/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 3981 by jfenwick, Fri Sep 21 02:47:54 2012 UTC revision 4703 by jfenwick, Fri Feb 21 00:55:31 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*****************************************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2014 by University of Queensland
5  * http://www.uq.edu.au  * http://www.uq.edu.au
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
# Line 9  Line 9 
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12  * Development since 2012 by School of Earth Sciences  * Development 2012-2013 by School of Earth Sciences
13    * Development from 2014 by Centre for Geoscience Computing (GeoComp)
14  *  *
15  *****************************************************************************/  *****************************************************************************/
16    
17  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
18  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
19  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
20    #include <ripley/DefaultAssembler3D.h>
21    #include <ripley/WaveAssembler3D.h>
22    #include <boost/scoped_array.hpp>
23    
24    #ifdef USE_NETCDF
25    #include <netcdfcpp.h>
26    #endif
27    
28  #if USE_SILO  #if USE_SILO
29  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 27  extern "C" { Line 34  extern "C" {
34    
35  #include <iomanip>  #include <iomanip>
36    
37    #include "esysUtils/EsysRandom.h"
38    #include "blocktools.h"
39    
40    
41  using namespace std;  using namespace std;
42    using esysUtils::FileWriter;
43    
44  namespace ripley {  namespace ripley {
45    
46  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
47               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2,
48      RipleyDomain(3),               const std::vector<double>& points, const std::vector<int>& tags,
49      m_x0(x0),               const simap_t& tagnamestonums) :
50      m_y0(y0),      RipleyDomain(3)
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0)  
51  {  {
52      // ignore subdivision parameters for serial run      // ignore subdivision parameters for serial run
53      if (m_mpiInfo->size == 1) {      if (m_mpiInfo->size == 1) {
# Line 47  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 55  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
55          d1=1;          d1=1;
56          d2=1;          d2=1;
57      }      }
   
58      bool warn=false;      bool warn=false;
59      // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same      // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
60      // ratio as the number of elements      // ratio as the number of elements
61      if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {      if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
62          warn=true;          warn=true;
63          d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));          d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
64          d1=(int)(d0*n1/(float)n0);          d0=max(1, d0);
65            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
66          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
67          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
68              // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try              // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
# Line 80  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 88  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
88      }      }
89      if (d0<=0 && d1<=0) {      if (d0<=0 && d1<=0) {
90          warn=true;          warn=true;
91          d0=int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1)));          d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
92          d1=m_mpiInfo->size/d0;          d1=m_mpiInfo->size/d0;
93          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
94              // ratios not the same so subdivide side with more elements only              // ratios not the same so subdivide side with more elements only
# Line 94  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 102  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
102          }          }
103      } else if (d0<=0 && d2<=0) {      } else if (d0<=0 && d2<=0) {
104          warn=true;          warn=true;
105          d0=int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1)));          d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
106          d2=m_mpiInfo->size/d0;          d2=m_mpiInfo->size/d0;
107          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
108              // ratios not the same so subdivide side with more elements only              // ratios not the same so subdivide side with more elements only
# Line 108  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 116  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
116          }          }
117      } else if (d1<=0 && d2<=0) {      } else if (d1<=0 && d2<=0) {
118          warn=true;          warn=true;
119          d1=int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1)));          d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
120          d2=m_mpiInfo->size/d1;          d2=m_mpiInfo->size/d1;
121          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
122              // ratios not the same so subdivide side with more elements only              // ratios not the same so subdivide side with more elements only
# Line 132  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 140  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
140          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
141      }      }
142    
     m_NX=d0;  
     m_NY=d1;  
     m_NZ=d2;  
   
143      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
144      // among number of ranks      // among number of ranks
145      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
146          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
147    
148      if (warn) {      if (warn) {
# Line 146  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 150  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
150              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
151      }      }
152    
153      if ((n0+1)%m_NX > 0) {      double l0 = x1-x0;
154          double Dx=m_l0/n0;      double l1 = y1-y0;
155        double l2 = z1-z0;
156        m_dx[0] = l0/n0;
157        m_dx[1] = l1/n1;
158        m_dx[2] = l2/n2;
159    
160        if ((n0+1)%d0 > 0) {
161          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
162          m_l0=Dx*n0;          l0=m_dx[0]*n0;
163          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
164              << n0 << ", l0=" << m_l0 << endl;              << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
165      }      }
166      if ((n1+1)%m_NY > 0) {      if ((n1+1)%d1 > 0) {
         double Dy=m_l1/n1;  
167          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
168          m_l1=Dy*n1;          l1=m_dx[1]*n1;
169          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
170              << n1 << ", l1=" << m_l1 << endl;              << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
171      }      }
172      if ((n2+1)%m_NZ > 0) {      if ((n2+1)%d2 > 0) {
         double Dz=m_l2/n2;  
173          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
174          m_l2=Dz*n2;          l2=m_dx[2]*n2;
175          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
176              << n2 << ", l2=" << m_l2 << endl;              << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
177      }      }
178    
179      m_gNE0=n0;      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
     m_gNE1=n1;  
     m_gNE2=n2;  
   
     if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))  
180          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
181    
182        m_gNE[0] = n0;
183        m_gNE[1] = n1;
184        m_gNE[2] = n2;
185        m_origin[0] = x0;
186        m_origin[1] = y0;
187        m_origin[2] = z0;
188        m_length[0] = l0;
189        m_length[1] = l1;
190        m_length[2] = l2;
191        m_NX[0] = d0;
192        m_NX[1] = d1;
193        m_NX[2] = d2;
194    
195      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
196      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
197      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
198          m_NE0++;          m_NE[0]++;
199      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
200          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
201    
202      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
203      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
204          m_NE1++;          m_NE[1]++;
205      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
206          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
207    
208      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
209      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
210          m_NE2++;          m_NE[2]++;
211      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
212          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
213    
214      // local number of nodes      // local number of nodes
215      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
216      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
217      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
218    
219      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
220      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
221      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
222          m_offset0--;          m_offset[0]--;
223      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
224      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
225          m_offset1--;          m_offset[1]--;
226      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
227      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
228          m_offset2--;          m_offset[2]--;
229    
230      populateSampleIds();      populateSampleIds();
231      createPattern();      createPattern();
232        
233        assembler = new DefaultAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN);
234        for (map<string, int>::const_iterator i = tagnamestonums.begin();
235                i != tagnamestonums.end(); i++) {
236            setTagMap(i->first, i->second);
237        }
238        addPoints(tags.size(), &points[0], &tags[0]);
239  }  }
240    
241    
# Line 219  Brick::~Brick() Line 243  Brick::~Brick()
243  {  {
244      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);
245      Paso_Connector_free(m_connector);      Paso_Connector_free(m_connector);
246        delete assembler;
247  }  }
248    
249  string Brick::getDescription() const  string Brick::getDescription() const
# Line 231  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 256  bool Brick::operator==(const AbstractDom
256      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
257      if (o) {      if (o) {
258          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
259                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
260                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
261                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
262                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
263      }      }
264    
265      return false;      return false;
266  }  }
267    
268    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
269                const ReaderParameters& params) const
270    {
271    #ifdef USE_NETCDF
272        // check destination function space
273        int myN0, myN1, myN2;
274        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
275            myN0 = m_NN[0];
276            myN1 = m_NN[1];
277            myN2 = m_NN[2];
278        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
279                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
280            myN0 = m_NE[0];
281            myN1 = m_NE[1];
282            myN2 = m_NE[2];
283        } else
284            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
285    
286        if (params.first.size() != 3)
287            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
288    
289        if (params.numValues.size() != 3)
290            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
291    
292        if (params.multiplier.size() != 3)
293            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
294        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
295            if (params.multiplier[i]<1)
296                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
297    
298        // check file existence and size
299        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
300        if (!f.is_valid())
301            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
302    
303        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
304        if (!var)
305            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
306    
307        // TODO: rank>0 data support
308        const int numComp = out.getDataPointSize();
309        if (numComp > 1)
310            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
311    
312        const int dims = var->num_dims();
313        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
314    
315        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
316        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
317        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
318                          params.numValues[1] > edges[1] ||
319                          params.numValues[0] > edges[2]))
320                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
321                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
322            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
323        }
324    
325        // check if this rank contributes anything
326        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
327                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
328                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
329                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
330                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
331                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
332            return;
333        }
334    
335        // now determine how much this rank has to write
336    
337        // first coordinates in data object to write to
338        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
339        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
340        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
341        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
342        int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
343        int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
344        int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
345        // number of values to read
346        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
347        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
348        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
349    
350        // make sure we read the right block if going backwards through file
351        if (params.reverse[0])
352            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
353        if (dims>1 && params.reverse[1])
354            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
355        if (dims>2 && params.reverse[2])
356            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
357    
358    
359        vector<double> values(num0*num1*num2);
360        if (dims==3) {
361            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
362            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
363        } else if (dims==2) {
364            var->set_cur(idx1, idx0);
365            var->get(&values[0], num1, num0);
366        } else {
367            var->set_cur(idx0);
368            var->get(&values[0], num0);
369        }
370    
371        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
372        out.requireWrite();
373    
374        // helpers for reversing
375        const int x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
376        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
377        const int y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
378        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
379        const int z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
380        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
381    
382        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
383            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
384    #pragma omp parallel for
385                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
386                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
387                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
388                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
389                    const int srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
390                                      +(y0+y_mult*y)*num0
391                                      +(x0+x_mult*x);
392                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
393                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
394                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
395                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
396                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
397                                                   +m1*myN0
398                                                   +m2*myN0*myN1;
399                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
400                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
401                                        *dest++ = values[srcIndex];
402                                    }
403                                }
404                            }
405                        }
406                    }
407                }
408            }
409        }
410    #else
411        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
412    #endif
413    }
414    
415  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
416                             const vector<int>& first,                             const ReaderParameters& params) const
417                             const vector<int>& numValues) const  {
418        // the mapping is not universally correct but should work on our
419        // supported platforms
420        switch (params.dataType) {
421            case DATATYPE_INT32:
422                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
423                break;
424            case DATATYPE_FLOAT32:
425                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
426                break;
427            case DATATYPE_FLOAT64:
428                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
429                break;
430            default:
431                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
432        }
433    }
434    
435    template<typename ValueType>
436    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
437                                   const ReaderParameters& params) const
438  {  {
439      // check destination function space      // check destination function space
440      int myN0, myN1, myN2;      int myN0, myN1, myN2;
441      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
442          myN0 = m_N0;          myN0 = m_NN[0];
443          myN1 = m_N1;          myN1 = m_NN[1];
444          myN2 = m_N2;          myN2 = m_NN[2];
445      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
446                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
447          myN0 = m_NE0;          myN0 = m_NE[0];
448          myN1 = m_NE1;          myN1 = m_NE[1];
449          myN2 = m_NE2;          myN2 = m_NE[2];
450      } else      } else
451          throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");          throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
452    
453        if (params.first.size() != 3)
454            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
455    
456        if (params.numValues.size() != 3)
457            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
458    
459        if (params.multiplier.size() != 3)
460            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
461        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
462            if (params.multiplier[i]<1)
463                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
464    
465      // check file existence and size      // check file existence and size
466      ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);      ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
467      if (f.fail()) {      if (f.fail()) {
# Line 266  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data Line 470  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data
470      f.seekg(0, ios::end);      f.seekg(0, ios::end);
471      const int numComp = out.getDataPointSize();      const int numComp = out.getDataPointSize();
472      const int filesize = f.tellg();      const int filesize = f.tellg();
473      const int reqsize = numValues[0]*numValues[1]*numValues[2]*numComp*sizeof(float);      const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
474      if (filesize < reqsize) {      if (filesize < reqsize) {
475          f.close();          f.close();
476          throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");          throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
477      }      }
478    
479      // check if this rank contributes anything      // check if this rank contributes anything
480      if (first[0] >= m_offset0+myN0 || first[0]+numValues[0] <= m_offset0 ||      if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
481              first[1] >= m_offset1+myN1 || first[1]+numValues[1] <= m_offset1 ||              params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
482              first[2] >= m_offset2+myN2 || first[2]+numValues[2] <= m_offset2) {              params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
483                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
484                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
485                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
486          f.close();          f.close();
487          return;          return;
488      }      }
# Line 283  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data Line 490  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data
490      // now determine how much this rank has to write      // now determine how much this rank has to write
491    
492      // first coordinates in data object to write to      // first coordinates in data object to write to
493      const int first0 = max(0, first[0]-m_offset0);      const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
494      const int first1 = max(0, first[1]-m_offset1);      const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
495      const int first2 = max(0, first[2]-m_offset2);      const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
496      // indices to first value in file      // indices to first value in file
497      const int idx0 = max(0, m_offset0-first[0]);      const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
498      const int idx1 = max(0, m_offset1-first[1]);      const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
499      const int idx2 = max(0, m_offset2-first[2]);      const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
500      // number of values to write      // number of values to read
501      const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);      const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
502      const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);      const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
503      const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);      const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
504    
505      out.requireWrite();      out.requireWrite();
506      vector<float> values(num0*numComp);      vector<ValueType> values(num0*numComp);
507      const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();      const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
508    
509      for (index_t z=0; z<num2; z++) {      for (int z=0; z<num2; z++) {
510          for (index_t y=0; y<num1; y++) {          for (int y=0; y<num1; y++) {
511              const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*numValues[0]+(idx2+z)*numValues[0]*numValues[1]);              const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
512              f.seekg(fileofs*sizeof(float));                               +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
513              f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(float));              f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
514              for (index_t x=0; x<num0; x++) {              f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
515                  double* dest = out.getSampleDataRW(first0+x+(first1+y)*myN0+(first2+z)*myN0*myN1);  
516                  for (index_t c=0; c<numComp; c++) {              for (int x=0; x<num0; x++) {
517                      for (index_t q=0; q<dpp; q++) {                  const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
518                          *dest++ = static_cast<double>(values[x*numComp+c]);                                       +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
519                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
520                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
521                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
522                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
523                                const int dataIndex = baseIndex+m0
524                                               +m1*myN0
525                                               +m2*myN0*myN1;
526                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
527                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
528                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
529    
530                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
531                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
532                                        // this will alter val!!
533                                        byte_swap32(cval);
534                                    }
535                                    if (!std::isnan(val)) {
536                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
537                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
538                                        }
539                                    }
540                                }
541                            }
542                      }                      }
543                  }                  }
544              }              }
# Line 318  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data Line 548  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data
548      f.close();      f.close();
549  }  }
550    
551    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
