/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3806 by caltinay, Mon Feb 6 02:32:48 2012 UTC revision 4357 by caltinay, Thu Apr 11 06:07:14 2013 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    
20    #ifdef USE_NETCDF
21    #include <netcdfcpp.h>
22    #endif
23    
24  #if USE_SILO  #if USE_SILO
25  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 31  extern "C" {
31  #include <iomanip>  #include <iomanip>
32    
33  using namespace std;  using namespace std;
34    using esysUtils::FileWriter;
35    
36  namespace ripley {  namespace ripley {
37    
38  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
39               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :
40      RipleyDomain(3),      RipleyDomain(3)
     m_gNE0(n0),  
     m_gNE1(n1),  
     m_gNE2(n2),  
     m_x0(x0),  
     m_y0(y0),  
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0),  
     m_NX(d0),  
     m_NY(d1),  
     m_NZ(d2)  
41  {  {
42        // ignore subdivision parameters for serial run
43        if (m_mpiInfo->size == 1) {
44            d0=1;
45            d1=1;
46            d2=1;
47        }
48    
49        bool warn=false;
50        // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
51        // ratio as the number of elements
52        if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
53            warn=true;
54            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
55            d0=max(1, d0);
56            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
57            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
58            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
59                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
60                // dividing 2 sides only
61                if (n0>=n1) {
62                    if (n1>=n2) {
63                        d0=d1=0;
64                        d2=1;
65                    } else {
66                        d0=d2=0;
67                        d1=1;
68                    }
69                } else {
70                    if (n0>=n2) {
71                        d0=d1=0;
72                        d2=1;
73                    } else {
74                        d0=1;
75                        d1=d2=0;
76                    }
77                }
78            }
79        }
80        if (d0<=0 && d1<=0) {
81            warn=true;
82            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
83            d1=m_mpiInfo->size/d0;
84            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
85                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
86                if (n0>n1) {
87                    d0=0;
88                    d1=1;
89                } else {
90                    d0=1;
91                    d1=0;
92                }
93            }
94        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
95            warn=true;
96            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
97            d2=m_mpiInfo->size/d0;
98            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
99                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
100                if (n0>n2) {
101                    d0=0;
102                    d2=1;
103                } else {
104                    d0=1;
105                    d2=0;
106                }
107            }
108        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
109            warn=true;
110            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
111            d2=m_mpiInfo->size/d1;
112            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
113                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
114                if (n1>n2) {
115                    d1=0;
116                    d2=1;
117                } else {
118                    d1=1;
119                    d2=0;
120                }
121            }
122        }
123        if (d0<=0) {
124            // d1,d2 are preset, determine d0
125            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
126        } else if (d1<=0) {
127            // d0,d2 are preset, determine d1
128            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
129        } else if (d2<=0) {
130            // d0,d1 are preset, determine d2
131            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
132        }
133    
134      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
135      // among number of ranks      // among number of ranks
136      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
137          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
138    
139      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
140          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
141                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
142        }
143    
144        double l0 = x1-x0;
145        double l1 = y1-y0;
146        double l2 = z1-z0;
147        m_dx[0] = l0/n0;
148        m_dx[1] = l1/n1;
149        m_dx[2] = l2/n2;
150    
151        if ((n0+1)%d0 > 0) {
152            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
153            l0=m_dx[0]*n0;
154            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
155                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
156        }
157        if ((n1+1)%d1 > 0) {
158            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
159            l1=m_dx[1]*n1;
160            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
161                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
162        }
163        if ((n2+1)%d2 > 0) {
164            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
165            l2=m_dx[2]*n2;
166            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
167                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
168        }
169    
170      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
171          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
172    
173        m_gNE[0] = n0;
174        m_gNE[1] = n1;
175        m_gNE[2] = n2;
176        m_origin[0] = x0;
177        m_origin[1] = y0;
178        m_origin[2] = z0;
179        m_length[0] = l0;
180        m_length[1] = l1;
181        m_length[2] = l2;
182        m_NX[0] = d0;
183        m_NX[1] = d1;
184        m_NX[2] = d2;
185    
186      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
187      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
188      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
189          m_NE0++;          m_NE[0]++;
190      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
191          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
192    
193      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
194      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
195          m_NE1++;          m_NE[1]++;
196      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
197          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
198    
199      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
200      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
201          m_NE2++;          m_NE[2]++;
202      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
203          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
204    
205      // local number of nodes      // local number of nodes
206      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
207      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
208      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
209    
210      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
211      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
212      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
213          m_offset0--;          m_offset[0]--;
214      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
215      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
216          m_offset1--;          m_offset[1]--;
217      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
218      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
219          m_offset2--;          m_offset[2]--;
220    
221      populateSampleIds();      populateSampleIds();
222      createPattern();      createPattern();
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 239  bool Brick::operator==(const AbstractDom
239      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
240      if (o) {      if (o) {
241          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
242                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
243                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
244                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
245                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
246      }      }
247    
248      return false;      return false;
249  }  }
250    
251    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
252                const vector<int>& first, const vector<int>& numValues,
253                const vector<int>& multiplier) const
254    {
255    #ifdef USE_NETCDF
256        // check destination function space
257        int myN0, myN1, myN2;
258        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
259            myN0 = m_NN[0];
260            myN1 = m_NN[1];
261            myN2 = m_NN[2];
262        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
263                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
264            myN0 = m_NE[0];
265            myN1 = m_NE[1];
266            myN2 = m_NE[2];
267        } else
268            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
269    
270        if (first.size() != 3)
271            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
272    
273        if (numValues.size() != 3)
274            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
275    
276        if (multiplier.size() != 3)
277            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
278        for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)
279            if (multiplier[i]<1)
280                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
281    
282        // check file existence and size
283        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
284        if (!f.is_valid())
285            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
286    
287        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
288        if (!var)
289            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
290    
291        // TODO: rank>0 data support
292        const int numComp = out.getDataPointSize();
293        if (numComp > 1)
294            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
295    
296        const int dims = var->num_dims();
297        const long *edges = var->edges();
298    
299        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
300        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
301        if ( (dims==3 && (numValues[2] > edges[0] || numValues[1] > edges[1]
302                          || numValues[0] > edges[2]))
303                || (dims==2 && numValues[2]>1)
304                || (dims==1 && (numValues[2]>1 || numValues[1]>1)) ) {
305            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
306        }
307    
308        // check if this rank contributes anything
309        if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
310                first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
311                first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
312            return;
313        }
314    
315        // now determine how much this rank has to write
316    
317        // first coordinates in data object to write to
318        const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
319        const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
320        const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
321        // indices to first value in file
322        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
323        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
324        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
325        // number of values to read
326        const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
327        const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
328        const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);
329    
330        vector<double> values(num0*num1*num2);
331        if (dims==3) {
332            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
333            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
334        } else if (dims==2) {
335            var->set_cur(idx1, idx0);
336            var->get(&values[0], num1, num0);
337        } else {
338            var->set_cur(idx0);
339            var->get(&values[0], num0);
340        }
341    
342        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
343        out.requireWrite();
344    
345        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
346            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
347    #pragma omp parallel for
348                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
349                    const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]
350                                            +(first1+y*multiplier[1])*myN0
351                                            +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;
352                    const int srcIndex=z*num1*num0+y*num0+x;
353                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
354                        for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {
355                            for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {
356                                for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {
357                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
358                                                   +m1*myN0
359                                                   +m2*myN0*myN1;
360                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
361                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
362                                        *dest++ = values[srcIndex];
363                                    }
364                                }
365                            }
366                        }
367                    }
368                }
369            }
370        }
371    #else
372        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
373    #endif
374    }
375    
376    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
377                               const vector<int>& first,
378                               const vector<int>& numValues,
379                               const vector<int>& multiplier) const
380    {
381        // check destination function space
382        int myN0, myN1, myN2;
383        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
384            myN0 = m_NN[0];
385            myN1 = m_NN[1];
386            myN2 = m_NN[2];
387        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
388                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
389            myN0 = m_NE[0];
390            myN1 = m_NE[1];
391            myN2 = m_NE[2];
392        } else
393            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
394    
395        if (first.size() != 3)
396            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
397    
398        if (numValues.size() != 3)
399            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
400    
401        if (multiplier.size() != 3)
402            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
403        for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)
404            if (multiplier[i]<1)
405                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
406    
407        // check file existence and size
408        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
409        if (f.fail()) {
410            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
411        }
412        f.seekg(0, ios::end);
413        const int numComp = out.getDataPointSize();
414        const int filesize = f.tellg();
415        const int reqsize = numValues[0]*numValues[1]*numValues[2]*numComp*sizeof(float);
416        if (filesize < reqsize) {
417            f.close();
418            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
419        }
420    
421        // check if this rank contributes anything
422        if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
423                first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
424                first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
425            f.close();
426            return;
427        }
428    
429        // now determine how much this rank has to write
430    
431        // first coordinates in data object to write to
432        const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
433        const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
434        const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
435        // indices to first value in file
436        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
437        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
438        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
439        // number of values to read
440        const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
441        const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
442        const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);
443    
444        out.requireWrite();
445        vector<float> values(num0*numComp);
446        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
447    
448        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
449            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
450                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*numValues[0]+(idx2+z)*numValues[0]*numValues[1]);
451                f.seekg(fileofs*sizeof(float));
452                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(float));
453    
454                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
455                    const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]
456                                            +(first1+y*multiplier[1])*myN0
457                                            +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;
458                    for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {
459                        for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {
460                            for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {
461                                const int dataIndex = baseIndex+m0
462                                               +m1*myN0
463                                               +m2*myN0*myN1;
464                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
465                                for (index_t c=0; c<numComp; c++) {
466                                    if (!::isnan(values[x*numComp+c])) {
467                                        for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
468                                            *dest++ = static_cast<double>(values[x*numComp+c]);
469                                        }
470                                    }
471                                }
472                            }
473                        }
