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trunk/finley/src/Mesh_readGmsh.c revision 940 by gross, Mon Jan 29 00:09:08 2007 UTC branches/domexper/dudley/src/Mesh_readGmsh.c revision 3114 by jfenwick, Fri Aug 27 05:26:25 2010 UTC
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 /*  
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  *          Copyright 2006, 2007 by ACcESS MNRF             *  
  *                                                          *  
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  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
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 */  
1    
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
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5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
 /*   Finley: read mesh */  
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /*   Author: gross@access.edu.au */  /*   Dudley: read mesh */
 /*   Version: $Id: Mesh_read.c 730 2006-05-15 04:03:49Z bcumming $ */  
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
22  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
23    
24    #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Dudley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading dudley file"); return NULL;} }
25    
26  /**************************************************************/  /**************************************************************/
27    
28  /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */  /*  reads a mesh from a Dudley file of name fname */
29    
30  #define MAX_numNodes_gmsh 10  #define MAX_numNodes_gmsh 20
31    
32  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize_labeling) {  Dudley_Mesh* Dudley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize, bool_t useMacroElements) {
33    
34    double version = 1.0;    double version = 1.0;
35    int format = 0, size = sizeof(double);    int format = 0, size = sizeof(double), scan_ret;
36    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement, numNodesPerElement2, element_dim;    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement=0, numNodesPerElement2, element_dim=0;
37    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, final_element_type,  elementary_id;    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, elementary_id;
38    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;
39    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20], line[LenString_MAX+1];    Dudley_Mesh *mesh_p=NULL;
40      char line[LenString_MAX+1];
41    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
42    double rtmp0, rtmp1;    double rtmp0, rtmp1;
43    double time0=Finley_timer();    Dudley_ReferenceElementSet *refPoints=NULL, *refContactElements=NULL, *refFaceElements=NULL, *refElements=NULL;
44    #ifdef Dudley_TRACE
45      double time0=Dudley_timer();
46    #endif
47      FILE * fileHandle_p = NULL;
48      ElementTypeId* element_type=NULL;
49    
   Finley_resetError();  
  #if PASO_MPI  
     sprintf(error_msg,"reading GMSH with MPI is not supported yet.");  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return NULL;  
50    
51  #else    Paso_MPIInfo *mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
52    /* allocate mesh */    Dudley_resetError();
53    mesh_p = Finley_Mesh_alloc(fname,numDim,order);    if (mpi_info->size>1) {
54    if (! Finley_noError()) return NULL;      Dudley_setError(IO_ERROR,"reading GMSH with MPI is not supported yet.");
55        Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
   /* get file handle */  
   FILE * fileHandle_p = fopen(fname, "r");  
   if (fileHandle_p==NULL) {  
     sprintf(error_msg,"Opening Gmsh file %s for reading failed.",fname);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
56      return NULL;      return NULL;
57    }    } else {
58    
59    /* start reading */       /* allocate mesh */
60    while(1) {    
61      if (! Finley_noError()) break;       mesh_p = Dudley_Mesh_alloc(fname,numDim, mpi_info);
62      /* find line staring with $ */       if (! Dudley_noError()) return NULL;
63      do {    
64        if( ! fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p) ) break;       /* get file handle */
65        if(feof(fileHandle_p)) break;       fileHandle_p = fopen(fname, "r");
66      } while(line[0] != '$');       if (fileHandle_p==NULL) {
67           sprintf(error_msg,"Opening Gmsh file %s for reading failed.",fname);
68      if (feof(fileHandle_p)) break;         Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
69           Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
70           return NULL;
71      /* format */       }
72      if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {    
73        fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);       /* start reading */
74      }       while(1) {
75      /* nodes are read */         if (! Dudley_noError()) break;
76      if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||         /* find line staring with $ */
77           !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||         do {
78           !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {           if( ! fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p) ) break;
79                 if(feof(fileHandle_p)) break;
80        fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);         } while(line[0] != '$');
       if (! Finley_noError()) break;  
       Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);  
       if (! Finley_noError()) break;  
       for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {  
          if (1 == numDim) {  
            fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],  
                       &rtmp0,  
                       &rtmp1);  
          } else if (2 == numDim) {  
            fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],  
                       &rtmp0);  
          } else if (3 == numDim) {  
            fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);  
81        
82                 if (feof(fileHandle_p)) break;
83      
84      
85           /* format */
86           if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {
87             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);
88         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
89           }
90           /* nodes are read */
91           if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||
92                !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||
93                !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {
94            
