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trunk/finley/src/Assemble_PDE.c revision 616 by elspeth, Wed Mar 22 02:46:56 2006 UTC branches/domexper/dudley/src/Assemble_PDE.c revision 3090 by jfenwick, Wed Aug 11 00:51:28 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1  /*  
2   ************************************************************  /*******************************************************
3   *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  *
4   *                                                          *  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5   *              http://www.access.edu.au                    *  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *       Primary Business: Queensland, Australia            *  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  *
8   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  * Primary Business: Queensland, Australia
9   *                                                          *  * Licensed under the Open Software License version 3.0
10   ************************************************************  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11  */  *
12    *******************************************************/
13    
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
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40    
41  /**************************************************************/  /**************************************************************/
42    
 /*  Author: gross@access.edu.au */  
 /*  Version: $Id$ */  
   
 /**************************************************************/  
   
43  #include "Assemble.h"  #include "Assemble.h"
44  #include "Util.h"  #include "Util.h"
45    #include "esysUtils/blocktimer.h"
46  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
47  #include <omp.h>  #include <omp.h>
48  #endif  #endif
# Line 53  Line 50 
50    
51  /**************************************************************/  /**************************************************************/
52    
53  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements,Paso_SystemMatrix* S, escriptDataC* F,  void Dudley_Assemble_PDE(Dudley_NodeFile* nodes,Dudley_ElementFile* elements,Paso_SystemMatrix* S, escriptDataC* F,
54               escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y ) {               escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y ) {
55    
56      bool_t reducedIntegrationOrder=FALSE;
57    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
   double *EM_S=NULL,*EM_F=NULL,*V=NULL,*dVdv=NULL,*dSdV=NULL,*Vol=NULL,*dvdV=NULL;  
   double time0;  
   dim_t dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK],e,q;  
58    Assemble_Parameters p;    Assemble_Parameters p;
59    index_t *index_row=NULL,*index_col=NULL,color;    double time0;
60    Finley_resetError();    dim_t dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK];
61      type_t funcspace;
62      double blocktimer_start = blocktimer_time();
63    
64      Dudley_resetError();
65    
66      {
67    #ifdef Paso_MPI
68      int iam, numCPUs;
69      iam = elements->elementDistribution->MPIInfo->rank;
70      numCPUs = elements->elementDistribution->MPIInfo->size;
71    #endif
72      }
73    
74    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;
75    if (S==NULL && isEmpty(F)) return;    if (S==NULL && isEmpty(F)) return;
76    
77    /* set all parameters in p*/    if (isEmpty(F) && !isEmpty(X) && !isEmpty(F)) {
78    Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,S,F,&p);          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: right hand side coefficients are non-zero bat no right hand side vector given.");
79    if (! Finley_noError()) return;    }
80    
81    /*  this function assumes NS=NN */    if (S==NULL && !isEmpty(A) && !isEmpty(B) && !isEmpty(C) && !isEmpty(D)) {
82    if (p.NN!=p.NS) {          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: coefficients are non-zero but no matrix is given.");
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: for Finley_Assemble_PDE numNodes and numShapes have to be identical.");  
     return;  
   }  
   if (p.numDim!=p.numElementDim) {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Finley_Assemble_PDE accepts volume elements only.");  
     return;  
83    }    }
84    /*  get a functionspace */  
85    type_t funcspace=UNKNOWN;    /*  get the functionspace for this assemblage call */
86      funcspace=UNKNOWN;
87    updateFunctionSpaceType(funcspace,A);    updateFunctionSpaceType(funcspace,A);
88    updateFunctionSpaceType(funcspace,B);    updateFunctionSpaceType(funcspace,B);
89    updateFunctionSpaceType(funcspace,C);    updateFunctionSpaceType(funcspace,C);
# Line 91  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 93  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
93    if (funcspace==UNKNOWN) return; /* all  data are empty */    if (funcspace==UNKNOWN) return; /* all  data are empty */
94    
95    /* check if all function spaces are the same */    /* check if all function spaces are the same */
   
96    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,A) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,A) ) {
97          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient A");          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient A");
98    }    }
99    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,B) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,B) ) {
100          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient B");          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient B");
101    }    }
102    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,C) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,C) ) {
103          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient C");          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient C");
104    }    }
