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revision 906 by gross, Tue Nov 21 05:34:15 2006 UTC revision 926 by gross, Fri Jan 12 06:31:37 2007 UTC
# Line 27  from sys import stdout Line 27  from sys import stdout
27  import numarray  import numarray
28  import operator  import operator
29  import itertools  import itertools
 # import modellib  temporarily removed!!!  
30    
31  # import the 'set' module if it's not defined (python2.3/2.4 difference)  # import the 'set' module if it's not defined (python2.3/2.4 difference)
32  try:  try:
# Line 37  except NameError: Line 36  except NameError:
36    
37  from xml.dom import minidom  from xml.dom import minidom
38    
 def dataNode(document, tagName, data):  
     """  
     C{dataNode}s are the building blocks of the xml documents constructed in  
     this module.    
       
     @param document: the current xml document  
     @param tagName: the associated xml tag  
     @param data: the values in the tag  
     """  
     t = document.createTextNode(str(data))  
     n = document.createElement(tagName)  
     n.appendChild(t)  
     return n  
   
 def esysDoc():  
     """  
     Global method for creating an instance of an EsysXML document.  
     """  
     doc = minidom.Document()  
     esys = doc.createElement('ESys')  
     doc.appendChild(esys)  
     return doc, esys  
39    
40  def all(seq):  def all(seq):
41      for x in seq:      for x in seq:
# Line 72  def any(seq): Line 49  def any(seq):
49              return True              return True
50      return False      return False
51    
 LinkableObjectRegistry = {}  
   
 def registerLinkableObject(obj_id, o):  
     LinkableObjectRegistry[obj_id] = o  
   
 LinkRegistry = []  
   
 def registerLink(obj_id, l):  
     LinkRegistry.append((obj_id,l))  
   
 def parse(xml):  
     """  
     Generic parse method for EsysXML.  Without this, Links don't work.  
     """  
     global LinkRegistry, LinkableObjectRegistry  
     LinkRegistry = []  
     LinkableObjectRegistry = {}  
   
     doc = minidom.parseString(xml)  
     sim = getComponent(doc.firstChild)  
     for obj_id, link in LinkRegistry:  
         link.target = LinkableObjectRegistry[obj_id]  
   
     return sim  
   
52  def importName(modulename, name):  def importName(modulename, name):
53      """ Import a named object from a module in the context of this function,      """ Import a named object from a module in the context of this function,
54          which means you should use fully qualified module paths.          which means you should use fully qualified module paths.
           
55          Return None on failure.          Return None on failure.
56    
57          This function from: http://aspn.activestate.com/ASPN/Cookbook/Python/Recipe/52241          This function from: http://aspn.activestate.com/ASPN/Cookbook/Python/Recipe/52241
# Line 112  def importName(modulename, name): Line 63  def importName(modulename, name):
63      except KeyError:      except KeyError:
64          raise ImportError("Could not import %s from %s" % (name, modulename))          raise ImportError("Could not import %s from %s" % (name, modulename))
65    
66  def getComponent(doc):  class ESySXMLParser(object):
     """  
     Used to get components of Simualtions, Models.  
67      """      """
68      for node in doc.childNodes:      parser for ESysXML file
69                """
70          if isinstance(node, minidom.Element):      def __init__(self,xml, debug=False):
71              if node.tagName == 'Simulation':        self.__dom = minidom.parseString(xml)
72                  if node.getAttribute("type") == 'Simulation':        self.__linkable_object_registry= {}
73                      return Simulation.fromDom(node)        self.__link_registry=  []
74              if node.tagName == 'Model':        self.__esys=self.__dom.firstChild
75                  if (node.getAttribute("module")):        self.debug=debug
76                      model_module = node.getAttribute("module")    
77                      model_type = node.getAttribute("type")      def getClassPath(self, node):
78                      return importName(model_module, model_type).fromDom(node)          type = node.getAttribute("type")
79                  else:          if (node.getAttribute("module")):
80                      model_type = node.getAttribute("type")              module = node.getAttribute("module")
81                      model_subclasses = Model.__subclasses__()              return importName(module, type)
82                      for model in model_subclasses:          else:
83                          if model_type == model.__name__:              return importName("__main__", type)
                             return Model.fromDom(node)  
             if node.tagName == 'ParameterSet':  
                 parameter_type = node.getAttribute("type")  
                 return ParameterSet.fromDom(node)  
             raise "Invalid simulation type, %r" % node.getAttribute("type")  
           
