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revision 1388 by trankine, Fri Jan 11 07:45:58 2008 UTC revision 4657 by jfenwick, Thu Feb 6 06:12:20 2014 UTC
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1    
2  /* $Id$ */  /*****************************************************************************
3    *
4  /*******************************************************  * Copyright (c) 2003-2014 by University of Queensland
5   *  * http://www.uq.edu.au
6   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF  *
7   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Primary Business: Queensland, Australia
8   *  * Licensed under the Open Software License version 3.0
9   *                http://esscc.uq.edu.au  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
10   *        Primary Business: Queensland, Australia  *
11   *  Licensed under the Open Software License version 3.0  * Development until 2012 by Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
12   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * Development 2012-2013 by School of Earth Sciences
13   *  * Development from 2014 by Centre for Geoscience Computing (GeoComp)
14   *******************************************************/  *
15    *****************************************************************************/
16    
17    #include <pasowrap/PasoException.h>
18    #include <pasowrap/TransportProblemAdapter.h>
19  #include "MeshAdapter.h"  #include "MeshAdapter.h"
20  #include "escript/Data.h"  #include "escript/Data.h"
21  #include "escript/DataFactory.h"  #include "escript/DataFactory.h"
22    #include "esysUtils/blocktimer.h"
23    
24    #include <boost/python/import.hpp>
25  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
26  #include <netcdfcpp.h>  #include <netcdfcpp.h>
27  #endif  #endif
 extern "C" {  
 #include "escript/blocktimer.h"  
 }  
 #include <vector>  
28    
29  using namespace std;  using namespace std;
30  using namespace escript;  using namespace paso;
31    
32  namespace finley {  namespace finley {
33    
 //  
34  // define the static constants  // define the static constants
35  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType MeshAdapter::m_functionSpaceTypeNames;  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType MeshAdapter::m_functionSpaceTypeNames;
36  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
# Line 46  const int MeshAdapter::ReducedContactEle Line 47  const int MeshAdapter::ReducedContactEle
47  const int MeshAdapter::ContactElementsOne=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2;  const int MeshAdapter::ContactElementsOne=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2;
48  const int MeshAdapter::ReducedContactElementsOne=FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2;  const int MeshAdapter::ReducedContactElementsOne=FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2;
49    
50  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* finleyMesh)  MeshAdapter::MeshAdapter(Mesh* finleyMesh)
51  {  {
52    setFunctionSpaceTypeNames();      setFunctionSpaceTypeNames();
53    //      // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_free deletes the pointer
54    // need to use a null_deleter as Finley_Mesh_free deletes the pointer      // for us.
55    // for us.      m_finleyMesh.reset(finleyMesh, null_deleter());
   m_finleyMesh.reset(finleyMesh,null_deleter());  
56  }  }
57    
58  //  //
59  // The copy constructor should just increment the use count  // The copy constructor should just increment the use count
60  MeshAdapter::MeshAdapter(const MeshAdapter& in):  MeshAdapter::MeshAdapter(const MeshAdapter& in) :
61  m_finleyMesh(in.m_finleyMesh)      m_finleyMesh(in.m_finleyMesh)
62  {  {
63    setFunctionSpaceTypeNames();      setFunctionSpaceTypeNames();
64  }  }
65    
66  MeshAdapter::~MeshAdapter()  MeshAdapter::~MeshAdapter()
67  {  {
68    //      // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of
69    // I hope the case for the pointer being zero has been taken care of.      if (m_finleyMesh.unique()) {
70    //  cout << "In MeshAdapter destructor." << endl;          delete m_finleyMesh.get();
71    if (m_finleyMesh.unique()) {      }
     Finley_Mesh_free(m_finleyMesh.get());  
   }  
72  }  }
73    
74  int MeshAdapter::getMPISize() const  int MeshAdapter::getMPISize() const
75  {  {
76     return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->size;      return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->size;
77  }  }
78    
79  int MeshAdapter::getMPIRank() const  int MeshAdapter::getMPIRank() const
80  {  {
81     return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank;      return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank;
82  }  }
83    
84    void MeshAdapter::MPIBarrier() const
85    {
86    #ifdef ESYS_MPI
87        MPI_Barrier(m_finleyMesh.get()->MPIInfo->comm);
88    #endif
89    }
90    
91    bool MeshAdapter::onMasterProcessor() const
92    {
93        return m_finleyMesh.get()->MPIInfo->rank == 0;
94    }
95    
96    #ifdef ESYS_MPI
97    MPI_Comm
98    #else
99    unsigned int
100    #endif
101    MeshAdapter::getMPIComm() const
102    {
103    #ifdef ESYS_MPI
104        return m_finleyMesh->MPIInfo->comm;
105    #else
106        return 0;
107    #endif
108    }
109    
110  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const {  Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh() const
111     return m_finleyMesh.get();  {
112        return m_finleyMesh.get();
113  }  }
114    
115  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const  void MeshAdapter::write(const string& fileName) const
116  {  {
117    char *fName = (fileName.size()+1>0) ? TMPMEMALLOC(fileName.size()+1,char) : (char*)NULL;      m_finleyMesh.get()->write(fileName);
118    strcpy(fName,fileName.c_str());      checkFinleyError();
   Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);  
   checkFinleyError();  
   TMPMEMFREE(fName);  
119  }  }
120    
121  void MeshAdapter::Print_Mesh_Info(const bool full=false) const  void MeshAdapter::Print_Mesh_Info(const bool full) const
122  {  {
123    Finley_PrintMesh_Info(m_finleyMesh.get(), full);      m_finleyMesh.get()->printInfo(full);
124  }  }
125    
126  void MeshAdapter::dump(const std::string& fileName) const  void MeshAdapter::dump(const string& fileName) const
127  {  {
128  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
129     const NcDim* ncdims[12];      const NcDim* ncdims[12] = {NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL,NULL};
130     NcVar *ids, *data;      NcVar *ids;
131     int *int_ptr;      int *int_ptr;
132     Finley_Mesh *mesh = m_finleyMesh.get();      Mesh *mesh = m_finleyMesh.get();
133     Finley_TagMap* tag_map;      int num_Tags = 0;
134     int num_Tags = 0;      int mpi_size                         = mesh->MPIInfo->size;
135     int mpi_size             = mesh->MPIInfo->size;      int mpi_rank                         = mesh->MPIInfo->rank;
136     int mpi_rank             = mesh->MPIInfo->rank;      int numDim                           = mesh->Nodes->numDim;
137     int numDim               = mesh->Nodes->numDim;      int numNodes                         = mesh->Nodes->numNodes;
138     int numNodes             = mesh->Nodes->numNodes;      int num_Elements                     = mesh->Elements->numElements;
139     int num_Elements         = mesh->Elements->numElements;      int num_FaceElements                 = mesh->FaceElements->numElements;
140     int num_FaceElements         = mesh->FaceElements->numElements;      int num_ContactElements              = mesh->ContactElements->numElements;
141     int num_ContactElements      = mesh->ContactElements->numElements;      int num_Points                       = mesh->Points->numElements;
142     int num_Points           = mesh->Points->numElements;      int num_Elements_numNodes            = mesh->Elements->numNodes;
143     int num_Elements_numNodes        = mesh->Elements->numNodes;      int num_FaceElements_numNodes        = mesh->FaceElements->numNodes;
144     int num_FaceElements_numNodes    = mesh->FaceElements->numNodes;      int num_ContactElements_numNodes     = mesh->ContactElements->numNodes;
145     int num_ContactElements_numNodes = mesh->ContactElements->numNodes;  #ifdef ESYS_MPI
146     char *newFileName = Paso_MPI_appendRankToFileName(strdup(fileName.c_str()), mpi_size, mpi_rank);      MPI_Status status;
147    #endif
    /* Figure out how much storage is required for tags */  
    tag_map = mesh->TagMap;  
    if (tag_map) {  
      while (tag_map) {  
     num_Tags++;  
         tag_map=tag_map->next;  
      }  
    }  
   
