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trunk/finley/src/Assemble_PDE.c revision 471 by jgs, Fri Jan 27 01:33:02 2006 UTC trunk/finley/src/Assemble_LumpedSystem.c revision 1221 by ksteube, Fri Aug 3 00:27:20 2007 UTC
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1  /*  /*
2   ******************************************************************************   ************************************************************
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  ******************************************************************************  
11  */  */
12    
13    
14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
15    
16  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S and right hand side F */  /*    assembles the mass matrix in lumped form                */
17    
18  /*     -div(A*grad u)-div(B*u)+C*grad u + D*u= -div X + Y */  /*    The coefficient D has to be defined on the integration points or not present. */
19    
20  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m = -(X_{k,i})_i + Y_k */  /*    lumpedMat has to be initialized before the routine is called. */
   
 /*    u has numComp components. */  
   
 /*    Shape of the coefficients: */  
   
 /*      A = numEqu x numDim x numComp x numDim */  
 /*      B = numDim x numEqu x numComp  */  
 /*      C = numEqu x numDim x numComp  */  
 /*      D = numEqu x numComp  */  
 /*      X = numEqu x numDim   */  
 /*      Y = numEqu */  
   
 /*    The coefficients A,B,C,D,X and Y have to be defined on the integartion points or not present (=NULL). */  
   
 /*    S and F have to be initialized before the routine is called. S or F can be NULL. In this case the left or */  
 /*    the right hand side of the PDE is not processed.  */  
   
 /*    The routine does not consider any boundary conditions. */  
21    
22  /**************************************************************/  /**************************************************************/
23    
# Line 53  Line 33 
33  #endif  #endif
34    
35    
36    /* Disabled until the tests pass */
37    /* #define NEW_LUMPING */ /* */
38    
39  /**************************************************************/  /**************************************************************/
40    
41  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements,Paso_SystemMatrix* S, escriptDataC* F,  void Finley_Assemble_LumpedSystem(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements, escriptDataC* lumpedMat, escriptDataC* D)
42               escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y ) {  {
43    
44      bool_t reducedIntegrationOrder=FALSE, expandedD;
45    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
   double *EM_S=NULL,*EM_F=NULL,*V=NULL,*dVdv=NULL,*dSdV=NULL,*Vol=NULL,*dvdV=NULL;  
   double time0;  
   dim_t dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK],e,q;  
46    Assemble_Parameters p;    Assemble_Parameters p;
47    index_t *index_row=NULL,*index_col=NULL,color;    double time0;
48      dim_t dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK], k, e, len_EM_lumpedMat, q, s;
49      type_t funcspace;
50      index_t color,*row_index=NULL;
51      double *S=NULL, *EM_lumpedMat=NULL, *Vol=NULL, *D_p=NULL, *lumpedMat_p=NULL;
52      register double rtmp, m_t, diagS;
53      size_t len_EM_lumpedMat_size;
54    
55    Finley_resetError();    Finley_resetError();
56    
57    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;
58    if (S==NULL && isEmpty(F)) return;    if (isEmpty(lumpedMat) || isEmpty(D)) return;
59      if (isEmpty(lumpedMat) && !isEmpty(D)) {
60    /* set all parameters in p*/          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Assemble_LumpedSystem: coefficients are non-zero but no lumped matrix is given.");
61    Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,S,F,&p);          return;
   if (! Finley_noError()) return;  
   
   /*  this function assumes NS=NN */  
   if (p.NN!=p.NS) {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"__FILE__: for Finley_Assemble_PDE numNodes and numShapes have to be identical.");  
     return;  
   }  
   if (p.numDim!=p.numElementDim) {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"__FILE__: Finley_Assemble_PDE accepts volume elements only.");  
     return;  
62    }    }
63    /*  get a functionspace */    funcspace=getFunctionSpaceType(D);
   type_t funcspace=UNKNOWN;  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,A);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,B);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,C);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,D);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,X);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,Y);  
   if (funcspace==UNKNOWN) return; /* all  data are empty */  
   
