/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3792 by caltinay, Wed Feb 1 06:16:25 2012 UTC revision 4638 by jfenwick, Thu Jan 30 06:25:10 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    #include <ripley/DefaultAssembler3D.h>
20    #include <ripley/WaveAssembler3D.h>
21    #include <boost/scoped_array.hpp>
22    
23    #ifdef USE_NETCDF
24    #include <netcdfcpp.h>
25    #endif
26    
27  #if USE_SILO  #if USE_SILO
28  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 34  extern "C" {
34  #include <iomanip>  #include <iomanip>
35    
36  using namespace std;  using namespace std;
37    using esysUtils::FileWriter;
38    
39  namespace ripley {  namespace ripley {
40    
41  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
42               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2,
43      RipleyDomain(3),               const std::vector<double>& points, const std::vector<int>& tags,
44      m_gNE0(n0),               const simap_t& tagnamestonums) :
45      m_gNE1(n1),      RipleyDomain(3)
46      m_gNE2(n2),  {
47      m_x0(x0),      // ignore subdivision parameters for serial run
48      m_y0(y0),      if (m_mpiInfo->size == 1) {
49      m_z0(z0),          d0=1;
50      m_l0(x1-x0),          d1=1;
51      m_l1(y1-y0),          d2=1;
52      m_l2(z1-z0),      }
53      m_NX(d0),      bool warn=false;
54      m_NY(d1),      // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
55      m_NZ(d2)      // ratio as the number of elements
56  {      if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
57            warn=true;
58            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
59            d0=max(1, d0);
60            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
61            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
62            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
63                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
64                // dividing 2 sides only
65                if (n0>=n1) {
66                    if (n1>=n2) {
67                        d0=d1=0;
68                        d2=1;
69                    } else {
70                        d0=d2=0;
71                        d1=1;
72                    }
73                } else {
74                    if (n0>=n2) {
75                        d0=d1=0;
76                        d2=1;
77                    } else {
78                        d0=1;
79                        d1=d2=0;
80                    }
81                }
82            }
83        }
84        if (d0<=0 && d1<=0) {
85            warn=true;
86            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
87            d1=m_mpiInfo->size/d0;
88            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
89                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
90                if (n0>n1) {
91                    d0=0;
92                    d1=1;
93                } else {
94                    d0=1;
95                    d1=0;
96                }
97            }
98        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
99            warn=true;
100            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
101            d2=m_mpiInfo->size/d0;
102            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
103                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
104                if (n0>n2) {
105                    d0=0;
106                    d2=1;
107                } else {
108                    d0=1;
109                    d2=0;
110                }
111            }
112        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
113            warn=true;
114            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
115            d2=m_mpiInfo->size/d1;
116            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
117                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
118                if (n1>n2) {
119                    d1=0;
120                    d2=1;
121                } else {
122                    d1=1;
123                    d2=0;
124                }
125            }
126        }
127        if (d0<=0) {
128            // d1,d2 are preset, determine d0
129            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
130        } else if (d1<=0) {
131            // d0,d2 are preset, determine d1
132            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
133        } else if (d2<=0) {
134            // d0,d1 are preset, determine d2
135            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
136        }
137    
138      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
139      // among number of ranks      // among number of ranks
140      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
141          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
142    
143      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
144          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
145                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
146        }
147    
148        double l0 = x1-x0;
149        double l1 = y1-y0;
150        double l2 = z1-z0;
151        m_dx[0] = l0/n0;
152        m_dx[1] = l1/n1;
153        m_dx[2] = l2/n2;
154    
155        if ((n0+1)%d0 > 0) {
156            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
157            l0=m_dx[0]*n0;
158            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
159                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
160        }
161        if ((n1+1)%d1 > 0) {
162            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
163            l1=m_dx[1]*n1;
164            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
165                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
166        }
167        if ((n2+1)%d2 > 0) {
168            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
169            l2=m_dx[2]*n2;
170            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
171                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
172        }
173    
174      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
175          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
176    
177        m_gNE[0] = n0;
178        m_gNE[1] = n1;
179        m_gNE[2] = n2;
180        m_origin[0] = x0;
181        m_origin[1] = y0;
182        m_origin[2] = z0;
183        m_length[0] = l0;
184        m_length[1] = l1;
185        m_length[2] = l2;
186        m_NX[0] = d0;
187        m_NX[1] = d1;
188        m_NX[2] = d2;
189    
190      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
191      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
192      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
193          m_NE0++;          m_NE[0]++;
194      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
195          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
196    
197      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
198      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
199          m_NE1++;          m_NE[1]++;
200      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
201          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
202    
203      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
204      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
205          m_NE2++;          m_NE[2]++;
206      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
207          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
208    
209      // local number of nodes      // local number of nodes
210      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
211      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
212      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
213    
214      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
215      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
216      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
217          m_offset0--;          m_offset[0]--;
218      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
219      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
220          m_offset1--;          m_offset[1]--;
221      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
222      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
223          m_offset2--;          m_offset[2]--;
224    
225      populateSampleIds();      populateSampleIds();
226      createPattern();      createPattern();
227        
228        assembler = new DefaultAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN);
229        for (map<string, int>::const_iterator i = tagnamestonums.begin();
230                i != tagnamestonums.end(); i++) {
231            setTagMap(i->first, i->second);
232        }
233        addPoints(tags.size(), &points[0], &tags[0]);
234  }  }
235    
236    
# Line 100  Brick::~Brick() Line 238  Brick::~Brick()
238  {  {
239      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);
240      Paso_Connector_free(m_connector);      Paso_Connector_free(m_connector);
241        delete assembler;
242  }  }
243    
244  string Brick::getDescription() const  string Brick::getDescription() const
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 251  bool Brick::operator==(const AbstractDom
251      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
252      if (o) {      if (o) {
253          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
254                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
255                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
256                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
257                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
258      }      }
259    
260      return false;      return false;
261  }  }
262    
263    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
264                const ReaderParameters& params) const
265    {
266    #ifdef USE_NETCDF
267        // check destination function space
268        int myN0, myN1, myN2;
269        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
270            myN0 = m_NN[0];
271            myN1 = m_NN[1];
272            myN2 = m_NN[2];
273        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
274                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
275            myN0 = m_NE[0];
276            myN1 = m_NE[1];
277            myN2 = m_NE[2];
278        } else
279            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
280    
281        if (params.first.size() != 3)
282            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
283    
284        if (params.numValues.size() != 3)
285            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
286    
287        if (params.multiplier.size() != 3)
288            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
289        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
290            if (params.multiplier[i]<1)
291                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
292    
293        // check file existence and size
294        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
295        if (!f.is_valid())
296            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
297    
298        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
299        if (!var)
300            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
301    
302        // TODO: rank>0 data support
303        const int numComp = out.getDataPointSize();
304        if (numComp > 1)
305            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
306    
307        const int dims = var->num_dims();
308        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
309    
310        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
311        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
312        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
313                          params.numValues[1] > edges[1] ||
314                          params.numValues[0] > edges[2]))
315                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
316                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
317            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
318        }
319    
320        // check if this rank contributes anything
321        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
322                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
323                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
324                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
325                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
326                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
327            return;
328        }
329    
330        // now determine how much this rank has to write
331    
332        // first coordinates in data object to write to
333        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
334        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
335        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
336        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
337        int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
338        int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
339        int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
340        // number of values to read
341        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
342        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
343        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
344    
345        // make sure we read the right block if going backwards through file
346        if (params.reverse[0])
347            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
348        if (dims>1 && params.reverse[1])
349            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
350        if (dims>2 && params.reverse[2])
351            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
352    
353    
354        vector<double> values(num0*num1*num2);
355        if (dims==3) {
356            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
357            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
358        } else if (dims==2) {
359            var->set_cur(idx1, idx0);
360            var->get(&values[0], num1, num0);
361        } else {
362            var->set_cur(idx0);
363            var->get(&values[0], num0);
364        }
365    
366        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
367        out.requireWrite();
368    
369        // helpers for reversing
370        const int x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
371        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
372        const int y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
373        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
374        const int z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
375        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
376    
377        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
378            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
379    #pragma omp parallel for
380                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
381                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
382                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
383                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
384                    const int srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
385                                      +(y0+y_mult*y)*num0
386                                      +(x0+x_mult*x);
387                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
388                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
389                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
390                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
391                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
392                                                   +m1*myN0
393                                                   +m2*myN0*myN1;
394                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
395                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
396                                        *dest++ = values[srcIndex];
397                                    }
398                                }
399                            }
400                        }
401                    }
402                }
403            }
404        }
405    #else
406        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
407    #endif
408    }
409    
410    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
411                               const ReaderParameters& params) const
412    {
413        // the mapping is not universally correct but should work on our
414        // supported platforms
415        switch (params.dataType) {
416            case DATATYPE_INT32:
417                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
418                break;
419            case DATATYPE_FLOAT32:
420                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
421                break;
422            case DATATYPE_FLOAT64:
423                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
424                break;
425            default:
426                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
427        }
428    }
429    
430    template<typename ValueType>
431    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
432                                   const ReaderParameters& params) const
433    {
434        // check destination function space
435        int myN0, myN1, myN2;
436        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
437            myN0 = m_NN[0];
438            myN1 = m_NN[1];
439            myN2 = m_NN[2];
440        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
441                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
442            myN0 = m_NE[0];
443            myN1 = m_NE[1];
444            myN2 = m_NE[2];
445        } else
446            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
447    
448        if (params.first.size() != 3)
449            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
450    
451        if (params.numValues.size() != 3)
452            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
453    
454        if (params.multiplier.size() != 3)
455            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
456        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
457            if (params.multiplier[i]<1)
458                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
459    
460        // check file existence and size
461        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
462        if (f.fail()) {
463            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
464        }
465        f.seekg(0, ios::end);
466        const int numComp = out.getDataPointSize();
467        const int filesize = f.tellg();
468        const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
469        if (filesize < reqsize) {
470            f.close();
471            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
472        }
473    
474        // check if this rank contributes anything
475        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
476                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
477                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
478                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
479                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
480                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
481            f.close();
482            return;
483        }
484    
485        // now determine how much this rank has to write
486    
487        // first coordinates in data object to write to
488        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
489        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
490        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
491        // indices to first value in file
492        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
493        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
494        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
495        // number of values to read
496        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
497        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
498        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
499    
500        out.requireWrite();
501        vector<ValueType> values(num0*numComp);
502        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
503    
504        for (int z=0; z<num2; z++) {
505            for (int y=0; y<num1; y++) {
506                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
507                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
508                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
509                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
510    
511                for (int x=0; x<num0; x++) {
512                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
513                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
514                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
515                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
516                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
517                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
518                                const int dataIndex = baseIndex+m0
519                                               +m1*myN0
520                                               +m2*myN0*myN1;
521                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
522                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
523                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
524    
525                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
526                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
527                                        // this will alter val!!
528                                        byte_swap32(cval);
529                                    }
530                                    if (!std::isnan(val)) {
531                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
532                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
533                                        }
534                                    }
535                                }
536                            }
537                        }
538                    }
539                }
540            }
541        }
542    
543        f.close();
544    }
545    
546    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
547                                int byteOrder, int dataType) const
548    {
549        // the mapping is not universally correct but should work on our
