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# Line 35  Line 35 
35    
36  #include "Assemble.h"  #include "Assemble.h"
37  #include "Util.h"  #include "Util.h"
38    #ifdef _OPENMP
39    #include <omp.h>
40    #endif
41    
42    
43  /**************************************************************/  /**************************************************************/
44    
# Line 43  void  Finley_Assemble_PDE_Single2_C(Asse Line 47  void  Finley_Assemble_PDE_Single2_C(Asse
47    
48      index_t color;      index_t color;
49      dim_t e;      dim_t e;
50        double *EM_S, *EM_F, *Vol, *D_p, *Y_p;
51        index_t *row_index;
52        register dim_t q, s,r;
53        register double rtmp, rtmp_D;
54        bool_t add_EM_F, add_EM_S;
55    
56      bool_t extendedD=isExpanded(D);      bool_t extendedD=isExpanded(D);
57      bool_t extendedY=isExpanded(Y);      bool_t extendedY=isExpanded(Y);
58      double *F_p=getSampleData(F,0);      double *F_p=getSampleData(F,0);
59      double *S=p.row_jac->ReferenceElement->S;      double *S=p.row_jac->ReferenceElement->S;
60    
61    
62      #pragma omp parallel private(color)      #pragma omp parallel private(color,EM_S, EM_F, Vol, D_p, Y_p,row_index,q, s,r,rtmp, rtmp_D,add_EM_F, add_EM_S)
63      {      {
64         double EM_S[p.row_NN*p.col_NN], EM_F[p.row_NN];         EM_S=THREAD_MEMALLOC(p.row_NN*p.col_NN,double);
65         index_t row_index[p.row_NN];         EM_F=THREAD_MEMALLOC(p.row_NN,double);
66         register dim_t q, s,r;         row_index=THREAD_MEMALLOC(p.row_NN,index_t);
67         register double rtmp, rtmp_D;                                                                                                                                                                                                      
68         double *Vol, *D_p, *Y_p;         if (!Finley_checkPtr(EM_S) && !Finley_checkPtr(EM_F) && !Finley_checkPtr(row_index) ) {
69         bool_t add_EM_F, add_EM_S;  
70         #ifndef PASO_MPI            #ifndef PASO_MPI
71         for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {            for (color=elements->minColor;color<=elements->maxColor;color++) {
72            /*  open loop over all elements: */               /*  open loop over all elements: */
73            #pragma omp for private(e) schedule(static)               #pragma omp for private(e) schedule(static)
74            for(e=0;e<elements->numElements;e++){               for(e=0;e<elements->numElements;e++){
75               if (elements->Color[e]==color) {                  if (elements->Color[e]==color) {
76         #else            #else
77         {            {
78            for(e=0;e<elements->numElements;e++) {               for(e=0;e<elements->numElements;e++) {
79               {                  {
80         #endif            #endif
81                  Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX2(0,e,p.numQuad)]);                     Vol=&(p.row_jac->volume[INDEX2(0,e,p.numQuad)]);
82                  add_EM_F=FALSE;                     add_EM_F=FALSE;
83                  add_EM_S=FALSE;                     add_EM_S=FALSE;
84                  /************************************************************* */                     /************************************************************* */
85                  /* process D */                     /* process D */
86                  /**************************************************************/                     /**************************************************************/
87                  D_p=getSampleData(D,e);                     D_p=getSampleData(D,e);
88                  if (NULL!=D_p) {                     if (NULL!=D_p) {
89                    add_EM_S=TRUE;                       add_EM_S=TRUE;
90                    if (extendedD) {                       if (extendedD) {
91                        for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                           for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
92                          for (r=0;r<p.col_NS;r++) {                             for (r=0;r<p.col_NS;r++) {
93                             rtmp=0;                                rtmp=0;
94                             for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*D_p[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)];                                for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*D_p[q]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)];
95                             EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp;                                EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp;
96                             EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp;                                EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp;
97                             EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp;                                EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp;
98                             EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp;                                EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp;
99                               }
100                             }
101                         } else {
102                             for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
103                               for (r=0;r<p.col_NS;r++) {
104                                   rtmp=0;
105                                   for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)];
106                                   rtmp_D=rtmp*D_p[0];
107                                   EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp_D;
108                                   EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp_D;
