_3 + A_22_7);
3015                                  const double tmp50_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_4 + A_20_6;                                  const double tmp18 = w17*(-A_02_7 + A_20_3);
3016                                  const double tmp217_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_3 + A_20_4;                                  const double tmp19 = w2*(A_02_0 - A_20_4);
3017                                  const double tmp216_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_5;                                  const double tmp20 = w13*(-A_22_0 - A_22_1 - A_22_2 - A_22_3 - A_22_4 - A_22_5 - A_22_6 - A_22_7);
3018                                  const double tmp104_0 = A_22_2 + A_22_6;                                  const double tmp21 = w11*(-A_02_1 - A_02_3 - A_02_4 - A_02_6 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7);
3019                                  const double tmp72_0 = A_20_3 + A_20_6;                                  const double tmp22 = w14*(-A_00_4 - A_00_5 - A_00_6 - A_00_7);
3020                                  const double tmp79_0 = A_10_4 + A_10_7;                                  const double tmp23 = w20*(A_01_2 + A_10_1);
3021                                  const double tmp86_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp24 = w10*(A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 - A_21_0 - A_21_1 - A_21_6 - A_21_7);
3022                                  const double tmp214_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp25 = w3*(-A_11_0 - A_11_1 - A_11_2 - A_11_3);
3023                                  const double tmp32_0 = A_02_0 + A_02_2;                                  const double tmp26 = w1*(-A_01_0 - A_01_3 - A_10_0 - A_10_3);
3024                                  const double tmp112_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7;                                  const double tmp27 = w15*(-A_02_5 - A_02_7 + A_20_4 + A_20_6);
3025                                  const double tmp197_0 = A_12_0 + A_21_0;                                  const double tmp28 = w0*(-A_00_0 - A_00_1 - A_00_2 - A_00_3);
3026                                  const double tmp106_0 = A_22_1 + A_22_5;                                  const double tmp29 = w16*(-A_01_4 - A_01_7 - A_10_4 - A_10_7);
3027                                  const double tmp2_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp30 = w9*(-A_11_4 - A_11_5 - A_11_6 - A_11_7);
3028                                  const double tmp115_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2;                                  const double tmp31 = w21*(A_01_5 + A_10_6);
3029                                  const double tmp175_0 = A_01_3 + A_01_7;                                  const double tmp32 = w12*(-A_12_6 - A_12_7 + A_21_4 + A_21_5);
3030                                  const double tmp126_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_6;                                  const double tmp33 = w5*(-A_02_0 - A_02_2 + A_20_1 + A_20_3);
3031                                  const double tmp90_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp34 = w8*(-A_01_1 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_5);
3032                                  const double tmp47_0 = A_12_0 + A_12_6;                                  const double tmp35 = w6*(-A_12_0 - A_12_1 + A_21_2 + A_21_3);
3033                                  const double tmp205_0 = A_02_7 + A_20_7;                                  const double tmp36 = w20*(-A_01_6 + A_10_4);
3034                                  const double tmp148_0 = A_01_3 + A_01_4;                                  const double tmp37 = w18*(A_12_3 - A_21_1);
3035                                  const double tmp113_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4;                                  const double tmp38 = w11*(-A_02_0 - A_02_2 - A_02_5 - A_02_7 - A_20_0 - A_20_2 - A_20_5 - A_20_7);
3036                                  const double tmp43_0 = A_20_4 + A_20_6;                                  const double tmp39 = w14*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3);
3037                                  const double tmp161_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp40 = w26*(A_11_4 + A_11_6);
3038                                  const double tmp69_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp41 = w0*(A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3039                                  const double tmp176_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6;                                  const double tmp42 = w10*(-A_12_2 - A_12_5 + A_21_0 + A_21_7);
3040                                  const double tmp105_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_6;                                  const double tmp43 = w22*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_5 + A_11_7);
3041                                  const double tmp22_0 = A_01_5 + A_10_6;                                  const double tmp44 = w1*(A_01_4 + A_01_7 - A_10_5 - A_10_6);
3042                                  const double tmp91_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp45 = w25*(A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7);
3043                                  const double tmp206_0 = A_12_7 + A_21_7;                                  const double tmp46 = w4*(-A_12_4 + A_21_6);
3044                                  const double tmp188_0 = A_02_5 + A_20_5;                                  const double tmp47 = w15*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_1 - A_20_3);
3045                                  const double tmp117_0 = A_21_1 + A_21_6;                                  const double tmp48 = w21*(-A_01_1 + A_10_3);
3046                                  const double tmp165_0 = A_01_1 + A_01_6;                                  const double tmp49 = w16*(A_01_0 + A_01_3 - A_10_1 - A_10_2);
3047                                  const double tmp66_0 = A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp50 = w5*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_4 - A_20_6);
