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trunk/finley/src/Assemble_PDE.c revision 969 by ksteube, Tue Feb 13 23:02:23 2007 UTC trunk/finley/src/Assemble_LumpedSystem.c revision 2750 by caltinay, Tue Nov 17 23:39:20 2009 UTC
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 /*  
  ************************************************************  
  *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
  *                                                          *  
  *              http://www.access.edu.au                    *  
  *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
  *                                                          *  
  ************************************************************  
 */  
1    
2    /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2009 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
 /**************************************************************/  
   
 /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S and right hand side F */  
   
 /*     -div(A*grad u)-div(B*u)+C*grad u + D*u= -div X + Y */  
   
 /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m = -(X_{k,i})_i + Y_k */  
   
 /*    u has numComp components. */  
   
 /*    Shape of the coefficients: */  
14    
15  /*      A = numEqu x numDim x numComp x numDim */  /**************************************************************/
 /*      B = numDim x numEqu x numComp  */  
 /*      C = numEqu x numDim x numComp  */  
 /*      D = numEqu x numComp  */  
 /*      X = numEqu x numDim   */  
 /*      Y = numEqu */  
16    
17  /*    The coefficients A,B,C,D,X and Y have to be defined on the integartion points or not present (=NULL). */  /*    assembles the mass matrix in lumped form                */
18    
19  /*    S and F have to be initialized before the routine is called. S or F can be NULL. In this case the left or */  /*    The coefficient D has to be defined on the integration points or not present. */
 /*    the right hand side of the PDE is not processed.  */  
20    
21  /*    The routine does not consider any boundary conditions. */  /*    lumpedMat has to be initialized before the routine is called. */
   
 /**************************************************************/  
   
 /*  Author: gross@access.edu.au */  
 /*  Version: $Id$ */  
22    
23  /**************************************************************/  /**************************************************************/
24    
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29  #endif  #endif
30    
31    
32    /* Disabled until the tests pass */
33    /* #define NEW_LUMPING */ /* */
34    
35  /**************************************************************/  /**************************************************************/
36    
37  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements,Paso_SystemMatrix* S, escriptDataC* F,  void Finley_Assemble_LumpedSystem(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements, escriptDataC* lumpedMat, escriptDataC* D)
38               escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y ) {  {
39    
40    bool_t reducedIntegrationOrder=FALSE;    bool_t reducedIntegrationOrder=FALSE, expandedD;
41    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
42    Assemble_Parameters p;    Assemble_Parameters p;
43    double time0;    dim_t dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK], k, e, len_EM_lumpedMat, q, s, isub;
44    dim_t dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK];    type_t funcspace;
45      index_t color,*row_index=NULL;
46    Finley_resetError();    __const double *D_p=NULL;
47      double *S=NULL, *EM_lumpedMat=NULL, *Vol=NULL, *lumpedMat_p=NULL;
48    {    register double rtmp;
49    int iam, numCPUs;    size_t len_EM_lumpedMat_size;
50  #ifdef Paso_MPI  #ifdef NEW_LUMPING
51    iam = elements->elementDistribution->MPIInfo->rank;    register double m_t=0., diagS=0.;
   numCPUs = elements->elementDistribution->MPIInfo->size;  
   printf("ksteube finley/src/Assemble_PDE.c : Finley_Assemble_PDE\n");  
   printf("ksteube size=%d iam=%d\n", numCPUs,  iam);  
   printf("ksteube iam=%d #elements: L=%d I=%d B=%d\n", iam, elements->elementDistribution->numLocal, elements->elementDistribution->numInternal, elements->elementDistribution->numBoundary);  
52  #endif  #endif
53    }  
54      Finley_resetError();
55    
56    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;
57    if (S==NULL && isEmpty(F)) return;    if (isEmpty(lumpedMat) || isEmpty(D)) return;
58      if (isEmpty(lumpedMat) && !isEmpty(D)) {
59    if (isEmpty(F) && !isEmpty(X) && !isEmpty(F)) {          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Assemble_LumpedSystem: coefficients are non-zero but no lumped matrix is given.");
60          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: right hand side coefficients are non-zero bat no right hand side vector given.");          return;
61    }    }
62      funcspace=getFunctionSpaceType(D);
   if (S==NULL && !isEmpty(A) && !isEmpty(B) && !isEmpty(C) && !isEmpty(D)) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficients are non-zero but no matrix is given.");  
   }  
   
