/[escript]/branches/split/weipa/src/DataVar.cpp
ViewVC logotype

Diff of /branches/split/weipa/src/DataVar.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/tools/libescriptreader/src/escriptreader/DataVar.cpp revision 2196 by caltinay, Wed Jan 7 06:14:59 2009 UTC trunk/dataexporter/src/DataVar.cpp revision 2910 by caltinay, Wed Feb 3 03:22:31 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6  * http://www.uq.edu.au/esscc  * http://www.uq.edu.au/esscc
7  *  *
# Line 11  Line 11 
11  *  *
12  *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14  //  #include <escriptexport/DataVar.h>
15  // DataVar.cpp  #include <escriptexport/ElementData.h>
16  //  #include <escriptexport/FinleyMesh.h>
17  #include <escriptreader/DataVar.h>  #include <escriptexport/NodeData.h>
18  #include <escriptreader/ElementData.h>  #ifndef VISIT_PLUGIN
19  #include <escriptreader/MeshWithElements.h>  #include <escript/Data.h>
20  #include <netcdf.hh>  #endif
21  #if HAVE_SILO  
22    #if USE_NETCDF
23    #include <netcdfcpp.h>
24    #endif
25    
26    #if USE_SILO
27  #include <silo.h>  #include <silo.h>
28  #endif  #endif
29    
30  using namespace std;  using namespace std;
31    
32  namespace EscriptReader {  namespace escriptexport {
33            
34  enum {  enum {
35      NODE_CENTERED = 1,      NODE_CENTERED = 1,
# Line 35  enum { Line 40  enum {
40  // Constructor  // Constructor
41  //  //
42  DataVar::DataVar(const string& name) :  DataVar::DataVar(const string& name) :
43      varName(name), numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0), centering(0),      initialized(false), varName(name),
44      reorderedNumSamples(0), fullMesh(NULL)      numSamples(0), rank(0), ptsPerSample(0), centering(0)
45  {  {
46  }  }
47    
48  //  //
 // Destructor  
 //  
 DataVar::~DataVar()  
 {  
     CoordArray::iterator it;  
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     for (it = rawData.begin(); it != rawData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
 }  
   
 //  
49  // Copy constructor  // Copy constructor
50  //  //
51  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :  DataVar::DataVar(const DataVar& d) :
52        initialized(d.initialized), finleyMesh(d.finleyMesh),
53      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),      varName(d.varName), numSamples(d.numSamples),
54      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), centering(d.centering),      rank(d.rank), ptsPerSample(d.ptsPerSample), centering(d.centering),
55      funcSpace(d.funcSpace), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID),      funcSpace(d.funcSpace), shape(d.shape), sampleID(d.sampleID)
     reorderedNumSamples(d.reorderedNumSamples), fullMesh(d.fullMesh)  
56  {  {
57      CoordArray::const_iterator it;      if (numSamples > 0) {
58      for (it = d.rawData.begin(); it != d.rawData.end(); it++) {          CoordArray::const_iterator it;
59          float* c = new float[numSamples];          for (it = d.dataArray.begin(); it != d.dataArray.end(); it++) {
60          copy(*it, (*it)+numSamples, c);              float* c = new float[numSamples];
61          rawData.push_back(c);              copy(*it, (*it)+numSamples, c);
62      }              dataArray.push_back(c);
63      for (it = d.reorderedData.begin(); it != d.reorderedData.end(); it++) {          }
         float* c = new float[reorderedNumSamples];  
         copy(*it, (*it)+reorderedNumSamples, c);  
         reorderedData.push_back(c);  
64      }      }
65  }  }
66    
67  //  //
68  // Special constructor for mesh data  // Destructor
69  //  //
70  DataVar::DataVar(const string& name, const IntVec& data,  DataVar::~DataVar()
                  MeshWithElements* mesh) :  
     varName(name)  
71  {  {
72      numSamples = data.size();      cleanup();
   
     float* c = new float[numSamples];  
     rawData.push_back(c);  
     IntVec::const_iterator it;  
     for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)  
         *c++ = static_cast<float>(*it);  
   