64    /* check if all function spaces are the same */    /* check if all function spaces are the same */
65      if (funcspace==FINLEY_ELEMENTS) {
66    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,A) ) {         reducedIntegrationOrder=FALSE;
67          Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: unexpected function space type for coefficient A");    } else if (funcspace==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  {
68    }         reducedIntegrationOrder=FALSE;
69    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,B) ) {    } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_ELEMENTS) {
70          Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: unexpected function space type for coefficient B");         reducedIntegrationOrder=TRUE;
71    }    } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS)  {
72    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,C) ) {         reducedIntegrationOrder=TRUE;
73          Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: unexpected function space type for coefficient C");    } else {
74    }         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Assemble_LumpedSystem: assemblage failed because of illegal function space.");
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,D) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: unexpected function space type for coefficient D");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,X) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: unexpected function space type for coefficient X");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,Y) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: unexpected function space type for coefficient Y");  
   }  
   
   /* check if all function spaces are the same */  
   
   if (! numSamplesEqual(A,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"__FILE__: sample points of coefficient A don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
75    }    }
76      if (! Finley_noError()) return;
77    
78    if (! numSamplesEqual(B,p.numQuad,elements->numElements) ) {    /* set all parameters in p*/
79          sprintf(error_msg,"__FILE__: sample points of coefficient B don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);    Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,NULL,lumpedMat, reducedIntegrationOrder, &p);
80          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);    if (! Finley_noError()) return;
   }  
81    
82    if (! numSamplesEqual(C,p.numQuad,elements->numElements) ) {    /* check if all function spaces are the same */
         sprintf(error_msg,"__FILE__: sample points of coefficient C don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
83    
84    if (! numSamplesEqual(D,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(D,p.numQuad,elements->numElements) ) {
85          sprintf(error_msg,"__FILE__: sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Assemble_LumpedSystem: sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(X,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"__FILE__: sample points of coefficient X don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(Y,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"__FILE__: sample points of coefficient Y don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
86          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
87    }    }
88    
89    /*  check the dimensions: */    /*  check the dimensions: */
90        
91    if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {    if (p.numEqu==1) {
     if (!isEmpty(A)) {  
       dimensions[0]=p.numDim;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(A,2,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient A: illegal shape, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(B)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(B,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient B: illegal shape (%d,)",dimensions[0]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
        }  
     }  
     if (!isEmpty(C)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(C,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient C, expected shape (%d,)",dimensions[0]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
        }  
     }  
92      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
93         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {
94            Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: coefficient D, rank 0 expected.");            Finley_setError(TYPE_ERROR,"Assemble_LumpedSystem: coefficient D, rank 0 expected.");
        }  
     }  
     if (!isEmpty(X)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(X,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient X, expected shape (%d,",dimensions[0]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
95         }         }
96    
97      }      }
     if (!isEmpty(Y)) {  
        if (!isDataPointShapeEqual(Y,0,dimensions)) {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"__FILE__: coefficient Y, rank 0 expected.");  
        }  
     }  
98    } else {    } else {
     if (!isEmpty(A)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       dimensions[2]=p.numComp;  
       dimensions[3]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(A,4,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient A, expected shape (%d,%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2],dimensions[3]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(B)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       dimensions[2]=p.numComp;  
       if (!isDataPointShapeEqual(B,3,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient B, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(C)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numComp;  
       dimensions[2]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(C,3,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient C, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
99      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
100        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
101        dimensions[1]=p.numComp;        if (!isDataPointShapeEqual(D,1,dimensions)) {
102        if (!isDataPointShapeEqual(D,2,dimensions)) {            sprintf(error_msg,"Assemble_LumpedSystem: coefficient D, expected shape (%d,)",dimensions[0]);
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient D, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(X)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(X,2,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient X, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(Y)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       if (!isDataPointShapeEqual(Y,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"__FILE__: coefficient Y, expected shape (%d,)",dimensions[0]);  
103            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
104        }        }
105      }      }
106    }    }
107    
108    if (Finley_noError()) {    if (Finley_noError()) {
109       time0=Finley_timer();      lumpedMat_p=getSampleData(lumpedMat,0);
110       #pragma omp parallel private(index_col,index_row,EM_S,EM_F,V,dVdv,dSdV,Vol,dvdV,color,q) \      len_EM_lumpedMat=p.row_NN*p.numEqu;
