/[escript]/trunk/escript/src/DataTagged.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/escript/src/DataTagged.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/esys2/escript/src/Data/DataTagged.cpp revision 119 by jgs, Tue Apr 12 04:45:05 2005 UTC trunk/escript/src/DataTagged.cpp revision 1802 by jfenwick, Tue Sep 23 01:03:29 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 // $Id$  
 /*  
  ******************************************************************************  
  *                                                                            *  
  *       COPYRIGHT  ACcESS 2004 -  All Rights Reserved                        *  
  *                                                                            *  
  * This software is the property of ACcESS. No part of this code              *  
  * may be copied in any form or by any means without the expressed written    *  
  * consent of ACcESS.  Copying, use or modification of this software          *  
  * by any unauthorised person is illegal unless that person has a software    *  
  * license agreement with ACcESS.                                             *  
  *                                                                            *  
  ******************************************************************************  
 */  
   
 #include "escript/Data/DataTagged.h"  
 #include "escript/Data/DataConstant.h"  
 #include "escript/Data/DataExpanded.h"  
 #include "escript/Data/DataException.h"  
1    
2  #include <sstream>  /* $Id$ */
3    
4    /*******************************************************
5     *
6     *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16    #include "DataTagged.h"
17    #include "esysUtils/esys_malloc.h"
18    
19    #include "DataConstant.h"
20    #include "DataException.h"
21    #ifdef USE_NETCDF
22    #include <netcdfcpp.h>
23    #endif
24    #include "DataMaths.h"
25    
26  using namespace std;  using namespace std;
27    
28  namespace escript {  namespace escript {
29    
30  DataTagged::DataTagged():  DataTagged::DataTagged()
31    DataAbstract(FunctionSpace())    : DataAbstract(FunctionSpace(),DataTypes::scalarShape)
32  {  {
33    //    // default constructor
34    
35    // create a scalar default value    // create a scalar default value
36    m_data.push_back(0.0);    m_data.resize(1,0.,1);
37    DataArrayView temp(m_data,DataArrayView::ShapeType());  /*  DataArrayView temp(m_data,DataTypes::ShapeType());
38    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);*/
39  }  }
40    
41    // DataTagged::DataTagged(const TagListType& tagKeys,
42    //             const ValueListType& values,
43    //             const DataArrayView& defaultValue,
44    //             const FunctionSpace& what)
45    //   : DataAbstract(what)
46    // {
47    //   // constructor
48    //
49    //   // initialise the array of data values
50    //   // the default value is always the first item in the values list
51    //   int len = defaultValue.noValues();
52    //   m_data.resize(len,0.,len);
53    //   for (int i=0; i<defaultValue.noValues(); i++) {
54    //     m_data[i]=defaultValue.getData(i);
55    //   }
56    //
57    //   // create the data view
58    //   DataArrayView temp(m_data,defaultValue.getShape());
59    //   setPointDataView(temp);
60    //
61    //   // add remaining tags and values
62    //   addTaggedValues(tagKeys,values);
63    // }
64    
65  DataTagged::DataTagged(const TagListType& tagKeys,  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
66                 const ValueListType& values,                         const DataTypes::ShapeType &shape,
67                 const DataArrayView& defaultValue,                         const int tags[],
68                 const FunctionSpace& what)                         const ValueType& data)
69    : DataAbstract(what)    : DataAbstract(what,shape)
70  {  {
71    //    // alternative constructor
72    // Initialise the array of data values    // not unit_tested tested yet
73    // The default value is always the first item in the values list    // It is not explicitly unit tested yet, but it is called from DataFactory
74    m_data.insert(m_data.end(), &defaultValue.getData(0), &defaultValue.getData(defaultValue.noValues()) );  
75    // create the data view    if (!what.canTag())
76    DataArrayView temp(m_data,defaultValue.getShape());    {
77    setPointDataView(temp);      throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
78    // add remaining tags and values    }
79    addTaggedValues(tagKeys,values);    // copy the data
80      m_data=data;
81    
82      // create the view of the data
83    //   DataArrayView tempView(m_data,shape);
84    //   setPointDataView(tempView);
85    
86      // we can't rely on the tag array to give us the number of tags so
87      // use the data we have been passed
88      int valsize=DataTypes::noValues(shape);
89      int ntags=data.size()/valsize;
90    
91      // create the tag lookup map
92      // we assume that the first value and first tag are the default value so we skip
93      for (int i=1;i<ntags;++i)
94      {
95        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tags[i],i*valsize));
96      }
97  }  }
98    
99  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
