/[escript]/trunk/escript/src/DataTagged.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/escript/src/DataTagged.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 513 by jgs, Mon Feb 13 04:46:51 2006 UTC revision 1141 by gross, Tue May 15 04:24:51 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  // $Id$  // $Id$
2    
3  /*  /*
4   ******************************************************************************   ************************************************************
5   *                                                                            *   *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *
6   *       COPYRIGHT  ACcESS 2004 -  All Rights Reserved                        *   *                                                          *
7   *                                                                            *   *              http://www.access.edu.au                    *
8   * This software is the property of ACcESS. No part of this code              *   *       Primary Business: Queensland, Australia            *
9   * may be copied in any form or by any means without the expressed written    *   *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *
10   * consent of ACcESS.  Copying, use or modification of this software          *   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *
11   * by any unauthorised person is illegal unless that person has a software    *   *                                                          *
12   * license agreement with ACcESS.                                             *   ************************************************************
  *                                                                            *  
  ******************************************************************************  
13  */  */
14    
15  #include "DataTagged.h"  #include "DataTagged.h"
16    
17  #include "DataConstant.h"  #include "DataConstant.h"
18  #include "DataException.h"  #include "DataException.h"
19    #ifdef USE_NETCDF
20    #include "netcdfcpp.h"
21    #endif
22    
23  using namespace std;  using namespace std;
24    
# Line 80  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpa Line 81  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpa
81    }    }
82  }  }
83    
84    DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
85                           const DataArrayView::ShapeType &shape,
86                           const TagListType& tags,
87                           const ValueType& data)
88      : DataAbstract(what)
89    {
90      // alternative constructor
91      // not unit_tested tested yet
92    
93      // copy the data
94      m_data=data;
95    
96      // create the view of the data
97      DataArrayView tempView(m_data,shape);
98      setPointDataView(tempView);
99    
100      // create the tag lookup map
101      for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {
102        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));
103      }
104    }
105    
106    
107  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other)  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other)
108    : DataAbstract(other.getFunctionSpace()),    : DataAbstract(other.getFunctionSpace()),
109    m_data(other.m_data),    m_data(other.m_data),
# Line 110  DataTagged::DataTagged(const DataConstan Line 134  DataTagged::DataTagged(const DataConstan
134    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);
135  }  }
136    
 void  
 DataTagged::reshapeDataPoint(const DataArrayView::ShapeType& shape)  
 {  
   // can only reshape a rank zero data point  
   if (getPointDataView().getRank()!=0) {  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - Can only reshape Data with data points of rank 0. "  
      << "This Data has data points with rank: "  
      << getPointDataView().getRank();  
     throw DataException(temp.str());  
   }  
   
   // allocate enough space for all values  
   DataArrayView::ValueType newData(DataArrayView::noValues(shape)*(m_offsetLookup.size()+1));  
   DataArrayView newView(newData,shape);  
   newView.copy(0,getDefaultValue()());  
   
   // loop through the tag values  
   DataMapType::iterator pos;  
   DataArrayView::ValueType::size_type tagOffset=DataArrayView::noValues(shape);  
   for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();pos++){  
     newView.copy(tagOffset,m_data[pos->second]);  
     pos->second=tagOffset;  
     tagOffset+=DataArrayView::noValues(shape);  
   }  
   m_data=newData;  
   DataArrayView temp(m_data,shape);  
   setPointDataView(temp);  
 }  
   