552                                int byteOrder, int dataType) const
553    {
554        // the mapping is not universally correct but should work on our
555        // supported platforms
556        switch (dataType) {
557            case DATATYPE_INT32:
558                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
559                break;
560            case DATATYPE_FLOAT32:
561                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
562                break;
563            case DATATYPE_FLOAT64:
564                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
565                break;
566            default:
567                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
568        }
569    }
570    
571    template<typename ValueType>
572    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
573                                    const string& filename, int byteOrder) const
574    {
575        // check function space and determine number of points
576        int myN0, myN1, myN2;
577        int totalN0, totalN1, totalN2;
578        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
579            myN0 = m_NN[0];
580            myN1 = m_NN[1];
581            myN2 = m_NN[2];
582            totalN0 = m_gNE[0]+1;
583            totalN1 = m_gNE[1]+1;
584            totalN2 = m_gNE[2]+1;
585        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
586                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
587            myN0 = m_NE[0];
588            myN1 = m_NE[1];
589            myN2 = m_NE[2];
590            totalN0 = m_gNE[0];
591            totalN1 = m_gNE[1];
592            totalN2 = m_gNE[2];
593        } else
594            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
595    
596        const int numComp = in.getDataPointSize();
597        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
598        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
599    
600        if (numComp > 1 || dpp > 1)
601            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
602    
603        // from here on we know that each sample consists of one value
604        FileWriter fw;
605        fw.openFile(filename, fileSize);
606        MPIBarrier();
607    
608        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
609            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
610                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
611                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
612                ostringstream oss;
613    
614                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
615                    const double* sample = in.getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
616                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
617                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
618                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
619                    } else {
620                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
621                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
622                    }
623                }
624                fw.writeAt(oss, fileofs);
625            }
626        }
627        fw.close();
628    }
629    
630  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
631  {  {
632  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 378  void Brick::dump(const string& fileName) Line 687  void Brick::dump(const string& fileName)
687      }      }
688      */      */
689    
690      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
691      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
692      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
693      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
694  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
695      {      {
696  #pragma omp for  #pragma omp for
697          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
698              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
699          }          }
700  #pragma omp for  #pragma omp for
701          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
702              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
703          }          }
704  #pragma omp for  #pragma omp for
705          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
706              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
707          }          }
708      }      }
709      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
710      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
711        // write mesh
712        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
713              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
714    
715      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
716        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
717              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
718    
719      // write element ids      // write element ids
720      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
721      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
722              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
723    
724      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
725      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 478  const int* Brick::borrowSampleReferenceI Line 787  const int* Brick::borrowSampleReferenceI
787          case FaceElements:          case FaceElements:
788          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
789              return &m_faceId[0];              return &m_faceId[0];
790            case Points:
791                return &m_diracPointNodeIDs[0];
792          default:          default:
793              break;              break;
794      }      }
# Line 503  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 814  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
814          case ReducedElements:          case ReducedElements:
815              {              {
816                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
817                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
818                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
819                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
820                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
821              }              }
822          case FaceElements:          case FaceElements:
823          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
824              {              {
825                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
826                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
827                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
828                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
829                      if (id<n) {                      if (id<n) {
830                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
831                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
832                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
833                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
834                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
835                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
836                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
837                          } else { // left or right                          } else { // left or right
838                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
839                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
840                          }                          }
841                      }                      }
842                  }                  }
# Line 549  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 859  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
859          {          {
860              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
861  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
862                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
863                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
864                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
865                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
866                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
867                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 563  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 873  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
873    
874              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
875  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
876                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
877                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
878                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
879                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
880                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
881                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 577  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 887  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
887    
888              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
889  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
890                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
891                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
892                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
893                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
894                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
895                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 591  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 901  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
901    
902              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
903  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
904                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
905                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
906                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
907                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
908                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
909                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 605  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 915  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
915    
916              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
917  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
918                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
919                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
920                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
921                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
922                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
923                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 619  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 929  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
929    
930              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
931  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
932                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
933                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
934                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
935                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
936                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
937                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 637  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 947  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
947          {          {
948              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
949  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
950                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
951                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
952                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
953                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
954                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
955                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 649  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 959  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
959    
960              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
961  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
962                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
963                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
964                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
965                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
966                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
967                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 661  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 971  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
971    
972              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
973  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
974                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
975                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
976                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
977                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
978                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
979                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 673  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 983  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
983    
984              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
985  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
986                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
987                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
988                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
989                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
990                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
991                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 685  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 995  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
995    
996              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
997  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
998                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
999                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1000                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1001                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1002                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1003                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 697  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1007  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1007    
1008              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1009  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1010                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1011                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1012                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1013                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1014                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1015                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 722  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1032  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1032              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1033          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1034          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1035          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=sqrt(xSize*xSize+ySize*ySize+zSize*zSize);  
1036  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1037          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1038              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 735  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1042  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1042              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1043          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1044          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1045  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1046          {          {
1047              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1048                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1049  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1050                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1051                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1052                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1053                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1054                      }                      }
1055                  }                  }
1056              }              }
1057    
1058              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1059                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1060  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1061                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1062                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1063                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1064                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1065                      }                      }
1066                  }                  }
1067              }              }
1068    
1069              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1070                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1071  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1072                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1073                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1074                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1075                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1076                      }                      }
1077                  }                  }
1078              }              }
1079    
1080              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1081                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1082  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1083                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1084                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1085                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1086                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1087                      }                      }
1088                  }                  }
1089              }              }
1090    
1091              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1092                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1093  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1094                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1095                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1096                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1097                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1098                      }                      }
1099                  }                  }
1100              }              }
1101    
1102              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1103                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1104  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1105                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1106                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1107                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1108                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1109                      }                      }
1110                  }                  }
# Line 815  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1119  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1119      }      }
1120  }  }
1121    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1122  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1123  {  {
1124      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 832  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1126  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1126          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1127          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1128          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1129          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1130              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1131                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1132                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1133                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1134          }          }
1135      }      }
1136  }  }
1137    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1138    
1139  //protected  //protected
1140  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 933  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1146  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1146      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1147          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1148    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1149      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1150  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1151      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1152          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1153              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1154                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1155                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1156                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1157                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1158              }              }
1159          }          }
1160      }      }
1161  }  }
1162    
1163  //protected  //protected
1164  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1165  {  {
1166      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l2/m_gNE2;  
1167      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1168      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1169      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 978  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1185  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1185              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1186              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1187  #pragma omp for  #pragma omp for
1188              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1189                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1190                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1191                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1192                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1193                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1194                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1195                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1196                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1197                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1198                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1199                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1200                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1201                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1202                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1203                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1204                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1205                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1206                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1207                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1208                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1209                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1210                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1211                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1212                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1213                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1214                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1215                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
