/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/ripley/src/Brick.cpp revision 3792 by caltinay, Wed Feb 1 06:16:25 2012 UTC branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp revision 5122 by caltinay, Thu Aug 21 04:32:39 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2014 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development 2012-2013 by School of Earth Sciences
13    * Development from 2014 by Centre for Geoscience Computing (GeoComp)
14    *
15    *****************************************************************************/
16    
17  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
18  extern "C" {  #include <ripley/DefaultAssembler3D.h>
19    #include <ripley/LameAssembler3D.h>
20    #include <ripley/WaveAssembler3D.h>
21    #include <ripley/blocktools.h>
22    #include <ripley/domainhelpers.h>
23    #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
24    #include <esysUtils/EsysRandom.h>
25  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
26  }  
27    #include <boost/scoped_array.hpp>
28    
29    #ifdef USE_NETCDF
30    #include <netcdfcpp.h>
31    #endif
32    
33  #if USE_SILO  #if USE_SILO
34  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 24  extern "C" { Line 38  extern "C" {
38  #endif  #endif
39    
40  #include <iomanip>  #include <iomanip>
41    #include <limits>
42    
43    namespace bp = boost::python;
44  using namespace std;  using namespace std;
45    using esysUtils::FileWriter;
46    using escript::AbstractSystemMatrix;
47    
48  namespace ripley {  namespace ripley {
49    
50  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  inline int indexOfMax(dim_t a, dim_t b, dim_t c)
              double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :  
     RipleyDomain(3),  
     m_gNE0(n0),  
     m_gNE1(n1),  
     m_gNE2(n2),  
     m_x0(x0),  
     m_y0(y0),  
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0),  
     m_NX(d0),  
     m_NY(d1),  
     m_NZ(d2)  
51  {  {
52        if (a > b) {
53            if (c > a) {
54                return 2;
55            }
56            return 0;
57        } else if (b > c) {
58            return 1;
59        }
60        return 2;
61    }
62    
63    Brick::Brick(dim_t n0, dim_t n1, dim_t n2, double x0, double y0, double z0,
64                 double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2,
65                 const vector<double>& points, const vector<int>& tags,
66                 const simap_t& tagnamestonums,
67                 escript::SubWorld_ptr w) :
68        RipleyDomain(3, w)
69    {
70        if (static_cast<long>(n0 + 1) * static_cast<long>(n1 + 1)
71                * static_cast<long>(n2 + 1) > numeric_limits<int>::max())
72            throw RipleyException("The number of elements has overflowed, this "
73                    "limit may be raised in future releases.");
74    
75        if (n0 <= 0 || n1 <= 0 || n2 <= 0)
76            throw RipleyException("Number of elements in each spatial dimension "
77                    "must be positive");
78    
79        // ignore subdivision parameters for serial run
80        if (m_mpiInfo->size == 1) {
81            d0=1;
82            d1=1;
83            d2=1;
84        }
85        bool warn=false;
86    
87        vector<int> factors;
88        int ranks = m_mpiInfo->size;
89        dim_t epr[3] = {n0,n1,n2};
90        int d[3] = {d0,d1,d2};
91        if (d0<=0 || d1<=0 || d2<=0) {
92            for (int i = 0; i < 3; i++) {
93                if (d[i] < 1) {
94                    d[i] = 1;
95                    continue;
96                }
97                epr[i] = -1; // can no longer be max
98                if (ranks % d[i] != 0) {
99                    throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
100                }
101                //remove
102                ranks /= d[i];
103            }
104            factorise(factors, ranks);
105            if (factors.size() != 0) {
106                warn = true;
107            }
108        }
109        while (factors.size() > 0) {
110            int i = indexOfMax(epr[0],epr[1],epr[2]);
111            int f = factors.back();
112            factors.pop_back();
113            d[i] *= f;
114            epr[i] /= f;
115        }
116        d0 = d[0]; d1 = d[1]; d2 = d[2];
117    
118      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
119      // among number of ranks      // among number of ranks
120      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size){
121          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
122        }
123        if (warn) {
124            cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
125                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
126        }
127    
128        double l0 = x1-x0;
129        double l1 = y1-y0;
130        double l2 = z1-z0;
131        m_dx[0] = l0/n0;
132        m_dx[1] = l1/n1;
133        m_dx[2] = l2/n2;
134    
135        if ((n0+1)%d0 > 0) {
136            n0=(dim_t)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
137            l0=m_dx[0]*n0;
138            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
139                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
140        }
141        if ((n1+1)%d1 > 0) {
142            n1=(dim_t)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
143            l1=m_dx[1]*n1;
144            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
145                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
146        }
147        if ((n2+1)%d2 > 0) {
148            n2=(dim_t)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
149            l2=m_dx[2]*n2;
150            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
151                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
152        }
153    
154      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
         throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");  
   
     if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))  
155          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
156    
157        m_gNE[0] = n0;
158        m_gNE[1] = n1;
159        m_gNE[2] = n2;
160        m_origin[0] = x0;
161        m_origin[1] = y0;
162        m_origin[2] = z0;
163        m_length[0] = l0;
164        m_length[1] = l1;
165        m_length[2] = l2;
166        m_NX[0] = d0;
167        m_NX[1] = d1;
168        m_NX[2] = d2;
169    
170      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
171      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
172      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
173          m_NE0++;          m_NE[0]++;
174      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
175          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
176    
177      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
178      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
179          m_NE1++;          m_NE[1]++;
180      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
181          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
182    
183      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
184      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
185          m_NE2++;          m_NE[2]++;
186      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
187          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
188    
189      // local number of nodes      // local number of nodes
190      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
191      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
192      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
193    
194      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
195      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
196      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
197          m_offset0--;          m_offset[0]--;
198      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
199      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
200          m_offset1--;          m_offset[1]--;
201      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
202      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
203          m_offset2--;          m_offset[2]--;
204    
205      populateSampleIds();      populateSampleIds();
     createPattern();  
 }  
206    
207        for (simap_t::const_iterator i = tagnamestonums.begin();
208                i != tagnamestonums.end(); i++) {
209            setTagMap(i->first, i->second);
210        }
211        addPoints(points, tags);
212    }
213    
214  Brick::~Brick()  Brick::~Brick()
215  {  {
     Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);  
     Paso_Connector_free(m_connector);  
216  }  }
217    
218  string Brick::getDescription() const  string Brick::getDescription() const
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 225  bool Brick::operator==(const AbstractDom
225      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
226      if (o) {      if (o) {
227          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
228                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
229                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
230                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
231                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
232      }      }
233    
234      return false;      return false;
235  }  }
236    
237    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
238                const ReaderParameters& params) const
239    {
240    #ifdef USE_NETCDF
241        // check destination function space
242        dim_t myN0, myN1, myN2;
243        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
244            myN0 = m_NN[0];
245            myN1 = m_NN[1];
246            myN2 = m_NN[2];
247        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
248                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
249            myN0 = m_NE[0];
250            myN1 = m_NE[1];
251            myN2 = m_NE[2];
252        } else
253            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
254    
255        if (params.first.size() != 3)
256            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
257    
258        if (params.numValues.size() != 3)
259            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
260    
261        if (params.multiplier.size() != 3)
262            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
263        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
264            if (params.multiplier[i]<1)
265                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
266    
267        // check file existence and size
268        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
269        if (!f.is_valid())
270            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
271    
272        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
273        if (!var)
274            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
275    
276        // TODO: rank>0 data support
277        const int numComp = out.getDataPointSize();
278        if (numComp > 1)
279            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
280    
281        const int dims = var->num_dims();
282        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
283    
284        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
285        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
286        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
287                          params.numValues[1] > edges[1] ||
288                          params.numValues[0] > edges[2]))
289                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
290                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
291            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
292        }
293    
294        // check if this rank contributes anything
295        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
296                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
297                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
298                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
299                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
300                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
301            return;
302        }
303    
304        // now determine how much this rank has to write
305    
306        // first coordinates in data object to write to
307        const dim_t first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
308        const dim_t first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
309        const dim_t first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
310        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
311        dim_t idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
312        dim_t idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
313        dim_t idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
314        // number of values to read
315        const dim_t num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
316        const dim_t num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
317        const dim_t num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
318    
319        // make sure we read the right block if going backwards through file
320        if (params.reverse[0])
321            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
322        if (dims>1 && params.reverse[1])
323            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
324        if (dims>2 && params.reverse[2])
325            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
326    
327    
328        vector<double> values(num0*num1*num2);
329        if (dims==3) {
330            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
331            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
332        } else if (dims==2) {
333            var->set_cur(idx1, idx0);
334            var->get(&values[0], num1, num0);
335        } else {
336            var->set_cur(idx0);
337            var->get(&values[0], num0);
338        }
339    
340        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
341        out.requireWrite();
342    
343        // helpers for reversing
344        const dim_t x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
345        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
346        const dim_t y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
347        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
348        const dim_t z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
349        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
350    
351        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
352            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
353    #pragma omp parallel for
354                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
355                    const dim_t baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
356                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
357                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
358                    const dim_t srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
359                                      +(y0+y_mult*y)*num0
360                                      +(x0+x_mult*x);
361                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
362                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
363                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
364                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
