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trunk/esys2/finley/src/finleyC/Assemble_PDE.c revision 97 by jgs, Tue Dec 14 05:39:33 2004 UTC trunk/finley/src/Assemble_PDE.c revision 1072 by gross, Thu Mar 29 06:44:30 2007 UTC
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1  /* $Id$ */  /*
2     ************************************************************
3     *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *
4     *                                                          *
5     *              http://www.access.edu.au                    *
6     *       Primary Business: Queensland, Australia            *
7     *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *
8     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *
9     *                                                          *
10     ************************************************************
11    */
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14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
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40  /**************************************************************/  /**************************************************************/
41    
42  /*   Copyrights by ACcESS Australia, 2003,2004 */  /*  Author: gross@access.edu.au */
43  /*   author: gross@access.edu.au */  /*  Version: $Id$ */
 /*   Version: $Id$ */  
44    
45  /**************************************************************/  /**************************************************************/
46    
 #include "escript/Data/DataC.h"  
 #include "Finley.h"  
47  #include "Assemble.h"  #include "Assemble.h"
 #include "NodeFile.h"  
 #include "ElementFile.h"  
48  #include "Util.h"  #include "Util.h"
49  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
50  #include <omp.h>  #include <omp.h>
# Line 47  Line 53 
53    
54  /**************************************************************/  /**************************************************************/
55    
56  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements,Finley_SystemMatrix* S, escriptDataC* F,  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements,Paso_SystemMatrix* S, escriptDataC* F,
57               escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y ) {               escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y ) {
58    
59    double *EM_S=NULL,*EM_F=NULL,*V=NULL,*dVdv=NULL,*dSdV=NULL,*Vol=NULL,*dvdV=NULL;    bool_t reducedIntegrationOrder=FALSE;
60    double time0;    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
   int dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK],e,q,color;  
61    Assemble_Parameters p;    Assemble_Parameters p;
62    maybelong *index_row=NULL,*index_col=NULL;    double time0;
63      dim_t dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK];
64      type_t funcspace;
65    
66      Finley_resetError();
67    
68    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;    if (nodes==NULL || elements==NULL) return;
69    if (S==NULL && isEmpty(F)) return;    if (S==NULL && isEmpty(F)) return;
70    
71    /* set all parameters in p*/    if (isEmpty(F) && !isEmpty(X) && !isEmpty(F)) {
72    Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,S,F,&p);          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: right hand side coefficients are non-zero bat no right hand side vector given.");
73    if (Finley_ErrorCode!=NO_ERROR) return;    }
74    
75    /*  this function assumes NS=NN */    if (S==NULL && !isEmpty(A) && !isEmpty(B) && !isEmpty(C) && !isEmpty(D)) {
76    if (p.NN!=p.NS) {          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficients are non-zero but no matrix is given.");
     Finley_ErrorCode=SYSTEM_ERROR;  
     sprintf(Finley_ErrorMsg,"for Finley_Assemble_PDE numNodes and numShapes have to be identical.");  
     return;  
   }  
   if (p.numDim!=p.numElementDim) {  
     Finley_ErrorCode=SYSTEM_ERROR;  
     sprintf(Finley_ErrorMsg,"Finley_Assemble_PDE accepts volume elements only.");  
     return;  
77    }    }
78    /*  get a functionspace */  
79    int funcspace=UNKNOWN;    /*  get the functionspace for this assemblage call */
80      funcspace=UNKNOWN;
81    updateFunctionSpaceType(funcspace,A);    updateFunctionSpaceType(funcspace,A);
82    updateFunctionSpaceType(funcspace,B);    updateFunctionSpaceType(funcspace,B);
83    updateFunctionSpaceType(funcspace,C);    updateFunctionSpaceType(funcspace,C);
# Line 85  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 87  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
87    if (funcspace==UNKNOWN) return; /* all  data are empty */    if (funcspace==UNKNOWN) return; /* all  data are empty */
88    
89    /* check if all function spaces are the same */    /* check if all function spaces are the same */
   
90    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,A) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,A) ) {
91          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient A");
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient A");  
92    }    }
93    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,B) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,B) ) {
94          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient B");
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient B");  
95    }    }
96    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,C) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,C) ) {
97          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient C");
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient C");  
98    }    }
99    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,D) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,D) ) {
100          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient D");
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient D");  
101    }    }
102    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,X) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,X) ) {
103          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient X");
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient X");  
104    }    }
105    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,Y) ) {    if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,Y) ) {
106          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: unexpected function space type for coefficient Y");
