/[escript]/trunk/escript/src/Utils.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/escript/src/Utils.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

temp_trunk_copy/escript/src/Utils.cpp revision 1384 by phornby, Fri Jan 11 02:29:38 2008 UTC trunk/escript/src/Utils.cpp revision 2678 by jfenwick, Wed Sep 23 23:54:16 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
 /* $Id$ */  
   
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3   *  *
4   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF  * Copyright (c) 2003-2009 by University of Queensland
5   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *                http://esscc.uq.edu.au  *
8   *        Primary Business: Queensland, Australia  * Primary Business: Queensland, Australia
9   *  Licensed under the Open Software License version 3.0  * Licensed under the Open Software License version 3.0
10   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11   *  *
12   *******************************************************/  *******************************************************/
13    
14    
15    #include <fstream>
16    #include <string.h>
17    
18    // added for saveCSV
19    #include <boost/python.hpp>
20    #include <boost/scoped_ptr.hpp>
21    #include "Data.h"
22    
23  #include "Utils.h"  #include "Utils.h"
24  #include "DataVector.h"  #include "DataVector.h"
# Line 20  Line 27 
27  #include <omp.h>  #include <omp.h>
28  #endif  #endif
29    
30    #ifdef PASO_MPI
31    #include <mpi.h>
32    #endif
33    
34    #ifdef  _WIN32
35    #include <WinSock2.h>
36    #else
37    #include <unistd.h>
38    #endif
39    
40  namespace escript {  namespace escript {
41    
42  int getSvnVersion()  int getSvnVersion()
# Line 31  int getSvnVersion() Line 48  int getSvnVersion()
48  #endif  #endif
49  }  }
50    
51    /* This is probably not very robust, but it works on Savanna today and is useful for performance analysis */
52    int get_core_id() {
53      int processor_num=-1;
54    #ifdef CORE_ID1
55      FILE *fp;
56      int i, count_spaces=0;
57      char fname[100];
58      char buf[1000];
59    
60      sprintf(fname, "/proc/%d/stat", getpid());
61      fp = fopen(fname, "r");
62      if (fp == NULL) return(-1);
63      fgets(buf, 1000, fp);
64      fclose(fp);
65    
66      for (i=strlen(buf)-1; i>=0; i--) {
67        if (buf[i] == ' ') count_spaces++;
68        if (count_spaces == 4) break;
69      }
70      processor_num = atoi(&buf[i+1]);
71    #endif
72      return(processor_num);
73    }
74    
75    
76    void printParallelThreadCnt()
77    {
78      int mpi_iam=0, mpi_num=1;
79      char hname[64];
80    
81    #ifdef HAVE_GETHOSTNAME
82      gethostname(hname, 64);
83      hname[63] = '\0';
84    #else
85      strcpy(hname, "unknown host");
86    #endif
87    
88      #ifdef PASO_MPI
89      MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &mpi_iam);
90      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &mpi_num);
91      #endif
92    
93      #pragma omp parallel
94      {
95        int omp_iam=0, omp_num=1;
96        #ifdef _OPENMP
97        omp_iam = omp_get_thread_num(); /* Call in a parallel region */
98        omp_num = omp_get_num_threads();
99        #endif
100        #pragma omp critical (printthrdcount)
101        printf("printParallelThreadCounts: MPI=%03d/%03d OpenMP=%03d/%03d running on %s core %d\n",
102          mpi_iam, mpi_num, omp_iam, omp_num, hname, get_core_id());
103      }
104    }
105    
106  void setNumberOfThreads(const int num_threads)  void setNumberOfThreads(const int num_threads)
107  {  {
108    
# Line 50  int getNumberOfThreads() Line 122  int getNumberOfThreads()
122    
123  }  }
124    
125    ESCRIPT_DLL_API int getMPISizeWorld() {
126      int mpi_num = 1;
127      #ifdef PASO_MPI
128      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &mpi_num);
129      #endif
130      return mpi_num;
131    }
132    
133    ESCRIPT_DLL_API int getMPIRankWorld() {
134      int mpi_iam = 0;
135      #ifdef PASO_MPI
136      MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &mpi_iam);
137      #endif
138      return mpi_iam;
139    }
140    
141    ESCRIPT_DLL_API int getMPIWorldMax(const int val) {
142      #ifdef PASO_MPI
143      int val2 = val;
144      int out = val;
145      MPI_Allreduce( &val2, &out, 1, MPI_INT, MPI_MAX, MPI_COMM_WORLD );
146      #else
147      int out = val;
148      #endif
149      return out;
150    }
151    
152    ESCRIPT_DLL_API int getMPIWorldSum(const int val) {