95             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);
96         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
97             if (! Dudley_noError()) break;
98             Dudley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);
99             if (! Dudley_noError()) break;
100             for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
101                if (1 == numDim) {
102               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
103                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
104                             &rtmp0,
105                             &rtmp1);
106               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
107                } else if (2 == numDim) {
108               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
109                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
110                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
111                             &rtmp0);
112               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
113                } else if (3 == numDim) {
114               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
115                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
116                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
117                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);
118               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
119                }
120                mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];
121                mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;
122           }           }
123           mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];         }
124           mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;         /* elements */
125        }         else if(!strncmp(&line[1], "ELM", 3) ||
126      }          !strncmp(&line[1], "Elements", 8)) {
127      /* elements */    
128      else if(!strncmp(&line[1], "ELM", 3) ||           ElementTypeId final_element_type = NoRef;
129          !strncmp(&line[1], "Elements", 8)) {           ElementTypeId final_face_element_type = NoRef;
130             ElementTypeId contact_element_type = NoRef;
131        ElementTypeId final_element_type = NoType;           numElements=0;
132        ElementTypeId final_face_element_type = NoType;           numFaceElements=0;
133        index_t numElements=0;           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);
134        index_t numFaceElements=0;       FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
135        fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);    
136             id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
137        index_t* id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);           tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
138        index_t* tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);    
139        ElementTypeId* element_type=TMPMEMALLOC(totalNumElements,ElementTypeId);    
140        index_t* vertices=TMPMEMALLOC(totalNumElements*MAX_numNodes_gmsh,index_t);           element_type=TMPMEMALLOC(totalNumElements,ElementTypeId);
141        if (! (Finley_checkPtr(id) || Finley_checkPtr(tag) || Finley_checkPtr(element_type) || Finley_checkPtr(vertices) ) ) {           vertices=TMPMEMALLOC(totalNumElements*MAX_numNodes_gmsh,index_t);
142           /* read all in */           if (! (Dudley_checkPtr(id) || Dudley_checkPtr(tag) || Dudley_checkPtr(element_type) || Dudley_checkPtr(vertices) ) ) {
143           for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {              /* read all in */
144             fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);              for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {
145             switch (gmsh_type) {                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);
146                 case 1:  /* line order 1 */            FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
147                     element_type[e]=Line2;                switch (gmsh_type) {
148                     element_dim=1;                    case 1:  /* line order 1 */
149                     numNodesPerElement=2;                          element_type[e]=Line2;
150                     break;                        element_dim=1;
151                 case 2:  /* traingle order 1 */                        numNodesPerElement=2;  
152                     element_type[e]=Tri3;                        break;
153                     numNodesPerElement= 3;                    case 2:  /* traingle order 1 */
154                     element_dim=2;                        element_type[e]=Tri3;
155                     break;                        numNodesPerElement= 3;
156                 case 3:  /* quadrilateral order 1 */                        element_dim=2;
157                     element_type[e]=Rec4;                        break;
158                     numNodesPerElement= 4;  //                   case 3:  /* quadrilateral order 1 */
159                     element_dim=2;  //                       element_type[e]=Rec4;
160                     break;  //                       numNodesPerElement= 4;
161                 case 4:  /* tetrahedron order 1 */  //                       element_dim=2;
162                     element_type[e]=Tet4;  //                       break;
163                     numNodesPerElement= 4;                    case 4:  /* tetrahedron order 1 */
164                     element_dim=3;                        element_type[e]=Tet4;
165                     break;                        numNodesPerElement= 4;
166                 case 5:  /* hexahedron order 1 */                        element_dim=3;
167                     element_type[e]=Hex8;                        break;
168                     numNodesPerElement= 8;  //                   case 5:  /* hexahedron order 1 */
169                     element_dim=3;  //                       element_type[e]=Hex8;
170                     break;  //                       numNodesPerElement= 8;
171                 case 8:  /* line order 2 */  //                       element_dim=3;
172                     element_type[e]=Line3;  //                       break;
173                     numNodesPerElement= 3;                    case 8:  /* line order 2 */
174                     element_dim=1;                        if (useMacroElements) {
175                     break;                            element_type[e]=Line3Macro;
176                 case 9:  /* traingle order 2 */                        } else {
