/[escript]/trunk/escript/src/DataTagged.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/escript/src/DataTagged.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1455 by phornby, Thu Feb 28 17:19:44 2008 UTC revision 1872 by jfenwick, Mon Oct 13 00:18:55 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
 /* $Id$ */  
   
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3   *  *
4   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF  * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland
5   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *                http://esscc.uq.edu.au  *
8   *        Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
9   *  Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
10   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11   *  *
12   *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14    
15    #include "Data.h"
16  #include "DataTagged.h"  #include "DataTagged.h"
17    #include "esysUtils/esys_malloc.h"
18    
19  #include "DataConstant.h"  #include "DataConstant.h"
20  #include "DataException.h"  #include "DataException.h"
21  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
22  #include <netcdfcpp.h>  #include <netcdfcpp.h>
23  #endif  #endif
24    #ifdef PASO_MPI
25    #include <mpi.h>
26    #endif
27    #include "DataMaths.h"
28    
29  using namespace std;  using namespace std;
30    
31  namespace escript {  namespace escript {
32    
33  DataTagged::DataTagged()  DataTagged::DataTagged()
34    : DataAbstract(FunctionSpace())    : DataAbstract(FunctionSpace(),DataTypes::scalarShape)
35  {  {
36    // default constructor    // default constructor
37    
38    // create a scalar default value    // create a scalar default value
39    m_data.resize(1,0.,1);    m_data.resize(1,0.,1);
40    DataArrayView temp(m_data,DataArrayView::ShapeType());  /*  DataArrayView temp(m_data,DataTypes::ShapeType());
41    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);*/
42  }  }
43    
44  DataTagged::DataTagged(const TagListType& tagKeys,  // DataTagged::DataTagged(const TagListType& tagKeys,
45                 const ValueListType& values,  //             const ValueListType& values,
46                 const DataArrayView& defaultValue,  //             const DataArrayView& defaultValue,
47                 const FunctionSpace& what)  //             const FunctionSpace& what)
48    : DataAbstract(what)  //   : DataAbstract(what)
49  {  // {
50    // constructor  //   // constructor
51    //
52    // initialise the array of data values  //   // initialise the array of data values
53    // the default value is always the first item in the values list  //   // the default value is always the first item in the values list
54    int len = defaultValue.noValues();  //   int len = defaultValue.noValues();
55    m_data.resize(len,0.,len);  //   m_data.resize(len,0.,len);
56    for (int i=0; i<defaultValue.noValues(); i++) {  //   for (int i=0; i<defaultValue.noValues(); i++) {
57      m_data[i]=defaultValue.getData(i);  //     m_data[i]=defaultValue.getData(i);
58    }  //   }
59    //
60    // create the data view  //   // create the data view
61    DataArrayView temp(m_data,defaultValue.getShape());  //   DataArrayView temp(m_data,defaultValue.getShape());
62    setPointDataView(temp);  //   setPointDataView(temp);
63    //
64    // add remaining tags and values  //   // add remaining tags and values
65    addTaggedValues(tagKeys,values);  //   addTaggedValues(tagKeys,values);
66  }  // }
67    
68  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
69                         const DataArrayView::ShapeType &shape,                         const DataTypes::ShapeType &shape,
70                         const int tags[],                         const int tags[],
71                         const ValueType& data)                         const ValueType& data)
72    : DataAbstract(what)    : DataAbstract(what,shape)
73  {  {
74    // alternative constructor    // alternative constructor
75    // not unit_tested tested yet    // not unit_tested tested yet
76      // It is not explicitly unit tested yet, but it is called from DataFactory
77    
78      if (!what.canTag())
79      {
80        throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
81      }
82    // copy the data    // copy the data
83    m_data=data;    m_data=data;
84    
85    // create the view of the data    // create the view of the data
86    DataArrayView tempView(m_data,shape);  //   DataArrayView tempView(m_data,shape);
87    setPointDataView(tempView);  //   setPointDataView(tempView);
88    
89      // we can't rely on the tag array to give us the number of tags so
90      // use the data we have been passed
91      int valsize=DataTypes::noValues(shape);
92      int ntags=data.size()/valsize;
93    
94    // create the tag lookup map    // create the tag lookup map
95    for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {    // we assume that the first value and first tag are the default value so we skip
96      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));    for (int i=1;i<ntags;++i)
97      {
98        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tags[i],i*valsize));
99    }    }
100  }  }
101    
102  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
103                         const DataArrayView::ShapeType &shape,                         const DataTypes::ShapeType &shape,
104                         const TagListType& tags,                         const TagListType& tags,
105                         const ValueType& data)                         const ValueType& data)
106    : DataAbstract(what)    : DataAbstract(what,shape)
107  {  {
108    // alternative constructor    // alternative constructor
109    // not unit_tested tested yet  
110      if (!what.canTag())
111      {
112        throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
113      }
114    
115    // copy the data    // copy the data
116    m_data=data;    m_data=data;
117    
118    // create the view of the data    // create the view of the data
119    DataArrayView tempView(m_data,shape);  //   DataArrayView tempView(m_data,shape);
120    setPointDataView(tempView);  //   setPointDataView(tempView);
121    
122      // create the tag lookup map
123    
124    //   for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {
125    //     m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));
126    //   }
127    
128      // The above code looks like it will create a map the wrong way around
129    
130      int valsize=DataTypes::noValues(shape);
131      int npoints=(data.size()/valsize)-1;
132      int ntags=tags.size();
133      if (ntags>npoints)
134      {     // This throw is not unit tested yet
135        throw DataException("Programming error - Too many tags for the supplied values.");
136      }
137    
138    // create the tag lookup map    // create the tag lookup map
139    for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {    // we assume that the first value is the default value so we skip it (hence the i+1 below)
