/[escript]/branches/split/weipa/src/DataVar.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/split/weipa/src/DataVar.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/tools/libescriptreader/src/escriptreader/DataVar.cpp revision 2196 by caltinay, Wed Jan 7 06:14:59 2009 UTC trunk/weipa/src/DataVar.cpp revision 3128 by caltinay, Wed Sep 1 03:54:09 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6  * http://www.uq.edu.au/esscc  * http://www.uq.edu.au/esscc
7  *  *
# Line 11  Line 11 
11  *  *
12  *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14  //  #include <weipa/DataVar.h>
15  // DataVar.cpp  #include <weipa/ElementData.h>
16  //  #include <weipa/FinleyMesh.h>
17  #include <escriptreader/DataVar.h>  #include <weipa/NodeData.h>
18  #include <escriptreader/ElementData.h>  #ifndef VISIT_PLUGIN
19  #include <escriptreader/MeshWithElements.h>  #include <escript/Data.h>
20  #include <netcdf.hh>  #endif
21  #if HAVE_SILO  
22    #if USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26    #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
28  #endif  #endif
29    
30    #include <numeric> // for accumulate
31    
32  using namespace std;  using namespace std;
33    
34  namespace EscriptReader {  namespace weipa {
35            
36  enum {  enum {
37      NODE_CENTERED = 1,      NODE_CENTERED = 1,
# Line 35  enum { Line 42  enum {
42  // Constructor  // Constructor
43  //  //
44  DataVar::DataVar(const string& name) :  DataVar::DataVar(const string& name) :
45      varName(name), numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0), centering(0),      initialized(false), varName(name),
46      reorderedNumSamples(0), fullMesh(NULL)      numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0), centering(0)
47  {  {
48  }  }
49    
50  //  //
 // Destructor  
 //  
 DataVar::~DataVar()  
 {  
     CoordArray::iterator it;  
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     for (it = rawData.begin(); it != rawData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
 }  
   
 //  
51  // Copy constructor  // Copy constructor
52  //  //
53  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :
54        initialized(d.initialized), finleyMesh(d.finleyMesh),
55      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),
56      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), centering(d.centering),      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), centering(d.centering),
57      funcSpace(d.funcSpace), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID),      funcSpace(d.funcSpace), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID)
     reorderedNumSamples(d.reorderedNumSamples), fullMesh(d.fullMesh)  
58  {  {
59      CoordArray::const_iterator it;      if (numSamples > 0) {
60      for (it = d.rawData.begin(); it != d.rawData.end(); it++) {          CoordArray::const_iterator it;
61          float* c = new float[numSamples];          for (it = d.dataArray.begin(); it != d.dataArray.end(); it++) {
62          copy(*it, (*it)+numSamples, c);              float* c = new float[numSamples];
63          rawData.push_back(c);              copy(*it, (*it)+numSamples, c);
64      }              dataArray.push_back(c);
65      for (it = d.reorderedData.begin(); it != d.reorderedData.end(); it++) {          }
         float* c = new float[reorderedNumSamples];  
         copy(*it, (*it)+reorderedNumSamples, c);  
         reorderedData.push_back(c);  
66      }      }
67  }  }
68    
69  //  //
70  // Special constructor for mesh data  // Destructor
71  //  //
72  DataVar::DataVar(const string& name, const IntVec& data,  DataVar::~DataVar()
                  MeshWithElements* mesh) :  
     varName(name)  
73  {  {
74      numSamples = data.size();      cleanup();
   
     float* c = new float[numSamples];  
     rawData.push_back(c);  
     IntVec::const_iterator it;  
     for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)  
         *c++ = static_cast<float>(*it);  
   
     rank = 0;  
     ptsPerSample = 1;  
     if (name.compare(0, 6, "Nodes_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_NODES;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getNodeIDs().begin(),  
                 mesh->getNodeIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 9, "Elements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 13, "FaceElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 16, "ContactElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 7, "Points_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_POINTS;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getPoints()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getPoints()->getIDs().end());  
     }  
   