365                                    const dim_t dataIndex = baseIndex+m0
366                                                   +m1*myN0
367                                                   +m2*myN0*myN1;
368                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
369                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
370                                        *dest++ = values[srcIndex];
371                                    }
372                                }
373                            }
374                        }
375                    }
376                }
377            }
378        }
379    #else
380        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
381    #endif
382    }
383    
384    #ifdef USE_BOOSTIO
385    void Brick::readBinaryGridFromZipped(escript::Data& out, string filename,
386                               const ReaderParameters& params) const
387    {
388        // the mapping is not universally correct but should work on our
389        // supported platforms
390        switch (params.dataType) {
391            case DATATYPE_INT32:
392                readBinaryGridZippedImpl<int>(out, filename, params);
393                break;
394            case DATATYPE_FLOAT32:
395                readBinaryGridZippedImpl<float>(out, filename, params);
396                break;
397            case DATATYPE_FLOAT64:
398                readBinaryGridZippedImpl<double>(out, filename, params);
399                break;
400            default:
401                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
402        }
403    }
404    #endif
405    
406    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
407                               const ReaderParameters& params) const
408    {
409        // the mapping is not universally correct but should work on our
410        // supported platforms
411        switch (params.dataType) {
412            case DATATYPE_INT32:
413                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
414                break;
415            case DATATYPE_FLOAT32:
416                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
417                break;
418            case DATATYPE_FLOAT64:
419                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
420                break;
421            default:
422                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
423        }
424    }
425    
426    template<typename ValueType>
427    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
428                                   const ReaderParameters& params) const
429    {
430        // check destination function space
431        dim_t myN0, myN1, myN2;
432        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
433            myN0 = m_NN[0];
434            myN1 = m_NN[1];
435            myN2 = m_NN[2];
436        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
437                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
438            myN0 = m_NE[0];
439            myN1 = m_NE[1];
440            myN2 = m_NE[2];
441        } else
442            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
443    
444        if (params.first.size() != 3)
445            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
446    
447        if (params.numValues.size() != 3)
448            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
449    
450        if (params.multiplier.size() != 3)
451            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
452        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
453            if (params.multiplier[i]<1)
454                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
455        if (params.reverse[0] != 0 || params.reverse[1] != 0)
456            throw RipleyException("readBinaryGrid(): reversing only supported in Z-direction currently");
457    
458        // check file existence and size
459        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
460        if (f.fail()) {
461            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
462        }
463        f.seekg(0, ios::end);
464        const int numComp = out.getDataPointSize();
465        const dim_t filesize = f.tellg();
466        const dim_t reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
467        if (filesize < reqsize) {
468            f.close();
469            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
470        }
471    
472        // check if this rank contributes anything
473        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
474                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
475                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
476                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
477                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
478                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
479            f.close();
480            return;
481        }
482    
483        // now determine how much this rank has to write
484    
485        // first coordinates in data object to write to
486        const dim_t first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
487        const dim_t first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
488        const dim_t first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
489        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
490        dim_t idx0 = max(0, (m_offset[0]/params.multiplier[0])-params.first[0]);
491        dim_t idx1 = max(0, (m_offset[1]/params.multiplier[1])-params.first[1]);
492        dim_t idx2 = max(0, (m_offset[2]/params.multiplier[2])-params.first[2]);
493        // if restX > 0 the first value in the respective dimension has been
494        // written restX times already in a previous rank so this rank only
495        // contributes (multiplier-rank) copies of that value
496        const dim_t rest0 = m_offset[0]%params.multiplier[0];
497        const dim_t rest1 = m_offset[1]%params.multiplier[1];
498        const dim_t rest2 = m_offset[2]%params.multiplier[2];
499    
500        // number of values to read
501        const dim_t num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
502        const dim_t num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
503        const dim_t num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
504    
505        // make sure we read the right block if going backwards through file
506        if (params.reverse[2])
507            idx2 = params.numValues[2]-idx2-1;
508    
509        // helpers for reversing
510        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
511    
512        out.requireWrite();
513        vector<ValueType> values(num0*numComp);
514        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
515    
516        for (dim_t z=0; z<num2; z++) {
517            const dim_t m2limit = (z==0 ? params.multiplier[2]-rest2 : params.multiplier[2]);
518            dim_t dataZbase = first2 + z*params.multiplier[2];
519            if (z>0)
520                dataZbase -= rest2;
521    
522            for (dim_t y=0; y<num1; y++) {
523                const dim_t fileofs = numComp*(idx0 +
524                                    (idx1+y)*params.numValues[0] +
525                                    (idx2+z_mult*z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
526                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
527                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
528                const dim_t m1limit = (y==0 ? params.multiplier[1]-rest1 : params.multiplier[1]);
529                dim_t dataYbase = first1 + y*params.multiplier[1];
530                if (y>0)
531                    dataYbase -= rest1;
532    
533                for (dim_t x=0; x<num0; x++) {
534                    const dim_t m0limit = (x==0 ? params.multiplier[0]-rest0 : params.multiplier[0]);
535                    dim_t dataXbase = first0 + x*params.multiplier[0];
536                    if (x>0)
537                        dataXbase -= rest0;
538                    // write a block of mult0 x mult1 x mult2 identical values into
539                    // Data object
540                    for (dim_t m2=0; m2 < m2limit; m2++) {
541                        const dim_t dataZ = dataZbase + m2;
542                        if (dataZ >= myN2)
543                            break;
544                        for (dim_t m1=0; m1 < m1limit; m1++) {
545                            const dim_t dataY = dataYbase + m1;
546                            if (dataY >= myN1)
547                                break;
548                            for (dim_t m0=0; m0 < m0limit; m0++) {
549                                const dim_t dataX = dataXbase + m0;
550                                if (dataX >= myN0)
551                                    break;
552                                const dim_t dataIndex = dataX + dataY*myN0 + dataZ*myN0*myN1;
553                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
554                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
555                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
556    
557                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
558                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
559                                        // this will alter val!!
560                                        if (sizeof(ValueType)>4) {
561                                            byte_swap64(cval);
562                                        } else {
563                                            byte_swap32(cval);
564                                        }
565                                    }
566                                    if (!isnan(val)) {
567                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
568                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
569                                        }
570                                    }
571                                }
572                            }
573                        }
574                    }
575                }
576            }
577        }
578    
579        f.close();
580    }
581    
582    #ifdef USE_BOOSTIO
583    template<typename ValueType>
584    void Brick::readBinaryGridZippedImpl(escript::Data& out, const string& filename,
585                                   const ReaderParameters& params) const
586    {
587        // check destination function space
588        dim_t myN0, myN1, myN2;
589        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
590            myN0 = m_NN[0];
591            myN1 = m_NN[1];
592            myN2 = m_NN[2];
593        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
594                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
595            myN0 = m_NE[0];
596            myN1 = m_NE[1];
597            myN2 = m_NE[2];
598        } else
599            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): invalid function space for output data object");
600    
601        if (params.first.size() != 3)
602            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'first' must have 3 entries");
603    
604        if (params.numValues.size() != 3)
605            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'numValues' must have 3 entries");
606    
607        if (params.multiplier.size() != 3)
608            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
609        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
610            if (params.multiplier[i]<1)
611                throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): all multipliers must be positive");
612    
613        // check file existence and size
614        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
615        if (f.fail()) {
616            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): cannot open file");
617        }
618        f.seekg(0, ios::end);
619        const int numComp = out.getDataPointSize();
620        dim_t filesize = f.tellg();
621        f.seekg(0, ios::beg);
622        vector<char> compressed(filesize);
623        f.read((char*)&compressed[0], filesize);
624        f.close();
625        vector<char> decompressed = unzip(compressed);
626        filesize = decompressed.size();
627        const dim_t reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
628        if (filesize < reqsize) {
629            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): not enough data in file");
630        }
631    
632        // check if this rank contributes anything
633        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
634                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
635                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
636                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
637                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
638                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
639            return;
640        }
641    
642        // now determine how much this rank has to write
643    
644        // first coordinates in data object to write to
645        const dim_t first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
646        const dim_t first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
647        const dim_t first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
648        // indices to first value in file
649        const dim_t idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
650        const dim_t idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
651        const dim_t idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
652        // number of values to read
653        const dim_t num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
654        const dim_t num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
655        const dim_t num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
656    
657        out.requireWrite();
658        vector<ValueType> values(num0*numComp);
659        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
660    
661        for (dim_t z=0; z<num2; z++) {
662            for (dim_t y=0; y<num1; y++) {
663                const dim_t fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
664                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
665                memcpy((char*)&values[0], (char*)&decompressed[fileofs*sizeof(ValueType)], num0*numComp*sizeof(ValueType));
666    
667                for (dim_t x=0; x<num0; x++) {
668                    const dim_t baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
669                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
670                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
671                    for (dim_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
672                        for (dim_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
673                            for (dim_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
674                                const dim_t dataIndex = baseIndex+m0
675                                               +m1*myN0
676                                               +m2*myN0*myN1;
677                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
678                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
679                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
680    
681                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
682                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
683                                        // this will alter val!!
