/[escript]/trunk/dudley/src/IndexList.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/dudley/src/IndexList.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/finley/src/finley/IndexList.c revision 201 by jgs, Wed Nov 23 04:10:21 2005 UTC trunk/finley/src/IndexList.c revision 2881 by jfenwick, Thu Jan 28 02:03:15 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
  ******************************************************************************  
  *                                                                            *  
  *       COPYRIGHT  ACcESS 2003,2004,2005 -  All Rights Reserved              *  
  *                                                                            *  
  * This software is the property of ACcESS. No part of this code              *  
  * may be copied in any form or by any means without the expressed written    *  
  * consent of ACcESS.  Copying, use or modification of this software          *  
  * by any unauthorised person is illegal unless that person has a software    *  
  * license agreement with ACcESS.                                             *  
  *                                                                            *  
  ******************************************************************************  
 */  
1    
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
 /* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */  
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /*  Author: gross@access.edu.au */  /* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */
 /*  Version: $Id$ */  
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21  #include "IndexList.h"  #include "IndexList.h"
22    
23    /* Translate from distributed/local array indices to global indices */
24    
25  /**************************************************************/  /**************************************************************/
26  /* inserts the contributions from the element matrices of elements  /* inserts the contributions from the element matrices of elements
27     into the row index col. If symmetric is set, only the upper     into the row index col. If symmetric is set, only the upper
28     triangle of the matrix is stored. */     triangle of the matrix is stored. */
29    
30  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,
31                                         bool_t reduce_row_order, index_t* row_Label,                                         bool_t reduce_row_order, index_t* row_map,
32                                         bool_t reduce_col_order, index_t* col_Label) {                                         bool_t reduce_col_order, index_t* col_map) {
33      /* index_list is an array of linked lists. Each entry is a row (DOF) and contains the indices to the non-zero columns */
34    index_t color;    index_t color;
35    dim_t e,kr,kc,NN_row,NN_col,i,icol,irow;    Finley_ReferenceElement*refElement;
36      dim_t e, kr, kc, NN_row, NN_col, icol, irow, NN, *row_node=NULL, *col_node=NULL, isub, numSub;
37    if (elements!=NULL) {    if (elements!=NULL) {
38      dim_t NN=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;      NN=elements->numNodes;
39      index_t id[NN],*row_node,*col_node;      refElement= Finley_ReferenceElementSet_borrowReferenceElement(elements->referenceElementSet, FALSE);
40      for (i=0;i<NN;i++) id[i]=i;        
41      if (reduce_col_order) {      if (reduce_col_order) {
42         col_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;            numSub=1;
43         NN_col=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;            col_node=refElement->Type->linearNodes;
44              NN_col=(refElement->LinearBasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;
45      } else {      } else {
46         col_node=id;            numSub=refElement->Type->numSubElements;
47         NN_col=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;            col_node=refElement->Type->subElementNodes;
48              NN_col=(refElement->BasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;
49      }      }
50    
51      if (reduce_row_order) {      if (reduce_row_order) {
52         row_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;            numSub=1;
53         NN_row=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;            row_node=refElement->Type->linearNodes;
54              NN_row=(refElement->LinearBasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;
55      } else {      } else {
56         row_node=id;            numSub=refElement->Type->numSubElements;
57         NN_row=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;            row_node=refElement->Type->subElementNodes;
58              NN_row=(refElement->BasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;
59        }
60    
61        for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
62               #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol,isub) schedule(static)
63               for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
64                   if (elements->Color[e]==color) {
65                       for (isub=0;isub<numSub; isub++) {
66                           for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {
67                               irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(row_node[INDEX2(kr,isub,NN_row)],e,NN)]];
68                               for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {
69                                   icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(col_node[INDEX2(kc,isub,NN_col)],e,NN)]];
70                                   Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);
71                               }
72                           }
73                       }
74                   }
75               }
76           }
77      }
78      return;
79    }
80    
81    
82    void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,
83                                                     Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)
84    {
85    /* this does not resolve macro elements */
86        index_t color;
87      dim_t e,kr,kc,icol,irow, NN;
88      if (elements!=NULL) {
89        NN=elements->numNodes;
90        for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
91               #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
92               for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
93                   if (elements->Color[e]==color) {
94                       for (kr=0;kr<NN;kr++) {
95                         irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];
96                         if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {
97                              irow-=firstRow;
98                              for (kc=0;kc<NN;kc++) {
