/[escript]/branches/split/weipa/src/DataVar.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/split/weipa/src/DataVar.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/tools/libescriptreader/src/escriptreader/DataVar.cpp revision 2196 by caltinay, Wed Jan 7 06:14:59 2009 UTC trunk/weipa/src/DataVar.cpp revision 3259 by jfenwick, Mon Oct 11 01:48:14 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6  * http://www.uq.edu.au/esscc  * http://www.uq.edu.au/esscc
7  *  *
# Line 11  Line 11 
11  *  *
12  *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14  //  #include <weipa/DataVar.h>
15  // DataVar.cpp  #include <weipa/DomainChunk.h>
16  //  #include <weipa/ElementData.h>
17  #include <escriptreader/DataVar.h>  #include <weipa/NodeData.h>
18  #include <escriptreader/ElementData.h>  #ifndef VISIT_PLUGIN
19  #include <escriptreader/MeshWithElements.h>  #include <escript/Data.h>
20  #include <netcdf.hh>  #endif
21  #if HAVE_SILO  
22    #if USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26    #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
28  #endif  #endif
29    
30    #include <numeric> // for accumulate
31    #include <iostream> // for cerr
32    
33  using namespace std;  using namespace std;
34    
35  namespace EscriptReader {  namespace weipa {
36            
 enum {  
     NODE_CENTERED = 1,  
     ZONE_CENTERED = 2  
 };  
   
37  //  //
38  // Constructor  // Constructor
39  //  //
40  DataVar::DataVar(const string& name) :  DataVar::DataVar(const string& name) :
41      varName(name), numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0), centering(0),      initialized(false), varName(name),
42      reorderedNumSamples(0), fullMesh(NULL)      numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0)
 {  
 }  
   
 //  
 // Destructor  
 //  
 DataVar::~DataVar()  
43  {  {
     CoordArray::iterator it;  
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     for (it = rawData.begin(); it != rawData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
44  }  }
45    
46  //  //
47  // Copy constructor  // Copy constructor
48  //  //
49  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :
50        initialized(d.initialized), domain(d.domain),
51      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),
52      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), centering(d.centering),      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), funcSpace(d.funcSpace),
53      funcSpace(d.funcSpace), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID),      centering(d.centering), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID)
     reorderedNumSamples(d.reorderedNumSamples), fullMesh(d.fullMesh)  
54  {  {
55      CoordArray::const_iterator it;      if (numSamples > 0) {
56      for (it = d.rawData.begin(); it != d.rawData.end(); it++) {          CoordArray::const_iterator it;
57          float* c = new float[numSamples];          for (it = d.dataArray.begin(); it != d.dataArray.end(); it++) {
58          copy(*it, (*it)+numSamples, c);              float* c = new float[numSamples];
59          rawData.push_back(c);              copy(*it, (*it)+numSamples, c);
60      }              dataArray.push_back(c);
61      for (it = d.reorderedData.begin(); it != d.reorderedData.end(); it++) {          }
         float* c = new float[reorderedNumSamples];  
         copy(*it, (*it)+reorderedNumSamples, c);  
         reorderedData.push_back(c);  
62      }      }
63  }  }
64    
65  //  //
66  // Special constructor for mesh data  // Destructor
67  //  //
68  DataVar::DataVar(const string& name, const IntVec& data,  DataVar::~DataVar()
                  MeshWithElements* mesh) :  
     varName(name)  
69  {  {
70      numSamples = data.size();      cleanup();
   
     float* c = new float[numSamples];  
     rawData.push_back(c);  
     IntVec::const_iterator it;  
     for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)  
         *c++ = static_cast<float>(*it);  
   
     rank = 0;  
     ptsPerSample = 1;  
     if (name.compare(0, 6, "Nodes_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_NODES;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getNodeIDs().begin(),  
                 mesh->getNodeIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 9, "Elements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 13, "FaceElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 16, "ContactElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 7, "Points_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_POINTS;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getPoints()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getPoints()->getIDs().end());  
     }  
   
