/[escript]/branches/trilinos_from_5897/dudley/src/Assemble_PDE_System2_2D.cpp
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revision 3086 by jfenwick, Thu Aug 5 05:07:58 2010 UTC revision 3231 by jfenwick, Fri Oct 1 01:53:46 2010 UTC
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11  *  *
12  *******************************************************/  *******************************************************/
13    
   
14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
15    
16  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S right hand side F  */  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S right hand side F  */
17  /*    the shape functions for test and solution must be identical */  /*    the shape functions for test and solution must be identical */
18    
   
19  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m  and -(X_{k,i})_i + Y_k */  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m  and -(X_{k,i})_i + Y_k */
20    
21  /*    u has p.numComp components in a 2D domain. The shape functions for test and solution must be identical  */  /*    u has p.numComp components in a 2D domain. The shape functions for test and solution must be identical  */
# Line 32  Line 30 
30  /*      X = p.numEqu x 2  */  /*      X = p.numEqu x 2  */
31  /*      Y = p.numEqu   */  /*      Y = p.numEqu   */
32    
   
33  /**************************************************************/  /**************************************************************/
34    
   
35  #include "Assemble.h"  #include "Assemble.h"
36  #include "Util.h"  #include "Util.h"
37  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
38  #include <omp.h>  #include <omp.h>
39  #endif  #endif
40    
   
41  /**************************************************************/  /**************************************************************/
42    
43  void  Dudley_Assemble_PDE_System2_2D(Assemble_Parameters p, Dudley_ElementFile* elements,  void Dudley_Assemble_PDE_System2_2D(Assemble_Parameters p, Dudley_ElementFile * elements,
44                                       Paso_SystemMatrix* Mat, escriptDataC* F,                      Paso_SystemMatrix * Mat, escriptDataC * F,
45                                       escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y) {                      escriptDataC * A, escriptDataC * B, escriptDataC * C, escriptDataC * D,
46                        escriptDataC * X, escriptDataC * Y)
47    {
48    
49      #define DIM 2  #define DIM 2
50      index_t color;      index_t color;
51      dim_t e, isub;      dim_t e;
52      __const double *A_p, *B_p, *C_p, *D_p, *X_p, *Y_p, *A_q, *B_q, *C_q, *D_q, *X_q, *Y_q;      __const double *A_p, *B_p, *C_p, *D_p, *X_p, *Y_p, *A_q, *B_q, *C_q, *D_q, *X_q, *Y_q;
53      double *EM_S, *EM_F, *Vol, *DSDX;      double *EM_S, *EM_F, *DSDX;
54      index_t *row_index;      index_t *row_index;
55      register dim_t q, s,r,k,m;      register dim_t q, s, r, k, m;
56      register double rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11;      register double rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11;
57      bool_t add_EM_F, add_EM_S;      bool_t add_EM_F, add_EM_S;
58    
59      bool_t extendedA=isExpanded(A);      bool_t extendedA = isExpanded(A);
60      bool_t extendedB=isExpanded(B);      bool_t extendedB = isExpanded(B);
61      bool_t extendedC=isExpanded(C);      bool_t extendedC = isExpanded(C);
62      bool_t extendedD=isExpanded(D);      bool_t extendedD = isExpanded(D);
63      bool_t extendedX=isExpanded(X);      bool_t extendedX = isExpanded(X);
64      bool_t extendedY=isExpanded(Y);      bool_t extendedY = isExpanded(Y);
65      double *F_p=(requireWrite(F), getSampleDataRW(F,0));    /* use comma, to get around the mixed code and declarations thing */      double *F_p = (requireWrite(F), getSampleDataRW(F, 0)); /* use comma, to get around the mixed code and declarations thing */
66      double *S=p.row_jac->BasisFunctions->S;      const double *S = p.shapeFns;
67      dim_t len_EM_S=p.row_numShapesTotal*p.col_numShapesTotal*p.numEqu*p.numComp;      dim_t len_EM_S = p.numShapes * p.numShapes * p.numEqu * p.numComp;
68      dim_t len_EM_F=p.row_numShapesTotal*p.numEqu;      dim_t len_EM_F = p.numShapes * p.numEqu;
69    
70      #pragma omp parallel private(color,EM_S, EM_F, Vol, DSDX, A_p, B_p, C_p, D_p, X_p, Y_p, A_q, B_q, C_q, D_q, X_q, Y_q,row_index,q, s,r,k,m,rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11,add_EM_F, add_EM_S, isub)  #pragma omp parallel private(color,EM_S, EM_F, DSDX, A_p, B_p, C_p, D_p, X_p, Y_p, A_q, B_q, C_q, D_q, X_q, Y_q,row_index,q, s,r,k,m,rtmp, rtmp0, rtmp1, rtmp00, rtmp10, rtmp01, rtmp11,add_EM_F, add_EM_S)
71      {      {
72    
73         EM_S=THREAD_MEMALLOC(len_EM_S,double);      EM_S = THREAD_MEMALLOC(len_EM_S, double);
74         EM_F=THREAD_MEMALLOC(len_EM_F,double);      EM_F = THREAD_MEMALLOC(len_EM_F, double);
75         row_index=THREAD_MEMALLOC(p.row_numShapesTotal,index_t);      row_index = THREAD_MEMALLOC(p.numShapes, index_t);
76                                                                                                                                                                                                        
77         if (!Dudley_checkPtr(EM_S) && !Dudley_checkPtr(EM_F) && !Dudley_checkPtr(row_index) ) {      if (!Dudley_checkPtr(EM_S) && !Dudley_checkPtr(EM_F) && !Dudley_checkPtr(row_index))
78        {
79            for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {  
80               /*  open loop over all elements: */          for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
81               #pragma omp for private(e) schedule(static)          {
82               for(e=0;e<elements->numElements;e++){          /*  open loop over all elements: */
83                  if (elements->Color[e]==color) {  #pragma omp for private(e) schedule(static)
84                                  for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
85             A_p=getSampleDataRO(A,e);          {
86             B_p=getSampleDataRO(B,e);              if (elements->Color[e] == color)
87                     C_p=getSampleDataRO(C,e);                  {
88                     D_p=getSampleDataRO(D,e);  
89                     X_p=getSampleDataRO(X,e);              A_p = getSampleDataRO(A, e);
90                     Y_p=getSampleDataRO(Y,e);              B_p = getSampleDataRO(B, e);
91                          C_p = getSampleDataRO(C, e);
92                     for (isub=0; isub<p.numSub; isub++) {              D_p = getSampleDataRO(D, e);
93                X_p = getSampleDataRO(X, e);
94                        Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX3(0,isub,e, p.numQuadSub,p.numSub)]);              Y_p = getSampleDataRO(Y, e);
95                        DSDX=&(p.row_jac->DSDX[INDEX5(0,0,0,isub,e,p.row_numShapesTotal,DIM,p.numQuadSub,p.numSub)]);              double vol = p.row_jac->absD[e] * p.row_jac->quadweight;