     shape.clear();  
     reorderedNumSamples = 0;  
75  }  }
76    
77  //  //
 // Appends raw data including IDs from rhs.  
78  //  //
79  bool DataVar::append(const DataVar& rhs)  //
80    void DataVar::cleanup()
81  {  {
     // check if variables are compatible  
     if (varName != rhs.varName || ptsPerSample != rhs.ptsPerSample ||  
             rank != rhs.rank || shape.size() != rhs.shape.size() ||  
             centering != rhs.centering)  
         return false;  
   
     for (size_t i=0; i<shape.size(); i++)  
         if (shape[i] != rhs.shape[i])  
             return false;  
   
     sampleID.insert(sampleID.end(), rhs.sampleID.begin(), rhs.sampleID.end());  
     for (size_t i=0; i<rawData.size(); i++) {  
         float* c = new float[numSamples+rhs.numSamples];  
         copy(rawData[i], rawData[i]+numSamples, c);  
         copy(rhs.rawData[i], rhs.rawData[i]+rhs.numSamples, c+numSamples);  
         delete[] rawData[i];  
         rawData[i] = c;  
     }  
     numSamples += rhs.numSamples;  
   
     // invalidate previously reordered data  
82      CoordArray::iterator it;      CoordArray::iterator it;
83      for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)      for (it = dataArray.begin(); it != dataArray.end(); it++)
84          delete[] *it;          delete[] *it;
85      reorderedData.clear();      dataArray.clear();
86      reorderedNumSamples = 0;      shape.clear();
87            sampleID.clear();
88      return true;      numSamples = 0;
89        initialized = false;
90  }  }
91    
92  //  //
 // Returns a subset of the src array according to stride parameter.  
 // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.  
 // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and  
 // (z0,z1,...)  
93  //  //
94  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)  //
95    bool DataVar::initFromEscript(escript::Data& escriptData, FinleyMesh_ptr mesh)
96  {  {
97      float* res = new float[numSamples];  #ifndef VISIT_PLUGIN
98        cleanup();
99    
100      if (ptsPerSample == 1) {      if (!escriptData.actsExpanded()) {
101          float* dest = res;          cerr << "WARNING: Only expanded data supported!" << endl;
102          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)          return false;
103              *dest++ = *src;      }
104    
105        finleyMesh = mesh;
106        rank = escriptData.getDataPointRank();
107        ptsPerSample = escriptData.getNumDataPointsPerSample();
108        shape = escriptData.getDataPointShape();
109        funcSpace = escriptData.getFunctionSpace().getTypeCode();
110        numSamples = escriptData.getNumSamples();
111    
112        if (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES || funcSpace == FINLEY_NODES) {
113            centering = NODE_CENTERED;
114      } else {      } else {
115          float* dest = res;          centering = ZONE_CENTERED;
         for (int i=0; i<numSamples; i++) {  
             double tmpVal = 0.0;  
             for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride)  
                 tmpVal += *src;  
             *dest++ = (float)(tmpVal / ptsPerSample);  
         }  
116      }      }
     return res;  
 }  
117    
118  //  #ifdef _DEBUG
119  // Reads scalar data (rank=0) from NetCDF file and stores the values      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
120  // after averaging.          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
121  //  #endif
 void DataVar::readRank0Data(NcFile* ncfile)  
 {  
     shape.clear();  
     float* tempData = new float[ptsPerSample*numSamples];  
     NcVar* var = ncfile->get_var("data");  
     var->get(tempData, ptsPerSample, numSamples);  
122    
123      float* c = averageData(tempData, 1);      NodeData_ptr nodes = finleyMesh->getMeshForFinleyFS(funcSpace);
124      rawData.push_back(c);      if (nodes == NULL)
125            return false;
126    
127      delete[] tempData;      meshName = nodes->getName();
128  }      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
129        initialized = true;
130    
131  //      // no samples? Nothing more to do.
132  // Reads vector data (rank=1) from NetCDF file and stores the components      if (numSamples == 0)
133  // separately after averaging.          return true;
 //  
 void DataVar::readRank1Data(NcFile* ncfile)  
 {  
     shape.clear();  
     NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");  
     shape.push_back(dim->size());  
134    
135      float* tempData = new float[shape[0]*ptsPerSample*numSamples];      const int* iPtr = escriptData.getFunctionSpace().borrowSampleReferenceIDs();
136      NcVar* var = ncfile->get_var("data");      sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
137      var->get(tempData, shape[0], ptsPerSample, numSamples);      copy(iPtr, iPtr+numSamples, sampleID.begin());
138    
139        size_t dimSize = 1;
140        if (rank > 0)
141            dimSize *= shape[0];
142        if (rank > 1)
143            dimSize *= shape[1];
144        if (rank > 2) {
145            cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
146            initialized = false;
147        }
148    
149        if (initialized) {
150            size_t dataSize = dimSize * ptsPerSample;
