/[escript]/branches/split/weipa/src/DataVar.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/split/weipa/src/DataVar.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/tools/libescriptreader/src/escriptreader/DataVar.cpp revision 2196 by caltinay, Wed Jan 7 06:14:59 2009 UTC trunk/weipa/src/DataVar.cpp revision 3143 by caltinay, Fri Sep 3 00:31:55 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6  * http://www.uq.edu.au/esscc  * http://www.uq.edu.au/esscc
7  *  *
# Line 11  Line 11 
11  *  *
12  *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14  //  #include <weipa/DataVar.h>
15  // DataVar.cpp  #include <weipa/DomainChunk.h>
16  //  #include <weipa/ElementData.h>
17  #include <escriptreader/DataVar.h>  #include <weipa/NodeData.h>
18  #include <escriptreader/ElementData.h>  #ifndef VISIT_PLUGIN
19  #include <escriptreader/MeshWithElements.h>  #include <escript/Data.h>
20  #include <netcdf.hh>  #endif
21  #if HAVE_SILO  
22    #if USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26    #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
28  #endif  #endif
29    
30    #include <numeric> // for accumulate
31    
32  using namespace std;  using namespace std;
33    
34  namespace EscriptReader {  namespace weipa {
35            
 enum {  
     NODE_CENTERED = 1,  
     ZONE_CENTERED = 2  
 };  
   
36  //  //
37  // Constructor  // Constructor
38  //  //
39  DataVar::DataVar(const string& name) :  DataVar::DataVar(const string& name) :
40      varName(name), numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0), centering(0),      initialized(false), varName(name),
41      reorderedNumSamples(0), fullMesh(NULL)      numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0)
 {  
 }  
   
 //  
 // Destructor  
 //  
 DataVar::~DataVar()  
42  {  {
     CoordArray::iterator it;  
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     for (it = rawData.begin(); it != rawData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
43  }  }
44    
45  //  //
46  // Copy constructor  // Copy constructor
47  //  //
48  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :
49        initialized(d.initialized), domain(d.domain),
50      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),
51      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), centering(d.centering),      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), funcSpace(d.funcSpace),
52      funcSpace(d.funcSpace), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID),      centering(d.centering), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID)
     reorderedNumSamples(d.reorderedNumSamples), fullMesh(d.fullMesh)  
53  {  {
54      CoordArray::const_iterator it;      if (numSamples > 0) {
55      for (it = d.rawData.begin(); it != d.rawData.end(); it++) {          CoordArray::const_iterator it;
56          float* c = new float[numSamples];          for (it = d.dataArray.begin(); it != d.dataArray.end(); it++) {
57          copy(*it, (*it)+numSamples, c);              float* c = new float[numSamples];
58          rawData.push_back(c);              copy(*it, (*it)+numSamples, c);
59      }              dataArray.push_back(c);
60      for (it = d.reorderedData.begin(); it != d.reorderedData.end(); it++) {          }
         float* c = new float[reorderedNumSamples];  
         copy(*it, (*it)+reorderedNumSamples, c);  
         reorderedData.push_back(c);  
61      }      }
62  }  }
63    
64  //  //
65  // Special constructor for mesh data  // Destructor
66  //  //
67  DataVar::DataVar(const string& name, const IntVec& data,  DataVar::~DataVar()
                  MeshWithElements* mesh) :  
     varName(name)  
68  {  {
69      numSamples = data.size();      cleanup();
   
     float* c = new float[numSamples];  
     rawData.push_back(c);  
     IntVec::const_iterator it;  
     for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)  
         *c++ = static_cast<float>(*it);  
   
     rank = 0;  
     ptsPerSample = 1;  
     if (name.compare(0, 6, "Nodes_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_NODES;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getNodeIDs().begin(),  
                 mesh->getNodeIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 9, "Elements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 13, "FaceElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 16, "ContactElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 7, "Points_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_POINTS;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getPoints()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getPoints()->getIDs().end());  
     }  
   