109                                   EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp_D;
110                                   EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp_D;
111                               }
112                             }
113                         }
114                       }
115                      /**************************************************************/
116                      /*   process Y: */
117                      /**************************************************************/
118                       Y_p=getSampleData(Y,e);
119                       if (NULL!=Y_p) {
120                         add_EM_F=TRUE;
121                         if (extendedY) {
122                            for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
123                              rtmp=0;
124                              for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*Y_p[q];
125                              EM_F[INDEX2(0,s         ,p.numEqu)]=-rtmp;
126                              EM_F[INDEX2(0,s+p.row_NS,p.numEqu)]= rtmp;
127                          }                          }
128                        }                        } else {
129                    } else {                          for (s=0;s<p.row_NS;s++) {
                       for (s=0;s<p.row_NS;s++) {  
                         for (r=0;r<p.col_NS;r++) {  
130                              rtmp=0;                              rtmp=0;
131                              for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*S[INDEX2(r,q,p.row_NS)];                              for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];
132                              rtmp_D=rtmp*D_p[0];                              rtmp_D=rtmp*Y_p[0];
133                              EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp_D;                              EM_F[INDEX2(0,s         ,p.numEqu)]=-rtmp_D;
134                              EM_S[INDEX4(0,0,s         ,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp_D;                              EM_F[INDEX2(0,s+p.row_NS,p.numEqu)]= rtmp_D;
                             EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r         ,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]=-rtmp_D;  
                             EM_S[INDEX4(0,0,s+p.row_NS,r+p.col_NS,p.numEqu,p.numComp,p.row_NN)]= rtmp_D;  
135                          }                          }
136                        }                        }
137                    }                      }
138                  }                      /***********************************************************************************************/
139                 /**************************************************************/                      /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */
140                 /*   process Y: */                      /***********************************************************************************************/
141                 /**************************************************************/                      for (q=0;q<p.row_NN;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.row_NN)]];
142                  Y_p=getSampleData(Y,e);    
143                  if (NULL!=Y_p) {                      if (add_EM_F) Finley_Util_AddScatter(p.row_NN,row_index,p.numEqu,EM_F,F_p, p.row_DOF_UpperBound);
144                    add_EM_F=TRUE;                      if (add_EM_S) Finley_Assemble_addToSystemMatrix(Mat,p.row_NN,row_index,p.numEqu,p.col_NN,row_index,p.numComp,EM_S);
145                    if (extendedY) {    
146                       for (s=0;s<p.row_NS;s++) {                  } /* end color check */
147                         rtmp=0;               } /* end element loop */
148                         for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)]*Y_p[q];           } /* end color loop */
149                         EM_F[INDEX2(0,s         ,p.numEqu)]=-rtmp;            
150                         EM_F[INDEX2(0,s+p.row_NS,p.numEqu)]= rtmp;           THREAD_MEMFREE(EM_S);
151                       }           THREAD_MEMFREE(EM_F);
152                     } else {           THREAD_MEMFREE(row_index);
153                       for (s=0;s<p.row_NS;s++) {  
154                           rtmp=0;        } /* end of pointer check */
                          for (q=0;q<p.numQuad;q++) rtmp+=Vol[q]*S[INDEX2(s,q,p.row_NS)];  
                          rtmp_D=rtmp*Y_p[0];  
                          EM_F[INDEX2(0,s         ,p.numEqu)]=-rtmp_D;  
                          EM_F[INDEX2(0,s+p.row_NS,p.numEqu)]= rtmp_D;  
                      }  
                    }  
                  }  
                  /***********************************************************************************************/  
                  /* add the element matrices onto the matrix and right hand side                                */  
                  /***********************************************************************************************/  
                  for (q=0;q<p.row_NN;q++) row_index[q]=p.row_DOF[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.row_NN)]];  
   
                  if (add_EM_F) Finley_Util_AddScatter(p.row_NN,row_index,p.numEqu,EM_F,F_p, p.row_DOF_UpperBound);  
                  if (add_EM_S) Finley_Assemble_addToSystemMatrix(Mat,p.row_NN,row_index,p.numEqu,p.col_NN,row_index,p.numComp,EM_S);  
   
              } /* end color check */  
           } /* end element loop */  
       } /* end color loop */  
155     } /* end parallel region */     } /* end parallel region */
156  }  }
157  /*  /*

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changed lines
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