     shape.clear();  
     reorderedNumSamples = 0;  
71  }  }
72    
73  //  //
 // Appends raw data including IDs from rhs.  
74  //  //
75  bool DataVar::append(const DataVar& rhs)  //
76    void DataVar::cleanup()
77  {  {
     // check if variables are compatible  
     if (varName != rhs.varName || ptsPerSample != rhs.ptsPerSample ||  
             rank != rhs.rank || shape.size() != rhs.shape.size() ||  
             centering != rhs.centering)  
         return false;  
   
     for (size_t i=0; i<shape.size(); i++)  
         if (shape[i] != rhs.shape[i])  
             return false;  
   
     sampleID.insert(sampleID.end(), rhs.sampleID.begin(), rhs.sampleID.end());  
     for (size_t i=0; i<rawData.size(); i++) {  
         float* c = new float[numSamples+rhs.numSamples];  
         copy(rawData[i], rawData[i]+numSamples, c);  
         copy(rhs.rawData[i], rhs.rawData[i]+rhs.numSamples, c+numSamples);  
         delete[] rawData[i];  
         rawData[i] = c;  
     }  
     numSamples += rhs.numSamples;  
   
     // invalidate previously reordered data  
78      CoordArray::iterator it;      CoordArray::iterator it;
79      for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)      for (it = dataArray.begin(); it != dataArray.end(); it++)
80          delete[] *it;          delete[] *it;
81      reorderedData.clear();      dataArray.clear();
82      reorderedNumSamples = 0;      shape.clear();
83            sampleID.clear();
84      return true;      numSamples = 0;
85        initialized = false;
86  }  }
87    
88  //  //
 // Returns a subset of the src array according to stride parameter.  
 // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.  
 // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and  
 // (z0,z1,...)  
89  //  //
90  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)  //
91    bool DataVar::initFromEscript(escript::Data& escriptData, const_DomainChunk_ptr dom)
92  {  {
93      float* res = new float[numSamples];  #ifndef VISIT_PLUGIN
94        cleanup();
95    
96      if (ptsPerSample == 1) {      if (!escriptData.isConstant() && !escriptData.actsExpanded()) {
97          float* dest = res;          cerr << "WARNING: Weipa only supports constant & expanded data, "
98          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)              << "not initializing " << varName << endl;
99              *dest++ = *src;          return false;
     } else {  
         float* dest = res;  
         for (int i=0; i<numSamples; i++) {  
             double tmpVal = 0.0;  
             for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride)  
                 tmpVal += *src;  
             *dest++ = (float)(tmpVal / ptsPerSample);  
         }  
100      }      }
     return res;  
 }  
101    
102  //      domain = dom;
103  // Reads scalar data (rank=0) from NetCDF file and stores the values      rank = escriptData.getDataPointRank();
104  // after averaging.      ptsPerSample = escriptData.getNumDataPointsPerSample();
105  //      shape = escriptData.getDataPointShape();
106  void DataVar::readRank0Data(NcFile* ncfile)      funcSpace = escriptData.getFunctionSpace().getTypeCode();
107  {      numSamples = escriptData.getNumSamples();
108      shape.clear();      centering = domain->getCenteringForFunctionSpace(funcSpace);
     float* tempData = new float[ptsPerSample*numSamples];  
     NcVar* var = ncfile->get_var("data");  
     var->get(tempData, ptsPerSample, numSamples);  
109    
110      float* c = averageData(tempData, 1);  #ifdef _DEBUG
111      rawData.push_back(c);      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
112            << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
113    #endif
114    
115      delete[] tempData;      NodeData_ptr nodes = domain->getMeshForFunctionSpace(funcSpace);
116  }      if (nodes == NULL)
117            return false;
118    
119  //      meshName = nodes->getName();
120  // Reads vector data (rank=1) from NetCDF file and stores the components      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
121  // separately after averaging.      initialized = true;
122  //  
123  void DataVar::readRank1Data(NcFile* ncfile)      // no samples? Nothing more to do.
124  {      if (numSamples == 0)
125      shape.clear();          return true;
126      NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");  
127      shape.push_back(dim->size());      const int* iPtr = escriptData.getFunctionSpace().borrowSampleReferenceIDs();
128        sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
129        copy(iPtr, iPtr+numSamples, sampleID.begin());
130    