     shape.clear();  
     reorderedNumSamples = 0;  
70  }  }
71    
72  //  //
 // Appends raw data including IDs from rhs.  
73  //  //
74  bool DataVar::append(const DataVar& rhs)  //
75    void DataVar::cleanup()
76  {  {
     // check if variables are compatible  
     if (varName != rhs.varName || ptsPerSample != rhs.ptsPerSample ||  
             rank != rhs.rank || shape.size() != rhs.shape.size() ||  
             centering != rhs.centering)  
         return false;  
   
     for (size_t i=0; i<shape.size(); i++)  
         if (shape[i] != rhs.shape[i])  
             return false;  
   
     sampleID.insert(sampleID.end(), rhs.sampleID.begin(), rhs.sampleID.end());  
     for (size_t i=0; i<rawData.size(); i++) {  
         float* c = new float[numSamples+rhs.numSamples];  
         copy(rawData[i], rawData[i]+numSamples, c);  
         copy(rhs.rawData[i], rhs.rawData[i]+rhs.numSamples, c+numSamples);  
         delete[] rawData[i];  
         rawData[i] = c;  
     }  
     numSamples += rhs.numSamples;  
   
     // invalidate previously reordered data  
77      CoordArray::iterator it;      CoordArray::iterator it;
78      for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)      for (it = dataArray.begin(); it != dataArray.end(); it++)
79          delete[] *it;          delete[] *it;
80      reorderedData.clear();      dataArray.clear();
81      reorderedNumSamples = 0;      shape.clear();
82            sampleID.clear();
83      return true;      numSamples = 0;
84        initialized = false;
85  }  }
86    
87  //  //
 // Returns a subset of the src array according to stride parameter.  
 // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.  
 // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and  
 // (z0,z1,...)  
88  //  //
89  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)  //
90    bool DataVar::initFromEscript(escript::Data& escriptData, const_DomainChunk_ptr dom)
91  {  {
92      float* res = new float[numSamples];  #ifndef VISIT_PLUGIN
93        cleanup();
94    
95      if (ptsPerSample == 1) {      if (!escriptData.actsExpanded()) {
96          float* dest = res;          cerr << "WARNING: Only expanded data supported!" << endl;
97          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)          return false;
             *dest++ = *src;  
     } else {  
         float* dest = res;  
         for (int i=0; i<numSamples; i++) {  
             double tmpVal = 0.0;  
             for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride)  
                 tmpVal += *src;  
             *dest++ = (float)(tmpVal / ptsPerSample);  
         }  
98      }      }
     return res;  
 }  
99    
100  //      domain = dom;
101  // Reads scalar data (rank=0) from NetCDF file and stores the values      rank = escriptData.getDataPointRank();
102  // after averaging.      ptsPerSample = escriptData.getNumDataPointsPerSample();
103  //      shape = escriptData.getDataPointShape();
104  void DataVar::readRank0Data(NcFile* ncfile)      funcSpace = escriptData.getFunctionSpace().getTypeCode();
105  {      numSamples = escriptData.getNumSamples();
106      shape.clear();      centering = domain->getCenteringForFunctionSpace(funcSpace);
     float* tempData = new float[ptsPerSample*numSamples];  
     NcVar* var = ncfile->get_var("data");  
     var->get(tempData, ptsPerSample, numSamples);  
107    
108      float* c = averageData(tempData, 1);  #ifdef _DEBUG
109      rawData.push_back(c);      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
110            << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
111    #endif
112    
113      delete[] tempData;      NodeData_ptr nodes = domain->getMeshForFunctionSpace(funcSpace);
114  }      if (nodes == NULL)
115            return false;
116    
117  //      meshName = nodes->getName();
118  // Reads vector data (rank=1) from NetCDF file and stores the components      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
119  // separately after averaging.      initialized = true;
120  //  
121  void DataVar::readRank1Data(NcFile* ncfile)      // no samples? Nothing more to do.
122  {      if (numSamples == 0)
123      shape.clear();          return true;
124      NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");  
125      shape.push_back(dim->size());      const int* iPtr = escriptData.getFunctionSpace().borrowSampleReferenceIDs();
