/[escript]/trunk/finley/src/Assemble_jacobeans.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Assemble_jacobeans.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/esys2/finley/src/finleyC/Assemble_PDE.c revision 82 by jgs, Tue Oct 26 06:53:54 2004 UTC trunk/finley/src/Assemble_jacobeans.c revision 781 by gross, Fri Jul 14 08:47:38 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  /* $Id$ */  /*
2     ************************************************************
3     *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *
4     *                                                          *
5     *              http://www.access.edu.au                    *
6     *       Primary Business: Queensland, Australia            *
7     *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *
8     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *
9     *                                                          *
10     ************************************************************
11    */
12    
13    
14  /**************************************************************/  /**************************************************************/
15    
16  /*    assembles the system of numEq PDEs into the stiffness matrix S and right hand side F */  /*  Author: gross@access.edu.au */
17    /*  Version: $Id$ */
18    
19  /*     -div(A*grad u)-div(B*u)+C*grad u + D*u= -div X + Y */  /**************************************************************/
20    
21  /*      -(A_{k,i,m,j} u_m,j)_i-(B_{k,i,m} u_m)_i+C_{k,m,j} u_m,j-D_{k,m} u_m = -(X_{k,i})_i + Y_k */  #include "Assemble.h"
22    #include "Util.h"
23    #ifdef _OPENMP
24    #include <omp.h>
25    #endif
26    
 /*    u has numComp components. */  
27    
 /*    Shape of the coefficients: */  
28    
29  /*      A = numEqu x numDim x numComp x numDim */  /**************************************************************/
30  /*      B = numDim x numEqu x numComp  */  /*                                                            */
31  /*      C = numEqu x numDim x numComp  */  /*  Jacobean 1D                                               */
32  /*      D = numEqu x numComp  */  /*                                                            */
33  /*      X = numEqu x numDim   */  void Assemble_jacobeans_1D(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
34  /*      Y = numEqu */                             dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
35                               double* DSDv, dim_t numTest, double* DTDv,
36                               double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
37         #define DIM 1
38         #define LOCDIM 1
39         register int e,q,s;
40         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
41         #pragma omp parallel
42         {
43           register double D,invD;
44           double X0[numShape];
45           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
46           for(e=0;e<numElements;e++){
47               for (s=0;s<numShape; s++) X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
48               for (q=0;q<numQuad;q++) {
49                  D=0;
50                  for (s=0;s<numShape; s++) D+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
51                  if (D==0.) {
52                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_1D: element %d (id %d) has length zero.",e,element_id[e]);
53                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
54                  } else {
55                     invD=1./D;
56                     for (s=0;s<numTest; s++) dTdX[INDEX4(s,0,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*invD;
57                  }
58              volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=ABS(D)*QuadWeights[q];
59               }
60           }
61    
62  /*    The coefficients A,B,C,D,X and Y have to be defined on the integartion points or not present (=NULL). */       }
63         #undef DIM
64         #undef LOCDIM
65    
66  /*    S and F have to be initialized before the routine is called. S or F can be NULL. In this case the left or */  }
67  /*    the right hand side of the PDE is not processed.  */  /**************************************************************/
68    /*                                                            */
69    /*  Jacobean 2D with area element                             */
70    /*                                                            */
71    void Assemble_jacobeans_2D(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
72                               dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
73                               double* DSDv, dim_t numTest, double* DTDv,
74                               double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
75         #define DIM 2
76         #define LOCDIM 2
77         register int e,q,s;
78         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
79         #pragma omp parallel
80         {
81           register double dXdv00,dXdv10,dXdv01,dXdv11,
82                           dvdX00,dvdX10,dvdX01,dvdX11, D,invD;
83           double X0[numShape], X1[numShape];
84           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
85           for(e=0;e<numElements;e++){
86               for (s=0;s<numShape; s++) {
87                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
88                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
89               }
90               for (q=0;q<numQuad;q++) {
91                  dXdv00=0;
92                  dXdv10=0;
93                  dXdv01=0;
94                  dXdv11=0;
95                  for (s=0;s<numShape; s++) {
96                     dXdv00+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
97                     dXdv10+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
98                     dXdv01+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
99                     dXdv11+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
100                  }
101                  D  =  dXdv00*dXdv11 - dXdv01*dXdv10;
102                  if (D==0.) {
103                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_2D: element %d (id %d) has area zero.",e,element_id[e]);
104                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
105                  } else {
106                     invD=1./D;
107                     dvdX00= dXdv11*invD;
108                     dvdX10=-dXdv10*invD;
109                     dvdX01=-dXdv01*invD;
110                     dvdX11= dXdv00*invD;
111    
112                     for (s=0;s<numTest; s++) {
113                       dTdX[INDEX4(s,0,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10;
114                       dTdX[INDEX4(s,1,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11;
115                     }
116                  }
117                  volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=ABS(D)*QuadWeights[q];
118               }
119           }
120    
121  /*    The routine does not consider any boundary conditions. */       }
122         #undef DIM
123         #undef LOCDIM
124    }
125    /**************************************************************/
126    /*                                                            */
127    /*  Jacobean 1D manifold in 2D and 1D elements                */
128    /*                                                            */
129    void Assemble_jacobeans_2D_M1D_E1D(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
130                                       dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
131                                       double* DSDv, dim_t numTest, double* DTDv,
132                                       double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
133         #define DIM 2
134         #define LOCDIM 1
135         register int e,q,s;
136         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
137         #pragma omp parallel
138         {
139           register double dXdv00,dXdv10,dvdX00,dvdX01,D,invD;
140           double X0[numShape], X1[numShape];
141           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
142           for(e=0;e<numElements;e++){
143               for (s=0;s<numShape; s++) {
144                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
145                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