131      float* tempData = new float[shape[0]*ptsPerSample*numSamples];      size_t dimSize = 1;
132      NcVar* var = ncfile->get_var("data");      if (rank > 0)
133      var->get(tempData, shape[0], ptsPerSample, numSamples);          dimSize *= shape[0];
134        if (rank > 1)
135            dimSize *= shape[1];
136        if (rank > 2) {
137            cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
138            initialized = false;
139        }
140    
141        if (initialized) {
142            size_t dataSize = dimSize * ptsPerSample;
143            float* tempData = new float[dataSize*numSamples];
144            float* destPtr = tempData;
145            if (escriptData.isConstant()) {
146                const escript::DataAbstract::ValueType::value_type* values =
147                    escriptData.getSampleDataRO(0);
148                for (int pointNo=0; pointNo<numSamples*ptsPerSample; pointNo++) {
149                    copy(values, values+dimSize, destPtr);
150                    destPtr += dimSize;
151                }
152            } else {
153                for (int sampleNo=0; sampleNo<numSamples; sampleNo++) {
154                    const escript::DataAbstract::ValueType::value_type* values =
155                        escriptData.getSampleDataRO(sampleNo);
156                    copy(values, values+dataSize, destPtr);
157                    destPtr += dataSize;
158                }
159            }
160    
161      for (int i=0; i<shape[0]; i++) {          const float* srcPtr = tempData;
162          const float* src = tempData;          for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
163          src+=i;              float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
164          float* c = averageData(src, shape[0]);              dataArray.push_back(c);
165          rawData.push_back(c);          }
166            delete[] tempData;
167    
168            initialized = reorderSamples();
169      }      }
170      delete[] tempData;  
171        return initialized;
172    
173    #else // VISIT_PLUGIN
174        return false;
175    #endif
176  }  }
177    
178  //  //
179  // Like readRank1Data() but for tensor data (rank=2).  // Initialise with domain data
180  //  //
181  void DataVar::readRank2Data(NcFile* ncfile)  bool DataVar::initFromMeshData(const_DomainChunk_ptr dom, const IntVec& data,
182            int fsCode, Centering c, NodeData_ptr nodes, const IntVec& id)
183  {  {
184      shape.clear();      cleanup();
185      NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");      
186      shape.push_back(dim->size());      domain = dom;
187      dim = ncfile->get_dim("d1");      rank = 0;
188      shape.push_back(dim->size());      ptsPerSample = 1;
189        centering = c;
190      float* tempData = new float[shape[0]*shape[1]*ptsPerSample*numSamples];      sampleID = id;
191      NcVar* var = ncfile->get_var("data");      meshName = nodes->getName();
192      var->get(tempData, shape[0], shape[1], ptsPerSample, numSamples);      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
193        numSamples = data.size();
194    
195      for (int i=0; i<shape[1]; i++) {      if (numSamples > 0) {
196          for (int j=0; j<shape[0]; j++) {          float* c = new float[numSamples];
197              const float* src = tempData;          dataArray.push_back(c);
198              src+=i*shape[0]+j;          IntVec::const_iterator it;
199              float* c = averageData(src, shape[0]*shape[1]);          for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)
200              rawData.push_back(c);              *c++ = static_cast<float>(*it);
         }  
201      }      }
202      delete[] tempData;      initialized = true;
203    
204        return initialized;
205  }  }
206    
207  //  //
208  // Reads a NetCDF file in escript/finley format.  // Reads variable data from dump file
209  //  //
210  bool DataVar::readFromNc(const string& filename)  bool DataVar::initFromFile(const string& filename, const_DomainChunk_ptr dom)
211  {  {
212        cleanup();
213        
214    #if USE_NETCDF
215      NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);          NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);    
216      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());
217      if (!input->is_valid()) {      if (!input->is_valid()) {
# Line 267  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 223  bool DataVar::readFromNc(const string& f
223      NcDim* dim;      NcDim* dim;
224      NcAtt* att;      NcAtt* att;
225    
     dim = input->get_dim("num_samples");  
     numSamples = dim->size();  
   
