/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 4712 by sshaw, Wed Feb 26 04:08:41 2014 UTC revision 4816 by caltinay, Fri Mar 28 06:16:02 2014 UTC
# Line 203  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 203  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
203    
204  Brick::~Brick()  Brick::~Brick()
205  {  {
206      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);      paso::SystemMatrixPattern_free(m_pattern);
207      Paso_Connector_free(m_connector);      paso::Connector_free(m_connector);
208      delete assembler;      delete assembler;
209  }  }
210    
# Line 374  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou Line 374  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou
374  #endif  #endif
375  }  }
376    
377    #ifdef USE_BOOSTIO
378    void Brick::readBinaryGridFromZipped(escript::Data& out, string filename,
379                               const ReaderParameters& params) const
380    {
381        // the mapping is not universally correct but should work on our
382        // supported platforms
383        switch (params.dataType) {
384            case DATATYPE_INT32:
385                readBinaryGridZippedImpl<int>(out, filename, params);
386                break;
387            case DATATYPE_FLOAT32:
388                readBinaryGridZippedImpl<float>(out, filename, params);
389                break;
390            case DATATYPE_FLOAT64:
391                readBinaryGridZippedImpl<double>(out, filename, params);
392                break;
393            default:
394                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
395        }
396    }
397    #endif
398    
399  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
400                             const ReaderParameters& params) const                             const ReaderParameters& params) const
401  {  {
# Line 510  void Brick::readBinaryGridImpl(escript:: Line 532  void Brick::readBinaryGridImpl(escript::
532      f.close();      f.close();
533  }  }
534    
535    #ifdef USE_BOOSTIO
536    template<typename ValueType>
537    void Brick::readBinaryGridZippedImpl(escript::Data& out, const string& filename,
538                                   const ReaderParameters& params) const
539    {
540        // check destination function space
541        int myN0, myN1, myN2;
542        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
543            myN0 = m_NN[0];
544            myN1 = m_NN[1];
545            myN2 = m_NN[2];
546        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
547                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
548            myN0 = m_NE[0];
549            myN1 = m_NE[1];
550            myN2 = m_NE[2];
551        } else
552            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): invalid function space for output data object");
553    
554        if (params.first.size() != 3)
555            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'first' must have 3 entries");
556    
557        if (params.numValues.size() != 3)
558            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'numValues' must have 3 entries");
559    
560        if (params.multiplier.size() != 3)
561            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
562        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
563            if (params.multiplier[i]<1)
564                throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): all multipliers must be positive");
565    
566        // check file existence and size
567        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
568        if (f.fail()) {
569            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): cannot open file");
570        }
571        f.seekg(0, ios::end);
572        const int numComp = out.getDataPointSize();
573        int filesize = f.tellg();
574        f.seekg(0, ios::beg);
575        std::vector<char> compressed(filesize);
576        f.read((char*)&compressed[0], filesize);
577        f.close();
578        std::vector<char> decompressed = unzip(compressed);
579        filesize = decompressed.size();
580        const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
581        if (filesize < reqsize) {
582            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): not enough data in file");
583        }
584    
585        // check if this rank contributes anything
586        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
587                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
588                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
589                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
590                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
591                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
592            return;
593        }
594    
595        // now determine how much this rank has to write
596    
597        // first coordinates in data object to write to
598        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
599        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
600        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
601        // indices to first value in file
602        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
603        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
604        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
605        // number of values to read
606        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
607        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
608        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
609    
610        out.requireWrite();
611        vector<ValueType> values(num0*numComp);
612        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
613    
614        for (int z=0; z<num2; z++) {
615            for (int y=0; y<num1; y++) {
616                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
617                                 +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
618                memcpy((char*)&values[0], (char*)&decompressed[fileofs*sizeof(ValueType)], num0*numComp*sizeof(ValueType));
619                
620                for (int x=0; x<num0; x++) {
621                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
622                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
623                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
624                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
625                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
626                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
627                                const int dataIndex = baseIndex+m0
628                                               +m1*myN0
629                                               +m2*myN0*myN1;
630                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
631                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
632                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
633    
634                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
635                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
636                                        // this will alter val!!
