/[escript]/branches/doubleplusgood/dudley/src/Mesh_readGmsh.cpp
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trunk/finley/src/Mesh_readGmsh.c revision 1062 by gross, Mon Mar 26 06:17:53 2007 UTC branches/domexper/dudley/src/Mesh_readGmsh.c revision 3247 by caltinay, Wed Oct 6 05:53:06 2010 UTC
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 /*  
  ************************************************************  
  *          Copyright 2006, 2007 by ACcESS MNRF             *  
  *                                                          *  
  *              http://www.access.edu.au                    *  
  *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
  *                                                          *  
  ************************************************************  
 */  
1    
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
4  /*   Finley: read mesh */  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
15    
16  /*   Author: gross@access.edu.au */  /*   Dudley: read mesh */
 /*   Version: $Id: Mesh_read.c 730 2006-05-15 04:03:49Z bcumming $ */  
17    
18  /**************************************************************/  /**************************************************************/
19    
20  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
21  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
22    
23    #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Dudley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading dudley file"); return NULL;} }
24    
25  /**************************************************************/  /**************************************************************/
26    
27  /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */  /*  reads a mesh from a Dudley file of name fname */
   
 #define MAX_numNodes_gmsh 10  
28    
29  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize_labeling) {  #define MAX_numNodes_gmsh 20
30    
31    double version = 1.0;  Dudley_Mesh *Dudley_Mesh_readGmsh(char *fname, index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize,
32    int format = 0, size = sizeof(double);                    bool_t useMacroElements)
33    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement, numNodesPerElement2, element_dim;  {
34    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, final_element_type,  elementary_id;  
35    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;      double version = 1.0;
36    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;      int format = 0, size = sizeof(double), scan_ret;
37    char line[LenString_MAX+1];      dim_t numNodes, totalNumElements = 0, numTags = 0, numNodesPerElement = 0, numNodesPerElement2, element_dim = 0;
38    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];      index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, elementary_id;
39    double rtmp0, rtmp1;      index_t numElements = 0, numFaceElements = 0, *id = NULL, *tag = NULL, *vertices = NULL;
40    double time0=Finley_timer();      Dudley_Mesh *mesh_p = NULL;
41    FILE * fileHandle_p = NULL;      char line[LenString_MAX + 1];
42    ElementTypeId* element_type=NULL;      char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
43        double rtmp0, rtmp1;
44    Finley_resetError();  #ifdef Dudley_TRACE
45   #if PASO_MPI      double time0 = Dudley_timer();
46      sprintf(error_msg,"reading GMSH with MPI is not supported yet.");  #endif
47      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);      FILE *fileHandle_p = NULL;
48      return NULL;      Dudley_ElementTypeId *element_type = NULL;
49    
50  #else      Esys_MPIInfo *mpi_info = Esys_MPIInfo_alloc(MPI_COMM_WORLD);
51    /* allocate mesh */      Dudley_resetError();
52        if (mpi_info->size > 1)
53    mesh_p = Finley_Mesh_alloc(fname,numDim,order, reduced_order);      {
54    if (! Finley_noError()) return NULL;      Dudley_setError(IO_ERROR, "reading GMSH with MPI is not supported yet.");
55        Esys_MPIInfo_free(mpi_info);
56    /* get file handle */      return NULL;
   fileHandle_p = fopen(fname, "r");  
   if (fileHandle_p==NULL) {  
     sprintf(error_msg,"Opening Gmsh file %s for reading failed.",fname);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return NULL;  
   }  
   
   /* start reading */  
   while(1) {  
     if (! Finley_noError()) break;  
     /* find line staring with $ */  
     do {  
       if( ! fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p) ) break;  
       if(feof(fileHandle_p)) break;  
     } while(line[0] != '$');  
   
     if (feof(fileHandle_p)) break;  
   
