/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

branches/ripleygmg_from_3668/ripley/src/Brick.cpp revision 3759 by caltinay, Fri Jan 6 06:54:51 2012 UTC trunk/ripley/src/Brick.cpp revision 4650 by jfenwick, Wed Feb 5 04:16:01 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2011 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * http://www.uq.edu.au
 * http://www.uq.edu.au/esscc  
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
8  * Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  *******************************************************/  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12    * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13    *
14    *****************************************************************************/
15    
16  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
17  extern "C" {  #include <paso/SystemMatrix.h>
18  #include "paso/SystemMatrix.h"  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
19  }  #include <ripley/DefaultAssembler3D.h>
20    #include <ripley/WaveAssembler3D.h>
21    #include <boost/scoped_array.hpp>
22    
23    #ifdef USE_NETCDF
24    #include <netcdfcpp.h>
25    #endif
26    
27  #if USE_SILO  #if USE_SILO
28  #include <silo.h>  #include <silo.h>
# Line 25  extern "C" { Line 33  extern "C" {
33    
34  #include <iomanip>  #include <iomanip>
35    
36    #include "esysUtils/EsysRandom.h"
37    #include "blocktools.h"
38    
39    
40  using namespace std;  using namespace std;
41    using esysUtils::FileWriter;
42    
43  namespace ripley {  namespace ripley {
44    
45  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double l0, double l1, double l2, int d0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
46               int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2,
47      RipleyDomain(3),               const std::vector<double>& points, const std::vector<int>& tags,
48      m_gNE0(n0),               const simap_t& tagnamestonums) :
49      m_gNE1(n1),      RipleyDomain(3)
50      m_gNE2(n2),  {
51      m_l0(l0),      // ignore subdivision parameters for serial run
52      m_l1(l1),      if (m_mpiInfo->size == 1) {
53      m_l2(l2),          d0=1;
54      m_NX(d0),          d1=1;
55      m_NY(d1),          d2=1;
56      m_NZ(d2)      }
57  {      bool warn=false;
58        // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same
59        // ratio as the number of elements
60        if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {
61            warn=true;
62            d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));
63            d0=max(1, d0);
64            d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));
65            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
66            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
67                // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try
68                // dividing 2 sides only
69                if (n0>=n1) {
70                    if (n1>=n2) {
71                        d0=d1=0;
72                        d2=1;
73                    } else {
74                        d0=d2=0;
75                        d1=1;
76                    }
77                } else {
78                    if (n0>=n2) {
79                        d0=d1=0;
80                        d2=1;
81                    } else {
82                        d0=1;
83                        d1=d2=0;
84                    }
85                }
86            }
87        }
88        if (d0<=0 && d1<=0) {
89            warn=true;
90            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));
91            d1=m_mpiInfo->size/d0;
92            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
93                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
94                if (n0>n1) {
95                    d0=0;
96                    d1=1;
97                } else {
98                    d0=1;
99                    d1=0;
100                }
101            }
102        } else if (d0<=0 && d2<=0) {
103            warn=true;
104            d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));
105            d2=m_mpiInfo->size/d0;
106            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
107                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
108                if (n0>n2) {
109                    d0=0;
110                    d2=1;
111                } else {
112                    d0=1;
113                    d2=0;
114                }
115            }
116        } else if (d1<=0 && d2<=0) {
117            warn=true;
118            d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));
119            d2=m_mpiInfo->size/d1;
120            if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {
121                // ratios not the same so subdivide side with more elements only
122                if (n1>n2) {
123                    d1=0;
124                    d2=1;
125                } else {
126                    d1=1;
127                    d2=0;
128                }
129            }
130        }
131        if (d0<=0) {
132            // d1,d2 are preset, determine d0
133            d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);
134        } else if (d1<=0) {
135            // d0,d2 are preset, determine d1
136            d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);
137        } else if (d2<=0) {
138            // d0,d1 are preset, determine d2
139            d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
140        }
141    
142      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
143      // among number of ranks      // among number of ranks
144      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
145          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
146    
147      if ((n0+1)%m_NX > 0 || (n1+1)%m_NY > 0 || (n2+1)%m_NZ > 0)      if (warn) {
148          throw RipleyException("Number of elements+1 must be separable into number of ranks in each dimension");          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
149                << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
150        }
151    
152        double l0 = x1-x0;
153        double l1 = y1-y0;
154        double l2 = z1-z0;
155        m_dx[0] = l0/n0;
156        m_dx[1] = l1/n1;
157        m_dx[2] = l2/n2;
158    
159        if ((n0+1)%d0 > 0) {
160            n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
161            l0=m_dx[0]*n0;
162            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
163                << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
164        }
165        if ((n1+1)%d1 > 0) {
166            n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
167            l1=m_dx[1]*n1;
168            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
169                << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
170        }
171        if ((n2+1)%d2 > 0) {
172            n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
173            l2=m_dx[2]*n2;
174            cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
175                << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
176        }
177    
178      if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
179          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
180    
181        m_gNE[0] = n0;
182        m_gNE[1] = n1;
183        m_gNE[2] = n2;
184        m_origin[0] = x0;
185        m_origin[1] = y0;
186        m_origin[2] = z0;
187        m_length[0] = l0;
188        m_length[1] = l1;
189        m_length[2] = l2;
190        m_NX[0] = d0;
191        m_NX[1] = d1;
192        m_NX[2] = d2;
193    
194      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
195      m_NE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
196      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
197          m_NE0++;          m_NE[0]++;
198      m_NE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
199      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)          m_ownNE[0]--;
200          m_NE1++;  
201      m_NE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
202      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
203          m_NE2++;          m_NE[1]++;
204        else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
205            m_ownNE[1]--;
206    
207        m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
208        if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
209            m_NE[2]++;
210        else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
211            m_ownNE[2]--;
212    
213      // local number of nodes      // local number of nodes
214      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
215      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
216      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
217    
218      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
219      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
220      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
221          m_offset0--;          m_offset[0]--;
222      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
223      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
224          m_offset1--;          m_offset[1]--;
225      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
226      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
227          m_offset2--;          m_offset[2]--;
228    
229      populateSampleIds();      populateSampleIds();
230      createPattern();      createPattern();
231        
232        assembler = new DefaultAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN);
233        for (map<string, int>::const_iterator i = tagnamestonums.begin();
234                i != tagnamestonums.end(); i++) {
235            setTagMap(i->first, i->second);
236        }
237        addPoints(tags.size(), &points[0], &tags[0]);
238  }  }
239    
240    
241  Brick::~Brick()  Brick::~Brick()
242  {  {
243        Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);
244        Paso_Connector_free(m_connector);
245        delete assembler;
246  }  }
247    
248  string Brick::getDescription() const  string Brick::getDescription() const
# Line 99  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 255  bool Brick::operator==(const AbstractDom
255      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
256      if (o) {      if (o) {
257          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
258                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
259                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
260                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
261                    && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
262      }      }
263    
264      return false;      return false;
265  }  }
266    
267    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
268                const ReaderParameters& params) const
269    {
270    #ifdef USE_NETCDF
271        // check destination function space
272        int myN0, myN1, myN2;
273        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
274            myN0 = m_NN[0];
275            myN1 = m_NN[1];
276            myN2 = m_NN[2];
277        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
278                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
279            myN0 = m_NE[0];
280            myN1 = m_NE[1];
281            myN2 = m_NE[2];
282        } else
283            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
284    
285        if (params.first.size() != 3)
286            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
287    
288        if (params.numValues.size() != 3)
289            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
290    
291        if (params.multiplier.size() != 3)
292            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
293        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
294            if (params.multiplier[i]<1)
295                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
296    
297        // check file existence and size
298        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
299        if (!f.is_valid())
300            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
301    
302        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
303        if (!var)
304            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
305    
306        // TODO: rank>0 data support
307        const int numComp = out.getDataPointSize();
308        if (numComp > 1)
309            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
310    
311        const int dims = var->num_dims();
312        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
313    
314        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
315        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
316        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
317                          params.numValues[1] > edges[1] ||
318                          params.numValues[0] > edges[2]))
319                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
320                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
321            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
322        }
323    
324        // check if this rank contributes anything
325        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
326                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
327                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
328                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
329                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
330                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
331            return;
332        }
333    
334        // now determine how much this rank has to write
335    
336        // first coordinates in data object to write to
337        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
338        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
339        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
340        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
341        int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
342        int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
343        int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
344        // number of values to read
345        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
346        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
347        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
348    
349        // make sure we read the right block if going backwards through file
350        if (params.reverse[0])
351            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
352        if (dims>1 && params.reverse[1])
353            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
354        if (dims>2 && params.reverse[2])
355            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
356    
357    
358        vector<double> values(num0*num1*num2);
359        if (dims==3) {
360            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
361            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
362        } else if (dims==2) {
363            var->set_cur(idx1, idx0);
364            var->get(&values[0], num1, num0);
365        } else {
366            var->set_cur(idx0);
367            var->get(&values[0], num0);
368        }
369    
370        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
371        out.requireWrite();
372    
373        // helpers for reversing
374        const int x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
375        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
376        const int y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
377        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
378        const int z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
379        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
380    
381        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
382            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
383    #pragma omp parallel for
384                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
385                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
386                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
387                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
388                    const int srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
389                                      +(y0+y_mult*y)*num0
390                                      +(x0+x_mult*x);
391                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
392                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
393                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
394                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
395                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
396                                                   +m1*myN0
397                                                   +m2*myN0*myN1;
398                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
399                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
400                                        *dest++ = values[srcIndex];
401                                    }
402                                }
403                            }
404                        }
405                    }
406                }
407            }
408        }
409    #else
410        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
411    #endif
412    }
413    
414    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
415                               const ReaderParameters& params) const
416    {
417        // the mapping is not universally correct but should work on our
418        // supported platforms
419        switch (params.dataType) {
420            case DATATYPE_INT32:
421                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
422                break;
423            case DATATYPE_FLOAT32:
424                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
425                break;
426            case DATATYPE_FLOAT64:
427                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
428                break;
429            default:
430                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
431        }
432    }
433    
434    template<typename ValueType>
435    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
436                                   const ReaderParameters& params) const
437    {
438        // check destination function space
439        int myN0, myN1, myN2;
440        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
441            myN0 = m_NN[0];
442            myN1 = m_NN[1];
443            myN2 = m_NN[2];
444        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
445                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
446            myN0 = m_NE[0];
447            myN1 = m_NE[1];
448            myN2 = m_NE[2];
449        } else
450            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
451    
452        if (params.first.size() != 3)
453            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
454    
455        if (params.numValues.size() != 3)
456            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
457    
458        if (params.multiplier.size() != 3)
459            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
460        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
461            if (params.multiplier[i]<1)
462                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
463    
464        // check file existence and size
465        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
466        if (f.fail()) {
467            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
468        }
469        f.seekg(0, ios::end);
470        const int numComp = out.getDataPointSize();
471        const int filesize = f.tellg();
472        const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
473        if (filesize < reqsize) {
474            f.close();