637                                        byte_swap32(cval);
638                                    }
639                                    if (!std::isnan(val)) {
640                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
641                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
642                                        }
643                                    }
644                                }
645                            }
646                        }
647                    }
648                }
649            }
650        }
651    }
652    #endif
653    
654  void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,  void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
655                              int byteOrder, int dataType) const                              int byteOrder, int dataType) const
656  {  {
# Line 1909  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 2050  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
2050  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
2051  {  {
2052      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2053      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);      paso::Coupler* coupler = paso::Coupler_alloc(m_connector, numComp);
2054      // expand data object if necessary to be able to grab the whole data      // expand data object if necessary to be able to grab the whole data
2055      const_cast<escript::Data*>(&in)->expand();      const_cast<escript::Data*>(&in)->expand();
2056      Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRO(0));      paso::Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRO(0));
2057    
2058      const dim_t numDOF = getNumDOF();      const dim_t numDOF = getNumDOF();
2059      out.requireWrite();      out.requireWrite();
2060      const double* buffer = Paso_Coupler_finishCollect(coupler);      const double* buffer = paso::Coupler_finishCollect(coupler);
2061    
2062  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
2063      for (index_t i=0; i<getNumNodes(); i++) {      for (index_t i=0; i<getNumNodes(); i++) {
# Line 1925  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 2066  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
2066                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
2067          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
2068      }      }
2069      Paso_Coupler_free(coupler);      paso::Coupler_free(coupler);
2070  }  }
2071    
2072  //private  //private
# Line 2193  void Brick::createPattern() Line 2334  void Brick::createPattern()
2334      RankVector neighbour;      RankVector neighbour;
2335      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2336      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2337      int numShared=0;      int numShared=0, expectedShared=0;;
2338      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2339      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2340      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
# Line 2207  void Brick::createPattern() Line 2348  void Brick::createPattern()
2348                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2349                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2350                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2351                    if (!(nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2])) {
2352                        continue;
2353                    }
2354                    if (i0==0 && i1==0)
2355                        expectedShared += nDOF0*nDOF1;
2356                    else if (i0==0 && i2==0)
2357                        expectedShared += nDOF0*nDOF2;
2358                    else if (i1==0 && i2==0)
2359                        expectedShared += nDOF1*nDOF2;
2360                    else if (i0==0)
2361                        expectedShared += nDOF0;
2362                    else if (i1==0)
2363                        expectedShared += nDOF1;
2364                    else if (i2==0)
2365                        expectedShared += nDOF2;
2366                    else
2367                        expectedShared++;
2368                }
2369            }
2370        }
2371        
2372        vector<IndexVector> rowIndices(expectedShared);
2373        
2374        for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2375            for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2376                for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
2377                    // skip this rank
2378                    if (i0==0 && i1==0 && i2==0)
2379                        continue;
2380                    // location of neighbour rank
2381                    const int nx=x+i0;
2382                    const int ny=y+i1;
2383                    const int nz=z+i2;
2384                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2385                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2386                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
# Line 2222  void Brick::createPattern() Line 2396  void Brick::createPattern()
2396                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2397                                  if (j>0) {                                  if (j>0) {
2398                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2399                                          colIndices[firstDOF+j-1-nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1-nDOF0, numShared);
2400                                      colIndices[firstDOF+j-1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1, numShared);
2401                                      if (i<nDOF1-1)                                      if (i<nDOF1-1)
2402                                          colIndices[firstDOF+j-1+nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1+nDOF0, numShared);
2403                                  }                                  }
2404                                  if (i>0)                                  if (i>0)
2405                                      colIndices[firstDOF+j-nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-nDOF0, numShared);
2406                                  colIndices[firstDOF+j].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j, numShared);
2407                                  if (i<nDOF1-1)                                  if (i<nDOF1-1)
2408                                      colIndices[firstDOF+j+nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+nDOF0, numShared);
