/[escript]/branches/domexper/dudley/src/Util.c
ViewVC logotype

Diff of /branches/domexper/dudley/src/Util.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/esys2/finley/src/finleyC/Util.c revision 100 by jgs, Wed Dec 15 03:48:48 2004 UTC branches/domexper/dudley/src/Util.c revision 3086 by jfenwick, Thu Aug 5 05:07:58 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1  /* $Id$ */  
2    /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
# Line 6  Line 18 
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21  /*   Copyrights by ACcESS Australia, 2003 */  #include "Util.h"
22  /*   author: gross@access.edu.au */  
23  /*   Version: $Id$ */  #ifdef _OPENMP
24    #include <omp.h>
25    #endif
26    
27  /**************************************************************/  /**************************************************************/
28    
29  #include "Common.h"  /*   returns true if any of the values in the short array values is not equalt to Zero */
 #include "Finley.h"  
 #include "Util.h"  
30    
31    bool_t Dudley_Util_anyNonZeroDouble(dim_t N, double* values) {
32       dim_t q;
33       for (q=0;q<N;++q) if (ABS(values[q])>0) return TRUE;
34       return FALSE;
35    }
36  /**************************************************************/  /**************************************************************/
37    
38  /*   gathers double values out from in by index: */  /*   gathers double values out from in by index: */
39    
40  /*        out(1:numData,1:len)=in(1:numData,index(1:len)) */  /*        out(1:numData,1:len)=in(1:numData,index(1:len)) */
41    
42  void Finley_Util_Gather_double(int len,maybelong* index,int numData,double* in, double * out){  void Dudley_Util_Gather_double(dim_t len,index_t* index,dim_t numData,double* in, double * out){
43      int s,i;      dim_t s,i;
44      for (s=0;s<len;s++) {      for (s=0;s<len;s++) {
45         for (i=0;i<numData;i++) {         for (i=0;i<numData;i++) {
46            out[INDEX2(i,s,numData)]=in[INDEX2(i,index[s],numData)];            out[INDEX2(i,s,numData)]=in[INDEX2(i,index[s],numData)];
# Line 38  void Finley_Util_Gather_double(int len,m Line 55  void Finley_Util_Gather_double(int len,m
55    
56  /*        out(1:numData,1:len)=in(1:numData,index(1:len)) */  /*        out(1:numData,1:len)=in(1:numData,index(1:len)) */
57    
58  void Finley_Util_Gather_int(int len,maybelong* index,int numData, maybelong* in, maybelong * out){  void Dudley_Util_Gather_int(dim_t len,index_t* index,dim_t numData, index_t* in, index_t * out){
59      int s,i;      dim_t s,i;
60      for (s=0;s<len;s++) {      for (s=0;s<len;s++) {
61         for (i=0;i<numData;i++) {         for (i=0;i<numData;i++) {
62            out[INDEX2(i,s,numData)]=in[INDEX2(i,index[s],numData)];            out[INDEX2(i,s,numData)]=in[INDEX2(i,index[s],numData)];
# Line 51  void Finley_Util_Gather_int(int len,mayb Line 68  void Finley_Util_Gather_int(int len,mayb
68    
69  /*   adds a vector in into out using and index. */  /*   adds a vector in into out using and index. */
70    
71  /*        out(1:numData,index(1:len))+=in(1:numData,1:len) */  /*        out(1:numData,index[p])+=in(1:numData,p) where p = {k=1...len , index[k]<upperBound}*/
72    
73  void Finley_Util_AddScatter(int len,maybelong* index,int numData,double* in,double * out){  
74     int i,s;  void Dudley_Util_AddScatter(dim_t len,index_t* index,dim_t numData,double* in,double * out, index_t upperBound){
75       dim_t i,s;
76     for (s=0;s<len;s++) {     for (s=0;s<len;s++) {
77         for(i=0;i<numData;i++) {         for(i=0;i<numData;i++) {
78            #pragma omp atomic            if( index[s]<upperBound ) {
79            out[INDEX2(i,index[s],numData)]+=in[INDEX2(i,s,numData)];              out[INDEX2(i,index[s],numData)]+=in[INDEX2(i,s,numData)];
80          }
81         }         }
82     }     }
83  }  }
# Line 67  void Finley_Util_AddScatter(int len,mayb Line 86  void Finley_Util_AddScatter(int len,mayb
86    
87  /*          A(1:A1,1:A2)=B(1:A1,1:B2)*C(1:B2,1:A2) */  /*          A(1:A1,1:A2)=B(1:A1,1:B2)*C(1:B2,1:A2) */
88    
89  void Finley_Util_SmallMatMult(int A1,int A2, double* A, int B2, double*B, double* C) {  void Dudley_Util_SmallMatMult(dim_t A1,dim_t A2, double* A, dim_t B2, double*B, double* C) {
90      int i,j,s;      dim_t i,j,s;
91      for (i=0;i<A1*A2;i++) A[i]=0;      register double rtmp;
92         for (i=0;i<A1;i++) {         for (i=0;i<A1;i++) {