# Line 1045  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1252  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1252              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1253              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1254  #pragma omp for  #pragma omp for
1255              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1256                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1257                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1258                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1259                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1260                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1261                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1262                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1263                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1264                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1265                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1266                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1267                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1268                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1269                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1270                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1271                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1272                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1273                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1080  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1287  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1287              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1288              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1289  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1290                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1291                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1292                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1293                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1294                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1295                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1296                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1297                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1298                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1299                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1300                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1301                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1302                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1303                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1304                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1305                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1306                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1307                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1308                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1309                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1310                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1311                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1312                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1313                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1314                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1315                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1316                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1317                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1318                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 1114  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1321  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1321              } // end of face 0              } // end of face 0
1322              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1323  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1324                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1325                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1326                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1327                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1328                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1329                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1330                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1331                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1332                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1333                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1334                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1335                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1336                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1337                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1338                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1339                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1340                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1341                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1342                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1343                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1344                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1345                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1346                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1347                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1348                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1349                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1350                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1351                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1352                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 1148  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1355  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1355              } // end of face 1              } // end of face 1
1356              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1357  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1358                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1359                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1360                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1361                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1362                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1363                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1364                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1365                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1366                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1367                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1368                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1369                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1370                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1371                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1372                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1373                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1374                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1375                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1376                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1377                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1378                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1379                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1380                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1381                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1382                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1383                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1384                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1385                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1386                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 1181  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1388  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1388              } // end of face 2              } // end of face 2
1389              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1390  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1391                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1392                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1393                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1394                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1395                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1396                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1397                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1398                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1399                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1400                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1401                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1402                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1403                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1404                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1405                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1406                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1407                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1408                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1409                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1410                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1411                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1412                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1413                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1414                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1415                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1416                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1417                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1418                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1419                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1420                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 1215  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1422  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1422              } // end of face 3              } // end of face 3
1423              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1424  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1425                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1426                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1427                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1429                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1430                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1431                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1432                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1433                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1434                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1435                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1436                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1437                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1438                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1439                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1440                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1441                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1442                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1443                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1444                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1445                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1446                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1447                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1448                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1449                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1450                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1451                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1452                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1453                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1454                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1455                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1456              } // end of face 4              } // end of face 4
1457              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1458  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1459                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1460                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1461                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1462                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1463                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1464                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1465                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1466                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1467                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1468                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1469                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1470                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1471                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1472                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1473                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1474                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1475                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1476                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1477                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1478                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1479                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1480                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1481                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1482                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1483                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1484                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1485                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1486                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1487                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1488                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1489                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1296  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1503  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1503              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1504              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1505  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1506                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1507                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1508                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1510                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1511                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1512                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1513                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1514                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1515                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1516                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1517                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1518                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1519                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1520                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1521                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1522                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1523                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1524              } // end of face 0              } // end of face 0
1525              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1526  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1527                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1528                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1529                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1530                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1531                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1532                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1533                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1534                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1535                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1536                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1537                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1538                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1539                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1540                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1541                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1542                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1543                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1544                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1545              } // end of face 1              } // end of face 1
1546              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1547  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1548                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1549                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1550                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1551                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1552                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1553                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1554                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1555                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1556                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1557                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1558                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1559                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1560                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1561                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1562                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1563                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1564                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1565                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1566              } // end of face 2              } // end of face 2
1567              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1568  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1569                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1570                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1571                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1572                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1573                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1574                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1575                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1576                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1577                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1578                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1579                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1580                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1581                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1582                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1583                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1584                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1585                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1586                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1587              } // end of face 3              } // end of face 3
1588              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1589  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1590                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1591                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1592                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1593                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1594                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1595                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1596                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1597                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1598                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1599                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1600                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1601                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1602                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1603                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1604                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1605                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1606                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1607                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1608              } // end of face 4              } // end of face 4
1609              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1610  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1611                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1612                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1613                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1614                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1615                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1616                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1617                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1618                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1619                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1620                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1621                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1622                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1623                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1624                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1625                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1626                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1627                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1628                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1425  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1632  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1632  }  }
1633    
1634  //protected  //protected
1635  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1636  {  {
1637      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1638      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1639      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1640      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
     const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);  
     const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);  
     const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);  
1641      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1642      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1643          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
1644  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1645          {          {
1646              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1647  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1648              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1649                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1650                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1651                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1652                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1653                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1654                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1466  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1670  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1670          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1671    
1672      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1673          const double w_0 = h0*h1*h2;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1674  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1675          {          {
1676              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1677  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1678              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1679                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1680                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1681                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1682                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1683                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1684                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1488  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1692  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1692          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1693    
1694      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1695          const double w_0 = h1*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1696          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1697          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1698  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1699          {          {
1700              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1701              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1702  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1703                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1704                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1705                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1706                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1707                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1708                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1512  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1716  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1716    