177                     element_type[e]=Tri6;                            element_type[e]=Line3;
178                     numNodesPerElement= 6;                        }
179                     element_dim=2;                        numNodesPerElement= 3;
180                     break;                        element_dim=1;
181                 case 10:  /* quadrilateral order 2 */                        break;
182                     element_type[e]=Rec9;                    case 9:  /* traingle order 2 */
183                     numNodesPerElement= 9;                        if (useMacroElements) {
184                     element_dim=2;                             element_type[e]=Tri6Macro;
185                     break;                        } else {
186                 case 11:  /* tetrahedron order 2 */                             element_type[e]=Tri6;
187                     element_type[e]=Tet10;                        }
188                     numNodesPerElement= 10;                        numNodesPerElement= 6;
189                     element_dim=3;                        element_dim=2;
190                     break;                        break;
191                 case 15 :  /* point */  //                  case 10:  /* quadrilateral order 2 */
192                     element_type[e]=Point1;  //                      if (useMacroElements) {
193                     numNodesPerElement= 1;  //                          element_type[e]=Rec9Macro;
194                     element_dim=0;  //                      } else {
195                     break;  //                          element_type[e]=Rec9;
196                 default:  //                      }
197                    element_type[e]=NoType;  //                      numNodesPerElement= 9;
198                    sprintf(error_msg,"Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.",gmsh_type,fname);  //                      element_dim=2;
199                    Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  //                      break;
200             }                    case 11:  /* tetrahedron order 2 */
201             if (element_dim == numDim) {                        if (useMacroElements) {
202                if (final_element_type == NoType) {                            element_type[e]=Tet10Macro;
203                   final_element_type = element_type[e];                        } else {
204                } else if (final_element_type != element_type[e]) {                            element_type[e]=Tet10;
205                    sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of internal elements only.");                        }
206                    Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                        numNodesPerElement= 10;
207                    break;                        element_dim=3;
208                          break;
209    // /*                  case 16:  /* rectangular order 2 */
210    //                       element_type[e]=Rec8;
211    //                       numNodesPerElement= 8;
212    //                       element_dim=2;
213    //                       break;
214    //                   case 17:  /* hexahedron order 2 */
215    //                       element_type[e]=Hex20;
216    //                       numNodesPerElement= 20;
217    //                       element_dim=3;
218    //                       break;*/
219                      case 15 :  /* point */
220                          element_type[e]=Point1;
221                          numNodesPerElement= 1;
222                          element_dim=0;
223                          break;
224                      default:
225                         element_type[e]=NoRef;
226                         sprintf(error_msg,"Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.",gmsh_type,fname);
227                         Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
228                }                }
229                numElements++;                if (element_dim == numDim) {
230             } else if (element_dim == numDim-1) {                   if (final_element_type == NoRef) {
231                if (final_face_element_type == NoType) {                      final_element_type = element_type[e];
232                   final_face_element_type = element_type[e];                   } else if (final_element_type != element_type[e]) {
233                } else if (final_face_element_type != element_type[e]) {                       sprintf(error_msg,"Dudley can handle a single type of internal elements only.");
234                    sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of face elements only.");                       Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
235                    Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                       break;
236                    break;                   }
237                     numElements++;
238                  } else if (element_dim == numDim-1) {
239                     if (final_face_element_type == NoRef) {
240                        final_face_element_type = element_type[e];
241                     } else if (final_face_element_type != element_type[e]) {
242                         sprintf(error_msg,"Dudley can handle a single type of face elements only.");
243                         Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
244                         break;
245                     }
246                     numFaceElements++;
247                }                }
248                numFaceElements++;                
249             }         if(version <= 1.0){
250                       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);
251         if(version <= 1.0){           FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
252           fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);           partition_id = 1;
253           partition_id = 1;                  if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {
254               if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {                       sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);
255                    sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);                       Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
256                    Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                  }
257               }         } else {
258         } else {           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);
259           fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);           FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