140      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));    for (int i=0;i<ntags;++i)
141      {
142        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tags[i],(i+1)*valsize));
143    }    }
144  }  }
145    
146    
147  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other)  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other)
148    : DataAbstract(other.getFunctionSpace()),    : DataAbstract(other.getFunctionSpace(),other.getShape()),
149    m_data(other.m_data),    m_data(other.m_data),
150    m_offsetLookup(other.m_offsetLookup)    m_offsetLookup(other.m_offsetLookup)
151  {  {
152    // copy constructor    // copy constructor
153    
154    // create the data view    // create the data view
155    DataArrayView temp(m_data,other.getPointDataView().getShape());  //   DataArrayView temp(m_data,other.getPointDataView().getShape());
156    setPointDataView(temp);  //   setPointDataView(temp);
157  }  }
158    
159  DataTagged::DataTagged(const DataConstant& other)  DataTagged::DataTagged(const DataConstant& other)
160    : DataAbstract(other.getFunctionSpace())    : DataAbstract(other.getFunctionSpace(),other.getShape())
161  {  {
162    // copy constructor    // copy constructor
163    
164      if (!other.getFunctionSpace().canTag())
165      {
166        throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
167      }
168    
169    // fill the default value with the constant value item from "other"    // fill the default value with the constant value item from "other"
170    const DataArrayView& value=other.getPointDataView();  //   const DataArrayView& value=other.getPointDataView();
171    int len = value.noValues();    int len = other.getNoValues();
172    m_data.resize(len,0.,len);    m_data.resize(len,0.,len);
173    for (int i=0; i<value.noValues(); i++) {    for (int i=0; i<len; i++) {
174      m_data[i]=value.getData(i);      m_data[i]=other.getVector()[i];
175    }    }
176    
177    // create the data view  //   // create the data view
178    DataArrayView temp(m_data,value.getShape());  //   DataArrayView temp(m_data,value.getShape());
179    setPointDataView(temp);  //   setPointDataView(temp);
180    }
181    
182    
183    // Create a new object by copying tags
184    DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
185                 const DataTypes::ShapeType& shape,
186             const DataTypes::ValueType& defaultvalue,
187                 const DataTagged* tagsource)
188     : DataAbstract(what,shape)
189    {
190    // This constructor has not been unit tested yet
191    
192      if (defaultvalue.size()!=DataTypes::noValues(shape)) {
193        throw DataException("Programming error - defaultvalue does not match supplied shape.");
194      }
195    
196    
197      if (!what.canTag())
198      {
199        throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
200      }
201    
202      if (tagsource!=0)
203      {
204        int numtags=tagsource->getTagLookup().size();
205        //  m_offsetLookup.reserve(tagsource.getTagLookup().size());
206        m_data.resize(defaultvalue.size(),0.);  // since this is tagged data, we should have blocksize=1
207    
208           DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
209           for (i=tagsource->getTagLookup().begin();i!=tagsource->getTagLookup().end();i++) {
210          addTag(i->first);
211           }
212      }
213      else
214      {
215        m_data.resize(defaultvalue.size());
216      }
217    
218    
219    
220      // need to set the default value ....
221      for (int i=0; i<defaultvalue.size(); i++) {
222         m_data[i]=defaultvalue[i];
223      }
224    }
225    
226    DataAbstract*
227    DataTagged::deepCopy()
228    {
229      return new DataTagged(*this);
230  }  }
231    
232  DataAbstract*  DataAbstract*
233  DataTagged::getSlice(const DataArrayView::RegionType& region) const  DataTagged::getSlice(const DataTypes::RegionType& region) const
234  {  {
235    return new DataTagged(*this, region);    return new DataTagged(*this, region);
236  }  }
237    
238  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other,  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other,
239                 const DataArrayView::RegionType& region)                 const DataTypes::RegionType& region)
240    : DataAbstract(other.getFunctionSpace())    : DataAbstract(other.getFunctionSpace(),DataTypes::getResultSliceShape(region))
241  {  {
242    // slice constructor    // slice constructor
243    
244    // get the shape of the slice to copy from other    // get the shape of the slice to copy from other
245    DataArrayView::ShapeType regionShape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));    DataTypes::ShapeType regionShape(DataTypes::getResultSliceShape(region));
246    DataArrayView::RegionLoopRangeType regionLoopRange=getSliceRegionLoopRange(region);    DataTypes::RegionLoopRangeType regionLoopRange=DataTypes::getSliceRegionLoopRange(region);
247    
248    // allocate enough space in this for all values    // allocate enough space in this for all values
249    // (need to add one to allow for the default value)    // (need to add one to allow for the default value)
250    int len = DataArrayView::noValues(regionShape)*(other.m_offsetLookup.size()+1);    int len = DataTypes::noValues(regionShape)*(other.m_offsetLookup.size()+1);
251    m_data.resize(len,0.0,len);    m_data.resize(len,0.0,len);
252    
253    // create the data view    // create the data view
254    DataArrayView temp(m_data,regionShape);  //   DataArrayView temp(m_data,regionShape);
255    setPointDataView(temp);  //   setPointDataView(temp);
256    
257    // copy the default value from other to this    // copy the default value from other to this
258    getDefaultValue().copySlice(other.getDefaultValue(), regionLoopRange);  //   getDefaultValue().copySlice(other.getDefaultValue(), regionLoopRange);
259      const DataTypes::ShapeType& otherShape=other.getShape();
260      const DataTypes::ValueType& otherData=other.getVector();
261      DataTypes::copySlice(getVector(),getShape(),getDefaultOffset(),otherData,otherShape,other.getDefaultOffset(), regionLoopRange);
262    
263    // loop through the tag values copying these    // loop through the tag values copying these
264    DataMapType::const_iterator pos;    DataMapType::const_iterator pos;
265    DataArrayView::ValueType::size_type tagOffset=getPointDataView().noValues();    DataTypes::ValueType::size_type tagOffset=getNoValues();
266    for (pos=other.m_offsetLookup.begin();pos!=other.m_offsetLookup.end();pos++){    for (pos=other.m_offsetLookup.begin();pos!=other.m_offsetLookup.end();pos++){
267      getPointDataView().copySlice(tagOffset,other.getPointDataView(),pos->second,regionLoopRange);  //     getPointDataView().copySlice(tagOffset,other.getPointDataView(),pos->second,regionLoopRange);
268        DataTypes::copySlice(m_data,getShape(),tagOffset,otherData, otherShape, pos->second, regionLoopRange);