151            float* tempData = new float[dataSize*numSamples];
152            float* destPtr = tempData;
153            for (int sampleNo=0; sampleNo<numSamples; sampleNo++) {
154                const escript::DataAbstract::ValueType::value_type* values =
155                    escriptData.getSampleDataRO(sampleNo);
156                copy(values, values+dataSize, destPtr);
157                destPtr += dataSize;
158            }
159    
160      for (int i=0; i<shape[0]; i++) {          const float* srcPtr = tempData;
161          const float* src = tempData;          for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
162          src+=i;              float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
163          float* c = averageData(src, shape[0]);              dataArray.push_back(c);
164          rawData.push_back(c);          }
165            delete[] tempData;
166    
167            initialized = reorderSamples();
168      }      }
169      delete[] tempData;  
170        return initialized;
171    
172    #else // VISIT_PLUGIN
173        return false;
174    #endif
175  }  }
176    
177  //  //
178  // Like readRank1Data() but for tensor data (rank=2).  // Initialise with mesh data
179  //  //
180  void DataVar::readRank2Data(NcFile* ncfile)  bool DataVar::initFromMesh(FinleyMesh_ptr mesh)
181  {  {
182      shape.clear();      cleanup();
183      NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");      
184      shape.push_back(dim->size());      finleyMesh = mesh;
185      dim = ncfile->get_dim("d1");      rank = 0;
186      shape.push_back(dim->size());      ptsPerSample = 1;
187        NodeData_ptr nodes;
188    
189      float* tempData = new float[shape[0]*shape[1]*ptsPerSample*numSamples];      if (varName.find("ContactElements_") != varName.npos) {
190      NcVar* var = ncfile->get_var("data");          funcSpace = FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
191      var->get(tempData, shape[0], shape[1], ptsPerSample, numSamples);          centering = ZONE_CENTERED;
192            string elementName = varName.substr(0, varName.find('_'));
193            ElementData_ptr elements = mesh->getElementsByName(elementName);
194            nodes = elements->getNodeMesh();
195            sampleID = elements->getIDs();
196        } else if (varName.find("FaceElements_") != varName.npos) {
197            funcSpace = FINLEY_FACE_ELEMENTS;
198            centering = ZONE_CENTERED;
199            string elementName = varName.substr(0, varName.find('_'));
200            ElementData_ptr elements = mesh->getElementsByName(elementName);
201            nodes = elements->getNodeMesh();
202            sampleID = elements->getIDs();
203        } else if (varName.find("Elements_") != varName.npos) {
204            funcSpace = FINLEY_ELEMENTS;
205            centering = ZONE_CENTERED;
206            string elementName = varName.substr(0, varName.find('_'));
207            ElementData_ptr elements = mesh->getElementsByName(elementName);
208            nodes = elements->getNodeMesh();
209            sampleID = elements->getIDs();
210        } else if (varName.find("Nodes_") != varName.npos) {
211            funcSpace = FINLEY_NODES;
212            centering = NODE_CENTERED;
213            nodes = mesh->getNodes();
214            sampleID = nodes->getNodeIDs();
215        } else {
216            cerr << "WARNING: Unrecognized mesh variable '" << varName << "'\n";
217            return false;
218        }
219    
220      for (int i=0; i<shape[1]; i++) {      meshName = nodes->getName();
221          for (int j=0; j<shape[0]; j++) {      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
222              const float* src = tempData;  
223              src+=i*shape[0]+j;      const IntVec& data = mesh->getVarDataByName(varName);
224              float* c = averageData(src, shape[0]*shape[1]);      numSamples = data.size();
225              rawData.push_back(c);  
226          }      if (numSamples > 0) {
227            float* c = new float[numSamples];
228            dataArray.push_back(c);
229            IntVec::const_iterator it;
230            for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)
231                *c++ = static_cast<float>(*it);
232      }      }
233      delete[] tempData;      initialized = true;
234    
235        return initialized;
236  }  }
237    
238  //  //
239  // Reads a NetCDF file in escript/finley format.  // Reads variable data from NetCDF file
240  //  //
241  bool DataVar::readFromNc(const string& filename)  bool DataVar::initFromNetCDF(const string& filename, FinleyMesh_ptr mesh)
242  {  {
243        cleanup();
244        
245    #if USE_NETCDF
246      NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);          NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);    
247      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());
248      if (!input->is_valid()) {      if (!input->is_valid()) {
# Line 267  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 254  bool DataVar::readFromNc(const string& f
254      NcDim* dim;      NcDim* dim;
255      NcAtt* att;      NcAtt* att;
256    
     dim = input->get_dim("num_samples");  
     numSamples = dim->size();  
   
