/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3796 by gross, Thu Feb 2 06:26:15 2012 UTC revision 4353 by caltinay, Fri Apr 5 00:14:35 2013 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    
20    #ifdef USE_NETCDF
21    #include <netcdfcpp.h>
22    #endif
23    
24  #if USE_SILO  #if USE_SILO
25  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 31  extern "C" {
31  #include <iomanip>  #include <iomanip>
32    
33  using namespace std;  using namespace std;
34    using esysUtils::FileWriter;
35    
36  namespace ripley {  namespace ripley {
37    
38  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
39               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :
40      RipleyDomain(3),      RipleyDomain(3)
     m_gNE0(n0),  
     m_gNE1(n1),  
     m_gNE2(n2),  
     m_x0(x0),  
     m_y0(y0),  
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0),  
     m_NX(d0),  
     m_NY(d1),  
     m_NZ(d2)  
41  {  {
42        // ignore subdivision parameters for serial run
43        if (m_mpiInfo->size == 1) {
44            d0=1;
45            d1=1;
46            d2=1;
47        }
48    
49        bool warn=false;
50        // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
51        // ratio as the number of elements
52        if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
53            warn=true;
54            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
55            d0=max(1, d0);
56            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
57            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
58            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
59                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
60                // dividing 2 sides only
61                if (n0>=n1) {
62                    if (n1>=n2) {
63                        d0=d1=0;
64                        d2=1;
65                    } else {
66                        d0=d2=0;
67                        d1=1;
68                    }
69                } else {
70                    if (n0>=n2) {
71                        d0=d1=0;
72                        d2=1;
73                    } else {
74                        d0=1;
75                        d1=d2=0;
76                    }
77                }
78            }
79        }
80        if (d0<=0 && d1<=0) {
81            warn=true;
82            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
83            d1=m_mpiInfo->size/d0;
84            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
85                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
86                if (n0>n1) {
87                    d0=0;
88                    d1=1;
89                } else {
90                    d0=1;
91                    d1=0;
92                }
93            }
94        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
95            warn=true;
96            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
97            d2=m_mpiInfo->size/d0;
98            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
99                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
100                if (n0>n2) {
101                    d0=0;
102                    d2=1;
103                } else {
104                    d0=1;
105                    d2=0;
106                }
107            }
108        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
109            warn=true;
110            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
111            d2=m_mpiInfo->size/d1;
112            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
113                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
114                if (n1>n2) {
115                    d1=0;
116                    d2=1;
117                } else {
118                    d1=1;
119                    d2=0;
120                }
121            }
122        }
123        if (d0<=0) {
124            // d1,d2 are preset, determine d0
125            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
126        } else if (d1<=0) {
127            // d0,d2 are preset, determine d1
128            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
129        } else if (d2<=0) {
130            // d0,d1 are preset, determine d2
131            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
132        }
133    
134      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
135      // among number of ranks      // among number of ranks
136      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
137          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
138    
139      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
140          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
141                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
142        }
143    
144        double l0 = x1-x0;
145        double l1 = y1-y0;
146        double l2 = z1-z0;
147        m_dx[0] = l0/n0;
148        m_dx[1] = l1/n1;
149        m_dx[2] = l2/n2;
150    
151        if ((n0+1)%d0 > 0) {
152            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
153            l0=m_dx[0]*n0;
154            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
155                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
156        }
157        if ((n1+1)%d1 > 0) {
158            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
159            l1=m_dx[1]*n1;
160            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
161                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
162        }
163        if ((n2+1)%d2 > 0) {
164            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
165            l2=m_dx[2]*n2;
166            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
167                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
168        }
169    
170      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
171          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
172    
173        m_gNE[0] = n0;
174        m_gNE[1] = n1;
175        m_gNE[2] = n2;
176        m_origin[0] = x0;
177        m_origin[1] = y0;
178        m_origin[2] = z0;
179        m_length[0] = l0;
180        m_length[1] = l1;
181        m_length[2] = l2;
182        m_NX[0] = d0;
183        m_NX[1] = d1;
184        m_NX[2] = d2;
185    
186      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
187      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
188      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
189          m_NE0++;          m_NE[0]++;
190      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
191          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
192    
193      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
194      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
195          m_NE1++;          m_NE[1]++;
196      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
197          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
198    
199      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
200      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
201          m_NE2++;          m_NE[2]++;
202      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
203          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
204    
205      // local number of nodes      // local number of nodes
206      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
207      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
208      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
209    
210      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
211      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
212      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
213          m_offset0--;          m_offset[0]--;
214      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
215      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
216          m_offset1--;          m_offset[1]--;
217      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
218      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
219          m_offset2--;          m_offset[2]--;
220    
221      populateSampleIds();      populateSampleIds();
222      createPattern();      createPattern();
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 239  bool Brick::operator==(const AbstractDom
239      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
240      if (o) {      if (o) {
241          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
242                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
243                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
244                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
245                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
246      }      }
247    
248      return false;      return false;
249  }  }
250    
251    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
252                const vector<int>& first, const vector<int>& numValues,
253                const vector<int>& multiplier) const
254    {
255    #ifdef USE_NETCDF
256        // check destination function space
257        int myN0, myN1, myN2;
258        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
259            myN0 = m_NN[0];
260            myN1 = m_NN[1];
261            myN2 = m_NN[2];
262        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
263                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
264            myN0 = m_NE[0];
265            myN1 = m_NE[1];
266            myN2 = m_NE[2];
267        } else
268            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
269    
270        if (first.size() != 3)
271            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
272    
273        if (numValues.size() != 3)
274            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
275    
276        if (multiplier.size() != 3)
277            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
278        for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)
279            if (multiplier[i]<1)
280                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
281    
282        // check file existence and size
283        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
284        if (!f.is_valid())
285            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
286    
287        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
288        if (!var)
289            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
290    
291        // TODO: rank>0 data support
292        const int numComp = out.getDataPointSize();
293        if (numComp > 1)
294            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
295    
296        const int dims = var->num_dims();
297        const long *edges = var->edges();
298    
299        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
300        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
301        if ( (dims==3 && (numValues[2] > edges[0] || numValues[1] > edges[1]
302                          || numValues[0] > edges[2]))
303                || (dims==2 && numValues[2]>1)
304                || (dims==1 && (numValues[2]>1 || numValues[1]>1)) ) {
305            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
306        }
307    
308        // check if this rank contributes anything
309        if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
310                first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
311                first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
312            return;
313        }
314    
315        // now determine how much this rank has to write
316    
317        // first coordinates in data object to write to
318        const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
319        const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
320        const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
321        // indices to first value in file
322        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
323        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
324        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
325        // number of values to read
326        const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
327        const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
328        const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);
329    
330        vector<double> values(num0*num1*num2);
331        if (dims==3) {
332            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
333            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
334        } else if (dims==2) {
335            var->set_cur(idx1, idx0);
336            var->get(&values[0], num1, num0);
337        } else {
338            var->set_cur(idx0);
339            var->get(&values[0], num0);
340        }
341    
342        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
343        out.requireWrite();
344    
345        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
346            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
347    #pragma omp parallel for
348                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
349                    const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]
350                                            +(first1+y*multiplier[1])*myN0
351                                            +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;
352                    const int srcIndex=z*num1*num0+y*num0+x;
353                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
354                        for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {
355                            for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {
356                                for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {
357                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
358                                                   +m1*myN0
359                                                   +m2*myN0*myN1;
360                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
361                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
362                                        *dest++ = values[srcIndex];
363                                    }
364                                }
365                            }
366                        }
367                    }
368                }
369            }
370        }
371    #else
372        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
373    #endif
374    }
375    
376    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
377                               const vector<int>& first,
378                               const vector<int>& numValues,
379                               const vector<int>& multiplier) const
380    {
381        // check destination function space
382        int myN0, myN1, myN2;
383        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
384            myN0 = m_NN[0];
385            myN1 = m_NN[1];
386            myN2 = m_NN[2];
387        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
388                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
389            myN0 = m_NE[0];
390            myN1 = m_NE[1];
391            myN2 = m_NE[2];
392        } else
393            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
394    
395        if (first.size() != 3)
396            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
397    
398        if (numValues.size() != 3)
399            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
400    
401        if (multiplier.size() != 3)
402            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
403        for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)
404            if (multiplier[i]<1)
405                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
406    
407        // check file existence and size
408        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
409        if (f.fail()) {
410            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
411        }
412        f.seekg(0, ios::end);
413        const int numComp = out.getDataPointSize();
414        const int filesize = f.tellg();
415        const int reqsize = numValues[0]*numValues[1]*numValues[2]*numComp*sizeof(float);
416        if (filesize < reqsize) {
417            f.close();
418            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
419        }
420    
421        // check if this rank contributes anything
422        if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
423                first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
424                first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
425            f.close();
426            return;
427        }
428    
429        // now determine how much this rank has to write
430    
431        // first coordinates in data object to write to
432        const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
433        const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
434        const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
435        // indices to first value in file
436        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
437        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
438        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
439        // number of values to read
440        const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
441        const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
442        const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);
443    
444        out.requireWrite();
445        vector<float> values(num0*numComp);
446        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
447    
448        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
449            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
450                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*numValues[0]+(idx2+z)*numValues[0]*numValues[1]);
451                f.seekg(fileofs*sizeof(float));
452                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(float));
453    
454                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
455                    const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]
456                                            +(first1+y*multiplier[1])*myN0
457                                            +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;
458                    for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {
459                        for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {
460                            for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {
461                                const int dataIndex = baseIndex+m0
462                                               +m1*myN0
463                                               +m2*myN0*myN1;
464                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
465                                for (index_t c=0; c<numComp; c++) {
466                                    if (!::isnan(values[x*numComp+c])) {
467                                        for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
468                                            *dest++ = static_cast<double>(values[x*numComp+c]);
469                                        }
470                                    }
471                                }
472                            }
473                        }
474                    }
475                }
476            }
477        }
478    
479        f.close();
480    }
481    
482    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename, int byteOrder) const
483    {
484        // check function space and determine number of points
