/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3962 by jfenwick, Tue Sep 11 09:12:07 2012 UTC revision 4629 by sshaw, Fri Jan 24 03:29:25 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
17  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19    #include <ripley/DefaultAssembler3D.h>
20    #include <ripley/WaveAssembler3D.h>
21    #include <boost/scoped_array.hpp>
22    
23    #ifdef USE_NETCDF
24    #include <netcdfcpp.h>
25    #endif
26    
27  #if USE_SILO  #if USE_SILO
28  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 26  extern "C" { Line 34  extern "C" {
34  #include <iomanip>  #include <iomanip>
35    
36  using namespace std;  using namespace std;
37    using esysUtils::FileWriter;
38    
39  namespace ripley {  namespace ripley {
40    
41  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
42               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2,
43      RipleyDomain(3),               const std::vector<double>& points, const std::vector<int>& tags,
44      m_x0(x0),               const std::map<std::string, int>& tagnamestonums) :
45      m_y0(y0),      RipleyDomain(3)
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0)  
46  {  {
47      // ignore subdivision parameters for serial run      // ignore subdivision parameters for serial run
48      if (m_mpiInfo->size == 1) {      if (m_mpiInfo->size == 1) {
# Line 45  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 50  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
50          d1=1;          d1=1;
51          d2=1;          d2=1;
52      }      }
   
53      bool warn=false;      bool warn=false;
54      // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same      // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
55      // ratio as the number of elements      // ratio as the number of elements
56      if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {      if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
57          warn=true;          warn=true;
58          d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));          d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
59          d1=(int)(d0*n1/(float)n0);          d0=max(1, d0);
60            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
61          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
62          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
63              // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try              // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
# Line 78  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 83  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
83      }      }
84      if (d0<=0 && d1<=0) {      if (d0<=0 && d1<=0) {
85          warn=true;          warn=true;
86          d0=int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1)));          d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
87          d1=m_mpiInfo->size/d0;          d1=m_mpiInfo->size/d0;
88          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
89              // ratios not the same so subdivide side with more elements only              // ratios not the same so subdivide side with more elements only
# Line 92  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 97  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
97          }          }
98      } else if (d0<=0 && d2<=0) {      } else if (d0<=0 && d2<=0) {
99          warn=true;          warn=true;
100          d0=int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1)));          d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
101          d2=m_mpiInfo->size/d0;          d2=m_mpiInfo->size/d0;
102          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
103              // ratios not the same so subdivide side with more elements only              // ratios not the same so subdivide side with more elements only
# Line 106  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 111  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
111          }          }
112      } else if (d1<=0 && d2<=0) {      } else if (d1<=0 && d2<=0) {
113          warn=true;          warn=true;
114          d1=int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1)));          d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
115          d2=m_mpiInfo->size/d1;          d2=m_mpiInfo->size/d1;
116          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
117              // ratios not the same so subdivide side with more elements only              // ratios not the same so subdivide side with more elements only
# Line 130  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 135  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
135          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
136      }      }
137    
     m_NX=d0;  
     m_NY=d1;  
     m_NZ=d2;  
   
138      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
139      // among number of ranks      // among number of ranks
140      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
141          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
142    
143      if (warn) {      if (warn) {
# Line 144  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 145  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
145              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
146      }      }
147    
148      if ((n0+1)%m_NX > 0) {      double l0 = x1-x0;
149          double Dx=m_l0/n0;      double l1 = y1-y0;
150        double l2 = z1-z0;
151        m_dx[0] = l0/n0;
152        m_dx[1] = l1/n1;
153        m_dx[2] = l2/n2;
154    
155        if ((n0+1)%d0 > 0) {
156          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
157          m_l0=Dx*n0;          l0=m_dx[0]*n0;
158          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
159              << n0 << ", l0=" << m_l0 << endl;              << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
160      }      }
161      if ((n1+1)%m_NY > 0) {      if ((n1+1)%d1 > 0) {
         double Dy=m_l1/n1;  
162          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
163          m_l1=Dy*n1;          l1=m_dx[1]*n1;
164          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
165              << n1 << ", l1=" << m_l1 << endl;              << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
166      }      }
167      if ((n2+1)%m_NZ > 0) {      if ((n2+1)%d2 > 0) {
         double Dz=m_l2/n2;  
168          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
169          m_l2=Dz*n2;          l2=m_dx[2]*n2;
170          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
171              << n2 << ", l2=" << m_l2 << endl;              << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
172      }      }
173    
174      m_gNE0=n0;      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
     m_gNE1=n1;  
     m_gNE2=n2;  
   
     if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))  
175          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
176    
177        m_gNE[0] = n0;
178        m_gNE[1] = n1;
179        m_gNE[2] = n2;
180        m_origin[0] = x0;
181        m_origin[1] = y0;
182        m_origin[2] = z0;
183        m_length[0] = l0;
184        m_length[1] = l1;
185        m_length[2] = l2;
186        m_NX[0] = d0;
187        m_NX[1] = d1;
188        m_NX[2] = d2;
189    
190      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
191      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
192      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
193          m_NE0++;          m_NE[0]++;
194      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
195          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
196    
197      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
198      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
199          m_NE1++;          m_NE[1]++;
200      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
201          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
202    
203      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
204      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
205          m_NE2++;          m_NE[2]++;
206      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
207          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
208    
209      // local number of nodes      // local number of nodes
210      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
211      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
212      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
213    
214      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
215      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
216      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
217          m_offset0--;          m_offset[0]--;
218      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
219      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
220          m_offset1--;          m_offset[1]--;
221      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
222      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
223          m_offset2--;          m_offset[2]--;
224    
225      populateSampleIds();      populateSampleIds();
226      createPattern();      createPattern();
227        
228        assembler = new DefaultAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN);
229        for (map<string, int>::const_iterator i = tagnamestonums.begin();
230                i != tagnamestonums.end(); i++) {
231            setTagMap(i->first, i->second);
232        }
233        addPoints(tags.size(), &points[0], &tags[0]);
234  }  }
235    
236    
# Line 217  Brick::~Brick() Line 238  Brick::~Brick()
238  {  {
239      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);
240      Paso_Connector_free(m_connector);      Paso_Connector_free(m_connector);
241        delete assembler;
242  }  }
243    
244  string Brick::getDescription() const  string Brick::getDescription() const
# Line 229  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 251  bool Brick::operator==(const AbstractDom
251      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
252      if (o) {      if (o) {
253          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
254                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
255                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
256                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
257                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
258      }      }
259    
260      return false;      return false;
261  }  }
262    
263    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
264                const ReaderParameters& params) const
265    {
266    #ifdef USE_NETCDF
267        // check destination function space
268        int myN0, myN1, myN2;
269        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
270            myN0 = m_NN[0];
271            myN1 = m_NN[1];
272            myN2 = m_NN[2];
273        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
274                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
275            myN0 = m_NE[0];
276            myN1 = m_NE[1];
277            myN2 = m_NE[2];
278        } else
279            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
280    
281        if (params.first.size() != 3)
282            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
283    
284        if (params.numValues.size() != 3)
285            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
286    
287        if (params.multiplier.size() != 3)
288            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
289        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
290            if (params.multiplier[i]<1)
291                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
292    
293        // check file existence and size
294        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
295        if (!f.is_valid())
296            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
297    
298        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
299        if (!var)
300            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
301    
302        // TODO: rank>0 data support
303        const int numComp = out.getDataPointSize();
304        if (numComp > 1)
305            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
306    
307        const int dims = var->num_dims();
308        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
309    
310        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
311        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
312        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
313                          params.numValues[1] > edges[1] ||
314                          params.numValues[0] > edges[2]))
315                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
316                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
317            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
318        }
319    
320        // check if this rank contributes anything
321        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
322                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
323                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
324                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
325                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
326                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
327            return;
328        }
329    
330        // now determine how much this rank has to write
331    
332        // first coordinates in data object to write to
333        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
334        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
335        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
336        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
337        int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
338        int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
339        int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
340        // number of values to read
341        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
342        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
343        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
344    
345        // make sure we read the right block if going backwards through file
346        if (params.reverse[0])
347            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
348        if (dims>1 && params.reverse[1])
349            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
350        if (dims>2 && params.reverse[2])
351            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
352    
353    
354        vector<double> values(num0*num1*num2);
355        if (dims==3) {
356            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
357            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
358        } else if (dims==2) {
359            var->set_cur(idx1, idx0);
360            var->get(&values[0], num1, num0);
361        } else {
362            var->set_cur(idx0);
363            var->get(&values[0], num0);
364        }
365    
366        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
367        out.requireWrite();
368    
369        // helpers for reversing
370        const int x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
371        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
372        const int y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
373        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
374        const int z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
375        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
376    
377        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
378            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
379    #pragma omp parallel for
380                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
381                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
382                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
383                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
384                    const int srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
385                                      +(y0+y_mult*y)*num0
386                                      +(x0+x_mult*x);
387                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
388                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
389                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
390                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
391                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
392                                                   +m1*myN0
393                                                   +m2*myN0*myN1;
394                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
395                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
396                                        *dest++ = values[srcIndex];
397                                    }
398                                }
399                            }
400                        }
401                    }
402                }
403            }
404        }
405    #else
406        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
407    #endif
408    }
409    
410    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
411                               const ReaderParameters& params) const
412    {
413        // the mapping is not universally correct but should work on our
414        // supported platforms
415        switch (params.dataType) {
416            case DATATYPE_INT32:
417                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
418                break;
419            case DATATYPE_FLOAT32:
420                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
421                break;
422            case DATATYPE_FLOAT64:
423                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
424                break;
425            default:
426                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
427        }
428    }
429    
430    template<typename ValueType>
431    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
432                                   const ReaderParameters& params) const
433    {
434        // check destination function space
435        int myN0, myN1, myN2;
436        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
437            myN0 = m_NN[0];
438            myN1 = m_NN[1];
439            myN2 = m_NN[2];
440        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
441                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
442            myN0 = m_NE[0];
443            myN1 = m_NE[1];
444            myN2 = m_NE[2];
445        } else
446            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
447    
448        if (params.first.size() != 3)
449            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
450    
451        if (params.numValues.size() != 3)
452            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
453    
454        if (params.multiplier.size() != 3)
455            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
456        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
457            if (params.multiplier[i]<1)
458                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
459    
460        // check file existence and size
461        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
462        if (f.fail()) {
463            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
464        }
465        f.seekg(0, ios::end);
466        const int numComp = out.getDataPointSize();
467        const int filesize = f.tellg();
468        const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
469        if (filesize < reqsize) {
470            f.close();
471            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
472        }
473    
474        // check if this rank contributes anything
475        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
476                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
477                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
478                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
479                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
480                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
481            f.close();
482            return;
483        }
484    
485        // now determine how much this rank has to write
486    
487        // first coordinates in data object to write to
488        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
489        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
490        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
491        // indices to first value in file
492        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
493        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
494        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
495        // number of values to read
496        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
497        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
498        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
499    
500        out.requireWrite();
501        vector<ValueType> values(num0*numComp);
502        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
503    
504        for (int z=0; z<num2; z++) {
505            for (int y=0; y<num1; y++) {
506                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
507                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
508                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
509                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
510    
511                for (int x=0; x<num0; x++) {
512                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
513                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
514                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
515                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
516                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
517                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
518                                const int dataIndex = baseIndex+m0
519                                               +m1*myN0
520                                               +m2*myN0*myN1;
521                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
522                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
523                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
524    
525                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
526                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
527                                        // this will alter val!!
528                                        byte_swap32(cval);
529                                    }
530                                    if (!std::isnan(val)) {
531                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
532                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
533                                        }
534                                    }
535                                }
536                            }
537                        }
538                    }
539                }
540            }
541        }
542    
543        f.close();
544    }
545    
546    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
547                                int byteOrder, int dataType) const
548    {
549        // the mapping is not universally correct but should work on our
550        // supported platforms
551        switch (dataType) {
552            case DATATYPE_INT32:
553                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
554                break;
555            case DATATYPE_FLOAT32:
556                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
557                break;
558            case DATATYPE_FLOAT64:
559                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
560                break;
561            default:
562                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
563        }
564    }
565    
566    template<typename ValueType>
567    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
568                                    const string& filename, int byteOrder) const
569    {
570        // check function space and determine number of points
571        int myN0, myN1, myN2;
572        int totalN0, totalN1, totalN2;
573        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
574            myN0 = m_NN[0];
575            myN1 = m_NN[1];
576            myN2 = m_NN[2];
577            totalN0 = m_gNE[0]+1;
578            totalN1 = m_gNE[1]+1;
579            totalN2 = m_gNE[2]+1;
580        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
581                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
582            myN0 = m_NE[0];
583            myN1 = m_NE[1];
584            myN2 = m_NE[2];
585            totalN0 = m_gNE[0];
586            totalN1 = m_gNE[1];
587            totalN2 = m_gNE[2];
588        } else
589            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
590    
591        const int numComp = in.getDataPointSize();
592        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
593        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
594    
595        if (numComp > 1 || dpp > 1)
596            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
597    
598        // from here on we know that each sample consists of one value
599        FileWriter fw;
600        fw.openFile(filename, fileSize);
601        MPIBarrier();
602    
603        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
604            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
605                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
606                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
607                ostringstream oss;
608    
609                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
610                    const double* sample = in.getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
611                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
612                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
613                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
614                    } else {
615                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
616                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
617                    }
618                }
619                fw.writeAt(oss, fileofs);
620            }
621        }
622        fw.close();
623    }
624    
625  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
626  {  {
627  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 298  void Brick::dump(const string& fileName) Line 682  void Brick::dump(const string& fileName)
682      }      }
683      */      */
684    
685      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
686      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
687      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
688      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
689  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
690      {      {
691  #pragma omp for  #pragma omp for
692          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
693              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
694          }          }
695  #pragma omp for  #pragma omp for
696          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
697              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
698          }          }
699  #pragma omp for  #pragma omp for
700          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
701              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
702          }          }
703      }      }
704      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
705      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
706        // write mesh
707        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
708              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
709    
710      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
711        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
712              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
713    
714      // write element ids      // write element ids
715      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
716      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
717              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
718    
719      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
720      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 423  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 807  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
807          case ReducedElements:          case ReducedElements:
808              {              {
809                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
810                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
811                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
812                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
813                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