84    
85      raise ValueError("No Simulation Found")      def setLinks(self):
86                        for obj_id, link in self.__link_registry:
87                link.target = self.__linkable_object_registry[obj_id]
88    
89        def parse(self):
90           """
91           parser method for EsysXML and returns the list of generating ParameterSets
92           """
93           found=[]
94           for node in self.__esys.childNodes:
95               if isinstance(node, minidom.Element):
96                   if node.tagName == 'Simulation':
97                            found.append(Simulation.fromDom(self, node))
98                   elif node.tagName == 'Model':
99                            found.append(self.getClassPath(node).fromDom(self, node))
100                   elif node.tagName == 'ParameterSet':
101                            found.append(self.getClassPath(node).fromDom(self, node))
102                   else:
103                      raise "Invalid type, %r" % node.getAttribute("type")
104           self.setLinks()
105           return found
106    
107        def registerLink(self,obj_id, link):
108            self.__link_registry.append((int(obj_id),link))
109    
110        def registerLinkableObject(self,obj, node):
111            id_str=node.getAttribute('id').strip()
112            if len(id_str)>0:
113               id=int(id_str)
114               if self.__linkable_object_registry.has_key(id):
115                   raise ValueError("Object id %s already exists."%id)
116               else:
117                   self.__linkable_object_registry[id]=obj
118    
119        def getComponent(self, node):
120           """
121           returns a single component + rank from a simulation
122           parser method for EsysXML and returns the list of generating ParameterSets
123           """
124           rank  = int(node.getAttribute("rank"))
125           for n in node.childNodes:
126               if isinstance(n, minidom.Element):
127                   if n.tagName == 'Simulation':
128                            return (rank, Simulation.fromDom(self, n))
129                   elif n.tagName == 'Model':
130                            return (rank, self.getClassPath(n).fromDom(self, n))
131                   elif n.tagName == 'ParameterSet':
132                            return (rank, self.getClassPath(n).fromDom(self, n))
133                   else:
134                     raise ValueError("illegal component type %s"%n.tagName)
135           raise ValueError("cannot resolve Component")
136    
137    class ESySXMLCreator(object):
138        """
139        creates an XML Dom representation
140        """
141        def __init__(self):
142           self.__dom=minidom.Document()
143           self.__esys =self.__dom.createElement('ESys')
144           self.__dom.appendChild(self.__esys)
145           self.__linkable_object_registry={}
146           self.__number_sequence = itertools.count(100)
147        def getRoot(self):
148           return self.__esys
149        def createElement(self,name):
150          return self.__dom.createElement(name)
151        def createTextNode(self,name):
152          return self.__dom.createTextNode(name)
153        def getElementById(self,name):
154          return self.__dom.getElementById(name)
155        def createDataNode(self, tagName, data):
156              """
157              C{createDataNode}s are the building blocks of the xml documents constructed in
158              this module.  
159        
160              @param tagName: the associated xml tag
161              @param data: the values in the tag
162              """
163              n = self.createElement(tagName)
164              n.appendChild(self.createTextNode(str(data)))
165              return n
166        def getLinkableObjectId(self, obj):
167            for id, o in self.__linkable_object_registry.items():
168                if o == obj: return id
169            id =self.__number_sequence.next()
170            self.__linkable_object_registry[id]=obj
171            return id
172            
173        def registerLinkableObject(self, obj, node):
174            """
175            returns a unique object id for object obj
176            """
177            id=self.getLinkableObjectId(obj)
178            node.setAttribute('id',str(id))
179            node.setIdAttribute("id")