269      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(pos->first,tagOffset));      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(pos->first,tagOffset));
270      tagOffset+=getPointDataView().noValues();      tagOffset+=getNoValues();
271    }    }
272  }  }
273    
274  void  void
275  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* other,  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* other,
276                       const DataArrayView::RegionType& region)                       const DataTypes::RegionType& region)
277  {  {
278    
279    // other must be another DataTagged object    // other must be another DataTagged object
# Line 186  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* Line 284  DataTagged::setSlice(const DataAbstract*
284    }    }
285    
286    // determine shape of the specified region    // determine shape of the specified region
287    DataArrayView::ShapeType regionShape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));    DataTypes::ShapeType regionShape(DataTypes::getResultSliceShape(region));
288    
289    // modify region specification as needed to match rank of this object    // modify region specification as needed to match rank of this object
290    DataArrayView::RegionLoopRangeType regionLoopRange=getSliceRegionLoopRange(region);    DataTypes::RegionLoopRangeType regionLoopRange=DataTypes::getSliceRegionLoopRange(region);
291    
292    // ensure rank/shape of this object is compatible with specified region    // ensure rank/shape of this object is compatible with specified region
293    if (getPointDataView().getRank()!=region.size()) {    if (getRank()!=region.size()) {
294      throw DataException("Error - Invalid slice region.");      throw DataException("Error - Invalid slice region.");
295    }    }
296    if (otherTemp->getPointDataView().getRank()>0 && !other->getPointDataView().checkShape(regionShape)) {    if (otherTemp->getRank()>0 && !DataTypes::checkShape(other->getShape(),regionShape)) {
297      throw DataException (other->getPointDataView().createShapeErrorMessage(      throw DataException (DataTypes::createShapeErrorMessage(
298                           "Error - Couldn't copy slice due to shape mismatch.",regionShape));                           "Error - Couldn't copy slice due to shape mismatch.",regionShape,other->getShape()));
299    }    }
300    
301      const DataTypes::ValueType& otherData=otherTemp->getVector();
302      const DataTypes::ShapeType& otherShape=otherTemp->getShape();
303    // copy slice from other default value to this default value    // copy slice from other default value to this default value
304    getDefaultValue().copySliceFrom(otherTemp->getDefaultValue(), regionLoopRange);  //   getDefaultValue().copySliceFrom(otherTemp->getDefaultValue(), regionLoopRange);
305      DataTypes::copySliceFrom(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),otherData,otherShape,otherTemp->getDefaultOffset(),regionLoopRange);
306    
307    // loop through tag values in other, adding any which aren't in this, using default value    // loop through tag values in other, adding any which aren't in this, using default value
308    DataMapType::const_iterator pos;    DataMapType::const_iterator pos;
309    for (pos=otherTemp->m_offsetLookup.begin();pos!=otherTemp->m_offsetLookup.end();pos++) {    for (pos=otherTemp->m_offsetLookup.begin();pos!=otherTemp->m_offsetLookup.end();pos++) {
310      if (!isCurrentTag(pos->first)) {      if (!isCurrentTag(pos->first)) {
311        addTaggedValue(pos->first,getDefaultValue());        addTag(pos->first);
312      }      }
313    }    }
314    
315    // loop through the tag values copying slices from other to this    // loop through the tag values copying slices from other to this
316    for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();pos++) {    for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();pos++) {
317      getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(otherTemp->getDataPointByTag(pos->first), regionLoopRange);  //     getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(otherTemp->getDataPointByTag(pos->first), regionLoopRange);
318        DataTypes::copySliceFrom(m_data,getShape(),getOffsetForTag(pos->first),otherData, otherShape, otherTemp->getOffsetForTag(pos->first), regionLoopRange);
319    
320    }    }
321    
322  }  }
# Line 248  DataTagged::getTagNumber(int dpno) Line 351  DataTagged::getTagNumber(int dpno)
351    return(tagNo);    return(tagNo);
352  }  }
353    
354    // void
355    // DataTagged::setTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
356    //                             const ValueListType& values)
357    // {
358    //   addTaggedValues(tagKeys,values);
359    // }
360    
361  void  void
362  DataTagged::setTaggedValues(const TagListType& tagKeys,  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,
363                              const ValueListType& values)                 const DataTypes::ShapeType& pointshape,
364  {                             const ValueType& value,
365    addTaggedValues(tagKeys,values);                 int dataOffset)
366    {
367      if (!DataTypes::checkShape(getShape(), pointshape)) {
368          throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
369                              "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", pointshape,getShape()));
370      }
371      DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
372      if (pos==m_offsetLookup.end()) {
373        // tag couldn't be found so use addTaggedValue
374        addTaggedValue(tagKey,pointshape, value, dataOffset);
375      } else {
376        // copy the values into the data array at the offset determined by m_offsetLookup
377        int offset=pos->second;
378        for (int i=0; i<getNoValues(); i++) {
379          m_data[offset+i]=value[i+dataOffset];
380        }
381      }
382  }  }
383    
384    
385    /*
386  void  void
387  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,
388                             const DataArrayView& value)                             const DataArrayView& value)
389  {  {
390    if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {    if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {
391        throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(        throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
392                            "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));                            "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape(),getShape()));
393    }    }
394    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
395    if (pos==m_offsetLookup.end()) {    if (pos==m_offsetLookup.end()) {
# Line 274  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey, Line 402  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,
402        m_data[offset+i]=value.getData(i);        m_data[offset+i]=value.getData(i);
403      }      }