107          sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient Y");    }
108      if (! Finley_noError()) return;
109    
110      /* check if all function spaces are the same */
111      if (funcspace==FINLEY_ELEMENTS) {
112           reducedIntegrationOrder=FALSE;
113      } else if (funcspace==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  {
114           reducedIntegrationOrder=FALSE;
115      } else if (funcspace==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  {
116           reducedIntegrationOrder=FALSE;
117      } else if (funcspace==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2)  {
118           reducedIntegrationOrder=FALSE;
119      } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_ELEMENTS) {
120           reducedIntegrationOrder=TRUE;
121      } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS)  {
122           reducedIntegrationOrder=TRUE;
123      } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1)  {
124           reducedIntegrationOrder=TRUE;
125      } else if (funcspace==FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2)  {
126           reducedIntegrationOrder=TRUE;
127      } else {
128           Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: assemblage failed because of illegal function space.");
129    }    }
130      if (! Finley_noError()) return;
131    
132      /* set all parameters in p*/
133      Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,S,F, reducedIntegrationOrder, &p);
134      if (! Finley_noError()) return;
135    
136    /* check if all function spaces are the same */    /* check if all function spaces are the same */
137    
138    if (! numSamplesEqual(A,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(A,p.numQuad,elements->numElements) ) {
139          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient A don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);
140          sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient A don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
141    }    }
142    
143    if (! numSamplesEqual(B,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(B,p.numQuad,elements->numElements) ) {
144          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient B don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);
145          sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient B don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
146    }    }
147    
148    if (! numSamplesEqual(C,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(C,p.numQuad,elements->numElements) ) {
149          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient C don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);
150          sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient C don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
151    }    }
152    
153    if (! numSamplesEqual(D,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(D,p.numQuad,elements->numElements) ) {
154          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);
155          sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
156    }    }
157    
158    if (! numSamplesEqual(X,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(X,p.numQuad,elements->numElements) ) {
159          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient X don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);
160          sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient X don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
161    }    }
162    
163    if (! numSamplesEqual(Y,p.numQuad,elements->numElements) ) {    if (! numSamplesEqual(Y,p.numQuad,elements->numElements) ) {
164          Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;          sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: sample points of coefficient Y don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);
165          sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient Y don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);          Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
166    }    }
167    
168    /*  check the dimensions: */    /*  check the dimensions: */
# Line 150  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 172  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
172        dimensions[0]=p.numDim;        dimensions[0]=p.numDim;
173        dimensions[1]=p.numDim;        dimensions[1]=p.numDim;
174        if (!isDataPointShapeEqual(A,2,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(A,2,dimensions)) {
175            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient A: illegal shape, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);
176            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient A: illegal shape, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
177        }        }
178      }      }
179      if (!isEmpty(B)) {      if (!isEmpty(B)) {
180         dimensions[0]=p.numDim;         dimensions[0]=p.numDim;
181         if (!isDataPointShapeEqual(B,1,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(B,1,dimensions)) {
182            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient B: illegal shape (%d,)",dimensions[0]);
183            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient B: illegal shape (%d,)",dimensions[0]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
184         }         }
185      }      }
186      if (!isEmpty(C)) {      if (!isEmpty(C)) {
187         dimensions[0]=p.numDim;         dimensions[0]=p.numDim;
188         if (!isDataPointShapeEqual(C,1,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(C,1,dimensions)) {
189            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,)",dimensions[0]);
190            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient C, expected shape (%d,)",dimensions[0]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
191         }         }
192      }      }
193      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
194         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {
195            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficient D, rank 0 expected.");
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient D, rank 0 expected.");  
196         }         }
197      }      }