260           elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;           elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;
261               numNodesPerElement2=-1;                  numNodesPerElement2=-1;
262           for(j = 0; j < numTags; j++){           for(j = 0; j < numTags; j++){
263             fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);                   scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);        
264             if (j == 0) {             FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
265               tag[e] = itmp;             if (j == 0) {
266             } else if (j == 1) {               tag[e] = itmp;
267               elementary_id = itmp;             } else if (j == 1) {
268             } else if (j == 2) {               elementary_id = itmp;
269               partition_id = itmp;             } else if (j == 2) {
270                 }               partition_id = itmp;
271             // ignore any other tags                    }
272           }             /* ignore any other tags */
273         }           }
274             if (! Finley_noError()) break;         }
275             for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);                if (! Dudley_noError()) break;
276           }                for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) {
277           /* all elements have been read, now we have to identify the elements for finley */          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);
278           if (Finley_noError()) {              FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
279              /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */            }
280             mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(final_element_type,mesh_p->order);                /* for tet10 the last two nodes need to be swapped */
281             mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(final_face_element_type,mesh_p->order);                if ((element_type[e]==Tet10) || (element_type[e]==Tet10Macro)) {
282             mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(Point1_Contact,mesh_p->order);                     itmp=vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)];
283             mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(Point1,mesh_p->order);                     vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)]=vertices[INDEX2(8,e,MAX_numNodes_gmsh)];
284             if (Finley_noError()) {                     vertices[INDEX2(8,e,MAX_numNodes_gmsh)]=itmp;
285                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);                }
286                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);              }
287                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, 0);              /* all elements have been read, now we have to identify the elements for dudley */
288                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);          
289                 if (Finley_noError()) {              if (Dudley_noError()) {
290                     mesh_p->Elements->minColor=0;                /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */
291                     mesh_p->Elements->maxColor=numElements-1;                if (final_element_type == NoRef) {
292                     mesh_p->FaceElements->minColor=0;                   if (numDim==1) {
293                     mesh_p->FaceElements->maxColor=numFaceElements-1;                      final_element_type=Line2;
294                     mesh_p->ContactElements->minColor=0;                   } else if (numDim==2) {
295                     mesh_p->ContactElements->maxColor=0;                      final_element_type=Tri3;
296                     mesh_p->Points->minColor=0;                   } else if (numDim==3) {
297                     mesh_p->Points->maxColor=0;                      final_element_type=Tet4;
298                     numElements=0;                   }
299                     numFaceElements=0;                }
300                     for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {                if (final_face_element_type == NoRef) {
301                        if (element_type[e] == final_element_type) {                   if (numDim==1) {
302                           mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];                      final_face_element_type=Point1;
303                           mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];                   } else if (numDim==2) {
304                           mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;                      final_face_element_type=Line2;
305                           for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)                   } else if (numDim==3) {
306                                    mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=                      final_face_element_type=Tri3;
307                                                                                                    vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                   }
308                           numElements++;                }
309                        } else if (element_type[e] == final_face_element_type) {                if (final_face_element_type == Line2) {
310                           mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];                    contact_element_type=Line2_Contact;
311                           mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];                } else  if ( (final_face_element_type == Line3) || (final_face_element_type == Line3Macro) ) {
312                           mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;                    contact_element_type=Line3_Contact;
313                           for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)                } else  if (final_face_element_type == Tri3) {
314                                    mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=                    contact_element_type=Tri3_Contact;
315                                                                                                    vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                } else  if ( (final_face_element_type == Tri6) || (final_face_element_type == Tri6Macro)) {
316                           numFaceElements++;                    contact_element_type=Tri6_Contact;
317                  } else {
318                      contact_element_type=Point1_Contact;
319                  }
320                  refElements= Dudley_ReferenceElementSet_alloc(final_element_type,order, reduced_order);