1717              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1718  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1719                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1720                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1721                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1722                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1723                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1724                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1528  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1732  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1732    
1733              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1734  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1735                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1736                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1737                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1738                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1739                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1740                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1544  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1748  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1748    
1749              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1750  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1751                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1752                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1753                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1754                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1755                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1756                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1560  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1764  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1764    
1765              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1766  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1767                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1768                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1769                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1770                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1771                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1772                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1576  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1780  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1780    
1781              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1782  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1783                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1784                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1785                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1786                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1787                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1788                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1596  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1800  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1800          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1801    
1802      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1803          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1804          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1805          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1806  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1807          {          {
1808              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1809              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1810  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1811                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1812                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1813                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1814                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1815                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1816                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1616  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1820  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1820    
1821              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1822  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1823                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1824                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1825                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1826                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1827                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1828                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1628  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1832  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1832    
1833              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1834  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1835                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1836                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1837                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1838                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1839                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1840                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1640  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1844  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1844    
1845              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1846  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1847                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1848                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1849                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1850                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1851                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1852                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1652  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1856  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1856    
1857              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1858  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1859                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1860                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1861                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1862                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1863                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1864                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1664  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1868  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1868    
1869              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1870  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1871                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1872                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1873                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1874                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1875                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1876                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1684  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1888  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1888  //protected  //protected
1889  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1890  {  {
1891      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1892      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1893      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1894      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1895      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1896      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1716  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV Line 1920  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV
1920  }  }
1921    
1922  //protected  //protected
1923  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1924  {  {
1925      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1926      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1927    
1928      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1929      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1930      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1931      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1932      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1933      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1934  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1935      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1936          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1937              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1938                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1939                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1940                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1941              }              }
# Line 1740  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1944  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1944  }  }
1945    
1946  //protected  //protected
1947  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1948  {  {
1949      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1950      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);
1951      in.requireWrite();      // expand data object if necessary to be able to grab the whole data
1952      Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRW(0));      const_cast<escript::Data*>(&in)->expand();
1953        Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRO(0));
1954    
1955      const dim_t numDOF = getNumDOF();      const dim_t numDOF = getNumDOF();
1956      out.requireWrite();      out.requireWrite();
# Line 1758  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1963  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1963                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1964          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1965      }      }
1966        Paso_Coupler_free(coupler);
1967  }  }
1968    
1969  //private  //private
1970  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1971  {  {
1972      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1973      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1974        // left-right, bottom-top, front-back).
1975        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1976        // helps when writing out data rank after rank.
1977    
1978      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1979      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1778  void Brick::populateSampleIds() Line 1987  void Brick::populateSampleIds()
1987      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1988      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1989      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1990    
1991        // populate face element counts
1992        //left
1993        if (m_offset[0]==0)
1994            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1995        else
1996            m_faceCount[0]=0;
1997        //right
1998        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1999            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
2000        else
2001            m_faceCount[1]=0;
2002        //bottom
2003        if (m_offset[1]==0)
2004            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
2005        else
2006            m_faceCount[2]=0;
2007        //top
2008        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
2009            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
2010        else
2011            m_faceCount[3]=0;
2012        //front
2013        if (m_offset[2]==0)
2014            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
2015        else
2016            m_faceCount[4]=0;
2017        //back
2018        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2019            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2020        else
2021            m_faceCount[5]=0;
2022    
2023      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
2024    
2025        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2026        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2027        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2028        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2029        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2030        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2031    
2032        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2033        // set the node id's according to the order mentioned above.
2034        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2035        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2036        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2037        // the 6 faces are set but only if required...
2038    
2039    #define globalNodeId(x,y,z) \
2040        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2041        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2042        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2043    
2044  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2045      {      {
2046            // set edge id's
2047            // edges in x-direction, including corners
2048    #pragma omp for nowait
2049            for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2050                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2051                m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2052                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2053                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2054            }
2055            // edges in y-direction, without corners
2056  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2057          // nodes          for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2058          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2059              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {              m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2060                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2061                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =              m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2062                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)          }
2063                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)          // edges in z-direction, without corners
2064                          +m_offset0+i0;  #pragma omp for
2065            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2066                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2067                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2068                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2069                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2070            }
2071            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2072            // below
2073    
2074            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2075    #pragma omp for nowait
2076            for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2077                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2078                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2079                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2080                        const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2081                        m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2082                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
2083                  }                  }
2084              }              }
2085          }          }
2086    
2087          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2088            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2089    #pragma omp for nowait
2090                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2091                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2092                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2093                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2094                        m_nodeId[nodeIdx]
2095                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2096                    }
2097                }
2098            }
2099            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2100    #pragma omp for nowait
2101                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2102                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2103                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2104                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2105                        m_nodeId[nodeIdx]
2106                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2107                    }
2108                }
2109            }
2110            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2111    #pragma omp for nowait
2112                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2113                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2114                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2115                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2116                        m_nodeId[nodeIdx]
2117                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2118                    }
2119                }
2120            }
2121            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2122  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2123          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2124              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2125                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2126                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2127                        m_nodeId[nodeIdx]
2128                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2129                    }
2130                }
2131            }
2132            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2133    #pragma omp for nowait
2134                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2135                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2136                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2137                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2138                        m_nodeId[nodeIdx]
2139                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2140                    }
2141                }
2142            }
2143            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2144    #pragma omp for nowait
2145                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2146                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2147                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2148                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2149                        m_nodeId[nodeIdx]
2150                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2151                    }
2152                }
2153            }
2154    
2155          // elements          // populate element id's
2156  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2157          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2158              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2159                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2160                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2161                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2162                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2163                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2164                  }                  }
2165              }              }
2166          }          }
# Line 1819  void Brick::populateSampleIds() Line 2171  void Brick::populateSampleIds()
2171              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2172      } // end parallel section      } // end parallel section
2173    
2174    #undef globalNodeId
2175    
2176      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2177      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2178    
# Line 1826  void Brick::populateSampleIds() Line 2180  void Brick::populateSampleIds()
2180      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2181    
2182      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2183      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2184      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2185      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2186      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2187      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2188      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2189          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2190              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2191              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2192              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2193          }          }
2194      }      }
2195      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1851  void Brick::populateSampleIds() Line 2204  void Brick::populateSampleIds()
2204  //private  //private
2205  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2206  {  {
2207      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2208      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2209      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2210      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2211      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2212      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2213    
2214      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2215      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1865  void Brick::createPattern() Line 2218  void Brick::createPattern()
2218      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2219          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2220              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2221                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2222              }              }
2223          }          }
2224      }      }
# Line 1879  void Brick::createPattern() Line 2232  void Brick::createPattern()
2232      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2233      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2234      int numShared=0;      int numShared=0;
2235      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2236      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2237      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2238      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2239          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2240              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1892  void Brick::createPattern() Line 2245  void Brick::createPattern()
2245                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2246                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2247                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2248                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2249                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2250                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2251                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2252                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2253                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2254                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2255                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2256                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2257                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2258                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2259                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2260                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1934  void Brick::createPattern() Line 2287  void Brick::createPattern()
2287                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2288                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2289                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2290                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2291                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2292                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2293                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2294                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1968  void Brick::createPattern() Line 2321  void Brick::createPattern()
2321                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2322                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2323                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2324                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2325                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2326                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2327                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2328                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1992  void Brick::createPattern() Line 2345  void Brick::createPattern()
2345                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2346                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2347                                  }                                  }
2348                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2349                              }                              }
2350                          }                          }
2351                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 2000  void Brick::createPattern() Line 2353  void Brick::createPattern()
2353                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2354                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2355                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2356                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2357                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2358                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2359                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2360                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2017  void Brick::createPattern() Line 2370  void Brick::createPattern()