485        int myN0, myN1, myN2;
486        int totalN0, totalN1, totalN2;
487        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
488            myN0 = m_NN[0];
489            myN1 = m_NN[1];
490            myN2 = m_NN[2];
491            totalN0 = m_gNE[0]+1;
492            totalN1 = m_gNE[1]+1;
493            totalN2 = m_gNE[2]+1;
494        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
495                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
496            myN0 = m_NE[0];
497            myN1 = m_NE[1];
498            myN2 = m_NE[2];
499            totalN0 = m_gNE[0];
500            totalN1 = m_gNE[1];
501            totalN2 = m_gNE[2];
502        } else
503            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
504    
505        const int numComp = in.getDataPointSize();
506        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
507        const int fileSize = sizeof(float)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
508    
509        if (numComp > 1 || dpp > 1)
510            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
511    
512        escript::Data* _in = const_cast<escript::Data*>(&in);
513    
514        // from here on we know that each sample consists of one value
515        FileWriter* fw = new FileWriter();
516        fw->openFile(filename, fileSize);
517        MPIBarrier();
518    
519        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
520            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
521                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
522                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(float);
523                ostringstream oss;
524    
525                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
526                    const double* sample = _in->getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
527                    float fvalue = (float)(*sample);
528                    if (byteOrder == RIPLEY_BYTE_ORDER) {
529                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
530                    } else {
531                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
532                        oss.write(RIPLEY_BYTE_SWAP32(value), sizeof(fvalue));
533                    }
534                }
535                fw->writeAt(oss, fileofs);
536            }
537        }
538        fw->close();
539    }
540    
541  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
542  {  {
543  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 598  void Brick::dump(const string& fileName)
598      }      }
599      */      */
600    
601      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
602      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
603      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
604      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
605  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
606      {      {
607  #pragma omp for  #pragma omp for
608          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
609              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
610          }          }
611  #pragma omp for  #pragma omp for
612          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
613              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
614          }          }
615  #pragma omp for  #pragma omp for
616          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
617              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
618          }          }
619      }      }
620      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
621      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
622        // write mesh
623        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
624              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
625    
626      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
627        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
628              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
629    
630      // write element ids      // write element ids
631      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
632      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
633              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
634    
635      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
636      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 723  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
723          case ReducedElements:          case ReducedElements:
724              {              {
725                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
726                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
727                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
728                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
729                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
730              }              }
731          case FaceElements:          case FaceElements:
732          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
733              {              {
734                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
735                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
736                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
737                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
738                      if (id<n) {                      if (id<n) {
739                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
740                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
741                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
742                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
743                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
744                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
745                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
746                          } else { // left or right                          } else { // left or right
747                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
748                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
749                          }                          }
750                      }                      }
751                  }                  }
# Line 352  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 768  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
768          {          {
769              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
770  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
771                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
772                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
773                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
774                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
775                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
776                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 782  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
782    
783              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
784  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
785                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
786                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
787                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
788                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
789                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
790                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 796  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
796    
797              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
798  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
799                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
800                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
801                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
802                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
803                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
804                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 810  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
810    
811              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
812  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
813                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
814                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
815                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
816                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
817                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
818                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 824  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
824    
825              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
826  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
827                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
828                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
829                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
830                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
831                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
832                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 838  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
838    
839              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
840  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
841                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
842                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
843                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
844                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
845                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
846                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 856  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
856          {          {
857              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
858  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
859                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
860                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
861                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
862                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
863                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
864                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 868  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
868    
869              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
870  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
871                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
872                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
873                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
874                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
875                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
876                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 880  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
880    
881              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
882  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
883                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
884                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
885                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
886                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
887                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
888                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 892  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
892    
893              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
894  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
895                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
896                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
897                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
898                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
899                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
900                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 904  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
904    
905              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
906  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
907                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
908                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
909                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
910                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
911                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
912                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 916  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
916    
917              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
918  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
919                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
920                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
921                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
922                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
923                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
924                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 941  void Brick::setToSize(escript::Data& out
941              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
942          out.requireWrite();          out.requireWrite();
943          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
944          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=min(min(xSize,ySize),zSize);  
945  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
946          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
947              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 951  void Brick::setToSize(escript::Data& out
951              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
952          out.requireWrite();          out.requireWrite();
953          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
954  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
955          {          {
956              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
957                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
958  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
959                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
960                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
961                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
962                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
963                      }                      }
964                  }                  }
965              }              }
966    
967              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
968                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
969  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
970                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
971                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
972                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
973                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
974                      }                      }
975                  }                  }
976              }              }
977    
978              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
979                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
980  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
981                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
982                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
983                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
984                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
985                      }                      }
986                  }                  }
987              }              }
988    
989              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
990                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
991  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
992                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
993                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
994                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
995                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
996                      }                      }
997                  }                  }
998              }              }
999    
1000              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1001                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1002  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1003                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1004                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1005                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1006                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1007                      }                      }
1008                  }                  }
1009              }              }
1010    
1011              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1012                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1013  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1014                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1015                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1016                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1017                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1018                      }                      }
1019                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1028  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1028      }      }
1029  }  }
1030    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1031  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1032  {  {
1033      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1035  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1035          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1036          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1037          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1038          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1039              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1040                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1041                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1042                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1043          }          }
1044      }      }
1045  }  }
1046    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1047    
1048  //protected  //protected
