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1    
2  /* $Id$ */  /*****************************************************************************
3    *
4  /*******************************************************  * Copyright (c) 2003-2013 by University of Queensland
5   *  * http://www.uq.edu.au
6   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF  *
7   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Primary Business: Queensland, Australia
8   *  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9   *                http://esscc.uq.edu.au  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10   *        Primary Business: Queensland, Australia  *
11   *  Licensed under the Open Software License version 3.0  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * Development since 2012 by School of Earth Sciences
13   *  *
14   *******************************************************/  *****************************************************************************/
15    
16    #include <pasowrap/PasoException.h>
17    #include <pasowrap/TransportProblemAdapter.h>
18  #include "MeshAdapter.h"  #include "MeshAdapter.h"
19  #include "escript/Data.h"  #include "escript/Data.h"
20  #include "escript/DataFactory.h"  #include "escript/DataFactory.h"
21    #include "esysUtils/blocktimer.h"
22    
23    #include <boost/python/import.hpp>
24  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
25  #include <netcdfcpp.h>  #include <netcdfcpp.h>
26  #endif  #endif
 extern "C" {  
 #include "escript/blocktimer.h"  
 }  
 #include <vector>  
27    
28  using namespace std;  using namespace std;
29  using namespace escript;  using namespace paso;
30    
31  namespace finley {  namespace finley {
32    
 //  
33  // define the static constants  // define the static constants
34  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType MeshAdapter::m_functionSpaceTypeNames;  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType MeshAdapter::m_functionSpaceTypeNames;
35  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
# Line 48  const int MeshAdapter::ReducedContactEle Line 48  const int MeshAdapter::ReducedContactEle
48    
49  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* finleyMesh)  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* finleyMesh)
50  {  {
51    setFunctionSpaceTypeNames();      setFunctionSpaceTypeNames();
52    //      // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_free deletes the pointer
53    // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_free deletes the pointer      // for us.
54    // for us.      m_finleyMesh.reset(finleyMesh, null_deleter());
   m_finleyMesh.reset(finleyMesh,null_deleter());  
55  }  }
56    
57  //  //
58  // The copy constructor should just increment the use count  // The copy constructor should just increment the use count
59  MeshAdapter::MeshAdapter(const MeshAdapter& in):  MeshAdapter::MeshAdapter(const MeshAdapter& in) :
60  m_finleyMesh(in.m_finleyMesh)      m_finleyMesh(in.m_finleyMesh)
61  {  {
62    setFunctionSpaceTypeNames();      setFunctionSpaceTypeNames();
63  }  }
64    
65  MeshAdapter::~MeshAdapter()  MeshAdapter::~MeshAdapter()
66  {  {
67    //      // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of
68    // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of.      if (m_finleyMesh.unique()) {
69    //  cout << "In MeshAdapter destructor." << endl;          Finley_Mesh_free(m_finleyMesh.get());
70    if (m_finleyMesh.unique()) {      }
     Finley_Mesh_free(m_finleyMesh.get());  
   }  
71  }  }
72    
73  int MeshAdapter::getMPISize() const  int MeshAdapter::getMPISize() const
74  {  {
75     return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->size;      return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->size;
76  }  }
77    
78  int MeshAdapter::getMPIRank() const  int MeshAdapter::getMPIRank() const
79  {  {
80     return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank;      return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank;
81  }  }
82    
83    void MeshAdapter::MPIBarrier() const
84    {
85    #ifdef ESYS_MPI
86        MPI_Barrier(m_finleyMesh.get()->MPIInfo->comm);
87    #endif
88    }
89    
90    bool MeshAdapter::onMasterProcessor() const
91    {
92        return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank == 0;
93    }
94    
95    #ifdef ESYS_MPI
96    MPI_Comm
97    #else
98    unsigned int
99    #endif
100    MeshAdapter::getMPIComm() const
101    {
102    #ifdef ESYS_MPI
103        return m_finleyMesh->MPIInfo->comm;
104    #else
105        return 0;
106    #endif
107    }
108    
109  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const {  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const
110     return m_finleyMesh.get();  {
111        return m_finleyMesh.get();
112  }  }
113    
114  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const  void MeshAdapter::write(const string& fileName) const
115  {  {
116    char *fName = (fileName.size()+1>0) ? TMPMEMALLOC(fileName.size()+1,char) : (char*)NULL;      Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(), fileName.c_str());
117    strcpy(fName,fileName.c_str());      checkFinleyError();
   Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);  
   checkFinleyError();  
   TMPMEMFREE(fName);  
118  }  }
119    
120  void MeshAdapter::Print_Mesh_Info(const bool full=false) const  void MeshAdapter::Print_Mesh_Info(const bool full) const
121  {  {
122    Finley_PrintMesh_Info(m_finleyMesh.get(), full);      Finley_PrintMesh_Info(m_finleyMesh.get(), full);
123  }  }
124    
125  void MeshAdapter::dump(const std::string& fileName) const  void MeshAdapter::dump(const string& fileName) const
126  {  {
127  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
128     const NcDim* ncdims[12];      const NcDim* ncdims[12] = {NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL};
129     NcVar *ids, *data;      NcVar *ids;
130     int *int_ptr;      int *int_ptr;
131     Finley_Mesh *mesh = m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh *mesh = m_finleyMesh.get();
132     Finley_TagMap* tag_map;      int num_Tags = 0;
133     int num_Tags = 0;      int mpi_size                         = mesh->MPIInfo->size;
134     int mpi_size             = mesh->MPIInfo->size;      int mpi_rank                         = mesh->MPIInfo->rank;
135     int mpi_rank             = mesh->MPIInfo->rank;      int numDim                           = mesh->Nodes->numDim;
136     int numDim               = mesh->Nodes->numDim;      int numNodes                         = mesh->Nodes->numNodes;
137     int numNodes             = mesh->Nodes->numNodes;      int num_Elements                     = mesh->Elements->numElements;
138     int num_Elements         = mesh->Elements->numElements;      int num_FaceElements                 = mesh->FaceElements->numElements;
139     int num_FaceElements         = mesh->FaceElements->numElements;      int num_ContactElements              = mesh->ContactElements->numElements;
140     int num_ContactElements      = mesh->ContactElements->numElements;      int num_Points                       = mesh->Points->numElements;
141     int num_Points           = mesh->Points->numElements;      int num_Elements_numNodes            = mesh->Elements->numNodes;
142     int num_Elements_numNodes        = mesh->Elements->numNodes;      int num_FaceElements_numNodes        = mesh->FaceElements->numNodes;
143     int num_FaceElements_numNodes    = mesh->FaceElements->numNodes;      int num_ContactElements_numNodes     = mesh->ContactElements->numNodes;
144     int num_ContactElements_numNodes = mesh->ContactElements->numNodes;  #ifdef ESYS_MPI
145     char *newFileName = Paso_MPI_appendRankToFileName(strdup(fileName.c_str()), mpi_size, mpi_rank);      MPI_Status status;
146    #endif
147     /* Figure out how much storage is required for tags */  
148     tag_map = mesh->TagMap;  /* Incoming token indicates it's my turn to write */
149     if (tag_map) {  #ifdef ESYS_MPI
150       while (tag_map) {      if (mpi_rank>0) {
151      num_Tags++;          MPI_Recv(&num_Tags, 0, MPI_INT, mpi_rank-1, 81800, mesh->MPIInfo->comm, &status);
152          tag_map=tag_map->next;      }
153       }  #endif
154     }  
155        char *newFileName = Esys_MPI_appendRankToFileName(fileName.c_str(),
156     // NetCDF error handler                                                       mpi_size, mpi_rank);
157     NcError err(NcError::verbose_nonfatal);  
158     // Create the file.      // Figure out how much storage is required for tags
159     NcFile dataFile(newFileName, NcFile::Replace);      num_Tags = mesh->tagMap.size();
160     // check if writing was successful  
161     if (!dataFile.is_valid())      // NetCDF error handler
162          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: opening of NetCDF file for output failed: " + *newFileName);      NcError err(NcError::verbose_nonfatal);
163        // Create the file.
164     // Define dimensions (num_Elements and dim_Elements are identical, dim_Elements only appears if > 0)      NcFile dataFile(newFileName, NcFile::Replace);
165     if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("numNodes", numNodes)) )      string msgPrefix("Error in MeshAdapter::dump: NetCDF operation failed - ");
166          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension numNodes to netCDF file failed: " + *newFileName);      // check if writing was successful
167     if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("numDim", numDim)) )      if (!dataFile.is_valid())
168          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension numDim to netCDF file failed: " + *newFileName);          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"Open file for output");
169     if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("mpi_size_plus_1", mpi_size+1)) )  
170          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension mpi_size to netCDF file failed: " + *newFileName);      // Define dimensions (num_Elements and dim_Elements are identical,
171     if (num_Elements>0)      // dim_Elements only appears if > 0)
172        if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("dim_Elements", num_Elements)) )      if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("numNodes", numNodes)) )
173          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Elements to netCDF file failed: " + *newFileName);          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(numNodes)");
174     if (num_FaceElements>0)      if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("numDim", numDim)) )
175        if (! (ncdims[4] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements", num_FaceElements)) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(numDim)");
176          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_FaceElements to netCDF file failed: " + *newFileName);      if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("mpi_size_plus_1", mpi_size+1)) )
177     if (num_ContactElements>0)          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(mpi_size)");
178        if (! (ncdims[5] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements", num_ContactElements)) )      if (num_Elements>0)
179          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_ContactElements to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("dim_Elements", num_Elements)) )
180     if (num_Points>0)              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Elements)");
181        if (! (ncdims[6] = dataFile.add_dim("dim_Points", num_Points)) )      if (num_FaceElements>0)
182          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Points to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ncdims[4] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements", num_FaceElements)) )
183     if (num_Elements>0)              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_FaceElements)");
184        if (! (ncdims[7] = dataFile.add_dim("dim_Elements_Nodes", num_Elements_numNodes)) )      if (num_ContactElements>0)
185          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Elements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ncdims[5] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements", num_ContactElements)) )
186     if (num_FaceElements>0)              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_ContactElements)");
187        if (! (ncdims[8] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements_numNodes", num_FaceElements_numNodes)) )      if (num_Points>0)
188          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_FaceElements_numNodes to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ncdims[6] = dataFile.add_dim("dim_Points", num_Points)) )
189     if (num_ContactElements>0)              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Points)");
190        if (! (ncdims[9] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements_numNodes", num_ContactElements_numNodes)) )      if (num_Elements>0)
191          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_ContactElements_numNodes to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ncdims[7] = dataFile.add_dim("dim_Elements_Nodes", num_Elements_numNodes)) )
192     if (num_Tags>0)              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Elements_Nodes)");
193        if (! (ncdims[10] = dataFile.add_dim("dim_Tags", num_Tags)) )      if (num_FaceElements>0)
194          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Tags to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ncdims[8] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements_numNodes", num_FaceElements_numNodes)) )
195                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_FaceElements_numNodes)");
196     // Attributes: MPI size, MPI rank, Name, order, reduced_order      if (num_ContactElements>0)
197     if (!dataFile.add_att("mpi_size", mpi_size) )          if (! (ncdims[9] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements_numNodes", num_ContactElements_numNodes)) )
198          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending mpi_size to NetCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_ContactElements_numNodes)");
199     if (!dataFile.add_att("mpi_rank", mpi_rank) )      if (num_Tags>0)
200          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending mpi_rank to NetCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ncdims[10] = dataFile.add_dim("dim_Tags", num_Tags)) )
201     if (!dataFile.add_att("Name",mesh->Name) )              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Tags)");
202          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Name to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
203     if (!dataFile.add_att("numDim",numDim) )      // Attributes: MPI size, MPI rank, Name, order, reduced_order
204          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending order to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("mpi_size", mpi_size) )
205     if (!dataFile.add_att("order",mesh->order) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(mpi_size)");
206          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending order to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("mpi_rank", mpi_rank) )
207     if (!dataFile.add_att("reduced_order",mesh->reduced_order) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(mpi_rank)");
208          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending reduced_order to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("Name",mesh->Name) )
209     if (!dataFile.add_att("numNodes",numNodes) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Name)");
210          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("numDim",numDim) )
211     if (!dataFile.add_att("num_Elements",num_Elements) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(order)");
212          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Elements to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("order",mesh->integrationOrder) )
213     if (!dataFile.add_att("num_FaceElements",num_FaceElements) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(order)");
214          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_FaceElements to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("reduced_order",mesh->reducedIntegrationOrder) )
215     if (!dataFile.add_att("num_ContactElements",num_ContactElements) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(reduced_order)");
216          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_ContactElements to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("numNodes",numNodes) )
217     if (!dataFile.add_att("num_Points",num_Points) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(numNodes)");
218          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Points to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("num_Elements",num_Elements) )
219     if (!dataFile.add_att("num_Elements_numNodes",num_Elements_numNodes) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Elements)");
220          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Elements_numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("num_FaceElements",num_FaceElements) )
221     if (!dataFile.add_att("num_FaceElements_numNodes",num_FaceElements_numNodes) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_FaceElements)");
222          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_FaceElements_numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("num_ContactElements",num_ContactElements) )
223     if (!dataFile.add_att("num_ContactElements_numNodes",num_ContactElements_numNodes) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_ContactElements)");
224          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_ContactElements_numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("num_Points",num_Points) )
225     if (!dataFile.add_att("Elements_TypeId", mesh->Elements->ReferenceElement->Type->TypeId) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Points)");
226        throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("num_Elements_numNodes",num_Elements_numNodes) )
227     if (!dataFile.add_att("FaceElements_TypeId", mesh->FaceElements->ReferenceElement->Type->TypeId) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Elements_numNodes)");
228        throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("num_FaceElements_numNodes",num_FaceElements_numNodes) )
229     if (!dataFile.add_att("ContactElements_TypeId", mesh->ContactElements->ReferenceElement->Type->TypeId) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_FaceElements_numNodes)");
230        throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("num_ContactElements_numNodes",num_ContactElements_numNodes) )
231     if (!dataFile.add_att("Points_TypeId", mesh->Points->ReferenceElement->Type->TypeId) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_ContactElements_numNodes)");
232        throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("Elements_TypeId", mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
233     if (!dataFile.add_att("num_Tags", num_Tags) )          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Elements_TypeId)");
234        throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Tags to NetCDF file failed: " + *newFileName);      if (!dataFile.add_att("FaceElements_TypeId", mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
235            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(FaceElements_TypeId)");
236     // // // // // Nodes // // // // //      if (!dataFile.add_att("ContactElements_TypeId", mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
237            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(ContactElements_TypeId)");
238     // Only write nodes if non-empty because NetCDF doesn't like empty arrays (it treats them as NC_UNLIMITED)      if (!dataFile.add_att("Points_TypeId", mesh->Points->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
239     if (numNodes>0) {          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Points_TypeId)");
240        if (!dataFile.add_att("num_Tags", num_Tags) )
241     // Nodes Id          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Tags)");
242     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Id", ncInt, ncdims[0])) )  
243          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);      // // // // // Nodes // // // // //
244     int_ptr = &mesh->Nodes->Id[0];  
245     if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )      // Nodes nodeDistribution
246          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);      if (! (ids = dataFile.add_var("Nodes_NodeDistribution", ncInt, ncdims[2])) )
247            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_NodeDistribution)");
248     // Nodes Tag      int_ptr = &mesh->Nodes->nodesDistribution->first_component[0];
249     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Tag", ncInt, ncdims[0])) )      if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )
250          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_NodeDistribution)");
251     int_ptr = &mesh->Nodes->Tag[0];  
252     if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )      // Nodes degreesOfFreedomDistribution
253          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);      if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_DofDistribution", ncInt, ncdims[2])) )
254            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_DofDistribution)");
255     // Nodes gDOF      int_ptr = &mesh->Nodes->degreesOfFreedomDistribution->first_component[0];
256     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gDOF", ncInt, ncdims[0])) )      if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )
257          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_gDOF to netCDF file failed: " + *newFileName);          throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_DofDistribution)");
258     int_ptr = &mesh->Nodes->globalDegreesOfFreedom[0];  
259     if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )      // Only write nodes if non-empty because NetCDF doesn't like empty arrays
260          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_gDOF to netCDF buffer failed: " + *newFileName);      // (it treats them as NC_UNLIMITED)
261        if (numNodes>0) {
262     // Nodes global node index          // Nodes Id
263     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gNI", ncInt, ncdims[0])) )          if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Id", ncInt, ncdims[0])) )
264          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_gNI to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Id)");
265     int_ptr = &mesh->Nodes->globalNodesIndex[0];          int_ptr = &mesh->Nodes->Id[0];
266     if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )          if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
267          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_gNI to netCDF buffer failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Id)");
268    
269     // Nodes grDof          // Nodes Tag
270     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grDfI", ncInt, ncdims[0])) )          if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Tag", ncInt, ncdims[0])) )
271          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_grDfI to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Tag)");
272     int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedDOFIndex[0];          int_ptr = &mesh->Nodes->Tag[0];
273     if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )          if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
274          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_grDfI to netCDF buffer failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Tag)");
275    
276     // Nodes grNI          // Nodes gDOF
277     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grNI", ncInt, ncdims[0])) )          if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gDOF", ncInt, ncdims[0])) )
278          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_grNI to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_gDOF)");
279     int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedNodesIndex[0];          int_ptr = &mesh->Nodes->globalDegreesOfFreedom[0];
280     if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )          if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
281          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_grNI to netCDF buffer failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_gDOF)");
282    
283     // Nodes Coordinates          // Nodes global node index
284     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Coordinates", ncDouble, ncdims[0], ncdims[1]) ) )          if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gNI", ncInt, ncdims[0])) )
285          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_Coordinates to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_gNI)");
286     if (! (ids->put(&(mesh->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,0,numDim)]), numNodes, numDim)) )          int_ptr = &mesh->Nodes->globalNodesIndex[0];
287          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_Coordinates to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
288                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_gNI)");
289     // Nodes degreesOfFreedomDistribution  
290     if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_DofDistribution", ncInt, ncdims[2])) )          // Nodes grDof
291          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_DofDistribution to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grDfI", ncInt, ncdims[0])) )
292     int_ptr = &mesh->Nodes->degreesOfFreedomDistribution->first_component[0];              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_grDfI)");
293     if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )          int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedDOFIndex[0];
294          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_DofDistribution to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
295                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_grDfI)");
296     }  
297            // Nodes grNI
298     // // // // // Elements // // // // //          if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grNI", ncInt, ncdims[0])) )
299                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_grNI)");
300     if (num_Elements>0) {          int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedNodesIndex[0];
301            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
302       // Temp storage to gather node IDs              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_grNI)");
303       int *Elements_Nodes = TMPMEMALLOC(num_Elements*num_Elements_numNodes,int);  
304            // Nodes Coordinates
305       // Elements_Id          if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Coordinates", ncDouble, ncdims[0], ncdims[1]) ) )
306       if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Id", ncInt, ncdims[3])) )              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Coordinates)");
307          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ids->put(&(mesh->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,0,numDim)]), numNodes, numDim)) )
308       int_ptr = &mesh->Elements->Id[0];              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Coordinates)");
309       if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )      }
310          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
311        // // // // // Elements // // // // //
312       // Elements_Tag      if (num_Elements>0) {
313       if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Tag", ncInt, ncdims[3])) )          // Elements_Id
314          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Id", ncInt, ncdims[3])) )
315       int_ptr = &mesh->Elements->Tag[0];              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Id)");
316       if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )          int_ptr = &mesh->Elements->Id[0];
317          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
318                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Id)");
319       // Elements_Owner  
320       if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Owner", ncInt, ncdims[3])) )          // Elements_Tag
321          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Tag", ncInt, ncdims[3])) )
322       int_ptr = &mesh->Elements->Owner[0];              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Tag)");
323       if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )          int_ptr = &mesh->Elements->Tag[0];
324          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
325                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Tag)");
326       // Elements_Color  
327       if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Color", ncInt, ncdims[3])) )          // Elements_Owner
328          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Owner", ncInt, ncdims[3])) )
329       int_ptr = &mesh->Elements->Color[0];              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Owner)");
330       if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )          int_ptr = &mesh->Elements->Owner[0];
331          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
332                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Owner)");
333       // Elements_Nodes  
334       for (int i=0; i<num_Elements; i++)          // Elements_Color
335         for (int j=0; j<num_Elements_numNodes; j++)          if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Color", ncInt, ncdims[3])) )
336           Elements_Nodes[INDEX2(j,i,num_Elements_numNodes)] = mesh->Nodes->Id[mesh->Elements->Nodes[INDEX2(j,i,num_Elements_numNodes)]];              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Color)");
337       if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Nodes", ncInt, ncdims[3], ncdims[7]) ) )          int_ptr = &mesh->Elements->Color[0];
338          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);          if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
339       if (! (ids->put(&(Elements_Nodes[0]), num_Elements, num_Elements_numNodes)) )              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Color)");
340          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
341            // Elements_Nodes
342       TMPMEMFREE(Elements_Nodes);          if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Nodes", ncInt, ncdims[3], ncdims[7]) ) )
343                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Nodes)");
344     }          if (! (ids->put(&(mesh->Elements->Nodes[0]), num_Elements, num_Elements_numNodes)) )
345                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Nodes)");
346     // // // // // Face_Elements // // // // //      }
347    
348     if (num_FaceElements>0) {      // // // // // Face_Elements // // // // //
349        if (num_FaceElements>0) {
350       // Temp storage to gather node IDs          // FaceElements_Id
351       int *FaceElements_Nodes = TMPMEMALLOC(num_FaceElements*num_FaceElements_numNodes,int);          if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Id", ncInt, ncdims[4])) )
352                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Id)");
353       // FaceElements_Id          int_ptr = &mesh->FaceElements->Id[0];
354       if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Id", ncInt, ncdims[4])) )          if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
355          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Id)");
356       int_ptr = &mesh->FaceElements->Id[0];  
357       if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )          // FaceElements_Tag
358          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Tag", ncInt, ncdims[4])) )
359                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Tag)");
360       // FaceElements_Tag          int_ptr = &mesh->FaceElements->Tag[0];
361       if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Tag", ncInt, ncdims[4])) )          if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
362          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Tag)");
363       int_ptr = &mesh->FaceElements->Tag[0];  
364       if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )          // FaceElements_Owner
365          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Owner", ncInt, ncdims[4])) )
366                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Owner)");
367       // FaceElements_Owner          int_ptr = &mesh->FaceElements->Owner[0];
368       if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Owner", ncInt, ncdims[4])) )          if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
369          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Owner)");
370       int_ptr = &mesh->FaceElements->Owner[0];  
371       if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )          // FaceElements_Color
372          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Color", ncInt, ncdims[4])) )
373                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Color)");
374       // FaceElements_Color          int_ptr = &mesh->FaceElements->Color[0];
375       if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Color", ncInt, ncdims[4])) )          if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
376          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Color)");
377       int_ptr = &mesh->FaceElements->Color[0];  
378       if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )          // FaceElements_Nodes
379          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);          if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Nodes", ncInt, ncdims[4], ncdims[8]) ) )
380                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Nodes)");
381       // FaceElements_Nodes          if (! (ids->put(&(mesh->FaceElements->Nodes[0]), num_FaceElements, num_FaceElements_numNodes)) )
382       for (int i=0; i<num_FaceElements; i++)              throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Nodes)");
383         for (int j=0; j<num_FaceElements_numNodes; j++)      }
384           FaceElements_Nodes[INDEX2(j,i,num_FaceElements_numNodes)] = mesh->Nodes->Id[mesh->FaceElements->Nodes[INDEX2(j,i,num_FaceElements_numNodes)]];  
385       if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Nodes", ncInt, ncdims[4], ncdims[8]) ) )      // // // // // Contact_Elements // // // // //
386          throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);      if (num_ContactElements>0) {
      if (! (ids->put(&(FaceElements_Nodes[0]), num_FaceElements, num_FaceElements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      TMPMEMFREE(FaceElements_Nodes);  
   