2409                                  if (j<nDOF0-1) {                                  if (j<nDOF0-1) {
2410                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2411                                          colIndices[firstDOF+j+1-nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1-nDOF0, numShared);
2412                                      colIndices[firstDOF+j+1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1, numShared);
2413                                      if (i<nDOF1-1)                                      if (i<nDOF1-1)
2414                                          colIndices[firstDOF+j+1+nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1+nDOF0, numShared);
2415                                  }                                  }
2416                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;
2417                              }                              }
# Line 2256  void Brick::createPattern() Line 2430  void Brick::createPattern()
2430                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2431                                  if (j>0) {                                  if (j>0) {
2432                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2433                                          colIndices[firstDOF+j-1-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1-nDOF0*nDOF1, numShared);
2434                                      colIndices[firstDOF+j-1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1, numShared);
2435                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2436                                          colIndices[firstDOF+j-1+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1+nDOF0*nDOF1, numShared);
2437                                  }                                  }
2438                                  if (i>0)                                  if (i>0)
2439                                      colIndices[firstDOF+j-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-nDOF0*nDOF1, numShared);
2440                                  colIndices[firstDOF+j].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j, numShared);
2441                                  if (i<nDOF2-1)                                  if (i<nDOF2-1)
2442                                      colIndices[firstDOF+j+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+nDOF0*nDOF1, numShared);
2443                                  if (j<nDOF0-1) {                                  if (j<nDOF0-1) {
2444                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2445                                          colIndices[firstDOF+j+1-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1-nDOF0*nDOF1, numShared);
2446                                      colIndices[firstDOF+j+1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1, numShared);
2447                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2448                                          colIndices[firstDOF+j+1+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1+nDOF0*nDOF1, numShared);
2449                                  }                                  }
2450                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;
2451                              }                              }
# Line 2290  void Brick::createPattern() Line 2464  void Brick::createPattern()
2464                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2465                                  if (j>0) {                                  if (j>0) {
2466                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2467                                          colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j-1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1, numShared);
2468                                      colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j-1)*nDOF0, numShared);
2469                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2470                                          colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j-1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1, numShared);
2471                                  }                                  }
2472                                  if (i>0)                                  if (i>0)
2473                                      colIndices[firstDOF+j*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j*nDOF0-nDOF0*nDOF1, numShared);
2474                                  colIndices[firstDOF+j*nDOF0].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j*nDOF0, numShared);
2475                                  if (i<nDOF2-1)                                  if (i<nDOF2-1)
2476                                      colIndices[firstDOF+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1, numShared);
2477                                  if (j<nDOF1-1) {                                  if (j<nDOF1-1) {
2478                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2479                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j+1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1, numShared);
2480                                      colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j+1)*nDOF0, numShared);
2481                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2482                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1, numShared);
2483                                  }                                  }
2484                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2485                              }                              }
# Line 2321  void Brick::createPattern() Line 2495  void Brick::createPattern()
2495                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2496                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2497                              if (i>0)                              if (i>0)
2498                                  colIndices[firstDOF+i-1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i-1, numShared);
2499                              colIndices[firstDOF+i].push_back(numShared);                              doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i, numShared);
2500                              if (i<nDOF0-1)                              if (i<nDOF0-1)
2501                                  colIndices[firstDOF+i+1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i+1, numShared);
2502                              m_dofMap[firstNode+i]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i]=numDOF+numShared;