1049  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1055  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1055      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1056          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1057    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1058      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1059  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1060      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1061          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1062              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1063                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1064                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1065                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1066                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1067              }              }
1068          }          }
1069      }      }
# Line 757  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1073  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1073  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const
1074  {  {
1075      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1076      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
1077      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
1078      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
1079      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1080      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1081      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 770  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1086  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1086    
1087      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1088          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1089  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1090          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1091              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1092                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1093                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1094                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1095                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1096                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1097                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1098                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1099                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1100                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1101                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1102                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1103                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1104                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1105                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1106                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1107                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1108                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1109                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1110                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1111                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1112                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1113                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;
1114                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;
1115                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;
1116                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;
1117                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;
1118                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;
1119                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;
1120                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;
1121                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;
1122                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;
1123                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;
1124                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;
1125                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1126                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1127                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1128                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1129                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1130                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1131                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1132                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1133                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1134                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1135                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1136                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1137                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1138                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1139                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1140                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1141              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1142          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1143                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1144                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1145                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1146                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1147                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1148                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1149                            } // end of component loop i
1150                        } // end of k0 loop
1151                    } // end of k1 loop
1152                } // end of k2 loop
1153            } // end of parallel section
1154      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1155          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1156  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1157          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1158              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1159                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1160                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1161                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1162                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1163                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1164                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1165                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1166                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1167                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1168                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1169                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1170                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1171                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1172                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1173                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1174                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1175              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1176          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1177                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1178                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1179                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1180                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1181                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
1182                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;
1183                            } // end of component loop i
1184                        } // end of k0 loop
1185                    } // end of k1 loop
1186                } // end of k2 loop
1187            } // end of parallel section
1188      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1189          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1190  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1191          {          {
1192                vector<double> f_000(numComp);
1193                vector<double> f_001(numComp);
1194                vector<double> f_010(numComp);
1195                vector<double> f_011(numComp);
1196                vector<double> f_100(numComp);
1197                vector<double> f_101(numComp);
1198                vector<double> f_110(numComp);
1199                vector<double> f_111(numComp);
1200              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1201  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1202                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1203                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1204                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1205                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1206                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1207                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1208                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1209                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1210                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1211                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1212                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1213                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1214                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;
1215                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1233  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1233              } // end of face 0              } // end of face 0
1234              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1235  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1236                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1237                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1238                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1239                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1240                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1241                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1242                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1243                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1244                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1245                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1246                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1247                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1248                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;
1249                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1267  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1267              } // end of face 1              } // end of face 1
1268              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1269  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1270                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1271                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1272                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1273                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1274                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1275                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1276                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1277                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1278                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1279                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1280                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1281                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1282                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;
1283                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1300  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1300              } // end of face 2              } // end of face 2
1301              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1302  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1303                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1304                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1305                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1306                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1307                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1308                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1309                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1310                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1311                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1312                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1313                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1314                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1315                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;
1316                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1334  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1334              } // end of face 3              } // end of face 3
1335              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1336  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1337                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1338                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1339                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1340                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1341                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1342                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1343                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1344                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1345                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1346                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1347                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1348                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1349                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;
1350                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;
# Line 1022  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1368  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1368              } // end of face 4              } // end of face 4
1369              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1370  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1371                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1372                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1373                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1374                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1375                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1376                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1377                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1378                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1379                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1380                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1381                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1382                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1383                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;
1384                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1405  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1405          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1406  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1407          {          {
1408                vector<double> f_000(numComp);
1409                vector<double> f_001(numComp);
1410                vector<double> f_010(numComp);
1411                vector<double> f_011(numComp);
1412                vector<double> f_100(numComp);
1413                vector<double> f_101(numComp);
1414                vector<double> f_110(numComp);
1415                vector<double> f_111(numComp);
1416              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1417  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1418                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1419                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1420                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1421                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1422                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1423                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1424                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1425                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1426                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1427                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1429                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1430                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1431                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;
# Line 1082  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1436  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1436              } // end of face 0              } // end of face 0
1437              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1438  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1439                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1440                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1441                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1442                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1443                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1444                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1445                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1446                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1447                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1448                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1449                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1450                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1451                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1452                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;