146               }
147               for (q=0;q<numQuad;q++) {
148                  dXdv00=0;
149                  dXdv10=0;
150                  for (s=0;s<numShape; s++) {
151                     dXdv00+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
152                     dXdv10+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
153                  }
154                  D=dXdv00*dXdv00+dXdv10*dXdv10;
155                  if (D==0.) {
156                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_2D_M1D_E1D: element %d (id %d) has length zero.",e,element_id[e]);
157                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
158                  } else {
159                     invD=1./D;
160                     dvdX00=dXdv00*invD;
161                     dvdX01=dXdv10*invD;
162                     for (s=0;s<numTest; s++) {
163                       dTdX[INDEX4(s,0,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00;
164                       dTdX[INDEX4(s,1,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01;
165                     }
166                 volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=sqrt(D)*QuadWeights[q];
167                  }
168               }
169           }
170    
171         }
172         #undef DIM
173         #undef LOCDIM
174    }
175    /**************************************************************/
176    /*                                                            */
177    /*  Jacobean 1D manifold in 2D and 1D elements woth contact   */
178    /*                                                            */
179    void Assemble_jacobeans_2D_M1D_E1D_C(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
180                                       dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
181                                       double* DSDv, dim_t numTest, double* DTDv,
182                                       double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
183         #define DIM 2
184         #define LOCDIM 1
185         register int e,q,s;
186         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
187         #pragma omp parallel
188         {
189           register double dXdv00_0,dXdv10_0,dvdX00_0,dvdX01_0,D_0,invD_0;
190           register double dXdv00_1,dXdv10_1,dvdX00_1,dvdX01_1,D_1,invD_1;
191           double X0[2*numShape], X1[2*numShape];
192           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
193           for(e=0;e<numElements;e++){
194               for (s=0;s<2*numShape; s++) {
195                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
196                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
197               }
198               for (q=0;q<numQuad;q++) {
199                  dXdv00_0=0;
200                  dXdv10_0=0;
201                  dXdv00_1=0;
202                  dXdv10_1=0;
203                  for (s=0;s<numShape; s++) {
204                     dXdv00_0+=X0[s]         *DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
205                     dXdv10_0+=X1[s]         *DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
206                     dXdv00_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
207                     dXdv10_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
208                  }
209                  D_0=dXdv00_0*dXdv00_0+dXdv10_0*dXdv10_0;
210                  D_1=dXdv00_1*dXdv00_1+dXdv10_1*dXdv10_1;
211                  if (D_0 == 0.i || D_1 == 0.) {
212                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_2D_M1D_E1D: element %d (id %d) has length zero.",e,element_id[e]);
213                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
214                  } else {
215                     invD_0=1./D_0;
216                     dvdX00_0=dXdv00_0*invD_0;
217                     dvdX01_0=dXdv10_0*invD_0;
218                     dvdX00_1=dXdv00_1*invD_1;
219                     dvdX01_1=dXdv10_1*invD_1;
220                     for (s=0;s<numTest; s++) {
221                       dTdX[INDEX4(        s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_0;
222                       dTdX[INDEX4(        s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_0;
223                       dTdX[INDEX4(numTest+s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_1;
224                       dTdX[INDEX4(numTest+s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_1;
225                     }
226                 volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=(sqrt(D_0)+sqrt(D_1))/2.*QuadWeights[q];
227                  }
228               }
229           }
230    
231         }
232         #undef DIM
233         #undef LOCDIM
234    }
235  /**************************************************************/  /**************************************************************/
236    /*                                                            */
237    /*  Jacobean 1D manifold in 2D and 2D elements                */
238    /*                                                            */
239    void Assemble_jacobeans_2D_M1D_E2D(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
240                                       dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
241                                       double* DSDv, dim_t numTest,double* DTDv,
242                                       double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
243         #define DIM 2
244         #define LOCDIM 2
245         register int e,q,s;
246         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
247         #pragma omp parallel
248         {
249           register double dXdv00,dXdv10,dXdv01,dXdv11,
250                           dvdX00,dvdX10,dvdX01,dvdX11, D,invD;
251           double X0[numShape], X1[numShape];
252           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
253           for(e=0;e<numElements;e++){
254               for (s=0;s<numShape; s++) {
255                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
256                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
257               }
258               for (q=0;q<numQuad;q++) {
259                  dXdv00=0;
260                  dXdv10=0;
261                  dXdv01=0;
262                  dXdv11=0;
263                  for (s=0;s<numShape; s++) {
264                     dXdv00+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
265                     dXdv10+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
266                     dXdv01+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
267                     dXdv11+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
268                  }
269                  D  =  dXdv00*dXdv11 - dXdv01*dXdv10;
270                  if (D==0.) {
271                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_2D_E2D: element %d (id %d) has area zero.",e,element_id[e]);
272                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
273                  } else {
274                     invD=1./D;
275                     dvdX00= dXdv11*invD;
276                     dvdX10=-dXdv10*invD;
277                     dvdX01=-dXdv01*invD;
278                     dvdX11= dXdv00*invD;
279    
280                     for (s=0;s<numTest; s++) {
281                       dTdX[INDEX4(s,0,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10;
282                       dTdX[INDEX4(s,1,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11;
283                     }
284                  }
285              volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=sqrt(dXdv00*dXdv00+dXdv10*dXdv10)*QuadWeights[q];
286               }
287           }
288    
289         }
290         #undef DIM
291         #undef LOCDIM
292    }
293    /**************************************************************/
294    /*                                                            */
295    /*  Jacobean 1D manifold in 2D and 2D elements with contact   */
296    /*                                                            */
297    void Assemble_jacobeans_2D_M1D_E2D_C(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
298                                         dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
299                                         double* DSDv, dim_t numTest,double* DTDv,