2503                          }                          }
2504                      } else if (i1==0) {                      } else if (i1==0) {
# Line 2339  void Brick::createPattern() Line 2513  void Brick::createPattern()
2513                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2514                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2515                              if (i>0)                              if (i>0)
2516                                  colIndices[firstDOF+(i-1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i-1)*nDOF0, numShared);
2517                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i*nDOF0, numShared);
2518                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2519                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i+1)*nDOF0, numShared);
2520                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2521                          }                          }
2522                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
# Line 2357  void Brick::createPattern() Line 2531  void Brick::createPattern()
2531                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2532                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2533                              if (i>0)                              if (i>0)
2534                                  colIndices[firstDOF+(i-1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i-1)*nDOF0*nDOF1, numShared);
2535                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i*nDOF0*nDOF1, numShared);
2536                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2537                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1, numShared);
2538                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2539                          }                          }
2540                      } else {                      } else {
# Line 2374  void Brick::createPattern() Line 2548  void Brick::createPattern()
2548                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2549                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2550                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2551                          colIndices[dof].push_back(numShared);                          doublyLink(colIndices, rowIndices, dof, numShared);
2552                          m_dofMap[node]=numDOF+numShared;                          m_dofMap[node]=numDOF+numShared;
2553                          ++numShared;                          ++numShared;
2554                      }                      }
# Line 2383  void Brick::createPattern() Line 2557  void Brick::createPattern()
2557          }          }
2558      }      }
2559    
2560    #pragma omp parallel for
2561        for (int i = 0; i < numShared; i++) {
2562            std::sort(rowIndices[i].begin(), rowIndices[i].end());
2563        }
2564    
2565      // create connector      // create connector
2566      Paso_SharedComponents *snd_shcomp = Paso_SharedComponents_alloc(      paso::SharedComponents_ptr snd_shcomp(new paso::SharedComponents(
2567              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &sendShared[0],              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &sendShared[0],
2568              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo);              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo));
2569      Paso_SharedComponents *rcv_shcomp = Paso_SharedComponents_alloc(      paso::SharedComponents_ptr rcv_shcomp(new paso::SharedComponents(
2570              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &recvShared[0],              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &recvShared[0],
2571              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo);              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo));
2572      m_connector = Paso_Connector_alloc(snd_shcomp, rcv_shcomp);      m_connector = paso::Connector_alloc(snd_shcomp, rcv_shcomp);
     Paso_SharedComponents_free(snd_shcomp);  
     Paso_SharedComponents_free(rcv_shcomp);  
2573    
2574      // create main and couple blocks      // create main and couple blocks
2575      Paso_Pattern *mainPattern = createMainPattern();      paso::Pattern *mainPattern = createMainPattern();
2576      Paso_Pattern *colPattern, *rowPattern;      paso::Pattern *colPattern, *rowPattern;
2577      createCouplePatterns(colIndices, numShared, &colPattern, &rowPattern);      createCouplePatterns(colIndices, rowIndices, numShared, &colPattern, &rowPattern);
2578    
2579      // allocate paso distribution      // allocate paso distribution
2580      Paso_Distribution* distribution = Paso_Distribution_alloc(m_mpiInfo,      paso::Distribution_ptr distribution(new paso::Distribution(m_mpiInfo,
2581              const_cast<index_t*>(&m_nodeDistribution[0]), 1, 0);              const_cast<index_t*>(&m_nodeDistribution[0]), 1, 0));
2582    
2583      // finally create the system matrix      // finally create the system matrix
2584      m_pattern = Paso_SystemMatrixPattern_alloc(MATRIX_FORMAT_DEFAULT,      m_pattern = new paso::SystemMatrixPattern(MATRIX_FORMAT_DEFAULT,
2585              distribution, distribution, mainPattern, colPattern, rowPattern,              distribution, distribution, mainPattern, colPattern, rowPattern,
2586              m_connector, m_connector);              m_connector, m_connector);
2587    
     Paso_Distribution_free(distribution);  
   
2588      // useful debug output      // useful debug output
2589      /*      /*
2590      cout << "--- rcv_shcomp ---" << endl;      cout << "--- rcv_shcomp ---" << endl;
# Line 2468  void Brick::createPattern() Line 2643  void Brick::createPattern()
2643      }      }
2644      */      */
2645    
2646      Paso_Pattern_free(mainPattern);      paso::Pattern_free(mainPattern);
2647      Paso_Pattern_free(colPattern);      paso::Pattern_free(colPattern);
2648      Paso_Pattern_free(rowPattern);      paso::Pattern_free(rowPattern);
2649  }  }
2650    
2651  //private  //private
# Line 2823  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2998  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2998    
2999  namespace  namespace
3000  {  {
3001      // Calculates a guassian blur colvolution matrix for 3D      // Calculates a gaussian blur convolution matrix for 3D
3002      // See wiki article on the subject      // See wiki article on the subject
3003      double* get3DGauss(unsigned radius, double sigma)      double* get3DGauss(unsigned radius, double sigma)