# Line 1103  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1457  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1457              } // end of face 1              } // end of face 1
1458              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1459  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1460                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1461                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1462                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1463                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1464                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1465                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1466                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1467                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1468                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1469                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1470                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1471                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1472                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;
1473                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
# Line 1124  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1478  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1478              } // end of face 2              } // end of face 2
1479              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1480  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1481                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1482                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1483                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1484                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1485                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1486                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1487                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1488                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1489                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1490                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1491                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1492                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1493                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;
1494                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
# Line 1145  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1499  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1499              } // end of face 3              } // end of face 3
1500              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1501  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1502                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1503                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1504                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1505                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1507                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1508                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1510                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1511                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1512                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1513                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1514                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;
1515                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;
# Line 1166  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1520  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1520              } // end of face 4              } // end of face 4
1521              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1522  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1523                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1524                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1525                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1526                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1527                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1528                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1529                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1530                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1531                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1532                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1533                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1534                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1535                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;
1536                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;
# Line 1193  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1547  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1547  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const
1548  {  {
1549      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1550      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
1551      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
1552      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
1553      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1554      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1555      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1556      if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1557        if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1558          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;
1559  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1560          {          {
1561              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1562  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1563              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1564                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1565                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1566                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1567                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1568                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1569                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1228  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1583  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1583              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1584                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1585          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1586      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
1587        } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1588          const double w_0 = h0*h1*h2;          const double w_0 = h0*h1*h2;
1589  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1590          {          {
1591              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1592  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1593              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1594                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1595                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1596                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1597                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1598                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1599                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1249  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1605  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1605              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1606                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1607          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1608      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
1609        } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1610          const double w_0 = h1*h2/4.;          const double w_0 = h1*h2/4.;
1611          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_1 = h0*h2/4.;
1612          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_2 = h0*h1/4.;
# Line 1258  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1615  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1615              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1616              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1617  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1618                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1619                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1620                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1621                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1622                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1623                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1274  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1631  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1631    
1632              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1633  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1634                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1635                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1636                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1637                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1638                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1639                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1290  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1647  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1647    
1648              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1649  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1650                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1651                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1652                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1653                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1654                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1655                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1306  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1663  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1663    
1664              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1665  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1666                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1667                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1668                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1669                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1670                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1671                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1322  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1679  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1679    
1680              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1681  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1682                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1683                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1684                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1685                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1686                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1687                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1338  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1695  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1695    
1696              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1697  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1698                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1699                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1700                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1701                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1702                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1703                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1357  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1714  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1714                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1715          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1716    
1717      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1718          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = h1*h2;
1719          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = h0*h2;
1720          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = h0*h1;
# Line 1366  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1723  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1723              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1724              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1725  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1726                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1727                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1728                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1729                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1730                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1731                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1378  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1735  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1735    
1736              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1737  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1738                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1739                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1740                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1741                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1742                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1743                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1390  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1747  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1747    
1748              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1749  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1750                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1751                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1752                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1753                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1754                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1755                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1402  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1759  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1759    
1760              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1761  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1762                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1763                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1764                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1765                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1766                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1767                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1414  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1771  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1771    
1772              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1773  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1774                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1775                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1776                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1777                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1778                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1779                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1426  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1783  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1783    
1784              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1785  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1786                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1787                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1788                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1789                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1790                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1791                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1440  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1797  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1797              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1798                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1799          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1800        } // function space selector
     }  
1801  }  }
1802    
1803  //protected  //protected
1804  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1805  {  {
1806      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1807      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1808      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1809      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1810      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1811      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1484  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1840  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1840      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1841      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1842    
1843      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1844      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1845      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1846      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1847      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1848      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1849  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1850      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1851          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1852              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1853                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1854                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1855                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1856              }              }
# Line 1521  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1877  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1877                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1878          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1879      }      }
1880        Paso_Coupler_free(coupler);
1881  }  }
1882    
1883  //private  //private
1884  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1885  {  {
1886      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1887      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1888        // left-right, bottom-top, front-back).
