/[escript]/branches/doubleplusgood/dudley/src/Mesh_readGmsh.cpp
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Diff of /branches/doubleplusgood/dudley/src/Mesh_readGmsh.cpp

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revision 1062 by gross, Mon Mar 26 06:17:53 2007 UTC revision 1896 by gross, Sun Oct 19 23:16:21 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
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  *          Copyright 2006, 2007 by ACcESS MNRF             *  
  *                                                          *  
  *              http://www.access.edu.au                    *  
  *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
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  ************************************************************  
 */  
1    
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
 /*   Finley: read mesh */  
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /*   Author: gross@access.edu.au */  /*   Finley: read mesh */
 /*   Version: $Id: Mesh_read.c 730 2006-05-15 04:03:49Z bcumming $ */  
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
22  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
23    
24    #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Finley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading finley file"); return NULL;} }
25    
26  /**************************************************************/  /**************************************************************/
27    
# Line 31  Line 29 
29    
30  #define MAX_numNodes_gmsh 10  #define MAX_numNodes_gmsh 10
31    
32  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize_labeling) {  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize) {
33    
34    double version = 1.0;    double version = 1.0;
35    int format = 0, size = sizeof(double);    int format = 0, size = sizeof(double), scan_ret;
36    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement, numNodesPerElement2, element_dim;    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement, numNodesPerElement2, element_dim;
37    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, final_element_type,  elementary_id;    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, elementary_id;
38    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;
39    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
40    char line[LenString_MAX+1];    char line[LenString_MAX+1];
# Line 46  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 44  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
44    FILE * fileHandle_p = NULL;    FILE * fileHandle_p = NULL;
45    ElementTypeId* element_type=NULL;    ElementTypeId* element_type=NULL;
46    
47      Paso_MPIInfo *mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
48    Finley_resetError();    Finley_resetError();
49   #if PASO_MPI    if (mpi_info->size>1) {
50      sprintf(error_msg,"reading GMSH with MPI is not supported yet.");      Finley_setError(IO_ERROR,"reading GMSH with MPI is not supported yet.");
51      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);      Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
52      return NULL;      return NULL;
53      } else {
54    
55  #else       /* allocate mesh */
56    /* allocate mesh */    
57         mesh_p = Finley_Mesh_alloc(fname,numDim,order, reduced_order, mpi_info);
58    mesh_p = Finley_Mesh_alloc(fname,numDim,order, reduced_order);       if (! Finley_noError()) return NULL;
   if (! Finley_noError()) return NULL;  
   
   /* get file handle */  
   fileHandle_p = fopen(fname, "r");  
   if (fileHandle_p==NULL) {  
     sprintf(error_msg,"Opening Gmsh file %s for reading failed.",fname);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return NULL;  
   }  
   
   /* start reading */  
   while(1) {  
     if (! Finley_noError()) break;  
     /* find line staring with $ */  
     do {  
       if( ! fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p) ) break;  
       if(feof(fileHandle_p)) break;  
     } while(line[0] != '$');  
   
     if (feof(fileHandle_p)) break;  
   
   
     /* format */  
     if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {  
       fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);  
     }  
     /* nodes are read */  
     if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||  
          !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||  
          !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {  
       
       fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);  
       if (! Finley_noError()) break;  
       Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);  
       if (! Finley_noError()) break;  
       for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {  
          if (1 == numDim) {  
            fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],  
                       &rtmp0,  
                       &rtmp1);  
          } else if (2 == numDim) {  
            fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],  
                       &rtmp0);  
          } else if (3 == numDim) {  
            fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],  
                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);  
59        
60               /* get file handle */
61         fileHandle_p = fopen(fname, "r");
62         if (fileHandle_p==NULL) {
63           sprintf(error_msg,"Opening Gmsh file %s for reading failed.",fname);
64           Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
65           Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
66           return NULL;
67         }
68      
69         /* start reading */
70         while(1) {
71           if (! Finley_noError()) break;
72           /* find line staring with $ */
73           do {
74             if( ! fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p) ) break;
75             if(feof(fileHandle_p)) break;
76           } while(line[0] != '$');
77      
78           if (feof(fileHandle_p)) break;
79      
80      
81           /* format */
82           if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {
83             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);
84         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
85           }
86           /* nodes are read */
87           if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||
88                !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||
89                !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {
90            
91             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);
92         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
93             if (! Finley_noError()) break;
94             Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);
95             if (! Finley_noError()) break;
96             for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
97                if (1 == numDim) {
98               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
99                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
100                             &rtmp0,
101                             &rtmp1);
102               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
103                } else if (2 == numDim) {
104               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
105                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
106                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
107                             &rtmp0);
108               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
109                } else if (3 == numDim) {
110               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
111                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
112                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
113                      &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);
114               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
115                }
116                mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];
117                mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;
118           }           }
119           mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];         }
120           mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;         /* elements */
121        }         else if(!strncmp(&line[1], "ELM", 3) ||
122      }          !strncmp(&line[1], "Elements", 8)) {
123      /* elements */    
124      else if(!strncmp(&line[1], "ELM", 3) ||           ElementTypeId final_element_type = NoType;
125          !strncmp(&line[1], "Elements", 8)) {           ElementTypeId final_face_element_type = NoType;
126             ElementTypeId contact_element_type = NoType;
127        ElementTypeId final_element_type = NoType;           numElements=0;
128        ElementTypeId final_face_element_type = NoType;           numFaceElements=0;
129        numElements=0;           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);
130        numFaceElements=0;       FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
131        fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);    
132             id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
133        id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);           tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
134        tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);    
135      
136             element_type=TMPMEMALLOC(totalNumElements,ElementTypeId);
137        element_type=TMPMEMALLOC(totalNumElements,ElementTypeId);           vertices=TMPMEMALLOC(totalNumElements*MAX_numNodes_gmsh,index_t);
138        vertices=TMPMEMALLOC(totalNumElements*MAX_numNodes_gmsh,index_t);           if (! (Finley_checkPtr(id) || Finley_checkPtr(tag) || Finley_checkPtr(element_type) || Finley_checkPtr(vertices) ) ) {
139        if (! (Finley_checkPtr(id) || Finley_checkPtr(tag) || Finley_checkPtr(element_type) || Finley_checkPtr(vertices) ) ) {              /* read all in */
140           /* read all in */              for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {
141           for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);
142             fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);            FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
143             switch (gmsh_type) {                switch (gmsh_type) {
144                 case 1:  /* line order 1 */                    case 1:  /* line order 1 */
145                     element_type[e]=Line2;                        element_type[e]=Line2;
146                     element_dim=1;                        element_dim=1;
147                     numNodesPerElement=2;                          numNodesPerElement=2;  
148                     break;                        break;
149                 case 2:  /* traingle order 1 */                    case 2:  /* traingle order 1 */
150                     element_type[e]=Tri3;                        element_type[e]=Tri3;
151                     numNodesPerElement= 3;                        numNodesPerElement= 3;
152                     element_dim=2;                        element_dim=2;
153                     break;                        break;
154                 case 3:  /* quadrilateral order 1 */                    case 3:  /* quadrilateral order 1 */
155                     element_type[e]=Rec4;                        element_type[e]=Rec4;
156                     numNodesPerElement= 4;                        numNodesPerElement= 4;
157                     element_dim=2;                        element_dim=2;
158                     break;                        break;
159                 case 4:  /* tetrahedron order 1 */                    case 4:  /* tetrahedron order 1 */
160                     element_type[e]=Tet4;                        element_type[e]=Tet4;
161                     numNodesPerElement= 4;                        numNodesPerElement= 4;
162                     element_dim=3;                        element_dim=3;
163                     break;                        break;
164                 case 5:  /* hexahedron order 1 */                    case 5:  /* hexahedron order 1 */
165                     element_type[e]=Hex8;                        element_type[e]=Hex8;
166                     numNodesPerElement= 8;                        numNodesPerElement= 8;
