/[escript]/branches/doubleplusgood/dudley/src/Assemble_PDE_System2_2D.cpp
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trunk/finley/src/Assemble_PDE_System2_2D.c revision 798 by gross, Fri Aug 4 01:05:36 2006 UTC branches/domexper/dudley/src/Assemble_PDE_System2_2D.c revision 3202 by jfenwick, Thu Sep 23 23:24:09 2010 UTC
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1  /*  
2   ************************************************************  /*******************************************************
3   *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  *
4   *                                                          *  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5   *              http://www.access.edu.au                    *  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *       Primary Business: Queensland, Australia            *  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  *
8   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  * Primary Business: Queensland, Australia
9   *                                                          *  * Licensed under the Open Software License version 3.0
10   ************************************************************  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11  */  *
12    *******************************************************/
13    
14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
15    
16  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S right hand side F  */  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S right hand side F  */
17  /*    the shape functions for test and solution must be identical */  /*    the shape functions for test and solution must be identical */
18    
   
19  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m  and -(X_{k,i})_i + Y_k */  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m  and -(X_{k,i})_i + Y_k */
20    
21  /*    u has p.numComp components in a 2D domain. The shape functions for test and solution must be identical  */  /*    u has p.numComp components in a 2D domain. The shape functions for test and solution must be identical  */
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30  /*      X = p.numEqu x 2  */  /*      X = p.numEqu x 2  */
31  /*      Y = p.numEqu   */  /*      Y = p.numEqu   */
32    
   
 /**************************************************************/  
   
 /*  Author: gross@access.edu.au */  
 /*  Version: $Id:$ */  
   
33  /**************************************************************/  /**************************************************************/
34    
   
35  #include "Assemble.h"  #include "Assemble.h"
36  #include "Util.h"  #include "Util.h"
37    #ifdef _OPENMP
38    #include <omp.h>
39    #endif
40    
41  /**************************************************************/  /**************************************************************/
42    
43  void  Finley_Assemble_PDE_System2_2D(Assemble_Parameters p, Finley_ElementFile* elements,  void Dudley_Assemble_PDE_System2_2D(Assemble_Parameters p, Dudley_ElementFile * elements,
44                                       Paso_SystemMatrix* Mat, escriptDataC* F,                      Paso_SystemMatrix * Mat, escriptDataC * F,
45                                       escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y) {                      escriptDataC * A, escriptDataC * B, escriptDataC * C, escriptDataC * D,
46                        escriptDataC * X, escriptDataC * Y)
47    {
48    
49      #define DIM 2  #define DIM 2
50      index_t color;      index_t color;
51      dim_t e;      dim_t e;
52      bool_t extendedA=isExpanded(A);      __const double *A_p, *B_p, *C_p, *D_p, *X_p, *Y_p, *A_q, *B_q, *C_q, *D_q, *X_q, *Y_q;
53      bool_t extendedB=isExpanded(B);      double *EM_S, *EM_F, *DSDX;
54      bool_t extendedC=isExpanded(C);      index_t *row_index;
55      bool_t extendedD=isExpanded(D);      register dim_t q, s, r, k, m;
56      bool_t extendedX=isExpanded(X);      register double rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11;
57      bool_t extendedY=isExpanded(Y);      bool_t add_EM_F, add_EM_S;
58      double *F_p=getSampleData(F,0);  
59      double *S=p.row_jac->ReferenceElement->S;      bool_t extendedA = isExpanded(A);
60      dim_t len_EM_S=p.row_NN*p.col_NN*p.numEqu*p.numComp;      bool_t extendedB = isExpanded(B);
61      dim_t len_EM_F=p.row_NN*p.numEqu;      bool_t extendedC = isExpanded(C);
62        bool_t extendedD = isExpanded(D);
63        bool_t extendedX = isExpanded(X);
64        bool_t extendedY = isExpanded(Y);
65        double *F_p = (requireWrite(F), getSampleDataRW(F, 0)); /* use comma, to get around the mixed code and declarations thing */
66    //    double *S = p.row_jac->BasisFunctions->S;
67        const double* S = p.shapeFns;
68        dim_t len_EM_S = p.row_numShapesTotal * p.col_numShapesTotal * p.numEqu * p.numComp;
69        dim_t len_EM_F = p.row_numShapesTotal * p.numEqu;
70    
71      #pragma omp parallel private(color)  #pragma omp parallel private(color,EM_S, EM_F, Vol, DSDX, A_p, B_p, C_p, D_p, X_p, Y_p, A_q, B_q, C_q, D_q, X_q, Y_q,row_index,q, s,r,k,m,rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11,add_EM_F, add_EM_S)
72      {      {
73         double EM_S[len_EM_S], EM_F[len_EM_F];  
74         index_t row_index[p.row_NN];      EM_S = THREAD_MEMALLOC(len_EM_S, double);
75         register dim_t q, s,r,k,m;      EM_F = THREAD_MEMALLOC(len_EM_F, double);
76         register double rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11;      row_index = THREAD_MEMALLOC(p.row_numShapesTotal, index_t);
77         double *Vol, *DSDX, *A_p, *B_p, *C_p, *D_p, *X_p, *Y_p;  
78         bool_t add_EM_F, add_EM_S;      if (!Dudley_checkPtr(EM_S) && !Dudley_checkPtr(EM_F) && !Dudley_checkPtr(row_index))
79        {
80         #ifndef PASO_MPI  
81         for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {          for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
82            /*  open loop over all elements: */          {
83            #pragma omp for private(e) schedule(static)          /*  open loop over all elements: */
84            for(e=0;e<elements->numElements;e++){  #pragma omp for private(e) schedule(static)
85               if (elements->Color[e]==color) {          for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
86         #else          {
87         {              if (elements->Color[e] == color)
88            for(e=0;e<elements->numElements;e++) {              {
89               {  
90         #endif              A_p = getSampleDataRO(A, e);
91                  Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX2(0,e,p.numQuad)]);              B_p = getSampleDataRO(B, e);
