/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3792 by caltinay, Wed Feb 1 06:16:25 2012 UTC revision 4618 by caltinay, Wed Jan 15 04:35:19 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    
20    #include <boost/scoped_array.hpp>
21    
22    #ifdef USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26  #if USE_SILO  #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 33  extern "C" {
33  #include <iomanip>  #include <iomanip>
34    
35  using namespace std;  using namespace std;
36    using esysUtils::FileWriter;
37    
38  namespace ripley {  namespace ripley {
39    
40  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
41               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :
42      RipleyDomain(3),      RipleyDomain(3)
     m_gNE0(n0),  
     m_gNE1(n1),  
     m_gNE2(n2),  
     m_x0(x0),  
     m_y0(y0),  
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0),  
     m_NX(d0),  
     m_NY(d1),  
     m_NZ(d2)  
43  {  {
44        // ignore subdivision parameters for serial run
45        if (m_mpiInfo->size == 1) {
46            d0=1;
47            d1=1;
48            d2=1;
49        }
50    
51        bool warn=false;
52        // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
53        // ratio as the number of elements
54        if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
55            warn=true;
56            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
57            d0=max(1, d0);
58            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
59            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
60            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
61                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
62                // dividing 2 sides only
63                if (n0>=n1) {
64                    if (n1>=n2) {
65                        d0=d1=0;
66                        d2=1;
67                    } else {
68                        d0=d2=0;
69                        d1=1;
70                    }
71                } else {
72                    if (n0>=n2) {
73                        d0=d1=0;
74                        d2=1;
75                    } else {
76                        d0=1;
77                        d1=d2=0;
78                    }
79                }
80            }
81        }
82        if (d0<=0 && d1<=0) {
83            warn=true;
84            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
85            d1=m_mpiInfo->size/d0;
86            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
87                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
88                if (n0>n1) {
89                    d0=0;
90                    d1=1;
91                } else {
92                    d0=1;
93                    d1=0;
94                }
95            }
96        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
97            warn=true;
98            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
99            d2=m_mpiInfo->size/d0;
100            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
101                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
102                if (n0>n2) {
103                    d0=0;
104                    d2=1;
105                } else {
106                    d0=1;
107                    d2=0;
108                }
109            }
110        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
111            warn=true;
112            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
113            d2=m_mpiInfo->size/d1;
114            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
115                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
116                if (n1>n2) {
117                    d1=0;
118                    d2=1;
119                } else {
120                    d1=1;
121                    d2=0;
122                }
123            }
124        }
125        if (d0<=0) {
126            // d1,d2 are preset, determine d0
127            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
128        } else if (d1<=0) {
129            // d0,d2 are preset, determine d1
130            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
131        } else if (d2<=0) {
132            // d0,d1 are preset, determine d2
133            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
134        }
135    
136      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
137      // among number of ranks      // among number of ranks
138      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
139          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
140    
141      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
142          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
143                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
144        }
145    
146        double l0 = x1-x0;
147        double l1 = y1-y0;
148        double l2 = z1-z0;
149        m_dx[0] = l0/n0;
150        m_dx[1] = l1/n1;
151        m_dx[2] = l2/n2;
152    
153        if ((n0+1)%d0 > 0) {
154            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
155            l0=m_dx[0]*n0;
156            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
157                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
158        }
159        if ((n1+1)%d1 > 0) {
160            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
161            l1=m_dx[1]*n1;
162            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
163                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
164        }
165        if ((n2+1)%d2 > 0) {
166            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
167            l2=m_dx[2]*n2;
168            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
169                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
170        }
171    
172      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
173          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
174    
175        m_gNE[0] = n0;
176        m_gNE[1] = n1;
177        m_gNE[2] = n2;
178        m_origin[0] = x0;
179        m_origin[1] = y0;
180        m_origin[2] = z0;
181        m_length[0] = l0;
182        m_length[1] = l1;
183        m_length[2] = l2;
184        m_NX[0] = d0;
185        m_NX[1] = d1;
186        m_NX[2] = d2;
187    
188      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
189      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
190      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
191          m_NE0++;          m_NE[0]++;
192      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
193          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
194    
195      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
196      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
197          m_NE1++;          m_NE[1]++;
198      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
199          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
200    
201      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
202      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
203          m_NE2++;          m_NE[2]++;
204      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
205          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
206    
207      // local number of nodes      // local number of nodes
208      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
209      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
210      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
211    
212      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
213      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
214      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
215          m_offset0--;          m_offset[0]--;
216      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
217      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
218          m_offset1--;          m_offset[1]--;
219      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
220      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
221          m_offset2--;          m_offset[2]--;
222    
223      populateSampleIds();      populateSampleIds();
224      createPattern();      createPattern();
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 241  bool Brick::operator==(const AbstractDom
241      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
242      if (o) {      if (o) {
243          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
244                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
245                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
246                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
247                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
248      }      }
249    
250      return false;      return false;
251  }  }
252    
253    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
254                const ReaderParameters& params) const
255    {
256    #ifdef USE_NETCDF
257        // check destination function space
258        int myN0, myN1, myN2;
259        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
260            myN0 = m_NN[0];
261            myN1 = m_NN[1];
262            myN2 = m_NN[2];
263        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
264                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
265            myN0 = m_NE[0];
266            myN1 = m_NE[1];
267            myN2 = m_NE[2];
268        } else
269            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
270    
271        if (params.first.size() != 3)
272            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
273    
274        if (params.numValues.size() != 3)
275            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
276    
277        if (params.multiplier.size() != 3)
278            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
279        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
280            if (params.multiplier[i]<1)
281                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
282    
283        // check file existence and size
284        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
285        if (!f.is_valid())
286            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
287    
288        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
289        if (!var)
290            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
291    
292        // TODO: rank>0 data support
293        const int numComp = out.getDataPointSize();
294        if (numComp > 1)
295            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
296    
297        const int dims = var->num_dims();
298        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
299    
300        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
301        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
302        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
303                          params.numValues[1] > edges[1] ||
304                          params.numValues[0] > edges[2]))
305                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
306                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
307            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
308        }
309    
310        // check if this rank contributes anything
311        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
312                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
313                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
314                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
315                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
316                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
317            return;
318        }
319    
320        // now determine how much this rank has to write
321    
322        // first coordinates in data object to write to
323        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
324        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
325        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
326        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
327        int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
328        int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
329        int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
330        // number of values to read
331        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
332        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
333        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
334    
335        // make sure we read the right block if going backwards through file
336        if (params.reverse[0])
337            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
338        if (dims>1 && params.reverse[1])
339            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
340        if (dims>2 && params.reverse[2])
341            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
342    
343    
344        vector<double> values(num0*num1*num2);
345        if (dims==3) {
346            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
347            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
348        } else if (dims==2) {
349            var->set_cur(idx1, idx0);
350            var->get(&values[0], num1, num0);
351        } else {
352            var->set_cur(idx0);
353            var->get(&values[0], num0);
354        }
355    
356        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
357        out.requireWrite();
358    
359        // helpers for reversing
360        const int x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
361        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
362        const int y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
363        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
364        const int z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
365        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
366    
367        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
368            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
369    #pragma omp parallel for
370                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
371                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
372                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
373                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
374                    const int srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
375                                      +(y0+y_mult*y)*num0
376                                      +(x0+x_mult*x);
377                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
378                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
379                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
380                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
381                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
382                                                   +m1*myN0
383                                                   +m2*myN0*myN1;
384                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
385                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
386                                        *dest++ = values[srcIndex];
387                                    }
388                                }
389                            }
390                        }
391                    }
392                }
393            }
394        }
395    #else
396        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
397    #endif
398    }
399    
400    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
401                               const ReaderParameters& params) const
402    {
403        // the mapping is not universally correct but should work on our
404        // supported platforms
405        switch (params.dataType) {
406            case DATATYPE_INT32:
407                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
408                break;
409            case DATATYPE_FLOAT32:
410                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
411                break;
412            case DATATYPE_FLOAT64:
413                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
414                break;
415            default:
416                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
417        }
418    }
419    
420    template<typename ValueType>
421    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
422                                   const ReaderParameters& params) const
423    {
424        // check destination function space
425        int myN0, myN1, myN2;
426        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
427            myN0 = m_NN[0];
428            myN1 = m_NN[1];
429            myN2 = m_NN[2];
430        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
431                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
432            myN0 = m_NE[0];
433            myN1 = m_NE[1];
434            myN2 = m_NE[2];
435        } else
436            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
437    
438        if (params.first.size() != 3)
439            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
440    
441        if (params.numValues.size() != 3)
442            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
443    
444        if (params.multiplier.size() != 3)
445            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
446        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
447            if (params.multiplier[i]<1)
448                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
449    
450        // check file existence and size
451        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
452        if (f.fail()) {
453            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
454        }
455        f.seekg(0, ios::end);
456        const int numComp = out.getDataPointSize();
457        const int filesize = f.tellg();
458        const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
459        if (filesize < reqsize) {
460            f.close();
461            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
462        }
463    
464        // check if this rank contributes anything
465        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
466                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
467                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
468                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
469                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
470                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
471            f.close();
472            return;
473        }
474    
475        // now determine how much this rank has to write
476    
477        // first coordinates in data object to write to
478        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
479        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
480        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
481        // indices to first value in file
482        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
483        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
484        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
485        // number of values to read
486        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
487        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
488        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
489    
490        out.requireWrite();
491        vector<ValueType> values(num0*numComp);
492        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
493    
494        for (int z=0; z<num2; z++) {
495            for (int y=0; y<num1; y++) {
496                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
497                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
498                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
499                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
500    
501                for (int x=0; x<num0; x++) {
502                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
503                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
504                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
505                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
506                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
507                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
508                                const int dataIndex = baseIndex+m0
509                                               +m1*myN0