300                                         double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
301         #define DIM 2
302         #define LOCDIM 2
303         register int e,q,s;
304         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
305         #pragma omp parallel
306         {
307           register double dXdv00_0,dXdv10_0,dXdv01_0,dXdv11_0,dvdX00_0,dvdX10_0,dvdX01_0,dvdX11_0, D_0,invD_0,
308                           dXdv00_1,dXdv10_1,dXdv01_1,dXdv11_1,dvdX00_1,dvdX10_1,dvdX01_1,dvdX11_1, D_1,invD_1;
309           double X0[2*numShape], X1[2*numShape];
310           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
311           for(e=0;e<numElements;e++){
312               for (s=0;s<2*numShape; s++) {
313                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
314                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
315               }
316               for (q=0;q<numQuad;q++) {
317                  dXdv00_0=0;
318                  dXdv10_0=0;
319                  dXdv01_0=0;
320                  dXdv11_0=0;
321                  dXdv00_1=0;
322                  dXdv10_1=0;
323                  dXdv01_1=0;
324                  dXdv11_1=0;
325                  for (s=0;s<numShape; s++) {
326                     dXdv00_0+=X0[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
327                     dXdv10_0+=X1[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
328                     dXdv01_0+=X0[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
329                     dXdv11_0+=X1[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
330                     dXdv00_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
331                     dXdv10_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
332                     dXdv01_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
333                     dXdv11_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
334                  }
335                  D_0  =  dXdv00_0*dXdv11_0 - dXdv01_0*dXdv10_0;
336                  D_1  =  dXdv00_1*dXdv11_1 - dXdv01_1*dXdv10_1;
337                  if ( (D_0 ==0.) || (D_1 ==0.) ) {
338                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_2D_E2D_C: element %d (id %d) has area zero.",e,element_id[e]);
339                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
340                  } else {
341                     invD_0=1./D_0;
342                     dvdX00_0= dXdv11_0*invD_0;
343                     dvdX10_0=-dXdv10_0*invD_0;
344                     dvdX01_0=-dXdv01_0*invD_0;
345                     dvdX11_0= dXdv00_0*invD_0;
346                     invD_1=1./D_1;
347                     dvdX00_1= dXdv11_1*invD_1;
348                     dvdX10_1=-dXdv10_1*invD_1;
349                     dvdX01_1=-dXdv01_1*invD_1;
350                     dvdX11_1= dXdv00_1*invD_1;
351                     for (s=0;s<numTest; s++) {
352                       dTdX[INDEX4(        s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
353                                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10_0;
354                       dTdX[INDEX4(        s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
355                                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11_0;
356                       dTdX[INDEX4(numTest+s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
357                                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10_1;
358                       dTdX[INDEX4(numTest+s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
359                                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11_1;
360                     }
361                  }
362              volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=(sqrt(dXdv00_0*dXdv00_0+dXdv10_0*dXdv10_0)+sqrt(dXdv00_1*dXdv00_1+dXdv10_1*dXdv10_1))/2.*QuadWeights[q];
363               }
364           }
365    
366  /*   Copyrights by ACcESS Australia, 2003,2004 */       }
367  /*   author: gross@access.edu.au */       #undef DIM
368  /*   Version: $Id$ */       #undef LOCDIM
369    }
370    /**************************************************************/
371    /*                                                            */
372    /*  Jacobean 3D                                               */
373    /*                                                            */
374    void Assemble_jacobeans_3D(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
375                               dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
376                               double* DSDv, dim_t numTest, double* DTDv,
377                               double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
378         #define DIM 3
379         #define LOCDIM 3
380         register int e,q,s;
381         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
382         #pragma omp parallel
383         {
384           register double dXdv00,dXdv10,dXdv20,dXdv01,dXdv11,dXdv21,dXdv02,dXdv12,dXdv22,
385                           dvdX00,dvdX10,dvdX20,dvdX01,dvdX11,dvdX21,dvdX02,dvdX12,dvdX22, D,invD;
386           double X0[numShape], X1[numShape], X2[numShape];
387           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
388           for(e=0;e<numElements;e++){
389               for (s=0;s<numShape; s++) {
390                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
391                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
392                 X2[s]=coordinates[INDEX2(2,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
393               }
394               for (q=0;q<numQuad;q++) {
395                  dXdv00=0;
396                  dXdv10=0;
397                  dXdv20=0;
398                  dXdv01=0;
399                  dXdv11=0;
400                  dXdv21=0;
401                  dXdv02=0;
402                  dXdv12=0;
403                  dXdv22=0;
404                  for (s=0;s<numShape; s++) {
405                     dXdv00+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
406                     dXdv10+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
407                     dXdv20+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
408                     dXdv01+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
409                     dXdv11+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
410                     dXdv21+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
411                     dXdv02+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
412                     dXdv12+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
413                     dXdv22+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
414                  }
415                  D  =  dXdv00*(dXdv11*dXdv22-dXdv12*dXdv21)+ dXdv01*(dXdv20*dXdv12-dXdv10*dXdv22)+dXdv02*(dXdv10*dXdv21-dXdv20*dXdv11);
416                  if (D==0.) {
417                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_3D: element %d (id %d) has volume zero.",e,element_id[e]);
418                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
419                  } else {
420                     invD=1./D;
421                     dvdX00=(dXdv11*dXdv22-dXdv12*dXdv21)*invD;
422                     dvdX10=(dXdv20*dXdv12-dXdv10*dXdv22)*invD;
423                     dvdX20=(dXdv10*dXdv21-dXdv20*dXdv11)*invD;
424                     dvdX01=(dXdv02*dXdv21-dXdv01*dXdv22)*invD;
425                     dvdX11=(dXdv00*dXdv22-dXdv20*dXdv02)*invD;
426                     dvdX21=(dXdv01*dXdv20-dXdv00*dXdv21)*invD;
427                     dvdX02=(dXdv01*dXdv12-dXdv02*dXdv11)*invD;
428                     dvdX12=(dXdv02*dXdv10-dXdv00*dXdv12)*invD;
429                     dvdX22=(dXdv00*dXdv11-dXdv01*dXdv10)*invD;
430    
431                     for (s=0;s<numTest; s++) {
432                       dTdX[INDEX4(s,0,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX20;
433                       dTdX[INDEX4(s,1,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX21;
434                       dTdX[INDEX4(s,2,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX02+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX12+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX22;
435                     }
436                 volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=ABS(D)*QuadWeights[q];