198      if (!isEmpty(X)) {      if (!isEmpty(X)) {
199         dimensions[0]=p.numDim;         dimensions[0]=p.numDim;
200         if (!isDataPointShapeEqual(X,1,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(X,1,dimensions)) {
201            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,",dimensions[0]);
202            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient X, expected shape (%d,",dimensions[0]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
203         }         }
204      }      }
205      if (!isEmpty(Y)) {      if (!isEmpty(Y)) {
206         if (!isDataPointShapeEqual(Y,0,dimensions)) {         if (!isDataPointShapeEqual(Y,0,dimensions)) {
207            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: coefficient Y, rank 0 expected.");
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient Y, rank 0 expected.");  
208         }         }
209      }      }
210    } else {    } else {
# Line 194  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 214  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
214        dimensions[2]=p.numComp;        dimensions[2]=p.numComp;
215        dimensions[3]=p.numDim;        dimensions[3]=p.numDim;
216        if (!isDataPointShapeEqual(A,4,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(A,4,dimensions)) {
217            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient A, expected shape (%d,%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2],dimensions[3]);
218            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient A, expected shape (%d,%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2],dimensions[3]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
219        }        }
220      }      }
221      if (!isEmpty(B)) {      if (!isEmpty(B)) {
# Line 203  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 223  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
223        dimensions[1]=p.numDim;        dimensions[1]=p.numDim;
224        dimensions[2]=p.numComp;        dimensions[2]=p.numComp;
225        if (!isDataPointShapeEqual(B,3,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(B,3,dimensions)) {
226            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient B, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);
227            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient B, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
228        }        }
229      }      }
230      if (!isEmpty(C)) {      if (!isEmpty(C)) {
# Line 212  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile Line 232  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile
232        dimensions[1]=p.numComp;        dimensions[1]=p.numComp;
233        dimensions[2]=p.numDim;        dimensions[2]=p.numDim;
234        if (!isDataPointShapeEqual(C,3,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(C,3,dimensions)) {
235             Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient C, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);
236            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient C, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
237        }        }
238      }      }
239      if (!isEmpty(D)) {      if (!isEmpty(D)) {
240        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
241        dimensions[1]=p.numComp;        dimensions[1]=p.numComp;
242        if (!isDataPointShapeEqual(D,2,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(D,2,dimensions)) {
243            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient D, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);
244            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient D, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
245        }        }
246      }      }
247      if (!isEmpty(X)) {      if (!isEmpty(X)) {
248        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
249        dimensions[1]=p.numDim;        dimensions[1]=p.numDim;
250        if (!isDataPointShapeEqual(X,2,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(X,2,dimensions)) {
251             Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient X, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);
252            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient X, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
253        }        }
254      }      }
255      if (!isEmpty(Y)) {      if (!isEmpty(Y)) {
256        dimensions[0]=p.numEqu;        dimensions[0]=p.numEqu;
257        if (!isDataPointShapeEqual(Y,1,dimensions)) {        if (!isDataPointShapeEqual(Y,1,dimensions)) {
258             Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;            sprintf(error_msg,"Finley_Assemble_PDE: coefficient Y, expected shape (%d,)",dimensions[0]);
259            sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient Y, expected shape (%d,)",dimensions[0]);            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
260        }        }
261      }      }
262    }    }
263      if (Finley_noError()) {
   if (Finley_ErrorCode==NO_ERROR) {  
264       time0=Finley_timer();       time0=Finley_timer();
265       #pragma omp parallel private(index_col,index_row,EM_S,EM_F,V,dVdv,dSdV,Vol,dvdV,color,q) \       if (p.numEqu == p. numComp) {
266              firstprivate(elements,nodes,S,F,A,B,C,D,X,Y)          if (p.numEqu > 1) {
267       {            /* system of PDESs */
268           EM_S=EM_F=V=dVdv=dSdV=Vol=dvdV=NULL;            if (p.numDim==3) {
269           index_row=index_col=NULL;              if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {
270                   Finley_Assemble_PDE_System2_3D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
271           /* allocate work arrays: */              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {
272                   if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
273           EM_S=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp,double);                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
274           EM_F=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.numEqu,double);                 } else {
275           V=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN*p.numDim,double);                    Finley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);
276           dVdv=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad,double);                 }