96                        for (q=0;q<len_EM_S;++q) EM_S[q]=0;              DSDX = &(p.row_jac->DSDX[INDEX5(0, 0, 0, 0, e, p.numShapes, DIM, p.numQuad, 1)]);
97                        for (q=0;q<len_EM_F;++q) EM_F[q]=0;              for (q = 0; q < len_EM_S; ++q)
98                        add_EM_F=FALSE;                  EM_S[q] = 0;
99                        add_EM_S=FALSE;              for (q = 0; q < len_EM_F; ++q)
100                    EM_F[q] = 0;
101                        /**************************************************************/              add_EM_F = FALSE;
102                        /*   process A: */              add_EM_S = FALSE;
103                        /**************************************************************/  
104                        A_p=getSampleDataRO(A,e);                /**************************************************************/
105                        if (NULL!=A_p) {              /*   process A: */
106                           add_EM_S=TRUE;                /**************************************************************/
107                           if (extendedA) {              A_p = getSampleDataRO(A, e);
108                  A_q=&(A_p[INDEX6(0,0,0,0,0,isub, p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM,p.numQuadSub)]);              if (NULL != A_p)
109                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {              {
110                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                  add_EM_S = TRUE;
111                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                  if (extendedA)
112                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                  {
113                                      rtmp=0;                  A_q = &(A_p[INDEX6(0, 0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM, p.numQuad)]);
114                                      for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
115                                         rtmp+=Vol[q]* (                  {
116                                             DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,0,m,0,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                      for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
117                                            +DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,0,m,1,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                      {
118                                            +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,1,m,0,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
119                                            +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*A_q[INDEX5(k,1,m,1,q,p.numEqu,DIM,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]);                      {
120                                      }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
121                                      EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                          {
122                                    }                          rtmp = 0;
123                                  }                          for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
124                                }                          {
125                              }                              rtmp +=
126                           } else {                              vol * (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.numShapes, DIM)] *
127                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                                     A_q[INDEX5(k, 0, m, 0, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
128                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                                     * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.numShapes, DIM)] +
129                                   rtmp00=0;                                     DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.numShapes, DIM)] *
130                                   rtmp01=0;                                     A_q[INDEX5(k, 0, m, 1, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
131                                   rtmp10=0;                                     * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.numShapes, DIM)] +
132                                   rtmp11=0;                                     DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.numShapes, DIM)] *
133                                   for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                                     A_q[INDEX5(k, 1, m, 0, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
134                                         rtmp0=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.numShapes, DIM)] +
135                                         rtmp1=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.numShapes, DIM)] *
136                                         rtmp00+=rtmp0*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     A_q[INDEX5(k, 1, m, 1, q, p.numEqu, DIM, p.numComp, DIM)]
137                                         rtmp01+=rtmp0*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                                     * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.numShapes, DIM)]);
138                                         rtmp10+=rtmp1*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                          }
139                                         rtmp11+=rtmp1*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] += rtmp;
140                                   }                          }
141                                   for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                      }
142                                       for (m=0;m<p.numComp;m++) {                      }
143                                          EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=                  }
144                                                     rtmp00*A_p[INDEX4(k,0,m,0,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                  }
145                                                    +rtmp01*A_p[INDEX4(k,0,m,1,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                  else
146                                                    +rtmp10*A_p[INDEX4(k,1,m,0,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                  {
147                                                    +rtmp11*A_p[INDEX4(k,1,m,1,p.numEqu,DIM,p.numComp)];                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
148                                       }                  {
149                                   }                      for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