510                                               +m2*myN0*myN1;
511                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
512                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
513                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
514    
515                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
516                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
517                                        // this will alter val!!
518                                        byte_swap32(cval);
519                                    }
520                                    if (!std::isnan(val)) {
521                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
522                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
523                                        }
524                                    }
525                                }
526                            }
527                        }
528                    }
529                }
530            }
531        }
532    
533        f.close();
534    }
535    
536    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
537                                int byteOrder, int dataType) const
538    {
539        // the mapping is not universally correct but should work on our
540        // supported platforms
541        switch (dataType) {
542            case DATATYPE_INT32:
543                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
544                break;
545            case DATATYPE_FLOAT32:
546                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
547                break;
548            case DATATYPE_FLOAT64:
549                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
550                break;
551            default:
552                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
553        }
554    }
555    
556    template<typename ValueType>
557    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
558                                    const string& filename, int byteOrder) const
559    {
560        // check function space and determine number of points
561        int myN0, myN1, myN2;
562        int totalN0, totalN1, totalN2;
563        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
564            myN0 = m_NN[0];
565            myN1 = m_NN[1];
566            myN2 = m_NN[2];
567            totalN0 = m_gNE[0]+1;
568            totalN1 = m_gNE[1]+1;
569            totalN2 = m_gNE[2]+1;
570        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
571                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
572            myN0 = m_NE[0];
573            myN1 = m_NE[1];
574            myN2 = m_NE[2];
575            totalN0 = m_gNE[0];
576            totalN1 = m_gNE[1];
577            totalN2 = m_gNE[2];
578        } else
579            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
580    
581        const int numComp = in.getDataPointSize();
582        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
583        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
584    
585        if (numComp > 1 || dpp > 1)
586            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
587    
588        escript::Data* _in = const_cast<escript::Data*>(&in);
589    
590        // from here on we know that each sample consists of one value
591        FileWriter fw;
592        fw.openFile(filename, fileSize);
593        MPIBarrier();
594    
595        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
596            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
597                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
598                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
599                ostringstream oss;
600    
601                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
602                    const double* sample = _in->getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
603                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
604                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
605                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
606                    } else {
607                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
608                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
609                    }
610                }
611                fw.writeAt(oss, fileofs);
612            }
613        }
614        fw.close();
615    }
616    
617  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
618  {  {
619  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 129  void Brick::dump(const string& fileName) Line 622  void Brick::dump(const string& fileName)
622          fn+=".silo";          fn+=".silo";
623      }      }
624    
     const int NUM_SILO_FILES = 1;  
     const char* blockDirFmt = "/block%04d";  
625      int driver=DB_HDF5;          int driver=DB_HDF5;    
626      string siloPath;      string siloPath;
627      DBfile* dbfile = NULL;      DBfile* dbfile = NULL;
628    
629  #ifdef ESYS_MPI  #ifdef ESYS_MPI
630      PMPIO_baton_t* baton = NULL;      PMPIO_baton_t* baton = NULL;
631        const int NUM_SILO_FILES = 1;
632        const char* blockDirFmt = "/block%04d";
633  #endif  #endif
634    
635      if (m_mpiInfo->size > 1) {      if (m_mpiInfo->size > 1) {
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 674  void Brick::dump(const string& fileName)
674      }      }
675      */      */
676    
677      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
678      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
679      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
680      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
681  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
682      {      {
683  #pragma omp for  #pragma omp for
684          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
685              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
686          }          }
687  #pragma omp for  #pragma omp for
688          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
689              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
690          }          }
691  #pragma omp for  #pragma omp for
692          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
693              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
694          }          }
695      }      }
696      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
697      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
698        // write mesh
699        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
700              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
701    
702      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
703        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
704              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
705    
706      // write element ids      // write element ids
707      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
708      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
709              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
710    
711      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
712      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 799  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
799          case ReducedElements:          case ReducedElements:
800              {              {
801                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
802                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
803                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
804                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
805                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
806              }              }
807          case FaceElements:          case FaceElements:
808          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
809              {              {
810                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
811                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
812                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
813                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
814                      if (id<n) {                      if (id<n) {
815                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
816                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
817                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
818                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
819                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
820                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
821                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
822                          } else { // left or right                          } else { // left or right
823                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
824                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
825                          }                          }
826                      }                      }
827                  }                  }
# Line 352  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 844  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
844          {          {
845              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
846  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
847                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
848                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
849                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
850                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
851                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
852                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 858  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
858    
859              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
860  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
861                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
862                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
863                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
864                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
865                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
866                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 872  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
872    
873              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
874  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
875                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
876                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
877                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
878                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
879                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
880                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 886  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
886    
887              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
888  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
889                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
890                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
891                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
892                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
893                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
894                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 900  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
900    
901              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
902  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
903                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
904                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
905                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
906                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
907                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
908                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 914  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
914    
915              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
916  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
917                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
918                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
919                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
920                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
921                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
922                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 932  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
932          {          {
933              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
934  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
935                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
936                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
937                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
938                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
939                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
940                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 944  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
944    
945              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
946  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
947                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
948                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
949                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
950                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
951                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
952                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 956  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
956    
957              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
958  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
959                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
960                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
961                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
962                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
963                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
964                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 968  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
968    
969              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
970  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
971                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
972                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
973                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
974                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
975                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
976                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 980  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
980    
981              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
982  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
983                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
984                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
985                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
986                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
987                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
988                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 992  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
992    
993              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
994  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
995                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
996                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
997                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
998                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
999                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1000                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1017  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1017              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1018          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1019          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1020          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=min(min(xSize,ySize),zSize);  
1021  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1022          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1023              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1027  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1027              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1028          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1029          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1030  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1031          {          {
1032              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1033                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1034  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1035                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1036                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1037                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1038                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1039                      }                      }
1040                  }                  }
1041              }              }
1042    
1043              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1044                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1045  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1046                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1047                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1048                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1049                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1050                      }                      }
1051                  }                  }
1052              }              }
1053    
1054              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1055                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1056  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1057                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1058                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1059                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1060                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1061                      }                      }
1062                  }                  }
1063              }              }
1064    
1065              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1066                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1067  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1068                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1069                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1070                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1071                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1072                      }                      }
1073                  }                  }
1074              }              }
1075    
1076              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1077                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1078  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1079                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1080                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1081                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1082                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1083                      }                      }
1084                  }                  }
1085              }              }
1086    