126        sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
127        copy(iPtr, iPtr+numSamples, sampleID.begin());
128    
129      float* tempData = new float[shape[0]*ptsPerSample*numSamples];      size_t dimSize = 1;
130      NcVar* var = ncfile->get_var("data");      if (rank > 0)
131      var->get(tempData, shape[0], ptsPerSample, numSamples);          dimSize *= shape[0];
132        if (rank > 1)
133            dimSize *= shape[1];
134        if (rank > 2) {
135            cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
136            initialized = false;
137        }
138    
139        if (initialized) {
140            size_t dataSize = dimSize * ptsPerSample;
141            float* tempData = new float[dataSize*numSamples];
142            float* destPtr = tempData;
143            for (int sampleNo=0; sampleNo<numSamples; sampleNo++) {
144                const escript::DataAbstract::ValueType::value_type* values =
145                    escriptData.getSampleDataRO(sampleNo);
146                copy(values, values+dataSize, destPtr);
147                destPtr += dataSize;
148            }
149    
150            const float* srcPtr = tempData;
151            for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
152                float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
153                dataArray.push_back(c);
154            }
155            delete[] tempData;
156    
157      for (int i=0; i<shape[0]; i++) {          initialized = reorderSamples();
         const float* src = tempData;  
         src+=i;  
         float* c = averageData(src, shape[0]);  
         rawData.push_back(c);  
158      }      }
159      delete[] tempData;  
160        return initialized;
161    
162    #else // VISIT_PLUGIN
163        return false;
164    #endif
165  }  }
166    
167  //  //
168  // Like readRank1Data() but for tensor data (rank=2).  // Initialise with domain data
169  //  //
170  void DataVar::readRank2Data(NcFile* ncfile)  bool DataVar::initFromMeshData(const_DomainChunk_ptr dom, const IntVec& data,
171            int fsCode, Centering c, NodeData_ptr nodes, const IntVec& id)
172  {  {
173      shape.clear();      cleanup();
174      NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");      
175      shape.push_back(dim->size());      domain = dom;
176      dim = ncfile->get_dim("d1");      rank = 0;
177      shape.push_back(dim->size());      ptsPerSample = 1;
178        sampleID = id;
179      float* tempData = new float[shape[0]*shape[1]*ptsPerSample*numSamples];      meshName = nodes->getName();
180      NcVar* var = ncfile->get_var("data");      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
181      var->get(tempData, shape[0], shape[1], ptsPerSample, numSamples);      numSamples = data.size();
182    
183      for (int i=0; i<shape[1]; i++) {      if (numSamples > 0) {
184          for (int j=0; j<shape[0]; j++) {          float* c = new float[numSamples];
185              const float* src = tempData;          dataArray.push_back(c);
186              src+=i*shape[0]+j;          IntVec::const_iterator it;
187              float* c = averageData(src, shape[0]*shape[1]);          for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)
188              rawData.push_back(c);              *c++ = static_cast<float>(*it);
         }  
189      }      }
190      delete[] tempData;      initialized = true;
191    
192        return initialized;
193  }  }
194    
195  //  //
196  // Reads a NetCDF file in escript/finley format.  // Reads variable data from dump file
197  //  //
198  bool DataVar::readFromNc(const string& filename)  bool DataVar::initFromFile(const string& filename, const_DomainChunk_ptr dom)
199  {  {
200        cleanup();
201        
202    #if USE_NETCDF
203      NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);          NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);    
204      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());
205      if (!input->is_valid()) {      if (!input->is_valid()) {
# Line 267  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 211  bool DataVar::readFromNc(const string& f
211      NcDim* dim;      NcDim* dim;
212      NcAtt* att;      NcAtt* att;
213    
     dim = input->get_dim("num_samples");  
     numSamples = dim->size();  
   
