/[escript]/branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/diaplayground/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 4013 by caltinay, Thu Oct 4 03:13:27 2012 UTC revision 4851 by sshaw, Wed Apr 9 03:30:36 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*****************************************************************************  /*****************************************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2014 by University of Queensland
5  * http://www.uq.edu.au  * http://www.uq.edu.au
6  *  *
7  * Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
# Line 9  Line 9 
9  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10  *  *
11  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12  * Development since 2012 by School of Earth Sciences  * Development 2012-2013 by School of Earth Sciences
13    * Development from 2014 by Centre for Geoscience Computing (GeoComp)
14  *  *
15  *****************************************************************************/  *****************************************************************************/
16    
17  #include <ripley/Brick.h>  #include <ripley/Brick.h>
 extern "C" {  
18  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
19  }  #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
20    #include <ripley/DefaultAssembler3D.h>
21    #include <ripley/WaveAssembler3D.h>
22    #include <ripley/LameAssembler3D.h>
23    #include <ripley/domainhelpers.h>
24    #include <boost/scoped_array.hpp>
25    
26  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
27  #include <netcdfcpp.h>  #include <netcdfcpp.h>
# Line 31  extern "C" { Line 36  extern "C" {
36    
37  #include <iomanip>  #include <iomanip>
38    
39    #include "esysUtils/EsysRandom.h"
40    #include "blocktools.h"
41    
42    
43  using namespace std;  using namespace std;
44    using esysUtils::FileWriter;
45    
46  namespace ripley {  namespace ripley {
47    
48    int indexOfMax(int a, int b, int c) {
49        if (a > b) {
50            if (c > a) {
51                return 2;
52            }
53            return 0;
54        } else if (b > c) {
55            return 1;
56        }
57        return 2;
58    }
59    
60  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
61               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2,
62      RipleyDomain(3),               const std::vector<double>& points, const std::vector<int>& tags,
63      m_x0(x0),               const simap_t& tagnamestonums) :
64      m_y0(y0),      RipleyDomain(3)
65      m_z0(z0),  {
66      m_l0(x1-x0),      if (n0 <= 0 || n1 <= 0 || n2 <= 0)
67      m_l1(y1-y0),          throw RipleyException("Number of elements in each spatial dimension "
68      m_l2(z1-z0)                  "must be positive");
69  {  
70      // ignore subdivision parameters for serial run      // ignore subdivision parameters for serial run
71      if (m_mpiInfo->size == 1) {      if (m_mpiInfo->size == 1) {
72          d0=1;          d0=1;
73          d1=1;          d1=1;
74          d2=1;          d2=1;
75      }      }
   
76      bool warn=false;      bool warn=false;
77      // if number of subdivisions is non-positive, try to subdivide by the same  
78      // ratio as the number of elements      std::vector<int> factors;
79      if (d0<=0 && d1<=0 && d2<=0) {      int ranks = m_mpiInfo->size;
80          warn=true;      int epr[3] = {n0,n1,n2};
81          d0=(int)(pow(m_mpiInfo->size*(n0+1)*(n0+1)/((float)(n1+1)*(n2+1)), 1.f/3));      int d[3] = {d0,d1,d2};
82          d0=max(1, d0);      if (d0<=0 || d1<=0 || d2<=0) {
83          d1=max(1, (int)(d0*n1/(float)n0));          for (int i = 0; i < 3; i++) {
84          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);              if (d[i] < 1) {
85          if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {                  d[i] = 1;
86              // ratios not the same so leave "smallest" side undivided and try                  continue;
87              // dividing 2 sides only              }
88              if (n0>=n1) {              epr[i] = -1; // can no longer be max
89                  if (n1>=n2) {              if (ranks % d[i] != 0) {
90                      d0=d1=0;                  throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
91                      d2=1;              }
92                  } else {              //remove
93                      d0=d2=0;              ranks /= d[i];
94                      d1=1;          }
95                  }          factorise(factors, ranks);
96              } else {          if (factors.size() != 0) {
97                  if (n0>=n2) {              warn = true;
98                      d0=d1=0;          }
99                      d2=1;      }
100                  } else {      while (factors.size() > 0) {
101                      d0=1;          int i = indexOfMax(epr[0],epr[1],epr[2]);
102                      d1=d2=0;          int f = factors.back();
103                  }          factors.pop_back();
104              }          d[i] *= f;
105          }          epr[i] /= f;
     }  
     if (d0<=0 && d1<=0) {  
         warn=true;  
         d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n1+1))));  
         d1=m_mpiInfo->size/d0;  
         if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {  
             // ratios not the same so subdivide side with more elements only  
             if (n0>n1) {  
                 d0=0;  
                 d1=1;  
             } else {  
                 d0=1;  
                 d1=0;  
             }  
         }  
     } else if (d0<=0 && d2<=0) {  
         warn=true;  
         d0=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n0+1)/(float)(n2+1))));  
         d2=m_mpiInfo->size/d0;  
         if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {  
             // ratios not the same so subdivide side with more elements only  
             if (n0>n2) {  
                 d0=0;  
                 d2=1;  
             } else {  
                 d0=1;  
                 d2=0;  
             }  
         }  
     } else if (d1<=0 && d2<=0) {  
         warn=true;  
         d1=max(1, int(sqrt(m_mpiInfo->size*(n1+1)/(float)(n2+1))));  
         d2=m_mpiInfo->size/d1;  
         if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size) {  
             // ratios not the same so subdivide side with more elements only  
             if (n1>n2) {  
                 d1=0;  
                 d2=1;  
             } else {  
                 d1=1;  
                 d2=0;  
             }  
         }  
106      }      }
107      if (d0<=0) {      d0 = d[0]; d1 = d[1]; d2 = d[2];
         // d1,d2 are preset, determine d0  
         d0=m_mpiInfo->size/(d1*d2);  
     } else if (d1<=0) {  
         // d0,d2 are preset, determine d1  
         d1=m_mpiInfo->size/(d0*d2);  
     } else if (d2<=0) {  
         // d0,d1 are preset, determine d2  
         d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);  
     }  
   
     m_NX=d0;  
     m_NY=d1;  
     m_NZ=d2;  
108    
109      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
110      // among number of ranks      // among number of ranks
111      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size){
112          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
113        }
114      if (warn) {      if (warn) {
115          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="          cout << "Warning: Automatic domain subdivision (d0=" << d0 << ", d1="
116              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
117      }      }
118    
119      if ((n0+1)%m_NX > 0) {      double l0 = x1-x0;
120          double Dx=m_l0/n0;      double l1 = y1-y0;
121        double l2 = z1-z0;
122        m_dx[0] = l0/n0;
123        m_dx[1] = l1/n1;
124        m_dx[2] = l2/n2;
125    
126        if ((n0+1)%d0 > 0) {
127          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
128          m_l0=Dx*n0;          l0=m_dx[0]*n0;
129          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
130              << n0 << ", l0=" << m_l0 << endl;              << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
131      }      }
132      if ((n1+1)%m_NY > 0) {      if ((n1+1)%d1 > 0) {
         double Dy=m_l1/n1;  
133          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
134          m_l1=Dy*n1;          l1=m_dx[1]*n1;
135          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
136              << n1 << ", l1=" << m_l1 << endl;              << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
137      }      }
138      if ((n2+1)%m_NZ > 0) {      if ((n2+1)%d2 > 0) {
         double Dz=m_l2/n2;  
139          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
140          m_l2=Dz*n2;          l2=m_dx[2]*n2;
141          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
142              << n2 << ", l2=" << m_l2 << endl;              << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
143      }      }
144    
145      m_gNE0=n0;      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
     m_gNE1=n1;  
     m_gNE2=n2;  
   
     if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))  
146          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
147    
148        m_gNE[0] = n0;
149        m_gNE[1] = n1;
150        m_gNE[2] = n2;
151        m_origin[0] = x0;
152        m_origin[1] = y0;
153        m_origin[2] = z0;
154        m_length[0] = l0;
155        m_length[1] = l1;
156        m_length[2] = l2;
157        m_NX[0] = d0;
158        m_NX[1] = d1;
159        m_NX[2] = d2;
160    
161      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
162      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
163      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
164          m_NE0++;          m_NE[0]++;
165      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
166          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
167    
168      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
169      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
170          m_NE1++;          m_NE[1]++;
171      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
172          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
173    
174      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
175      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
176          m_NE2++;          m_NE[2]++;
177      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
178          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
179    
180      // local number of nodes      // local number of nodes
181      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
182      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
183      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
184    
185      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
186      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
187      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
188          m_offset0--;          m_offset[0]--;
189      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
190      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
191          m_offset1--;          m_offset[1]--;
192      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
193      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
194          m_offset2--;          m_offset[2]--;
195    
196      populateSampleIds();      populateSampleIds();
197      createPattern();      createPattern();
198        
199        assembler = new DefaultAssembler3D(this, m_dx, m_NX, m_NE, m_NN);
200        for (map<string, int>::const_iterator i = tagnamestonums.begin();
201                i != tagnamestonums.end(); i++) {
202            setTagMap(i->first, i->second);
203        }
204        addPoints(tags.size(), &points[0], &tags[0]);
205  }  }
206    
207    
208  Brick::~Brick()  Brick::~Brick()
209  {  {
210      Paso_SystemMatrixPattern_free(m_pattern);      delete assembler;
     Paso_Connector_free(m_connector);  
211  }  }
212    
213  string Brick::getDescription() const  string Brick::getDescription() const
# Line 236  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 220  bool Brick::operator==(const AbstractDom
220      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
221      if (o) {      if (o) {
222          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
223                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
224                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
225                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
226                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
227      }      }
228    
229      return false;      return false;
230  }  }
231    
232    void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
233                const ReaderParameters& params) const
234    {
235    #ifdef USE_NETCDF
236        // check destination function space
237        int myN0, myN1, myN2;
238        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
239            myN0 = m_NN[0];
240            myN1 = m_NN[1];
241            myN2 = m_NN[2];
242        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
243                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
244            myN0 = m_NE[0];
245            myN1 = m_NE[1];
246            myN2 = m_NE[2];
247        } else
248            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
249    
250        if (params.first.size() != 3)
251            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
252    
253        if (params.numValues.size() != 3)
254            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
255    
256        if (params.multiplier.size() != 3)
257            throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
258        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
259            if (params.multiplier[i]<1)
260                throw RipleyException("readNcGrid(): all multipliers must be positive");
261    
262        // check file existence and size
263        NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);
264        if (!f.is_valid())
265            throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");
266    
267        NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());
268        if (!var)
269            throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");
270    
271        // TODO: rank>0 data support
272        const int numComp = out.getDataPointSize();
273        if (numComp > 1)
274            throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");
275    
276        const int dims = var->num_dims();
277        boost::scoped_array<long> edges(var->edges());
278    
279        // is this a slice of the data object (dims!=3)?