3048                                  const double tmp57_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp51 = w12*(A_12_1 + A_12_7 - A_21_3 - A_21_5);
3049                                  const double tmp31_0 = A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp52 = w24*(A_11_1 + A_11_3);
3050                                  const double tmp3_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6;                                  const double tmp53 = w8*(A_01_2 + A_01_5 - A_10_0 - A_10_7);
3051                                  const double tmp183_0 = A_12_0 + A_12_7;                                  const double tmp54 = w6*(A_12_0 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_4);
3052                                  const double tmp61_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp55 = w23*(A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6);
3053                                  const double tmp54_0 = A_10_5 + A_10_6;                                  const double tmp56 = w18*(A_12_4 - A_21_6);
3054                                  const double tmp18_0 = A_02_3 + A_02_6;                                  const double tmp57 = w14*(A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3055                                  const double tmp119_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp58 = w26*(A_11_1 + A_11_3);
3056                                  const double tmp29_0 = A_21_2 + A_21_3;                                  const double tmp59 = w20*(-A_01_1 + A_10_3);
3057                                  const double tmp17_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7;                                  const double tmp60 = w1*(A_01_0 + A_01_3 - A_10_1 - A_10_2);
3058                                  const double tmp212_0 = A_02_6 + A_20_6;                                  const double tmp61 = w25*(A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6);
3059                                  const double tmp220_0 = A_02_3 + A_20_6;                                  const double tmp62 = w4*(-A_12_3 + A_21_1);
3060                                  const double tmp78_0 = A_20_0 + A_20_7;                                  const double tmp63 = w15*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_4 - A_20_6);
3061                                  const double tmp215_0 = A_01_6 + A_10_6;                                  const double tmp64 = w0*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3);
3062                                  const double tmp203_0 = A_01_7 + A_10_7;                                  const double tmp65 = w16*(A_01_4 + A_01_7 - A_10_5 - A_10_6);
3063                                  const double tmp87_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp66 = w24*(A_11_4 + A_11_6);
3064                                  const double tmp114_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp67 = w21*(-A_01_6 + A_10_4);
3065                                  const double tmp0_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4;                                  const double tmp68 = w12*(A_12_0 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_4);
3066                                  const double tmp202_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp69 = w5*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_1 - A_20_3);
3067                                  const double tmp4_0 = A_20_0 + A_20_5;                                  const double tmp70 = w6*(A_12_1 + A_12_7 - A_21_3 - A_21_5);
3068                                  const double tmp65_0 = A_00_2 + A_00_3;                                  const double tmp71 = w23*(A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7);
3069                                  const double tmp24_0 = A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp72 = w20*(A_01_5 + A_10_6);
3070                                  const double tmp64_0 = A_10_0 + A_10_3;                                  const double tmp73 = w14*(-A_00_0 - A_00_1 - A_00_2 - A_00_3);
3071                                  const double tmp170_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_0 + A_20_2;                                  const double tmp74 = w0*(-A_00_4 - A_00_5 - A_00_6 - A_00_7);
3072                                  const double tmp11_0 = A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp75 = w3*(-A_11_4 - A_11_5 - A_11_6 - A_11_7);
3073                                  const double tmp82_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp76 = w1*(-A_01_4 - A_01_7 - A_10_4 - A_10_7);
3074                                  const double tmp99_0 = A_01_4 + A_10_7;                                  const double tmp77 = w15*(-A_02_0 - A_02_2 + A_20_1 + A_20_3);
3075                                  const double tmp49_0 = A_12_1 + A_12_7;                                  const double tmp78 = w21*(A_01_2 + A_10_1);
3076                                  const double tmp130_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7;                                  const double tmp79 = w16*(-A_01_0 - A_01_3 - A_10_0 - A_10_3);
3077                                  const double tmp144_0 = A_01_0 + A_10_3;                                  const double tmp80 = w9*(-A_11_0 - A_11_1 - A_11_2 - A_11_3);
3078                                  const double tmp109_0 = A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7;                                  const double tmp81 = w12*(-A_12_0 - A_12_1 + A_21_2 + A_21_3);
3079                                  const double tmp185_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_5;                                  const double tmp82 = w5*(-A_02_5 - A_02_7 + A_20_4 + A_20_6);
3080                                  const double tmp157_0 = A_01_4 + A_10_4;                                  const double tmp83 = w6*(-A_12_6 - A_12_7 + A_21_4 + A_21_5);
3081                                  const double tmp51_0 = A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7;                                  const double tmp84 = w6*(-A_12_2 - A_12_3 - A_21_2 - A_21_3);
