# Diff of /branches/trilinos_from_5897/dudley/src/Assemble_PDE_System2_2D.cpp

revision 3080 by jfenwick, Tue Aug 3 04:28:03 2010 UTC revision 3203 by jfenwick, Thu Sep 23 23:51:26 2010 UTC
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11  *  *
12  *******************************************************/  *******************************************************/
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14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
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16  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S right hand side F  */  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S right hand side F  */
17  /*    the shape functions for test and solution must be identical */  /*    the shape functions for test and solution must be identical */
18

19  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m  and -(X_{k,i})_i + Y_k */  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m  and -(X_{k,i})_i + Y_k */
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21  /*    u has p.numComp components in a 2D domain. The shape functions for test and solution must be identical  */  /*    u has p.numComp components in a 2D domain. The shape functions for test and solution must be identical  */
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30  /*      X = p.numEqu x 2  */  /*      X = p.numEqu x 2  */
31  /*      Y = p.numEqu   */  /*      Y = p.numEqu   */
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33  /**************************************************************/  /**************************************************************/
34

35  #include "Assemble.h"  #include "Assemble.h"
36  #include "Util.h"  #include "Util.h"
37  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
38  #include <omp.h>  #include <omp.h>
39  #endif  #endif
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41  /**************************************************************/  /**************************************************************/
42
43  void  Finley_Assemble_PDE_System2_2D(Assemble_Parameters p, Finley_ElementFile* elements,  void Dudley_Assemble_PDE_System2_2D(Assemble_Parameters p, Dudley_ElementFile * elements,
44                                       Paso_SystemMatrix* Mat, escriptDataC* F,                      Paso_SystemMatrix * Mat, escriptDataC * F,
45                                       escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y) {                      escriptDataC * A, escriptDataC * B, escriptDataC * C, escriptDataC * D,
46                        escriptDataC * X, escriptDataC * Y)
47    {
48
49      #define DIM 2  #define DIM 2
50      index_t color;      index_t color;
51      dim_t e, isub;      dim_t e;
52      __const double *A_p, *B_p, *C_p, *D_p, *X_p, *Y_p, *A_q, *B_q, *C_q, *D_q, *X_q, *Y_q;      __const double *A_p, *B_p, *C_p, *D_p, *X_p, *Y_p, *A_q, *B_q, *C_q, *D_q, *X_q, *Y_q;
53      double *EM_S, *EM_F, *Vol, *DSDX;      double *EM_S, *EM_F, *DSDX;
54      index_t *row_index;      index_t *row_index;
55      register dim_t q, s,r,k,m;      register dim_t q, s, r, k, m;
56      register double rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11;      register double rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11;
58
59      bool_t extendedA=isExpanded(A);      bool_t extendedA = isExpanded(A);
60      bool_t extendedB=isExpanded(B);      bool_t extendedB = isExpanded(B);
61      bool_t extendedC=isExpanded(C);      bool_t extendedC = isExpanded(C);
62      bool_t extendedD=isExpanded(D);      bool_t extendedD = isExpanded(D);
63      bool_t extendedX=isExpanded(X);      bool_t extendedX = isExpanded(X);
64      bool_t extendedY=isExpanded(Y);      bool_t extendedY = isExpanded(Y);
65      double *F_p=(requireWrite(F), getSampleDataRW(F,0));    /* use comma, to get around the mixed code and declarations thing */      double *F_p = (requireWrite(F), getSampleDataRW(F, 0)); /* use comma, to get around the mixed code and declarations thing */
66      double *S=p.row_jac->BasisFunctions->S;  //    double *S = p.row_jac->BasisFunctions->S;
67      dim_t len_EM_S=p.row_numShapesTotal*p.col_numShapesTotal*p.numEqu*p.numComp;      const double* S = p.shapeFns;
68      dim_t len_EM_F=p.row_numShapesTotal*p.numEqu;      dim_t len_EM_S = p.row_numShapesTotal * p.row_numShapesTotal * p.numEqu * p.numComp;
69        dim_t len_EM_F = p.row_numShapesTotal * p.numEqu;
70
71      #pragma omp parallel private(color,EM_S, EM_F, Vol, DSDX, A_p, B_p, C_p, D_p, X_p, Y_p, A_q, B_q, C_q, D_q, X_q, Y_q,row_index,q, s,r,k,m,rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11,add_EM_F, add_EM_S, isub)  #pragma omp parallel private(color,EM_S, EM_F, Vol, DSDX, A_p, B_p, C_p, D_p, X_p, Y_p, A_q, B_q, C_q, D_q, X_q, Y_q,row_index,q, s,r,k,m,rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11,add_EM_F, add_EM_S)
72      {      {
73
77
78         if (!Finley_checkPtr(EM_S) && !Finley_checkPtr(EM_F) && !Finley_checkPtr(row_index) ) {      if (!Dudley_checkPtr(EM_S) && !Dudley_checkPtr(EM_F) && !Dudley_checkPtr(row_index))
79        {
80            for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
81               /*  open loop over all elements: */          for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
82               #pragma omp for private(e) schedule(static)          {
83               for(e=0;e<elements->numElements;e++){          /*  open loop over all elements: */
84                  if (elements->Color[e]==color) {  #pragma omp for private(e) schedule(static)
85                                  for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
86             A_p=getSampleDataRO(A,e);          {
87             B_p=getSampleDataRO(B,e);              if (elements->Color[e] == color)
88                     C_p=getSampleDataRO(C,e);                  {
89                     D_p=getSampleDataRO(D,e);
90                     X_p=getSampleDataRO(X,e);              A_p = getSampleDataRO(A, e);
91                     Y_p=getSampleDataRO(Y,e);              B_p = getSampleDataRO(B, e);
92                          C_p = getSampleDataRO(C, e);
93                     for (isub=0; isub<p.numSub; isub++) {              D_p = getSampleDataRO(D, e);
94                X_p = getSampleDataRO(X, e);
95                        Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX3(0,isub,e, p.numQuadSub,p.numSub)]);              Y_p = getSampleDataRO(Y, e);
97                        for (q=0;q<len_EM_S;++q) EM_S[q]=0;              DSDX = &(p.row_jac->DSDX[INDEX5(0, 0, 0, 0, e, p.row_numShapesTotal, DIM, p.numQuadTotal, 1)]);
98                        for (q=0;q<len_EM_F;++q) EM_F[q]=0;              for (q = 0; q < len_EM_S; ++q)
100                        add_EM_S=FALSE;              for (q = 0; q < len_EM_F; ++q)
101                    EM_F[q] = 0;
103                        /*   process A: */              add_EM_S = FALSE;
104                        /**************************************************************/
105                        A_p=getSampleDataRO(A,e);                /**************************************************************/
106                        if (NULL!=A_p) {              /*   process A: */
108                           if (extendedA) {              A_p = getSampleDataRO(A, e);
109                  A_q=&(A_p[INDEX6(0,0,0,0,0,isub, p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM,p.numQuadSub)]);              if (NULL != A_p)
110                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {              {