93            for (j=0;j<A2;j++) {            for (j=0;j<A2;j++) {
94               for (s=0;s<B2;s++) {               rtmp=0;
95                  A[INDEX2(i,j,A1)]+=B[INDEX2(i,s,A1)]*C[INDEX2(s,j,B2)];               for (s=0;s<B2;s++) rtmp+=B[INDEX2(i,s,A1)]*C[INDEX2(s,j,B2)];
96               }               A[INDEX2(i,j,A1)]=rtmp;
97            }            }
98         }         }
99  }  }
# Line 83  void Finley_Util_SmallMatMult(int A1,int Line 102  void Finley_Util_SmallMatMult(int A1,int
102    
103  /*        A(1:A1,1:A2,i)=B(1:A1,1:B2,i)*C(1:B2,1:A2,i) i=1,len */  /*        A(1:A1,1:A2,i)=B(1:A1,1:B2,i)*C(1:B2,1:A2,i) i=1,len */
104    
105  void Finley_Util_SmallMatSetMult(int len,int A1,int A2, double* A, int B2, double*B, double* C) {  void Dudley_Util_SmallMatSetMult(dim_t len,dim_t A1,dim_t A2, double* A, dim_t B2, double*B, double* C) {
106      int q,i,j,s;      dim_t q,i,j,s;
107      for (i=0;i<A1*A2*len;i++) A[i]=0;      register double rtmp;
108      for (q=0;q<len;q++) {      for (q=0;q<len;q++) {
109         for (i=0;i<A1;i++) {         for (i=0;i<A1;i++) {
110            for (j=0;j<A2;j++) {            for (j=0;j<A2;j++) {
111               for (s=0;s<B2;s++) {               rtmp=0;
112                  A[INDEX3(i,j,q,A1,A2)]+=B[INDEX3(i,s,q,A1,B2)]*C[INDEX3(s,j,q,B2,A2)];               for (s=0;s<B2;s++) rtmp+=B[INDEX3(i,s,q,A1,B2)]*C[INDEX3(s,j,q,B2,A2)];
113               }               A[INDEX3(i,j,q, A1,A2)]=rtmp;
114            }            }
115         }         }
116      }      }
117  }  }
118    /*    multiplies a set of matries with a single matrix: */
119    
120    /*        A(1:A1,1:A2,i)=B(1:A1,1:B2,i)*C(1:B2,1:A2) i=1,len */
121    
122    void Dudley_Util_SmallMatSetMult1(dim_t len,dim_t A1,dim_t A2, double* A, dim_t B2, double*B, double* C) {
123        dim_t q,i,j,s;
124        register double rtmp;
125        for (q=0;q<len;q++) {
126           for (i=0;i<A1;i++) {
127              for (j=0;j<A2;j++) {
128                 rtmp=0;
129                 for (s=0;s<B2;s++) rtmp+=B[INDEX3(i,s,q, A1,B2)]*C[INDEX2(s,j,B2)];
130                 A[INDEX3(i,j,q,A1,A2)]=rtmp;
131              }
132           }
133        }
134    }
135  /*    inverts the set of dim x dim matrices A(:,:,1:len) with dim=1,2,3 */  /*    inverts the set of dim x dim matrices A(:,:,1:len) with dim=1,2,3 */
136  /*    the determinante is returned. */  /*    the determinante is returned. */
137    
138  void Finley_Util_InvertSmallMat(int len,int dim,double* A,double *invA, double* det){  void Dudley_Util_InvertSmallMat(dim_t len,dim_t dim,double* A,double *invA, double* det){
139     int q;     dim_t q;
140     double D,A11,A12,A13,A21,A22,A23,A31,A32,A33;     register double D,A11,A12,A13,A21,A22,A23,A31,A32,A33;
141    
142     switch(dim) {     switch(dim) {
143        case 1:        case 1:
144           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
145              D=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim)];              D=A[q];
146              if (D == 0 ){              if (ABS(D) > 0 ){
147                 Finley_ErrorCode=ZERO_DIVISION_ERROR;                 det[q]=D;
148                 sprintf(Finley_ErrorMsg,"Non-regular matrix");                 D=1./D;
149                   invA[q]=D;
150                } else {
151                   Dudley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,"__FILE__: Non-regular matrix");
152                 return;                 return;
153              }              }
             det[q]=D;  
             D=1./D;  
             invA[INDEX3(0,0,q,dim,dim)]=D;  
154           }           }
155           break;           break;
156    
157        case 2:        case 2:
158           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
159              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,2,2)];
160              A12=A[INDEX3(0,1,q,dim,dim)];              A12=A[INDEX3(0,1,q,2,2)];
161              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,2,2)];
162              A22=A[INDEX3(1,1,q,dim,dim)];              A22=A[INDEX3(1,1,q,2,2)];
163    
164              D = A11*A22-A12*A21;              D = A11*A22-A12*A21;
165              if (D == 0 ){              if (ABS(D) > 0 ){
166                 Finley_ErrorCode=ZERO_DIVISION_ERROR;                 det[q]=D;
167                 sprintf(Finley_ErrorMsg,"Non-regular matrix");                 D=1./D;