814              }              }
815          case FaceElements:          case FaceElements:
816          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
817              {              {
818                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
819                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
820                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
821                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
822                      if (id<n) {                      if (id<n) {
823                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
824                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
825                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
826                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
827                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
828                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
829                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
830                          } else { // left or right                          } else { // left or right
831                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
832                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
833                          }                          }
834                      }                      }
835                  }                  }
# Line 469  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 852  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
852          {          {
853              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
854  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
855                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
856                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
857                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
858                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
859                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
860                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 483  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 866  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
866    
867              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
868  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
869                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
870                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
871                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
872                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
873                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
874                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 497  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 880  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
880    
881              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
882  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
883                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
884                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
885                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
886                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
887                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
888                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 511  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 894  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
894    
895              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
896  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
897                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
898                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
899                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
900                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
901                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
902                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 525  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 908  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
908    
909              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
910  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
911                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
912                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
913                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
914                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
915                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
916                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 539  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 922  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
922    
923              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
924  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
925                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
926                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
927                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
928                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
929                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
930                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 557  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 940  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
940          {          {
941              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
942  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
943                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
944                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
945                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
946                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
947                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
948                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 569  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 952  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
952    
953              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
954  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
955                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
956                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
957                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
958                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
959                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
960                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 581  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 964  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
964    
965              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
966  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
967                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
968                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
969                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
970                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
971                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
972                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 593  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 976  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
976    
977              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
978  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
979                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
980                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
981                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
982                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
983                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
984                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 605  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 988  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
988    
989              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
990  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
991                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
992                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
993                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
994                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
995                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
996                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 617  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1000  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1000    
1001              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1002  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1003                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1004                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1005                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1006                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1007                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1008                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 642  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1025  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1025              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1026          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1027          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1028          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=sqrt(xSize*xSize+ySize*ySize+zSize*zSize);  
1029  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1030          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1031              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 655  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1035  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1035              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1036          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1037          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1038  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1039          {          {
1040              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1041                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1042  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1043                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1044                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1045                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1046                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1047                      }                      }
1048                  }                  }
1049              }              }
1050    
1051              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1052                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1053  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1054                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1055                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1056                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1057                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1058                      }                      }
1059                  }                  }
1060              }              }
1061    
1062              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1063                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1064  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1065                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1066                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1067                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1068                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1069                      }                      }
1070                  }                  }
1071              }              }
1072    
1073              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1074                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1075  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1076                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1077                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1078                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1079                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1080                      }                      }
1081                  }                  }
1082              }              }
1083    
1084              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1085                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1086  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1087                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1088                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1089                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1090                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1091                      }                      }
1092                  }                  }
1093              }              }
1094    
1095              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1096                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1097  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1098                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1099                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1100                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1101                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1102                      }                      }
1103                  }                  }
# Line 735  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1112  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1112      }      }
1113  }  }
1114    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1115  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1116  {  {
1117      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 752  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1119  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1119          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1120          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1121          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1122          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1123              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1124                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1125                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1126                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1127          }          }
1128      }      }
1129  }  }
1130    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1131    
1132  //protected  //protected
1133  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 853  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1139  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1139      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1140          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1141    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1142      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1143  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1144      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1145          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1146              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1147                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1148                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1149                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1150                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1151              }              }
1152          }          }
1153      }      }
1154  }  }
1155    
1156  //protected  //protected
1157  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1158  {  {
1159      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l2/m_gNE2;  
1160      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1161      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1162      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 898  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1178  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1178              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1179              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1180  #pragma omp for  #pragma omp for
1181              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1182                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1183                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1184                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1185                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1186                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1187                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1188                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1189                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1190                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1191                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1192                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1193                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1194                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1195                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1196                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1197                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1198                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1199                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1200                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1201                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1202                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1203                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1204                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1205                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1206                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1207                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1208                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
# Line 965  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1245  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1245              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1246              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1247  #pragma omp for  #pragma omp for
1248              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1249                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1250                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1251                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1252                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1253                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1254                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1255                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1256                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1257                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1258                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1259                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1260                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1261                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1262                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1263                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1264                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1265                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1266                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1000  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1280  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1280              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1281              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1282  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1283                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1284                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1285                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1286                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1287                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1288                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1289                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1290                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1291                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1292                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1293                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1294                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1295                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1296                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1297                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1298                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1299                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1300                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1301                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1302                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1303                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1304                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1305                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1306                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1307                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1308                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1309                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1310                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1311                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 1034  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1314  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1314              } // end of face 0              } // end of face 0
1315              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1316  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1317                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1318                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1319                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1320                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1321                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1322                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1323                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1324                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1325                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1326                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1327                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1328                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1329                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1330                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1331                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1332                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1333                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1334                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1335                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1336                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1337                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1338                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1339                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1340                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1341                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1342                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1343                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1344                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1345                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 1068  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1348  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1348              } // end of face 1              } // end of face 1
1349              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1350  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1351                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1352                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1353                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1354                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1355                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1356                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1357                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1358                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1359                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1360                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1361                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1362                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1363                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1364                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1365                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1366                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1367                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1368                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1369                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1370                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1371                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1372                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1373                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1374                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1375                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1376                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1377                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1378                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1379                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 1101  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1381  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1381              } // end of face 2              } // end of face 2
1382              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1383  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1384                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1385                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1386                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1387                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1388                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1389                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1390                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1391                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1392                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1393                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1394                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1395                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1396                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1397                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1398                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1399                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1400                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1401                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1402                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1403                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1404                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1405                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1406                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1407                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1408                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1409                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1410                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1411                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1412                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1413                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 1135  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1415  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1415              } // end of face 3              } // end of face 3