     // if there are no data samples bail out  
     if (numSamples == 0) {  
         delete input;  
         return false;  
     }  
   
226      att = input->get_att("type_id");      att = input->get_att("type_id");
227      int typeID = att->as_int(0);      int typeID = att->as_int(0);
228      if (typeID != 2) {      if (typeID != 2) {
229          cerr << "WARNING: Only expanded data supported at the moment!" << endl;          cerr << "WARNING: Only expanded data supported!" << endl;
230          delete input;          delete input;
231          return false;          return false;
232      }      }
# Line 293  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 240  bool DataVar::readFromNc(const string& f
240      att = input->get_att("function_space_type");      att = input->get_att("function_space_type");
241      funcSpace = att->as_int(0);      funcSpace = att->as_int(0);
242    
243        centering = domain->getCenteringForFunctionSpace(funcSpace);
244    
245        dim = input->get_dim("num_samples");
246        numSamples = dim->size();
247    
248  #ifdef _DEBUG  #ifdef _DEBUG
249      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
250          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
251  #endif  #endif
252    
253      sampleID.clear();      domain = dom;
254      sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);      NodeData_ptr nodes = domain->getMeshForFunctionSpace(funcSpace);
255      NcVar* var = input->get_var("id");      if (nodes == NULL) {
256      var->get(&sampleID[0], numSamples);          delete input;
257            return false;
     switch (rank) {  
         case 0:  
             readRank0Data(input);  
             break;  
         case 1:  
             readRank1Data(input);  
             break;  
         case 2:  
             readRank2Data(input);  
             break;  
         default:  
             cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";  
             delete input;  
             return false;  
258      }      }
259    
260      delete input;      meshName = nodes->getName();
261      return true;      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
262  }      initialized = true;
263    
264  //      size_t dimSize = 1;
265  // Returns one of the mesh names provided by mainMesh that matches the      vector<long> counts;
266  // data variable's function space type and reduced/unreduced state.  
267  //      if (rank > 0) {
268  string DataVar::getMeshName(MeshWithElements* mainMesh) const          dim = input->get_dim("d0");
269  {          int d = dim->size();
270      string name;          shape.push_back(d);
271            counts.push_back(d);
272      switch (funcSpace) {          dimSize *= d;
273          case FINLEY_REDUCED_NODES:      }
274          case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:      if (rank > 1) {
275          case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:          dim = input->get_dim("d1");
276          case FINLEY_ELEMENTS:          int d = dim->size();
277              if (mainMesh->getElements()->reducedCount > 0) {          shape.push_back(d);
278                  name = mainMesh->getElements()->reducedMesh->getName();          counts.push_back(d);
279              } else {          dimSize *= d;
280                  name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();      }
281              }      if (rank > 2) {
282              break;          cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
283            initialized = false;
284        }
285    
286        if (initialized && numSamples > 0) {
287            sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
288            NcVar* var = input->get_var("id");
289            var->get(&sampleID[0], numSamples);
290    
291            size_t dataSize = dimSize*numSamples*ptsPerSample;
292            counts.push_back(ptsPerSample);
293            counts.push_back(numSamples);
294            float* tempData = new float[dataSize];
295            var = input->get_var("data");
296            var->get(tempData, &counts[0]);
297    
298            const float* srcPtr = tempData;
299            for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
300                float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
301                dataArray.push_back(c);
302            }
303            delete[] tempData;
304    
305          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:          initialized = reorderSamples();
306          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:      }
             if (mainMesh->getFaceElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
307    
308          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:      delete input;
309          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:  #endif // USE_NETCDF
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
             if (mainMesh->getContactElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
310    
311          case FINLEY_NODES:      return initialized;
         case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();  
             break;  
   