92                  DSDX=&(p.row_jac->DSDX[INDEX4(0,0,0,e,p.row_NN,DIM,p.numQuad)]);              C_p = getSampleDataRO(C, e);
93                  for (q=0;q<len_EM_S;++q) EM_S[q]=0;              D_p = getSampleDataRO(D, e);
94                  for (q=0;q<len_EM_F;++q) EM_F[q]=0;              X_p = getSampleDataRO(X, e);
95                  add_EM_F=FALSE;              Y_p = getSampleDataRO(Y, e);
96                  add_EM_S=FALSE;              double vol = p.row_jac->absD[e] * p.row_jac->quadweight;
97                  /**************************************************************/              DSDX = &(p.row_jac->DSDX[INDEX5(0, 0, 0, 0, e, p.row_numShapesTotal, DIM, p.numQuadTotal, 1)]);
98                  /*   process A: */              for (q = 0; q < len_EM_S; ++q)
99                  /**************************************************************/                  EM_S[q] = 0;
100                  A_p=getSampleData(A,e);              for (q = 0; q < len_EM_F; ++q)
101                  if (NULL!=A_p) {                  EM_F[q] = 0;
102                     add_EM_S=TRUE;              add_EM_F = FALSE;
103                     if (extendedA) {              add_EM_S = FALSE;
104                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {  
105                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                /**************************************************************/
106                            for (k=0;k<p.numEqu;k++) {              /*   process A: */
107                              for (m=0;m<p.numComp;m++) {                /**************************************************************/
108                                rtmp=0;              A_p = getSampleDataRO(A, e);
109                                for (q=0;q<p.numQuad;q++) {              if (NULL != A_p)
110                                   rtmp+=Vol[q]* (              {
111                                       DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_NN,DIM)]*A_p[INDEX5(k,0,m,0,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_NN,DIM)]                  add_EM_S = TRUE;
112                                      +DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_NN,DIM)]*A_p[INDEX5(k,0,m,1,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_NN,DIM)]                  if (extendedA)
113                                      +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_NN,DIM)]*A_p[INDEX5(k,1,m,0,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_NN,DIM)]                  {
114                                      +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_NN,DIM)]*A_p[INDEX5(k,1,m,1,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_NN,DIM)]);                  A_q = &(A_p[INDEX6(0, 0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM, p.numQuadTotal)]);
115                                }                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
116                                EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+=rtmp;                  {
117                              }                      for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
118                            }                      {
119                          }                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
120                        }                      {
121                     } else {                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
122                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                          {
123                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                          rtmp = 0;
124                             rtmp00=0;                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
125                             rtmp01=0;                          {
126                             rtmp10=0;                              rtmp +=
127                             rtmp11=0;                              vol * (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
128                             for (q=0;q<p.numQuad;q++) {                                     A_q[INDEX5(k, 0, m, 0, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
129                                   rtmp0=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_NN,DIM)];                                     * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
130                                   rtmp1=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_NN,DIM)];                                     DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
131                                   rtmp00+=rtmp0*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_NN,DIM)];                                     A_q[INDEX5(k, 0, m, 1, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
132                                   rtmp01+=rtmp0*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_NN,DIM)];                                     * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
133                                   rtmp10+=rtmp1*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_NN,DIM)];                                     DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
134                                   rtmp11+=rtmp1*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_NN,DIM)];                                     A_q[INDEX5(k, 1, m, 0, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
135                             }                                     * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
136                             for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                                     DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
137                                 for (m=0;m<p.numComp;m++) {                                     A_q[INDEX5(k, 1, m, 1, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
138                                    EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+=                                     * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)]);
139                                               rtmp00*A_p[INDEX4(k,0,m,0,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                          }
140                                              +rtmp01*A_p[INDEX4(k,0,m,1,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
141                                              +rtmp10*A_p[INDEX4(k,1,m,0,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                              rtmp;