550        // supported platforms
551        switch (dataType) {
552            case DATATYPE_INT32:
553                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
554                break;
555            case DATATYPE_FLOAT32:
556                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
557                break;
558            case DATATYPE_FLOAT64:
559                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
560                break;
561            default:
562                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
563        }
564    }
565    
566    template<typename ValueType>
567    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
568                                    const string& filename, int byteOrder) const
569    {
570        // check function space and determine number of points
571        int myN0, myN1, myN2;
572        int totalN0, totalN1, totalN2;
573        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
574            myN0 = m_NN[0];
575            myN1 = m_NN[1];
576            myN2 = m_NN[2];
577            totalN0 = m_gNE[0]+1;
578            totalN1 = m_gNE[1]+1;
579            totalN2 = m_gNE[2]+1;
580        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
581                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
582            myN0 = m_NE[0];
583            myN1 = m_NE[1];
584            myN2 = m_NE[2];
585            totalN0 = m_gNE[0];
586            totalN1 = m_gNE[1];
587            totalN2 = m_gNE[2];
588        } else
589            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
590    
591        const int numComp = in.getDataPointSize();
592        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
593        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
594    
595        if (numComp > 1 || dpp > 1)
596            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
597    
598        // from here on we know that each sample consists of one value
599        FileWriter fw;
600        fw.openFile(filename, fileSize);
601        MPIBarrier();
602    
603        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
604            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
605                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
606                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
607                ostringstream oss;
608    
609                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
610                    const double* sample = in.getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
611                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
612                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
613                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
614                    } else {
615                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
616                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
617                    }
618                }
619                fw.writeAt(oss, fileofs);
620            }
621        }
622        fw.close();
623    }
624    
625  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
626  {  {
627  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 129  void Brick::dump(const string& fileName) Line 630  void Brick::dump(const string& fileName)
630          fn+=".silo";          fn+=".silo";
631      }      }
632    
     const int NUM_SILO_FILES = 1;  
     const char* blockDirFmt = "/block%04d";  
633      int driver=DB_HDF5;          int driver=DB_HDF5;    
634      string siloPath;      string siloPath;
635      DBfile* dbfile = NULL;      DBfile* dbfile = NULL;
636    
637  #ifdef ESYS_MPI  #ifdef ESYS_MPI
638      PMPIO_baton_t* baton = NULL;      PMPIO_baton_t* baton = NULL;
639        const int NUM_SILO_FILES = 1;
640        const char* blockDirFmt = "/block%04d";
641  #endif  #endif
642    
643      if (m_mpiInfo->size > 1) {      if (m_mpiInfo->size > 1) {
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 682  void Brick::dump(const string& fileName)
682      }      }
683      */      */
684    
685      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
686      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
687      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
688      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
689  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
690      {      {
691  #pragma omp for  #pragma omp for
692          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
693              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
694          }          }
695  #pragma omp for  #pragma omp for
696          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
697              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
698          }          }
699  #pragma omp for  #pragma omp for
700          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
701              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
702          }          }
703      }      }
704      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
705      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
706        // write mesh
707        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
708              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
709    
710      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
711        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
712              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
713    
714      // write element ids      // write element ids
715      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
716      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
717              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
718    
719      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
720      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 807  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
807          case ReducedElements:          case ReducedElements:
808              {              {
809                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
810                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
811                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
812                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
813                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
814              }              }
815          case FaceElements:          case FaceElements:
816          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
817              {              {
818                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
819                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
820                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
821                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
822                      if (id<n) {                      if (id<n) {
823                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
824                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
825                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
826                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
827                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
828                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
829                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
830                          } else { // left or right                          } else { // left or right
831                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
832                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
833                          }                          }
834                      }                      }
835                  }                  }
# Line 352  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 852  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
852          {          {
853              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
854  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
855                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
856                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
857                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
858                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
859                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
860                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 866  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
866    
867              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
868  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
869                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
870                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
871                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
872                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
873                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
874                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 880  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
880    
881              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
882  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
883                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
884                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
885                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
886                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
887                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
888                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 894  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
894    
895              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
896  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
897                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
898                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
899                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
900                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
901                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
902                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 908  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
908    
909              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
910  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
911                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
912                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
913                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
914                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
915                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
916                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 922  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
922    
923              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
924  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
925                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
926                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
927                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
928                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
929                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
930                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 940  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
940          {          {
941              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
942  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
943                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
944                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
945                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
946                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
947                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
948                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 952  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
952    
953              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
954  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
955                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
956                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
957                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
958                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
959                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
960                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 964  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
964    
965              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
966  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
967                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
968                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
969                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
970                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
971                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
972                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 976  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
976    
977              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
978  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
979                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
980                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
981                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
982                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
983                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
984                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 988  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
988    
989              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
990  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
991                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
992                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
993                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
994                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
995                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
996                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1000  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1000    
1001              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1002  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1003                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1004                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1005                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1006                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1007                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1008                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1025  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1025              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1026          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1027          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1028          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=min(min(xSize,ySize),zSize);  
1029  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1030          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1031              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1035  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1035              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1036          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1037          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1038  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1039          {          {
1040              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1041                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1042  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1043                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1044                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1045                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1046                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1047                      }                      }
1048                  }                  }
1049              }              }
1050    
1051              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1052                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1053  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1054                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1055                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1056                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1057                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1058                      }                      }
1059                  }                  }
1060              }              }
1061    
1062              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1063                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1064  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1065                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1066                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1067                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1068                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1069                      }                      }
1070                  }                  }
1071              }              }
1072    
1073              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1074                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1075  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1076                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1077                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1078                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1079                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1080                      }                      }
1081                  }                  }
1082              }              }
1083    
1084              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1085                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1086  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1087                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1088                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1089                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1090                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1091                      }                      }
1092                  }                  }
1093              }              }
1094    
1095              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1096                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1097  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1098                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1099                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1100                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1101                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1102                      }                      }
1103                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1112  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1112      }      }
1113  }  }
1114    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1115  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1116  {  {
1117      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1119  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1119          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1120          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1121          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1122          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1123              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1124                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1125                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1126                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1127          }          }
1128      }      }
1129  }  }
1130    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1131    
1132  //protected  //protected
1133  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1139  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1139      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1140          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1141    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1142      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1143  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1144      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1145          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1146              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1147                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1148                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1149                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1150                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1151              }              }
1152          }          }
1153      }      }
1154  }  }
1155    
1156  //protected  //protected
1157  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1158  {  {
1159      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l1/m_gNE2;  
1160      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1161      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1162      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 770  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1167  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1167    