111                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                  add_EM_S = TRUE;
112                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                  if (extendedA)
113                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                  {
114                                      rtmp=0;                  A_q = &(A_p[INDEX6(0, 0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM, p.numQuadTotal)]);
115                                      for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
116                                         rtmp+=Vol[q]* (                  {
117                                             DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,0,m,0,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                      for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
118                                            +DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,0,m,1,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                      {
119                                            +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,1,m,0,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
120                                            +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,1,m,1,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]);                      {
121                                      }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
122                                      EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                          {
123                                    }                          rtmp = 0;
124                                  }                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
125                                }                          {
126                              }                              rtmp +=
127                           } else {                              vol * (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
128                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                                     A_q[INDEX5(k, 0, m, 0, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
129                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                                     * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
130                                   rtmp00=0;                                     DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
131                                   rtmp01=0;                                     A_q[INDEX5(k, 0, m, 1, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
132                                   rtmp10=0;                                     * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
133                                   rtmp11=0;                                     DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
134                                   for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                                     A_q[INDEX5(k, 1, m, 0, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
135                                         rtmp0=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
136                                         rtmp1=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
137                                         rtmp00+=rtmp0*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     A_q[INDEX5(k, 1, m, 1, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
138                                         rtmp01+=rtmp0*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)]);
139                                         rtmp10+=rtmp1*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                          }
140                                         rtmp11+=rtmp1*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
141                                   }                              rtmp;
142                                   for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          }
143                                       for (m=0;m<p.numComp;m++) {                      }
144                                          EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=                      }
145                                                     rtmp00*A_p[INDEX4(k,0,m,0,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                  }
146                                                    +rtmp01*A_p[INDEX4(k,0,m,1,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                  } else
147                                                    +rtmp10*A_p[INDEX4(k,1,m,0,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                  {
148                                                    +rtmp11*A_p[INDEX4(k,1,m,1,p.numEqu,DIM,p.numComp)];                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
149                                       }                  {
150                                   }                      for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
151                                }                      {
152                              }                      rtmp00 = 0;
153                          }                      rtmp01 = 0;
154                        }                      rtmp10 = 0;
155                        /**************************************************************/                      rtmp11 = 0;
156                        /*   process B: */                      for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
157                        /**************************************************************/                      {
158                        B_p=getSampleDataRO(B,e);                          rtmp0 = vol * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
159                        if (NULL!=B_p) {                          rtmp1 = vol * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
160                           add_EM_S=TRUE;                          rtmp00 += rtmp0 * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
161                           if (extendedB) {                          rtmp01 += rtmp0 * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
162                      B_q=&(B_p[INDEX5(0,0,0,0,isub ,p.numEqu,DIM,p.numComp,p.numQuadSub)]);                          rtmp10 += rtmp1 * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
163                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                          rtmp11 += rtmp1 * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
164                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                      }
165                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
166                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                      {
167                                       rtmp=0;                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
169                                          rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_numShapes)]*                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
170                                               ( DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*B_q[INDEX4(k,0,m,q,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                              rtmp00 * A_p[INDEX4(k, 0, m, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