   
     /* format */  
     if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {  
       fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);  
57      }      }
58      /* nodes are read */      else
59      if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||      {
60           !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||  
61           !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {      /* allocate mesh */
62        
63        fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);      mesh_p = Dudley_Mesh_alloc(fname, numDim, mpi_info);
64        if (! Finley_noError()) break;      if (!Dudley_noError())
65        Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);          return NULL;
66        if (! Finley_noError()) break;  
67        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {      /* get file handle */
68           if (1 == numDim) {      fileHandle_p = fopen(fname, "r");
69             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],      if (fileHandle_p == NULL)
70                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],      {
71                        &rtmp0,          sprintf(error_msg, "Opening Gmsh file %s for reading failed.", fname);
72                        &rtmp1);          Dudley_setError(IO_ERROR, error_msg);
73           } else if (2 == numDim) {          Esys_MPIInfo_free(mpi_info);
74             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],          return NULL;
75                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],      }
76                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],  
77                        &rtmp0);      /* start reading */
78           } else if (3 == numDim) {      while (1)
79             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],      {
80                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],          if (!Dudley_noError())
81                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],          break;
82                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);          /* find line staring with $ */
83              do
84                  {
85           }          if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p))
86           mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];              break;
87           mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;          if (feof(fileHandle_p))
88        }              break;
89            }
90            while (line[0] != '$');
91    
92            if (feof(fileHandle_p))
93            break;
94    
95            /* format */
96            if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10))
97            {
98            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);
99            FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
100            }
101            /* nodes are read */
102            if (!strncmp(&line[1], "NOD", 3) || !strncmp(&line[1], "NOE", 3) || !strncmp(&line[1], "Nodes", 5))
103            {
104    
105            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);
106            FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
107            if (!Dudley_noError())
108                break;
109            Dudley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);
110            if (!Dudley_noError())
111                break;
112            for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)
113            {
114                if (1 == numDim)
115                {
116                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
117                          &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i0, numDim)], &rtmp0, &rtmp1);
118                FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
119                }
120                else if (2 == numDim)
121                {
122                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
123                          &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i0, numDim)],
124                          &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i0, numDim)], &rtmp0);
125                FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
126                }
127                else if (3 == numDim)
128                {
129                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
130                          &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i0, numDim)],
131                          &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i0, numDim)],
132                          &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i0, numDim)]);
133                FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
134                }
135                mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0] = mesh_p->Nodes->Id[i0];
136                mesh_p->Nodes->Tag[i0] = 0;
137            }
138            }
139            /* elements */
140            else if (!strncmp(&line[1], "ELM", 3) || !strncmp(&line[1], "Elements", 8))
141            {
142    
143            Dudley_ElementTypeId final_element_type = Dudley_NoRef;
144            Dudley_ElementTypeId final_face_element_type = Dudley_NoRef;
145            numElements = 0;
146            numFaceElements = 0;
147            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);
148            FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
149    
150            id = TMPMEMALLOC(totalNumElements, index_t);
151            tag = TMPMEMALLOC(totalNumElements, index_t);
152    
153            element_type = TMPMEMALLOC(totalNumElements, Dudley_ElementTypeId);
154            vertices = TMPMEMALLOC(totalNumElements * MAX_numNodes_gmsh, index_t);
155            if (!
156                (Dudley_checkPtr(id) || Dudley_checkPtr(tag) || Dudley_checkPtr(element_type)
157                 || Dudley_checkPtr(vertices)))
158            {
159                /* read all in */
160                for (e = 0; e < totalNumElements; e++)
161                {
162                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);
163                FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
164                switch (gmsh_type)
165                {
166                case 1: /* line order 1 */
167                    element_type[e] = Dudley_Line2;
168                    element_dim = 1;
169                    numNodesPerElement = 2;
170                    break;
171                case 2: /* triangle order 1 */
172                    element_type[e] = Dudley_Tri3;
173                    numNodesPerElement = 3;
174                    element_dim = 2;
175                    break;
176                case 4: /* tetrahedron order 1 */
177                    element_type[e] = Dudley_Tet4;
178                    numNodesPerElement = 4;
179                    element_dim = 3;
180                    break;
181                case 15:    /* point */
182                    element_type[e] = Dudley_Point1;
183                    numNodesPerElement = 1;
184                    element_dim = 0;
185                    break;
186                default:
187                    element_type[e] = Dudley_NoRef;
188                    sprintf(error_msg, "Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.", gmsh_type, fname);
189                    Dudley_setError(IO_ERROR, error_msg);
190                }
191                if (element_dim == numDim)
192                {
193                    if (final_element_type == Dudley_NoRef)
194                    {
195                    final_element_type = element_type[e];
196                    }
197                    else if (final_element_type != element_type[e])
198                    {
199                    sprintf(error_msg, "Dudley can handle a single type of internal elements only.");
200                    Dudley_setError(IO_ERROR, error_msg);
201                    break;
202                    }
203                    numElements++;
204                }
205                else if (element_dim == numDim - 1)
206                {
207                    if (final_face_element_type == Dudley_NoRef)
208                    {
209                    final_face_element_type = element_type[e];
210                    }
211                    else if (final_face_element_type != element_type[e])
212                    {
213                    sprintf(error_msg, "Dudley can handle a single type of face elements only.");
214                    Dudley_setError(IO_ERROR, error_msg);
215                    break;
216                    }
217                    numFaceElements++;