684                                        byte_swap32(cval);
685                                    }
686                                    if (!isnan(val)) {
687                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
688                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
689                                        }
690                                    }
691                                }
692                            }
693                        }
694                    }
695                }
696            }
697        }
698    }
699    #endif
700    
701    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
702                                int byteOrder, int dataType) const
703    {
704        // the mapping is not universally correct but should work on our
705        // supported platforms
706        switch (dataType) {
707            case DATATYPE_INT32:
708                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
709                break;
710            case DATATYPE_FLOAT32:
711                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
712                break;
713            case DATATYPE_FLOAT64:
714                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
715                break;
716            default:
717                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
718        }
719    }
720    
721    template<typename ValueType>
722    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
723                                    const string& filename, int byteOrder) const
724    {
725        // check function space and determine number of points
726        dim_t myN0, myN1, myN2;
727        dim_t totalN0, totalN1, totalN2;
728        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
729            myN0 = m_NN[0];
730            myN1 = m_NN[1];
731            myN2 = m_NN[2];
732            totalN0 = m_gNE[0]+1;
733            totalN1 = m_gNE[1]+1;
734            totalN2 = m_gNE[2]+1;
735        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
736                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
737            myN0 = m_NE[0];
738            myN1 = m_NE[1];
739            myN2 = m_NE[2];
740            totalN0 = m_gNE[0];
741            totalN1 = m_gNE[1];
742            totalN2 = m_gNE[2];
743        } else
744            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
745    
746        const int numComp = in.getDataPointSize();
747        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
748        const dim_t fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
749    
750        if (numComp > 1 || dpp > 1)
751            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
752    
753        // from here on we know that each sample consists of one value
754        FileWriter fw;
755        fw.openFile(filename, fileSize);
756        MPIBarrier();
757    
758        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
759            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
760                const dim_t fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
761                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
762                ostringstream oss;
763    
764                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
765                    const double* sample = in.getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
766                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
767                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
768                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
769                    } else {
770                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
771                        if (sizeof(fvalue)>4) {
772                            byte_swap64(value);
773                        } else {
774                            byte_swap32(value);
775                        }
776                        oss.write(value, sizeof(fvalue));
777                    }
778                }
779                fw.writeAt(oss, fileofs);
780            }
781        }
782        fw.close();
783    }
784    
785    void Brick::write(const std::string& filename) const
786    {
787        throw RipleyException("write: not supported");
788    }
789    
790  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
791  {  {
792  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 129  void Brick::dump(const string& fileName) Line 795  void Brick::dump(const string& fileName)
795          fn+=".silo";          fn+=".silo";
796      }      }
797    
798      const int NUM_SILO_FILES = 1;      int driver=DB_HDF5;
     const char* blockDirFmt = "/block%04d";  
     int driver=DB_HDF5;      
799      string siloPath;      string siloPath;
800      DBfile* dbfile = NULL;      DBfile* dbfile = NULL;
801    
802  #ifdef ESYS_MPI  #ifdef ESYS_MPI
803      PMPIO_baton_t* baton = NULL;      PMPIO_baton_t* baton = NULL;
804        const int NUM_SILO_FILES = 1;
805        const char* blockDirFmt = "/block%04d";
806  #endif  #endif
807    
808      if (m_mpiInfo->size > 1) {      if (m_mpiInfo->size > 1) {
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 847  void Brick::dump(const string& fileName)
847      }      }
848      */      */
849    
850      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
851      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
852      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
853      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
854      pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);      const dim_t NN0 = m_NN[0];
855      pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);      const dim_t NN1 = m_NN[1];
856      pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);      const dim_t NN2 = m_NN[2];
857    
858  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
859      {      {
860  #pragma omp for  #pragma omp for
861          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < NN0; i0++) {
862              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
863          }          }
864  #pragma omp for  #pragma omp for
865          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < NN1; i1++) {
866              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
867          }          }
868  #pragma omp for  #pragma omp for
869          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < NN2; i2++) {
870              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
871          }          }
872      }      }
873      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      dim_t* dims = const_cast<dim_t*>(getNumNodesPerDim());
874      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
875        // write mesh
876        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
877              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
878    
879      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
880        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
881              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
882    
883      // write element ids      // write element ids
884      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<dim_t*>(getNumElementsPerDim());
885      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
886              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
887    
888      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
889      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 266  void Brick::dump(const string& fileName) Line 936  void Brick::dump(const string& fileName)
936  #endif  #endif
937  }  }
938    
939  const int* Brick::borrowSampleReferenceIDs(int fsType) const  const dim_t* Brick::borrowSampleReferenceIDs(int fsType) const
940  {  {
941      switch (fsType) {      switch (fsType) {
942          case Nodes:          case Nodes:
# Line 281  const int* Brick::borrowSampleReferenceI Line 951  const int* Brick::borrowSampleReferenceI
951          case FaceElements:          case FaceElements:
952          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
953              return &m_faceId[0];              return &m_faceId[0];
954            case Points:
955                return &m_diracPointNodeIDs[0];
956          default:          default:
957              break;              break;
958      }      }
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 978  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
978          case ReducedElements:          case ReducedElements:
979              {              {
980                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
981                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
982                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
983                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
984                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
985              }              }
986          case FaceElements:          case FaceElements:
987          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
988              {              {
989                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
990                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
991                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
992                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
993                      if (id<n) {                      if (id<n) {
994                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
995                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
996                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
997                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
998                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
999                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
1000                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
1001                          } else { // left or right                          } else { // left or right
1002                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
1003                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
1004                          }                          }
1005                      }                      }
1006                  }                  }
# Line 346  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 1017  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
1017    
1018  void Brick::setToNormal(escript::Data& out) const  void Brick::setToNormal(escript::Data& out) const
1019  {  {
1020        const dim_t NE0 = m_NE[0];
1021        const dim_t NE1 = m_NE[1];
1022        const dim_t NE2 = m_NE[2];
1023    
1024      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1025          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1026  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1027          {          {
1028              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1029  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1030                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1031                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1032                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1033                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1034                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
1035                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1041  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1041    
1042              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1043  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1044                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1045                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1046                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1047                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1048                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
1049                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1055  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1055    
1056              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1057  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1058                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1059                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1060                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1061                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1062                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
1063                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1069  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1069    
1070              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1071  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1072                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1073                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1074                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1075                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1076                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
1077                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1083  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1083    
1084              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1085  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1086                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1087                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1088                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1089                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1090                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
1091                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1097  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1097    
1098              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1099  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1100                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1101                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1102                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1103                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1104                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
1105                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1115  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1115          {          {
1116              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1117  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1118                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1119                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1120                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1121                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
1122                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1123                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1127  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1127    
1128              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1129  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1130                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1131                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1132                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1133                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
1134                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1135                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1139  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1139    
1140              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1141  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1142                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1143                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1144                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1145                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1146                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
1147                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1151  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1151    
1152              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1153  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1154                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1155                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1156                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1157                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1158                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
1159                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1163  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1163    
1164              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1165  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1166                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1167                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1168                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1169                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1170                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1171                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1175  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1175    
1176              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1177  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1178                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1179                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1180                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1181                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1182                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1183                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1200  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1200              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1201          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1202          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1203          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
1204          const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;          const dim_t NE = getNumElements();
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=min(min(xSize,ySize),zSize);  
1205  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1206          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < NE; ++k) {
1207              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
1208              fill(o, o+numQuad, size);              fill(o, o+numQuad, size);
1209          }          }
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1211  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1211              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1212          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1213          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1214          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const dim_t NE0 = m_NE[0];
1215          const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;          const dim_t NE1 = m_NE[1];
1216          const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;          const dim_t NE2 = m_NE[2];
1217  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1218          {          {
1219              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1220                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1221  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1222                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1223                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1224                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1225                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1226                      }                      }
1227                  }                  }
1228              }              }
1229    
1230              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1231                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1232  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1233                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1234                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1235                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1236                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1237                      }                      }
1238                  }                  }
1239              }              }
1240    
1241              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1242                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1243  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1244                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1245                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1246                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1247                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1248                      }                      }
1249                  }                  }
1250              }              }
1251    
1252              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1253                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1254  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1255                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < NE2; ++k2) {
1256                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1257                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1258                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1259                      }                      }