404    }    }
405    }*/
406    
407    // void
408    // DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
409    //                             const ValueListType& values)
410    // {
411    //   if (values.size()==0) {
412    //     // copy the current default value for each of the tags
413    //     TagListType::const_iterator iT;
414    //     for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
415    //       // the point data view for DataTagged points at the default value
416    //       addTaggedValue(*iT,getPointDataView());
417    //     }
418    //   } else if (values.size()==1 && tagKeys.size()>1) {
419    //     // assume the one given value will be used for all tag values
420    //     TagListType::const_iterator iT;
421    //     for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
422    //       addTaggedValue(*iT,values[0]);
423    //     }
424    //   } else {
425    //     if (tagKeys.size()!=values.size()) {
426    //       stringstream temp;
427    //       temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()
428    //     << " doesn't match number of values: " << values.size();
429    //       throw DataException(temp.str());
430    //     } else {
431    //       unsigned int i;
432    //       for (i=0;i<tagKeys.size();i++) {
433    //         addTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);
434    //       }
435    //     }
436    //   }
437    // }
438    
439    
440    void
441    DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
442                                const ValueBatchType& values,
443                                const ShapeType& vShape)
444    {
445      DataTypes::ValueType t(values.size(),0);
446      for (size_t i=0;i<values.size();++i)
447      {
448        t[i]=values[i];
449      }
450      addTaggedValues(tagKeys,t,vShape);
451  }  }
452    
453    
454    // Note: The check to see if vShape==our shape is done in the addTaggedValue method
455  void  void
456  DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,  DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
457                              const ValueListType& values)                              const ValueType& values,
458                                const ShapeType& vShape)
459  {  {
460      int n=getNoValues();
461      int numVals=values.size()/n;
462    if (values.size()==0) {    if (values.size()==0) {
463      // copy the current default value for each of the tags      // copy the current default value for each of the tags
464      TagListType::const_iterator iT;      TagListType::const_iterator iT;
465      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
466        // the point data view for DataTagged points at the default value        // the point data view for DataTagged points at the default value
467        addTaggedValue(*iT,getPointDataView());        addTag(*iT);
468      }      }
469    } else if (values.size()==1 && tagKeys.size()>1) {    } else if (numVals==1 && tagKeys.size()>1) {
470      // assume the one given value will be used for all tag values      // assume the one given value will be used for all tag values
471      TagListType::const_iterator iT;      TagListType::const_iterator iT;
472      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
473        addTaggedValue(*iT,values[0]);        addTaggedValue(*iT, vShape, values,0);
474      }      }
475    } else {    } else {
476      if (tagKeys.size()!=values.size()) {      if (tagKeys.size()!=numVals) {
477        stringstream temp;        stringstream temp;
478        temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()        temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()
479         << " doesn't match number of values: " << values.size();         << " doesn't match number of values: " << values.size();
480        throw DataException(temp.str());        throw DataException(temp.str());
481      } else {      } else {
482        unsigned int i;        unsigned int i;
483        for (i=0;i<tagKeys.size();i++) {        int offset=0;
484          addTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);        for (i=0;i<tagKeys.size();i++ ,offset+=n) {
485            addTaggedValue(tagKeys[i],vShape,values,offset);
486        }        }
487      }      }
488    }    }
489  }  }
490    
491    
492    
493    
494  void  void
495  DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,  DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,
496                             const DataArrayView& value)                 const DataTypes::ShapeType& pointshape,
497  {                             const ValueType& value,
498    if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {                 int dataOffset)
499      throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(  {
500                          "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));    if (!DataTypes::checkShape(getShape(), pointshape)) {
501        throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
502                            "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", pointshape,getShape()));
503    }    }
504    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
505    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
506      // tag already exists so use setTaggedValue      // tag already exists so use setTaggedValue
507      setTaggedValue(tagKey,value);      setTaggedValue(tagKey,pointshape, value, dataOffset);
508    } else {    } else {
509      // save the key and the location of its data in the lookup tab      // save the key and the location of its data in the lookup tab
510      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));
# Line 328  DataTagged::addTaggedValue(int tagKey, Line 513  DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,
513      // all the old values plus the value to be added back into m_data      // all the old values plus the value to be added back into m_data
514      ValueType m_data_temp(m_data);      ValueType m_data_temp(m_data);
515      int oldSize=m_data.size();      int oldSize=m_data.size();
516      int newSize=m_data.size()+value.noValues();      int newSize=m_data.size()+getNoValues();
517      m_data.resize(newSize,0.,newSize);      m_data.resize(newSize,0.,newSize);
518      for (int i=0;i<oldSize;i++) {      for (int i=0;i<oldSize;i++) {
519        m_data[i]=m_data_temp[i];        m_data[i]=m_data_temp[i];
520      }      }
521      for (int i=0;i<value.noValues();i++) {      for (int i=0;i<getNoValues();i++) {
522        m_data[oldSize+i]=value.getData(i);        m_data[oldSize+i]=value[i+dataOffset];
523      }      }
524    }    }
525  }  }
526    
527    
528    
529    
530    // void
531    // DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,
532    //                            const DataArrayView& value)
533    // {
534    //   if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {
535    //     throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