100                         const DataArrayView::ShapeType &shape,                         const DataTypes::ShapeType &shape,
101                         const int tags[],                         const TagListType& tags,
102                         const DataArrayView::ValueType &data)                         const ValueType& data)
103    : DataAbstract(what)    : DataAbstract(what,shape)
104  {  {
105    //    // alternative constructor
106    // copy the data in the correct format  
107      if (!what.canTag())
108      {
109        throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
110      }
111    
112      // copy the data
113    m_data=data;    m_data=data;
114    //  
115    // create the view of the data    // create the view of the data
116    DataArrayView tempView(m_data,shape);  //   DataArrayView tempView(m_data,shape);
117    setPointDataView(tempView);  //   setPointDataView(tempView);
118    //  
119    // create the tag lookup map    // create the tag lookup map
120    for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {  
121      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));  //   for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {
122    //     m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));
123    //   }
124    
125      // The above code looks like it will create a map the wrong way around
126    
127      int valsize=DataTypes::noValues(shape);
128      int npoints=(data.size()/valsize)-1;
129      int ntags=tags.size();
130      if (ntags>npoints)
131      {     // This throw is not unit tested yet
132        throw DataException("Programming error - Too many tags for the supplied values.");
133      }
134    
135      // create the tag lookup map
136      // we assume that the first value is the default value so we skip it (hence the i+1 below)
137      for (int i=0;i<ntags;++i)
138      {
139        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tags[i],(i+1)*valsize));
140    }    }
141  }  }
142    
143    
144  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other)  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other)
145    : DataAbstract(other.getFunctionSpace()),    : DataAbstract(other.getFunctionSpace(),other.getShape()),
146    m_data(other.m_data),    m_data(other.m_data),
147    m_offsetLookup(other.m_offsetLookup)    m_offsetLookup(other.m_offsetLookup)
148  {  {
149      // copy constructor
150    
151    // create the data view    // create the data view
152    DataArrayView temp(m_data,other.getPointDataView().getShape());  //   DataArrayView temp(m_data,other.getPointDataView().getShape());
153    setPointDataView(temp);  //   setPointDataView(temp);
154  }  }
155    
156  DataTagged::DataTagged(const DataConstant& other)  DataTagged::DataTagged(const DataConstant& other)
157    : DataAbstract(other.getFunctionSpace())    : DataAbstract(other.getFunctionSpace(),other.getShape())
158  {  {
159    //    // copy constructor
160    // Fill the default value with the constant value item from other  
161    const DataArrayView& value=other.getPointDataView();    if (!other.getFunctionSpace().canTag())
162    m_data.insert(m_data.end(), &value.getData(0), &value.getData(value.noValues()) );    {
163    // create the data view      throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
164    DataArrayView temp(m_data,value.getShape());    }
165    setPointDataView(temp);  
166      // fill the default value with the constant value item from "other"
167    //   const DataArrayView& value=other.getPointDataView();
168      int len = other.getNoValues();
169      m_data.resize(len,0.,len);
170      for (int i=0; i<len; i++) {
171        m_data[i]=other.getVector()[i];
172      }
173    
174    //   // create the data view
175    //   DataArrayView temp(m_data,value.getShape());
176    //   setPointDataView(temp);
177    }
178    
179    
180    // Create a new object by copying tags
181    DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
182                 const DataTypes::ShapeType& shape,
183             const DataTypes::ValueType& defaultvalue,
184                 const DataTagged* tagsource)
185     : DataAbstract(what,shape)
186    {
187    // This constructor has not been unit tested yet
188    
189      if (defaultvalue.size()!=DataTypes::noValues(shape)) {
190        throw DataException("Programming error - defaultvalue does not match supplied shape.");
191      }
192    
193    
194      if (!what.canTag())
195      {
196        throw DataException("Programming error - DataTag created with a non-taggable FunctionSpace.");
197      }
198    
199      if (tagsource!=0)
200      {
201        int numtags=tagsource->getTagLookup().size();
202        //  m_offsetLookup.reserve(tagsource.getTagLookup().size());
203        m_data.resize(defaultvalue.size(),0.);  // since this is tagged data, we should have blocksize=1
204    
205           DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
206           for (i=tagsource->getTagLookup().begin();i!=tagsource->getTagLookup().end();i++) {
207          addTag(i->first);
208           }
209      }
210      else
211      {
212        m_data.resize(defaultvalue.size());
213      }
214    
215    
216    
217      // need to set the default value ....