     // if there are no data samples bail out  
     if (numSamples == 0) {  
         delete input;  
         return false;  
     }  
   
257      att = input->get_att("type_id");      att = input->get_att("type_id");
258      int typeID = att->as_int(0);      int typeID = att->as_int(0);
259      if (typeID != 2) {      if (typeID != 2) {
260          cerr << "WARNING: Only expanded data supported at the moment!" << endl;          cerr << "WARNING: Only expanded data supported!" << endl;
261          delete input;          delete input;
262          return false;          return false;
263      }      }
# Line 293  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 271  bool DataVar::readFromNc(const string& f
271      att = input->get_att("function_space_type");      att = input->get_att("function_space_type");
272      funcSpace = att->as_int(0);      funcSpace = att->as_int(0);
273    
274        if (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES || funcSpace == FINLEY_NODES) {
275            centering = NODE_CENTERED;
276        } else {
277            centering = ZONE_CENTERED;
278        }
279    
280        dim = input->get_dim("num_samples");
281        numSamples = dim->size();
282    
283  #ifdef _DEBUG  #ifdef _DEBUG
284      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
285          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
286  #endif  #endif
287    
288      sampleID.clear();      finleyMesh = mesh;
289      sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);      NodeData_ptr nodes = finleyMesh->getMeshForFinleyFS(funcSpace);
290      NcVar* var = input->get_var("id");      if (nodes == NULL) {
291      var->get(&sampleID[0], numSamples);          delete input;
292            return false;
     switch (rank) {  
         case 0:  
             readRank0Data(input);  
             break;  
         case 1:  
             readRank1Data(input);  
             break;  
         case 2:  
             readRank2Data(input);  
             break;  
         default:  
             cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";  
             delete input;  
             return false;  
293      }      }
294    
295      delete input;      meshName = nodes->getName();
296      return true;      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
297  }      initialized = true;
298    
299  //      size_t dimSize = 1;
300  // Returns one of the mesh names provided by mainMesh that matches the      vector<long> counts;
301  // data variable's function space type and reduced/unreduced state.  
302  //      if (rank > 0) {
303  string DataVar::getMeshName(MeshWithElements* mainMesh) const          dim = input->get_dim("d0");
304  {          int d = dim->size();
305      string name;          shape.push_back(d);
306            counts.push_back(d);
307      switch (funcSpace) {          dimSize *= d;
308          case FINLEY_REDUCED_NODES:      }
309          case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:      if (rank > 1) {
310          case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:          dim = input->get_dim("d1");
311          case FINLEY_ELEMENTS:          int d = dim->size();
312              if (mainMesh->getElements()->reducedCount > 0) {          shape.push_back(d);
313                  name = mainMesh->getElements()->reducedMesh->getName();          counts.push_back(d);
314              } else {          dimSize *= d;
315                  name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();      }
316              }      if (rank > 2) {
317              break;          cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
318            initialized = false;
319        }
320    
321        if (initialized && numSamples > 0) {
322            sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
323            NcVar* var = input->get_var("id");
324            var->get(&sampleID[0], numSamples);
325    
326            size_t dataSize = dimSize*numSamples*ptsPerSample;
327            counts.push_back(ptsPerSample);
328            counts.push_back(numSamples);
329            float* tempData = new float[dataSize];
330            var = input->get_var("data");
331            var->get(tempData, &counts[0]);
332    
333            const float* srcPtr = tempData;
334            for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
335                float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
336                dataArray.push_back(c);
337            }
338            delete[] tempData;
339    
340          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:          initialized = reorderSamples();
341          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:      }
             if (mainMesh->getFaceElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
342    
343          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:      delete input;
344          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:  #endif // USE_NETCDF
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
             if (mainMesh->getContactElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
345    
346          case FINLEY_NODES:      return initialized;
         case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();  
             break;  
   