437                  }
438               }
439           }
440    
441         }
442         #undef DIM
443         #undef LOCDIM
444    }
445  /**************************************************************/  /**************************************************************/
446    /*                                                            */
447    /*  Jacobean 2D manifold in 3D with 3D elements               */
448    /*                                                            */
449    void Assemble_jacobeans_3D_M2D_E3D(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
450                                       dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
451                                       double* DSDv, dim_t numTest,double* DTDv,
452                                       double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
453         #define DIM 3
454         #define LOCDIM 3
455         register int e,q,s;
456         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
457         #pragma omp parallel
458         {
459           register double dXdv00,dXdv10,dXdv20,dXdv01,dXdv11,dXdv21,dXdv02,dXdv12,dXdv22, m0, m1, m2,
460                           dvdX00,dvdX10,dvdX20,dvdX01,dvdX11,dvdX21,dvdX02,dvdX12,dvdX22, D,invD;
461           double X0[numShape], X1[numShape], X2[numShape];
462           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
463           for(e=0;e<numElements;e++){
464               for (s=0;s<numShape; s++) {
465                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
466                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
467                 X2[s]=coordinates[INDEX2(2,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
468               }
469               for (q=0;q<numQuad;q++) {
470                  dXdv00=0;
471                  dXdv10=0;
472                  dXdv20=0;
473                  dXdv01=0;
474                  dXdv11=0;
475                  dXdv21=0;
476                  dXdv02=0;
477                  dXdv12=0;
478                  dXdv22=0;
479                  for (s=0;s<numShape; s++) {
480                     dXdv00+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
481                     dXdv10+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
482                     dXdv20+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
483                     dXdv01+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
484                     dXdv11+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
485                     dXdv21+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
486                     dXdv02+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
487                     dXdv12+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
488                     dXdv22+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
489                  }
490                  D  =  dXdv00*(dXdv11*dXdv22-dXdv12*dXdv21)+ dXdv01*(dXdv20*dXdv12-dXdv10*dXdv22)+dXdv02*(dXdv10*dXdv21-dXdv20*dXdv11);
491                  if (D==0.) {
492                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_3D: element %d (id %d) has volume zero.",e,element_id[e]);
493                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
494                  } else {
495                     invD=1./D;
496                     dvdX00=(dXdv11*dXdv22-dXdv12*dXdv21)*invD;
497                     dvdX10=(dXdv20*dXdv12-dXdv10*dXdv22)*invD;
498                     dvdX20=(dXdv10*dXdv21-dXdv20*dXdv11)*invD;
499                     dvdX01=(dXdv02*dXdv21-dXdv01*dXdv22)*invD;
500                     dvdX11=(dXdv00*dXdv22-dXdv20*dXdv02)*invD;
501                     dvdX21=(dXdv01*dXdv20-dXdv00*dXdv21)*invD;
502                     dvdX02=(dXdv01*dXdv12-dXdv02*dXdv11)*invD;
503                     dvdX12=(dXdv02*dXdv10-dXdv00*dXdv12)*invD;
504                     dvdX22=(dXdv00*dXdv11-dXdv01*dXdv10)*invD;
505    
506                     for (s=0;s<numTest; s++) {
507                       dTdX[INDEX4(s,0,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=
508                           DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX20;
509                       dTdX[INDEX4(s,1,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=
510                           DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX21;
511                       dTdX[INDEX4(s,2,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=
512                           DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX02+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX12+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX22;
513                     }
514                  }
515                  m0=dXdv10*dXdv21-dXdv20*dXdv11;
516                  m1=dXdv20*dXdv01-dXdv00*dXdv21;
517                  m2=dXdv00*dXdv11-dXdv10*dXdv01;
518              volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=sqrt(m0*m0+m1*m1+m2*m2)*QuadWeights[q];
519               }
520           }
521    
522  #include "escript/Data/DataC.h"       }
523  #include "Finley.h"       #undef DIM
524  #include "Assemble.h"       #undef LOCDIM
525  #include "NodeFile.h"  }
526  #include "ElementFile.h"  /**************************************************************/
527  #include "Util.h"  /*                                                            */
528  #ifdef _OPENMP  /*  Jacobean 2D manifold in 3D with 3D elements on contact    */
529  #include <omp.h>  /*                                                            */
530  #endif  void Assemble_jacobeans_3D_M2D_E3D_C(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
531                                         dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
532                                         double* DSDv, dim_t numTest,double* DTDv,
533                                         double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
534         #define DIM 3
535         #define LOCDIM 3
536         register int e,q,s;
537         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
538         #pragma omp parallel
539         {
540           register double dXdv00_0,dXdv10_0,dXdv20_0,dXdv01_0,dXdv11_0,dXdv21_0,dXdv02_0,dXdv12_0,dXdv22_0, m0_0, m1_0, m2_0,
541                           dvdX00_0,dvdX10_0,dvdX20_0,dvdX01_0,dvdX11_0,dvdX21_0,dvdX02_0,dvdX12_0,dvdX22_0, D_0,invD_0,
542                           dXdv00_1,dXdv10_1,dXdv20_1,dXdv01_1,dXdv11_1,dXdv21_1,dXdv02_1,dXdv12_1,dXdv22_1, m0_1, m1_1, m2_1,
543                           dvdX00_1,dvdX10_1,dvdX20_1,dvdX01_1,dvdX11_1,dvdX21_1,dvdX02_1,dvdX12_1,dvdX22_1, D_1,invD_1;
544           double X0[2*numShape], X1[2*numShape], X2[2*numShape];
545           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
546           for(e=0;e<numElements;e++){
547               for (s=0;s<2*numShape; s++) {
548                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
549                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
550                 X2[s]=coordinates[INDEX2(2,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
551               }
552               for (q=0;q<numQuad;q++) {
553                  dXdv00_0=0;
554                  dXdv10_0=0;
555                  dXdv20_0=0;
556                  dXdv01_0=0;
557                  dXdv11_0=0;
558                  dXdv21_0=0;
559                  dXdv02_0=0;
560                  dXdv12_0=0;
561                  dXdv22_0=0;
562                  dXdv00_1=0;
563                  dXdv10_1=0;
564                  dXdv20_1=0;
565                  dXdv01_1=0;
566                  dXdv11_1=0;
567                  dXdv21_1=0;
568                  dXdv02_1=0;
569                  dXdv12_1=0;
570                  dXdv22_1=0;
571                  for (s=0;s<numShape; s++) {
572                     dXdv00_0+=X0[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
573                     dXdv10_0+=X1[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
574                     dXdv20_0+=X2[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
575                     dXdv01_0+=X0[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
576                     dXdv11_0+=X1[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
577                     dXdv21_0+=X2[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