137  DataAbstract*  DataAbstract*
138  DataTagged::getSlice(const DataArrayView::RegionType& region) const  DataTagged::getSlice(const DataArrayView::RegionType& region) const
139  {  {
# Line 208  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* Line 202  DataTagged::setSlice(const DataAbstract*
202    // copy slice from other default value to this default value    // copy slice from other default value to this default value
203    getDefaultValue().copySliceFrom(otherTemp->getDefaultValue(), regionLoopRange);    getDefaultValue().copySliceFrom(otherTemp->getDefaultValue(), regionLoopRange);
204    
205    // loop through the tag values copying slices from other to this    // loop through tag values in other, adding any which aren't in this, using default value
206    DataMapType::const_iterator pos;    DataMapType::const_iterator pos;
207      for (pos=otherTemp->m_offsetLookup.begin();pos!=otherTemp->m_offsetLookup.end();pos++) {
208        if (!isCurrentTag(pos->first)) {
209          addTaggedValue(pos->first,getDefaultValue());
210        }
211      }
212    
213      // loop through the tag values copying slices from other to this
214    for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();pos++) {    for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();pos++) {
215      getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(otherTemp->getDataPointByTag(pos->first), regionLoopRange);      getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(otherTemp->getDataPointByTag(pos->first), regionLoopRange);
216    }    }
# Line 363  DataTagged::toString() const Line 364  DataTagged::toString() const
364      tempView.setOffset(i->second);      tempView.setOffset(i->second);
365      temp << tempView.toString() << endl;      temp << tempView.toString() << endl;
366    }    }
367    return temp.str();    return string(temp.str());
368  }  }
369    
370  DataArrayView::ValueType::size_type  DataArrayView::ValueType::size_type
# Line 414  DataTagged::extractData(ifstream& archiv Line 415  DataTagged::extractData(ifstream& archiv
415  {  {
416    return(m_data.extractData(archiveFile, noValues));    return(m_data.extractData(archiveFile, noValues));
417  }  }
418    void
419    DataTagged::symmetric(DataAbstract* ev)
420    {
421      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
422      if (temp_ev==0) {
423        throw DataException("Error - DataTagged::symmetric casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
424      }
425      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
426      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
427      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
428      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
429          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
430          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
431          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
432          DataArrayView::symmetric(thisView,0,evView,0);
433      }
434      DataArrayView::symmetric(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);
435    }
436    void
437    DataTagged::nonsymmetric(DataAbstract* ev)
438    {
439      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
440      if (temp_ev==0) {
441        throw DataException("Error - DataTagged::nonsymmetric casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
442      }
443      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
444      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
445      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
446      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
447          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
448          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
449          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
450          DataArrayView::nonsymmetric(thisView,0,evView,0);
451      }
452      DataArrayView::nonsymmetric(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);
453    }
454    void
455    DataTagged::trace(DataAbstract* ev, int axis_offset)
456    {
457      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
458      if (temp_ev==0) {
459        throw DataException("Error - DataTagged::trace casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
460      }
461      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
462      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
463      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
464      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
465          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
466          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
467          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
468          DataArrayView::trace(thisView,0,evView,0, axis_offset);
469      }
470      DataArrayView::trace(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis_offset);
471    }
472    
473    void
474    DataTagged::transpose(DataAbstract* ev, int axis_offset)
475    {
476      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
477      if (temp_ev==0) {
478        throw DataException("Error - DataTagged::transpose casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
479      }
480      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
481      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
482      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
483      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
484          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
485          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
486          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
487          DataArrayView::transpose(thisView,0,evView,0, axis_offset);
488      }
489      DataArrayView::transpose(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis_offset);
490    }
491    
492    void
493    DataTagged::swapaxes(DataAbstract* ev, int axis0, int axis1)
494    {
495      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
496      if (temp_ev==0) {
497        throw DataException("Error - DataTagged::swapaxes casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
498      }
499      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
500      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
501      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
502      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
503          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
504          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
505          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
506          DataArrayView::swapaxes(thisView,0,evView,0,axis0,axis1);
507      }
508      DataArrayView::swapaxes(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis0,axis1);
509    }
510    
511    void
512    DataTagged::eigenvalues(DataAbstract* ev)