1168      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1169          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1170  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1171          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1172              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1173                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1174                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1175                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1176                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1177                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1178                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1179                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1180                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1181                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1182                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1183                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1184                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1185                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1186                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1187                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1188                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1189                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1190                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1191                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1192                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1193                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1194                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1195                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1196                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1197                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1198                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1199                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1200                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1201                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1202                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1203                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1204                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1205                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1206                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1207                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1208                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1209                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1210                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1211                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1212                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1213                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1214                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1215                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1216                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1217                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1218                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1219                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1220                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1221                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1222              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1223          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1224                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1225                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1226                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1227                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1228                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1229                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1230                            } // end of component loop i
1231                        } // end of k0 loop
1232                    } // end of k1 loop
1233                } // end of k2 loop
1234            } // end of parallel section
1235      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1236          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1237  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1238          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1239              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1240                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1241                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1242                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1243                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1244                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1245                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1246                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1247                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1248                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1249                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1250                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1251                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1252                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1253                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1254                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1255                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1256              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1257          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1258                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1259                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1260                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1261                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1262                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1263                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1264                            } // end of component loop i
1265                        } // end of k0 loop
1266                    } // end of k1 loop
1267                } // end of k2 loop
1268            } // end of parallel section
1269      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1270          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1271  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1272          {          {
1273                vector<double> f_000(numComp);
1274                vector<double> f_001(numComp);
1275                vector<double> f_010(numComp);
1276                vector<double> f_011(numComp);
1277                vector<double> f_100(numComp);
1278                vector<double> f_101(numComp);
1279                vector<double> f_110(numComp);
1280                vector<double> f_111(numComp);
1281              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1282  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1283                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1284                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1285                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1286                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1287                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1288                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1289                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1290                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1291                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1292                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1293                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1294                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1295                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1296                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1297                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1298                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1299                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1300                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1301                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1302                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1303                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1304                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1305                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1306                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1307                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1308                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1309                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1310                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1311                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1314  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1314              } // end of face 0              } // end of face 0
1315              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1316  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1317                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1318                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1319                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1320                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1321                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1322                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1323                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1324                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1325                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1326                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1327                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1328                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1329                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1330                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1331                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1332                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1333                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1334                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1335                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1336                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1337                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1338                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1339                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1340                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1341                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1342                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1343                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1344                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1345                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1348  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1348              } // end of face 1              } // end of face 1
1349              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1350  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1351                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1352                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1353                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1354                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1355                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1356                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1357                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1358                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1359                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1360                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1361                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1362                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1363                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1364                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1365                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1366                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1367                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1368                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1369                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1370                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1371                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1372                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1373                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1374                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1375                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1376                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1377                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1378                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1379                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1381  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1381              } // end of face 2              } // end of face 2
1382              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1383  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1384                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1385                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1386                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1387                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1388                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1389                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1390                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1391                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1392                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1393                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1394                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1395                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1396                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1397                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1398                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1399                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1400                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1401                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1402                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1403                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1404                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1405                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1406                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1407                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1408                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1409                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1410                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1411                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1412                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1413                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1415  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1415              } // end of face 3              } // end of face 3
1416              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1417  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1418                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1419                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1420                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1421                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1422                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1423                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1424                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1425                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1426                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1427                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1429                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1430                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1431                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1432                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1433                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1434                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1435                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1436                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1437                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1438                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1439                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1440                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1441                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1442                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1443                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1444                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1445                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1446                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1447                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1448                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1449              } // end of face 4              } // end of face 4
1450              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1451  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1452                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1453                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1454                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1455                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1456                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1457                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1458                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1459                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1460                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1461                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1462                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1463                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1464                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1465                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1466                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1467                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1468                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1469                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1470                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1471                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1472                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1473                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1474                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1475                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1476                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1477                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1478                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1479                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1480                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1481                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1482                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1486  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1486          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1487  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1488          {          {
1489                vector<double> f_000(numComp);
1490                vector<double> f_001(numComp);
1491                vector<double> f_010(numComp);
1492                vector<double> f_011(numComp);
1493                vector<double> f_100(numComp);
1494                vector<double> f_101(numComp);
1495                vector<double> f_110(numComp);
1496                vector<double> f_111(numComp);
1497              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1498  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1499                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1500                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1501                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1502                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1503                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1504                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1505                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1507                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1508                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1510                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1511                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1512                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1513                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1514                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1515                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1516                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1517              } // end of face 0              } // end of face 0
