# Diff of /trunk/dudley/src/IndexList.cpp

revision 971 by ksteube, Wed Feb 14 04:40:49 2007 UTC revision 2551 by gross, Thu Jul 23 09:19:15 2009 UTC
# Line 1  Line 1
/*
************************************************************
*          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *
*                                                          *
*              http://www.access.edu.au                    *
*       Primary Business: Queensland, Australia            *
*                                                          *
************************************************************
*/
1
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2009 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
11    *
12    *******************************************************/
13
/* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */
14
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16
17  /*  Author: gross@access.edu.au */  /* Finley: Converting an element list into a matrix shape     */
/*  Version: \$Id\$ */
18
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20
21  #include "IndexList.h"  #include "IndexList.h"
22
23    /* Translate from distributed/local array indices to global indices */
24
25  /**************************************************************/  /**************************************************************/
26  /* inserts the contributions from the element matrices of elements  /* inserts the contributions from the element matrices of elements
27     into the row index col. If symmetric is set, only the upper     into the row index col. If symmetric is set, only the upper
28     triangle of the matrix is stored. */     triangle of the matrix is stored. */
29
30  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,  void Finley_IndexList_insertElements(Finley_IndexList* index_list, Finley_ElementFile* elements,
31                                         bool_t reduce_row_order, index_t* row_Label,                                         bool_t reduce_row_order, index_t* row_map,
32                                         bool_t reduce_col_order, index_t* col_Label) {                                         bool_t reduce_col_order, index_t* col_map) {
33    index_t color;    /* index_list is an array of linked lists. Each entry is a row (DOF) and contains the indices to the non-zero columns */
34    dim_t e,kr,kc,NN_row,NN_col,i,icol,irow;    index_t color, *id=NULL;
35      dim_t e,kr,kc,NN_row,NN_col,i,icol,irow, NN, *row_node=NULL,*col_node=NULL;
36    if (elements!=NULL) {    if (elements!=NULL) {
37      dim_t NN=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;      NN=elements->numNodes;
38      index_t id[NN],*row_node,*col_node;      id=TMPMEMALLOC(NN, index_t);
39      for (i=0;i<NN;i++) id[i]=i;      if (! Finley_checkPtr(id) ) {
40      if (reduce_col_order) {         for (i=0;i<NN;i++) id[i]=i;
41         col_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;         if (reduce_col_order) {
42         NN_col=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;            col_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
43      } else {            NN_col=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;
44         col_node=id;         } else {
45         NN_col=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;            col_node=id;
46              NN_col=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;
47           }
48           if (reduce_row_order) {
49              row_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
50              NN_row=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;
51           } else {
52              row_node=id;
53              NN_row=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;
54           }
55           for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
56               #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
57               for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
58                   if (elements->Color[e]==color) {
59                       for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {
60                         irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];
61                         for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {
62                              icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];
63                              Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);
64                         }
65                       }
66                   }
67               }
68           }
69           TMPMEMFREE(id);
70      }      }
71      if (reduce_row_order) {    }
72         row_node=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;    return;
73         NN_row=elements->LinearReferenceElement->Type->numNodes;  }
74      } else {
75         row_node=id;  void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,
76         NN_row=elements->ReferenceElement->Type->numNodes;                                                   Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)
77    {
78      index_t color;
79      dim_t e,kr,kc,icol,irow, NN;
80      if (elements!=NULL) {
81        NN=elements->numNodes;
82        for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
83               #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)
84               for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
85                   if (elements->Color[e]==color) {
86                       for (kr=0;kr<NN;kr++) {
87                         irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];
88                         if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {
89                              irow-=firstRow;
90                              for (kc=0;kc<NN;kc++) {
91                                  icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];
92                                  Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);
93                              }
94                          }
95                      }
96                   }
97               }
98      }      }
99      }
100    }
101    void Finley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(Finley_IndexList* index_list, index_t firstRow, index_t lastRow,