280        // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)
281        if ( (dims==3 && (params.numValues[2] > edges[0] ||
282                          params.numValues[1] > edges[1] ||
283                          params.numValues[0] > edges[2]))
284                || (dims==2 && params.numValues[2]>1)
285                || (dims==1 && (params.numValues[2]>1 || params.numValues[1]>1)) ) {
286            throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");
287        }
288    
289        // check if this rank contributes anything
290        if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
291                params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
292                params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
293                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
294                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
295                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
296            return;
297        }
298    
299        // now determine how much this rank has to write
300    
301        // first coordinates in data object to write to
302        const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
303        const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
304        const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
305        // indices to first value in file (not accounting for reverse yet)
306        int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
307        int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
308        int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
309        // number of values to read
310        const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
311        const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
312        const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
313    
314        // make sure we read the right block if going backwards through file
315        if (params.reverse[0])
316            idx0 = edges[dims-1]-num0-idx0;
317        if (dims>1 && params.reverse[1])
318            idx1 = edges[dims-2]-num1-idx1;
319        if (dims>2 && params.reverse[2])
320            idx2 = edges[dims-3]-num2-idx2;
321    
322    
323        vector<double> values(num0*num1*num2);
324        if (dims==3) {
325            var->set_cur(idx2, idx1, idx0);
326            var->get(&values[0], num2, num1, num0);
327        } else if (dims==2) {
328            var->set_cur(idx1, idx0);
329            var->get(&values[0], num1, num0);
330        } else {
331            var->set_cur(idx0);
332            var->get(&values[0], num0);
333        }
334    
335        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
336        out.requireWrite();
337    
338        // helpers for reversing
339        const int x0 = (params.reverse[0] ? num0-1 : 0);
340        const int x_mult = (params.reverse[0] ? -1 : 1);
341        const int y0 = (params.reverse[1] ? num1-1 : 0);
342        const int y_mult = (params.reverse[1] ? -1 : 1);
343        const int z0 = (params.reverse[2] ? num2-1 : 0);
344        const int z_mult = (params.reverse[2] ? -1 : 1);
345    
346        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
347            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
348    #pragma omp parallel for
349                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
350                    const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
351                                         +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
352                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
353                    const int srcIndex=(z0+z_mult*z)*num1*num0
354                                      +(y0+y_mult*y)*num0
355                                      +(x0+x_mult*x);
356                    if (!isnan(values[srcIndex])) {
357                        for (index_t m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
358                            for (index_t m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
359                                for (index_t m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
360                                    const int dataIndex = baseIndex+m0
361                                                   +m1*myN0
362                                                   +m2*myN0*myN1;
363                                    double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
364                                    for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
365                                        *dest++ = values[srcIndex];
366                                    }
367                                }
368                            }
369                        }
370                    }
371                }
372            }
373        }
374    #else
375        throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");
376    #endif
377    }
378    
379    #ifdef USE_BOOSTIO
380    void Brick::readBinaryGridFromZipped(escript::Data& out, string filename,
381                               const ReaderParameters& params) const
382    {
383        // the mapping is not universally correct but should work on our
384        // supported platforms
385        switch (params.dataType) {
386            case DATATYPE_INT32:
387                readBinaryGridZippedImpl<int>(out, filename, params);
388                break;
389            case DATATYPE_FLOAT32:
390                readBinaryGridZippedImpl<float>(out, filename, params);
391                break;
392            case DATATYPE_FLOAT64:
393                readBinaryGridZippedImpl<double>(out, filename, params);
394                break;
395            default:
396                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
397        }
398    }
399    #endif
400    
401  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
402                             const vector<int>& first,                             const ReaderParameters& params) const
403                             const vector<int>& numValues) const  {
404        // the mapping is not universally correct but should work on our
405        // supported platforms
406        switch (params.dataType) {
407            case DATATYPE_INT32:
408                readBinaryGridImpl<int>(out, filename, params);
409                break;
410            case DATATYPE_FLOAT32:
411                readBinaryGridImpl<float>(out, filename, params);
412                break;
413            case DATATYPE_FLOAT64:
414                readBinaryGridImpl<double>(out, filename, params);
415                break;
416            default:
417                throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
418        }
419    }
420    
421    template<typename ValueType>
422    void Brick::readBinaryGridImpl(escript::Data& out, const string& filename,
423                                   const ReaderParameters& params) const
424  {  {
425      // check destination function space      // check destination function space
426      int myN0, myN1, myN2;      int myN0, myN1, myN2;
427      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
428          myN0 = m_N0;          myN0 = m_NN[0];
429          myN1 = m_N1;          myN1 = m_NN[1];
430          myN2 = m_N2;          myN2 = m_NN[2];
431      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
432                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
433          myN0 = m_NE0;          myN0 = m_NE[0];
434          myN1 = m_NE1;          myN1 = m_NE[1];
435          myN2 = m_NE2;          myN2 = m_NE[2];
436      } else      } else
437          throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");          throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
438    
439        if (params.first.size() != 3)
440            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
441    
442        if (params.numValues.size() != 3)
443            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
444    
445        if (params.multiplier.size() != 3)
446            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
447        for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
448            if (params.multiplier[i]<1)
449                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
450    
451      // check file existence and size      // check file existence and size
452      ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);      ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
453      if (f.fail()) {      if (f.fail()) {
# Line 271  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data Line 456  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data
456      f.seekg(0, ios::end);      f.seekg(0, ios::end);
457      const int numComp = out.getDataPointSize();      const int numComp = out.getDataPointSize();
458      const int filesize = f.tellg();      const int filesize = f.tellg();
459      const int reqsize = numValues[0]*numValues[1]*numValues[2]*numComp*sizeof(float);      const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
460      if (filesize < reqsize) {      if (filesize < reqsize) {
461          f.close();          f.close();
462          throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");          throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
463      }      }
464    
465      // check if this rank contributes anything      // check if this rank contributes anything
466      if (first[0] >= m_offset0+myN0 || first[0]+numValues[0] <= m_offset0 ||      if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
467              first[1] >= m_offset1+myN1 || first[1]+numValues[1] <= m_offset1 ||              params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
468              first[2] >= m_offset2+myN2 || first[2]+numValues[2] <= m_offset2) {              params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
469                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
470                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
471                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
472          f.close();          f.close();
473          return;          return;
474      }      }
# Line 288  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data Line 476  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data
476      // now determine how much this rank has to write      // now determine how much this rank has to write
477    
478      // first coordinates in data object to write to      // first coordinates in data object to write to
479      const int first0 = max(0, first[0]-m_offset0);      const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
480      const int first1 = max(0, first[1]-m_offset1);      const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
481      const int first2 = max(0, first[2]-m_offset2);      const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
482      // indices to first value in file      // indices to first value in file
483      const int idx0 = max(0, m_offset0-first[0]);      const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
484      const int idx1 = max(0, m_offset1-first[1]);      const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
485      const int idx2 = max(0, m_offset2-first[2]);      const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
486      // number of values to write      // number of values to read
487      const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);      const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
488      const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);      const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
489      const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);      const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
490    
491      out.requireWrite();      out.requireWrite();
492      vector<float> values(num0*numComp);      vector<ValueType> values(num0*numComp);
493      const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();      const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
494    
495      for (index_t z=0; z<num2; z++) {      for (int z=0; z<num2; z++) {
496          for (index_t y=0; y<num1; y++) {          for (int y=0; y<num1; y++) {
497              const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*numValues[0]+(idx2+z)*numValues[0]*numValues[1]);              const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
498              f.seekg(fileofs*sizeof(float));                               +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
499              f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(float));              f.seekg(fileofs*sizeof(ValueType));
500              const int dataIndex = first0+(first1+y)*myN0+(first2+z)*myN0*myN1;              f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(ValueType));
501    
502              for (index_t x=0; x<num0; x++) {              for (int x=0; x<num0; x++) {
503                  double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex+x);                  const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
504                  for (index_t c=0; c<numComp; c++) {                                       +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
505                      for (index_t q=0; q<dpp; q++) {                                       +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
506                          *dest++ = static_cast<double>(values[x*numComp+c]);                  for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
507                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
508                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
509                                const int dataIndex = baseIndex+m0
510                                               +m1*myN0
511                                               +m2*myN0*myN1;
512                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
513                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
514                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
515    
516                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
517                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
518                                        // this will alter val!!