3082                                  const double tmp146_0 = A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp85 = w11*(A_02_1 + A_02_6 - A_20_0 - A_20_7);
3083                                  const double tmp147_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_0 + A_21_1;                                  const double tmp86 = w20*(A_01_3 - A_10_2);
3084                                  const double tmp150_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp87 = w10*(A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7);
3085                                  const double tmp62_0 = A_21_3 + A_21_5;                                  const double tmp88 = w3*(A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3);
3086                                  const double tmp223_0 = A_12_2 + A_21_4;                                  const double tmp89 = w23*(A_22_2 + A_22_3 + A_22_6 + A_22_7);
3087                                  const double tmp16_0 = A_02_2 + A_02_5;                                  const double tmp90 = w1*(-A_01_1 - A_01_2 + A_10_0 + A_10_3);
3088                                  const double tmp168_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_6;                                  const double tmp91 = w25*(A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5);
3089                                  const double tmp88_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3;                                  const double tmp92 = w15*(A_02_0 + A_02_5 - A_20_1 - A_20_4);
3090                                  const double tmp142_0 = A_01_7 + A_10_4;                                  const double tmp93 = w21*(A_01_4 - A_10_5);
3091                                  const double tmp34_0 = A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp94 = w16*(-A_01_5 - A_01_6 + A_10_4 + A_10_7);
3092                                  const double tmp71_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp95 = w28*(A_00_2 + A_00_3);
3093                                  const double tmp213_0 = A_02_1 + A_20_1;                                  const double tmp96 = w12*(-A_12_4 - A_12_5 - A_21_4 - A_21_5);
3094                                  const double tmp227_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_4;                                  const double tmp97 = w29*(A_00_4 + A_00_5);
3095                                  const double tmp228_0 = A_12_1 + A_21_7;                                  const double tmp98 = w5*(A_02_2 + A_02_7 - A_20_3 - A_20_6);
3096                                  const double tmp140_0 = A_01_2 + A_01_6;                                  const double tmp99 = w8*(-A_01_0 - A_01_7 + A_10_1 + A_10_6);
3097                                  const double tmp74_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5;                                  const double tmp100 = w9*(A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7);
3098                                  const double tmp167_0 = A_11_0 + A_11_2;                                  const double tmp101 = w27*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7);
3099                                  const double tmp143_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp102 = w17*(A_02_4 - A_20_5);
3100                                  const double tmp83_0 = A_02_0 + A_02_5;                                  const double tmp103 = w2*(-A_02_3 + A_20_2);
3101                                  const double tmp14_0 = A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6;                                  const double tmp104 = w13*(A_22_0 + A_22_1 + A_22_2 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_5 + A_22_6 + A_22_7);
3102                                  const double tmp5_0 = A_12_1 + A_12_6;                                  const double tmp105 = w6*(-A_12_4 - A_12_5 - A_21_2 - A_21_3);
3103                                  const double tmp94_0 = A_02_1 + A_02_3;                                  const double tmp106 = w22*(A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7);
3104                                  const double tmp193_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_6;                                  const double tmp107 = w1*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_1 - A_10_5);
3105                                  const double tmp97_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7;                                  const double tmp108 = w15*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_4 - A_20_6);
3106                                  const double tmp131_0 = A_01_1 + A_01_5;                                  const double tmp109 = w16*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_2 - A_10_6);
3107                                  const double tmp124_0 = A_01_6 + A_10_5;                                  const double tmp110 = w12*(-A_12_2 - A_12_3 - A_21_4 - A_21_5);
3108                                  const double tmp149_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp111 = w5*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_1 - A_20_3);
3109                                  const double tmp187_0 = A_01_2 + A_10_2;                                  const double tmp112 = w8*(-A_01_0 - A_01_3 - A_01_4 - A_01_7 - A_10_0 - A_10_3 - A_10_4 - A_10_7);
3110                                  const double tmp93_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2;                                  const double tmp113 = w27*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3111                                  const double tmp25_0 = A_01_4 + A_01_7 + A_10_4 + A_10_7;                                  const double tmp114 = w11*(A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 - A_20_1 - A_20_3 - A_20_4 - A_20_6);
3112                                  const double tmp156_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_5;                                  const double tmp115 = w21*(-A_01_4 - A_10_7);
3113                                  const double tmp20_0 = A_21_2 + A_21_5;                                  const double tmp116 = w20*(-A_01_3 - A_10_0);