     rank = 0;  
     ptsPerSample = 1;  
     if (name.compare(0, 6, "Nodes_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_NODES;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getNodeIDs().begin(),  
                 mesh->getNodeIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 9, "Elements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 13, "FaceElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getFaceElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 16, "ContactElements_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         centering = ZONE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getContactElements()->getIDs().end());  
     } else if (name.compare(0, 7, "Points_") == 0) {  
         funcSpace = FINLEY_POINTS;  
         centering = NODE_CENTERED;  
         sampleID.insert(sampleID.end(), mesh->getPoints()->getIDs().begin(),  
                 mesh->getPoints()->getIDs().end());  
     }  
   
     shape.clear();  
     reorderedNumSamples = 0;  
73  }  }
74    
75  //  //
 // Appends raw data including IDs from rhs.  
76  //  //
77  bool DataVar::append(const DataVar& rhs)  //
78    void DataVar::cleanup()
79  {  {
     // check if variables are compatible  
     if (varName != rhs.varName || ptsPerSample != rhs.ptsPerSample ||  
             rank != rhs.rank || shape.size() != rhs.shape.size() ||  
             centering != rhs.centering)  
         return false;  
   
     for (size_t i=0; i<shape.size(); i++)  
         if (shape[i] != rhs.shape[i])  
             return false;  
   
     sampleID.insert(sampleID.end(), rhs.sampleID.begin(), rhs.sampleID.end());  
     for (size_t i=0; i<rawData.size(); i++) {  
         float* c = new float[numSamples+rhs.numSamples];  
         copy(rawData[i], rawData[i]+numSamples, c);  
         copy(rhs.rawData[i], rhs.rawData[i]+rhs.numSamples, c+numSamples);  
         delete[] rawData[i];  
         rawData[i] = c;  
     }  
     numSamples += rhs.numSamples;  
   