105    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,D) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,D) ) {
106          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient D");          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient D");
107    }    }
108    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,X) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,X) ) {
109          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient X");          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient X");
110    }    }
111    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,Y) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,Y) ) {
112          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient Y");          Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient Y");
113      }
114      if (! Dudley_noError()) return;
115    
116      /* check if all function spaces are the same */
117      if (funcspace==DUDLEY_ELEMENTS) {
118           reducedIntegrationOrder=FALSE;
119      } else if (funcspace==DUDLEY_FACE_ELEMENTS)  {
120           reducedIntegrationOrder=FALSE;
121      } else if (funcspace==DUDLEY_REDUCED_ELEMENTS) {
122           reducedIntegrationOrder=TRUE;
123      } else if (funcspace==DUDLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS)  {
124           reducedIntegrationOrder=TRUE;
125      } else {
126           Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: assemblage failed because of illegal function space.");
127    }    }
128      if (! Dudley_noError()) return;
129    
130      /* set all parameters in p*/
131      Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,S,F, reducedIntegrationOrder, &p);
132      if (! Dudley_noError()) return;
133    
134    /* check if all function spaces are the same */    /* check if all function spaces are the same */
135    
136    if (! numSamplesEqual(A,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(A,p.numQuadTotal,elements->numElements) ) {
137          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient A don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: sample points of coefficient A don't match (%d,%d)",p.numQuadTotal,elements->numElements);
138          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
139    }    }
140    
141    if (! numSamplesEqual(B,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(B,p.numQuadTotal,elements->numElements) ) {
142          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient B don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: sample points of coefficient B don't match (%d,%d)",p.numQuadTotal,elements->numElements);
143          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
144    }    }
145    
146    if (! numSamplesEqual(C,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(C,p.numQuadTotal,elements->numElements) ) {
147          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient C don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: sample points of coefficient C don't match (%d,%d)",p.numQuadTotal,elements->numElements);
148          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
149    }    }
150    
151    if (! numSamplesEqual(D,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(D,p.numQuadTotal,elements->numElements) ) {
152          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuadTotal,elements->numElements);
153          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
154    }    }
155    
156    if (! numSamplesEqual(X,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(X,p.numQuadTotal,elements->numElements) ) {
157          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient X don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: sample points of coefficient X don't match (%d,%d)",p.numQuadTotal,elements->numElements);
158          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
159    }    }
160    
161    if (! numSamplesEqual(Y,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(Y,p.numQuadTotal,elements->numElements) ) {
162          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient Y don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: sample points of coefficient Y don't match (%d,%d)",p.numQuadTotal,elements->numElements);
163          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
164    }    }
165    
166    /*  check the dimensions: */    /*  check the dimensions: */
167      
168    if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {    if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {
169      if (!isEmpty(A)) {      if (!isEmpty(A)) {
170        dimensions[0]=p.numDim;        dimensions[0]=p.numDim;
171        dimensions[1]=p.numDim;        dimensions[1]=p.numDim;
172        if (!isDataPointShapeEqual(A,2,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(A,2,dimensions)) {
173            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient A: illegal shape, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient A: illegal shape, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);
174            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
175        }        }
176      }      }
177      if (!isEmpty(B)) {      if (!isEmpty(B)) {
178         dimensions[0]=p.numDim;         dimensions[0]=p.numDim;
179         if (!isDataPointShapeEqual(B,1,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(B,1,dimensions)) {
180            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient B: illegal shape (%d,)",dimensions[0]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient B: illegal shape (%d,)",dimensions[0]);
181            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
182         }         }
183      }      }
184      if (!isEmpty(C)) {      if (!isEmpty(C)) {
185         dimensions[0]=p.numDim;         dimensions[0]=p.numDim;
186         if (!isDataPointShapeEqual(C,1,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(C,1,dimensions)) {