153      #ifdef PASO_MPI
154      int val2 = val;
155      int out = 0;
156      MPI_Allreduce( &val2, &out, 1, MPI_INT, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD );
157      #else
158      int out = val;
159      #endif
160      return out;
161    }
162    
163    ESCRIPT_DLL_API double getMachinePrecision() {
164       return DBL_EPSILON;
165    }
166    ESCRIPT_DLL_API double getMaxFloat() {
167       return DBL_MAX;
168    }
169    ESCRIPT_DLL_API void MPIBarrierWorld() {
170      #ifdef PASO_MPI
171      MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD );
172      #endif
173    }
174    
175    
176    ESCRIPT_DLL_API
177    void
178    saveDataCSV(const std::string& filename, boost::python::dict arg, const std::string& sep, const std::string& csep,
179    bool append)
180    {
181        using std::cout;
182        using std::endl;
183        boost::python::list keys=arg.keys();
184        int numdata = boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());
185        bool hasmask=arg.has_key("mask");
186        Data mask;
187        if (hasmask)
188        {
189        mask=boost::python::extract<escript::Data>(arg["mask"]);
190        keys.remove("mask");
191        numdata--;
192            if (mask.getDataPointRank()!=0)
193        {
194            throw DataException("saveDataCSVcpp: masks must be scalar.");
195        }
196        }
197        if (numdata<1)
198        {
199        throw DataException("saveDataCSVcpp: no data to save specified.");
200        }
201        std::vector<int> step(numdata);
202        std::vector<std::string> names(numdata);
203        std::vector<Data> data(numdata);
204        std::vector<const DataAbstract::ValueType::value_type*> samples(numdata);
205        std::vector<int> offset(numdata);
206        std::vector<int> fstypes(numdata);      // FunctionSpace types for each data
207    
208        keys.sort();    // to get some predictable order to things
209    
210        // We need to interpret the samples correctly even if they are different types
211        // for this reason, we should interate over samples
212        for (int i=0;i<numdata;++i)
213        {
214        names[i]=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);
215        data[i]=boost::python::extract<escript::Data>(arg[keys[i]]);
216        step[i]=(data[i].actsExpanded()?DataTypes::noValues(data[i].getDataPointShape()):0);
217        fstypes[i]=data[i].getFunctionSpace().getTypeCode();
218        if (i>0)
219        {
220            if (data[i].getDomain()!=data[i-1].getDomain())
221            {
222            throw DataException("saveDataCSVcpp: all data must be on the same domain.");
223            }
224        }
225        }
226        int bestfnspace=0;
227        if (!data[0].getDomain()->commonFunctionSpace(fstypes, bestfnspace))
228        {
229        throw DataException("saveDataCSVcpp: FunctionSpaces of data are incompatible");
230        }
231        // now we interpolate all data to the same type
232        FunctionSpace best(data[0].getDomain(),bestfnspace);
233        for (int i=0;i<numdata;++i)
234        {
235        data[i]=data[i].interpolate(best);
236        }
237        int numsamples=data[0].getNumSamples();     // these must be the same for all data
238        int dpps=data[0].getNumDataPointsPerSample();
239    
240        
241        std::ostringstream os;
242    
243    
244        bool first=true;
245        
246        if (data[0].getDomain()->getMPIRank()==0)
247        {
248          for (int i=0;i<numdata;++i)
249          {
250        const DataTypes::ShapeType& s=data[i].getDataPointShape();
251            switch (data[i].getDataPointRank())
252        {
253        case 0: if (!first)
254                {
255                os << sep;
256                }
257                else
258                {
259                first=false;
260                }
261            os << names[i]; break;
262        case 1: for (int j=0;j<s[0];++j)
263            {
264                if (!first)
265                {
266                os << sep;
267                }
268                else
269                {
270                first=false;
271                }
272                os << names[i] << csep << j;
273            }
274            break;
275        case 2: for (int j=0;j<s[0];++j)
276            {
277                for (int k=0;k<s[1];++k)
278                {
279                if (!first)
280                {