1518              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1519  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1520                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1521                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1522                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1523                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1524                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1525                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1526                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1527                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1528                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1529                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1530                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1531                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1532                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1533                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1534                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1535                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1536                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1537                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1538              } // end of face 1              } // end of face 1
1539              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1540  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1541                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1542                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1543                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1544                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1545                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1546                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1547                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1548                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1549                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1550                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1551                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1552                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1553                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1554                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1555                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1556                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1557                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1558                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1559              } // end of face 2              } // end of face 2
1560              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1561  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1562                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1563                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1564                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1565                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1566                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1567                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1568                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1569                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1570                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1571                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1572                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1573                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1574                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1575                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1576                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1577                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1578                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1579                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1580              } // end of face 3              } // end of face 3
1581              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1582  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1583                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1584                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1585                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1586                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1587                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1588                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1589                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1590                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1591                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1592                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1593                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1594                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1595                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1596                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1597                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1598                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1599                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1600                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1601              } // end of face 4              } // end of face 4
1602              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1603  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1604                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1605                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1606                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1607                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1608                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1609                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1610                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1611                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1612                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1613                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1614                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1615                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1616                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1617                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1618                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1619                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1620                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1621                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1190  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1625  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1625  }  }
1626    
1627  //protected  //protected
1628  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1629  {  {
1630      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1631      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1632      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1633      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1634      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1635      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1636      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
     if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {  
         const double w_0 = h0*h1*h2/8.;  
1637  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1638          {          {
1639              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1640  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1641              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1642                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1643                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1644                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1645                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1646                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1647                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1228  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1661  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1661              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1662                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1663          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1664      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
1665          const double w_0 = h0*h1*h2;      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1666            const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1667  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1668          {          {
1669              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1670  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1671              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1672                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1673                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1674                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1675                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1676                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1677                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1249  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1683  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1683              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1684                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1685          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1686      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
1687          const double w_0 = h1*h2/4.;      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1688          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1689          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1690            const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1691  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1692          {          {
1693              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1694              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1695  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1696                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1697                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1698                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1699                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1700                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1701                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1274  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1709  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1709    
1710              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1711  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1712                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1713                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1714                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1715                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1716                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1717                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1290  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1725  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1725    
1726              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1727  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1728                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1729                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1730                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1731                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1732                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1733                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1306  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1741  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1741    
1742              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1743  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1744                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1745                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1746                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1747                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1748                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1749                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1322  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1757  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1757    
1758              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1759  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1760                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1761                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1762                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1763                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1764                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1765                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1338  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1773  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1773    
1774              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1775  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1776                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1777                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1778                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1779                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1780                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1781                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1357  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1792  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1792                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1793          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1794    
1795      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1796          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1797          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1798          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1799  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1800          {          {
1801              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1802              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1803  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1804                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1805                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1806                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1807                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1808                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1809                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1378  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1813  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1813    
1814              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1815  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1816                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1817                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1818                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1819                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1820                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1821                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1390  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1825  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1825    
1826              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1827  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1828                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1829                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1830                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1831                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1832                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1833                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1402  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1837  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1837    
1838              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1839  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1840                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1841                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1842                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1843                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1844                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1845                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1414  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1849  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1849    
1850              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1851  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1852                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1853                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1854                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1855                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1856                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1857                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1426  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1861  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1861    
1862              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1863  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1864                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1865                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1866                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1867                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1868                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1869                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1440  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1875  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1875              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1876                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1877          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1878        } // function space selector
     }  
1879  }  }
1880    
1881  //protected  //protected
1882  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1883  {  {
1884      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1885      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1886      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1887      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1888      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1889      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1479  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV Line 1913  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV
1913  }  }
1914    
1915  //protected  //protected
1916  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1917  {  {
1918      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1919      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1920    
1921      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1922      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1923      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1924      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1925      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1926      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1927  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1928      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1929          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1930              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1931                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1932                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1933                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1934              }              }
# Line 1503  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1937  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1937  }  }
1938    
1939  //protected  //protected
1940  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1941  {  {
1942      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1943      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);
1944      in.requireWrite();      // expand data object if necessary to be able to grab the whole data
1945      Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRW(0));      const_cast<escript::Data*>(&in)->expand();
1946        Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRO(0));
1947    
1948      const dim_t numDOF = getNumDOF();      const dim_t numDOF = getNumDOF();
1949      out.requireWrite();      out.requireWrite();
# Line 1521  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1956  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1956                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1957          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1958      }      }
1959        Paso_Coupler_free(coupler);
1960  }  }
1961    
1962  //private  //private
1963  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1964  {  {
1965      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1966      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1967        // left-right, bottom-top, front-back).
1968        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1969        // helps when writing out data rank after rank.