536    //                         "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape(),getShape()));
537    //   }
538    //   DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
539    //   if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
540    //     // tag already exists so use setTaggedValue
541    //     setTaggedValue(tagKey,value);
542    //   } else {
543    //     // save the key and the location of its data in the lookup tab
544    //     m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));
545    //     // add the data given in "value" at the end of m_data
546    //     // need to make a temp copy of m_data, resize m_data, then copy
547    //     // all the old values plus the value to be added back into m_data
548    //     ValueType m_data_temp(m_data);
549    //     int oldSize=m_data.size();
550    //     int newSize=m_data.size()+value.noValues();
551    //     m_data.resize(newSize,0.,newSize);
552    //     for (int i=0;i<oldSize;i++) {
553    //       m_data[i]=m_data_temp[i];
554    //     }
555    //     for (int i=0;i<value.noValues();i++) {
556    //       m_data[oldSize+i]=value.getData(i);
557    //     }
558    //   }
559    // }
560    
561    
562    void
563    DataTagged::addTag(int tagKey)
564    {
565      DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
566      if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
567        // tag already exists so use setTaggedValue
568    //    setTaggedValue(tagKey,value);
569      } else {
570        // save the key and the location of its data in the lookup tab
571        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));
572        // add the data given in "value" at the end of m_data
573        // need to make a temp copy of m_data, resize m_data, then copy
574        // all the old values plus the value to be added back into m_data
575        ValueType m_data_temp(m_data);
576        int oldSize=m_data.size();
577        int newSize=m_data.size()+getNoValues();
578        m_data.resize(newSize,0.,newSize);
579        for (int i=0;i<oldSize;i++) {
580          m_data[i]=m_data_temp[i];
581        }
582        for (int i=0;i<getNoValues();i++) {
583          m_data[oldSize+i]=m_data[m_defaultValueOffset+i];
584        }
585      }
586    }
587    
588    
589  double*  double*
590  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)
591  {  {
# Line 355  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag) Line 602  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)
602  string  string
603  DataTagged::toString() const  DataTagged::toString() const
604  {  {
605      using namespace escript::DataTypes;
606      string empty="";
607    stringstream temp;    stringstream temp;
608    DataMapType::const_iterator i;    DataMapType::const_iterator i;
609    temp << "Tag(Default)" << endl;    temp << "Tag(Default)" << endl;
610    temp << getDefaultValue().toString() << endl;    temp << pointToString(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),empty) << endl;
611    // create a temporary view as the offset will be changed    // create a temporary view as the offset will be changed
612    DataArrayView tempView(getPointDataView().getData(), getPointDataView().getShape());  //   DataArrayView tempView(getPointDataView().getData(), getPointDataView().getShape());
613    for (i=m_offsetLookup.begin();i!=m_offsetLookup.end();++i) {    for (i=m_offsetLookup.begin();i!=m_offsetLookup.end();++i) {
614      temp << "Tag(" << i->first << ")" << endl;      temp << "Tag(" << i->first << ")" << endl;
615      tempView.setOffset(i->second);      temp << pointToString(m_data,getShape(),i->second,empty) << endl;
616      temp << tempView.toString() << endl;  //     tempView.setOffset(i->second);
617    //     temp << tempView.toString() << endl;
618    }    }
619    return temp.str();    return temp.str();
620  }  }
621    
622  DataArrayView::ValueType::size_type  DataTypes::ValueType::size_type
623  DataTagged::getPointOffset(int sampleNo,  DataTagged::getPointOffset(int sampleNo,
624                             int dataPointNo) const                             int dataPointNo) const
625  {  {
626    int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);    int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);
627    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
628    DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;    DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
629    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
630      offset=pos->second;      offset=pos->second;
631    }    }
632    return offset;    return offset;
633  }  }
634    
635  DataArrayView  // DataArrayView
636  DataTagged::getDataPointByTag(int tag) const  // DataTagged::getDataPointByTag(int tag) const
637    // {
638    //   DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
639    //   DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
640    //   if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
641    //     offset=pos->second;
642    //   }
643    //   DataArrayView temp(getPointDataView());
644    //   temp.setOffset(offset);
645    //   return temp;
646    // }
647    //
648    
649    
650    DataTypes::ValueType::size_type
651    DataTagged::getOffsetForTag(int tag) const
652  {  {
653    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
654    DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;    DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
655    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
656      offset=pos->second;      offset=pos->second;
657    }    }
658    DataArrayView temp(getPointDataView());    return offset;
   temp.setOffset(offset);  
   return temp;  
659  }  }
660    
661  DataArrayView  DataTypes::ValueType::const_reference
662  DataTagged::getDataPoint(int sampleNo,  DataTagged::getDataByTag(int tag, DataTypes::ValueType::size_type i) const
                          int dataPointNo)  
663  {  {
664    EsysAssert(validSampleNo(sampleNo),"(getDataPoint) Invalid sampleNo: " << sampleNo);    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
665    int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);    DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
666    return getDataPointByTag(tagKey);    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
667        offset=pos->second;
668      }
669      return m_data[offset+i];
670    /*  DataArrayView temp(getPointDataView());
671      temp.setOffset(offset);
672      return temp.getData()[offset+i];*/
673  }  }
674    
 int  
 DataTagged::archiveData(ofstream& archiveFile,  
                         const DataArrayView::ValueType::size_type noValues) const  
 {  
   return(m_data.archiveData(archiveFile, noValues));  
 }  
675    
676  int  DataTypes::ValueType::reference
677  DataTagged::extractData(ifstream& archiveFile,  DataTagged::getDataByTag(int tag, DataTypes::ValueType::size_type i)
                         const DataArrayView::ValueType::size_type noValues)  
678  {  {
