/[escript]/branches/doubleplusgood/dudley/src/Mesh_readGmsh.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/doubleplusgood/dudley/src/Mesh_readGmsh.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

temp_trunk_copy/finley/src/Mesh_readGmsh.c revision 1384 by phornby, Fri Jan 11 02:29:38 2008 UTC branches/domexper/dudley/src/Mesh_readGmsh.c revision 3126 by jfenwick, Wed Sep 1 00:37:53 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
 /* $Id$ */  
   
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3   *  *
4   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *                http://esscc.uq.edu.au  *
8   *        Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
9   *  Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
10   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11   *  *
12   *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /*   Finley: read mesh */  /*   Dudley: read mesh */
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
22  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
23    
24    #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Dudley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading dudley file"); return NULL;} }
25    
26  /**************************************************************/  /**************************************************************/
27    
28  /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */  /*  reads a mesh from a Dudley file of name fname */
29    
30  #define MAX_numNodes_gmsh 10  #define MAX_numNodes_gmsh 20
31    
32  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize) {  Dudley_Mesh* Dudley_Mesh_readGmsh(char* fname ,index_t numDim, index_t order, index_t reduced_order, bool_t optimize, bool_t useMacroElements) {
33    
34    double version = 1.0;    double version = 1.0;
35    int format = 0, size = sizeof(double);    int format = 0, size = sizeof(double), scan_ret;
36    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement, numNodesPerElement2, element_dim;    dim_t numNodes, totalNumElements=0, numTags=0, numNodesPerElement=0, numNodesPerElement2, element_dim=0;
37    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, final_element_type,  elementary_id;    index_t e, i0, j, gmsh_type, partition_id, itmp, elementary_id;
38    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;    index_t numElements=0, numFaceElements=0, *id=NULL, *tag=NULL, *vertices=NULL;
39    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;    Dudley_Mesh *mesh_p=NULL;
40    char line[LenString_MAX+1];    char line[LenString_MAX+1];
41    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
42    double rtmp0, rtmp1;    double rtmp0, rtmp1;
43    double time0=Finley_timer();    Dudley_ReferenceElementSet *refPoints=NULL, *refFaceElements=NULL, *refElements=NULL;
44    #ifdef Dudley_TRACE
45      double time0=Dudley_timer();
46    #endif
47    FILE * fileHandle_p = NULL;    FILE * fileHandle_p = NULL;
48    ElementTypeId* element_type=NULL;    ElementTypeId* element_type=NULL;
49    
50    
51    Paso_MPIInfo *mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );    Paso_MPIInfo *mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
52    Finley_resetError();    Dudley_resetError();
53    if (mpi_info->size>1) {    if (mpi_info->size>1) {
54      Finley_setError(IO_ERROR,"reading GMSH with MPI is not supported yet.");      Dudley_setError(IO_ERROR,"reading GMSH with MPI is not supported yet.");
55      Paso_MPIInfo_free( mpi_info );      Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
56      return NULL;      return NULL;
57    } else {    } else {
58    
59       /* allocate mesh */       /* allocate mesh */
60        
61       mesh_p = Finley_Mesh_alloc(fname,numDim,order, reduced_order, mpi_info);       mesh_p = Dudley_Mesh_alloc(fname,numDim, mpi_info);
62       if (! Finley_noError()) return NULL;       if (! Dudley_noError()) return NULL;
63        
64       /* get file handle */       /* get file handle */
65       fileHandle_p = fopen(fname, "r");       fileHandle_p = fopen(fname, "r");
66       if (fileHandle_p==NULL) {       if (fileHandle_p==NULL) {
67         sprintf(error_msg,"Opening Gmsh file %s for reading failed.",fname);         sprintf(error_msg,"Opening Gmsh file %s for reading failed.",fname);
68         Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);         Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
69         Paso_MPIInfo_free( mpi_info );         Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
70         return NULL;         return NULL;
71       }       }
72        
73       /* start reading */       /* start reading */
74       while(1) {       while(1) {
75         if (! Finley_noError()) break;         if (! Dudley_noError()) break;
76         /* find line staring with $ */         /* find line staring with $ */
77         do {         do {
78           if( ! fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p) ) break;           if( ! fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p) ) break;
# Line 80  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 84  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
84        
85         /* format */         /* format */
86         if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {         if (!strncmp(&line[1], "MeshFormat", 10)) {
87           fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%lf %d %d\n", &version, &format, &size);
88         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
89         }         }
90         /* nodes are read */         /* nodes are read */
91         if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||         if ( !strncmp(&line[1], "NOD", 3)   ||
92              !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||              !strncmp(&line[1], "NOE", 3)   ||
93              !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {              !strncmp(&line[1], "Nodes", 5)    ) {
94                    
95           fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numNodes);
96           if (! Finley_noError()) break;       FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
97           Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);           if (! Dudley_noError()) break;
98           if (! Finley_noError()) break;           Dudley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);
99             if (! Dudley_noError()) break;
100           for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {           for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
101              if (1 == numDim) {              if (1 == numDim) {
102             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
103                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
104                           &rtmp0,                           &rtmp0,
105                           &rtmp1);                           &rtmp1);
106               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
107              } else if (2 == numDim) {              } else if (2 == numDim) {
108             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
109                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