111              firstprivate(elements,nodes,S,F,A,B,C,D,X,Y)      len_EM_lumpedMat_size=len_EM_lumpedMat*sizeof(double);
112       {      expandedD=isExpanded(D);
113           EM_S=EM_F=V=dVdv=dSdV=Vol=dvdV=NULL;      S=p.row_jac->ReferenceElement->S;
114           index_row=index_col=NULL;  
115        #pragma omp parallel private(color, EM_lumpedMat, row_index, Vol, D_p, s, q, k, rtmp, m_t, diagS)
116           /* allocate work arrays: */      {
117           EM_lumpedMat=THREAD_MEMALLOC(len_EM_lumpedMat,double);
118           EM_S=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp,double);         row_index=THREAD_MEMALLOC(p.row_NN,index_t);
119           EM_F=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.numEqu,double);         if ( !Finley_checkPtr(EM_lumpedMat) && !Finley_checkPtr(row_index) ) {
120           V=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN*p.numDim,double);            if (p.numEqu == 1) {
121           dVdv=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad,double);               if (expandedD) {
122           dvdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad,double);                   #ifndef PASO_MPI
123           dSdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NS_row*p.numQuad*p.numDim,double);                   for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
124           Vol=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numQuad,double);                      /*  open loop over all elements: */
125           index_col=(index_t*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_col,index_t);                      #pragma omp for private(e) schedule(static)
126           index_row=(index_t*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row,index_t);                      for(e=0;e<elements->numElements;e++){
127                           if (elements->Color[e]==color) {
128           if (! (Finley_checkPtr(EM_S) || Finley_checkPtr(EM_F) || Finley_checkPtr(V) || Finley_checkPtr(index_col) ||                   #else
129                  Finley_checkPtr(index_row) || Finley_checkPtr(dVdv) || Finley_checkPtr(dSdV) || Finley_checkPtr(Vol) ))  {                   {
130                        for(e=0;e<elements->numElements;e++) {
131             /*  open loop over all colors: */                         {
132             for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {                   #endif
133                /*  open loop over all elements: */                            Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX2(0,e,p.numQuad)]);
134                #pragma omp for private(e) schedule(static)                            memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
135                for(e=0;e<elements->numElements;e++){                            D_p=getSampleData(D,e);
136                  if (elements->Color[e]==color) {                            #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
137                    for (q=0;q<p.NN_row;q++) index_row[q]=p.label_row[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];                            /*
138                    /* gather V-coordinates of nodes into V: */                             *           Number of PDEs: 1
139            Finley_Util_Gather_double(p.NN,&(elements->Nodes[INDEX2(0,e,p.NN)]),p.numDim,nodes->Coordinates,V);                             *  D_p varies over element: True
140                    /*  calculate dVdv(i,j,q)=V(i,k)*DSDv(k,j,q) */                             */
141            Finley_Util_SmallMatMult(p.numDim,p.numDim*p.numQuad,dVdv,p.NS,V,p.referenceElement->dSdv);                            m_t=0; /* mass of the element: m_t */
142                    /*  dvdV=invert(dVdv) inplace */                            for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
143            Finley_Util_InvertSmallMat(p.numQuad,p.numDim,dVdv,dvdV,Vol);                                m_t+=Vol[q]*D_p[q];
144                    /*  calculate dSdV=DSDv*DvDV */                            }                          
145            Finley_Util_SmallMatSetMult(p.numQuad,p.NS_row,p.numDim,dSdV,p.numDim,p.referenceElement_row->dSdv,dvdV);                            diagS=0; /* diagonal sum: S */
146                    /*  scale volume: */                            for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
147            for (q=0;q<p.numQuad;q++) Vol[q]=ABS(Vol[q]*p.referenceElement->QuadWeights[q]);                                rtmp=0;
148                                      for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
149                     /*   integration for the stiffness matrix: */                                    rtmp+=Vol[q]*D_p[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];
150                     /*   in order to optimze the number of operations the case of constants coefficience needs a bit more work */                                }
151                     /*   to make use of some symmetry. */                                EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]+=rtmp;
152                                  diagS+=EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)];
153                       if (S!=NULL) {                            }
154                         for (q=0;q<p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp;q++) EM_S[q]=0;                            /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
155                         if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {                            for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
156                         Finley_Assemble_PDEMatrix_Single2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,                                EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]*=m_t/diagS;
157                                                                       p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,                            }
158                                                                       getSampleData(A,e),isExpanded(A),                            #else /* row-sum lumping */
159                                                                       getSampleData(B,e),isExpanded(B),                            for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
160                                                                       getSampleData(C,e),isExpanded(C),                                rtmp=0;
161                                                                       getSampleData(D,e),isExpanded(D));                                for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*D_p[q];
162                         } else {                                EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]+=rtmp;
163                         Finley_Assemble_PDEMatrix_System2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,p.numEqu,p.numComp,                            }
164                                                                       p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,                            #endif
165                                                                       getSampleData(A,e),isExpanded(A),                            for (q=0;q<p.row_NN;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];