1416              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1417  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1418                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1419                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1420                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1421                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1422                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1423                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1424                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1425                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1426                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1427                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1429                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1430                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1431                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1432                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1433                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1434                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1435                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1436                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1437                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1438                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1439                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1440                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1441                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1442                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1443                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1444                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1445                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1446                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1447                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1448                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1449              } // end of face 4              } // end of face 4
1450              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1451  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1452                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1453                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1454                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1455                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1456                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1457                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1458                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1459                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1460                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1461                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1462                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1463                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1464                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1465                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1466                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1467                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1468                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1469                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1470                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1471                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1472                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1473                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1474                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1475                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1476                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1477                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1478                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1479                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1480                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1481                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1482                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1216  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1496  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1496              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1497              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1498  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1499                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1500                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1501                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1502                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1503                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1504                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1505                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1507                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1508                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1510                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1511                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1512                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1513                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1514                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1515                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1516                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1517              } // end of face 0              } // end of face 0
1518              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1519  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1520                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1521                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1522                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1523                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1524                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1525                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1526                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1527                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1528                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1529                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1530                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1531                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1532                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1533                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1534                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1535                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1536                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1537                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1538              } // end of face 1              } // end of face 1
1539              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1540  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1541                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1542                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1543                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1544                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1545                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1546                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1547                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1548                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1549                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1550                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1551                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1552                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1553                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1554                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1555                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1556                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1557                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1558                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1559              } // end of face 2              } // end of face 2
1560              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1561  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1562                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1563                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1564                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1565                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1566                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1567                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1568                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1569                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1570                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1571                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1572                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1573                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1574                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1575                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1576                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1577                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1578                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1579                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1580              } // end of face 3              } // end of face 3
1581              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1582  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1583                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1584                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1585                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1586                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1587                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1588                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1589                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1590                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1591                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1592                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1593                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1594                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1595                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1596                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1597                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1598                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1599                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1600                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1601              } // end of face 4              } // end of face 4
1602              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1603  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1604                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1605                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1606                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1607                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1608                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1609                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1610                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1611                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1612                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1613                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1614                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1615                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1616                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1617                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1618                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1619                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1620                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1621                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1345  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1625  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1625  }  }
1626    
1627  //protected  //protected
1628  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1629  {  {
1630      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1631      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1632      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1633      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
     const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);  
     const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);  
     const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);  
1634      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1635      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1636          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
1637  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1638          {          {
1639              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1640  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1641              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1642                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1643                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1644                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1645                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1646                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1647                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1386  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1663  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1663          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1664    
1665      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1666          const double w_0 = h0*h1*h2;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1667  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1668          {          {
1669              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1670  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1671              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1672                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1673                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1674                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1675                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1676                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1677                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1408  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1685  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1685          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1686    
1687      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1688          const double w_0 = h1*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1689          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1690          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1691  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1692          {          {
1693              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1694              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1695  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1696                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1697                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1698                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1699                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1700                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1701                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1432  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1709  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1709    
1710              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1711  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1712                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1713                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1714                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1715                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1716                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1717                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1448  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1725  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1725    
1726              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1727  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1728                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1729                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1730                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1731                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1732                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1733                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1464  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1741  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1741    
1742              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1743  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1744                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1745                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1746                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1747                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1748                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1749                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1480  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1757  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1757    
1758              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1759  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1760                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1761                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1762                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1763                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1764                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1765                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1496  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1773  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1773    
1774              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1775  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1776                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1777                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1778                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1779                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1780                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1781                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1516  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1793  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1793          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1794    
1795      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1796          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1797          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1798          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1799  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1800          {          {
1801              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1802              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1803  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1804                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1805                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1806                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1807                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1808                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1809                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1536  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1813  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1813    
1814              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1815  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1816                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1817                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1818                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1819                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1820                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1821                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1548  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1825  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1825    
1826              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1827  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1828                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1829                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1830                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1831                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1832                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1833                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1560  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1837  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1837    
1838              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1839  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1840                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1841                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1842                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1843                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1844                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1845                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1572  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1849  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1849    
1850              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1851  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1852                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1853                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1854                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1855                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1856                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1857                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1584  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1861  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1861    
1862              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1863  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1864                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1865                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1866                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1867                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1868                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1869                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1604  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1881  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1881  //protected  //protected
1882  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1883  {  {
1884      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1885      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1886      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1887      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1888      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1889      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1636  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV Line 1913  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV
1913  }  }
1914    
1915  //protected  //protected
1916  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1917  {  {
1918      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1919      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1920    
1921      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1922      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1923      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1924      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1925      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1926      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1927  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1928      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1929          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1930              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1931                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1932                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1933                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1934              }              }
# Line 1660  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1937  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1937  }  }
1938    
1939  //protected  //protected
1940  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1941  {  {
1942      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1943      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);
1944      in.requireWrite();      Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRO(0));
     Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRW(0));  
1945    
1946      const dim_t numDOF = getNumDOF();      const dim_t numDOF = getNumDOF();
1947      out.requireWrite();      out.requireWrite();
# Line 1678  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1954  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1954                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1955          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1956      }      }
1957        Paso_Coupler_free(coupler);
1958  }  }
1959    
1960  //private  //private
1961  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1962  {  {
1963      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1964      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1965        // left-right, bottom-top, front-back).