475            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
476        }
477    
478        // check if this rank contributes anything
479        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
480                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
481                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
482                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
483                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
484                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
485            f.close();
486            return;
487        }
488    
489        // now determine how much this rank has to write
490    
491        // first coordinates in data object to write to
492        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
493        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
494        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
495        // indices to first value in file
496        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
497        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
498        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
499        // number of values to read
500        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
501        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
502        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
503    
504        out.requireWrite();
505        vector<ValueType> values(num0*numComp);
506        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
507    
508        for (int z=0; z<num2; z++) {
509            for (int y=0; y<num1; y++) {
510                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
511                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
512                f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
513                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
514    
515                for (int x=0; x<num0; x++) {
516                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
517                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
518                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
519                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
520                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
521                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
522                                const int dataIndex = baseIndex+m0
523                                               +m1*myN0
524                                               +m2*myN0*myN1;
525                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
526                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
527                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
528    
529                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
530                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
531                                        // this will alter val!!
532                                        byte_swap32(cval);
533                                    }
534                                    if (!std::isnan(val)) {
535                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
536                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
537                                        }
538                                    }
539                                }
540                            }
541                        }
542                    }
543                }
544            }
545        }
546    
547        f.close();
548    }
549    
550    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
551                                int byteOrder, int dataType) const
552    {
553        // the mapping is not universally correct but should work on our
554        // supported platforms
555        switch (dataType) {
556            case DATATYPE_INT32:
557                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
558                break;
559            case DATATYPE_FLOAT32:
560                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
561                break;
562            case DATATYPE_FLOAT64:
563                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
564                break;
565            default:
566                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
567        }
568    }
569    
570    template<typename ValueType>
571    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
572                                    const string& filename, int byteOrder) const
573    {
574        // check function space and determine number of points
575        int myN0, myN1, myN2;
576        int totalN0, totalN1, totalN2;
577        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
578            myN0 = m_NN[0];
579            myN1 = m_NN[1];
580            myN2 = m_NN[2];
581            totalN0 = m_gNE[0]+1;
582            totalN1 = m_gNE[1]+1;
583            totalN2 = m_gNE[2]+1;
584        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
585                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
586            myN0 = m_NE[0];
587            myN1 = m_NE[1];
588            myN2 = m_NE[2];
589            totalN0 = m_gNE[0];
590            totalN1 = m_gNE[1];
591            totalN2 = m_gNE[2];
592        } else
593            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
594    
595        const int numComp = in.getDataPointSize();
596        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
597        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
598    
599        if (numComp > 1 || dpp > 1)
600            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
601    
602        // from here on we know that each sample consists of one value
603        FileWriter fw;
604        fw.openFile(filename, fileSize);
605        MPIBarrier();
606    
607        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
608            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
609                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
610                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
611                ostringstream oss;
612    
613                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
614                    const double* sample = in.getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
615                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
616                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
617                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
618                    } else {
619                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
620                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
621                    }
622                }
623                fw.writeAt(oss, fileofs);
624            }
625        }
626        fw.close();
627    }
628    
629  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
630  {  {
631  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 115  void Brick::dump(const string& fileName) Line 634  void Brick::dump(const string& fileName)
634          fn+=".silo";          fn+=".silo";
635      }      }
636    
     const int NUM_SILO_FILES = 1;  
     const char* blockDirFmt = "/block%04d";  
637      int driver=DB_HDF5;          int driver=DB_HDF5;    
638      string siloPath;      string siloPath;
639      DBfile* dbfile = NULL;      DBfile* dbfile = NULL;
640    
641  #ifdef ESYS_MPI  #ifdef ESYS_MPI
642      PMPIO_baton_t* baton = NULL;      PMPIO_baton_t* baton = NULL;
643        const int NUM_SILO_FILES = 1;
644        const char* blockDirFmt = "/block%04d";
645  #endif  #endif
646    
647      if (m_mpiInfo->size > 1) {      if (m_mpiInfo->size > 1) {
# Line 167  void Brick::dump(const string& fileName) Line 686  void Brick::dump(const string& fileName)
686      }      }
687      */      */
688    
689      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
690      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
691      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
692      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
693  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
694      {      {
695  #pragma omp for  #pragma omp for
696          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
697              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
698          }          }
699  #pragma omp for  #pragma omp for
700          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
701              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
702          }          }
703  #pragma omp for  #pragma omp for
704          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
705              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
706          }          }
707      }      }
708      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
709      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
710        // write mesh
711        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
712              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
713    
714      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
715        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
716              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
717    
718      // write element ids      // write element ids
719      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
720      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
721              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
722    
723      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
724      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 248  void Brick::dump(const string& fileName) Line 767  void Brick::dump(const string& fileName)
767      }      }
768    
769  #else // USE_SILO  #else // USE_SILO
770      throw RipleyException("dump(): no Silo support");      throw RipleyException("dump: no Silo support");
771  #endif  #endif
772  }  }
773    
# Line 272  const int* Brick::borrowSampleReferenceI Line 791  const int* Brick::borrowSampleReferenceI
791      }      }
792    
793      stringstream msg;      stringstream msg;
794      msg << "borrowSampleReferenceIDs() not implemented for function space type "      msg << "borrowSampleReferenceIDs: invalid function space type "<<fsType;
         << fsType;  
795      throw RipleyException(msg.str());      throw RipleyException(msg.str());
796  }  }
797    
# Line 293  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 811  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
811          case ReducedElements:          case ReducedElements:
812              {              {
813                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
814                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
815                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
816                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
817                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
818              }              }
819          case FaceElements:          case FaceElements:
820          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
821              {              {
822                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
823                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
824                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
825                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
826                      if (id<n) {                      if (id<n) {
827                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
828                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
829                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
830                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
831                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
832                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
833                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
834                          } else { // left or right                          } else { // left or right
835                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
836                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
837                          }                          }
838                      }                      }
839                  }                  }
# Line 327  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 844  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
844      }      }
845    
846      stringstream msg;      stringstream msg;
847      msg << "ownSample() not implemented for "      msg << "ownSample: invalid function space type " << fsType;
         << functionSpaceTypeAsString(fsType);  
848      throw RipleyException(msg.str());      throw RipleyException(msg.str());
849  }  }
850    
851  void Brick::setToGradient(escript::Data& out, const escript::Data& cIn) const  void Brick::setToNormal(escript::Data& out) const
852    {
853        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
854            out.requireWrite();
855    #pragma omp parallel
856            {
857                if (m_faceOffset[0] > -1) {
858    #pragma omp for nowait
859                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
860                        for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
861                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
862                            // set vector at four quadrature points
863                            *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
864                            *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
865                            *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
866                            *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o = 0.;
867                        }
868                    }
869                }
870    
871                if (m_faceOffset[1] > -1) {
872    #pragma omp for nowait
873                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
874                        for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
875                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
876                            // set vector at four quadrature points
877                            *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
878                            *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
879                            *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
880                            *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o = 0.;
881                        }
882                    }
883                }
884    
885                if (m_faceOffset[2] > -1) {
886    #pragma omp for nowait
887                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
888                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
889                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
890                            // set vector at four quadrature points
891                            *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
892                            *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
893                            *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
894                            *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o = 0.;
895                        }
896                    }
897                }
898    
899                if (m_faceOffset[3] > -1) {
900    #pragma omp for nowait
901                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
902                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
903                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
904                            // set vector at four quadrature points
905                            *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
906                            *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
907                            *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
908                            *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o = 0.;
909                        }
910                    }
911                }
912    
913                if (m_faceOffset[4] > -1) {
914    #pragma omp for nowait
915                    for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
916                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
917                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
918                            // set vector at four quadrature points
919                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
920                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
921                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
922                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o = -1.;
923                        }
924                    }
925                }
926    
927                if (m_faceOffset[5] > -1) {
928    #pragma omp for nowait
929                    for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
930                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
931                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
932                            // set vector at four quadrature points
933                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
934                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
935                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
936                            *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o = 1.;
937                        }
938                    }
939                }
940            } // end of parallel section
941        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
942            out.requireWrite();
943    #pragma omp parallel
944            {
945                if (m_faceOffset[0] > -1) {
946    #pragma omp for nowait
947                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
948                        for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
949                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
950                            *o++ = -1.;
951                            *o++ = 0.;
952                            *o = 0.;
953                        }
954                    }
955                }
956    
957                if (m_faceOffset[1] > -1) {
958    #pragma omp for nowait
959                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
960                        for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
961                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
962                            *o++ = 1.;
963                            *o++ = 0.;
964                            *o = 0.;
965                        }
966                    }
967                }
968    
969                if (m_faceOffset[2] > -1) {
970    #pragma omp for nowait
971                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
972                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
973                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
974                            *o++ = 0.;
975                            *o++ = -1.;
976                            *o = 0.;
977                        }
978                    }
979                }
980    
981                if (m_faceOffset[3] > -1) {
982    #pragma omp for nowait
983                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
984                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
985                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
986                            *o++ = 0.;
987                            *o++ = 1.;
988                            *o = 0.;
989                        }
990                    }
991                }
992    
993                if (m_faceOffset[4] > -1) {
994    #pragma omp for nowait
995                    for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
