# Diff of /trunk/dudley/src/IndexList.cpp

trunk/finley/src/IndexList.c revision 1312 by ksteube, Mon Sep 24 06:18:44 2007 UTC trunk/dudley/src/IndexList.c revision 3911 by jfenwick, Thu Jun 14 01:01:03 2012 UTC
# Line 1  Line 1
1
/* \$Id\$ */

2  /*******************************************************  /*******************************************************
3   *  *
4   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland
5   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *                http://esscc.uq.edu.au  *
11   *  *
12   *******************************************************/  *******************************************************/
13
14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
15
16  /* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */  /* Dudley: Converting an element list into a matrix shape     */
17
18  /**************************************************************/  /**************************************************************/
19
# Line 28  Line 26
26     into the row index col. If symmetric is set, only the upper     into the row index col. If symmetric is set, only the upper
27     triangle of the matrix is stored. */     triangle of the matrix is stored. */
28
29  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,  void Dudley_IndexList_insertElements(Dudley_IndexList * index_list, Dudley_ElementFile * elements,
30                                         bool_t reduce_row_order, index_t* row_map,                       bool_t reduce_row_order, index_t * row_map,
31                                         bool_t reduce_col_order, index_t* col_map) {                       bool_t reduce_col_order, index_t * col_map)
32    /* index_list is an array of linked lists. Each entry is a row (DOF) and contains the indices to the non-zero columns */  {
33    index_t color, *id=NULL;      /* index_list is an array of linked lists. Each entry is a row (DOF) and contains the indices to the non-zero columns */
34    dim_t e,kr,kc,NN_row,NN_col,i,icol,irow, NN, *row_node=NULL,*col_node=NULL;      index_t color;
35    if (elements!=NULL) {      dim_t e, kr, kc, NN_row, NN_col, icol, irow, NN;
36      NN=elements->numNodes;      if (elements != NULL)
37      id=TMPMEMALLOC(NN, index_t);      {
38      if (! Finley_checkPtr(id) ) {      NN = elements->numNodes;
39         for (i=0;i<NN;i++) id[i]=i;      NN_col = (elements->numShapes);
40         if (reduce_col_order) {      NN_row = (elements->numShapes);
41            col_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
42            NN_col=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;      for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
43         } else {      {
44            col_node=id;  #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
45            NN_col=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;          for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
46         }          {
47         if (reduce_row_order) {          if (elements->Color[e] == color)
48            row_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;          {
49            NN_row=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;              for (kr = 0; kr < NN_row; kr++)
50         } else {              {
51            row_node=id;              irow = row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr, e, NN)]];
52            NN_row=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;              for (kc = 0; kc < NN_col; kc++)
53         }              {
54         for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {                  icol = col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc, e, NN)]];
55             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)                  Dudley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]), icol);
56             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {              }
57                 if (elements->Color[e]==color) {              }
58                     for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {          }
59                       irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];          }
60                       for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {      }
61                            icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];      }
62                            Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);      return;
63                       }  }
64                     }
65                 }  void Dudley_IndexList_insertElementsWithRowRange(Dudley_IndexList * index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,
66             }                           Dudley_ElementFile * elements, index_t * row_map, index_t * col_map)
67         }  {
68         TMPMEMFREE(id);  /* this does not resolve macro elements */
69      }      index_t color;
70    }      dim_t e, kr, kc, icol, irow, NN;
71    return;      if (elements != NULL)
72  }      {
73        NN = elements->numNodes;
74  void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,      for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
75                                                   Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)      {
76  {  #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
77    index_t color;          for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