187            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,)",dimensions[0]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,)",dimensions[0]);
188            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
189         }         }
190      }      }
191      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
192         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {
193            Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficient D, rank 0 expected.");            Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient D, rank 0 expected.");
194         }         }
195      }      }
196      if (!isEmpty(X)) {      if (!isEmpty(X)) {
197         dimensions[0]=p.numDim;         dimensions[0]=p.numDim;
198         if (!isDataPointShapeEqual(X,1,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(X,1,dimensions)) {
199            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,",dimensions[0]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,",dimensions[0]);
200            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
201         }         }
202      }      }
203      if (!isEmpty(Y)) {      if (!isEmpty(Y)) {
204         if (!isDataPointShapeEqual(Y,0,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(Y,0,dimensions)) {
205            Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficient Y, rank 0 expected.");            Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient Y, rank 0 expected.");
206         }         }
207      }      }
208    } else {    } else {
209      if (!isEmpty(A)) {      if (!isEmpty(A)) {
210        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
# Line 192  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 212  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
212        dimensions[2]=p.numComp;        dimensions[2]=p.numComp;
213        dimensions[3]=p.numDim;        dimensions[3]=p.numDim;
214        if (!isDataPointShapeEqual(A,4,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(A,4,dimensions)) {
215            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient A, expected shape (%d,%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2],dimensions[3]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient A, expected shape (%d,%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2],dimensions[3]);
216            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
217        }        }
218      }      }
219      if (!isEmpty(B)) {      if (!isEmpty(B)) {
# Line 201  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 221  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
221        dimensions[1]=p.numDim;        dimensions[1]=p.numDim;
222        dimensions[2]=p.numComp;        dimensions[2]=p.numComp;
223        if (!isDataPointShapeEqual(B,3,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(B,3,dimensions)) {
224            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient B, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient B, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);
225            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
226        }        }
227      }      }
228      if (!isEmpty(C)) {      if (!isEmpty(C)) {
# Line 210  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 230  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
230        dimensions[1]=p.numComp;        dimensions[1]=p.numComp;
231        dimensions[2]=p.numDim;        dimensions[2]=p.numDim;
232        if (!isDataPointShapeEqual(C,3,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(C,3,dimensions)) {
233            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);
234            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
235        }        }
236      }      }
237      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
238        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
239        dimensions[1]=p.numComp;        dimensions[1]=p.numComp;
240        if (!isDataPointShapeEqual(D,2,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(D,2,dimensions)) {
241            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient D, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient D, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);
242            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
243        }        }
244      }      }
245      if (!isEmpty(X)) {      if (!isEmpty(X)) {
246        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
247        dimensions[1]=p.numDim;        dimensions[1]=p.numDim;
248        if (!isDataPointShapeEqual(X,2,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(X,2,dimensions)) {
249            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);
250            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
251        }        }
252      }      }
253      if (!isEmpty(Y)) {      if (!isEmpty(Y)) {
254        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
255        if (!isDataPointShapeEqual(Y,1,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(Y,1,dimensions)) {
256            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient Y, expected shape (%d,)",dimensions[0]);            sprintf(error_msg,"Dudley_Assemble_PDE: coefficient Y, expected shape (%d,)",dimensions[0]);
257            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Dudley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
258        }        }
259      }      }
260    }    }
261      if (Dudley_noError()) {
262    if (Finley_noError()) {       time0=Dudley_timer();
263       time0=Finley_timer();       if (p.numEqu == p. numComp) {
264       #pragma omp parallel private(index_col,index_row,EM_S,EM_F,V,dVdv,dSdV,Vol,dvdV,color,q) \          if (p.numEqu > 1) {
265              firstprivate(elements,nodes,S,F,A,B,C,D,X,Y)            /* system of PDESs */
266       {            if (p.numDim==3) {
267           EM_S=EM_F=V=dVdv=dSdV=Vol=dvdV=NULL;              if ( p.numSides == 1 ) {