110                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
111                           &rtmp0);                           &rtmp0);
112               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
113              } else if (3 == numDim) {              } else if (3 == numDim) {
114             fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
115                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
116                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
117                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);                    &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);
118                     FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
             
119              }              }
120              mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];              mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]=mesh_p->Nodes->Id[i0];
121              mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;              mesh_p->Nodes->Tag[i0]=0;
# Line 118  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 125  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
125         else if(!strncmp(&line[1], "ELM", 3) ||         else if(!strncmp(&line[1], "ELM", 3) ||
126          !strncmp(&line[1], "Elements", 8)) {          !strncmp(&line[1], "Elements", 8)) {
127        
128           ElementTypeId final_element_type = NoType;           ElementTypeId final_element_type = NoRef;
129           ElementTypeId final_face_element_type = NoType;           ElementTypeId final_face_element_type = NoRef;
130           numElements=0;           numElements=0;
131           numFaceElements=0;           numFaceElements=0;
132           fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &totalNumElements);
133         FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
134        
135           id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);           id=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
136           tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);           tag=TMPMEMALLOC(totalNumElements,index_t);
# Line 130  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 138  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
138        
139           element_type=TMPMEMALLOC(totalNumElements,ElementTypeId);           element_type=TMPMEMALLOC(totalNumElements,ElementTypeId);
140           vertices=TMPMEMALLOC(totalNumElements*MAX_numNodes_gmsh,index_t);           vertices=TMPMEMALLOC(totalNumElements*MAX_numNodes_gmsh,index_t);
141           if (! (Finley_checkPtr(id) || Finley_checkPtr(tag) || Finley_checkPtr(element_type) || Finley_checkPtr(vertices) ) ) {           if (! (Dudley_checkPtr(id) || Dudley_checkPtr(tag) || Dudley_checkPtr(element_type) || Dudley_checkPtr(vertices) ) ) {
142              /* read all in */              /* read all in */
143              for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {              for(e = 0; e < totalNumElements; e++) {
144                fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &id[e], &gmsh_type);
145              FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
146                switch (gmsh_type) {                switch (gmsh_type) {
147                    case 1:  /* line order 1 */                    case 1:  /* line order 1 */
148                        element_type[e]=Line2;                        element_type[e]=Line2;
# Line 145  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 154  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
154                        numNodesPerElement= 3;                        numNodesPerElement= 3;
155                        element_dim=2;                        element_dim=2;
156                        break;                        break;
                   case 3:  /* quadrilateral order 1 */  
                       element_type[e]=Rec4;  
                       numNodesPerElement= 4;  
                       element_dim=2;  
                       break;  
157                    case 4:  /* tetrahedron order 1 */                    case 4:  /* tetrahedron order 1 */
158                        element_type[e]=Tet4;                        element_type[e]=Tet4;
159                        numNodesPerElement= 4;                        numNodesPerElement= 4;
160                        element_dim=3;                        element_dim=3;
161                        break;                        break;
                   case 5:  /* hexahedron order 1 */  
                       element_type[e]=Hex8;  
                       numNodesPerElement= 8;  
                       element_dim=3;  
                       break;  
                   case 8:  /* line order 2 */  
                       element_type[e]=Line3;  
                       numNodesPerElement= 3;  
                       element_dim=1;  
                       break;  
                   case 9:  /* traingle order 2 */  
                       element_type[e]=Tri6;  
                       numNodesPerElement= 6;  
                       element_dim=2;  
                       break;  
                   case 10:  /* quadrilateral order 2 */  
                       element_type[e]=Rec9;  
                       numNodesPerElement= 9;  
                       element_dim=2;  
                       break;  
                   case 11:  /* tetrahedron order 2 */  
                       element_type[e]=Tet10;  
                       numNodesPerElement= 10;  
                       element_dim=3;  
                       break;  
162                    case 15 :  /* point */                    case 15 :  /* point */
163                        element_type[e]=Point1;                        element_type[e]=Point1;
164                        numNodesPerElement= 1;                        numNodesPerElement= 1;
165                        element_dim=0;                        element_dim=0;
166                        break;                        break;
167                    default:                    default:
168                       element_type[e]=NoType;                       element_type[e]=NoRef;
169                       sprintf(error_msg,"Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.",gmsh_type,fname);                       sprintf(error_msg,"Unexected gmsh element type %d in mesh file %s.",gmsh_type,fname);
170                       Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                       Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
171                }                }
172                if (element_dim == numDim) {                if (element_dim == numDim) {
173                   if (final_element_type == NoType) {                   if (final_element_type == NoRef) {
174                      final_element_type = element_type[e];                      final_element_type = element_type[e];
175                   } else if (final_element_type != element_type[e]) {                   } else if (final_element_type != element_type[e]) {
176                       sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of internal elements only.");                       sprintf(error_msg,"Dudley can handle a single type of internal elements only.");