78    dim_t e,kr,kc,i,icol,irow, NN;          {
79    if (elements!=NULL) {          if (elements->Color[e] == color)
80      NN=elements->numNodes;          {
81      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {              for (kr = 0; kr < NN; kr++)
82             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)              {
83             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {              irow = row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr, e, NN)]];
84                 if (elements->Color[e]==color) {              if ((firstRow <= irow) && (irow < lastRow))
85                     for (kr=0;kr<NN;kr++) {              {
86                       irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];                  irow -= firstRow;
87                       if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {                  for (kc = 0; kc < NN; kc++)
88                            irow-=firstRow;                  {
89                            for (kc=0;kc<NN;kc++) {                  icol = col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc, e, NN)]];
90                                icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];                  Dudley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]), icol);
91                                Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);                  }
92                            }              }
93                        }              }
94                    }          }
95                 }          }
96             }      }
97      }      }
98    }  }
99  }
100    void Dudley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(Dudley_IndexList * index_list, index_t firstRow,
101  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */                                     index_t lastRow, Dudley_ElementFile * elements,
102                                       index_t * row_map, index_t * col_map)
103  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley_IndexList* in, index_t index) {  {
104    dim_t i;      /* this does not resolve macro elements */
105    /* is index in in? */      index_t color;
106    for (i=0;i<in->n;i++) {      dim_t e, kr, kc, icol, irow, NN, irow_loc;
107      if (in->index[i]==index)  return;      if (elements != NULL)
108    }      {
109    /* index could not be found */      NN = elements->numNodes;
110    if (in->n==INDEXLIST_LENGTH) {      for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
111       /* if in->index is full check the extension */      {
112       if (in->extension==NULL) {  #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol,irow_loc) schedule(static)
113          in->extension=TMPMEMALLOC(1,Finley_IndexList);          for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
114          if (Finley_checkPtr(in->extension)) return;          {
115          in->extension->n=0;          if (elements->Color[e] == color)
116          in->extension->extension=NULL;          {
117       }              for (kr = 0; kr < NN; kr++)
118       Finley_IndexList_insertIndex(in->extension,index);              {
119    } else {              irow = row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr, e, NN)]];
120       /* insert index into in->index*/              if ((firstRow <= irow) && (irow < lastRow))
121       in->index[in->n]=index;              {
122       in->n++;                  irow_loc = irow - firstRow;
123    }                  for (kc = 0; kc < NN; kc++)
124  }                  {
125                    icol = col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc, e, NN)]];
126  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */                  if (icol != irow)
127                        Dudley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow_loc]), icol);
128  dim_t Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in, index_t range_min,index_t range_max) {                  }
129    dim_t i;              }
130    dim_t out=0;              }
131    register index_t itmp;          }
132    if (in==NULL) {          }
133       return 0;      }
134    } else {      }
135      for (i=0;i<in->n;i++) {  }
136            itmp=in->index[i];
137            if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) ++out;  /* inserts row index row into the Dudley_IndexList in if it does not exist */
138      }
139       return out+Finley_IndexList_count(in->extension, range_min,range_max);  void Dudley_IndexList_insertIndex(Dudley_IndexList * in, index_t index)
140    }  {
141  }      dim_t i;
142        /* is index in in? */
143  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */      for (i = 0; i < in->n; i++)
144        {
145  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, index_t* array, index_t range_min,index_t range_max, index_t index_offset) {      if (in->index[i] == index)
146    dim_t i, ptr;          return;
147    register index_t itmp;      }
148    if (in!=NULL) {      /* index could not be found */
149      ptr=0;      if (in->n == INDEXLIST_LENGTH)
150      for (i=0;i<in->n;i++) {      {
151            itmp=in->index[i];      /* if in->index is full check the extension */
152            if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) {      if (in->extension == NULL)
153               array[ptr]=itmp+index_offset;      {
154               ptr++;          in->extension = TMPMEMALLOC(1, Dudley_IndexList);