1966        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1967        // helps when writing out data rank after rank.
1968    
1969      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1970      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1698  void Brick::populateSampleIds() Line 1978  void Brick::populateSampleIds()
1978      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1979      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1980      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1981    
1982        // populate face element counts
1983        //left
1984        if (m_offset[0]==0)
1985            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1986        else
1987            m_faceCount[0]=0;
1988        //right
1989        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1990            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1991        else
1992            m_faceCount[1]=0;
1993        //bottom
1994        if (m_offset[1]==0)
1995            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1996        else
1997            m_faceCount[2]=0;
1998        //top
1999        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
2000            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
2001        else
2002            m_faceCount[3]=0;
2003        //front
2004        if (m_offset[2]==0)
2005            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
2006        else
2007            m_faceCount[4]=0;
2008        //back
2009        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2010            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2011        else
2012            m_faceCount[5]=0;
2013    
2014      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
2015    
2016        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2017        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2018        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2019        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2020        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2021        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2022    
2023        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2024        // set the node id's according to the order mentioned above.
2025        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2026        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2027        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2028        // the 6 faces are set but only if required...
2029    
2030    #define globalNodeId(x,y,z) \
2031        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2032        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2033        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2034    
2035  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2036      {      {
2037            // set edge id's
2038            // edges in x-direction, including corners
2039    #pragma omp for nowait
2040            for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2041                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2042                m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2043                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2044                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2045            }
2046            // edges in y-direction, without corners
2047    #pragma omp for nowait
2048            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2049                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2050                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2051                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2052                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2053            }
2054            // edges in z-direction, without corners
2055    #pragma omp for
2056            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2057                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2058                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2059                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2060                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2061            }
2062            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2063            // below
2064    
2065            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2066  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2067          // nodes          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2068          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2069              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2070                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {                      const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2071                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =                      const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2072                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)                      m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2073                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)                          = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
                         +m_offset0+i0;  
2074                  }                  }
2075              }              }
2076          }          }
2077    
2078          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2079            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2080    #pragma omp for nowait
2081                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2082                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2083                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2084                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2085                        m_nodeId[nodeIdx]
2086                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2087                    }
2088                }
2089            }
2090            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2091    #pragma omp for nowait
2092                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2093                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2094                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2095                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2096                        m_nodeId[nodeIdx]
2097                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2098                    }
2099                }
2100            }
2101            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2102    #pragma omp for nowait
2103                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2104                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2105                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2106                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2107                        m_nodeId[nodeIdx]
2108                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2109                    }
2110                }
2111            }
2112            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2113    #pragma omp for nowait
2114                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2115                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2116                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2117                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2118                        m_nodeId[nodeIdx]
2119                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2120                    }
2121                }
2122            }
2123            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2124    #pragma omp for nowait
2125                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2126                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2127                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2128                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2129                        m_nodeId[nodeIdx]
2130                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2131                    }
2132                }
2133            }
2134            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2135  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2136          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2137              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2138                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2139                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2140                        m_nodeId[nodeIdx]
2141                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2142                    }
2143                }
2144            }
2145    
2146          // elements          // populate element id's
2147  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2148          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2149              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2150                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2151                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2152                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2153                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2154                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2155                  }                  }
2156              }              }
2157          }          }
# Line 1739  void Brick::populateSampleIds() Line 2162  void Brick::populateSampleIds()
2162              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2163      } // end parallel section      } // end parallel section
2164    
2165    #undef globalNodeId
2166    
2167      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2168      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2169    
# Line 1746  void Brick::populateSampleIds() Line 2171  void Brick::populateSampleIds()
2171      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2172    
2173      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2174      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2175      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2176      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2177      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2178      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2179      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2180          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2181              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2182              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2183              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2184          }          }
2185      }      }
2186      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1771  void Brick::populateSampleIds() Line 2195  void Brick::populateSampleIds()
2195  //private  //private
2196  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2197  {  {
2198      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2199      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2200      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2201      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2202      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2203      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2204    
2205      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2206      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1785  void Brick::createPattern() Line 2209  void Brick::createPattern()
2209      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2210          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2211              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2212                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2213              }              }
2214          }          }
2215      }      }
# Line 1799  void Brick::createPattern() Line 2223  void Brick::createPattern()
2223      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2224      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2225      int numShared=0;      int numShared=0;
2226      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2227      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2228      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2229      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2230          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2231              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1812  void Brick::createPattern() Line 2236  void Brick::createPattern()
2236                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2237                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2238                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2239                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2240                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2241                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2242                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2243                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2244                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2245                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2246                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2247                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2248                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2249                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2250                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2251                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1854  void Brick::createPattern() Line 2278  void Brick::createPattern()
2278                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2279                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2280                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2281                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2282                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2283                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2284                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2285                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1888  void Brick::createPattern() Line 2312  void Brick::createPattern()
2312                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2313                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2314                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2315                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2316                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2317                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2318                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2319                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1912  void Brick::createPattern() Line 2336  void Brick::createPattern()
2336                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2337                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2338                                  }                                  }