519                                        byte_swap32(cval);
520                                    }
521                                    if (!std::isnan(val)) {
522                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
523                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
524                                        }
525                                    }
526                                }
527                            }
528                      }                      }
529                  }                  }
530              }              }
# Line 325  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data Line 534  void Brick::readBinaryGrid(escript::Data
534      f.close();      f.close();
535  }  }
536    
537  void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,  #ifdef USE_BOOSTIO
538              const vector<int>& first, const vector<int>& numValues) const  template<typename ValueType>
539    void Brick::readBinaryGridZippedImpl(escript::Data& out, const string& filename,
540                                   const ReaderParameters& params) const
541  {  {
 #ifdef USE_NETCDF  
542      // check destination function space      // check destination function space
543      int myN0, myN1, myN2;      int myN0, myN1, myN2;
544      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
545          myN0 = m_N0;          myN0 = m_NN[0];
546          myN1 = m_N1;          myN1 = m_NN[1];
547          myN2 = m_N2;          myN2 = m_NN[2];
548      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
549                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
550          myN0 = m_NE0;          myN0 = m_NE[0];
551          myN1 = m_NE1;          myN1 = m_NE[1];
552          myN2 = m_NE2;          myN2 = m_NE[2];
553      } else      } else
554          throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");          throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): invalid function space for output data object");
555    
556      if (first.size() != 3)      if (params.first.size() != 3)
557          throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'first' must have 3 entries");          throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'first' must have 3 entries");
   
     if (numValues.size() != 3)  
         throw RipleyException("readNcGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");  
558    
559      // check file existence and size      if (params.numValues.size() != 3)
560      NcFile f(filename.c_str(), NcFile::ReadOnly);          throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'numValues' must have 3 entries");
     if (!f.is_valid())  
         throw RipleyException("readNcGrid(): cannot open file");  
561    
562      NcVar* var = f.get_var(varname.c_str());      if (params.multiplier.size() != 3)
563      if (!var)          throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
564          throw RipleyException("readNcGrid(): invalid variable name");      for (size_t i=0; i<params.multiplier.size(); i++)
565            if (params.multiplier[i]<1)
566                throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): all multipliers must be positive");
567    
568      // TODO: rank>0 data support      // check file existence and size
569        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
570        if (f.fail()) {
571            throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): cannot open file");
572        }
573        f.seekg(0, ios::end);
574      const int numComp = out.getDataPointSize();      const int numComp = out.getDataPointSize();
575      if (numComp > 1)      int filesize = f.tellg();
576          throw RipleyException("readNcGrid(): only scalar data supported");      f.seekg(0, ios::beg);
577        std::vector<char> compressed(filesize);
578      const int dims = var->num_dims();      f.read((char*)&compressed[0], filesize);
579      const long *edges = var->edges();      f.close();
580        std::vector<char> decompressed = unzip(compressed);
581      // is this a slice of the data object (dims!=3)?      filesize = decompressed.size();
582      // note the expected ordering of edges (as in numpy: z,y,x)      const int reqsize = params.numValues[0]*params.numValues[1]*params.numValues[2]*numComp*sizeof(ValueType);
583      if ( (dims==3 && (numValues[2] > edges[0] || numValues[1] > edges[1]      if (filesize < reqsize) {
584                        || numValues[0] > edges[2]))          throw RipleyException("readBinaryGridFromZipped(): not enough data in file");
             || (dims==2 && numValues[2]>1)  
             || (dims==1 && (numValues[2]>1 || numValues[1]>1)) ) {  
         throw RipleyException("readNcGrid(): not enough data in file");  
585      }      }
586    
587      // check if this rank contributes anything      // check if this rank contributes anything
588      if (first[0] >= m_offset0+myN0 || first[0]+numValues[0] <= m_offset0 ||      if (params.first[0] >= m_offset[0]+myN0 ||
589              first[1] >= m_offset1+myN1 || first[1]+numValues[1] <= m_offset1 ||              params.first[0]+params.numValues[0]*params.multiplier[0] <= m_offset[0] ||
590              first[2] >= m_offset2+myN2 || first[2]+numValues[2] <= m_offset2) {              params.first[1] >= m_offset[1]+myN1 ||
591                params.first[1]+params.numValues[1]*params.multiplier[1] <= m_offset[1] ||
592                params.first[2] >= m_offset[2]+myN2 ||
593                params.first[2]+params.numValues[2]*params.multiplier[2] <= m_offset[2]) {
594          return;          return;
595      }      }
596    
597      // now determine how much this rank has to write      // now determine how much this rank has to write
598    
599      // first coordinates in data object to write to      // first coordinates in data object to write to
600      const int first0 = max(0, first[0]-m_offset0);      const int first0 = max(0, params.first[0]-m_offset[0]);
601      const int first1 = max(0, first[1]-m_offset1);      const int first1 = max(0, params.first[1]-m_offset[1]);
602      const int first2 = max(0, first[2]-m_offset2);      const int first2 = max(0, params.first[2]-m_offset[2]);
603      // indices to first value in file      // indices to first value in file
604      const int idx0 = max(0, m_offset0-first[0]);      const int idx0 = max(0, m_offset[0]-params.first[0]);
605      const int idx1 = max(0, m_offset1-first[1]);      const int idx1 = max(0, m_offset[1]-params.first[1]);
606      const int idx2 = max(0, m_offset2-first[2]);      const int idx2 = max(0, m_offset[2]-params.first[2]);
607      // number of values to write      // number of values to read
608      const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);      const int num0 = min(params.numValues[0]-idx0, myN0-first0);
609      const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);      const int num1 = min(params.numValues[1]-idx1, myN1-first1);
610      const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);      const int num2 = min(params.numValues[2]-idx2, myN2-first2);
   
     vector<double> values(num0*num1*num2);  
     if (dims==3) {  
         var->set_cur(idx2, idx1, idx0);  
         var->get(&values[0], num2, num1, num0);  
     } else if (dims==2) {  
         var->set_cur(idx1, idx0);  
         var->get(&values[0], num1, num0);  
     } else {  
         var->set_cur(idx0);  
         var->get(&values[0], num0);  
     }  
611    
     const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();  
612      out.requireWrite();      out.requireWrite();
613        vector<ValueType> values(num0*numComp);
614        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
615    
616      for (index_t z=0; z<num2; z++) {      for (int z=0; z<num2; z++) {
617          for (index_t y=0; y<num1; y++) {          for (int y=0; y<num1; y++) {
618  #pragma omp parallel for              const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*params.numValues[0]
619              for (index_t x=0; x<num0; x++) {                               +(idx2+z)*params.numValues[0]*params.numValues[1]);
620                  const int dataIndex = first0+(first1+y)*myN0+(first2+z)*myN0*myN1+x;              memcpy((char*)&values[0], (char*)&decompressed[fileofs*sizeof(ValueType)], num0*numComp*sizeof(ValueType));
621                  const int srcIndex=z*num1*num0+y*num0+x;              
622                  double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);              for (int x=0; x<num0; x++) {
623                  for (index_t q=0; q<dpp; q++) {                  const int baseIndex = first0+x*params.multiplier[0]
624                      *dest++ = values[srcIndex];                                       +(first1+y*params.multiplier[1])*myN0
625                                         +(first2+z*params.multiplier[2])*myN0*myN1;
626                    for (int m2=0; m2<params.multiplier[2]; m2++) {
627                        for (int m1=0; m1<params.multiplier[1]; m1++) {
628                            for (int m0=0; m0<params.multiplier[0]; m0++) {
629                                const int dataIndex = baseIndex+m0
630                                               +m1*myN0
631                                               +m2*myN0*myN1;
632                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
633                                for (int c=0; c<numComp; c++) {
634                                    ValueType val = values[x*numComp+c];
635    
636                                    if (params.byteOrder != BYTEORDER_NATIVE) {
637                                        char* cval = reinterpret_cast<char*>(&val);
638                                        // this will alter val!!