3114                                  const double tmp55_0 = A_21_2 + A_21_4;                                  const double tmp117 = w15*(A_02_4 + A_02_6 - A_20_5 - A_20_7);
3115                                  const double tmp208_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp118 = w16*(A_01_5 + A_01_6 + A_10_5 + A_10_6);
3116                                  const double tmp125_0 = A_12_4 + A_12_5;                                  const double tmp119 = w5*(A_02_1 + A_02_3 - A_20_0 - A_20_2);
3117                                  const double tmp158_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp120 = w8*(A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4);
3118                                  const double tmp108_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp121 = w1*(A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2);
3119                                  const double tmp199_0 = A_12_2 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_4;                                  const double tmp122 = w18*(A_12_2 - A_21_6);
3120                                  const double tmp10_0 = A_02_1 + A_02_4;                                  const double tmp123 = w13*(A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7);
3121                                  const double tmp182_0 = A_02_3 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_6;                                  const double tmp124 = w11*(-A_02_0 - A_02_7 + A_20_3 + A_20_4);
3122                                  const double tmp132_0 = A_02_1 + A_20_4;                                  const double tmp125 = w7*(A_22_1 + A_22_5);
3123                                  const double tmp191_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_3 + A_21_4;                                  const double tmp126 = w10*(-A_12_3 - A_12_4 + A_21_0 + A_21_7);
3124                                  const double tmp35_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3;                                  const double tmp127 = w3*(A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7);
3125                                  const double tmp164_0 = A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp128 = w1*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_1 - A_10_5);
3126                                  const double tmp190_0 = A_12_5 + A_21_5;                                  const double tmp129 = w4*(-A_12_5 + A_21_1);
3127                                  const double tmp73_0 = A_02_1 + A_02_6;                                  const double tmp130 = w16*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_6);
3128                                  const double tmp98_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp131 = w9*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6);
3129                                  const double tmp225_0 = A_12_4 + A_21_2;                                  const double tmp132 = w19*(A_22_2 + A_22_6);
3130                                  const double tmp103_0 = A_02_4 + A_02_6;                                  const double tmp133 = w17*(-A_02_2 + A_20_6);
3131                                  const double tmp194_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_7;                                  const double tmp134 = w2*(A_02_5 - A_20_1);
3132                                  const double tmp207_0 = A_12_0 + A_21_6;                                  const double tmp135 = w11*(A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6);
3133                                  const double tmp102_0 = A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp136 = w1*(A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4);
3134                                  const double tmp1_0 = A_22_3 + A_22_7;                                  const double tmp137 = w15*(A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7);
3135                                  const double tmp172_0 = A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp138 = w16*(A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7);
3136                                  const double tmp222_0 = A_12_5 + A_21_3;                                  const double tmp139 = w5*(A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2);
3137                                  const double tmp201_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_2 + A_20_5;                                  const double tmp140 = w18*(A_12_5 - A_21_1);
3138                                  const double tmp155_0 = A_12_4 + A_21_4;                                  const double tmp141 = w14*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5);
3139                                  const double tmp174_0 = A_02_1 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_4;                                  const double tmp142 = w7*(A_22_2 + A_22_6);
3140                                  const double tmp59_0 = A_01_0 + A_01_3;                                  const double tmp143 = w1*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_6);
3141                                  const double tmp21_0 = A_20_2 + A_20_7;                                  const double tmp144 = w4*(-A_12_2 + A_21_6);
3142                                  const double tmp141_0 = A_02_2 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_7;                                  const double tmp145 = w15*(-A_02_1 - A_02_4 + A_20_0 + A_20_5);
3143                                  const double tmp210_0 = A_01_1 + A_10_1;                                  const double tmp146 = w0*(A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7);
3144                                  const double tmp145_0 = A_00_0 + A_00_1;                                  const double tmp147 = w16*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_1 - A_10_5);
3145                                  const double tmp121_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp148 = w5*(-A_02_3 - A_02_6 + A_20_2 + A_20_7);
3146                                  const double tmp224_0 = A_12_3 + A_