     // invalidate previously reordered data  
80      CoordArray::iterator it;      CoordArray::iterator it;
81      for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)      for (it = dataArray.begin(); it != dataArray.end(); it++)
82          delete[] *it;          delete[] *it;
83      reorderedData.clear();      dataArray.clear();
84      reorderedNumSamples = 0;      shape.clear();
85            sampleID.clear();
86      return true;      numSamples = 0;
87        initialized = false;
88  }  }
89    
90  //  //
 // Returns a subset of the src array according to stride parameter.  
 // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.  
 // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and  
 // (z0,z1,...)  
91  //  //
92  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)  //
93    bool DataVar::initFromEscript(escript::Data& escriptData, FinleyMesh_ptr mesh)
94  {  {
95      float* res = new float[numSamples];  #ifndef VISIT_PLUGIN
96        cleanup();
97    
98      if (ptsPerSample == 1) {      if (!escriptData.actsExpanded()) {
99          float* dest = res;          cerr << "WARNING: Only expanded data supported!" << endl;
100          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)          return false;
101              *dest++ = *src;      }
102    
103        finleyMesh = mesh;
104        rank = escriptData.getDataPointRank();
105        ptsPerSample = escriptData.getNumDataPointsPerSample();
106        shape = escriptData.getDataPointShape();
107        funcSpace = escriptData.getFunctionSpace().getTypeCode();
108        numSamples = escriptData.getNumSamples();
109    
110        if (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES || funcSpace == FINLEY_NODES) {
111            centering = NODE_CENTERED;
112      } else {      } else {
113          float* dest = res;          centering = ZONE_CENTERED;
         for (int i=0; i<numSamples; i++) {  
             double tmpVal = 0.0;  
             for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride)  
                 tmpVal += *src;  
             *dest++ = (float)(tmpVal / ptsPerSample);  
         }  
114      }      }
     return res;  
 }  
115    
116  //  #ifdef _DEBUG
117  // Reads scalar data (rank=0) from NetCDF file and stores the values      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
118  // after averaging.          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
119  //  #endif
 void DataVar::readRank0Data(NcFile* ncfile)  
 {  
     shape.clear();  
     float* tempData = new float[ptsPerSample*numSamples];  
     NcVar* var = ncfile->get_var("data");  
     var->get(tempData, ptsPerSample, numSamples);  
120    
121      float* c = averageData(tempData, 1);      NodeData_ptr nodes = finleyMesh->getMeshForFinleyFS(funcSpace);
122      rawData.push_back(c);      if (nodes == NULL)
123            return false;
124    
125      delete[] tempData;      meshName = nodes->getName();
126  }      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
127        initialized = true;
128    
129  //      // no samples? Nothing more to do.
130  // Reads vector data (rank=1) from NetCDF file and stores the components      if (numSamples == 0)
131  // separately after averaging.          return true;
132  //  
133  void DataVar::readRank1Data(NcFile* ncfile)      const int* iPtr = escriptData.getFunctionSpace().borrowSampleReferenceIDs();
134  {      sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
135      shape.clear();      copy(iPtr, iPtr+numSamples, sampleID.begin());
136      NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");  
137      shape.push_back(dim->size());      size_t dimSize = 1;
138        if (rank > 0)
139            dimSize *= shape[0];
140        if (rank > 1)
141            dimSize *= shape[1];
142        if (rank > 2) {
143            cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
144            initialized = false;
145        }
146    
147        if (initialized) {
148            size_t dataSize = dimSize * ptsPerSample;
149            float* tempData = new float[dataSize*numSamples];
150            float* destPtr = tempData;
151            for (int sampleNo=0; sampleNo<numSamples; sampleNo++) {
152                const escript::DataAbstract::ValueType::value_type* values =
153                    escriptData.getSampleDataRO(sampleNo);
154                copy(values, values+dataSize, destPtr);
155                destPtr += dataSize;
156            }
157    
158      float* tempData = new float[shape[0]*ptsPerSample*numSamples];          const float* srcPtr = tempData;
159      NcVar* var = ncfile->get_var("data");          for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
160      var->get(tempData, shape[0], ptsPerSample, numSamples);              float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
161                dataArray.push_back(c);
162            }
163            delete[] tempData;
164    
165      for (int i=0; i<shape[0]; i++) {          initialized = reorderSamples();
         const float* src = tempData;  
         src+=i;  
         float* c = averageData(src, shape[0]);  
         rawData.push_back(c);  
166      }      }
167      delete[] tempData;  
168        return initialized;
169    
170    #else // VISIT_PLUGIN
171        return false;
172    #endif
173  }  }
174    
175  //  //
176  // Like readRank1Data() but for tensor data (rank=2).  // Initialise with mesh data
177  //  //
178  void DataVar::readRank2Data(NcFile* ncfile)  bool DataVar::initFromMesh(FinleyMesh_ptr mesh)
179  {  {
180      shape.clear();      cleanup();
181      NcDim* dim = ncfile->get_dim("d0");      
182      shape.push_back(dim->size());      finleyMesh = mesh;
183      dim = ncfile->get_dim("d1");      rank = 0;
184      shape.push_back(dim->size());      ptsPerSample = 1;
185        NodeData_ptr nodes;
186      float* tempData = new float[shape[0]*shape[1]*ptsPerSample*numSamples];  
187      NcVar* var = ncfile->get_var("data");      if (varName.find("ContactElements_") != varName.npos) {
188      var->get(tempData, shape[0], shape[1], ptsPerSample, numSamples);          funcSpace = FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
189            centering = ZONE_CENTERED;
190      for (int i=0; i<shape[1]; i++) {          string elementName = varName.substr(0, varName.find('_'));
191          for (int j=0; j<shape[0]; j++) {          ElementData_ptr elements = mesh->getElementsByName(elementName);
192              const float* src = tempData;          nodes = elements->getNodeMesh();
193              src+=i*shape[0]+j;          sampleID = elements->getIDs();
194              float* c = averageData(src, shape[0]*shape[1]);      } else if (varName.find("FaceElements_") != varName.npos) {
195              rawData.push_back(c);          funcSpace = FINLEY_FACE_ELEMENTS;
196          }          centering = ZONE_CENTERED;
197            string elementName = varName.substr(0, varName.find('_'));
198            ElementData_ptr elements = mesh->getElementsByName(elementName);
199            nodes = elements->getNodeMesh();
200            sampleID = elements->getIDs();
201        } else if (varName.find("Elements_") != varName.npos) {
202            funcSpace = FINLEY_ELEMENTS;
203            centering = ZONE_CENTERED;
204            string elementName = varName.substr(0, varName.find('_'));
205            ElementData_ptr elements = mesh->getElementsByName(elementName);
206            nodes = elements->getNodeMesh();
207            sampleID = elements->getIDs();
208        } else if (varName.find("Nodes_") != varName.npos) {
209            funcSpace = FINLEY_NODES;
210            centering = NODE_CENTERED;
211            nodes = mesh->getNodes();
212            sampleID = nodes->getNodeIDs();
213        } else {
214            cerr << "WARNING: Unrecognized mesh variable '" << varName << "'\n";
215            return false;
216      }      }
217      delete[] tempData;  
218        meshName = nodes->getName();
219        siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
220    
221        const IntVec& data = mesh->getVarDataByName(varName);
222        numSamples = data.size();
223    
224        if (numSamples > 0) {
225            float* c = new float[numSamples];
226            dataArray.push_back(c);
227            IntVec::const_iterator it;
228            for (it=data.begin(); it != data.end(); it++)
229                *c++ = static_cast<float>(*it);
230        }
231        initialized = true;
232    
233        return initialized;
234  }  }
235    
236  //  //
237  // Reads a NetCDF file in escript/finley format.  // Reads variable data from NetCDF file
238  //  //
239  bool DataVar::readFromNc(const string& filename)  bool DataVar::initFromNetCDF(const string& filename, FinleyMesh_ptr mesh)
240  {  {
241        cleanup();
242        
243    #if USE_NETCDF
244      NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);          NcError ncerr(NcError::silent_nonfatal);    
245      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());      NcFile* input = new NcFile(filename.c_str());
246      if (!input->is_valid()) {      if (!input->is_valid()) {
# Line 267  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 252  bool DataVar::readFromNc(const string& f
252      NcDim* dim;      NcDim* dim;
253      NcAtt* att;      NcAtt* att;
254    
     dim = input->get_dim("num_samples");  
     numSamples = dim->size();  
   