171                                               + DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*B_q[INDEX4(k,1,m,q,p.numEqu,DIM,p.numComp)]);                              + rtmp01 * A_p[INDEX4(k, 0, m, 1, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
172                                       }                              + rtmp10 * A_p[INDEX4(k, 1, m, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
173                                       EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                              + rtmp11 * A_p[INDEX4(k, 1, m, 1, p.numEqu, DIM, p.numComp)];
174                                    }                          }
175                                  }                      }
176                                }                      }
177                              }                  }
178                           } else {                  }
179                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {              }
180                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                /**************************************************************/
181                                    rtmp0=0;              /*   process B: */
182                                    rtmp1=0;                /**************************************************************/
183                                    for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {              B_p = getSampleDataRO(B, e);
184                                        rtmp=Vol[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_numShapes)];              if (NULL != B_p)
185                                        rtmp0+=rtmp*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];              {
187                                    }                  if (extendedB)
188                                    for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                  {
189                                       for (m=0;m<p.numComp;m++) {                  B_q = &(B_p[INDEX5(0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp, p.numQuadTotal)]);
190                                          EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+= rtmp0*B_p[INDEX3(k,0,m,p.numEqu,DIM)]                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
191                                                                                            + rtmp1*B_p[INDEX3(k,1,m,p.numEqu,DIM)];                  {
192                                       }                      for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
193                                    }                      {
194                                }                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
195                              }                      {
196                           }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
197                        }                          {
198                        /**************************************************************/                          rtmp = 0;
199                        /*   process C: */                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
200                        /**************************************************************/                          {
201                        C_p=getSampleDataRO(C,e);                              rtmp += vol * S[INDEX2(r, q, p.row_numShapes)] *
202                        if (NULL!=C_p) {                              (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
203                          add_EM_S=TRUE;                               B_q[INDEX4(k, 0, m, q, p.numEqu, DIM, p.numComp)] +
204                          if (extendedC) {                               DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
205                  C_q=&(C_p[INDEX5(0,0,0,0,isub, p.numEqu,p.numComp,DIM,p.numQuadSub)]);                               B_q[INDEX4(k, 1, m, q, p.numEqu, DIM, p.numComp)]);
206                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                          }
207                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
208                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                              rtmp;
209                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                          }
210                                       rtmp=0;                      }
212                                           rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*                  }
213                                                ( C_q[INDEX4(k,m,0,q,p.numEqu,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                  } else
214                                                + C_q[INDEX4(k,m,1,q,p.numEqu,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]);                  {
215                                       }                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
216                                       EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                  {
217                                    }                      for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
218                                  }                      {
219                                }                      rtmp0 = 0;
220                              }                      rtmp1 = 0;
221                          } else {                      for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
222                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                      {
223                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                          rtmp = vol * S[INDEX2(r, q, p.row_numShapes)];
224                                   rtmp0=0;                          rtmp0 += rtmp * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
225                                   rtmp1=0;                          rtmp1 += rtmp * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
227                                           rtmp=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
228                                           rtmp0+=rtmp*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                      {
229                                           rtmp1+=rtmp*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
230                                   }                          {
231                                   for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
232                                      for (m=0;m<p.numComp;m++) {                              rtmp0 * B_p[INDEX3(k, 0, m, p.numEqu, DIM)] +
233                                             EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp0*C_p[INDEX3(k,m,0,p.numEqu,p.numComp)]                              rtmp1 * B_p[INDEX3(k, 1, m, p.numEqu, DIM)];
234                                                                                               +rtmp1*C_p[INDEX3(k,m,1,p.numEqu,p.numComp)];                          }
235                                      }                      }
236                                   }                      }
237                                }                  }
238                              }                  }
239                          }              }
240                        }                /**************************************************************/