218      for (int i=0; i<defaultvalue.size(); i++) {
219         m_data[i]=defaultvalue[i];
220      }
221    }
222    
223    DataAbstract*
224    DataTagged::deepCopy()
225    {
226      return new DataTagged(*this);
227    }
228    
229    DataAbstract*
230    DataTagged::getSlice(const DataTypes::RegionType& region) const
231    {
232      return new DataTagged(*this, region);
233  }  }
234    
235  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other,  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other,
236                 const DataArrayView::RegionType& region)                 const DataTypes::RegionType& region)
237    : DataAbstract(other.getFunctionSpace())    : DataAbstract(other.getFunctionSpace(),DataTypes::getResultSliceShape(region))
238  {  {
239    //    // slice constructor
240    
241    // get the shape of the slice to copy from other    // get the shape of the slice to copy from other
242    DataArrayView::ShapeType shape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));    DataTypes::ShapeType regionShape(DataTypes::getResultSliceShape(region));
243    DataArrayView::RegionLoopRangeType region_loop_range=getSliceRegionLoopRange(region);    DataTypes::RegionLoopRangeType regionLoopRange=DataTypes::getSliceRegionLoopRange(region);
244    // allocate enough space for all values  
245    m_data.resize(DataArrayView::noValues(shape)*(other.m_offsetLookup.size()+1));    // allocate enough space in this for all values
246      // (need to add one to allow for the default value)
247      int len = DataTypes::noValues(regionShape)*(other.m_offsetLookup.size()+1);
248      m_data.resize(len,0.0,len);
249    
250    // create the data view    // create the data view
251    DataArrayView temp(m_data,shape);  //   DataArrayView temp(m_data,regionShape);
252    setPointDataView(temp);  //   setPointDataView(temp);
253    // copy the default value  
254    getDefaultValue().copySlice(other.getDefaultValue(),region_loop_range);    // copy the default value from other to this
255    //  //   getDefaultValue().copySlice(other.getDefaultValue(), regionLoopRange);
256    // Loop through the tag values copying these    const DataTypes::ShapeType& otherShape=other.getShape();
257      const DataTypes::ValueType& otherData=other.getVector();
258      DataTypes::copySlice(getVector(),getShape(),getDefaultOffset(),otherData,otherShape,other.getDefaultOffset(), regionLoopRange);
259    
260      // loop through the tag values copying these
261    DataMapType::const_iterator pos;    DataMapType::const_iterator pos;
262    DataArrayView::ValueType::size_type tagOffset=getPointDataView().noValues();    DataTypes::ValueType::size_type tagOffset=getNoValues();
263    for (pos=other.m_offsetLookup.begin();pos!=other.m_offsetLookup.end();++pos){    for (pos=other.m_offsetLookup.begin();pos!=other.m_offsetLookup.end();pos++){
264      getPointDataView().copySlice(tagOffset,other.getPointDataView(), pos->second,region_loop_range);  //     getPointDataView().copySlice(tagOffset,other.getPointDataView(),pos->second,regionLoopRange);
265        DataTypes::copySlice(m_data,getShape(),tagOffset,otherData, otherShape, pos->second, regionLoopRange);
266      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(pos->first,tagOffset));      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(pos->first,tagOffset));
267      tagOffset+=getPointDataView().noValues();      tagOffset+=getNoValues();
268    }    }
269  }  }
270    
271  void  void
272  DataTagged::reshapeDataPoint(const DataArrayView::ShapeType& shape)  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* other,
273                         const DataTypes::RegionType& region)
274  {  {
275    //  
276    // can only reshape a rank zero data point    // other must be another DataTagged object
277    if (getPointDataView().getRank()!=0) {    // Data:setSlice implementation should ensure this
278      stringstream temp;    const DataTagged* otherTemp=dynamic_cast<const DataTagged*>(other);
279      temp << "Error - Can only reshape Data with data points of rank 0. "    if (otherTemp==0) {
280       << "This Data has data points with rank: "      throw DataException("Programming error - casting to DataTagged.");
281       << getPointDataView().getRank();    }
282      throw DataException(temp.str());  
283      // determine shape of the specified region
284      DataTypes::ShapeType regionShape(DataTypes::getResultSliceShape(region));
285    
286      // modify region specification as needed to match rank of this object
287      DataTypes::RegionLoopRangeType regionLoopRange=DataTypes::getSliceRegionLoopRange(region);
288    
289      // ensure rank/shape of this object is compatible with specified region
290      if (getRank()!=region.size()) {
291        throw DataException("Error - Invalid slice region.");
292      }
293      if (otherTemp->getRank()>0 && !DataTypes::checkShape(other->getShape(),regionShape)) {
294        throw DataException (DataTypes::createShapeErrorMessage(
295                             "Error - Couldn't copy slice due to shape mismatch.",regionShape,other->getShape()));
296      }
297    
298      const DataTypes::ValueType& otherData=otherTemp->getVector();
299      const DataTypes::ShapeType& otherShape=otherTemp->getShape();
300      // copy slice from other default value to this default value
301    //   getDefaultValue().copySliceFrom(otherTemp->getDefaultValue(), regionLoopRange);
302      DataTypes::copySliceFrom(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),otherData,otherShape,otherTemp->getDefaultOffset(),regionLoopRange);
303    
304      // loop through tag values in other, adding any which aren't in this, using default value
305      DataMapType::const_iterator pos;
306      for (pos=otherTemp->m_offsetLookup.begin();pos!=otherTemp->m_offsetLookup.end();pos++) {
307        if (!isCurrentTag(pos->first)) {
308          addTag(pos->first);
309        }
310      }
311    
312      // loop through the tag values copying slices from other to this
313      for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();pos++) {
314    //     getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(otherTemp->getDataPointByTag(pos->first), regionLoopRange);
315        DataTypes::copySliceFrom(m_data,getShape(),getOffsetForTag(pos->first),otherData, otherShape, otherTemp->getOffsetForTag(pos->first), regionLoopRange);
316    
317    }    }
   //  
   // allocate enough space for all values  
   DataArrayView::ValueType newData(DataArrayView::noValues(shape)*(m_offsetLookup.size()+1));  
   DataArrayView newView(newData,shape);  
   newView.copy(0,getDefaultValue()());  
   //  
   // Loop through the tag values  
   DataMapType::iterator pos;  
   DataArrayView::ValueType::size_type tagOffset=DataArrayView::noValues(shape);  
   for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();++pos){  
     newView.copy(tagOffset,m_data[pos->second]);  
     pos->second=tagOffset;  
     tagOffset+=DataArrayView::noValues(shape);  
