/[escript]/trunk/escript/src/DataTagged.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/escript/src/DataTagged.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/esys2/escript/src/Data/DataTagged.cpp revision 100 by jgs, Wed Dec 15 03:48:48 2004 UTC trunk/escript/src/DataTagged.cpp revision 1020 by phornby, Mon Mar 12 10:12:36 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  // $Id$  // $Id$
2    
3  /*  /*
4   ******************************************************************************   ************************************************************
5   *                                                                            *   *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *
6   *       COPYRIGHT  ACcESS 2004 -  All Rights Reserved                        *   *                                                          *
7   *                                                                            *   *              http://www.access.edu.au                    *
8   * This software is the property of ACcESS. No part of this code              *   *       Primary Business: Queensland, Australia            *
9   * may be copied in any form or by any means without the expressed written    *   *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *
10   * consent of ACcESS.  Copying, use or modification of this software          *   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *
11   * by any unauthorised person is illegal unless that person has a software    *   *                                                          *
12   * license agreement with ACcESS.                                             *   ************************************************************
  *                                                                            *  
  ******************************************************************************  
13  */  */
14    
15  #include "escript/Data/DataTagged.h"  #include "DataTagged.h"
 #include "escript/Data/DataConstant.h"  
16    
17  #include <sstream>  #include "DataConstant.h"
18    #include "DataException.h"
19    #include <netcdfcpp.h>
20    
21  using namespace std;  using namespace std;
22    
23  namespace escript {  namespace escript {
24    
25  DataTagged::DataTagged():  DataTagged::DataTagged()
26    DataAbstract(FunctionSpace())    : DataAbstract(FunctionSpace())
27  {  {
28    //    // default constructor
29    
30    // create a scalar default value    // create a scalar default value
31    m_data.push_back(0.0);    m_data.resize(1,0.,1);
32    DataArrayView temp(m_data,DataArrayView::ShapeType());    DataArrayView temp(m_data,DataArrayView::ShapeType());
33    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);
34  }  }
# Line 35  DataTagged::DataTagged(): Line 36  DataTagged::DataTagged():
36  DataTagged::DataTagged(const TagListType& tagKeys,  DataTagged::DataTagged(const TagListType& tagKeys,
37                 const ValueListType& values,                 const ValueListType& values,
38                 const DataArrayView& defaultValue,                 const DataArrayView& defaultValue,
39                 const FunctionSpace& what):                 const FunctionSpace& what)
40    DataAbstract(what)    : DataAbstract(what)
41  {  {
42    //    // constructor
43    // The default value is always the first item in the values list  
44    m_data.insert(m_data.end(), &defaultValue.getData(0), &defaultValue.getData(defaultValue.noValues()) );    // initialise the array of data values
45      // the default value is always the first item in the values list
46      int len = defaultValue.noValues();
47      m_data.resize(len,0.,len);
48      for (int i=0; i<defaultValue.noValues(); i++) {
49        m_data[i]=defaultValue.getData(i);
50      }
51    
52      // create the data view
53    DataArrayView temp(m_data,defaultValue.getShape());    DataArrayView temp(m_data,defaultValue.getShape());
54    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);
55    
56    // add remaining tags and values    // add remaining tags and values
57    addTaggedValues(tagKeys,values);    addTaggedValues(tagKeys,values);
58  }  }
59    
60  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other):  DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
61    DataAbstract(other.getFunctionSpace()),                         const DataArrayView::ShapeType &shape,
62                           const int tags[],
63                           const ValueType& data)
64      : DataAbstract(what)
65    {
66      // alternative constructor
67      // not unit_tested tested yet
68    
69      // copy the data
70      m_data=data;
71    
72      // create the view of the data
73      DataArrayView tempView(m_data,shape);
74      setPointDataView(tempView);
75    
76      // create the tag lookup map
77      for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {
78        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));
79      }
80    }
81    
82    DataTagged::DataTagged(const FunctionSpace& what,
83                           const DataArrayView::ShapeType &shape,
84                           const TagListType& tags,
85                           const ValueType& data)
86      : DataAbstract(what)
87    {
88      // alternative constructor
89      // not unit_tested tested yet
90    
91      // copy the data
92      m_data=data;
93    
94      // create the view of the data
95      DataArrayView tempView(m_data,shape);
96      setPointDataView(tempView);
97    
98      // create the tag lookup map
99      for (int sampleNo=0; sampleNo<getNumSamples(); sampleNo++) {