2370                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2371                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2372                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2373                          const int firstNode=bottom*m_N0                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2374                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2375                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2376                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2377                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2378                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2028  void Brick::createPattern() Line 2381  void Brick::createPattern()
2381                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2382                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2383                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2384                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2385                          }                          }
2386                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2387                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2388                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2389                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2390                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2391                          const int firstNode=front*m_N0*m_N1                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2392                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2393                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2394                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2395                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2396                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2046  void Brick::createPattern() Line 2399  void Brick::createPattern()
2399                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2400                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2401                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2402                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2403                          }                          }
2404                      } else {                      } else {
2405                          // sharing a node                          // sharing a node
2406                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2407                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2408                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2409                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2410                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2411                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2412                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2413                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2414                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2166  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2519  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2519      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2520      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2521      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2522      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2523      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2524      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2525      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2526      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2527      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2528      if (addF) {      if (addF) {
2529          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2530          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 2188  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2541  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2541  }  }
2542    
2543  //protected  //protected
2544  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out,
2545                                           const escript::Data& in,
2546                                         bool reduced) const                                         bool reduced) const
2547  {  {
2548      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2549      if (reduced) {      if (reduced) {
2550          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .125;  
2551  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2552          {          {
2553              vector<double> f_000(numComp);              vector<double> f_000(numComp);
# Line 2206  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2559  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2559              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2560              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2561  #pragma omp for  #pragma omp for
2562              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2563                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2564                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2565                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2566                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2567                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2568                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2569                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2570                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2571                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2572                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2573                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2574                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2575                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2576                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2577                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2578                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2242  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2595  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2595              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2596              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2597  #pragma omp for  #pragma omp for
2598              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2599                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2600                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2601                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2602                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2603                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2604                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2605                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2606                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2607                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2608                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2609                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2610                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2611                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2612                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2272  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2625  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2625  }  }
2626    
2627  //protected  //protected
2628  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, const escript::Data& in,
2629                                      bool reduced) const                                      bool reduced) const
2630  {  {
2631      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2632      if (reduced) {      if (reduced) {
2633          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2634  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2635          {          {
2636              vector<double> f_000(numComp);              vector<double> f_000(numComp);
# Line 2291  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2643  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2643              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2644              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2645  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2646                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2647                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2648                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2649                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2650                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2651                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2652                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2653                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2654                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2655                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2656                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2657                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2658              } // end of face 0              } // end of face 0
2659              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2660  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2661                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2662                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2663                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2664                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2665                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2666                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2667                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2668                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2669                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2670                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2671                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2672                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2673              } // end of face 1              } // end of face 1
2674              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2675  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2676                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2677                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2678                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2679                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2680                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2681                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2682                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2683                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2684                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2685                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2686                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2687                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2688              } // end of face 2              } // end of face 2
2689              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2690  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2691                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2692                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2693                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2694                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2695                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2696                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2697                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2698                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2699                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2700                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2701                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2702                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2703              } // end of face 3              } // end of face 3
2704              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2705  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2706                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2707                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2708                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2709                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2710                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2711                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2712                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2713                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2714                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2715                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2716                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2717                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2718              } // end of face 4              } // end of face 4
2719              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2720  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2721                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2722                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2723                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2724                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2725                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2726                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2727                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2728                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2729                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2730                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2731                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2732                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2397  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2749  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2749              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2750              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2751  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2752                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2753                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2754                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2755                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2756                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2757                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2758                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2759                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2760                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2761                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2415  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2767  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2767              } // end of face 0              } // end of face 0
2768              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2769  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2770                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2771                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2772                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2773                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2774                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2775                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2776                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2777                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2778                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2779                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2433  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2785  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2785              } // end of face 1              } // end of face 1
2786              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2787  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2788                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2789                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2790                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2791                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2792                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2793                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2794                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2795                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2796                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2797                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2451  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2803  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2803              } // end of face 2              } // end of face 2
2804              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2805  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2806                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2807                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2808                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2809                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2810                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2811                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2812                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2813                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2814                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2815                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2469  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2821  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2821              } // end of face 3              } // end of face 3
2822              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2823  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2824                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2825                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2826                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2827                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2828                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2829                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2830                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2831                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2832                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2833                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2487  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2839  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2839              } // end of face 4              } // end of face 4
2840              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2841  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2842                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2843                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2844                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2845                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2846                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2847                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2848                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2849                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2850                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2851                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2507  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2859  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2859      }      }
2860  }  }
2861    
2862  //protected  namespace
 void Brick::assemblePDESingle(Paso_SystemMatrix* mat, escript::Data& rhs,  
         const escript::Data& A, const escript::Data& B,  
         const escript::Data& C, const escript::Data& D,  
         const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const  
2863  {  {
2864      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      // Calculates a guassian blur colvolution matrix for 3D
2865      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      // See wiki article on the subject
2866      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      double* get3DGauss(unsigned radius, double sigma)
     const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;  
     const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;  
     const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;  
     const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;  
     const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;  
     const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;  
     const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;  
     const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;  
     const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;  
     const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;  
     const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;  
     const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;  
     const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;  
     const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;  
     const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;  
     const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;  
     const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;  
     const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;  
     const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;  
     const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;  
     const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;  
     const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;  
     const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;  
     const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;  
     const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;  
     const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;  
     const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;  
     const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;  
     const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;  
     const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;  
     const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;  
     const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;  
     const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;  
     const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;  
     const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;  
     const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;  
     const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;  
     const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;  
     const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;  
     const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;  
     const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;  
     const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;  
     const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;  
     const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;  
     const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;  
     const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;  
     const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;  
     const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
   
     rhs.requireWrite();  
 #pragma omp parallel  
2867      {      {
2868          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          double* arr=new double[(radius*2+1)*(radius*2+1)*(radius*2+1)];
2869  #pragma omp for          double common=pow(M_1_PI*0.5*1/(sigma*sigma), 3./2);
2870              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {      double total=0;
2871                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {      int r=static_cast<int>(radius);
2872                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {      for (int z=-r;z<=r;++z)
2873                          bool add_EM_S=false;      {
2874                          bool add_EM_F=false;          for (int y=-r;y<=r;++y)
2875                          vector<double> EM_S(8*8, 0);          {
2876                          vector<double> EM_F(8, 0);          for (int x=-r;x<=r;++x)
2877                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;          {        
2878                          ///////////////              arr[(x+r)+(y+r)*(r*2+1)+(z+r)*(r*2+1)*(r*2+1)]=common*exp(-(x*x+y*y+z*z)/(2*sigma*sigma));
2879                          // process A //              total+=arr[(x+r)+(y+r)*(r*2+1)+(z+r)*(r*2+1)*(r*2+1)];
2880                          ///////////////  cerr <<     arr[(x+r)+(y+r)*(r*2+1)+(z+r)*(r*2+1)*(r*2+1)] << " ";      
2881                          if (!A.isEmpty()) {          }
2882                              add_EM_S=true;  cerr << endl;      
2883                              const double* A_p=const_cast<escript::Data*>(&A)->getSampleDataRO(e);          }
2884                              if (A.actsExpanded()) {      }
2885                                  const double A_00_0 = A_p[INDEX3(0,0,0,3,3)];      double invtotal=1/total;
2886                                  const double A_01_0 = A_p[INDEX3(0,1,0,3,3)];      for (size_t p=0;p<(radius*2+1)*(radius*2+1)*(radius*2+1);++p)
2887                                  const double A_02_0 = A_p[INDEX3(0,2,0,3,3)];      {
2888                                  const double A_10_0 = A_p[INDEX3(1,0,0,3,3)];          arr[p]*=invtotal;
2889                                  const double A_11_0 = A_p[INDEX3(1,1,0,3,3)];      }
2890                                  const double A_12_0 = A_p[INDEX3(1,2,0,3,3)];      return arr;
2891                                  const double A_20_0 = A_p[INDEX3(2,0,0,3,3)];      }
2892                                  const double A_21_0 = A_p[INDEX3(2,1,0,3,3)];      
2893                                  const double A_22_0 = A_p[INDEX3(2,2,0,3,3)];      // applies conv to source to get a point.