150                                }                      {
151                              }                      rtmp00 = 0;
152                          }                      rtmp01 = 0;
153                        }                      rtmp10 = 0;
154                        /**************************************************************/                      rtmp11 = 0;
155                        /*   process B: */                      for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
156                        /**************************************************************/                      {
157                        B_p=getSampleDataRO(B,e);                          rtmp0 = vol * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.numShapes, DIM)];
158                        if (NULL!=B_p) {                          rtmp1 = vol * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.numShapes, DIM)];
159                           add_EM_S=TRUE;                          rtmp00 += rtmp0 * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.numShapes, DIM)];
160                           if (extendedB) {                          rtmp01 += rtmp0 * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.numShapes, DIM)];
161                      B_q=&(B_p[INDEX5(0,0,0,0,isub ,p.numEqu,DIM,p.numComp,p.numQuadSub)]);                          rtmp10 += rtmp1 * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.numShapes, DIM)];
162                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                          rtmp11 += rtmp1 * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.numShapes, DIM)];
163                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                      }
164                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
165                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                      {
166                                       rtmp=0;                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
167                                       for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                          {
168                                          rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_numShapes)]*                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] +=
169                                               ( DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*B_q[INDEX4(k,0,m,q,p.numEqu,DIM,p.numComp)]                              rtmp00 * A_p[INDEX4(k, 0, m, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
170                                               + DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*B_q[INDEX4(k,1,m,q,p.numEqu,DIM,p.numComp)]);                              + rtmp01 * A_p[INDEX4(k, 0, m, 1, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
171                                       }                              + rtmp10 * A_p[INDEX4(k, 1, m, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp)]
172                                       EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                              + rtmp11 * A_p[INDEX4(k, 1, m, 1, p.numEqu, DIM, p.numComp)];
173                                    }                          }
174                                  }                      }
175                                }                      }
176                              }                  }
177                           } else {                  }
178                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {              }
179                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                /**************************************************************/
180                                    rtmp0=0;              /*   process B: */
181                                    rtmp1=0;                /**************************************************************/
182                                    for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {              B_p = getSampleDataRO(B, e);
183                                        rtmp=Vol[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_numShapes)];              if (NULL != B_p)
184                                        rtmp0+=rtmp*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];              {
185                                        rtmp1+=rtmp*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                  add_EM_S = TRUE;
186                                    }                  if (extendedB)
187                                    for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                  {
188                                       for (m=0;m<p.numComp;m++) {                  B_q = &(B_p[INDEX5(0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numComp, p.numQuad)]);
189                                          EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+= rtmp0*B_p[INDEX3(k,0,m,p.numEqu,DIM)]                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
190                                                                                            + rtmp1*B_p[INDEX3(k,1,m,p.numEqu,DIM)];                  {
191                                       }                      for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
192                                    }                      {
193                                }                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
194                              }                      {
195                           }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
196                        }                          {
197                        /**************************************************************/                          rtmp = 0;
198                        /*   process C: */                          for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
199                        /**************************************************************/                          {
200                        C_p=getSampleDataRO(C,e);                              rtmp += vol * S[INDEX2(r, q, p.numShapes)] *
201                        if (NULL!=C_p) {                              (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.numShapes, DIM)] *
202                          add_EM_S=TRUE;                               B_q[INDEX4(k, 0, m, q, p.numEqu, DIM, p.numComp)] +
203                          if (extendedC) {                               DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.numShapes, DIM)] *
204                  C_q=&(C_p[INDEX5(0,0,0,0,isub, p.numEqu,p.numComp,DIM,p.numQuadSub)]);                               B_q[INDEX4(k, 1, m, q, p.numEqu, DIM, p.numComp)]);
205                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                          }