321                  refFaceElements=Dudley_ReferenceElementSet_alloc(final_face_element_type,order, reduced_order);
322                  refContactElements= Dudley_ReferenceElementSet_alloc(contact_element_type,order, reduced_order);
323                  refPoints= Dudley_ReferenceElementSet_alloc(Point1,order, reduced_order);
324                  mesh_p->Elements=Dudley_ElementFile_alloc(refElements, mpi_info);
325                  mesh_p->FaceElements=Dudley_ElementFile_alloc(refFaceElements, mpi_info);
326                  mesh_p->ContactElements=Dudley_ElementFile_alloc(refContactElements, mpi_info);
327                  mesh_p->Points=Dudley_ElementFile_alloc(refPoints, mpi_info);
328                  if (Dudley_noError()) {
329                      Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);
330                      Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);
331                      Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, 0);
332                      Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);
333                      if (Dudley_noError()) {
334                          mesh_p->Elements->minColor=0;
335                          mesh_p->Elements->maxColor=numElements-1;
336                          mesh_p->FaceElements->minColor=0;
337                          mesh_p->FaceElements->maxColor=numFaceElements-1;
338                          mesh_p->ContactElements->minColor=0;
339                          mesh_p->ContactElements->maxColor=0;
340                          mesh_p->Points->minColor=0;
341                          mesh_p->Points->maxColor=0;
342                          numElements=0;
343                          numFaceElements=0;
344                          for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {
345                             if (element_type[e] == final_element_type) {
346                                mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];
347                                mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];
348                                mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;
349                                mesh_p->Elements->Owner[numElements]=0;
350                                for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->referenceElementSet->numNodes; ++j)  {
351                                      mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->referenceElementSet->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
352                                }
353                                numElements++;
354                             } else if (element_type[e] == final_face_element_type) {
355                                mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];
356                                mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];
357                                mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;
358                                mesh_p->FaceElements->Owner[numFaceElements]=0;
359                                for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->referenceElementSet->numNodes; ++j) {
360                                         mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->referenceElementSet->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
361                                }
362                                numFaceElements++;
363                             }
364                        }                        }
365                     }                   }
366                }                }
367             }              }
368           }           }
369             /* and clean up */
370             TMPMEMFREE(id);
371             TMPMEMFREE(tag);
372             TMPMEMFREE(element_type);
373             TMPMEMFREE(vertices);
374        }        }
375        /* and clean up */        /* serach for end of data block */
376        TMPMEMFREE(id);        do {
377        TMPMEMFREE(tag);           if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p)) {
378        TMPMEMFREE(element_type);              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);
379        TMPMEMFREE(vertices);              Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
380     }           }
381     /* serach for end of data block */           if (feof(fileHandle_p)) {
382     do {              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);
383        if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p)) {              Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
384           sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);           }
385           Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);           if (! Dudley_noError()) break;
386        }         } while(line[0] != '$');
387        if (feof(fileHandle_p)) {       }
388           sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);    
389           Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);       /* close file */
390        }       fclose(fileHandle_p);
391        if (! Finley_noError()) break;       /* clean up */
392      } while(line[0] != '$');       if (! Dudley_noError()) {
393    }          Dudley_Mesh_free(mesh_p);
394            return NULL;
395    /* close file */       }
396    fclose(fileHandle_p);       /*   resolve id's : */
397    /* clean up */       if (Dudley_noError()) Dudley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
398    if (! Finley_noError()) {       /* rearrange elements: */
399       Finley_Mesh_dealloc(mesh_p);       if (Dudley_noError()) Dudley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
400       return NULL;       /* free up memory */
401         Dudley_ReferenceElementSet_dealloc(refPoints);
402         Dudley_ReferenceElementSet_dealloc(refContactElements);
403         Dudley_ReferenceElementSet_dealloc(refFaceElements);
404         Dudley_ReferenceElementSet_dealloc(refElements);
405         Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
406         if (! Dudley_noError()) {
407            Dudley_Mesh_free(mesh_p);
408            return NULL;
409         } else {
410             return mesh_p;
411         }
412    }    }
   /*   resolve id's : */  
   Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);  
   /* rearrange elements: */  
   Finley_Mesh_prepare(mesh_p);  
   /* that's it */  
   #ifdef Finley_TRACE  
   printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);  
   #endif  
   #endif  
   return mesh_p;  
413  }  }
 /*  
 * $Log$  
 *  
 */  
   

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