     // if there are no data samples bail out  
     if (numSamples == 0) {  
         delete input;  
         return false;  
     }  
   
214      att = input->get_att("type_id");      att = input->get_att("type_id");
215      int typeID = att->as_int(0);      int typeID = att->as_int(0);
216      if (typeID != 2) {      if (typeID != 2) {
217          cerr << "WARNING: Only expanded data supported at the moment!" << endl;          cerr << "WARNING: Only expanded data supported!" << endl;
218          delete input;          delete input;
219          return false;          return false;
220      }      }
# Line 293  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 228  bool DataVar::readFromNc(const string& f
228      att = input->get_att("function_space_type");      att = input->get_att("function_space_type");
229      funcSpace = att->as_int(0);      funcSpace = att->as_int(0);
230    
231        centering = domain->getCenteringForFunctionSpace(funcSpace);
232    
233        dim = input->get_dim("num_samples");
234        numSamples = dim->size();
235    
236  #ifdef _DEBUG  #ifdef _DEBUG
237      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
238          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
239  #endif  #endif
240    
241      sampleID.clear();      domain = dom;
242      sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);      NodeData_ptr nodes = domain->getMeshForFunctionSpace(funcSpace);
243      NcVar* var = input->get_var("id");      if (nodes == NULL) {
244      var->get(&sampleID[0], numSamples);          delete input;
245            return false;
     switch (rank) {  
         case 0:  
             readRank0Data(input);  
             break;  
         case 1:  
             readRank1Data(input);  
             break;  
         case 2:  
             readRank2Data(input);  
             break;  
         default:  
             cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";  
             delete input;  
             return false;  
246      }      }
247    
248      delete input;      meshName = nodes->getName();
249      return true;      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
250  }      initialized = true;
251    
252  //      size_t dimSize = 1;
253  // Returns one of the mesh names provided by mainMesh that matches the      vector<long> counts;
254  // data variable's function space type and reduced/unreduced state.  
255  //      if (rank > 0) {
256  string DataVar::getMeshName(MeshWithElements* mainMesh) const          dim = input->get_dim("d0");
257  {          int d = dim->size();
258      string name;          shape.push_back(d);
259            counts.push_back(d);
260      switch (funcSpace) {          dimSize *= d;
261          case FINLEY_REDUCED_NODES:      }
262          case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:      if (rank > 1) {
263          case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:          dim = input->get_dim("d1");
264          case FINLEY_ELEMENTS:          int d = dim->size();
265              if (mainMesh->getElements()->reducedCount > 0) {          shape.push_back(d);
266                  name = mainMesh->getElements()->reducedMesh->getName();          counts.push_back(d);
267              } else {          dimSize *= d;
268                  name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();      }
269              }      if (rank > 2) {
270              break;          cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
271            initialized = false;
272        }
273    
274        if (initialized && numSamples > 0) {
275            sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
276            NcVar* var = input->get_var("id");
277            var->get(&sampleID[0], numSamples);
278    
279            size_t dataSize = dimSize*numSamples*ptsPerSample;
280            counts.push_back(ptsPerSample);
281            counts.push_back(numSamples);
282            float* tempData = new float[dataSize];
283            var = input->get_var("data");
284            var->get(tempData, &counts[0]);
285    
286            const float* srcPtr = tempData;
287            for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
288                float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
289                dataArray.push_back(c);
290            }
291            delete[] tempData;
292    
293          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:          initialized = reorderSamples();
294          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:      }
             if (mainMesh->getFaceElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
295    
296          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:      delete input;
297          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:  #endif // USE_NETCDF
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
             if (mainMesh->getContactElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
298    
299          case FINLEY_NODES:      return initialized;
         case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();  
             break;  
   