474                    }
475                }
476            }
477        }
478    
479        f.close();
480    }
481    
482    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
483                                int byteOrder, int dataType) const
484    {
485        // the mapping is not universally correct but should work on our
486        // supported platforms
487        switch (dataType) {
488            case DATATYPE_INT32:
489                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
490                break;
491            case DATATYPE_FLOAT32:
492                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
493                break;
494            case DATATYPE_FLOAT64:
495                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
496                break;
497            default:
498                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
499        }
500    }
501    
502    template<typename ValueType>
503    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
504                                    const string& filename, int byteOrder) const
505    {
506        // check function space and determine number of points
507        int myN0, myN1, myN2;
508        int totalN0, totalN1, totalN2;
509        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
510            myN0 = m_NN[0];
511            myN1 = m_NN[1];
512            myN2 = m_NN[2];
513            totalN0 = m_gNE[0]+1;
514            totalN1 = m_gNE[1]+1;
515            totalN2 = m_gNE[2]+1;
516        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
517                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
518            myN0 = m_NE[0];
519            myN1 = m_NE[1];
520            myN2 = m_NE[2];
521            totalN0 = m_gNE[0];
522            totalN1 = m_gNE[1];
523            totalN2 = m_gNE[2];
524        } else
525            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
526    
527        const int numComp = in.getDataPointSize();
528        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
529        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
530    
531        if (numComp > 1 || dpp > 1)
532            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
533    
534        escript::Data* _in = const_cast<escript::Data*>(&in);
535    
536        // from here on we know that each sample consists of one value
537        FileWriter* fw = new FileWriter();
538        fw->openFile(filename, fileSize);
539        MPIBarrier();
540    
541        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
542            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
543                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
544                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
545                ostringstream oss;
546    
547                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
548                    const double* sample = _in->getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
549                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
550                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
551                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
552                    } else {
553                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
554                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
555                    }
556                }
557                fw->writeAt(oss, fileofs);
558            }
559        }
560        fw->close();
561    }
562    
563  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
564  {  {
565  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 620  void Brick::dump(const string& fileName)
620      }      }
621      */      */
622    
623      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
624      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
625      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
626      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
627  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
628      {      {
629  #pragma omp for  #pragma omp for
630          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
631              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
632          }          }
633  #pragma omp for  #pragma omp for
634          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
635              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
636          }          }
637  #pragma omp for  #pragma omp for
638          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
639              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
640          }          }
641      }      }
642      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
643      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
644        // write mesh
645        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
646              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
647    
648      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
649        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
650              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
651    
652      // write element ids      // write element ids
653      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
654      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
655              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
656    
657      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
658      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 745  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
745          case ReducedElements:          case ReducedElements:
746              {              {
747                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
748                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
749                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
750                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
751                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
752              }              }
753          case FaceElements:          case FaceElements:
754          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
755              {              {
756                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
757                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
758                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
759                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
760                      if (id<n) {                      if (id<n) {
761                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
762                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
763                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
764                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
765                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
766                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
767                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
768                          } else { // left or right                          } else { // left or right
769                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
770                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
771                          }                          }
772                      }                      }
773                  }                  }
# Line 352  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 790  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
790          {          {
791              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
792  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
793                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
794                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
795                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
796                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
797                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
798                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 804  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
804    
805              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
806  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
807                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
808                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
809                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
810                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
811                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
812                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 818  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
818    
819              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
820  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
821                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
822                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
823                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
824                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
825                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
826                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 832  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
832    
833              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
834  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
835                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
836                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
837                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
838                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
839                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
840                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 846  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
846    
847              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
848  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
849                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
850                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
851                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
852                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
853                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
854                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 860  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
860    
861              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
862  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
863                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
864                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
865                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
866                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
867                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
868                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 878  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
878          {          {
879              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
880  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
881                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
882                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
883                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
884                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
885                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
886                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 890  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
890    
891              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
892  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
893                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
894                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
895                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
896                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
897                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
898                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 902  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
902    
903              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
904  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
905                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
906                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
907                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
908                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
909                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
910                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 914  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
914    
915              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
916  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
917                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
918                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
919                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
920                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
921                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
922                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 926  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
926    
927              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
928  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
929                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
930                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
931                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
932                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
933                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
934                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 938  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
938    
939              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
940  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
941                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
942                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
943                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
944                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
945                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
946                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 963  void Brick::setToSize(escript::Data& out
963              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
964          out.requireWrite();          out.requireWrite();
965          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
966          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=sqrt(xSize*xSize+ySize*ySize+zSize*zSize);  
967  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
968          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
969              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 973  void Brick::setToSize(escript::Data& out
973              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
974          out.requireWrite();          out.requireWrite();
975          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
976  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
977          {          {
978              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
979                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
980  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
981                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
982                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
983                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
984                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
985                      }                      }
986                  }                  }
987              }              }
988    
989              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
990                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
991  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
992                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
993                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
994                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
995                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
996                      }                      }
997                  }                  }
998              }              }
999    
1000              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1001                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1002  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1003                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1004                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1005                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1006                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1007                      }                      }
1008                  }                  }
1009              }              }
1010    
1011              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1012                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1013  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1014                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1015                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1016                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1017                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1018                      }                      }
1019                  }                  }
1020              }              }
1021    
1022              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1023                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1024  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1025                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1026                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1027                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1028                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1029                      }                      }
1030                  }                  }
1031              }              }
1032    
1033              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1034                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1035  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1036                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1037                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1038                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1039                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1040                      }                      }
