/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3806 by caltinay, Mon Feb 6 02:32:48 2012 UTC revision 4622 by sshaw, Fri Jan 17 04:55:41 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    #include <ripley/DefaultAssembler3D.h>
20    #include <boost/scoped_array.hpp>
21    
22    #ifdef USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26  #if USE_SILO  #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 33  extern "C" {
33  #include <iomanip>  #include <iomanip>
34    
35  using namespace std;  using namespace std;
36    using esysUtils::FileWriter;
37    
38  namespace ripley {  namespace ripley {
39    
40  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
41               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2,
42      RipleyDomain(3),               const std::vector<double>& points, const std::vector<int>& tags,
43      m_gNE0(n0),               const std::map<std::string, int>& tagnamestonums) :
44      m_gNE1(n1),      RipleyDomain(3)
45      m_gNE2(n2),  {
46      m_x0(x0),      // ignore subdivision parameters for serial run
47      m_y0(y0),      if (m_mpiInfo->size == 1) {
48      m_z0(z0),          d0=1;
49      m_l0(x1-x0),          d1=1;
50      m_l1(y1-y0),          d2=1;
51      m_l2(z1-z0),      }
52      m_NX(d0),      bool warn=false;
53      m_NY(d1),      // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
54      m_NZ(d2)      // ratio as the number of elements
55  {      if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
56            warn=true;
57            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
58            d0=max(1, d0);
59            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
60            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
61            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
62                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
63                // dividing 2 sides only
64                if (n0>=n1) {
65                    if (n1>=n2) {
66                        d0=d1=0;
67                        d2=1;
68                    } else {
69                        d0=d2=0;
70                        d1=1;
71                    }
72                } else {
73                    if (n0>=n2) {
74                        d0=d1=0;
75                        d2=1;
76                    } else {
77                        d0=1;
78                        d1=d2=0;
79                    }
80                }
81            }
82        }
83        if (d0<=0 && d1<=0) {
84            warn=true;
85            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
86            d1=m_mpiInfo->size/d0;
87            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
88                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
89                if (n0>n1) {
90                    d0=0;
91                    d1=1;
92                } else {
93                    d0=1;
94                    d1=0;
95                }
96            }
97        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
98            warn=true;
99            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
100            d2=m_mpiInfo->size/d0;
101            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
102                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
103                if (n0>n2) {
104                    d0=0;
105                    d2=1;
106                } else {
107                    d0=1;
108                    d2=0;
109                }
110            }
111        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
112            warn=true;
113            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
114            d2=m_mpiInfo->size/d1;
115            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
116                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
117                if (n1>n2) {
118                    d1=0;
119                    d2=1;
120                } else {
121                    d1=1;
122                    d2=0;
123                }
124            }
125        }
126        if (d0<=0) {
127            // d1,d2 are preset, determine d0
128            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
129        } else if (d1<=0) {
130            // d0,d2 are preset, determine d1
131            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
132        } else if (d2<=0) {
133            // d0,d1 are preset, determine d2
134            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
135        }
136    
137      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
138      // among number of ranks      // among number of ranks
139      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
140          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
141    
142      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
143          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
144                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
145        }
146    
147        double l0 = x1-x0;
148        double l1 = y1-y0;
149        double l2 = z1-z0;
150        m_dx[0] = l0/n0;
151        m_dx[1] = l1/n1;
152        m_dx[2] = l2/n2;
153    
154        if ((n0+1)%d0 > 0) {
155            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
156            l0=m_dx[0]*n0;
157            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
158                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
159        }
160        if ((n1+1)%d1 > 0) {
161            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
162            l1=m_dx[1]*n1;
163            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
164                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
165        }
166        if ((n2+1)%d2 > 0) {
167            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
168            l2=m_dx[2]*n2;
169            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
170                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
171        }
172    
173      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
174          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
175    
176        m_gNE[0] = n0;
177        m_gNE[1] = n1;
178        m_gNE[2] = n2;
179        m_origin[0] = x0;
180        m_origin[1] = y0;
181        m_origin[2] = z0;
182        m_length[0] = l0;
183        m_length[1] = l1;
184        m_length[2] = l2;
185        m_NX[0] = d0;
186        m_NX[1] = d1;
187        m_NX[2] = d2;
188    
189      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
190      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
191      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
192          m_NE0++;          m_NE[0]++;
193      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
194          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
195    
196      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
197      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
198          m_NE1++;          m_NE[1]++;
199      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
200          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
201    
202      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
203      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
204          m_NE2++;          m_NE[2]++;
205      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
206          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
207    
208      // local number of nodes      // local number of nodes
209      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
210      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
211      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
212    
213      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
214      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
215      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
216          m_offset0--;          m_offset[0]--;
217      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
218      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
219          m_offset1--;          m_offset[1]--;
220      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
221      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
222          m_offset2--;          m_offset[2]--;
223    
224      populateSampleIds();      populateSampleIds();
225      createPattern();      createPattern();
226        
227        assembler = new DefaultAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN);
228        addPoints(tags.size(), &points[0], &tags[0]);
229  }  }
230    
231    
# Line 100  Brick::~Brick() Line 233  Brick::~Brick()
233  {  {
234      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);
235      Paso_Connector_free(m_connector);      Paso_Connector_free(m_connector);
236        delete assembler;
237  }  }
238    
239  string Brick::getDescription() const  string Brick::getDescription() const
# Line 112  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 246  bool Brick::operator==(const AbstractDom
246      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
247      if (o) {      if (o) {
248          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
249                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
250                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
251                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
252                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
253      }      }
254    
255      return false;      return false;
256  }  }
257    
258    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
259                const ReaderParameters& params) const
260    {
261    #ifdef USE_NETCDF
262        // check destination function space
263        int myN0, myN1, myN2;
264        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
265            myN0 = m_NN[0];
266            myN1 = m_NN[1];
267            myN2 = m_NN[2];
268        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
269                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
270            myN0 = m_NE[0];
271            myN1 = m_NE[1];
272            myN2 = m_NE[2];
273        } else
274            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
275    
276        if (params.first.size() != 3)
277            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
278    
279        if (params.numValues.size() != 3)
280            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
281    
282        if (params.multiplier.size() != 3)
283            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
284        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
285            if (params.multiplier[i]<1)
286                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
287    
288        // check file existence and size
289        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
290        if (!f.is_valid())
291            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
292    
293        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
294        if (!var)
295            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
296    
297        // TODO: rank>0 data support
298        const int numComp = out.getDataPointSize();
299        if (numComp > 1)
300            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
301    
302        const int dims = var->num_dims();
303        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
304    
305        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
306        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
307        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
308                          params.numValues[1] > edges[1] ||
309                          params.numValues[0] > edges[2]))
310                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
311                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
312            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
313        }
314    
315        // check if this rank contributes anything
316        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
317                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
318                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
319                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
320                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
321                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
322            return;
323        }
324    
325        // now determine how much this rank has to write
326    
327        // first coordinates in data object to write to
328        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
329        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
330        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
331        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
332        int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
333        int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
334        int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
335        // number of values to read
336        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
337        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
338        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
339    
340        // make sure we read the right block if going backwards through file
341        if (params.reverse[0])
342            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
343        if (dims>1 && params.reverse[1])
344            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
345        if (dims>2 && params.reverse[2])
346            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
347    
348    
349        vector<double> values(num0*num1*num2);
350        if (dims==3) {
351            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
352            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
353        } else if (dims==2) {
354            var->set_cur(idx1, idx0);
355            var->get(&values[0], num1, num0);
356        } else {
357            var->set_cur(idx0);
358            var->get(&values[0], num0);
359        }
360    
361        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
362        out.requireWrite();
363    
364        // helpers for reversing
365        const int x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
366        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
367        const int y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
368        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
369        const int z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
370        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
371    
372        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
373            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
374    #pragma omp parallel for
375                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
376                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
377                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
378                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
379                    const int srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
380                                      +(y0+y_mult*y)*num0
381                                      +(x0+x_mult*x);
382                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
383                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
384                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
385                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
386                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
387                                                   +m1*myN0
388                                                   +m2*myN0*myN1;
389                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
390                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
391                                        *dest++ = values[srcIndex];
392                                    }
393                                }
394                            }
395                        }
396                    }
397                }
398            }
399        }
400    #else
401        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
402    #endif
403    }
404    
405    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
406                               const ReaderParameters& params) const
407    {
408        // the mapping is not universally correct but should work on our
409        // supported platforms
410        switch (params.dataType) {
411            case DATATYPE_INT32:
412                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
413                break;
414            case DATATYPE_FLOAT32:
415                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
416                break;
417            case DATATYPE_FLOAT64:
418                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
419                break;
420            default:
421                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
422        }
423    }
424    
425    template<typename ValueType>
426    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
427                                   const ReaderParameters& params) const
428    {
429        // check destination function space
430        int myN0, myN1, myN2;
431        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
432            myN0 = m_NN[0];
433            myN1 = m_NN[1];
434            myN2 = m_NN[2];
435        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
436                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
437            myN0 = m_NE[0];
438            myN1 = m_NE[1];
439            myN2 = m_NE[2];
440        } else
441            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
442    
443        if (params.first.size() != 3)
444            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
445    
446        if (params.numValues.size() != 3)
447            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
448    
449        if (params.multiplier.size() != 3)
450            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
451        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
452            if (params.multiplier[i]<1)
453                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
454    
455        // check file existence and size
456        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
457        if (f.fail()) {
458            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
459        }
460        f.seekg(0, ios::end);
461        const int numComp = out.getDataPointSize();
462        const int filesize = f.tellg();
463        const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
464        if (filesize < reqsize) {
465            f.close();
466            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
467        }
468    
469        // check if this rank contributes anything
470        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
471                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
472                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
473                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
474                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
475                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
476            f.close();
477            return;
478        }
479    
480        // now determine how much this rank has to write
481    
482        // first coordinates in data object to write to
483        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
484        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
485        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
486        // indices to first value in file
487        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
488        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
489        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
490        // number of values to read
491        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
492        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
493        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
494    
495        out.requireWrite();
496        vector<ValueType> values(num0*numComp);
497        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
498    
499        for (int z=0; z<num2; z++) {
500            for (int y=0; y<num1; y++) {
501                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
502                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
503                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
504                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
505    
506                for (int x=0; x<num0; x++) {
507                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
508                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
509                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
510                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
511                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
512                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
513                                const int dataIndex = baseIndex+m0
514                                               +m1*myN0
515                                               +m2*myN0*myN1;
516                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
517                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
518                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
519    
520                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
521                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
522                                        // this will alter val!!
523                                        byte_swap32(cval);
524                                    }
525                                    if (!std::isnan(val)) {
526                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
527                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
528                                        }
529                                    }
530                                }
531                            }
532                        }
533                    }
534                }
535            }
536        }
537    
538        f.close();
539    }
540    
541    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
542                                int byteOrder, int dataType) const
543    {
544        // the mapping is not universally correct but should work on our
545        // supported platforms
546        switch (dataType) {
547            case DATATYPE_INT32:
548                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
549                break;
550            case DATATYPE_FLOAT32:
551                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
552                break;
553            case DATATYPE_FLOAT64:
554                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
555                break;
556            default:
557                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
558        }
559    }
560    
561    template<typename ValueType>