639                                        byte_swap32(cval);
640                                    }
641                                    if (!std::isnan(val)) {
642                                        for (int q=0; q<dpp; q++) {
643                                            *dest++ = static_cast<double>(val);
644                                        }
645                                    }
646                                }
647                            }
648                        }
649                  }                  }
650              }              }
651          }          }
652      }      }
653  #else  }
     throw RipleyException("readNcGrid(): not compiled with netCDF support");  
654  #endif  #endif
655    
656    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename,
657                                int byteOrder, int dataType) const
658    {
659        // the mapping is not universally correct but should work on our
660        // supported platforms
661        switch (dataType) {
662            case DATATYPE_INT32:
663                writeBinaryGridImpl<int>(in, filename, byteOrder);
664                break;
665            case DATATYPE_FLOAT32:
666                writeBinaryGridImpl<float>(in, filename, byteOrder);
667                break;
668            case DATATYPE_FLOAT64:
669                writeBinaryGridImpl<double>(in, filename, byteOrder);
670                break;
671            default:
672                throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid or unsupported datatype");
673        }
674    }
675    
676    template<typename ValueType>
677    void Brick::writeBinaryGridImpl(const escript::Data& in,
678                                    const string& filename, int byteOrder) const
679    {
680        // check function space and determine number of points
681        int myN0, myN1, myN2;
682        int totalN0, totalN1, totalN2;
683        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
684            myN0 = m_NN[0];
685            myN1 = m_NN[1];
686            myN2 = m_NN[2];
687            totalN0 = m_gNE[0]+1;
688            totalN1 = m_gNE[1]+1;
689            totalN2 = m_gNE[2]+1;
690        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
691                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
692            myN0 = m_NE[0];
693            myN1 = m_NE[1];
694            myN2 = m_NE[2];
695            totalN0 = m_gNE[0];
696            totalN1 = m_gNE[1];
697            totalN2 = m_gNE[2];
698        } else
699            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
700    
701        const int numComp = in.getDataPointSize();
702        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
703        const int fileSize = sizeof(ValueType)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
704    
705        if (numComp > 1 || dpp > 1)
706            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
707    
708        // from here on we know that each sample consists of one value
709        FileWriter fw;
710        fw.openFile(filename, fileSize);
711        MPIBarrier();
712    
713        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
714            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
715                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
716                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(ValueType);
717                ostringstream oss;
718    
719                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
720                    const double* sample = in.getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
721                    ValueType fvalue = static_cast<ValueType>(*sample);
722                    if (byteOrder == BYTEORDER_NATIVE) {
723                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
724                    } else {
725                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
726                        oss.write(byte_swap32(value), sizeof(fvalue));
727                    }
728                }
729                fw.writeAt(oss, fileofs);
730            }
731        }
732        fw.close();
733  }  }
734    
735  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
# Line 490  void Brick::dump(const string& fileName) Line 792  void Brick::dump(const string& fileName)
792      }      }
793      */      */
794    
795      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
796      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
797      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
798      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
799  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
800      {      {
801  #pragma omp for  #pragma omp for
802          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
803              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
804          }          }
805  #pragma omp for  #pragma omp for
806          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
807              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
808          }          }
809  #pragma omp for  #pragma omp for
810          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
811              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
812          }          }
813      }      }
814      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
815      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
816        // write mesh
817        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
818              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
819    
820      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
821        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
822              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
823    
824      // write element ids      // write element ids
825      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
826      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
827              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
828    
829      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
830      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 590  const int* Brick::borrowSampleReferenceI Line 892  const int* Brick::borrowSampleReferenceI
892          case FaceElements:          case FaceElements:
893          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
894              return &m_faceId[0];              return &m_faceId[0];
895            case Points:
896                return &m_diracPointNodeIDs[0];
897          default:          default:
898              break;              break;
899      }      }
# Line 615  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 919  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
919          case ReducedElements:          case ReducedElements:
920              {              {
921                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
922                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
923                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
924                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
925                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
926              }              }
927          case FaceElements:          case FaceElements:
928          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
929              {              {
930                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
931                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
932                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
933                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
934                      if (id<n) {                      if (id<n) {
935                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
936                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
937                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
938                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
939                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
940                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
941                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
942                          } else { // left or right                          } else { // left or right
943                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
944                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
945                          }                          }
946                      }                      }
947                  }                  }
# Line 661  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 964  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
964          {          {
965              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
966  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
967                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
968                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
969                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
970                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
971                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
972                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 675  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 978  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
978    
979              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
980  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
981                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
982                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
983                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
984                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
985                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
986                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 689  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 992  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
992    
993              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
994  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
995                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
996                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
997                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
998                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
999                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
1000                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 703  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1006  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1006    
1007              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1008  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1009                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1010                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1011                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1012                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1013                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
1014                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 717  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1020  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1020    
1021              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1022  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1023                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1024                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1025                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1026                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1027                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
1028                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 731  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1034  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1034    
1035              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1036  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1037                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1038                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1039                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1040                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
1041                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
1042                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 749  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1052  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1052          {          {
1053              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1054  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1055                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1056                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1057                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1058                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
1059                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1060                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 761  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1064  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1064    
1065              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1066  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1067                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1068                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1069                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1070                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
1071                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1072                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 773  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1076  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1076    
1077              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1078  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1079                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1080                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1081                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1082                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1083                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
1084                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 785  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1088  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1088    
1089              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1090  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1091                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1092                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1093                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1094                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1095                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
1096                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 797  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1100  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1100    
1101              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1102  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1103                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1104                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1105                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1106                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1107                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1108                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 809  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 1112  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
1112    
1113              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1114  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1115                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1116                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1117                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1118                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1119                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
1120                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 834  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1137  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1137              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
1138          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1139          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
1140          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=sqrt(xSize*xSize+ySize*ySize+zSize*zSize);  
1141  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1142          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
1143              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 847  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1147  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1147              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
1148          out.requireWrite();          out.requireWrite();
1149          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
1150  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1151          {          {
1152              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1153                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1154  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1155                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1156                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1157                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1158                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1159                      }                      }
1160                  }                  }
1161              }              }
1162    
1163              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1164                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
1165  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1166                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1167                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1168                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1169                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1170                      }                      }
1171                  }                  }
1172              }              }
1173    
1174              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1175                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1176  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1177                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1178                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1179                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1180                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1181                      }                      }
1182                  }                  }
1183              }              }
1184    
1185              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1186                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
1187  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1188                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1189                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1190                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1191                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1192                      }                      }
1193                  }                  }
1194              }              }
1195    
1196              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1197                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1198  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1199                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1200                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1201                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1202                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1203                      }                      }
1204                  }                  }
1205              }              }
1206    
1207              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1208                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1209  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1210                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1211                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1212                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1213                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1214                      }                      }
1215                  }                  }
# Line 927  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1224  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1224      }      }
1225  }  }
1226    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1227  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1228  {  {
1229      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 944  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1231  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1231          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1232          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1233          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1234          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1235              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1236                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1237                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1238                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1239          }          }
1240      }      }
1241  }  }
1242    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1243    
1244  //protected  //protected
1245  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 1045  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1251  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1251      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1252          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1253    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1254      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1255  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1256      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1257          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1258              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1259                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1260                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1261                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1262                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1263              }              }
1264          }          }
1265      }      }
1266  }  }
1267    
1268  //protected  //protected
1269  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
1270  {  {
1271      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
     const double h0 = m_l0/m_gNE0;  
     const double h1 = m_l1/m_gNE1;  
     const double h2 = m_l2/m_gNE2;  
1272      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1273      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1274      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 1090  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1290  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1290              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1291              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1292  #pragma omp for  #pragma omp for
1293              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1294                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1295                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1296                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1297                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1298                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1299                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1300                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1301                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1302                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1303                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1304                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1305                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1306                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1307                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1308                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              const double V2=((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1309                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              const double V3=((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1310                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              const double V4=((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1311                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              const double V5=((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1312                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              const double V6=((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1313                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              const double V7=((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1314                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V8=((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1315                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V9=((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1316                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              const double V10=((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1317                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              const double V11=((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1318                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1319                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V4;
1320                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V8;
# Line 1157  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1357  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1357              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1358              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1359  #pragma omp for  #pragma omp for
1360              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1361                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1362                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1363                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1364                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1365                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1366                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1367                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1368                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1369                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1370                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1371                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1372                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1373                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1374                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1375                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1376                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1377                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1378                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1192  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1392  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1392              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1393              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1394  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1395                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1396                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1397                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1398                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1399                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1400                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1401                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1402                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1403                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1404                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1405                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1406                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1407                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[1];
1408                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / m_dx[1];
1409                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_010[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[2];
1410                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[2];
1411                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1412                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1413                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1414                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1415                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1416                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1417                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1418                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1419                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1420                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1421                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1422                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1423                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 1226  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1426  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1426              } // end of face 0              } // end of face 0
1427              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1428  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1429                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1430                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1431                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1432                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1433                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1434                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1435                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1436                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1437                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1438                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1439                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1440                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1441                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1442                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1443                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_101[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1444                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_101[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1445                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = ((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1446                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V0;
1447                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1448                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1449                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V0;
1450                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1451                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_010[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / m_dx[0];
1452                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V1;
1453                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1454                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_011[i])*C5 + (f_100[i]-f_000[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / m_dx[0];
1455                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V1;
1456                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1457                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 1260  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1460  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1460              } // end of face 1              } // end of face 1
1461              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1462  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1463                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1464                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1465                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1466                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1467                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1468                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1469                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1470                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1471                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1472                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1473                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1474                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1475                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / m_dx[0];
1476                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[2];
1477                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / h2;                              const double V2=((f_001[i]-f_000[i])*C2 + (f_101[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[2];
1478                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1479                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1480                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V1;
1481                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1482                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1483                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V2;
1484                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V0;
1485                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1486                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V1;
1487                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V0;
1488                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1489                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V2;
1490                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1491                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 1293  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1493  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1493              } // end of face 2              } // end of face 2