    // NetCDF error handler  
    NcError err(NcError::verbose_nonfatal);  
    // Create the file.  
    NcFile dataFile(newFileName, NcFile::Replace);  
    // check if writing was successful  
    if (!dataFile.is_valid())  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: opening of NetCDF file for output failed: " + *newFileName);  
   
    // Define dimensions (num_Elements and dim_Elements are identical, dim_Elements only appears if > 0)  
    if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("numNodes", numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension numNodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("numDim", numDim)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension numDim to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("mpi_size_plus_1", mpi_size+1)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension mpi_size to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_Elements>0)  
       if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("dim_Elements", num_Elements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Elements to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_FaceElements>0)  
       if (! (ncdims[4] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements", num_FaceElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_FaceElements to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_ContactElements>0)  
       if (! (ncdims[5] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements", num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_ContactElements to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_Points>0)  
       if (! (ncdims[6] = dataFile.add_dim("dim_Points", num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Points to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_Elements>0)  
       if (! (ncdims[7] = dataFile.add_dim("dim_Elements_Nodes", num_Elements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Elements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_FaceElements>0)  
       if (! (ncdims[8] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements_numNodes", num_FaceElements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_FaceElements_numNodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_ContactElements>0)  
       if (! (ncdims[9] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements_numNodes", num_ContactElements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_ContactElements_numNodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (num_Tags>0)  
       if (! (ncdims[10] = dataFile.add_dim("dim_Tags", num_Tags)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending dimension dim_Tags to netCDF file failed: " + *newFileName);  
   