         case FINLEY_POINTS:  
             name = mainMesh->getPoints()->fullMesh->getName();  
             break;  
     }  
     return name;  
312  }  }
313    
314  //  //
# Line 380  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem Line 316  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem
316  //  //
317  bool DataVar::isNodeCentered() const  bool DataVar::isNodeCentered() const
318  {  {
319      return (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES ||      return (centering == NODE_CENTERED);
             funcSpace == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_NODES ||  
             funcSpace == FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_POINTS);  
320  }  }
321    
322  //  //
323  // Filters and reorders the raw sample values according to the IDs provided  // Returns a subset of the src array according to stride parameter.
324  // in 'requiredIDs'. This is used to have data arrays ordered according to  // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.
325  // the underlying mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])  // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and
326    // (z0,z1,...)
327  //  //
328  void DataVar::reorderSamples(const IndexMap& id2idxMap,  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)
                              const IntVec& requiredIDs)  
329  {  {
330      CoordArray::iterator it;      float* res;
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     reorderedData.clear();  
331    
332      buildIndexMap();      if (ptsPerSample == 1) {
333      for (size_t i=0; i < rawData.size(); i++) {          res = new float[numSamples];
334          float* c = new float[reorderedNumSamples];          float* dest = res;
335          reorderedData.push_back(c);          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)
336          const float* src = rawData[i];              *dest++ = *src;
337          IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs.begin();      } else {
338          for (; idIt != requiredIDs.end(); idIt++) {          ElementData_ptr cells = domain->getElementsForFunctionSpace(funcSpace);
339              size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;          int cellFactor = cells->getElementFactor();
340              size_t destIdx = id2idxMap.find(*idIt)->second;          res = new float[cellFactor * numSamples];
341              c[destIdx] = src[srcIdx];          float* dest = res;
342            QuadMaskInfo qmi = cells->getQuadMask(funcSpace);
343            if (!qmi.mask.empty()) {
344                const float* tmpSrc = src;
345                for (int i=0; i<numSamples; i++, tmpSrc+=stride*ptsPerSample) {
346                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
347                        double tmpVal = 0.0;
348                        for (int j=0; j<ptsPerSample; j++) {
349                            if (qmi.mask[l][j] != 0) {
350                                tmpVal += *(tmpSrc+stride*j);
351                            }
352                        }
353                        *dest++ = (float)(tmpVal / qmi.factor[l]);
354                    }
355                }
356            } else {
357                for (int i=0; i<numSamples; i++) {
358                    double tmpVal = 0.0;
359                    for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride) {
360                        tmpVal += *src;
361                    }
362                    tmpVal /= ptsPerSample;
363                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
364                        *dest++ = static_cast<float>(tmpVal);
365                    }
366                }
367          }          }
368      }      }
369        return res;
370  }  }
371    
372  //  //
373  // For zonal data this method reorders the values according to the indices  // Filters and reorders the raw sample values according to the node/element