241                        /************************************************************* */              /*   process C: */
242                        /* process D */                /**************************************************************/
243                        /**************************************************************/              C_p = getSampleDataRO(C, e);
244                        D_p=getSampleDataRO(D,e);              if (NULL != C_p)
245                        if (NULL!=D_p) {              {
247                          if (extendedD) {                  if (extendedC)
249                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                  C_q = &(C_p[INDEX5(0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, p.numComp, DIM, p.numQuadTotal)]);
250                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
251                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                  {
252                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                      for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
253                                      rtmp=0;                      {
254                                      for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
255                                          rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*D_q[INDEX3(k,m,q,p.numEqu,p.numComp)]*S[INDEX2(r,q,p.row_numShapes)];                      {
256                                      }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
257                                      EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                          {
258                                    }                          rtmp = 0;
259                                  }                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
260                                }                          {
261                              }                              rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] *
262                          } else {                              (C_q[INDEX4(k, m, 0, q, p.numEqu, p.numComp, DIM)] *
263                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                               DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] +
264                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                               C_q[INDEX4(k, m, 1, q, p.numEqu, p.numComp, DIM)] *
265                                    rtmp=0;                               DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)]);
267                                    for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
268                                        for (m=0;m<p.numComp;m++) {                              rtmp;
269                                          EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp*D_p[INDEX2(k,m,p.numEqu)];                          }
270                                       }                      }
271                                    }                      }
272                                }                  }
273                              }                  } else
274                          }                  {
275                        }                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
276                        /**************************************************************/                  {
277                        /*   process X: */                      for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
278                        /**************************************************************/                      {
279                        X_p=getSampleDataRO(X,e);                      rtmp0 = 0;
280                        if (NULL!=X_p) {                      rtmp1 = 0;
282                          if (extendedX) {                      {
283                 X_q=&(X_p[INDEX4(0,0,0,isub, p.numEqu,DIM,p.numQuadSub)]);                          rtmp = vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)];
284                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                          rtmp0 += rtmp * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
285                                for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          rtmp1 += rtmp * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
286                                  rtmp=0;                      }
287                                  for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
288                                       rtmp+=Vol[q]*(DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*X_q[INDEX3(k,0,q,p.numEqu,DIM)]                      {
289                                                    +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*X_q[INDEX3(k,1,q,p.numEqu,DIM)]);                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
290                                  }                          {
291                                  EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
292                                }                              rtmp0 * C_p[INDEX3(k, m, 0, p.numEqu, p.numComp)] +
293                             }                              rtmp1 * C_p[INDEX3(k, m, 1, p.numEqu, p.numComp)];
294                          } else {                          }
295                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                      }
296                                   rtmp0=0;                      }
297                                   rtmp1=0;                  }
299                                       rtmp0+=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];              }
300                                       rtmp1+=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                /************************************************************* */
301                                   }              /* process D */
302                                   for (k=0;k<p.numEqu;k++) EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp0*X_p[INDEX2(k,0,p.numEqu)]+rtmp1*X_p[INDEX2(k,1,p.numEqu)];                /**************************************************************/
303                             }              D_p = getSampleDataRO(D, e);
304                          }              if (NULL != D_p)
305                       }              {
307                       /*   process Y: */                  if (extendedD)
308                       /**************************************************************/                  {
309                        Y_p=getSampleDataRO(Y,e);                  D_q = &(D_p[INDEX4(0, 0, 0, 0, p.numEqu, p.numComp, p.numQuadTotal)]);
310                        if (NULL!=Y_p) {                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
312                          if (extendedY) {                      for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
314                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
315                                for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                      {
316                                   rtmp=0;                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
318                                   EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;                          rtmp = 0;
319                                }                          for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