    // Attributes: MPI size, MPI rank, Name, order, reduced_order  
    if (!dataFile.add_att("mpi_size", mpi_size) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending mpi_size to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("mpi_rank", mpi_rank) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending mpi_rank to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("Name",mesh->Name) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Name to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("numDim",numDim) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending order to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("order",mesh->order) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending order to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("reduced_order",mesh->reduced_order) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending reduced_order to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("numNodes",numNodes) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_Elements",num_Elements) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Elements to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_FaceElements",num_FaceElements) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_FaceElements to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_ContactElements",num_ContactElements) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_ContactElements to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_Points",num_Points) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Points to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_Elements_numNodes",num_Elements_numNodes) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Elements_numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_FaceElements_numNodes",num_FaceElements_numNodes) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_FaceElements_numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_ContactElements_numNodes",num_ContactElements_numNodes) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_ContactElements_numNodes to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("Elements_TypeId", mesh->Elements->ReferenceElement->Type->TypeId) )  
       throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("FaceElements_TypeId", mesh->FaceElements->ReferenceElement->Type->TypeId) )  
       throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("ContactElements_TypeId", mesh->ContactElements->ReferenceElement->Type->TypeId) )  
       throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("Points_TypeId", mesh->Points->ReferenceElement->Type->TypeId) )  
       throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_TypeId to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (!dataFile.add_att("num_Tags", num_Tags) )  
       throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending num_Tags to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
   
    // // // // // Nodes // // // // //  
   
    // Only write nodes if non-empty because NetCDF doesn't like empty arrays (it treats them as NC_UNLIMITED)  
    if (numNodes>0) {  
   
    // Nodes Id  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Id", ncInt, ncdims[0])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    int_ptr = &mesh->Nodes->Id[0];  
    if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    // Nodes Tag  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Tag", ncInt, ncdims[0])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    int_ptr = &mesh->Nodes->Tag[0];  
    if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    // Nodes gDOF  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gDOF", ncInt, ncdims[0])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_gDOF to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    int_ptr = &mesh->Nodes->globalDegreesOfFreedom[0];  
    if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_gDOF to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    // Nodes global node index  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gNI", ncInt, ncdims[0])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_gNI to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    int_ptr = &mesh->Nodes->globalNodesIndex[0];  
    if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_gNI to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    // Nodes grDof  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grDfI", ncInt, ncdims[0])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_grDfI to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedDOFIndex[0];  
    if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_grDfI to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    // Nodes grNI  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grNI", ncInt, ncdims[0])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_grNI to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedNodesIndex[0];  
    if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_grNI to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    // Nodes Coordinates  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Coordinates", ncDouble, ncdims[0], ncdims[1]) ) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_Coordinates to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    if (! (ids->put(&(mesh->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,0,numDim)]), numNodes, numDim)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_Coordinates to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    // Nodes degreesOfFreedomDistribution  
    if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_DofDistribution", ncInt, ncdims[2])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Nodes_DofDistribution to netCDF file failed: " + *newFileName);  
    int_ptr = &mesh->Nodes->degreesOfFreedomDistribution->first_component[0];  
    if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Nodes_DofDistribution to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
    }  
   
    // // // // // Elements // // // // //  
   
    if (num_Elements>0) {  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *Elements_Nodes = TMPMEMALLOC(num_Elements*num_Elements_numNodes,int);  
   
      // Elements_Id  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Id", ncInt, ncdims[3])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Elements->Id[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Elements_Tag  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Tag", ncInt, ncdims[3])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Elements->Tag[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Elements_Owner  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Owner", ncInt, ncdims[3])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Elements->Owner[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Elements_Color  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Color", ncInt, ncdims[3])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Elements->Color[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Elements_Nodes  
      for (int i=0; i<num_Elements; i++)  
        for (int j=0; j<num_Elements_numNodes; j++)  
          Elements_Nodes[INDEX2(j,i,num_Elements_numNodes)] = mesh->Nodes->Id[mesh->Elements->Nodes[INDEX2(j,i,num_Elements_numNodes)]];  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Nodes", ncInt, ncdims[3], ncdims[7]) ) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Elements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      if (! (ids->put(&(Elements_Nodes[0]), num_Elements, num_Elements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Elements_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      TMPMEMFREE(Elements_Nodes);  
   