1260                  }                  }
1261              }              }
1262    
1263              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1264                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1265  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1266                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1267                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1268                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1269                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1270                      }                      }
1271                  }                  }
1272              }              }
1273    
1274              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1275                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1276  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1277                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < NE1; ++k1) {
1278                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < NE0; ++k0) {
1279                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1280                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1281                      }                      }
1282                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1291  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1291      }      }
1292  }  }
1293    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1294  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1295  {  {
1296      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1298  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1298          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1299          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1300          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1301          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1302              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1303                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1304                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1305                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1306          }          }
1307      }      }
1308  }  }
1309    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1310    
1311  //protected  //protected
1312  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1318  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1318      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1319          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1320    
1321      pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);      const dim_t NN0 = m_NN[0];
1322      pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);      const dim_t NN1 = m_NN[1];
1323      pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);      const dim_t NN2 = m_NN[2];
1324      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1325  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1326      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < NN2; i2++) {
1327          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < NN1; i1++) {
1328              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < NN0; i0++) {
1329                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+NN0*i1+NN0*NN1*i2);
1330                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1331                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1332                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1333              }              }
1334          }          }
1335      }      }
1336  }  }
1337    
1338  //protected  //protected
1339  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1340  {  {
1341      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l1/m_gNE2;  
1342      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1343      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1344      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 767  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1346  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1346      const double C4 = .5;      const double C4 = .5;
1347      const double C5 = .62200846792814621559;      const double C5 = .62200846792814621559;
1348      const double C6 = .78867513459481288225;      const double C6 = .78867513459481288225;
1349        const dim_t NE0 = m_NE[0];
1350        const dim_t NE1 = m_NE[1];
1351        const dim_t NE2 = m_NE[2];
1352    
1353      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1354          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1355  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1356          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1357              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1358                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1359                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1360                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1361                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1362                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1363                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1364                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1365                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1366                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1367                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1368                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1369                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1370                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1371                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1372                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1373                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1374                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1375                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1376                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1377                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,NE0,NE1));
1378                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1379                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1380                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1381                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1382                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1383                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1384                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1385                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1386                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1387                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1388                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1389                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1390                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1391                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1392                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1393                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1394                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1395                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1396                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1397                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1398                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1399                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1400                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1401                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1402                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1403                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1404                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1405                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1406                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1407              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1408          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1409                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1410                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1411                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1412                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1413                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1414                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1415                            } // end of component loop i
1416                        } // end of k0 loop
1417                    } // end of k1 loop
1418                } // end of k2 loop
1419            } // end of parallel section
1420      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1421          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1422  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1423          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1424              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1425                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1426                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1427                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1428                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1429                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1430                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1431                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1432                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1433                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1434                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1435                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1436                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1437                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1438                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1439                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1440                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1441              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1442          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1443                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1444                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,NE0,NE1));
1445                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1446                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1447                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1448                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1449                            } // end of component loop i
1450                        } // end of k0 loop
1451                    } // end of k1 loop
1452                } // end of k2 loop
1453            } // end of parallel section
1454      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1455          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1456  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1457          {          {
1458                vector<double> f_000(numComp);
1459                vector<double> f_001(numComp);
1460                vector<double> f_010(numComp);
1461                vector<double> f_011(numComp);
1462                vector<double> f_100(numComp);
1463                vector<double> f_101(numComp);
1464                vector<double> f_110(numComp);
1465                vector<double> f_111(numComp);
1466              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1467  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1468                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1469                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1470                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1471                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1472                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1473                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1474                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1475                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1476                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1477                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1478                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,NE1));
1479                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1480                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1481                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1482                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1483                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1484                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1485                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1486                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1487                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1488                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1489                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1490                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1491                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1492                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1493                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1494                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1495                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1496                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1499  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1499              } // end of face 0              } // end of face 0
1500              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1501  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1502                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1503                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1504                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1505                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1507                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1508                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1510                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1511                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1512                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,NE1));
1513                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1514                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1515                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1516                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1517                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1518                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1519                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1520                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1521                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1522                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1523                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1524                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1525                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1526                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1527                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1528                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1529                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1530                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1533  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1533              } // end of face 1              } // end of face 1
1534              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1535  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1536                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1537                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1538                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1539                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1540                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1541                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1542                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1543                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1544                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1545                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1546                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,NE0));
1547                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1548                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1549                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1550                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1551                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1552                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1553                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1554                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1555                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1556                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1557                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1558                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1559                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1560                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1561                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1562                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1563                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1564                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1566  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1566              } // end of face 2              } // end of face 2
1567              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1568  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1569                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1570                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1571                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1572                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1573                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1574                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1575                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1576                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1577                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1578                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1579                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,NE0));
1580                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1581                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1582                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1583                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1584                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1585                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1586                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1587                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1588                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1589                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1590                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1591                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1592                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1593                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1594                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1595                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1596                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1597                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1598                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1600  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1600              } // end of face 3              } // end of face 3
1601              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1602  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1603                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1604                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1605                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1606                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1607                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1608                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1609                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1610                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1611                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1612                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1613                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,NE0));