1494              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1495  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1496                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1497                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1498                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1499                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1500                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1501                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1502                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1503                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1504                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1505                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1506                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1507                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1508                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1509                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1510                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / h2;                              const double V2=((f_011[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_110[i])*C2) / m_dx[2];
1511                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / h2;                              const double V3=((f_011[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_110[i])*C6) / m_dx[2];
1512                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1513                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = ((f_010[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_101[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1514                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = V2;
1515                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1516                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = ((f_110[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_001[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1517                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = V3;
1518                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1519                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_001[i])*C5 + (f_110[i]-f_100[i])*C0 + (f_010[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_101[i])*C1) / m_dx[1];
1520                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = V2;
1521                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1522                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / h1;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_101[i])*C5 + (f_010[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[1];
1523                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = V3;
1524                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1525                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
# Line 1327  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1527  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1527              } // end of face 3              } // end of face 3
1528              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1529  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1530                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1531                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1532                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1533                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1534                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1535                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1536                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1537                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1538                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1539                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1540                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1541                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1542                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / m_dx[0];
1543                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / m_dx[0];
1544                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_100[i])*C2) / m_dx[1];
1545                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_100[i])*C6) / m_dx[1];
1546                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1547                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1548                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1549                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1550                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1551                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1552                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1553                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1554                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1555                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1556                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1557                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1558                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1559                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1560                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1561              } // end of face 4              } // end of face 4
1562              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1563  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1564                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1565                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1566                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1567                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1568                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1569                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1570                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1571                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1572                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1573                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1574                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1575                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1576                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / m_dx[0];
1577                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / m_dx[0];
1578                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V2=((f_011[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / m_dx[1];
1579                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V3=((f_011[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / m_dx[1];
1580                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = V0;
1581                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = V2;
1582                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_110[i])*C0 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1583                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;                              o[INDEX3(i,0,1,numComp,3)] = V0;
1584                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,1,numComp,3)] = V3;
1585                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,1,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C0 + (f_101[i]-f_100[i])*C5 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1586                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,2,numComp,3)] = V1;
1587                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;                              o[INDEX3(i,1,2,numComp,3)] = V2;
1588                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,2,numComp,3)] = ((f_011[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_100[i])*C0 + (f_001[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_110[i])*C1) / m_dx[2];
1589                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;                              o[INDEX3(i,0,3,numComp,3)] = V1;
1590                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;                              o[INDEX3(i,1,3,numComp,3)] = V3;
1591                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / h2;                              o[INDEX3(i,2,3,numComp,3)] = ((f_001[i]-f_000[i])*C0 + (f_111[i]-f_110[i])*C5 + (f_011[i]+f_101[i]-f_010[i]-f_100[i])*C1) / m_dx[2];
1592                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1593                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1594                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1408  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1608  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1608              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1609              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1610  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1611                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1612                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1613                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1614                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1615                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1616                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1617                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1618                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1619                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1620                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1621                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1622                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1623                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1624                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[1];
1625                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[2];
1626                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1627                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1628                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1629              } // end of face 0              } // end of face 0
1630              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1631  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1632                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1633                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1634                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1635                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1636                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1637                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1638                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1639                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1640                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1641                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1642                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1643                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1644                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / m_dx[0];
1645                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1646                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1647                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1648                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
1649                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1650              } // end of face 1              } // end of face 1
1651              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1652  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1653                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1654                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1655                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1656                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1657                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1658                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1659                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1660                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1661                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1662                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1663                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1664                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1665                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / m_dx[0];
1666                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1667                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[2];
1668                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1669                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1670                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1671              } // end of face 2              } // end of face 2
1672              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1673  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1674                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1675                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1676                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1677                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1678                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1679                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1680                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1681                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1682                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1683                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1684                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1685                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1686                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1687                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / m_dx[1];
1688                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1689                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1690                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1691                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
1692              } // end of face 3              } // end of face 3
1693              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1694  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1695                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1696                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1697                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1698                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1699                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1700                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1701                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1702                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1703                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1704                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1705                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1706                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1707                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / m_dx[0];
1708                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / m_dx[1];
1709                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C4 / m_dx[2];
1710                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1711                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1712                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
1713              } // end of face 4              } // end of face 4
1714              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1715  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1716                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1717                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1718                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1719                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1720                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1721                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1722                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1723                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1724                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1725                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1726                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1727                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1728                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / m_dx[0];
1729                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / m_dx[1];
1730                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / h2;                              o[INDEX3(i,2,0,numComp,3)] = (f_001[i]+f_011[i]+f_101[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_010[i]-f_100[i]-f_110[i])*C3 / m_dx[2];
1731                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
1732                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
1733                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 1537  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1737  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1737  }  }
1738    
1739  //protected  //protected
1740  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1741  {  {
1742      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1743      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1744      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1745      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
     const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);  
     const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);  
     const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);  
1746      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1747      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1748          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2]/8.;
1749  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1750          {          {
1751              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1752  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1753              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1754                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1755                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1756                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1757                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1758                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1759                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1578  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1775  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1775          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1776    
1777      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedElements || (fs==Elements && !arg.actsExpanded())) {
1778          const double w_0 = h0*h1*h2;          const double w_0 = m_dx[0]*m_dx[1]*m_dx[2];
1779  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1780          {          {
1781              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1782  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1783              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1784                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1785                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1786                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1787                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1788                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1789                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1600  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1797  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1797          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1798    
1799      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {      } else if (fs == FaceElements && arg.actsExpanded()) {
1800          const double w_0 = h1*h2/4.;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2]/4.;
1801          const double w_1 = h0*h2/4.;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2]/4.;
1802          const double w_2 = h0*h1/4.;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1]/4.;
1803  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1804          {          {
1805              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1806              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1807  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1808                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1809                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1810                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1811                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1812                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1813                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1624  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1821  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1821    
1822              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1823  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1824                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1825                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1826                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1827                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1828                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1829                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1640  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1837  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1837    
1838              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1839  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1840                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1841                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1842                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1843                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1844                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1845                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1656  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1853  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1853    
1854              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1855  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1856                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1857                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1858                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1859                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1860                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1861                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1672  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1869  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1869    
1870              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1871  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1872                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1873                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1874                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1875                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1876                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1877                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1688  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1885  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1885    
1886              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1887  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1888                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1889                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1890                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1891                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1892                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1893                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1708  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1905  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1905          } // end of parallel section          } // end of parallel section
1906    
1907      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {      } else if (fs==ReducedFaceElements || (fs==FaceElements && !arg.actsExpanded())) {
1908          const double w_0 = h1*h2;          const double w_0 = m_dx[1]*m_dx[2];
1909          const double w_1 = h0*h2;          const double w_1 = m_dx[0]*m_dx[2];
1910          const double w_2 = h0*h1;          const double w_2 = m_dx[0]*m_dx[1];
1911  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1912          {          {
1913              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1914              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1915  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1916                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1917                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1918                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1919                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1920                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1921                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1728  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1925  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1925    
1926              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1927  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1928                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1929                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1930                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1931                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1932                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1933                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1740  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1937  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1937    
1938              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1939  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1940                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1941                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1942                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1943                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1944                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1945                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1752  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1949  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1949    
1950              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1951  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1952                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1953                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1954                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1955                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1956                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1957                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1764  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1961  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1961    
1962              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1963  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1964                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1965                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1966                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1967                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1968                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1969                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1776  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1973  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1973    
1974              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1975  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1976                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1977                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1978                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1979                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1980                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1981                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1796  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1993  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1993  //protected  //protected
1994  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1995  {  {
1996      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1997      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1998      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1999      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
2000      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
2001      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1828  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV Line 2025  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexV
2025  }  }
2026    
2027  //protected  //protected
2028  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
2029  {  {
2030      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2031      out.requireWrite();      out.requireWrite();
2032    
2033      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2034      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2035      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2036      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2037      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2038      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2039  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
2040      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2041          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2042              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2043                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2044                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
2045                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
2046              }              }
# Line 1852  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 2049  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
2049  }  }
2050    
2051  //protected  //protected
2052  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::dofToNodes(escript::Data& out, const escript::Data& in) const
2053  {  {
2054      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2055      Paso_Coupler* coupler = Paso_Coupler_alloc(m_connector, numComp);      paso::Coupler_ptr coupler(new paso::Coupler(m_connector, numComp));
2056      in.requireWrite();      // expand data object if necessary to be able to grab the whole data
2057      Paso_Coupler_startCollect(coupler, in.getSampleDataRW(0));      const_cast<escript::Data*>(&in)->expand();
2058        coupler->startCollect(in.getSampleDataRO(0));
2059    
2060      const dim_t numDOF = getNumDOF();      const dim_t numDOF = getNumDOF();
2061      out.requireWrite();      out.requireWrite();
2062      const double* buffer = Paso_Coupler_finishCollect(coupler);      const double* buffer = coupler->finishCollect();
2063    
2064  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
2065      for (index_t i=0; i<getNumNodes(); i++) {      for (index_t i=0; i<getNumNodes(); i++) {
# Line 1870  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 2068  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
2068                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);                  : &buffer[(m_dofMap[i]-numDOF)*numComp]);
2069          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));          copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(i));
2070      }      }
     Paso_Coupler_free(coupler);  
2071  }  }
2072    
2073  //private  //private
2074  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
2075  {  {
2076      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
2077      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
2078        // left-right, bottom-top, front-back).
2079        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
2080        // helps when writing out data rank after rank.
2081    
2082      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
2083      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1891  void Brick::populateSampleIds() Line 2091  void Brick::populateSampleIds()
2091      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
2092      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
2093      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
2094    
2095        // populate face element counts
2096        //left
2097        if (m_offset[0]==0)
2098            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
2099        else
2100            m_faceCount[0]=0;
2101        //right
2102        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
2103            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
2104        else
2105            m_faceCount[1]=0;
2106        //bottom
2107        if (m_offset[1]==0)
2108            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
2109        else
2110            m_faceCount[2]=0;
2111        //top
2112        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
2113            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
2114        else
2115            m_faceCount[3]=0;
2116        //front
2117        if (m_offset[2]==0)
2118            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
2119        else
2120            m_faceCount[4]=0;
2121        //back
2122        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
2123            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
2124        else
2125            m_faceCount[5]=0;
2126    
2127      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
2128    
2129        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2130        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2131        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2132        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2133        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2134        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2135    
2136        // the following is a compromise between efficiency and code length to
2137        // set the node id's according to the order mentioned above.