1041                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1050  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1050      }      }
1051  }  }
1052    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1053  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1054  {  {
1055      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1057  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1057          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1058          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1059          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1060          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1061              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1062                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1063                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1064                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1065          }          }
1066      }      }
1067  }  }
1068    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1069    
1070  //protected  //protected
1071  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1077  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1077      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1078          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1079    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1080      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1081  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1082      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1083          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1084              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1085                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1086                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1087                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1088                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1089              }              }
1090          }          }
1091      }      }
# Line 757  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1095  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1095  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const
1096  {  {
1097      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1098      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
1099      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
1100      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
1101      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1102      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1103      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 770  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1108  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1108    
1109      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1110          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1111  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1112          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1113              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1114                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1115                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1116                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1117                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1118                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1119                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1120                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1121                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1122                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1123                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1124                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1125                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1126                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1127                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1128                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1129                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1130                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1131                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1132                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1133                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1134                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1135                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;
1136                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;
1137                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;
1138                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;
1139                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;
1140                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;
1141                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;
1142                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;
1143                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;
1144                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;
1145                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;
1146                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;
1147                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1148                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1149                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1150                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1151                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1152                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1153                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1154                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1155                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1156                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1157                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1158                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1159                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1160                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1161                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1162                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1163              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1164          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1165                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1166                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1167                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1168                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1169                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1170                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1171                            } // end of component loop i
1172                        } // end of k0 loop
1173                    } // end of k1 loop
1174                } // end of k2 loop
1175            } // end of parallel section
1176      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1177          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1178  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1179          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1180              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1181                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1182                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1183                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1184                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1185                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1186                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1187                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1188                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1189                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1190                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1191                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1192                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1193                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1194                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1195                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1196                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1197              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1198          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1199                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1200                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1201                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1202                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1203                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
1204                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;
1205                            } // end of component loop i
1206                        } // end of k0 loop
1207                    } // end of k1 loop
1208                } // end of k2 loop
1209            } // end of parallel section
1210      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1211          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1212  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1213          {          {
1214                vector<double> f_000(numComp);
1215                vector<double> f_001(numComp);
1216                vector<double> f_010(numComp);
1217                vector<double> f_011(numComp);
1218                vector<double> f_100(numComp);
1219                vector<double> f_101(numComp);
1220                vector<double> f_110(numComp);
1221                vector<double> f_111(numComp);
1222              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1223  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1224                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1225                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1226                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1227                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1228                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1229                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1230                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1231                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1232                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1233                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1234                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1235                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1236                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;
1237                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1255  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1255              } // end of face 0              } // end of face 0
1256              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1257  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1258                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1259                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1260                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1261                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1262                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1263                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1264                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1265                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1266                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1267                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1268                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1269                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1270                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;
1271                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1289  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1289              } // end of face 1              } // end of face 1
1290              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1291  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1292                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1293                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1294                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1295                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1296                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1297                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1298                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1299                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1300                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1301                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1302                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1303                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1304                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;
1305                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1322  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1322              } // end of face 2              } // end of face 2
1323              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1324  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1325                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1326                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1327                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1328                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1329                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1330                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1331                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1332                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1333                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1334                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1335                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1336                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1337                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;
1338                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1356  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1356              } // end of face 3              } // end of face 3
1357              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1358  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1359                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1360                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1361                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1362                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1363                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1364                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1365                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1366                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1367                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1368                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1369                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1370                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1371                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;
1372                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;
# Line 1022  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1390  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1390              } // end of face 4              } // end of face 4
1391              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1392  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1393                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1394                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1395                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1396                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1397                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1398                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1399                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1400                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1401                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1402                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1403                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1404                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1405                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;
1406                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1427  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1427          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1428  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1429          {          {
1430                vector<double> f_000(numComp);
1431                vector<double> f_001(numComp);
1432                vector<double> f_010(numComp);
1433                vector<double> f_011(numComp);
1434                vector<double> f_100(numComp);
1435                vector<double> f_101(numComp);
1436                vector<double> f_110(numComp);
1437                vector<double> f_111(numComp);
1438              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1439  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1440                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1441                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1442                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1443                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1444                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1445                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1446                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1447                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1448                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1449                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1450                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1451                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1452                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1453                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;