         case FINLEY_POINTS:  
             name = mainMesh->getPoints()->fullMesh->getName();  
             break;  
     }  
     return name;  
347  }  }
348    
349  //  //
# Line 380  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem Line 351  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem
351  //  //
352  bool DataVar::isNodeCentered() const  bool DataVar::isNodeCentered() const
353  {  {
354      return (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES ||      return (centering == NODE_CENTERED);
             funcSpace == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_NODES ||  
             funcSpace == FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_POINTS);  
355  }  }
356    
357  //  //
358  // Filters and reorders the raw sample values according to the IDs provided  // Returns a subset of the src array according to stride parameter.
359  // in 'requiredIDs'. This is used to have data arrays ordered according to  // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.
360  // the underlying mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])  // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and
361    // (z0,z1,...)
362  //  //
363  void DataVar::reorderSamples(const IndexMap& id2idxMap,  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)
                              const IntVec& requiredIDs)  
364  {  {
365      CoordArray::iterator it;      float* res;
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     reorderedData.clear();  
366    
367      buildIndexMap();      if (ptsPerSample == 1) {
368      for (size_t i=0; i < rawData.size(); i++) {          res = new float[numSamples];
369          float* c = new float[reorderedNumSamples];          float* dest = res;
370          reorderedData.push_back(c);          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)
371          const float* src = rawData[i];              *dest++ = *src;
372          IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs.begin();      } else {
373          for (; idIt != requiredIDs.end(); idIt++) {          ElementData_ptr cells = finleyMesh->getElementsForFinleyFS(funcSpace);
374              size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;          int cellFactor = cells->getElementFactor();
375              size_t destIdx = id2idxMap.find(*idIt)->second;          res = new float[cellFactor * numSamples];
376              c[destIdx] = src[srcIdx];          float* dest = res;
377            QuadMaskInfo qmi = cells->getQuadMask(funcSpace);
378            if (!qmi.mask.empty()) {
379                const float* tmpSrc = src;
380                for (int i=0; i<numSamples; i++, tmpSrc+=stride*ptsPerSample) {
381                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
382                        double tmpVal = 0.0;
383                        for (int j=0; j<ptsPerSample; j++) {
384                            if (qmi.mask[l][j] != 0) {
385                                tmpVal += *(tmpSrc+stride*j);
386                            }
387                        }
388                        *dest++ = (float)(tmpVal / qmi.factor[l]);
389                    }
390                }
391            } else {
392                for (int i=0; i<numSamples; i++) {
393                    double tmpVal = 0.0;
394                    for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride) {
395                        tmpVal += *src;
396                    }
397                    tmpVal /= ptsPerSample;
398                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
399                        *dest++ = static_cast<float>(tmpVal);
400                    }
401                }
402          }          }
403      }      }
404        return res;
405  }  }
406    
407  //  //
408  // For zonal data this method reorders the values according to the indices  // Filters and reorders the raw sample values according to the node/element