2138        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
2139        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
2140        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
2141        // the 6 faces are set but only if required...
2142    
2143    #define globalNodeId(x,y,z) \
2144        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
2145        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
2146        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
2147    
2148  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2149      {      {
2150            // set edge id's
2151            // edges in x-direction, including corners
2152    #pragma omp for nowait
2153            for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
2154                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
2155                m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
2156                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
2157                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
2158            }
2159            // edges in y-direction, without corners
2160    #pragma omp for nowait
2161            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
2162                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
2163                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
2164                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
2165                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
2166            }
2167            // edges in z-direction, without corners
2168    #pragma omp for
2169            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
2170                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
2171                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
2172                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
2173                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
2174            }
2175            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
2176            // below
2177    
2178            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
2179  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2180          // nodes          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2181          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2182              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2183                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {                      const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2184                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =                      const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2185                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)                      m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
2186                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)                          = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
                         +m_offset0+i0;  
2187                  }                  }
2188              }              }
2189          }          }
2190    
2191          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2192            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2193  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2194          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2195              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2196                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2197                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2198                        m_nodeId[nodeIdx]
2199                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2200                    }
2201                }
2202            }
2203            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2204    #pragma omp for nowait
2205                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2206                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2207                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2208                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2209                        m_nodeId[nodeIdx]
2210                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2211                    }
2212                }
2213            }
2214            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2215    #pragma omp for nowait
2216                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2217                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2218                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2219                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2220                        m_nodeId[nodeIdx]
2221                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2222                    }
2223                }
2224            }
2225            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2226    #pragma omp for nowait
2227                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2228                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2229                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2230                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2231                        m_nodeId[nodeIdx]
2232                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2233                    }
2234                }
2235            }
2236            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2237    #pragma omp for nowait
2238                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2239                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2240                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2241                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2242                        m_nodeId[nodeIdx]
2243                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2244                    }
2245                }
2246            }
2247            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2248    #pragma omp for nowait
2249                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2250                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2251                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2252                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2253                        m_nodeId[nodeIdx]
2254                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2255                    }
2256                }
2257            }
2258    
2259          // elements          // populate element id's
2260  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2261          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2262              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2263                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2264                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2265                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2266                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2267                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2268                  }                  }
2269              }              }
2270          }          }
# Line 1932  void Brick::populateSampleIds() Line 2275  void Brick::populateSampleIds()
2275              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2276      } // end parallel section      } // end parallel section
2277    
2278    #undef globalNodeId
2279    
2280      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2281      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2282    
# Line 1939  void Brick::populateSampleIds() Line 2284  void Brick::populateSampleIds()
2284      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2285    
2286      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2287      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2288      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2289      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2290      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2291      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2292      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2293          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2294              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2295              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2296              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2297          }          }
2298      }      }
2299      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 1964  void Brick::populateSampleIds() Line 2308  void Brick::populateSampleIds()
2308  //private  //private
2309  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2310  {  {
2311      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2312      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2313      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2314      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2315      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2316      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2317    
2318      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2319      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 1978  void Brick::createPattern() Line 2322  void Brick::createPattern()
2322      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2323          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2324              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2325                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2326              }              }
2327          }          }
2328      }      }
# Line 1991  void Brick::createPattern() Line 2335  void Brick::createPattern()
2335      RankVector neighbour;      RankVector neighbour;
2336      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2337      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2338      int numShared=0;      int numShared=0, expectedShared=0;;
2339      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2340      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2341      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2342      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2343          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2344              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 2005  void Brick::createPattern() Line 2349  void Brick::createPattern()
2349                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2350                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2351                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2352                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (!(nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2])) {
2353                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      continue;
2354                    }
2355                    if (i0==0 && i1==0)
2356                        expectedShared += nDOF0*nDOF1;
2357                    else if (i0==0 && i2==0)
2358                        expectedShared += nDOF0*nDOF2;
2359                    else if (i1==0 && i2==0)
2360                        expectedShared += nDOF1*nDOF2;
2361                    else if (i0==0)
2362                        expectedShared += nDOF0;
2363                    else if (i1==0)
2364                        expectedShared += nDOF1;
2365                    else if (i2==0)
2366                        expectedShared += nDOF2;
2367                    else
2368                        expectedShared++;
2369                }
2370            }
2371        }
2372        
2373        vector<IndexVector> rowIndices(expectedShared);
2374        
2375        for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2376            for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2377                for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
2378                    // skip this rank
2379                    if (i0==0 && i1==0 && i2==0)
2380                        continue;
2381                    // location of neighbour rank
2382                    const int nx=x+i0;
2383                    const int ny=y+i1;
2384                    const int nz=z+i2;
2385                    if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2386                        neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2387                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2388                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2389                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2390                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2391                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2392                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2393                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2394                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2395                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2396                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2397                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2398                                  if (j>0) {                                  if (j>0) {
2399                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2400                                          colIndices[firstDOF+j-1-nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1-nDOF0, numShared);
2401                                      colIndices[firstDOF+j-1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1, numShared);
2402                                      if (i<nDOF1-1)                                      if (i<nDOF1-1)
2403                                          colIndices[firstDOF+j-1+nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1+nDOF0, numShared);
2404                                  }                                  }
2405                                  if (i>0)                                  if (i>0)
2406                                      colIndices[firstDOF+j-nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-nDOF0, numShared);
2407                                  colIndices[firstDOF+j].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j, numShared);
2408                                  if (i<nDOF1-1)                                  if (i<nDOF1-1)
2409                                      colIndices[firstDOF+j+nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+nDOF0, numShared);
2410                                  if (j<nDOF0-1) {                                  if (j<nDOF0-1) {
2411                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2412                                          colIndices[firstDOF+j+1-nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1-nDOF0, numShared);
2413                                      colIndices[firstDOF+j+1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1, numShared);
2414                                      if (i<nDOF1-1)                                      if (i<nDOF1-1)
2415                                          colIndices[firstDOF+j+1+nDOF0].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1+nDOF0, numShared);
2416                                  }                                  }
2417                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;
2418                              }                              }
# Line 2047  void Brick::createPattern() Line 2424  void Brick::createPattern()
2424                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2425                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2426                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2427                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2428                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2429                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2430                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2431                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2432                                  if (j>0) {                                  if (j>0) {
2433                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2434                                          colIndices[firstDOF+j-1-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1-nDOF0*nDOF1, numShared);
2435                                      colIndices[firstDOF+j-1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1, numShared);
2436                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2437                                          colIndices[firstDOF+j-1+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-1+nDOF0*nDOF1, numShared);
2438                                  }                                  }
2439                                  if (i>0)                                  if (i>0)
2440                                      colIndices[firstDOF+j-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j-nDOF0*nDOF1, numShared);
2441                                  colIndices[firstDOF+j].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j, numShared);
2442                                  if (i<nDOF2-1)                                  if (i<nDOF2-1)
2443                                      colIndices[firstDOF+j+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+nDOF0*nDOF1, numShared);
2444                                  if (j<nDOF0-1) {                                  if (j<nDOF0-1) {
2445                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2446                                          colIndices[firstDOF+j+1-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1-nDOF0*nDOF1, numShared);
2447                                      colIndices[firstDOF+j+1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1, numShared);
2448                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2449                                          colIndices[firstDOF+j+1+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j+1+nDOF0*nDOF1, numShared);
2450                                  }                                  }
2451                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j]=numDOF+numShared;
2452                              }                              }
# Line 2081  void Brick::createPattern() Line 2458  void Brick::createPattern()
2458                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2459                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2460                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2461                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2462                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2463                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2464                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2465                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2466                                  if (j>0) {                                  if (j>0) {
2467                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2468                                          colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j-1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1, numShared);
2469                                      colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j-1)*nDOF0, numShared);
2470                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2471                                          colIndices[firstDOF+(j-1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j-1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1, numShared);
2472                                  }                                  }
2473                                  if (i>0)                                  if (i>0)
2474                                      colIndices[firstDOF+j*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j*nDOF0-nDOF0*nDOF1, numShared);