320                             }                          {
321                           } else {                              rtmp +=
322                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                              vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] *
323                                 rtmp=0;                              D_q[INDEX3(k, m, q, p.numEqu, p.numComp)] *
324                                 for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];                              S[INDEX2(r, q, p.row_numShapes)];
325                                 for (k=0;k<p.numEqu;k++) EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp*Y_p[k];                          }
326                             }                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
327                           }                              rtmp;
328                         }                          }
329                         /***********************************************************************************************/                      }
330                         /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */                      }
331                         /***********************************************************************************************/                  }
332                         for (q=0;q<p.row_numShapesTotal;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[INDEX2(q,isub,p.row_numShapesTotal)],e,p.NN)]];                  } else
333                    {
334                         if (add_EM_F) Finley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal,row_index,p.numEqu,EM_F,F_p, p.row_DOF_UpperBound);                  for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
336                        for (r = 0; r < p.row_numShapes; r++)
337                     } /* end of isub */                      {
338                  } /* end color check */                      rtmp = 0;
339               } /* end element loop */                      for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
340           } /* end color loop */                          rtmp +=
341                                      vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] *
343           THREAD_MEMFREE(EM_F);                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
345                            for (m = 0; m < p.numComp; m++)
346                            {
347                            EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.row_numShapesTotal)] +=
348                                rtmp * D_p[INDEX2(k, m, p.numEqu)];
349                            }
350                        }
351                        }
352                    }
353                    }
354                }
355                  /**************************************************************/
356                /*   process X: */
357                  /**************************************************************/
358                X_p = getSampleDataRO(X, e);
359                if (NULL != X_p)
360                {
362                    if (extendedX)
363                    {
364                    X_q = &(X_p[INDEX4(0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numQuadTotal)]);
365                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
366                    {
367                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
368                        {
369                        rtmp = 0;
370                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
371                        {
372                            rtmp +=
373                            vol * (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
374                                   X_q[INDEX3(k, 0, q, p.numEqu, DIM)] +
375                                   DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)] *
376                                   X_q[INDEX3(k, 1, q, p.numEqu, DIM)]);
377                        }
378                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp;
379                        }
380                    }
381                    } else
382                    {
383                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
384                    {
385                        rtmp0 = 0;
386                        rtmp1 = 0;
387                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
388                        {
389                        rtmp0 += vol * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
390                        rtmp1 += vol * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.row_numShapesTotal, DIM)];
391                        }
392                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
393                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] +=
394                            rtmp0 * X_p[INDEX2(k, 0, p.numEqu)] + rtmp1 * X_p[INDEX2(k, 1, p.numEqu)];
395                    }
396                    }
397                }
398                 /**************************************************************/
399                /*   process Y: */
400                 /**************************************************************/
401                Y_p = getSampleDataRO(Y, e);
402                if (NULL != Y_p)
403                {
405                    if (extendedY)
406                    {
407                    Y_q = &(Y_p[INDEX3(0, 0, 0, p.numEqu, p.numQuadTotal)]);
408                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
409                    {
410                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
411                        {
412                        rtmp = 0;
413                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
414                            rtmp +=
415                            vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)] * Y_q[INDEX2(k, q, p.numEqu)];
416                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp;
417                        }
418                    }
419                    } else
420                    {
421                    for (s = 0; s < p.row_numShapes; s++)
422                    {
423                        rtmp = 0;
424                        for (q = 0; q < p.numQuadTotal; q++)
425                        rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.row_numShapes)];
426                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
427                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp * Y_p[k];
428                    }
429                    }
430                }
431                   /***********************************************************************************************/
432                /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */
433                   /***********************************************************************************************/
434                for (q = 0; q < p.row_numShapesTotal; q++)
435                    row_index[q] = p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(q, e, p.NN)]];
436
438                    Dudley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal, row_index, p.numEqu, EM_F, F_p,
439                               p.row_DOF_UpperBound);
442                                      p.row_numShapesTotal, row_index, p.numComp, EM_S);
443
444                }       /* end color check */
445            }       /* end element loop */
446            }           /* end color loop */
447