218                }
219    
220                if (version <= 1.0)
221                {
222                    scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);
223                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
224                    partition_id = 1;
225                    if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement)
226                    {
227                    sprintf(error_msg, "Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.", id[e],
228                        fname);
229                    Dudley_setError(IO_ERROR, error_msg);
230                    }
231                }
232                else
233                {
234                    scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);
235                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
236                    elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;
237                    numNodesPerElement2 = -1;
238                    for (j = 0; j < numTags; j++)
239                    {
240                    scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);
241                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
242                    if (j == 0)
243                    {
244                        tag[e] = itmp;
245                    }
246                    else if (j == 1)
247                    {
248                        elementary_id = itmp;
249                    }
250                    else if (j == 2)
251                    {
252                        partition_id = itmp;
253                    }
254                    /* ignore any other tags */
255                    }
256                }
257                if (!Dudley_noError())
258                    break;
259                for (j = 0; j < numNodesPerElement; j++)
260                {
261                    scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j, e, MAX_numNodes_gmsh)]);
262                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
263                }
264                }
265                /* all elements have been read, now we have to identify the elements for dudley */
266    
267                if (Dudley_noError())
268                {
269                /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */
270                if (final_element_type == Dudley_NoRef)
271                {
272                    if (numDim == 1)
273                    {
274                    final_element_type = Dudley_Line2;
275                    }
276                    else if (numDim == 2)
277                    {
278                    final_element_type = Dudley_Tri3;
279                    }
280                    else if (numDim == 3)
281                    {
282                    final_element_type = Dudley_Tet4;
283                    }
284                }
285                if (final_face_element_type == Dudley_NoRef)
286                {
287                    if (numDim == 1)
288                    {
289                    final_face_element_type = Dudley_Point1;
290                    }
291                    else if (numDim == 2)
292                    {
293                    final_face_element_type = Dudley_Line2;
294                    }
295                    else if (numDim == 3)
296                    {
297                    final_face_element_type = Dudley_Tri3;
298                    }
299                }
300                mesh_p->Elements = Dudley_ElementFile_alloc(final_element_type, mpi_info);
301                mesh_p->FaceElements = Dudley_ElementFile_alloc(final_face_element_type, mpi_info);
302                mesh_p->Points = Dudley_ElementFile_alloc(Dudley_Point1, mpi_info);
303                if (Dudley_noError())
304                {
305                    Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);
306                    Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);
307                    Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);
308                    if (Dudley_noError())
309                    {
310                    mesh_p->Elements->minColor = 0;
311                    mesh_p->Elements->maxColor = numElements - 1;
312                    mesh_p->FaceElements->minColor = 0;
313                    mesh_p->FaceElements->maxColor = numFaceElements - 1;
314                    mesh_p->Points->minColor = 0;
315                    mesh_p->Points->maxColor = 0;
316                    numElements = 0;
317                    numFaceElements = 0;
318                    for (e = 0; e < totalNumElements; e++)
319                    {
320                        if (element_type[e] == final_element_type)
321                        {
322                        mesh_p->Elements->Id[numElements] = id[e];
323                        mesh_p->Elements->Tag[numElements] = tag[e];
324                        mesh_p->Elements->Color[numElements] = numElements;
325                        mesh_p->Elements->Owner[numElements] = 0;
326                        for (j = 0; j < mesh_p->Elements-> /*referenceElementSet-> */ numNodes; ++j)
327                        {
328                            mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2
329                                        (j, numElements,
330                                         mesh_p->
331                                         Elements-> /*referenceElementSet-> */ numNodes)] =
332                            vertices[INDEX2(j, e, MAX_numNodes_gmsh)];
333                        }
334                        numElements++;
335                        }
336                        else if (element_type[e] == final_face_element_type)
337                        {
338                        mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements] = id[e];
339                        mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements] = tag[e];
340                        mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements] = numFaceElements;
341                        mesh_p->FaceElements->Owner[numFaceElements] = 0;
342                        for (j = 0; j < mesh_p->FaceElements-> /*referenceElementSet-> */ numNodes; ++j)
343                        {
344                            mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2
345                                        (j, numFaceElements,
346                                         mesh_p->
347                                         FaceElements-> /*referenceElementSet-> */
348                                         numNodes)] =
349                            vertices[INDEX2(j, e, MAX_numNodes_gmsh)];
350                        }
351                        numFaceElements++;
352                        }
353                    }
354                    }
355                }
356                }
357            }
358            /* and clean up */
359            TMPMEMFREE(id);
360            TMPMEMFREE(tag);
361            TMPMEMFREE(element_type);
362            TMPMEMFREE(vertices);
363            }
364            /* serach for end of data block */
365            do
366            {
367            if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p))
368            {
369                sprintf(error_msg, "Unexected end of file in %s", fname);
370                Dudley_setError(IO_ERROR, error_msg);
371            }
372            if (feof(fileHandle_p))
373            {
374                sprintf(error_msg, "Unexected end of file in %s", fname);
375                Dudley_setError(IO_ERROR, error_msg);
376            }
377            if (!Dudley_noError())
378                break;
379            }
380            while (line[0] != '$');
381        }
382    
383        /* close file */
384        fclose(fileHandle_p);
385        /* clean up */
386        if (!Dudley_noError())
387        {
388            Dudley_Mesh_free(mesh_p);
389            return NULL;
390        }
391        /*   resolve id's : */
392        if (Dudley_noError())
393            Dudley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
394        /* rearrange elements: */
395        if (Dudley_noError())
396            Dudley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
397        /* free up memory */
398        Esys_MPIInfo_free(mpi_info);
399        if (!Dudley_noError())
400        {
401            Dudley_Mesh_free(mesh_p);
402            return NULL;
403        }
404        else
405        {
406            return mesh_p;
407        }
408      }      }
     /* elements */  
     else if(!strncmp(&line[1], "ELM", 3) ||  
         !strncmp(&line[1], "Elements", 8)) {  
   