206                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] += rtmp;
207                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          }
208                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                      }
209                                       rtmp=0;                      }
210                                       for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                  }
211                                           rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*                  }
212                                                ( C_q[INDEX4(k,m,0,q,p.numEqu,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]                  else
213                                                + C_q[INDEX4(k,m,1,q,p.numEqu,p.numComp,DIM)]*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]);                  {
214                                       }                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
215                                       EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                  {
216                                    }                      for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
217                                  }                      {
218                                }                      rtmp0 = 0;
219                              }                      rtmp1 = 0;
220                          } else {                      for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
221                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                      {
222                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                          rtmp = vol * S[INDEX2(r, q, p.numShapes)];
223                                   rtmp0=0;                          rtmp0 += rtmp * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.numShapes, DIM)];
224                                   rtmp1=0;                          rtmp1 += rtmp * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.numShapes, DIM)];
225                                   for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                      }
226                                           rtmp=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
227                                           rtmp0+=rtmp*DSDX[INDEX3(r,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                      {
228                                           rtmp1+=rtmp*DSDX[INDEX3(r,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
229                                   }                          {
230                                   for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] +=
231                                      for (m=0;m<p.numComp;m++) {                              rtmp0 * B_p[INDEX3(k, 0, m, p.numEqu, DIM)] +
232                                             EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp0*C_p[INDEX3(k,m,0,p.numEqu,p.numComp)]                              rtmp1 * B_p[INDEX3(k, 1, m, p.numEqu, DIM)];
233                                                                                               +rtmp1*C_p[INDEX3(k,m,1,p.numEqu,p.numComp)];                          }
234                                      }                      }
235                                   }                      }
236                                }                  }
237                              }                  }
238                          }              }
239                        }                /**************************************************************/
240                        /************************************************************* */              /*   process C: */
241                        /* process D */                /**************************************************************/
242                        /**************************************************************/              C_p = getSampleDataRO(C, e);
243                        D_p=getSampleDataRO(D,e);              if (NULL != C_p)
244                        if (NULL!=D_p) {              {
245                          add_EM_S=TRUE;                  add_EM_S = TRUE;
246                          if (extendedD) {                  if (extendedC)
247                  D_q=&(D_p[INDEX4(0,0,0,isub, p.numEqu,p.numComp,p.numQuadSub)]);                  {
248                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                  C_q = &(C_p[INDEX5(0, 0, 0, 0, 0, p.numEqu, p.numComp, DIM, p.numQuad)]);
249                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
250                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                  {
251                                    for (m=0;m<p.numComp;m++) {                      for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
252                                      rtmp=0;                      {
253                                      for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
254                                          rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*D_q[INDEX3(k,m,q,p.numEqu,p.numComp)]*S[INDEX2(r,q,p.row_numShapes)];                      {
255                                      }                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
256                                      EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp;                          {
257                                    }                          rtmp = 0;
258                                  }                          for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
259                                }                          {
260                              }                              rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.numShapes)] *
261                          } else {                              (C_q[INDEX4(k, m, 0, q, p.numEqu, p.numComp, DIM)] *
262                              for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                               DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.numShapes, DIM)] +
263                                for (r=0;r<p.col_numShapes;r++) {                               C_q[INDEX4(k, m, 1, q, p.numEqu, p.numComp, DIM)] *
264                                    rtmp=0;                               DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.numShapes, DIM)]);
265                                    for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*S[INDEX2(r,q,p.row_numShapes)];                          }
266                                    for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] += rtmp;
267                                        for (m=0;m<p.numComp;m++) {                          }