# Line 1082  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1458  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1458              } // end of face 0              } // end of face 0
1459              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1460  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1461                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1462                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1463                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1464                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1465                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1466                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1467                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1468                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1469                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1470                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1471                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1472                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1473                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1474                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;
# Line 1103  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1479  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1479              } // end of face 1              } // end of face 1
1480              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1481  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1482                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1483                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1484                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1485                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1486                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1487                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1488                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1489                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1490                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1491                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1492                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1493                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1494                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;
1495                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
# Line 1124  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1500  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1500              } // end of face 2              } // end of face 2
1501              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1502  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1503                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1504                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1505                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1507                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1508                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1510                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1511                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1512                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1513                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1514                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1515                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;
1516                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
# Line 1145  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1521  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1521              } // end of face 3              } // end of face 3
1522              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1523  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1524                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1525                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1526                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1527                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1528                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1529                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1530                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1531                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1532                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1533                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1534                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1535                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1536                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;
1537                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;
# Line 1166  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1542  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1542              } // end of face 4              } // end of face 4
1543              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1544  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1545                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1546                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1547                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1548                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1549                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1550                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1551                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1552                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1553                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1554                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1555                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1556                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1557                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;
1558                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;
# Line 1193  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1569  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1569  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const
1570  {  {
1571      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1572      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
1573      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
1574      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
1575      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1576      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1577      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1578      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1579      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1580          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;
# Line 1206  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1582  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1582          {          {
1583              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1584  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1585              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1586                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1587                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1588                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1589                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1590                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1591                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1236  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1612  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1612          {          {
1613              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1614  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1615              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1616                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1617                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1618                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1619                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1620                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1621                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1261  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1637  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1637              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1638              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1639  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1640                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1641                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1642                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1643                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1644                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1645                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1277  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1653  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1653    
1654              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1655  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1656                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1657                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1658                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1659                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1660                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1661                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1293  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1669  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1669    
1670              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1671  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1672                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1673                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1674                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1675                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1676                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1677                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1309  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1685  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1685    
1686              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1687  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1688                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1689                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1690                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1691                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1692                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1693                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1325  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1701  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1701    
1702              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1703  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1704                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1705                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1706                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1707                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1708                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1709                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1341  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1717  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1717    
1718              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1719  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1720                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1721                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1722                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1723                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1724                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1725                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1369  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1745  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1745              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1746              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1747  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1748                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1749                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1750                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1751                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1752                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1753                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1381  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1757  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1757    
1758              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1759  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1760                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1761                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1762                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1763                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1764                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1765                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1393  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1769  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1769    
1770              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1771  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1772                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1773                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1774                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1775                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1776                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1777                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1405  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1781  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1781    
1782              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1783  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1784                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1785                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1786                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1787                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1788                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1789                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1417  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1793  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1793    
1794              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1795  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1796                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1797                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1798                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1799                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1800                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1801                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1429  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1805  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1805    
1806              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1807  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1808                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1809                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1810                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1811                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1812                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1813                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1449  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1825  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1825  //protected  //protected
1826  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1827  {  {
1828      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1829      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1830      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1831      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1832      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1833      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1486  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1862  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1862      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1863      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1864    
1865      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1866      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1867      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1868      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1869      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1870      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1871  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1872      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1873          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1874              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1875                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1876                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1877                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1878              }              }
# Line 1523  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1899  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1899                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1900          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1901      }      }
1902        Paso_Coupler_free(coupler);
1903  }  }
1904    
1905  //private  //private
1906  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1907  {  {
1908      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1909      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1910        // left-right, bottom-top, front-back).