578                     dXdv02_0+=X0[         s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
579                     dXdv12_0+=X1[         s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
580                     dXdv22_0+=X2[         s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
581                     dXdv00_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
582                     dXdv10_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
583                     dXdv20_1+=X2[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
584                     dXdv01_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
585                     dXdv11_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
586                     dXdv21_1+=X2[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
587                     dXdv02_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
588                     dXdv12_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
589                     dXdv22_1+=X2[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,2,q,numShape,LOCDIM)];
590                  }
591    
592                  D_0=dXdv00_0*(dXdv11_0*dXdv22_0-dXdv12_0*dXdv21_0)+dXdv01_0*(dXdv20_0*dXdv12_0-dXdv10_0*dXdv22_0)+dXdv02_0*(dXdv10_0*dXdv21_0-dXdv20_0*dXdv11_0);
593                  D_1=dXdv00_1*(dXdv11_1*dXdv22_1-dXdv12_1*dXdv21_1)+dXdv01_1*(dXdv20_1*dXdv12_1-dXdv10_1*dXdv22_1)+dXdv02_1*(dXdv10_1*dXdv21_1-dXdv20_1*dXdv11_1);
594                  if ( (D_0==0.) || (D_1 == 0.)) {
595                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_3D_C: element %d (id %d) has volume zero.",e,element_id[e]);
596                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
597                  } else {
598                     invD_0=1./D_0;
599                     dvdX00_0=(dXdv11_0*dXdv22_0-dXdv12_0*dXdv21_0)*invD_0;
600                     dvdX10_0=(dXdv20_0*dXdv12_0-dXdv10_0*dXdv22_0)*invD_0;
601                     dvdX20_0=(dXdv10_0*dXdv21_0-dXdv20_0*dXdv11_0)*invD_0;
602                     dvdX01_0=(dXdv02_0*dXdv21_0-dXdv01_0*dXdv22_0)*invD_0;
603                     dvdX11_0=(dXdv00_0*dXdv22_0-dXdv20_0*dXdv02_0)*invD_0;
604                     dvdX21_0=(dXdv01_0*dXdv20_0-dXdv00_0*dXdv21_0)*invD_0;
605                     dvdX02_0=(dXdv01_0*dXdv12_0-dXdv02_0*dXdv11_0)*invD_0;
606                     dvdX12_0=(dXdv02_0*dXdv10_0-dXdv00_0*dXdv12_0)*invD_0;
607                     dvdX22_0=(dXdv00_0*dXdv11_0-dXdv01_0*dXdv10_0)*invD_0;
608                     invD_1=1./D_1;
609                     dvdX00_1=(dXdv11_1*dXdv22_1-dXdv12_1*dXdv21_1)*invD_1;
610                     dvdX10_1=(dXdv20_1*dXdv12_1-dXdv10_1*dXdv22_1)*invD_1;
611                     dvdX20_1=(dXdv10_1*dXdv21_1-dXdv20_1*dXdv11_1)*invD_1;
612                     dvdX01_1=(dXdv02_1*dXdv21_1-dXdv01_1*dXdv22_1)*invD_1;
613                     dvdX11_1=(dXdv00_1*dXdv22_1-dXdv20_1*dXdv02_1)*invD_1;
614                     dvdX21_1=(dXdv01_1*dXdv20_1-dXdv00_1*dXdv21_1)*invD_1;
615                     dvdX02_1=(dXdv01_1*dXdv12_1-dXdv02_1*dXdv11_1)*invD_1;
616                     dvdX12_1=(dXdv02_1*dXdv10_1-dXdv00_1*dXdv12_1)*invD_1;
617                     dvdX22_1=(dXdv00_1*dXdv11_1-dXdv01_1*dXdv10_1)*invD_1;
618    
619                     for (s=0;s<numTest; s++) {
620                       dTdX[INDEX4(        s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
621                          DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10_0+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX20_0;
622                       dTdX[INDEX4(        s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
623                          DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11_0+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX21_0;
624                       dTdX[INDEX4(        s,2,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
625                          DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX02_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX12_0+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX22_0;
626                       dTdX[INDEX4(numTest+s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
627                          DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10_1+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX20_1;
628                       dTdX[INDEX4(numTest+s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
629                          DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11_1+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX21_1;
630                       dTdX[INDEX4(numTest+s,2,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
631                          DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX02_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX12_1+DTDv[INDEX3(s,2,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX22_1;
632                     }
633                  }
634                  m0_0=dXdv10_0*dXdv21_0-dXdv20_0*dXdv11_0;
635                  m1_0=dXdv20_0*dXdv01_0-dXdv00_0*dXdv21_0;
636                  m2_0=dXdv00_0*dXdv11_0-dXdv10_0*dXdv01_0;
637                  m0_1=dXdv10_1*dXdv21_1-dXdv20_1*dXdv11_1;
638                  m1_1=dXdv20_1*dXdv01_1-dXdv00_1*dXdv21_1;
639                  m2_1=dXdv00_1*dXdv11_1-dXdv10_1*dXdv01_1;
640              volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=(sqrt(m0_0*m0_0+m1_0*m1_0+m2_0*m2_0)+sqrt(m0_1*m0_1+m1_1*m1_1+m2_1*m2_1))/2.*QuadWeights[q];
641               }
642           }
643    
644         }
645         #undef DIM
646         #undef LOCDIM
647    }
648  /**************************************************************/  /**************************************************************/
649    /*                                                            */
650    /*  Jacobean 2D manifold in 3D with 2D elements               */
651    /*                                                            */
652    void Assemble_jacobeans_3D_M2D_E2D(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
653                                       dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
654                                       double* DSDv, dim_t numTest,double* DTDv,
655                                       double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
656         #define DIM 3
657         #define LOCDIM 2
658         register int e,q,s;
659         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
660         #pragma omp parallel
661         {
662           register double dXdv00,dXdv10,dXdv20,dXdv01,dXdv11,dXdv21,m00,m01,m11,
663                           dvdX00,dvdX01,dvdX02,dvdX10,dvdX11,dvdX12,D,invD;
664           double X0[numShape], X1[numShape], X2[numShape];
665           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
666           for(e=0;e<numElements;e++){
667               for (s=0;s<numShape; s++) {
668                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
669                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
670                 X2[s]=coordinates[INDEX2(2,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
671               }
672               for (q=0;q<numQuad;q++) {
673                  dXdv00=0;
674                  dXdv10=0;
675                  dXdv20=0;
676                  dXdv01=0;
677                  dXdv11=0;
678                  dXdv21=0;
679                  for (s=0;s<numShape; s++) {
680                     dXdv00+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
681                     dXdv10+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
682                     dXdv20+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
683                     dXdv01+=X0[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
684                     dXdv11+=X1[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
685                     dXdv21+=X2[s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
686                  }
687                  m00=dXdv00*dXdv00+dXdv10*dXdv10+dXdv20*dXdv20;
688                  m01=dXdv00*dXdv01+dXdv10*dXdv11+dXdv20*dXdv21;
689                  m11=dXdv01*dXdv01+dXdv11*dXdv11+dXdv21*dXdv21;
690                  D=m00*m11-m01*m01;
691                  if (D==0.) {
692                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_3D_M2D: element %d (id %d) has area zero.",e,element_id[e]);