3004      {      {
# Line 2933  that ripley has. Line 3108  that ripley has.
3108  */  */
3109  escript::Data Brick::randomFillWorker(const escript::DataTypes::ShapeType& shape, long seed, const boost::python::tuple& filter) const  escript::Data Brick::randomFillWorker(const escript::DataTypes::ShapeType& shape, long seed, const boost::python::tuple& filter) const
3110  {  {
     if (m_numDim!=3)  
     {  
         throw RipleyException("Brick must be 3D.");  
     }  
       
3111      unsigned int radius=0;  // these are only used by gaussian      unsigned int radius=0;  // these are only used by gaussian
3112      double sigma=0.5;      double sigma=0.5;
3113            
# Line 2964  escript::Data Brick::randomFillWorker(co Line 3134  escript::Data Brick::randomFillWorker(co
3134          boost::python::extract<double> ex2(filter[2]);          boost::python::extract<double> ex2(filter[2]);
3135          if (!ex2.check() || (sigma=ex2())<=0)          if (!ex2.check() || (sigma=ex2())<=0)
3136          {          {
3137              throw RipleyException("Sigma must be a postive floating point number.");              throw RipleyException("Sigma must be a positive floating point number.");
3138          }                      }            
3139      }      }
3140      else      else
3141      {      {
3142          throw RipleyException("Unsupported random filter");          throw RipleyException("Unsupported random filter");
3143      }      }
       
       
3144    
3145            // number of points in the internal region
3146      size_t internal[3];      // that is, the ones we need smoothed versions of
3147      internal[0]=m_NE[0]+1;  // number of points in the internal region      const dim_t internal[3] = { m_NN[0], m_NN[1], m_NN[2] };
     internal[1]=m_NE[1]+1;  // that is, the ones we need smoothed versions of  
     internal[2]=m_NE[2]+1;  // that is, the ones we need smoothed versions of  
3148      size_t ext[3];      size_t ext[3];
3149      ext[0]=internal[0]+2*radius;    // includes points we need as input      ext[0]=(size_t)internal[0]+2*radius;  // includes points we need as input
3150      ext[1]=internal[1]+2*radius;    // for smoothing      ext[1]=(size_t)internal[1]+2*radius;  // for smoothing
3151      ext[2]=internal[2]+2*radius;    // for smoothing      ext[2]=(size_t)internal[2]+2*radius;  // for smoothing
3152            
3153      // now we check to see if the radius is acceptable      // now we check to see if the radius is acceptable
3154      // That is, would not cross multiple ranks in MPI      // That is, would not cross multiple ranks in MPI
# Line 3009  escript::Data Brick::randomFillWorker(co Line 3175  escript::Data Brick::randomFillWorker(co
3175      {      {
3176      // since the dimensions are equal for all ranks, this exception      // since the dimensions are equal for all ranks, this exception
3177      // will be thrown on all ranks      // will be thrown on all ranks
3178      throw RipleyException("Random Data in Ripley requries at least five elements per side per rank.");      throw RipleyException("Random Data in Ripley requires at least five elements per side per rank.");
3179    
3180      }      }
3181      dim_t X=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];      dim_t X=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
# Line 3202  int Brick::findNode(const double *coords Line 3368  int Brick::findNode(const double *coords
3368  void Brick::setAssembler(std::string type, std::map<std::string,  void Brick::setAssembler(std::string type, std::map<std::string,
3369          escript::Data> constants) {          escript::Data> constants) {
3370      if (type.compare("WaveAssembler") == 0) {      if (type.compare("WaveAssembler") == 0) {
3371            if (assembler_type != WAVE_ASSEMBLER && assembler_type != DEFAULT_ASSEMBLER)
3372                throw RipleyException("Domain already using a different custom assembler");
3373            assembler_type = WAVE_ASSEMBLER;
3374          delete assembler;          delete assembler;
3375          assembler = new WaveAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN, constants);          assembler = new WaveAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN, constants);
3376        } else if (type.compare("LameAssembler") == 0) {
3377            if (assembler_type != LAME_ASSEMBLER && assembler_type != DEFAULT_ASSEMBLER)
3378                throw RipleyException("Domain already using a different custom assembler");
3379            assembler_type = LAME_ASSEMBLER;
3380            delete assembler;
3381            assembler = new LameAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN);
3382      } else { //else ifs would go before this for other types      } else { //else ifs would go before this for other types
3383          throw RipleyException("Ripley::Rectangle does not support the"          throw RipleyException("Ripley::Brick does not support the"
3384                                  " requested assembler");                                  " requested assembler");
3385      }      }
3386  }  }

Legend:
Removed from v.4712  
changed lines
  Added in v.4816

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26