281                    os << sep;
282                }
283                else
284                {
285                    first=false;
286                }
287                    os << names[i] << csep << k << csep << j;
288                }
289            }
290            break;
291        case 3: for (int j=0;j<s[0];++j)
292            {
293                for (int k=0;k<s[1];++k)
294                {
295                for (int l=0;l<s[2];++l)
296                {
297                    if (!first)
298                    {
299                        os << sep;
300                    }
301                    else
302                    {
303                        first=false;
304                    }
305                    os << names[i] << csep << k << csep << j << csep << l;
306                }
307                }
308            }
309            break;
310        case 4: for (int j=0;j<s[0];++j)
311            {
312                for (int k=0;k<s[1];++k)
313                {
314                for (int l=0;l<s[2];++l)
315                {
316                    for (int m=0;m<s[3];++m)
317                    {
318                    if (!first)
319                    {
320                        os << sep;
321                    }
322                    else
323                    {
324                        first=false;
325                    }
326                    os << names[i] << csep << k << csep << j << csep << l << csep << m;
327                    }
328                }
329                }
330            }
331            break;
332        default:
333            throw DataException("saveDataCSV: Illegal rank");
334        }
335          }
336          os << endl;
337        }
338        boost::scoped_ptr<BufferGroup> maskbuffer;  // sample buffer for the mask [if we have one]
339        const double* masksample=0;
340        int maskoffset=0;
341        //the use of shared_ptr here is just to ensure the buffer group is freed
342        //I would have used scoped_ptr but they don't work in vectors
343        std::vector<boost::shared_ptr<BufferGroup> > bg(numdata);
344        for (int d=0;d<numdata;++d)
345        {
346        bg[d].reset(data[d].allocSampleBuffer());
347        }
348    
349        bool expandedmask=false;        // does the mask act expanded. Are there mask value for each point in the sample
350        bool wantrow=true;          // do we output this row?
351        if (hasmask)
352        {
353        maskbuffer.reset(mask.allocSampleBuffer());
354        if (mask.actsExpanded())
355        {
356            maskoffset=DataTypes::noValues(mask.getDataPointShape());
357            expandedmask=true;
358        }
359        }
360        os.setf(std::ios_base::scientific, std::ios_base::floatfield);
361        os.precision(15);
362    
363        // errors prior to this point will occur on all processes anyway
364        // so there is no need to explicitly notify other ranks
365        int error=0;
366        try{
367          for (int i=0;i<numsamples;++i)
368          {
369            if (!best.ownSample(i))
370        {
371            continue;
372        }
373        wantrow=true;
374        for (int d=0;d<numdata;++d)
375        {
376            samples[d]=data[d].getSampleDataRO(i,bg[d].get());
377        }
378        if (hasmask)
379        {
380            masksample=mask.getSampleDataRO(i, maskbuffer.get());
381            if (!expandedmask)      // mask controls whole sample
382            {
383                if (masksample[0]<=0)       // masks are scalar
384                {
385                    wantrow=false;
386                }
387            }
388        }
389        for (int j=0;j<dpps;++j)
390        {
391            // now we need to check if this point is masked off
392            if (expandedmask)
393            {
394            wantrow=(masksample[j]>0); // masks are scalar to the relevant value is at [j]
395            }
396            if (wantrow)
397            {
398            bool needsep=false;
399            for (int d=0;d<numdata;++d)
400            {
401                DataTypes::pointToStream(os, samples[d], data[d].getDataPointShape(), offset[d], needsep, sep);
402                needsep=true;
403                offset[d]+=step[d];
404            }
405            os << endl;
406            }
407        }
408        for (int d=0;d<numdata;++d)
409        {
410            offset[d]=0;
411        }  
412          }
413        } catch (...)