1614                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1615                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1616                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1617                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1618                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1619                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1620                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1621                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1622                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1623                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1624                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1625                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1626                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1627                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1628                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1629                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1630                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1631                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1632                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1633                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1634              } // end of face 4              } // end of face 4
1635              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1636  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1637                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1638                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1639                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1640                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1641                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1642                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1643                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1644                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1645                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1646                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1647                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,NE0));
1648                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1649                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1650                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1651                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1652                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1653                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1654                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1655                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1656                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1657                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1658                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1659                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1660                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1661                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1662                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1663                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1664                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1665                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1666                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1667                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1671  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1671          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1672  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1673          {          {
1674                vector<double> f_000(numComp);
1675                vector<double> f_001(numComp);
1676                vector<double> f_010(numComp);
1677                vector<double> f_011(numComp);
1678                vector<double> f_100(numComp);
1679                vector<double> f_101(numComp);
1680                vector<double> f_110(numComp);
1681                vector<double> f_111(numComp);
1682              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1683  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1684                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1685                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1686                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1687                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1688                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1689                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1690                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1691                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1692                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1693                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1694                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,NE1));
1695                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1696                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1697                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1698                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1699                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1700                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1701                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1702              } // end of face 0              } // end of face 0
1703              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1704  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1705                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1706                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1707                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1708                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1709                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1710                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1711                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1712                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1713                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1714                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1715                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,NE1));
1716                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1717                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1718                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1719                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1720                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1721                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1722                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1723              } // end of face 1              } // end of face 1
1724              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1725  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1726                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1727                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1728                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1729                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1730                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1731                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1732                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1733                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1734                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1735                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1736                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,NE0));
1737                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1738                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1739                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1740                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1741                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1742                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1743                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1744              } // end of face 2              } // end of face 2
1745              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1746  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1747                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < NE2; ++k2) {
1748                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1749                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1750                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1751                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1752                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1753                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1754                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1755                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1756                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1757                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,NE0));
1758                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1759                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1760                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1761                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1762                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1763                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1764                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1765              } // end of face 3              } // end of face 3
1766              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1767  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1768                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1769                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1770                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1771                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1772                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1773                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1774                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1775                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1776                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1777                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1778                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,NE0));
1779                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1780                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1781                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1782                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1783                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1784                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1785                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1786              } // end of face 4              } // end of face 4
1787              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1788  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1789                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < NE1; ++k1) {
1790                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < NE0; ++k0) {
1791                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1792                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1793                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1794                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1795                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1796                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1797                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1798                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1799                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,NE0));
1800                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1801                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1802                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1803                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1804                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1805                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1806                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1190  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1810  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1810  }  }
1811    
1812  //protected  //protected
1813  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1814  {  {
1815      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1816      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1817      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1818      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1819      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1820      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1821      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
     if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {  
         const double w_0 = h0*h1*h2/8.;  
1822  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1823          {          {
1824              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1825  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1826              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1827                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1828                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1829                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1830                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1831                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1832                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1228  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1846  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1846              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1847                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1848          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1849      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
1850          const double w_0 = h0*h1*h2;      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1851            const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1852  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1853          {          {
1854              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1855  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1856              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1857                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1858                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1859                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1860                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1861                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1862                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1249  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1868  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1868              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1869                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1870          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1871      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
1872          const double w_0 = h1*h2/4.;      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1873          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1874          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1875            const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1876  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1877          {          {
1878              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1879              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1880  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1881                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1882                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1883                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1884                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1885                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1886                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1274  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1894  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1894    
1895              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1896  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1897                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1898                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1899                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1900                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1901                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1902                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1290  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1910  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1910    
1911              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1912  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1913                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1914                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1915                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1916                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1917                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1918                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1306  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1926  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1926    
1927              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1928  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1929                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1930                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1931                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1932                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1933                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1934                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1322  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1942  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1942    
1943              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1944  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1945                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1946                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1947                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1948                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1949                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1950                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1338  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1958  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1958    
1959              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1960  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1961                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1962                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1963                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1964                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1965                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1966                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1357  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1977  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1977                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1978          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1979    
1980      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1981          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1982          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1983          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1984  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1985          {          {
1986              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1987              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1988  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1989                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1990                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1991                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1992                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1993                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1994                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1378  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1998  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1998    