1087              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1088                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1089  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1090                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1091                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1092                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1093                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1094                      }                      }
1095                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1104  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1104      }      }
1105  }  }
1106    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1107  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1108  {  {
1109      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1111  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1111          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1112          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1113          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1114          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1115              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1116                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1117                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1118                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1119          }          }
1120      }      }
1121  }  }
1122    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1123    
1124  //protected  //protected
1125  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1131  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1131      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1132          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1133    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1134      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1135  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1136      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1137          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1138              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1139                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1140                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1141                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1142                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1143              }              }
1144          }          }
1145      }      }
# Line 757  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1149  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1149  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const
1150  {  {
1151      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l1/m_gNE2;  
1152      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1153      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1154      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 770  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1159  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1159    
1160      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1161          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1162  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1163          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1164              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1165                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1166                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1167                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1168                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1169                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1170                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1171                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1172                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1173                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1174                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1175                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1176                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1177                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1178                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1179                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1180                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1181                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1182                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1183                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1184                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1185                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1186                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1187                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1188                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1189                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1190                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1191                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1192                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1193                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1194                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1195                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1196                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1197                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1198                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1199                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1200                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1201                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1202                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1203                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1204                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1205                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1206                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1207                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1208                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1209                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1210                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1211                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1212                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1213                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1214              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1215          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1216                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1217                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1218                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1219                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1220                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1221                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1222                            } // end of component loop i
1223                        } // end of k0 loop
1224                    } // end of k1 loop
1225                } // end of k2 loop
1226            } // end of parallel section
1227      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1228          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1229  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1230          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1231              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1232                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1233                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1234                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1235                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1236                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1237                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1238                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1239                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1240                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1241                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1242                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1243                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1244                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1245                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1246                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1247                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1248              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1249          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1250                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1251                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1252                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1253                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1254                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1255                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1256                            } // end of component loop i
1257                        } // end of k0 loop
1258                    } // end of k1 loop
1259                } // end of k2 loop
1260            } // end of parallel section
1261      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1262          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1263  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1264          {          {
1265                vector<double> f_000(numComp);
1266                vector<double> f_001(numComp);
1267                vector<double> f_010(numComp);
1268                vector<double> f_011(numComp);
1269                vector<double> f_100(numComp);
1270                vector<double> f_101(numComp);
1271                vector<double> f_110(numComp);
1272                vector<double> f_111(numComp);
1273              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1274  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1275                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1276                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1277                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1278                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1279                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1280                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1281                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1282                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1283                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1284                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1285                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1286                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1287                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1288                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1289                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1290                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1291                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1292                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1293                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1294                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1295                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1296                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1297                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1298                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1299                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1300                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1301                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1302                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1303                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1306  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1306              } // end of face 0              } // end of face 0
1307              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1308  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1309                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1310                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1311                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1312                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1313                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1314                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1315                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1316                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1317                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1318                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1319                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1320                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1321                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1322                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1323                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1324                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1325                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1326                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1327                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1328                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1329                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1330                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1331                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1332                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1333                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1334                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1335                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1336                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1337                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1340  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1340              } // end of face 1              } // end of face 1
1341              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1342  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1343                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1344                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1345                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1346                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1347                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1348                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1349                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1350                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1351                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1352                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1353                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1354                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1355                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1356                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1357                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1358                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1359                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1360                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1361                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1362                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1363                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1364                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1365                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1366                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1367                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1368                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1369                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1370                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1371                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1373  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1373              } // end of face 2              } // end of face 2
1374              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1375  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1376                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1377                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1378                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1379                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1380                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1381                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1382                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1383                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1384                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1385                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1386                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1387                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1388                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1389                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1390                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1391                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1392                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1393                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1394                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1395                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1396                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1397                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1398                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1399                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1400                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1401                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1402                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1403                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1404                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1405                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1407  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1407              } // end of face 3              } // end of face 3