166                                                                       getSampleData(B,e),isExpanded(B),                            Finley_Util_AddScatter(p.row_NN,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
167                                                                       getSampleData(C,e),isExpanded(C),                         } /* end color check */
168                                                                       getSampleData(D,e),isExpanded(D));                      } /* end element loop */
169                         }                    } /* end color loop */
170                         for (q=0;q<p.NN_col;q++) index_col[q]=p.label_col[elements->Nodes[INDEX2(p.col_node[q],e,p.NN)]];               } else  {
171                         Finley_Assemble_addToSystemMatrix(S,p.NN_row,index_row,p.numEqu,p.NN_col,index_col,p.numComp,EM_S);                   #ifndef PASO_MPI
172                       }                   for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
173                       if (!isEmpty(F)) {                   /*  open loop over all elements: */
174                         for (q=0;q<p.NN_row*p.numEqu;q++) EM_F[q]=0;                   #pragma omp for private(e) schedule(static)
175                         if (p.numEqu==1) {                   for(e=0;e<elements->numElements;e++){
176                         Finley_Assemble_RHSMatrix_Single(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,                      if (elements->Color[e]==color) {
177                                                                   p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,                   #else
178                                                                   getSampleData(X,e),isExpanded(X),                   {
179                                                                   getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));                      for(e=0;e<elements->numElements;e++) {
180                         } else {                         {
181                         Finley_Assemble_RHSMatrix_System(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,                   #endif
182                                                                   p.numEqu,p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,                            Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX2(0,e,p.numQuad)]);
183                                                                   getSampleData(X,e),isExpanded(X),                            memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
184                                                                   getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));                            D_p=getSampleData(D,e);
185                         }                            #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
186                         /* add  */                            /*
187                         Finley_Util_AddScatter(p.NN_row,index_row,p.numEqu,EM_F,getSampleData(F,0));                             *           Number of PDEs: 1
188                      }                             *  D_p varies over element: False
189                  }                             */
190                }                            m_t=0; /* mass of the element: m_t */
191              }                            for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
192           }                                m_t+=Vol[q]*D_p[0];
193           /* clean up */                            }                          
194           THREAD_MEMFREE(EM_S);                            diagS=0; /* diagonal sum: S */
195           THREAD_MEMFREE(EM_F);                            for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
196           THREAD_MEMFREE(V);                                rtmp=0;
197           THREAD_MEMFREE(dVdv);                                for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
198           THREAD_MEMFREE(dvdV);                                    rtmp+=Vol[q]*D_p[0]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];
199           THREAD_MEMFREE(dSdV);                                }
200           THREAD_MEMFREE(Vol);                                EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]+=rtmp;
201           THREAD_MEMFREE(index_col);                                diagS+=EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)];
202           THREAD_MEMFREE(index_row);                            }
203       }                            /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
204       #ifdef Finley_TRACE                            for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
205       printf("timing: assemblage PDE: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);                                EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]*=m_t/diagS;
206       #endif                            }
207    }                            #else /* row-sum lumping */
208                              for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
209                                  rtmp=0;
210                                  for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];
211                                  EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]+=rtmp*D_p[0];
212                              }
213                              #endif
214                              for (q=0;q<p.row_NN;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];
215                              Finley_Util_AddScatter(p.row_NN,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
216                          } /* end color check */
217                        } /* end element loop */
218                     } /* end color loop */
219                 }
220              } else {
221                 if (expandedD) {
222                     #ifndef PASO_MPI
223                     for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
224                        /*  open loop over all elements: */
225                        #pragma omp for private(e) schedule(static)
226                        for(e=0;e<elements->numElements;e++){
227                           if (elements->Color[e]==color) {
228                     #else
229                     {
230                        for(e=0;e<elements->numElements;e++) {
231                           {
232                     #endif
233                              Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX2(0,e,p.numQuad)]);
234                              memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
235                              D_p=getSampleData(D,e);
236                              #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
237                              /*
238                               *           Number of PDEs: Multiple
239                               *  D_p varies over element: True
240                               */
241                              for (k=0;k<p.numEqu;k++) {
242                                  m_t=0; /* mass of the element: m_t */
243                                  for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
244                                      m_t+=Vol[q]*D_p[INDEX2(k,q,p.numEqu)];