       ElementTypeId final_element_type = NoType;  
       ElementTypeId final_face_element_type = NoType;  
       numElements=0;  
       numFaceElements=0;  
       fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);  
   
       id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);  
       tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);  
   
   
       element_type=TMPMEMALLOC(totalNumElements,ElementTypeId);  
       vertices=TMPMEMALLOC(totalNumElements*MAX_numNodes_gmsh,index_t);  
       if (! (Finley_checkPtr(id) || Finley_checkPtr(tag) || Finley_checkPtr(element_type) || Finley_checkPtr(vertices) ) ) {  
          /* read all in */  
          for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {  
            fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);  
            switch (gmsh_type) {  
                case 1:  /* line order 1 */  
                    element_type[e]=Line2;  
                    element_dim=1;  
                    numNodesPerElement=2;    
                    break;  
                case 2:  /* traingle order 1 */  
                    element_type[e]=Tri3;  
                    numNodesPerElement= 3;  
                    element_dim=2;  
                    break;  
                case 3:  /* quadrilateral order 1 */  
                    element_type[e]=Rec4;  
                    numNodesPerElement= 4;  
                    element_dim=2;  
                    break;  
                case 4:  /* tetrahedron order 1 */  
                    element_type[e]=Tet4;  
                    numNodesPerElement= 4;  
                    element_dim=3;  
                    break;  
                case 5:  /* hexahedron order 1 */  
                    element_type[e]=Hex8;  
                    numNodesPerElement= 8;  
                    element_dim=3;  
                    break;  
                case 8:  /* line order 2 */  
                    element_type[e]=Line3;  
                    numNodesPerElement= 3;  
                    element_dim=1;  
                    break;  
                case 9:  /* traingle order 2 */  
                    element_type[e]=Tri6;  
                    numNodesPerElement= 6;  
                    element_dim=2;  
                    break;  
                case 10:  /* quadrilateral order 2 */  
                    element_type[e]=Rec9;  
                    numNodesPerElement= 9;  
                    element_dim=2;  
                    break;  
                case 11:  /* tetrahedron order 2 */  
                    element_type[e]=Tet10;  
                    numNodesPerElement= 10;  
                    element_dim=3;  
                    break;  
                case 15 :  /* point */  
                    element_type[e]=Point1;  
                    numNodesPerElement= 1;  
                    element_dim=0;  
                    break;  
                default:  
                   element_type[e]=NoType;  
                   sprintf(error_msg,"Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.",gmsh_type,fname);  
                   Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
            }  
            if (element_dim == numDim) {  
               if (final_element_type == NoType) {  
                  final_element_type = element_type[e];  
               } else if (final_element_type != element_type[e]) {  
                   sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of internal elements only.");  
                   Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
                   break;  
               }  
               numElements++;  
            } else if (element_dim == numDim-1) {  
               if (final_face_element_type == NoType) {  
                  final_face_element_type = element_type[e];  
               } else if (final_face_element_type != element_type[e]) {  
                   sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of face elements only.");  
                   Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
                   break;  
               }  
               numFaceElements++;  
            }  
             