1408              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1409  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1410                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1411                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1412                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1413                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1414                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1415                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1416                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1417                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1418                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1419                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1420                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1421                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1422                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1423                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1424                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1425                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1426                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1427                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1428                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1429                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1430                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1431                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1432                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1433                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1434                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1435                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1436                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1437                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1438                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1439                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1440                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1441              } // end of face 4              } // end of face 4
1442              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1443  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1444                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1445                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1446                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1447                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1448                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1449                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1450                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1451                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1452                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1453                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1454                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1455                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1456                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1457                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1458                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1459                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1460                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1461                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1462                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1463                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1464                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1465                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1466                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1467                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1468                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1469                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1470                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1471                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1472                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1473                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1474                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1478  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1478          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1479  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1480          {          {
1481                vector<double> f_000(numComp);
1482                vector<double> f_001(numComp);
1483                vector<double> f_010(numComp);
1484                vector<double> f_011(numComp);
1485                vector<double> f_100(numComp);
1486                vector<double> f_101(numComp);
1487                vector<double> f_110(numComp);
1488                vector<double> f_111(numComp);
1489              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1490  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1491                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1492                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1493                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1494                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1495                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1496                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1497                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1498                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1499                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1500                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1501                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1502                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1503                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1504                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1505                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1506                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1507                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1508                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1509              } // end of face 0              } // end of face 0
1510              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1511  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1512                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1513                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1514                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1515                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1516                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1517                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1518                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1519                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1520                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1521                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1522                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1523                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1524                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1525                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1526                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1527                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1528                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1529                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1530              } // end of face 1              } // end of face 1
1531              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1532  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1533                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1534                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1535                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1536                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1537                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1538                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1539                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1540                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1541                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1542                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1543                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1544                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1545                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1546                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1547                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1548                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1549                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1550                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1551              } // end of face 2              } // end of face 2
1552              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1553  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1554                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1555                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1556                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1557                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1558                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1559                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1560                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1561                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1562                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1563                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1564                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1565                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1566                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1567                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1568                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1569                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1570                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1571                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1572              } // end of face 3              } // end of face 3
1573              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1574  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1575                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1576                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1577                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1578                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1579                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1580                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1581                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1582                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1583                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1584                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1585                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1586                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1587                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1588                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1589                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1590                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1591                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1592                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1593              } // end of face 4              } // end of face 4
1594              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1595  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1596                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1597                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1598                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1599                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1600                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1601                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1602                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1603                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1604                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1605                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1606                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1607                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1608                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1609                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1610                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1611                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1612                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1613                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1193  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1620  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1620  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const
1621  {  {
1622      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1623      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1624      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1625      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1626      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1627      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1628      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
     if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {  
         const double w_0 = h0*h1*h2/8.;  
1629  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1630          {          {
1631              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1632  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1633              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1634                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1635                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1636                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1637                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1638                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1639                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1228  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1653  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1653              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1654                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1655          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1656      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
1657          const double w_0 = h0*h1*h2;      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1658            const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1659  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1660          {          {
1661              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1662  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1663              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1664                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1665                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1666                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1667                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1668                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1669                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1249  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1675  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1675              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1676                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1677          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1678      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
1679          const double w_0 = h1*h2/4.;      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1680          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1681          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1682            const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1683  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1684          {          {
1685              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1686              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1687  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1688                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1689                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1690                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1691                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1692                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1693                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1274  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1701  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1701    
1702              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1703  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1704                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1705                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1706                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1707                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1708                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1709                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1290  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1717  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1717    
1718              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1719  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1720                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1721                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1722                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1723                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1724                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1725                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1306  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1733  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1733    
1734              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1735  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1736                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1737                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1738                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1739                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1740                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1741                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1322  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1749  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1749    
1750              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1751  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1752                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1753                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1754                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1755                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1756                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1757                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1338  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1765  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1765    
1766              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1767  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1768                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1769                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1770                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1771                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1772                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1773                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1357  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1784  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1784                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1785          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1786    