100        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(sampleNo,tags[sampleNo]));
101      }
102    }
103    
104    
105    DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other)
106      : DataAbstract(other.getFunctionSpace()),
107    m_data(other.m_data),    m_data(other.m_data),
108    m_offsetLookup(other.m_offsetLookup)    m_offsetLookup(other.m_offsetLookup)
109  {  {
110      // copy constructor
111    
112      // create the data view
113    DataArrayView temp(m_data,other.getPointDataView().getShape());    DataArrayView temp(m_data,other.getPointDataView().getShape());
114    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);
115  }  }
116    
117  DataTagged::DataTagged(const DataConstant& other):  DataTagged::DataTagged(const DataConstant& other)
118    DataAbstract(other.getFunctionSpace())    : DataAbstract(other.getFunctionSpace())
119  {  {
120    //    // copy constructor
121    // Fill the default value with the constant value item from other  
122      // fill the default value with the constant value item from "other"
123    const DataArrayView& value=other.getPointDataView();    const DataArrayView& value=other.getPointDataView();
124    m_data.insert(m_data.end(), &value.getData(0), &value.getData(value.noValues()) );    int len = value.noValues();
125      m_data.resize(len,0.,len);
126      for (int i=0; i<value.noValues(); i++) {
127        m_data[i]=value.getData(i);
128      }
129    
130      // create the data view
131    DataArrayView temp(m_data,value.getShape());    DataArrayView temp(m_data,value.getShape());
132    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);
133  }  }
134    
135    DataAbstract*
136    DataTagged::getSlice(const DataArrayView::RegionType& region) const
137    {
138      return new DataTagged(*this, region);
139    }
140    
141  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other,  DataTagged::DataTagged(const DataTagged& other,
142                 const DataArrayView::RegionType& region):                 const DataArrayView::RegionType& region)
143    DataAbstract(other.getFunctionSpace())    : DataAbstract(other.getFunctionSpace())
144  {  {
145    //    // slice constructor
146    
147    // get the shape of the slice to copy from other    // get the shape of the slice to copy from other
148    DataArrayView::ShapeType shape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));    DataArrayView::ShapeType regionShape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));
149    //    DataArrayView::RegionLoopRangeType regionLoopRange=getSliceRegionLoopRange(region);
150    // allocate enough space for all values  
151    m_data.resize(DataArrayView::noValues(shape)*(other.m_offsetLookup.size()+1));    // allocate enough space in this for all values
152    DataArrayView temp(m_data,shape);    // (need to add one to allow for the default value)
153      int len = DataArrayView::noValues(regionShape)*(other.m_offsetLookup.size()+1);
154      m_data.resize(len,0.0,len);
155    
156      // create the data view
157      DataArrayView temp(m_data,regionShape);
158    setPointDataView(temp);    setPointDataView(temp);
159    getDefaultValue().copySlice(other.getDefaultValue(),region);  
160    //    // copy the default value from other to this
161    // Loop through the tag values    getDefaultValue().copySlice(other.getDefaultValue(), regionLoopRange);
162    
163      // loop through the tag values copying these
164    DataMapType::const_iterator pos;    DataMapType::const_iterator pos;
165    DataArrayView::ValueType::size_type tagOffset=getPointDataView().noValues();    DataArrayView::ValueType::size_type tagOffset=getPointDataView().noValues();
166    for (pos=other.m_offsetLookup.begin();pos!=other.m_offsetLookup.end();++pos){    for (pos=other.m_offsetLookup.begin();pos!=other.m_offsetLookup.end();pos++){
167      getPointDataView().copySlice(tagOffset,other.getPointDataView(), pos->second,region);      getPointDataView().copySlice(tagOffset,other.getPointDataView(),pos->second,regionLoopRange);
168      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(pos->first,tagOffset));      m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(pos->first,tagOffset));
169      tagOffset+=getPointDataView().noValues();      tagOffset+=getPointDataView().noValues();
   }  
 }  
   
 void  
 DataTagged::reshapeDataPoint(const DataArrayView::ShapeType& shape)  
 {  
   //  
   // can only reshape a rank zero data point  
   if (getPointDataView().getRank()!=0) {  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - Can only reshape Data with data points of rank 0. "  
      << "This Data has data points with rank: "  
      << getPointDataView().getRank();  
     throw DataException(temp.str());  
   }  
   //  
   // allocate enough space for all values  
   DataArrayView::ValueType newData(DataArrayView::noValues(shape)*(m_offsetLookup.size()+1));  
   DataArrayView newView(newData,shape);  
   newView.copy(0,getDefaultValue()());  
   //  
   // Loop through the tag values  
   DataMapType::iterator pos;  
   DataArrayView::ValueType::size_type tagOffset=DataArrayView::noValues(shape);  
   for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();++pos){  
     newView.copy(tagOffset,m_data[pos->second]);  
     pos->second=tagOffset;  
     tagOffset+=DataArrayView::noValues(shape);  
170    }    }
   m_data=newData;  
   DataArrayView temp(m_data,shape);  
   setPointDataView(temp);  
 }  
   
 DataAbstract*  
 DataTagged::getSlice(const DataArrayView::RegionType& region) const  
 {  
   return new DataTagged(*this,region);  
171  }  }
172    
173  void  void