679    return(m_data.extractData(archiveFile, noValues));    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
680      DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
681      if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
682        offset=pos->second;
683      }
684      return m_data[offset+i];
685    /*  DataArrayView temp(getPointDataView());
686      temp.setOffset(offset);
687      return temp.getData()[offset+i];*/
688  }  }
689    
690    
691    
692    
693    
694    
695    // DataArrayView
696    // DataTagged::getDataPoint(int sampleNo,
697    //                          int dataPointNo)
698    // {
699    //   EsysAssert(validSampleNo(sampleNo),"(getDataPoint) Invalid sampleNo: " << sampleNo);
700    //   int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);
701    //   return getDataPointByTag(tagKey);
702    // }
703    
704    
705  void  void
706  DataTagged::symmetric(DataAbstract* ev)  DataTagged::symmetric(DataAbstract* ev)
707  {  {
# Line 427  DataTagged::symmetric(DataAbstract* ev) Line 712  DataTagged::symmetric(DataAbstract* ev)
712    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
713    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
714    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
715      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
716      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
717    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
718        temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());        temp_ev->addTag(i->first);
719        DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);        DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
720        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);  //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
721        DataArrayView::symmetric(thisView,0,evView,0);  //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
722          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
723    
724    //       DataArrayView::symmetric(thisView,0,evView,0);
725          DataMaths::symmetric(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset);
726    }    }
727    DataArrayView::symmetric(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);  //   symmetric(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),
728      DataMaths::symmetric(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset());
729  }  }
730    
731    
732  void  void
733  DataTagged::nonsymmetric(DataAbstract* ev)  DataTagged::nonsymmetric(DataAbstract* ev)
734  {  {
# Line 445  DataTagged::nonsymmetric(DataAbstract* e Line 739  DataTagged::nonsymmetric(DataAbstract* e
739    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
740    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
741    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
742      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
743      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
744    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
745        temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());        temp_ev->addTag(i->first);
746        DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);  /*      DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
747        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);*/
748        DataArrayView::nonsymmetric(thisView,0,evView,0);        DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
749          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
750          DataMaths::nonsymmetric(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset);
751    }    }
752    DataArrayView::nonsymmetric(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);    DataMaths::nonsymmetric(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset());
753  }  }
754    
755    
756  void  void
757  DataTagged::trace(DataAbstract* ev, int axis_offset)  DataTagged::trace(DataAbstract* ev, int axis_offset)
758  {  {
# Line 463  DataTagged::trace(DataAbstract* ev, int Line 763  DataTagged::trace(DataAbstract* ev, int
763    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
764    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
765    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
766      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
767      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
768    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
769        temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());        temp_ev->addTag(i->first);
770        DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);  //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
771        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);  //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
772        DataArrayView::trace(thisView,0,evView,0, axis_offset);        DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
773          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
774          DataMaths::trace(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset, axis_offset);
775    }    }
776    DataArrayView::trace(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis_offset);    DataMaths::trace(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset(),axis_offset);
777  }  }
778    
779  void  void
# Line 482  DataTagged::transpose(DataAbstract* ev, Line 786  DataTagged::transpose(DataAbstract* ev,
786    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
787    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
788    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
789      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
790      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
791    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
792        temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());        temp_ev->addTag(i->first);
793        DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);  //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
794        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);  //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
795        DataArrayView::transpose(thisView,0,evView,0, axis_offset);        DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
796          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
797          DataMaths::transpose(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset, axis_offset);
798    }    }
799    DataArrayView::transpose(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis_offset);    DataMaths::transpose(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset(),axis_offset);
800  }  }
801    
802  void  void
# Line 501  DataTagged::swapaxes(DataAbstract* ev, i Line 809  DataTagged::swapaxes(DataAbstract* ev, i
809    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
810    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
811    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
812      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