374  // given in reorderArray. This is used to move ghost zones to the end of  // IDs. This is used to have data arrays ordered according to the underlying
375  // the arrays which conforms to Silo's expected format.  // mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])
 // Nodal data is not changed by this method.  
376  //  //
377  void DataVar::handleGhostZones(const IntVec& reorderArray)  bool DataVar::reorderSamples()
378  {  {
379      if (centering == NODE_CENTERED)      if (numSamples == 0)
380          return;          return true;
381    
382      vector<float*>::iterator it;      const IntVec* requiredIDs = NULL;
383      for (it = reorderedData.begin(); it!=reorderedData.end(); it++) {      int requiredNumSamples = 0;
384          float* original = *it;      int cellFactor = 1;
385          float* reordered = new float[reorderedNumSamples];  
386          float* arrIt = reordered;      if (centering == NODE_CENTERED) {
387          IntVec::const_iterator idxIt;          NodeData_ptr nodes = domain->getMeshForFunctionSpace(funcSpace);
388          for (idxIt=reorderArray.begin(); idxIt!=reorderArray.end(); idxIt++)          requiredIDs = &nodes->getNodeIDs();
389              *arrIt++ = original[*idxIt];          requiredNumSamples = nodes->getNumNodes();
390        } else {
391            ElementData_ptr cells = domain->getElementsForFunctionSpace(funcSpace);
392            if (cells == NULL)
393                return false;
394    
395          delete[] *it;          requiredIDs = &cells->getIDs();
396          *it = reordered;          requiredNumSamples = cells->getNumElements();
397            cellFactor = cells->getElementFactor();
398            if (cellFactor > 1) {
399                numSamples *= cellFactor;
400                // update sample IDs
401                IntVec newSampleID(numSamples);
402                IntVec::const_iterator idIt = sampleID.begin();
403                IntVec::iterator newIDit = newSampleID.begin();
404                for (; idIt != sampleID.end(); idIt++, newIDit+=cellFactor) {
405                    fill(newIDit, newIDit+cellFactor, *idIt);
406                }
407                sampleID.swap(newSampleID);
408            }
409        }
410    
411        if (requiredNumSamples > numSamples) {
412            cerr << "ERROR: " << varName << " has " << numSamples
413                << " instead of " << requiredNumSamples << " samples!" << endl;
414            return false;
415        }
416    
417        IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
418        numSamples = requiredNumSamples;
419    
420        // now filter the data
421        for (size_t i=0; i < dataArray.size(); i++) {
422            float* c = new float[numSamples];
423            const float* src = dataArray[i];
424            IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs->begin();
425            size_t destIdx = 0;
426            for (; idIt != requiredIDs->end(); idIt+=cellFactor, destIdx+=cellFactor) {
427                size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;
428                copy(&src[srcIdx], &src[srcIdx+cellFactor], &c[destIdx]);
429            }
430            delete[] dataArray[i];
431            dataArray[i] = c;
432      }      }
433    
434        // sample IDs now = mesh node/element IDs
435        sampleID = *requiredIDs;
436    
437        return true;
438  }  }
439    
440  //  //
 // Makes the top-level mesh known to this data variable. The mesh is used  
 // to reorder and filter the samples and inquire the number of ghost zones.  
441  //  //
442  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* mesh)  //
443    int DataVar::getNumberOfComponents() const
444  {  {
445      if (fullMesh == mesh)      return (rank == 0 ? 1 : accumulate(shape.begin(), shape.end(), 0));
446          return true;  }
   