        if(version <= 1.0){  
          fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);  
          partition_id = 1;  
              if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {  
                   sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);  
                   Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
              }  
        } else {  
          fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);  
          elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;  
              numNodesPerElement2=-1;  
          for(j = 0; j < numTags; j++){  
            fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);        
            if (j == 0) {  
              tag[e] = itmp;  
            } else if (j == 1) {  
              elementary_id = itmp;  
            } else if (j == 2) {  
              partition_id = itmp;  
                }  
            /* ignore any other tags */  
          }  
        }  
            if (! Finley_noError()) break;  
            for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);  
          }  
          /* all elements have been read, now we have to identify the elements for finley */  
       
          if (Finley_noError()) {  
            /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */  
            if (final_element_type == NoType) {  
               if (numDim==1) {  
                  final_element_type=Line2;  
               } else if (numDim==2) {  
                  final_element_type=Tri3;  
               } else if (numDim==2) {  
                  final_element_type=Tet4;  
               }  
            }  
            if (final_face_element_type == NoType) {  
               if (numDim==1) {  
                  final_face_element_type=Point1;  
               } else if (numDim==2) {  
                  final_face_element_type=Line2;  
               } else if (numDim==2) {  
                  final_face_element_type=Tri3;  
               }  
            }  
            mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(final_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);  
            mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(final_face_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);  
            mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(Point1_Contact,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);  
            mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(Point1,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);  
            if (Finley_noError()) {  
                Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);  
                Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);  
                Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, 0);  
                Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);  
                if (Finley_noError()) {  
                    mesh_p->Elements->minColor=0;  
                    mesh_p->Elements->maxColor=numElements-1;  
                    mesh_p->FaceElements->minColor=0;  
                    mesh_p->FaceElements->maxColor=numFaceElements-1;  
                    mesh_p->ContactElements->minColor=0;  
                    mesh_p->ContactElements->maxColor=0;  
                    mesh_p->Points->minColor=0;  
                    mesh_p->Points->maxColor=0;  
                    numElements=0;  
                    numFaceElements=0;  
                    for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {  
                       if (element_type[e] == final_element_type) {  
                          mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];  
                          mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];  
                          mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;  
                          for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)  
                                   mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=  
                                                                                                   vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];  
                          numElements++;  
                       } else if (element_type[e] == final_face_element_type) {  
                          mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];  
                          mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];  
                          mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;  
                          for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)  
                                   mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=  
                                                                                                   vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];  
                          numFaceElements++;  
                       }  
                    }  
               }  
            }  
          }  
       }  
       /* and clean up */  
       TMPMEMFREE(id);  
       TMPMEMFREE(tag);  
       TMPMEMFREE(element_type);  
       TMPMEMFREE(vertices);  
    }  
    /* serach for end of data block */  
    do {  
       if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p)) {  
          sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);  
          Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
       }  
       if (feof(fileHandle_p)) {  
          sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);  
          Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
       }  
       if (! Finley_noError()) break;  
     } while(line[0] != '$');  
   }  
   
   /* close file */  
   fclose(fileHandle_p);  
   /* clean up */  
   if (! Finley_noError()) {  
      Finley_Mesh_dealloc(mesh_p);  
      return NULL;  
   }  
   /*   resolve id's : */  
   Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);  
   /* rearrange elements: */  
   Finley_Mesh_prepare(mesh_p);  
   /* that's it */  
   #ifdef Finley_TRACE  
   printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);  
   #endif  
   #endif  
   if (Finley_noError()) {  
        if (  ! Finley_Mesh_isPrepared(mesh_p)) {  
           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Mesh is not prepared for calculation. Contact the programmers.");  
        }  
   }  
   return mesh_p;  
409  }  }

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changed lines
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