180    
181        def includeTargets(self):
182            target_written=True
183            while target_written:
184                targetsList =self.__dom.getElementsByTagName('Target')
185                target_written=False
186                for element in targetsList:
187                   targetId = int(element.firstChild.nodeValue.strip())
188                   if self.getElementById(str(targetId)): continue
189                   targetObj = self.__linkable_object_registry[targetId]
190                   targetObj.toDom(self, self.__esys)
191                   target_written=True
192    
193        def toprettyxml(self):
194            self.includeTargets()
195            return self.__dom.toprettyxml()
196    
197  class Link:  class Link:
198      """      """
199      A Link makes an attribute of an object callable::      A Link makes an attribute of an object callable::
# Line 161  class Link: Line 213  class Link:
213          self.target = target          self.target = target
214          self.attribute = None          self.attribute = None
215          self.setAttributeName(attribute)          self.setAttributeName(attribute)
216    
217        def getAttributeName(self):
218            """
219            returns the name of the attribute the link is pointing to
220            """
221            return self.attribute
222            
223      def setAttributeName(self,attribute):      def setAttributeName(self,attribute):
224          """          """
# Line 206  class Link: Line 264  class Link:
264          else:          else:
265              return out              return out
266    
267      def toDom(self, document, node):      def toDom(self, esysxml, node):
268          """          """
269          C{toDom} method of Link. Creates a Link node and appends it to the          C{toDom} method of Link. Creates a Link node and appends it to the
270      current XML document.      current XML esysxml.
271          """          """
272          link = document.createElement('Link')          link = esysxml.createElement('Link')
273          assert (self.target != None), ("Target was none, name was %r" % self.attribute)          assert (self.target != None), ("Target was none, name was %r" % self.attribute)
274          link.appendChild(dataNode(document, 'Target', self.target.id))          link.appendChild(esysxml.createDataNode('Target', esysxml.getLinkableObjectId(self.target)))
275          # this use of id will not work for purposes of being able to retrieve the intended          # this use of id will not work for purposes of being able to retrieve the intended
276          # target from the xml later. I need a better unique identifier.          # target from the xml later. I need a better unique identifier.
277          assert self.attribute, "You can't xmlify a Link without a target attribute"          assert self.attribute, "You can't xmlify a Link without a target attribute"
278          link.appendChild(dataNode(document, 'Attribute', self.attribute))          link.appendChild(esysxml.createDataNode('Attribute', self.attribute))
279          node.appendChild(link)          node.appendChild(link)
280    
281      def fromDom(cls, doc):      def fromDom(cls, esysxml, node):
282          targetid = doc.getElementsByTagName("Target")[0].firstChild.nodeValue.strip()          targetid = int(node.getElementsByTagName("Target")[0].firstChild.nodeValue.strip())
283          attribute = doc.getElementsByTagName("Attribute")[0].firstChild.nodeValue.strip()          attribute =str(node.getElementsByTagName("Attribute")[0].firstChild.nodeValue.strip())
284          l = cls(None, attribute)          l = cls(None, attribute)
285          registerLink(targetid, l)          esysxml.registerLink(targetid, l)
286          return l          return l
287    
288      fromDom = classmethod(fromDom)      fromDom = classmethod(fromDom)
289            
     def writeXML(self,ostream=stdout):  
         """  
         Writes an XML representation of self to the output stream ostream.  
         If ostream is nor present the standart output stream is used.  If  
         esysheader==True the esys XML header is written  
         """  
         print 'I got to the Link writeXML method'  
         document, rootnode = esysDoc()  
         self.toDom(document, rootnode)  
   