693                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
694                  } else {
695                     invD=1./D;
696                     dvdX00=( m00*dXdv00-m01*dXdv01)*invD;
697                     dvdX01=( m00*dXdv10-m01*dXdv11)*invD;
698                     dvdX02=( m00*dXdv20-m01*dXdv21)*invD;
699                     dvdX10=(-m01*dXdv00+m11*dXdv01)*invD;
700                     dvdX11=(-m01*dXdv10+m11*dXdv11)*invD;
701                     dvdX12=(-m01*dXdv20+m11*dXdv21)*invD;
702                     for (s=0;s<numTest; s++) {
703                       dTdX[INDEX4(s,0,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10;
704                       dTdX[INDEX4(s,1,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11;
705                       dTdX[INDEX4(s,2,q,e,numTest,DIM,numQuad)]=DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX02+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX12;
706                     }
707                 volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=sqrt(D)*QuadWeights[q];
708                  }
709               }
710           }
711    
712  void Finley_Assemble_PDE(Finley_NodeFile* nodes,Finley_ElementFile* elements,Finley_SystemMatrix* S, escriptDataC* F,       }
713               escriptDataC* A, escriptDataC* B, escriptDataC* C, escriptDataC* D, escriptDataC* X, escriptDataC* Y ) {       #undef DIM
714         #undef LOCDIM
715    }
716    /**************************************************************/
717    /*                                                            */
718    /*  Jacobean 2D manifold in 3D with 2D elements  with contact */
719    /*                                                            */
720    void Assemble_jacobeans_3D_M2D_E2D_C(double* coordinates, dim_t numQuad,double* QuadWeights,
721                                         dim_t numShape, dim_t numElements, dim_t numNodes, index_t* nodes,
722                                         double* DSDv, dim_t numTest,double* DTDv,
723                                         double* dTdX, double* volume, index_t* element_id) {
724         #define DIM 3
725         #define LOCDIM 2
726         register int e,q,s;
727         char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
728         #pragma omp parallel
729         {
730           register double dXdv00_0,dXdv10_0,dXdv20_0,dXdv01_0,dXdv11_0,dXdv21_0,m00_0,m01_0,m11_0,
731                           dvdX00_0,dvdX01_0,dvdX02_0,dvdX10_0,dvdX11_0,dvdX12_0,D_0,invD_0,
732                           dXdv00_1,dXdv10_1,dXdv20_1,dXdv01_1,dXdv11_1,dXdv21_1,m00_1,m01_1,m11_1,
733                           dvdX00_1,dvdX01_1,dvdX02_1,dvdX10_1,dvdX11_1,dvdX12_1,D_1,invD_1;
734           double X0[2*numShape], X1[2*numShape], X2[2*numShape];
735           #pragma omp for private(e,q,s) schedule(static)
736           for(e=0;e<numElements;e++){
737               for (s=0;s<2*numShape; s++) {
738                 X0[s]=coordinates[INDEX2(0,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
739                 X1[s]=coordinates[INDEX2(1,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
740                 X2[s]=coordinates[INDEX2(2,nodes[INDEX2(s,e,numNodes)],DIM)];
741               }
742               for (q=0;q<numQuad;q++) {
743                  dXdv00_0=0;
744                  dXdv10_0=0;
745                  dXdv20_0=0;
746                  dXdv01_0=0;
747                  dXdv11_0=0;
748                  dXdv21_0=0;
749                  dXdv00_1=0;
750                  dXdv10_1=0;
751                  dXdv20_1=0;
752                  dXdv01_1=0;
753                  dXdv11_1=0;
754                  dXdv21_1=0;
755                  for (s=0;s<numShape; s++) {
756                     dXdv00_0+=X0[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
757                     dXdv10_0+=X1[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
758                     dXdv20_0+=X2[         s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
759                     dXdv01_0+=X0[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
760                     dXdv11_0+=X1[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
761                     dXdv21_0+=X2[         s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
762                     dXdv00_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
763                     dXdv10_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
764                     dXdv20_1+=X2[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,0,q,numShape,LOCDIM)];
765                     dXdv01_1+=X0[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
766                     dXdv11_1+=X1[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
767                     dXdv21_1+=X2[numShape+s]*DSDv[INDEX3(s,1,q,numShape,LOCDIM)];
768                  }
769                  m00_0=dXdv00_0*dXdv00_0+dXdv10_0*dXdv10_0+dXdv20_0*dXdv20_0;
770                  m01_0=dXdv00_0*dXdv01_0+dXdv10_0*dXdv11_0+dXdv20_0*dXdv21_0;
771                  m11_0=dXdv01_0*dXdv01_0+dXdv11_0*dXdv11_0+dXdv21_0*dXdv21_0;
772                  D_0=m00_0*m11_0-m01_0*m01_0;
773                  m00_1=dXdv00_1*dXdv00_1+dXdv10_1*dXdv10_1+dXdv20_1*dXdv20_1;
774                  m01_1=dXdv00_1*dXdv01_1+dXdv10_1*dXdv11_1+dXdv20_1*dXdv21_1;
775                  m11_1=dXdv01_1*dXdv01_1+dXdv11_1*dXdv11_1+dXdv21_1*dXdv21_1;
776                  D_1=m00_1*m11_1-m01_1*m01_1;
777                  if ( (D_0==0.) || (D_1 == 0.) ) {
778                      sprintf(error_msg,"Assemble_jacobeans_3D_M2D: element %d (id %d) has area zero.",e,element_id[e]);
779                      Finley_setError(ZERO_DIVISION_ERROR,error_msg);
780                  } else {
781                     invD_0=1./D_0;
782                     dvdX00_0=( m00_0*dXdv00_0-m01_0*dXdv01_0)*invD_0;
783                     dvdX01_0=( m00_0*dXdv10_0-m01_0*dXdv11_0)*invD_0;
784                     dvdX02_0=( m00_0*dXdv20_0-m01_0*dXdv21_0)*invD_0;
785                     dvdX10_0=(-m01_0*dXdv00_0+m11_0*dXdv01_0)*invD_0;
786                     dvdX11_0=(-m01_0*dXdv10_0+m11_0*dXdv11_0)*invD_0;
787                     dvdX12_0=(-m01_0*dXdv20_0+m11_0*dXdv21_0)*invD_0;
788                     invD_1=1./D_1;
789                     dvdX00_1=( m00_1*dXdv00_1-m01_1*dXdv01_1)*invD_1;
790                     dvdX01_1=( m00_1*dXdv10_1-m01_1*dXdv11_1)*invD_1;
791                     dvdX02_1=( m00_1*dXdv20_1-m01_1*dXdv21_1)*invD_1;
792                     dvdX10_1=(-m01_1*dXdv00_1+m11_1*dXdv01_1)*invD_1;
793                     dvdX11_1=(-m01_1*dXdv10_1+m11_1*dXdv11_1)*invD_1;
794                     dvdX12_1=(-m01_1*dXdv20_1+m11_1*dXdv21_1)*invD_1;
795                     for (s=0;s<numTest; s++) {
796                       dTdX[INDEX4(        s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
797                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10_0;
798                       dTdX[INDEX4(        s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
799                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11_0;
800                       dTdX[INDEX4(        s,2,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
801                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX02_0+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX12_0;
802                       dTdX[INDEX4(numTest+s,0,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
803                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX00_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX10_1;
804                       dTdX[INDEX4(numTest+s,1,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
805                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX01_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX11_1;
806                       dTdX[INDEX4(numTest+s,2,q,e,2*numTest,DIM,numQuad)]=
807                                     DTDv[INDEX3(s,0,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX02_1+DTDv[INDEX3(s,1,q,numTest,LOCDIM)]*dvdX12_1;
808                     }
809                 volume[INDEX2(q,e,numQuad)]=(sqrt(D_0)+sqrt(D_1))/2.*QuadWeights[q];
810                  }
811               }
812           }
813    
   double *EM_S=NULL,*EM_F=NULL,*V=NULL,*dVdv=NULL,*dSdV=NULL,*Vol=NULL,*dvdV=NULL;  
   double time0;  
   int dimensions[ESCRIPT_MAX_DATA_RANK],e,q,color;  
   Assemble_Parameters p;  
   maybelong *index_row=NULL,*index_col=NULL;  
   
