/[escript]/trunk/dudley/src/IndexList.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/dudley/src/IndexList.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

branches/domexper/dudley/src/IndexList.c revision 3080 by jfenwick, Tue Aug 3 04:28:03 2010 UTC trunk/dudley/src/IndexList.c revision 3911 by jfenwick, Thu Jun 14 01:01:03 2012 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3  *  *
4  * Copyright (c) 2003-2010 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2012 by University of Queensland
5  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6  * http://www.uq.edu.au/esscc  * http://www.uq.edu.au/esscc
7  *  *
# Line 11  Line 11 
11  *  *
12  *******************************************************/  *******************************************************/
13    
   
14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
15    
16  /* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */  /* Dudley: Converting an element list into a matrix shape     */
17    
18  /**************************************************************/  /**************************************************************/
19    
# Line 27  Line 26 
26     into the row index col. If symmetric is set, only the upper     into the row index col. If symmetric is set, only the upper
27     triangle of the matrix is stored. */     triangle of the matrix is stored. */
28    
29  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,  void Dudley_IndexList_insertElements(Dudley_IndexList * index_list, Dudley_ElementFile * elements,
30                                         bool_t reduce_row_order, index_t* row_map,                       bool_t reduce_row_order, index_t * row_map,
31                                         bool_t reduce_col_order, index_t* col_map) {                       bool_t reduce_col_order, index_t * col_map)
32    /* index_list is an array of linked lists. Each entry is a row (DOF) and contains the indices to the non-zero columns */  {
33    index_t color;      /* index_list is an array of linked lists. Each entry is a row (DOF) and contains the indices to the non-zero columns */
34    Finley_ReferenceElement*refElement;      index_t color;
35    dim_t e, kr, kc, NN_row, NN_col, icol, irow, NN, *row_node=NULL, *col_node=NULL, isub, numSub;      dim_t e, kr, kc, NN_row, NN_col, icol, irow, NN;
36    if (elements!=NULL) {      if (elements != NULL)
37      NN=elements->numNodes;      {
38      refElement= Finley_ReferenceElementSet_borrowReferenceElement(elements->referenceElementSet, FALSE);      NN = elements->numNodes;
39              NN_col = (elements->numShapes);
40      if (reduce_col_order) {      NN_row = (elements->numShapes);
41            numSub=1;  
42            col_node=refElement->Type->linearNodes;      for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
43            NN_col=(refElement->LinearBasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;      {
44      } else {  #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
45            numSub=refElement->Type->numSubElements;          for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
46            col_node=refElement->Type->subElementNodes;          {
47            NN_col=(refElement->BasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;          if (elements->Color[e] == color)
48      }          {
49                for (kr = 0; kr < NN_row; kr++)
50      if (reduce_row_order) {              {
51            numSub=1;              irow = row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr, e, NN)]];
52            row_node=refElement->Type->linearNodes;              for (kc = 0; kc < NN_col; kc++)
53            NN_row=(refElement->LinearBasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;              {
54      } else {                  icol = col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc, e, NN)]];
55            numSub=refElement->Type->numSubElements;                  Dudley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]), icol);
56            row_node=refElement->Type->subElementNodes;              }
57            NN_row=(refElement->BasisFunctions->Type->numShapes) * (refElement->Type->numSides) ;              }
58      }          }
59            }
60      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {      }
61             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol,isub) schedule(static)      }
62             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {      return;
                if (elements->Color[e]==color) {  
                    for (isub=0;isub<numSub; isub++) {  
                        for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {  
                            irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(row_node[INDEX2(kr,isub,NN_row)],e,NN)]];  
                            for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {  
                                icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(col_node[INDEX2(kc,isub,NN_col)],e,NN)]];  
                                Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);  
                            }  
                        }  
                    }  
                }  
            }  
        }  
   }  
   return;  
63  }  }
64    
65    void Dudley_IndexList_insertElementsWithRowRange(Dudley_IndexList * index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,
66  void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,                           Dudley_ElementFile * elements, index_t * row_map, index_t * col_map)
                                                  Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)  
67  {  {
68  /* this does not resolve macro elements */  /* this does not resolve macro elements */
69      index_t color;      index_t color;
70    dim_t e,kr,kc,icol,irow, NN;      dim_t e, kr, kc, icol, irow, NN;
71    if (elements!=NULL) {      if (elements != NULL)
72      NN=elements->numNodes;      {
73      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {      NN = elements->numNodes;