         ostream.write(document.toprettyxml())  
   
290  class LinkableObject(object):  class LinkableObject(object):
291      """      """
292      An object that allows to link its attributes to attributes of other objects      An object that allows to link its attributes to attributes of other objects
# Line 259  class LinkableObject(object): Line 305  class LinkableObject(object):
305      the return value of the call.      the return value of the call.
306      """      """
307        
     number_sequence = itertools.count(100)  
308            
309      def __init__(self, debug=False):      def __init__(self, id = None, debug=False):
310          """          """
311      Initializes LinkableObject so that we can operate on Links      Initializes LinkableObject so that we can operate on Links
312      """      """
313          self.debug = debug          self.debug = debug
314          self.__linked_attributes={}          self.__linked_attributes={}
315          self.id = self.number_sequence.next()          
         registerLinkableObject(self.id, self)  
   
316      def trace(self, msg):      def trace(self, msg):
317          """          """
318      If debugging is on, print the message, otherwise do nothing      If debugging is on, print the message, otherwise do nothing
# Line 397  class ParameterSet(LinkableObject): Line 440  class ParameterSet(LinkableObject):
440          self.declareParameters(parameters)          self.declareParameters(parameters)
441    
442      def __repr__(self):      def __repr__(self):
443          return "<%s %r>" % (self.__class__.__name__,          return "<%s %d>"%(self.__class__.__name__,id(self))
                             [(p, getattr(self, p, None)) for p in self.parameters])  
444            
445      def declareParameter(self,**parameters):      def declareParameter(self,**parameters):
446          """          """
# Line 461  class ParameterSet(LinkableObject): Line 503  class ParameterSet(LinkableObject):
503          except:          except:
504              pass              pass
505    
506      def toDom(self, document, node):      def toDom(self, esysxml, node):
507          """          """
508      C{toDom} method of ParameterSet class.      C{toDom} method of Model class
509      """      """
510          pset = document.createElement('ParameterSet')          pset = esysxml.createElement('ParameterSet')
511            pset.setAttribute('type', self.__class__.__name__)
512            pset.setAttribute('module', self.__class__.__module__)
513            esysxml.registerLinkableObject(self, pset)
514            self._parametersToDom(esysxml, pset)
515          node.appendChild(pset)          node.appendChild(pset)
         self._parametersToDom(document, pset)  
516    
517      def _parametersToDom(self, document, node):      def _parametersToDom(self, esysxml, node):
         node.setAttribute('id', str(self.id))  
         node.setIdAttribute("id")  
518          for name,value in self:          for name,value in self:
519              param = document.createElement('Parameter')              # convert list to numarray when possible:
520              param.setAttribute('type', value.__class__.__name__)              if isinstance (value, list):
521                    elem_type=-1
522                    for i in value:
523                        if isinstance(i, bool):
524                            elem_type = max(elem_type,0)
525                        if isinstance(i, int) and not isinstance(i, bool):
526                            elem_type = max(elem_type,1)
527                        if isinstance(i, float):
528                            elem_type = max(elem_type,2)
529                    if elem_type == 0: value = numarray.array(value,numarray.Bool)
530                    if elem_type == 1: value = numarray.array(value,numarray.Int)
531                    if elem_type == 2: value = numarray.array(value,numarray.Float)
532    
533              param.appendChild(dataNode(document, 'Name', name))              param = esysxml.createElement('Parameter')
534                param.setAttribute('type', value.__class__.__name__)
535    
536              val = document.createElement('Value')              param.appendChild(esysxml.createDataNode('Name', name))
537    
538                val = esysxml.createElement('Value')
539              if isinstance(value,(ParameterSet,Link,DataSource)):              if isinstance(value,(ParameterSet,Link,DataSource)):
540                  value.toDom(document, val)                  value.toDom(esysxml, val)
541                  param.appendChild(val)                  param.appendChild(val)
542              elif isinstance(value, numarray.NumArray):              elif isinstance(value, numarray.NumArray):
543                  shape = value.getshape()                  shape = value.getshape()
# Line 493  class ParameterSet(LinkableObject): Line 549  class ParameterSet(LinkableObject):
549                      shape = str(shape)                      shape = str(shape)
550    
551                  arraytype = value.type()                  arraytype = value.type()
552                  numarrayElement = document.createElement('NumArray')                  if isinstance(arraytype, numarray.BooleanType):
553                  numarrayElement.appendChild(dataNode(document, 'ArrayType', str(arraytype)))                        arraytype_str="Bool"
554                  numarrayElement.appendChild(dataNode(document, 'Shape', shape))                  elif isinstance(arraytype, numarray.IntegralType):
555                  numarrayElement.appendChild(dataNode(document, 'Data', ' '.join(                        arraytype_str="Int"
556                    elif isinstance(arraytype, numarray.FloatingType):
557                          arraytype_str="Float"
558                    elif isinstance(arraytype, numarray.ComplexType):
559                          arraytype_str="Complex"
560                    else:
561                          arraytype_str=str(arraytype)
562                    numarrayElement = esysxml.createElement('NumArray')
563                    numarrayElement.appendChild(esysxml.createDataNode('ArrayType', arraytype_str))
564                    numarrayElement.appendChild(esysxml.createDataNode('Shape', shape))
565                    numarrayElement.appendChild(esysxml.createDataNode('Data', ' '.join(
566                      [str(x) for x in numarray.reshape(value, size)])))                      [str(x) for x in numarray.reshape(value, size)])))
567                  val.appendChild(numarrayElement)                  val.appendChild(numarrayElement)
568                  param.appendChild(val)                  param.appendChild(val)
569              elif isinstance (value, list):              elif isinstance(value, list):
570                  param.appendChild(dataNode(document, 'Value', ' '.join(                  param.appendChild(esysxml.createDataNode('Value', ' '.join([str(x) for x in value]) ))
571                      [str(x) for x in value])              elif isinstance(value, (str, bool, int, float, type(None))):
572                  ))                  param.appendChild(esysxml.createDataNode('Value', str(value)))
573                elif isinstance(value, dict):
574                     dic = esysxml.createElement('dictionary')
575                     if len(value.keys())>0:
576                         dic.setAttribute('key_type', value.keys()[0].__class__.__name__)
577                         dic.setAttribute('value_type', value[value.keys()[0]].__class__.__name__)
578                     for k,v in value.items():
579                        i=esysxml.createElement('item')
580                        i.appendChild(esysxml.createDataNode('key', k))
581                        i.appendChild(esysxml.createDataNode('value', v))
582                        dic.appendChild(i)
583                     param.appendChild(dic)
584              else:              else:
585                  param.appendChild(dataNode(document, 'Value', str(value)))                  print value
586                    raise ValueError("cannot serialize %s type to XML."%str(value.__class__))
587    
588              node.appendChild(param)              node.appendChild(param)
589    
590      def fromDom(cls, doc):      def fromDom(cls, esysxml, node):
   
