/[escript]/trunk/dudley/src/Mesh_optimizeDOFDistribution.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/dudley/src/Mesh_optimizeDOFDistribution.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1552 by gross, Thu May 8 08:52:41 2008 UTC revision 1763 by gross, Mon Sep 8 02:47:55 2008 UTC
# Line 26  Line 26 
26  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
27  #include <omp.h>  #include <omp.h>
28  #endif  #endif
29  #ifdef PARMETIS  #ifdef USE_PARMETIS
30  #include "parmetis.h"  #include "parmetis.h"
31  #endif  #endif
32    
# Line 73  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution Line 73  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution
73       if (!(Finley_checkPtr(partition) || Finley_checkPtr(xyz) || Finley_checkPtr(partition_count) || Finley_checkPtr(partition_count) || Finley_checkPtr(newGlobalDOFID) || Finley_checkPtr(setNewDOFId))) {       if (!(Finley_checkPtr(partition) || Finley_checkPtr(xyz) || Finley_checkPtr(partition_count) || Finley_checkPtr(partition_count) || Finley_checkPtr(newGlobalDOFID) || Finley_checkPtr(setNewDOFId))) {
74           dim_t *recvbuf=TMPMEMALLOC(mpiSize*mpiSize,dim_t);           dim_t *recvbuf=TMPMEMALLOC(mpiSize*mpiSize,dim_t);
75    
76           /* set the coordinates: *?           /* set the coordinates: */
77           /* it is assumed that at least one node on this processor provides a coordinate */           /* it is assumed that at least one node on this processor provides a coordinate */
78           #pragma omp parallel for private(i,j,k)           #pragma omp parallel for private(i,j,k)
79           for (i=0;i<in->Nodes->numNodes;++i) {           for (i=0;i<in->Nodes->numNodes;++i) {
# Line 96  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution Line 96  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution
96                }                }
97            /* ksteube build CSR format */            /* ksteube build CSR format */
98                /*  insert contributions from element matrices into colums index index_list: */                /*  insert contributions from element matrices into colums index index_list: */
99                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,
100                                                            in->Elements,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,                                                                          in->Elements,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,
101                                                            in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);                                                                          in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);
102                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,
103                                                            in->FaceElements,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,                                                                          in->FaceElements,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,
104                                                            in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);                                                                          in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);
105                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,
106                                                            in->ContactElements,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,                                                                          in->ContactElements,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,
107                                                            in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);                                                                          in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);
108                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRange(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,                Finley_IndexList_insertElementsWithRowRangeNoMainDiagonal(index_list, myFirstVertex, myLastVertex,
109                                                            in->Points,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,                                                                          in->Points,in->Nodes->globalDegreesOfFreedom,
110                                                            in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);                                                                          in->Nodes->globalDegreesOfFreedom);
111             }             }
112                        
113             /* create the local matrix pattern */             /* create the local matrix pattern */
# Line 121  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution Line 121  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution
121    
122             if (Finley_noError()) {             if (Finley_noError()) {
123    
124  #ifdef PARMETIS  #ifdef USE_PARMETIS
125    
126            if (in->MPIInfo->size>1) {            if (in->MPIInfo->size>1) {
127           int i;           int i;
128           int wgtflag = 0;           int wgtflag = 0;
# Line 133  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution Line 134  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution
134           float *ubvec = TMPMEMALLOC(ncon,float);           float *ubvec = TMPMEMALLOC(ncon,float);
135           for (i=0; i<ncon*mpiSize; i++) tpwgts[i] = 1.0/(float)mpiSize;           for (i=0; i<ncon*mpiSize; i++) tpwgts[i] = 1.0/(float)mpiSize;
136           for (i=0; i<ncon; i++) ubvec[i] = 1.05;           for (i=0; i<ncon; i++) ubvec[i] = 1.05;
137           options[0] = 0;           options[0] = 3;
138           options[1] = 15;           options[1] = 15;
139    
140    {
141    int k=distribution[in->MPIInfo->rank+1]-distribution[in->MPIInfo->rank];
142    int min_i,max_i;
143    printf("INPUT PARMETIS: %d\n",k);
144    for(i=0;i<in->MPIInfo->size+1;++i) printf("%d ",distribution[i]);
145    printf("\n");
146    min_i=pattern->index[0];
147    max_i=pattern->index[0];
148    for(i=0;i<pattern->ptr[k];++i) {
149    min_i=MIN(min_i,pattern->index[i]);
150    max_i=MAX(max_i,pattern->index[i]);
151    }
152    printf("index range = %d : %d\n",min_i,max_i);
153    
154    for(i=0;i<k+1;++i) printf("%d ",pattern->ptr[i]);
155    printf("\n");
156    /*
157    for(i=0;i<pattern->ptr[k];++i) printf("%d ",pattern->index[i]);
158    printf("\n");
159    */
160    }
161    
162           ParMETIS_V3_PartGeomKway(distribution,           ParMETIS_V3_PartGeomKway(distribution,
163                                   pattern->ptr,                                   pattern->ptr,
164                                   pattern->index,                                   pattern->index,
# Line 152  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution Line 176  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution
176                                   &edgecut,                                   &edgecut,
177                                   partition,             /* new CPU ownership of elements */                                   partition,             /* new CPU ownership of elements */
178                                   &(in->MPIInfo->comm));                                   &(in->MPIInfo->comm));
179           printf("ParMETIS number of edges cut by partitioning: %d\n", edgecut);           printf("ParMETIS number of edges cut by partitioning per processor: %d\n", edgecut/MAX(in->MPIInfo->size,1));
180                   TMPMEMFREE(ubvec);                   TMPMEMFREE(ubvec);
181                   TMPMEMFREE(tpwgts);                   TMPMEMFREE(tpwgts);
182            } else {            } else {
# Line 234  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution Line 258  void Finley_Mesh_optimizeDOFDistribution
258                }                }
259             }             }
260             for (i=0;i<mpiSize+1;++i) distribution[i]=new_distribution[i];             for (i=0;i<mpiSize+1;++i) distribution[i]=new_distribution[i];
   
             
261           }           }
262           TMPMEMFREE(index_list);           TMPMEMFREE(index_list);
263       }       }

Legend:
Removed from v.1552  
changed lines
  Added in v.1763

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26