/[escript]/trunk/dudley/src/IndexList.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/dudley/src/IndexList.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/esys2/finley/src/finleyC/IndexList.c revision 100 by jgs, Wed Dec 15 03:48:48 2004 UTC temp/finley/src/IndexList.c revision 1387 by trankine, Fri Jan 11 07:45:26 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 /* $Id$ */  
1    
2  /**************************************************************/  /* $Id$ */
3    
4  /* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */  /*******************************************************
5     *
6     *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /* Copyrights by ACcESS Australia 2003,2004 */  /* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */
 /* Author: gross@access.edu.au */  
19    
20  /**************************************************************/  /**************************************************************/
21    
 #include "Finley.h"  
 #include "ElementFile.h"  
 #include "System.h"  
22  #include "IndexList.h"  #include "IndexList.h"
23    
24    /* Translate from distributed/local array indices to global indices */
25    
26  /**************************************************************/  /**************************************************************/
27  /* inserts the contributions from the element matrices of elements  /* inserts the contributions from the element matrices of elements
28     into the row index col. If symmetric is set, only the upper     into the row index col. If symmetric is set, only the upper
29     triangle of the matrix is stored. */     triangle of the matrix is stored. */
30    
31  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,
32                                         int reduce_row_order, int packed_row_block_size, maybelong* row_Label,                                         bool_t reduce_row_order, index_t* row_map,
33                                         int reduce_col_order, int packed_col_block_size, maybelong* col_Label,                                         bool_t reduce_col_order, index_t* col_map) {
34                                         int symmetric, Finley_SystemMatrixType matType) {    /* index_list is an array of linked lists. Each entry is a row (DOF) and contains the indices to the non-zero columns */
35    maybelong e,kr,ir,kc,ic,NN_row,NN_col,i;    index_t color, *id=NULL;
36    Finley_IndexList * tmp_list;    dim_t e,kr,kc,NN_row,NN_col,i,icol,irow, NN, *row_node=NULL,*col_node=NULL;
   maybelong jr,jc,icol,irow,color;  
   
   
37    if (elements!=NULL) {    if (elements!=NULL) {
38      maybelong NN=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;      NN=elements->numNodes;
39      maybelong id[NN],*row_node,*col_node;      id=TMPMEMALLOC(NN, index_t);
40      for (i=0;i<NN;i++) id[i]=i;      if (! Finley_checkPtr(id) ) {
41      if (reduce_col_order) {         for (i=0;i<NN;i++) id[i]=i;
42         col_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;         if (reduce_col_order) {
43         NN_col=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;            col_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
44      } else {            NN_col=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;
45         col_node=id;         } else {
46         NN_col=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;            col_node=id;
47      }            NN_col=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;
48      if (reduce_row_order) {         }
49         row_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;         if (reduce_row_order) {
50         NN_row=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;            row_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
51      } else {            NN_row=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;
52         row_node=id;         } else {
53         NN_row=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;            row_node=id;
54      }            NN_row=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;
55           }
56      #pragma omp parallel private(color)         for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
57      {             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
58         switch(matType) {             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
59         case CSR:                 if (elements->Color[e]==color) {
60           if (symmetric) {                     for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {
61              for (color=0;color<elements->numColors;color++) {                       irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];
                #pragma omp for private(e,kr,jr,kc,jc,ir,irow,ic,icol,tmp_list) schedule(static)  
                for (e=0;e<elements->numElements;e++) {  
                   if (elements->Color[e]==color) {  
                      for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {  
                         jr=row_Label[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];  
                         for (ir=0;ir<packed_row_block_size;ir++) {  
                            irow=ir+packed_row_block_size*jr;  
                            tmp_list=&(index_list[irow]);  
                            for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {  
                               jc=col_Label[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];  
                               for (ic=0;ic<packed_col_block_size;ic++) {  