591          # Define a host of helper functions to assist us.          # Define a host of helper functions to assist us.
592          def _children(node):          def _children(node):
593              """              """
# Line 525  class ParameterSet(LinkableObject): Line 602  class ParameterSet(LinkableObject):
602                      ret.append(x)                      ret.append(x)
603              return ret              return ret
604    
605          def _floatfromValue(doc):          def _floatfromValue(esysxml, node):
606              return float(doc.nodeValue.strip())              return float(node.nodeValue.strip())
607    
608          def _stringfromValue(doc):          def _stringfromValue(esysxml, node):
609              return str(doc.nodeValue.strip())              return str(node.nodeValue.strip())
610                
611          def _intfromValue(doc):          def _intfromValue(esysxml, node):
612              return int(doc.nodeValue.strip())              return int(node.nodeValue.strip())
613    
614          def _boolfromValue(doc):          def _boolfromValue(esysxml, node):
615              return _boolfromstring(doc.nodeValue.strip())              return _boolfromstring(node.nodeValue.strip())
616    
617          def _nonefromValue(doc):          def _nonefromValue(esysxml, node):
618              return None              return None
619    
620          def _numarrayfromValue(doc):          def _numarrayfromValue(esysxml, node):
621              for node in _children(doc):              for node in _children(node):
622                  if node.tagName == 'ArrayType':                  if node.tagName == 'ArrayType':
623                      arraytype = node.firstChild.nodeValue.strip()                      arraytype = node.firstChild.nodeValue.strip()
624                  if node.tagName == 'Shape':                  if node.tagName == 'Shape':
# Line 553  class ParameterSet(LinkableObject): Line 630  class ParameterSet(LinkableObject):
630              return numarray.reshape(numarray.array(data, type=getattr(numarray, arraytype)),              return numarray.reshape(numarray.array(data, type=getattr(numarray, arraytype)),
631                                      shape)                                      shape)
632                
633          def _listfromValue(doc):          def _listfromValue(esysxml, node):
634              return [_boolfromstring(x) for x in doc.nodeValue.split()]              return [x for x in node.nodeValue.split()]
   