996                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
997                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
998                            *o++ = 0.;
999                            *o++ = 0.;
1000                            *o = -1.;
1001                        }
1002                    }
1003                }
1004    
1005                if (m_faceOffset[5] > -1) {
1006    #pragma omp for nowait
1007                    for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1008                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1009                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1010                            *o++ = 0.;
1011                            *o++ = 0.;
1012                            *o = 1.;
1013                        }
1014                    }
1015                }
1016            } // end of parallel section
1017    
1018        } else {
1019            stringstream msg;
1020            msg << "setToNormal: invalid function space type "
1021                << out.getFunctionSpace().getTypeCode();
1022            throw RipleyException(msg.str());
1023        }
1024    }
1025    
1026    void Brick::setToSize(escript::Data& out) const
1027    {
1028        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements
1029                || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1030            out.requireWrite();
1031            const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1032            const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
1033    #pragma omp parallel for
1034            for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1035                double* o = out.getSampleDataRW(k);
1036                fill(o, o+numQuad, size);
1037            }
1038        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements
1039                || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1040            out.requireWrite();
1041            const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1042    #pragma omp parallel
1043            {
1044                if (m_faceOffset[0] > -1) {
1045                    const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1046    #pragma omp for nowait
1047                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1048                        for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1049                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1050                            fill(o, o+numQuad, size);
1051                        }
1052                    }
1053                }
1054    
1055                if (m_faceOffset[1] > -1) {
1056                    const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1057    #pragma omp for nowait
1058                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1059                        for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1060                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1061                            fill(o, o+numQuad, size);
1062                        }
1063                    }
1064                }
1065    
1066                if (m_faceOffset[2] > -1) {
1067                    const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1068    #pragma omp for nowait
1069                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1070                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1071                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1072                            fill(o, o+numQuad, size);
1073                        }
1074                    }
1075                }
1076    
1077                if (m_faceOffset[3] > -1) {
1078                    const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1079    #pragma omp for nowait
1080                    for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1081                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1082                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1083                            fill(o, o+numQuad, size);
1084                        }
1085                    }
1086                }
1087    
1088                if (m_faceOffset[4] > -1) {
1089                    const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1090    #pragma omp for nowait
1091                    for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1092                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1093                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1094                            fill(o, o+numQuad, size);
1095                        }
1096                    }
1097                }
1098    
1099                if (m_faceOffset[5] > -1) {
1100                    const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1101    #pragma omp for nowait
1102                    for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1103                        for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1104                            double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1105                            fill(o, o+numQuad, size);
1106                        }
1107                    }
1108                }
1109            } // end of parallel section
1110    
1111        } else {
1112            stringstream msg;
1113            msg << "setToSize: invalid function space type "
1114                << out.getFunctionSpace().getTypeCode();
1115            throw RipleyException(msg.str());
1116        }
1117    }
1118    
1119    void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1120    {
1121        RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
1122        if (full) {
1123            cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1124            cout.precision(15);
1125            cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
1126            for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1127                cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1128                    << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1129                    << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1130                    << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1131            }
1132        }
1133    }
1134    
1135    
1136    //protected
1137    void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
1138    {
1139        escriptDataC x = arg.getDataC();
1140        int numDim = m_numDim;
1141        if (!isDataPointShapeEqual(&x, 1, &numDim))
1142            throw RipleyException("setToX: Invalid Data object shape");
1143        if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1144            throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1145    
1146        arg.requireWrite();
1147    #pragma omp parallel for
1148        for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1149            for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1150                for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1151                    double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1152                    point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1153                    point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1154                    point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1155                }
1156            }
1157        }
1158    }
1159    
1160    //protected
1161    void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1162  {  {
     escript::Data& in = *const_cast<escript::Data*>(&cIn);  
1163      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l1/m_gNE2;  
1164      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1165      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1166      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 348  void Brick::setToGradient(escript::Data& Line 1170  void Brick::setToGradient(escript::Data&
1170      const double C6 = .78867513459481288225;      const double C6 = .78867513459481288225;
1171    
1172      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {
1173          /*** GENERATOR SNIP_GRAD_ELEMENTS TOP */          out.requireWrite();
1174  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1175          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1176              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1177                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1178                      const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1179                      const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1180                      const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1181                      const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1182                      const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1183                      const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1184                      const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1185                      const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1186                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1187                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1188                          const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1189                          const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1190                          const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1191                          const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1192                          const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1193                          const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1194                          const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1195                          const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1196                          const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1197                          const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1198                          const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1199                          const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1200                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1201                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1202                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1203                          o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1204                          o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1205                          o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1206                          o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1207                          o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1208                          o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1209                          o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1210                          o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1211                          o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1212                          o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
1213                          o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1214                          o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V5;
1215                          o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V9;
1216                          o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1217                          o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V4;
1218                          o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V10;
1219                          o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1220                          o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V5;
1221                          o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V11;
1222                          o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;                              o[INDEX3(i,0,4,numComp,3)] = V2;
1223                          o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;                              o[INDEX3(i,1,4,numComp,3)] = V6;
1224                      } /* end of component loop i */                              o[INDEX3(i,2,4,numComp,3)] = V8;
1225                  } /* end of k0 loop */                              o[INDEX3(i,0,5,numComp,3)] = V2;
1226              } /* end of k1 loop */                              o[INDEX3(i,1,5,numComp,3)] = V7;
1227          } /* end of k2 loop */                              o[INDEX3(i,2,5,numComp,3)] = V9;
1228          /* GENERATOR SNIP_GRAD_ELEMENTS BOTTOM */                              o[INDEX3(i,0,6,numComp,3)] = V3;
1229                                o[INDEX3(i,1,6,numComp,3)] = V6;
1230                                o[INDEX3(i,2,6,numComp,3)] = V10;
1231                                o[INDEX3(i,0,7,numComp,3)] = V3;
1232                                o[INDEX3(i,1,7,numComp,3)] = V7;
1233                                o[INDEX3(i,2,7,numComp,3)] = V11;
1234                            } // end of component loop i
1235                        } // end of k0 loop
1236                    } // end of k1 loop
1237                } // end of k2 loop
1238            } // end of parallel section
1239      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1240          /*** GENERATOR SNIP_GRAD_REDUCED_ELEMENTS TOP */          out.requireWrite();
1241  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
1242          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
1243              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
1244                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
1245                      const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
1246                      const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
1247                      const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
1248                      const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
1249                      const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
1250                      const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
1251                      const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
1252                      const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1253                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1254                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1255                          o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1256                          o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1257                          o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1258                      } /* end of component loop i */                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1259                  } /* end of k0 loop */                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1260              } /* end of k1 loop */                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1261          } /* end of k2 loop */                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1262          /* GENERATOR SNIP_GRAD_REDUCED_ELEMENTS BOTTOM */                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1263                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1264                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1265                                o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1266                                o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1267                                o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1268                            } // end of component loop i
1269                        } // end of k0 loop
1270                    } // end of k1 loop
1271                } // end of k2 loop
1272            } // end of parallel section
1273      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {
1274          /*** GENERATOR SNIP_GRAD_FACES TOP */          out.requireWrite();
1275  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1276          {          {
1277                vector<double> f_000(numComp);
1278                vector<double> f_001(numComp);
1279                vector<double> f_010(numComp);
1280                vector<double> f_011(numComp);
1281                vector<double> f_100(numComp);
1282                vector<double> f_101(numComp);
1283                vector<double> f_110(numComp);
1284                vector<double> f_111(numComp);
1285              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1286  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1287                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1288                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1289                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1290                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1291                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1292                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1293                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1294                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1295                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1296                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1297                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1298                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1299                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1300                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1301                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1302                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1303                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1304                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1305                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1306                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1307                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1308                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1309                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1310                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1311                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1312                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1313                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1314                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1315                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1316                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1317                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1318              } /* end of face 0 */              } // end of face 0
