/[escript]/branches/doubleplusgood/dudley/src/Mesh_readGmsh.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/doubleplusgood/dudley/src/Mesh_readGmsh.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

temp_trunk_copy/finley/src/Mesh_readGmsh.c revision 1384 by phornby, Fri Jan 11 02:29:38 2008 UTC trunk/finley/src/Mesh_readGmsh.c revision 2548 by jfenwick, Mon Jul 20 06:20:06 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
 /* $Id$ */  
   
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3   *  *
4   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF  * Copyright (c) 2003-2009 by University of Queensland
5   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *                http://esscc.uq.edu.au  *
8   *        Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
9   *  Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
10   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11   *  *
12   *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
# Line 22  Line 21 
21  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
22  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
23    
24    #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Finley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading finley file"); return NULL;} }
25    
26  /**************************************************************/  /**************************************************************/
27    
# Line 32  Line 32 
32  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize) {  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize) {
33    
34    double version = 1.0;    double version = 1.0;
35    int format = 0, size = sizeof(double);    int format = 0, size = sizeof(double), scan_ret;
36    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement, numNodesPerElement2, element_dim;    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement=0, numNodesPerElement2, element_dim=0;
37    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, final_element_type,  elementary_id;    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, elementary_id;
38    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;
39    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
40    char line[LenString_MAX+1];    char line[LenString_MAX+1];
41    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
42    double rtmp0, rtmp1;    double rtmp0, rtmp1;
43    #ifdef Finley_TRACE
44    double time0=Finley_timer();    double time0=Finley_timer();
45    #endif
46    FILE * fileHandle_p = NULL;    FILE * fileHandle_p = NULL;
47    ElementTypeId* element_type=NULL;    ElementTypeId* element_type=NULL;
48    
# Line 80  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 82  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
82        
83         /* format */         /* format */
84         if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {         if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {
85           fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);
86         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
87         }         }
88         /* nodes are read */         /* nodes are read */
89         if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||         if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||
90              !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||              !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||
91              !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {              !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {
92                    
93           fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);
94         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
95           if (! Finley_noError()) break;           if (! Finley_noError()) break;
96           Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);           Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);
97           if (! Finley_noError()) break;           if (! Finley_noError()) break;
98           for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {           for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
99              if (1 == numDim) {              if (1 == numDim) {
100             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
101                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
102                           &rtmp0,                           &rtmp0,
103                           &rtmp1);                           &rtmp1);
104               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
105              } else if (2 == numDim) {              } else if (2 == numDim) {
106             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
107                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
108                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
109                           &rtmp0);                           &rtmp0);
110               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
111              } else if (3 == numDim) {              } else if (3 == numDim) {
112             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
113                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
114                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
115                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);
116                     FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
             
117              }              }
118              mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];              mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];
119              mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;              mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;
# Line 120  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 125  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
125        
126           ElementTypeId final_element_type = NoType;           ElementTypeId final_element_type = NoType;
127           ElementTypeId final_face_element_type = NoType;           ElementTypeId final_face_element_type = NoType;
128             ElementTypeId contact_element_type = NoType;
129           numElements=0;           numElements=0;
130           numFaceElements=0;           numFaceElements=0;
131           fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);
132         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
133        
134           id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);           id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
135           tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);           tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
# Line 133  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 140  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
140           if (! (Finley_checkPtr(id) || Finley_checkPtr(tag) || Finley_checkPtr(element_type) || Finley_checkPtr(vertices) ) ) {           if (! (Finley_checkPtr(id) || Finley_checkPtr(tag) || Finley_checkPtr(element_type) || Finley_checkPtr(vertices) ) ) {
141              /* read all in */              /* read all in */
142              for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {              for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {
143                fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);
144              FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
145                switch (gmsh_type) {                switch (gmsh_type) {
146                    case 1:  /* line order 1 */                    case 1:  /* line order 1 */
147                        element_type[e]=Line2;                        element_type[e]=Line2;
# Line 211  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 219  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
219                }                }
220                                
221         if(version <= 1.0){         if(version <= 1.0){
222           fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);
223             FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
224           partition_id = 1;           partition_id = 1;
225                  if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {                  if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {
226                       sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);                       sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);
227                       Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                       Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
228                  }                  }
229         } else {         } else {
230           fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);
231             FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
232           elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;           elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;
233                  numNodesPerElement2=-1;                  numNodesPerElement2=-1;
234           for(j = 0; j < numTags; j++){           for(j = 0; j < numTags; j++){
235             fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);                   scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);        
236               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
237             if (j == 0) {             if (j == 0) {
238               tag[e] = itmp;               tag[e] = itmp;
239             } else if (j == 1) {             } else if (j == 1) {
# Line 234  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 245  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
245           }           }
246         }         }
247                if (! Finley_noError()) break;                if (! Finley_noError()) break;
248                for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);                for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) {
249            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);
250                FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Finley_Mesh_readGmsh");
251              }
252                /* for tet10 the last two nodes need to be swapped */                /* for tet10 the last two nodes need to be swapped */
253                if (element_type[e]==Tet10) {                if (element_type[e]==Tet10) {
254                     itmp=vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)];                     itmp=vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)];
# Line 264  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 278  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
278                      final_face_element_type=Tri3;                      final_face_element_type=Tri3;
279                   }                   }
280                }                }
281                  if (final_face_element_type == Line2) {
282                      contact_element_type=Line2_Contact;
283                  } else  if (final_face_element_type == Line3) {
284                      contact_element_type=Line3_Contact;
285                  } else  if (final_face_element_type == Tri3) {
286                      contact_element_type=Tri3_Contact;
287                  } else  if (final_face_element_type == Tri6) {
288                      contact_element_type=Tri6_Contact;
289                  } else {
290                      contact_element_type=Point1_Contact;
291                  }
292    
293                mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(final_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(final_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
294                mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(final_face_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(final_face_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
295                mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(Point1_Contact,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(contact_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
296                mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(Point1,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(Point1,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
297                if (Finley_noError()) {                if (Finley_noError()) {
298                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);
# Line 289  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 315  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
315                              mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];                              mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];
316                              mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];                              mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];
317                              mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;                              mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;
318                                mesh_p->Elements->Owner[numElements]=0;
319                              for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)  {                              for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)  {
320                                    mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                                    mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
321                              }                              }
# Line 297  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 324  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
324                              mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];                              mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];
325                              mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];                              mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];
326                              mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;                              mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;
327                                mesh_p->FaceElements->Owner[numFaceElements]=0;
328                              for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j) {                              for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j) {
329                                       mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                                       mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
330                              }                              }

Legend:
Removed from v.1384  
changed lines
  Added in v.2548

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26