     // if there are no data samples bail out  
     if (numSamples == 0) {  
         delete input;  
         return false;  
     }  
   
255      att = input->get_att("type_id");      att = input->get_att("type_id");
256      int typeID = att->as_int(0);      int typeID = att->as_int(0);
257      if (typeID != 2) {      if (typeID != 2) {
258          cerr << "WARNING: Only expanded data supported at the moment!" << endl;          cerr << "WARNING: Only expanded data supported!" << endl;
259          delete input;          delete input;
260          return false;          return false;
261      }      }
# Line 293  bool DataVar::readFromNc(const string& f Line 269  bool DataVar::readFromNc(const string& f
269      att = input->get_att("function_space_type");      att = input->get_att("function_space_type");
270      funcSpace = att->as_int(0);      funcSpace = att->as_int(0);
271    
272        if (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES || funcSpace == FINLEY_NODES) {
273            centering = NODE_CENTERED;
274        } else {
275            centering = ZONE_CENTERED;
276        }
277    
278        dim = input->get_dim("num_samples");
279        numSamples = dim->size();
280    
281  #ifdef _DEBUG  #ifdef _DEBUG
282      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "      cout << varName << ":\t" << numSamples << " samples,  "
283          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;          << ptsPerSample << " pts/s,  rank: " << rank << endl;
284  #endif  #endif
285    
286      sampleID.clear();      finleyMesh = mesh;
287      sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);      NodeData_ptr nodes = finleyMesh->getMeshForFinleyFS(funcSpace);
288      NcVar* var = input->get_var("id");      if (nodes == NULL) {
289      var->get(&sampleID[0], numSamples);          delete input;
290            return false;
     switch (rank) {  
         case 0:  
             readRank0Data(input);  
             break;  
         case 1:  
             readRank1Data(input);  
             break;  
         case 2:  
             readRank2Data(input);  
             break;  
         default:  
             cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";  
             delete input;  
             return false;  
291      }      }
292    
293      delete input;      meshName = nodes->getName();
294      return true;      siloMeshName = nodes->getFullSiloName();
295  }      initialized = true;
296    
297  //      size_t dimSize = 1;
298  // Returns one of the mesh names provided by mainMesh that matches the      vector<long> counts;
299  // data variable's function space type and reduced/unreduced state.  
300  //      if (rank > 0) {
301  string DataVar::getMeshName(MeshWithElements* mainMesh) const          dim = input->get_dim("d0");
302  {          int d = dim->size();
303      string name;          shape.push_back(d);
304            counts.push_back(d);
305      switch (funcSpace) {          dimSize *= d;
306          case FINLEY_REDUCED_NODES:      }
307          case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:      if (rank > 1) {
308          case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:          dim = input->get_dim("d1");
309          case FINLEY_ELEMENTS:          int d = dim->size();
310              if (mainMesh->getElements()->reducedCount > 0) {          shape.push_back(d);
311                  name = mainMesh->getElements()->reducedMesh->getName();          counts.push_back(d);
312              } else {          dimSize *= d;
313                  name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();      }
314              }      if (rank > 2) {
315              break;          cerr << "WARNING: Rank " << rank << " data is not supported!\n";
316            initialized = false;
317        }
318    
319        if (initialized && numSamples > 0) {
320            sampleID.insert(sampleID.end(), numSamples, 0);
321            NcVar* var = input->get_var("id");
322            var->get(&sampleID[0], numSamples);
323    
324            size_t dataSize = dimSize*numSamples*ptsPerSample;
325            counts.push_back(ptsPerSample);
326            counts.push_back(numSamples);
327            float* tempData = new float[dataSize];
328            var = input->get_var("data");
329            var->get(tempData, &counts[0]);
330    
331            const float* srcPtr = tempData;
332            for (int i=0; i < dimSize; i++, srcPtr++) {
333                float* c = averageData(srcPtr, dimSize);
334                dataArray.push_back(c);
335            }
336            delete[] tempData;
337    
338          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:          initialized = reorderSamples();
339          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:      }
             if (mainMesh->getFaceElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getFaceElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
340    
341          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:      delete input;
342          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:  #endif // USE_NETCDF
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
             if (mainMesh->getContactElements()->reducedCount > 0) {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->reducedMesh->getName();  
             } else {  
                 name = mainMesh->getContactElements()->fullMesh->getName();  
             }  
             break;  
343    
344          case FINLEY_NODES:      return initialized;
         case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
             name = mainMesh->getElements()->fullMesh->getName();  
             break;  
   