168                   invA[INDEX3(0,0,q,2,2)]= A22*D;
169                   invA[INDEX3(1,0,q,2,2)]=-A21*D;
170                   invA[INDEX3(0,1,q,2,2)]=-A12*D;
171                   invA[INDEX3(1,1,q,2,2)]= A11*D;
172                } else {
173                   Dudley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,"__FILE__: Non-regular matrix");
174                 return;                 return;
175              }              }
             det[q]=D;  
             D=1./D;  
             invA[INDEX3(0,0,q,dim,dim)]= A22*D;  
             invA[INDEX3(1,0,q,dim,dim)]=-A21*D;  
             invA[INDEX3(0,1,q,dim,dim)]=-A12*D;  
             invA[INDEX3(1,1,q,dim,dim)]= A11*D;  
176           }           }
177           break;           break;
178    
179        case 3:        case 3:
180       for (q=0;q<len;q++) {       for (q=0;q<len;q++) {
181              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,3,3)];
182              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,3,3)];
183              A31=A[INDEX3(2,0,q,dim,dim)];              A31=A[INDEX3(2,0,q,3,3)];
184              A12=A[INDEX3(0,1,q,dim,dim)];              A12=A[INDEX3(0,1,q,3,3)];
185              A22=A[INDEX3(1,1,q,dim,dim)];              A22=A[INDEX3(1,1,q,3,3)];
186              A32=A[INDEX3(2,1,q,dim,dim)];              A32=A[INDEX3(2,1,q,3,3)];
187              A13=A[INDEX3(0,2,q,dim,dim)];              A13=A[INDEX3(0,2,q,3,3)];
188              A23=A[INDEX3(1,2,q,dim,dim)];              A23=A[INDEX3(1,2,q,3,3)];
189              A33=A[INDEX3(2,2,q,dim,dim)];              A33=A[INDEX3(2,2,q,3,3)];
190    
191              D  =  A11*(A22*A33-A23*A32)+ A12*(A31*A23-A21*A33)+A13*(A21*A32-A31*A22);              D  =  A11*(A22*A33-A23*A32)+ A12*(A31*A23-A21*A33)+A13*(A21*A32-A31*A22);
192              if (D == 0 ){              if (ABS(D) > 0 ){
193                 Finley_ErrorCode=ZERO_DIVISION_ERROR;                 det[q]    =D;
194                 sprintf(Finley_ErrorMsg,"Non-regular matrix");                 D=1./D;
195                   invA[INDEX3(0,0,q,3,3)]=(A22*A33-A23*A32)*D;
196                   invA[INDEX3(1,0,q,3,3)]=(A31*A23-A21*A33)*D;
197                   invA[INDEX3(2,0,q,3,3)]=(A21*A32-A31*A22)*D;
198                   invA[INDEX3(0,1,q,3,3)]=(A13*A32-A12*A33)*D;
199                   invA[INDEX3(1,1,q,3,3)]=(A11*A33-A31*A13)*D;
200                   invA[INDEX3(2,1,q,3,3)]=(A12*A31-A11*A32)*D;
201                   invA[INDEX3(0,2,q,3,3)]=(A12*A23-A13*A22)*D;
202                   invA[INDEX3(1,2,q,3,3)]=(A13*A21-A11*A23)*D;
203                   invA[INDEX3(2,2,q,3,3)]=(A11*A22-A12*A21)*D;
204                } else {
205                   Dudley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,"__FILE__: Non-regular matrix");
206                 return;                 return;
207              }              }
             det[q]    =D;  
             D=1./D;  
             invA[INDEX3(0,0,q,dim,dim)]=(A22*A33-A23*A32)*D;  
             invA[INDEX3(1,0,q,dim,dim)]=(A31*A23-A21*A33)*D;  
             invA[INDEX3(2,0,q,dim,dim)]=(A21*A32-A31*A22)*D;  
             invA[INDEX3(0,1,q,dim,dim)]=(A13*A32-A12*A33)*D;  
             invA[INDEX3(1,1,q,dim,dim)]=(A11*A33-A31*A13)*D;  
             invA[INDEX3(2,1,q,dim,dim)]=(A12*A31-A11*A32)*D;  
             invA[INDEX3(0,2,q,dim,dim)]=(A12*A23-A13*A22)*D;  
             invA[INDEX3(1,2,q,dim,dim)]=(A13*A21-A11*A23)*D;  
             invA[INDEX3(2,2,q,dim,dim)]=(A11*A22-A12*A21)*D;  
208           }           }
209           break;           break;
210    
# Line 179  void Finley_Util_InvertSmallMat(int len, Line 214  void Finley_Util_InvertSmallMat(int len,
214    
215  /*    sets the derterminate of a set of dim x dim matrices A(:,:,1:len) with dim=1,2,3 */  /*    sets the derterminate of a set of dim x dim matrices A(:,:,1:len) with dim=1,2,3 */
216    
217  void Finley_Util_DetOfSmallMat(int len,int dim,double* A, double* det){  void Dudley_Util_DetOfSmallMat(dim_t len,dim_t dim,double* A, double* det){
218     int q;     dim_t q;
219     double A11,A12,A13,A21,A22,A23,A31,A32,A33;     register double A11,A12,A13,A21,A22,A23,A31,A32,A33;
220    
221     switch(dim) {     switch(dim) {
222        case 1:        case 1:
223           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
224              det[q]=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim)];              det[q]=A[q];