268           index_row=index_col=NULL;                 Dudley_Assemble_PDE_System2_3D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
269                } else if ( p.numSides == 2 ) {
270           /* allocate work arrays: */                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
271                      Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
272           EM_S=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp,double);                 } else {
273           EM_F=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.numEqu,double);                    Dudley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);
274           V=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN*p.numDim,double);                 }
275           dVdv=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad,double);              } else {
276           dvdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad,double);                 Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
277           dSdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NS_row*p.numQuad*p.numDim,double);              }
278           Vol=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numQuad,double);            } else if (p.numDim==2) {
279           index_col=(index_t*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_col,index_t);              if ( p.numSides == 1 ) {
280           index_row=(index_t*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row,index_t);                 Dudley_Assemble_PDE_System2_2D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
281                } else if (  p.numSides == 2 ) {
282           if (! (Finley_checkPtr(EM_S) || Finley_checkPtr(EM_F) || Finley_checkPtr(V) || Finley_checkPtr(index_col) ||                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
283                  Finley_checkPtr(index_row) || Finley_checkPtr(dVdv) || Finley_checkPtr(dSdV) || Finley_checkPtr(Vol) ))  {                    Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
284                   } else {
285             /*  open loop over all colors: */                    Dudley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);
286             for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {                 }
287                /*  open loop over all elements: */              } else {
288                #pragma omp for private(e) schedule(static)                 Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
289                for(e=0;e<elements->numElements;e++){              }
290                  if (elements->Color[e]==color) {            } else if (p.numDim==1) {
291  //============================              if ( p.numSides == 1  ) {
292                    for (q=0;q<p.NN_row;q++) index_row[q]=p.label_row[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];                 Dudley_Assemble_PDE_System2_1D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
293                    /* gather V-coordinates of nodes into V: */              } else if ( p.numSides == 2 ) {
294            Finley_Util_Gather_double(p.NN,&(elements->Nodes[INDEX2(0,e,p.NN)]),p.numDim,nodes->Coordinates,V);                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
295                    /*  calculate dVdv(i,j,q)=V(i,k)*DSDv(k,j,q) */                    Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
296            Finley_Util_SmallMatMult(p.numDim,p.numDim*p.numQuad,dVdv,p.NS,V,p.referenceElement->dSdv);                 } else {
297                    /*  dvdV=invert(dVdv) inplace */                    Dudley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);
298            Finley_Util_InvertSmallMat(p.numQuad,p.numDim,dVdv,dvdV,Vol);                 }
299                    /*  calculate dSdV=DSDv*DvDV */              } else {
300            Finley_Util_SmallMatSetMult(p.numQuad,p.NS_row,p.numDim,dSdV,p.numDim,p.referenceElement_row->dSdv,dvdV);                 Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
301                    /*  scale volume: */              }
302            for (q=0;q<p.numQuad;q++) Vol[q]=ABS(Vol[q]*p.referenceElement->QuadWeights[q]);            } else {
303  //============================              Dudley_setError(VALUE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports spatial dimensions 1,2,3 only.");
304                  }
305                     /*   integration for the stiffness matrix: */          } else {
306                     /*   in order to optimze the number of operations the case of constants coefficience needs a bit more work */            /* single PDES */
307                     /*   to make use of some symmetry. */            if (p.numDim==3) {
308                if ( p.numSides == 1  ) {
309                       if (S!=NULL) {                 Dudley_Assemble_PDE_Single2_3D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
310                         for (q=0;q<p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp;q++) EM_S[q]=0;              } else if ( p.numSides == 2 ) {
311                         if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
312                         Finley_Assemble_PDEMatrix_Single2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,                    Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
313                                                                       p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,                 } else {
314                                                                       getSampleData(A,e),isExpanded(A),                    Dudley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);
315                                                                       getSampleData(B,e),isExpanded(B),                 }
316                                                                       getSampleData(C,e),isExpanded(C),              } else {