     const IndexMap* id2idxMap;  
     const IntVec* reqIDs;  
     const IntVec* reorderArray = NULL;  
   
     switch (funcSpace) {  
         case FINLEY_REDUCED_NODES:  
         case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->reducedMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->reducedMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedMesh->getNumNodes();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();  
                 }  
             }  
             break;  
   
         case FINLEY_NODES:  
         case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 if (cells->getGhostCount())  
                     reorderArray = &cells->indexArray;  
                 siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();  
                 reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();  
                 reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();  
             }  
             break;  
   
         case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:  
         case FINLEY_ELEMENTS:  
             {  
                 centering = ZONE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getElements();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
             }  
             break;  
447    
448          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:  //
449          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  //
450              {  //
451                  centering = ZONE_CENTERED;  float* DataVar::getDataFlat() const
452                  ElementData* cells = mesh->getFaceElements();  {
453                  id2idxMap = &cells->ID2idx;      int totalSize = numSamples * getNumberOfComponents();
454                  reqIDs = &cells->getIDs();      float* res = new float[totalSize];
455                  if (cells->reducedCount > 0) {      if (rank == 0) {
456                      if (cells->getReducedGhostCount())          copy(dataArray[0], dataArray[0]+numSamples, res);
457                          reorderArray = &cells->reducedIndexArray;      } else if (rank == 1) {
458                      reorderedNumSamples = cells->reducedCount;          float *dest = res;
459                      siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();          for (size_t c=0; c<numSamples; c++) {
460                  } else {              for (size_t i=0; i<shape[0]; i++) {
461                      if (cells->getGhostCount())                  *dest++ = dataArray[i][c];
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
462              }              }
463              break;          }
464        } else if (rank == 2) {
465          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:          float *dest = res;
466          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:          for (size_t c=0; c<numSamples; c++) {
467          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {
468          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {
469              {                      *dest++ = dataArray[i*shape[0]+j][c];
                 centering = ZONE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getContactElements();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
470                  }                  }
471              }              }
472              break;          }
   
         case FINLEY_POINTS:  
             {  
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getPoints();  
                 if (cells->getGhostCount())  
                     reorderArray = &cells->indexArray;  
                 siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 reorderedNumSamples = cells->count;  
             }  
             break;  
   
         default:  
             cerr << "Unknown function space type " << funcSpace << "!\n";  
             return false;  
473      }      }
474    
475      if (reorderedNumSamples > numSamples) {      return res;
476          cerr << "WARNING: " << varName << " has " << numSamples  }
477              << " instead of " << reorderedNumSamples << " samples!" << endl;  
478          return false;  //
479    //
480    //
481    void DataVar::sampleToStream(ostream& os, int index)
482    {
483        if (rank == 0) {
484            os << dataArray[0][index];
485        } else if (rank == 1) {
486            if (shape[0] < 3)
487                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
488                    << " " << 0.;
489            else
490                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
491                    << " " << dataArray[2][index];
492        } else if (rank == 2) {
493            if (shape[1] < 3) {
494                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
495                    << " " << 0. << " ";
496                os << dataArray[2][index] << " " << dataArray[3][index]
497                    << " " << 0. << " ";
498                os << 0. << " " << 0. << " " << 0.;
499            } else {
500                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
501                    << " " << dataArray[2][index] << " ";
502                os << dataArray[3][index] << " " << dataArray[4][index]
503                    << " " << dataArray[5][index] << " ";
504                os << dataArray[6][index] << " " << dataArray[7][index]
505                    << " " << dataArray[8][index];
506            }
507      }      }
508        os << endl;
509    }
510    
511      fullMesh = mesh;  //
512    //
513    //
514    void DataVar::writeToVTK(ostream& os, int ownIndex)
515    {
516        if (numSamples == 0)
517            return;
518    
519      reorderSamples(*id2idxMap, *reqIDs);      if (isNodeCentered()) {
520      if (reorderArray)          // data was reordered in reorderSamples() but for VTK we write the
521          handleGhostZones(*reorderArray);          // original node mesh and thus need the original ordering...
522      return true;          const IntVec& requiredIDs = domain->getNodes()->getNodeIDs();
523            const IntVec& nodeGNI = domain->getNodes()->getGlobalNodeIndices();
524            const IntVec& nodeDist = domain->getNodes()->getNodeDistribution();
525            int firstId = nodeDist[ownIndex];
526            int lastId = nodeDist[ownIndex+1];
527            IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
528            for (int i=0; i<nodeGNI.size(); i++) {
529                if (firstId <= nodeGNI[i] && nodeGNI[i] < lastId) {
530                    int idx = sampleID2idx[requiredIDs[i]];
531                    sampleToStream(os, idx);
532                }
533            }
534        } else {
535            // cell data: ghost cells have been removed so do not write ghost
536            // samples (which are the last elements in the arrays)
537            int toWrite = domain->getElementsByName(meshName)->getNumElements();
538            for (int i=0; i<toWrite; i++) {
539                sampleToStream(os, i);
540            }
541        }
542  }  }
543    
544  ///////////////////////////////  ///////////////////////////////
# Line 599  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* Line 553  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements*
553  //  //
554  string DataVar::getTensorDef() const  string DataVar::getTensorDef() const
555  {  {
556      if (rank < 2)      if (rank < 2 || !initialized)
557          return string();          return string();
558            
559      /// Format string for Silo 2x2 tensor      /// Format string for Silo 2x2 tensor
# Line 637  string DataVar::getTensorDef() const Line 591  string DataVar::getTensorDef() const
591    
592  //  //
593  // Writes the data to given Silo file under the virtual path provided.  // Writes the data to given Silo file under the virtual path provided.
594  // The corresponding mesh must have been written already and made known  // The corresponding mesh must have been written already.
 // to this variable by a call to setMesh().  
595  //  //
596  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath)  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath,
597                              const string& units)
598  {  {
599  #if HAVE_SILO  #if USE_SILO
600        if (!initialized)
601            return false;
602    
603      if (numSamples == 0)      if (numSamples == 0)
604          return true;          return true;
605    
     // have to set mesh first  
     if (!fullMesh)  
         return false;  
   