409  // given in reorderArray. This is used to move ghost zones to the end of  // IDs. This is used to have data arrays ordered according to the underlying
410  // the arrays which conforms to Silo's expected format.  // mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])
 // Nodal data is not changed by this method.  
411  //  //
412  void DataVar::handleGhostZones(const IntVec& reorderArray)  bool DataVar::reorderSamples()
413  {  {
414      if (centering == NODE_CENTERED)      if (numSamples == 0)
415          return;          return true;
416    
417      vector<float*>::iterator it;      const IntVec* requiredIDs = NULL;
418      for (it = reorderedData.begin(); it!=reorderedData.end(); it++) {      int requiredNumSamples = 0;
419          float* original = *it;      int cellFactor = 1;
420          float* reordered = new float[reorderedNumSamples];  
421          float* arrIt = reordered;      if (centering == NODE_CENTERED) {
422          IntVec::const_iterator idxIt;          NodeData_ptr nodes = finleyMesh->getMeshForFinleyFS(funcSpace);
423          for (idxIt=reorderArray.begin(); idxIt!=reorderArray.end(); idxIt++)          requiredIDs = &nodes->getNodeIDs();
424              *arrIt++ = original[*idxIt];          requiredNumSamples = nodes->getNumNodes();
425        } else {
426            ElementData_ptr cells = finleyMesh->getElementsForFinleyFS(funcSpace);
427            if (cells == NULL)
428                return false;
429    
430          delete[] *it;          requiredIDs = &cells->getIDs();
431          *it = reordered;          requiredNumSamples = cells->getNumElements();
432            cellFactor = cells->getElementFactor();
433            if (cellFactor > 1) {
434                numSamples *= cellFactor;
435                // update sample IDs
436                IntVec newSampleID(numSamples);
437                IntVec::const_iterator idIt = sampleID.begin();
438                IntVec::iterator newIDit = newSampleID.begin();
439                for (; idIt != sampleID.end(); idIt++, newIDit+=cellFactor) {
440                    fill(newIDit, newIDit+cellFactor, *idIt);
441                }
442                sampleID.swap(newSampleID);
443            }
444        }
445    
446        if (requiredNumSamples > numSamples) {
447            cerr << "ERROR: " << varName << " has " << numSamples
448                << " instead of " << requiredNumSamples << " samples!" << endl;
449            return false;
450        }
451    
452        IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
453        numSamples = requiredNumSamples;
454    
455        // now filter the data
456        for (size_t i=0; i < dataArray.size(); i++) {
457            float* c = new float[numSamples];
458            const float* src = dataArray[i];
459            IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs->begin();
460            size_t destIdx = 0;
461            for (; idIt != requiredIDs->end(); idIt+=cellFactor, destIdx+=cellFactor) {
462                size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;
463                copy(&src[srcIdx], &src[srcIdx+cellFactor], &c[destIdx]);
464            }
465            delete[] dataArray[i];
466            dataArray[i] = c;
467      }      }
468    
469        // sample IDs now = mesh node/element IDs
470        sampleID = *requiredIDs;
471    
472        return true;
473  }  }
474    
475  //  //
 // Makes the top-level mesh known to this data variable. The mesh is used  
 // to reorder and filter the samples and inquire the number of ghost zones.  
476  //  //
477  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* mesh)  //
478    int DataVar::getNumberOfComponents() const
479  {  {
480      if (fullMesh == mesh)      return (rank == 0 ? 1 : accumulate(shape.begin(), shape.end(), 0));
481          return true;  }
   