1787      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1788          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1789          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1790          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1791  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1792          {          {
1793              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1794              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1795  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1796                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1797                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1798                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1799                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1800                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1801                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1378  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1805  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1805    
1806              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1807  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1808                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1809                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1810                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1811                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1812                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1813                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1390  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1817  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1817    
1818              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1819  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1820                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1821                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1822                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1823                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1824                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1825                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1402  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1829  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1829    
1830              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1831  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1832                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1833                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1834                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1835                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1836                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1837                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1414  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1841  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1841    
1842              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1843  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1844                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1845                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1846                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1847                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1848                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1849                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1426  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1853  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1853    
1854              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1855  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1856                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1857                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1858                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1859                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1860                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1861                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1440  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1867  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1867              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1868                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1869          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1870        } // function space selector
     }  
1871  }  }
1872    
1873  //protected  //protected
1874  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1875  {  {
1876      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1877      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1878      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1879      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1880      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1881      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1484  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1910  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1910      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1911      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1912    
1913      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1914      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1915      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1916      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1917      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1918      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1919  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1920      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1921          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1922              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1923                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1924                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1925                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1926              }              }
# Line 1521  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1947  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1947                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1948          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1949      }      }
1950        Paso_Coupler_free(coupler);
1951  }  }
1952    
1953  //private  //private
1954  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1955  {  {
1956      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1957      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1958        // left-right, bottom-top, front-back).
1959        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1960        // helps when writing out data rank after rank.
1961    
1962      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1963      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1541  void Brick::populateSampleIds() Line 1971  void Brick::populateSampleIds()
1971      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1972      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1973      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1974    
1975        // populate face element counts
1976        //left
1977        if (m_offset[0]==0)
1978            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1979        else
1980            m_faceCount[0]=0;
1981        //right
1982        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1983            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1984        else
1985            m_faceCount[1]=0;
1986        //bottom
1987        if (m_offset[1]==0)
1988            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1989        else
1990            m_faceCount[2]=0;
1991        //top
1992        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
1993            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
1994        else
1995            m_faceCount[3]=0;
1996        //front
1997        if (m_offset[2]==0)
1998            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
1999        else
2000            m_faceCount[4]=0;
2001        //back
2002        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2003            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2004        else
2005            m_faceCount[5]=0;
2006    
2007      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
2008    
2009        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2010        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2011        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2012        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2013        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2014        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2015    
2016        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2017        // set the node id's according to the order mentioned above.
2018        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2019        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2020        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2021        // the 6 faces are set but only if required...
2022    
2023    #define globalNodeId(x,y,z) \
2024        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2025        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2026        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2027    
2028  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2029      {      {
2030            // set edge id's
2031            // edges in x-direction, including corners
2032  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2033          // nodes          for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2034          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2035              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2036                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2037                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2038                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
2039                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in y-direction, without corners
2040                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for nowait
2041            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2042                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2043                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2044                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2045                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2046            }
2047            // edges in z-direction, without corners
2048    #pragma omp for
2049            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2050                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2051                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2052                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2053                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2054            }
2055            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2056            // below
2057    
2058            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2059    #pragma omp for nowait
2060            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2061                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2062                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2063                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2064                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2065                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2066                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
2067                  }                  }
2068              }              }
2069          }          }
2070    
2071          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2072            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2073    #pragma omp for nowait
2074                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2075                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2076                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2077                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2078                        m_nodeId[nodeIdx]
2079                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2080                    }
2081                }
2082            }
2083            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2084    #pragma omp for nowait
2085                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2086                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2087                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2088                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2089                        m_nodeId[nodeIdx]
2090                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2091                    }
2092                }
2093            }
2094            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2095    #pragma omp for nowait
2096                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2097                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2098                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2099                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2100                        m_nodeId[nodeIdx]
2101                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2102                    }
2103                }
2104            }
2105            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2106  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2107          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2108              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2109                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2110                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2111                        m_nodeId[nodeIdx]
2112                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2113                    }
2114                }
2115            }
2116            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2117    #pragma omp for nowait
2118                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2119                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2120                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2121                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2122                        m_nodeId[nodeIdx]
2123                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2124                    }
2125                }
2126            }
2127            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2128    #pragma omp for nowait
2129                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2130                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2131                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2132                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2133                        m_nodeId[nodeIdx]
2134                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2135                    }
2136                }
2137            }
2138    
2139          // elements          // populate element id's
2140  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2141          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2142              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2143                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2144                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2145                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2146                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2147                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2148                  }                  }
2149              }              }
2150          }          }
# Line 1582  void Brick::populateSampleIds() Line 2155  void Brick::populateSampleIds()
2155              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2156      } // end parallel section      } // end parallel section
2157    
2158    #undef globalNodeId
2159    
2160      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2161      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2162    
# Line 1589  void Brick::populateSampleIds() Line 2164  void Brick::populateSampleIds()
2164      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2165    
2166      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2167      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2168      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2169      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2170      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2171      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2172      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2173          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2174              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2175              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2176              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2177          }          }
2178      }      }
2179      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1614  void Brick::populateSampleIds() Line 2188  void Brick::populateSampleIds()
2188  //private  //private
2189  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2190  {  {
2191      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2192      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2193      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2194      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2195      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2196      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2197    
2198      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2199      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1628  void Brick::createPattern() Line 2202  void Brick::createPattern()
2202      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2203          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2204              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2205                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2206              }              }
2207          }          }
2208      }      }
# Line 1642  void Brick::createPattern() Line 2216  void Brick::createPattern()
2216      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2217      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2218      int numShared=0;      int numShared=0;
2219      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2220      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2221      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2222      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2223          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2224              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1655  void Brick::createPattern() Line 2229  void Brick::createPattern()
2229                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2230                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2231                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2232                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2233                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2234                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2235                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2236                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2237                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2238                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2239                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2240                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2241                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2242                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2243                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2244                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1697  void Brick::createPattern() Line 2271  void Brick::createPattern()