         case FINLEY_POINTS:  
             name = mainMesh->getPoints()->fullMesh->getName();  
             break;  
     }  
     return name;  
300  }  }
301    
302  //  //
# Line 380  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem Line 304  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem
304  //  //
305  bool DataVar::isNodeCentered() const  bool DataVar::isNodeCentered() const
306  {  {
307      return (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES ||      return (centering == NODE_CENTERED);
             funcSpace == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_NODES ||  
             funcSpace == FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_POINTS);  
308  }  }
309    
310  //  //
311  // Filters and reorders the raw sample values according to the IDs provided  // Returns a subset of the src array according to stride parameter.
312  // in 'requiredIDs'. This is used to have data arrays ordered according to  // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.
313  // the underlying mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])  // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and
314    // (z0,z1,...)
315  //  //
316  void DataVar::reorderSamples(const IndexMap& id2idxMap,  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)
                              const IntVec& requiredIDs)  
317  {  {
318      CoordArray::iterator it;      float* res;
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     reorderedData.clear();  
319    
320      buildIndexMap();      if (ptsPerSample == 1) {
321      for (size_t i=0; i < rawData.size(); i++) {          res = new float[numSamples];
322          float* c = new float[reorderedNumSamples];          float* dest = res;
323          reorderedData.push_back(c);          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)
324          const float* src = rawData[i];              *dest++ = *src;
325          IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs.begin();      } else {
326          for (; idIt != requiredIDs.end(); idIt++) {          ElementData_ptr cells = domain->getElementsForFunctionSpace(funcSpace);
327              size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;          int cellFactor = cells->getElementFactor();
328              size_t destIdx = id2idxMap.find(*idIt)->second;          res = new float[cellFactor * numSamples];
329              c[destIdx] = src[srcIdx];          float* dest = res;
330            QuadMaskInfo qmi = cells->getQuadMask(funcSpace);
331            if (!qmi.mask.empty()) {
332                const float* tmpSrc = src;
333                for (int i=0; i<numSamples; i++, tmpSrc+=stride*ptsPerSample) {
334                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
335                        double tmpVal = 0.0;
336                        for (int j=0; j<ptsPerSample; j++) {
337                            if (qmi.mask[l][j] != 0) {
338                                tmpVal += *(tmpSrc+stride*j);
339                            }
340                        }
341                        *dest++ = (float)(tmpVal / qmi.factor[l]);
342                    }
343                }
344            } else {
345                for (int i=0; i<numSamples; i++) {
346                    double tmpVal = 0.0;
347                    for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride) {
348                        tmpVal += *src;
349                    }
350                    tmpVal /= ptsPerSample;
351                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
352                        *dest++ = static_cast<float>(tmpVal);
353                    }
354                }
355          }          }
356      }      }
357        return res;
358  }  }
359    
360  //  //
361  // For zonal data this method reorders the values according to the indices  // Filters and reorders the raw sample values according to the node/element