606      int ret;      int ret;
607    
608      if (siloPath != "") {      if (siloPath != "") {
# Line 657  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 610  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
610          if (ret != 0)          if (ret != 0)
611              return false;              return false;
612      }      }
613        
614      char* meshName = (char*)siloMeshName.c_str();      char* siloMesh = const_cast<char*>(siloMeshName.c_str());
615      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);
616        DBoptlist* optList = DBMakeOptlist(2);
617        if (units.length()>0) {
618            DBAddOption(optList, DBOPT_UNITS, (void*)units.c_str());
619        }
620    
621      if (rank == 0) {      if (rank == 0) {
622          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), meshName, reorderedData[0],          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, dataArray[0],
623                  reorderedNumSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  numSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
624      }      }
625      else if (rank == 1) {      else if (rank == 1) {
626          const string comps[3] = {          const string comps[3] = {
# Line 673  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 630  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
630              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()
631          };          };
632    
633          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), meshName, shape[0],          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, shape[0],
634                  (char**)varnames, &reorderedData[0], reorderedNumSamples, NULL,                  (char**)varnames, &dataArray[0], numSamples, NULL,
635                  0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
636      }      }
637      else {      else {
638          string tensorDir = varName+string("_comps/");          string tensorDir = varName+string("_comps/");
639          ret = DBMkdir(dbfile, tensorDir.c_str());          ret = DBMkdir(dbfile, tensorDir.c_str());
640          if (ret == 0) {          if (ret == 0) {
641              int one = 1;              int one = 1;
             DBoptlist* optList = DBMakeOptlist(1);  
642              DBAddOption(optList, DBOPT_HIDE_FROM_GUI, &one);              DBAddOption(optList, DBOPT_HIDE_FROM_GUI, &one);
643    
644              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {              for (int i=0; i<shape[1]; i++) {
645                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {
646                      ostringstream varname;                      ostringstream varname;
647                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;
648                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), meshName,                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), siloMesh,
649                              reorderedData[i*shape[0]+j], reorderedNumSamples,                              dataArray[i*shape[0]+j], numSamples,
650                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
651                      if (ret != 0) break;                      if (ret != 0) break;
652                  }                  }
653                  if (ret != 0) break;                  if (ret != 0) break;
654              }              }
             DBFreeOptlist(optList);  
655          } // ret==0          } // ret==0
656      } // rank      } // rank
657    
658        DBFreeOptlist(optList);
659      DBSetDir(dbfile, "/");      DBSetDir(dbfile, "/");
660      return (ret == 0);      return (ret == 0);
661    
662  #else // !HAVE_SILO  #else // !USE_SILO
663      return false;      return false;
664  #endif  #endif
665  }  }
666    
667  } // namespace EscriptReader  } // namespace weipa
668    

Legend:
Removed from v.2196  
changed lines
  Added in v.3259

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26