2339                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2340                              }                              }
2341                          }                          }
2342                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1920  void Brick::createPattern() Line 2344  void Brick::createPattern()
2344                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2345                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2346                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2347                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2348                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2349                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2350                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2351                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1937  void Brick::createPattern() Line 2361  void Brick::createPattern()
2361                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2362                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2363                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2364                          const int firstNode=bottom*m_N0                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2365                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2366                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2367                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2368                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2369                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1948  void Brick::createPattern() Line 2372  void Brick::createPattern()
2372                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2373                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2374                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2375                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2376                          }                          }
2377                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2378                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2379                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2380                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2381                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2382                          const int firstNode=front*m_N0*m_N1                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2383                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2384                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2385                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2386                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2387                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1966  void Brick::createPattern() Line 2390  void Brick::createPattern()
2390                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2391                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2392                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2393                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2394                          }                          }
2395                      } else {                      } else {
2396                          // sharing a node                          // sharing a node
2397                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2398                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2399                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2400                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2401                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2402                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2403                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2404                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2405                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2086  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2510  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2510      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2511      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2512      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2513      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2514      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2515      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2516      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2517      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2518      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2519      if (addF) {      if (addF) {
2520          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2521          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 2108  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2532  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2532  }  }
2533    
2534  //protected  //protected
2535  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out,
2536                                           const escript::Data& in,
2537                                         bool reduced) const                                         bool reduced) const
2538  {  {
2539      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2540      if (reduced) {      if (reduced) {
2541          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .125;  
2542  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2543          {          {
2544              vector<double> f_000(numComp);              vector<double> f_000(numComp);
# Line 2126  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2550  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2550              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2551              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2552  #pragma omp for  #pragma omp for
2553              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2554                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2555                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2556                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2557                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2558                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2559                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2560                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2561                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2562                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2563                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2564                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2565                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2566                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2567                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2568                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2569                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2162  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2586  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2586              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2587              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2588  #pragma omp for  #pragma omp for
2589              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2590                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2591                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2592                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2593                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2594                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2595                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2596                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2597                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2598                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2599                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2600                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2601                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2602                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2603                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2192  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2616  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2616  }  }
2617    
2618  //protected  //protected
2619  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, const escript::Data& in,
2620                                      bool reduced) const                                      bool reduced) const
2621  {  {
2622      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2623      if (reduced) {      if (reduced) {
2624          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2625  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2626          {          {
2627              vector<double> f_000(numComp);              vector<double> f_000(numComp);
# Line 2211  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2634  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2634              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2635              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2636  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2637                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2638                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2639                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2640                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2641                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2642                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2643                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2644                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2645                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2646                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2647                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2648                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2649              } // end of face 0              } // end of face 0
2650              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2651  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2652                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2653                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2654                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2655                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2656                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2657                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2658                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2659                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2660                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2661                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2662                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2663                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2664              } // end of face 1              } // end of face 1
2665              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2666  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2667                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2668                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2669                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2670                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2671                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2672                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2673                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2674                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2675                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2676                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2677                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2678                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2679              } // end of face 2              } // end of face 2
2680              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2681  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2682                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2683                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2684                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2685                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2686                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2687                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2688                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2689                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2690                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2691                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2692                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2693                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2694              } // end of face 3              } // end of face 3
2695              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2696  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2697                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2698                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2699                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2700                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2701                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2702                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2703                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2704                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2705                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2706                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2707                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2708                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2709              } // end of face 4              } // end of face 4