142                                              +rtmp11*A_p[INDEX4(k,1,m,1,p.numEqu,DIM,p.numComp)];                          }
143                                 }                      }
144                             }                      }
145                          }                  }
146                        }                  } else
147                    }                  {
148                  }                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
149                  /**************************************************************/                  {
150                  /*   process B: */                      for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
151                  /**************************************************************/                      {
152                  B_p=getSampleData(B,e);                      rtmp00 = 0;
153                  if (NULL!=B_p) {                      rtmp01 = 0;
154                     add_EM_S=TRUE;                      rtmp10 = 0;
155                     if (extendedB) {                      rtmp11 = 0;
156                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                      for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
157                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                      {
158                            for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          rtmp0 = vol * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
159                              for (m=0;m<p.numComp;m++) {                          rtmp1 = vol * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
160                                 rtmp=0;                          rtmp00 += rtmp0 * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
161                                 for (q=0;q<p.numQuad;q++) {                          rtmp01 += rtmp0 * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
162                                    rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)]*                          rtmp10 += rtmp1 * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
163                                         ( DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_NN,DIM)]*B_p[INDEX4(k,0,m,q,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                          rtmp11 += rtmp1 * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
164                                         + DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_NN,DIM)]*B_p[INDEX4(k,1,m,q,p.numEqu,DIM,p.numComp)]);                      }
165                                 }                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
166                                 EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+=rtmp;                      {
167                              }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
168                            }                          {
169                          }                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
170                        }                              rtmp00 * A_p[INDEX4(k, 0, m, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
171                     } else {                              + rtmp01 * A_p[INDEX4(k, 0, m, 1, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
172                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                              + rtmp10 * A_p[INDEX4(k, 1, m, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
173                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                              + rtmp11 * A_p[INDEX4(k, 1, m, 1, p.numEqu, DIM, p.numComp)];
174                              rtmp0=0;                          }
175                              rtmp1=0;                      }
176                              for (q=0;q<p.numQuad;q++) {                      }
177                                  rtmp=Vol[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)];                  }
178                                  rtmp0+=rtmp*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_NN,DIM)];                  }
179                                  rtmp1+=rtmp*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_NN,DIM)];              }
180                              }                /**************************************************************/
181                              for (k=0;k<p.numEqu;k++) {              /*   process B: */
182                                 for (m=0;m<p.numComp;m++) {                /**************************************************************/
183                                    EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+= rtmp0*B_p[INDEX3(k,0,m,p.numEqu,DIM)]              B_p = getSampleDataRO(B, e);
184                                                                                      + rtmp1*B_p[INDEX3(k,1,m,p.numEqu,DIM)];              if (NULL != B_p)
185                                 }              {
186                              }                  add_EM_S = TRUE;
187                          }                  if (extendedB)
188                        }                  {
189                     }                  B_q = &(B_p[INDEX5(0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp, p.numQuadTotal)]);
190                  }                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
191                  /**************************************************************/                  {
192                  /*   process C: */                      for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
193                  /**************************************************************/                      {
194                  C_p=getSampleData(C,e);                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
195                  if (NULL!=C_p) {                      {
196                    add_EM_S=TRUE;                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
197                    if (extendedC) {                          {
198                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                          rtmp = 0;
199                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
200                            for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          {
201                              for (m=0;m<p.numComp;m++) {                              rtmp += vol * S[INDEX2(r, q, p.row_numShapes)] *
202                                 rtmp=0;                              (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