167                     element_dim=3;                        element_dim=3;
168                     break;                        break;
169                 case 8:  /* line order 2 */                    case 8:  /* line order 2 */
170                     element_type[e]=Line3;                        element_type[e]=Line3;
171                     numNodesPerElement= 3;                        numNodesPerElement= 3;
172                     element_dim=1;                        element_dim=1;
173                     break;                        break;
174                 case 9:  /* traingle order 2 */                    case 9:  /* traingle order 2 */
175                     element_type[e]=Tri6;                        element_type[e]=Tri6;
176                     numNodesPerElement= 6;                        numNodesPerElement= 6;
177                     element_dim=2;                        element_dim=2;
178                     break;                        break;
179                 case 10:  /* quadrilateral order 2 */                    case 10:  /* quadrilateral order 2 */
180                     element_type[e]=Rec9;                        element_type[e]=Rec9;
181                     numNodesPerElement= 9;                        numNodesPerElement= 9;
182                     element_dim=2;                        element_dim=2;
183                     break;                        break;
184                 case 11:  /* tetrahedron order 2 */                    case 11:  /* tetrahedron order 2 */
185                     element_type[e]=Tet10;                        element_type[e]=Tet10;
186                     numNodesPerElement= 10;                        numNodesPerElement= 10;
187                     element_dim=3;                        element_dim=3;
188                     break;                        break;
189                 case 15 :  /* point */                    case 15 :  /* point */
190                     element_type[e]=Point1;                        element_type[e]=Point1;
191                     numNodesPerElement= 1;                        numNodesPerElement= 1;
192                     element_dim=0;                        element_dim=0;
193                     break;                        break;
194                 default:                    default:
195                    element_type[e]=NoType;                       element_type[e]=NoType;
196                    sprintf(error_msg,"Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.",gmsh_type,fname);                       sprintf(error_msg,"Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.",gmsh_type,fname);
197                    Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                       Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
198             }                }
199             if (element_dim == numDim) {                if (element_dim == numDim) {
200                     if (final_element_type == NoType) {
201                        final_element_type = element_type[e];
202                     } else if (final_element_type != element_type[e]) {
203                         sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of internal elements only.");
204                         Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
205                         break;
206                     }
207                     numElements++;
208                  } else if (element_dim == numDim-1) {
209                     if (final_face_element_type == NoType) {
210                        final_face_element_type = element_type[e];
211                     } else if (final_face_element_type != element_type[e]) {
212                         sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of face elements only.");
213                         Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
214                         break;
215                     }
216                     numFaceElements++;
217                  }
218                  
219           if(version <= 1.0){
220             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);
221             FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
222             partition_id = 1;
223                    if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {
224                         sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);
225                         Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
226                    }
227           } else {
228             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);
229             FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
230             elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;
231                    numNodesPerElement2=-1;
232             for(j = 0; j < numTags; j++){
233               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);        
234               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
235               if (j == 0) {
236                 tag[e] = itmp;
237               } else if (j == 1) {
238                 elementary_id = itmp;
239               } else if (j == 2) {
240                 partition_id = itmp;
241                      }
242               /* ignore any other tags */
243             }
244           }
245                  if (! Finley_noError()) break;
246                  for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) {
247            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);
248                FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
249              }
250                  /* for tet10 the last two nodes need to be swapped */
251                  if (element_type[e]==Tet10) {
252                       itmp=vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)];
253                       vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)]=vertices[INDEX2(8,e,MAX_numNodes_gmsh)];
254                       vertices[INDEX2(8,e,MAX_numNodes_gmsh)]=itmp;
255                  }
256                }
257                /* all elements have been read, now we have to identify the elements for finley */
258            
259                if (Finley_noError()) {
260                  /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */
261                if (final_element_type == NoType) {                if (final_element_type == NoType) {
262                   final_element_type = element_type[e];                   if (numDim==1) {
263                } else if (final_element_type != element_type[e]) {                      final_element_type=Line2;
264                    sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of internal elements only.");                   } else if (numDim==2) {
265                    Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                      final_element_type=Tri3;
266                    break;                   } else if (numDim==3) {
267                        final_element_type=Tet4;
268                     }
269                }                }
               numElements++;  
            } else if (element_dim == numDim-1) {  
270                if (final_face_element_type == NoType) {                if (final_face_element_type == NoType) {
271                   final_face_element_type = element_type[e];                   if (numDim==1) {
272                } else if (final_face_element_type != element_type[e]) {                      final_face_element_type=Point1;
273                    sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of face elements only.");                   } else if (numDim==2) {
274                    Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                      final_face_element_type=Line2;
275                    break;                   } else if (numDim==3) {
276                }                      final_face_element_type=Tri3;
277                numFaceElements++;                   }
            }  
             