2710              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2711  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2712                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2713                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2714                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2715                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2716                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2717                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2718                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2719                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2720                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2721                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2722                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2723                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2317  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2740  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2740              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2741              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2742  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2743                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2744                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2745                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2746                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2747                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2748                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2749                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2750                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2751                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2752                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2335  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2758  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2758              } // end of face 0              } // end of face 0
2759              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2760  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2761                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2762                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2763                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2764                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2765                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2766                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2767                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2768                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2769                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2770                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2353  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2776  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2776              } // end of face 1              } // end of face 1
2777              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2778  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2779                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2780                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2781                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2782                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2783                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2784                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2785                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2786                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2787                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2788                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2371  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2794  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2794              } // end of face 2              } // end of face 2
2795              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2796  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2797                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2798                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2799                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2800                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2801                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2802                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2803                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2804                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2805                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2806                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2389  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2812  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2812              } // end of face 3              } // end of face 3
2813              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2814  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2815                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2816                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2817                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2818                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2819                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2820                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2821                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2822                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2823                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2824                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2407  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2830  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2830              } // end of face 4              } // end of face 4
2831              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2832  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2833                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2834                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2835                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2836                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2837                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2838                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2839                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2840                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2841                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2842                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2427  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2850  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2850      }      }
2851  }  }
2852    
2853  //protected  int Brick::findNode(const double *coords) const {
2854  void Brick::assemblePDESingle(Paso_SystemMatrix* mat, escript::Data& rhs,      const int NOT_MINE = -1;
2855          const escript::Data& A, const escript::Data& B,      //is the found element even owned by this rank
2856          const escript::Data& C, const escript::Data& D,      for (int dim = 0; dim < m_numDim; dim++) {
2857          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          if (m_origin[dim] + m_offset[dim] > coords[dim]  || m_origin[dim]
2858  {                  + m_offset[dim] + m_dx[dim]*m_ownNE[dim] < coords[dim]) {
2859      const double h0 = m_l0/m_gNE0;              return NOT_MINE;
2860      const double h1 = m_l1/m_gNE1;          }
2861      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      }
2862      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      // get distance from origin
2863      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      double x = coords[0] - m_origin[0];
2864      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      double y = coords[1] - m_origin[1];
2865      const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;      double z = coords[2] - m_origin[2];
2866      const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;      // distance in elements
2867      const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;      int ex = (int) floor(x / m_dx[0]);
2868      const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;      int ey = (int) floor(y / m_dx[1]);
2869      const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;      int ez = (int) floor(z / m_dx[2]);
2870      const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;      // set the min distance high enough to be outside the element plus a bit
2871      const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;      int closest = NOT_MINE;
2872      const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      double minDist = 1;
2873      const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;      for (int dim = 0; dim < m_numDim; dim++) {
2874      const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;          minDist += m_dx[dim]*m_dx[dim];
2875      const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;      }
2876      const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;      //find the closest node
2877      const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;      for (int dx = 0; dx < 2; dx++) {
2878      const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;          double xdist = x - (ex + dx)*m_dx[0];
2879      const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;          for (int dy = 0; dy < 2; dy++) {
2880      const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;              double ydist = y - (ey + dy)*m_dx[1];
2881      const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;              for (int dz = 0; dz < 2; dz++) {
2882      const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;                  double zdist = z - (ez + dz)*m_dx[2];
2883      const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;                  double total = xdist*xdist + ydist*ydist + zdist*zdist;
2884      const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;                  if (total < minDist) {
2885      const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;                      closest = INDEX3(ex+dy, ey+dy, ez+dz, m_NE[0]+1, m_NE[1]+1);
2886      const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;                      minDist = total;
2887      const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;                  }
2888      const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;              }
2889      const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;          }
2890      const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;      }
2891      const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;      return closest;
2892      const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;  }
2893      const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;  
2894      const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;  void Brick::setAssembler(std::string type, std::map<std::string,
2895      const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;          escript::Data> constants) {
2896      const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;      if (type.compare("WaveAssembler") == 0) {
2897      const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;          delete assembler;
2898      const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;          assembler = new WaveAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN, constants);
2899      const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;      } else { //else ifs would go before this for other types
2900      const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;          throw RipleyException("Ripley::Rectangle does not support the"
2901      const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;                                  " requested assembler");
2902      const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;      }
     const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;  
     const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;  
     const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;  
     const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;  
     const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;  
     const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;  
     const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;  
     const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;  
     const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
   
     rhs.requireWrite();  
 #pragma omp parallel  
     {  
         for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring  
 #pragma omp for  
             for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {  
                 for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {  
                     for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {  
                         bool add_EM_S=false;  
                         bool add_EM_F=false;  
                         vector<double> EM_S(8*8, 0);  
                         vector<double> EM_F(8, 0);  
                         const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;  
                         ///////////////  
                         // process A //  
                         ///////////////  
                         if (!A.isEmpty()) {  
                             add_EM_S=true;  
                             const double* A_p=const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);  
                             if (A.actsExpanded()) {  
                                 const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];  
                                 const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];  
                                 const double A_02_0 = A_p[INDEX3(0,2,0,3,3)];  
                                 const double A_10_0 = A_p[INDEX3(1,0,0,3,3)];  
                                 const double A_11_0 = A_p[INDEX3(1,1,0,3,3)];  
                                 const double A_12_0 = A_p[INDEX3(1,2,0,3,3)];  
                                 const double A_20_0 = A_p[INDEX3(2,0,0,3,3)];  
                                 const double A_21_0 = A_p[INDEX3(2,1,0,3,3)];  
                                 const double A_22_0 = A_p[INDEX3(2,2,0,3,3)];  
                                 const double A_00_1 = A_p[INDEX3(0,0,1,3,3)];  
                                 const double A_01_1 = A_p[INDEX3(0,1,1,3,3)];  
                                 const double A_02_1 = A_p[INDEX3(0,2,1,3,3)];  
                                 const double A_10_1 = A_p[INDEX3(1,0,1,3,3)];  
                                 const double A_11_1 = A_p[INDEX3(1,1,1,3,3)];  
                                 const double A_12_1 = A_p[INDEX3(1,2,1,3,3)];  
                                 const double A_20_1 = A_p[INDEX3(2,0,1,3,3)];  
                                 const double A_21_1 = A_p[INDEX3(2,1,1,3,3)];  
                                 const double A_22_1 = A_p[INDEX3(2,2,1,3,3)];  
                                 const double A_00_2 = A_p[INDEX3(0,0,2,3,3)];  
                                 const double A_01_2 = A_p[INDEX3(0,1,2,3,3)];  
                                 const double A_02_2 = A_p[INDEX3(0,2,2,3,3)];  
                                 const double A_10_2 = A_p[INDEX3(1,0,2,3,3)];  