2894                                  const double A_00_1 = A_p[INDEX3(0,0,1,3,3)];      // (xp, yp) are the coords in the source matrix not the destination matrix
2895                                  const double A_01_1 = A_p[INDEX3(0,1,1,3,3)];      double Convolve3D(double* conv, double* source, size_t xp, size_t yp, size_t zp, unsigned radius, size_t width, size_t height)
2896                                  const double A_02_1 = A_p[INDEX3(0,2,1,3,3)];      {
2897                                  const double A_10_1 = A_p[INDEX3(1,0,1,3,3)];          size_t bx=xp-radius, by=yp-radius, bz=zp-radius;
2898                                  const double A_11_1 = A_p[INDEX3(1,1,1,3,3)];      size_t sbase=bx+by*width+bz*width*height;
2899                                  const double A_12_1 = A_p[INDEX3(1,2,1,3,3)];      double result=0;
2900                                  const double A_20_1 = A_p[INDEX3(2,0,1,3,3)];      for (int z=0;z<2*radius+1;++z)
2901                                  const double A_21_1 = A_p[INDEX3(2,1,1,3,3)];      {
2902                                  const double A_22_1 = A_p[INDEX3(2,2,1,3,3)];          for (int y=0;y<2*radius+1;++y)
2903                                  const double A_00_2 = A_p[INDEX3(0,0,2,3,3)];          {    
2904                                  const double A_01_2 = A_p[INDEX3(0,1,2,3,3)];          for (int x=0;x<2*radius+1;++x)
2905                                  const double A_02_2 = A_p[INDEX3(0,2,2,3,3)];          {
2906                                  const double A_10_2 = A_p[INDEX3(1,0,2,3,3)];              result+=conv[x+y*(2*radius+1)+z*(2*radius+1)*(2*radius+1)] * source[sbase + x+y*width+z*width*height];
2907                                  const double A_11_2 = A_p[INDEX3(1,1,2,3,3)];          }
2908                                  const double A_12_2 = A_p[INDEX3(1,2,2,3,3)];          }
2909                                  const double A_20_2 = A_p[INDEX3(2,0,2,3,3)];      }
2910                                  const double A_21_2 = A_p[INDEX3(2,1,2,3,3)];      // use this line for "pass-though" (return the centre point value)
2911                                  const double A_22_2 = A_p[INDEX3(2,2,2,3,3)];  //  return source[sbase+(radius)+(radius)*width+(radius)*width*height];
2912                                  const double A_00_3 = A_p[INDEX3(0,0,3,3,3)];      return result;      
2913                                  const double A_01_3 = A_p[INDEX3(0,1,3,3,3)];      }
                                 const double A_02_3 = A_p[INDEX3(0,2,3,3,3)];  
                                 const double A_10_3 = A_p[INDEX3(1,0,3,3,3)];  
                                 const double A_11_3 = A_p[INDEX3(1,1,3,3,3)];  
                                 const double A_12_3 = A_p[INDEX3(1,2,3,3,3)];  
                                 const double A_20_3 = A_p[INDEX3(2,0,3,3,3)];  
                                 const double A_21_3 = A_p[INDEX3(2,1,3,3,3)];  
                                 const double A_22_3 = A_p[INDEX3(2,2,3,3,3)];  
                                 const double A_00_4 = A_p[INDEX3(0,0,4,3,3)];  
                                 const double A_01_4 = A_p[INDEX3(0,1,4,3,3)];  
                                 const double A_02_4 = A_p[INDEX3(0,2,4,3,3)];  
                                 const double A_10_4 = A_p[INDEX3(1,0,4,3,3)];  
                                 const double A_11_4 = A_p[INDEX3(1,1,4,3,3)];  
                                 const double A_12_4 = A_p[INDEX3(1,2,4,3,3)];  
                                 const double A_20_4 = A_p[INDEX3(2,0,4,3,3)];  
                                 const double A_21_4 = A_p[INDEX3(2,1,4,3,3)];  
                                 const double A_22_4 = A_p[INDEX3(2,2,4,3,3)];  
                                 const double A_00_5 = A_p[INDEX3(0,0,5,3,3)];  
                                 const double A_01_5 = A_p[INDEX3(0,1,5,3,3)];  
                                 const double A_02_5 = A_p[INDEX3(0,2,5,3,3)];  
                                 const double A_10_5 = A_p[INDEX3(1,0,5,3,3)];  
                                 const double A_11_5 = A_p[INDEX3(1,1,5,3,3)];  
                                 const double A_12_5 = A_p[INDEX3(1,2,5,3,3)];  
                                 const double A_20_5 = A_p[INDEX3(2,0,5,3,3)];  
                                 const double A_21_5 = A_p[INDEX3(2,1,5,3,3)];  
                                 const double A_22_5 = A_p[INDEX3(2,2,5,3,3)];  
                                 const double A_00_6 = A_p[INDEX3(0,0,6,3,3)];  
                                 const double A_01_6 = A_p[INDEX3(0,1,6,3,3)];  
                                 const double A_02_6 = A_p[INDEX3(0,2,6,3,3)];  
                                 const double A_10_6 = A_p[INDEX3(1,0,6,3,3)];  
                                 const double A_11_6 = A_p[INDEX3(1,1,6,3,3)];  
                                 const double A_12_6 = A_p[INDEX3(1,2,6,3,3)];  
                                 const double A_20_6 = A_p[INDEX3(2,0,6,3,3)];  
                                 const double A_21_6 = A_p[INDEX3(2,1,6,3,3)];  
                                 const double A_22_6 = A_p[INDEX3(2,2,6,3,3)];  
                                 const double A_00_7 = A_p[INDEX3(0,0,7,3,3)];  
                                 const double A_01_7 = A_p[INDEX3(0,1,7,3,3)];  
                                 const double A_02_7 = A_p[INDEX3(0,2,7,3,3)];  
                                 const double A_10_7 = A_p[INDEX3(1,0,7,3,3)];  
                                 const double A_11_7 = A_p[INDEX3(1,1,7,3,3)];  
                                 const double A_12_7 = A_p[INDEX3(1,2,7,3,3)];  
                                 const double A_20_7 = A_p[INDEX3(2,0,7,3,3)];  
                                 const double A_21_7 = A_p[INDEX3(2,1,7,3,3)];  
                                 const double A_22_7 = A_p[INDEX3(2,2,7,3,3)];  
                                 const double tmp160_0 = A_12_0 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp8_0 = A_21_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp135_0 = A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp67_0 = A_02_2 + A_02_7;  
                                 const double tmp211_0 = A_12_6 + A_21_6;  
                                 const double tmp180_0 = A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp37_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp92_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp195_0 = A_02_2 + A_20_2;  
                                 const double tmp70_0 = A_01_0 + A_01_7;  
                                 const double tmp139_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp200_0 = A_12_3 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp60_0 = A_22_0 + A_22_2 + A_22_4 + A_22_6;  
                                 const double tmp192_0 = A_01_5 + A_10_5;  
                                 const double tmp46_0 = A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp48_0 = A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp166_0 = A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp221_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp50_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp217_0 = A_02_3 + A_02_4 + A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp216_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp104_0 = A_22_2 + A_22_6;  
                                 const double tmp72_0 = A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp79_0 = A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp86_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp214_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp32_0 = A_02_0 + A_02_2;  
                                 const double tmp112_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp197_0 = A_12_0 + A_21_0;  
                                 const double tmp106_0 = A_22_1 + A_22_5;  
                                 const double tmp2_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp115_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp175_0 = A_01_3 + A_01_7;  
                                 const double tmp126_0 = A_01_2 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp90_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp47_0 = A_12_0 + A_12_6;  
                                 const double tmp205_0 = A_02_7 + A_20_7;  
                                 const double tmp148_0 = A_01_3 + A_01_4;  
                                 const double tmp113_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp43_0 = A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp161_0 = A_02_1 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp69_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp176_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6;  
                                 const double tmp105_0 = A_01_2 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp22_0 = A_01_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp91_0 = A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp206_0 = A_12_7 + A_21_7;  
                                 const double tmp188_0 = A_02_5 + A_20_5;  
                                 const double tmp117_0 = A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp165_0 = A_01_1 + A_01_6;  
                                 const double tmp66_0 = A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp57_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp31_0 = A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp3_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp183_0 = A_12_0 + A_12_7;  
                                 const double tmp61_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp54_0 = A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp18_0 = A_02_3 + A_02_6;  
                                 const double tmp119_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp29_0 = A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp17_0 = A_01_3 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp212_0 = A_02_6 + A_20_6;  
                                 const double tmp220_0 = A_02_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp78_0 = A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp215_0 = A_01_6 + A_10_6;  
                                 const double tmp203_0 = A_01_7 + A_10_7;  
                                 const double tmp87_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp114_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp0_0 = A_01_0 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp202_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp4_0 = A_20_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp65_0 = A_00_2 + A_00_3;  