362  // given in reorderArray. This is used to move ghost zones to the end of  // IDs. This is used to have data arrays ordered according to the underlying
363  // the arrays which conforms to Silo's expected format.  // mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])
 // Nodal data is not changed by this method.  
364  //  //
365  void DataVar::handleGhostZones(const IntVec& reorderArray)  bool DataVar::reorderSamples()
366  {  {
367      if (centering == NODE_CENTERED)      if (numSamples == 0)
368          return;          return true;
369    
370      vector<float*>::iterator it;      const IntVec* requiredIDs = NULL;
371      for (it = reorderedData.begin(); it!=reorderedData.end(); it++) {      int requiredNumSamples = 0;
372          float* original = *it;      int cellFactor = 1;
373          float* reordered = new float[reorderedNumSamples];  
374          float* arrIt = reordered;      if (centering == NODE_CENTERED) {
375          IntVec::const_iterator idxIt;          NodeData_ptr nodes = domain->getMeshForFunctionSpace(funcSpace);
376          for (idxIt=reorderArray.begin(); idxIt!=reorderArray.end(); idxIt++)          requiredIDs = &nodes->getNodeIDs();
377              *arrIt++ = original[*idxIt];          requiredNumSamples = nodes->getNumNodes();
378        } else {
379            ElementData_ptr cells = domain->getElementsForFunctionSpace(funcSpace);
380            if (cells == NULL)
381                return false;
382    
383          delete[] *it;          requiredIDs = &cells->getIDs();
384          *it = reordered;          requiredNumSamples = cells->getNumElements();
385            cellFactor = cells->getElementFactor();
386            if (cellFactor > 1) {
387                numSamples *= cellFactor;
388                // update sample IDs
389                IntVec newSampleID(numSamples);
390                IntVec::const_iterator idIt = sampleID.begin();
391                IntVec::iterator newIDit = newSampleID.begin();
392                for (; idIt != sampleID.end(); idIt++, newIDit+=cellFactor) {
393                    fill(newIDit, newIDit+cellFactor, *idIt);
394                }
395                sampleID.swap(newSampleID);
396            }
397        }
398    
399        if (requiredNumSamples > numSamples) {
400            cerr << "ERROR: " << varName << " has " << numSamples
401                << " instead of " << requiredNumSamples << " samples!" << endl;
402            return false;
403      }      }
404    
405        IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
406        numSamples = requiredNumSamples;
407    
408        // now filter the data
409        for (size_t i=0; i < dataArray.size(); i++) {
410            float* c = new float[numSamples];
411            const float* src = dataArray[i];
412            IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs->begin();
413            size_t destIdx = 0;
414            for (; idIt != requiredIDs->end(); idIt+=cellFactor, destIdx+=cellFactor) {
415                size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;
416                copy(&src[srcIdx], &src[srcIdx+cellFactor], &c[destIdx]);
417            }
418            delete[] dataArray[i];
419            dataArray[i] = c;
420        }
421    
422        // sample IDs now = mesh node/element IDs
423        sampleID = *requiredIDs;
424    
425        return true;
426  }  }
427    
428  //  //
 // Makes the top-level mesh known to this data variable. The mesh is used  
 // to reorder and filter the samples and inquire the number of ghost zones.  
429  //  //
430  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* mesh)  //
431    int DataVar::getNumberOfComponents() const
432  {  {
433      if (fullMesh == mesh)      return (rank == 0 ? 1 : accumulate(shape.begin(), shape.end(), 0));
434          return true;  }
   