                                 const double A_11_2 = A_p[INDEX3(1,1,2,3,3)];  
                                 const double A_12_2 = A_p[INDEX3(1,2,2,3,3)];  
                                 const double A_20_2 = A_p[INDEX3(2,0,2,3,3)];  
                                 const double A_21_2 = A_p[INDEX3(2,1,2,3,3)];  
                                 const double A_22_2 = A_p[INDEX3(2,2,2,3,3)];  
                                 const double A_00_3 = A_p[INDEX3(0,0,3,3,3)];  
                                 const double A_01_3 = A_p[INDEX3(0,1,3,3,3)];  
                                 const double A_02_3 = A_p[INDEX3(0,2,3,3,3)];  
                                 const double A_10_3 = A_p[INDEX3(1,0,3,3,3)];  
                                 const double A_11_3 = A_p[INDEX3(1,1,3,3,3)];  
                                 const double A_12_3 = A_p[INDEX3(1,2,3,3,3)];  
                                 const double A_20_3 = A_p[INDEX3(2,0,3,3,3)];  
                                 const double A_21_3 = A_p[INDEX3(2,1,3,3,3)];  
                                 const double A_22_3 = A_p[INDEX3(2,2,3,3,3)];  
                                 const double A_00_4 = A_p[INDEX3(0,0,4,3,3)];  
                                 const double A_01_4 = A_p[INDEX3(0,1,4,3,3)];  
                                 const double A_02_4 = A_p[INDEX3(0,2,4,3,3)];  
                                 const double A_10_4 = A_p[INDEX3(1,0,4,3,3)];  
                                 const double A_11_4 = A_p[INDEX3(1,1,4,3,3)];  
                                 const double A_12_4 = A_p[INDEX3(1,2,4,3,3)];  
                                 const double A_20_4 = A_p[INDEX3(2,0,4,3,3)];  
                                 const double A_21_4 = A_p[INDEX3(2,1,4,3,3)];  
                                 const double A_22_4 = A_p[INDEX3(2,2,4,3,3)];  
                                 const double A_00_5 = A_p[INDEX3(0,0,5,3,3)];  
                                 const double A_01_5 = A_p[INDEX3(0,1,5,3,3)];  
                                 const double A_02_5 = A_p[INDEX3(0,2,5,3,3)];  
                                 const double A_10_5 = A_p[INDEX3(1,0,5,3,3)];  
                                 const double A_11_5 = A_p[INDEX3(1,1,5,3,3)];  
                                 const double A_12_5 = A_p[INDEX3(1,2,5,3,3)];  
                                 const double A_20_5 = A_p[INDEX3(2,0,5,3,3)];  
                                 const double A_21_5 = A_p[INDEX3(2,1,5,3,3)];  
                                 const double A_22_5 = A_p[INDEX3(2,2,5,3,3)];  
                                 const double A_00_6 = A_p[INDEX3(0,0,6,3,3)];  
                                 const double A_01_6 = A_p[INDEX3(0,1,6,3,3)];  
                                 const double A_02_6 = A_p[INDEX3(0,2,6,3,3)];  
                                 const double A_10_6 = A_p[INDEX3(1,0,6,3,3)];  
                                 const double A_11_6 = A_p[INDEX3(1,1,6,3,3)];  
                                 const double A_12_6 = A_p[INDEX3(1,2,6,3,3)];  
                                 const double A_20_6 = A_p[INDEX3(2,0,6,3,3)];  
                                 const double A_21_6 = A_p[INDEX3(2,1,6,3,3)];  
                                 const double A_22_6 = A_p[INDEX3(2,2,6,3,3)];  
                                 const double A_00_7 = A_p[INDEX3(0,0,7,3,3)];  
                                 const double A_01_7 = A_p[INDEX3(0,1,7,3,3)];  
                                 const double A_02_7 = A_p[INDEX3(0,2,7,3,3)];  
                                 const double A_10_7 = A_p[INDEX3(1,0,7,3,3)];  
                                 const double A_11_7 = A_p[INDEX3(1,1,7,3,3)];  
                                 const double A_12_7 = A_p[INDEX3(1,2,7,3,3)];  
                                 const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];  
                                 const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];  
                                 const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];  
                                 const double tmp160_0 = A_12_0 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp8_0 = A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp135_0 = A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp67_0 = A_02_2 + A_02_7;  
                                 const double tmp211_0 = A_12_6 + A_21_6;  
                                 const double tmp180_0 = A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp37_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp92_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp195_0 = A_02_2 + A_20_2;  
                                 const double tmp70_0 = A_01_0 + A_01_7;  
                                 const double tmp139_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp200_0 = A_12_3 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp60_0 = A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6;  
                                 const double tmp192_0 = A_01_5 + A_10_5;  
                                 const double tmp46_0 = A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp48_0 = A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp166_0 = A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp221_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp50_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp217_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp216_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp104_0 = A_22_2 + A_22_6;  
                                 const double tmp72_0 = A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp79_0 = A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp86_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp214_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp32_0 = A_02_0 + A_02_2;  
                                 const double tmp112_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp197_0 = A_12_0 + A_21_0;  
                                 const double tmp106_0 = A_22_1 + A_22_5;  
                                 const double tmp2_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp115_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp175_0 = A_01_3 + A_01_7;  
                                 const double tmp126_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp90_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp47_0 = A_12_0 + A_12_6;  
                                 const double tmp205_0 = A_02_7 + A_20_7;  
                                 const double tmp148_0 = A_01_3 + A_01_4;  
                                 const double tmp113_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp43_0 = A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp161_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp69_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp176_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6;  
                                 const double tmp105_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp22_0 = A_01_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp91_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp206_0 = A_12_7 + A_21_7;  
                                 const double tmp188_0 = A_02_5 + A_20_5;  
                                 const double tmp117_0 = A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp165_0 = A_01_1 + A_01_6;  
                                 const double tmp66_0 = A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp57_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp31_0 = A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp3_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp183_0 = A_12_0 + A_12_7;  
                                 const double tmp61_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp54_0 = A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp18_0 = A_02_3 + A_02_6;  
                                 const double tmp119_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp29_0 = A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp17_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp212_0 = A_02_6 + A_20_6;  
                                 const double tmp220_0 = A_02_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp78_0 = A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp215_0 = A_01_6 + A_10_6;  
                                 const double tmp203_0 = A_01_7 + A_10_7;  
                                 const double tmp87_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp114_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp0_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp202_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp4_0 = A_20_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp65_0 = A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp24_0 = A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp64_0 = A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp170_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp11_0 = A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp82_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp99_0 = A_01_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp49_0 = A_12_1 + A_12_7;  
                                 const double tmp130_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp144_0 = A_01_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp109_0 = A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7;  
                                 const double tmp185_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp157_0 = A_01_4 + A_10_4;  
                                 const double tmp51_0 = A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7;  
                                 const double tmp146_0 = A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp147_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp150_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp62_0 = A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp223_0 = A_12_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp16_0 = A_02_2 + A_02_5;  
                                 const double tmp168_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp88_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp142_0 = A_01_7 + A_10_4;  
                                 const double tmp34_0 = A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp71_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp213_0 = A_02_1 + A_20_1;  
                                 const double tmp227_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp228_0 = A_12_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp140_0 = A_01_2 + A_01_6;  
                                 const double tmp74_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5;  
                                 const double tmp167_0 = A_11_0 + A_11_2;  
                                 const double tmp143_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp83_0 = A_02_0 + A_02_5;  
                                 const double tmp14_0 = A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6;  
                                 const double tmp5_0 = A_12_1 + A_12_6;  
                                 const double tmp94_0 = A_02_1 + A_02_3;  
                                 const double tmp193_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp97_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7;  
                                 const double tmp131_0 = A_01_1 + A_01_5;  
                                 const double tmp124_0 = A_01_6 + A_10_5;  
                                 const double tmp149_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp187_0 = A_01_2 + A_10_2;  
                                 const double tmp93_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp25_0 = A_01_4 + A_01_7 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp156_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp20_0 = A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp55_0 = A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp208_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp125_0 = A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp158_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp108_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp199_0 = A_12_2 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp10_0 = A_02_1 + A_02_4;  
                                 const double tmp182_0 = A_02_3 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp132_0 = A_02_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp191_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp35_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3;  
                                 const double tmp164_0 = A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp190_0 = A_12_5 + A_21_5;  
                                 const double tmp73_0 = A_02_1 + A_02_6;  
                                 const double tmp98_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp225_0 = A_12_4 + A_21_2;  
                                 const double tmp103_0 = A_02_4 + A_02_6;  
                                 const double tmp194_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp207_0 = A_12_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp102_0 = A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp1_0 = A_22_3 + A_22_7;  
                                 const double tmp172_0 = A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp222_0 = A_12_5 + A_21_3;  
                                 const double tmp201_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp155_0 = A_12_4 + A_21_4;  
                                 const double tmp174_0 = A_02_1 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp59_0 = A_01_0 + A_01_3;  
                                 const double tmp21_0 = A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp141_0 = A_02_2 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp210_0 = A_01_1 + A_10_1;  
                                 const double tmp145_0 = A_00_0 + A_00_1;  
                                 const double tmp121_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp224_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp186_0 = A_02_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp53_0 = A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp184_0 = A_02_5 + A_20_0;  
                                 const double tmp38_0 = A_12_0 + A_12_1;  
                                 const double tmp12_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp230_0 = A_12_6 + A_21_0;  
                                 const double tmp23_0 = A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp81_0 = A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp134_0 = A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp129_0 = A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp137_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7;  
                                 const double tmp198_0 = A_01_0 + A_10_0;  
                                 const double tmp9_0 = A_21_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp179_0 = A_01_0 + A_01_4;  
                                 const double tmp100_0 = A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp173_0 = A_02_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp42_0 = A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp226_0 = A_12_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp6_0 = A_22_0 + A_22_4;  
                                 const double tmp218_0 = A_12_1 + A_21_1;  
                                 const double tmp28_0 = A_01_2 + A_10_1;  