         case FINLEY_POINTS:  
             name = mainMesh->getPoints()->fullMesh->getName();  
             break;  
     }  
     return name;  
345  }  }
346    
347  //  //
# Line 380  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem Line 349  string DataVar::getMeshName(MeshWithElem
349  //  //
350  bool DataVar::isNodeCentered() const  bool DataVar::isNodeCentered() const
351  {  {
352      return (funcSpace == FINLEY_REDUCED_NODES ||      return (centering == NODE_CENTERED);
             funcSpace == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_NODES ||  
             funcSpace == FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM ||  
             funcSpace == FINLEY_POINTS);  
353  }  }
354    
355  //  //
356  // Filters and reorders the raw sample values according to the IDs provided  // Returns a subset of the src array according to stride parameter.
357  // in 'requiredIDs'. This is used to have data arrays ordered according to  // If samples consist of multiple values they are averaged beforehand.
358  // the underlying mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])  // Used to separate (x0,y0,z0,x1,y1,z1,...) into (x0,x1,...), (y0,y1,...) and
359    // (z0,z1,...)
360  //  //
361  void DataVar::reorderSamples(const IndexMap& id2idxMap,  float* DataVar::averageData(const float* src, size_t stride)
                              const IntVec& requiredIDs)  
362  {  {
363      CoordArray::iterator it;      float* res;
     for (it = reorderedData.begin(); it != reorderedData.end(); it++)  
         delete[] *it;  
     reorderedData.clear();  
364    
365      buildIndexMap();      if (ptsPerSample == 1) {
366      for (size_t i=0; i < rawData.size(); i++) {          res = new float[numSamples];
367          float* c = new float[reorderedNumSamples];          float* dest = res;
368          reorderedData.push_back(c);          for (int i=0; i<numSamples; i++, src+=stride)
369          const float* src = rawData[i];              *dest++ = *src;
370          IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs.begin();      } else {
371          for (; idIt != requiredIDs.end(); idIt++) {          ElementData_ptr cells = finleyMesh->getElementsForFinleyFS(funcSpace);
372              size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;          int cellFactor = cells->getElementFactor();
373              size_t destIdx = id2idxMap.find(*idIt)->second;          res = new float[cellFactor * numSamples];
374              c[destIdx] = src[srcIdx];          float* dest = res;
375            QuadMaskInfo qmi = cells->getQuadMask(funcSpace);
376            if (qmi.mask.size() > 0) {
377                const float* tmpSrc = src;
378                for (int i=0; i<numSamples; i++, tmpSrc+=stride*ptsPerSample) {
379                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
380                        double tmpVal = 0.0;
381                        for (int j=0; j<ptsPerSample; j++) {
382                            if (qmi.mask[l][j] != 0) {
383                                tmpVal += *(tmpSrc+stride*j);
384                            }
385                        }
386                        *dest++ = (float)(tmpVal / qmi.factor[l]);
387                    }
388                }
389            } else {
390                for (int i=0; i<numSamples; i++) {
391                    double tmpVal = 0.0;
392                    for (int j=0; j<ptsPerSample; j++, src+=stride) {
393                        tmpVal += *src;
394                    }
395                    tmpVal /= ptsPerSample;
396                    for (int l=0; l<cellFactor; l++) {
397                        *dest++ = static_cast<float>(tmpVal);
398                    }
399                }
400          }          }
401      }      }
402        return res;
403  }  }
404    
405  //  //
406  // For zonal data this method reorders the values according to the indices  // Filters and reorders the raw sample values according to the node/element
407  // given in reorderArray. This is used to move ghost zones to the end of  // IDs. This is used to have data arrays ordered according to the underlying
408  // the arrays which conforms to Silo's expected format.  // mesh (i.e. DataID[i]==MeshNodeID[i])
 // Nodal data is not changed by this method.  
 //  
 void DataVar::handleGhostZones(const IntVec& reorderArray)  
 {  
     if (centering == NODE_CENTERED)  
         return;  
   