203                                 for (q=0;q<p.numQuad;q++) {                               B_q[INDEX4(k, 0, m, q, p.numEqu, DIM, p.numComp)] +
204                                     rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*                               DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
205                                          ( C_p[INDEX4(k,m,0,q,p.numEqu,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_NN,DIM)]                               B_q[INDEX4(k, 1, m, q, p.numEqu, DIM, p.numComp)]);
206                                          + C_p[INDEX4(k,m,1,q,p.numEqu,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_NN,DIM)]);                          }
207                                 }                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
208                                 EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+=rtmp;                              rtmp;
209                              }                          }
210                            }                      }
211                          }                      }
212                        }                  }
213                    } else {                  } else
214                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                  {
215                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
216                             rtmp0=0;                  {
217                             rtmp1=0;                      for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
218                             for (q=0;q<p.numQuad;q++) {                      {
219                                     rtmp=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];                      rtmp0 = 0;
220                                     rtmp0+=rtmp*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_NN,DIM)];                      rtmp1 = 0;
221                                     rtmp1+=rtmp*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_NN,DIM)];                      for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
222                             }                      {
223                             for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          rtmp = vol * S[INDEX2(r, q, p.row_numShapes)];
224                                for (m=0;m<p.numComp;m++) {                          rtmp0 += rtmp * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
225                                       EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+=rtmp0*C_p[INDEX3(k,m,0,p.numEqu,p.numComp)]                          rtmp1 += rtmp * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
226                                                                                         +rtmp1*C_p[INDEX3(k,m,1,p.numEqu,p.numComp)];                      }
227                                }                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
228                             }                      {
229                          }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
230                        }                          {
231                    }                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
232                  }                              rtmp0 * B_p[INDEX3(k, 0, m, p.numEqu, DIM)] +
233                  /************************************************************* */                              rtmp1 * B_p[INDEX3(k, 1, m, p.numEqu, DIM)];
234                  /* process D */                          }
235                  /**************************************************************/                      }
236                  D_p=getSampleData(D,e);                      }
237                  if (NULL!=D_p) {                  }
238                    add_EM_S=TRUE;                  }
239                    if (extendedD) {              }
240                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                /**************************************************************/
241                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {              /*   process C: */
242                            for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                /**************************************************************/
243                              for (m=0;m<p.numComp;m++) {              C_p = getSampleDataRO(C, e);
244                                rtmp=0;              if (NULL != C_p)
245                                for (q=0;q<p.numQuad;q++) {              {
246                                    rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*D_p[INDEX3(k,m,q,p.numEqu,p.numComp)]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)];                  add_EM_S = TRUE;
247                                }                  if (extendedC)
248                                EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+=rtmp;                  {
249                              }                  C_q = &(C_p[INDEX5(0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, p.numComp, DIM, p.numQuadTotal)]);
250                            }                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
251                          }                  {
252                        }                      for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
253                    } else {                      {
254                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
255                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                      {
256                              rtmp=0;                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
257                              for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)];                          {
258                              for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          rtmp = 0;
259                                  for (m=0;m<p.numComp;m++) {                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
260                                    EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]+=rtmp*D_p[INDEX2(k,m,p.numEqu)];                          {
261                                 }                              rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] *
262                              }                              (C_q[INDEX4(k, m, 0, q, p.numEqu, p.numComp, DIM)] *
263                          }                               DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