562    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
563                                    const string& filename, int byteOrder) const
564    {
565        // check function space and determine number of points
566        int myN0, myN1, myN2;
567        int totalN0, totalN1, totalN2;
568        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
569            myN0 = m_NN[0];
570            myN1 = m_NN[1];
571            myN2 = m_NN[2];
572            totalN0 = m_gNE[0]+1;
573            totalN1 = m_gNE[1]+1;
574            totalN2 = m_gNE[2]+1;
575        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
576                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
577            myN0 = m_NE[0];
578            myN1 = m_NE[1];
579            myN2 = m_NE[2];
580            totalN0 = m_gNE[0];
581            totalN1 = m_gNE[1];
582            totalN2 = m_gNE[2];
583        } else
584            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
585    
586        const int numComp = in.getDataPointSize();
587        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
588        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
589    
590        if (numComp > 1 || dpp > 1)
591            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
592    
593        escript::Data* _in = const_cast<escript::Data*>(&in);
594    
595        // from here on we know that each sample consists of one value
596        FileWriter fw;
597        fw.openFile(filename, fileSize);
598        MPIBarrier();
599    
600        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
601            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
602                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
603                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
604                ostringstream oss;
605    
606                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
607                    const double* sample = _in->getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
608                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
609                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
610                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
611                    } else {
612                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
613                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
614                    }
615                }
616                fw.writeAt(oss, fileofs);
617            }
618        }
619        fw.close();
620    }
621    
622  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
623  {  {
624  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 181  void Brick::dump(const string& fileName) Line 679  void Brick::dump(const string& fileName)
679      }      }
680      */      */
681    
682      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
683      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
684      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
685      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
686  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
687      {      {
688  #pragma omp for  #pragma omp for
689          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
690              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
691          }          }
692  #pragma omp for  #pragma omp for
693          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
694              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
695          }          }
696  #pragma omp for  #pragma omp for
697          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
698              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
699          }          }
700      }      }
701      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
702      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
703        // write mesh
704        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
705              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
706    
707      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
708        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
709              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
710    
711      // write element ids      // write element ids
712      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
713      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
714              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
715    
716      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
717      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 306  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 804  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
804          case ReducedElements:          case ReducedElements:
805              {              {
806                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
807                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
808                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
809                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
810                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
811              }              }
812          case FaceElements:          case FaceElements:
813          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
814              {              {
815                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
816                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
817                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
818                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
819                      if (id<n) {                      if (id<n) {
820                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
821                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
822                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
823                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
824                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
825                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
826                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
827                          } else { // left or right                          } else { // left or right
828                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
829                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
830                          }                          }
831                      }                      }
832                  }                  }
# Line 352  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 849  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
849          {          {
850              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
851  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
852                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
853                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
854                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
855                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
856                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
857                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 366  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 863  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
863    
864              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
865  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
866                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
867                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
868                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
869                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
870                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
871                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 380  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 877  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
877    
878              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
879  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
880                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
881                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
882                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
883                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
884                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
885                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 394  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 891  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
891    
892              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
893  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
894                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
895                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
896                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
897                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
898                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
899                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 408  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 905  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
905    
906              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
907  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
908                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
909                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
910                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
911                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
912                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
913                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 422  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 919  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
919    
920              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
921  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
922                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
923                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
924                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
925                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
926                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
927                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 440  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 937  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
937          {          {
938              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
939  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
940                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
941                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
942                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
943                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
944                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
945                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 452  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 949  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
949    
950              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
951  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
952                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
953                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
954                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
955                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
956                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
957                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 464  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 961  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
961    
962              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
963  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
964                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
965                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
966                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
967                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
968                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
969                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 476  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 973  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
973    
974              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
975  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
976                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
977                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
978                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
979                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
980                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
981                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 488  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 985  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
985    
986              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
987  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
988                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
989                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
990                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
991                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
992                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
993                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 500  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 997  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
997    
998              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
999  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1000                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1001                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1002                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1003                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1004                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1005                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 525  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1022  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1022              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1023          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1024          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1025          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=sqrt(xSize*xSize+ySize*ySize+zSize*zSize);  
1026  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1027          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1028              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 538  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1032  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1032              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1033          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1034          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1035  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1036          {          {
1037              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1038                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1039  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1040                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1041                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1042                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1043                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1044                      }                      }
1045                  }                  }
1046              }              }
1047    
1048              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1049                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1050  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1051                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1052                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1053                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1054                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1055                      }                      }
1056                  }                  }
1057              }              }
1058    
1059              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1060                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1061  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1062                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1063                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1064                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1065                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1066                      }                      }
1067                  }                  }
1068              }              }
1069    
1070              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1071                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1072  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1073                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1074                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1075                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1076                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1077                      }                      }
1078                  }                  }
1079              }              }
1080    
1081              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1082                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1083  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1084                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1085                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1086                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1087                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1088                      }                      }
1089                  }                  }
1090              }              }
1091    
1092              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1093                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1094  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1095                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1096                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1097                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1098                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1099                      }                      }
1100                  }                  }
# Line 618  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1109  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1109      }      }
1110  }  }
1111    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1112  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1113  {  {
1114      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 635  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1116  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1116          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1117          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1118          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1119          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1120              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1121                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1122                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1123                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1124          }          }
1125      }      }
1126  }  }
1127    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1128    
1129  //protected  //protected
1130  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 736  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1136  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1136      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1137          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1138    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1139      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1140  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1141      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1142          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1143              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1144                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1145                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1146                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1147                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1148              }              }
1149          }          }
1150      }      }
# Line 757  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1154  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1154  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const
1155  {  {
1156      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l2/m_gNE2;  
1157      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1158      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1159      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 770  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1164  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1164    