     const IndexMap* id2idxMap;  
     const IntVec* reqIDs;  
     const IntVec* reorderArray = NULL;  
   
     switch (funcSpace) {  
         case FINLEY_REDUCED_NODES:  
         case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->reducedMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->reducedMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedMesh->getNumNodes();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();  
                 }  
             }  
             break;  
   
         case FINLEY_NODES:  
         case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 if (cells->getGhostCount())  
                     reorderArray = &cells->indexArray;  
                 siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();  
                 reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();  
                 reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();  
             }  
             break;  
   
         case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:  
         case FINLEY_ELEMENTS:  
             {  
                 centering = ZONE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
             }  
             break;  
435    
436          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:  //
437          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  //
438              {  //
439                  centering = ZONE_CENTERED;  float* DataVar::getDataFlat() const
440                  ElementData* cells = mesh->getFaceElements();  {
441                  id2idxMap = &cells->ID2idx;      int totalSize = numSamples * getNumberOfComponents();
442                  reqIDs = &cells->getIDs();      float* res = new float[totalSize];
443                  if (cells->reducedCount > 0) {      if (rank == 0) {
444                      if (cells->getReducedGhostCount())          copy(dataArray[0], dataArray[0]+numSamples, res);
445                          reorderArray = &cells->reducedIndexArray;      } else if (rank == 1) {
446                      reorderedNumSamples = cells->reducedCount;          float *dest = res;
447                      siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();          for (size_t c=0; c<numSamples; c++) {
448                  } else {              for (size_t i=0; i<shape[0]; i++) {
449                      if (cells->getGhostCount())                  *dest++ = dataArray[i][c];
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
450              }              }
451              break;          }
452        } else if (rank == 2) {
453          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:          float *dest = res;
454          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:          for (size_t c=0; c<numSamples; c++) {
455          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {
456          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {
457              {                      *dest++ = dataArray[i*shape[0]+j][c];
                 centering = ZONE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getContactElements();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
458                  }                  }
459              }              }
460              break;          }
   
         case FINLEY_POINTS:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getPoints();  
                 if (cells->getGhostCount())  
                     reorderArray = &cells->indexArray;  
                 siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 reorderedNumSamples = cells->count;  
             }  
             break;  
   
         default:  
             cerr << "Unknown function space type " << funcSpace << "!\n";  
             return false;  
461      }      }
462    
463      if (reorderedNumSamples > numSamples) {      return res;
464          cerr << "WARNING: " << varName << " has " << numSamples  }
465              << " instead of " << reorderedNumSamples << " samples!" << endl;  
466          return false;  //
467    //
468    //
469    void DataVar::sampleToStream(ostream& os, int index)
470    {
471        if (rank == 0) {
472            os << dataArray[0][index];
473        } else if (rank == 1) {
474            if (shape[0] < 3)
475                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
476                    << " " << 0.;
477            else
478                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
479                    << " " << dataArray[2][index];
480        } else if (rank == 2) {
481            if (shape[1] < 3) {
482                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
483                    << " " << 0. << " ";
484                os << dataArray[2][index] << " " << dataArray[3][index]
485                    << " " << 0. << " ";
486                os << 0. << " " << 0. << " " << 0.;
487            } else {
488                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
489                    << " " << dataArray[2][index] << " ";
490                os << dataArray[3][index] << " " << dataArray[4][index]
491                    << " " << dataArray[5][index] << " ";
492                os << dataArray[6][index] << " " << dataArray[7][index]
493                    << " " << dataArray[8][index];
494            }
495      }      }
496        os << endl;
497    }
498    
499      fullMesh = mesh;  //
500    //
501    //
502    void DataVar::writeToVTK(ostream& os, int ownIndex)
503    {
504        if (numSamples == 0)
505            return;
506    
507      reorderSamples(*id2idxMap, *reqIDs);      if (isNodeCentered()) {
508      if (reorderArray)          // data was reordered in reorderSamples() but for VTK we write the
509          handleGhostZones(*reorderArray);          // original node mesh and thus need the original ordering...
510      return true;          const IntVec& requiredIDs = domain->getNodes()->getNodeIDs();
511            const IntVec& nodeGNI = domain->getNodes()->getGlobalNodeIndices();
512            const IntVec& nodeDist = domain->getNodes()->getNodeDistribution();
513            int firstId = nodeDist[ownIndex];
514            int lastId = nodeDist[ownIndex+1];
515            IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
516            for (int i=0; i<nodeGNI.size(); i++) {
517                if (firstId <= nodeGNI[i] && nodeGNI[i] < lastId) {
518                    int idx = sampleID2idx[requiredIDs[i]];
519                    sampleToStream(os, idx);
520                }
521            }
522        } else {
523            // cell data: ghost cells have been removed so do not write ghost
524            // samples (which are the last elements in the arrays)
525            int toWrite = domain->getElementsByName(meshName)->getNumElements();
526            for (int i=0; i<toWrite; i++) {
527                sampleToStream(os, i);
528            }
529        }
530  }  }
531    
532  ///////////////////////////////  ///////////////////////////////
# Line 599  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* Line 541  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements*
541  //  //
542  string DataVar::getTensorDef() const  string DataVar::getTensorDef() const
543  {  {
544      if (rank < 2)      if (rank < 2 || !initialized)
545          return string();          return string();
546            
547      /// Format string for Silo 2x2 tensor      /// Format string for Silo 2x2 tensor
# Line 637  string DataVar::getTensorDef() const Line 579  string DataVar::getTensorDef() const
579    
580  //  //
581  // Writes the data to given Silo file under the virtual path provided.  // Writes the data to given Silo file under the virtual path provided.
582  // The corresponding mesh must have been written already and made known  // The corresponding mesh must have been written already.
 // to this variable by a call to setMesh().  
583  //  //
584  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath)  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath,
585                              const string& units)
586  {  {
587  #if HAVE_SILO  #if USE_SILO
588        if (!initialized)
589            return false;
590    
591      if (numSamples == 0)      if (numSamples == 0)
592          return true;          return true;
593    
     // have to set mesh first  
     if (!fullMesh)  
         return false;  
   