    }  
   
    // // // // // Contact_Elements // // // // //  
   
    if (num_ContactElements>0) {  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *ContactElements_Nodes = TMPMEMALLOC(num_ContactElements*num_ContactElements_numNodes,int);  
   
      // ContactElements_Id  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Id", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Id[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Tag  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Tag", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Tag[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Owner  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Owner", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Owner[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Color  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Color", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Color[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Nodes  
      for (int i=0; i<num_ContactElements; i++)  
        for (int j=0; j<num_ContactElements_numNodes; j++)  
          ContactElements_Nodes[INDEX2(j,i,num_ContactElements_numNodes)] = mesh->Nodes->Id[mesh->ContactElements->Nodes[INDEX2(j,i,num_ContactElements_numNodes)]];  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Nodes", ncInt, ncdims[5], ncdims[9]) ) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      if (! (ids->put(&(ContactElements_Nodes[0]), num_ContactElements, num_ContactElements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      TMPMEMFREE(ContactElements_Nodes);  
   
    }  
   
    // // // // // Points // // // // //  
   
    if (num_Points>0) {  
   
      fprintf(stderr, "\n\n\nWARNING: MeshAdapter::dump has not been tested with Point elements\n\n\n");  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *Points_Nodes = TMPMEMALLOC(num_Points,int);  
   
      // Points_Id  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Id", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Id[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Tag  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Tag", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Tag[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Owner  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Owner", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Owner[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Color  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Color", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Color[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Nodes  
      // mesh->Nodes->Id[mesh->Points->Nodes[INDEX2(0,i,1)]]  
      for (int i=0; i<num_Points; i++)  
        Points_Nodes[i] = mesh->Nodes->Id[mesh->Points->Nodes[INDEX2(0,i,1)]];  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Nodes", ncInt, ncdims[6]) ) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      if (! (ids->put(&(Points_Nodes[0]), num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      TMPMEMFREE(Points_Nodes);  
   
    }  
   
    // // // // // TagMap // // // // //  
   
    if (num_Tags>0) {  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *Tags_keys = TMPMEMALLOC(num_Tags, int);  
      char name_temp[4096];  
   
      /* Copy tag data into temp arrays */  
      tag_map = mesh->TagMap;  
      if (tag_map) {  
        int i = 0;  
        while (tag_map) {  
     Tags_keys[i++] = tag_map->tag_key;  
         tag_map=tag_map->next;  
        }  
      }  
   