   }  
   m_data=newData;  
   DataArrayView temp(m_data,shape);  
   setPointDataView(temp);  
 }  
318    
 DataAbstract*  
 DataTagged::getSlice(const DataArrayView::RegionType& region) const  
 {  
   return new DataTagged(*this,region);  
319  }  }
320    
321  void  int
322  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* value,  DataTagged::getTagNumber(int dpno)
                      const DataArrayView::RegionType& region)  
323  {  {
   const DataTagged* tempDataTag=dynamic_cast<const DataTagged*>(value);  
   if (tempDataTag==0) {  
     throw DataException("Programming error - casting to DataTagged.");  
   }  
   //  
   DataArrayView::ShapeType shape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));  
   DataArrayView::RegionLoopRangeType region_loop_range=getSliceRegionLoopRange(region);  
324    //    //
325    if (getPointDataView().getRank()!=region.size()) {    // Get the number of samples and data-points per sample
326      throw DataException("Error - Invalid slice region.");    int numSamples = getNumSamples();
327      int numDataPointsPerSample = getNumDPPSample();
328      int numDataPoints = numSamples * numDataPointsPerSample;
329    
330      if (numDataPointsPerSample==0) {
331        throw DataException("DataTagged::getTagNumber error: no data-points associated with this object.");
332    }    }
333    if (tempDataTag->getPointDataView().getRank()>0 && !value->getPointDataView().checkShape(shape)) {  
334      throw DataException (value->getPointDataView().createShapeErrorMessage(    if (dpno<0 || dpno>numDataPoints-1) {
335                  "Error - Couldn't copy slice due to shape mismatch.",shape));      throw DataException("DataTagged::getTagNumber error: invalid data-point number supplied.");
336    }    }
337    
338    //    //
339    getDefaultValue().copySliceFrom(tempDataTag->getDefaultValue(),region_loop_range);    // Determine the sample number which corresponds to this data-point number
340      int sampleNo = dpno / numDataPointsPerSample;
341    
342    //    //
343    // Loop through the tag values    // Determine the tag number which corresponds to this sample number
344    DataMapType::const_iterator pos;    int tagNo = getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);
345    for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();++pos){  
346      getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(tempDataTag->getDataPointByTag(pos->first),region_loop_range);    //
347    }    // return the tag number
348      return(tagNo);
349  }  }
350    
351    // void
352    // DataTagged::setTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
353    //                             const ValueListType& values)
354    // {
355    //   addTaggedValues(tagKeys,values);
356    // }
357    
358  void  void
359  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,
360                             const DataArrayView& value)                 const DataTypes::ShapeType& pointshape,
361  {                             const ValueType& value,
362                   int dataOffset)
363    {
364      if (!DataTypes::checkShape(getShape(), pointshape)) {
365          throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
366                              "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", pointshape,getShape()));
367      }
368    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
369    if (pos==m_offsetLookup.end()) {    if (pos==m_offsetLookup.end()) {
370      //      // tag couldn't be found so use addTaggedValue
371      // tag couldn't be found so add as a new tag      addTaggedValue(tagKey,pointshape, value, dataOffset);
     addTaggedValue(tagKey,value);  
372    } else {    } else {
373      if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {      // copy the values into the data array at the offset determined by m_offsetLookup
374        throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(      int offset=pos->second;
375           "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));      for (int i=0; i<getNoValues(); i++) {
376          m_data[offset+i]=value[i+dataOffset];
377      }      }
     //  
     // copy the values into tagged data storage  
     copy(&value.getData(0), &value.getData(getPointDataView().noValues()), &m_data[pos->second]);  
378    }    }
379  }  }
380    
381    
382    /*
383  void  void
384  DataTagged::setTaggedValues(const TagListType& tagKeys,  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,
385                              const ValueListType& values)                             const DataArrayView& value)
386  {  {
387    for (int i=0;i<tagKeys.size();++i) {    if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {
388      setTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);        throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
389                              "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape(),getShape()));
390    }    }
391  }    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
392      if (pos==m_offsetLookup.end()) {
393        // tag couldn't be found so use addTaggedValue
394        addTaggedValue(tagKey,value);
395      } else {
396        // copy the values into the data array at the offset determined by m_offsetLookup
397        int offset=pos->second;
398        for (int i=0; i<getPointDataView().noValues(); i++) {
399          m_data[offset+i]=value.getData(i);
400        }
401      }
402    }*/
403    
404    // void
405    // DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
406    //                             const ValueListType& values)
407    // {
408    //   if (values.size()==0) {
409    //     // copy the current default value for each of the tags
410    //     TagListType::const_iterator iT;
411    //     for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
412    //       // the point data view for DataTagged points at the default value
413    //       addTaggedValue(*iT,getPointDataView());
414    //     }
415    //   } else if (values.size()==1 && tagKeys.size()>1) {
416    //     // assume the one given value will be used for all tag values
417    //     TagListType::const_iterator iT;
418    //     for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
419    //       addTaggedValue(*iT,values[0]);
420    //     }
421    //   } else {
422    //     if (tagKeys.size()!=values.size()) {
423    //       stringstream temp;
424    //       temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()
425    //     << " doesn't match number of values: " << values.size();
426    //       throw DataException(temp.str());
427    //     } else {
428    //       unsigned int i;
429    //       for (i=0;i<tagKeys.size();i++) {
430    //         addTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);
431    //       }
432    //     }
433    //   }
434    // }
435    
436    
437  void  void