177                       Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                       Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
178                       break;                       break;
179                   }                   }
180                   numElements++;                   numElements++;
181                } else if (element_dim == numDim-1) {                } else if (element_dim == numDim-1) {
182                   if (final_face_element_type == NoType) {                   if (final_face_element_type == NoRef) {
183                      final_face_element_type = element_type[e];                      final_face_element_type = element_type[e];
184                   } else if (final_face_element_type != element_type[e]) {                   } else if (final_face_element_type != element_type[e]) {
185                       sprintf(error_msg,"Finley can handle a single type of face elements only.");                       sprintf(error_msg,"Dudley can handle a single type of face elements only.");
186                       Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                       Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
187                       break;                       break;
188                   }                   }
189                   numFaceElements++;                   numFaceElements++;
190                }                }
191                                
192         if(version <= 1.0){         if(version <= 1.0){
193           fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d", &tag[e], &elementary_id, &numNodesPerElement2);
194             FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
195           partition_id = 1;           partition_id = 1;
196                  if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {                  if (numNodesPerElement2 != numNodesPerElement) {
197                       sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);                       sprintf(error_msg,"Illegal number of nodes for element %d in mesh file %s.",id[e],fname);
198                       Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);                       Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
199                  }                  }
200         } else {         } else {
201           fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &numTags);
202             FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
203           elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;           elementary_id = tag[e] = partition_id = 1;
204                  numNodesPerElement2=-1;                  numNodesPerElement2=-1;
205           for(j = 0; j < numTags; j++){           for(j = 0; j < numTags; j++){
206             fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);                   scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &itmp);        
207               FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
208             if (j == 0) {             if (j == 0) {
209               tag[e] = itmp;               tag[e] = itmp;
210             } else if (j == 1) {             } else if (j == 1) {
# Line 233  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 215  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
215             /* ignore any other tags */             /* ignore any other tags */
216           }           }
217         }         }
218                if (! Finley_noError()) break;                if (! Dudley_noError()) break;
219                for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);                for(j = 0; j < numNodesPerElement; j++) {
220                /* for tet10 the last two nodes need to be swapped */          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d", &vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)]);
221                if (element_type[e]==Tet10) {              FSCANF_CHECK(scan_ret, "fscanf: Dudley_Mesh_readGmsh");
222                     itmp=vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)];            }
                    vertices[INDEX2(9,e,MAX_numNodes_gmsh)]=vertices[INDEX2(8,e,MAX_numNodes_gmsh)];  
                    vertices[INDEX2(8,e,MAX_numNodes_gmsh)]=itmp;  
               }  
223              }              }
224              /* all elements have been read, now we have to identify the elements for finley */              /* all elements have been read, now we have to identify the elements for dudley */
225                    
226              if (Finley_noError()) {              if (Dudley_noError()) {
227                /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */                /* first we have to identify the elements to define Elementis and FaceElements */
228                if (final_element_type == NoType) {                if (final_element_type == NoRef) {
229                   if (numDim==1) {                   if (numDim==1) {
230                      final_element_type=Line2;                      final_element_type=Line2;
231                   } else if (numDim==2) {                   } else if (numDim==2) {
# Line 255  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 234  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
234                      final_element_type=Tet4;                      final_element_type=Tet4;
235                   }                   }
236                }                }
237                if (final_face_element_type == NoType) {                if (final_face_element_type == NoRef) {
238                   if (numDim==1) {                   if (numDim==1) {
239                      final_face_element_type=Point1;                      final_face_element_type=Point1;
240                   } else if (numDim==2) {                   } else if (numDim==2) {
# Line 264  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 243  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
243                      final_face_element_type=Tri3;                      final_face_element_type=Tri3;
244                   }                   }
245                }                }
246                mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(final_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                refElements= Dudley_ReferenceElementSet_alloc(final_element_type,order, reduced_order);
247                mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(final_face_element_type,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                refFaceElements=Dudley_ReferenceElementSet_alloc(final_face_element_type,order, reduced_order);
248                mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(Point1_Contact,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                refPoints= Dudley_ReferenceElementSet_alloc(Point1,order, reduced_order);
249                mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(Point1,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);                mesh_p->Elements=Dudley_ElementFile_alloc(refElements, mpi_info);
250                if (Finley_noError()) {                mesh_p->FaceElements=Dudley_ElementFile_alloc(refFaceElements, mpi_info);