1911        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1912        // helps when writing out data rank after rank.
1913    
1914      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1915      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1543  void Brick::populateSampleIds() Line 1923  void Brick::populateSampleIds()
1923      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1924      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1925      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1926    
1927        // populate face element counts
1928        //left
1929        if (m_offset[0]==0)
1930            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1931        else
1932            m_faceCount[0]=0;
1933        //right
1934        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1935            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1936        else
1937            m_faceCount[1]=0;
1938        //bottom
1939        if (m_offset[1]==0)
1940            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1941        else
1942            m_faceCount[2]=0;
1943        //top
1944        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
1945            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
1946        else
1947            m_faceCount[3]=0;
1948        //front
1949        if (m_offset[2]==0)
1950            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
1951        else
1952            m_faceCount[4]=0;
1953        //back
1954        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
1955            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
1956        else
1957            m_faceCount[5]=0;
1958    
1959      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
1960    
1961        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1962        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1963        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1964        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1965        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1966        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1967    
1968        // the following is a compromise between efficiency and code length to
1969        // set the node id's according to the order mentioned above.
1970        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
1971        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
1972        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
1973        // the 6 faces are set but only if required...
1974    
1975    #define globalNodeId(x,y,z) \
1976        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
1977        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
1978        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
1979    
1980  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1981      {      {
1982            // set edge id's
1983            // edges in x-direction, including corners
1984  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1985          // nodes          for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
1986          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
1987              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
1988                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
1989                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
1990                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
1991                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in y-direction, without corners
1992                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for nowait
1993            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
1994                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
1995                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
1996                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
1997                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
1998            }
1999            // edges in z-direction, without corners
2000    #pragma omp for
2001            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2002                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2003                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2004                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2005                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2006            }
2007            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2008            // below
2009    
2010            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2011    #pragma omp for nowait
2012            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2013                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2014                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2015                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2016                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2017                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2018                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
2019                  }                  }
2020              }              }
2021          }          }
2022    
2023          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2024            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2025    #pragma omp for nowait
2026                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2027                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2028                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2029                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2030                        m_nodeId[nodeIdx]
2031                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2032                    }
2033                }
2034            }
2035            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2036    #pragma omp for nowait
2037                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2038                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2039                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2040                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2041                        m_nodeId[nodeIdx]
2042                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2043                    }
2044                }
2045            }
2046            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2047  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2048          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2049              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2050                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2051                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2052                        m_nodeId[nodeIdx]
2053                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2054                    }
2055                }
2056            }
2057            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2058    #pragma omp for nowait
2059                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2060                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2061                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2062                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2063                        m_nodeId[nodeIdx]
2064                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2065                    }
2066                }
2067            }
2068            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2069    #pragma omp for nowait
2070                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2071                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2072                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2073                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2074                        m_nodeId[nodeIdx]
2075                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2076                    }
2077                }
2078            }
2079            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2080    #pragma omp for nowait
2081                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2082                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2083                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2084                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2085                        m_nodeId[nodeIdx]
2086                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2087                    }
2088                }
2089            }
2090    
2091          // elements          // populate element id's
2092  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2093          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2094              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2095                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2096                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2097                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2098                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2099                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2100                  }                  }
2101              }              }
2102          }          }
# Line 1584  void Brick::populateSampleIds() Line 2107  void Brick::populateSampleIds()
2107              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2108      } // end parallel section      } // end parallel section
2109    
2110    #undef globalNodeId
2111    
2112      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2113      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2114    
# Line 1591  void Brick::populateSampleIds() Line 2116  void Brick::populateSampleIds()
2116      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2117    
2118      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2119      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2120      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2121      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2122      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2123      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2124      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2125          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2126              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2127              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2128              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2129          }          }
2130      }      }
2131      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1616  void Brick::populateSampleIds() Line 2140  void Brick::populateSampleIds()
2140  //private  //private
2141  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2142  {  {
2143      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2144      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2145      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2146      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2147      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2148      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2149    
2150      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2151      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1630  void Brick::createPattern() Line 2154  void Brick::createPattern()
2154      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2155          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2156              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2157                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2158              }              }
2159          }          }
2160      }      }
# Line 1644  void Brick::createPattern() Line 2168  void Brick::createPattern()
2168      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2169      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2170      int numShared=0;      int numShared=0;
2171      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2172      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2173      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2174      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2175          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2176              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1657  void Brick::createPattern() Line 2181  void Brick::createPattern()
2181                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2182                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2183                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2184                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2185                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2186                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2187                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2188                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2189                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2190                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2191                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2192                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2193                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2194                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2195                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2196                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1699  void Brick::createPattern() Line 2223  void Brick::createPattern()
2223                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2224                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2225                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2226                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2227                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2228                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2229                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2230                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1733  void Brick::createPattern() Line 2257  void Brick::createPattern()
2257                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2258                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2259                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2260                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2261                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2262                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2263                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2264                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1757  void Brick::createPattern() Line 2281  void Brick::createPattern()
2281                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2282                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2283                                  }                                  }
2284                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2285                              }                              }
2286                          }                          }
2287                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1765  void Brick::createPattern() Line 2289  void Brick::createPattern()
2289                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2290                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2291                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2292                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2293                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2294                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2295                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2296                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1782  void Brick::createPattern() Line 2306  void Brick::createPattern()
2306                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2307                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2308                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2309                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2310                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2311                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2312                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2313                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2314                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1792  void Brick::createPattern() Line 2317  void Brick::createPattern()
2317                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2318                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2319                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2320                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2321                          }                          }
2322                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2323                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2324                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2325                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2326                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2327                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2328                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2329                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2330                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2331                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2332                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1809  void Brick::createPattern() Line 2335  void Brick::createPattern()
2335                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2336                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2337                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2338                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2339                          }                          }
2340                      } else {                      } else {
2341                          // sharing a node                          // sharing a node
2342                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2343                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2344                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2345                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2346                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2347                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2348                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2349                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2350                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1929  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2455  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2455      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2456      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2457      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2458      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2459      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2460      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2461      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2462      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2463      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2464      if (addF) {      if (addF) {