438  DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,  DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
439                             const DataArrayView& value)                              const ValueBatchType& values,
440                                const ShapeType& vShape)
441  {  {
442    if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {    DataTypes::ValueType t(values.size(),0);
443      throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(    for (int i=0;i<values.size();++i)
444           "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));    {
445        t[i]=values[i];
446    }    }
447    //    addTaggedValues(tagKeys,t,vShape);
   // save the key and the location of its data  
   m_offsetLookup.insert( DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()) );  
   //  
   // insert the data given in value at the end of m_data  
   m_data.insert( m_data.end(), &(value.getData(0)), &(value.getData(value.noValues())) );  
448  }  }
449    
450    
451    // Note: The check to see if vShape==our shape is done in the addTaggedValue method
452  void  void
453  DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,  DataTagged::addTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
454                              const ValueListType& values)                              const ValueType& values,
455                                const ShapeType& vShape)
456  {  {
457      int n=getNoValues();
458      int numVals=values.size()/n;
459    if (values.size()==0) {    if (values.size()==0) {
460      //      // copy the current default value for each of the tags
     // Copy the default value for each of the tags  
461      TagListType::const_iterator iT;      TagListType::const_iterator iT;
462      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();++iT) {      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
       //  
463        // the point data view for DataTagged points at the default value        // the point data view for DataTagged points at the default value
464        addTaggedValue(*iT,getPointDataView());        addTag(*iT);
465      }      }
466    } else if (values.size()==1 && tagKeys.size()>1) {    } else if (numVals==1 && tagKeys.size()>1) {
467      //      // assume the one given value will be used for all tag values
     // assume the one value will be used for all tag values  
     // Copy the input data  
468      TagListType::const_iterator iT;      TagListType::const_iterator iT;
469      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();++iT) {      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
470        addTaggedValue(*iT,values[0]);        addTaggedValue(*iT, vShape, values,0);
471      }      }
472    } else {    } else {
473      if (tagKeys.size()!=values.size()) {      if (tagKeys.size()!=numVals) {
474        stringstream temp;        stringstream temp;
475        temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()        temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()
476         << " doesn't match the number of values: " << values.size();         << " doesn't match number of values: " << values.size();
477        throw DataException(temp.str());        throw DataException(temp.str());
478      } else {      } else {
479        for (int i=0;i<tagKeys.size();++i) {        unsigned int i;
480          addTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);        int offset=0;
481          for (i=0;i<tagKeys.size();i++ ,offset+=n) {
482            addTaggedValue(tagKeys[i],vShape,values,offset);
483        }        }
484      }      }
485    }    }
486  }  }
487    
488    
489    
490    
491    void
492    DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,
493                   const DataTypes::ShapeType& pointshape,
494                               const ValueType& value,
495                   int dataOffset)
496    {
497      if (!DataTypes::checkShape(getShape(), pointshape)) {
498        throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
499                            "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", pointshape,getShape()));
500      }
501      DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
502      if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
503        // tag already exists so use setTaggedValue
504        setTaggedValue(tagKey,pointshape, value, dataOffset);
505      } else {
506        // save the key and the location of its data in the lookup tab
507        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));
508        // add the data given in "value" at the end of m_data
509        // need to make a temp copy of m_data, resize m_data, then copy
510        // all the old values plus the value to be added back into m_data
511        ValueType m_data_temp(m_data);
512        int oldSize=m_data.size();
513        int newSize=m_data.size()+getNoValues();
514        m_data.resize(newSize,0.,newSize);
515        for (int i=0;i<oldSize;i++) {
516          m_data[i]=m_data_temp[i];
517        }
518        for (int i=0;i<getNoValues();i++) {
519          m_data[oldSize+i]=value[i+dataOffset];
520        }
521      }
522    }
523    
524    
525    
526    
527    // void
528    // DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,
529    //                            const DataArrayView& value)
530    // {
531    //   if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {
532    //     throw DataException(DataTypes::createShapeErrorMessage(
533    //                         "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape(),getShape()));
534    //   }
535    //   DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
536    //   if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
537    //     // tag already exists so use setTaggedValue
538    //     setTaggedValue(tagKey,value);
539    //   } else {
540    //     // save the key and the location of its data in the lookup tab
541    //     m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));
542    //     // add the data given in "value" at the end of m_data
543    //     // need to make a temp copy of m_data, resize m_data, then copy
544    //     // all the old values plus the value to be added back into m_data
545    //     ValueType m_data_temp(m_data);
546    //     int oldSize=m_data.size();
547    //     int newSize=m_data.size()+value.noValues();
548    //     m_data.resize(newSize,0.,newSize);
549    //     for (int i=0;i<oldSize;i++) {
550    //       m_data[i]=m_data_temp[i];
551    //     }
552    //     for (int i=0;i<value.noValues();i++) {
553    //       m_data[oldSize+i]=value.getData(i);
554    //     }
555    //   }
556    // }
557    
558    
559    void
560    DataTagged::addTag(int tagKey)
561    {
562      DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
563      if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
564        // tag already exists so use setTaggedValue
565    //    setTaggedValue(tagKey,value);
566      } else {