264                        }                               C_q[INDEX4(k, m, 1, q, p.numEqu, p.numComp, DIM)] *
265                    }                               DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)]);
266                  }                          }
267                  /**************************************************************/                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
268                  /*   process X: */                              rtmp;
269                  /**************************************************************/                          }
270                  X_p=getSampleData(X,e);                      }
271                  if (NULL!=X_p) {                      }
272                    add_EM_F=TRUE;                  }
273                    if (extendedX) {                  } else
274                       for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                  {
275                          for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
276                            rtmp=0;                  {
277                            for (q=0;q<p.numQuad;q++) {                      for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
278                                 rtmp+=Vol[q]*(DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_NN,DIM)]*X_p[INDEX3(k,0,q,p.numEqu,DIM)]                      {
279                                              +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_NN,DIM)]*X_p[INDEX3(k,1,q,p.numEqu,DIM)]);                      rtmp0 = 0;
280                            }                      rtmp1 = 0;
281                            EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;                      for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
282                          }                      {
283                       }                          rtmp = vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)];
284                    } else {                          rtmp0 += rtmp * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
285                       for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                          rtmp1 += rtmp * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
286                             rtmp0=0;                      }
287                             rtmp1=0;                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
288                             for (q=0;q<p.numQuad;q++) {                      {
289                                 rtmp0+=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_NN,DIM)];                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
290                                 rtmp1+=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_NN,DIM)];                          {
291                             }                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
292                             for (k=0;k<p.numEqu;k++) EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp0*X_p[INDEX2(k,0,p.numEqu)]+rtmp1*X_p[INDEX2(k,1,p.numEqu)];                              rtmp0 * C_p[INDEX3(k, m, 0, p.numEqu, p.numComp)] +
293                       }                              rtmp1 * C_p[INDEX3(k, m, 1, p.numEqu, p.numComp)];
294                    }                          }
295                 }                      }
296                 /**************************************************************/                      }
297                 /*   process Y: */                  }
298                 /**************************************************************/                  }
299                  Y_p=getSampleData(Y,e);              }
300                  if (NULL!=Y_p) {                /************************************************************* */
301                    add_EM_F=TRUE;              /* process D */
302                    if (extendedY) {                /**************************************************************/
303                       for (s=0;s<p.row_NS;s++) {              D_p = getSampleDataRO(D, e);
304                          for (k=0;k<p.numEqu;k++) {              if (NULL != D_p)
305                             rtmp=0;              {
306                             for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*Y_p[INDEX2(k,q,p.numEqu)];                  add_EM_S = TRUE;
307                             EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;                  if (extendedD)
308                          }                  {
309                       }                  D_q = &(D_p[INDEX4(0, 0, 0, 0, p.numEqu, p.numComp, p.numQuadTotal)]);
310                     } else {                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
311                       for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                  {
312                           rtmp=0;                      for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
313                           for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];                      {
314                           for (k=0;k<p.numEqu;k++) EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp*Y_p[k];                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
315                       }                      {
316                     }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
317                   }                          {
318                   /***********************************************************************************************/                          rtmp = 0;
319                   /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
320                   /***********************************************************************************************/                          {
321                   for (q=0;q<p.row_NN;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];                              rtmp +=
322                   if (add_EM_F) Finley_Util_AddScatter(p.row_NN,row_index,p.numEqu,EM_F,F_p, p.row_DOF_UpperBound);                              vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] *
323                   if (add_EM_S) Finley_Assemble_addToSystemMatrix(Mat,p.row_NN,row_index,p.numEqu,p.col_NN,row_index,p.numComp,EM_S);                              D_q[INDEX3(k, m, q, p.numEqu, p.numComp)] *
324                                S[INDEX2(r, q, p.row_numShapes)];
325               } /* end color check */                          }
326            } /* end element loop */                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