1889        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1890        // helps when writing out data rank after rank.
1891    
1892      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1893      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1541  void Brick::populateSampleIds() Line 1901  void Brick::populateSampleIds()
1901      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1902      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1903      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1904    
1905        // populate face element counts
1906        //left
1907        if (m_offset[0]==0)
1908            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1909        else
1910            m_faceCount[0]=0;
1911        //right
1912        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1913            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1914        else
1915            m_faceCount[1]=0;
1916        //bottom
1917        if (m_offset[1]==0)
1918            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1919        else
1920            m_faceCount[2]=0;
1921        //top
1922        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
1923            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
1924        else
1925            m_faceCount[3]=0;
1926        //front
1927        if (m_offset[2]==0)
1928            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
1929        else
1930            m_faceCount[4]=0;
1931        //back
1932        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
1933            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
1934        else
1935            m_faceCount[5]=0;
1936    
1937      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
1938    
1939        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1940        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1941        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1942        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1943        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1944        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1945    
1946        // the following is a compromise between efficiency and code length to
1947        // set the node id's according to the order mentioned above.
1948        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
1949        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
1950        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
1951        // the 6 faces are set but only if required...
1952    
1953    #define globalNodeId(x,y,z) \
1954        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
1955        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
1956        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
1957    
1958  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1959      {      {
1960            // set edge id's
1961            // edges in x-direction, including corners
1962  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1963          // nodes          for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
1964          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
1965              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
1966                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
1967                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
1968                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
1969                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in y-direction, without corners
1970                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for nowait
1971            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
1972                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
1973                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
1974                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
1975                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
1976            }
1977            // edges in z-direction, without corners
1978    #pragma omp for
1979            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
1980                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
1981                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
1982                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
1983                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
1984            }
1985            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
1986            // below
1987    
1988            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
1989    #pragma omp for nowait
1990            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1991                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1992                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1993                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1994                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
1995                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
1996                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
1997                  }                  }
1998              }              }
1999          }          }
2000    
2001          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2002            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2003    #pragma omp for nowait
2004                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2005                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2006                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2007                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2008                        m_nodeId[nodeIdx]
2009                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2010                    }
2011                }
2012            }
2013            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2014  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2015          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2016              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2017                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2018                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2019                        m_nodeId[nodeIdx]
2020                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2021                    }
2022                }
2023            }
2024            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2025    #pragma omp for nowait
2026                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2027                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2028                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2029                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2030                        m_nodeId[nodeIdx]
2031                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2032                    }
2033                }
2034            }
2035            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2036    #pragma omp for nowait
2037                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2038                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2039                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2040                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2041                        m_nodeId[nodeIdx]
2042                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2043                    }
2044                }
2045            }
2046            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2047    #pragma omp for nowait
2048                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2049                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2050                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2051                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2052                        m_nodeId[nodeIdx]
2053                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2054                    }
2055                }
2056            }
2057            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2058    #pragma omp for nowait
2059                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2060                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2061                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2062                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2063                        m_nodeId[nodeIdx]
2064                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2065                    }
2066                }
2067            }
2068    
2069          // elements          // populate element id's
2070  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2071          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2072              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2073                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2074                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2075                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2076                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2077                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2078                  }                  }
2079              }              }
2080          }          }
# Line 1582  void Brick::populateSampleIds() Line 2085  void Brick::populateSampleIds()
2085              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2086      } // end parallel section      } // end parallel section
2087    
2088    #undef globalNodeId
2089    
2090      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2091      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2092    
# Line 1589  void Brick::populateSampleIds() Line 2094  void Brick::populateSampleIds()
2094      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2095    
2096      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2097      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2098      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2099      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2100      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2101      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2102      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2103          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2104              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2105              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2106              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2107          }          }
2108      }      }
2109      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1614  void Brick::populateSampleIds() Line 2118  void Brick::populateSampleIds()
2118  //private  //private
2119  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2120  {  {
2121      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2122      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2123      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2124      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2125      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2126      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2127    
2128      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2129      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1628  void Brick::createPattern() Line 2132  void Brick::createPattern()
2132      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2133          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2134              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2135                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2136              }              }
2137          }          }
2138      }      }
# Line 1642  void Brick::createPattern() Line 2146  void Brick::createPattern()
2146      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2147      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2148      int numShared=0;      int numShared=0;
2149      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2150      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2151      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2152      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2153          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2154              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1655  void Brick::createPattern() Line 2159  void Brick::createPattern()
2159                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2160                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2161                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2162                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2163                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2164                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2165                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2166                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2167                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2168                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2169                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2170                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2171                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2172                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2173                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2174                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1697  void Brick::createPattern() Line 2201  void Brick::createPattern()
2201                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2202                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2203                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2204                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2205                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2206                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2207                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2208                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1731  void Brick::createPattern() Line 2235  void Brick::createPattern()
2235                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2236                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2237                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2238                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2239                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2240                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2241                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2242                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1755  void Brick::createPattern() Line 2259  void Brick::createPattern()
2259                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2260                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2261                                  }                                  }
2262                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2263                              }                              }
2264                          }                          }
2265                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1763  void Brick::createPattern() Line 2267  void Brick::createPattern()
2267                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2268                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2269                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2270                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2271                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2272                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2273                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2274                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1780  void Brick::createPattern() Line 2284  void Brick::createPattern()
2284                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2285                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2286                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2287                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2288                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2289                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2290                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2291                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2292                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1790  void Brick::createPattern() Line 2295  void Brick::createPattern()
2295                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2296                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2297                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2298                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2299                          }                          }
2300                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2301                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2302                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2303                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2304                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2305                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2306                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2307                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2308                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2309                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2310                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1807  void Brick::createPattern() Line 2313  void Brick::createPattern()
2313                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2314                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2315                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2316                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2317                          }                          }
2318                      } else {                      } else {
2319                          // sharing a node                          // sharing a node
2320                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2321                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2322                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2323                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2324                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2325                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2326                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2327                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2328                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1927  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2433  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2433      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2434      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2435      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2436      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2437      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2438      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2439      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2440      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2441      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2442      if (addF) {      if (addF) {