635    
636          def _boolfromstring(s):          def _boolfromstring(s):
637              if s == 'True':              if s == 'True':
# Line 577  class ParameterSet(LinkableObject): Line 653  class ParameterSet(LinkableObject):
653                      "NoneType":_nonefromValue,                      "NoneType":_nonefromValue,
654                      }                      }
655    
 #        print doc.toxml()  
   
656          parameters = {}          parameters = {}
657          for node in _children(doc):          for n in _children(node):
658              ptype = node.getAttribute("type")              ptype = n.getAttribute("type")
659                if not ptypemap.has_key(ptype):
660                   raise KeyError("cannot handle parameter type %s."%ptype)
661    
662              pname = pvalue = None              pname = pvalue = None
663              for childnode in _children(node):              for childnode in _children(n):
   
664                  if childnode.tagName == "Name":                  if childnode.tagName == "Name":
665                      pname = childnode.firstChild.nodeValue.strip()                      pname = childnode.firstChild.nodeValue.strip()
666    
667                  if childnode.tagName == "Value":                  if childnode.tagName == "Value":
668                      nodes = _children(childnode)                      nodes = _children(childnode)
669                  #    if ptype == 'NumArray':                      pvalue = ptypemap[ptype](esysxml, nodes[0])
                  #       pvalue = _numarrayfromValue(nodes)  
                  #   else:  
                     pvalue = ptypemap[ptype](nodes[0])  
670    
671              parameters[pname] = pvalue              parameters[pname] = pvalue
672    
673          # Create the instance of ParameterSet          # Create the instance of ParameterSet
674          o = cls()          o = cls(debug=esysxml.debug)
675          o.declareParameters(parameters)          o.declareParameters(parameters)
676          registerLinkableObject(doc.getAttribute("id"), o)          esysxml.registerLinkableObject(o, node)
677          return o          return o
678            
679      fromDom = classmethod(fromDom)      fromDom = classmethod(fromDom)
680        
681      def writeXML(self,ostream=stdout):      def writeXML(self,ostream=stdout):
682          """          """
683      Writes the object as an XML object into an output stream.      Writes the object as an XML object into an output stream.
684      """      """
685          # ParameterSet(d) with d[Name]=Value          esysxml=ESySXMLCreator()
686          document, node = esysDoc()          self.toDom(esysxml, esysxml.getRoot())
687          self.toDom(document, node)          ostream.write(esysxml.toprettyxml())
688          ostream.write(document.toprettyxml())      
   
689  class Model(ParameterSet):  class Model(ParameterSet):
690      """      """
691      A Model object represents a processess marching over time until a      A Model object represents a processess marching over time until a
# Line 641  class Model(ParameterSet): Line 712  class Model(ParameterSet):
712    
713      UNDEF_DT=1.e300      UNDEF_DT=1.e300
714    
715      def __init__(self,parameters=[],**kwarg):      def __init__(self,parameters=[],**kwargs):
716          """          """
717      Creates a model.      Creates a model.
718    
719          Just calls the parent constructor.          Just calls the parent constructor.
720          """          """
721          ParameterSet.__init__(self, parameters=parameters,**kwarg)          ParameterSet.__init__(self, parameters=parameters,**kwargs)
722    
723      def __str__(self):      def __str__(self):
724         return "<%s %d>"%(self.__class__,id(self))         return "<%s %d>"%(self.__class__.__name__,id(self))
725    
     def toDom(self, document, node):  
         """  
     C{toDom} method of Model class  
     """  
         pset = document.createElement('Model')  
         pset.setAttribute('type', self.__class__.__name__)  
         if not self.__class__.__module__.startswith('esys.escript'):  
             pset.setAttribute('module', self.__class__.__module__)  
         node.appendChild(pset)  
         self._parametersToDom(document, pset)  
726    
727      def doInitialization(self):      def doInitialization(self):
728          """          """
# Line 752  class Model(ParameterSet): Line 813  class Model(ParameterSet):
813          This function may be overwritten.          This function may be overwritten.
814      """      """
815          pass          pass
       