2475                                  colIndices[firstDOF+j*nDOF0].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j*nDOF0, numShared);
2476                                  if (i<nDOF2-1)                                  if (i<nDOF2-1)
2477                                      colIndices[firstDOF+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1, numShared);
2478                                  if (j<nDOF1-1) {                                  if (j<nDOF1-1) {
2479                                      if (i>0)                                      if (i>0)
2480                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j+1)*nDOF0-nDOF0*nDOF1, numShared);
2481                                      colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                      doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j+1)*nDOF0, numShared);
2482                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2483                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1, numShared);
2484                                  }                                  }
2485                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2486                              }                              }
2487                          }                          }
2488                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 2113  void Brick::createPattern() Line 2490  void Brick::createPattern()
2490                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2491                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2492                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2493                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2494                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2495                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2496                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2497                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2498                              if (i>0)                              if (i>0)
2499                                  colIndices[firstDOF+i-1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i-1, numShared);
2500                              colIndices[firstDOF+i].push_back(numShared);                              doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i, numShared);
2501                              if (i<nDOF0-1)                              if (i<nDOF0-1)
2502                                  colIndices[firstDOF+i+1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i+1, numShared);
2503                              m_dofMap[firstNode+i]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i]=numDOF+numShared;
2504                          }                          }
2505                      } else if (i1==0) {                      } else if (i1==0) {
# Line 2130  void Brick::createPattern() Line 2507  void Brick::createPattern()
2507                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2508                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2509                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2510                          const int firstNode=bottom*m_N0                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2511                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2512                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2513                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2514                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2515                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2516                              if (i>0)                              if (i>0)
2517                                  colIndices[firstDOF+(i-1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i-1)*nDOF0, numShared);
2518                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i*nDOF0, numShared);
2519                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2520                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i+1)*nDOF0, numShared);
2521                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2522                          }                          }
2523                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2524                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2525                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2526                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2527                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2528                          const int firstNode=front*m_N0*m_N1                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2529                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2530                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2531                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2532                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2533                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2534                              if (i>0)                              if (i>0)
2535                                  colIndices[firstDOF+(i-1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i-1)*nDOF0*nDOF1, numShared);
2536                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+i*nDOF0*nDOF1, numShared);
2537                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2538                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  doublyLink(colIndices, rowIndices, firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1, numShared);
2539                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2540                          }                          }
2541                      } else {                      } else {
2542                          // sharing a node                          // sharing a node
2543                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2544                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2545                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2546                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2547                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2548                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2549                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2550                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2551                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
2552                          colIndices[dof].push_back(numShared);                          doublyLink(colIndices, rowIndices, dof, numShared);
2553                          m_dofMap[node]=numDOF+numShared;                          m_dofMap[node]=numDOF+numShared;
2554                          ++numShared;                          ++numShared;
2555                      }                      }
# Line 2181  void Brick::createPattern() Line 2558  void Brick::createPattern()
2558          }          }
2559      }      }
2560    
2561    #pragma omp parallel for
2562        for (int i = 0; i < numShared; i++) {
2563            std::sort(rowIndices[i].begin(), rowIndices[i].end());
2564        }
2565    
2566      // create connector      // create connector
2567      Paso_SharedComponents *snd_shcomp = Paso_SharedComponents_alloc(      paso::SharedComponents_ptr snd_shcomp(new paso::SharedComponents(
2568              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &sendShared[0],              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &sendShared[0],
2569              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo);              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo));
2570      Paso_SharedComponents *rcv_shcomp = Paso_SharedComponents_alloc(      paso::SharedComponents_ptr rcv_shcomp(new paso::SharedComponents(
2571              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &recvShared[0],              numDOF, neighbour.size(), &neighbour[0], &recvShared[0],
2572              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo);              &offsetInShared[0], 1, 0, m_mpiInfo));
2573      m_connector = Paso_Connector_alloc(snd_shcomp, rcv_shcomp);      m_connector.reset(new paso::Connector(snd_shcomp, rcv_shcomp));
     Paso_SharedComponents_free(snd_shcomp);  
     Paso_SharedComponents_free(rcv_shcomp);  
2574    
2575      // create main and couple blocks      // create main and couple blocks
2576      Paso_Pattern *mainPattern = createMainPattern();      paso::Pattern_ptr mainPattern = createMainPattern();
2577      Paso_Pattern *colPattern, *rowPattern;      paso::Pattern_ptr colPattern, rowPattern;
2578      createCouplePatterns(colIndices, numShared, &colPattern, &rowPattern);      createCouplePatterns(colIndices, rowIndices, numShared, colPattern, rowPattern);
2579    
2580      // allocate paso distribution      // allocate paso distribution
2581      Paso_Distribution* distribution = Paso_Distribution_alloc(m_mpiInfo,      paso::Distribution_ptr distribution(new paso::Distribution(m_mpiInfo,
2582              const_cast<index_t*>(&m_nodeDistribution[0]), 1, 0);              const_cast<index_t*>(&m_nodeDistribution[0]), 1, 0));
2583    
2584      // finally create the system matrix      // finally create the system matrix
2585      m_pattern = Paso_SystemMatrixPattern_alloc(MATRIX_FORMAT_DEFAULT,      m_pattern.reset(new paso::SystemMatrixPattern(MATRIX_FORMAT_DEFAULT,
2586              distribution, distribution, mainPattern, colPattern, rowPattern,              distribution, distribution, mainPattern, colPattern, rowPattern,
2587              m_connector, m_connector);              m_connector, m_connector));
   
     Paso_Distribution_free(distribution);  
2588    
2589      // useful debug output      // useful debug output
2590      /*      /*
# Line 2265  void Brick::createPattern() Line 2643  void Brick::createPattern()
2643          cout << "index[" << i << "]=" << rowPattern->index[i] << endl;          cout << "index[" << i << "]=" << rowPattern->index[i] << endl;
2644      }      }
2645      */      */
   
     Paso_Pattern_free(mainPattern);  
     Paso_Pattern_free(colPattern);  
     Paso_Pattern_free(rowPattern);  
2646  }  }
2647    
2648  //private  //private
2649  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_SystemMatrix* S, escript::Data& F,  void Brick::addToMatrixAndRHS(paso::SystemMatrix_ptr S, escript::Data& F,
2650           const vector<double>& EM_S, const vector<double>& EM_F, bool addS,           const vector<double>& EM_S, const vector<double>& EM_F, bool addS,
2651           bool addF, index_t firstNode, dim_t nEq, dim_t nComp) const           bool addF, index_t firstNode, dim_t nEq, dim_t nComp) const
2652  {  {
2653      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2654      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2655      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2656      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2657      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2658      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2659      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2660      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2661      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2662      if (addF) {      if (addF) {
2663          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2664          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 2301  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2675  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2675  }  }
2676    
2677  //protected  //protected
2678  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnElements(escript::Data& out,
2679                                           const escript::Data& in,
2680                                         bool reduced) const                                         bool reduced) const
2681  {  {
2682      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2683      if (reduced) {      if (reduced) {
2684          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .125;  
2685  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2686          {          {
2687              vector<double> f_000(numComp);              vector<double> f_000(numComp);
# Line 2319  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2693  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2693              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2694              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2695  #pragma omp for  #pragma omp for
2696              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2697                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2698                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2699                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2700                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2701                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2702                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2703                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2704                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2705                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2706                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2707                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2708                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2709                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/8;
2710                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2711                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2712                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2355  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2729  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2729              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2730              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2731  #pragma omp for  #pragma omp for
2732              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2733                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2734                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2735                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2736                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2737                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2738                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2739                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2740                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2741                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2742                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2743                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2744                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2745                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2746                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2385  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2759  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2759  }  }
2760    
2761  //protected  //protected
2762  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, escript::Data& in,  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escript::Data& out, const escript::Data& in,
2763                                      bool reduced) const                                      bool reduced) const
2764  {  {
2765      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
2766      if (reduced) {      if (reduced) {
2767          out.requireWrite();          out.requireWrite();
         const double c0 = .25;  
2768  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
2769          {          {
2770              vector<double> f_000(numComp);              vector<double> f_000(numComp);
# Line 2404  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2777  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2777              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2778              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2779  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2780                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2781                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2782                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2783                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2784                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2785                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2786                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2787                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2788                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i])/4;
2789                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2790                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2791                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2792              } // end of face 0              } // end of face 0
2793              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2794  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2795                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2796                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2797                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2798                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2799                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2800                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2801                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2802                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2803                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2804                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2805                      } // end of k1 loop                      } // end of k1 loop
2806                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2807              } // end of face 1              } // end of face 1
2808              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2809  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2810                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2811                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2812                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2813                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2814                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2815                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2816                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2817                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2818                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i])/4;
2819                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2820                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2821                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2822              } // end of face 2              } // end of face 2
2823              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2824  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2825                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2826                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2827                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2828                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2829                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2830                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2831                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2832                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2833                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i])/4;