      // Tags_keys  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Tags_keys", ncInt, ncdims[10])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Tags_keys to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &Tags_keys[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Tags)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Tags_keys to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Tags_names_*  
      // This is an array of strings, it should be stored as an array but instead I have hacked in one attribute per string  
      // because the NetCDF manual doesn't tell how to do an array of strings  
      tag_map = mesh->TagMap;  
      if (tag_map) {  
        int i = 0;  
        while (tag_map) {  
          sprintf(name_temp, "Tags_name_%d", i);  
          if (!dataFile.add_att(name_temp, tag_map->name) )  
            throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Tags_names_ to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
          tag_map=tag_map->next;  
      i++;  
        }  
      }  
387    
388       TMPMEMFREE(Tags_keys);          // ContactElements_Id
389            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Id", ncInt, ncdims[5])) )
390                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Id)");
391            int_ptr = &mesh->ContactElements->Id[0];
392            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
393                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Id)");
394    
395            // ContactElements_Tag
396            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Tag", ncInt, ncdims[5])) )
397                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Tag)");
398            int_ptr = &mesh->ContactElements->Tag[0];
399            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
400                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Tag)");
401    
402            // ContactElements_Owner
403            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Owner", ncInt, ncdims[5])) )
404                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Owner)");
405            int_ptr = &mesh->ContactElements->Owner[0];
406            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
407                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Owner)");
408    
409            // ContactElements_Color
410            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Color", ncInt, ncdims[5])) )
411                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Color)");
412            int_ptr = &mesh->ContactElements->Color[0];
413            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
414                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Color)");
415    
416            // ContactElements_Nodes
417            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Nodes", ncInt, ncdims[5], ncdims[9]) ) )
418                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Nodes)");
419            if (! (ids->put(&(mesh->ContactElements->Nodes[0]), num_ContactElements, num_ContactElements_numNodes)) )
420                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Nodes)");
421        }
422    
423     }      // // // // // Points // // // // //
424        if (num_Points>0) {
425            // Points_Id
426            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Id", ncInt, ncdims[6])) )
427                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Id)");
428            int_ptr = &mesh->Points->Id[0];
429            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
430                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Id)");
431    
432            // Points_Tag
433            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Tag", ncInt, ncdims[6])) )
434                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Tag)");
435            int_ptr = &mesh->Points->Tag[0];
436            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
437                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Tag)");
438    
439            // Points_Owner
440            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Owner", ncInt, ncdims[6])) )
441                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Owner)");
442            int_ptr = &mesh->Points->Owner[0];
443            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
444                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Owner)");
445    
446            // Points_Color
447            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Color", ncInt, ncdims[6])) )
448                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Color)");
449            int_ptr = &mesh->Points->Color[0];
450            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
451                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Color)");
452    
453            // Points_Nodes
454            // mesh->Nodes->Id[mesh->Points->Nodes[INDEX2(0,i,1)]]
455            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Nodes", ncInt, ncdims[6]) ) )
456                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Nodes)");
457            if (! (ids->put(&(mesh->Points->Nodes[0]), num_Points)) )
458                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Nodes)");
459        }
460    
461        // // // // // TagMap // // // // //
462        if (num_Tags>0) {
463            // Temp storage to gather node IDs
464            vector<int> Tags_keys;
465    
466            // Copy tag data into temp arrays
467            TagMap::const_iterator it;
468            for (it=mesh->tagMap.begin(); it!=mesh->tagMap.end(); it++) {
469                Tags_keys.push_back(it->second);
470            }
471    
472            // Tags_keys
473            if (! (ids = dataFile.add_var("Tags_keys", ncInt, ncdims[10])) )
474                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Tags_keys)");
475            int_ptr = &Tags_keys[0];
476            if (! (ids->put(int_ptr, num_Tags)) )
477                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Tags_keys)");
478    
479            // Tags_names_*
480            // This is an array of strings, it should be stored as an array but
481            // instead I have hacked in one attribute per string because the NetCDF
482            // manual doesn't tell how to do an array of strings
483            int i = 0;
484            for (it=mesh->tagMap.begin(); it!=mesh->tagMap.end(); it++, i++) {
485                stringstream tagnamestream;
486                tagnamestream << "Tags_name_" << i;
487                const string tagname = tagnamestream.str();
488                if (!dataFile.add_att(tagname.c_str(), it->first.c_str()))
489                    throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Tags_names_X)");
490            }
491        }
492    
493        // Send token to next MPI process so he can take his turn
494    #ifdef ESYS_MPI
495        if (mpi_rank<mpi_size-1) {
496            MPI_Send(&num_Tags, 0, MPI_INT, mpi_rank+1, 81800, mesh->MPIInfo->comm);
497        }
498    #endif
499    
500     // NetCDF file is closed by destructor of NcFile object     // NetCDF file is closed by destructor of NcFile object
501  #else  
502     Finley_setError(IO_ERROR, "MeshAdapter::dump: not configured with NetCDF. Please contact your installation manager.");  #else // USE_NETCDF
503  #endif  /* USE_NETCDF */      Finley_setError(IO_ERROR, "MeshAdapter::dump: not configured with netCDF. Please contact your installation manager.");
504     checkFinleyError();  #endif // USE_NETCDF
505        checkFinleyError();
506  }  }
507    
508  string MeshAdapter::getDescription() const  string MeshAdapter::getDescription() const
509  {  {
510    return "FinleyMesh";      return "FinleyMesh";
511  }  }
512    
513  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const
514  {  {
515    FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;      FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;
516    loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);      loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);
517    if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {      if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {
518      return "Invalid function space type code.";          return "Invalid function space type code.";
519    } else {      } else {
520      return loc->second;          return loc->second;
521    }      }
522  }  }
523    
524  bool MeshAdapter::isValidFunctionSpaceType(int functionSpaceType) const  bool MeshAdapter::isValidFunctionSpaceType(int functionSpaceType) const
525  {  {
526    FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;      FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;
527    loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);      loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);
528    return (loc!=m_functionSpaceTypeNames.end());      return (loc!=m_functionSpaceTypeNames.end());
529  }  }
530    
531  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNames()  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNames()
532  {  {
533    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
534      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(DegreesOfFreedom,"Finley_DegreesOfFreedom"));                  DegreesOfFreedom,"Finley_DegreesOfFreedom"));
535    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
536      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedDegreesOfFreedom,"Finley_ReducedDegreesOfFreedom"));                  ReducedDegreesOfFreedom,"Finley_ReducedDegreesOfFreedom"));
537    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
538      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Nodes,"Finley_Nodes"));                  Nodes,"Finley_Nodes"));
539    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
540      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedNodes,"Finley_Reduced_Nodes"));                  ReducedNodes,"Finley_Reduced_Nodes"));
541    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
542      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Elements,"Finley_Elements"));                  Elements,"Finley_Elements"));
543    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
544      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedElements,"Finley_Reduced_Elements"));                  ReducedElements,"Finley_Reduced_Elements"));
545    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
546      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(FaceElements,"Finley_Face_Elements"));                  FaceElements,"Finley_Face_Elements"));
547    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
548      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedFaceElements,"Finley_Reduced_Face_Elements"));                  ReducedFaceElements,"Finley_Reduced_Face_Elements"));
549    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
550      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Points,"Finley_Points"));                  Points,"Finley_Points"));
551    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
552      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0"));                  ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0"));
553    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
554      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsZero,"Finley_Reduced_Contact_Elements_0"));                  ReducedContactElementsZero,"Finley_Reduced_Contact_Elements_0"));
555    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
556      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1"));                  ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1"));
557    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
558      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsOne,"Finley_Reduced_Contact_Elements_1"));                  ReducedContactElementsOne,"Finley_Reduced_Contact_Elements_1"));
559  }  }
560    
561  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const
562  {  {
563    return Nodes;      return Nodes;
564  }  }
565    
566  int MeshAdapter::getReducedContinuousFunctionCode() const  int MeshAdapter::getReducedContinuousFunctionCode() const
567  {  {
568    return ReducedNodes;      return ReducedNodes;
569  }  }
570    
571  int MeshAdapter::getFunctionCode() const  int MeshAdapter::getFunctionCode() const
572  {  {
573    return Elements;      return Elements;
574  }  }
575    
576  int MeshAdapter::getReducedFunctionCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionCode() const
577  {  {
578    return ReducedElements;      return ReducedElements;
579  }  }
580    
581  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const
582  {  {
583    return FaceElements;      return FaceElements;
584  }  }
585    
586  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnBoundaryCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnBoundaryCode() const
587  {  {
588    return ReducedFaceElements;      return ReducedFaceElements;
589  }  }
590    
591  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const
592  {  {
593    return ContactElementsZero;      return ContactElementsZero;
594  }  }
595    
596  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactZeroCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactZeroCode() const
597  {  {
598    return ReducedContactElementsZero;      return ReducedContactElementsZero;
599  }  }
600    
601  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const
602  {  {
603    return ContactElementsOne;      return ContactElementsOne;
604  }  }
605    
606  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactOneCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactOneCode() const
607  {  {
608    return ReducedContactElementsOne;      return ReducedContactElementsOne;
609  }  }
610    
611  int MeshAdapter::getSolutionCode() const  int MeshAdapter::getSolutionCode() const
612  {  {
613    return DegreesOfFreedom;      return DegreesOfFreedom;
614  }  }
615    
616  int MeshAdapter::getReducedSolutionCode() const  int MeshAdapter::getReducedSolutionCode() const
617  {  {
618    return ReducedDegreesOfFreedom;      return ReducedDegreesOfFreedom;
619  }  }
620    
621  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCode() const  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionsCode() const
622  {  {
623    return Points;      return Points;
624  }  }
625    
626  //  //
# Line 638  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo Line 628  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo
628  //  //
629  int MeshAdapter::getDim() const  int MeshAdapter::getDim() const
630  {  {
631    int numDim=Finley_Mesh_getDim(m_finleyMesh.get());      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
632    checkFinleyError();      int numDim=Finley_Mesh_getDim(mesh);
633    return numDim;      checkFinleyError();
634        return numDim;
635    }
636    
637    //
638    // Return the number of data points summed across all MPI processes
639    //
640    int MeshAdapter::getNumDataPointsGlobal() const
641    {
642        return m_finleyMesh.get()->Nodes->getGlobalNumNodes();
643  }  }
644    
645  //  //
# Line 649  int MeshAdapter::getDim() const Line 648  int MeshAdapter::getDim() const
648  //  //
649  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(int functionSpaceCode) const  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(int functionSpaceCode) const
650  {  {
651     int numDataPointsPerSample=0;      int numDataPointsPerSample=0;
652     int numSamples=0;      int numSamples=0;
653     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
654     switch (functionSpaceCode) {      switch (functionSpaceCode) {
655        case(Nodes):          case Nodes:
656             numDataPointsPerSample=1;              numDataPointsPerSample=1;
657             numSamples=Finley_NodeFile_getNumNodes(mesh->Nodes);              numSamples=mesh->Nodes->getNumNodes();
658             break;              break;
659        case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
660             numDataPointsPerSample=1;              numDataPointsPerSample=1;
661             numSamples=Finley_NodeFile_getNumReducedNodes(mesh->Nodes);              numSamples=mesh->Nodes->getNumReducedNodes();
662             break;              break;
663        case(Elements):          case Elements:
664             if (mesh->Elements!=NULL) {              if (mesh->Elements!=NULL) {
665               numSamples=mesh->Elements->numElements;                  numSamples=mesh->Elements->numElements;
666               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
667             }              }
668             break;              break;
669        case(ReducedElements):          case ReducedElements:
670             if (mesh->Elements!=NULL) {              if (mesh->Elements!=NULL) {
671               numSamples=mesh->Elements->numElements;                  numSamples=mesh->Elements->numElements;
672               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
673             }              }
674             break;              break;
675        case(FaceElements):          case FaceElements:
676             if (mesh->FaceElements!=NULL) {              if (mesh->FaceElements!=NULL) {
677                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
678                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
679             }              }
680             break;              break;
681        case(ReducedFaceElements):          case ReducedFaceElements:
682             if (mesh->FaceElements!=NULL) {              if (mesh->FaceElements!=NULL) {
683                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
684                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
685             }              }
686             break;              break;
687        case(Points):          case Points:
688             if (mesh->Points!=NULL) {              if (mesh->Points!=NULL) {
689               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
690               numSamples=mesh->Points->numElements;                  numSamples=mesh->Points->numElements;
691             }              }
692             break;              break;
693        case(ContactElementsZero):          case ContactElementsZero:
694             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
695               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
696               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
697             }              }
698             break;              break;
699        case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedContactElementsZero:
700             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
701               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
702               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
703             }              }
704             break;              break;
705        case(ContactElementsOne):          case ContactElementsOne:
706             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
707               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
708               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
709             }              }
710             break;              break;
711        case(ReducedContactElementsOne):          case ReducedContactElementsOne:
712             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
713               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
714               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
715             }              }
716             break;              break;
717        case(DegreesOfFreedom):          case DegreesOfFreedom:
718             if (mesh->Nodes!=NULL) {              if (mesh->Nodes!=NULL) {
719               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
720               numSamples=Finley_NodeFile_getNumDegreesOfFreedom(mesh->Nodes);                  numSamples=mesh->Nodes->getNumDegreesOfFreedom();
721             }              }
722             break;              break;
723        case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
724             if (mesh->Nodes!=NULL) {              if (mesh->Nodes!=NULL) {
725               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
726               numSamples=Finley_NodeFile_getNumReducedDegreesOfFreedom(mesh->Nodes);                  numSamples=mesh->Nodes->getNumReducedDegreesOfFreedom();
727             }              }
728             break;              break;
729        default:          default:
730          stringstream temp;              stringstream temp;
731          temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceCode << " for domain: " << getDescription();              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceCode << " for domain: " << getDescription();
732          throw FinleyAdapterException(temp.str());              throw FinleyAdapterException(temp.str());
733          break;              break;
734        }      }
735        return pair<int,int>(numDataPointsPerSample,numSamples);      return pair<int,int>(numDataPointsPerSample,numSamples);
736  }  }
737    
738  //  //
739  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right hand side:  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right
740    // hand side:
741  //  //
742  void MeshAdapter::addPDEToSystem(  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
743                       SystemMatrixAdapter& mat, escript::Data& rhs,          escript::AbstractSystemMatrix& mat, escript::Data& rhs,
744                       const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,          const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,
745                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,          const escript::Data& D, const escript::Data& X, const escript::Data& Y,
746                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const          const escript::Data& d, const escript::Data& y,
747  {          const escript::Data& d_contact, const escript::Data& y_contact,
748     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();          const escript::Data& d_dirac, const escript::Data& y_dirac) const
749     escriptDataC _A  =A.getDataC();  {
750     escriptDataC _B=B.getDataC();      SystemMatrixAdapter* smat=dynamic_cast<SystemMatrixAdapter*>(&mat);
751     escriptDataC _C=C.getDataC();      if (!smat)
752     escriptDataC _D=D.getDataC();          throw FinleyAdapterException("finley only supports Paso system matrices.");
753     escriptDataC _X=X.getDataC();  
754     escriptDataC _Y=Y.getDataC();      escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
755     escriptDataC _d=d.getDataC();      escriptDataC _A  =A.getDataC();
756     escriptDataC _y=y.getDataC();      escriptDataC _B=B.getDataC();
757     escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();      escriptDataC _C=C.getDataC();
758     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();      escriptDataC _D=D.getDataC();
759        escriptDataC _X=X.getDataC();
760     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      escriptDataC _Y=Y.getDataC();
761        escriptDataC _d=d.getDataC();
762     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );      escriptDataC _y=y.getDataC();
763     checkFinleyError();      escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();
764        escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
765     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );      escriptDataC _d_dirac=d_dirac.getDataC();
766     checkFinleyError();      escriptDataC _y_dirac=y_dirac.getDataC();
   
    Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );  
    checkFinleyError();  
 }  
   
 void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(  
                      escript::Data& mat,  
                      const escript::Data& D,  
                      const escript::Data& d) const  
 {  
    escriptDataC _mat=mat.getDataC();  
    escriptDataC _D=D.getDataC();  
    escriptDataC _d=d.getDataC();  
767    
768     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
769        Paso_SystemMatrix* S = smat->getPaso_SystemMatrix();
770    
771     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_mat, &_D);      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, S, &_rhs, &_A, &_B, &_C,
772     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_mat, &_d);                          &_D, &_X, &_Y);
773        checkFinleyError();
774    
775        Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, S, &_rhs, 0, 0, 0,
776                            &_d, 0, &_y);
777        checkFinleyError();
778    
779        Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, S, &_rhs, 0, 0, 0,
780                &_d_contact, 0, &_y_contact);
781        checkFinleyError();
782    
783     checkFinleyError();      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, S, &_rhs, 0, 0, 0,
784                            &_d_dirac, 0, &_y_dirac );
785        checkFinleyError();
786  }  }
787    
788    void MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(escript::Data& mat,
789            const escript::Data& D, const escript::Data& d,
790            const escript::Data& d_dirac, const bool useHRZ) const
791    {
792        escriptDataC _mat=mat.getDataC();
793        escriptDataC _D=D.getDataC();
794        escriptDataC _d=d.getDataC();
795        escriptDataC _d_dirac=d_dirac.getDataC();
796    
797        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
798    
799        Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->Elements, &_mat, &_D, useHRZ);
800        checkFinleyError();
801    
802        Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, &_mat, &_d, useHRZ);
803        checkFinleyError();
804    
805        Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->Points, &_mat, &_d_dirac, useHRZ);
806        checkFinleyError();
807    }
808    
809  //  //
810  // adds linear PDE of second order into the right hand side only  // adds linear PDE of second order into the right hand side only
811  //  //
812  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::Data& rhs, const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y, const escript::Data& y, const escript::Data& y_contact) const  void MeshAdapter::addPDEToRHS(escript::Data& rhs, const escript::Data& X,
813  {          const escript::Data& Y, const escript::Data& y,
814     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();          const escript::Data& y_contact, const escript::Data& y_dirac) const
815    {
816        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
817    
818        escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
819        escriptDataC _X=X.getDataC();
820        escriptDataC _Y=Y.getDataC();
821        escriptDataC _y=y.getDataC();
822        escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
823        escriptDataC _y_dirac=y_dirac.getDataC();
824    
825     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, &_X, &_Y);
826     escriptDataC _X=X.getDataC();      checkFinleyError();
    escriptDataC _Y=Y.getDataC();  
    escriptDataC _y=y.getDataC();  
    escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();  
827    
828     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, &_X, &_Y );      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y);
829     checkFinleyError();      checkFinleyError();
830    
831     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y );      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y_contact);
832     checkFinleyError();      checkFinleyError();
833    
834     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, 0, &_rhs , 0, 0, 0, 0, 0, &_y_contact );      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Points, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y_dirac);
835     checkFinleyError();      checkFinleyError();
836  }  }
837    
838  //  //
839  // adds PDE of second order into a transport problem  // adds PDE of second order into a transport problem
840  //  //
841  void MeshAdapter::addPDEToTransportProblem(  void MeshAdapter::addPDEToTransportProblem(
842                       TransportProblemAdapter& tp, escript::Data& source, const escript::Data& M,          escript::AbstractTransportProblem& tp, escript::Data& source,
843                       const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,          const escript::Data& M, const escript::Data& A, const escript::Data& B,
844                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,          const escript::Data& C, const escript::Data& D, const escript::Data& X,
845                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const          const escript::Data& Y, const escript::Data& d, const escript::Data& y,
846  {          const escript::Data& d_contact, const escript::Data& y_contact,
847     DataArrayView::ShapeType shape;          const escript::Data& d_dirac, const escript::Data& y_dirac) const
848     source.expand();  {
849     escript:: Data tmp(0.0,M.getDataPointShape(),tp.getFunctionSpace(),true);      TransportProblemAdapter* tpa=dynamic_cast<TransportProblemAdapter*>(&tp);
850     escriptDataC _source=source.getDataC();      if (!tpa)
851     escriptDataC _tmp=tmp.getDataC();          throw FinleyAdapterException("finley only supports Paso transport problems.");
852     escriptDataC _M=M.getDataC();  
853     escriptDataC _A=A.getDataC();      source.expand();
854     escriptDataC _B=B.getDataC();      escriptDataC _source=source.getDataC();
855     escriptDataC _C=C.getDataC();      escriptDataC _M=M.getDataC();
856     escriptDataC _D=D.getDataC();      escriptDataC _A=A.getDataC();
857     escriptDataC _X=X.getDataC();      escriptDataC _B=B.getDataC();
858     escriptDataC _Y=Y.getDataC();      escriptDataC _C=C.getDataC();
859     escriptDataC _d=d.getDataC();      escriptDataC _D=D.getDataC();
860     escriptDataC _y=y.getDataC();      escriptDataC _X=X.getDataC();
861     escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();      escriptDataC _Y=Y.getDataC();
862     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();      escriptDataC _d=d.getDataC();
863        escriptDataC _y=y.getDataC();
864     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();
865     Paso_FCTransportProblem* _tp = tp.getPaso_FCTransportProblem();      escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
866          escriptDataC _d_dirac=d_dirac.getDataC();
867        escriptDataC _y_dirac=y_dirac.getDataC();
868     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_tmp, &_M);  
869     checkFinleyError();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
870     /* add mass matix to lumped mass matrix of transport problem */      Paso_TransportProblem* _tp = tpa->getPaso_TransportProblem();
871     double* tmp_prt=getSampleData(&_tmp,0);  
872     int i;      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, _tp->mass_matrix,
873     int n=Paso_FCTransportProblem_getTotalNumRows(_tp);                          &_source, 0, 0, 0, &_M, 0, 0);
874     #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)      checkFinleyError();
875     for (i=0;i<n ;++i) _tp->lumped_mass_matrix[i]+=tmp_prt[i];  
876        Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, _tp->transport_matrix,
877     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,_tp->transport_matrix, &_source, &_A, 0, 0, &_D, &_X, &_Y );                          &_source, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y);
878     checkFinleyError();      checkFinleyError();
879    
880     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,_tp->flux_matrix, &_source, 0, &_B, &_C, 0, 0, 0 );      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, _tp->transport_matrix,
881     checkFinleyError();                          &_source, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y);
882        checkFinleyError();
883     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, _tp->transport_matrix, &_source, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );  
884     checkFinleyError();      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements,
885                            _tp->transport_matrix, &_source, 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact);
886     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, _tp->transport_matrix, &_source , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );      checkFinleyError();
887     checkFinleyError();  
888  }      Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, _tp->transport_matrix,
889                            &_source, 0, 0, 0, &_d_dirac, 0, &_y_dirac);
890  //      checkFinleyError();
 // interpolates data between different function spaces:  
 //  
 void MeshAdapter::interpolateOnDomain(escript::Data& target,const escript::Data& in) const  
 {  
   const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(in.getFunctionSpace().getDomain());  
   const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());  
   if (inDomain!=*this)    
     throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");  
   if (targetDomain!=*this)  
     throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");  
   
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   escriptDataC _target=target.getDataC();  
   escriptDataC _in=in.getDataC();  
   switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
      case(Nodes):  
         switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
            case(Nodes):  
            case(ReducedNodes):  
            case(DegreesOfFreedom):  
            case(ReducedDegreesOfFreedom):  
                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);  
                break;  
            case(Elements):  
            case(ReducedElements):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);  
                break;  
            case(FaceElements):  
            case(ReducedFaceElements):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);  
                break;  
            case(Points):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);  
                break;  
            case(ContactElementsZero):  
            case(ReducedContactElementsZero):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
                break;  
            case(ContactElementsOne):  
            case(ReducedContactElementsOne):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
                break;  
            default:  
                stringstream temp;  
                temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();  
                throw FinleyAdapterException(temp.str());  
                break;  
         }  
         break;  
      case(ReducedNodes):  
         switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
            case(Nodes):  
            case(ReducedNodes):  
            case(DegreesOfFreedom):  
            case(ReducedDegreesOfFreedom):  
                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);  
                break;  
            case(Elements):  
            case(ReducedElements):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);  
                break;  
            case(FaceElements):  
            case(ReducedFaceElements):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);  
                break;  
            case(Points):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);  
                break;  
            case(ContactElementsZero):  
            case(ReducedContactElementsZero):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
                break;  
            case(ContactElementsOne):  
            case(ReducedContactElementsOne):  
                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
                break;  
            default:  
                stringstream temp;  
                temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();  
                throw FinleyAdapterException(temp.str());  
                break;  
         }  
         break;  
      case(Elements):  
         if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {  
            Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);  
         } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {  
            Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);  
         } else {  
            throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");  
         }  
         break;  
      case(ReducedElements):  
         if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {  
            Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);  
         } else {  
            throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements with reduced integration order possible.");  
         }  
         break;  
      case(FaceElements):  
         if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {  
            Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);  
         } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {  
            Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);  
         } else {  
            throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");  
         }  
         break;  
      case(ReducedFaceElements):  
         if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {  
            Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);  
         } else {  
            throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements with reduced integration order possible.");  
        }  
        break;  
      case(Points):  
         if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {  
            Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Points,&_target,&_in);  
         } else {  
            throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");  
         }  
         break;  
      case(ContactElementsZero):  
      case(ContactElementsOne):  
         if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {  
            Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);  
         } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {  
            Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);  
         } else {  
            throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");  
         }  
         break;  
      case(ReducedContactElementsZero):  
      case(ReducedContactElementsOne):  
         if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {  
            Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);  
         } else {  
            throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements with reduced integration order possible.");  
         }  
         break;  
      case(DegreesOfFreedom):        
         switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
            case(ReducedDegreesOfFreedom):  
            case(DegreesOfFreedom):  
               Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);  
               break;  
   
            case(Nodes):  
            case(ReducedNodes):  
               if (getMPISize()>1) {  
                   escript::Data temp=escript::Data(in);  
                   temp.expand();  
                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                   Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);  
               } else {  
                   Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);  
               }  
               break;  
            case(Elements):  
            case(ReducedElements):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);  
               }  
               break;  
            case(FaceElements):  
            case(ReducedFaceElements):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);  
   