1999              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2000  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2001                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
2002                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
2003                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2004                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2005                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
2006                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1390  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 2010  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
2010    
2011              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2012  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2013                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
2014                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
2015                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2016                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2017                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
2018                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1402  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 2022  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
2022    
2023              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2024  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2025                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
2026                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
2027                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2028                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2029                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
2030                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1414  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 2034  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
2034    
2035              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2036  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2037                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
2038                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
2039                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2040                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2041                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
2042                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1426  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 2046  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
2046    
2047              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2048  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2049                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
2050                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
2051                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2052                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2053                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
2054                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1440  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 2060  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
2060              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
2061                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
2062          } // end of parallel section          } // end of parallel section
2063        } // function space selector
     }  
2064  }  }
2065    
2066  //protected  //protected
2067  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  IndexVector Brick::getDiagonalIndices() const
2068  {  {
2069      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      IndexVector ret;
2070      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2071      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
     const int x=node%nDOF0;  
     const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;  
     const int z=node/(nDOF0*nDOF1);  
     int num=0;  
     // loop through potential neighbours and add to index if positions are  
     // within bounds  
2072      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2073          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2074              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
2075                  // skip node itself                  ret.push_back(i2*nDOF0*nDOF1+i1*nDOF0+i0);
                 if (i0==0 && i1==0 && i2==0)  
                     continue;  
                 // location of neighbour node  
                 const int nx=x+i0;  
                 const int ny=y+i1;  
                 const int nz=z+i2;  
                 if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0  
                         && nx<nDOF0 && ny<nDOF1 && nz<nDOF2) {  
                     index.push_back(nz*nDOF0*nDOF1+ny*nDOF0+nx);  
                     num++;  
                 }  
2076              }              }
2077          }          }
2078      }      }
2079    
2080      return num;      return ret;
2081  }  }
2082    
2083  //protected  //protected
2084  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
2085  {  {
2086      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2087      out.requireWrite();      out.requireWrite();
2088    
2089      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2090      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2091      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2092      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2093      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2094      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2095  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
2096      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2097          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2098              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2099                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2100                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
2101                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
2102              }              }
# Line 1503  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 2105  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
2105  }  }
2106    
2107  //protected  //protected
2108  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
2109  {  {
2110      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2111      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);      paso::Coupler_ptr coupler(new paso::Coupler(m_connector, numComp));
2112      in.requireWrite();      // expand data object if necessary to be able to grab the whole data
2113      Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRW(0));      const_cast<escript::Data*>(&in)->expand();
2114        coupler->startCollect(in.getDataRO());
2115    
2116      const dim_t numDOF = getNumDOF();      const dim_t numDOF = getNumDOF();
2117        const dim_t numNodes = getNumNodes();
2118      out.requireWrite();      out.requireWrite();
2119      const double* buffer = Paso_Coupler_finishCollect(coupler);      const double* buffer = coupler->finishCollect();
2120    
2121  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
2122      for (index_t i=0; i<getNumNodes(); i++) {      for (index_t i=0; i<numNodes; i++) {
2123          const double* src=(m_dofMap[i]<numDOF ?          const double* src=(m_dofMap[i]<numDOF ?
2124                  in.getSampleDataRO(m_dofMap[i])                  in.getSampleDataRO(m_dofMap[i])
2125                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
# Line 1523  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 2127  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
2127      }      }
2128  }  }
2129    
2130    //protected
2131    paso::SystemMatrixPattern_ptr Brick::getPasoMatrixPattern(
2132                                                        bool reducedRowOrder,
2133                                                        bool reducedColOrder) const
2134    {
2135        if (m_pattern.get())
2136            return m_pattern;
2137    
2138        // first call to this method -> create the pattern, then return it
2139        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2140        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2141        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2142        const dim_t numDOF = nDOF0*nDOF1*nDOF2;
2143        const dim_t numShared = m_connector->send->numSharedComponents;
2144        const index_t* sendShared = m_connector->send->shared;
2145        const int x = m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2146        const int y = m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2147        const int z = m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2148    
2149        // these are for the couple blocks
2150        vector<IndexVector> colIndices(numDOF);
2151        vector<IndexVector> rowIndices(numShared);
2152    
2153        for (dim_t i=0; i < m_connector->send->numNeighbors; i++) {
2154            const dim_t start = m_connector->send->offsetInShared[i];
2155            const dim_t end = m_connector->send->offsetInShared[i+1];
2156            // location of neighbour rank relative to this rank
2157            const int xDiff = m_connector->send->neighbor[i]%m_NX[0] - x;
2158            const int yDiff = m_connector->send->neighbor[i]%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0] - y;
2159            const int zDiff = m_connector->send->neighbor[i]/(m_NX[0]*m_NX[1]) - z;
2160            
2161            if (xDiff==0 && yDiff==0) {
2162                // sharing front or back plane
2163                for (dim_t j = start; j < end; j++) {
2164                    const dim_t i0 = (j-start)%nDOF0;
2165                    const dim_t i1 = (j-start)/nDOF0;
2166                    if (i0 > 0) {
2167                        if (i1 > 0)
2168                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j-1-nDOF0], j);
2169                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j-1], j);
2170                        if (i1 < nDOF1-1)
2171                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j-1+nDOF0], j);
2172                    }
2173                    if (i1 > 0)
2174                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j-nDOF0], j);
2175                    doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j], j);
2176                    if (i1 < nDOF1-1)
2177                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j+nDOF0], j);
2178                    if (i0 < nDOF0-1) {
2179                        if (i1 > 0)
2180                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j+1-nDOF0], j);
2181                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j+1], j);
2182                        if (i1 < nDOF1-1)
2183                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j+1+nDOF0], j);
2184                    }
2185                }
2186            } else if (xDiff==0 && zDiff==0) {
2187                // sharing top or bottom plane
2188                for (dim_t j = start; j < end; j++) {
2189                    const dim_t i0 = (j-start)%nDOF0;
2190                    const dim_t i1 = (j-start)/nDOF0;
2191                    if (i0 > 0) {
2192                        if (i1 > 0)
2193                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-1-nDOF0*nDOF1, j);
2194                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-1, j);
2195                        if (i1 < nDOF2-1)
2196                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-1+nDOF0*nDOF1, j);
2197                    }
2198                    if (i1 > 0)
2199                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-nDOF0*nDOF1, j);
2200                    doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j], j);
2201                    if (i1 < nDOF2-1)
2202                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+nDOF0*nDOF1, j);
2203                    if (i0 < nDOF0-1) {
2204                        if (i1 > 0)
2205                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+1-nDOF0*nDOF1, j);
2206                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+1, j);
2207                        if (i1 < nDOF2-1)
2208                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+1+nDOF0*nDOF1, j);
2209                    }
2210                }
2211            } else if (yDiff==0 && zDiff==0) {
2212                // sharing left or right plane
2213                for (dim_t j = start; j < end; j++) {
2214                    const dim_t i0 = (j-start)%nDOF1;
2215                    const dim_t i1 = (j-start)/nDOF1;
2216                    if (i0 > 0) {
2217                        if (i1 > 0)
2218                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-nDOF0-nDOF0*nDOF1, j);
2219                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-nDOF0, j);
2220                        if (i1 < nDOF2-1)
2221                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-nDOF0+nDOF0*nDOF1, j);
2222                    }
2223                    if (i1 > 0)
2224                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-nDOF0*nDOF1, j);
2225                    doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j], j);
2226                    if (i1 < nDOF2-1)
2227                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+nDOF0*nDOF1, j);
2228                    if (i0 < nDOF1-1) {
2229                        if (i1 > 0)
2230                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+nDOF0-nDOF0*nDOF1, j);
2231                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+nDOF0, j);
2232                        if (i1 < nDOF2-1)
2233                            doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+nDOF0+nDOF0*nDOF1, j);
2234                    }
2235                }
2236            } else if (xDiff == 0) {
2237                // sharing an edge in x direction
2238                for (dim_t j = start; j < end; j++) {
2239                    if (j > start)
2240                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-1, j);
2241                    doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j], j);
2242                    if (j < end-1)
2243                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+1, j);
2244                }
2245            } else if (yDiff == 0) {
2246                // sharing an edge in y direction
2247                for (dim_t j = start; j < end; j++) {
2248                    if (j > start)
2249                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-nDOF0, j);
2250                    doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j], j);
2251                    if (j < end-1)
2252                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+nDOF0, j);
2253                }
2254            } else if (zDiff == 0) {
2255                // sharing an edge in z direction
2256                for (dim_t j = start; j < end; j++) {
2257                    if (j > start)
2258                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]-nDOF0*nDOF1, j);
2259                    doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j], j);
2260                    if (j < end-1)
2261                        doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[j]+nDOF0*nDOF1, j);
2262                }
2263            } else {
2264                // sharing a node
2265                doublyLink(colIndices, rowIndices, sendShared[start], start);
2266            }
2267        }
2268    
2269    #pragma omp parallel for
2270        for (dim_t i = 0; i < numShared; i++) {
2271            sort(rowIndices[i].begin(), rowIndices[i].end());
2272        }
2273    
2274        // create main and couple blocks
2275        paso::Pattern_ptr mainPattern = createPasoPattern(getConnections(), numDOF);
2276        paso::Pattern_ptr colPattern = createPasoPattern(colIndices, numShared);
2277        paso::Pattern_ptr rowPattern = createPasoPattern(rowIndices, numDOF);
2278    
2279        // allocate paso distribution
2280        paso::Distribution_ptr distribution(new paso::Distribution(m_mpiInfo,
2281                const_cast<index_t*>(&m_nodeDistribution[0]), 1, 0));
2282    
2283        // finally create the system matrix pattern
2284        m_pattern.reset(new paso::SystemMatrixPattern(MATRIX_FORMAT_DEFAULT,
2285                distribution, distribution, mainPattern, colPattern, rowPattern,
2286                m_connector, m_connector));
2287    
2288        // useful debug output
2289        /*
2290        cout << "--- colIndices ---" << endl;
2291        for (size_t i=0; i<colIndices.size(); i++) {
2292            cout << "colIndices[" << i << "].size()=" << colIndices[i].size() << endl;
2293        }
2294        cout << "--- rowIndices ---" << endl;
2295        for (size_t i=0; i<rowIndices.size(); i++) {
2296            cout << "rowIndices[" << i << "].size()=" << rowIndices[i].size() << endl;
2297        }
2298        */
2299        /*
2300        cout << "--- main_pattern ---" << endl;
2301        cout << "M=" << mainPattern->numOutput << ", N=" << mainPattern->numInput << endl;
2302        for (size_t i=0; i<mainPattern->numOutput+1; i++) {
2303            cout << "ptr[" << i << "]=" << mainPattern->ptr[i] << endl;
2304        }
2305        for (size_t i=0; i<mainPattern->ptr[mainPattern->numOutput]; i++) {
2306            cout << "index[" << i << "]=" << mainPattern->index[i] << endl;
2307        }
2308        */
2309        /*
2310        cout << "--- colCouple_pattern ---" << endl;
2311        cout << "M=" << colPattern->numOutput << ", N=" << colPattern->numInput << endl;
2312        for (size_t i=0; i<colPattern->numOutput+1; i++) {
2313            cout << "ptr[" << i << "]=" << colPattern->ptr[i] << endl;
2314        }
2315        for (size_t i=0; i<colPattern->ptr[colPattern->numOutput]; i++) {
2316            cout << "index[" << i << "]=" << colPattern->index[i] << endl;
2317        }
2318        */
2319        /*
2320        cout << "--- rowCouple_pattern ---" << endl;
2321        cout << "M=" << rowPattern->numOutput << ", N=" << rowPattern->numInput << endl;
2322        for (size_t i=0; i<rowPattern->numOutput+1; i++) {
2323            cout << "ptr[" << i << "]=" << rowPattern->ptr[i] << endl;
2324        }
2325        for (size_t i=0; i<rowPattern->ptr[rowPattern->numOutput]; i++) {
2326            cout << "index[" << i << "]=" << rowPattern->index[i] << endl;
2327        }
2328        */
2329    
2330        return m_pattern;
2331    }
2332    
2333  //private  //private
2334  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
2335  {  {
2336      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
2337      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
2338        // left-right, bottom-top, front-back).
2339        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
2340        // helps when writing out data rank after rank.
2341    
2342      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
2343      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1538  void Brick::populateSampleIds() Line 2348  void Brick::populateSampleIds()
2348          m_nodeDistribution[k]=k*numDOF;          m_nodeDistribution[k]=k*numDOF;
2349      }      }
2350      m_nodeDistribution[m_mpiInfo->size]=getNumDataPointsGlobal();      m_nodeDistribution[m_mpiInfo->size]=getNumDataPointsGlobal();
2351      m_nodeId.resize(getNumNodes());  
2352      m_dofId.resize(numDOF);      try {
2353      m_elementId.resize(getNumElements());          m_nodeId.resize(getNumNodes());
2354      m_faceId.resize(getNumFaceElements());          m_dofId.resize(numDOF);
2355            m_elementId.resize(getNumElements());
2356        } catch (const length_error& le) {
2357            throw RipleyException("The system does not have sufficient memory for a domain of this size.");
2358        }
2359    
2360        // populate face element counts
2361        //left
2362        if (m_offset[0]==0)
2363            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
2364        else
2365            m_faceCount[0]=0;
2366        //right
2367        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
2368            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
2369        else
2370            m_faceCount[1]=0;
2371        //bottom
2372        if (m_offset[1]==0)
2373            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
2374        else
2375            m_faceCount[2]=0;
2376        //top
2377        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
2378            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
2379        else
2380            m_faceCount[3]=0;
2381        //front
2382        if (m_offset[2]==0)
2383            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
2384        else
2385            m_faceCount[4]=0;
2386        //back
2387        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2388            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2389        else
2390            m_faceCount[5]=0;
2391    
2392        const dim_t NFE = getNumFaceElements();
2393        m_faceId.resize(NFE);
2394    
2395        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2396        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2397        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2398        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2399        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2400        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2401        const dim_t NN0 = m_NN[0];
2402        const dim_t NN1 = m_NN[1];
2403        const dim_t NN2 = m_NN[2];
2404        const dim_t NE0 = m_NE[0];
2405        const dim_t NE1 = m_NE[1];
2406        const dim_t NE2 = m_NE[2];
2407    
2408        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2409        // set the node id's according to the order mentioned above.
2410        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2411        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2412        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2413        // the 6 faces are set but only if required...