1319              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1320  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1321                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1322                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1323                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1324                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1325                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1326                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1327                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1328                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1329                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1330                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1331                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1332                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1333                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1334                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1335                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1336                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1337                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1338                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1339                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1340                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1341                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1342                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1343                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1344                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1345                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1346                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1347                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1348                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1349                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1350                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1351                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1352              } /* end of face 1 */              } // end of face 1
1353              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1354  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1355                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1356                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1357                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1358                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1359                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1360                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1361                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1362                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1363                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1364                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1365                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1366                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1367                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1368                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1369                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1370                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1371                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1372                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1373                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1374                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1375                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1376                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1377                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1378                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1379                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1380                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1381                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1382                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1383                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1384                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1385              } /* end of face 2 */              } // end of face 2
1386              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1387  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1388                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1389                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1390                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1391                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1392                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1393                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1394                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1395                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1396                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1397                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1398                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1399                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1400                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1401                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1402                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1403                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1404                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1405                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1406                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1407                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1408                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1409                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1410                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1411                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1412                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1413                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1414                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1415                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1416                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1417                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1418                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1419              } /* end of face 3 */              } // end of face 3
1420              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1421  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1422                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1423                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1424                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1425                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1426                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1427                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1429                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1430                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1431                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1432                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1433                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1434                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1435                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1436                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1437                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1438                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1439                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1440                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1441                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1442                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1443                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1444                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1445                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1446                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1447                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1448                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1449                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1450                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1451                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1452                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
1453              } /* end of face 4 */              } // end of face 4
1454              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1455  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1456                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1457                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1458                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1459                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1460                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1461                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1462                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1463                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1464                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1465                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1466                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1467                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1468                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1469                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1470                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1471                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1472                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1473                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1474                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1475                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1476                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1477                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1478                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1479                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1480                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1481                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1482                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1483                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1484                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1485                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1486                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
1487              } /* end of face 5 */              } // end of face 5
1488          } // end of parallel section          } // end of parallel section
         /* GENERATOR SNIP_GRAD_FACES BOTTOM */  
1489      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1490          /*** GENERATOR SNIP_GRAD_REDUCED_FACES TOP */          out.requireWrite();
1491  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1492          {          {
1493                vector<double> f_000(numComp);
1494                vector<double> f_001(numComp);
1495                vector<double> f_010(numComp);
1496                vector<double> f_011(numComp);
1497                vector<double> f_100(numComp);
1498                vector<double> f_101(numComp);
1499                vector<double> f_110(numComp);
1500                vector<double> f_111(numComp);
1501              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1502  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1503                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1504                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1505                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1507                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1508                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1510                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1511                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1512                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1513                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1514                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1515                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1516                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1517                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1518                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1519                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1520                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1521              } /* end of face 0 */              } // end of face 0
1522              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1523  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1524                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1525                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1526                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1527                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1528                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1529                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1530                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1531                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1532                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1533                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1534                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1535                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1536                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1537                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1538                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1539                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1540                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1541                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1542              } /* end of face 1 */              } // end of face 1
1543              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1544  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1545                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1546                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1547                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1548                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1549                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1550                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1551                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1552                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1553                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1554                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1555                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1556                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1557                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1558                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1559                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1560                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1561                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1562                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1563              } /* end of face 2 */              } // end of face 2
1564              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1565  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1566                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1567                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1568                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1569                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1570                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1571                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1572                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1573                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1574                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1575                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1576                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1577                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1578                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1579                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1580                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1581                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1582                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1583                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1584              } /* end of face 3 */              } // end of face 3
1585              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1586  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1587                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1588                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1589                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1590                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1591                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1592                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1593                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1594                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1595                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1596                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1597                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1598                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1599                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1600                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1601                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1602                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1603                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1604                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
1605              } /* end of face 4 */              } // end of face 4
1606              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1607  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1608                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1609                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1610                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1611                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1612                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1613                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1614                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1615                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1616                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1617                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1618                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1619                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1620                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1621                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1622                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1623                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