     const IndexMap* id2idxMap;  
     const IntVec* reqIDs;  
     const IntVec* reorderArray = NULL;  
   
     switch (funcSpace) {  
         case FINLEY_REDUCED_NODES:  
         case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->reducedMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->reducedMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedMesh->getNumNodes();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();  
                 }  
             }  
             break;  
   
         case FINLEY_NODES:  
         case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 if (cells->getGhostCount())  
                     reorderArray = &cells->indexArray;  
                 siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();  
                 reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();  
                 reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();  
             }  
             break;  
   
         case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:  
         case FINLEY_ELEMENTS:  
             {  
                 centering = ZONE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
             }  
             break;  
482    
483          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:  //
484          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  //
485              {  //
486                  centering = ZONE_CENTERED;  float* DataVar::getDataFlat() const
487                  ElementData* cells = mesh->getFaceElements();  {
488                  id2idxMap = &cells->ID2idx;      int totalSize = numSamples * getNumberOfComponents();
489                  reqIDs = &cells->getIDs();      float* res = new float[totalSize];
490                  if (cells->reducedCount > 0) {      if (rank == 0) {
491                      if (cells->getReducedGhostCount())          copy(dataArray[0], dataArray[0]+numSamples, res);
492                          reorderArray = &cells->reducedIndexArray;      } else if (rank == 1) {
493                      reorderedNumSamples = cells->reducedCount;          float *dest = res;
494                      siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();          for (size_t c=0; c<numSamples; c++) {
495                  } else {              for (size_t i=0; i<shape[0]; i++) {
496                      if (cells->getGhostCount())                  *dest++ = dataArray[i][c];
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
497              }              }
498              break;          }
499        } else if (rank == 2) {
500          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:          float *dest = res;
501          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:          for (size_t c=0; c<numSamples; c++) {
502          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {
503          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {
504              {                      *dest++ = dataArray[i*shape[0]+j][c];
                 centering = ZONE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getContactElements();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
505                  }                  }
506              }              }
507              break;          }
   
         case FINLEY_POINTS:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getPoints();  
                 if (cells->getGhostCount())  
                     reorderArray = &cells->indexArray;  
                 siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 reorderedNumSamples = cells->count;  
             }  
             break;  
   
         default:  
             cerr << "Unknown function space type " << funcSpace << "!\n";  
             return false;  
508      }      }
509    
510      if (reorderedNumSamples > numSamples) {      return res;
511          cerr << "WARNING: " << varName << " has " << numSamples  }
512              << " instead of " << reorderedNumSamples << " samples!" << endl;  
513          return false;  //
514    //
515    //
516    void DataVar::sampleToStream(ostream& os, int index)
517    {
518        if (rank == 0) {
519            os << dataArray[0][index];
520        } else if (rank == 1) {
521            if (shape[0] < 3)
522                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
523                    << " " << 0.;
524            else
525                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
526                    << " " << dataArray[2][index];
527        } else if (rank == 2) {
528            if (shape[1] < 3) {
529                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
530                    << " " << 0. << " ";
531                os << dataArray[2][index] << " " << dataArray[3][index]
532                    << " " << 0. << " ";
533                os << 0. << " " << 0. << " " << 0.;
534            } else {
535                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
536                    << " " << dataArray[2][index] << " ";
537                os << dataArray[3][index] << " " << dataArray[4][index]
538                    << " " << dataArray[5][index] << " ";
539                os << dataArray[6][index] << " " << dataArray[7][index]
540                    << " " << dataArray[8][index];
541            }
542      }      }
543        os << endl;
544    }
545    
546      fullMesh = mesh;  //
547    //
548    //
549    void DataVar::writeToVTK(ostream& os, int ownIndex)
550    {
551        if (numSamples == 0)
552            return;
553    
554      reorderSamples(*id2idxMap, *reqIDs);      if (isNodeCentered()) {
555      if (reorderArray)          // data was reordered in reorderSamples() but for VTK we write the
556          handleGhostZones(*reorderArray);          // original node mesh and thus need the original ordering...
557      return true;          const IntVec& requiredIDs = finleyMesh->getNodes()->getNodeIDs();
558            const IntVec& nodeGNI = finleyMesh->getNodes()->getGlobalNodeIndices();
559            const IntVec& nodeDist = finleyMesh->getNodes()->getNodeDistribution();
560            int firstId = nodeDist[ownIndex];
561            int lastId = nodeDist[ownIndex+1];
562            IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
563            for (int i=0; i<nodeGNI.size(); i++) {
564                if (firstId <= nodeGNI[i] && nodeGNI[i] < lastId) {
565                    int idx = sampleID2idx[requiredIDs[i]];
566                    sampleToStream(os, idx);
567                }
568            }
569        } else {
570            // cell data: ghost cells have been removed so do not write ghost
571            // samples (which are the last elements in the arrays)
572            int toWrite =
573                finleyMesh->getElementsByName(meshName)->getNumElements();
574            for (int i=0; i<toWrite; i++) {
575                sampleToStream(os, i);
576            }
577        }
578  }  }
579    
580  ///////////////////////////////  ///////////////////////////////
# Line 599  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* Line 589  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements*
589  //  //
590  string DataVar::getTensorDef() const  string DataVar::getTensorDef() const
591  {  {
592      if (rank < 2)      if (rank < 2 || !initialized)
593          return string();          return string();
594            
595      /// Format string for Silo 2x2 tensor      /// Format string for Silo 2x2 tensor
# Line 640  string DataVar::getTensorDef() const Line 630  string DataVar::getTensorDef() const
630  // The corresponding mesh must have been written already and made known  // The corresponding mesh must have been written already and made known
631  // to this variable by a call to setMesh().  // to this variable by a call to setMesh().
632  //  //
633  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath)  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath,
634                              const string& units)
635  {  {
636  #if HAVE_SILO  #if USE_SILO
637        if (!initialized)
638            return false;
639    
640      if (numSamples == 0)      if (numSamples == 0)
641          return true;          return true;
642    
     // have to set mesh first  
     if (!fullMesh)  
         return false;  
   