                                 const double tmp24_0 = A_20_1 + A_20_3;  
                                 const double tmp64_0 = A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp170_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp11_0 = A_20_1 + A_20_6;  
                                 const double tmp82_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp99_0 = A_01_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp49_0 = A_12_1 + A_12_7;  
                                 const double tmp130_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp144_0 = A_01_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp109_0 = A_22_0 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_7;  
                                 const double tmp185_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp157_0 = A_01_4 + A_10_4;  
                                 const double tmp51_0 = A_22_1 + A_22_3 + A_22_5 + A_22_7;  
                                 const double tmp146_0 = A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp147_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp150_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_4 + A_00_5;  
                                 const double tmp62_0 = A_21_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp223_0 = A_12_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp16_0 = A_02_2 + A_02_5;  
                                 const double tmp168_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp88_0 = A_12_4 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp142_0 = A_01_7 + A_10_4;  
                                 const double tmp34_0 = A_20_0 + A_20_2 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp71_0 = A_00_0 + A_00_1 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp213_0 = A_02_1 + A_20_1;  
                                 const double tmp227_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp228_0 = A_12_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp140_0 = A_01_2 + A_01_6;  
                                 const double tmp74_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_4 + A_22_5;  
                                 const double tmp167_0 = A_11_0 + A_11_2;  
                                 const double tmp143_0 = A_01_3 + A_01_4 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp83_0 = A_02_0 + A_02_5;  
                                 const double tmp14_0 = A_22_1 + A_22_2 + A_22_5 + A_22_6;  
                                 const double tmp5_0 = A_12_1 + A_12_6;  
                                 const double tmp94_0 = A_02_1 + A_02_3;  
                                 const double tmp193_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp97_0 = A_02_0 + A_02_2 + A_02_5 + A_02_7;  
                                 const double tmp131_0 = A_01_1 + A_01_5;  
                                 const double tmp124_0 = A_01_6 + A_10_5;  
                                 const double tmp149_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp187_0 = A_01_2 + A_10_2;  
                                 const double tmp93_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp25_0 = A_01_4 + A_01_7 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp156_0 = A_12_2 + A_12_5 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp20_0 = A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp55_0 = A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp208_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_0 + A_21_7;  
                                 const double tmp125_0 = A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp158_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_7;  
                                 const double tmp108_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp199_0 = A_12_2 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_4;  
                                 const double tmp10_0 = A_02_1 + A_02_4;  
                                 const double tmp182_0 = A_02_3 + A_02_6 + A_20_3 + A_20_6;  
                                 const double tmp132_0 = A_02_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp191_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp35_0 = A_11_0 + A_11_1 + A_11_2 + A_11_3;  
                                 const double tmp164_0 = A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp190_0 = A_12_5 + A_21_5;  
                                 const double tmp73_0 = A_02_1 + A_02_6;  
                                 const double tmp98_0 = A_01_0 + A_01_7 + A_10_3 + A_10_4;  
                                 const double tmp225_0 = A_12_4 + A_21_2;  
                                 const double tmp103_0 = A_02_4 + A_02_6;  
                                 const double tmp194_0 = A_02_0 + A_02_7 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp207_0 = A_12_0 + A_21_6;  
                                 const double tmp102_0 = A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp1_0 = A_22_3 + A_22_7;  
                                 const double tmp172_0 = A_10_1 + A_10_5;  
                                 const double tmp222_0 = A_12_5 + A_21_3;  
                                 const double tmp201_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp155_0 = A_12_4 + A_21_4;  
                                 const double tmp174_0 = A_02_1 + A_02_4 + A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp59_0 = A_01_0 + A_01_3;  
                                 const double tmp21_0 = A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp141_0 = A_02_2 + A_02_7 + A_20_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp210_0 = A_01_1 + A_10_1;  
                                 const double tmp145_0 = A_00_0 + A_00_1;  
                                 const double tmp121_0 = A_12_0 + A_12_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp224_0 = A_12_3 + A_12_4 + A_21_2 + A_21_5;  
                                 const double tmp186_0 = A_02_2 + A_20_7;  
                                 const double tmp53_0 = A_11_4 + A_11_6;  
                                 const double tmp184_0 = A_02_5 + A_20_0;  
                                 const double tmp38_0 = A_12_0 + A_12_1;  
                                 const double tmp12_0 = A_01_1 + A_01_2 + A_01_5 + A_01_6 + A_10_1 + A_10_2 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp230_0 = A_12_6 + A_21_0;  
                                 const double tmp23_0 = A_11_4 + A_11_5 + A_11_6 + A_11_7;  
                                 const double tmp81_0 = A_20_1 + A_20_4;  
                                 const double tmp134_0 = A_10_3 + A_10_7;  
                                 const double tmp129_0 = A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp137_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7;  
                                 const double tmp198_0 = A_01_0 + A_10_0;  
                                 const double tmp9_0 = A_21_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp179_0 = A_01_0 + A_01_4;  
                                 const double tmp100_0 = A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp173_0 = A_02_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp42_0 = A_21_0 + A_21_1 + A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp226_0 = A_12_3 + A_21_5;  
                                 const double tmp6_0 = A_22_0 + A_22_4;  
                                 const double tmp218_0 = A_12_1 + A_21_1;  
                                 const double tmp28_0 = A_01_2 + A_10_1;  
                                 const double tmp133_0 = A_02_6 + A_20_3;  
                                 const double tmp13_0 = A_00_2 + A_00_3 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp27_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_12_4 + A_12_5;  
                                 const double tmp75_0 = A_10_1 + A_10_6;  
                                 const double tmp36_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_10_0 + A_10_3;  
                                 const double tmp138_0 = A_10_0 + A_10_4;  
                                 const double tmp189_0 = A_12_2 + A_21_2;  
                                 const double tmp181_0 = A_02_7 + A_20_2;  
                                 const double tmp85_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp122_0 = A_01_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp95_0 = A_01_3 + A_10_0;  
                                 const double tmp120_0 = A_12_6 + A_12_7 + A_21_0 + A_21_1;  
                                 const double tmp196_0 = A_02_0 + A_20_0;  
                                 const double tmp171_0 = A_02_3 + A_02_4;  
                                 const double tmp204_0 = A_12_1 + A_12_6 + A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp45_0 = A_10_1 + A_10_2;  
                                 const double tmp101_0 = A_01_5 + A_01_6 + A_10_5 + A_10_6;  
                                 const double tmp58_0 = A_11_0 + A_11_2 + A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp107_0 = A_20_3 + A_20_4;  
                                 const double tmp30_0 = A_01_1 + A_01_6 + A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp63_0 = A_12_2 + A_12_5;  
                                 const double tmp127_0 = A_12_2 + A_12_3;  
                                 const double tmp177_0 = A_02_2 + A_02_5 + A_20_0 + A_20_7;  
                                 const double tmp178_0 = A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp76_0 = A_01_1 + A_01_2;  
                                 const double tmp80_0 = A_22_2 + A_22_3 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp41_0 = A_12_6 + A_12_7;  
                                 const double tmp89_0 = A_01_0 + A_01_3 + A_01_4 + A_01_7 + A_10_0 + A_10_3 + A_10_4 + A_10_7;  
                                 const double tmp116_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6 + A_20_1 + A_20_3 + A_20_4 + A_20_6;  
                                 const double tmp33_0 = A_22_0 + A_22_1 + A_22_2 + A_22_3 + A_22_4 + A_22_5 + A_22_6 + A_22_7;  
                                 const double tmp169_0 = A_21_3 + A_21_4;  
                                 const double tmp96_0 = A_20_0 + A_20_2;  
                                 const double tmp111_0 = A_12_3 + A_12_4;  
                                 const double tmp118_0 = A_20_2 + A_20_5;  
                                 const double tmp19_0 = A_12_3 + A_12_5;  