1165      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1166          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1167  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1168          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1169              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1170                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1171                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1172                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1173                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1174                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1175                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1176                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1177                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1178                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1179                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1180                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1181                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1182                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1183                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1184                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1185                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1186                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1187                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1188                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1189                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1190                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1191                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1192                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1193                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1194                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1195                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1196                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1197                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1198                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1199                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1200                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1201                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1202                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1203                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1204                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1205                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1206                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1207                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1208                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1209                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1210                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1211                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1212                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1213                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1214                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1215                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1216                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1217                      } // end of component loop i                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1218                  } // end of k0 loop                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1219              } // end of k1 loop                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1220          } // end of k2 loop                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1221                                o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1222                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1223                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1224                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1225                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1226                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1227                            } // end of component loop i
1228                        } // end of k0 loop
1229                    } // end of k1 loop
1230                } // end of k2 loop
1231            } // end of parallel section
1232      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1233          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1234  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1235          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1236              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1237                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1238                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1239                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1240                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1241                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1242                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1243                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1244                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1245                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1246                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1247                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1248                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1249                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1250                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1251                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1252                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1253              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1254          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1255                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1256                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1257                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1258                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1259                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1260                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1261                            } // end of component loop i
1262                        } // end of k0 loop
1263                    } // end of k1 loop
1264                } // end of k2 loop
1265            } // end of parallel section
1266      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1267          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1268  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1269          {          {
1270                vector<double> f_000(numComp);
1271                vector<double> f_001(numComp);
1272                vector<double> f_010(numComp);
1273                vector<double> f_011(numComp);
1274                vector<double> f_100(numComp);
1275                vector<double> f_101(numComp);
1276                vector<double> f_110(numComp);
1277                vector<double> f_111(numComp);
1278              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1279  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1280                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1281                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1282                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1283                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1284                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1285                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1286                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1287                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1288                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1289                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1290                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1291                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1292                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1293                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1294                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1295                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1296                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1297                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1298                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1299                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1300                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1301                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1302                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1303                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1304                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1305                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1306                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1307                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1308                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 887  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1311  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1311              } // end of face 0              } // end of face 0
1312              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1313  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1314                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1315                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1316                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1317                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1318                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1319                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1320                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1321                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1322                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1323                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1324                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1325                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1326                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1327                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1328                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1329                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1330                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1331                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1332                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1333                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1334                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1335                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1336                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1337                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1338                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1339                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1340                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1341                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1342                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 921  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1345  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1345              } // end of face 1              } // end of face 1
1346              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1347  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1348                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1349                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1350                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1351                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1352                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1353                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1354                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1355                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1356                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1357                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1358                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1359                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1360                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1361                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1362                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1363                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1364                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1365                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1366                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1367                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1368                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1369                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1370                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1371                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1372                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1373                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1374                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1375                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1376                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 954  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1378  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1378              } // end of face 2              } // end of face 2
1379              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1380  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1381                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1382                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1383                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1384                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1385                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1386                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1387                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1388                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1389                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1390                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1391                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1392                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1393                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1394                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1395                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1396                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1397                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1398                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1399                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1400                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1401                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1402                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1403                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1404                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1405                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1406                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1407                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1408                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1409                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1410                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 988  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1412  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1412              } // end of face 3              } // end of face 3
1413              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1414  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1415                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1416                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1417                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1418                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1419                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1420                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1421                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1422                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1423                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1424                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1425                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1426                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1427                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1428                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1429                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1430                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1431                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1432                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1433                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1434                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1435                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1436                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1437                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1438                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1439                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1440                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1441                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1442                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1443                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1444                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1445                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1446              } // end of face 4              } // end of face 4
1447              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1448  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1449                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1450                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1451                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1452                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1453                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1454                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1455                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1456                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1457                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1458                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1459                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1460                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1461                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1462                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1463                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1464                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1465                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1466                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1467                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1468                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1469                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1470                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1471                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1472                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1473                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1474                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1475                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1476                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1477                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1478                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1479                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1059  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1483  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1483          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1484  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1485          {          {
1486                vector<double> f_000(numComp);
1487                vector<double> f_001(numComp);
1488                vector<double> f_010(numComp);
1489                vector<double> f_011(numComp);
1490                vector<double> f_100(numComp);
1491                vector<double> f_101(numComp);
1492                vector<double> f_110(numComp);
1493                vector<double> f_111(numComp);
1494              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1495  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1496                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1497                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1498                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1499                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1500                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1501                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1502                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1503                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1504                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1505                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1507                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1508                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1509                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1510                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1511                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1512                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1513                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1514              } // end of face 0              } // end of face 0