567        // save the key and the location of its data in the lookup tab
568        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));
569        // add the data given in "value" at the end of m_data
570        // need to make a temp copy of m_data, resize m_data, then copy
571        // all the old values plus the value to be added back into m_data
572        ValueType m_data_temp(m_data);
573        int oldSize=m_data.size();
574        int newSize=m_data.size()+getNoValues();
575        m_data.resize(newSize,0.,newSize);
576        for (int i=0;i<oldSize;i++) {
577          m_data[i]=m_data_temp[i];
578        }
579        for (int i=0;i<getNoValues();i++) {
580          m_data[oldSize+i]=m_data[m_defaultValueOffset+i];
581        }
582      }
583    }
584    
585    
586  double*  double*
587  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)
588  {  {
589    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
590    if (pos==m_offsetLookup.end()) {    if (pos==m_offsetLookup.end()) {
     //  
591      // tag couldn't be found so return the default value      // tag couldn't be found so return the default value
592      return &(m_data[0]);      return &(m_data[0]);
593    } else {    } else {
     //  
594      // return the data-point corresponding to the given tag      // return the data-point corresponding to the given tag
595      return &(m_data[pos->second]);      return &(m_data[pos->second]);
596    }    }
# Line 283  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag) Line 599  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)
599  string  string
600  DataTagged::toString() const  DataTagged::toString() const
601  {  {
602      using namespace escript::DataTypes;
603      string empty="";
604    stringstream temp;    stringstream temp;
605    DataMapType::const_iterator i;    DataMapType::const_iterator i;
606    temp << "Tag(Default)" << endl;    temp << "Tag(Default)" << endl;
607    temp << getDefaultValue().toString() << endl;    temp << pointToString(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),empty) << endl;
   //  
608    // create a temporary view as the offset will be changed    // create a temporary view as the offset will be changed
609    DataArrayView tempView(getPointDataView().getData(), getPointDataView().getShape());  //   DataArrayView tempView(getPointDataView().getData(), getPointDataView().getShape());
610    for (i=m_offsetLookup.begin();i!=m_offsetLookup.end();++i) {    for (i=m_offsetLookup.begin();i!=m_offsetLookup.end();++i) {
611      temp << "Tag(" << i->first << ")" << endl;      temp << "Tag(" << i->first << ")" << endl;
612      tempView.setOffset(i->second);      temp << pointToString(m_data,getShape(),i->second,empty) << endl;
613      temp << tempView.toString() << endl;  //     tempView.setOffset(i->second);
614    //     temp << tempView.toString() << endl;
615    }    }
616    return temp.str();    return temp.str();
617  }  }
618    
619  DataArrayView  DataTypes::ValueType::size_type
620  DataTagged::getDataPointByTag(int tag) const  DataTagged::getPointOffset(int sampleNo,
621                               int dataPointNo) const
622    {
623      int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);
624      DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
625      DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
626      if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
627        offset=pos->second;
628      }
629      return offset;
630    }
631    
632    // DataArrayView
633    // DataTagged::getDataPointByTag(int tag) const
634    // {
635    //   DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
636    //   DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
637    //   if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
638    //     offset=pos->second;
639    //   }
640    //   DataArrayView temp(getPointDataView());
641    //   temp.setOffset(offset);
642    //   return temp;
643    // }
644    //
645    
646    
647    DataTypes::ValueType::size_type
648    DataTagged::getOffsetForTag(int tag) const
649    {
650      DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
651      DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
652      if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
653        offset=pos->second;
654      }
655      return offset;
656    }
657    
658    DataTypes::ValueType::const_reference
659    DataTagged::getDataByTag(int tag, DataTypes::ValueType::size_type i) const
660  {  {
661    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
662    DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;    DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
663    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
664      offset=pos->second;      offset=pos->second;
665    }    }
666    DataArrayView temp(getPointDataView());    return m_data[offset+i];
667    /*  DataArrayView temp(getPointDataView());
668    temp.setOffset(offset);    temp.setOffset(offset);
669    return temp;    return temp.getData()[offset+i];*/
670  }  }
671    
672  DataArrayView::ValueType::size_type  
673  DataTagged::getPointOffset(int sampleNo,  DataTypes::ValueType::reference
674                             int dataPointNo) const  DataTagged::getDataByTag(int tag, DataTypes::ValueType::size_type i)
675  {  {
676    int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
677    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));    DataTypes::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
   DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;  
678    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
679      offset=pos->second;      offset=pos->second;
680    }    }
681    return offset;    return m_data[offset+i];
682    /*  DataArrayView temp(getPointDataView());
683      temp.setOffset(offset);
684      return temp.getData()[offset+i];*/
685    }
686    
687    
688    
689    
690    
691    
692    // DataArrayView
693    // DataTagged::getDataPoint(int sampleNo,
694    //                          int dataPointNo)
695    // {
696    //   EsysAssert(validSampleNo(sampleNo),"(getDataPoint) Invalid sampleNo: " << sampleNo);
697    //   int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);
698    //   return getDataPointByTag(tagKey);
699    // }
700    
701    
702    void
703    DataTagged::symmetric(DataAbstract* ev)
704    {
705      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
706      if (temp_ev==0) {
707        throw DataException("Error - DataTagged::symmetric casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
708      }
709      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
710      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
711      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
712      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
713      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
714      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
715          temp_ev->addTag(i->first);