225           }           }
226           break;           break;
227    
228        case 2:        case 2:
229           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
230              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,2,2)];
231              A12=A[INDEX3(0,1,q,dim,dim)];              A12=A[INDEX3(0,1,q,2,2)];
232              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,2,2)];
233              A22=A[INDEX3(1,1,q,dim,dim)];              A22=A[INDEX3(1,1,q,2,2)];
234    
235              det[q] = A11*A22-A12*A21;              det[q] = A11*A22-A12*A21;
236           }           }
# Line 203  void Finley_Util_DetOfSmallMat(int len,i Line 238  void Finley_Util_DetOfSmallMat(int len,i
238    
239        case 3:        case 3:
240       for (q=0;q<len;q++) {       for (q=0;q<len;q++) {
241              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,3,3)];
242              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,3,3)];
243              A31=A[INDEX3(2,0,q,dim,dim)];              A31=A[INDEX3(2,0,q,3,3)];
244              A12=A[INDEX3(0,1,q,dim,dim)];              A12=A[INDEX3(0,1,q,3,3)];
245              A22=A[INDEX3(1,1,q,dim,dim)];              A22=A[INDEX3(1,1,q,3,3)];
246              A32=A[INDEX3(2,1,q,dim,dim)];              A32=A[INDEX3(2,1,q,3,3)];
247              A13=A[INDEX3(0,2,q,dim,dim)];              A13=A[INDEX3(0,2,q,3,3)];
248              A23=A[INDEX3(1,2,q,dim,dim)];              A23=A[INDEX3(1,2,q,3,3)];
249              A33=A[INDEX3(2,2,q,dim,dim)];              A33=A[INDEX3(2,2,q,3,3)];
250    
251              det[q]  =  A11*(A22*A33-A23*A32)+ A12*(A31*A23-A21*A33)+A13*(A21*A32-A31*A22);              det[q]  =  A11*(A22*A33-A23*A32)+ A12*(A31*A23-A21*A33)+A13*(A21*A32-A31*A22);
252           }           }
# Line 223  void Finley_Util_DetOfSmallMat(int len,i Line 258  void Finley_Util_DetOfSmallMat(int len,i
258  /*    returns the normalized vector Normal[dim,len] orthogonal to A(:,0,q) and A(:,1,q) in the case of dim=3  */  /*    returns the normalized vector Normal[dim,len] orthogonal to A(:,0,q) and A(:,1,q) in the case of dim=3  */
259  /*    or the vector A(:,0,q) in the case of dim=2                                             */  /*    or the vector A(:,0,q) in the case of dim=2                                             */
260    
261  void  Finley_NormalVector(int len, int dim, int dim1, double* A,double* Normal) {  void  Dudley_NormalVector(dim_t len, dim_t dim, dim_t dim1, double* A,double* Normal) {
262     int q;     dim_t q;
263     double A11,A12,CO_A13,A21,A22,CO_A23,A31,A32,CO_A33,length,invlength;     register double A11,A12,CO_A13,A21,A22,CO_A23,A31,A32,CO_A33,length,invlength;
264    
265     switch(dim) {     switch(dim) {
266        case 1:        case 1:
267           for (q=0;q<len;q++) Normal[INDEX1(q)]    =1;           for (q=0;q<len;q++) Normal[q]    =1;
268           break;           break;
269        case 2:        case 2:
270           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
271              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim1)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,2,dim1)];
272              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim1)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,2,dim1)];
273              length = sqrt(A11*A11+A21*A21);              length = sqrt(A11*A11+A21*A21);
274              if (! length>0) {              if (! length>0) {
275                 Finley_ErrorCode=ZERO_DIVISION_ERROR;                 Dudley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,"__FILE__: area equals zero.");
                sprintf(Finley_ErrorMsg,"area equals zero.");  
276                 return;                 return;
277              } else {              } else {
278                 invlength=1./length;                 invlength=1./length;
279                 Normal[INDEX2(0,q,dim)]=A21*invlength;                 Normal[INDEX2(0,q,2)]=A21*invlength;
280                 Normal[INDEX2(1,q,dim)]=-A11*invlength;                 Normal[INDEX2(1,q,2)]=-A11*invlength;
281              }              }
282           }           }
283           break;           break;
284        case 3:        case 3:
285           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
286              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim1)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,3,dim1)];