     vector<float*>::iterator it;  
     for (it = reorderedData.begin(); it!=reorderedData.end(); it++) {  
         float* original = *it;  
         float* reordered = new float[reorderedNumSamples];  
         float* arrIt = reordered;  
         IntVec::const_iterator idxIt;  
         for (idxIt=reorderArray.begin(); idxIt!=reorderArray.end(); idxIt++)  
             *arrIt++ = original[*idxIt];  
   
         delete[] *it;  
         *it = reordered;  
     }  
 }  
   
 //  
 // Makes the top-level mesh known to this data variable. The mesh is used  
 // to reorder and filter the samples and inquire the number of ghost zones.  
409  //  //
410  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* mesh)  bool DataVar::reorderSamples()
411  {  {
412      if (fullMesh == mesh)      if (numSamples == 0)
413          return true;          return true;
414    
415      const IndexMap* id2idxMap;      const IntVec* requiredIDs = NULL;
416      const IntVec* reqIDs;      int requiredNumSamples = 0;
417      const IntVec* reorderArray = NULL;      int cellFactor = 1;
418    
419      switch (funcSpace) {      if (centering == NODE_CENTERED) {
420          case FINLEY_REDUCED_NODES:          NodeData_ptr nodes = finleyMesh->getMeshForFinleyFS(funcSpace);
421          case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:          requiredIDs = &nodes->getNodeIDs();
422              {          requiredNumSamples = nodes->getNumNodes();
423                  centering = NODE_CENTERED;      } else {
424                  ElementData* cells = mesh->getElements();          ElementData_ptr cells = finleyMesh->getElementsForFinleyFS(funcSpace);
425                  if (cells->reducedCount > 0) {          if (cells == NULL)
426                      if (cells->getReducedGhostCount())              return false;
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->reducedMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->reducedMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedMesh->getNumNodes();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                     id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();  
                     reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();  
                     reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();  
                 }  
             }  
             break;  
427    
428          case FINLEY_NODES:          requiredIDs = &cells->getIDs();
429          case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:          requiredNumSamples = cells->getNumElements();
430              {          cellFactor = cells->getElementFactor();
431                  centering = NODE_CENTERED;          if (cellFactor > 1) {
432                  ElementData* cells = mesh->getElements();              numSamples *= cellFactor;
433                  if (cells->getGhostCount())              // update sample IDs
434                      reorderArray = &cells->indexArray;              IntVec newSampleID(numSamples);
435                  siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();              IntVec::const_iterator idIt = sampleID.begin();
436                  id2idxMap = &cells->fullMesh->getIndexMap();              IntVec::iterator newIDit = newSampleID.begin();
437                  reqIDs = &cells->fullMesh->getNodeIDs();              for (; idIt != sampleID.end(); idIt++, newIDit+=cellFactor) {
438                  reorderedNumSamples = cells->fullMesh->getNumNodes();                  fill(newIDit, newIDit+cellFactor, *idIt);
439              }              }
440              break;              sampleID.swap(newSampleID);
441            }
442        }
443    
444          case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:      if (requiredNumSamples > numSamples) {
445          case FINLEY_ELEMENTS:          cerr << "ERROR: " << varName << " has " << numSamples
446              {              << " instead of " << requiredNumSamples << " samples!" << endl;
447                  centering = ZONE_CENTERED;          return false;
448                  ElementData* cells = mesh->getElements();      }
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
             }  
             break;  
449    
450          case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:      IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
451          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:      numSamples = requiredNumSamples;
             {  
                 centering = ZONE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getFaceElements();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 if (cells->reducedCount > 0) {  
                     if (cells->getReducedGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->reducedIndexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->reducedCount;  
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
             }  
             break;  
452    
453          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:      // now filter the data
454          case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:      for (size_t i=0; i < dataArray.size(); i++) {
455          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:          float* c = new float[numSamples];
456          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:          const float* src = dataArray[i];
457              {          IntVec::const_iterator idIt = requiredIDs->begin();
458                  centering = ZONE_CENTERED;          size_t destIdx = 0;
459                  ElementData* cells = mesh->getContactElements();          for (; idIt != requiredIDs->end(); idIt+=cellFactor, destIdx+=cellFactor) {
460                  id2idxMap = &cells->ID2idx;              size_t srcIdx = sampleID2idx.find(*idIt)->second;