1515              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1516  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1517                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1518                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1519                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1520                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1521                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1522                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1523                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1524                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1525                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1526                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1527                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1528                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1529                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1530                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1531                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1532                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1533                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1534                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1535              } // end of face 1              } // end of face 1
1536              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1537  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1538                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1539                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1540                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1541                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1542                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1543                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1544                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1545                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1546                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1547                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1548                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1549                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1550                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1551                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1552                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1553                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1554                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1555                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1556              } // end of face 2              } // end of face 2
1557              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1558  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1559                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1560                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1561                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1562                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1563                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1564                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1565                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1566                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1567                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1568                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1569                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1570                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1571                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1572                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1573                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1574                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1575                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1576                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1577              } // end of face 3              } // end of face 3
1578              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1579  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1580                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1581                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1582                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1583                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1584                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1585                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1586                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1587                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1588                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1589                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1590                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1591                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1592                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1593                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1594                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1595                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1596                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1597                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1598              } // end of face 4              } // end of face 4
1599              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1600  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1601                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1602                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1603                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1604                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1605                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1606                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1607                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1608                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1609                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1610                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1611                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1612                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1613                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1614                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1615                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1616                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1617                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1618                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1193  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1625  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1625  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const
1626  {  {
1627      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1628      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1629      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1630      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
     const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);  
     const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);  
     const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);  
1631      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1632      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1633          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
1634  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1635          {          {
1636              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1637  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1638              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1639                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1640                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1641                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1642                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1643                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1644                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1231  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1660  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1660          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1661    
1662      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1663          const double w_0 = h0*h1*h2;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1664  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1665          {          {
1666              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1667  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1668              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1669                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1670                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1671                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1672                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1673                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1674                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1253  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1682  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1682          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1683    
1684      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1685          const double w_0 = h1*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1686          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1687          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1688  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1689          {          {
1690              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1691              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1692  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1693                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1694                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1695                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1696                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1697                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1698                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1277  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1706  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1706    
1707              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1708  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1709                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1710                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1711                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1712                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1713                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1714                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1293  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1722  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1722    
1723              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1724  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1725                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1726                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1727                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1728                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1729                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1730                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1309  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1738  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1738    
1739              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1740  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1741                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1742                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1743                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1744                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1745                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1746                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1325  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1754  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1754    
1755              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1756  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1757                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1758                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1759                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1760                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1761                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1762                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1341  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1770  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1770    
1771              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1772  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1773                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1774                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1775                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1776                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1777                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1778                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1361  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1790  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1790          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1791    
1792      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1793          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1794          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1795          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1796  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1797          {          {
1798              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1799              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1800  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1801                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1802                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1803                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1804                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1805                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1806                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1381  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1810  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1810    
1811              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1812  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1813                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1814                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1815                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1816                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1817                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1818                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1393  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1822  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1822    
1823              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1824  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1825                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1826                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1827                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1828                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1829                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1830                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1405  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1834  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1834    
1835              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1836  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1837                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1838                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1839                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1840                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1841                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1842                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1417  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1846  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1846    
1847              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1848  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1849                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1850                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1851                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1852                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1853                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1854                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1429  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1858  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1858    
1859              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1860  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1861                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1862                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1863                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1864                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1865                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1866                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1449  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1878  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1878  //protected  //protected
1879  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1880  {  {
1881      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1882      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1883      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1884      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1885      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1886      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1486  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1915  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1915      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1916      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1917    
1918      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1919      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1920      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1921      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1922      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1923      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1924  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1925      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1926          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1927              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1928                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1929                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1930                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1931              }              }
# Line 1523  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1952  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1952                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1953          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1954      }      }
1955        Paso_Coupler_free(coupler);
1956  }  }
1957    
1958  //private  //private
1959  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1960  {  {
1961      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1962      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1963        // left-right, bottom-top, front-back).
1964        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1965        // helps when writing out data rank after rank.
1966    
1967      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1968      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1543  void Brick::populateSampleIds() Line 1976  void Brick::populateSampleIds()
1976      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1977      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1978      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1979    
1980        // populate face element counts
1981        //left
1982        if (m_offset[0]==0)
1983            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1984        else
1985            m_faceCount[0]=0;
1986        //right
1987        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1988            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1989        else
1990            m_faceCount[1]=0;
1991        //bottom
1992        if (m_offset[1]==0)
1993            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1994        else
1995            m_faceCount[2]=0;
1996        //top
1997        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
1998            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
1999        else
2000            m_faceCount[3]=0;
2001        //front
2002        if (m_offset[2]==0)
2003            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
2004        else
2005            m_faceCount[4]=0;
2006        //back
2007        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2008            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2009        else
2010            m_faceCount[5]=0;
2011    
2012      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
2013    
2014        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2015        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2016        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2017        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2018        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2019        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2020    
2021        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2022        // set the node id's according to the order mentioned above.
2023        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2024        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2025        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2026        // the 6 faces are set but only if required...