287              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim1)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,3,dim1)];
288              A31=A[INDEX3(2,0,q,dim,dim1)];              A31=A[INDEX3(2,0,q,3,dim1)];
289              A12=A[INDEX3(0,1,q,dim,dim1)];              A12=A[INDEX3(0,1,q,3,dim1)];
290              A22=A[INDEX3(1,1,q,dim,dim1)];              A22=A[INDEX3(1,1,q,3,dim1)];
291              A32=A[INDEX3(2,1,q,dim,dim1)];              A32=A[INDEX3(2,1,q,3,dim1)];
292              CO_A13=A21*A32-A31*A22;              CO_A13=A21*A32-A31*A22;
293              CO_A23=A31*A12-A11*A32;              CO_A23=A31*A12-A11*A32;
294              CO_A33=A11*A22-A21*A12;              CO_A33=A11*A22-A21*A12;
295              length=sqrt(CO_A13*CO_A13+CO_A23*CO_A23+CO_A33*CO_A33);              length=sqrt(CO_A13*CO_A13+CO_A23*CO_A23+CO_A33*CO_A33);
296              if (! length>0) {              if (! length>0) {
297                 Finley_ErrorCode=ZERO_DIVISION_ERROR;                 Dudley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,"__FILE__: area equals zero.");
                sprintf(Finley_ErrorMsg,"area equals zero.");  
298                 return;                 return;
299              } else {              } else {
300                 invlength=1./length;                 invlength=1./length;
301                 Normal[INDEX2(0,q,dim)]=CO_A13*invlength;                 Normal[INDEX2(0,q,3)]=CO_A13*invlength;
302                 Normal[INDEX2(1,q,dim)]=CO_A23*invlength;                 Normal[INDEX2(1,q,3)]=CO_A23*invlength;
303                 Normal[INDEX2(2,q,dim)]=CO_A33*invlength;                 Normal[INDEX2(2,q,3)]=CO_A33*invlength;
304             }             }
305                            
306        }        }
# Line 280  void  Finley_NormalVector(int len, int d Line 313  void  Finley_NormalVector(int len, int d
313  /*    return the length of the vector which is orthogonal to the vectors A(:,0,q) and A(:,1,q) in the case of dim=3 */  /*    return the length of the vector which is orthogonal to the vectors A(:,0,q) and A(:,1,q) in the case of dim=3 */
314  /*    or the vector A(:,0,q) in the case of dim=2                                                                   */  /*    or the vector A(:,0,q) in the case of dim=2                                                                   */
315    
316  void  Finley_LengthOfNormalVector(int len, int dim, int dim1, double* A,double* length) {  void  Dudley_LengthOfNormalVector(dim_t len, dim_t dim, dim_t dim1, double* A,double* length) {
317     int q;     dim_t q;
318     double A11,A12,CO_A13,A21,A22,CO_A23,A31,A32,CO_A33;     double A11,A12,CO_A13,A21,A22,CO_A23,A31,A32,CO_A33;
319    
320     switch(dim) {     switch(dim) {
321        case 1:        case 1:
322           for (q=0;q<len;q++) length[INDEX1(q)]    =1;           for (q=0;q<len;q++) length[q]    =1;
323           break;           break;
324        case 2:        case 2:
325           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
326              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim1)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,2,dim1)];
327              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim1)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,2,dim1)];
328              length[q] = sqrt(A11*A11+A21*A21);              length[q] = sqrt(A11*A11+A21*A21);
329           }           }
330           break;           break;
331        case 3:        case 3:
332           for (q=0;q<len;q++) {           for (q=0;q<len;q++) {
333              A11=A[INDEX3(0,0,q,dim,dim1)];              A11=A[INDEX3(0,0,q,3,dim1)];
334              A21=A[INDEX3(1,0,q,dim,dim1)];              A21=A[INDEX3(1,0,q,3,dim1)];
335              A31=A[INDEX3(2,0,q,dim,dim1)];              A31=A[INDEX3(2,0,q,3,dim1)];
336              A12=A[INDEX3(0,1,q,dim,dim1)];              A12=A[INDEX3(0,1,q,3,dim1)];
337              A22=A[INDEX3(1,1,q,dim,dim1)];              A22=A[INDEX3(1,1,q,3,dim1)];
338              A32=A[INDEX3(2,1,q,dim,dim1)];              A32=A[INDEX3(2,1,q,3,dim1)];
339              CO_A13=A21*A32-A31*A22;              CO_A13=A21*A32-A31*A22;
340              CO_A23=A31*A12-A11*A32;              CO_A23=A31*A12-A11*A32;
341              CO_A33=A11*A22-A21*A12;              CO_A33=A11*A22-A21*A12;