716          DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
717    //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
718    //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
719          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
720    
721    //       DataArrayView::symmetric(thisView,0,evView,0);
722          DataMaths::symmetric(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset);
723      }
724    //   symmetric(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),
725      DataMaths::symmetric(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset());
726  }  }
727    
728  DataArrayView  
729  DataTagged::getDataPoint(int sampleNo,  void
730                           int dataPointNo)  DataTagged::nonsymmetric(DataAbstract* ev)
731  {  {
732    EsysAssert(validSampleNo(sampleNo),"(getDataPoint) Invalid sampleNo: " << sampleNo);    DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
733    int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);    if (temp_ev==0) {
734    return getDataPointByTag(tagKey);      throw DataException("Error - DataTagged::nonsymmetric casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
735      }
736      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
737      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
738      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
739      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
740      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
741      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
742          temp_ev->addTag(i->first);
743    /*      DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
744          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);*/
745          DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
746          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
747          DataMaths::nonsymmetric(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset);
748      }
749      DataMaths::nonsymmetric(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset());
750    }
751    
752    
753    void
754    DataTagged::trace(DataAbstract* ev, int axis_offset)
755    {
756      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
757      if (temp_ev==0) {
758        throw DataException("Error - DataTagged::trace casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
759      }
760      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
761      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
762      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
763      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
764      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
765      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
766          temp_ev->addTag(i->first);
767    //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
768    //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
769          DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
770          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
771          DataMaths::trace(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset, axis_offset);
772      }
773      DataMaths::trace(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset(),axis_offset);
774    }
775    
776    void
777    DataTagged::transpose(DataAbstract* ev, int axis_offset)
778    {
779      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
780      if (temp_ev==0) {
781        throw DataException("Error - DataTagged::transpose casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
782      }
783      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
784      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
785      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
786      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
787      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
788      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
789          temp_ev->addTag(i->first);
790    //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
791    //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
792          DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
793          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
794          DataMaths::transpose(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset, axis_offset);
795      }
796      DataMaths::transpose(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset(),axis_offset);
797    }
798    
799    void
800    DataTagged::swapaxes(DataAbstract* ev, int axis0, int axis1)
801    {
802      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
803      if (temp_ev==0) {
804        throw DataException("Error - DataTagged::swapaxes casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
805      }
806      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
807      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
808      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
809      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
810      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
811      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
812          temp_ev->addTag(i->first);
813    /*      DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
814          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);*/
815          DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
816          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
817          DataMaths::swapaxes(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset,axis0,axis1);
818      }
819      DataMaths::swapaxes(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec,evShape,temp_ev->getDefaultOffset(),axis0,axis1);
820  }  }
821    
822  const DataTagged::DataMapType&  void
823  DataTagged::getTagLookup() const  DataTagged::eigenvalues(DataAbstract* ev)
824    {
825      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
826      if (temp_ev==0) {
827        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
828      }
829      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
830      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
831      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
832      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
833      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
834      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
835          temp_ev->addTag(i->first);
836    //       DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
837    //       DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
838          DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
839          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
840          DataMaths::eigenvalues(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset);
841      }
842      DataMaths::eigenvalues(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec, evShape, temp_ev->getDefaultOffset());