   /*  get the functionspace for this assemblage call */  
   type_t funcspace=UNKNOWN;  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,A);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,B);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,C);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,D);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,X);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,Y);  
   if (funcspace==UNKNOWN) return; /* all  data are empty */  
   
   
   /* check if all function spaces are the same */  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,A) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient A");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,B) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient B");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,C) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient C");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,D) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient D");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,X) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient X");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,Y) ) {  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient Y");  
   }  
   if (! Finley_noError()) return;  
   
63    /* check if all function spaces are the same */    /* check if all function spaces are the same */
64    if (funcspace==FINLEY_ELEMENTS) {    if (funcspace==FINLEY_ELEMENTS) {
65         reducedIntegrationOrder=FALSE;         reducedIntegrationOrder=FALSE;
66    } else if (funcspace==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  {    } else if (funcspace==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  {
67         reducedIntegrationOrder=FALSE;         reducedIntegrationOrder=FALSE;
68    } else if (funcspace==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  {    } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_ELEMENTS) {
69         reducedIntegrationOrder=FALSE;         reducedIntegrationOrder=TRUE;
70    } else if (funcspace==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2)  {    } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS)  {
71         reducedIntegrationOrder=FALSE;         reducedIntegrationOrder=TRUE;
72    } else {    } else {
73         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: assemblage failed because of illegal function space.");         Finley_setError(TYPE_ERROR,"Assemble_LumpedSystem: assemblage failed because of illegal function space.");
74    }    }
75    if (! Finley_noError()) return;    if (! Finley_noError()) return;
76    
77    /* set all parameters in p*/    /* set all parameters in p*/
78    Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,S,F, reducedIntegrationOrder, &p);    Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,NULL,lumpedMat, reducedIntegrationOrder, &p);
79    if (! Finley_noError()) return;    if (! Finley_noError()) return;
80    
81    /* check if all function spaces are the same */    /* check if all function spaces are the same */
82    
83    if (! numSamplesEqual(A,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(D,p.numQuadSub,elements->numElements) ) {
84          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient A don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          sprintf(error_msg,"Assemble_LumpedSystem: sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuadSub,elements->numElements);
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(B,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient B don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(C,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient C don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(D,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(X,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient X don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(Y,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient Y don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
85          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
86    }    }
87    
88    /*  check the dimensions: */    /*  check the dimensions: */
89        
90    if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {    if (p.numEqu==1) {
     if (!isEmpty(A)) {  
       dimensions[0]=p.numDim;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(A,2,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient A: illegal shape, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(B)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(B,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient B: illegal shape (%d,)",dimensions[0]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
        }  
     }  
     if (!isEmpty(C)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(C,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,)",dimensions[0]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
        }  
     }  
91      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
92         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {
93            Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficient D, rank 0 expected.");            Finley_setError(TYPE_ERROR,"Assemble_LumpedSystem: coefficient D, rank 0 expected.");
        }  
     }  
     if (!isEmpty(X)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(X,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,",dimensions[0]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
94         }         }
95    
96      }      }
     if (!isEmpty(Y)) {  
        if (!isDataPointShapeEqual(Y,0,dimensions)) {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficient Y, rank 0 expected.");  
        }  
     }  
97    } else {    } else {
     if (!isEmpty(A)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       dimensions[2]=p.numComp;  
       dimensions[3]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(A,4,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient A, expected shape (%d,%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2],dimensions[3]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(B)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       dimensions[2]=p.numComp;  
       if (!isDataPointShapeEqual(B,3,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient B, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(C)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numComp;  
       dimensions[2]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(C,3,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
98      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
99        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
100        dimensions[1]=p.numComp;        if (!isDataPointShapeEqual(D,1,dimensions)) {