# Line 318  void  Finley_LengthOfNormalVector(int le Line 351  void  Finley_LengthOfNormalVector(int le
351  /* there is no range checking! */  /* there is no range checking! */
352  /* at output Map[invMap[i]]=i for i=0:lenInvMap */  /* at output Map[invMap[i]]=i for i=0:lenInvMap */
353    
354  void Finley_Util_InvertMap(int lenInvMap, maybelong* invMap,int lenMap, maybelong* Map) {  void Dudley_Util_InvertMap(dim_t lenInvMap, index_t* invMap,dim_t lenMap, index_t* Map) {
355     int i;     dim_t i;
356     for (i=0;i<lenInvMap;i++) invMap[i]=0;     for (i=0;i<lenInvMap;i++) invMap[i]=0;
357     for (i=0;i<lenMap;i++) {     for (i=0;i<lenMap;i++) {
358        if (Map[i]>=0) invMap[Map[i]]=i;        if (Map[i]>=0) invMap[Map[i]]=i;
359     }     }
360  }  }
361    
362  /* orders a Finley_Util_ValueAndIndex array by value */  /* orders a Dudley_Util_ValueAndIndex array by value */
363  /* it is assumed that n is large */  /* it is assumed that n is large */
364    
365  int Finley_Util_ValueAndIndex_compar(const void *arg1 , const void *arg2 ) {  int Dudley_Util_ValueAndIndex_compar(const void *arg1 , const void *arg2 ) {
366     Finley_Util_ValueAndIndex *e1,*e2;     Dudley_Util_ValueAndIndex *e1,*e2;
367     e1=(Finley_Util_ValueAndIndex*) arg1;     e1=(Dudley_Util_ValueAndIndex*) arg1;
368     e2=(Finley_Util_ValueAndIndex*) arg2;     e2=(Dudley_Util_ValueAndIndex*) arg2;
369     if (e1->value < e2->value) return -1;     if (e1->value < e2->value) return -1;
370     if (e1->value > e2->value) return  1;     if (e1->value > e2->value) return  1;
371       if (e1->index < e2->index) return -1;
372       if (e1->index > e2->index) return  1;
373     return 0;     return 0;
374  }  }
375  void Finley_Util_sortValueAndIndex(int n,Finley_Util_ValueAndIndex* array) {  
376    void Dudley_Util_sortValueAndIndex(dim_t n,Dudley_Util_ValueAndIndex* array) {
377       /* OMP : needs parallelization !*/       /* OMP : needs parallelization !*/
378       qsort(array,n,sizeof(Finley_Util_ValueAndIndex),Finley_Util_ValueAndIndex_compar);       qsort(array,n,sizeof(Dudley_Util_ValueAndIndex),Dudley_Util_ValueAndIndex_compar);
379  }  }
380    
381    
# Line 347  void Finley_Util_sortValueAndIndex(int n Line 383  void Finley_Util_sortValueAndIndex(int n
383    
384  /* calculates the minimum value from a dim X N integer array */  /* calculates the minimum value from a dim X N integer array */
385    
386  maybelong Finley_Util_getMinInt(int dim,int N,maybelong* values) {  index_t Dudley_Util_getMinInt(dim_t dim,dim_t N,index_t* values) {
387     maybelong i,j,out;     dim_t i,j;
388     out=MAYBELONG_MAX;     index_t out,out_local;
389       out=INDEX_T_MAX;
390     if (values!=NULL && dim*N>0 ) {     if (values!=NULL && dim*N>0 ) {
      /* OMP */  
391       out=values[0];       out=values[0];
392       for (j=0;j<N;j++) {       #pragma omp parallel private(out_local)
393         for (i=0;i<dim;i++) out=MIN(out,values[INDEX2(i,j,dim)]);       {
394             out_local=out;
395             #pragma omp for private(i,j) schedule(static)
396             for (j=0;j<N;j++) {
397               for (i=0;i<dim;i++) out_local=MIN(out_local,values[INDEX2(i,j,dim)]);
398             }
399             #pragma omp critical
400             out=MIN(out_local,out);
401       }       }
402     }     }
403     return out;     return out;
# Line 362  maybelong Finley_Util_getMinInt(int dim, Line 405  maybelong Finley_Util_getMinInt(int dim,
405                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
406  /* calculates the maximum value from a dim X N integer array */  /* calculates the maximum value from a dim X N integer array */
407    
408  maybelong Finley_Util_getMaxInt(int dim,int N,maybelong* values) {  index_t Dudley_Util_getMaxInt(dim_t dim,dim_t N,index_t* values) {
409     maybelong i,j,out;     dim_t i,j;
410     out=-MAYBELONG_MAX;     index_t out,out_local;
411       out=-INDEX_T_MAX;
412     if (values!=NULL && dim*N>0 ) {     if (values!=NULL && dim*N>0 ) {
      /* OMP */  
413       out=values[0];       out=values[0];
414       for (j=0;j<N;j++) {       #pragma omp parallel private(out_local)
415         for (i=0;i<dim;i++) out=MAX(out,values[INDEX2(i,j,dim)]);       {
416             out_local=out;
417             #pragma omp for private(i,j) schedule(static)
418             for (j=0;j<N;j++) {
419                 for (i=0;i<dim;i++) out_local=MAX(out_local,values[INDEX2(i,j,dim)]);