                                 const double tmp68_0 = A_01_5 + A_01_6;  
                                 const double tmp7_0 = A_11_1 + A_11_3 + A_11_5 + A_11_7;  
                                 const double tmp154_0 = A_12_3 + A_21_3;  
                                 const double tmp152_0 = A_02_4 + A_20_4;  
                                 const double tmp153_0 = A_02_3 + A_20_3;  
                                 const double tmp163_0 = A_02_5 + A_02_7 + A_20_5 + A_20_7;  
                                 const double tmp44_0 = A_01_4 + A_01_7;  
                                 const double tmp39_0 = A_02_1 + A_02_3 + A_02_4 + A_02_6;  
                                 const double tmp123_0 = A_21_2 + A_21_3 + A_21_4 + A_21_5;  
                                 const double tmp40_0 = A_02_5 + A_02_7;  
                                 const double tmp110_0 = A_02_0 + A_02_7;  
                                 const double tmp77_0 = A_12_2 + A_12_3 + A_21_2 + A_21_3;  
                                 const double tmp209_0 = A_12_7 + A_21_1;  
                                 const double tmp219_0 = A_02_4 + A_20_1;  
                                 const double tmp84_0 = A_01_1 + A_01_5 + A_10_2 + A_10_6;  
                                 const double tmp162_0 = A_12_1 + A_12_7 + A_21_1 + A_21_7;  
                                 const double tmp159_0 = A_01_3 + A_10_3;  
                                 const double tmp56_0 = A_11_1 + A_11_3;  
                                 const double tmp52_0 = A_01_2 + A_01_5;  
                                 const double tmp26_0 = A_00_4 + A_00_5 + A_00_6 + A_00_7;  
                                 const double tmp229_0 = A_12_0 + A_12_7 + A_21_1 + A_21_6;  
                                 const double tmp151_0 = A_10_2 + A_10_5;  
                                 const double tmp136_0 = A_02_0 + A_02_5 + A_20_0 + A_20_5;  
                                 const double tmp128_0 = A_21_6 + A_21_7;  
                                 const double tmp15_0 = A_12_2 + A_12_4;  
                                 const double tmp296_1 = tmp159_0*w42;  
                                 const double tmp130_1 = tmp67_0*w5;  
                                 const double tmp98_1 = A_01_6*w42;  
                                 const double tmp231_1 = tmp125_0*w6;  
                                 const double tmp42_1 = tmp34_0*w12;  
                                 const double tmp199_1 = A_02_5*w28;  
                                 const double tmp113_1 = tmp29_0*w13;  
                                 const double tmp330_1 = tmp152_0*w28;  
                                 const double tmp90_1 = A_01_1*w46;  
                                 const double tmp446_1 = tmp77_0*w22;  
                                 const double tmp108_1 = tmp43_0*w5;  
                                 const double tmp524_1 = A_12_6*w29;  
                                 const double tmp232_1 = tmp126_0*w34;  
                                 const double tmp33_1 = tmp25_0*w37;  
                                 const double tmp461_1 = tmp180_0*w1;  
                                 const double tmp14_1 = tmp8_0*w6;  
                                 const double tmp447_1 = tmp205_0*w26;  
                                 const double tmp452_1 = tmp198_0*w42;  
                                 const double tmp217_1 = tmp81_0*w9;  
                                 const double tmp76_1 = tmp59_0*w20;  
                                 const double tmp421_1 = tmp134_0*w31;  
                                 const double tmp485_1 = tmp51_0*w51;  
                                 const double tmp240_1 = tmp131_0*w1;  
                                 const double tmp160_1 = tmp91_0*w9;  
                                 const double tmp174_1 = A_20_1*w26;  
                                 const double tmp273_1 = A_10_1*w46;  
                                 const double tmp159_1 = tmp90_0*w47;  
                                 const double tmp228_1 = tmp103_0*w5;  
                                 const double tmp313_1 = tmp166_0*w45;  
                                 const double tmp45_1 = tmp37_0*w30;  
                                 const double tmp512_1 = tmp147_0*w13;  
                                 const double tmp73_1 = tmp56_0*w43;  
                                 const double tmp61_1 = A_01_6*w46;  
                                 const double tmp316_1 = tmp167_0*w43;  
                                 const double tmp189_1 = tmp112_0*w20;  
                                 const double tmp455_1 = tmp215_0*w39;  
                                 const double tmp360_1 = A_21_5*w24;  
                                 const double tmp258_1 = A_20_7*w2;  
                                 const double tmp196_1 = A_20_6*w26;  
                                 const double tmp37_1 = tmp29_0*w6;  
                                 const double tmp9_1 = A_12_7*w29;  
                                 const double tmp80_1 = tmp63_0*w19;  
                                 const double tmp312_1 = tmp165_0*w8;  
                                 const double tmp264_1 = tmp101_0*w1;  
                                 const double tmp124_1 = A_02_3*w26;  
                                 const double tmp229_1 = tmp123_0*w11;  
                                 const double tmp333_1 = tmp159_0*w46;  
                                 const double tmp533_1 = tmp222_0*w4;  
                                 const double tmp201_1 = tmp108_0*w37;  
                                 const double tmp444_1 = tmp35_0*w10;  
                                 const double tmp51_1 = tmp43_0*w18;  
                                 const double tmp214_1 = A_21_7*w29;  
                                 const double tmp518_1 = tmp86_0*w37;  
                                 const double tmp192_1 = tmp115_0*w5;  
                                 const double tmp355_1 = A_21_2*w27;  
                                 const double tmp156_1 = tmp87_0*w22;  
                                 const double tmp516_1 = tmp230_0*w27;  
                                 const double tmp366_1 = tmp104_0*w57;  
                                 const double tmp271_1 = tmp146_0*w49;  
                                 const double tmp437_1 = tmp218_0*w24;  
                                 const double tmp436_1 = tmp104_0*w54;  
                                 const double tmp167_1 = tmp98_0*w8;  
                                 const double tmp136_1 = tmp70_0*w34;  
                                 const double tmp406_1 = tmp207_0*w27;  
                                 const double tmp193_1 = tmp116_0*w12;  
                                 const double tmp486_1 = tmp225_0*w29;  
                                 const double tmp469_1 = tmp224_0*w11;  
                                 const double tmp287_1 = tmp71_0*w53;  
                                 const double tmp430_1 = tmp213_0*w28;  
                                 const double tmp462_1 = tmp220_0*w2;  
                                 const double tmp294_1 = tmp53_0*w59;  
                                 const double tmp218_1 = tmp118_0*w16;  
                                 const double tmp116_1 = tmp25_0*w31;  
                                 const double tmp495_1 = tmp76_0*w37;  
                                 const double tmp501_1 = tmp99_0*w46;  
                                 const double tmp0_1 = tmp0_0*w1;  
                                 const double tmp99_1 = tmp62_0*w17;  
                                 const double tmp429_1 = tmp212_0*w2;  
                                 const double tmp249_1 = tmp136_0*w9;  
                                 const double tmp504_1 = tmp229_0*w19;  
                                 const double tmp197_1 = A_12_2*w27;  
                                 const double tmp531_1 = tmp122_0*w35;  
                                 const double tmp265_1 = tmp142_0*w46;  
                                 const double tmp488_1 = tmp226_0*w4;  
                                 const double tmp528_1 = tmp115_0*w18;  
                                 const double tmp438_1 = tmp219_0*w2;  
                                 const double tmp233_1 = tmp127_0*w13;  
                                 const double tmp491_1 = tmp79_0*w1;  
                                 const double tmp215_1 = A_21_0*w4;  
                                 const double tmp24_1 = tmp18_0*w21;  
                                 const double tmp538_1 = tmp209_0*w27;  
                                 const double tmp379_1 = tmp167_0*w55;  
                                 const double tmp332_1 = tmp154_0*w4;  
                                 const double tmp498_1 = tmp68_0*w31;  
                                 const double tmp41_1 = tmp33_0*w33;  
                                 const double tmp464_1 = tmp179_0*w37;  
                                 const double tmp317_1 = tmp168_0*w40;  
                                 const double tmp378_1 = tmp106_0*w54;  
                                 const double tmp184_1 = tmp109_0*w14;  
                                 const double tmp292_1 = tmp14_0*w33;  
                                 const double tmp11_1 = tmp5_0*w11;  
                                 const double tmp354_1 = A_02_6*w26;  
                                 const double tmp84_1 = tmp37_0*w0;  
                                 const double tmp422_1 = tmp13_0*w30;  
                                 const double tmp132_1 = tmp69_0*w11;  
                                 const double tmp251_1 = tmp138_0*w31;  
                                 const double tmp18_1 = tmp12_0*w8;  
                                 const double tmp88_1 = A_21_1*w4;  
                                 const double tmp188_1 = A_12_2*w24;  
                                 const double tmp465_1 = tmp175_0*w31;  
                                 const double tmp235_1 = tmp128_0*w17;  
                                 const double tmp323_1 = A_02_1*w26;  
                                 const double tmp31_1 = tmp23_0*w38;  
                                 const double tmp397_1 = tmp170_0*w5;  
                                 const double tmp175_1 = tmp7_0*w3;  
                                 const double tmp148_1 = tmp81_0*w21;  
                                 const double tmp238_1 = tmp130_0*w19;  
                                 const double tmp59_1 = tmp46_0*w11;  
                                 const double tmp432_1 = tmp215_0*w35;  
                                 const double tmp398_1 = A_01_2*w46;