   if (nodes==NULL || elements==NULL) return;  
   if (S==NULL && isEmpty(F)) return;  
   
   /* set all parameters in p*/  
   Assemble_getAssembleParameters(nodes,elements,S,F,&p);  
   if (Finley_ErrorCode!=NO_ERROR) return;  
   
   /*  this function assumes NS=NN */  
   if (p.NN!=p.NS) {  
     Finley_ErrorCode=SYSTEM_ERROR;  
     sprintf(Finley_ErrorMsg,"for Finley_Assemble_PDE numNodes and numShapes have to be identical.");  
     return;  
   }  
   if (p.numDim!=p.numElementDim) {  
     Finley_ErrorCode=SYSTEM_ERROR;  
     sprintf(Finley_ErrorMsg,"Finley_Assemble_PDE accepts volume elements only.");  
     return;  
   }  
   /*  get a functionspace */  
   int funcspace=UNKNOWN;  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,A);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,B);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,C);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,D);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,X);  
   updateFunctionSpaceType(funcspace,Y);  
   if (funcspace==UNKNOWN) return; /* all  data are empty */  
   
   /* check if all function spaces are the same */  
   
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,A) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient A");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,B) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient B");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,C) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient C");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,D) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient D");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,X) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient X");  
   }  
   if (! functionSpaceTypeEqual(funcspace,Y) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"unexpected function space typ for coefficient Y");  
   }  
   
   /* check if all function spaces are the same */  
   
   if (! numSamplesEqual(A,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient A don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(B,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient B don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(C,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient C don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(D,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient D don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(X,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient X don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
   }  
   
   if (! numSamplesEqual(Y,p.numQuad,elements->numElements) ) {  
         Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,"sample points of coefficient Y don't match (%d,%d)",p.numQuad,elements->numElements);  
   }  
   
   /*  check the dimensions: */  
     
   if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {  
     if (!isEmpty(A)) {  
       dimensions[0]=p.numDim;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(A,2,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient A: illegal shape, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(B)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(B,1,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient B: illegal shape (%d,)",dimensions[0]);  
        }  
     }  
     if (!isEmpty(C)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(C,1,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient C, expected shape (%d,)",dimensions[0]);  
        }  
     }  
     if (!isEmpty(D)) {  
        if (!isDataPointShapeEqual(D,0,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient D, rank 0 expected.");  
        }  
     }  
     if (!isEmpty(X)) {  
        dimensions[0]=p.numDim;  
        if (!isDataPointShapeEqual(X,1,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient X, expected shape (%d,",dimensions[0]);  
        }  
     }  
     if (!isEmpty(Y)) {  
        if (!isDataPointShapeEqual(Y,0,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient Y, rank 0 expected.");  
        }  
     }  
   } else {  
     if (!isEmpty(A)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       dimensions[2]=p.numComp;  
       dimensions[3]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(A,4,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient A, expected shape (%d,%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2],dimensions[3]);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(B)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       dimensions[2]=p.numComp;  
       if (!isDataPointShapeEqual(B,3,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient B, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(C)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numComp;  
       dimensions[2]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(C,3,dimensions)) {  
            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient C, expected shape (%d,%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1],dimensions[2]);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(D)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numComp;  
       if (!isDataPointShapeEqual(D,2,dimensions)) {  
           Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient D, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(X)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       dimensions[1]=p.numDim;  
       if (!isDataPointShapeEqual(X,2,dimensions)) {  
            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient X, expected shape (%d,%d)",dimensions[0],dimensions[1]);  
       }  
     }  
     if (!isEmpty(Y)) {  
       dimensions[0]=p.numEqu;  
       if (!isDataPointShapeEqual(Y,1,dimensions)) {  
            Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
           sprintf(Finley_ErrorMsg,"coefficient Y, expected shape (%d,)",dimensions[0]);  
       }  
     }  
   }  
   
   if (Finley_ErrorCode==NO_ERROR) {  
      time0=Finley_timer();  
      #pragma omp parallel private(index_col,index_row,EM_S,EM_F,V,dVdv,dSdV,Vol,dvdV,color,q) \  
             firstprivate(elements,nodes,S,F,A,B,C,D,X,Y)  
      {  
          EM_S=EM_F=V=dVdv=dSdV=Vol=dvdV=NULL;  
          index_row=index_col=NULL;  
   