                                 const double tmp133_0 = A_02_6 + A_20_3;  
                                 const double tmp13_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp27_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp75_0 = A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp36_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp138_0 = A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp189_0 = A_12_2 + A_21_2;  
                                 const double tmp181_0 = A_02_7 + A_20_2;  
                                 const double tmp85_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp122_0 = A_01_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp95_0 = A_01_3 + A_10_0;  
                                 const double tmp120_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp196_0 = A_02_0 + A_20_0;  
                                 const double tmp171_0 = A_02_3 + A_02_4;  
                                 const double tmp204_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp45_0 = A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp101_0 = A_01_5 + A_01_6 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp58_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp107_0 = A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp30_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp63_0 = A_12_2 + A_12_5;  
                                 const double tmp127_0 = A_12_2 + A_12_3;  
                                 const double tmp177_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp178_0 = A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp76_0 = A_01_1 + A_01_2;  
                                 const double tmp80_0 = A_22_2 + A_22_3 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp41_0 = A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp89_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp116_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp33_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_2 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_5 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp169_0 = A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp96_0 = A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp111_0 = A_12_3 + A_12_4;  
                                 const double tmp118_0 = A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp19_0 = A_12_3 + A_12_5;  
                                 const double tmp68_0 = A_01_5 + A_01_6;  
                                 const double tmp7_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp154_0 = A_12_3 + A_21_3;  
                                 const double tmp152_0 = A_02_4 + A_20_4;  
                                 const double tmp153_0 = A_02_3 + A_20_3;  
                                 const double tmp163_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp44_0 = A_01_4 + A_01_7;  
                                 const double tmp39_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6;  
                                 const double tmp123_0 = A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp40_0 = A_02_5 + A_02_7;  
                                 const double tmp110_0 = A_02_0 + A_02_7;  
                                 const double tmp77_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp209_0 = A_12_7 + A_21_1;  
                                 const double tmp219_0 = A_02_4 + A_20_1;  
                                 const double tmp84_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp162_0 = A_12_1 + A_12_7 + A_21_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp159_0 = A_01_3 + A_10_3;  
                                 const double tmp56_0 = A_11_1 + A_11_3;  
                                 const double tmp52_0 = A_01_2 + A_01_5;  
                                 const double tmp26_0 = A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp229_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp151_0 = A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp136_0 = A_02_0 + A_02_5 + A_20_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp128_0 = A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp15_0 = A_12_2 + A_12_4;  
                                 const double tmp296_1 = tmp159_0*w42;  
                                 const double tmp130_1 = tmp67_0*w5;  
                                 const double tmp98_1 = A_01_6*w42;  
                                 const double tmp231_1 = tmp125_0*w6;  
                                 const double tmp42_1 = tmp34_0*w12;  
                                 const double tmp199_1 = A_02_5*w28;  
                                 const double tmp113_1 = tmp29_0*w13;  
                                 const double tmp330_1 = tmp152_0*w28;  
                                 const double tmp90_1 = A_01_1*w46;  
                                 const double tmp446_1 = tmp77_0*w22;  
                                 const double tmp108_1 = tmp43_0*w5;  
                                 const double tmp524_1 = A_12_6*w29;  
                                 const double tmp232_1 = tmp126_0*w34;  
                                 const double tmp33_1 = tmp25_0*w37;  
                                 const double tmp461_1 = tmp180_0*w1;  
                                 const double tmp14_1 = tmp8_0*w6;  
                                 const double tmp447_1 = tmp205_0*w26;  
                                 const double tmp452_1 = tmp198_0*w42;  
                                 const double tmp217_1 = tmp81_0*w9;  
                                 const double tmp76_1 = tmp59_0*w20;  
                                 const double tmp421_1 = tmp134_0*w31;  
                                 const double tmp485_1 = tmp51_0*w51;  
                                 const double tmp240_1 = tmp131_0*w1;  
                                 const double tmp160_1 = tmp91_0*w9;  
                                 const double tmp174_1 = A_20_1*w26;  
                                 const double tmp273_1 = A_10_1*w46;  
                                 const double tmp159_1 = tmp90_0*w47;  
                                 const double tmp228_1 = tmp103_0*w5;  
                                 const double tmp313_1 = tmp166_0*w45;  
                                 const double tmp45_1 = tmp37_0*w30;  
                                 const double tmp512_1 = tmp147_0*w13;  
                                 const double tmp73_1 = tmp56_0*w43;  
                                 const double tmp61_1 = A_01_6*w46;  
                                 const double tmp316_1 = tmp167_0*w43;  
                                 const double tmp189_1 = tmp112_0*w20;  
                                 const double tmp455_1 = tmp215_0*w39;  
                                 const double tmp360_1 = A_21_5*w24;  
                                 const double tmp258_1 = A_20_7*w2;  
                                 const double tmp196_1 = A_20_6*w26;  
                                 const double tmp37_1 = tmp29_0*w6;  
                                 const double tmp9_1 = A_12_7*w29;  
                                 const double tmp80_1 = tmp63_0*w19;  
                                 const double tmp312_1 = tmp165_0*w8;  
                                 const double tmp264_1 = tmp101_0*w1;  
                                 const double tmp124_1 = A_02_3*w26;  
                                 const double tmp229_1 = tmp123_0*w11;  
                                 const double tmp333_1 = tmp159_0*w46;  
                                 const double tmp533_1 = tmp222_0*w4;  
                                 const double tmp201_1 = tmp108_0*w37;  
                                 const double tmp444_1 = tmp35_0*w10;  
                                 const double tmp51_1 = tmp43_0*w18;  
                                 const double tmp214_1 = A_21_7*w29;  
                                 const double tmp518_1 = tmp86_0*w37;  
                                 const double tmp192_1 = tmp115_0*w5;  
                                 const double tmp355_1 = A_21_2*w27;  
                                 const double tmp156_1 = tmp87_0*w22;  
                                 const double tmp516_1 = tmp230_0*w27;  
                                 const double tmp366_1 = tmp104_0*w57;  
                                 const double tmp271_1 = tmp146_0*w49;  
                                 const double tmp437_1 = tmp218_0*w24;  
                                 const double tmp436_1 = tmp104_0*w54;  
                                 const double tmp167_1 = tmp98_0*w8;  
                                 const double tmp136_1 = tmp70_0*w34;  
                                 const double tmp406_1 = tmp207_0*w27;  
                                 const double tmp193_1 = tmp116_0*w12;  
                                 const double tmp486_1 = tmp225_0*w29;  
                                 const double tmp469_1 = tmp224_0*w11;  
                                 const double tmp287_1 = tmp71_0*w53;  
                                 const double tmp430_1 = tmp213_0*w28;  
                                 const double tmp462_1 = tmp220_0*w2;  
                                 const double tmp294_1 = tmp53_0*w59;  
                                 const double tmp218_1 = tmp118_0*w16;  
                                 const double tmp116_1 = tmp25_0*w31;  
                                 const double tmp495_1 = tmp76_0*w37;  
                                 const double tmp501_1 = tmp99_0*w46;  
                                 const double tmp0_1 = tmp0_0*w1;  
                                 const double tmp99_1 = tmp62_0*w17;  
                                 const double tmp429_1 = tmp212_0*w2;  
                                 const double tmp249_1 = tmp136_0*w9;  
                                 const double tmp504_1 = tmp229_0*w19;  
                                 const double tmp197_1 = A_12_2*w27;  
                                 const double tmp531_1 = tmp122_0*w35;  
                                 const double tmp265_1 = tmp142_0*w46;  
                                 const double tmp488_1 = tmp226_0*w4;  
                                 const double tmp528_1 = tmp115_0*w18;  
                                 const double tmp438_1 = tmp219_0*w2;  
                                 const double tmp233_1 = tmp127_0*w13;  
                                 const double tmp491_1 = tmp79_0*w1;  
                                 const double tmp215_1 = A_21_0*w4;  
                                 const double tmp24_1 = tmp18_0*w21;  
                                 const double tmp538_1 = tmp209_0*w27;  
                                 const double tmp379_1 = tmp167_0*w55;  
                                 const double tmp332_1 = tmp154_0*w4;  
                                 const double tmp498_1 = tmp68_0*w31;  
                                 const double tmp41_1 = tmp33_0*w33;  
                                 const double tmp464_1 = tmp179_0*w37;  
                                 const double tmp317_1 = tmp168_0*w40;  
                                 const double tmp378_1 = tmp106_0*w54;  
                                 const double tmp184_1 = tmp109_0*w14;  
                                 const double tmp292_1 = tmp14_0*w33;  
                                 const double tmp11_1 = tmp5_0*w11;  
                                 const double tmp354_1 = A_02_6*w26;  
                                 const double tmp84_1 = tmp37_0*w0;  
                                 const double tmp422_1 = tmp13_0*w30;  
                                 const double tmp132_1 = tmp69_0*w11;  
                                 const double tmp251_1 = tmp138_0*w31;  
                                 const double tmp18_1 = tmp12_0*w8;  
                                 const double tmp88_1 = A_21_1*w4;  
                                 const double tmp188_1 = A_12_2*w24;  
                                 const double tmp465_1 = tmp175_0*w31;  
                                 const double tmp235_1 = tmp128_0*w17;  
                                 const double tmp323_1 = A_02_1*w26;  
                                 const double tmp31_1 = tmp23_0*w38;  
                                 const double tmp397_1 = tmp170_0*w5;  
                                 const double tmp175_1 = tmp7_0*w3;  
                                 const double tmp148_1 = tmp81_0*w21;  
                                 const double tmp238_1 = tmp130_0*w19;  
                                 const double tmp59_1 = tmp46_0*w11;  
                                 const double tmp432_1 = tmp215_0*w35;  
                                 const double tmp398_1 = A_01_2*w46;  
                                 const double tmp497_1 = A_10_5*w46;  
                                 const double tmp28_1 = tmp21_0*w18;  
                                 const double tmp115_1 = tmp23_0*w32;  
                                 const double tmp441_1 = tmp23_0*w3;  
                                 const double tmp131_1 = tmp68_0*w37;  
                                 const double tmp289_1 = tmp155_0*w4;  
                                 const double tmp278_1 = tmp80_0*w44;  
                                 const double tmp5_1 = A_21_4*w27;  
                                 const double tmp254_1 = tmp140_0*w20;  
                                 const double tmp183_1 = tmp108_0*w31;  
                                 const double tmp279_1 = tmp151_0*w8;  
                                 const double tmp298_1 = tmp161_0*w16;  
                                 const double tmp505_1 = tmp230_0*w24;  
                                 const double tmp246_1 = tmp80_0*w52;  
                                 const double tmp100_1 = tmp53_0*w43;  
                                 const double tmp440_1 = tmp221_0*w16;  
                                 const double tmp481_1 = tmp188_0*w23;  
                                 const double tmp480_1 = tmp187_0*w35;  
                                 const double tmp384_1 = tmp150_0*w53;  
                                 const double tmp142_1 = tmp76_0*w31;  
                                 const double tmp372_1 = tmp191_0*w11;  
                                 const double tmp307_1 = A_10_7*w35;  
                                 const double tmp186_1 = tmp111_0*w19;  
                                 const double tmp127_1 = A_20_2*w2;  
                                 const double tmp391_1 = tmp167_0*w59;  
                                 const double tmp223_1 = tmp113_0*w20;  
                                 const double tmp454_1 = tmp197_0*w24;  
                                 const double tmp241_1 = tmp74_0*w51;  
                                 const double tmp529_1 = tmp114_0*w5;  
                                 const double tmp202_1 = tmp104_0*w7;  
                                 const double tmp236_1 = tmp96_0*w21;  
                                 const double tmp358_1 = tmp183_0*w11;  
                                 const double tmp102_1 = tmp51_0*w41;  
                                 const double tmp493_1 = A_20_5*w2;  
                                 const double tmp468_1 = tmp223_0*w4;  
                                 const double tmp435_1 = tmp217_0*w16;  
                                 const double tmp110_1 = tmp37_0*w36;  
                                 const double tmp479_1 = tmp189_0*w4;  
                                 const double tmp120_1 = tmp38_0*w22;  
                                 const double tmp16_1 = tmp10_0*w9;  
                                 const double tmp407_1 = tmp90_0*w53;