461                  reqIDs = &cells->getIDs();              copy(&src[srcIdx], &src[srcIdx+cellFactor], &c[destIdx]);
462                  if (cells->reducedCount > 0) {          }
463                      if (cells->getReducedGhostCount())          delete[] dataArray[i];
464                          reorderArray = &cells->reducedIndexArray;          dataArray[i] = c;
465                      reorderedNumSamples = cells->reducedCount;      }
                     siloMeshName = cells->reducedMesh->getFullSiloName();  
                 } else {  
                     if (cells->getGhostCount())  
                         reorderArray = &cells->indexArray;  
                     reorderedNumSamples = cells->count;  
                     siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 }  
             }  
             break;  
466    
467          case FINLEY_POINTS:      // sample IDs now = mesh node/element IDs
468              {      sampleID = *requiredIDs;
                 centering = NODE_CENTERED;  
                 ElementData* cells = mesh->getPoints();  
                 if (cells->getGhostCount())  
                     reorderArray = &cells->indexArray;  
                 siloMeshName = cells->fullMesh->getFullSiloName();  
                 id2idxMap = &cells->ID2idx;  
                 reqIDs = &cells->getIDs();  
                 reorderedNumSamples = cells->count;  
             }  
             break;  
469    
470          default:      return true;
471              cerr << "Unknown function space type " << funcSpace << "!\n";  }
             return false;  
     }  
472    
473      if (reorderedNumSamples > numSamples) {  //
474          cerr << "WARNING: " << varName << " has " << numSamples  //
475              << " instead of " << reorderedNumSamples << " samples!" << endl;  //
476          return false;  void DataVar::sampleToStream(ostream& os, int index)
477    {
478        if (rank == 0) {
479            os << dataArray[0][index];
480        } else if (rank == 1) {
481            if (shape[0] < 3)
482                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
483                    << " " << 0.;
484            else
485                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
486                    << " " << dataArray[2][index];
487        } else if (rank == 2) {
488            if (shape[1] < 3) {
489                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
490                    << " " << 0. << " ";
491                os << dataArray[2][index] << " " << dataArray[3][index]
492                    << " " << 0. << " ";
493                os << 0. << " " << 0. << " " << 0.;
494            } else {
495                os << dataArray[0][index] << " " << dataArray[1][index]
496                    << " " << dataArray[2][index] << " ";
497                os << dataArray[3][index] << " " << dataArray[4][index]
498                    << " " << dataArray[5][index] << " ";
499                os << dataArray[6][index] << " " << dataArray[7][index]
500                    << " " << dataArray[8][index];
501            }
502      }      }
503        os << endl;
504    }
505    
506      fullMesh = mesh;  //
507    //
508    //
509    void DataVar::writeToVTK(ostream& os, int ownIndex)
510    {
511        if (numSamples == 0)
512            return;
513    
514      reorderSamples(*id2idxMap, *reqIDs);      if (isNodeCentered()) {
515      if (reorderArray)          // data was reordered in reorderSamples() but for VTK we write the
516          handleGhostZones(*reorderArray);          // original node mesh and thus need the original ordering...
517      return true;          const IntVec& requiredIDs = finleyMesh->getNodes()->getNodeIDs();
518            const IntVec& nodeGNI = finleyMesh->getNodes()->getGlobalNodeIndices();
519            const IntVec& nodeDist = finleyMesh->getNodes()->getNodeDistribution();
520            int firstId = nodeDist[ownIndex];
521            int lastId = nodeDist[ownIndex+1];
522            IndexMap sampleID2idx = buildIndexMap();
523            for (int i=0; i<nodeGNI.size(); i++) {
524                if (firstId <= nodeGNI[i] && nodeGNI[i] < lastId) {
525                    int idx = sampleID2idx[requiredIDs[i]];
526                    sampleToStream(os, idx);
527                }
528            }
529        } else {
530            // cell data: ghost cells have been removed so do not write ghost
531            // samples (which are the last elements in the arrays)
532            int toWrite =
533                finleyMesh->getElementsByName(meshName)->getNumElements();
534            for (int i=0; i<toWrite; i++) {
535                sampleToStream(os, i);
536            }
537        }
538  }  }
539    
540  ///////////////////////////////  ///////////////////////////////
# Line 599  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements* Line 549  bool DataVar::setMesh(MeshWithElements*
549  //  //
550  string DataVar::getTensorDef() const  string DataVar::getTensorDef() const
551  {  {
552      if (rank < 2)      if (rank < 2 || !initialized)
553          return string();          return string();
554            
555      /// Format string for Silo 2x2 tensor      /// Format string for Silo 2x2 tensor
# Line 642  string DataVar::getTensorDef() const Line 592  string DataVar::getTensorDef() const
592  //  //
593  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath)  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile, const string& siloPath)
594  {  {
595  #if HAVE_SILO  #if USE_SILO
596        if (!initialized)
597            return false;
598    
599      if (numSamples == 0)      if (numSamples == 0)
600          return true;          return true;
601    
     // have to set mesh first  
     if (!fullMesh)  
         return false;  
   