1970    
1971      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1972      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1541  void Brick::populateSampleIds() Line 1980  void Brick::populateSampleIds()
1980      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1981      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1982      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1983    
1984        // populate face element counts
1985        //left
1986        if (m_offset[0]==0)
1987            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1988        else
1989            m_faceCount[0]=0;
1990        //right
1991        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1992            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1993        else
1994            m_faceCount[1]=0;
1995        //bottom
1996        if (m_offset[1]==0)
1997            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1998        else
1999            m_faceCount[2]=0;
2000        //top
2001        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
2002            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
2003        else
2004            m_faceCount[3]=0;
2005        //front
2006        if (m_offset[2]==0)
2007            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
2008        else
2009            m_faceCount[4]=0;
2010        //back
2011        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2012            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2013        else
2014            m_faceCount[5]=0;
2015    
2016      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
2017    
2018        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2019        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2020        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2021        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2022        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2023        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2024    
2025        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2026        // set the node id's according to the order mentioned above.
2027        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2028        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2029        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2030        // the 6 faces are set but only if required...
2031    
2032    #define globalNodeId(x,y,z) \
2033        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2034        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2035        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2036    
2037  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2038      {      {
2039            // set edge id's
2040            // edges in x-direction, including corners
2041    #pragma omp for nowait
2042            for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2043                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2044                m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2045                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2046                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2047            }
2048            // edges in y-direction, without corners
2049    #pragma omp for nowait
2050            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2051                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2052                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2053                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2054                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2055            }
2056            // edges in z-direction, without corners
2057    #pragma omp for
2058            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2059                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2060                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2061                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2062                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2063            }
2064            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2065            // below
2066    
2067            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2068  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2069          // nodes          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2070          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2071              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2072                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {                      const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2073                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =                      const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2074                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)                      m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2075                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)                          = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
                         +m_offset0+i0;  
2076                  }                  }
2077              }              }
2078          }          }
2079    
2080          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2081            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2082  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2083          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2084              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2085                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2086                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2087                        m_nodeId[nodeIdx]
2088                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2089                    }
2090                }
2091            }
2092            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2093    #pragma omp for nowait
2094                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2095                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2096                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2097                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2098                        m_nodeId[nodeIdx]
2099                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2100                    }
2101                }
2102            }
2103            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2104    #pragma omp for nowait
2105                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2106                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2107                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2108                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2109                        m_nodeId[nodeIdx]
2110                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2111                    }
2112                }
2113            }
2114            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2115    #pragma omp for nowait
2116                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2117                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2118                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2119                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2120                        m_nodeId[nodeIdx]
2121                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2122                    }
2123                }
2124            }
2125            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2126    #pragma omp for nowait
2127                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2128                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2129                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2130                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2131                        m_nodeId[nodeIdx]
2132                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2133                    }
2134                }
2135            }
2136            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2137    #pragma omp for nowait
2138                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2139                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2140                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2141                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2142                        m_nodeId[nodeIdx]
2143                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2144                    }
2145                }
2146            }
2147    
2148          // elements          // populate element id's
2149  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2150          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2151              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2152                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2153                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2154                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2155                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2156                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2157                  }                  }
2158              }              }
2159          }          }
# Line 1582  void Brick::populateSampleIds() Line 2164  void Brick::populateSampleIds()
2164              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2165      } // end parallel section      } // end parallel section
2166    
2167    #undef globalNodeId
2168    
2169      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2170      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2171    
# Line 1589  void Brick::populateSampleIds() Line 2173  void Brick::populateSampleIds()
2173      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2174    
2175      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2176      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2177      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2178      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2179      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2180      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2181      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2182          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2183              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2184              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2185              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2186          }          }
2187      }      }
2188      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1614  void Brick::populateSampleIds() Line 2197  void Brick::populateSampleIds()
2197  //private  //private
2198  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2199  {  {
2200      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2201      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2202      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2203      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2204      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2205      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2206    
2207      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2208      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1628  void Brick::createPattern() Line 2211  void Brick::createPattern()
2211      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2212          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2213              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2214                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2215              }              }
2216          }          }
2217      }      }
# Line 1642  void Brick::createPattern() Line 2225  void Brick::createPattern()
2225      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2226      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2227      int numShared=0;      int numShared=0;
2228      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2229      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2230      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2231      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2232          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2233              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1655  void Brick::createPattern() Line 2238  void Brick::createPattern()
2238                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2239                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2240                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2241                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2242                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2243                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2244                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2245                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2246                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2247                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2248                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2249                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2250                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2251                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2252                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2253                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1697  void Brick::createPattern() Line 2280  void Brick::createPattern()
2280                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2281                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2282                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2283                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2284                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2285                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2286                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2287                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1731  void Brick::createPattern() Line 2314  void Brick::createPattern()
2314                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2315                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2316                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2317                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2318                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2319                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2320                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2321                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1755  void Brick::createPattern() Line 2338  void Brick::createPattern()
2338                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2339                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2340                                  }                                  }
2341                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2342                              }                              }
2343                          }                          }
2344                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1763  void Brick::createPattern() Line 2346  void Brick::createPattern()
2346                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2347                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2348                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2349                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2350                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2351                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2352                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2353                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1780  void Brick::createPattern() Line 2363  void Brick::createPattern()