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);  
               }  
               break;  
            case(Points):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);  
               }  
               break;  
            case(ContactElementsZero):  
            case(ContactElementsOne):  
            case(ReducedContactElementsZero):  
            case(ReducedContactElementsOne):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
               }  
              break;  
            default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
              break;  
         }  
         break;  
      case(ReducedDegreesOfFreedom):  
        switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
           case(Nodes):  
              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");  
              break;  
           case(ReducedNodes):  
               if (getMPISize()>1) {  
                   escript::Data temp=escript::Data(in);  
                   temp.expand();  
                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                   Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);  
               } else {  
                   Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);  
               }  
               break;  
           case(DegreesOfFreedom):  
              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");  
              break;  
           case(ReducedDegreesOfFreedom):  
              Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);  
              break;  
           case(Elements):  
           case(ReducedElements):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);  
              }  
              break;  
           case(FaceElements):  
           case(ReducedFaceElements):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);  
               }  
              break;  
           case(Points):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in2,&_target);  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);  
              }  
              break;  
           case(ContactElementsZero):  
           case(ContactElementsOne):  
           case(ReducedContactElementsZero):  
           case(ReducedContactElementsOne):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
              }  
              break;  
           default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
              break;  
        }  
        break;  
      default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type %d" << in.getFunctionSpace().getTypeCode();  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
   }  
   checkFinleyError();  
891  }  }
892    
893  //  //
894  // copies the locations of sample points into x:  // interpolates data between different function spaces
895    //
896    void MeshAdapter::interpolateOnDomain(escript::Data& target, const escript::Data& in) const
897    {
898        const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(in.getFunctionSpace().getDomain()));
899        const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(target.getFunctionSpace().getDomain()));
900        if (inDomain!=*this)
901            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");
902        if (targetDomain!=*this)
903            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");
904    
905        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
906        escriptDataC _target=target.getDataC();
907        escriptDataC _in=in.getDataC();
908        switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
909            case Nodes:
910                switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
911                    case Nodes:
912                    case ReducedNodes:
913                    case DegreesOfFreedom:
914                    case ReducedDegreesOfFreedom:
915                        Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
916                        break;
917                    case Elements:
918                    case ReducedElements:
919                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
920                        break;
921                    case FaceElements:
922                    case ReducedFaceElements:
923                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
924                        break;
925                    case Points:
926                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
927                        break;
928                    case ContactElementsZero:
929                    case ReducedContactElementsZero:
930                    case ContactElementsOne:
931                    case ReducedContactElementsOne:
932                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
933                        break;
934                    default:
935                        stringstream temp;
936                        temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
937                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
938                        break;
939                }
940                break;
941            case ReducedNodes:
942                switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
943                    case Nodes:
944                    case ReducedNodes:
945                    case DegreesOfFreedom:
946                    case ReducedDegreesOfFreedom:
947                        Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
948                        break;
949                    case Elements:
950                    case ReducedElements:
951                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
952                        break;
953                    case FaceElements:
954                    case ReducedFaceElements:
955                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
956                        break;
957                    case Points:
958                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
959                        break;
960                    case ContactElementsZero:
961                    case ReducedContactElementsZero:
962                    case ContactElementsOne:
963                    case ReducedContactElementsOne:
964                        Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
965                        break;
966                    default:
967                        stringstream temp;
968                        temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
969                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
970                        break;
971                }
972                break;
973            case Elements:
974                if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {
975                    Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
976                } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
977                    Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
978                } else {
979                    throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");
980                }
981                break;
982            case ReducedElements:
983                if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
984                    Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
985                } else {
986                    throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements with reduced integration order possible.");
987                }
988                break;
989            case FaceElements:
990                if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {
991                    Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
992                } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
993                    Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
994                } else {
995                    throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");
996                }
997                break;
998            case ReducedFaceElements:
999                if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
1000                    Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
1001                } else {
1002                    throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements with reduced integration order possible.");
1003                }
1004                break;
1005            case Points:
1006                if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {
1007                    Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Points,&_target,&_in);
1008                } else {
1009                    throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");
1010                }
1011                break;
1012            case ContactElementsZero:
1013            case ContactElementsOne:
1014                if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {
1015                    Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
1016                } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
1017                    Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
1018                } else {
1019                    throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");
1020                }
1021                break;
1022            case ReducedContactElementsZero:
1023            case ReducedContactElementsOne:
1024                if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
1025                    Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
1026                } else {
1027                    throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements with reduced integration order possible.");
1028                }
1029                break;
1030            case DegreesOfFreedom:
1031                switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1032                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1033                    case DegreesOfFreedom:
1034                        Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
1035                        break;
1036    
1037                    case Nodes:
1038                    case ReducedNodes:
1039                        if (getMPISize()>1) {
1040                            escript::Data temp=escript::Data(in);
1041                            temp.expand();
1042                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1043                            Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);
1044                        } else {
1045                            Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
1046                        }
1047                        break;
1048                    case Elements:
1049                    case ReducedElements:
1050                        if (getMPISize()>1) {
1051                            escript::Data temp=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1052                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1053                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);
1054                        } else {
1055                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
1056                        }
1057                        break;
1058                    case FaceElements:
1059                    case ReducedFaceElements:
1060                        if (getMPISize()>1) {
1061                            escript::Data temp=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1062                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1063                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);
1064                        } else {
1065                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
1066                        }
1067                        break;
1068                    case Points:
1069                        if (getMPISize()>1) {
1070                            //escript::Data temp=escript::Data(in, continuousFunction(*this) );
1071                            //escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1072                        } else {
1073                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
1074                        }
1075                        break;
1076                    case ContactElementsZero:
1077                    case ContactElementsOne:
1078                    case ReducedContactElementsZero:
1079                    case ReducedContactElementsOne:
1080                        if (getMPISize()>1) {
1081                            escript::Data temp=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1082                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1083                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);
1084                        } else {
1085                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
1086                        }
1087                        break;
1088                    default:
1089                        stringstream temp;
1090                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
1091                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1092                        break;
1093                }
1094                break;
1095            case ReducedDegreesOfFreedom:
1096                switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1097                    case Nodes:
1098                        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");
1099                        break;
1100                    case ReducedNodes:
1101                        if (getMPISize()>1) {
1102                            escript::Data temp=escript::Data(in);
1103                            temp.expand();
1104                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1105                            Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);
1106                        } else {
1107                            Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
1108                        }
1109                        break;
1110                    case DegreesOfFreedom:
1111                        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");
1112                        break;
1113                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1114                        Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
1115                        break;
1116                    case Elements:
1117                    case ReducedElements:
1118                        if (getMPISize()>1) {
1119                            escript::Data temp=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this) );
1120                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1121                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);
1122                        } else {
1123                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
1124                        }
1125                        break;
1126                    case FaceElements:
1127                    case ReducedFaceElements:
1128                        if (getMPISize()>1) {
1129                            escript::Data temp=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this) );
1130                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1131                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);
1132                        } else {
1133                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
1134                        }
1135                        break;
1136                    case Points:
1137                        if (getMPISize()>1) {
1138                            escript::Data temp=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this));
1139                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1140                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in2,&_target);
1141                        } else {
1142                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
1143                        }
1144                        break;
1145                    case ContactElementsZero:
1146                    case ContactElementsOne:
1147                    case ReducedContactElementsZero:
1148                    case ReducedContactElementsOne:
1149                        if (getMPISize()>1) {
1150                            escript::Data temp=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this));
1151                            escriptDataC _in2 = temp.getDataC();
1152                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);
1153                        } else {
1154                            Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
1155                        }
1156                        break;
1157                    default:
1158                        stringstream temp;
1159                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
1160                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1161                        break;
1162                }
1163                break;
1164            default:
1165                stringstream temp;
1166                temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type %d" << in.getFunctionSpace().getTypeCode();
1167                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1168                break;
1169        }
1170        checkFinleyError();
1171    }
1172    
1173    //
1174    // copies the locations of sample points into x
1175  //  //
1176  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& arg) const  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& arg) const
1177  {  {
1178    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());      const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1179    if (argDomain!=*this)      if (argDomain!=*this)
1180       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of data point locations");          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of data point locations");
1181    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1182    // in case of values node coordinates we can do the job directly:      // in case of appropriate function space we can do the job directly:
1183    if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {      if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {
1184       escriptDataC _arg=arg.getDataC();          escriptDataC _arg=arg.getDataC();
1185       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_arg);          Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes, &_arg);
1186    } else {      } else {
1187       escript::Data tmp_data=Vector(0.0,continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()),true);          escript::Data tmp_data=Vector(0., continuousFunction(*this), true);
1188       escriptDataC _tmp_data=tmp_data.getDataC();          escriptDataC _tmp_data=tmp_data.getDataC();
1189       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_tmp_data);          Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes, &_tmp_data);
1190       // this is then interpolated onto arg:          // this is then interpolated onto arg:
1191       interpolateOnDomain(arg,tmp_data);          interpolateOnDomain(arg, tmp_data);
1192    }      }
1193    checkFinleyError();      checkFinleyError();
1194  }  }
1195    
1196  //  //
1197  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object:  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object
1198  //  //
1199  void MeshAdapter::setToNormal(escript::Data& normal) const  void MeshAdapter::setToNormal(escript::Data& normal) const
1200  {  {
1201    const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(normal.getFunctionSpace().getDomain());      const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(normal.getFunctionSpace().getDomain()));
1202    if (normalDomain!=*this)      if (normalDomain!=*this)
1203       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");
1204    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1205    escriptDataC _normal=normal.getDataC();      escriptDataC _normal=normal.getDataC();
1206    switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {      switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1207      case(Nodes):          case Nodes:
1208        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");
1209        break;              break;
1210      case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
1211        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced nodes");              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced nodes");
1212        break;              break;
1213      case(Elements):          case Elements:
1214        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");
1215        break;              break;
1216      case(ReducedElements):          case ReducedElements:
1217        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements with reduced integration order");              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements with reduced integration order");
1218        break;              break;
1219      case (FaceElements):          case FaceElements:
1220        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);          case ReducedFaceElements:
1221        break;              Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);
1222      case (ReducedFaceElements):              break;
1223        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);          case Points:
1224        break;              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");
1225      case(Points):              break;
1226        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");          case ContactElementsOne:
1227        break;          case ContactElementsZero:
1228      case (ContactElementsOne):          case ReducedContactElementsOne:
1229      case (ContactElementsZero):          case ReducedContactElementsZero:
1230        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);              Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);
1231        break;              break;
1232      case (ReducedContactElementsOne):          case DegreesOfFreedom:
1233      case (ReducedContactElementsZero):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");
1234        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);              break;
1235        break;          case ReducedDegreesOfFreedom:
1236      case(DegreesOfFreedom):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced degrees of freedom.");
1237        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");              break;
1238        break;          default:
1239      case(ReducedDegreesOfFreedom):              stringstream temp;
1240        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced degrees of freedom.");              temp << "Error - Normal Vectors: Finley does not know anything about function space type " << normal.getFunctionSpace().getTypeCode();
1241        break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1242      default:              break;
1243        stringstream temp;      }
1244        temp << "Error - Normal Vectors: Finley does not know anything about function space type " << normal.getFunctionSpace().getTypeCode();      checkFinleyError();
       throw FinleyAdapterException(temp.str());  
       break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1245  }  }
1246    
1247  //  //
1248  // interpolates data to other domain:  // interpolates data to other domain
1249  //  //
1250  void MeshAdapter::interpolateACross(escript::Data& target,const escript::Data& source) const  void MeshAdapter::interpolateACross(escript::Data& target,const escript::Data& source) const
1251  {  {
1252    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());      escript::const_Domain_ptr targetDomain_p=target.getFunctionSpace().getDomain();
1253    if (targetDomain!=*this)      const MeshAdapter* targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter*>(targetDomain_p.get());
1254       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target");      if (targetDomain!=this)
1255            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target");
1256    throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not allow interpolation across domains yet.");  
1257  }      throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not allow interpolation across domains yet.");
1258    }
1259  //  
1260  // calculates the integral of a function defined of arg:  //
1261  //  // calculates the integral of a function defined on arg
1262  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::vector<double>& integrals,const escript::Data& arg) const  //
1263  {  void MeshAdapter::setToIntegrals(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1264    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());  {
1265    if (argDomain!=*this)      const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1266       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");      if (argDomain!=*this)
1267            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");
1268    double blocktimer_start = blocktimer_time();  
1269    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      double blocktimer_start = blocktimer_time();
1270    escriptDataC _temp;      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1271    escript::Data temp;      escriptDataC _temp;
1272    escriptDataC _arg=arg.getDataC();      escript::Data temp;
1273    switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {      escriptDataC _arg=arg.getDataC();
1274       case(Nodes):      switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1275          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );          case Nodes:
1276          _temp=temp.getDataC();              temp=escript::Data(arg, escript::function(*this));
1277          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);              _temp=temp.getDataC();
1278          break;              Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, &_temp, &integrals[0]);
1279       case(ReducedNodes):              break;
1280          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );          case ReducedNodes:
1281          _temp=temp.getDataC();              temp=escript::Data( arg, escript::function(*this) );
1282          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);              _temp=temp.getDataC();
1283          break;              Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);
1284       case(Elements):              break;
1285          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);          case Elements:
1286          break;          case ReducedElements:
1287       case(ReducedElements):              Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);
1288          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);              break;
1289          break;          case FaceElements:
1290       case(FaceElements):          case ReducedFaceElements:
1291          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);              Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);
1292          break;              break;
1293       case(ReducedFaceElements):          case Points:
1294          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);              throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");
1295          break;              break;
1296       case(Points):          case ContactElementsZero:
1297          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");          case ReducedContactElementsZero:
1298          break;          case ContactElementsOne:
1299       case(ContactElementsZero):          case ReducedContactElementsOne:
1300          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);              Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);
1301          break;              break;
1302       case(ReducedContactElementsZero):          case DegreesOfFreedom:
1303          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);          case ReducedDegreesOfFreedom:
1304          break;              temp=escript::Data(arg, escript::function(*this));
1305       case(ContactElementsOne):              _temp=temp.getDataC();
1306          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);              Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);
1307          break;              break;
1308       case(ReducedContactElementsOne):          default:
1309          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);              stringstream temp;
1310          break;              temp << "Error - Integrals: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1311       case(DegreesOfFreedom):              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1312          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );              break;
1313          _temp=temp.getDataC();      }
1314          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);      checkFinleyError();
1315          break;      blocktimer_increment("integrate()", blocktimer_start);
1316       case(ReducedDegreesOfFreedom):  }
1317          temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );  
1318          _temp=temp.getDataC();  //
1319          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);  // calculates the gradient of arg
1320          break;  //
1321       default:  void MeshAdapter::setToGradient(escript::Data& grad, const escript::Data& arg) const
1322          stringstream temp;  {
1323          temp << "Error - Integrals: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();      const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1324          throw FinleyAdapterException(temp.str());      if (argDomain!=*this)
1325          break;          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient argument");
1326    }      const MeshAdapter& gradDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(grad.getFunctionSpace().getDomain()));
1327    checkFinleyError();      if (gradDomain!=*this)
1328    blocktimer_increment("integrate()", blocktimer_start);          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");
1329  }  
1330        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1331  //      escriptDataC _grad=grad.getDataC();
1332  // calculates the gradient of arg:      escriptDataC nodeDataC;
1333  //      escript::Data temp;
1334  void MeshAdapter::setToGradient(escript::Data& grad,const escript::Data& arg) const      if (getMPISize()>1) {
1335  {          if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == DegreesOfFreedom) {
1336    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());              temp=escript::Data(arg, continuousFunction(*this));
1337    if (argDomain!=*this)              nodeDataC = temp.getDataC();
1338      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient argument");          } else if(arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
1339    const MeshAdapter& gradDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(grad.getFunctionSpace().getDomain());              temp=escript::Data(arg, reducedContinuousFunction(*this));
1340    if (gradDomain!=*this)              nodeDataC = temp.getDataC();
1341       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");          } else {
1342                nodeDataC = arg.getDataC();
1343    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();          }
1344    escriptDataC _grad=grad.getDataC();      } else {
   escriptDataC nodeDataC;  
   escript::Data temp;  
   if (getMPISize()>1) {  
       if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == DegreesOfFreedom ) {  
         temp=escript::Data( arg,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
         nodeDataC = temp.getDataC();  
       } else if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom ) {  
         temp=escript::Data( arg,  reducedContinuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
         nodeDataC = temp.getDataC();  
       } else {  
1345          nodeDataC = arg.getDataC();          nodeDataC = arg.getDataC();
1346        }      }
1347    } else {      switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1348       nodeDataC = arg.getDataC();          case Nodes:
1349    }              throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");
1350    switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {              break;
1351         case(Nodes):          case ReducedNodes:
1352            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");              throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced nodes is not supported.");
1353            break;              break;
1354         case(ReducedNodes):          case Elements:
1355            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced nodes is not supported.");          case ReducedElements:
1356            break;              Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);
1357         case(Elements):              break;
1358            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);          case FaceElements:
1359            break;          case ReducedFaceElements:
1360         case(ReducedElements):              Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);
1361            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);              break;
1362            break;          case Points:
1363         case(FaceElements):              throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");
1364            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);              break;
1365            break;          case ContactElementsZero:
1366         case(ReducedFaceElements):          case ReducedContactElementsZero:
1367            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);          case ContactElementsOne:
1368            break;          case ReducedContactElementsOne:
1369         case(Points):              Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);
1370            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");              break;
1371            break;          case DegreesOfFreedom:
1372         case(ContactElementsZero):              throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");
1373            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);              break;
1374            break;          case ReducedDegreesOfFreedom:
1375         case(ReducedContactElementsZero):              throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced degrees of freedom is not supported.");
1376            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);              break;
1377            break;          default:
1378         case(ContactElementsOne):              stringstream temp;
1379            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);              temp << "Error - Gradient: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1380            break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1381         case(ReducedContactElementsOne):              break;
1382            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);      }
1383            break;      checkFinleyError();
        case(DegreesOfFreedom):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");  
           break;  
        case(ReducedDegreesOfFreedom):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced degrees of freedom is not supported.");  
           break;  
        default:  
           stringstream temp;  
           temp << "Error - Gradient: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();  
           throw FinleyAdapterException(temp.str());  
           break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1384  }  }
1385    
1386  //  //
1387  // returns the size of elements:  // returns the size of elements
1388  //  //
1389  void MeshAdapter::setToSize(escript::Data& size) const  void MeshAdapter::setToSize(escript::Data& size) const
1390  {  {
1391    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1392    escriptDataC tmp=size.getDataC();      escriptDataC tmp=size.getDataC();
1393    switch(size.getFunctionSpace().getTypeCode()) {      switch(size.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1394         case(Nodes):          case Nodes:
1395            throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");              throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");
1396            break;              break;
1397         case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
1398            throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced nodes is not supported.");              throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced nodes is not supported.");
1399            break;              break;
1400         case(Elements):          case Elements:
1401            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);          case ReducedElements:
1402            break;              Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);
1403         case(ReducedElements):              break;
1404            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);          case FaceElements:
1405            break;          case ReducedFaceElements:
1406         case(FaceElements):              Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);
1407            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);              break;
1408            break;          case Points:
1409         case(ReducedFaceElements):              throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");
1410            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);              break;
1411            break;          case ContactElementsZero:
1412         case(Points):          case ContactElementsOne:
1413            throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");          case ReducedContactElementsZero:
1414            break;          case ReducedContactElementsOne:
1415         case(ContactElementsZero):              Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);
1416         case(ContactElementsOne):              break;
1417            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);          case DegreesOfFreedom:
1418            break;              throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");
1419         case(ReducedContactElementsZero):              break;
1420         case(ReducedContactElementsOne):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1421            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);              throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced degrees of freedom is not supported.");
1422            break;              break;
1423         case(DegreesOfFreedom):          default:
1424            throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");              stringstream temp;
1425            break;              temp << "Error - Element size: Finley does not know anything about function space type " << size.getFunctionSpace().getTypeCode();
1426         case(ReducedDegreesOfFreedom):              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1427            throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced degrees of freedom is not supported.");              break;
1428            break;      }
1429         default:      checkFinleyError();
           stringstream temp;  
           temp << "Error - Element size: Finley does not know anything about function space type " << size.getFunctionSpace().getTypeCode();  
           throw FinleyAdapterException(temp.str());  
           break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1430  }  }
1431    
1432  // sets the location of nodes:  //
1433    // sets the location of nodes
1434    //
1435  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)
1436  {  {
1437    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1438    escriptDataC tmp;      const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(new_x.getFunctionSpace().getDomain()));
1439    const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(new_x.getFunctionSpace().getDomain());      if (newDomain!=*this)
1440    if (newDomain!=*this)          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");
1441       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");      if (new_x.getFunctionSpace() == continuousFunction(*this)) {
1442    tmp = new_x.getDataC();          Finley_Mesh_setCoordinates(mesh, new_x);
1443    Finley_Mesh_setCoordinates(mesh,&tmp);      } else {
1444    checkFinleyError();          throw FinleyAdapterException("As of escript version 3.3 SetX() only accepts ContinuousFunction arguments. Please interpolate.");
1445  }          //escript::Data new_x_inter=escript::Data(new_x, continuousFunction(*this));
1446            //Finley_Mesh_setCoordinates(mesh, new_x_inter);
1447  // saves a data array in openDX format:      }
1448  void MeshAdapter::saveDX(const std::string& filename,const boost::python::dict& arg) const      checkFinleyError();
1449  {  }
1450      int MAX_namelength=256;  
1451      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());  bool MeshAdapter::ownSample(int fs_code, index_t id) const
1452    /* win32 refactor */  {
1453    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;      if (getMPISize() > 1) {
1454    for(int i=0;i<num_data;i++)  #ifdef ESYS_MPI
1455    {          index_t myFirstNode=0, myLastNode=0, k=0;
1456      names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;          index_t* globalNodeIndex=0;
1457    }          Finley_Mesh* mesh_p=m_finleyMesh.get();
1458            /*
1459    char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;           * this method is only used by saveDataCSV which would use the returned
1460    escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;           * values for reduced nodes wrongly so this case is disabled for now
1461    escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;          if (fs_code == FINLEY_REDUCED_NODES) {
1462                myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
1463    boost::python::list keys=arg.keys();              myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
1464    for (int i=0;i<num_data;++i) {              globalNodeIndex = Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
1465           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);          } else
1466           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);          */
1467           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)          if (fs_code == FINLEY_NODES) {
1468               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");              myFirstNode = mesh_p->Nodes->getFirstNode();
1469           data[i]=d.getDataC();              myLastNode = mesh_p->Nodes->getLastNode();
1470           ptr_data[i]=&(data[i]);              globalNodeIndex = mesh_p->Nodes->borrowGlobalNodesIndex();
1471           c_names[i]=&(names[i][0]);          } else {
1472           if (n.length()>MAX_namelength-1) {              throw FinleyAdapterException("Unsupported function space type for ownSample()");
1473              strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);          }
1474              c_names[i][MAX_namelength-1]='\0';  
1475           } else {          k=globalNodeIndex[id];
1476              strcpy(c_names[i],n.c_str());          return static_cast<bool>( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) );
1477           }  #endif
1478      }      }
1479      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      return true;
1480      checkFinleyError();  }
1481        
1482        /* win32 refactor */  
1483    TMPMEMFREE(c_names);  //
1484    TMPMEMFREE(data);  // creates a SystemMatrixAdapter stiffness matrix an initializes it with zeros
1485    TMPMEMFREE(ptr_data);  //
1486    for(int i=0;i<num_data;i++)  escript::ASM_ptr MeshAdapter::newSystemMatrix(const int row_blocksize,
1487    {                              const escript::FunctionSpace& row_functionspace,
1488      TMPMEMFREE(names[i]);                              const int column_blocksize,
1489    }                              const escript::FunctionSpace& column_functionspace,
1490    TMPMEMFREE(names);                              const int type) const
   