174  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* value,  DataTagged::setSlice(const DataAbstract* other,
175                       const DataArrayView::RegionType& region)                       const DataArrayView::RegionType& region)
176  {  {
177    const DataTagged* tempDataTag=dynamic_cast<const DataTagged*>(value);  
178    if (tempDataTag==0) {    // other must be another DataTagged object
179      // Data:setSlice implementation should ensure this
180      const DataTagged* otherTemp=dynamic_cast<const DataTagged*>(other);
181      if (otherTemp==0) {
182      throw DataException("Programming error - casting to DataTagged.");      throw DataException("Programming error - casting to DataTagged.");
183    }    }
184    
185      // determine shape of the specified region
186      DataArrayView::ShapeType regionShape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));
187    
188      // modify region specification as needed to match rank of this object
189      DataArrayView::RegionLoopRangeType regionLoopRange=getSliceRegionLoopRange(region);
190    
191      // ensure rank/shape of this object is compatible with specified region
192    if (getPointDataView().getRank()!=region.size()) {    if (getPointDataView().getRank()!=region.size()) {
193      throw DataException("Error - Invalid slice region.");      throw DataException("Error - Invalid slice region.");
194    }    }
195    //    if (otherTemp->getPointDataView().getRank()>0 && !other->getPointDataView().checkShape(regionShape)) {
196    // get the shape of the slice      throw DataException (other->getPointDataView().createShapeErrorMessage(
197    DataArrayView::ShapeType shape(DataArrayView::getResultSliceShape(region));                           "Error - Couldn't copy slice due to shape mismatch.",regionShape));
   if (!value->getPointDataView().checkShape(shape)) {  
     throw DataException (value->getPointDataView().createShapeErrorMessage(  
                 "Error - Couldn't copy slice due to shape mismatch.",shape));  
198    }    }
199    getDefaultValue().copySliceFrom(tempDataTag->getDefaultValue(),region);  
200    //    // copy slice from other default value to this default value
201    // Loop through the tag values    getDefaultValue().copySliceFrom(otherTemp->getDefaultValue(), regionLoopRange);
202    
203      // loop through tag values in other, adding any which aren't in this, using default value
204    DataMapType::const_iterator pos;    DataMapType::const_iterator pos;
205    for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();++pos){    for (pos=otherTemp->m_offsetLookup.begin();pos!=otherTemp->m_offsetLookup.end();pos++) {
206      getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(tempDataTag->getDataPointByTag(pos->first),region);      if (!isCurrentTag(pos->first)) {
207    }        addTaggedValue(pos->first,getDefaultValue());
208        }
209      }
210    
211      // loop through the tag values copying slices from other to this
212      for (pos=m_offsetLookup.begin();pos!=m_offsetLookup.end();pos++) {
213        getDataPointByTag(pos->first).copySliceFrom(otherTemp->getDataPointByTag(pos->first), regionLoopRange);
214      }
215    
216  }  }
217    
218  void  int
219  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,  DataTagged::getTagNumber(int dpno)
                            const DataArrayView& value)  
220  {  {
221    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));    //
222    if (pos==m_offsetLookup.end()) {    // Get the number of samples and data-points per sample
223      //    int numSamples = getNumSamples();
224      // tag couldn't be found so add as a new tag    int numDataPointsPerSample = getNumDPPSample();
225      addTaggedValue(tagKey,value);    int numDataPoints = numSamples * numDataPointsPerSample;
226    } else {  
227      if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {    if (numDataPointsPerSample==0) {
228        throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(      throw DataException("DataTagged::getTagNumber error: no data-points associated with this object.");
229           "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));    }
230      }  
231      //    if (dpno<0 || dpno>numDataPoints-1) {
232      // copy the values into tagged data storage      throw DataException("DataTagged::getTagNumber error: invalid data-point number supplied.");
     copy(&value.getData(0), &value.getData(getPointDataView().noValues()), &m_data[pos->second]);  
233    }    }
234    
235      //
236      // Determine the sample number which corresponds to this data-point number
237      int sampleNo = dpno / numDataPointsPerSample;
238    
239      //
240      // Determine the tag number which corresponds to this sample number
241      int tagNo = getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);
242    
243      //
244      // return the tag number
245      return(tagNo);
246  }  }
247    
248  void  void
249  DataTagged::setTaggedValues(const TagListType& tagKeys,  DataTagged::setTaggedValues(const TagListType& tagKeys,
250                              const ValueListType& values)                              const ValueListType& values)
251  {  {
252    for (int i=0;i<tagKeys.size();++i) {    addTaggedValues(tagKeys,values);
     setTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);  
   }  
253  }  }
254    
255  void  void
256  DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,  DataTagged::setTaggedValue(int tagKey,
257                             const DataArrayView& value)                             const DataArrayView& value)
258  {  {