245                                  }                          
246                                  diagS=0; /* diagonal sum: S */
247                                  for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
248                                      rtmp=0;
249                                      for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
250                                          rtmp+=Vol[q]*D_p[INDEX2(k,q,p.numEqu)]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];
251                                      }
252                                      EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;
253                                      diagS+=EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)];
254                                  }
255                                  /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
256                                  for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
257                                      EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]*=m_t/diagS;
258                                  }
259                              }
260                              #else /* row-sum lumping */
261                              for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
262                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) {
263                                      rtmp=0.;
264                                      for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*D_p[INDEX2(k,q,p.numEqu)];
265                                      EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;
266                                  }
267                              }
268                              #endif
269                              for (q=0;q<p.row_NN;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];
270                              Finley_Util_AddScatter(p.row_NN,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
271                           } /* end color check */
272                        } /* end element loop */
273                    } /* end color loop */
274                 } else {
275                     #ifndef PASO_MPI
276                     for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
277                        /*  open loop over all elements: */
278                        #pragma omp for private(e) schedule(static)
279                        for(e=0;e<elements->numElements;e++){
280                           if (elements->Color[e]==color) {
281                     #else
282                     {
283                        for(e=0;e<elements->numElements;e++) {
284                           {
285                     #endif
286                              Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX2(0,e,p.numQuad)]);
287                              memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
288                              D_p=getSampleData(D,e);
289                              #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
290                              /*
291                               *           Number of PDEs: Multiple
292                               *  D_p varies over element: False
293                               */
294                              for (k=0;k<p.numEqu;k++) {
295                                  m_t=0; /* mass of the element: m_t */
296                                  for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
297                                      m_t+=Vol[q]*D_p[k];
298                                  }                          
299                                  diagS=0; /* diagonal sum: S */
300                                  for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
301                                      rtmp=0;
302                                      for (q=0;q<p.numQuad;q++) {
303                                          rtmp+=Vol[q]*D_p[k]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];
304                                      }
305                                      EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;
306                                      diagS+=EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)];
307                                  }
308                                  /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
309                                  for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
310                                      EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]*=m_t/diagS;
311                                  }
312                              }
313                              #else /* row-sum lumping */
314                              for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
315                                  rtmp=0;
316                                  for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];
317                                  for (k=0;k<p.numEqu;k++) EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp*D_p[k];
318                              }
319                              #endif
320                              for (q=0;q<p.row_NN;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];
321                              Finley_Util_AddScatter(p.row_NN,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
322                           } /* end color check */
323                        } /* end element loop */
324                    } /* end color loop */
325                 }
326              }
327           } /* end of pointer check */
328           THREAD_MEMFREE(EM_lumpedMat);
329           THREAD_MEMFREE(row_index);
330        } /* end parallel region */
331      }
332      #ifdef Finley_TRACE
333      printf("timing: assemblage lumped PDE: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);
334      #endif
335  }  }
 /*  
  * $Log$  
  * Revision 1.8  2005/09/15 03:44:21  jgs  
  * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-15  
  *  
  * Revision 1.7  2005/09/01 03:31:35  jgs  
  * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-01  
  *  
  * Revision 1.6  2005/08/12 01:45:42  jgs  
  * erge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-08-12  
  *  
  * Revision 1.5.2.3  2005/09/07 06:26:17  gross  
  * the solver from finley are put into the standalone package paso now  
  *  
  * Revision 1.5.2.2  2005/08/24 02:02:18  gross  
  * timing output switched off. solver output can be swiched through getSolution(verbose=True) now.  
  *  
  * Revision 1.5.2.1  2005/08/03 08:54:27  gross  
  * contact element assemblage was called with wrong element table pointer  
  *  
  * Revision 1.5  2005/07/08 04:07:46  jgs  
  * Merge of development branch back to main trunk on 2005-07-08  
  *  
  * Revision 1.4  2004/12/15 07:08:32  jgs  
  * *** empty log message ***  
  * Revision 1.1.1.1.2.2  2005/06/29 02:34:47  gross  
  * some changes towards 64 integers in finley  
  *  
  * Revision 1.1.1.1.2.1  2004/11/24 01:37:12  gross  
  * some changes dealing with the integer overflow in memory allocation. Finley solves 4M unknowns now  
  *  
  *  
  *  
  */  

Legend:
Removed from v.471  
changed lines
  Added in v.1221

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