     return;  
 }  
   
 // saves a data array in openVTK format:  
 void MeshAdapter::saveVTK(const std::string& filename,const boost::python::dict& arg) const  
 {  
     int MAX_namelength=256;  
     const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());  
   /* win32 refactor */  
   char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;  
   for(int i=0;i<num_data;i++)  
   {  
     names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;  
   }  
   
   char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;  
   escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;  
   escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;  
   
     boost::python::list keys=arg.keys();  
     for (int i=0;i<num_data;++i) {  
          std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);  
          escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);  
          if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)  
              throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");  
          data[i]=d.getDataC();  
          ptr_data[i]=&(data[i]);  
          c_names[i]=&(names[i][0]);  
          if (n.length()>MAX_namelength-1) {  
             strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);  
             c_names[i][MAX_namelength-1]='\0';  
          } else {  
             strcpy(c_names[i],n.c_str());  
          }  
     }  
     Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);  
   
   checkFinleyError();  
   /* win32 refactor */  
   TMPMEMFREE(c_names);  
   TMPMEMFREE(data);  
   TMPMEMFREE(ptr_data);  
   for(int i=0;i<num_data;i++)  
   {  
     TMPMEMFREE(names[i]);  
   }  
   TMPMEMFREE(names);  
   
     return;  
 }  
                                                                                                                                                                           
                                                                                                                                                                           
 // creates a SystemMatrixAdapter stiffness matrix an initializes it with zeros:  
 SystemMatrixAdapter MeshAdapter::newSystemMatrix(  
                       const int row_blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& row_functionspace,  
                       const int column_blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& column_functionspace,  
                       const int type) const  
1491  {  {
1492        // is the domain right?
1493        const MeshAdapter& row_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(row_functionspace.getDomain()));
1494        if (row_domain!=*this)
1495            throw FinleyAdapterException("Error - domain of row function space does not match the domain of matrix generator.");
1496        const MeshAdapter& col_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(column_functionspace.getDomain()));
1497        if (col_domain!=*this)
1498            throw FinleyAdapterException("Error - domain of column function space does not match the domain of matrix generator.");
1499    
1500      int reduceRowOrder=0;      int reduceRowOrder=0;
1501      int reduceColOrder=0;      int reduceColOrder=0;
1502      // is the domain right?      // is the function space type right?
1503      const MeshAdapter& row_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(row_functionspace.getDomain());      if (row_functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
     if (row_domain!=*this)  
           throw FinleyAdapterException("Error - domain of row function space does not match the domain of matrix generator.");  
     const MeshAdapter& col_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(column_functionspace.getDomain());  
     if (col_domain!=*this)  
           throw FinleyAdapterException("Error - domain of columnn function space does not match the domain of matrix generator.");  
     // is the function space type right  
     if (row_functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {  
         reduceRowOrder=0;  
     } else if (row_functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {  
1504          reduceRowOrder=1;          reduceRowOrder=1;
1505      } else {      } else if (row_functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1506          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");
1507      }      }
1508      if (column_functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {      if (column_functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
         reduceColOrder=0;  
     } else if (column_functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {  
1509          reduceColOrder=1;          reduceColOrder=1;
1510      } else {      } else if (column_functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1511          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix columns.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix columns.");
1512      }      }
1513    
1514      // generate matrix:      // generate matrix:
1515            Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(
1516      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(getFinley_Mesh(),reduceRowOrder,reduceColOrder);              getFinley_Mesh(), reduceRowOrder, reduceColOrder);
1517      checkFinleyError();      checkFinleyError();
1518      Paso_SystemMatrix* fsystemMatrix;      Paso_SystemMatrix* fsystemMatrix;
1519      int trilinos = 0;      const int trilinos = 0;
1520      if (trilinos) {      if (trilinos) {
1521  #ifdef TRILINOS  #ifdef TRILINOS
1522        /* Allocation Epetra_VrbMatrix here */          // FIXME: Allocation Epetra_VrbMatrix here...
1523  #endif  #endif
1524      }      } else {
1525      else {          fsystemMatrix=Paso_SystemMatrix_alloc(type, fsystemMatrixPattern,
1526        fsystemMatrix=Paso_SystemMatrix_alloc(type,fsystemMatrixPattern,row_blocksize,column_blocksize);                  row_blocksize, column_blocksize, FALSE);
1527      }      }
1528      checkPasoError();      checkPasoError();
1529      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);
1530      return SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix,row_blocksize,row_functionspace,column_blocksize,column_functionspace);      SystemMatrixAdapter* sma=new SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix, row_blocksize, row_functionspace, column_blocksize, column_functionspace);
1531        return escript::ASM_ptr(sma);
1532  }  }
1533    
1534    //
1535  // creates a TransportProblemAdapter  // creates a TransportProblemAdapter
1536  TransportProblemAdapter MeshAdapter::newTransportProblem(  //
1537                        const double theta,  escript::ATP_ptr MeshAdapter::newTransportProblem(const int blocksize,
1538                        const double dt_max,          const escript::FunctionSpace& functionspace, const int type) const
                       const int blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& functionspace,  
                       const int type) const  
1539  {  {
     int reduceOrder=0;  
1540      // is the domain right?      // is the domain right?
1541      const MeshAdapter& domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(functionspace.getDomain());      const MeshAdapter& domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(functionspace.getDomain()));
1542      if (domain!=*this)      if (domain!=*this)
1543            throw FinleyAdapterException("Error - domain of function space does not match the domain of transport problem generator.");          throw FinleyAdapterException("Error - domain of function space does not match the domain of transport problem generator.");
1544      // is the function space type right  
1545      if (functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {      // is the function space type right?
1546          reduceOrder=0;      int reduceOrder=0;
1547      } else if (functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {      if (functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
1548          reduceOrder=1;          reduceOrder=1;
1549      } else {      } else if (functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1550          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for transport problem.");
1551      }      }
1552      // generate matrix:  
1553            // generate transport problem:
1554      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(getFinley_Mesh(),reduceOrder,reduceOrder);      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(
1555                getFinley_Mesh(), reduceOrder, reduceOrder);
1556      checkFinleyError();      checkFinleyError();
1557      Paso_FCTransportProblem* transportProblem;      Paso_TransportProblem* transportProblem;
1558      transportProblem=Paso_FCTransportProblem_alloc(theta,dt_max,fsystemMatrixPattern,blocksize);      transportProblem=Paso_TransportProblem_alloc(fsystemMatrixPattern, blocksize);
1559      checkPasoError();      checkPasoError();
1560      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);
1561      return TransportProblemAdapter(transportProblem,theta,dt_max,blocksize,functionspace);      TransportProblemAdapter* tpa=new TransportProblemAdapter(
1562                transportProblem, blocksize, functionspace);
1563        return escript::ATP_ptr(tpa);
1564  }  }
1565    
1566  //  //
1567  // vtkObject MeshAdapter::createVtkObject() const  // returns true if data on functionSpaceCode is considered as being cell centered
 // TODO:  
 //  
   