259    if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {    if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {
260      throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(        throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(
261           "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));                            "Error - Cannot setTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));
262      }
263      DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
264      if (pos==m_offsetLookup.end()) {
265        // tag couldn't be found so use addTaggedValue
266        addTaggedValue(tagKey,value);
267      } else {
268        // copy the values into the data array at the offset determined by m_offsetLookup
269        int offset=pos->second;
270        for (int i=0; i<getPointDataView().noValues(); i++) {
271          m_data[offset+i]=value.getData(i);
272        }
273    }    }
   //  
   // save the key and the location of its data  
   m_offsetLookup.insert( DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()) );  
   //  
   // insert the data given in value at the end of m_data  
   m_data.insert( m_data.end(), &(value.getData(0)), &(value.getData(value.noValues())) );  
274  }  }
275    
276  void  void
# Line 205  DataTagged::addTaggedValues(const TagLis Line 278  DataTagged::addTaggedValues(const TagLis
278                              const ValueListType& values)                              const ValueListType& values)
279  {  {
280    if (values.size()==0) {    if (values.size()==0) {
281      //      // copy the current default value for each of the tags
     // Copy the default value for each of the tags  
282      TagListType::const_iterator iT;      TagListType::const_iterator iT;
283      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();++iT) {      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
       //  
284        // the point data view for DataTagged points at the default value        // the point data view for DataTagged points at the default value
285        addTaggedValue(*iT,getPointDataView());        addTaggedValue(*iT,getPointDataView());
286      }      }
287    } else if (values.size()==1 && tagKeys.size()>1) {    } else if (values.size()==1 && tagKeys.size()>1) {
288      //      // assume the one given value will be used for all tag values
     // assume the one value will be used for all tag values  
     // Copy the input data  
289      TagListType::const_iterator iT;      TagListType::const_iterator iT;
290      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();++iT) {      for (iT=tagKeys.begin();iT!=tagKeys.end();iT++) {
291        addTaggedValue(*iT,values[0]);        addTaggedValue(*iT,values[0]);
292      }      }
293    } else {    } else {
294      if (tagKeys.size()!=values.size()) {      if (tagKeys.size()!=values.size()) {
295        stringstream temp;        stringstream temp;
296        temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()        temp << "Error - (addTaggedValue) Number of tags: " << tagKeys.size()
297         << " doesn't match the number of values: " << values.size();         << " doesn't match number of values: " << values.size();
298        throw DataException(temp.str());        throw DataException(temp.str());
299      } else {      } else {
300        for (int i=0;i<tagKeys.size();++i) {        for (int i=0;i<tagKeys.size();i++) {
301          addTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);          addTaggedValue(tagKeys[i],values[i]);
302        }        }
303      }      }
304    }    }
305  }  }
306    
307    void
308    DataTagged::addTaggedValue(int tagKey,
309                               const DataArrayView& value)
310    {
311      if (!getPointDataView().checkShape(value.getShape())) {
312        throw DataException(getPointDataView().createShapeErrorMessage(
313                            "Error - Cannot addTaggedValue due to shape mismatch.", value.getShape()));
314      }
315      DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
316      if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
317        // tag already exists so use setTaggedValue
318        setTaggedValue(tagKey,value);
319      } else {
320        // save the key and the location of its data in the lookup tab
321        m_offsetLookup.insert(DataMapType::value_type(tagKey,m_data.size()));
322        // add the data given in "value" at the end of m_data
323        // need to make a temp copy of m_data, resize m_data, then copy
324        // all the old values plus the value to be added back into m_data
325        ValueType m_data_temp(m_data);
326        int oldSize=m_data.size();
327        int newSize=m_data.size()+value.noValues();
328        m_data.resize(newSize,0.,newSize);
329        for (int i=0;i<oldSize;i++) {
330          m_data[i]=m_data_temp[i];
331        }
332        for (int i=0;i<value.noValues();i++) {
333          m_data[oldSize+i]=value.getData(i);
334        }
335      }
336    }
337    
338  double*  double*
339  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)  DataTagged::getSampleDataByTag(int tag)
340  {  {
341    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));    DataMapType::iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
342    if (pos==m_offsetLookup.end()) {    if (pos==m_offsetLookup.end()) {
     //  
343      // tag couldn't be found so return the default value      // tag couldn't be found so return the default value
344      return &(m_data[0]);      return &(m_data[0]);
345    } else {    } else {
     //  