2443          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2444          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1956  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2462  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2462      if (reduced) {      if (reduced) {
2463          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2464          const double c0 = .125;          const double c0 = .125;
2465  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2466          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2467              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2468                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2469                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2470                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2471                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2472                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2473                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2474                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2475                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2476                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2477                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2478                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2479                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2480                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2481                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2482              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2483          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2484                            memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2485                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2486                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2487                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2488                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2489                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2490                            } // end of component loop i
2491                        } // end of k0 loop
2492                    } // end of k1 loop
2493                } // end of k2 loop
2494            } // end of parallel section
2495      } else {      } else {
2496          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2497          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2498          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2499          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2500          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2501  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2502          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2503              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2504                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2505                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2506                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2507                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2508                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2509                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2510                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2511                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2512                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2513                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2514                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2515                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2516                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2517                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2518                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2519                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2520                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2521                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2522                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2523                      } // end of component loop i                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2524                  } // end of k0 loop                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2525              } // end of k1 loop                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2526          } // end of k2 loop                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2527                                o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2528                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2529                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2530                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2531                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2532                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2533                            } // end of component loop i
2534                        } // end of k0 loop
2535                    } // end of k1 loop
2536                } // end of k2 loop
2537            } // end of parallel section
2538      }      }
2539  }  }
2540    
# Line 2020  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2548  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2548          const double c0 = .25;          const double c0 = .25;
2549  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2550          {          {
2551                vector<double> f_000(numComp);
2552                vector<double> f_001(numComp);
2553                vector<double> f_010(numComp);
2554                vector<double> f_011(numComp);
2555                vector<double> f_100(numComp);
2556                vector<double> f_101(numComp);
2557                vector<double> f_110(numComp);
2558                vector<double> f_111(numComp);
2559              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2560  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2561                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2562                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2563                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2564                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2565                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2566                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2567                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2568                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2569                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);
2570                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2037  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2573  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2573              } // end of face 0              } // end of face 0
2574              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2575  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2576                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2577                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2578                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2579                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2580                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2581                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2582                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2583                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2584                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2585                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2052  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2588  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2588              } // end of face 1              } // end of face 1
2589              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2590  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2591                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2592                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2593                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2594                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2595                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2596                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2597                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2598                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2599                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);
2600                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2067  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2603  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2603              } // end of face 2              } // end of face 2
2604              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2605  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2606                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2607                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2608                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2609                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2610                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2611                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2612                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2613                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2614                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2615                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2082  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2618  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2618              } // end of face 3              } // end of face 3
2619              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2620  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2621                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2622                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2623                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2624                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2625                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2626                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2627                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2628                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2629                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);
2630                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2097  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2633  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2633              } // end of face 4              } // end of face 4
2634              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2635  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2636                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2637                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2638                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2639                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2640                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2641                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2642                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2643                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2644                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);
2645                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2118  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2654  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2654          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2655  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2656          {          {
2657                vector<double> f_000(numComp);
2658                vector<double> f_001(numComp);
2659                vector<double> f_010(numComp);
2660                vector<double> f_011(numComp);
2661                vector<double> f_100(numComp);
2662                vector<double> f_101(numComp);
2663                vector<double> f_110(numComp);
2664                vector<double> f_111(numComp);
2665              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2666  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2667                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2668                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2669                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2670                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2671                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2672                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2673                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2674                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2675                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2676                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2138  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2682  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2682              } // end of face 0              } // end of face 0
2683              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2684  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2685                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2686                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2687                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2688                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2689                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2690                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2691                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2692                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2693                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2694                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2156  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2700  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2700              } // end of face 1              } // end of face 1
2701              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2702  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2703                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2704                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2705                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2706                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2707                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2708                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2709                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2710                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2711                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2712                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2174  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2718  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2718              } // end of face 2              } // end of face 2
2719              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2720  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2721                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2722                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2723                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2724                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2725                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2726                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2727                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2728                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2729                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2730                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2192  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2736  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2736              } // end of face 3              } // end of face 3
2737              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2738  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2739                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2740                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2741                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2742                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2743                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2744                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2745                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2746                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2747                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2748                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2210  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2754  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2754              } // end of face 4              } // end of face 4
2755              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2756  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2757                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2758                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2759                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2760                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2761                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2762                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2763                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2764                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2765                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2766                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2236  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2780  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2780          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
2781          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
2782  {  {
2783      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
2784      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
2785      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
2786      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;