1624                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1625                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
1626              } /* end of face 5 */              } // end of face 5
1627          } // end of parallel section          } // end of parallel section
         /* GENERATOR SNIP_GRAD_REDUCED_FACES BOTTOM */  
     } else {  
         stringstream msg;  
         msg << "setToGradient() not implemented for "  
             << functionSpaceTypeAsString(out.getFunctionSpace().getTypeCode());  
         throw RipleyException(msg.str());  
1628      }      }
1629  }  }
1630    
1631  void Brick::setToIntegrals(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const  //protected
1632    void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1633  {  {
1634      escript::Data& in = *const_cast<escript::Data*>(&arg);      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1635      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1636      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1637      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1638      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1639      if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements) {      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1640          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
1641  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1642          {          {
1643              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1644  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1645              for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1646                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1647                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1648                          const double* f = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1649                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1650                              const register double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1651                              const register double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
1652                              const register double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];                              const double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];
1653                              const register double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];                              const double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];
1654                              const register double f_4 = f[INDEX2(i,4,numComp)];                              const double f_4 = f[INDEX2(i,4,numComp)];
1655                              const register double f_5 = f[INDEX2(i,5,numComp)];                              const double f_5 = f[INDEX2(i,5,numComp)];
1656                              const register double f_6 = f[INDEX2(i,6,numComp)];                              const double f_6 = f[INDEX2(i,6,numComp)];
1657                              const register double f_7 = f[INDEX2(i,7,numComp)];                              const double f_7 = f[INDEX2(i,7,numComp)];
1658                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3+f_4+f_5+f_6+f_7)*w_0;                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3+f_4+f_5+f_6+f_7)*w_0;
1659                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1660                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1661                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
1662              } /* end of k2 loop */              } // end of k2 loop
1663    
1664  #pragma omp critical  #pragma omp critical
1665              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1666                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1667          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1668      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
1669          const double w_0 = h0*h1*h2;      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1670            const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1671  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1672          {          {
1673              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1674  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1675              for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1676                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1677                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1678                          const double* f = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1679                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1680                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1681                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1682                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
1683                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
1684              } /* end of k2 loop */              } // end of k2 loop
1685    
1686  #pragma omp critical  #pragma omp critical
1687              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1688                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1689          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1690      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
1691          const double w_0 = h1*h2/4.;      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1692          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1693          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1694            const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1695  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1696          {          {
1697              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1698              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1699  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1700                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1701                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1702                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1703                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1704                              const register double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1705                              const register double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
1706                              const register double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];                              const double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];
1707                              const register double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];                              const double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];
1708                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_0;                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_0;
1709                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1710                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1711                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1712              }              }
1713    
1714              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1715  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1716                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1717                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1718                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1719                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1720                              const register double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1721                              const register double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
1722                              const register double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];                              const double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];
1723                              const register double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];                              const double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];
1724                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_0;                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_0;
1725                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1726                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1727                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1728              }              }
1729    
1730              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1731  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1732                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1733                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1734                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1735                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1736                              const register double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1737                              const register double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
1738                              const register double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];                              const double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];
1739                              const register double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];                              const double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];
1740                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_1;                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_1;
1741                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1742                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1743                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1744              }              }
1745    
1746              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1747  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1748                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1749                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1750                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1751                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1752                              const register double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1753                              const register double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
1754                              const register double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];                              const double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];
1755                              const register double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];                              const double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];
1756                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_1;                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_1;
1757                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1758                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1759                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1760              }              }
1761    
1762              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1763  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1764                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1765                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1766                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1767                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1768                              const register double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1769                              const register double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
1770                              const register double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];                              const double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];
1771                              const register double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];                              const double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];
1772                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_2;                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_2;
1773                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1774                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1775                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1776              }              }
1777    
1778              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1779  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1780                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1781                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1782                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1783                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1784                              const register double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1785                              const register double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
1786                              const register double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];                              const double f_2 = f[INDEX2(i,2,numComp)];
1787                              const register double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];                              const double f_3 = f[INDEX2(i,3,numComp)];
1788                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_2;                              int_local[i]+=(f_0+f_1+f_2+f_3)*w_2;
1789                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1790                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1791                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1792              }              }
1793    
1794  #pragma omp critical  #pragma omp critical
# Line 942  void Brick::setToIntegrals(vector<double Line 1796  void Brick::setToIntegrals(vector<double
1796                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1797          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1798    
1799      } else if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1800          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1801          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1802          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1803  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1804          {          {
1805              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1806              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1807  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1808                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1809                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1810                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1811                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1812                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1813                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1814                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1815                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1816              }              }
1817    
1818              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1819  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1820                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1821                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1822                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1823                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1824                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1825                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1826                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1827                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1828              }              }
1829    
1830              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1831  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1832                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1833                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1834                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1835                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1836                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1837                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1838                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1839                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1840              }              }
1841    
1842              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1843  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1844                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1845                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1846                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1847                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1848                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1849                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1850                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1851                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1852              }              }
1853    
1854              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1855  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1856                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1857                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1858                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1859                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1860                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1861                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1862                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1863                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1864              }              }
1865    
1866              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1867  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1868                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1869                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1870                          const double* f = in.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1871                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1872                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1873                          }  /* end of component loop i */                          }  // end of component loop i
1874                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
1875                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
1876              }              }
1877    
1878  #pragma omp critical  #pragma omp critical
1879              for (index_t i=0; i<numComp; i++)              for (index_t i=0; i<numComp; i++)
1880                  integrals[i]+=int_local[i];                  integrals[i]+=int_local[i];
1881          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1882        } // function space selector
     } else {  
         stringstream msg;  
         msg << "setToIntegrals() not implemented for "  