2027    
2028    #define globalNodeId(x,y,z) \
2029        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2030        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2031        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2032    
2033  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2034      {      {
2035            // set edge id's
2036            // edges in x-direction, including corners
2037    #pragma omp for nowait
2038            for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2039                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2040                m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2041                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2042                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2043            }
2044            // edges in y-direction, without corners
2045  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2046          // nodes          for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2047          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2048              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2049                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2050                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2051                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
2052                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in z-direction, without corners
2053                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for
2054            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2055                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2056                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2057                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2058                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2059            }
2060            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2061            // below
2062    
2063            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2064    #pragma omp for nowait
2065            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2066                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2067                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2068                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2069                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2070                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2071                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
2072                  }                  }
2073              }              }
2074          }          }
2075    
2076          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2077            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2078    #pragma omp for nowait
2079                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2080                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2081                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2082                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2083                        m_nodeId[nodeIdx]
2084                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2085                    }
2086                }
2087            }
2088            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2089    #pragma omp for nowait
2090                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2091                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2092                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2093                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2094                        m_nodeId[nodeIdx]
2095                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2096                    }
2097                }
2098            }
2099            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2100    #pragma omp for nowait
2101                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2102                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2103                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2104                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2105                        m_nodeId[nodeIdx]
2106                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2107                    }
2108                }
2109            }
2110            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2111    #pragma omp for nowait
2112                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2113                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2114                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2115                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2116                        m_nodeId[nodeIdx]
2117                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2118                    }
2119                }
2120            }
2121            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2122    #pragma omp for nowait
2123                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2124                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2125                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2126                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2127                        m_nodeId[nodeIdx]
2128                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2129                    }
2130                }
2131            }
2132            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2133  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2134          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2135              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2136                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2137                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2138                        m_nodeId[nodeIdx]
2139                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2140                    }
2141                }
2142            }
2143    
2144          // elements          // populate element id's
2145  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2146          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2147              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2148                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2149                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2150                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2151                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2152                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2153                  }                  }
2154              }              }
2155          }          }
# Line 1584  void Brick::populateSampleIds() Line 2160  void Brick::populateSampleIds()
2160              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2161      } // end parallel section      } // end parallel section
2162    
2163    #undef globalNodeId
2164    
2165      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2166      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2167    
# Line 1591  void Brick::populateSampleIds() Line 2169  void Brick::populateSampleIds()
2169      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2170    
2171      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2172      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2173      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2174      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2175      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2176      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2177      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2178          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2179              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2180              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2181              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2182          }          }
2183      }      }
2184      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1616  void Brick::populateSampleIds() Line 2193  void Brick::populateSampleIds()
2193  //private  //private
2194  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2195  {  {
2196      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2197      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2198      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2199      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2200      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2201      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2202    
2203      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2204      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1630  void Brick::createPattern() Line 2207  void Brick::createPattern()
2207      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2208          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2209              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2210                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2211              }              }
2212          }          }
2213      }      }
# Line 1644  void Brick::createPattern() Line 2221  void Brick::createPattern()
2221      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2222      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2223      int numShared=0;      int numShared=0;
2224      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2225      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2226      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2227      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2228          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2229              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1657  void Brick::createPattern() Line 2234  void Brick::createPattern()
2234                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2235                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2236                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2237                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2238                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2239                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2240                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2241                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2242                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2243                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2244                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2245                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2246                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2247                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2248                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2249                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1699  void Brick::createPattern() Line 2276  void Brick::createPattern()
2276                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2277                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2278                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2279                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2280                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2281                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2282                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2283                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1733  void Brick::createPattern() Line 2310  void Brick::createPattern()
2310                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2311                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2312                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2313                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2314                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2315                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2316                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2317                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1757  void Brick::createPattern() Line 2334  void Brick::createPattern()
2334                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2335                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2336                                  }                                  }
2337                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2338                              }                              }
2339                          }                          }
2340                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1765  void Brick::createPattern() Line 2342  void Brick::createPattern()
2342                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2343                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2344                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2345                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2346                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2347                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2348                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2349                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1782  void Brick::createPattern() Line 2359  void Brick::createPattern()
2359                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2360                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2361                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2362                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2363                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2364                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2365                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2366                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2367                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1792  void Brick::createPattern() Line 2370  void Brick::createPattern()
2370                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2371                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2372                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2373                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2374                          }                          }
2375                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2376                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2377                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2378                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2379                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2380                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2381                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2382                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2383                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2384                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2385                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1809  void Brick::createPattern() Line 2388  void Brick::createPattern()
2388                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2389                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2390                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2391                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2392                          }                          }
2393                      } else {                      } else {
2394                          // sharing a node                          // sharing a node
2395                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2396                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2397                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2398                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2399                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2400                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2401                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2402                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2403                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1929  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2508  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2508      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2509      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2510      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2511      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2512      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2513      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2514      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2515      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2516      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2517      if (addF) {      if (addF) {