2465          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2466          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1958  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2484  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2484      if (reduced) {      if (reduced) {
2485          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2486          const double c0 = .125;          const double c0 = .125;
2487  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2488          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2489              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2490                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2491                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2492                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2493                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2494                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2495                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2496                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2497                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2498                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2499                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2500                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2501                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2502                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2503                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2504              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2505          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2506                            memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2507                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2508                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2509                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2510                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2511                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2512                            } // end of component loop i
2513                        } // end of k0 loop
2514                    } // end of k1 loop
2515                } // end of k2 loop
2516            } // end of parallel section
2517      } else {      } else {
2518          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2519          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2520          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2521          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2522          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2523  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2524          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2525              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2526                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2527                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2528                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2529                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2530                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2531                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2532                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2533                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2534                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2535                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2536                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2537                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2538                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2539                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2540                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2541                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2542                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2543                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2544                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2545                      } // end of component loop i                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2546                  } // end of k0 loop                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2547              } // end of k1 loop                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2548          } // end of k2 loop                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2549                                o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2550                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2551                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2552                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2553                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2554                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2555                            } // end of component loop i
2556                        } // end of k0 loop
2557                    } // end of k1 loop
2558                } // end of k2 loop
2559            } // end of parallel section
2560      }      }
2561  }  }
2562    
# Line 2022  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2570  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2570          const double c0 = .25;          const double c0 = .25;
2571  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2572          {          {
2573                vector<double> f_000(numComp);
2574                vector<double> f_001(numComp);
2575                vector<double> f_010(numComp);
2576                vector<double> f_011(numComp);
2577                vector<double> f_100(numComp);
2578                vector<double> f_101(numComp);
2579                vector<double> f_110(numComp);
2580                vector<double> f_111(numComp);
2581              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2582  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2583                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2584                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2585                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2586                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2587                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2588                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2589                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2590                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2591                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);
2592                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2039  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2595  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2595              } // end of face 0              } // end of face 0
2596              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2597  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2598                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2599                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2600                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2601                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2602                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2603                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2604                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2605                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2606                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2607                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2054  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2610  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2610              } // end of face 1              } // end of face 1
2611              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2612  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2613                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2614                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2615                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2616                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2617                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2618                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2619                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2620                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2621                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);
2622                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2069  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2625  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2625              } // end of face 2              } // end of face 2
2626              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2627  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2628                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2629                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2630                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2631                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2632                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2633                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2634                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2635                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2636                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2637                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2084  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2640  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2640              } // end of face 3              } // end of face 3
2641              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2642  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2643                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2644                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2645                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2646                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2647                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2648                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2649                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2650                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2651                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);
2652                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2099  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2655  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2655              } // end of face 4              } // end of face 4
2656              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2657  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2658                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2659                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2660                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2661                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2662                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2663                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2664                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2665                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2666                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);
2667                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2120  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2676  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2676          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2677  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2678          {          {
2679                vector<double> f_000(numComp);
2680                vector<double> f_001(numComp);
2681                vector<double> f_010(numComp);
2682                vector<double> f_011(numComp);
2683                vector<double> f_100(numComp);
2684                vector<double> f_101(numComp);
2685                vector<double> f_110(numComp);
2686                vector<double> f_111(numComp);
2687              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2688  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2689                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2690                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2691                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2692                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2693                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2694                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2695                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2696                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2697                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2698                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2140  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2704  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2704              } // end of face 0              } // end of face 0
2705              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2706  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2707                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2708                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2709                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2710                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2711                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2712                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2713                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2714                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2715                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2716                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2158  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2722  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2722              } // end of face 1              } // end of face 1
2723              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2724  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2725                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2726                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2727                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2728                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2729                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2730                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2731                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2732                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2733                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2734                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2176  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2740  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2740              } // end of face 2              } // end of face 2
2741              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2742  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2743                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2744                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2745                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2746                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2747                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2748                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2749                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2750                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2751                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2752                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2194  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2758  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2758              } // end of face 3              } // end of face 3
2759              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2760  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2761                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2762                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2763                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2764                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2765                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2766                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2767                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2768                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2769                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2770                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2212  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2776  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2776              } // end of face 4              } // end of face 4
2777              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2778  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2779                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2780                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2781                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2782                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2783                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2784                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2785                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2786                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2787                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2788                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2238  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2802  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2802          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
2803          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
2804  {  {
2805      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
2806      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
2807      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
2808      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;
2809      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;
2810      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;
# Line 2431  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2995  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2995      {      {
2996          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
2997  #pragma omp for  #pragma omp for
2998              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