268                                          EM_S[INDEX4(k,m,s,r,p.numEqu,p.numComp,p.row_numShapesTotal)]+=rtmp*D_p[INDEX2(k,m,p.numEqu)];                      }
269                                       }                      }
270                                    }                  }
271                                }                  }
272                              }                  else
273                          }                  {
274                        }                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
275                        /**************************************************************/                  {
276                        /*   process X: */                      for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
277                        /**************************************************************/                      {
278                        X_p=getSampleDataRO(X,e);                      rtmp0 = 0;
279                        if (NULL!=X_p) {                      rtmp1 = 0;
280                          add_EM_F=TRUE;                      for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
281                          if (extendedX) {                      {
282                 X_q=&(X_p[INDEX4(0,0,0,isub, p.numEqu,DIM,p.numQuadSub)]);                          rtmp = vol * S[INDEX2(s, q, p.numShapes)];
283                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                          rtmp0 += rtmp * DSDX[INDEX3(r, 0, q, p.numShapes, DIM)];
284                                for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                          rtmp1 += rtmp * DSDX[INDEX3(r, 1, q, p.numShapes, DIM)];
285                                  rtmp=0;                      }
286                                  for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
287                                       rtmp+=Vol[q]*(DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*X_q[INDEX3(k,0,q,p.numEqu,DIM)]                      {
288                                                    +DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)]*X_q[INDEX3(k,1,q,p.numEqu,DIM)]);                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
289                                  }                          {
290                                  EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] +=
291                                }                              rtmp0 * C_p[INDEX3(k, m, 0, p.numEqu, p.numComp)] +
292                             }                              rtmp1 * C_p[INDEX3(k, m, 1, p.numEqu, p.numComp)];
293                          } else {                          }
294                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                      }
295                                   rtmp0=0;                      }
296                                   rtmp1=0;                  }
297                                   for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) {                  }
298                                       rtmp0+=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,0,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];              }
299                                       rtmp1+=Vol[q]*DSDX[INDEX3(s,1,q,p.row_numShapesTotal,DIM)];                /************************************************************* */
300                                   }              /* process D */
301                                   for (k=0;k<p.numEqu;k++) EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp0*X_p[INDEX2(k,0,p.numEqu)]+rtmp1*X_p[INDEX2(k,1,p.numEqu)];                /**************************************************************/
302                             }              D_p = getSampleDataRO(D, e);
303                          }              if (NULL != D_p)
304                       }              {
305                       /**************************************************************/                  add_EM_S = TRUE;
306                       /*   process Y: */                  if (extendedD)
307                       /**************************************************************/                  {
308                        Y_p=getSampleDataRO(Y,e);                  D_q = &(D_p[INDEX4(0, 0, 0, 0, p.numEqu, p.numComp, p.numQuad)]);
309                        if (NULL!=Y_p) {                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
310                          add_EM_F=TRUE;                  {
311                          if (extendedY) {                      for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
312                 Y_q=&(Y_p[INDEX3(0,0,isub, p.numEqu,p.numQuadSub)]);                      {
313                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                      for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
314                                for (k=0;k<p.numEqu;k++) {                      {
315                                   rtmp=0;                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
316                                   for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*Y_q[INDEX2(k,q,p.numEqu)];                          {
317                                   EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;                          rtmp = 0;
318                                }                          for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
319                             }                          {
320                           } else {                              rtmp +=
321                             for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {                              vol * S[INDEX2(s, q, p.numShapes)] *
322                                 rtmp=0;                              D_q[INDEX3(k, m, q, p.numEqu, p.numComp)] *
323                                 for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];                              S[INDEX2(r, q, p.numShapes)];
324                                 for (k=0;k<p.numEqu;k++) EM_F[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp*Y_p[k];                          }
325                             }                          EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] += rtmp;
326                           }                          }
327                         }                      }
328                         /***********************************************************************************************/                      }
329                         /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */                  }
330                         /***********************************************************************************************/                  }
331                         for (q=0;q<p.row_numShapesTotal;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[INDEX2(q,isub,p.row_numShapesTotal)],e,p.NN)]];                  else