513    {
514      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
515      if (temp_ev==0) {
516        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
517      }
518      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
519      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
520      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
521      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
522          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
523          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
524          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
525          DataArrayView::eigenvalues(thisView,0,evView,0);
526      }
527      DataArrayView::eigenvalues(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);
528    }
529    void
530    DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors(DataAbstract* ev,DataAbstract* V,const double tol)
531    {
532      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
533      if (temp_ev==0) {
534        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
535      }
536      DataTagged* temp_V=dynamic_cast<DataTagged*>(V);
537      if (temp_V==0) {
538        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
539      }
540      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
541      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
542      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
543      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
544          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
545          temp_V->addTaggedValue(i->first,temp_V->getDefaultValue());
546          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
547          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
548          DataArrayView VView=temp_V->getDataPointByTag(i->first);
549          DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(thisView,0,evView,0,VView,0,tol);
550      }
551      DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(getDefaultValue(),0,
552                                                  temp_ev->getDefaultValue(),0,
553                                                  temp_V->getDefaultValue(),0,
554                                                  tol);
555    
556    
557    }
558    
559    void
560    DataTagged::setToZero(){
561        DataArrayView::ValueType::size_type n=m_data.size();
562        for (int i=0; i<n ;++i) m_data[i]=0.;
563    }
564    
565    void
566    DataTagged::dump(const std::string fileName) const
567    {
568       #ifdef PASO_MPI
569       throw DataException("Error - DataTagged:: dump is not implemented for MPI yet.")
570       #endif
571       #ifdef USE_NETCDF
572       const int ldims=DataArrayView::maxRank+1;
573       const NcDim* ncdims[ldims];
574       NcVar *var, *tags_var;
575       int rank = getPointDataView().getRank();
576       int type=  getFunctionSpace().getTypeCode();
577       int ndims =0;
578       long dims[ldims];
579       const double* d_ptr=&(m_data[0]);
580       DataArrayView::ShapeType shape = getPointDataView().getShape();
581    
582       // netCDF error handler
583       NcError err(NcError::verbose_nonfatal);
584       // Create the file.
585       NcFile dataFile(fileName.c_str(), NcFile::Replace);
586       // check if writing was successful
587       if (!dataFile.is_valid())
588            throw DataException("Error - DataTagged:: opening of netCDF file for output failed.");
589       if (!dataFile.add_att("type_id",1) )
590            throw DataException("Error - DataTagged:: appending data type to netCDF file failed.");
591       if (!dataFile.add_att("rank",rank) )
592            throw DataException("Error - DataTagged:: appending rank attribute to netCDF file failed.");
593       if (!dataFile.add_att("function_space_type",type))
594            throw DataException("Error - DataTagged:: appending function space attribute to netCDF file failed.");
595       ndims=rank+1;
596       if ( rank >0 ) {
597           dims[0]=shape[0];
598           if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("d0",shape[0])) )
599                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 0 to netCDF file failed.");
600       }
601       if ( rank >1 ) {
602           dims[1]=shape[1];
603           if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("d1",shape[1])) )
604                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 1 to netCDF file failed.");
605       }
606       if ( rank >2 ) {
607           dims[2]=shape[2];
608           if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("d2", shape[2])) )
609                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 2 to netCDF file failed.");
610       }
611       if ( rank >3 ) {
612           dims[3]=shape[3];
613           if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("d3", shape[3])) )
614                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 3 to netCDF file failed.");
615       }
616       const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
617       DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
618       DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
619       int ntags=1;
620       for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) ntags++;
621       int* tags =(int*) malloc(ntags*sizeof(int));
622       int c=1;
623       tags[0]=-1;
624       for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) tags[c++]=i->first;
625       dims[rank]=ntags;
626       if (! (ncdims[rank] = dataFile.add_dim("num_tags", dims[rank])) )
627       {
628           free(tags);
629               throw DataException("Error - DataTagged:: appending num_tags to netCDF file failed.");
630       }
631       if (! ( tags_var = dataFile.add_var("tags", ncInt, ncdims[rank])) )
632       {
633        free(tags);
634            throw DataException("Error - DataTagged:: appending tags to netCDF file failed.");
635       }
636       if (! (tags_var->put(tags,dims[rank])) )
637       {
638        free(tags);
639            throw DataException("Error - DataTagged:: copy tags to netCDF buffer failed.");
640       }
641       if (! ( var = dataFile.add_var("data", ncDouble, ndims, ncdims)) )
642       {
643        free(tags);
644            throw DataException("Error - DataTagged:: appending variable to netCDF file failed.");
645       }
646       if (! (var->put(d_ptr,dims)) )
647       {
648        free(tags);
649            throw DataException("Error - DataTagged:: copy data to netCDF buffer failed.");
650       }
651       #else
652       throw DataException("Error - DataTagged:: dump is not configured with netCDF. Please contact your installation manager.");
653       #endif
654    }
655  }  // end of namespace  }  // end of namespace

Legend:
Removed from v.513  
changed lines
  Added in v.1141

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26