594      int ret;      int ret;
595    
596      if (siloPath != "") {      if (siloPath != "") {
# Line 657  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 598  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
598          if (ret != 0)          if (ret != 0)
599              return false;              return false;
600      }      }
601        
602      char* meshName = (char*)siloMeshName.c_str();      char* siloMesh = const_cast<char*>(siloMeshName.c_str());
603      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);
604        DBoptlist* optList = DBMakeOptlist(2);
605        if (units.length()>0) {
606            DBAddOption(optList, DBOPT_UNITS, (void*)units.c_str());
607        }
608    
609      if (rank == 0) {      if (rank == 0) {
610          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), meshName, reorderedData[0],          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, dataArray[0],
611                  reorderedNumSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  numSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
612      }      }
613      else if (rank == 1) {      else if (rank == 1) {
614          const string comps[3] = {          const string comps[3] = {
# Line 673  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 618  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
618              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()
619          };          };
620    
621          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), meshName, shape[0],          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, shape[0],
622                  (char**)varnames, &reorderedData[0], reorderedNumSamples, NULL,                  (char**)varnames, &dataArray[0], numSamples, NULL,
623                  0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
624      }      }
625      else {      else {
626          string tensorDir = varName+string("_comps/");          string tensorDir = varName+string("_comps/");
627          ret = DBMkdir(dbfile, tensorDir.c_str());          ret = DBMkdir(dbfile, tensorDir.c_str());
628          if (ret == 0) {          if (ret == 0) {
629              int one = 1;              int one = 1;
             DBoptlist* optList = DBMakeOptlist(1);  
630              DBAddOption(optList, DBOPT_HIDE_FROM_GUI, &one);              DBAddOption(optList, DBOPT_HIDE_FROM_GUI, &one);
631    
632              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {
633                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {
634                      ostringstream varname;                      ostringstream varname;
635                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;
636                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), meshName,                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), siloMesh,
637                              reorderedData[i*shape[0]+j], reorderedNumSamples,                              dataArray[i*shape[0]+j], numSamples,
638                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
639                      if (ret != 0) break;                      if (ret != 0) break;
640                  }                  }
641                  if (ret != 0) break;                  if (ret != 0) break;
642              }              }
             DBFreeOptlist(optList);  
643          } // ret==0          } // ret==0
644      } // rank      } // rank
645    
646        DBFreeOptlist(optList);
647      DBSetDir(dbfile, "/");      DBSetDir(dbfile, "/");
648      return (ret == 0);      return (ret == 0);
649    
650  #else // !HAVE_SILO  #else // !USE_SILO
651      return false;      return false;
652  #endif  #endif
653  }  }
654    
655  } // namespace EscriptReader  } // namespace weipa
656    

Legend:
Removed from v.2196  
changed lines
  Added in v.3143

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26