602      int ret;      int ret;
603    
604      if (siloPath != "") {      if (siloPath != "") {
# Line 657  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 606  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
606          if (ret != 0)          if (ret != 0)
607              return false;              return false;
608      }      }
609        
610      char* meshName = (char*)siloMeshName.c_str();      char* siloMesh = const_cast<char*>(siloMeshName.c_str());
611      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);      int dcenter = (centering == NODE_CENTERED ? DB_NODECENT : DB_ZONECENT);
612    
613      if (rank == 0) {      if (rank == 0) {
614          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), meshName, reorderedData[0],          ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, dataArray[0],
615                  reorderedNumSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  numSamples, NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);
616      }      }
617      else if (rank == 1) {      else if (rank == 1) {
618          const string comps[3] = {          const string comps[3] = {
# Line 673  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 622  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
622              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()              comps[0].c_str(), comps[1].c_str(), comps[2].c_str()
623          };          };
624    
625          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), meshName, shape[0],          ret = DBPutUcdvar(dbfile, varName.c_str(), siloMesh, shape[0],
626                  (char**)varnames, &reorderedData[0], reorderedNumSamples, NULL,                  (char**)varnames, &dataArray[0], numSamples, NULL,
627                  0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);                  0, DB_FLOAT, dcenter, NULL);
628      }      }
629      else {      else {
# Line 689  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 638  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
638                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {                  for (int j=0; j<shape[0]; j++) {
639                      ostringstream varname;                      ostringstream varname;
640                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;                      varname << tensorDir << "a_" << i << j;
641                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), meshName,                      ret = DBPutUcdvar1(dbfile, varname.str().c_str(), siloMesh,
642                              reorderedData[i*shape[0]+j], reorderedNumSamples,                              dataArray[i*shape[0]+j], numSamples,
643                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);                              NULL, 0, DB_FLOAT, dcenter, optList);
644                      if (ret != 0) break;                      if (ret != 0) break;
645                  }                  }
# Line 703  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile Line 652  bool DataVar::writeToSilo(DBfile* dbfile
652      DBSetDir(dbfile, "/");      DBSetDir(dbfile, "/");
653      return (ret == 0);      return (ret == 0);
654    
655  #else // !HAVE_SILO  #else // !USE_SILO
656      return false;      return false;
657  #endif  #endif
658  }  }
659    
660  } // namespace EscriptReader  } // namespace escriptexport
661    
Legend:
Removed from v.2196  
changed lines
  Added in v.2910
  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26