414        {
415        error=1;
416    #ifndef PASO_MPI
417        throw;
418    #endif
419        }
420    #ifdef PASO_MPI
421        MPI_Comm com=data[0].getDomain()->getMPIComm();
422        int rerror=0;
423        MPI_Allreduce( &error, &rerror, 1, MPI_INT, MPI_MAX, com );
424        error=rerror;
425        if (error)
426        {
427        throw DataException("saveDataCSVcpp: error building output");
428        }
429    #endif
430    
431        // at this point os will contain the text to be written
432    #ifndef PASO_MPI
433    
434        std::ofstream ofs;
435        if (append)
436        {
437        ofs.open(filename.c_str(), std::ios_base::app);
438        }
439        else
440        {
441        ofs.open(filename.c_str());
442        }
443        if (!ofs.is_open())
444        {
445        throw DataException("saveDataCSVcpp: unable to open file for writing");
446        }
447        ofs << os.str();
448        ofs.close();
449    
450    #else
451    // here we have MPI
452        MPI_File mpi_fileHandle_p;
453        MPI_Status mpi_status;
454        MPI_Info mpi_info = MPI_INFO_NULL;
455        char* fname_c=new char[filename.size()+1];
456        strcpy(fname_c,filename.c_str());
457        boost::scoped_ptr<char> fname_p(fname_c);
458        
459        int amode = MPI_MODE_CREATE|MPI_MODE_WRONLY|MPI_MODE_UNIQUE_OPEN;
460        if (append)
461        {
462        amode |= MPI_MODE_APPEND;
463        }
464        else
465        {
466        if (data[0].getDomain()->getMPIRank()==0)
467        {
468            std::ifstream ifs(fname_p.get());   // if file exists, remove it
469            if (ifs.is_open())
470            {
471            ifs.close();
472                if (remove(fname_p.get()))
473            {
474                error=1;
475            }
476            }
477        }
478        data[0].getDomain()->MPIBarrier();
479        int rerror=0;
480        MPI_Allreduce( &error, &rerror, 1, MPI_INT, MPI_MAX, com );
481        if (rerror!=0)
482        {
483            std::ostringstream oss;
484            oss << "saveDataCSVcpp: File " << filename << " already exists and could not be removed in preparation for new output.";
485            throw DataException(oss.str());
486        }
487        }
488        int ierr;
489        ierr = MPI_File_open(com, fname_p.get(), amode, mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
490        if (ierr != MPI_SUCCESS)
491        {
492        std::ostringstream oss;
493        oss << "saveDataCSVcpp: File " << filename << " could not be opened for writing in parallel";
494            // file is not open so we can throw
495        throw DataException(oss.str());
496        }
497        else
498        {
499                ierr=MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,
500                        MPI_CHAR, MPI_CHAR, const_cast<char*>("native"), mpi_info);
501    // here we are assuming that std::string holds the same type of char as MPI_CHAR
502        }
503    
504        std::string contents=os.str();
505        char* con=new char[contents.size()+1];
506        strcpy(con, contents.c_str());
507        boost::scoped_ptr<char> buff(con);
508        ierr=MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, buff.get(), contents.size(), MPI_CHAR, &mpi_status);
509        if (ierr != MPI_SUCCESS)
510        {
511        error=1;
512        }
513    
514        if (MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p)!= MPI_SUCCESS)
515        {
516        error=1;
517        }
518        data[0].getDomain()->MPIBarrier();
519        if (error)  // any errors at this stage are from collective routines
520        {       // so there is no need to reduce_all
521        throw DataException("saveDataCSVcpp: Error writing and closing file");
522        }
523        
524    #endif
525    }
526    
527    
528  }  // end of namespace  }  // end of namespace

Legend:
Removed from v.1384  
changed lines
  Added in v.2678

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26