2787      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;
2788      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;
# Line 2429  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2973  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2973      {      {
2974          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
2975  #pragma omp for  #pragma omp for
2976              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
2977                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
2978                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
2979                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
2980                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
2981                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
2982                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
2983                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
2984                          ///////////////                          ///////////////
2985                          // process A //                          // process A //
2986                          ///////////////                          ///////////////
# Line 5320  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 5864  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
5864                          }                          }
5865    
5866                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
5867                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
5868                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
5869                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
5870                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 5336  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 5880  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
5880          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
5881          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
5882  {  {
5883      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
5884      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
5885      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
5886      const double w0 = 0.0625*h1*h2/h0;      const double w0 = 0.0625*h1*h2/h0;
5887      const double w1 = 0.0625*h2;      const double w1 = 0.0625*h2;
5888      const double w2 = -0.0625*h1;      const double w2 = -0.0625*h1;
# Line 5371  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 5915  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
5915      {      {
5916          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
5917  #pragma omp for  #pragma omp for
5918              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
5919                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
5920                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
5921                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
5922                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
5923                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
5924                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
5925                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
5926                          ///////////////                          ///////////////
5927                          // process A //                          // process A //
5928                          ///////////////                          ///////////////
# Line 5760  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 6304  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
6304                          }                          }
6305    
6306                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
6307                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
6308                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
6309                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
6310                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 5776  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 6320  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
6320          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
6321          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
6322  {  {
6323      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
6324      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
6325      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
6326      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
6327      if (!mat)      if (!mat)
6328          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 5977  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 6521  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
6521      {      {
6522          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
6523  #pragma omp for  #pragma omp for
6524              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
6525                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
6526                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
6527                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
6528                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
6529                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
6530                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
6531                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
6532                          ///////////////                          ///////////////
6533                          // process A //                          // process A //
6534                          ///////////////                          ///////////////
# Line 8908  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 9452  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
9452                          }                          }
9453    
9454                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
9455                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
9456                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
9457                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
9458                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 8924  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9468  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9468          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
9469          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
9470  {  {
9471      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
9472      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
9473      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
9474      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
9475      if (!mat)      if (!mat)
9476          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 8967  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9511  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9511      {      {
9512          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
9513  #pragma omp for  #pragma omp for
9514              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
9515                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
9516                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
9517                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
9518                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
9519                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
9520                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
9521                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
9522                          ///////////////                          ///////////////
9523                          // process A //                          // process A //
9524                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9378  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9922  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9922                          }                          }
9923    
9924                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
9925                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
9926                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
9927                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
9928                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 9392  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9936  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9936  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Paso_SystemMatrix* mat,
9937        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
9938  {  {
9939      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
9940      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
9941      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
9942      const double w0 = 0.0018607582807716854616*h1*h2;      const double w0 = 0.0018607582807716854616*h1*h2;
9943      const double w1 = 0.025917019497006092316*h1*h2;      const double w1 = 0.025917019497006092316*h1*h2;
9944      const double w2 = 0.0069444444444444444444*h1*h2;      const double w2 = 0.0069444444444444444444*h1*h2;
# Line 9439  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 9983  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
9983          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
9984              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
9985  #pragma omp for  #pragma omp for
9986                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
9987                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
9988                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
9989                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
9990                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
9991                          ///////////////                          ///////////////
9992                          // process d //                          // process d //
9993                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9552  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10096  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10096                                  EM_F[6]+=tmp0_1;                                  EM_F[6]+=tmp0_1;
10097                              }                              }
10098                          }                          }
10099                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
10100                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10101                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10102                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 9563  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10107  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10107          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
10108              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10109  #pragma omp for  #pragma omp for
10110                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10111                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10112                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10113                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10114                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10115                          ///////////////                          ///////////////
10116                          // process d //                          // process d //
10117                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9676  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10220  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10220                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10221                              }                              }
10222                          }                          }
10223                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
10224                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10225                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10226                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 9687  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10231  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10231          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
10232              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10233  #pragma omp for  #pragma omp for
10234                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10235                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10236                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10237                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10238                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10239                          ///////////////                          ///////////////
10240                          // process d //                          // process d //
10241                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9800  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10344  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10344                                  EM_F[5]+=tmp0_1;                                  EM_F[5]+=tmp0_1;
10345                              }                              }
10346                          }                          }
10347                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
10348                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10349                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10350                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 9811  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10355  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10355          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
10356              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10357  #pragma omp for  #pragma omp for
10358                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10359                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10360                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10361                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10362                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10363                          ///////////////                          ///////////////
10364                          // process d //                          // process d //
10365                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9924  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10468  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10468                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10469                              }                              }
10470                          }                          }
10471                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
10472                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10473                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10474                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 9935  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10479  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10479          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
10480              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10481  #pragma omp for  #pragma omp for
10482                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10483                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10484                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10485                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10486                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10487                          ///////////////                          ///////////////
10488                          // process d //                          // process d //
10489                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10048  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10592  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10592                                  EM_F[3]+=tmp0_1;                                  EM_F[3]+=tmp0_1;
10593                              }                              }
10594                          }                          }
10595                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
10596                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10597                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10598                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10059  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10603  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10603          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
10604              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10605  #pragma omp for  #pragma omp for
10606                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10607                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10608                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10609                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10610                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10611                          ///////////////                          ///////////////
10612                          // process d //                          // process d //
10613                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10172  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10716  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10716                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10717                              }                              }
10718                          }                          }
10719                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
10720                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10721                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10722                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10186  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10730  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10730  void Brick::assemblePDEBoundarySingleReduced(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySingleReduced(Paso_SystemMatrix* mat,
10731        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
10732  {  {
10733      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
10734      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
10735      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
10736      const double w0 = 0.0625*h1*h2;      const double w0 = 0.0625*h1*h2;
10737      const double w1 = 0.25*h1*h2;      const double w1 = 0.25*h1*h2;
10738      const double w2 = 0.0625*h0*h2;      const double w2 = 0.0625*h0*h2;
# Line 10203  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10747  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10747          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
10748              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10749  #pragma omp for  #pragma omp for