317                                                                       getSampleData(D,e),isExpanded(D));                 Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
318                         } else {              }
319                         Finley_Assemble_PDEMatrix_System2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,p.numEqu,p.numComp,            } else if (p.numDim==2) {
320                                                                       p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,              if ( p.numSides == 1 ) {
321                                                                       getSampleData(A,e),isExpanded(A),                 Dudley_Assemble_PDE_Single2_2D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
322                                                                       getSampleData(B,e),isExpanded(B),              } else if ( p.numSides == 2 ) {
323                                                                       getSampleData(C,e),isExpanded(C),                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
324                                                                       getSampleData(D,e),isExpanded(D));                    Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
325                         }                 } else {
326                         for (q=0;q<p.NN_col;q++) index_col[q]=p.label_col[elements->Nodes[INDEX2(p.col_node[q],e,p.NN)]];                    Dudley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);
327                         Finley_Assemble_addToSystemMatrix(S,p.NN_row,index_row,p.numEqu,p.NN_col,index_col,p.numComp,EM_S);                 }
328                       }              } else {
329                       if (!isEmpty(F)) {                 Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
330                         for (q=0;q<p.NN_row*p.numEqu;q++) EM_F[q]=0;              }
331                         if (p.numEqu==1) {            } else if (p.numDim==1) {
332                         Finley_Assemble_RHSMatrix_Single(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,              if ( p.numSides == 1 ) {
333                                                                   p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,                 Dudley_Assemble_PDE_Single2_1D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
334                                                                   getSampleData(X,e),isExpanded(X),              } else if ( p.numSides == 2  ) {
335                                                                   getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
336                         } else {                    Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
337                         Finley_Assemble_RHSMatrix_System(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,                 } else {
338                                                                   p.numEqu,p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,                    Dudley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);
339                                                                   getSampleData(X,e),isExpanded(X),                 }
340                                                                   getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));              } else {
341                         }                 Dudley_setError(TYPE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
                        /* add  */  
                        Finley_Util_AddScatter(p.NN_row,index_row,p.numEqu,EM_F,getSampleData(F,0));  
                     }  
                 }  
               }  
342              }              }
343           }            } else {
344           /* clean up */              Dudley_setError(VALUE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE supports spatial dimensions 1,2,3 only.");
345           THREAD_MEMFREE(EM_S);            }
346           THREAD_MEMFREE(EM_F);          }
347           THREAD_MEMFREE(V);       } else {
348           THREAD_MEMFREE(dVdv);            Dudley_setError(VALUE_ERROR,"Dudley_Assemble_PDE requires number of equations == number of solutions  .");
          THREAD_MEMFREE(dvdV);  
          THREAD_MEMFREE(dSdV);  
          THREAD_MEMFREE(Vol);  
          THREAD_MEMFREE(index_col);  
          THREAD_MEMFREE(index_row);  
349       }       }
      #ifdef Finley_TRACE  
      printf("timing: assemblage PDE: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);  
      #endif  
350    }    }
351      blocktimer_increment("Dudley_Assemble_PDE()", blocktimer_start);
352  }  }
 /*  
  * $Log$  
  * Revision 1.8  2005/09/15 03:44:21  jgs  
  * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-15  
  *  
  * Revision 1.7  2005/09/01 03:31:35  jgs  
  * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-01  
  *  
  * Revision 1.6  2005/08/12 01:45:42  jgs  
  * erge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-08-12  
  *  
  * Revision 1.5.2.3  2005/09/07 06:26:17  gross  
  * the solver from finley are put into the standalone package paso now  
  *  
  * Revision 1.5.2.2  2005/08/24 02:02:18  gross  
  * timing output switched off. solver output can be swiched through getSolution(verbose=True) now.  
  *  
  * Revision 1.5.2.1  2005/08/03 08:54:27  gross  
  * contact element assemblage was called with wrong element table pointer  
  *  
  * Revision 1.5  2005/07/08 04:07:46  jgs  
  * Merge of development branch back to main trunk on 2005-07-08  
  *  
  * Revision 1.4  2004/12/15 07:08:32  jgs  
  * *** empty log message ***  
  * Revision 1.1.1.1.2.2  2005/06/29 02:34:47  gross  
  * some changes towards 64 integers in finley  
  *  
  * Revision 1.1.1.1.2.1  2004/11/24 01:37:12  gross  
  * some changes dealing with the integer overflow in memory allocation. Finley solves 4M unknowns now  
  *  
  *  
  *  
  */  

Legend:
Removed from v.616  
changed lines
  Added in v.3090

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