        if(version <= 1.0){  
          fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);  
          partition_id = 1;  
              if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {  
                   sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);  
                   Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
              }  
        } else {  
          fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);  
          elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;  
              numNodesPerElement2=-1;  
          for(j = 0; j < numTags; j++){  
            fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);        
            if (j == 0) {  
              tag[e] = itmp;  
            } else if (j == 1) {  
              elementary_id = itmp;  
            } else if (j == 2) {  
              partition_id = itmp;  
                }  
            /* ignore any other tags */  
          }  
        }  
            if (! Finley_noError()) break;  
            for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);  
          }  
          /* all elements have been read, now we have to identify the elements for finley */  
       
          if (Finley_noError()) {  
            /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */  
            if (final_element_type == NoType) {  
               if (numDim==1) {  
                  final_element_type=Line2;  
               } else if (numDim==2) {  
                  final_element_type=Tri3;  
               } else if (numDim==2) {  
                  final_element_type=Tet4;  
278                }                }
279             }                if (final_face_element_type == Line2) {
280             if (final_face_element_type == NoType) {                    contact_element_type=Line2_Contact;
281                if (numDim==1) {                } else  if (final_face_element_type == Line3) {
282                   final_face_element_type=Point1;                    contact_element_type=Line3_Contact;
283                } else if (numDim==2) {                } else  if (final_face_element_type == Tri3) {
284                   final_face_element_type=Line2;                    contact_element_type=Tri3_Contact;
285                } else if (numDim==2) {                } else  if (final_face_element_type == Tri6) {
286                   final_face_element_type=Tri3;                    contact_element_type=Tri6_Contact;
287                  } else {
288                      contact_element_type=Point1_Contact;
289                }                }
290             }  
291             mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(final_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);                mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(final_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
292             mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(final_face_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);                mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(final_face_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
293             mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(Point1_Contact,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);                mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(contact_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
294             mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(Point1,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);                mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(Point1,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
295             if (Finley_noError()) {                if (Finley_noError()) {
296                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);
297                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);
298                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, 0);                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, 0);
299                 Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);
300                 if (Finley_noError()) {                    if (Finley_noError()) {
301                     mesh_p->Elements->minColor=0;                        mesh_p->Elements->minColor=0;
302                     mesh_p->Elements->maxColor=numElements-1;                        mesh_p->Elements->maxColor=numElements-1;
303                     mesh_p->FaceElements->minColor=0;                        mesh_p->FaceElements->minColor=0;
304                     mesh_p->FaceElements->maxColor=numFaceElements-1;                        mesh_p->FaceElements->maxColor=numFaceElements-1;
305                     mesh_p->ContactElements->minColor=0;                        mesh_p->ContactElements->minColor=0;
306                     mesh_p->ContactElements->maxColor=0;                        mesh_p->ContactElements->maxColor=0;
307                     mesh_p->Points->minColor=0;                        mesh_p->Points->minColor=0;
308                     mesh_p->Points->maxColor=0;                        mesh_p->Points->maxColor=0;
309                     numElements=0;                        numElements=0;
310                     numFaceElements=0;                        numFaceElements=0;
311                     for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {                        for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {
312                        if (element_type[e] == final_element_type) {                           if (element_type[e] == final_element_type) {
313                           mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];                              mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];
314                           mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];                              mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];
315                           mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;                              mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;
316                           for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)                              mesh_p->Elements->Owner[numElements]=0;
317                                    mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=                              for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)  {
318                                                                                                    vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                                    mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
319                           numElements++;                              }
320                        } else if (element_type[e] == final_face_element_type) {                              numElements++;
321                           mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];                           } else if (element_type[e] == final_face_element_type) {
322                           mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];                              mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];
323                           mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;                              mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];
324                           for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)                              mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;
325                                    mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=                              mesh_p->FaceElements->Owner[numElements]=0;
326                                                                                                    vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                              for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j) {
327                           numFaceElements++;                                       mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
328                                }
329                                numFaceElements++;
330                             }
331                        }                        }
332                     }                   }
333                }                }
334             }              }
335           }           }
336             /* and clean up */
337             TMPMEMFREE(id);
338             TMPMEMFREE(tag);
339             TMPMEMFREE(element_type);
340             TMPMEMFREE(vertices);
341        }        }
342        /* and clean up */        /* serach for end of data block */
343        TMPMEMFREE(id);        do {
344        TMPMEMFREE(tag);           if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p)) {
345        TMPMEMFREE(element_type);              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);
346        TMPMEMFREE(vertices);              Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
347     }           }
348     /* serach for end of data block */           if (feof(fileHandle_p)) {
349     do {              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);
350        if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p)) {              Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
351           sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);           }
352           Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);           if (! Finley_noError()) break;
353        }         } while(line[0] != '$');
354        if (feof(fileHandle_p)) {       }
355           sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);    
356           Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);       /* close file */
357        }       fclose(fileHandle_p);
358        if (! Finley_noError()) break;       /* clean up */
359      } while(line[0] != '$');       if (! Finley_noError()) {
360    }          Finley_Mesh_free(mesh_p);
361            return NULL;
362    /* close file */       }
363    fclose(fileHandle_p);       /*   resolve id's : */
364    /* clean up */       Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
365    if (! Finley_noError()) {       /* rearrange elements: */
366       Finley_Mesh_dealloc(mesh_p);       Finley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
367       return NULL;       /* that's it */
368    }       #ifdef Finley_TRACE
369    /*   resolve id's : */       printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);
370    Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);       #endif
371    /* rearrange elements: */       Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
372    Finley_Mesh_prepare(mesh_p);       return mesh_p;
   /* that's it */  
   #ifdef Finley_TRACE  
   printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);  
   #endif  
   #endif  
   if (Finley_noError()) {  
        if (  ! Finley_Mesh_isPrepared(mesh_p)) {  
           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Mesh is not prepared for calculation. Contact the programmers.");  
        }  
373    }    }
   return mesh_p;  
374  }  }

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