2271                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2272                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2273                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2274                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2275                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2276                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2277                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2278                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1731  void Brick::createPattern() Line 2305  void Brick::createPattern()
2305                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2306                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2307                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2308                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2309                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2310                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2311                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2312                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1755  void Brick::createPattern() Line 2329  void Brick::createPattern()
2329                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2330                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2331                                  }                                  }
2332                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2333                              }                              }
2334                          }                          }
2335                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1763  void Brick::createPattern() Line 2337  void Brick::createPattern()
2337                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2338                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2339                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2340                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2341                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2342                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2343                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2344                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1780  void Brick::createPattern() Line 2354  void Brick::createPattern()
2354                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2355                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2356                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2357                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2358                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2359                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2360                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2361                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2362                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1790  void Brick::createPattern() Line 2365  void Brick::createPattern()
2365                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2366                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2367                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2368                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2369                          }                          }
2370                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2371                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2372                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2373                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2374                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2375                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2376                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2377                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2378                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2379                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2380                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1807  void Brick::createPattern() Line 2383  void Brick::createPattern()
2383                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2384                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2385                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2386                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2387                          }                          }
2388                      } else {                      } else {
2389                          // sharing a node                          // sharing a node
2390                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2391                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2392                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2393                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2394                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2395                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2396                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2397                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2398                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1927  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2503  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2503      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2504      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2505      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2506      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2507      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2508      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2509      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2510      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2511      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2512      if (addF) {      if (addF) {
2513          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2514          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1955  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2531  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2531      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2532      if (reduced) {      if (reduced) {
2533          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2534          const double c0 = .125;  #pragma omp parallel
2535  #pragma omp parallel for          {
2536          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              vector<double> f_000(numComp);
2537              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_001(numComp);
2538                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_010(numComp);
2539                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2540                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2541                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2542                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2543                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2544                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2545                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2546                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2547                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2548                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2549                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2550                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2551                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2552              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2553          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2554                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2555                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2556                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2557                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2558                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2559                            } // end of component loop i
2560                        } // end of k0 loop
2561                    } // end of k1 loop
2562                } // end of k2 loop
2563            } // end of parallel section
2564      } else {      } else {
2565          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2566          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2567          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2568          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2569          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2570  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2571          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2572              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2573                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2574                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2575                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2576                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2577                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2578                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2579                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2580                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2581                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2582                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2583                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2584                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2585                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2586                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2587                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2588                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2589                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2590                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2591                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2592                      } // end of component loop i                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2593                  } // end of k0 loop                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2594              } // end of k1 loop                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2595          } // end of k2 loop                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2596                                o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2597                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2598                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2599                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2600                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2601                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2602                            } // end of component loop i
2603                        } // end of k0 loop
2604                    } // end of k1 loop
2605                } // end of k2 loop
2606            } // end of parallel section
2607      }      }
2608  }  }
2609    
# Line 2017  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2614  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2614      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2615      if (reduced) {      if (reduced) {
2616          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2617  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2618          {          {
2619                vector<double> f_000(numComp);
2620                vector<double> f_001(numComp);
2621                vector<double> f_010(numComp);
2622                vector<double> f_011(numComp);
2623                vector<double> f_100(numComp);
2624                vector<double> f_101(numComp);
2625                vector<double> f_110(numComp);
2626                vector<double> f_111(numComp);
2627              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2628  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2629                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2630                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2631                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2632                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2633                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2634                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2635                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2636                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2637                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2638                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2639                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2640                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2641              } // end of face 0              } // end of face 0
2642              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2643  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2644                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2645                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2646                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2647                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2648                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2649                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2650                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2651                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2652                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2653                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2654                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2655                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2656              } // end of face 1              } // end of face 1
2657              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2658  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2659                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2660                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2661                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2662                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2663                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2664                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2665                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2666                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2667                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2668                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2669                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2670                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2671              } // end of face 2              } // end of face 2
2672              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2673  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2674                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2675                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2676                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2677                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2678                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2679                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2680                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2681                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2682                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2683                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2684                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2685                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2686              } // end of face 3              } // end of face 3
2687              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2688  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2689                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2690                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2691                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2692                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2693                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2694                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2695                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2696                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2697                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2698                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2699                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2700                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2701              } // end of face 4              } // end of face 4
2702              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2703  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2704                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2705                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2706                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2707                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2708                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2709                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2710                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2711                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2712                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2713                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2714                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2715                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2118  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2722  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2722          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2723  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2724          {          {
2725                vector<double> f_000(numComp);
2726                vector<double> f_001(numComp);
2727                vector<double> f_010(numComp);
2728                vector<double> f_011(numComp);
2729                vector<double> f_100(numComp);
2730                vector<double> f_101(numComp);
2731                vector<double> f_110(numComp);
2732                vector<double> f_111(numComp);
2733              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2734  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2735                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2736                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2737                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2738                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2739                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2740                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2741                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2742                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2743                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2744                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2138  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2750  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2750              } // end of face 0              } // end of face 0