346      // return the data-point corresponding to the given tag      // return the data-point corresponding to the given tag
347      return &(m_data[pos->second]);      return &(m_data[pos->second]);
348    }    }
# Line 257  DataTagged::toString() const Line 355  DataTagged::toString() const
355    DataMapType::const_iterator i;    DataMapType::const_iterator i;
356    temp << "Tag(Default)" << endl;    temp << "Tag(Default)" << endl;
357    temp << getDefaultValue().toString() << endl;    temp << getDefaultValue().toString() << endl;
   //  
358    // create a temporary view as the offset will be changed    // create a temporary view as the offset will be changed
359    DataArrayView tempView(getPointDataView().getData(), getPointDataView().getShape());    DataArrayView tempView(getPointDataView().getData(), getPointDataView().getShape());
360    for (i=m_offsetLookup.begin();i!=m_offsetLookup.end();++i) {    for (i=m_offsetLookup.begin();i!=m_offsetLookup.end();++i) {
# Line 268  DataTagged::toString() const Line 365  DataTagged::toString() const
365    return temp.str();    return temp.str();
366  }  }
367    
368  DataArrayView  DataArrayView::ValueType::size_type
369  DataTagged::getDataPointByTag(int tag) const  DataTagged::getPointOffset(int sampleNo,
370                               int dataPointNo) const
371  {  {
372    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));    int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);
373      DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));
374    DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;    DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
375    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
376      offset=pos->second;      offset=pos->second;
377    }    }
378    DataArrayView temp(getPointDataView());    return offset;
   temp.setOffset(offset);  
   return temp;  
379  }  }
380    
381  DataArrayView::ValueType::size_type  DataArrayView
382  DataTagged::getPointOffset(int sampleNo,  DataTagged::getDataPointByTag(int tag) const
                            int dataPointNo) const  
383  {  {
384    int tagKey=getFunctionSpace().getTagFromSampleNo(sampleNo);    DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tag));
   DataMapType::const_iterator pos(m_offsetLookup.find(tagKey));  
385    DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;    DataArrayView::ValueType::size_type offset=m_defaultValueOffset;
386    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {    if (pos!=m_offsetLookup.end()) {
387      offset=pos->second;      offset=pos->second;
388    }    }
389    return offset;    DataArrayView temp(getPointDataView());
390      temp.setOffset(offset);
391      return temp;
392  }  }
393    
394  DataArrayView  DataArrayView
# Line 303  DataTagged::getDataPoint(int sampleNo, Line 400  DataTagged::getDataPoint(int sampleNo,
400    return getDataPointByTag(tagKey);    return getDataPointByTag(tagKey);
401  }  }
402    
403  const DataTagged::DataMapType&  int
404  DataTagged::getTagLookup() const  DataTagged::archiveData(ofstream& archiveFile,
405                            const DataArrayView::ValueType::size_type noValues) const
406    {
407      return(m_data.archiveData(archiveFile, noValues));
408    }
409    
410    int
411    DataTagged::extractData(ifstream& archiveFile,
412                            const DataArrayView::ValueType::size_type noValues)
413    {
414      return(m_data.extractData(archiveFile, noValues));
415    }
416    void
417    DataTagged::symmetric(DataAbstract* ev)
418    {
419      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
420      if (temp_ev==0) {
421        throw DataException("Error - DataTagged::symmetric casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
422      }
423      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
424      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
425      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
426      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
427          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
428          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
429          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
430          DataArrayView::symmetric(thisView,0,evView,0);
431      }
432      DataArrayView::symmetric(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);
433    }
434    void
435    DataTagged::nonsymmetric(DataAbstract* ev)
436    {
437      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
438      if (temp_ev==0) {
439        throw DataException("Error - DataTagged::nonsymmetric casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
440      }
441      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
442      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
443      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
444      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
445          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
446          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
447          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
448          DataArrayView::nonsymmetric(thisView,0,evView,0);
449      }
450      DataArrayView::nonsymmetric(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);
451    }
452    void
453    DataTagged::trace(DataAbstract* ev, int axis_offset)
454    {
455      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
456      if (temp_ev==0) {
457        throw DataException("Error - DataTagged::trace casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
458      }
459      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