99                                  icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];
100                                  Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);
101                              }
102                          }
103                      }
104                   }
105               }
106      }      }
107      }
108    }
109    void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,
110                                                                  Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)
111    {
112      /* this does not resolve macro elements */
113      index_t color;
114      dim_t e,kr,kc,icol,irow, NN,irow_loc;
115      if (elements!=NULL) {
116        NN=elements->numNodes;
117      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
118          #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol,irow_loc) schedule(static)
119          for (e=0;e<elements->numElements;e++) {             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
120              if (elements->Color[e]==color) {                 if (elements->Color[e]==color) {
121                  for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {                     for (kr=0;kr<NN;kr++) {
122                    irow=row_Label[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];                       irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];
123                    for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {                       if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {
124                         icol=col_Label[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];                            irow_loc=irow-firstRow;
125                         Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);                            for (kc=0;kc<NN;kc++) {
126                                  icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];
127                                  if (icol != irow) Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow_loc]),icol);
128                              }
129                          }
130                    }                    }
131                  }                 }
132              }             }
133          }      }
       }  
134    }    }
   return;  
135  }  }
136    
137  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */
# Line 99  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley Line 161  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley
161    
162  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */
163    
164  dim_t Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in) {  dim_t Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in, index_t range_min,index_t range_max) {
165      dim_t i;
166      dim_t out=0;
167      register index_t itmp;
168    if (in==NULL) {    if (in==NULL) {
169       return 0;       return 0;
170    } else {    } else {
171       return (in->n)+Finley_IndexList_count(in->extension);      for (i=0;i<in->n;i++) {
172              itmp=in->index[i];
173              if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) ++out;
174        }
175         return out+Finley_IndexList_count(in->extension, range_min,range_max);
176    }    }
177  }  }
178    
179  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */
180    
181  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, index_t* array) {  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, index_t* array, index_t range_min,index_t range_max, index_t index_offset) {
182    dim_t i;    dim_t i, ptr;
183      register index_t itmp;
184    if (in!=NULL) {    if (in!=NULL) {
185      for (i=0;i<in->n;i++) array[i]=in->index[i]+INDEX_OFFSET;      ptr=0;
186      Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[in->n]));      for (i=0;i<in->n;i++) {
187              itmp=in->index[i];
188              if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) {
189                 array[ptr]=itmp+index_offset;
190                 ptr++;
191              }
192    
193        }
194        Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[ptr]), range_min, range_max, index_offset);
195    }    }
196  }  }
197    
# Line 126  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexL Line 204  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexL
204    }    }
205  }  }
206    
207  /*  /* creates a Paso_pattern from a range of indices */
208   * $Log$  Paso_Pattern* Finley_IndexList_createPattern(dim_t n0, dim_t n,Finley_IndexList* index_list,index_t range_min,index_t range_max,index_t index_offset)
209   * Revision 1.6  2005/09/15 03:44:22  jgs  {
210   * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-15     dim_t *ptr=NULL;
211   *     register dim_t s,i,itmp;
212   * Revision 1.5.2.1  2005/09/07 06:26:18  gross     index_t *index=NULL;
213   * the solver from finley are put into the standalone package paso now     Paso_Pattern* out=NULL;
214   *  
215   * Revision 1.5  2005/07/08 04:07:51  jgs     ptr=MEMALLOC(n+1-n0,index_t);
216   * Merge of development branch back to main trunk on 2005-07-08     if (! Finley_checkPtr(ptr) ) {
217   *         /* get the number of connections per row */
218   * Revision 1.4  2004/12/15 07:08:32  jgs         #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)
219   * *** empty log message ***         for(i=n0;i<n;++i) {
220   * Revision 1.1.1.1.2.3  2005/06/29 02:34:50  gross                ptr[i-n0]=Finley_IndexList_count(&index_list[i],range_min,range_max);
221   * some changes towards 64 integers in finley         }
222   *         /* accumulate ptr */
223   * Revision 1.1.1.1.2.2  2004/11/24 01:37:13  gross         s=0;
224   * some changes dealing with the integer overflow in memory allocation. Finley solves 4M unknowns now         for(i=n0;i<n;++i) {
225   *                 itmp=ptr[i-n0];
226   *                 ptr[i-n0]=s;
227   *                 s+=itmp;
228   */         }
229           ptr[n-n0]=s;
230           /* fill index */
231           index=MEMALLOC(ptr[n-n0],index_t);
232           if (! Finley_checkPtr(index)) {
233                  #pragma omp parallel for schedule(static)
234                  for(i=n0;i<n;++i) {
235                      Finley_IndexList_toArray(&index_list[i],&index[ptr[i-n0]],range_min,range_max,index_offset);
236                  }
237                  out=Paso_Pattern_alloc(PATTERN_FORMAT_DEFAULT,n-n0,range_max+index_offset,ptr,index);
238           }
239      }
240      if (! Finley_noError()) {
241            MEMFREE(ptr);
242            MEMFREE(index);
243            Paso_Pattern_free(out);
244      }
245      return out;
246    }

Legend:
Removed from v.201  
changed lines
  Added in v.2881

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26