843    }
844    void
845    DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors(DataAbstract* ev,DataAbstract* V,const double tol)
846    {
847      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
848      if (temp_ev==0) {
849        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
850      }
851      DataTagged* temp_V=dynamic_cast<DataTagged*>(V);
852      if (temp_V==0) {
853        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
854      }
855      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
856      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
857      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
858      ValueType& evVec=temp_ev->getVector();
859      const ShapeType& evShape=temp_ev->getShape();
860      ValueType& VVec=temp_V->getVector();
861      const ShapeType& VShape=temp_V->getShape();
862      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
863          temp_ev->addTag(i->first);
864          temp_V->addTag(i->first);
865    /*      DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
866          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
867          DataArrayView VView=temp_V->getDataPointByTag(i->first);*/
868          DataTypes::ValueType::size_type offset=getOffsetForTag(i->first);
869          DataTypes::ValueType::size_type evoffset=temp_ev->getOffsetForTag(i->first);
870          DataTypes::ValueType::size_type Voffset=temp_V->getOffsetForTag(i->first);
871    /*      DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(thisView,0,evView,0,VView,0,tol);*/
872          DataMaths::eigenvalues_and_eigenvectors(m_data,getShape(),offset,evVec, evShape, evoffset,VVec,VShape,Voffset,tol);
873    
874      }
875      DataMaths::eigenvalues_and_eigenvectors(m_data,getShape(),getDefaultOffset(),evVec, evShape,
876                          temp_ev->getDefaultOffset(),VVec,VShape,
877                          temp_V->getDefaultOffset(), tol);
878    
879    
880    }
881    
882    void
883    DataTagged::setToZero(){
884        DataTypes::ValueType::size_type n=m_data.size();
885        for (int i=0; i<n ;++i) m_data[i]=0.;
886    }
887    
888    void
889    DataTagged::dump(const std::string fileName) const
890    {
891       #ifdef PASO_MPI
892       throw DataException("Error - DataTagged:: dump is not implemented for MPI yet.");
893       #endif
894       #ifdef USE_NETCDF
895       const int ldims=DataTypes::maxRank+1;
896       const NcDim* ncdims[ldims];
897       NcVar *var, *tags_var;
898       int rank = getRank();
899       int type=  getFunctionSpace().getTypeCode();
900       int ndims =0;
901       long dims[ldims];
902       const double* d_ptr=&(m_data[0]);
903       DataTypes::ShapeType shape = getShape();
904    
905       // netCDF error handler
906       NcError err(NcError::verbose_nonfatal);
907       // Create the file.
908       NcFile dataFile(fileName.c_str(), NcFile::Replace);
909       // check if writing was successful
910       if (!dataFile.is_valid())
911            throw DataException("Error - DataTagged:: opening of netCDF file for output failed.");
912       if (!dataFile.add_att("type_id",1) )
913            throw DataException("Error - DataTagged:: appending data type to netCDF file failed.");
914       if (!dataFile.add_att("rank",rank) )
915            throw DataException("Error - DataTagged:: appending rank attribute to netCDF file failed.");
916       if (!dataFile.add_att("function_space_type",type))
917            throw DataException("Error - DataTagged:: appending function space attribute to netCDF file failed.");
918       ndims=rank+1;
919       if ( rank >0 ) {
920           dims[0]=shape[0];
921           if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("d0",shape[0])) )
922                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 0 to netCDF file failed.");
923       }
924       if ( rank >1 ) {
925           dims[1]=shape[1];
926           if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("d1",shape[1])) )
927                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 1 to netCDF file failed.");
928       }
929       if ( rank >2 ) {
930           dims[2]=shape[2];
931           if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("d2", shape[2])) )
932                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 2 to netCDF file failed.");
933       }
934       if ( rank >3 ) {
935           dims[3]=shape[3];
936           if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("d3", shape[3])) )
937                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimension 3 to netCDF file failed.");
938       }
939       const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
940       DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
941       DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
942       int ntags=1;
943       for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) ntags++;
944       int* tags =(int*) esysUtils::malloc(ntags*sizeof(int));
945       int c=1;
946       tags[0]=-1;
947       for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) tags[c++]=i->first;
948       dims[rank]=ntags;
949       if (! (ncdims[rank] = dataFile.add_dim("num_tags", dims[rank])) )
950       {
951           esysUtils::free(tags);
952               throw DataException("Error - DataTagged:: appending num_tags to netCDF file failed.");
953       }
954       if (! ( tags_var = dataFile.add_var("tags", ncInt, ncdims[rank])) )
955       {
956        esysUtils::free(tags);
957            throw DataException("Error - DataTagged:: appending tags to netCDF file failed.");
958       }
959       if (! (tags_var->put(tags,dims[rank])) )
960       {
961        esysUtils::free(tags);
962            throw DataException("Error - DataTagged:: copy tags to netCDF buffer failed.");
963       }
964       if (! ( var = dataFile.add_var("data", ncDouble, ndims, ncdims)) )
965       {
966        esysUtils::free(tags);
967            throw DataException("Error - DataTagged:: appending variable to netCDF file failed.");
968       }
969       if (! (var->put(d_ptr,dims)) )
970       {
971        esysUtils::free(tags);
972            throw DataException("Error - DataTagged:: copy data to netCDF buffer failed.");
973       }
974       #else
975       throw DataException("Error - DataTagged:: dump is not configured with netCDF. Please contact your installation manager.");
976       #endif
977    }
978    
979    DataTypes::ValueType&
980    DataTagged::getVector()
981  {  {
982    return m_offsetLookup;      return m_data;
983  }  }
984    
985  DataArrayView::ValueType::size_type  const DataTypes::ValueType&
986  DataTagged::getLength() const  DataTagged::getVector() const
987  {  {
988    return m_data.size();      return m_data;
989  }  }
990    
991  }  // end of namespace  }  // end of namespace

Legend:
Removed from v.119  
changed lines
  Added in v.1802

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26