101        if (!isDataPointShapeEqual(D,2,dimensions)) {            sprintf(error_msg,"Assemble_LumpedSystem: coefficient D, expected shape (%d,)",dimensions[0]);
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient D, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(X)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(X,2,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(Y)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       if (!isDataPointShapeEqual(Y,1,dimensions)) {  
           sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient Y, expected shape (%d,)",dimensions[0]);  
102            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
103        }        }
104      }      }
105    }    }
106    
107    if (Finley_noError()) {    if (Finley_noError()) {
108       time0=Finley_timer();      void* buffer=allocSampleBuffer(D);
109       if (p.numEqu == p. numComp) {      requireWrite(lumpedMat);
110          if (p.numEqu > 1) {      lumpedMat_p=getSampleDataRW(lumpedMat,0);
111            /* system of PDESs */      len_EM_lumpedMat=p.row_numShapesTotal*p.numEqu;
112            if (p.numDim==3) {      len_EM_lumpedMat_size=len_EM_lumpedMat*sizeof(double);
113              if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {      
114                 Finley_Assemble_PDE_System2_3D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);      expandedD=isExpanded(D);
115              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {      S=p.row_jac->BasisFunctions->S;
116                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {  
117                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");  #ifdef NEW_LUMPING
118                 } else {      #pragma omp parallel private(color, EM_lumpedMat, row_index, Vol, D_p, s, q, k, rtmp, diagS, m_t)
119                    Finley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);  #else
120                 }      #pragma omp parallel private(color, EM_lumpedMat, row_index, Vol, D_p, s, q, k, rtmp)
121              } else {  #endif
122                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");      {
123              }         EM_lumpedMat=THREAD_MEMALLOC(len_EM_lumpedMat,double);
124            } else if (p.numDim==2) {         row_index=THREAD_MEMALLOC(p.row_numShapesTotal,index_t);
125              if ((p.row_NS == p.col_NS) && (p.row_NS == p.row_NN) && (p.col_NS == p.col_NN )) {         if ( !Finley_checkPtr(EM_lumpedMat) && !Finley_checkPtr(row_index) ) {
126                 Finley_Assemble_PDE_System2_2D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);            if (p.numEqu == 1) {
127              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {               if (expandedD) {
128                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {              
129                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");                   for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
130                 } else {                      /*  open loop over all elements: */
131                    Finley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);                      #pragma omp for private(e) schedule(static)
132                 }                      for(e=0;e<elements->numElements;e++){
133              } else {                      
134                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");                          if (elements->Color[e]==color) {
135              }                              for (isub=0; isub<p.numSub; isub++) {
136            } else if (p.numDim==2) {                                 Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX3(0,isub,e, p.numQuadSub,p.numSub)]);
137              if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {                                 memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
138                 Finley_Assemble_PDE_System2_1D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);                  
139              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {                                 D_p=getSampleDataRO(D,e,buffer);                          
140                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {                                 #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
141                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");                                     m_t=0; /* mass of the element: m_t */
142                 } else {                                     for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) m_t+=Vol[q]*D_p[INDEX2(q, isub,p.numQuadSub) ];
143                    Finley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);                          
144                 }                                     diagS=0; /* diagonal sum: S */
145              } else {                                     for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
146                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");                                        rtmp=0;
147              }                                        for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*D_p[INDEX2(q, isub,p.numQuadSub)]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];
148            } else {                                        EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]=rtmp;
149              Finley_setError(VALUE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports spatial dimensions 1,2,3 only.");                                        diagS+=rtmp;
150            }                                     }
151          } else {                                     /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
152            /* single PDES */                                     rtmp=m_t/diagS;
153            if (p.numDim==3) {                                     for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]*=rtmp;
154              if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {                            
155                 Finley_Assemble_PDE_Single2_3D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);                                 #else /* row-sum lumping */
156              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {                                     for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
157                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {                                         rtmp=0;
158                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");                                         for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*D_p[INDEX2(q, isub,p.numQuadSub)];
159                 } else {                                         EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]+=rtmp;
160                    Finley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);                                     }