155            }          if (Dudley_checkPtr(in->extension))
156            return;
157      }          in->extension->n = 0;
158      Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[ptr]), range_min, range_max, index_offset);          in->extension->extension = NULL;
159    }      }
160  }      Dudley_IndexList_insertIndex(in->extension, index);
161        }
162  /* deallocates the Finley_IndexList in by recursive calls */      else
163        {
164  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexList* in) {      /* insert index into in->index */
165    if (in!=NULL) {      in->index[in->n] = index;
166      Finley_IndexList_free(in->extension);      in->n++;
167      TMPMEMFREE(in);      }
168    }  }
169
170    /* counts the number of row indices in the Dudley_IndexList in */
171
172    dim_t Dudley_IndexList_count(Dudley_IndexList * in, index_t range_min, index_t range_max)
173    {
174        dim_t i;
175        dim_t out = 0;
176        register index_t itmp;
177        if (in == NULL)
178        {
179        return 0;
180        }
181        else
182        {
183        for (i = 0; i < in->n; i++)
184        {
185            itmp = in->index[i];
186            if ((itmp >= range_min) && (range_max > itmp))
187            ++out;
188        }
189        return out + Dudley_IndexList_count(in->extension, range_min, range_max);
190        }
191    }
192
193    /* count the number of row indices in the Dudley_IndexList in */
194
195    void Dudley_IndexList_toArray(Dudley_IndexList * in, index_t * array, index_t range_min, index_t range_max,
196                      index_t index_offset)
197    {
198        dim_t i, ptr;
199        register index_t itmp;
200        if (in != NULL)
201        {
202        ptr = 0;
203        for (i = 0; i < in->n; i++)
204        {
205            itmp = in->index[i];
206            if ((itmp >= range_min) && (range_max > itmp))
207            {
208            array[ptr] = itmp + index_offset;
209            ptr++;
210            }
211
212        }
213        Dudley_IndexList_toArray(in->extension, &(array[ptr]), range_min, range_max, index_offset);
214        }
215    }
216
217    /* deallocates the Dudley_IndexList in by recursive calls */
218
219    void Dudley_IndexList_free(Dudley_IndexList * in)
220    {
221        if (in != NULL)
222        {
223        Dudley_IndexList_free(in->extension);
224        TMPMEMFREE(in);
225        }
226  }  }
227
228  /* creates a Paso_pattern from a range of indices */  /* creates a Paso_pattern from a range of indices */
229  Paso_Pattern* Finley_IndexList_createPattern(dim_t n,Finley_IndexList* index_list,index_t range_min,index_t range_max,index_t index_offset)  Paso_Pattern *Dudley_IndexList_createPattern(dim_t n0, dim_t n, Dudley_IndexList * index_list, index_t range_min,
230                             index_t range_max, index_t index_offset)
231  {  {
232     dim_t *ptr=NULL;      dim_t *ptr = NULL;
233     register dim_t s,i,itmp;      register dim_t s, i, itmp;
234     index_t *index=NULL;      index_t *index = NULL;
235     Paso_Pattern* out=NULL;      Paso_Pattern *out = NULL;
236
237     ptr=MEMALLOC(n+1,index_t);      ptr = MEMALLOC(n + 1 - n0, index_t);
238     if (! Finley_checkPtr(ptr) ) {      if (!Dudley_checkPtr(ptr))
239         /* get the number of connections per row */      {
240         #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)      /* get the number of connections per row */
241         for(i=0;i<n;++i) {  #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)
242                ptr[i]=Finley_IndexList_count(&index_list[i],range_min,range_max);      for (i = n0; i < n; ++i)
243         }      {
244         /* accumulate ptr */          ptr[i - n0] = Dudley_IndexList_count(&index_list[i], range_min, range_max);
245         s=0;      }
246         for(i=0;i<n;++i) {      /* accumulate ptr */
247                 itmp=ptr[i];      s = 0;
248                 ptr[i]=s;      for (i = n0; i < n; ++i)
249                 s+=itmp;      {
250         }          itmp = ptr[i - n0];
251         ptr[n]=s;          ptr[i - n0] = s;
252         /* fill index */          s += itmp;
253         index=MEMALLOC(ptr[n],index_t);      }
254         if (! Finley_checkPtr(index)) {      ptr[n - n0] = s;
255                #pragma omp parallel for schedule(static)      /* fill index */
256                for(i=0;i<n;++i) {      index = MEMALLOC(ptr[n - n0], index_t);
257                    Finley_IndexList_toArray(&index_list[i],&index[ptr[i]],range_min,range_max,index_offset);      if (!Dudley_checkPtr(index))
258                }      {
259                out=Paso_Pattern_alloc(PATTERN_FORMAT_DEFAULT,1,1,n,ptr,index);  #pragma omp parallel for schedule(static)
260         }          for (i = n0; i < n; ++i)
261    }          {
262    if (! Finley_noError()) {          Dudley_IndexList_toArray(&index_list[i], &index[ptr[i - n0]], range_min, range_max, index_offset);
263          MEMFREE(ptr);          }
264          MEMFREE(index);          out = Paso_Pattern_alloc(MATRIX_FORMAT_DEFAULT, n - n0, range_max + index_offset, ptr, index);
265          Paso_Pattern_free(out);      }
266    }      }
267    return out;      if (!Dudley_noError())
268        {
269        MEMFREE(ptr);
270        MEMFREE(index);
271        Paso_Pattern_free(out);
272        }
273        return out;
274  }  }

Legend:
 Removed from v.1312 changed lines Added in v.3911