1568  //  //
 // returns true if data at the atom_type is considered as being cell centered:  
1569  bool MeshAdapter::isCellOriented(int functionSpaceCode) const  bool MeshAdapter::isCellOriented(int functionSpaceCode) const
1570  {  {
1571    switch(functionSpaceCode) {      switch(functionSpaceCode) {
1572         case(Nodes):          case Nodes:
1573         case(DegreesOfFreedom):          case DegreesOfFreedom:
1574         case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1575            return false;              return false;
1576            break;          case Elements:
1577         case(Elements):          case FaceElements:
1578         case(FaceElements):          case Points:
1579         case(Points):          case ContactElementsZero:
1580         case(ContactElementsZero):          case ContactElementsOne:
1581         case(ContactElementsOne):          case ReducedElements:
1582         case(ReducedElements):          case ReducedFaceElements:
1583         case(ReducedFaceElements):          case ReducedContactElementsZero:
1584         case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedContactElementsOne:
1585         case(ReducedContactElementsOne):              return true;
1586            return true;          default:
1587            break;              stringstream temp;
1588         default:              temp << "Error - Cell: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
1589            stringstream temp;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1590            temp << "Error - Cell: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;              break;
1591            throw FinleyAdapterException(temp.str());      }
1592            break;      return false;
1593    }  }
1594    checkFinleyError();  
1595    return false;  bool
1596  }  MeshAdapter::commonFunctionSpace(const vector<int>& fs, int& resultcode) const
1597    {
1598  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source,int functionSpaceType_target) const      /* The idea is to use equivalence classes. [Types which can be interpolated
1599  {         back and forth]:
1600    switch(functionSpaceType_source) {          class 1: DOF <-> Nodes
1601       case(Nodes):          class 2: ReducedDOF <-> ReducedNodes
1602          switch(functionSpaceType_target) {          class 3: Points
1603             case(Nodes):          class 4: Elements
1604             case(ReducedNodes):          class 5: ReducedElements
1605             case(ReducedDegreesOfFreedom):          class 6: FaceElements
1606             case(DegreesOfFreedom):          class 7: ReducedFaceElements
1607             case(Elements):          class 8: ContactElementZero <-> ContactElementOne
1608             case(ReducedElements):          class 9: ReducedContactElementZero <-> ReducedContactElementOne
1609             case(FaceElements):  
1610             case(ReducedFaceElements):      There is also a set of lines. Interpolation is possible down a line but
1611             case(Points):      not between lines.
1612             case(ContactElementsZero):      class 1 and 2 belong to all lines so aren't considered.
1613             case(ReducedContactElementsZero):          line 0: class 3
1614             case(ContactElementsOne):          line 1: class 4,5
1615             case(ReducedContactElementsOne):          line 2: class 6,7
1616                 return true;          line 3: class 8,9
1617             default:  
1618                 stringstream temp;      For classes with multiple members (eg class 2) we have vars to record if
1619                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;      there is at least one instance.
1620                 throw FinleyAdapterException(temp.str());      e.g. hasnodes is true if we have at least one instance of Nodes.
1621          }      */
1622          break;      if (fs.empty())
1623       case(ReducedNodes):          return false;
1624          switch(functionSpaceType_target) {  
1625             case(ReducedNodes):      vector<int> hasclass(10);
1626             case(ReducedDegreesOfFreedom):      vector<int> hasline(4);    
1627             case(Elements):      bool hasnodes=false;
1628             case(ReducedElements):      bool hasrednodes=false;
1629             case(FaceElements):      bool hascez=false;
1630             case(ReducedFaceElements):      bool hasrcez=false;
1631             case(Points):      for (int i=0;i<fs.size();++i) {
1632             case(ContactElementsZero):          switch(fs[i]) {
1633             case(ReducedContactElementsZero):              case Nodes:
1634             case(ContactElementsOne):                  hasnodes=true; // fall through
1635             case(ReducedContactElementsOne):              case DegreesOfFreedom:
1636                 return true;                  hasclass[1]=1;
1637            case(Nodes):                  break;
1638            case(DegreesOfFreedom):              case ReducedNodes:
1639               return false;                  hasrednodes=true; // fall through
1640             default:              case ReducedDegreesOfFreedom:
1641                 stringstream temp;                  hasclass[2]=1;
1642                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;                  break;
1643                 throw FinleyAdapterException(temp.str());              case Points:
1644          }                  hasline[0]=1;
1645          break;                  hasclass[3]=1;
1646       case(Elements):                  break;
1647          if (functionSpaceType_target==Elements) {              case Elements:
1648             return true;                  hasclass[4]=1;
1649          } else if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {                  hasline[1]=1;
1650             return true;                  break;
1651          } else {              case ReducedElements:
1652             return false;                  hasclass[5]=1;
1653          }                  hasline[1]=1;
1654       case(ReducedElements):                  break;
1655          if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {              case FaceElements:
1656             return true;                  hasclass[6]=1;
1657          } else {                  hasline[2]=1;
1658             return false;                  break;
1659          }              case ReducedFaceElements:
1660       case(FaceElements):                  hasclass[7]=1;
1661          if (functionSpaceType_target==FaceElements) {                  hasline[2]=1;
1662             return true;                  break;
1663          } else if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {              case ContactElementsZero:
1664             return true;                  hascez=true; // fall through
1665          } else {              case ContactElementsOne:
1666             return false;                  hasclass[8]=1;
1667          }                  hasline[3]=1;
1668       case(ReducedFaceElements):                  break;
1669          if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {              case ReducedContactElementsZero:
1670             return true;                  hasrcez=true; // fall through
1671          } else {              case ReducedContactElementsOne:
1672             return false;                  hasclass[9]=1;
1673          }                  hasline[3]=1;
1674       case(Points):                  break;
1675          if (functionSpaceType_target==Points) {              default:
1676             return true;                  return false;
         } else {  
            return false;  
         }  
      case(ContactElementsZero):  
      case(ContactElementsOne):  
         if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {  
            return true;  
         } else if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {  
            return true;  
         } else {  
            return false;  
1677          }          }
1678       case(ReducedContactElementsZero):      }
1679       case(ReducedContactElementsOne):      int totlines=hasline[0]+hasline[1]+hasline[2]+hasline[3];
1680          if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {  
1681             return true;      // fail if we have more than one leaf group
1682          } else {      if (totlines>1)
1683             return false;          return false; // there are at least two branches we can't interpolate between
1684        else if (totlines==1) {
1685            if (hasline[0]==1)              // we have points
1686                resultcode=Points;
1687            else if (hasline[1]==1) {
1688                if (hasclass[5]==1)
1689                    resultcode=ReducedElements;
1690                else
1691                    resultcode=Elements;
1692            } else if (hasline[2]==1) {
1693                if (hasclass[7]==1)
1694                    resultcode=ReducedFaceElements;
1695                else
1696                    resultcode=FaceElements;
1697            } else {   // so we must be in line3
1698                if (hasclass[9]==1) {
1699                    // need something from class 9
1700                    resultcode=(hasrcez ? ReducedContactElementsZero : ReducedContactElementsOne);
1701                } else {
1702                    // something from class 8
1703                    resultcode=(hascez?ContactElementsZero:ContactElementsOne);
1704                }
1705          }          }
1706       case(DegreesOfFreedom):      } else { // totlines==0
1707          switch(functionSpaceType_target) {          if (hasclass[2]==1) {
1708             case(ReducedDegreesOfFreedom):              // something from class 2
1709             case(DegreesOfFreedom):              resultcode=(hasrednodes ? ReducedNodes : ReducedDegreesOfFreedom);
1710             case(Nodes):          } else {
1711             case(ReducedNodes):              // something from class 1
1712             case(Elements):              resultcode=(hasnodes ? Nodes : DegreesOfFreedom);
            case(ReducedElements):  
            case(Points):  
            case(FaceElements):  
            case(ReducedFaceElements):  
            case(ContactElementsZero):  
            case(ReducedContactElementsZero):  
            case(ContactElementsOne):  
            case(ReducedContactElementsOne):  
               return true;  
            default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
1713          }          }
1714          break;      }
1715       case(ReducedDegreesOfFreedom):      return true;
        switch(functionSpaceType_target) {  
           case(ReducedDegreesOfFreedom):  
           case(ReducedNodes):  
           case(Elements):  
           case(ReducedElements):  
           case(FaceElements):  
           case(ReducedFaceElements):  
           case(Points):  
           case(ContactElementsZero):  
           case(ReducedContactElementsZero):  
           case(ContactElementsOne):  
           case(ReducedContactElementsOne):  
               return true;  
           case(Nodes):  
           case(DegreesOfFreedom):  
              return false;  
           default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
        }  
        break;  
      default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_source;  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
   }  
   checkFinleyError();  
   return false;  
1716  }  }
1717    
1718  bool MeshAdapter::probeInterpolationACross(int functionSpaceType_source,const AbstractDomain& targetDomain, int functionSpaceType_target) const  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source,
1719                                                 int functionSpaceType_target) const
1720  {  {
1721        switch(functionSpaceType_source) {
1722            case Nodes:
1723                switch(functionSpaceType_target) {
1724                    case Nodes:
1725                    case ReducedNodes:
1726                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1727                    case DegreesOfFreedom:
1728                    case Elements:
1729                    case ReducedElements:
1730                    case FaceElements:
1731                    case ReducedFaceElements:
1732                    case Points:
1733                    case ContactElementsZero:
1734                    case ReducedContactElementsZero:
1735                    case ContactElementsOne:
1736                    case ReducedContactElementsOne:
1737                        return true;
1738                    default:
1739                        stringstream temp;
1740                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1741                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1742                }
1743                break;
1744            case ReducedNodes:
1745                switch(functionSpaceType_target) {
1746                    case ReducedNodes:
1747                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1748                    case Elements:
1749                    case ReducedElements:
1750                    case FaceElements:
1751                    case ReducedFaceElements:
1752                    case Points:
1753                    case ContactElementsZero:
1754                    case ReducedContactElementsZero:
1755                    case ContactElementsOne:
1756                    case ReducedContactElementsOne:
1757                        return true;
1758                    case Nodes:
1759                    case DegreesOfFreedom:
1760                        return false;
1761                    default:
1762                        stringstream temp;
1763                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1764                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1765                }
1766                break;
1767            case Elements:
1768                if (functionSpaceType_target==Elements) {
1769                    return true;
1770                } else if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1771                    return true;
1772                } else {
1773                    return false;
1774                }
1775            case ReducedElements:
1776                if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1777                    return true;
1778                } else {
1779                    return false;
1780                }
1781            case FaceElements:
1782                if (functionSpaceType_target==FaceElements) {
1783                    return true;
1784                } else if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1785                    return true;
1786                } else {
1787                    return false;
1788                }
1789            case ReducedFaceElements:
1790                if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1791                    return true;
1792                } else {
1793                    return false;
1794                }
1795            case Points:
1796                if (functionSpaceType_target==Points) {
1797                    return true;
1798                } else {
1799                    return false;
1800                }
1801            case ContactElementsZero:
1802            case ContactElementsOne:
1803                if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {
1804                    return true;
1805                } else if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1806                    return true;
1807                } else {
1808                    return false;
1809                }
1810            case ReducedContactElementsZero:
1811            case ReducedContactElementsOne:
1812                if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1813                    return true;
1814                } else {
1815                    return false;
1816                }
1817            case DegreesOfFreedom:
1818                switch(functionSpaceType_target) {
1819                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1820                    case DegreesOfFreedom:
1821                    case Nodes:
1822                    case ReducedNodes:
1823                    case Elements:
1824                    case ReducedElements:
1825                    case Points:
1826                    case FaceElements:
1827                    case ReducedFaceElements:
1828                    case ContactElementsZero:
1829                    case ReducedContactElementsZero:
1830                    case ContactElementsOne:
1831                    case ReducedContactElementsOne:
1832                        return true;
1833                    default:
1834                        stringstream temp;
1835                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1836                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1837                }
1838                break;
1839            case ReducedDegreesOfFreedom:
1840                switch(functionSpaceType_target) {
1841                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1842                    case ReducedNodes:
1843                    case Elements:
1844                    case ReducedElements:
1845                    case FaceElements:
1846                    case ReducedFaceElements:
1847                    case Points:
1848                    case ContactElementsZero:
1849                    case ReducedContactElementsZero:
1850                    case ContactElementsOne:
1851                    case ReducedContactElementsOne:
1852                        return true;
1853                    case Nodes:
1854                    case DegreesOfFreedom:
1855                        return false;
1856                    default:
1857                        stringstream temp;
1858                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1859                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1860                }
1861                break;
1862            default:
1863                stringstream temp;
1864                temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_source;
1865                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1866                break;
1867        }
1868      return false;      return false;
1869  }  }
1870    
1871  bool MeshAdapter::operator==(const AbstractDomain& other) const  signed char MeshAdapter::preferredInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source, int functionSpaceType_target) const
1872    {
1873        if (probeInterpolationOnDomain(functionSpaceType_source, functionSpaceType_target))
1874            return 1;
1875    
1876        if (probeInterpolationOnDomain(functionSpaceType_target, functionSpaceType_source))
1877            return -1;
1878    
1879        return 0;
1880    }
1881    
1882    bool MeshAdapter::probeInterpolationACross(int functionSpaceType_source,
1883            const escript::AbstractDomain& targetDomain,
1884            int functionSpaceType_target) const
1885  {  {
   const MeshAdapter* temp=dynamic_cast<const MeshAdapter*>(&other);  
   if (temp!=0) {  
     return (m_finleyMesh==temp->m_finleyMesh);  
   } else {  
1886      return false;      return false;
   }  
1887  }  }
1888    
1889  bool MeshAdapter::operator!=(const AbstractDomain& other) const  bool MeshAdapter::operator==(const escript::AbstractDomain& other) const
1890  {  {
1891    return !(operator==(other));      const MeshAdapter* temp=dynamic_cast<const MeshAdapter*>(&other);
1892        if (temp) {
1893            return (m_finleyMesh==temp->m_finleyMesh);
1894        } else {
1895            return false;
1896        }
1897  }  }
1898    
1899  int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(const int solver, const int package, const bool symmetry) const  bool MeshAdapter::operator!=(const escript::AbstractDomain& other) const
1900  {  {
1901     int out=Paso_SystemMatrix_getSystemMatrixTypeId(SystemMatrixAdapter::mapOptionToPaso(solver),SystemMatrixAdapter::mapOptionToPaso(package),symmetry?1:0);      return !(operator==(other));
1902     checkPasoError();  }
1903     return out;  
1904    int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(const int solver, const int preconditioner, const int package, const bool symmetry) const
1905    {
1906        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1907        return SystemMatrixAdapter::getSystemMatrixTypeId(solver, preconditioner,
1908                   package, symmetry, mesh->MPIInfo);
1909    }
1910    
1911    int MeshAdapter::getTransportTypeId(const int solver, const int preconditioner, const int package, const bool symmetry) const
1912    {
1913        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1914        return TransportProblemAdapter::getTransportTypeId(solver, preconditioner,
1915                    package, symmetry, mesh->MPIInfo);
1916  }  }
1917    
1918  escript::Data MeshAdapter::getX() const  escript::Data MeshAdapter::getX() const
1919  {  {
1920    return continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()).getX();      return continuousFunction(*this).getX();
1921  }  }
1922    
1923  escript::Data MeshAdapter::getNormal() const  escript::Data MeshAdapter::getNormal() const
1924  {  {
1925    return functionOnBoundary(asAbstractContinuousDomain()).getNormal();      return functionOnBoundary(*this).getNormal();
1926  }  }
1927    
1928  escript::Data MeshAdapter::getSize() const  escript::Data MeshAdapter::getSize() const
1929  {  {
1930    return function(asAbstractContinuousDomain()).getSize();      return escript::function(*this).getSize();
1931  }  }
1932    
1933  int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceIDs(int functionSpaceType) const  const int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceIDs(int functionSpaceType) const
1934  {  {
1935    int *out=0,i;      int *out = NULL;
1936    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1937    switch (functionSpaceType) {      switch (functionSpaceType) {
1938      case(Nodes):          case Nodes:
1939        out=mesh->Nodes->Id;              out=mesh->Nodes->Id;
1940        break;              break;
1941      case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
1942        out=mesh->Nodes->reducedNodesId;              out=mesh->Nodes->reducedNodesId;
1943        break;              break;
1944      case(Elements):          case Elements:
1945        out=mesh->Elements->Id;          case ReducedElements:
1946        break;              out=mesh->Elements->Id;
1947      case(ReducedElements):              break;
1948        out=mesh->Elements->Id;          case FaceElements:
1949        break;          case ReducedFaceElements:
1950      case(FaceElements):              out=mesh->FaceElements->Id;
1951        out=mesh->FaceElements->Id;              break;
1952        break;          case Points:
1953      case(ReducedFaceElements):              out=mesh->Points->Id;
1954        out=mesh->FaceElements->Id;              break;
1955        break;          case ContactElementsZero:
1956      case(Points):          case ReducedContactElementsZero:
1957        out=mesh->Points->Id;          case ContactElementsOne:
1958        break;          case ReducedContactElementsOne:
1959      case(ContactElementsZero):              out=mesh->ContactElements->Id;
1960        out=mesh->ContactElements->Id;              break;
1961        break;          case DegreesOfFreedom:
1962      case(ReducedContactElementsZero):              out=mesh->Nodes->degreesOfFreedomId;
1963        out=mesh->ContactElements->Id;              break;
1964        break;          case ReducedDegreesOfFreedom:
1965      case(ContactElementsOne):              out=mesh->Nodes->reducedDegreesOfFreedomId;
1966        out=mesh->ContactElements->Id;              break;
1967        break;          default:
1968      case(ReducedContactElementsOne):              stringstream temp;
1969        out=mesh->ContactElements->Id;              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1970        break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1971      case(DegreesOfFreedom):              break;
1972        out=mesh->Nodes->degreesOfFreedomId;      }
1973        break;      return out;
     case(ReducedDegreesOfFreedom):  
       out=mesh->Nodes->reducedDegreesOfFreedomId;  
       break;  
     default:  
       stringstream temp;  
       temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
       throw FinleyAdapterException(temp.str());  
       break;  
   }  
   return out;  
1974  }  }
1975  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const
1976  {  {
1977    int out=0;      int out=0;
1978    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1979    switch (functionSpaceType) {      switch (functionSpaceType) {
1980    case(Nodes):          case Nodes:
1981      out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];              out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];
1982      break;              break;
1983    case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
1984      throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedNodes does not support tags.");              throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedNodes does not support tags.");
1985      break;              break;
1986    case(Elements):          case Elements:
1987      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];          case ReducedElements:
1988      break;              out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];
1989    case(ReducedElements):              break;
1990      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];          case FaceElements:
1991      break;          case ReducedFaceElements:
1992    case(FaceElements):              out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];
1993      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];              break;
1994      break;          case Points:
1995    case(ReducedFaceElements):              out=mesh->Points->Tag[sampleNo];
1996      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];              break;
1997      break;          case ContactElementsZero:
1998    case(Points):          case ReducedContactElementsZero:
1999      out=mesh->Points->Tag[sampleNo];          case ContactElementsOne:
2000      break;          case ReducedContactElementsOne:
2001    case(ContactElementsZero):              out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
2002      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
2003      break;          case DegreesOfFreedom:
2004    case(ReducedContactElementsZero):              throw FinleyAdapterException(" Error - DegreesOfFreedom does not support tags.");
2005      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
2006      break;          case ReducedDegreesOfFreedom:
2007    case(ContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags.");
2008      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
2009      break;          default:
2010    case(ReducedContactElementsOne):              stringstream temp;
2011      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
2012      break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
2013    case(DegreesOfFreedom):              break;
2014      throw FinleyAdapterException(" Error - DegreesOfFreedom does not support tags.");      }
2015      break;      return out;
   case(ReducedDegreesOfFreedom):  
     throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags.");  
     break;  
   default:  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
     throw FinleyAdapterException(temp.str());  
     break;  
   }  
   return out;  
2016  }  }
2017    
2018    
2019  void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const  void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const
2020  {  {
2021    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2022    escriptDataC tmp=mask.getDataC();      switch(functionSpaceType) {
2023    switch(functionSpaceType) {          case Nodes:
2024         case(Nodes):              mesh->Nodes->setTags(newTag, mask);
2025            Finley_NodeFile_setTags(mesh->Nodes,newTag,&tmp);              break;
2026            break;          case ReducedNodes:
2027         case(ReducedNodes):              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
2028            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");          case DegreesOfFreedom:
2029            break;              throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
2030         case(DegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
2031            throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
2032            break;          case Elements:
2033         case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedElements:
2034            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");              mesh->Elements->setTags(newTag, mask);
2035            break;              break;
2036         case(Elements):          case FaceElements:
2037            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);          case ReducedFaceElements:
2038            break;              mesh->FaceElements->setTags(newTag, mask);
2039         case(ReducedElements):              break;
2040            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);          case Points:
2041            break;              mesh->Points->setTags(newTag, mask);
2042         case(FaceElements):              break;
2043            Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);          case ContactElementsZero:
2044            break;          case ReducedContactElementsZero:
2045         case(ReducedFaceElements):          case ContactElementsOne:
2046            Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);          case ReducedContactElementsOne:
2047            break;              mesh->ContactElements->setTags(newTag, mask);
2048         case(Points):              break;
2049            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Points,newTag,&tmp);          default:
2050            break;              stringstream temp;
2051         case(ContactElementsZero):              temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;
2052            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);              throw FinleyAdapterException(temp.str());
2053            break;      }
2054         case(ReducedContactElementsZero):      checkFinleyError();
2055            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);  }
2056            break;  
2057         case(ContactElementsOne):  void MeshAdapter::setTagMap(const string& name, int tag)
2058            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);  {
2059            break;      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2060         case(ReducedContactElementsOne):      Finley_Mesh_addTagMap(mesh, name.c_str(), tag);
2061            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);      checkFinleyError();
2062            break;  }
2063         default:  
2064            stringstream temp;  int MeshAdapter::getTag(const string& name) const
2065            temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;  {
2066            throw FinleyAdapterException(temp.str());      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2067    }      int tag = Finley_Mesh_getTag(mesh, name.c_str());
2068    checkFinleyError();      checkFinleyError();
2069    return;      return tag;
 }  
   