             << functionSpaceTypeAsString(arg.getFunctionSpace().getTypeCode());  
         throw RipleyException(msg.str());  
     }  
 }  
   
 void Brick::setToNormal(escript::Data& out) const  
 {  
     if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == FaceElements) {  
 #pragma omp parallel  
         {  
             if (m_faceOffset[0] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));  
                         // set vector at four quadrature points  
                         *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[1] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));  
                         // set vector at four quadrature points  
                         *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[2] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));  
                         // set vector at four quadrature points  
                         *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[3] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));  
                         // set vector at four quadrature points  
                         *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[4] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));  
                         // set vector at four quadrature points  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o = -1.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[5] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));  
                         // set vector at four quadrature points  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;  
                         *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o = 1.;  
                     }  
                 }  
             }  
         } // end of parallel section  
     } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {  
 #pragma omp parallel  
         {  
             if (m_faceOffset[0] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));  
                         *o++ = -1.;  
                         *o++ = 0.;  
                         *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[1] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));  
                         *o++ = 1.;  
                         *o++ = 0.;  
                         *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[2] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));  
                         *o++ = 0.;  
                         *o++ = -1.;  
                         *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[3] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));  
                         *o++ = 0.;  
                         *o++ = 1.;  
                         *o = 0.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[4] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));  
                         *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.;  
                         *o = -1.;  
                     }  
                 }  
             }  
   
             if (m_faceOffset[5] > -1) {  
 #pragma omp for nowait  
                 for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {  
                     for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {  
                         double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));  
                         *o++ = 0.;  
                         *o++ = 0.;  
                         *o = 1.;  
                     }  
                 }  
             }  
         } // end of parallel section  
   
     } else {  
         stringstream msg;  
         msg << "setToNormal() not implemented for "  
             << functionSpaceTypeAsString(out.getFunctionSpace().getTypeCode());  
         throw RipleyException(msg.str());  
     }  
 }  
   
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
   
     return m_pattern;  
 }  
   
 void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  
 {  
     RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);  
     if (full) {  
         cout << "     Id  Coordinates" << endl;  
         cout.precision(15);  
         cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);  
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
         for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {  
             cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]  
                 << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second  
                 << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second  
                 << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;  
         }  
     }  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>((m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>((m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>((m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing(): invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
   
 //protected  
 void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  
 {  
     escriptDataC x = arg.getDataC();  
     int numDim = m_numDim;  
     if (!isDataPointShapeEqual(&x, 1, &numDim))  
         throw RipleyException("setToX: Invalid Data object shape");  
     if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))  
         throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");  
   
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
     arg.requireWrite();  
 #pragma omp parallel for  
     for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {  
         for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {  
             for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {  
                 double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);  
                 point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;  
                 point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;  
                 point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;  
             }  
         }  
     }  
1883  }  }
1884    
1885  //protected  //protected
1886  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1887  {  {
1888      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1889      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1890      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1891      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1892      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1893      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1367  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV Line 1917  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV
1917  }  }
1918    
1919  //protected  //protected
1920  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1921  {  {
1922      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1923      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1924    
1925      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1926      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1927      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1928      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1929      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1930      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1931  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1932      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1933          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1934              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1935                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1936                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1937                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1938              }              }
# Line 1391  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1941  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1941  }  }
1942    
1943  //protected  //protected
1944  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1945  {  {
1946      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1947      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);
1948      in.requireWrite();      // expand data object if necessary to be able to grab the whole data
1949      Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRW(0));      const_cast<escript::Data*>(&in)->expand();
1950        Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRO(0));
1951    
1952      const dim_t numDOF = getNumDOF();      const dim_t numDOF = getNumDOF();
1953      out.requireWrite();      out.requireWrite();
# Line 1409  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1960  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1960                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
1961          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
1962      }      }
1963        Paso_Coupler_free(coupler);
1964  }  }
1965    
1966  //private  //private
1967  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1968  {  {
1969      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1970      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1971        // left-right, bottom-top, front-back).
1972        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1973        // helps when writing out data rank after rank.
1974    
1975      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1976      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
1977        // constant for all ranks in this implementation
1978      m_nodeDistribution.assign(m_mpiInfo->size+1, 0);      m_nodeDistribution.assign(m_mpiInfo->size+1, 0);
1979      const dim_t numDOF=getNumDOF();      const dim_t numDOF=getNumDOF();
1980      for (dim_t k=1; k<m_mpiInfo->size; k++) {      for (dim_t k=1; k<m_mpiInfo->size; k++) {
# Line 1428  void Brick::populateSampleIds() Line 1984  void Brick::populateSampleIds()
1984      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1985      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1986      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1987    
1988        // populate face element counts
1989        //left
1990        if (m_offset[0]==0)
1991            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1992        else
1993            m_faceCount[0]=0;
1994        //right
1995        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1996            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1997        else
1998            m_faceCount[1]=0;
1999        //bottom
2000        if (m_offset[1]==0)
2001            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
2002        else
2003            m_faceCount[2]=0;
2004        //top
2005        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
2006            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
2007        else
2008            m_faceCount[3]=0;
2009        //front
2010        if (m_offset[2]==0)
2011            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
2012        else
2013            m_faceCount[4]=0;
2014        //back
2015        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2016            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2017        else
2018            m_faceCount[5]=0;
2019    
2020      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
2021    
2022        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2023        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2024        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2025        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2026        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2027        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2028    
2029        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2030        // set the node id's according to the order mentioned above.
2031        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2032        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2033        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2034        // the 6 faces are set but only if required...
2035    
2036    #define globalNodeId(x,y,z) \
2037        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2038        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2039        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2040    
2041  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2042      {      {
2043            // set edge id's
2044            // edges in x-direction, including corners
2045    #pragma omp for nowait
2046            for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2047                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2048                m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2049                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2050                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2051            }
2052            // edges in y-direction, without corners
2053    #pragma omp for nowait
2054            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2055                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2056                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2057                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2058                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2059            }
2060            // edges in z-direction, without corners
2061    #pragma omp for
2062            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2063                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2064                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2065                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2066                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2067            }
2068            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2069            // below
2070    
2071            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2072  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2073          // nodes          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2074          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2075              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2076                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {                      const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2077                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =                      const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2078                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)                      m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2079                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)                          = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
                         +m_offset0+i0;  
2080                  }                  }
2081              }              }
2082          }          }
2083    
2084          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2085            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2086    #pragma omp for nowait
2087                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2088                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2089                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2090                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2091                        m_nodeId[nodeIdx]
2092                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2093                    }
2094                }
2095            }
2096            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2097    #pragma omp for nowait
2098                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2099                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2100                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2101                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2102                        m_nodeId[nodeIdx]
2103                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2104                    }
2105                }
2106            }
2107            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2108    #pragma omp for nowait
2109                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2110                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2111                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2112                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2113                        m_nodeId[nodeIdx]
2114                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2115                    }
2116                }
2117            }
2118            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2119    #pragma omp for nowait
2120                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2121                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2122                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2123                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2124                        m_nodeId[nodeIdx]
2125                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2126                    }
2127                }
2128            }
2129            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2130  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2131          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2132              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2133                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2134                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2135                        m_nodeId[nodeIdx]
2136                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2137                    }
2138                }
2139            }
2140            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2141    #pragma omp for nowait
2142                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2143                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2144                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2145                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2146                        m_nodeId[nodeIdx]
2147                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2148                    }
2149                }
2150            }
2151    
2152          // elements          // populate element id's
2153  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2154          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2155              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2156                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2157                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2158                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2159                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2160                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2161                  }                  }
2162              }              }
2163          }          }
# Line 1469  void Brick::populateSampleIds() Line 2168  void Brick::populateSampleIds()
2168              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2169      } // end parallel section      } // end parallel section
2170    
2171    #undef globalNodeId
2172    
2173      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2174      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2175    
# Line 1476  void Brick::populateSampleIds() Line 2177  void Brick::populateSampleIds()
2177      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2178    
2179      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2180      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2181      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2182      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2183      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2184      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2185      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2186          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2187              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2188              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2189              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2190          }          }