161                 }                                 #endif
162              } else {                                 for (q=0;q<p.row_numShapesTotal;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[INDEX2(q,isub,p.row_numShapesTotal)],e,p.NN)]];
163                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");                                 Finley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
164              }                  } /* end of isub loop */
165            } else if (p.numDim==2) {                         } /* end color check */
166              if ((p.row_NS == p.col_NS) && (p.row_NS == p.row_NN) && (p.col_NS == p.col_NN )) {                
167                 Finley_Assemble_PDE_Single2_2D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);                      } /* end element loop */
168              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {                    } /* end color loop */
169                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {               } else  {          
170                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");                   for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
171                 } else {                      /*  open loop over all elements: */
172                    Finley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);                      #pragma omp for private(e) schedule(static)
173                 }                      for(e=0;e<elements->numElements;e++){
174              } else {                      
175                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");                          if (elements->Color[e]==color) {
176              }                              for (isub=0; isub<p.numSub; isub++) {
177            } else if (p.numDim==2) {                              
178              if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {                                  Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX3(0,isub,e, p.numQuadSub,p.numSub)]);
179                 Finley_Assemble_PDE_Single2_1D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);                                  memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
180              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {                  
181                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {                                 D_p=getSampleDataRO(D,e,buffer);                          
182                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");                                 #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
183                 } else {                                     m_t=0; /* mass of the element: m_t */
184                    Finley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);                                     for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) m_t+=Vol[q];
185                 }                                     m_t*=D_p[0];
186              } else {                    
187                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");                                     diagS=0; /* diagonal sum: S */
188              }                                     for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
189                                          rtmp=0;
190                                          for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];
191                                          rtmp*=D_p[0];
192                                          EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]=rtmp;
193                                          diagS+=rtmp;
194                                       }
195                                       /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
196                                       rtmp=m_t/diagS;
197                                       for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]*=rtmp;
198                              
199                                   #else /* row-sum lumping */
200                                       for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
201                                           rtmp=0;
202                                           for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];
203                                           EM_lumpedMat[INDEX2(0,s,p.numEqu)]+=rtmp*D_p[0];
204                                       }
205                                   #endif
206                                   for (q=0;q<p.row_numShapesTotal;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[INDEX2(q,isub,p.row_numShapesTotal)],e,p.NN)]];
207                                   Finley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
208                                } /* end of isub loop */
209                           } /* end color check */
210                        } /* end element loop */
211                      } /* end color loop */
212            
213                 }
214            } else {            } else {
215              Finley_setError(VALUE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports spatial dimensions 1,2,3 only.");               if (expandedD) {
216                     for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
217                        /*  open loop over all elements: */
218                        #pragma omp for private(e) schedule(static)
219                        for(e=0;e<elements->numElements;e++){
220                           if (elements->Color[e]==color) {
221                               for (isub=0; isub<p.numSub; isub++) {    
222                                  Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX3(0,isub,e, p.numQuadSub,p.numSub)]);
223                                  memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
224                                  D_p=getSampleDataRO(D,e,buffer);
225                  
226                                  #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
227                                      for (k=0;k<p.numEqu;k++) {
228                                          m_t=0; /* mass of the element: m_t */
229                                          for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) m_t+=Vol[q]*D_p[INDEX3(k,q,isub,p.numEqu,p.numQuadSub)];
230                                                      
231                                          diagS=0; /* diagonal sum: S */
232                                          for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
233                                              rtmp=0;
234                                              for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*D_p[INDEX3(k,q,isub,p.numEqu,p.numQuadSub)]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];