2414    
2415    #define globalNodeId(x,y,z) \
2416        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2417        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2418        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2419    
2420  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2421      {      {
2422            // set edge id's
2423            // edges in x-direction, including corners
2424    #pragma omp for nowait
2425            for (dim_t i=0; i<NN0; i++) {
2426                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2427                m_nodeId[NN0*(NN1-1)+i] = globalNodeId(i, NN1-1, 0); // UF
2428                m_nodeId[NN0*NN1*(NN2-1)+i] = globalNodeId(i, 0, NN2-1); // LB
2429                m_nodeId[NN0*NN1*NN2-NN0+i] = globalNodeId(i, NN1-1, NN2-1); // UB
2430            }
2431            // edges in y-direction, without corners
2432  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2433          // nodes          for (dim_t i=1; i<NN1-1; i++) {
2434          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[NN0*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2435              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[NN0*(i+1)-1] = globalNodeId(NN0-1, i, 0); // FR
2436                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[NN0*NN1*(NN2-1)+NN0*i] = globalNodeId(0, i, NN2-1); // BL
2437                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[NN0*NN1*(NN2-1)+NN0*(i+1)-1] = globalNodeId(NN0-1, i, NN2-1); // BR
2438                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
2439                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in z-direction, without corners
2440                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for
2441            for (dim_t i=1; i<NN2-1; i++) {
2442                m_nodeId[NN0*NN1*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2443                m_nodeId[NN0*NN1*i+NN0-1] = globalNodeId(NN0-1, 0, i); // LR
2444                m_nodeId[NN0*NN1*(i+1)-NN0] = globalNodeId(0, NN1-1, i); // UL
2445                m_nodeId[NN0*NN1*(i+1)-1] = globalNodeId(NN0-1, NN1-1, i); // UR
2446            }
2447            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2448            // below
2449    
2450            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2451    #pragma omp for nowait
2452            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2453                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2454                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2455                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*NN0+(i+front)*NN0*NN1;
2456                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2457                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2458                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
2459                  }                  }
2460              }              }
2461          }          }
2462    
2463          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2464            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2465    #pragma omp for nowait
2466                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2467                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2468                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*NN0+(i+front)*NN0*NN1;
2469                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2470                        m_nodeId[nodeIdx]
2471                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2472                    }
2473                }
2474            }
2475            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2476  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2477          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2478              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2479                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*NN0-1+(i+front)*NN0*NN1;
2480                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2481                        m_nodeId[nodeIdx]
2482                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2483                    }
2484                }
2485            }
2486            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2487    #pragma omp for nowait
2488                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2489                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2490                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*NN0*NN1;
2491                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2492                        m_nodeId[nodeIdx]
2493                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2494                    }
2495                }
2496            }
2497            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2498    #pragma omp for nowait
2499                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2500                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2501                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*NN0*NN1+NN0*(NN1-1);
2502                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2503                        m_nodeId[nodeIdx]
2504                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2505                    }
2506                }
2507            }
2508            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2509    #pragma omp for nowait
2510                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2511                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2512                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*NN0;
2513                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2514                        m_nodeId[nodeIdx]
2515                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2516                    }
2517                }
2518            }
2519            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2520    #pragma omp for nowait
2521                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2522                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2523                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*NN0+NN0*NN1*(NN2-1);
2524                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2525                        m_nodeId[nodeIdx]
2526                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2527                    }
2528                }
2529            }
2530    
2531          // elements          // populate element id's
2532  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2533          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<NE2; i2++) {
2534              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<NE1; i1++) {
2535                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<NE0; i0++) {
2536                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*NE0+i2*NE0*NE1] =
2537                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2538                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2539                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2540                  }                  }
2541              }              }
2542          }          }
2543    
2544          // face elements          // face elements
2545  #pragma omp for  #pragma omp for
2546          for (dim_t k=0; k<getNumFaceElements(); k++)          for (dim_t k=0; k<NFE; k++)
2547              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2548      } // end parallel section      } // end parallel section
2549    
2550    #undef globalNodeId
2551    
2552      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2553      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2554    
# Line 1589  void Brick::populateSampleIds() Line 2556  void Brick::populateSampleIds()
2556      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2557    
2558      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2559      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2560      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2561      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2562      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2563      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2564      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2565          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2566              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2567              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2568              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2569          }          }
2570      }      }
2571      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1609  void Brick::populateSampleIds() Line 2575  void Brick::populateSampleIds()
2575      setTagMap("front", FRONT);      setTagMap("front", FRONT);
2576      setTagMap("back", BACK);      setTagMap("back", BACK);
2577      updateTagsInUse(FaceElements);      updateTagsInUse(FaceElements);
2578    
2579        populateDofMap();
2580    }
2581    
2582    //private
2583    vector<IndexVector> Brick::getConnections() const
2584    {
2585        // returns a vector v of size numDOF where v[i] is a vector with indices
2586        // of DOFs connected to i (up to 27 in 3D)
2587        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2588        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2589        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2590        const dim_t M = nDOF0*nDOF1*nDOF2;
2591        vector<IndexVector> indices(M);
2592    
2593    #pragma omp parallel for
2594        for (index_t i=0; i < M; i++) {
2595            const index_t x = i % nDOF0;
2596            const index_t y = i % (nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
2597            const index_t z = i / (nDOF0*nDOF1);
2598            // loop through potential neighbours and add to index if positions are
2599            // within bounds
2600            for (int i2=z-1; i2<z+2; i2++) {
2601                for (int i1=y-1; i1<y+2; i1++) {
2602                    for (int i0=x-1; i0<x+2; i0++) {
2603                        if (i0>=0 && i1>=0 && i2>=0
2604                                && i0<nDOF0 && i1<nDOF1 && i2<nDOF2) {
2605                            indices[i].push_back(i2*nDOF0*nDOF1 + i1*nDOF0 + i0);
2606                        }
2607                    }
2608                }
2609            }
2610        }
2611        return indices;
2612  }  }
2613    
2614  //private  //private
2615  void Brick::createPattern()  void Brick::populateDofMap()
2616  {  {
2617      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2618      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2619      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2620      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2621      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2622      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2623    
2624      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2625      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1628  void Brick::createPattern() Line 2628  void Brick::createPattern()
2628      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2629          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2630              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2631                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2632              }              }
2633          }          }
2634      }      }
2635    
     // build list of shared components and neighbours by looping through  
     // all potential neighbouring ranks and checking if positions are  
     // within bounds  
2636      const dim_t numDOF=nDOF0*nDOF1*nDOF2;      const dim_t numDOF=nDOF0*nDOF1*nDOF2;
     vector<IndexVector> colIndices(numDOF); // for the couple blocks  
2637      RankVector neighbour;      RankVector neighbour;
2638      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2639      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2640      int numShared=0;      dim_t numShared=0;
2641      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2642      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2643      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2644    
2645        // build list of shared components and neighbours by looping through
2646        // all potential neighbouring ranks and checking if positions are
2647        // within bounds
2648      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2649          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2650              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1655  void Brick::createPattern() Line 2655  void Brick::createPattern()
2655                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2656                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2657                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2658                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2659                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2660                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2661                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2662                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2663                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2664                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const dim_t firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2665                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2666                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const dim_t firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2667                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2668                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2669                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2670                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
                                 if (j>0) {  
                                     if (i>0)  
                                         colIndices[firstDOF+j-1-nDOF0].push_back(numShared);  
                                     colIndices[firstDOF+j-1].push_back(numShared);  
                                     if (i<nDOF1-1)  
                                         colIndices[firstDOF+j-1+nDOF0].push_back(numShared);  
                                 }  
                                 if (i>0)  
                                     colIndices[firstDOF+j-nDOF0].push_back(numShared);  
                                 colIndices[firstDOF+j].push_back(numShared);  
                                 if (i<nDOF1-1)  
                                     colIndices[firstDOF+j+nDOF0].push_back(numShared);  
                                 if (j<nDOF0-1) {  
                                     if (i>0)  
                                         colIndices[firstDOF+j+1-nDOF0].push_back(numShared);  
                                     colIndices[firstDOF+j+1].push_back(numShared);  
                                     if (i<nDOF1-1)  
                                         colIndices[firstDOF+j+1+nDOF0].push_back(numShared);  
                                 }  
2671                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;
2672                              }                              }
2673                          }                          }
# Line 1694  void Brick::createPattern() Line 2675  void Brick::createPattern()
2675                          // sharing top or bottom plane                          // sharing top or bottom plane
2676                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF2);
2677                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2678                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const dim_t firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2679                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2680                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const dim_t firstNode=(i1==-1 ?
2681                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2682                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2683                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2684                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2685                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
                                 if (j>0) {  
                                     if (i>0)  
                                         colIndices[firstDOF+j-1-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                     colIndices[firstDOF+j-1].push_back(numShared);  
                                     if (i<nDOF2-1)  
                                         colIndices[firstDOF+j-1+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 }  
                                 if (i>0)  
                                     colIndices[firstDOF+j-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 colIndices[firstDOF+j].push_back(numShared);  
                                 if (i<nDOF2-1)  
                                     colIndices[firstDOF+j+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 if (j<nDOF0-1) {  
                                     if (i>0)  
                                         colIndices[firstDOF+j+1-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                     colIndices[firstDOF+j+1].push_back(numShared);  
                                     if (i<nDOF2-1)  
                                         colIndices[firstDOF+j+1+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 }  
2686                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;
2687                              }                              }
2688                          }                          }
# Line 1728  void Brick::createPattern() Line 2690  void Brick::createPattern()
2690                          // sharing left or right plane                          // sharing left or right plane
2691                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1*nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1*nDOF2);
2692                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2693                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const dim_t firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2694                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2695                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const dim_t firstNode=(i0==-1 ?