2191      }      }
2192      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1501  void Brick::populateSampleIds() Line 2201  void Brick::populateSampleIds()
2201  //private  //private
2202  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2203  {  {
2204      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2205      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2206      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2207      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2208      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2209      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2210    
2211      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2212      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
2213      m_dofMap.assign(getNumNodes(), 0);      m_dofMap.assign(getNumNodes(), 0);
2214  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
2215      for (index_t i=front; i<m_N2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2216          for (index_t j=bottom; j<m_N1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2217              for (index_t k=left; k<m_N0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2218                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2219              }              }
2220          }          }
2221      }      }
# Line 1529  void Brick::createPattern() Line 2229  void Brick::createPattern()
2229      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2230      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2231      int numShared=0;      int numShared=0;
2232      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2233      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2234      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2235      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2236          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2237              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 1542  void Brick::createPattern() Line 2242  void Brick::createPattern()
2242                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2243                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2244                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2245                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2246                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2247                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2248                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2249                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2250                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2251                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2252                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2253                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2254                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2255                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2256                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2257                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1584  void Brick::createPattern() Line 2284  void Brick::createPattern()
2284                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2285                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2286                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2287                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2288                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2289                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2290                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2291                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1618  void Brick::createPattern() Line 2318  void Brick::createPattern()
2318                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2319                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2320                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2321                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2322                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2323                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2324                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2325                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1642  void Brick::createPattern() Line 2342  void Brick::createPattern()
2342                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2343                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2344                                  }                                  }
2345                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2346                              }                              }
2347                          }                          }
2348                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 1650  void Brick::createPattern() Line 2350  void Brick::createPattern()
2350                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2351                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2352                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2353                          const int firstNode=(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2354                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2355                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2356                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2357                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1667  void Brick::createPattern() Line 2367  void Brick::createPattern()
2367                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2368                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2369                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2370                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2371                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2372                                                +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2373                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2374                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2375                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1677  void Brick::createPattern() Line 2378  void Brick::createPattern()
2378                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2379                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2380                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2381                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2382                          }                          }
2383                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2384                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2385                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2386                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2387                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2388                          const int firstNode=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2389                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2390                                                +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2391                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2392                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2393                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1694  void Brick::createPattern() Line 2396  void Brick::createPattern()
2396                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2397                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2398                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2399                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2400                          }                          }
2401                      } else {                      } else {
2402                          // sharing a node                          // sharing a node
2403                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2404                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2405                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2406                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2407                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2408                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2409                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2410                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2411                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 1806  void Brick::createPattern() Line 2508  void Brick::createPattern()
2508      Paso_Pattern_free(rowPattern);      Paso_Pattern_free(rowPattern);
2509  }  }
2510    
2511    //private
2512    void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_SystemMatrix* S, escript::Data& F,
2513             const vector<double>& EM_S, const vector<double>& EM_F, bool addS,
2514             bool addF, index_t firstNode, dim_t nEq, dim_t nComp) const
2515    {
2516        IndexVector rowIndex;
2517        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2518        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2519        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2520        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2521        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2522        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2523        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2524        rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2525        if (addF) {
2526            double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2527            for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
2528                if (rowIndex[i]<getNumDOF()) {
2529                    for (index_t eq=0; eq<nEq; eq++) {
2530                        F_p[INDEX2(eq, rowIndex[i], nEq)]+=EM_F[INDEX2(eq,i,nEq)];
2531                    }
2532                }
2533            }
2534        }
2535        if (addS) {
2536            addToSystemMatrix(S, rowIndex, nEq, rowIndex, nComp, EM_S);
2537        }
2538    }
2539    
2540  //protected  //protected
2541  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out,
2542                                           const escript::Data& in,
2543                                         bool reduced) const                                         bool reduced) const
2544  {  {
2545      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2546      if (reduced) {      if (reduced) {
2547          /*** GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_REDUCED_ELEMENTS TOP */          out.requireWrite();
2548          const double c0 = .125;  #pragma omp parallel
2549  #pragma omp parallel for          {
2550          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              vector<double> f_000(numComp);
2551              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_001(numComp);
2552                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_010(numComp);
2553                      const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2554                      const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2555                      const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2556                      const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2557                      const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2558                      const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2559                      const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2560                      const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2561                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2562                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2563                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2564                      } /* end of component loop i */                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2565                  } /* end of k0 loop */                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2566              } /* end of k1 loop */                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2567          } /* end of k2 loop */                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2568          /* GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_REDUCED_ELEMENTS BOTTOM */                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2569                            memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2570                            double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2571                            for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2572                                o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2573                            } // end of component loop i
2574                        } // end of k0 loop
2575                    } // end of k1 loop
2576                } // end of k2 loop
2577            } // end of parallel section
2578      } else {      } else {
2579          /*** GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_ELEMENTS TOP */          out.requireWrite();
2580          const double c0 = .0094373878376559314545;          const double c0 = .0094373878376559314545;
2581          const double c1 = .035220810900864519624;          const double c1 = .035220810900864519624;
2582          const double c2 = .13144585576580214704;          const double c2 = .13144585576580214704;
2583          const double c3 = .49056261216234406855;          const double c3 = .49056261216234406855;
2584  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel
2585          for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {          {
2586              for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {              vector<double> f_000(numComp);
2587                  for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {              vector<double> f_001(numComp);
2588                      const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_010(numComp);
2589                      const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_011(numComp);
2590                      const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_100(numComp);
2591                      const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              vector<double> f_101(numComp);
2592                      const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_110(numComp);
2593                      const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));              vector<double> f_111(numComp);
2594                      const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1));  #pragma omp for
2595                      const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2596                      double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2597                      for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2598                          o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2599                          o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2600                          o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2601                          o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2602                          o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2603                          o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2604                          o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2605                          o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2606                      } /* end of component loop i */                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2607                  } /* end of k0 loop */                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2608              } /* end of k1 loop */                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2609          } /* end of k2 loop */                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
2610          /* GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_ELEMENTS BOTTOM */                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c3 + f_101[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2611                                o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_110[i]*c3 + c2*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]);
2612                                o[INDEX2(i,numComp,4)] = f_001[i]*c3 + f_110[i]*c0 + c2*(f_000[i] + f_011[i] + f_101[i]) + c1*(f_010[i] + f_100[i] + f_111[i]);
2613                                o[INDEX2(i,numComp,5)] = f_010[i]*c0 + f_101[i]*c3 + c2*(f_001[i] + f_100[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_011[i] + f_110[i]);
2614                                o[INDEX2(i,numComp,6)] = f_011[i]*c3 + f_100[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]) + c1*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2615                                o[INDEX2(i,numComp,7)] = f_000[i]*c0 + f_111[i]*c3 + c2*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]);
2616                            } // end of component loop i
2617                        } // end of k0 loop
2618                    } // end of k1 loop
2619                } // end of k2 loop
2620            } // end of parallel section
2621      }      }
2622  }  }
2623    
2624  //protected  //protected
2625  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, const escript::Data& in,
2626                                      bool reduced) const                                      bool reduced) const
2627  {  {
2628      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2629      if (reduced) {      if (reduced) {
2630          const double c0 = .25;          out.requireWrite();
2631  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2632          {          {
2633              /*** GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_REDUCED_FACES TOP */              vector<double> f_000(numComp);
2634                vector<double> f_001(numComp);
2635                vector<double> f_010(numComp);
2636                vector<double> f_011(numComp);
2637                vector<double> f_100(numComp);
2638                vector<double> f_101(numComp);
2639                vector<double> f_110(numComp);
2640                vector<double> f_111(numComp);
2641              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2642  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2643                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2644                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2645                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2646                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2647                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2648                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2649                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2650                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2651                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2652                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2653                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
2654                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2655              } /* end of face 0 */              } // end of face 0