     def writeXML(self, ostream=stdout):  
         document, node = esysDoc()  
         self.toDom(document, node)  
         ostream.write(document.toprettyxml())  
       
816    
817        def toDom(self, esysxml, node):
818            """
819        C{toDom} method of Model class
820        """
821            pset = esysxml.createElement('Model')
822            pset.setAttribute('type', self.__class__.__name__)
823            pset.setAttribute('module', self.__class__.__module__)
824            esysxml.registerLinkableObject(self, pset)
825            node.appendChild(pset)
826            self._parametersToDom(esysxml, pset)
827        
828  class Simulation(Model):  class Simulation(Model):
829      """      """
830      A Simulation object is special Model which runs a sequence of Models.      A Simulation object is special Model which runs a sequence of Models.
# Line 777  class Simulation(Model): Line 843  class Simulation(Model):
843          """          """
844      Initiates a simulation from a list of models.      Initiates a simulation from a list of models.
845      """      """
846          Model.__init__(self, **kwargs)          super(Simulation, self).__init__(**kwargs)
847          self.__models=[]          self.__models=[]
848                    
849          for i in range(len(models)):          for i in range(len(models)):
# Line 824  class Simulation(Model): Line 890  class Simulation(Model):
890      """      """
891          return len(self.__models)          return len(self.__models)
892    
     def toDom(self, document, node):  
         """  
     C{toDom} method of Simulation class.  
     """  
         simulation = document.createElement('Simulation')  
         simulation.setAttribute('type', self.__class__.__name__)  
   
         for rank, sim in enumerate(self.iterModels()):  
             component = document.createElement('Component')  
             component.setAttribute('rank', str(rank))  
   
             sim.toDom(document, component)  
   
             simulation.appendChild(component)  
   
         node.appendChild(simulation)  
   
     def writeXML(self,ostream=stdout):  
         """  
     Writes the object as an XML object into an output stream.  
     """  
         document, rootnode = esysDoc()  
         self.toDom(document, rootnode)  
         targetsList = document.getElementsByTagName('Target')  
           