2518          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2519          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 1957  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2536  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2536      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2537      if (reduced) {      if (reduced) {
2538          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2539          const double c0 = .125;  #pragma omp parallel
2540  #pragma omp parallel for          {
2541          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              vector<double> f_000(numComp);
2542              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_001(numComp);
2543                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_010(numComp);
2544                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2545                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2546                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2547                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2548                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2549                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2550                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2551                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2552                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2553                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2554                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2555                      } // end of component loop i                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2556                  } // end of k0 loop                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2557              } // end of k1 loop                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2558          } // end of k2 loop                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2559                            memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2560                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2561                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2562                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2563                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2564                            } // end of component loop i
2565                        } // end of k0 loop
2566                    } // end of k1 loop
2567                } // end of k2 loop
2568            } // end of parallel section
2569      } else {      } else {
2570          out.requireWrite();          out.requireWrite();
2571          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2572          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2573          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2574          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2575  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2576          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2577              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2578                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2579                      const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2580                      const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2581                      const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2582                      const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2583                      const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2584                      const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2585                      const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2586                      const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2587                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2588                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2589                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2590                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2591                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2592                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2593                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2594                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2595                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2596                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2597                      } // end of component loop i                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2598                  } // end of k0 loop                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2599              } // end of k1 loop                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2600          } // end of k2 loop                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2601                                o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2602                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2603                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2604                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2605                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2606                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2607                            } // end of component loop i
2608                        } // end of k0 loop
2609                    } // end of k1 loop
2610                } // end of k2 loop
2611            } // end of parallel section
2612      }      }
2613  }  }
2614    
# Line 2019  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2619  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2619      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2620      if (reduced) {      if (reduced) {
2621          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2622  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2623          {          {
2624                vector<double> f_000(numComp);
2625                vector<double> f_001(numComp);
2626                vector<double> f_010(numComp);
2627                vector<double> f_011(numComp);
2628                vector<double> f_100(numComp);
2629                vector<double> f_101(numComp);
2630                vector<double> f_110(numComp);
2631                vector<double> f_111(numComp);
2632              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2633  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2634                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2635                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2636                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2637                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2638                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2639                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2640                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2641                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2642                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2643                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2644                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2645                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2646              } // end of face 0              } // end of face 0
2647              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2648  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2649                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2650                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2651                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2652                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2653                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2654                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2655                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2656                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2657                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2658                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2659                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2660                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2661              } // end of face 1              } // end of face 1
2662              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2663  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2664                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2665                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2666                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2667                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2668                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2669                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2670                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2671                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2672                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2673                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2674                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2675                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2676              } // end of face 2              } // end of face 2
2677              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2678  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2679                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2680                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2681                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2682                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2683                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2684                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2685                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2686                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2687                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2688                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2689                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2690                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2691              } // end of face 3              } // end of face 3
2692              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2693  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2694                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2695                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2696                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2697                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2698                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2699                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2700                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2701                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2702                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2703                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2704                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2705                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2706              } // end of face 4              } // end of face 4
2707              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2708  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2709                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2710                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2711                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2712                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2713                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2714                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2715                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2716                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2717                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2718                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2719                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2720                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2120  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2727  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2727          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2728  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2729          {          {
2730                vector<double> f_000(numComp);
2731                vector<double> f_001(numComp);
2732                vector<double> f_010(numComp);
2733                vector<double> f_011(numComp);
2734                vector<double> f_100(numComp);
2735                vector<double> f_101(numComp);
2736                vector<double> f_110(numComp);
2737                vector<double> f_111(numComp);
2738              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2739  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2740                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2741                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2742                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2743                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2744                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2745                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2746                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2747                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2748                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2749                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2140  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2755  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2755              } // end of face 0              } // end of face 0
2756              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2757  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2758                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2759                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2760                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2761                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2762                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2763                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2764                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2765                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2766                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2767                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2158  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2773  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2773              } // end of face 1              } // end of face 1
2774              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2775  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2776                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2777                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2778                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2779                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2780                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2781                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2782                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2783                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2784                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2785                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2176  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2791  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2791              } // end of face 2              } // end of face 2