277           dvdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad,double);              } else {
278           dSdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NS_row*p.numQuad*p.numDim,double);                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
          Vol=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numQuad,double);  
          index_col=(maybelong*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_col,maybelong);  
          index_row=(maybelong*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row,maybelong);  
   
          if (! (Finley_checkPtr(EM_S) || Finley_checkPtr(EM_F) || Finley_checkPtr(V) || Finley_checkPtr(index_col) ||  
                 Finley_checkPtr(index_row) || Finley_checkPtr(dVdv) || Finley_checkPtr(dSdV) || Finley_checkPtr(Vol) ))  {  
   
            /*  open loop over all colors: */  
            for (color=0;color<elements->numColors;color++) {  
               /*  open loop over all elements: */  
               #pragma omp for private(e) schedule(static)  
               for(e=0;e<elements->numElements;e++){  
                 if (elements->Color[e]==color) {  
                   for (q=0;q<p.NN_row;q++) index_row[q]=p.label_row[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];  
                   /* gather V-coordinates of nodes into V: */  
           Finley_Util_Gather_double(p.NN,&(elements->Nodes[INDEX2(0,e,p.NN)]),p.numDim,nodes->Coordinates,V);  
                   /*  calculate dVdv(i,j,q)=V(i,k)*DSDv(k,j,q) */  
           Finley_Util_SmallMatMult(p.numDim,p.numDim*p.numQuad,dVdv,p.NS,V,p.referenceElement->dSdv);  
                   /*  dvdV=invert(dVdv) inplace */  
           Finley_Util_InvertSmallMat(p.numQuad,p.numDim,dVdv,dvdV,Vol);  
                   /*  calculate dSdV=DSDv*DvDV */  
           Finley_Util_SmallMatSetMult(p.numQuad,p.NS_row,p.numDim,dSdV,p.numDim,p.referenceElement_row->dSdv,dvdV);  
                   /*  scale volume: */  
           for (q=0;q<p.numQuad;q++) Vol[q]=ABS(Vol[q]*p.referenceElement->QuadWeights[q]);  
       
                    /*   integration for the stiffness matrix: */  
                    /*   in order to optimze the number of operations the case of constants coefficience needs a bit more work */  
                    /*   to make use of some symmetry. */  
   
                      if (S!=NULL) {  
                        for (q=0;q<p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp;q++) EM_S[q]=0;  
                        if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {  
                        Finley_Assemble_PDEMatrix_Single2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,  
                                                                      p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,  
                                                                      getSampleData(A,e),isExpanded(A),  
                                                                      getSampleData(B,e),isExpanded(B),  
                                                                      getSampleData(C,e),isExpanded(C),  
                                                                      getSampleData(D,e),isExpanded(D));  
                        } else {  
                        Finley_Assemble_PDEMatrix_System2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,p.numEqu,p.numComp,  
                                                                      p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,  
                                                                      getSampleData(A,e),isExpanded(A),  
                                                                      getSampleData(B,e),isExpanded(B),  
                                                                      getSampleData(C,e),isExpanded(C),  
                                                                      getSampleData(D,e),isExpanded(D));  
                        }  
                        for (q=0;q<p.NN_col;q++) index_col[q]=p.label_col[elements->Nodes[INDEX2(p.col_node[q],e,p.NN)]];  
                        Finley_SystemMatrix_add(S,p.NN_row,index_row,p.numEqu,p.NN_col,index_col,p.numComp,EM_S);  
                      }  
                      if (!isEmpty(F)) {  
                        for (q=0;q<p.NN_row*p.numEqu;q++) EM_F[q]=0;  
                        if (p.numEqu==1) {  
                        Finley_Assemble_RHSMatrix_Single(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,  
                                                                  p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,  
                                                                  getSampleData(X,e),isExpanded(X),  
                                                                  getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));  
                        } else {  
                        Finley_Assemble_RHSMatrix_System(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,  
                                                                  p.numEqu,p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,  
                                                                  getSampleData(X,e),isExpanded(X),  
                                                                  getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));  
                        }  
                        /* add  */  
                        Finley_Util_AddScatter(p.NN_row,index_row,p.numEqu,EM_F,getSampleData(F,0));  
                     }  
                 }  
               }  
279              }              }
280           }            } else if (p.numDim==2) {
281           /* clean up */              if ((p.row_NS == p.col_NS) && (p.row_NS == p.row_NN) && (p.col_NS == p.col_NN )) {
282           THREAD_MEMFREE(EM_S);                 Finley_Assemble_PDE_System2_2D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
283           THREAD_MEMFREE(EM_F);              } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {
284           THREAD_MEMFREE(V);                 if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
285           THREAD_MEMFREE(dVdv);                    Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
286           THREAD_MEMFREE(dvdV);                 } else {