          /* allocate work arrays: */  
   
          EM_S=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp*sizeof(double));  
          EM_F=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*p.numEqu*sizeof(double));  
          V=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NN*p.numDim*sizeof(double));  
          dVdv=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad*sizeof(double));  
          dvdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numDim*p.numDim*p.numQuad*sizeof(double));  
          dSdV=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.NS_row*p.numQuad*p.numDim*sizeof(double));  
          Vol=(double*) THREAD_MEMALLOC(p.numQuad*sizeof(double));  
          index_col=(maybelong*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_col*sizeof(maybelong));  
          index_row=(maybelong*) THREAD_MEMALLOC(p.NN_row*sizeof(maybelong));  
   
          if (! (Finley_checkPtr(EM_S) || Finley_checkPtr(EM_F) || Finley_checkPtr(V) || Finley_checkPtr(index_col) ||  
                 Finley_checkPtr(index_row) || Finley_checkPtr(dVdv) || Finley_checkPtr(dSdV) || Finley_checkPtr(Vol) ))  {  
   
            /*  open loop over all colors: */  
            for (color=0;color<elements->numColors;color++) {  
               /*  open loop over all elements: */  
               #pragma omp for private(e) schedule(static)  
               for(e=0;e<elements->numElements;e++){  
                 if (elements->Color[e]==color) {  
                   for (q=0;q<p.NN_row;q++) index_row[q]=p.label_row[elements->Nodes[INDEX2(p.row_node[q],e,p.NN)]];  
                   /* gather V-coordinates of nodes into V: */  
           Finley_Util_Gather_double(p.NN,&(elements->Nodes[INDEX2(0,e,p.NN)]),p.numDim,nodes->Coordinates,V);  
                   /*  calculate dVdv(i,j,q)=V(i,k)*DSDv(k,j,q) */  
           Finley_Util_SmallMatMult(p.numDim,p.numDim*p.numQuad,dVdv,p.NS,V,p.referenceElement->dSdv);  
                   /*  dvdV=invert(dVdv) inplace */  
           Finley_Util_InvertSmallMat(p.numQuad,p.numDim,dVdv,dvdV,Vol);  
                   /*  calculate dSdV=DSDv*DvDV */  
           Finley_Util_SmallMatSetMult(p.numQuad,p.NS_row,p.numDim,dSdV,p.numDim,p.referenceElement_row->dSdv,dvdV);  
                   /*  scale volume: */  
           for (q=0;q<p.numQuad;q++) Vol[q]=ABS(Vol[q]*p.referenceElement->QuadWeights[q]);  
       
                    /*   integration for the stiffness matrix: */  
                    /*   in order to optimze the number of operations the case of constants coefficience needs a bit more work */  
                    /*   to make use of some symmetry. */  
   
                      if (S!=NULL) {  
                        for (q=0;q<p.NN_row*p.NN_col*p.numEqu*p.numComp;q++) EM_S[q]=0;  
                        if (p.numEqu==1 && p.numComp==1) {  
                        Finley_Assemble_PDEMatrix_Single2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,  
                                                                      p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,  
                                                                      getSampleData(A,e),isExpanded(A),  
                                                                      getSampleData(B,e),isExpanded(B),  
                                                                      getSampleData(C,e),isExpanded(C),  
                                                                      getSampleData(D,e),isExpanded(D));  
                        } else {  
                        Finley_Assemble_PDEMatrix_System2(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,p.numEqu,p.numComp,  
                                                                      p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_S,  
                                                                      getSampleData(A,e),isExpanded(A),  
                                                                      getSampleData(B,e),isExpanded(B),  
                                                                      getSampleData(C,e),isExpanded(C),  
                                                                      getSampleData(D,e),isExpanded(D));  
                        }  
                        for (q=0;q<p.NN_col;q++) index_col[q]=p.label_col[elements->Nodes[INDEX2(p.col_node[q],e,p.NN)]];  
                        Finley_SystemMatrix_add(S,p.NN_row,index_row,p.numEqu,p.NN_col,index_col,p.numComp,EM_S);  
                      }  
                      if (!isEmpty(F)) {  
                        for (q=0;q<p.NN_row*p.numEqu;q++) EM_F[q]=0;  
                        if (p.numEqu==1) {  
                        Finley_Assemble_RHSMatrix_Single(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,  
                                                                  p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,  
                                                                  getSampleData(X,e),isExpanded(X),  
                                                                  getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));  
                        } else {  
                        Finley_Assemble_RHSMatrix_System(p.NS_row,p.numDim,p.numQuad,  
                                                                  p.numEqu,p.referenceElement_row->S,dSdV,Vol,p.NN_row,EM_F,  
                                                                  getSampleData(X,e),isExpanded(X),  
                                                                  getSampleData(Y,e),isExpanded(Y));  
                        }  
                        /* add  */  
                        Finley_Util_AddScatter(p.NN_row,index_row,p.numEqu,EM_F,getSampleData(F,0));  
                     }  
                 }  
               }  
             }  
          }  
          /* clean up */  
          THREAD_MEMFREE(EM_S);  
          THREAD_MEMFREE(EM_F);  
          THREAD_MEMFREE(V);  
          THREAD_MEMFREE(dVdv);  
          THREAD_MEMFREE(dvdV);  
          THREAD_MEMFREE(dSdV);  
          THREAD_MEMFREE(Vol);  
          THREAD_MEMFREE(index_col);  
          THREAD_MEMFREE(index_row);  
814       }       }
815       printf("timing: assemblage PDE: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);       #undef DIM
816    }       #undef LOCDIM
817  }  }
818  /*  /*
819   * $Log$   * $Log$
  * Revision 1.1  2004/10/26 06:53:57  jgs  
  * Initial revision  
  *  
  * Revision 1.3  2004/07/30 04:37:06  gross  
  * escript and finley are linking now and RecMeshTest.py has been passed  
  *  
  * Revision 1.2  2004/07/21 05:00:54  gross  
  * name changes in DataC  
  *  
  * Revision 1.1  2004/07/02 04:21:13  gross  
  * Finley C code has been included  
  *  
820   *   *
821   */   */

Legend:
Removed from v.82  
changed lines
  Added in v.781

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26