2999                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
3000                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
3001                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
3002                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
3003                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
3004                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
3005                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
3006                          ///////////////                          ///////////////
3007                          // process A //                          // process A //
3008                          ///////////////                          ///////////////
# Line 5322  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 5886  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
5886                          }                          }
5887    
5888                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
5889                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
5890                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
5891                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
5892                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 5338  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 5902  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
5902          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
5903          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
5904  {  {
5905      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
5906      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
5907      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
5908      const double w0 = 0.0625*h1*h2/h0;      const double w0 = 0.0625*h1*h2/h0;
5909      const double w1 = 0.0625*h2;      const double w1 = 0.0625*h2;
5910      const double w2 = -0.0625*h1;      const double w2 = -0.0625*h1;
# Line 5373  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 5937  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
5937      {      {
5938          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
5939  #pragma omp for  #pragma omp for
5940              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
5941                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
5942                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
5943                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
5944                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
5945                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
5946                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
5947                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
5948                          ///////////////                          ///////////////
5949                          // process A //                          // process A //
5950                          ///////////////                          ///////////////
# Line 5762  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 6326  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
6326                          }                          }
6327    
6328                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
6329                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
6330                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
6331                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
6332                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 5778  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 6342  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
6342          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
6343          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
6344  {  {
6345      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
6346      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
6347      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
6348      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
6349      if (!mat)      if (!mat)
6350          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 5979  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 6543  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
6543      {      {
6544          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
6545  #pragma omp for  #pragma omp for
6546              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
6547                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
6548                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
6549                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
6550                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
6551                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
6552                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
6553                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
6554                          ///////////////                          ///////////////
6555                          // process A //                          // process A //
6556                          ///////////////                          ///////////////
# Line 8910  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 9474  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
9474                          }                          }
9475    
9476                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
9477                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
9478                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
9479                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
9480                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 8926  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9490  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9490          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
9491          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
9492  {  {
9493      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
9494      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
9495      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
9496      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
9497      if (!mat)      if (!mat)
9498          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 8969  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9533  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9533      {      {
9534          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
9535  #pragma omp for  #pragma omp for
9536              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
9537                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
9538                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
9539                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
9540                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
9541                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
9542                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
9543                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
9544                          ///////////////                          ///////////////
9545                          // process A //                          // process A //
9546                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9380  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9944  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9944                          }                          }
9945    
9946                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
9947                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
9948                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
9949                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
9950                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 9394  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9958  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9958  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Paso_SystemMatrix* mat,
9959        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
9960  {  {
9961      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
9962      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
9963      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
9964      const double w0 = 0.0018607582807716854616*h1*h2;      const double w0 = 0.0018607582807716854616*h1*h2;
9965      const double w1 = 0.025917019497006092316*h1*h2;      const double w1 = 0.025917019497006092316*h1*h2;
9966      const double w2 = 0.0069444444444444444444*h1*h2;      const double w2 = 0.0069444444444444444444*h1*h2;
# Line 9441  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10005  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10005          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
10006              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10007  #pragma omp for  #pragma omp for
10008                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10009                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10010                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10011                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10012                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10013                          ///////////////                          ///////////////
10014                          // process d //                          // process d //
10015                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9554  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10118  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10118                                  EM_F[6]+=tmp0_1;                                  EM_F[6]+=tmp0_1;
10119                              }                              }
10120                          }                          }
10121                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
10122                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10123                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10124                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 9565  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10129  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10129          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
10130              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10131  #pragma omp for  #pragma omp for
10132                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10133                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10134                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10135                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10136                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10137                          ///////////////                          ///////////////
10138                          // process d //                          // process d //
10139                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9678  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10242  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10242                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10243                              }                              }
10244                          }                          }
10245                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
10246                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10247                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10248                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 9689  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10253  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10253          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
10254              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10255  #pragma omp for  #pragma omp for
10256                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10257                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10258                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10259                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10260                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10261                          ///////////////                          ///////////////
10262                          // process d //                          // process d //
10263                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9802  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10366  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10366                                  EM_F[5]+=tmp0_1;                                  EM_F[5]+=tmp0_1;
10367                              }                              }
10368                          }                          }
10369                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
10370                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10371                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10372                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 9813  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10377  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10377          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
10378              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10379  #pragma omp for  #pragma omp for
10380                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10381                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10382                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10383                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10384                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10385                          ///////////////                          ///////////////
10386                          // process d //                          // process d //
10387                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9926  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10490  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10490                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10491                              }                              }
10492                          }                          }
10493                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
10494                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10495                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10496                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 9937  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10501  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10501          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
10502              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10503  #pragma omp for  #pragma omp for
10504                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10505                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10506                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10507                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10508                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10509                          ///////////////                          ///////////////
10510                          // process d //                          // process d //
10511                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10050  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10614  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10614                                  EM_F[3]+=tmp0_1;                                  EM_F[3]+=tmp0_1;
10615                              }                              }
10616                          }                          }
10617                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
10618                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10619                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10620                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10061  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10625  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10625          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
10626              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10627  #pragma omp for  #pragma omp for
10628                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10629                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10630                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10631                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10632                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10633                          ///////////////                          ///////////////
10634                          // process d //                          // process d //
10635                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10174  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10738  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10738                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10739                              }                              }
10740                          }                          }
10741                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
10742                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10743                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10744                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10188  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10752  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10752  void Brick::assemblePDEBoundarySingleReduced(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySingleReduced(Paso_SystemMatrix* mat,
10753        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
10754  {  {
10755      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
10756      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
10757      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
10758      const double w0 = 0.0625*h1*h2;      const double w0 = 0.0625*h1*h2;
10759      const double w1 = 0.25*h1*h2;      const double w1 = 0.25*h1*h2;
10760      const double w2 = 0.0625*h0*h2;      const double w2 = 0.0625*h0*h2;
# Line 10205  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10769  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10769          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
10770              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10771  #pragma omp for  #pragma omp for
10772                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10773                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10774                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10775                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10776                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10777                          ///////////////                          ///////////////
10778                          // process d //                          // process d //
10779                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10246  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10810  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10810                              EM_F[4]+=tmp0_1;                              EM_F[4]+=tmp0_1;