2363                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2364                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2365                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2366                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2367                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2368                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2369                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2370                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2371                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1790  void Brick::createPattern() Line 2374  void Brick::createPattern()
2374                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2375                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2376                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2377                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2378                          }                          }
2379                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2380                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2381                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2382                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2383                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2384                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2385                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2386                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2387                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2388                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2389                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1807  void Brick::createPattern() Line 2392  void Brick::createPattern()
2392                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2393                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2394                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2395                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2396                          }                          }
2397                      } else {                      } else {
2398                          // sharing a node                          // sharing a node
2399                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2400                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2401                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2402                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2403                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2404                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2405                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2406                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2407                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1927  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2512  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2512      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2513      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2514      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2515      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2516      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2517      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2518      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2519      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2520      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2521      if (addF) {      if (addF) {
2522          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2523          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1949  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2534  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2534  }  }
2535    
2536  //protected  //protected
2537  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out,
2538                                           const escript::Data& in,
2539                                         bool reduced) const                                         bool reduced) const
2540  {  {
2541      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2542      if (reduced) {      if (reduced) {
2543          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2544          const double c0 = .125;  #pragma omp parallel
2545  #pragma omp parallel for          {
2546          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              vector<double> f_000(numComp);
2547              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_001(numComp);
2548                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_010(numComp);
2549                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2550                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2551                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2552                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2553                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2554                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2555                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2556                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2557                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2558                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2559                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2560                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2561                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2562              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2563          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2564                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2565                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2566                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2567                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2568                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2569                            } // end of component loop i
2570                        } // end of k0 loop
2571                    } // end of k1 loop
2572                } // end of k2 loop
2573            } // end of parallel section
2574      } else {      } else {
2575          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2576          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2577          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2578          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2579          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2580  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2581          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2582              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2583                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2584                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2585                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2586                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2587                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2588                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2589                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2590                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2591                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2592                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2593                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2594                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2595                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2596                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2597                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2598                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2599                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2600                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2601                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2602                      } // end of component loop i                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2603                  } // end of k0 loop                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2604              } // end of k1 loop                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2605          } // end of k2 loop                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2606                                o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2607                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2608                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2609                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2610                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2611                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2612                            } // end of component loop i
2613                        } // end of k0 loop
2614                    } // end of k1 loop
2615                } // end of k2 loop
2616            } // end of parallel section
2617      }      }
2618  }  }
2619    
2620  //protected  //protected
2621  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, const escript::Data& in,
2622                                      bool reduced) const                                      bool reduced) const
2623  {  {
2624      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2625      if (reduced) {      if (reduced) {
2626          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2627  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2628          {          {
2629                vector<double> f_000(numComp);
2630                vector<double> f_001(numComp);
2631                vector<double> f_010(numComp);
2632                vector<double> f_011(numComp);
2633                vector<double> f_100(numComp);
2634                vector<double> f_101(numComp);
2635                vector<double> f_110(numComp);
2636                vector<double> f_111(numComp);
2637              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2638  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2639                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2640                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2641                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2642                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2643                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2644                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2645                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2646                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2647                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2648                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2649                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2650                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2651              } // end of face 0              } // end of face 0
2652              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2653  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2654                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2655                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2656                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2657                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2658                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2659                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2660                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2661                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2662                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2663                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2664                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2665                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2666              } // end of face 1              } // end of face 1
2667              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2668  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2669                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2670                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2671                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2672                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2673                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2674                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2675                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2676                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2677                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2678                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2679                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2680                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2681              } // end of face 2              } // end of face 2
2682              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2683  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2684                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2685                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2686                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2687                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2688                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2689                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2690                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2691                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2692                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2693                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2694                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2695                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2696              } // end of face 3              } // end of face 3
2697              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2698  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2699                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2700                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2701                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2702                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2703                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2704                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2705                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2706                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2707                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2708                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2709                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2710                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2711              } // end of face 4              } // end of face 4
2712              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2713  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2714                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2715                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2716                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2717                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2718                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2719                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2720                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2721                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2722                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2723                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2724                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2725                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2118  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2732  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2732          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2733  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2734          {          {