                                  icol=ic+packed_col_block_size*jc;  
                                  if (irow<=icol) Finley_IndexList_insertIndex(tmp_list,icol);  
                               }  
                            }  
                         }  
                      }  
                   }  
                }  
             }  
          } else {  
             for (color=0;color<elements->numColors;color++) {  
                #pragma omp for private(e,kr,jr,kc,jc,ir,irow,ic,icol,tmp_list) schedule(static)  
                for (e=0;e<elements->numElements;e++) {  
                   if (elements->Color[e]==color) {  
                      for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {  
                         jr=row_Label[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];  
                         for (ir=0;ir<packed_row_block_size;ir++) {  
                            irow=ir+packed_row_block_size*jr;  
                            tmp_list=&(index_list[irow]);  
                            for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {  
                               jc=col_Label[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];  
                               for (ic=0;ic<packed_col_block_size;ic++) {                                  icol=ic+packed_col_block_size*jc;  
                                  Finley_IndexList_insertIndex(tmp_list,icol);  
                               }  
                            }  
                         }  
                      }  
                   }  
                }  
             }  
          } /* if else */  
          break;  
        case CSC:  
          if (symmetric) {  
             for (color=0;color<elements->numColors;color++) {  
                #pragma omp for private (e,kr,jr,kc,jc,ir,irow,ic,icol,tmp_list) schedule(static)  
                for (e=0;e<elements->numElements;e++) {  
                   if (elements->Color[e]==color) {  
62                       for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {                       for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {
63                          jc=col_Label[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];                            icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];
64                          for (ic=0;ic<packed_col_block_size;ic++) {                            Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);
                            icol=ic+packed_col_block_size*jc;  
                            tmp_list=&(index_list[icol]);  
                            for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {  
                               jr=row_Label[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];  
                               for (ir=0;ir<packed_row_block_size;ir++) {  
                                  irow=ir+packed_row_block_size*jr;  
                                  if (irow<=icol) Finley_IndexList_insertIndex(tmp_list,irow);  
                               }  
                            }  
                         }  
65                       }                       }
66                    }                     }
67                 }                 }
68              }             }
69           } else {         }
70             for (color=0;color<elements->numColors;color++) {         TMPMEMFREE(id);
71                 #pragma omp for private (e,kr,jr,kc,jc,ir,irow,ic,icol,tmp_list) schedule(static)      }
72                 for (e=0;e<elements->numElements;e++) {    }
73                    if (elements->Color[e]==color) {    return;
74                       for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {  }
75                          jc=col_Label[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];  
76                          for (ic=0;ic<packed_col_block_size;ic++) {  void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,
77                             icol=ic+packed_col_block_size*jc;                                                   Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)
78                             tmp_list=&(index_list[icol]);  {
79                             for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {    index_t color;
80                                jr=row_Label[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];    dim_t e,kr,kc,i,icol,irow, NN;
81                                for (ir=0;ir<packed_row_block_size;ir++) {    if (elements!=NULL) {
82                                   irow=ir+packed_row_block_size*jr;      NN=elements->numNodes;
83                                   Finley_IndexList_insertIndex(tmp_list,irow);      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
84                                }             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
85                             }             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
86                          }                 if (elements->Color[e]==color) {
87                       }                     for (kr=0;kr<NN;kr++) {
88                         irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];
89                         if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {
90                              irow-=firstRow;
91                              for (kc=0;kc<NN;kc++) {
92                                  icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];
93                                  Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);