2696                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2697                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2698                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2699                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2700                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2701                                  if (j>0) {                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
                                     if (i>0)  
                                         colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                     colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0].push_back(numShared);  
                                     if (i<nDOF2-1)  
                                         colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 }  
                                 if (i>0)  
                                     colIndices[firstDOF+j*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 colIndices[firstDOF+j*nDOF0].push_back(numShared);  
                                 if (i<nDOF2-1)  
                                     colIndices[firstDOF+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 if (j<nDOF1-1) {  
                                     if (i>0)  
                                         colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                     colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0].push_back(numShared);  
                                     if (i<nDOF2-1)  
                                         colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                                 }  
                                 m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;  
2702                              }                              }
2703                          }                          }
2704                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
2705                          // sharing an edge in x direction                          // sharing an edge in x direction
2706                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2707                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const dim_t firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2708                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2709                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const dim_t firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2710                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2711                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2712                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2713                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
                             if (i>0)  
                                 colIndices[firstDOF+i-1].push_back(numShared);  
                             colIndices[firstDOF+i].push_back(numShared);  
                             if (i<nDOF0-1)  
                                 colIndices[firstDOF+i+1].push_back(numShared);  
2714                              m_dofMap[firstNode+i]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i]=numDOF+numShared;
2715                          }                          }
2716                      } else if (i1==0) {                      } else if (i1==0) {
2717                          // sharing an edge in y direction                          // sharing an edge in y direction
2718                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2719                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const dim_t firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2720                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2721                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const dim_t firstNode=bottom*m_NN[0]
2722                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2723                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2724                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2725                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2726                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2727                              if (i>0)                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
                                 colIndices[firstDOF+(i-1)*nDOF0].push_back(numShared);  
                             colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);  
                             if (i<nDOF1-1)  
                                 colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);  
                             m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;  
2728                          }                          }
2729                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2730                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2731                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2732                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const dim_t firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2733                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2734                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const dim_t firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2735                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2736                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2737                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2738                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2739                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2740                              if (i>0)                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
                                 colIndices[firstDOF+(i-1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                             colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                             if (i<nDOF2-1)  
                                 colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);  
                             m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;  
2741                          }                          }
2742                      } else {                      } else {
2743                          // sharing a node                          // sharing a node
2744                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const dim_t dof = (i0+1)/2*(nDOF0-1)
2745                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                         +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2746                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                         +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2747                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const dim_t node = (i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2748                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                          +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2749                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                          +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2750                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2751                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2752                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2753                          colIndices[dof].push_back(numShared);                          m_dofMap[node] = numDOF+numShared;
                         m_dofMap[node]=numDOF+numShared;  
2754                          ++numShared;                          ++numShared;
2755                      }                      }
2756                  }                  }
# Line 1829  void Brick::createPattern() Line 2758  void Brick::createPattern()
2758          }          }
2759      }      }
2760    
2761        // TODO: paso::SharedComponents should take vectors to avoid this
2762        Esys_MPI_rank* neighPtr = NULL;
2763        index_t* sendPtr = NULL;
2764        index_t* recvPtr = NULL;
2765        if (neighbour.size() > 0) {
2766            neighPtr = &neighbour[0];
2767            sendPtr = &sendShared[0];
2768            recvPtr = &recvShared[0];
2769        }
2770      // create connector      // create connector
2771      Paso_SharedComponents *snd_shcomp = Paso_SharedComponents_alloc(      paso::SharedComponents_ptr snd_shcomp(new paso::SharedComponents(
2772              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &sendShared[0],              numDOF, neighbour.size(), neighPtr, sendPtr,
2773              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo);              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo));
2774      Paso_SharedComponents *rcv_shcomp = Paso_SharedComponents_alloc(      paso::SharedComponents_ptr rcv_shcomp(new paso::SharedComponents(
2775              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &recvShared[0],              numDOF, neighbour.size(), neighPtr, recvPtr,
2776              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo);              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo));
2777      m_connector = Paso_Connector_alloc(snd_shcomp, rcv_shcomp);      m_connector.reset(new paso::Connector(snd_shcomp, rcv_shcomp));
     Paso_SharedComponents_free(snd_shcomp);  
     Paso_SharedComponents_free(rcv_shcomp);  
   
     // create main and couple blocks  
     Paso_Pattern *mainPattern = createMainPattern();  
     Paso_Pattern *colPattern, *rowPattern;  
     createCouplePatterns(colIndices, numShared, &colPattern, &rowPattern);  
   
     // allocate paso distribution  
     Paso_Distribution* distribution = Paso_Distribution_alloc(m_mpiInfo,  
             const_cast<index_t*>(&m_nodeDistribution[0]), 1, 0);  
   
     // finally create the system matrix  
     m_pattern = Paso_SystemMatrixPattern_alloc(MATRIX_FORMAT_DEFAULT,  
             distribution, distribution, mainPattern, colPattern, rowPattern,  
             m_connector, m_connector);  
   
     Paso_Distribution_free(distribution);  
2778    
2779      // useful debug output      // useful debug output
2780      /*      /*
# Line 1875  void Brick::createPattern() Line 2795  void Brick::createPattern()
2795      for (size_t i=0; i<m_dofMap.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<m_dofMap.size(); i++) {
2796          cout << "m_dofMap[" << i << "]=" << m_dofMap[i] << endl;          cout << "m_dofMap[" << i << "]=" << m_dofMap[i] << endl;
2797      }      }
     cout << "--- colIndices ---" << endl;  
     for (size_t i=0; i<colIndices.size(); i++) {  
         cout << "colIndices[" << i << "].size()=" << colIndices[i].size() << endl;  
     }  
2798      */      */
   
     /*  
     cout << "--- main_pattern ---" << endl;  
     cout << "M=" << mainPattern->numOutput << ", N=" << mainPattern->numInput << endl;  
     for (size_t i=0; i<mainPattern->numOutput+1; i++) {  
         cout << "ptr[" << i << "]=" << mainPattern->ptr[i] << endl;  
     }  
     for (size_t i=0; i<mainPattern->ptr[mainPattern->numOutput]; i++) {  
         cout << "index[" << i << "]=" << mainPattern->index[i] << endl;  
     }  
     */  
   
     /*  
     cout << "--- colCouple_pattern ---" << endl;  
     cout << "M=" << colPattern->numOutput << ", N=" << colPattern->numInput << endl;  
     for (size_t i=0; i<colPattern->numOutput+1; i++) {  
         cout << "ptr[" << i << "]=" << colPattern->ptr[i] << endl;  
     }  
     for (size_t i=0; i<colPattern->ptr[colPattern->numOutput]; i++) {  
         cout << "index[" << i << "]=" << colPattern->index[i] << endl;  
     }  
     */  
   
     /*  
     cout << "--- rowCouple_pattern ---" << endl;  
     cout << "M=" << rowPattern->numOutput << ", N=" << rowPattern->numInput << endl;  
     for (size_t i=0; i<rowPattern->numOutput+1; i++) {  
         cout << "ptr[" << i << "]=" << rowPattern->ptr[i] << endl;  
     }  
     for (size_t i=0; i<rowPattern->ptr[rowPattern->numOutput]; i++) {  
         cout << "index[" << i << "]=" << rowPattern->index[i] << endl;  
     }  
     */  
   
     Paso_Pattern_free(mainPattern);  
     Paso_Pattern_free(colPattern);  
     Paso_Pattern_free(rowPattern);  
2799  }  }
2800    
2801  //private  //private
2802  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_SystemMatrix* S, escript::Data& F,  void Brick::addToMatrixAndRHS(AbstractSystemMatrix* S, escript::Data& F,
2803           const vector<double>& EM_S, const vector<double>& EM_F, bool addS,           const vector<double>& EM_S, const vector<double>& EM_F, bool addS,
2804           bool addF, index_t firstNode, dim_t nEq, dim_t nComp) const           bool addF, index_t firstNode, dim_t nEq, dim_t nComp) const
2805  {  {
2806      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex(8);
2807      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex[0] = m_dofMap[firstNode];
2808      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex[1] = m_dofMap[firstNode+1];
2809      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex[2] = m_dofMap[firstNode+m_NN[0]];
2810      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex[3] = m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1];
2811      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex[4] = m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]];
2812      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex[5] = m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1];
2813      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex[6] = m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)];
2814      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex[7] = m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1];
2815      if (addF) {      if (addF) {
2816          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2817          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1944  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2823  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2823          }          }
2824      }      }
2825      if (addS) {      if (addS) {
2826          addToSystemMatrix(S, rowIndex, nEq, rowIndex, nComp, EM_S);          addToSystemMatrix(S, rowIndex, nEq, EM_S);
2827      }      }
2828  }  }
2829    
2830  //protected  //protected
2831  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out,
2832                                           const escript::Data& in,
2833                                         bool reduced) const                                         bool reduced) const
2834  {  {
2835      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2836      if (reduced) {      if (reduced) {
2837          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2838          const double c0 = .125;  #pragma omp parallel
2839  #pragma omp parallel for          {
2840          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              vector<double> f_000(numComp);
2841              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_001(numComp);
2842                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_010(numComp);
2843                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2844                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2845                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2846                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2847                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2848                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2849                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2850                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2851                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2852                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2853                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2854                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2855                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2856              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2857          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2858                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2859                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2860                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2861                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2862                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2863                            } // end of component loop i
2864                        } // end of k0 loop
2865                    } // end of k1 loop
2866                } // end of k2 loop
2867            } // end of parallel section
2868      } else {      } else {
2869          out.requireWrite();   &nb