    }  
   
    // // // // // Face_Elements // // // // //  
   
    if (num_FaceElements>0) {  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *FaceElements_Nodes = TMPMEMALLOC(num_FaceElements*num_FaceElements_numNodes,int);  
   
      // FaceElements_Id  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Id", ncInt, ncdims[4])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->FaceElements->Id[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // FaceElements_Tag  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Tag", ncInt, ncdims[4])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->FaceElements->Tag[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // FaceElements_Owner  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Owner", ncInt, ncdims[4])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->FaceElements->Owner[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // FaceElements_Color  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Color", ncInt, ncdims[4])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->FaceElements->Color[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // FaceElements_Nodes  
      for (int i=0; i<num_FaceElements; i++)  
        for (int j=0; j<num_FaceElements_numNodes; j++)  
          FaceElements_Nodes[INDEX2(j,i,num_FaceElements_numNodes)] = mesh->Nodes->Id[mesh->FaceElements->Nodes[INDEX2(j,i,num_FaceElements_numNodes)]];  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Nodes", ncInt, ncdims[4], ncdims[8]) ) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending FaceElements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      if (! (ids->put(&(FaceElements_Nodes[0]), num_FaceElements, num_FaceElements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy FaceElements_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      TMPMEMFREE(FaceElements_Nodes);  
   
    }  
   
    // // // // // Contact_Elements // // // // //  
   
    if (num_ContactElements>0) {  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *ContactElements_Nodes = TMPMEMALLOC(num_ContactElements*num_ContactElements_numNodes,int);  
   
      // ContactElements_Id  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Id", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Id[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Tag  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Tag", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Tag[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Owner  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Owner", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Owner[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Color  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Color", ncInt, ncdims[5])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->ContactElements->Color[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // ContactElements_Nodes  
      for (int i=0; i<num_ContactElements; i++)  
        for (int j=0; j<num_ContactElements_numNodes; j++)  
          ContactElements_Nodes[INDEX2(j,i,num_ContactElements_numNodes)] = mesh->Nodes->Id[mesh->ContactElements->Nodes[INDEX2(j,i,num_ContactElements_numNodes)]];  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Nodes", ncInt, ncdims[5], ncdims[9]) ) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending ContactElements_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      if (! (ids->put(&(ContactElements_Nodes[0]), num_ContactElements, num_ContactElements_numNodes)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy ContactElements_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      TMPMEMFREE(ContactElements_Nodes);  
   
    }  
   
    // // // // // Points // // // // //  
   
    if (num_Points>0) {  
   
      fprintf(stderr, "\n\n\nWARNING: MeshAdapter::dump has not been tested with Point elements\n\n\n");  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *Points_Nodes = TMPMEMALLOC(num_Points,int);  
   
      // Points_Id  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Id", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Id to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Id[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Id to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Tag  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Tag", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Tag to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Tag[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Tag to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Owner  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Owner", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Owner to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Owner[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Owner to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Color  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Color", ncInt, ncdims[6])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Color to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &mesh->Points->Color[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Color to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Points_Nodes  
      // mesh->Nodes->Id[mesh->Points->Nodes[INDEX2(0,i,1)]]  
      for (int i=0; i<num_Points; i++)  
        Points_Nodes[i] = mesh->Nodes->Id[mesh->Points->Nodes[INDEX2(0,i,1)]];  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Nodes", ncInt, ncdims[6]) ) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Points_Nodes to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      if (! (ids->put(&(Points_Nodes[0]), num_Points)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Points_Nodes to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      TMPMEMFREE(Points_Nodes);  
   
    }  
   
    // // // // // TagMap // // // // //  
   
    if (num_Tags>0) {  
   
      // Temp storage to gather node IDs  
      int *Tags_keys = TMPMEMALLOC(num_Tags, int);  
      char name_temp[4096];  
   
      /* Copy tag data into temp arrays */  
      tag_map = mesh->TagMap;  
      if (tag_map) {  
        int i = 0;  
        while (tag_map) {  
     Tags_keys[i++] = tag_map->tag_key;  
         tag_map=tag_map->next;  
        }  
      }  
   