2792              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2793  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2794                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2795                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2796                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2797                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2798                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2799                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2800                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2801                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2802                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2803                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2194  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2809  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2809              } // end of face 3              } // end of face 3
2810              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2811  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2812                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2813                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2814                          const double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2815                          const double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2816                          const double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2817                          const double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2818                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2819                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2820                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2821                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2212  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2827  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2827              } // end of face 4              } // end of face 4
2828              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2829  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2830                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2831                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2832                          const double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2833                          const double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2834                          const double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2835                          const double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2836                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2837                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2838                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2839                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2232  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2847  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2847      }      }
2848  }  }
2849    
2850  //protected  int Brick::findNode(double *coords) const {
2851  void Brick::assemblePDESingle(Paso_SystemMatrix* mat, escript::Data& rhs,      const int NOT_MINE = -1;
2852          const escript::Data& A, const escript::Data& B,      //is the found element even owned by this rank
2853          const escript::Data& C, const escript::Data& D,      for (int dim = 0; dim < m_numDim; dim++) {
2854          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          if (m_origin[dim] + m_offset[dim] > coords[dim]  || m_origin[dim]
2855  {                  + m_offset[dim] + m_dx[dim]*m_ownNE[dim] < coords[dim]) {
2856      const double h0 = m_l0/m_gNE0;              return NOT_MINE;
2857      const double h1 = m_l1/m_gNE1;          }
2858      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      }
2859      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      // get distance from origin
2860      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      double x = coords[0] - m_origin[0];
2861      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      double y = coords[1] - m_origin[1];
2862      const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      double z = coords[2] - m_origin[2];
2863      const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;      // distance in elements
2864      const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;      int ex = (int) floor(x / m_dx[0]);
2865      const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;      int ey = (int) floor(y / m_dx[1]);
2866      const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      int ez = (int) floor(z / m_dx[2]);
2867      const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;      // set the min distance high enough to be outside the element plus a bit
2868      const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;      int closest = NOT_MINE;
2869      const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      double minDist = 1;
2870      const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;      for (int dim = 0; dim < m_numDim; dim++) {
2871      const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;          minDist += m_dx[dim]*m_dx[dim];
2872      const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;      }
2873      const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      //find the closest node
2874      const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      for (int dx = 0; dx < 2; dx++) {
2875      const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;          double xdist = x - (ex + dx)*m_dx[0];
2876      const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;          for (int dy = 0; dy < 2; dy++) {
2877      const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;              double ydist = y - (ey + dy)*m_dx[1];
2878      const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;              for (int dz = 0; dz < 2; dz++) {
2879      const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;                  double zdist = z - (ez + dz)*m_dx[2];
2880      const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;                  double total = xdist*xdist + ydist*ydist + zdist*zdist;
2881      const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;                  if (total < minDist) {
2882      const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;                      closest = INDEX3(ex+dy, ey+dy, ez+dz, m_NE[0]+1, m_NE[1]+1);
2883      const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;                      minDist = total;
2884      const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;                  }
2885      const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;              }
2886      const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;          }
2887      const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;      }
2888      const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;      return closest;
     const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;  
     const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;  
     const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;  
     const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;  
     const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;  
     const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;  
     const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;  
     const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;  
     const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;  
     const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;  
     const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;  
     const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;  
     const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;  
     const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;  
     const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;  
     const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;  
     const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;  
     const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
   
     rhs.requireWrite();  
 #pragma omp parallel  
     {  
         for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring  
 #pragma omp for  
             for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {  
                 for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {  
                     for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {  
                         bool add_EM_S=false;  
                         bool add_EM_F=false;  
                         vector<double> EM_S(8*8, 0);  
                         vector<double> EM_F(8, 0);  
                         const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;  
                         ///////////////  
                         // process A //  
                         ///////////////  
                         if (!A.isEmpty()) {  
                             add_EM_S=true;  
                             const double* A_p=const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);  
                             if (A.actsExpanded()) {  
                                 const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];  
                                 const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];  
                                 const double A_02_0 = A_p[INDEX3(0,2,0,3,3)];  
                                 const double A_10_0 = A_p[INDEX3(1,0,0,3,3)];  
                                 const double A_11_0 = A_p[INDEX3(1,1,0,3,3)];  
                                 const double A_12_0 = A_p[INDEX3(1,2,0,3,3)];  
                                 const double A_20_0 = A_p[INDEX3(2,0,0,3,3)];  
                                 const double A_21_0 = A_p[INDEX3(2,1,0,3,3)];  
                                 const double A_22_0 = A_p[INDEX3(2,2,0,3,3)];  
                                 const double A_00_1 = A_p[INDEX3(0,0,1,3,3)];  
                                 const double A_01_1 = A_p[INDEX3(0,1,1,3,3)];  
                                 const double A_02_1 = A_p[INDEX3(0,2,1,3,3)];  
                                 const double A_10_1 = A_p[INDEX3(1,0,1,3,3)];  
                                 const double A_11_1 = A_p[INDEX3(1,1,1,3,3)];  
                                 const double A_12_1 = A_p[INDEX3(1,2,1,3,3)];  
                                 const double A_20_1 = A_p[INDEX3(2,0,1,3,3)];  
                                 const double A_21_1 = A_p[INDEX3(2,1,1,3,3)];  
                                 const double A_22_1 = A_p[INDEX3(2,2,1,3,3)];  
                                 const double A_00_2 = A_p[INDEX3(0,0,2,3,3)];  
                                 const double A_01_2 = A_p[INDEX3(0,1,2,3,3)];  
                                 const double A_02_2 = A_p[INDEX3(0,2,2,3,3)];  
                                 const double A_10_2 = A_p[INDEX3(1,0,2,3,3)];  
                                 const double A_11_2 = A_p[INDEX3(1,1,2,3,3)];  
                                 const double A_12_2 = A_p[INDEX3(1,2,2,3,3)];  
                                 const double A_20_2 = A_p[INDEX3(2,0,2,3,3)];  
                                 const double A_21_2 = A_p[INDEX3(2,1,2,3,3)];  
                                 const double A_22_2 = A_p[INDEX3(2,2,2,3,3)];  
                                 const double A_00_3 = A_p[INDEX3(0,0,3,3,3)];  
                                 const double A_01_3 = A_p[INDEX3(0,1,3,3,3)];  
                                 const double A_02_3 = A_p[INDEX3(0,2,3,3,3)];  
                                 const double A_10_3 = A_p[INDEX3(1,0,3,3,3)];  
                                 const double A_11_3 = A_p[INDEX3(1,1,3,3,3)];  
                                 const double A_12_3 = A_p[INDEX3(1,2,3,3,3)];  
                                 const double A_20_3 = A_p[INDEX3(2,0,3,3,3)];  
                                 const double A_21_3 = A_p[INDEX3(2,1,3,3,3)];  
                                 const double A_22_3 = A_p[INDEX3(2,2,3,3,3)];  
                                 const double A_00_4 = A_p[INDEX3(0,0,4,3,3)];  
                                 const double A_01_4 = A_p[INDEX3(0,1,4,3,3)];  
                                 const double A_02_4 = A_p[INDEX3(0,2,4,3,3)];  
                                 const double A_10_4 = A_p[INDEX3(1,0,4,3,3)];  
                                 const double A_11_4 = A_p[INDEX3(1,1,4,3,3)];  
                                 const double A_12_4 = A_p[INDEX3(1,2,4,3,3)];  
                                 const double A_20_4 = A_p[INDEX3(2,0,4,3,3)];  
                                 const double A_21_4 = A_p[INDEX3(2,1,4,3,3)];  
                                 const double A_22_4 = A_p[INDEX3(2,2,4,3,3)];  
                                 const double A_00_5 = A_p[INDEX3(0,0,5,3,3)];  
                                 const double A_01_5 = A_p[INDEX3(0,1,5,3,3)];  
                                 const double A_02_5 = A_p[INDEX3(0,2,5,3,3)];  
                                 const double A_10_5 = A_p[INDEX3(1,0,5,3,3)];  
                                 const double A_11_5 = A_p[INDEX3(1,1,5,3,3)];  
                                 const double A_12_5 = A_p[INDEX3(1,2,5,3,3)];  
                                 const double A_20_5 = A_p[INDEX3(2,0,5,3,3)];  
                                 const double A_21_5 = A_p[INDEX3(2,1,5,3,3)];  
                                 const double A_22_5 = A_p[INDEX3(2,2,5,3,3)];  
                                 const double A_00_6 = A_p[INDEX3(0,0,6,3,3)];  
                                 const double A_01_6 = A_p[INDEX3(0,1,6,3,3)];  
                                 const double A_02_6 = A_p[INDEX3(0,2,6,3,3)];  
                                 const double A_10_6 = A_p[INDEX3(1,0,6,3,3)];  
                                 const double A_11_6 = A_p[INDEX3(1,1,6,3,3)];  
                                 const double A_12_6 = A_p[INDEX3(1,2,6,3,3)];  
                                 const double A_20_6 = A_p[INDEX3(2,0,6,3,3)];  
                                 const double A_21_6 = A_p[INDEX3(2,1,6,3,3)];  
                                 const double A_22_6 = A_p[INDEX3(2,2,6,3,3)];  
                                 const double A_00_7 = A_p[INDEX3(0,0,7,3,3)];  
                                 const double A_01_7 = A_p[INDEX3(0,1,7,3,3)];  
                                 const double A_02_7 = A_p[INDEX3(0,2,7,3,3)];  
                                 const double A_10_7 = A_p[INDEX3(1,0,7,3,3)];  
                                 const double A_11_7 = A_p[INDEX3(1,1,7,3,3)];  
                                 const double A_12_7 = A_p[INDEX3(1,2,7,3,3)];  
                                 const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];  
                                 const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];  
                                 const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];  
                                 const double tmp160_0 = A_12_0 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp8_0 = A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp135_0 = A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp67_0 = A_02_2 + A_02_7;  
                                 const double tmp211_0 = A_12_6 + A_21_6;  
                                 const double tmp180_0 = A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp37_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp92_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp195_0 = A_02_2 + A_20_2;  
                                 const double tmp70_0 = A_01_0 + A_01_7;  
                                 const double tmp139_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp200_0 = A_12_3 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp60_0 = A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6;  
                                 const double tmp192_0 = A_01_5 + A_10_5;  
                                 const double tmp46_0 = A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp48_0 = A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp166_0 = A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp221_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp50_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp217_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp216_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp104_0 = A_22_2 + A_22_6;  
                                 const double tmp72_0 = A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp79_0 = A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp86_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp214_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp32_0 = A_02_0 + A_02_2;  