 void MeshAdapter::setTagMap(const std::string& name,  int tag)  
 {  
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   Finley_Mesh_addTagMap(mesh, name.c_str(),tag);  
   checkPasoError();  
   // throwStandardException("MeshAdapter::set TagMap is not implemented.");  
 }  
   
 int MeshAdapter::getTag(const std::string& name) const  
 {  
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   int tag=0;  
   tag=Finley_Mesh_getTag(mesh, name.c_str());  
   checkPasoError();  
   // throwStandardException("MeshAdapter::getTag is not implemented.");  
   return tag;  
 }  
   
 bool MeshAdapter::isValidTagName(const std::string& name) const  
 {  
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   return Finley_Mesh_isValidTagName(mesh,name.c_str());  
 }  
   
 std::string MeshAdapter::showTagNames() const  
 {  
   stringstream temp;  
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   Finley_TagMap* tag_map=mesh->TagMap;  
   while (tag_map) {  
      temp << tag_map->name;  
      tag_map=tag_map->next;  
      if (tag_map) temp << ", ";  
   }  
   return temp.str();  
2070  }  }
2071    
2072    bool MeshAdapter::isValidTagName(const string& name) const
2073    {
2074        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2075        return Finley_Mesh_isValidTagName(mesh, name.c_str());
2076    }
2077    
2078    string MeshAdapter::showTagNames() const
2079    {
2080        stringstream temp;
2081        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2082        TagMap::const_iterator it = mesh->tagMap.begin();
2083        while (it != mesh->tagMap.end()) {
2084            temp << it->first;
2085            ++it;
2086            if (it != mesh->tagMap.end())
2087                temp << ", ";
2088        }
2089        return temp.str();
2090    }
2091    
2092    int MeshAdapter::getNumberOfTagsInUse(int functionSpaceCode) const
2093    {
2094        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2095        switch(functionSpaceCode) {
2096            case Nodes:
2097                return mesh->Nodes->tagsInUse.size();
2098            case ReducedNodes:
2099                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
2100            case DegreesOfFreedom:
2101                throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
2102            case ReducedDegreesOfFreedom:
2103                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
2104            case Elements:
2105            case ReducedElements:
2106                return mesh->Elements->tagsInUse.size();
2107            case FaceElements:
2108            case ReducedFaceElements:
2109                return mesh->FaceElements->tagsInUse.size();
2110            case Points:
2111                return mesh->Points->tagsInUse.size();
2112            case ContactElementsZero:
2113            case ReducedContactElementsZero:
2114            case ContactElementsOne:
2115            case ReducedContactElementsOne:
2116                return mesh->ContactElements->tagsInUse.size();
2117            default:
2118                stringstream ss;
2119                ss << "Finley does not know anything about function space type "
2120                     << functionSpaceCode;
2121                throw FinleyAdapterException(ss.str());
2122        }
2123        return 0;
2124    }
2125    
2126    const int* MeshAdapter::borrowListOfTagsInUse(int functionSpaceCode) const
2127    {
2128        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2129        switch(functionSpaceCode) {
2130            case Nodes:
2131                return &mesh->Nodes->tagsInUse[0];
2132            case ReducedNodes:
2133                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
2134            case DegreesOfFreedom:
2135                throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
2136            case ReducedDegreesOfFreedom:
2137                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
2138            case Elements:
2139            case ReducedElements:
2140                return &mesh->Elements->tagsInUse[0];
2141            case FaceElements:
2142            case ReducedFaceElements:
2143                return &mesh->FaceElements->tagsInUse[0];
2144            case Points:
2145                return &mesh->Points->tagsInUse[0];
2146            case ContactElementsZero:
2147            case ReducedContactElementsZero:
2148            case ContactElementsOne:
2149            case ReducedContactElementsOne:
2150                return &mesh->ContactElements->tagsInUse[0];
2151            default:
2152                stringstream temp;
2153                temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
2154                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2155        }
2156        return NULL;
2157    }
2158    
2159    
2160    bool MeshAdapter::canTag(int functionSpaceCode) const
2161    {
2162        switch(functionSpaceCode) {
2163            case Nodes:
2164            case Elements:
2165            case ReducedElements:
2166            case FaceElements:
2167            case ReducedFaceElements:
2168            case Points:
2169            case ContactElementsZero:
2170            case ReducedContactElementsZero:
2171            case ContactElementsOne:
2172            case ReducedContactElementsOne:
2173                return true;
2174            default:
2175                return false;
2176        }
2177    }
2178    
2179    escript::AbstractDomain::StatusType MeshAdapter::getStatus() const
2180    {
2181        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2182        return Finley_Mesh_getStatus(mesh);
2183    }
2184    
2185    int MeshAdapter::getApproximationOrder(const int functionSpaceCode) const
2186    {
2187        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2188        int order =-1;
2189        switch(functionSpaceCode) {
2190            case Nodes:
2191            case DegreesOfFreedom:
2192                order=mesh->approximationOrder;
2193                break;
2194            case ReducedNodes:
2195            case ReducedDegreesOfFreedom:
2196                order=mesh->reducedApproximationOrder;
2197                break;
2198            case Elements:
2199            case FaceElements:
2200            case Points:
2201            case ContactElementsZero:
2202            case ContactElementsOne:
2203                order=mesh->integrationOrder;
2204                break;
2205            case ReducedElements:
2206            case ReducedFaceElements:
2207            case ReducedContactElementsZero:
2208            case ReducedContactElementsOne:
2209                order=mesh->reducedIntegrationOrder;
2210                break;
2211            default:
2212                stringstream temp;
2213                temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
2214                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2215        }
2216        return order;
2217    }
2218    
2219    bool MeshAdapter::supportsContactElements() const
2220    {
2221        return true;
2222    }
2223    
2224    ReferenceElementSetWrapper::ReferenceElementSetWrapper(Finley_ElementTypeId id,
2225            index_t order, index_t reducedOrder)
2226    {
2227        m_refSet = Finley_ReferenceElementSet_alloc(id, order, reducedOrder);
2228    }
2229    
2230    ReferenceElementSetWrapper::~ReferenceElementSetWrapper()
2231    {
2232        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(m_refSet);
2233    }
2234    
2235    void MeshAdapter::addDiracPoints(const vector<double>& points,
2236                                     const vector<int>& tags) const
2237    {
2238        // points will be flattened
2239        const int dim = getDim();
2240        int numPoints=points.size()/dim;
2241        int numTags=tags.size();
2242        Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2243    
2244        if ( points.size() % dim != 0 ) {
2245            throw FinleyAdapterException("Error - number of coords does not appear to be a multiple of dimension.");
2246        }
2247    
2248        if ((numTags > 0) && (numPoints != numTags))
2249            throw FinleyAdapterException("Error - if tags are given number of tags and points must match.");
2250    
2251        Finley_Mesh_addPoints(mesh, numPoints, &points[0], &tags[0]);
2252        checkFinleyError();
2253    }
2254    
2255    // void MeshAdapter::addDiracPoints(const boost::python::list& points, const boost::python::list& tags) const
2256    // {
2257    //       const int dim = getDim();
2258    //       int numPoints=boost::python::extract<int>(points.attr("__len__")());
2259    //       int numTags=boost::python::extract<int>(tags.attr("__len__")());
2260    //       Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2261    //
2262    //       if  ( (numTags > 0) && ( numPoints !=  numTags ) )
2263    //       throw FinleyAdapterException("Error - if tags are given number of tags and points must match.");
2264    //
2265    //       double* points_ptr=TMPMEMALLOC(numPoints * dim, double);
2266    //       int*    tags_ptr= TMPMEMALLOC(numPoints, int);
2267    //
2268    //       for (int i=0;i<numPoints;++i) {
2269    //         int tag_id=-1;
2270    //         int numComps=boost::python::extract<int>(points[i].attr("__len__")());
2271    //         if  ( numComps !=   dim ) {
2272    //                stringstream temp;
2273    //                temp << "Error - illegal number of components " << numComps << " for point " << i;
2274    //                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2275    //         }
2276    //         points_ptr[ i * dim     ] = boost::python::extract<double>(points[i][0]);
2277    //         if ( dim > 1 ) points_ptr[ i * dim + 1 ] = boost::python::extract<double>(points[i][1]);
2278    //         if ( dim > 2 ) points_ptr[ i * dim + 2 ] = boost::python::extract<double>(points[i][2]);
2279    //
2280    //         if ( numTags > 0) {
2281    //                boost::python::extract<string> ex_str(tags[i]);
2282    //                if  ( ex_str.check() ) {
2283    //                    tag_id=getTag( ex_str());
2284    //                } else {
2285    //                     boost::python::extract<int> ex_int(tags[i]);
2286    //                     if ( ex_int.check() ) {
2287    //                         tag_id=ex_int();
2288    //                     } else {
2289    //                          stringstream temp;
2290    //                          temp << "Error - unable to extract tag for point " << i;
2291    //                          throw FinleyAdapterException(temp.str());
2292    //                    }
2293    //                }
2294    //         }
2295    //            tags_ptr[i]=tag_id;
2296    //       }
2297    //
2298    //       Finley_Mesh_addPoints(mesh, numPoints, points_ptr, tags_ptr);
2299    //       checkPasoError();
2300    //
2301    //       TMPMEMFREE(points_ptr);
2302    //       TMPMEMFREE(tags_ptr);
2303    // }
2304    
2305    /*
2306    void MeshAdapter:: addDiracPoint( const boost::python::list& point, const int tag) const
2307    {
2308        boost::python::list points =  boost::python::list();
2309        boost::python::list tags =  boost::python::list();
2310        points.append(point);
2311        tags.append(tag);
2312        addDiracPoints(points, tags);
2313    }
2314    */
2315    
2316    /*
2317    void MeshAdapter:: addDiracPointWithTagName( const boost::python::list& point, const string& tag) const
2318    {
2319        boost::python::list points =   boost::python::list();
2320        boost::python::list tags =   boost::python::list();
2321        points.append(point);
2322        tags.append(tag);
2323        addDiracPoints(points, tags);
2324    }
2325    */
2326  }  // end of namespace  }  // end of namespace
2327    

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