2735                vector<double> f_000(numComp);
2736                vector<double> f_001(numComp);
2737                vector<double> f_010(numComp);
2738                vector<double> f_011(numComp);
2739                vector<double> f_100(numComp);
2740                vector<double> f_101(numComp);
2741                vector<double> f_110(numComp);
2742                vector<double> f_111(numComp);
2743              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2744  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2745                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2746                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2747                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2748                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2749                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2750                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2751                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2752                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2753                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2754                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2138  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2760  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2760              } // end of face 0              } // end of face 0
2761              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2762  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2763                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2764                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2765                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2766                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2767                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2768                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2769                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2770                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2771                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2772                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2156  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2778  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2778              } // end of face 1              } // end of face 1
2779              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2780  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2781                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2782                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2783                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2784                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2785                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2786                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2787                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2788                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2789                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2790                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2174  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2796  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2796              } // end of face 2              } // end of face 2
2797              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2798  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2799                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2800                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2801                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2802                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2803                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2804                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2805                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2806                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2807                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2808                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2192  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2814  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2814              } // end of face 3              } // end of face 3
2815              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2816  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2817                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2818                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2819                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2820                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2821                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2822                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2823                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2824                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2825                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2826                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2210  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2832  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2832              } // end of face 4              } // end of face 4
2833              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2834  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2835                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2836                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2837                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2838                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2839                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2840                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2841                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2842                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2843                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2844                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2230  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2852  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2852      }      }
2853  }  }
2854    
2855  //protected  int Brick::findNode(const double *coords) const {
2856  void Brick::assemblePDESingle(Paso_SystemMatrix* mat, escript::Data& rhs,      const int NOT_MINE = -1;
2857          const escript::Data& A, const escript::Data& B,      //is the found element even owned by this rank
2858          const escript::Data& C, const escript::Data& D,      for (int dim = 0; dim < m_numDim; dim++) {
2859          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          if (m_origin[dim] + m_offset[dim] > coords[dim]  || m_origin[dim]
2860  {                  + m_offset[dim] + m_dx[dim]*m_ownNE[dim] < coords[dim]) {
2861      const double h0 = m_l0/m_gNE0;              return NOT_MINE;
2862      const double h1 = m_l1/m_gNE1;          }
2863      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      }
2864      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      // get distance from origin
2865      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      double x = coords[0] - m_origin[0];
2866      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      double y = coords[1] - m_origin[1];
2867      const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      double z = coords[2] - m_origin[2];
2868      const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;      // distance in elements
2869      const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;      int ex = (int) floor(x / m_dx[0]);
2870      const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;      int ey = (int) floor(y / m_dx[1]);
2871      const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      int ez = (int) floor(z / m_dx[2]);
2872      const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;      // set the min distance high enough to be outside the element plus a bit
2873      const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;      int closest = NOT_MINE;
2874      const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      double minDist = 1;
2875      const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;      for (int dim = 0; dim < m_numDim; dim++) {
2876      const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;          minDist += m_dx[dim]*m_dx[dim];
2877      const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;      }
2878      const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      //find the closest node
2879      const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      for (int dx = 0; dx < 2; dx++) {
2880      const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;          double xdist = x - (ex + dx)*m_dx[0];
2881      const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;          for (int dy = 0; dy < 2; dy++) {
2882      const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;              double ydist = y - (ey + dy)*m_dx[1];
2883      const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;              for (int dz = 0; dz < 2; dz++) {
2884      const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;                  double zdist = z - (ez + dz)*m_dx[2];
2885      const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;                  double total = xdist*xdist + ydist*ydist + zdist*zdist;
2886      const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;                  if (total < minDist) {
2887      const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;                      closest = INDEX3(ex+dy, ey+dy, ez+dz, m_NE[0]+1, m_NE[1]+1);
2888      const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;                      minDist = total;
2889      const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;                  }
2890      const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;              }
2891      const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;          }
2892      const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;      }
2893      const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;      return closest;
     const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;  
     const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;  
     const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;  
     const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;  
     const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;  
     const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;  
     const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;  
     const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;  
     const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;  
     const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;  
     const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;  
     const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;  
     const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;  
     const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;  
     const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;  
     const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;  
     const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;  
     const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
   
     rhs.requireWrite();  
 #pragma omp parallel  
     {  
         for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring  
 #pragma omp for  
             for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {  
                 for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {  
                     for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {  
                         bool add_EM_S=false;  
                         bool add_EM_F=false;  
                         vector<double> EM_S(8*8, 0);  
                         vector<double> EM_F(8, 0);  
                         const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;  
                         ///////////////  
                         // process A //  
                         ///////////////  
                         if (!A.isEmpty()) {  
                             add_EM_S=true;  
                             const double* A_p=const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);  
                             if (A.actsExpanded()) {  
                                 const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];  
                                 const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];  
                                 const double A_02_0 = A_p[INDEX3(0,2,0,3,3)];  
                                 const double A_10_0 = A_p[INDEX3(1,0,0,3,3)];  
                                 const double A_11_0 = A_p[INDEX3(1,1,0,3,3)];  
                                 const double A_12_0 = A_p[INDEX3(1,2,0,3,3)];  
                                 const double A_20_0 = A_p[INDEX3(2,0,0,3,3)];  
                                 const double A_21_0 = A_p[INDEX3(2,1,0,3,3)];  
                                 const double A_22_0 = A_p[INDEX3(2,2,0,3,3)];  
                                 const double A_00_1 = A_p[INDEX3(0,0,1,3,3)];  
                                 const double A_01_1 = A_p[INDEX3(0,1,1,3,3)];  
                                 const double A_02_1 = A_p[INDEX3(0,2,1,3,3)];  
                                 const double A_10_1 = A_p[INDEX3(1,0,1,3,3)];  
                                 const double A_11_1 = A_p[INDEX3(1,1,1,3,3)];  
                                 const double A_12_1 = A_p[INDEX3(1,2,1,3,3)];  
                                 const double A_20_1 = A_p[INDEX3(2,0,1,3,3)];  
                                 const double A_21_1 = A_p[INDEX3(2,1,1,3,3)];  
                                 const double A_22_1 = A_p[INDEX3(2,2,1,3,3)];  
                                 const double A_00_2 = A_p[INDEX3(0,0,2,3,3)];  
                                 const double A_01_2 = A_p[INDEX3(0,1,2,3,3)];  
                                 const double A_02_2 = A_p[INDEX3(0,2,2,3,3)];  
                                 const double A_10_2 = A_p[INDEX3(1,0,2,3,3)];  
                                 const double A_11_2 = A_p[INDEX3(1,1,2,3,3)];  
                                 const double A_12_2 = A_p[INDEX3(1,2,2,3,3)];  
                                 const double A_20_2 = A_p[INDEX3(2,0,2,3,3)];  
                                 const double A_21_2 = A_p[INDEX3(2,1,2,3,3)];  
                                 const double A_22_2 = A_p[INDEX3(2,2,2,3,3)];  
                                 const double A_00_3 = A_p[INDEX3(0,0,3,3,3)];  
                                 const double A_01_3 = A_p[INDEX3(0,1,3,3,3)];  
                                 const double A_02_3 = A_p[INDEX3(0,2,3,3,3)];  
                                 const double A_10_3 = A_p[INDEX3(1,0,3,3,3)];  
                                 const double A_11_3 = A_p[INDEX3(1,1,3,3,3)];  
                                 const double A_12_3 = A_p[INDEX3(1,2,3,3,3)];  
                                 const double A_20_3 = A_p[INDEX3(2,0,3,3,3)];  
                                 const double A_21_3 = A_p[INDEX3(2,1,3,3,3)];  
                                 const double A_22_3 = A_p[INDEX3(2,2,3,3,3)];  
                                 const double A_00_4 = A_p[INDEX3(0,0,4,3,3)];  
                                 const double A_01_4 = A_p[INDEX3(0,1,4,3,3)];  
                                 const double A_02_4 = A_p[INDEX3(0,2,4,3,3)];  