94                              }
95                          }
96                    }                    }
97                 }                 }
98              }             }
          } /* if else */  
        } /* switch matType */  
99      }      }
100    }    }
   return;  
101  }  }
102    
103  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */
104    
105  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley_IndexList* in, maybelong index) {  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley_IndexList* in, index_t index) {
106    int i;    dim_t i;
107    /* is index in in? */    /* is index in in? */
108    for (i=0;i<in->n;i++) {    for (i=0;i<in->n;i++) {
109      if (in->index[i]==index) return;      if (in->index[i]==index)  return;
110    }    }
111    /* index could not be found */    /* index could not be found */
112    if (in->n==INDEXLIST_LENGTH) {    if (in->n==INDEXLIST_LENGTH) {
113       /* if in->index is full check the extension */       /* if in->index is full check the extension */
114       if (in->extension==NULL) {       if (in->extension==NULL) {
115          in->extension=(Finley_IndexList*) TMPMEMALLOC(sizeof(Finley_IndexList));          in->extension=TMPMEMALLOC(1,Finley_IndexList);
116          if (Finley_checkPtr(in->extension)) return;          if (Finley_checkPtr(in->extension)) return;
117          in->extension->n=0;          in->extension->n=0;
118          in->extension->extension=NULL;          in->extension->extension=NULL;
# Line 177  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley Line 127  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley
127    
128  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */
129    
130  int Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in) {  dim_t Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in, index_t range_min,index_t range_max) {
131      dim_t i;
132      dim_t out=0;
133      register index_t itmp;
134    if (in==NULL) {    if (in==NULL) {
135       return 0;       return 0;
136    } else {    } else {
137       return (in->n)+Finley_IndexList_count(in->extension);      for (i=0;i<in->n;i++) {
138              itmp=in->index[i];
139              if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) ++out;
140        }
141         return out+Finley_IndexList_count(in->extension, range_min,range_max);
142    }    }
143  }  }
144    
145  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */
146    
147  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, maybelong* array) {  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, index_t* array, index_t range_min,index_t range_max, index_t index_offset) {
148    int i;    dim_t i, ptr;
149      register index_t itmp;
150    if (in!=NULL) {    if (in!=NULL) {
151      for (i=0;i<in->n;i++) array[i]=in->index[i]+INDEX_OFFSET;      ptr=0;
152      Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[in->n]));      for (i=0;i<in->n;i++) {
153              itmp=in->index[i];
154              if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) {
155                 array[ptr]=itmp+index_offset;
156                 ptr++;
157              }
158    
159        }
160        Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[ptr]), range_min, range_max, index_offset);
161    }    }
162  }  }
163    
# Line 204  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexL Line 170  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexL
170    }    }
171  }  }
172    
173  /*  /* creates a Paso_pattern from a range of indices */
174   * $Log$  Paso_Pattern* Finley_IndexList_createPattern(dim_t n,Finley_IndexList* index_list,index_t range_min,index_t range_max,index_t index_offset)
175   * Revision 1.3  2004/12/15 03:48:45  jgs  {
176   * *** empty log message ***     dim_t *ptr=NULL;
177   *     register dim_t s,i,itmp;
178   * Revision 1.1.1.1  2004/10/26 06:53:57  jgs     index_t *index=NULL;
179   * initial import of project esys2     Paso_Pattern* out=NULL;
180   *  
181   * Revision 1.1.2.2  2004/10/26 06:36:39  jgs     ptr=MEMALLOC(n+1,index_t);
182   * committing Lutz's changes to branch jgs     if (! Finley_checkPtr(ptr) ) {
183   *         /* get the number of connections per row */
184   * Revision 1.2  2004/10/13 01:53:42  gross         #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)
185   * bug in CSC assembling fixed         for(i=0;i<n;++i) {
186   *                ptr[i]=Finley_IndexList_count(&index_list[i],range_min,range_max);
187   * Revision 1.1  2004/07/02 04:21:13  gross         }
188   * Finley C code has been included         /* accumulate ptr */
189   *         s=0;
190   *         for(i=0;i<n;++i) {
191   */                 itmp=ptr[i];
192                   ptr[i]=s;
193                   s+=itmp;
194           }
195           ptr[n]=s;
196           /* fill index */
197           index=MEMALLOC(ptr[n],index_t);
198           if (! Finley_checkPtr(index)) {
199                  #pragma omp parallel for schedule(static)
200                  for(i=0;i<n;++i) {
201                      Finley_IndexList_toArray(&index_list[i],&index[ptr[i]],range_min,range_max,index_offset);
202                  }
203                  out=Paso_Pattern_alloc(PATTERN_FORMAT_DEFAULT,1,1,n,ptr,index);
204           }
205      }
206      if (! Finley_noError()) {
207            MEMFREE(ptr);
208            MEMFREE(index);
209            Paso_Pattern_free(out);
210      }
211      return out;
212    }

Legend:
Removed from v.100  
changed lines
  Added in v.1387

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26