                                 const double tmp112_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp197_0 = A_12_0 + A_21_0;  
                                 const double tmp106_0 = A_22_1 + A_22_5;  
                                 const double tmp2_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp115_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp175_0 = A_01_3 + A_01_7;  
                                 const double tmp126_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp90_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp47_0 = A_12_0 + A_12_6;  
                                 const double tmp205_0 = A_02_7 + A_20_7;  
                                 const double tmp148_0 = A_01_3 + A_01_4;  
                                 const double tmp113_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp43_0 = A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp161_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp69_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp176_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6;  
                                 const double tmp105_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp22_0 = A_01_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp91_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp206_0 = A_12_7 + A_21_7;  
                                 const double tmp188_0 = A_02_5 + A_20_5;  
                                 const double tmp117_0 = A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp165_0 = A_01_1 + A_01_6;  
                                 const double tmp66_0 = A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp57_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp31_0 = A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp3_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp183_0 = A_12_0 + A_12_7;  
                                 const double tmp61_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp54_0 = A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp18_0 = A_02_3 + A_02_6;  
                                 const double tmp119_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp29_0 = A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp17_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp212_0 = A_02_6 + A_20_6;  
                                 const double tmp220_0 = A_02_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp78_0 = A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp215_0 = A_01_6 + A_10_6;  
                                 const double tmp203_0 = A_01_7 + A_10_7;  
                                 const double tmp87_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp114_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp0_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp202_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp4_0 = A_20_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp65_0 = A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp24_0 = A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp64_0 = A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp170_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp11_0 = A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp82_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp99_0 = A_01_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp49_0 = A_12_1 + A_12_7;  
                                 const double tmp130_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp144_0 = A_01_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp109_0 = A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7;  
                                 const double tmp185_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp157_0 = A_01_4 + A_10_4;  
                                 const double tmp51_0 = A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7;  
                                 const double tmp146_0 = A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp147_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp150_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp62_0 = A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp223_0 = A_12_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp16_0 = A_02_2 + A_02_5;  
                                 const double tmp168_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp88_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp142_0 = A_01_7 + A_10_4;  
                                 const double tmp34_0 = A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp71_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp213_0 = A_02_1 + A_20_1;  
                                 const double tmp227_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp228_0 = A_12_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp140_0 = A_01_2 + A_01_6;  
                                 const double tmp74_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5;  
                                 const double tmp167_0 = A_11_0 + A_11_2;  
                                 const double tmp143_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp83_0 = A_02_0 + A_02_5;  
                                 const double tmp14_0 = A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6;  
                                 const double tmp5_0 = A_12_1 + A_12_6;  
                                 const double tmp94_0 = A_02_1 + A_02_3;  
                                 const double tmp193_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp97_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7;  
                                 const double tmp131_0 = A_01_1 + A_01_5;  
                                 const double tmp124_0 = A_01_6 + A_10_5;  
                                 const double tmp149_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp187_0 = A_01_2 + A_10_2;  
                                 const double tmp93_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp25_0 = A_01_4 + A_01_7 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp156_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp20_0 = A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp55_0 = A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp208_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp125_0 = A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp158_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp108_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp199_0 = A_12_2 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp10_0 = A_02_1 + A_02_4;  
                                 const double tmp182_0 = A_02_3 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp132_0 = A_02_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp191_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp35_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3;  
                                 const double tmp164_0 = A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp190_0 = A_12_5 + A_21_5;  
                                 const double tmp73_0 = A_02_1 + A_02_6;  
                                 const double tmp98_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp225_0 = A_12_4 + A_21_2;  
                                 const double tmp103_0 = A_02_4 + A_02_6;  
                                 const double tmp194_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp207_0 = A_12_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp102_0 = A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp1_0 = A_22_3 + A_22_7;  
                                 const double tmp172_0 = A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp222_0 = A_12_5 + A_21_3;  
                                 const double tmp201_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp155_0 = A_12_4 + A_21_4;  
                                 const double tmp174_0 = A_02_1 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp59_0 = A_01_0 + A_01_3;  
                                 const double tmp21_0 = A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp141_0 = A_02_2 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp210_0 = A_01_1 + A_10_1;  
                                 const double tmp145_0 = A_00_0 + A_00_1;  
                                 const double tmp121_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp224_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp186_0 = A_02_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp53_0 = A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp184_0 = A_02_5 + A_20_0;  
                                 const double tmp38_0 = A_12_0 + A_12_1;  
                                 const double tmp12_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp230_0 = A_12_6 + A_21_0;  
                                 const double tmp23_0 = A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp81_0 = A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp134_0 = A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp129_0 = A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp137_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7;  
                                 const double tmp198_0 = A_01_0 + A_10_0;  
                                 const double tmp9_0 = A_21_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp179_0 = A_01_0 + A_01_4;  
                                 const double tmp100_0 = A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp173_0 = A_02_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp42_0 = A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp226_0 = A_12_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp6_0 = A_22_0 + A_22_4;  
                                 const double tmp218_0 = A_12_1 + A_21_1;  
                                 const double tmp28_0 = A_01_2 + A_10_1;  
                                 const double tmp133_0 = A_02_6 + A_20_3;  
                                 const double tmp13_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp27_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp75_0 = A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp36_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp138_0 = A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp189_0 = A_12_2 + A_21_2;  
                                 const double tmp181_0 = A_02_7 + A_20_2;  
                                 const double tmp85_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp122_0 = A_01_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp95_0 = A_01_3 + A_10_0;  
                                 const double tmp120_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp196_0 = A_02_0 + A_20_0;  
                                 const double tmp171_0 = A_02_3 + A_02_4;  
                                 const double tmp204_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp45_0 = A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp101_0 = A_01_5 + A_01_6 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp58_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp107_0 = A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp30_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp63_0 = A_12_2 + A_12_5;  
                                 const double tmp127_0 = A_12_2 + A_12_3;  
                                 const double tmp177_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp178_0 = A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp76_0 = A_01_1 + A_01_2;  
                                 const double tmp80_0 = A_22_2 + A_22_3 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp41_0 = A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp89_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp116_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp33_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_2 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_5 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp169_0 = A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp96_0 = A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp111_0 = A_12_3 + A_12_4;  
                                 const double tmp118_0 = A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp19_0 = A_12_3 + A_12_5;  
                                 const double tmp68_0 = A_01_5 + A_01_6;  
                                 const double tmp7_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp154_0 = A_12_3 + A_21_3;  
                                 const double tmp152_0 = A_02_4 + A_20_4;  
                                 const double tmp153_0 = A_02_3 + A_20_3;  
                                 const double tmp163_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp44_0 = A_01_4 + A_01_7;  
                                 const double tmp39_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6;  
                                 const double tmp123_0 = A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp40_0 = A_02_5 + A_02_7;  
                                 const double tmp110_0 = A_02_0 + A_02_7;  
                                 const double tmp77_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp209_0 = A_12_7 + A_21_1;  
                                 const double tmp219_0 = A_02_4 + A_20_1;  
                                 const double tmp84_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp162_0 = A_12_1 + A_12_7 + A_21_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp159_0 = A_01_3 + A_10_3;  
                                 const double tmp56_0 = A_11_1 + A_11_3;  
                                 const double tmp52_0 = A_01_2 + A_01_5;  
                                 const double tmp26_0 = A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp229_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp151_0 = A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp136_0 = A_02_0 + A_02_5 + A_20_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp128_0 = A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp15_0 = A_12_2 + A_12_4;  
                                 const double tmp296_1 = tmp159_0*w42;  
                                 const double tmp130_1 = tmp67_0*w5;  
                                 const double tmp98_1 = A_01_6*w42;  
                                 const double tmp231_1 = tmp125_0*w6;  
                                 const double tmp42_1 = tmp34_0*w12;  
                                 const double tmp199_1 = A_02_5*w28;  
                                 const double tmp113_1 = tmp29_0*w13;  
                                 const double tmp330_1 = tmp152_0*w28;  
                                 const double tmp90_1 = A_01_1*w46;  
                                 const double tmp446_1 = tmp77_0*w22;  
                                 const double tmp108_1 = tmp43_0*w5;  
                                 const double tmp524_1 = A_12_6*w29;  
                                 const double tmp232_1 = tmp126_0*w34;  
                                 const double tmp33_1 = tmp25_0*w37;  
                                 const double tmp461_1 = tmp180_0*w1;  
                                 const double tmp14_1 = tmp8_0*w6;  
                                 const double tmp447_1 = tmp205_0*w26;  
                                 const double tmp452_1 = tmp198_0*w42;  
                                 const double tmp217_1 = tmp81_0*w9;  
                                 const double tmp76_1 = tmp59_0*w20;  
                                 const double tmp421_1 = tmp134_0*w31;  
                                 const double tmp485_1 = tmp51_0*w51;  
                                 const double tmp240_1 = tmp131_0*w1;  
                                 const double tmp160_1 = tmp91_0*w9;  
                                 const double tmp174_1 = A_20_1*w26;  
                                 const double tmp273_1 = A_10_1*w46;  
                                 const double tmp159_1 = tmp90_0*w47;  
                                 const double tmp228_1 = tmp103_0*w5;  
                                 const double tmp313_1 = tmp166_0*w45;  
                                 const double tmp45_1 = tmp37_0*w30;  
                                 const double tmp512_1 = tmp147_0*w13;  
                                 const double tmp73_1 = tmp56_0*w43;  
                                 const double tmp61_1 = A_01_6*w46;  
                                 const double tmp316_1 = tmp167_0*w43;  
                                 const double tmp189_1 = tmp112_0*w20;  
                                 const double tmp455_1 = tmp215_0*w39;  
                                 const double tmp360_1 = A_21_5*w24;  
                                 const double tmp258_1 = A_20_7*w2;  
                                 const double tmp196_1 = A_20_6*w26;  
                                 const double tmp37_1 = tmp29_0*w6;  
                                 const double tmp9_1 = A_12_7*w29;  
                                 const double tmp80_1 = tmp63_0*w19;  
                                 const double tmp312_1 = tmp165_0*w8;  
                                 const double tmp264_1 = tmp101_0*w1;  
                                 const double tmp124_1 = A_02_3*w26;  
                                 const double tmp229_1 = tmp123_0*w11;  
                                 const double tmp333_1 = tmp159_0*w46;