102                                                                  Finley_ElementFile* elements, index_t* row_map, index_t* col_map)
103    {
104      index_t color;
105      dim_t e,kr,kc,icol,irow, NN,irow_loc;
106      if (elements!=NULL) {
107        NN=elements->numNodes;
108      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {      for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
109          #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol) schedule(static)             #pragma omp for private(e,irow,kr,kc,icol,irow_loc) schedule(static)
110          for (e=0;e<elements->numElements;e++) {             for (e=0;e<elements->numElements;e++) {
111              if (elements->Color[e]==color) {                 if (elements->Color[e]==color) {
112                  for (kr=0;kr<NN_row;kr++) {                     for (kr=0;kr<NN;kr++) {
113                    irow=row_Label[elements->Nodes[INDEX2(row_node[kr],e,NN)]];                       irow=row_map[elements->Nodes[INDEX2(kr,e,NN)]];
114                    for (kc=0;kc<NN_col;kc++) {                       if ((firstRow<=irow) && (irow < lastRow)) {
115                         icol=col_Label[elements->Nodes[INDEX2(col_node[kc],e,NN)]];                            irow_loc=irow-firstRow;
116                         Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow]),icol);                            for (kc=0;kc<NN;kc++) {
117                                  icol=col_map[elements->Nodes[INDEX2(kc,e,NN)]];
118                                  if (icol != irow) Finley_IndexList_insertIndex(&(index_list[irow_loc]),icol);
119                              }
120                          }
121                    }                    }
122                  }                 }
123              }             }
124          }      }
}
125    }    }
return;
126  }  }
127
128  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */  /* inserts row index row into the Finley_IndexList in if it does not exist */
# Line 97  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley Line 152  void Finley_IndexList_insertIndex(Finley
152
153  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */  /* counts the number of row indices in the Finley_IndexList in */
154
155  dim_t Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in) {  dim_t Finley_IndexList_count(Finley_IndexList* in, index_t range_min,index_t range_max) {
156      dim_t i;
157      dim_t out=0;
158      register index_t itmp;
159    if (in==NULL) {    if (in==NULL) {
160       return 0;       return 0;
161    } else {    } else {
162       return (in->n)+Finley_IndexList_count(in->extension);      for (i=0;i<in->n;i++) {
163              itmp=in->index[i];
164              if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) ++out;
165        }
166         return out+Finley_IndexList_count(in->extension, range_min,range_max);
167    }    }
168  }  }
169
170  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */  /* count the number of row indices in the Finley_IndexList in */
171
172  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, index_t* array) {  void Finley_IndexList_toArray(Finley_IndexList* in, index_t* array, index_t range_min,index_t range_max, index_t index_offset) {
173    dim_t i;    dim_t i, ptr;
174      register index_t itmp;
175    if (in!=NULL) {    if (in!=NULL) {
176      for (i=0;i<in->n;i++) array[i]=in->index[i];      ptr=0;
177      Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[in->n]));      for (i=0;i<in->n;i++) {
178              itmp=in->index[i];
179              if ((itmp>=range_min) && (range_max>itmp)) {
180                 array[ptr]=itmp+index_offset;
181                 ptr++;
182              }
183
184        }
185        Finley_IndexList_toArray(in->extension,&(array[ptr]), range_min, range_max, index_offset);
186    }    }
187  }  }
188
# Line 124  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexL Line 195  void Finley_IndexList_free(Finley_IndexL
195    }    }
196  }  }
197
198  /*  /* creates a Paso_pattern from a range of indices */
199   * \$Log\$  Paso_Pattern* Finley_IndexList_createPattern(dim_t n0, dim_t n,Finley_IndexList* index_list,index_t range_min,index_t range_max,index_t index_offset)
200   * Revision 1.6  2005/09/15 03:44:22  jgs  {
201   * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-15     dim_t *ptr=NULL;
202   *     register dim_t s,i,itmp;
203   * Revision 1.5.2.1  2005/09/07 06:26:18  gross     index_t *index=NULL;
204   * the solver from finley are put into the standalone package paso now     Paso_Pattern* out=NULL;
205   *
206   * Revision 1.5  2005/07/08 04:07:51  jgs     ptr=MEMALLOC(n+1-n0,index_t);
207   * Merge of development branch back to main trunk on 2005-07-08     if (! Finley_checkPtr(ptr) ) {
208   *         /* get the number of connections per row */
209   * Revision 1.4  2004/12/15 07:08:32  jgs         #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)
210   * *** empty log message ***         for(i=n0;i<n;++i) {
211   * Revision 1.1.1.1.2.3  2005/06/29 02:34:50  gross                ptr[i-n0]=Finley_IndexList_count(&index_list[i],range_min,range_max);
212   * some changes towards 64 integers in finley         }
213   *         /* accumulate ptr */
214   * Revision 1.1.1.1.2.2  2004/11/24 01:37:13  gross         s=0;
215   * some changes dealing with the integer overflow in memory allocation. Finley solves 4M unknowns now         for(i=n0;i<n;++i) {
216   *                 itmp=ptr[i-n0];
217   *                 ptr[i-n0]=s;
218   *                 s+=itmp;
219   */         }
220           ptr[n-n0]=s;
221           /* fill index */
222           index=MEMALLOC(ptr[n-n0],index_t);
223           if (! Finley_checkPtr(index)) {
224                  #pragma omp parallel for schedule(static)
225                  for(i=n0;i<n;++i) {
226                      Finley_IndexList_toArray(&index_list[i],&index[ptr[i-n0]],range_min,range_max,index_offset);
227                  }
228                  out=Paso_Pattern_alloc(PATTERN_FORMAT_DEFAULT,n-n0,range_max+index_offset,ptr,index);
229           }
230      }
231      if (! Finley_noError()) {
232            MEMFREE(ptr);
233            MEMFREE(index);
234            Paso_Pattern_free(out);
235      }
236      return out;
237    }

Legend:
 Removed from v.971 changed lines Added in v.2551