                                 const double A_10_4 = A_p[INDEX3(1,0,4,3,3)];  
                                 const double A_11_4 = A_p[INDEX3(1,1,4,3,3)];  
                                 const double A_12_4 = A_p[INDEX3(1,2,4,3,3)];  
                                 const double A_20_4 = A_p[INDEX3(2,0,4,3,3)];  
                                 const double A_21_4 = A_p[INDEX3(2,1,4,3,3)];  
                                 const double A_22_4 = A_p[INDEX3(2,2,4,3,3)];  
                                 const double A_00_5 = A_p[INDEX3(0,0,5,3,3)];  
                                 const double A_01_5 = A_p[INDEX3(0,1,5,3,3)];  
                                 const double A_02_5 = A_p[INDEX3(0,2,5,3,3)];  
                                 const double A_10_5 = A_p[INDEX3(1,0,5,3,3)];  
                                 const double A_11_5 = A_p[INDEX3(1,1,5,3,3)];  
                                 const double A_12_5 = A_p[INDEX3(1,2,5,3,3)];  
                                 const double A_20_5 = A_p[INDEX3(2,0,5,3,3)];  
                                 const double A_21_5 = A_p[INDEX3(2,1,5,3,3)];  
                                 const double A_22_5 = A_p[INDEX3(2,2,5,3,3)];  
                                 const double A_00_6 = A_p[INDEX3(0,0,6,3,3)];  
                                 const double A_01_6 = A_p[INDEX3(0,1,6,3,3)];  
                                 const double A_02_6 = A_p[INDEX3(0,2,6,3,3)];  
                                 const double A_10_6 = A_p[INDEX3(1,0,6,3,3)];  
                                 const double A_11_6 = A_p[INDEX3(1,1,6,3,3)];  
                                 const double A_12_6 = A_p[INDEX3(1,2,6,3,3)];  
                                 const double A_20_6 = A_p[INDEX3(2,0,6,3,3)];  
                                 const double A_21_6 = A_p[INDEX3(2,1,6,3,3)];  
                                 const double A_22_6 = A_p[INDEX3(2,2,6,3,3)];  
                                 const double A_00_7 = A_p[INDEX3(0,0,7,3,3)];  
                                 const double A_01_7 = A_p[INDEX3(0,1,7,3,3)];  
                                 const double A_02_7 = A_p[INDEX3(0,2,7,3,3)];  
                                 const double A_10_7 = A_p[INDEX3(1,0,7,3,3)];  
                                 const double A_11_7 = A_p[INDEX3(1,1,7,3,3)];  
                                 const double A_12_7 = A_p[INDEX3(1,2,7,3,3)];  
                                 const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];  
                                 const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];  
                                 const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];  
                                 const double tmp160_0 = A_12_0 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp8_0 = A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp135_0 = A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp67_0 = A_02_2 + A_02_7;  
                                 const double tmp211_0 = A_12_6 + A_21_6;  
                                 const double tmp180_0 = A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp37_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp92_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp195_0 = A_02_2 + A_20_2;  
                                 const double tmp70_0 = A_01_0 + A_01_7;  
                                 const double tmp139_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp200_0 = A_12_3 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp60_0 = A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6;  
                                 const double tmp192_0 = A_01_5 + A_10_5;  
                                 const double tmp46_0 = A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp48_0 = A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp166_0 = A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp221_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp50_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp217_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp216_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp104_0 = A_22_2 + A_22_6;  
                                 const double tmp72_0 = A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp79_0 = A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp86_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp214_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp32_0 = A_02_0 + A_02_2;  
                                 const double tmp112_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp197_0 = A_12_0 + A_21_0;  
                                 const double tmp106_0 = A_22_1 + A_22_5;  
                                 const double tmp2_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp115_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp175_0 = A_01_3 + A_01_7;  
                                 const double tmp126_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp90_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp47_0 = A_12_0 + A_12_6;  
                                 const double tmp205_0 = A_02_7 + A_20_7;  
                                 const double tmp148_0 = A_01_3 + A_01_4;  
                                 const double tmp113_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp43_0 = A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp161_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp69_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp176_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6;  
                                 const double tmp105_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp22_0 = A_01_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp91_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp206_0 = A_12_7 + A_21_7;  
                                 const double tmp188_0 = A_02_5 + A_20_5;  
                                 const double tmp117_0 = A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp165_0 = A_01_1 + A_01_6;  
                                 const double tmp66_0 = A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp57_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp31_0 = A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp3_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp183_0 = A_12_0 + A_12_7;  
                                 const double tmp61_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp54_0 = A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp18_0 = A_02_3 + A_02_6;  
                                 const double tmp119_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp29_0 = A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp17_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp212_0 = A_02_6 + A_20_6;  
                                 const double tmp220_0 = A_02_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp78_0 = A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp215_0 = A_01_6 + A_10_6;  
                                 const double tmp203_0 = A_01_7 + A_10_7;  
                                 const double tmp87_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp114_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp0_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp202_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp4_0 = A_20_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp65_0 = A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp24_0 = A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp64_0 = A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp170_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp11_0 = A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp82_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp99_0 = A_01_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp49_0 = A_12_1 + A_12_7;  
                                 const double tmp130_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp144_0 = A_01_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp109_0 = A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7;  
                                 const double tmp185_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp157_0 = A_01_4 + A_10_4;  
                                 const double tmp51_0 = A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7;  
                                 const double tmp146_0 = A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp147_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp150_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp62_0 = A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp223_0 = A_12_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp16_0 = A_02_2 + A_02_5;  
                                 const double tmp168_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp88_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp142_0 = A_01_7 + A_10_4;  
                                 const double tmp34_0 = A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp71_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp213_0 = A_02_1 + A_20_1;  
                                 const double tmp227_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp228_0 = A_12_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp140_0 = A_01_2 + A_01_6;  
                                 const double tmp74_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5;  
                                 const double tmp167_0 = A_11_0 + A_11_2;  
                                 const double tmp143_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp83_0 = A_02_0 + A_02_5;  
                                 const double tmp14_0 = A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6;  
                                 const double tmp5_0 = A_12_1 + A_12_6;  
                                 const double tmp94_0 = A_02_1 + A_02_3;  
                                 const double tmp193_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp97_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7;  
                                 const double tmp131_0 = A_01_1 + A_01_5;  
                                 const double tmp124_0 = A_01_6 + A_10_5;  
                                 const double tmp149_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp187_0 = A_01_2 + A_10_2;  
                                 const double tmp93_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp25_0 = A_01_4 + A_01_7 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp156_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp20_0 = A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp55_0 = A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp208_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp125_0 = A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp158_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp108_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp199_0 = A_12_2 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp10_0 = A_02_1 + A_02_4;  
                                 const double tmp182_0 = A_02_3 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp132_0 = A_02_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp191_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp35_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3;  
                                 const double tmp164_0 = A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp190_0 = A_12_5 + A_21_5;  
                                 const double tmp73_0 = A_02_1 + A_02_6;  
                                 const double tmp98_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp225_0 = A_12_4 + A_21_2;  
                                 const double tmp103_0 = A_02_4 + A_02_6;  
                                 const double tmp194_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp207_0 = A_12_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp102_0 = A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp1_0 = A_22_3 + A_22_7;  
                                 const double tmp172_0 = A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp222_0 = A_12_5 + A_21_3;  
                                 const double tmp201_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp155_0 = A_12_4 + A_21_4;  
                                 const double tmp174_0 = A_02_1 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp59_0 = A_01_0 + A_01_3;  
                                 const double tmp21_0 = A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp141_0 = A_02_2 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp210_0 = A_01_1 + A_10_1;  
                                 const double tmp145_0 = A_00_0 + A_00_1;  
                                 const double tmp121_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp224_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp186_0 = A_02_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp53_0 = A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp184_0 = A_02_5 + A_20_0;  
                                 const double tmp38_0 = A_12_0 + A_12_1;  
                                 const double tmp12_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp230_0 = A_12_6 + A_21_0;  
                                 const double tmp23_0 = A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp81_0 = A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp134_0 = A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp129_0 = A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp137_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7;  
                                 const double tmp198_0 = A_01_0 + A_10_0;  
                                 const double tmp9_0 = A_21_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp179_0 = A_01_0 + A_01_4;  
                                 const double tmp100_0 = A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp173_0 = A_02_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp42_0 = A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp226_0 = A_12_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp6_0 = A_22_0 + A_22_4;  
                                 const double tmp218_0 = A_12_1 + A_21_1;  
                                 const double tmp28_0 = A_01_2 + A_10_1;  
                                 const double tmp133_0 = A_02_6 + A_20_3;  
                                 const double tmp13_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp27_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp75_0 = A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp36_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp138_0 = A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp189_0 = A_12_2 + A_21_2;  
                                 const double tmp181_0 = A_02_7 + A_20_2;  
                                 const double tmp85_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp122_0 = A_01_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp95_0 = A_01_3 + A_10_0;  
                                 const double tmp120_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp196_0 = A_02_0 + A_20_0;  
                                 const double tmp171_0 = A_02_3 + A_02_4;  
                                 const double tmp204_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp45_0 = A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp101_0 = A_01_5 + A_01_6 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp58_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp107_0 = A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp30_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp63_0 = A_12_2 + A_12_5;  
                                 const double tmp127_0 = A_12_2 + A_12_3;  
                                 const double tmp177_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp178_0 = A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp76_0 = A_01_1 + A_01_2;  
                                 const double tmp80_0 = A_22_2 + A_22_3 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp41_0 = A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp89_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp116_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp33_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_2 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_5 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp169_0 = A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp96_0 = A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp111_0 = A_12_3 + A_12_4;  
                                 const double tmp118_0 = A_20_2 + A_20_5;