327        } /* end color loop */                              rtmp;
328     } /* end parallel region */                          }
329                        }
330                        }
331                    }
332                    } else
333                    {
334                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
335                    {
336                        for (r = 0; r < p.col_numShapes; r++)
337                        {
338                        rtmp = 0;
339                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
340                            rtmp +=
341                            vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] *
342                            S[INDEX2(r, q, p.row_numShapes)];
343                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
344                        {
345                            for (m = 0; m < p.numComp; m++)
346                            {
347                            EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
348                                rtmp * D_p[INDEX2(k, m, p.numEqu)];
349                            }
350                        }
351                        }
352                    }
353                    }
354                }
355                  /**************************************************************/
356                /*   process X: */
357                  /**************************************************************/
358                X_p = getSampleDataRO(X, e);
359                if (NULL != X_p)
360                {
361                    add_EM_F = TRUE;
362                    if (extendedX)
363                    {
364                    X_q = &(X_p[INDEX4(0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numQuadTotal)]);
365                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
366                    {
367                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
368                        {
369                        rtmp = 0;
370                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
371                        {
372                            rtmp +=
373                            vol * (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
374                                   X_q[INDEX3(k, 0, q, p.numEqu, DIM)] +
375                                   DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
376                                   X_q[INDEX3(k, 1, q, p.numEqu, DIM)]);
377                        }
378                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp;
379                        }
380                    }
381                    } else
382                    {
383                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
384                    {
385                        rtmp0 = 0;
386                        rtmp1 = 0;
387                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
388                        {
389                        rtmp0 += vol * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
390                        rtmp1 += vol * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
391                        }
392                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
393                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] +=
394                            rtmp0 * X_p[INDEX2(k, 0, p.numEqu)] + rtmp1 * X_p[INDEX2(k, 1, p.numEqu)];
395                    }
396                    }
397                }
398                 /**************************************************************/
399                /*   process Y: */
400                 /**************************************************************/
401                Y_p = getSampleDataRO(Y, e);
402                if (NULL != Y_p)
403                {
404                    add_EM_F = TRUE;
405                    if (extendedY)
406                    {
407                    Y_q = &(Y_p[INDEX3(0, 0, 0, p.numEqu, p.numQuadTotal)]);
408                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
409                    {
410                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
411                        {
412                        rtmp = 0;
413                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
414                            rtmp +=
415                            vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] * Y_q[INDEX2(k, q, p.numEqu)];
416                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp;
417                        }
418                    }
419                    } else
420                    {
421                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
422                    {
423                        rtmp = 0;
424                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
425                        rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)];
426                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
427                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp * Y_p[k];
428                    }
429                    }
430                }
431                   /***********************************************************************************************/
432                /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */
433                   /***********************************************************************************************/
434                for (q = 0; q < p.row_numShapesTotal; q++)
435                    row_index[q] = p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(q, e, p.NN)]];
436    
437                if (add_EM_F)
438                    Dudley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal, row_index, p.numEqu, EM_F, F_p,
439                               p.row_DOF_UpperBound);
440                if (add_EM_S)
441                    Dudley_Assemble_addToSystemMatrix(Mat, p.row_numShapesTotal, row_index, p.numEqu,
442                                      p.col_numShapesTotal, row_index, p.numComp, EM_S);
443    
444                }       /* end color check */
445            }       /* end element loop */
446            }           /* end color loop */
447    
448            THREAD_MEMFREE(EM_S);
449            THREAD_MEMFREE(EM_F);
450            THREAD_MEMFREE(row_index);
451    
452        }           /* end of pointer check */
453        }               /* end parallel region */
454  }  }
455    
456  /*  /*
457   * $Log$   * $Log$
458   */   */

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