      // Tags_keys  
      if (! ( ids = dataFile.add_var("Tags_keys", ncInt, ncdims[10])) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Tags_keys to netCDF file failed: " + *newFileName);  
      int_ptr = &Tags_keys[0];  
      if (! (ids->put(int_ptr, num_Tags)) )  
         throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: copy Tags_keys to netCDF buffer failed: " + *newFileName);  
   
      // Tags_names_*  
      // This is an array of strings, it should be stored as an array but instead I have hacked in one attribute per string  
      // because the NetCDF manual doesn't tell how to do an array of strings  
      tag_map = mesh->TagMap;  
      if (tag_map) {  
        int i = 0;  
        while (tag_map) {  
          sprintf(name_temp, "Tags_name_%d", i);  
          if (!dataFile.add_att(name_temp, tag_map->name) )  
            throw DataException("Error - MeshAdapter::dump: appending Tags_names_ to NetCDF file failed: " + *newFileName);  
          tag_map=tag_map->next;  
      i++;  
        }  
      }  
148    
149       TMPMEMFREE(Tags_keys);  /* Incoming token indicates it's my turn to write */
150    #ifdef ESYS_MPI
151        if (mpi_rank>0) {
152            MPI_Recv(&num_Tags, 0, MPI_INT, mpi_rank-1, 81800, mesh->MPIInfo->comm, &status);
153        }
154    #endif
155    
156     }      const std::string newFileName(esysUtils::appendRankToFileName(fileName,
157                                                         mpi_size, mpi_rank));
158    
159        // Figure out how much storage is required for tags
160        num_Tags = mesh->tagMap.size();
161    
162        // NetCDF error handler
163        NcError err(NcError::verbose_nonfatal);
164        // Create the file.
165        NcFile dataFile(newFileName.c_str(), NcFile::Replace);
166        string msgPrefix("Error in MeshAdapter::dump: NetCDF operation failed - ");
167        // check if writing was successful
168        if (!dataFile.is_valid())
169            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"Open file for output");
170    
171        // Define dimensions (num_Elements and dim_Elements are identical,
172        // dim_Elements only appears if > 0)
173        if (! (ncdims[0] = dataFile.add_dim("numNodes", numNodes)) )
174            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(numNodes)");
175        if (! (ncdims[1] = dataFile.add_dim("numDim", numDim)) )
176            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(numDim)");
177        if (! (ncdims[2] = dataFile.add_dim("mpi_size_plus_1", mpi_size+1)) )
178            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(mpi_size)");
179        if (num_Elements>0)
180            if (! (ncdims[3] = dataFile.add_dim("dim_Elements", num_Elements)) )
181                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Elements)");
182        if (num_FaceElements>0)
183            if (! (ncdims[4] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements", num_FaceElements)) )
184                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_FaceElements)");
185        if (num_ContactElements>0)
186            if (! (ncdims[5] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements", num_ContactElements)) )
187                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_ContactElements)");
188        if (num_Points>0)
189            if (! (ncdims[6] = dataFile.add_dim("dim_Points", num_Points)) )
190                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Points)");
191        if (num_Elements>0)
192            if (! (ncdims[7] = dataFile.add_dim("dim_Elements_Nodes", num_Elements_numNodes)) )
193                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Elements_Nodes)");
194        if (num_FaceElements>0)
195            if (! (ncdims[8] = dataFile.add_dim("dim_FaceElements_numNodes", num_FaceElements_numNodes)) )
196                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_FaceElements_numNodes)");
197        if (num_ContactElements>0)
198            if (! (ncdims[9] = dataFile.add_dim("dim_ContactElements_numNodes", num_ContactElements_numNodes)) )
199                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_ContactElements_numNodes)");
200        if (num_Tags>0)
201            if (! (ncdims[10] = dataFile.add_dim("dim_Tags", num_Tags)) )
202                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_dim(dim_Tags)");
203    
204        // Attributes: MPI size, MPI rank, Name, order, reduced_order
205        if (!dataFile.add_att("mpi_size", mpi_size))
206            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(mpi_size)");
207        if (!dataFile.add_att("mpi_rank", mpi_rank))
208            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(mpi_rank)");
209        if (!dataFile.add_att("Name",mesh->m_name.c_str()))
210            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Name)");
211        if (!dataFile.add_att("numDim",numDim))
212            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(order)");
213        if (!dataFile.add_att("order",mesh->integrationOrder))
214            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(order)");
215        if (!dataFile.add_att("reduced_order",mesh->reducedIntegrationOrder))
216            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(reduced_order)");
217        if (!dataFile.add_att("numNodes",numNodes))
218            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(numNodes)");
219        if (!dataFile.add_att("num_Elements",num_Elements))
220            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Elements)");
221        if (!dataFile.add_att("num_FaceElements",num_FaceElements))
222            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_FaceElements)");
223        if (!dataFile.add_att("num_ContactElements",num_ContactElements))
224            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_ContactElements)");
225        if (!dataFile.add_att("num_Points",num_Points))
226            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Points)");
227        if (!dataFile.add_att("num_Elements_numNodes",num_Elements_numNodes))
228            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Elements_numNodes)");
229        if (!dataFile.add_att("num_FaceElements_numNodes",num_FaceElements_numNodes) )
230            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_FaceElements_numNodes)");