10750                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10751                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10752                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10753                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10754                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10755                          ///////////////                          ///////////////
10756                          // process d //                          // process d //
10757                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10244  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10788  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10788                              EM_F[4]+=tmp0_1;                              EM_F[4]+=tmp0_1;
10789                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
10790                          }                          }
10791                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
10792                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10793                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10794                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10255  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10799  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10799          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
10800              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10801  #pragma omp for  #pragma omp for
10802                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10803                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10804                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10805                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10806                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10807                          ///////////////                          ///////////////
10808                          // process d //                          // process d //
10809                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10296  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10840  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10840                              EM_F[5]+=tmp0_1;                              EM_F[5]+=tmp0_1;
10841                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
10842                          }                          }
10843                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
10844                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10845                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10846                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10307  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10851  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10851          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
10852              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10853  #pragma omp for  #pragma omp for
10854                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10855                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10856                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10857                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10858                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10859                          ///////////////                          ///////////////
10860                          // process d //                          // process d //
10861                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10347  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10891  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10891                              EM_F[4]+=tmp0_1;                              EM_F[4]+=tmp0_1;
10892                              EM_F[5]+=tmp0_1;                              EM_F[5]+=tmp0_1;
10893                          }                          }
10894                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
10895                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10896                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10897                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10358  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10902  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10902          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
10903              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10904  #pragma omp for  #pragma omp for
10905                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10906                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10907                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10908                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10909                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10910                          ///////////////                          ///////////////
10911                          // process d //                          // process d //
10912                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10399  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10943  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10943                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
10944                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
10945                          }                          }
10946                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
10947                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10948                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10949                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10410  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10954  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10954          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
10955              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10956  #pragma omp for  #pragma omp for
10957                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10958                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10959                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10960                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10961                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10962                          ///////////////                          ///////////////
10963                          // process d //                          // process d //
10964                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10451  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10995  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10995                              EM_F[2]+=tmp0_1;                              EM_F[2]+=tmp0_1;
10996                              EM_F[3]+=tmp0_1;                              EM_F[3]+=tmp0_1;
10997                          }                          }
10998                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
10999                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11000                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
11001                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10462  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11006  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11006          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
11007              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11008  #pragma omp for  #pragma omp for
11009                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11010                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11011                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
11012                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
11013                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11014                          ///////////////                          ///////////////
11015                          // process d //                          // process d //
11016                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10503  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11047  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11047                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
11048                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
11049                          }                          }
11050                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
11051                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11052                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
11053                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10517  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11061  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11061  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Paso_SystemMatrix* mat,
11062        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
11063  {  {
11064      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
11065      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
11066      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
11067      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
11068      if (!mat)      if (!mat)
11069          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 10571  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11115  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11115          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
11116              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11117  #pragma omp for  #pragma omp for
11118                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11119                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11120                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11121                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11122                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
11123                          ///////////////                          ///////////////
11124                          // process d //                          // process d //
11125                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10698  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11242  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11242                                  }                                  }
11243                              }                              }
11244                          }                          }
11245                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
11246                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11247                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11248                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10709  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11253  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11253          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
11254              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11255  #pragma omp for  #pragma omp for
11256                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11257                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11258                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11259                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11260                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
11261                          ///////////////                          ///////////////
11262                          // process d //                          // process d //
11263                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10836  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11380  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11380                                  }                                  }
11381                              }                              }
11382                          }                          }
11383                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
11384                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11385                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11386                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10847  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11391  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11391          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
11392              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11393  #pragma omp for  #pragma omp for
11394                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11395                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11396                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11397                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11398                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
11399                          ///////////////                          ///////////////
11400                          // process d //                          // process d //
11401                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10974  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11518  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11518                                  }                                  }
11519                              }                              }
11520                          }                          }
11521                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
11522                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11523                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11524                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10985  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11529  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11529          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
11530              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11531  #pragma omp for  #pragma omp for
11532                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11533                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11534                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11535                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11536                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
11537                          ///////////////                          ///////////////
11538                          // process d //                          // process d //
11539                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11112  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11656  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11656                                  }                                  }
11657                              }                              }
11658                          }                          }
11659                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
11660                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11661                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11662                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11123  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11667  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11667          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
11668              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11669  #pragma omp for  #pragma omp for
11670                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11671                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11672                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11673                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11674                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11675                          ///////////////                          ///////////////
11676                          // process d //                          // process d //
11677                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11250  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11794  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11794                                  }                                  }
11795                              }                              }
11796                          }                          }
11797                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
11798                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11799                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11800                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11261  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11805  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11805          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
11806              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11807  #pragma omp for  #pragma omp for
11808                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11809                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11810                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11811                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11812                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11813                          ///////////////                          ///////////////
11814                          // process d //                          // process d //
11815                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11388  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11932  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11932                                  }                                  }
11933                              }                              }
11934                          }                          }
11935                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
11936                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11937                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11938                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11402  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11946  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11946  void Brick::assemblePDEBoundarySystemReduced(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySystemReduced(Paso_SystemMatrix* mat,
11947        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
11948  {  {
11949      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
11950      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
11951      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
11952      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
11953      if (!mat)      if (!mat)
11954          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 11426  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 11970  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
11970          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
11971              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11972  #pragma omp for  #pragma omp for
11973                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11974                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11975                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11976                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11977