420             }
421             #pragma omp critical
422             out=MAX(out_local,out);
423          }
424       }
425       return out;
426    }
427    /**************************************************************/
428    
429    /* calculates the minimum value from a dim X N integer array */
430    
431    index_t Dudley_Util_getFlaggedMinInt(dim_t dim,dim_t N,index_t* values, index_t ignore) {
432       dim_t i,j;
433       index_t out,out_local;
434       out=INDEX_T_MAX;
435       if (values!=NULL && dim*N>0 ) {
436         out=values[0];
437         #pragma omp parallel private(out_local)
438         {
439             out_local=out;
440             #pragma omp for private(i,j) schedule(static)
441             for (j=0;j<N;j++) {
442               for (i=0;i<dim;i++) if (values[INDEX2(i,j,dim)]!=ignore) out_local=MIN(out_local,values[INDEX2(i,j,dim)]);
443             }
444             #pragma omp critical
445             out=MIN(out_local,out);
446       }       }
447     }     }
448     return out;     return out;
449  }  }
450                                                                                                                                                      
451    /* calculates the maximum value from a dim X N integer array */
452    
453    index_t Dudley_Util_getFlaggedMaxInt(dim_t dim,dim_t N,index_t* values, index_t ignore) {
454       dim_t i,j;
455       index_t out,out_local;
456       out=-INDEX_T_MAX;
457       if (values!=NULL && dim*N>0 ) {
458         out=values[0];
459         #pragma omp parallel private(out_local)
460         {
461             out_local=out;
462             #pragma omp for private(i,j) schedule(static)
463             for (j=0;j<N;j++) {
464                 for (i=0;i<dim;i++) if (values[INDEX2(i,j,dim)]!=ignore) out_local=MAX(out_local,values[INDEX2(i,j,dim)]);
465             }
466             #pragma omp critical
467             out=MAX(out_local,out);
468          }
469       }
470       return out;
471    }
472    
473  /* set the index of the positive entries in mask. The length of index is returned. */  /* set the index of the positive entries in mask. The length of index is returned. */
474    
475  maybelong Finley_Util_packMask(maybelong N,maybelong* mask,maybelong* index) {  dim_t Dudley_Util_packMask(dim_t N,index_t* mask,index_t* index) {
476        maybelong out,k;        dim_t out,k;
477        out=0;        out=0;
478        /*OMP */        /*OMP */
479        for (k=0;k<N;k++) {        for (k=0;k<N;k++) {
# Line 391  maybelong Finley_Util_packMask(maybelong Line 486  maybelong Finley_Util_packMask(maybelong
486  }  }
487    
488  /* returns true if array contains value */  /* returns true if array contains value */
489  int Finley_Util_isAny(maybelong N,maybelong* array,maybelong value) {  bool_t Dudley_Util_isAny(dim_t N,index_t* array,index_t value) {
490     int out=FALSE;     bool_t out=FALSE;
491     maybelong i;     dim_t i;
492     #pragma omp parallel for private(i) schedule(static) reduction(||:out)     #pragma omp parallel for private(i) schedule(static) reduction(||:out)
493     for (i=0;i<N;i++) out=out || (array[i]==value);     for (i=0;i<N;i++) out = out || (array[i]==value);
494     return out;     return out;
495  }  }
496    /* calculates the cummultative sum in array and returns the total sum */
497    index_t Dudley_Util_cumsum(dim_t N,index_t* array) {
498       index_t out=0,tmp;
499       dim_t i;
500       #ifdef _OPENMP
501          index_t *partial_sums=NULL, sum;
502          partial_sums=TMPMEMALLOC(omp_get_max_threads(),index_t);
503          #pragma omp parallel private(sum,i,tmp)
504          {
505            sum=0;
506            #pragma omp for schedule(static)
507            for (i=0;i<N;++i) sum+=array[i];
508            partial_sums[omp_get_thread_num()]=sum;
509            #pragma omp barrier
510            #pragma omp master
511            {
512              out=0;
513              for (i=0;i<omp_get_max_threads();++i) {
514                 tmp=out;
515                 out+=partial_sums[i];
516                 partial_sums[i]=tmp;
517               }
518            }
519            #pragma omp barrier
520            sum=partial_sums[omp_get_thread_num()];
521            #pragma omp for schedule(static)
522            for (i=0;i<N;++i) {
523              tmp=sum;
524              sum+=array[i];
525              array[i]=tmp;
526            }