231        if (!dataFile.add_att("num_ContactElements_numNodes",num_ContactElements_numNodes) )
232            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_ContactElements_numNodes)");
233        if (!dataFile.add_att("Elements_TypeId", mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
234            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Elements_TypeId)");
235        if (!dataFile.add_att("FaceElements_TypeId", mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
236            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(FaceElements_TypeId)");
237        if (!dataFile.add_att("ContactElements_TypeId", mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
238            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(ContactElements_TypeId)");
239        if (!dataFile.add_att("Points_TypeId", mesh->Points->referenceElementSet->referenceElement->Type->TypeId) )
240            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Points_TypeId)");
241        if (!dataFile.add_att("num_Tags", num_Tags) )
242            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(num_Tags)");
243    
244        // // // // // Nodes // // // // //
245    
246        // Nodes nodeDistribution
247        if (! (ids = dataFile.add_var("Nodes_NodeDistribution", ncInt, ncdims[2])) )
248            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_NodeDistribution)");
249        int_ptr = &mesh->Nodes->nodesDistribution->first_component[0];
250        if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )
251            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_NodeDistribution)");
252    
253        // Nodes degreesOfFreedomDistribution
254        if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_DofDistribution", ncInt, ncdims[2])) )
255            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_DofDistribution)");
256        int_ptr = &mesh->Nodes->degreesOfFreedomDistribution->first_component[0];
257        if (! (ids->put(int_ptr, mpi_size+1)) )
258            throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_DofDistribution)");
259    
260        // Only write nodes if non-empty because NetCDF doesn't like empty arrays
261        // (it treats them as NC_UNLIMITED)
262        if (numNodes>0) {
263            // Nodes Id
264            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Id", ncInt, ncdims[0])) )
265                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Id)");
266            int_ptr = &mesh->Nodes->Id[0];
267            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
268                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Id)");
269    
270            // Nodes Tag
271            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Tag", ncInt, ncdims[0])) )
272                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Tag)");
273            int_ptr = &mesh->Nodes->Tag[0];
274            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
275                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Tag)");
276    
277            // Nodes gDOF
278            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gDOF", ncInt, ncdims[0])) )
279                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_gDOF)");
280            int_ptr = &mesh->Nodes->globalDegreesOfFreedom[0];
281            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
282                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_gDOF)");
283    
284            // Nodes global node index
285            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_gNI", ncInt, ncdims[0])) )
286                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_gNI)");
287            int_ptr = &mesh->Nodes->globalNodesIndex[0];
288            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
289                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_gNI)");
290    
291            // Nodes grDof
292            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grDfI", ncInt, ncdims[0])) )
293                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_grDfI)");
294            int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedDOFIndex[0];
295            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
296                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_grDfI)");
297    
298            // Nodes grNI
299            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_grNI", ncInt, ncdims[0])) )
300                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_grNI)");
301            int_ptr = &mesh->Nodes->globalReducedNodesIndex[0];
302            if (! (ids->put(int_ptr, numNodes)) )
303                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_grNI)");
304    
305            // Nodes Coordinates
306            if (! ( ids = dataFile.add_var("Nodes_Coordinates", ncDouble, ncdims[0], ncdims[1]) ) )
307                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Nodes_Coordinates)");
308            if (! (ids->put(&(mesh->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,0,numDim)]), numNodes, numDim)) )
309                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Nodes_Coordinates)");
310        }
311    
312        // // // // // Elements // // // // //
313        if (num_Elements>0) {
314            // Elements_Id
315            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Id", ncInt, ncdims[3])) )
316                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Id)");
317            int_ptr = &mesh->Elements->Id[0];
318            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
319                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Id)");
320    
321            // Elements_Tag
322            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Tag", ncInt, ncdims[3])) )
323                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Tag)");
324            int_ptr = &mesh->Elements->Tag[0];
325            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
326                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Tag)");
327    
328            // Elements_Owner
329            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Owner", ncInt, ncdims[3])) )
330                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Owner)");
331            int_ptr = &mesh->Elements->Owner[0];