2751              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2752  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2753                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2754                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2755                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2756                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2757                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2758                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2759                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2760                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2761                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2762                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2156  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2768  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2768              } // end of face 1              } // end of face 1
2769              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2770  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2771                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2772                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2773                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2774                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2775                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2776                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2777                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2778                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2779                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2780                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2174  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2786  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2786              } // end of face 2              } // end of face 2
2787              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2788  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2789                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2790                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2791                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2792                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2793                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2794                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2795                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2796                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2797                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2798                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2192  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2804  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2804              } // end of face 3              } // end of face 3
2805              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2806  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2807                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2808                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2809                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2810                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2811                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2812                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2813                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2814                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2815                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2816                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2210  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2822  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2822              } // end of face 4              } // end of face 4
2823              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2824  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2825                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2826                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2827                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2828                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2829                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2830                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2831                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2832                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2833                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2834                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2236  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2848  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2848          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
2849          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
2850  {  {
2851      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double SQRT3 = 1.73205080756887719318;
2852      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double w10 = -m_dx[0]/288;
2853      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double w6 = w10*(SQRT3 - 2);
2854      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w12 = w10*(-SQRT3 - 2);
2855      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      const double w4 = w10*(-4*SQRT3 + 7);
2856      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      const double w18 = w10*(-4*SQRT3 - 7);
2857      const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      const double w11 = m_dx[1]/288;
2858      const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;      const double w5 = w11*(-SQRT3 + 2);
2859      const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;      const double w15 = w11*(SQRT3 + 2);
2860      const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;      const double w2 = w11*(4*SQRT3 - 7);
2861      const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      const double w17 = w11*(4*SQRT3 + 7);
2862      const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;      const double w8 = m_dx[2]/288;
2863      const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;      const double w1 = w8*(-SQRT3 + 2);
2864      const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      const double w16 = w8*(SQRT3 + 2);
2865      const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;      const double w20 = w8*(4*SQRT3 - 7);
2866      const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;      const double w21 = w8*(-4*SQRT3 - 7);
2867      const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;      const double w50 = m_dx[0]*m_dx[1]/72;
2868      const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      const double w65 = -m_dx[0]*m_dx[1]/48;
2869      const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      const double w35 = w65*(-SQRT3 - 3)/36;
2870      const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;      const double w42 = w65*(SQRT3 - 3)/36;
2871      const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;      const double w32 = w65*(5*SQRT3 - 9)/36;
2872      const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;      const double w43 = w65*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2873      const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;      const double w40 = w65*(-19*SQRT3 - 33)/36;
2874      const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;      const double w41 = w65*(19*SQRT3 - 33)/36;
2875      const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;      const double w63 = w65*(SQRT3 + 2);
2876      const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;      const double w67 = w65*(-SQRT3 + 2);
2877      const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;      const double w51 = -m_dx[0]*m_dx[2]/72;
2878      const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;      const double w64 = -m_dx[0]*m_dx[2]/48;
2879      const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;      const double w34 = w64*(-SQRT3 - 3)/36;
2880      const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;      const double w37 = w64*(SQRT3 - 3)/36;
2881      const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;      const double w31 = w64*(5*SQRT3 - 9)/36;
2882      const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;      const double w39 = w64*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2883      const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;      const double w44 = w64*(19*SQRT3 + 33)/36;
2884      const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w45 = w64*(-19*SQRT3 + 33)/36;
2885      const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;      const double w62 = w64*(SQRT3 + 2);
2886      const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      const double w68 = w64*(-SQRT3 + 2);
2887      const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      const double w53 = -m_dx[1]*m_dx[2]/72;
2888      const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;      const double w66 = -m_dx[1]*m_dx[2]/48;
2889      const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;      const double w33 = w66*(SQRT3 - 3)/36;
2890      const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      const double w36 = w66*(-SQRT3 - 3)/36;
2891      const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;      const double w30 = w66*(5*SQRT3 - 9)/36;
2892      const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      const double w38 = w66*(-5*SQRT3 - 9)/36;
2893      const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;      const double w46 = w66*(19*SQRT3 - 33)/36;
2894      const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;      const double w47 = w66*(-19*SQRT3 - 33)/36;
2895      const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;      const double w61 = w66*(SQRT3 + 2);
2896      const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;      const double w69 = w66*(-SQRT3 + 2);
2897      const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;      const double w55 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/1728;
2898      const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;      const double w57 = w55*(-SQRT3 + 2);
2899      const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;      const double w58 = w55*(SQRT3 + 2);
2900      const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;      const double w54 = w55*(-4*SQRT3 + 7);
2901      const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;      const double w56 = w55*(4*SQRT3 + 7);
2902      const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;      const double w59 = w55*(15*SQRT3 + 26);
2903      const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;      const double w60 = w55*(-15*SQRT3 + 26);
2904      const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;      const double w71 = w55*6*(SQRT3 + 3);
2905      const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;      const double w72 = w55*6*(-SQRT3 + 3);
2906      const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;      const double w70 = w55*6*(5*SQRT3 + 9);
2907      const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;      const double w73 = w55*6*(-5*SQRT3 + 9);
2908      const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      const double w13 = -m_dx[0]*m_dx[1]/(288*m_dx[2]);
2909      const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;      const double w23 = w13*(SQRT3 - 2);
2910      const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;      const double w25 = w13*(-SQRT3 - 2);
2911      const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;      const double w7 = w13*(-4*SQRT3 + 7);
2912      const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;      const double w19 = w13*(4*SQRT3 + 7);
2913      const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;      const double w22 = -m_dx[0]*m_dx[2]/(288*m_dx[1]);
2914      const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;      const double w3 = w22*(SQRT3 - 2);
2915      const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;      const double w9 = w22*(-SQRT3 - 2);
2916      const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;      const double w24 = w22*(4*SQRT3 + 7);
2917      const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;      const double w26 = w22*(-4*SQRT3 + 7);
2918      const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;      const double w27 = -m_dx[1]*m_dx[2]/(288*m_dx[0]);
2919      const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;      const double w0 = w27*(SQRT3 - 2);
2920      const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;      const double w14 = w27*(-SQRT3 - 2);
2921      const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;      const double w28 = w27*(-4*SQRT3 + 7);
2922      const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;      const double w29 = w27*(4*SQRT3 + 7);
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
2923    
2924      rhs.requireWrite();      rhs.requireWrite();
2925  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2926      {      {
2927          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
2928  #pragma omp for  #pragma omp for
2929              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
2930                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
2931                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
2932                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
2933                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
2934                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
2935                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
2936                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
2937                          ///////////////                          ///////////////
2938                          // process A //                          // process A //
2939                          ///////////////                          ///////////////
2940                          if (!A.isEmpty()) {                          if (!A.isEmpty()) {
2941                              add_EM_S=true;                              add_EM_S = true;
2942                              const double* A_p=const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);                              const double* A_p = const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);
2943                              if (A.actsExpanded()) {                              if (A.actsExpanded()) {
2944                                  const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];                                  const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];
2945                                  const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];                                  const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];
# Line 2516  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 3013  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
3013                                  const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];                                  const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];
3014                                  const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];                                  const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];
3015                                  const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];                                  const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];
3016                                  const double tmp160_0 = A_12_0 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_6;                                  const double tmp0 = w18*(-A_12_7 + A_21_3);
3017                                  const double tmp8_0 = A_21_0 + A_21_6;                                  const double tmp1 = w13*(A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6);
3018                                  const double tmp135_0 = A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;                                  const double tmp2 = w11*(-A_02_2 - A_02_5 + A_20_1 + A_20_6);
3019                                  const double tmp67_0 = A_02_2 + A_02_7;                                  const double tmp3 = w14*(A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7);
3020                                  const double tmp211_0 = A_12_6 + A_21_6;                                  const double tmp4 = w7*(A_22_0 + A_22_4);
3021                                  const double tmp180_0 = A_10_2 + A_10_6;                                  const double tmp5 = w10*(A_12_1 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_5);
3022                                  const double tmp37_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3;                                  const double tmp6 = w3*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6);
3023                                  const double tmp92_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;                                  const double tmp7 = w1*(A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4);
3024                                  const double tmp195_0 = A_02_2 + A_20_2;                                  const double tmp8 = w4*(A_12_0 - A_21_4);
3025                                  const double tmp70_0 = A_01_0 + A_01_7;                                  const double tmp9 = w15*(-A_02_3 - A_02_6 + A_20_2 + A_20_7);
3026                                  const double tmp139_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp10 = w0*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5);
3027                                  const double tmp200_0 = A_12_3 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_5;                                  const double tmp11 = w16*(A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7);
3028                                  const double tmp60_0 = A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6;                                  const double tmp12 = w9*(A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7);
3029                                  const double tmp192_0 = A_01_5 + A_10_5;                                  const double tmp13 = w12*(-A_12_3 - A_12_5 + A_21_1 + A_21_7);
3030                                  const double tmp46_0 = A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp14 = w5*(-A_02_1 - A_02_4 + A_20_0 + A_20_5);
3031                                  const double tmp48_0 = A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp15 = w8*(A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6);
3032                                  const double tmp166_0 = A_11_5 + A_11_7;                                  const double tmp16 = w6*(-A_12_2 - A_12_4 + A_21_0 + A_21_6);
3033                                  const double tmp221_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_4;                                  const double tmp17 = w19*(A_22_3 + A_22_7);
3034                                  const double tmp50_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_4 + A_20_6;                                  const double tmp18 = w17*(-A_02_7 + A_20_3);
3035                                  const double tmp217_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_3 + A_20_4;                                  const double tmp19 = w2*(A_02_0 - A_20_4);
3036                                  const double tmp216_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_5;                                  const double tmp20 = w13*(-A_22_0 - A_22_1 - A_22_2 - A_22_3 - A_22_4 - A_22_5 - A_22_6 - A_22_7);
3037                                  const double tmp104_0 = A_22_2 + A_22_6;                                  const double tmp21 = w11*(-A_02_1 - A_02_3 - A_02_4 - A_02_6 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7);
3038                                  const double tmp72_0 = A_20_3 + A_20_6;                                  const double tmp22 = w14*(-A_00_4 - A_00_5 - A_00_6 - A_00_7);
3039                                  const double tmp79_0 = A_10_4 + A_10_7;                                  const double tmp23 = w20*(A_01_2 + A_10_1);
3040                                  const double tmp86_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp24 = w10*(A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 - A_21_0 - A_21_1 - A_21_6 - A_21_7);
3041                                  const double tmp214_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp25 = w3*(-A_11_0 - A_11_1 - A_11_2 - A_11_3);
3042                                  const double tmp32_0 = A_02_0 + A_02_2;                                  const double tmp26 = w1*(-A_01_0 - A_01_3 - A_10_0 - A_10_3);