10811                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
10812                          }                          }
10813                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
10814                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10815                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10816                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10257  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10821  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10821          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
10822              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10823  #pragma omp for  #pragma omp for
10824                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10825                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10826                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10827                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10828                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10829                          ///////////////                          ///////////////
10830                          // process d //                          // process d //
10831                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10298  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10862  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10862                              EM_F[5]+=tmp0_1;                              EM_F[5]+=tmp0_1;
10863                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
10864                          }                          }
10865                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
10866                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10867                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10868                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10309  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10873  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10873          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
10874              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10875  #pragma omp for  #pragma omp for
10876                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10877                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10878                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10879                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10880                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10881                          ///////////////                          ///////////////
10882                          // process d //                          // process d //
10883                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10349  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10913  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10913                              EM_F[4]+=tmp0_1;                              EM_F[4]+=tmp0_1;
10914                              EM_F[5]+=tmp0_1;                              EM_F[5]+=tmp0_1;
10915                          }                          }
10916                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
10917                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10918                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10919                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10360  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10924  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10924          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
10925              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10926  #pragma omp for  #pragma omp for
10927                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10928                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10929                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10930                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10931                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10932                          ///////////////                          ///////////////
10933                          // process d //                          // process d //
10934                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10401  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10965  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10965                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
10966                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
10967                          }                          }
10968                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
10969                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10970                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10971                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10412  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10976  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10976          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
10977              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10978  #pragma omp for  #pragma omp for
10979                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10980                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10981                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10982                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10983                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10984                          ///////////////                          ///////////////
10985                          // process d //                          // process d //
10986                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10453  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11017  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11017                              EM_F[2]+=tmp0_1;                              EM_F[2]+=tmp0_1;
11018                              EM_F[3]+=tmp0_1;                              EM_F[3]+=tmp0_1;
11019                          }                          }
11020                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
11021                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11022                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
11023                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10464  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11028  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11028          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
11029              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11030  #pragma omp for  #pragma omp for
11031                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11032                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11033                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
11034                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
11035                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11036                          ///////////////                          ///////////////
11037                          // process d //                          // process d //
11038                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10505  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11069  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11069                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
11070                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
11071                          }                          }
11072                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
11073                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11074                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
11075                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10519  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11083  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11083  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Paso_SystemMatrix* mat,
11084        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
11085  {  {
11086      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
11087      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
11088      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
11089      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
11090      if (!mat)      if (!mat)
11091          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 10573  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11137  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11137          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
11138              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11139  #pragma omp for  #pragma omp for
11140                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11141                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11142                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11143                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11144                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
11145                          ///////////////                          ///////////////
11146                          // process d //                          // process d //
11147                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10700  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11264  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11264                                  }                                  }
11265                              }                              }
11266                          }                          }
11267                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
11268                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11269                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11270                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10711  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11275  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11275          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
11276              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11277  #pragma omp for  #pragma omp for
11278                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11279                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11280                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11281                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11282                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
11283                          ///////////////                          ///////////////
11284                          // process d //                          // process d //
11285                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10838  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11402  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11402                                  }                                  }
11403                              }                              }
11404                          }                          }
11405                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
11406                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11407                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11408                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10849  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11413  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11413          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
11414              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11415  #pragma omp for  #pragma omp for
11416                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11417                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11418                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11419                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11420                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
11421                          ///////////////                          ///////////////
11422                          // process d //                          // process d //
11423                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10976  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11540  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11540                                  }                                  }
11541                              }                              }
11542                          }                          }
11543                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
11544                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11545                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11546                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10987  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11551  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11551          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
11552              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11553  #pragma omp for  #pragma omp for
11554                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11555                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11556                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11557                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11558                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
11559                          ///////////////                          ///////////////
11560                          // process d //                          // process d //
11561                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11114  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11678  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11678                                  }                                  }
11679                              }                              }
11680                          }                          }
11681                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
11682                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11683                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11684                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11125  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11689  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11689          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
11690              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11691  #pragma omp for  #pragma omp for
11692                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11693                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11694                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11695                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11696                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11697                          ///////////////                          ///////////////
11698                          // process d //                          // process d //
11699                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11252  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11816  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11816                                  }                                  }
11817                              }                              }
11818                          }                          }
11819                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
11820                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11821                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11822                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11263  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11827  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11827          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
11828              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11829  #pragma omp for  #pragma omp for
11830                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11831                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11832                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11833                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11834                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11835                          ///////////////                          ///////////////
11836                          // process d //                          // process d //
11837                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11390  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11954  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11954                                  }                                  }
11955                              }                              }
11956                          }                          }
11957                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
11958                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11959                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11960                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11404  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11968  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11968  void Brick::assemblePDEBoundarySystemReduced(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySystemReduced(Paso_SystemMatrix* mat,
11969        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
11970  {  {
11971      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
11972      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
11973      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
11974      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
11975      if (!mat)      if (!mat)
11976          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 11428  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 11992  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
11992          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
11993              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11994  #pragma omp for  #pragma omp for
11995                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11996                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11997                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11998                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11999                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
12000                          ///////////////                          ///////////////
12001                          // process d //                          // process d //
12002                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11475  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12039  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12039                                  EM_F[INDEX2(k,6,numEq)]+=tmp0_1;                                  EM_F[INDEX2(k,6,numEq)]+=tmp0_1;
12040                              }                              }
12041                          }                          }
12042                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
12043         &