251                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);                mesh_p->Points=Dudley_ElementFile_alloc(refPoints, mpi_info);
252                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);                if (Dudley_noError()) {
253                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, 0);                    Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numElements);
254                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);                    Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numFaceElements);
255                    if (Finley_noError()) {                    Dudley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, 0);
256                      if (Dudley_noError()) {
257                        mesh_p->Elements->minColor=0;                        mesh_p->Elements->minColor=0;
258                        mesh_p->Elements->maxColor=numElements-1;                        mesh_p->Elements->maxColor=numElements-1;
259                        mesh_p->FaceElements->minColor=0;                        mesh_p->FaceElements->minColor=0;
260                        mesh_p->FaceElements->maxColor=numFaceElements-1;                        mesh_p->FaceElements->maxColor=numFaceElements-1;
                       mesh_p->ContactElements->minColor=0;  
                       mesh_p->ContactElements->maxColor=0;  
261                        mesh_p->Points->minColor=0;                        mesh_p->Points->minColor=0;
262                        mesh_p->Points->maxColor=0;                        mesh_p->Points->maxColor=0;
263                        numElements=0;                        numElements=0;
# Line 289  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 267  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
267                              mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];                              mesh_p->Elements->Id[numElements]=id[e];
268                              mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];                              mesh_p->Elements->Tag[numElements]=tag[e];
269                              mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;                              mesh_p->Elements->Color[numElements]=numElements;
270                              for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j)  {                              mesh_p->Elements->Owner[numElements]=0;
271                                    mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                              for (j = 0; j<  mesh_p->Elements->referenceElementSet->numNodes; ++j)  {
272                                      mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, numElements, mesh_p->Elements->referenceElementSet->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
273                              }                              }
274                              numElements++;                              numElements++;
275                           } else if (element_type[e] == final_face_element_type) {                           } else if (element_type[e] == final_face_element_type) {
276                              mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];                              mesh_p->FaceElements->Id[numFaceElements]=id[e];
277                              mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];                              mesh_p->FaceElements->Tag[numFaceElements]=tag[e];
278                              mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;                              mesh_p->FaceElements->Color[numFaceElements]=numFaceElements;
279                              for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; ++j) {                              mesh_p->FaceElements->Owner[numFaceElements]=0;
280                                       mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];                              for (j = 0; j<  mesh_p->FaceElements->referenceElementSet->numNodes; ++j) {
281                                         mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(j, numFaceElements, mesh_p->FaceElements->referenceElementSet->numNodes)]=vertices[INDEX2(j,e,MAX_numNodes_gmsh)];
282                              }                              }
283                              numFaceElements++;                              numFaceElements++;
284                           }                           }
# Line 317  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char* Line 297  Finley_Mesh* Finley_Mesh_readGmsh(char*
297        do {        do {
298           if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p)) {           if (!fgets(line, sizeof(line), fileHandle_p)) {
299              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);
300              Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);              Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
301           }           }
302           if (feof(fileHandle_p)) {           if (feof(fileHandle_p)) {
303              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);              sprintf(error_msg,"Unexected end of file in %s",fname);
304              Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);              Dudley_setError(IO_ERROR,error_msg);
305           }           }
306           if (! Finley_noError()) break;           if (! Dudley_noError()) break;
307         } while(line[0] != '$');         } while(line[0] != '$');
308       }       }
309        
310       /* close file */       /* close file */
311       fclose(fileHandle_p);       fclose(fileHandle_p);
312       /* clean up */       /* clean up */
313       if (! Finley_noError()) {       if (! Dudley_noError()) {
314          Finley_Mesh_free(mesh_p);          Dudley_Mesh_free(mesh_p);
315          return NULL;          return NULL;
316       }       }
317       /*   resolve id's : */       /*   resolve id's : */
318       Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);       if (Dudley_noError()) Dudley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
319       /* rearrange elements: */       /* rearrange elements: */
320       Finley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);       if (Dudley_noError()) Dudley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
321       /* that's it */       /* free up memory */
322       #ifdef Finley_TRACE       Dudley_ReferenceElementSet_dealloc(refPoints);
323       printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);       Dudley_ReferenceElementSet_dealloc(refFaceElements);
324       #endif       Dudley_ReferenceElementSet_dealloc(refElements);
325       Paso_MPIInfo_free( mpi_info );       Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
326       return mesh_p;       if (! Dudley_noError()) {
327            Dudley_Mesh_free(mesh_p);
328            return NULL;
329         } else {
330             return mesh_p;
331         }
332    }    }
333  }  }

Legend:
Removed from v.1384  
changed lines
  Added in v.3126

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26