3043                                  const double tmp112_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7;                                  const double tmp27 = w15*(-A_02_5 - A_02_7 + A_20_4 + A_20_6);
3044                                  const double tmp197_0 = A_12_0 + A_21_0;                                  const double tmp28 = w0*(-A_00_0 - A_00_1 - A_00_2 - A_00_3);
3045                                  const double tmp106_0 = A_22_1 + A_22_5;                                  const double tmp29 = w16*(-A_01_4 - A_01_7 - A_10_4 - A_10_7);
3046                                  const double tmp2_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp30 = w9*(-A_11_4 - A_11_5 - A_11_6 - A_11_7);
3047                                  const double tmp115_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2;                                  const double tmp31 = w21*(A_01_5 + A_10_6);
3048                                  const double tmp175_0 = A_01_3 + A_01_7;                                  const double tmp32 = w12*(-A_12_6 - A_12_7 + A_21_4 + A_21_5);
3049                                  const double tmp126_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_6;                                  const double tmp33 = w5*(-A_02_0 - A_02_2 + A_20_1 + A_20_3);
3050                                  const double tmp90_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp34 = w8*(-A_01_1 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_5);
3051                                  const double tmp47_0 = A_12_0 + A_12_6;                                  const double tmp35 = w6*(-A_12_0 - A_12_1 + A_21_2 + A_21_3);
3052                                  const double tmp205_0 = A_02_7 + A_20_7;                                  const double tmp36 = w20*(-A_01_6 + A_10_4);
3053                                  const double tmp148_0 = A_01_3 + A_01_4;                                  const double tmp37 = w18*(A_12_3 - A_21_1);
3054                                  const double tmp113_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4;                                  const double tmp38 = w11*(-A_02_0 - A_02_2 - A_02_5 - A_02_7 - A_20_0 - A_20_2 - A_20_5 - A_20_7);
3055                                  const double tmp43_0 = A_20_4 + A_20_6;                                  const double tmp39 = w14*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3);
3056                                  const double tmp161_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp40 = w26*(A_11_4 + A_11_6);
3057                                  const double tmp69_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp41 = w0*(A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3058                                  const double tmp176_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6;                                  const double tmp42 = w10*(-A_12_2 - A_12_5 + A_21_0 + A_21_7);
3059                                  const double tmp105_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_6;                                  const double tmp43 = w22*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_5 + A_11_7);
3060                                  const double tmp22_0 = A_01_5 + A_10_6;                                  const double tmp44 = w1*(A_01_4 + A_01_7 - A_10_5 - A_10_6);
3061                                  const double tmp91_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp45 = w25*(A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7);
3062                                  const double tmp206_0 = A_12_7 + A_21_7;                                  const double tmp46 = w4*(-A_12_4 + A_21_6);
3063                                  const double tmp188_0 = A_02_5 + A_20_5;                                  const double tmp47 = w15*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_1 - A_20_3);
3064                                  const double tmp117_0 = A_21_1 + A_21_6;                                  const double tmp48 = w21*(-A_01_1 + A_10_3);
3065                                  const double tmp165_0 = A_01_1 + A_01_6;                                  const double tmp49 = w16*(A_01_0 + A_01_3 - A_10_1 - A_10_2);
3066                                  const double tmp66_0 = A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp50 = w5*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_4 - A_20_6);
3067                                  const double tmp57_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp51 = w12*(A_12_1 + A_12_7 - A_21_3 - A_21_5);
3068                                  const double tmp31_0 = A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp52 = w24*(A_11_1 + A_11_3);
3069                                  const double tmp3_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6;                                  const double tmp53 = w8*(A_01_2 + A_01_5 - A_10_0 - A_10_7);
3070                                  const double tmp183_0 = A_12_0 + A_12_7;                                  const double tmp54 = w6*(A_12_0 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_4);
3071                                  const double tmp61_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp55 = w23*(A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6);
3072                                  const double tmp54_0 = A_10_5 + A_10_6;                                  const double tmp56 = w18*(A_12_4 - A_21_6);
3073                                  const double tmp18_0 = A_02_3 + A_02_6;                                  const double tmp57 = w14*(A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3074                                  const double tmp119_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp58 = w26*(A_11_1 + A_11_3);
3075                                  const double tmp29_0 = A_21_2 + A_21_3;                                  const double tmp59 = w20*(-A_01_1 + A_10_3);
3076                                  const double tmp17_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7;                                  const double tmp60 = w1*(A_01_0 + A_01_3 - A_10_1 - A_10_2);
3077                                  const double tmp212_0 = A_02_6 + A_20_6;                                  const double tmp61 = w25*(A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6);
3078                                  const double tmp220_0 = A_02_3 + A_20_6;                                  const double tmp62 = w4*(-A_12_3 + A_21_1);
3079                                  const double tmp78_0 = A_20_0 + A_20_7;                                  const double tmp63 = w15*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_4 - A_20_6);
3080                                  const double tmp215_0 = A_01_6 + A_10_6;                                  const double tmp64 = w0*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3);
3081                                  const double tmp203_0 = A_01_7 + A_10_7;                                  const double tmp65 = w16*(A_01_4 + A_01_7 - A_10_5 - A_10_6);
3082                                  const double tmp87_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp66 = w24*(A_11_4 + A_11_6);
3083                                  const double tmp114_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp67 = w21*(-A_01_6 + A_10_4);
3084                                  const double tmp0_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4;                                  const double tmp68 = w12*(A_12_0 + A_12_6 - A_21_2 - A_21_4);
3085                                  const double tmp202_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp69 = w5*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_1 - A_20_3);
3086                                  const double tmp4_0 = A_20_0 + A_20_5;                                  const double tmp70 = w6*(A_12_1 + A_12_7 - A_21_3 - A_21_5);
3087                                  const double tmp65_0 = A_00_2 + A_00_3;                                  const double tmp71 = w23*(A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7);
3088                                  const double tmp24_0 = A_20_1 + A_20_3;                                  const double tmp72 = w20*(A_01_5 + A_10_6);
3089                                  const double tmp64_0 = A_10_0 + A_10_3;                                  const double tmp73 = w14*(-A_00_0 - A_00_1 - A_00_2 - A_00_3);
3090                                  const double tmp170_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_0 + A_20_2;                                  const double tmp74 = w0*(-A_00_4 - A_00_5 - A_00_6 - A_00_7);
3091                                  const double tmp11_0 = A_20_1 + A_20_6;                                  const double tmp75 = w3*(-A_11_4 - A_11_5 - A_11_6 - A_11_7);
3092                                  const double tmp82_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_4 + A_21_5;                                  const double tmp76 = w1*(-A_01_4 - A_01_7 - A_10_4 - A_10_7);
3093                                  const double tmp99_0 = A_01_4 + A_10_7;                                  const double tmp77 = w15*(-A_02_0 - A_02_2 + A_20_1 + A_20_3);
3094                                  const double tmp49_0 = A_12_1 + A_12_7;                                  const double tmp78 = w21*(A_01_2 + A_10_1);
3095                                  const double tmp130_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7;                                  const double tmp79 = w16*(-A_01_0 - A_01_3 - A_10_0 - A_10_3);
3096                                  const double tmp144_0 = A_01_0 + A_10_3;                                  const double tmp80 = w9*(-A_11_0 - A_11_1 - A_11_2 - A_11_3);
3097                                  const double tmp109_0 = A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7;                                  const double tmp81 = w12*(-A_12_0 - A_12_1 + A_21_2 + A_21_3);
3098                                  const double tmp185_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_5;                                  const double tmp82 = w5*(-A_02_5 - A_02_7 + A_20_4 + A_20_6);
3099                                  const double tmp157_0 = A_01_4 + A_10_4;                                  const double tmp83 = w6*(-A_12_6 - A_12_7 + A_21_4 + A_21_5);
3100                                  const double tmp51_0 = A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7;                                  const double tmp84 = w6*(-A_12_2 - A_12_3 - A_21_2 - A_21_3);
3101                                  const double tmp146_0 = A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp85 = w11*(A_02_1 + A_02_6 - A_20_0 - A_20_7);
3102                                  const double tmp147_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_0 + A_21_1;                                  const double tmp86 = w20*(A_01_3 - A_10_2);
3103                                  const double tmp150_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5;                                  const double tmp87 = w10*(A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7);
3104                                  const double tmp62_0 = A_21_3 + A_21_5;                                  const double tmp88 = w3*(A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3);
3105                                  const double tmp223_0 = A_12_2 + A_21_4;                                  const double tmp89 = w23*(A_22_2 + A_22_3 + A_22_6 + A_22_7);
3106                                  const double tmp16_0 = A_02_2 + A_02_5;                                  const double tmp90 = w1*(-A_01_1 - A_01_2 + A_10_0 + A_10_3);
3107                                  const double tmp168_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_6;                                  const double tmp91 = w25*(A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5);
3108                                  const double tmp88_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3;                                  const double tmp92 = w15*(A_02_0 + A_02_5 - A_20_1 - A_20_4);
3109                                  const double tmp142_0 = A_01_7 + A_10_4;                                  const double tmp93 = w21*(A_01_4 - A_10_5);
3110                                  const double tmp34_0 = A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp94 = w16*(-A_01_5 - A_01_6 + A_10_4 + A_10_7);
3111                                  const double tmp71_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7;                                  const double tmp95 = w28*(A_00_2 + A_00_3);
3112                                  const double tmp213_0 = A_02_1 + A_20_1;                                  const double tmp96 = w12*(-A_12_4 - A_12_5 - A_21_4 - A_21_5);
3113                                  const double tmp227_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_4;                                  const double tmp97 = w29*(A_00_4 + A_00_5);
3114                                  const double tmp228_0 = A_12_1 + A_21_7;                                  const double tmp98 = w5*(A_02_2 + A_02_7 - A_20_3 - A_20_6);
3115                                  const double tmp140_0 = A_01_2 + A_01_6;                                  const double tmp99 = w8*(-A_01_0 - A_01_7 + A_10_1 + A_10_6);
3116                                  const double tmp74_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5;                                  const double tmp100 = w9*(A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7);
3117                                  const double tmp167_0 = A_11_0 + A_11_2;                                  const double tmp101 = w27*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7);
3118                                  const double tmp143_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp102 = w17*(A_02_4 - A_20_5);
3119                                  const double tmp83_0 = A_02_0 + A_02_5;                                  const double tmp103 = w2*(-A_02_3 + A_20_2);
3120                                  const double tmp14_0 = A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6;                                  const double tmp104 = w13*(A_22_0 + A_22_1 + A_22_2 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_5 + A_22_6 + A_22_7);
3121                                  const double tmp5_0 = A_12_1 + A_12_6;                                  const double tmp105 = w6*(-A_12_4 - A_12_5 - A_21_2 - A_21_3);
3122                                  const double tmp94_0 = A_02_1 + A_02_3;                                  const double tmp106 = w22*(A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7);
3123                                  const double tmp193_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_6;                                  const double tmp107 = w1*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_1 - A_10_5);
3124                                  const double tmp97_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7;                                  const double tmp108 = w15*(-A_02_1 - A_02_3 - A_20_4 - A_20_6);
3125                                  const double tmp131_0 = A_01_1 + A_01_5;                                  const double tmp109 = w16*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_2 - A_10_6);
3126                                  const double tmp124_0 = A_01_6 + A_10_5;                                  const double tmp110 = w12*(-A_12_2 - A_12_3 - A_21_4 - A_21_5);
3127                                  const double tmp149_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_6 + A_21_7;                                  const double tmp111 = w5*(-A_02_4 - A_02_6 - A_20_1 - A_20_3);
3128                                  const double tmp187_0 = A_01_2 + A_10_2;                                  const double tmp112 = w8*(-A_01_0 - A_01_3 - A_01_4 - A_01_7 - A_10_0 - A_10_3 - A_10_4 - A_10_7);
3129                                  const double tmp93_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2;                                  const double tmp113 = w27*(A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7);
3130                                  const double tmp25_0 = A_01_4 + A_01_7 + A_10_4 + A_10_7;                                  const double tmp114 = w11*(A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 - A_20_1 - A_20_3 - A_20_4 - A_20_6);
3131                                  const double tmp156_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_5;                                  const double tmp115 = w21*(-A_01_4 - A_10_7);
3132                                  const double tmp20_0 = A_21_2 + A_21_5;                                  const double tmp116 = w20*(-A_01_3 - A_10_0);
3133                                  const double tmp55_0 = A_21_2 + A_21_4;                                  const double tmp117 = w15*(A_02_4 + A_02_6 - A_20_5 - A_20_7);
3134                                  const double tmp208_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_7;                                  const double tmp118 = w16*(A_01_5 + A_01_6 + A_10_5 + A_10_6);
3135                                  const double tmp125_0 = A_12_4 + A_12_5;                                  const double tmp119 = w5*(A_02_1 + A_02_3 - A_20_0 - A_20_2);
3136                                  const double tmp158_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_7;                                  const double tmp120 = w8*(A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4);
3137                                  const double tmp108_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp121 = w1*(A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2);
3138                                  const double tmp199_0 = A_12_2 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_4;                                  const double tmp122 = w18*(A_12_2 - A_21_6);
3139                                  const double tmp10_0 = A_02_1 + A_02_4;                                  const double tmp123 = w13*(A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7);
3140                                  const double tmp182_0 = A_02_3 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_6;                                  const double tmp124 = w11*(-A_02_0 - A_02_7 + A_20_3 + A_20_4);
3141                                  const double tmp132_0 = A_02_1 + A_20_4;                                  const double tmp125 = w7*(A_22_1 + A_22_5);
3142                                  const double tmp191_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_3 + A_21_4;                                  const double tmp126 = w10*(-A_12_3 - A_12_4 + A_21_0 + A_21_7);
3143                                  const double tmp35_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3;                                  const double tmp127 = w3*(A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7);
3144                                  const double tmp164_0 = A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp128 = w1*(-A_01_1 - A_01_5 - A_10_1 - A_10_5);
3145                                  const double tmp190_0 = A_12_5 + A_21_5;                                  const double tmp129 = w4*(-A_12_5 + A_21_1);
3146                                  const double tmp73_0 = A_02_1 + A_02_6;                                  const double tmp130 = w16*(-A_01_2 - A_01_6 - A_10_2 - A_10_6);
3147                                  const double tmp98_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4;                                  const double tmp131 = w9*(A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6);
3148                                  const double tmp225_0 = A_12_4 + A_21_2;                                  const double tmp132 = w19*(A_22_2 + A_22_6);
3149                                  const double tmp103_0 = A_02_4 + A_02_6;                                  const double tmp133 = w17*(-A_02_2 + A_20_6);
3150                                  const double tmp194_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_7;                                  const double tmp134 = w2*(A_02_5 - A_20_1);
3151                                  const double tmp207_0 = A_12_0 + A_21_6;                                  const double tmp135 = w11*(A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6);
3152                                  const double tmp102_0 = A_20_5 + A_20_7;                                  const double tmp136 = w1*(A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4);
3153                                  const double tmp1_0 = A_22_3 + A_22_7;                                  const double tmp137 = w15*(A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7);
3154                                  const double tmp172_0 = A_10_1 + A_10_5;                                  const double tmp138 = w16*(A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7);
3155                                  const double tmp222_0 = A_12_5 + A_21_3;                                  const double tmp139 = w5*(A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2);