527          }
528          TMPMEMFREE(partial_sums);
529       #else
530          for (i=0;i<N;++i) {
531             tmp=out;
532             out+=array[i];
533             array[i]=tmp;
534          }
535       #endif
536       return out;
537    }
538    void Dudley_Util_setValuesInUse(const index_t *values, const dim_t numValues, dim_t *numValuesInUse, index_t **valuesInUse, Paso_MPIInfo* mpiinfo)
539    {
540       dim_t i;
541       index_t lastFoundValue=INDEX_T_MIN, minFoundValue, local_minFoundValue, *newValuesInUse=NULL;
542       register index_t itmp;
543       bool_t allFound=FALSE;
544       dim_t nv=0;
545    
546       while (! allFound) {
547           /*
548            *  find smallest value bigger than lastFoundValue
549            */
550            minFoundValue=INDEX_T_MAX;
551            #pragma omp parallel private(local_minFoundValue)
552            {
553                local_minFoundValue=minFoundValue;
554                #pragma omp for private(i,itmp) schedule(static)
555                for (i=0;i< numValues;i++) {
556                   itmp=values[i];
557                   if ((itmp>lastFoundValue) && (itmp<local_minFoundValue)) local_minFoundValue=itmp;
558                }
559                #pragma omp critical
560                {
561                   if (local_minFoundValue<minFoundValue) minFoundValue=local_minFoundValue;
562                }
563    
564             }
565             #ifdef PASO_MPI
566             local_minFoundValue=minFoundValue;
567             MPI_Allreduce(&local_minFoundValue,&minFoundValue, 1, MPI_INT, MPI_MIN, mpiinfo->comm );
568             #endif
569             /* if we found a new tag we need to add this too the valuesInUseList */
570    
571             if (minFoundValue < INDEX_T_MAX) {
572                 newValuesInUse=MEMALLOC(nv+1,index_t);
573                 if (*valuesInUse!=NULL) {
574                     memcpy(newValuesInUse,*valuesInUse,sizeof(index_t)*nv);
575                     MEMFREE(*valuesInUse);
576                 }
577                 newValuesInUse[nv]=minFoundValue;
578                 *valuesInUse=newValuesInUse;
579                 newValuesInUse=NULL;
580                 nv++;
581                 lastFoundValue=minFoundValue;
582             } else {
583                 allFound=TRUE;
584             }
585       }
586       *numValuesInUse=nv;
587    }
588    
589    
590  void Finley_copyDouble(int n,double* source, double* target) {  #ifdef PASO_MPI
591    int i;  void Dudley_printDoubleArray( FILE *fid, dim_t n, double *array, char *name  )
592    for (i=0;i<n;i++) target[i]=source[i];  {
593  }    index_t i;
594      
595  /*    if( name )
596   * $Log$      fprintf( fid, "%s [ ", name );
597   * Revision 1.3  2004/12/15 03:48:47  jgs    else
598   * *** empty log message ***      fprintf( fid, "[ " );  
599   *    for( i=0; i<(n<60 ? n : 60); i++ )
600   * Revision 1.1.1.1  2004/10/26 06:53:57  jgs      fprintf( fid, "%g ", array[i] );
601   * initial import of project esys2    if( n>=30 )
602   *      fprintf( fid, "... " );
603   * Revision 1.3  2004/08/26 12:03:52  gross    fprintf( fid, "]\n" );
604   * Some other bug in Finley_Assemble_gradient fixed.  }
605   *  void Dudley_printIntArray( FILE *fid, dim_t n, int *array, char *name  )
606   * Revision 1.2  2004/07/02 04:21:13  gross  {
607   * Finley C code has been included    index_t i;
608   *    
609   * Revision 1.1.1.1  2004/06/24 04:00:40  johng    if( name )
610   * Initial version of eys using boost-python.      fprintf( fid, "%s [ ", name );
611   *    else
612   *      fprintf( fid, "[ " );  
613   */    for( i=0; i<(n<60 ? n : 60); i++ )
614        fprintf( fid, "%d ", array[i] );
615      if( n>=30 )
616        fprintf( fid, "... " );
617      fprintf( fid, "]\n" );
618    }
619    void Dudley_printMaskArray( FILE *fid, dim_t n, int *array, char *name  )
620    {
621      index_t i;
622      
623      if( name )
624        fprintf( fid, "%s [ ", name );
625      else
626        fprintf( fid, "[ " );  
627      for( i=0; i<(n<60 ? n : 60); i++ )
628        if( array[i]!=-1 )
629          fprintf( fid, "%3d ", array[i] );
630        else
631          fprintf( fid, "  * " );
632      if( n>=30 )
633        fprintf( fid, "... " );
634      fprintf( fid, "]\n" );
635    }
636    #endif

Legend:
Removed from v.100  
changed lines
  Added in v.3086

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26