332            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
333                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Owner)");
334    
335            // Elements_Color
336            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Color", ncInt, ncdims[3])) )
337                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Color)");
338            int_ptr = &mesh->Elements->Color[0];
339            if (! (ids->put(int_ptr, num_Elements)) )
340                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Color)");
341    
342            // Elements_Nodes
343            if (! ( ids = dataFile.add_var("Elements_Nodes", ncInt, ncdims[3], ncdims[7]) ) )
344                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Elements_Nodes)");
345            if (! (ids->put(&(mesh->Elements->Nodes[0]), num_Elements, num_Elements_numNodes)) )
346                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Elements_Nodes)");
347        }
348    
349        // // // // // Face_Elements // // // // //
350        if (num_FaceElements>0) {
351            // FaceElements_Id
352            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Id", ncInt, ncdims[4])) )
353                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Id)");
354            int_ptr = &mesh->FaceElements->Id[0];
355            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
356                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Id)");
357    
358            // FaceElements_Tag
359            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Tag", ncInt, ncdims[4])) )
360                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Tag)");
361            int_ptr = &mesh->FaceElements->Tag[0];
362            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
363                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Tag)");
364    
365            // FaceElements_Owner
366            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Owner", ncInt, ncdims[4])) )
367                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Owner)");
368            int_ptr = &mesh->FaceElements->Owner[0];
369            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
370                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Owner)");
371    
372            // FaceElements_Color
373            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Color", ncInt, ncdims[4])) )
374                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Color)");
375            int_ptr = &mesh->FaceElements->Color[0];
376            if (! (ids->put(int_ptr, num_FaceElements)) )
377                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Color)");
378    
379            // FaceElements_Nodes
380            if (! ( ids = dataFile.add_var("FaceElements_Nodes", ncInt, ncdims[4], ncdims[8]) ) )
381                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(FaceElements_Nodes)");
382            if (! (ids->put(&(mesh->FaceElements->Nodes[0]), num_FaceElements, num_FaceElements_numNodes)) )
383                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(FaceElements_Nodes)");
384        }
385    
386        // // // // // Contact_Elements // // // // //
387        if (num_ContactElements>0) {
388    
389            // ContactElements_Id
390            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Id", ncInt, ncdims[5])) )
391                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Id)");
392            int_ptr = &mesh->ContactElements->Id[0];
393            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
394                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Id)");
395    
396            // ContactElements_Tag
397            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Tag", ncInt, ncdims[5])) )
398                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Tag)");
399            int_ptr = &mesh->ContactElements->Tag[0];
400            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
401                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Tag)");
402    
403            // ContactElements_Owner
404            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Owner", ncInt, ncdims[5])) )
405                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Owner)");
406            int_ptr = &mesh->ContactElements->Owner[0];
407            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
408                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Owner)");
409    
410            // ContactElements_Color
411            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Color", ncInt, ncdims[5])) )
412                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Color)");
413            int_ptr = &mesh->ContactElements->Color[0];
414            if (! (ids->put(int_ptr, num_ContactElements)) )
415                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Color)");
416    
417            // ContactElements_Nodes
418            if (! ( ids = dataFile.add_var("ContactElements_Nodes", ncInt, ncdims[5], ncdims[9]) ) )
419                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(ContactElements_Nodes)");
420            if (! (ids->put(&(mesh->ContactElements->Nodes[0]), num_ContactElements, num_ContactElements_numNodes)) )
421                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(ContactElements_Nodes)");
422        }
423    
424        // // // // // Points // // // // //
425        if (num_Points>0) {
426            // Points_Id
427            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Id", ncInt, ncdims[6])) )
428                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Id)");
429            int_ptr = &mesh->Points->Id[0];
430            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
431                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Id)");
432    
433            // Points_Tag
434            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Tag", ncInt, ncdims[6])) )
435                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Tag)");
436            int_ptr = &mesh->Points->Tag[0];
437            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
438                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Tag)");
439    
440            // Points_Owner