2656              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2657  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2658                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2659                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2660                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2661                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2662                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2663                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2664                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2665                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2666                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2667                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2668                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
2669                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2670              } /* end of face 1 */              } // end of face 1
2671              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2672  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2673                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2674                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2675                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2676                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2677                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2678                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2679                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2680                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2681                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2682                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2683                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2684                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2685              } /* end of face 2 */              } // end of face 2
2686              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2687  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2688                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2689                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2690                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2691                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2692                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2693                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2694                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2695                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2696                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2697                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2698                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2699                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2700              } /* end of face 3 */              } // end of face 3
2701              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2702  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2703                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2704                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2705                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2706                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2707                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2708                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2709                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2710                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2711                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2712                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2713                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2714                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
2715              } /* end of face 4 */              } // end of face 4
2716              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2717  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2718                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2719                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2720                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2721                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2722                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2723                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2724                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2725                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2726                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2727                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2728                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2729                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
2730              } /* end of face 5 */              } // end of face 5
             /* GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_REDUCED_FACES BOTTOM */  
2731          } // end of parallel section          } // end of parallel section
2732      } else {      } else {
2733            out.requireWrite();
2734          const double c0 = 0.044658198738520451079;          const double c0 = 0.044658198738520451079;
2735          const double c1 = 0.16666666666666666667;          const double c1 = 0.16666666666666666667;
2736          const double c2 = 0.62200846792814621559;          const double c2 = 0.62200846792814621559;
2737  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2738          {          {
2739              /*** GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_FACES TOP */              vector<double> f_000(numComp);
2740                vector<double> f_001(numComp);
2741                vector<double> f_010(numComp);
2742                vector<double> f_011(numComp);
2743                vector<double> f_100(numComp);
2744                vector<double> f_101(numComp);
2745                vector<double> f_110(numComp);
2746                vector<double> f_111(numComp);
2747              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2748  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2749                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2750                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2751                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2752                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2753                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2754                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2755                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2756                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2757                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2758                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
2759                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_001[i]*c2 + f_010[i]*c0 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_001[i]*c2 + f_010[i]*c0 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
2760                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_000[i]*c0 + f_011[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_000[i]*c0 + f_011[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2761                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2762                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
2763                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2764              } /* end of face 0 */              } // end of face 0
2765              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2766  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2767                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2768                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2769                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2770                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2771                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2772                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2773                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2774                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2775                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2776                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
2777                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_101[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_101[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
2778                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_100[i]*c0 + f_111[i]*c2 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_100[i]*c0 + f_111[i]*c2 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2779                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2780                      } /* end of k1 loop */                      } // end of k1 loop
2781                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2782              } /* end of face 1 */              } // end of face 1
2783              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2784  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2785                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2786                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2787                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2788                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2789                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2790                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2791                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2792                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2793                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2794                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
2795                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_001[i]*c2 + f_100[i]*c0 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_001[i]*c2 + f_100[i]*c0 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
2796                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_000[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_000[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2797                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2798                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2799                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2800              } /* end of face 2 */              } // end of face 2
2801              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2802  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2803                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2804                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2805                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2806                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2807                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2808                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2809                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2810                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2811                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2812                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
2813                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_011[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_011[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
2814                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_010[i]*c0 + f_111[i]*c2 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_010[i]*c0 + f_111[i]*c2 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2815                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2816                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2817                  } /* end of k2 loop */                  } // end of k2 loop
2818              } /* end of face 3 */              } // end of face 3
2819              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2820  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2821                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2822                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2823                          const register double* f_000 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2824                          const register double* f_100 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2825                          const register double* f_110 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2826                          const register double* f_010 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2827                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2828                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2829                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2830                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
2831                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c2 + f_100[i]*c0 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_010[i]*c2 + f_100[i]*c0 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
2832                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_000[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_000[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2833                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2834                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2835                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
2836              } /* end of face 4 */              } // end of face 4
2837              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2838  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2839                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2840                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2841                          const register double* f_001 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2842                          const register double* f_101 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2843                          const register double* f_011 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2844                          const register double* f_111 = in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2845                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2846                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2847                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2848                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
2849                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_011[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,2)] = f_011[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
2850                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_111[i]*c2 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,3)] = f_001[i]*c0 + f_111[i]*c2 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2851                          } /* end of component loop i */                          } // end of component loop i
2852                      } /* end of k0 loop */                      } // end of k0 loop
2853                  } /* end of k1 loop */                  } // end of k1 loop
2854              } /* end of face 5 */              } // end of face 5
             /* GENERATOR SNIP_INTERPOLATE_FACES BOTTOM */  
2855          } // end of parallel section          } // end of parallel section
2856      }      }
2857  }  }
2858    
2859  //protected  namespace
 void Brick::assemblePDESingle(Paso_SystemMatrix* mat, escript::Data& rhs,  
         const escript::Data& A, const escript::Data& B,  
         const escript::Data& C, const escript::Data& D,  
         const escript::Data& X, const escript::Data& Y,  
         const escript::Data& d, const escript::Data& y) const  
2860  {  {
2861      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      // Calculates a guassian blur colvolution matrix for 3D
2862      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      // See wiki article on the subject
2863      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      double* get3DGauss(unsigned radius, double sigma)
2864      /* GENERATOR SNIP_PDE_SINGLE_PRE TOP */      {
2865      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;          double* arr=new double[(radius*2+1)*(radius*2+1)*(radius*2+1)];
2866      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;          double common=pow(M_1_PI*0.5*1/(sigma*sigma), 3./2);
2867      const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;      double total=0;
2868      const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;      int r=static_cast<int>(radius);
2869      const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;      for (int z=-r;z<=r;++z)
2870      const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;      {
2871      const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;          for (int y=-r;y<=r;++y)
2872      const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;          {
2873      const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;          for (int x=-r;x<=r;++x)
2874      const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;          {        
2875      const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;              arr[(x+r)+(y+r)*(r*2+1)]=common*exp(-(x*x+y*y+z*z)/(2*sigma*sigma));
2876      const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;              total+=arr[(x+r)+(y+r)*(r*2+1)];
2877      const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;          }
2878      const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;          }
2879      const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;      }
2880      const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;      double invtotal=1/total;
2881      const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;      for (size_t p=0;p<(radius*2+1)*(radius*2+1);++p)
2882      const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;      {
2883      const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;          arr[p]*=invtotal;
2884      const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;      }
2885      const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;      return arr;
2886      const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;      }
2887      const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;      
2888      const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;      // applies conv to source to get a point.
2889      const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;      // (xp, yp) are the coords in the source matrix not the destination matrix
2890      const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;      double Convolve3D(double* conv, double* source, size_t xp, size_t yp, size_t zp, unsigned radius, size_t width, size_t height)
2891      const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;      {
2892      const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;          size_t bx=xp-radius, by=yp-radius, bz=zp-radius;
2893      const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;      size_t sbase=bx+by*width+bz*width*height;
2894      const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;      double result=0;
2895      const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;      for (int z=0;z<2*radius+1;++z)
2896      const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;      {
2897      const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;          for (int y=0;y<2*radius+1;++y)
2898      const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;          {    
2899      const double w129 = -0.0277