74             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)      for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
75             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {      {
76                 if (elements->Color[e]==color) {  #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
77                     for (kr=0;kr<NN;kr++) {          for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
78                       irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];          {
79                       if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {          if (elements->Color[e] == color)
80                            irow-=firstRow;          {
81                            for (kc=0;kc<NN;kc++) {              for (kr = 0; kr < NN; kr++)
82                                icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];              {
83                                Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);              irow = row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr, e, NN)]];
84                            }              if ((firstRow <= irow) && (irow < lastRow))
85                        }              {
86                    }                  irow -= firstRow;
87                 }                  for (kc = 0; kc < NN; kc++)
88             }                  {
89      }                  icol = col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc, e, NN)]];
90    }                  Dudley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]), icol);
91  }                  }
92  void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,              }
93                                                                Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)              }
94  {          }
95    /* this does not resolve macro elements */          }
96    index_t color;      }
97    dim_t e,kr,kc,icol,irow, NN,irow_loc;      }
98    if (elements!=NULL) {  }
99      NN=elements->numNodes;  
100      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {  void Dudley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(Dudley_IndexList * index_list, index_t firstRow,
101             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol,irow_loc) schedule(static)                                     index_t lastRow, Dudley_ElementFile * elements,
102             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {                                     index_t * row_map, index_t * col_map)
103                 if (elements->Color[e]==color) {  {
104                     for (kr=0;kr<NN;kr++) {      /* this does not resolve macro elements */
105                       irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];      index_t color;
106                       if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {      dim_t e, kr, kc, icol, irow, NN, irow_loc;
107                            irow_loc=irow-firstRow;      if (elements != NULL)
108                            for (kc=0;kc<NN;kc++) {      {
109                                icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];      NN = elements->numNodes;
110                                if (icol != irow) Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow_loc]),icol);      for (color = elements->minColor; color <= elements->maxColor; color++)
111                            }      {
112                        }  #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol,irow_loc) schedule(static)
113                    }          for (e = 0; e < elements->numElements; e++)
114                 }          {
115             }          if (elements->Color[e] == color)
116      }          {
117    }              for (kr = 0; kr < NN; kr++)
118  }              {
119                irow = row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr, e, NN)]];
120  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */              if ((firstRow <= irow) && (irow < lastRow))
121                {
122  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley_IndexList* in, index_t index) {                  irow_loc = irow - firstRow;
123    dim_t i;                  for (kc = 0; kc < NN; kc++)
124    /* is index in in? */                  {
125    for (i=0;i<in->n;i++) {                  icol = col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc, e, NN)]];
126      if (in->index[i]==index)  return;                  if (icol != irow)
127    }                      Dudley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow_loc]), icol);
128    /* index could not be found */                  }
129    if (in->n==INDEXLIST_LENGTH) {              }
130       /* if in->index is full check the extension */              }
131       if (in->extension==NULL) {          }
132          in->extension=TMPMEMALLOC(1,Finley_IndexList);          }
133          if (Finley_checkPtr(in->extension)) return;      }
134          in->extension->n=0;      }
135          in->extension->extension=NULL;  }
136       }  
137       Finley_IndexList_insertIndex(in->extension,index);  /* inserts row index row into the Dudley_IndexList in if it does not exist */
138    } else {  
139       /* insert index into in->index*/  void Dudley_IndexList_insertIndex(Dudley_IndexList * in, index_t index)
140       in->index[in->n]=index;  {
141       in->n++;      dim_t i;
142    }      /* is index in in? */
143  }      for (i = 0; i < in->n; i++)
144        {
145  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */      if (in->index[i] == index)
146            return;
147  dim_t Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in, index_t range_min,index_t range_max) {      }
148    dim_t i;      /* index could not be found */
149    dim_t out=0;      if (in->n == INDEXLIST_LENGTH)
150    register index_t itmp;      {
151    if (in==NULL) {      /* if in->index is full check the extension */
152       return 0;      if (in->extension == NULL)
153    } else {      {
154      for (i=0;i<in->n;i++) {          in->extension = TMPMEMALLOC(1, Dudley_IndexList);
155            itmp=in->index[i];          if (Dudley_checkPtr(in->extension))