460      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
461      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
462      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
463          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
464          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
465          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
466          DataArrayView::trace(thisView,0,evView,0, axis_offset);
467      }
468      DataArrayView::trace(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis_offset);
469    }
470    
471    void
472    DataTagged::transpose(DataAbstract* ev, int axis_offset)
473    {
474      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
475      if (temp_ev==0) {
476        throw DataException("Error - DataTagged::transpose casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
477      }
478      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
479      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
480      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
481      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
482          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
483          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
484          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
485          DataArrayView::transpose(thisView,0,evView,0, axis_offset);
486      }
487      DataArrayView::transpose(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis_offset);
488    }
489    
490    void
491    DataTagged::swapaxes(DataAbstract* ev, int axis0, int axis1)
492    {
493      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
494      if (temp_ev==0) {
495        throw DataException("Error - DataTagged::swapaxes casting to DataTagged failed (probably a programming error).");
496      }
497      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
498      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
499      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
500      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
501          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
502          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
503          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
504          DataArrayView::swapaxes(thisView,0,evView,0,axis0,axis1);
505      }
506      DataArrayView::swapaxes(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0,axis0,axis1);
507    }
508    
509    void
510    DataTagged::eigenvalues(DataAbstract* ev)
511  {  {
512    return m_offsetLookup;    DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
513      if (temp_ev==0) {
514        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
515      }
516      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
517      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
518      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
519      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
520          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
521          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
522          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
523          DataArrayView::eigenvalues(thisView,0,evView,0);
524      }
525      DataArrayView::eigenvalues(getDefaultValue(),0,temp_ev->getDefaultValue(),0);
526  }  }
527    void
528    DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors(DataAbstract* ev,DataAbstract* V,const double tol)
529    {
530      DataTagged* temp_ev=dynamic_cast<DataTagged*>(ev);
531      if (temp_ev==0) {
532        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
533      }
534      DataTagged* temp_V=dynamic_cast<DataTagged*>(V);
535      if (temp_V==0) {
536        throw DataException("Error - DataTagged::eigenvalues_and_eigenvectors casting to DataTagged failed (propably a programming error).");
537      }
538      const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
539      DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
540      DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
541      for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) {
542          temp_ev->addTaggedValue(i->first,temp_ev->getDefaultValue());
543          temp_V->addTaggedValue(i->first,temp_V->getDefaultValue());
544          DataArrayView thisView=getDataPointByTag(i->first);
545          DataArrayView evView=temp_ev->getDataPointByTag(i->first);
546          DataArrayView VView=temp_V->getDataPointByTag(i->first);
547          DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(thisView,0,evView,0,VView,0,tol);
548      }
549      DataArrayView::eigenvalues_and_eigenvectors(getDefaultValue(),0,
550                                                  temp_ev->getDefaultValue(),0,
551                                                  temp_V->getDefaultValue(),0,
552                                                  tol);
553    
554  DataArrayView::ValueType::size_type  
555  DataTagged::getLength() const  }
556    
557    void
558    DataTagged::dump(const std::string fileName) const
559  {  {
560    return m_data.size();     const int ldims=DataArrayView::maxRank+1;
561       const NcDim* ncdims[ldims];
562       NcVar *var, *tags_var;
563       int rank = getPointDataView().getRank();
564       int type=  getFunctionSpace().getTypeCode();
565       int ndims =0;
566       long dims[ldims];
567       DataArrayView::ShapeType shape = getPointDataView().getShape();
568    
569       // netCDF error handler
570       NcError err(NcError::verbose_nonfatal);
571       // Create the file.