813      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
814    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
815        temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());        temp_ev->addTag(i->first);
816        DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);  /*      DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
817        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);*/
818        DataArrayView::swapaxes(thisView,0,evView,0,axis0,axis1);        DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
819          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
820          DataMaths::swapaxes(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset,axis0,axis1);
821    }    }
822    DataArrayView::swapaxes(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis0,axis1);    DataMaths::swapaxes(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset(),axis0,axis1);
823  }  }
824    
825  void  void
# Line 520  DataTagged::eigenvalues(DataAbstract* ev Line 832  DataTagged::eigenvalues(DataAbstract* ev
832    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
833    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
834    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
835      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
836      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
837    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
838        temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());        temp_ev->addTag(i->first);
839        DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);  //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
840        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);  //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
841        DataArrayView::eigenvalues(thisView,0,evView,0);        DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
842          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
843          DataMaths::eigenvalues(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset);
844    }    }
845    DataArrayView::eigenvalues(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);    DataMaths::eigenvalues(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec, evShape, temp_ev->getDefaultOffset());
846  }  }
847  void  void
848  DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors(DataAbstract* ev,DataAbstract* V,const double tol)  DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors(DataAbstract* ev,DataAbstract* V,const double tol)
# Line 542  DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors Line 858  DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors
858    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();    const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
859    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;    DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
860    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();    DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
861      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
862      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
863      ValueType& VVec=temp_V->getVector();
864      const ShapeType& VShape=temp_V->getShape();
865    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {    for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
866        temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());        temp_ev->addTag(i->first);
867        temp_V->addTaggedValue(i->first,temp_V->getDefaultValue());        temp_V->addTag(i->first);
868        DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);  /*      DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
869        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);        DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
870        DataArrayView VView=temp_V->getDataPointByTag(i->first);        DataArrayView VView=temp_V->getDataPointByTag(i->first);*/
871        DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(thisView,0,evView,0,VView,0,tol);        DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
872          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
873          DataTypes::ValueType::size_type Voffset=temp_V->getOffsetForTag(i->first);
874    /*      DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(thisView,0,evView,0,VView,0,tol);*/
875          DataMaths::eigenvalues_and_eigenvectors(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset,VVec,VShape,Voffset,tol);
876    
877    }    }
878    DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(getDefaultValue(),0,    DataMaths::eigenvalues_and_eigenvectors(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec, evShape,
879                                                temp_ev->getDefaultValue(),0,                        temp_ev->getDefaultOffset(),VVec,VShape,
880                                                temp_V->getDefaultValue(),0,                        temp_V->getDefaultOffset(), tol);
                                               tol);  
881    
882    
883  }  }
884    
885  void  void
886  DataTagged::setToZero(){  DataTagged::setToZero(){
887      DataArrayView::ValueType::size_type n=m_data.size();      DataTypes::ValueType::size_type n=m_data.size();
888      for (int i=0; i<n ;++i) m_data[i]=0.;      for (int i=0; i<n ;++i) m_data[i]=0.;
889  }  }
890    
891  void  void
892  DataTagged::dump(const std::string fileName) const  DataTagged::dump(const std::string fileName) const
893  {  {
    #ifdef PASO_MPI  
    throw DataException("Error - DataTagged:: dump is not implemented for MPI yet.");  
    #endif  
894     #ifdef USE_NETCDF     #ifdef USE_NETCDF
895     const int ldims=DataArrayView::maxRank+1;     const int ldims=DataTypes::maxRank+1;
896     const NcDim* ncdims[ldims];     const NcDim* ncdims[ldims];
897     NcVar *var, *tags_var;     NcVar *var, *tags_var;
898     int rank = getPointDataView().getRank();     int rank = getRank();
899     int type=  getFunctionSpace().getTypeCode();     int type=  getFunctionSpace().getTypeCode();
900     int ndims =0;     int ndims =0;
901     long dims[ldims];     long dims[ldims];
902     const double* d_ptr=&(m_data[0]);     const double* d_ptr=&(m_data[0]);
903     DataArrayView::ShapeType shape = getPointDataView().getShape();     DataTypes::ShapeType shape = getShape();
904       int mpi_iam=getFunctionSpace().getDomain()->getMPIRank();
905       int mpi_num=getFunctionSpace().getDomain()->getMPISize();
906    #ifdef PASO_MPI
907       MPI_Status status;
908    #endif
909    
910    #ifdef PASO_MPI
911       /* Serialize NetCDF I/O */
912       if (mpi_iam>0) MPI_Recv(&ndims, 0, MPI_INT, mpi_iam-1, 81803, MPI_COMM_WORLD, &status);
913    #endif
914    
915     // netCDF error handler     // netCDF error handler
916     NcError err(NcError::verbose_nonfatal);     NcError err(NcError::verbose_nonfatal);
917     // Create the file.     // Create the file.