         for element in targetsList:  
             targetId = int(element.firstChild.nodeValue.strip())  
             if document.getElementById(str(targetId)):  
                 continue  
             targetObj = LinkableObjectRegistry[targetId]  
             targetObj.toDom(document, rootnode)  
         ostream.write(document.toprettyxml())  
893            
894      def getSafeTimeStepSize(self,dt):      def getSafeTimeStepSize(self,dt):
895          """          """
# Line 878  class Simulation(Model): Line 912  class Simulation(Model):
912          """          """
913      performs an iteration step in the initialization step for all models      performs an iteration step in the initialization step for all models
914      """      """
915          for o in self.iterModels():          iter=0
916               o.doInitialStep()          while not self.terminateInitialIteration():
917                if iter==0: self.trace("iteration for initialization starts")
918                iter+=1
919                self.trace("iteration step %d"%(iter))
920                for o in self.iterModels():
921                     o.doInitialStep()
922                if iter>self.MAX_ITER_STEPS:
923                     raise IterationDivergenceError("initial iteration did not converge after %s steps."%iter)
924            self.trace("Initialization finalized after %s iteration steps."%iter)
925    
926      def doInitialPostprocessing(self):      def doInitialPostprocessing(self):
927          """          """
# Line 974  class Simulation(Model): Line 1016  class Simulation(Model):
1016      C{Simulation.FAILED_TIME_STEPS_MAX} attempts.      C{Simulation.FAILED_TIME_STEPS_MAX} attempts.
1017          """          """
1018          self.doInitialization()          self.doInitialization()
1019          iter=0          self.doInitialStep()
         while not self.terminateInitialIteration():  
             self.doInitialStep()  
             iter+=1  
             if iter>self.MAX_ITER_STEPS:  
                  raise IterationDivergenceError("initial iteration did not converge after %s steps."%iter)  
1020          self.doInitialPostprocessing()          self.doInitialPostprocessing()
         self.trace("Initialization finalized after %s iteration steps."%iter)  
1021          dt=self.UNDEF_DT          dt=self.UNDEF_DT
1022          while not self.finalize():          while not self.finalize():
1023              step_fail_counter=0              step_fail_counter=0
# Line 1021  class Simulation(Model): Line 1057  class Simulation(Model):
1057                      self.writeXML()                      self.writeXML()
1058          self.doFinalization()          self.doFinalization()
1059    
     def fromDom(cls, doc):  
         sims = []  
         for node in doc.childNodes:  
             if isinstance(node, minidom.Text):  
                 continue  
1060    
1061              sims.append(getComponent(node))      def toDom(self, esysxml, node):
1062            """
1063        C{toDom} method of Simulation class.
1064        """
1065            simulation = esysxml.createElement('Simulation')
1066            esysxml.registerLinkableObject(self, simulation)
1067            for rank, sim in enumerate(self.iterModels()):
1068                component = esysxml.createElement('Component')
1069                component.setAttribute('rank', str(rank))
1070                sim.toDom(esysxml, component)
1071                simulation.appendChild(component)
1072            node.appendChild(simulation)
1073    
1074          return cls(sims)  
1075        def fromDom(cls, esysxml, node):
1076            sims = []
1077            for n in node.childNodes:
1078                if isinstance(n, minidom.Text):
1079                    continue
1080                sims.append(esysxml.getComponent(n))
1081            sims.sort(cmp=_comp)
1082            sim=cls([s[1] for s in sims], debug=esysxml.debug)
1083            esysxml.registerLinkableObject(sim, node)
1084            return sim
1085    
1086      fromDom = classmethod(fromDom)      fromDom = classmethod(fromDom)
1087    
1088    def _comp(a,b):
1089        if a[0]<a[1]:
1090          return 1
1091        elif a[0]>a[1]:
1092          return -1
1093        else:
1094          return 0
1095    
1096  class IterationDivergenceError(Exception):  class IterationDivergenceError(Exception):
1097      """      """
# Line 1072  class DataSource(object): Line 1131  class DataSource(object):
1131          self.uri = uri          self.uri = uri
1132          self.fileformat = fileformat          self.fileformat = fileformat
1133    
1134      def toDom(self, document, node):      def toDom(self, esysxml, node):
1135          """          """
1136          C{toDom} method of DataSource. Creates a DataSource node and appends it to the          C{toDom} method of DataSource. Creates a DataSource node and appends it to the
1137      current XML document.      current XML esysxml.
1138          """          """
1139          ds = document.createElement('DataSource')          ds = esysxml.createElement('DataSource')
1140          ds.appendChild(dataNode(document, 'URI', self.uri))          ds.appendChild(esysxml.createDataNode('URI', self.uri))
1141          ds.appendChild(dataNode(document, 'FileFormat', self.fileformat))          ds.appendChild(esysxml.createDataNode('FileFormat', self.fileformat))
1142          node.appendChild(ds)          node.appendChild(ds)
1143    
1144      def fromDom(cls, doc):      def fromDom(cls, esysxml, node):
1145          uri= doc.getElementsByTagName("URI")[0].firstChild.nodeValue.strip()          uri= str(node.getElementsByTagName("URI")[0].firstChild.nodeValue.strip())
1146          fileformat= doc.getElementsByTagName("FileFormat")[0].firstChild.nodeValue.strip()          fileformat= str(node.getElementsByTagName("FileFormat")[0].firstChild.nodeValue.strip())
1147          ds = cls(uri, fileformat)          ds = cls(uri, fileformat)
1148          return ds          return ds
1149    

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