2834                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2835                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2836                  } // end of k2 loop                  } // end of k2 loop
2837              } // end of face 3              } // end of face 3
2838              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2839  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2840                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2841                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2842                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2843                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2844                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2845                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2846                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2847                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2848                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i])/4;
2849                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2850                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2851                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
2852              } // end of face 4              } // end of face 4
2853              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2854  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2855                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2856                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2857                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2858                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2859                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2860                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2861                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2862                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2863                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = (f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i])/4;
2864                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
2865                      } // end of k0 loop                      } // end of k0 loop
2866                  } // end of k1 loop                  } // end of k1 loop
# Line 2510  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2883  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2883              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2884              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2885  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2886                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2887                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2888                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2889                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2890                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2891                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2892                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2893                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2894                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2895                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2528  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2901  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2901              } // end of face 0              } // end of face 0
2902              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2903  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2904                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2905                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2906                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2907                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2908                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2909                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2910                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2911                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2912                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2913                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2546  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2919  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2919              } // end of face 1              } // end of face 1
2920              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2921  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2922                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2923                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2924                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2925                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2926                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2927                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2928                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2929                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2930                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2931                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2564  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2937  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2937              } // end of face 2              } // end of face 2
2938              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2939  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2940                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2941                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2942                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2943                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2944                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2945                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2946                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2947                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2948                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2949                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2582  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2955  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2955              } // end of face 3              } // end of face 3
2956              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2957  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2958                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2959                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2960                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2961                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2962                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2963                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2964                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2965                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2966                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2967                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2600  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2973  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2973              } // end of face 4              } // end of face 4
2974              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2975  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2976                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2977                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2978                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2979                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2980                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2981                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2982                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2983                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2984                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2985                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2620  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2993  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2993      }      }
2994  }  }
2995    
2996  //protected  namespace
 void Brick::assemblePDESingle(Paso_SystemMatrix* mat, escript::Data& rhs,  
         const escript::Data& A, const escript::Data& B,  
         const escript::Data& C, const escript::Data& D,  
         const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const  
2997  {  {
2998      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      // Calculates a gaussian blur convolution matrix for 3D
2999      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      // See wiki article on the subject
3000      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      double* get3DGauss(unsigned radius, double sigma)
     const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;  
     const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;  
     const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;  
     const double w3 = 0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;  
     const double w4 = -0.00024929433932114870101*h0;  
     const double w5 = 0.0009303791403858427308*h1;  
     const double w6 = 0.0009303791403858427308*h0;  
     const double w7 = -0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;  
     const double w8 = 0.0034722222222222222222*h2;  
     const double w9 = -0.0009303791403858427308*h1;  
     const double w10 = 0.012958509748503046158*h0*h2/h1;  
     const double w11 = -0.0034722222222222222222*h0;  
     const double w12 = 0.0034722222222222222222*h1;  
     const double w13 = 0.012958509748503046158*h0;  
     const double w14 = -0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;  
     const double w15 = 0.012958509748503046158*h1*h2/h0;  
     const double w16 = -0.0034722222222222222222*h1;  
     const double w17 = -0.0009303791403858427308*h0;  
     const double w18 = 0.012958509748503046158*h1;  
     const double w19 = 0.0034722222222222222222*h0;  
     const double w20 = 0.012958509748503046158*h2;  
     const double w21 = -0.012958509748503046158*h1;  
     const double w22 = -0.012958509748503046158*h0;  
     const double w23 = 0.04836181677178996241*h1;  
     const double w24 = 0.04836181677178996241*h0;  
     const double w25 = -0.04836181677178996241*h0*h1/h2;  
     const double w26 = 0.00024929433932114870101*h1;  
     const double w27 = 0.00024929433932114870101*h0;  
     const double w28 = -0.04836181677178996241*h1;  
     const double w29 = -0.04836181677178996241*h0;  
     const double w30 = -0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;  
     const double w31 = -0.0009303791403858427308*h2;  
     const double w32 = -0.0009303791403858427308*h0*h2/h1;  
     const double w33 = 0.0034722222222222222222*h0*h1/h2;  
     const double w34 = -0.0034722222222222222222*h2;  
     const double w35 = -0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w36 = -0.012958509748503046158*h1*h2/h0;  
     const double w37 = -0.012958509748503046158*h2;  
     const double w38 = -0.012958509748503046158*h0*h2/h1;  
     const double w39 = -0.04836181677178996241*h2;  
     const double w40 = -0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w41 = 0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w42 = 0.04836181677178996241*h2;  
     const double w43 = -0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w44 = 0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w45 = -0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w46 = 0.00024929433932114870101*h2;  
     const double w47 = -0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w48 = -0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w49 = -0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w50 = 0.0034722222222222222222*h0*h2/h1;  
     const double w51 = -0.0009303791403858427308*h0*h1/h2;  
     const double w52 = -0.012958509748503046158*h0*h1/h2;  
     const double w53 = 0.0034722222222222222222*h1*h2/h0;  
     const double w54 = 0.00024929433932114870101*h0*h1/h2;  
     const double w55 = 0.04836181677178996241*h0*h2/h1;  
     const double w56 = 0.04836181677178996241*h1*h2/h0;  
     const double w57 = 0.04836181677178996241*h0*h1/h2;  
     const double w58 = 0.00024929433932114870101*h1*h2/h0;  
     const double w59 = 0.00024929433932114870101*h0*h2/h1;  
     const double w60 = 0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w61 = 0.041666666666666666667*h2;  
     const double w62 = -0.083333333333333333333*h1;  
     const double w63 = 0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w64 = -0.083333333333333333333*h0;  
     const double w65 = 0.083333333333333333333*h1;  
     const double w66 = 0.083333333333333333333*h0;  
     const double w67 = -0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w68 = -0.055555555555555555556*h1*h2/h0;  
     const double w69 = -0.083333333333333333333*h2;  
     const double w70 = -0.041666666666666666667*h1;  
     const double w71 = -0.055555555555555555556*h0*h2/h1;  
     const double w72 = -0.041666666666666666667*h0;  
     const double w73 = 0.041666666666666666667*h1;  
     const double w74 = 0.041666666666666666667*h0;  
     const double w75 = 0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w76 = 0.083333333333333333333*h2;  
     const double w77 = -0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w78 = 0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w79 = -0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w80 = -0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w81 = -0.041666666666666666667*h2;  
     const double w82 = -0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w83 = -0.027777777777777777778*h0*h1/h2;  
     const double w84 = 0.027777777777777777778*h0*h2/h1;  
     const double w85 = -0.055555555555555555556*h0*h1/h2;  
     const double w86 = 0.11111111111111111111*h1*h2/h0;  
     const double w87 = 0.11111111111111111111*h0*h2/h1;  
     const double w88 = 0.11111111111111111111*h0*h1/h2;  
     const double w89 = 0.027777777777777777778*h1*h2/h0;  
     const double w90 = 0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w91 = 0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w92 = 0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w93 = 0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w94 = 0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w95 = 0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w96 = 0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w97 = 0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w98 = 0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w99 = 0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w100 = 0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w101 = 0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w102 = 0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w103 = 0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w104 = -0.0001966122466178319053*h1*h2;  
     const double w105 = -0.0001966122466178319053*h0*h2;  
     const double w106 = -0.0007337668937680108255*h1*h2;  
     const double w107 = -0.0007337668937680108255*h0*h2;  
     const double w108 = -0.0027384553284542113967*h1*h2;  
     const double w109 = -0.0027384553284542113967*h0*h2;  
     const double w110 = -0.010220054420048834761*h1*h2;  
     const double w111 = -0.010220054420048834761*h0*h2;  
     const double w112 = -0.0007337668937680108255*h0*h1;  
     const double w113 = -0.010220054420048834761*h0*h1;  
     const double w114 = -0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w115 = -0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w116 = -0.0001966122466178319053*h0*h1;  
     const double w117 = -0.0027384553284542113967*h0*h1;  
     const double w118 = 0.000052682092703316795705*h0*h2;  
     const double w119 = 0.038141762351741127649*h0*h2;  
     const double w120 = 0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w121 = 0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w122 = -0.000052682092703316795705*h0*h1;  
     const double w123 = -0.038141762351741127649*h0*h1;  
     const double w124 = -0.000052682092703316795705*h1*h2;  
     const double w125 = -0.038141762351741127649*h1*h2;  
     const double w126 = 0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w127 = 0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w128 = 0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w129 = -0.027777777777777777778*h1*h2;  
     const double w130 = -0.027777777777777777778*h0*h2;  
     const double w131 = 0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w132 = -0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w133 = -0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w134 = 0.055555555555555555556*h0*h2;  
     const double w135 = 0.027777777777777777778*h0*h1;  
     const double w136 = -0.013888888888888888889*h0*h1;  
     const double w137 = 0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w138 = -0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w139 = -0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w140 = -0.055555555555555555556*h0*h1;  
     const double w141 = 0.013888888888888888889*h1*h2;  
     const double w142 = 0.013888888888888888889*h0*h2;  
     const double w143 = -0.055555555555555555556*h1*h2;  
     const double w144 = 0.000041549056553524783501*h0*h1*h2;  
     const double w145 = 0.0005787037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w146 = 0.0080603027952983270684*h0*h1*h2;  
     const double w147 = 0.0001550631900643071218*h0*h1*h2;  
     const double w148 = 0.002159751624750507693*h0*h1*h2;  
     const double w149 = 0.03008145955644280058*h0*h1*h2;  
     const double w150 = 0.000011133036149792012204*h0*h1*h2;  
     const double w151 = 0.018518518518518518519*h0*h1*h2;  
     const double w152 = 0.0092592592592592592592*h0*h1*h2;  
     const double w153 = 0.0046296296296296296296*h0*h1*h2;  
     const double w154 = 0.037037037037037037037*h0*h1*h2;  
     const double w155 = -0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w156 = -0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w157 = -0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w158 = -0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w159 = -0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w160 = -0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w161 = -0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w162 = -0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w163 = -0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w164 = 0.077751058491018276949*h1*h2;  
     const double w165 = 0.020833333333333333333*h1*h2;  
     const double w166 = 0.0055822748423150563848*h1*h2;  
     const double w167 = 0.077751058491018276949*h0*h2;  
     const double w168 = 0.020833333333333333333*h0*h2;  
     const double w169 = 0.0055822748423150563848*h0*h2;  
     const double w170 = 0.077751058491018276949*h0*h1;  
     const double w171 = 0.020833333333333333333*h0*h1;  
     const double w172 = 0.0055822748423150563848*h0*h1;  
     const double w173 = -0.25*h1*h2;  
     const double w174 = -0.25*h0*h2;  
     const double w175 = -0.25*h0*h1;  
     const double w176 = 0.25*h1*h2;  
     const double w177 = 0.25*h0*h2;  
     const double w178 = 0.25*h0*h1;  
     const double w179 = 0.061320326520293008568*h0*h1*h2;  
     const double w180 = 0.01643073197072526838*h0*h1*h2;  
     const double w181 = 0.004402601362608064953*h0*h1*h2;  
     const double w182 = 0.0011796734797069914318*h0*h1*h2;  
     const double w183 = 0.125*h0*h1*h2;  
   
     rhs.requireWrite();  
 #pragma omp parallel  
3001      {      {
3002          for (index_t