918     NcFile dataFile(fileName.c_str(), NcFile::Replace);     char *newFileName = Escript_MPI_appendRankToFileName(fileName.c_str(), mpi_num, mpi_iam);
919       NcFile dataFile(newFileName, NcFile::Replace);
920     // check if writing was successful     // check if writing was successful
921     if (!dataFile.is_valid())     if (!dataFile.is_valid())
922          throw DataException("Error - DataTagged:: opening of netCDF file for output failed.");          throw DataException("Error - DataTagged:: opening of netCDF file for output failed.");
# Line 598  DataTagged::dump(const std::string fileN Line 930  DataTagged::dump(const std::string fileN
930     if ( rank >0 ) {     if ( rank >0 ) {
931         dims[0]=shape[0];         dims[0]=shape[0];
932         if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("d0",shape[0])) )         if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("d0",shape[0])) )
933              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 0 to netCDF file failed.");              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 0 to netCDF file failed.");
934     }     }
935     if ( rank >1 ) {     if ( rank >1 ) {
936         dims[1]=shape[1];         dims[1]=shape[1];
937         if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("d1",shape[1])) )         if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("d1",shape[1])) )
938              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 1 to netCDF file failed.");              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 1 to netCDF file failed.");
939     }     }
940     if ( rank >2 ) {     if ( rank >2 ) {
941         dims[2]=shape[2];         dims[2]=shape[2];
942         if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("d2", shape[2])) )         if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("d2", shape[2])) )
943              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 2 to netCDF file failed.");              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 2 to netCDF file failed.");
944     }     }
945     if ( rank >3 ) {     if ( rank >3 ) {
946         dims[3]=shape[3];         dims[3]=shape[3];
947         if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("d3", shape[3])) )         if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("d3", shape[3])) )
948              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 3 to netCDF file failed.");              throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 3 to netCDF file failed.");
949     }     }
950     const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();     const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
951     DataTagged::DataMapType::const_iterator i;     DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
952     DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();     DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
953     int ntags=1;     int ntags=1;
954     for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) ntags++;     for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) ntags++;
955     int* tags =(int*) malloc(ntags*sizeof(int));     int* tags =(int*) esysUtils::malloc(ntags*sizeof(int));
956     int c=1;     int c=1;
957     tags[0]=-1;     tags[0]=-1;
958     for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) tags[c++]=i->first;     for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) tags[c++]=i->first;
959     dims[rank]=ntags;     dims[rank]=ntags;
960     if (! (ncdims[rank] = dataFile.add_dim("num_tags", dims[rank])) )     if (! (ncdims[rank] = dataFile.add_dim("num_tags", dims[rank])) )
961     {     {
962         free(tags);         esysUtils::free(tags);
963             throw DataException("Error - DataTagged:: appending num_tags to netCDF file failed.");             throw DataException("Error - DataTagged:: appending num_tags to netCDF file failed.");
964     }     }
965     if (! ( tags_var = dataFile.add_var("tags", ncInt, ncdims[rank])) )     if (! ( tags_var = dataFile.add_var("tags", ncInt, ncdims[rank])) )
966     {     {
967      free(tags);      esysUtils::free(tags);
968          throw DataException("Error - DataTagged:: appending tags to netCDF file failed.");          throw DataException("Error - DataTagged:: appending tags to netCDF file failed.");
969     }     }
970     if (! (tags_var->put(tags,dims[rank])) )     if (! (tags_var->put(tags,dims[rank])) )
971     {     {
972      free(tags);      esysUtils::free(tags);
973          throw DataException("Error - DataTagged:: copy tags to netCDF buffer failed.");          throw DataException("Error - DataTagged:: copy tags to netCDF buffer failed.");
974     }     }
975     if (! ( var = dataFile.add_var("data", ncDouble, ndims, ncdims)) )     if (! ( var = dataFile.add_var("data", ncDouble, ndims, ncdims)) )
976     {     {
977      free(tags);      esysUtils::free(tags);
978          throw DataException("Error - DataTagged:: appending variable to netCDF file failed.");          throw DataException("Error - DataTagged:: appending variable to netCDF file failed.");
979     }     }
980     if (! (var->put(d_ptr,dims)) )     if (! (var->put(d_ptr,dims)) )
981     {     {
982      free(tags);      esysUtils::free(tags);
983          throw DataException("Error - DataTagged:: copy data to netCDF buffer failed.");          throw DataException("Error - DataTagged:: copy data to netCDF buffer failed.");
984     }     }
985    #ifdef PASO_MPI
986       if (mpi_iam<mpi_num-1) MPI_Send(&ndims, 0, MPI_INT, mpi_iam+1, 81803, MPI_COMM_WORLD);
987    #endif
988     #else     #else
989     throw DataException("Error - DataTagged:: dump is not configured with netCDF. Please contact your installation manager.");     throw DataException("Error - DataTagged:: dump is not configured with netCDF. Please contact your installation manager.");
990     #endif     #endif
991  }  }
992    
993    DataTypes::ValueType&
994    DataTagged::getVector()
995    {
996        return m_data;
997    }
998    
999    const DataTypes::ValueType&
1000    DataTagged::getVector() const
1001    {
1002        return m_data;
1003    }
1004    
1005  }  // end of namespace  }  // end of namespace

Legend:
Removed from v.1455  
changed lines
  Added in v.1872

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26