332                    {
333                         if (add_EM_F) Dudley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal,row_index,p.numEqu,EM_F,F_p, p.row_DOF_UpperBound);                  for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
334                         if (add_EM_S) Dudley_Assemble_addToSystemMatrix(Mat,p.row_numShapesTotal,row_index,p.numEqu,p.col_numShapesTotal,row_index,p.numComp,EM_S);                  {
335                        for (r = 0; r < p.numShapes; r++)
336                     } /* end of isub */                      {
337                  } /* end color check */                      rtmp = 0;
338               } /* end element loop */                      for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
339           } /* end color loop */                          rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.numShapes)] * S[INDEX2(r, q, p.numShapes)];
340                                  for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
341           THREAD_MEMFREE(EM_S);                      {
342           THREAD_MEMFREE(EM_F);                          for (m = 0; m < p.numComp; m++)
343           THREAD_MEMFREE(row_index);                          {
344                            EM_S[INDEX4(k, m, s, r, p.numEqu, p.numComp, p.numShapes)] +=
345                                rtmp * D_p[INDEX2(k, m, p.numEqu)];
346                            }
347                        }
348                        }
349                    }
350                    }
351                }
352                  /**************************************************************/
353                /*   process X: */
354                  /**************************************************************/
355                X_p = getSampleDataRO(X, e);
356                if (NULL != X_p)
357                {
358                    add_EM_F = TRUE;
359                    if (extendedX)
360                    {
361                    X_q = &(X_p[INDEX4(0, 0, 0, 0, p.numEqu, DIM, p.numQuad)]);
362                    for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
363                    {
364                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
365                        {
366                        rtmp = 0;
367                        for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
368                        {
369                            rtmp +=
370                            vol * (DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.numShapes, DIM)] *
371                                   X_q[INDEX3(k, 0, q, p.numEqu, DIM)] +
372                                   DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.numShapes, DIM)] *
373                                   X_q[INDEX3(k, 1, q, p.numEqu, DIM)]);
374                        }
375                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp;
376                        }
377                    }
378                    }
379                    else
380                    {
381                    for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
382                    {
383                        rtmp0 = 0;
384                        rtmp1 = 0;
385                        for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
386                        {
387                        rtmp0 += vol * DSDX[INDEX3(s, 0, q, p.numShapes, DIM)];
388                        rtmp1 += vol * DSDX[INDEX3(s, 1, q, p.numShapes, DIM)];
389                        }
390                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
391                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] +=
392                            rtmp0 * X_p[INDEX2(k, 0, p.numEqu)] + rtmp1 * X_p[INDEX2(k, 1, p.numEqu)];
393                    }
394                    }
395                }
396                 /**************************************************************/
397                /*   process Y: */
398                 /**************************************************************/
399                Y_p = getSampleDataRO(Y, e);
400                if (NULL != Y_p)
401                {
402                    add_EM_F = TRUE;
403                    if (extendedY)
404                    {
405                    Y_q = &(Y_p[INDEX3(0, 0, 0, p.numEqu, p.numQuad)]);
406                    for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
407                    {
408                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
409                        {
410                        rtmp = 0;
411                        for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
412                            rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.numShapes)] * Y_q[INDEX2(k, q, p.numEqu)];
413                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp;
414                        }
415                    }
416                    }
417                    else
418                    {
419                    for (s = 0; s < p.numShapes; s++)
420                    {
421                        rtmp = 0;
422                        for (q = 0; q < p.numQuad; q++)
423                        rtmp += vol * S[INDEX2(s, q, p.numShapes)];
424                        for (k = 0; k < p.numEqu; k++)
425                        EM_F[INDEX2(k, s, p.numEqu)] += rtmp * Y_p[k];
426                    }
427                    }
428                }
429                   /***********************************************************************************************/
430                /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */
431                   /***********************************************************************************************/
432                for (q = 0; q < p.numShapes; q++)
433                    row_index[q] = p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(q, e, p.NN)]];
434    
435                if (add_EM_F)
436                    Dudley_Util_AddScatter(p.numShapes, row_index, p.numEqu, EM_F, F_p, p.row_DOF_UpperBound);
437                if (add_EM_S)
438                    Dudley_Assemble_addToSystemMatrix(Mat, p.numShapes, row_index, p.numEqu,
439                                      p.numShapes, row_index, p.numComp, EM_S);
440    
441                }       /* end color check */
442            }       /* end element loop */
443            }           /* end color loop */
444    
445            THREAD_MEMFREE(EM_S);
446            THREAD_MEMFREE(EM_F);
447            THREAD_MEMFREE(row_index);
448    
449        } /* end of pointer check */      }           /* end of pointer check */
450     } /* end parallel region */      }               /* end parallel region */
451  }  }
452    
453  /*  /*
454   * $Log$   * $Log$
455   */   */

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