643      int ret;      int ret;
644    
645      if (siloPath != "") {      if (siloPath != "") {
# Line 657  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 647  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
647          if (ret != 0)          if (ret != 0)
648              return false;              return false;
649      }      }
650        
651      char* meshName = (char*)siloMeshName.c_str();      char* siloMesh = const_cast<char*>(siloMeshName.c_str());
652      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);
653        DBoptlist* optList = DBMakeOptlist(2);
654        if (units.length()>0) {
655            DBAddOption(optList, DBOPT_UNITS, (void*)units.c_str());
656        }
657    
658      if (rank == 0) {      if (rank == 0) {
659          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), meshName, reorderedData[0],          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, dataArray[0],
660                  reorderedNumSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  numSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
661      }      }
662      else if (rank == 1) {      else if (rank == 1) {
663          const string comps[3] = {          const string comps[3] = {
# Line 673  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 667  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
667              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()
668          };          };
669    
670          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), meshName, shape[0],          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, shape[0],
671                  (char**)varnames, &reorderedData[0], reorderedNumSamples, NULL,                  (char**)varnames, &dataArray[0], numSamples, NULL,
672                  0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
673      }      }
674      else {      else {
675          string tensorDir = varName+string("_comps/");          string tensorDir = varName+string("_comps/");
676          ret = DBMkdir(dbfile, tensorDir.c_str());          ret = DBMkdir(dbfile, tensorDir.c_str());
677          if (ret == 0) {          if (ret == 0) {
678              int one = 1;              int one = 1;
             DBoptlist* optList = DBMakeOptlist(1);  
679              DBAddOption(optList, DBOPT_HIDE_FROM_GUI, &one);              DBAddOption(optList, DBOPT_HIDE_FROM_GUI, &one);
680    
681              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {
682                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {
683                      ostringstream varname;                      ostringstream varname;
684                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;
685                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), meshName,                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), siloMesh,
686                              reorderedData[i*shape[0]+j], reorderedNumSamples,                              dataArray[i*shape[0]+j], numSamples,
687                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
688                      if (ret != 0) break;                      if (ret != 0) break;
689                  }                  }
690                  if (ret != 0) break;                  if (ret != 0) break;
691              }              }
             DBFreeOptlist(optList);  
692          } // ret==0          } // ret==0
693      } // rank      } // rank
694    
695        DBFreeOptlist(optList);
696      DBSetDir(dbfile, "/");      DBSetDir(dbfile, "/");
697      return (ret == 0);      return (ret == 0);
698    
699  #else // !HAVE_SILO  #else // !USE_SILO
700      return false;      return false;
701  #endif  #endif
702  }  }
703    
704  } // namespace EscriptReader  } // namespace weipa
705    

Legend:
Removed from v.2196  
changed lines
  Added in v.3128

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26