235                                              EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]=rtmp;
236                                              diagS+=rtmp;
237                                          }
238                                          /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
239                                          rtmp=m_t/diagS;
240                                          for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]*=rtmp;
241                                      }
242                                  #else /* row-sum lumping */
243                                    for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
244                                      for (k=0;k<p.numEqu;k++) {
245                                          rtmp=0.;
246                                          for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*D_p[INDEX3(k,q,isub,p.numEqu,p.numQuadSub)];
247                                          EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp;
248                                      }
249                                    }
250                                  #endif
251                                  for (q=0;q<p.row_numShapesTotal;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[INDEX2(q,isub,p.row_numShapesTotal)],e,p.NN)]];
252                                  Finley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
253                               } /* end of isub loop */
254                           } /* end color check */
255                        } /* end element loop */
256                    } /* end color loop */
257                 } else {
258                     for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
259                        /*  open loop over all elements: */
260                        #pragma omp for private(e) schedule(static)
261                        for(e=0;e<elements->numElements;e++){
262                           if (elements->Color[e]==color) {
263                               for (isub=0; isub<p.numSub; isub++) {    
264                                  Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX3(0,isub,e, p.numQuadSub,p.numSub)]);
265                                  memset(EM_lumpedMat,0,len_EM_lumpedMat_size);
266                                  D_p=getSampleDataRO(D,e,buffer);
267                  
268                                  #ifdef NEW_LUMPING /* HRZ lumping */
269                                      for (k=0;k<p.numEqu;k++) {
270                                          m_t=0; /* mass of the element: m_t */
271                                          for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) m_t+=Vol[q]*D_p[INDEX3(k,q,isub,p.numEqu,p.numQuadSub)];
272                                          m_t*=D_p[k];          
273                                          diagS=0; /* diagonal sum: S */
274                                          for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
275                                              rtmp=0;
276                                              for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];
277                                              rtmp*=D_p[k];
278                                              EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]=rtmp;
279                                              diagS+=rtmp;
280                                          }
281                                          /* rescale diagonals by m_t/diagS to ensure consistent mass over element */
282                                          rtmp=m_t/diagS;
283                                          for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]*=rtmp;
284                                      }
285                                 #else /* row-sum lumping */
286                                     for (s=0;s<p.row_numShapes;s++) {
287                                         for (k=0;k<p.numEqu;k++) {
288                                            rtmp=0.;
289                                            for (q=0;q<p.numQuadSub;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_numShapes)];
290                                            EM_lumpedMat[INDEX2(k,s,p.numEqu)]+=rtmp*D_p[k];
291                                         }
292                                     }
293                                  #endif
294                                  for (q=0;q<p.row_numShapesTotal;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[INDEX2(q,isub,p.row_numShapesTotal)],e,p.NN)]];
295                                  Finley_Util_AddScatter(p.row_numShapesTotal,row_index,p.numEqu,EM_lumpedMat,lumpedMat_p, p.row_DOF_UpperBound);
296                              } /* end of isub loop */
297                           } /* end color check */
298                        } /* end element loop */
299                    } /* end color loop */
300                 }
301            }            }
302          }         } /* end of pointer check */
303       } else {         THREAD_MEMFREE(EM_lumpedMat);
304            Finley_setError(VALUE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE requires number of equations == number of solutions  .");         THREAD_MEMFREE(row_index);
305       }      } /* end parallel region */
306       #ifdef Finley_TRACE      freeSampleBuffer(buffer);
      printf("timing: assemblage PDE: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);  
      #endif  
307    }    }
308  }  }
 /*  
  * $Log$  
  * Revision 1.8  2005/09/15 03:44:21  jgs  
  * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-15  
  *  
  * Revision 1.7  2005/09/01 03:31:35  jgs  
  * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-01  
  *  
  * Revision 1.6  2005/08/12 01:45:42  jgs  
  * erge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-08-12  
  *  
  * Revision 1.5.2.3  2005/09/07 06:26:17  gross  
  * the solver from finley are put into the standalone package paso now  
  *  
  * Revision 1.5.2.2  2005/08/24 02:02:18  gross  
  * timing output switched off. solver output can be swiched through getSolution(verbose=True) now.  
  *  
  * Revision 1.5.2.1  2005/08/03 08:54:27  gross  
  * contact element assemblage was called with wrong element table pointer  
  *  
  * Revision 1.5  2005/07/08 04:07:46  jgs  
  * Merge of development branch back to main trunk on 2005-07-08  
  *  
  * Revision 1.4  2004/12/15 07:08:32  jgs  
  * *** empty log message ***  
  * Revision 1.1.1.1.2.2  2005/06/29 02:34:47  gross  
  * some changes towards 64 integers in finley  
  *  
  * Revision 1.1.1.1.2.1  2004/11/24 01:37:12  gross  
  * some changes dealing with the integer overflow in memory allocation. Finley solves 4M unknowns now  
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