572       NcFile dataFile(fileName.c_str(), NcFile::Replace);
573       // check if writing was successful
574       if (!dataFile.is_valid())
575            throw DataException("Error - DataTagged:: opening of netCDF file for output failed.");
576       if (!dataFile.add_att("type","tagged") )
577            throw DataException("Error - DataTagged:: appending data type to netCDF file failed.");
578       if (!dataFile.add_att("rank",rank) )
579            throw DataException("Error - DataTagged:: appending rank attribute to netCDF file failed.");
580       if (!dataFile.add_att("function_space_type",type))
581            throw DataException("Error - DataTagged:: appending function space attribute to netCDF file failed.");
582       ndims=rank+1;
583       if ( rank >0 ) {
584           dims[0]=shape[0];
585           if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("d0",shape[0])) )
586                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 0 to netCDF file failed.");
587       }
588       if ( rank >1 ) {
589           dims[1]=shape[1];
590           if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("d1",shape[1])) )
591                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 1 to netCDF file failed.");
592       }
593       if ( rank >2 ) {
594           dims[2]=shape[2];
595           if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("d2", shape[2])) )
596                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 2 to netCDF file failed.");
597       }
598       if ( rank >3 ) {
599           dims[3]=shape[3];
600           if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("d3", shape[3])) )
601                throw DataException("Error - DataTagged:: appending ncdimsion 3 to netCDF file failed.");
602       }
603       const DataTagged::DataMapType& thisLookup=getTagLookup();
604       DataTagged::DataMapType::const_iterator i;
605       DataTagged::DataMapType::const_iterator thisLookupEnd=thisLookup.end();
606       int ntags=1;
607       for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) ntags++;
608       int* tags =(int*) malloc(ntags*sizeof(int));
609       int c=1;
610       tags[0]=-1;
611       for (i=thisLookup.begin();i!=thisLookupEnd;i++) tags[c++]=i->first;
612       dims[rank]=ntags;
613       if (! (ncdims[rank] = dataFile.add_dim("num_tags", dims[rank])) )
614       {
615           free(tags);
616               throw DataException("Error - DataTagged:: appending num_tags to netCDF file failed.");
617       }
618       if (! ( tags_var = dataFile.add_var("tags", ncInt, ncdims[rank])) )
619       {
620        free(tags);
621            throw DataException("Error - DataTagged:: appending tags to netCDF file failed.");
622       }
623       if (! (tags_var->put(tags,dims[rank])) )
624       {
625        free(tags);
626            throw DataException("Error - DataTagged:: copy tags to netCDF buffer failed.");
627       }
628       if (! ( var = dataFile.add_var("data", ncDouble, ndims, ncdims)) )
629       {
630        free(tags);
631            throw DataException("Error - DataTagged:: appending variable to netCDF file failed.");
632       }
633       if (! (var->put(&m_data[0],dims)) )
634       {
635        free(tags);
636            throw DataException("Error - DataTagged:: copy data to netCDF buffer failed.");
637       }
638  }  }
639    
640    
641  }  // end of namespace  }  // end of namespace

Legend:
Removed from v.100  
changed lines
  Added in v.1020

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26