156            if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) ++out;          return;
157      }          in->extension->n = 0;
158       return out+Finley_IndexList_count(in->extension, range_min,range_max);          in->extension->extension = NULL;
159    }      }
160  }      Dudley_IndexList_insertIndex(in->extension, index);
161        }
162  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */      else
163        {
164  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, index_t* array, index_t range_min,index_t range_max, index_t index_offset) {      /* insert index into in->index */
165    dim_t i, ptr;      in->index[in->n] = index;
166    register index_t itmp;      in->n++;
167    if (in!=NULL) {      }
168      ptr=0;  }
169      for (i=0;i<in->n;i++) {  
170            itmp=in->index[i];  /* counts the number of row indices in the Dudley_IndexList in */
171            if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) {  
172               array[ptr]=itmp+index_offset;  dim_t Dudley_IndexList_count(Dudley_IndexList * in, index_t range_min, index_t range_max)
173               ptr++;  {
174            }      dim_t i;
175        dim_t out = 0;
176      }      register index_t itmp;
177      Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[ptr]), range_min, range_max, index_offset);      if (in == NULL)
178    }      {
179  }      return 0;
180        }
181  /* deallocates the Finley_IndexList in by recursive calls */      else
182        {
183  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexList* in) {      for (i = 0; i < in->n; i++)
184    if (in!=NULL) {      {
185      Finley_IndexList_free(in->extension);          itmp = in->index[i];
186      TMPMEMFREE(in);          if ((itmp >= range_min) && (range_max > itmp))
187    }          ++out;
188        }
189        return out + Dudley_IndexList_count(in->extension, range_min, range_max);
190        }
191    }
192    
193    /* count the number of row indices in the Dudley_IndexList in */
194    
195    void Dudley_IndexList_toArray(Dudley_IndexList * in, index_t * array, index_t range_min, index_t range_max,
196                      index_t index_offset)
197    {
198        dim_t i, ptr;
199        register index_t itmp;
200        if (in != NULL)
201        {
202        ptr = 0;
203        for (i = 0; i < in->n; i++)
204        {
205            itmp = in->index[i];
206            if ((itmp >= range_min) && (range_max > itmp))
207            {
208            array[ptr] = itmp + index_offset;
209            ptr++;
210            }
211    
212        }
213        Dudley_IndexList_toArray(in->extension, &(array[ptr]), range_min, range_max, index_offset);
214        }
215    }
216    
217    /* deallocates the Dudley_IndexList in by recursive calls */
218    
219    void Dudley_IndexList_free(Dudley_IndexList * in)
220    {
221        if (in != NULL)
222        {
223        Dudley_IndexList_free(in->extension);
224        TMPMEMFREE(in);
225        }
226  }  }
227    
228  /* creates a Paso_pattern from a range of indices */  /* creates a Paso_pattern from a range of indices */
229  Paso_Pattern* Finley_IndexList_createPattern(dim_t n0, dim_t n,Finley_IndexList* index_list,index_t range_min,index_t range_max,index_t index_offset)  Paso_Pattern *Dudley_IndexList_createPattern(dim_t n0, dim_t n, Dudley_IndexList * index_list, index_t range_min,
230                             index_t range_max, index_t index_offset)
231  {  {
232     dim_t *ptr=NULL;      dim_t *ptr = NULL;
233     register dim_t s,i,itmp;      register dim_t s, i, itmp;
234     index_t *index=NULL;      index_t *index = NULL;
235     Paso_Pattern* out=NULL;      Paso_Pattern *out = NULL;
236    
237     ptr=MEMALLOC(n+1-n0,index_t);      ptr = MEMALLOC(n + 1 - n0, index_t);
238     if (! Finley_checkPtr(ptr) ) {      if (!Dudley_checkPtr(ptr))
239         /* get the number of connections per row */      {
240         #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)      /* get the number of connections per row */
241         for(i=n0;i<n;++i) {  #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)
242                ptr[i-n0]=Finley_IndexList_count(&index_list[i],range_min,range_max);      for (i = n0; i < n; ++i)
243         }      {
244         /* accumulate ptr */          ptr[i - n0] = Dudley_IndexList_count(&index_list[i], range_min, range_max);
245         s=0;      }
246         for(i=n0;i<n;++i) {      /* accumulate ptr */
247                 itmp=ptr[i-n0];      s = 0;
248                 ptr[i-n0]=s;      for (i = n0; i < n; ++i)
249                 s+=itmp;      {
250         }          itmp = ptr[i - n0];
251         ptr[n-n0]=s;          ptr[i - n0] = s;
252         /* fill index */          s += itmp;
253         index=MEMALLOC(ptr[n-n0],index_t);      }
254         if (! Finley_checkPtr(index)) {      ptr[n - n0] = s;
255                #pragma omp parallel for schedule(static)      /* fill index */
256                for(i=n0;i<n;++i) {      index = MEMALLOC(ptr[n - n0], index_t);
257                    Finley_IndexList_toArray(&index_list[i],&index[ptr[i-n0]],range_min,range_max,index_offset);      if (!Dudley_checkPtr(index))
258                }      {
259                out=Paso_Pattern_alloc(PATTERN_FORMAT_DEFAULT,n-n0,range_max+index_offset,ptr,index);  #pragma omp parallel for schedule(static)
260         }          for (i = n0; i < n; ++i)
261    }          {
262    if (! Finley_noError()) {          Dudley_IndexList_toArray(&index_list[i], &index[ptr[i - n0]], range_min, range_max, index_offset);
263          MEMFREE(ptr);          }
264          MEMFREE(index);          out = Paso_Pattern_alloc(MATRIX_FORMAT_DEFAULT, n - n0, range_max + index_offset, ptr, index);
265          Paso_Pattern_free(out);      }
266    }      }
267    return out;      if (!Dudley_noError())
268        {
269        MEMFREE(ptr);
270        MEMFREE(index);
271        Paso_Pattern_free(out);
272        }
273        return out;
274  }  }

Legend:
Removed from v.3080  
changed lines
  Added in v.3911

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26