287           THREAD_MEMFREE(dSdV);                    Finley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);
288           THREAD_MEMFREE(Vol);                 }
289           THREAD_MEMFREE(index_col);              } else {
290           THREAD_MEMFREE(index_row);                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
291                }
292              } else if (p.numDim==2) {
293                if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {
294                   Finley_Assemble_PDE_System2_1D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
295                } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {
296                   if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
297                      Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
298                   } else {
299                      Finley_Assemble_PDE_System2_C(p,elements,S,F,D,Y);
300                   }
301                } else {
302                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
303                }
304              } else {
305                Finley_setError(VALUE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports spatial dimensions 1,2,3 only.");
306              }
307            } else {
308              /* single PDES */
309              if (p.numDim==3) {
310                if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {
311                   Finley_Assemble_PDE_Single2_3D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
312                } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {
313                   if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
314                      Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
315                   } else {
316                      Finley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);
317                   }
318                } else {
319                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
320                }
321              } else if (p.numDim==2) {
322                if ((p.row_NS == p.col_NS) && (p.row_NS == p.row_NN) && (p.col_NS == p.col_NN )) {
323                   Finley_Assemble_PDE_Single2_2D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
324                } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {
325                   if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
326                      Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
327                   } else {
328                      Finley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);
329                   }
330                } else {
331                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
332                }
333              } else if (p.numDim==2) {
334                if (p.row_NS == p.col_NS && p.row_NS == p.row_NN && p.col_NS == p.col_NN ) {
335                   Finley_Assemble_PDE_Single2_1D(p,elements,S,F,A,B,C,D,X,Y);
336                } else if ( p.row_NS == p.col_NS &&  2*p.row_NS == p.row_NN && 2*p.col_NS == p.col_NN ) {
337                   if ( !isEmpty(A) || !isEmpty(B) || !isEmpty(C) || !isEmpty(X) ) {
338                      Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE: Contact elements require A, B, C and X to be empty.");
339                   } else {
340                      Finley_Assemble_PDE_Single2_C(p,elements,S,F,D,Y);
341                   }
342                } else {
343                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports numShape=NumNodes or 2*numShape=NumNodes only.");
344                }
345              } else {
346                Finley_setError(VALUE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE supports spatial dimensions 1,2,3 only.");
347              }
348            }
349         } else {
350              Finley_setError(VALUE_ERROR,"Finley_Assemble_PDE requires number of equations == number of solutions  .");
351       }       }
352         #ifdef Finley_TRACE
353       printf("timing: assemblage PDE: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);       printf("timing: assemblage PDE: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);
354         #endif
355    }    }
356  }  }
357  /*  /*
358   * $Log$   * $Log$
359   * Revision 1.2  2004/12/14 05:39:29  jgs   * Revision 1.8  2005/09/15 03:44:21  jgs
360   * *** empty log message ***   * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-15
361   *   *
362   * Revision 1.1.1.1.2.1  2004/11/24 01:37:12  gross   * Revision 1.7  2005/09/01 03:31:35  jgs
363   * some changes dealing with the integer overflow in memory allocation. Finley solves 4M unknowns now   * Merge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-09-01
364   *   *
365   * Revision 1.1.1.1  2004/10/26 06:53:57  jgs   * Revision 1.6  2005/08/12 01:45:42  jgs
366   * initial import of project esys2   * erge of development branch dev-02 back to main trunk on 2005-08-12
367   *   *
368   * Revision 1.3  2004/07/30 04:37:06  gross   * Revision 1.5.2.3  2005/09/07 06:26:17  gross
369   * escript and finley are linking now and RecMeshTest.py has been passed   * the solver from finley are put into the standalone package paso now
370   *   *
371   * Revision 1.2  2004/07/21 05:00:54  gross   * Revision 1.5.2.2  2005/08/24 02:02:18  gross
372   * name changes in DataC   * timing output switched off. solver output can be swiched through getSolution(verbose=True) now.
373     *
374     * Revision 1.5.2.1  2005/08/03 08:54:27  gross
375     * contact element assemblage was called with wrong element table pointer
376     *
377     * Revision 1.5  2005/07/08 04:07:46  jgs
378     * Merge of development branch back to main trunk on 2005-07-08
379     *
380     * Revision 1.4  2004/12/15 07:08:32  jgs
381     * *** empty log message ***
382     * Revision 1.1.1.1.2.2  2005/06/29 02:34:47  gross
383     * some changes towards 64 integers in finley
384     *
385     * Revision 1.1.1.1.2.1  2004/11/24 01:37:12  gross
386     * some changes dealing with the integer overflow in memory allocation. Finley solves 4M unknowns now
387   *   *
  * Revision 1.1  2004/07/02 04:21:13  gross  
  * Finley C code has been included  
388   *   *
389   *   *
390   */   */

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Removed from v.97  
changed lines
  Added in v.1072

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