441            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Owner", ncInt, ncdims[6])) )
442                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Owner)");
443            int_ptr = &mesh->Points->Owner[0];
444            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
445                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Owner)");
446    
447            // Points_Color
448            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Color", ncInt, ncdims[6])) )
449                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Color)");
450            int_ptr = &mesh->Points->Color[0];
451            if (! (ids->put(int_ptr, num_Points)) )
452                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Color)");
453    
454            // Points_Nodes
455            // mesh->Nodes->Id[mesh->Points->Nodes[INDEX2(0,i,1)]]
456            if (! ( ids = dataFile.add_var("Points_Nodes", ncInt, ncdims[6]) ) )
457                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Points_Nodes)");
458            if (! (ids->put(&(mesh->Points->Nodes[0]), num_Points)) )
459                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Points_Nodes)");
460        }
461    
462        // // // // // TagMap // // // // //
463        if (num_Tags>0) {
464            // Temp storage to gather node IDs
465            vector<int> Tags_keys;
466    
467            // Copy tag data into temp arrays
468            TagMap::const_iterator it;
469            for (it=mesh->tagMap.begin(); it!=mesh->tagMap.end(); it++) {
470                Tags_keys.push_back(it->second);
471            }
472    
473            // Tags_keys
474            if (! (ids = dataFile.add_var("Tags_keys", ncInt, ncdims[10])) )
475                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_var(Tags_keys)");
476            int_ptr = &Tags_keys[0];
477            if (! (ids->put(int_ptr, num_Tags)) )
478                throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"put(Tags_keys)");
479    
480            // Tags_names_*
481            // This is an array of strings, it should be stored as an array but
482            // instead I have hacked in one attribute per string because the NetCDF
483            // manual doesn't tell how to do an array of strings
484            int i = 0;
485            for (it=mesh->tagMap.begin(); it!=mesh->tagMap.end(); it++, i++) {
486                stringstream tagnamestream;
487                tagnamestream << "Tags_name_" << i;
488                const string tagname = tagnamestream.str();
489                if (!dataFile.add_att(tagname.c_str(), it->first.c_str()))
490                    throw FinleyAdapterException(msgPrefix+"add_att(Tags_names_X)");
491            }
492        }
493    
494        // Send token to next MPI process so he can take his turn
495    #ifdef ESYS_MPI
496        if (mpi_rank<mpi_size-1) {
497            MPI_Send(&num_Tags, 0, MPI_INT, mpi_rank+1, 81800, mesh->MPIInfo->comm);
498        }
499    #endif
500    
501     // NetCDF file is closed by destructor of NcFile object     // NetCDF file is closed by destructor of NcFile object
502  #else  
503     Finley_setError(IO_ERROR, "MeshAdapter::dump: not configured with NetCDF. Please contact your installation manager.");  #else // USE_NETCDF
504  #endif  /* USE_NETCDF */      setError(IO_ERROR, "MeshAdapter::dump: not configured with netCDF. Please contact your installation manager.");
505     checkFinleyError();  #endif // USE_NETCDF
506        checkFinleyError();
507  }  }
508    
509  string MeshAdapter::getDescription() const  string MeshAdapter::getDescription() const
510  {  {
511    return "FinleyMesh";      return "FinleyMesh";
512  }  }
513    
514  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const
515  {  {
516    FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;      FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;
517    loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);      loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);
518    if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {      if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {
519      return "Invalid function space type code.";          return "Invalid function space type code.";
520    } else {      } else {
521      return loc->second;          return loc->second;
522    }      }
523  }  }
524    
525  bool MeshAdapter::isValidFunctionSpaceType(int functionSpaceType) const  bool MeshAdapter::isValidFunctionSpaceType(int functionSpaceType) const
526  {  {
527    FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;      FunctionSpaceNamesMapType::iterator loc;
528    loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);      loc=m_functionSpaceTypeNames.find(functionSpaceType);
529    return (loc!=m_functionSpaceTypeNames.end());      return (loc!=m_functionSpaceTypeNames.end());
530  }  }
531    
532  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNames()  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNames()
533  {  {
534    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
535      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(DegreesOfFreedom,"Finley_DegreesOfFreedom"));                  DegreesOfFreedom,"Finley_DegreesOfFreedom"));
536    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
537      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedDegreesOfFreedom,"Finley_ReducedDegreesOfFreedom"));                  ReducedDegreesOfFreedom,"Finley_ReducedDegreesOfFreedom"));
538    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
539      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Nodes,"Finley_Nodes"));                  Nodes,"Finley_Nodes"));
540    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
541      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedNodes,"Finley_Reduced_Nodes"));                  ReducedNodes,"Finley_Reduced_Nodes"));
542    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
543      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Elements,"Finley_Elements"));                  Elements,"Finley_Elements"));
544    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
545      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedElements,"Finley_Reduced_Elements"));                  ReducedElements,"Finley_Reduced_Elements"));
546    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
547      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(FaceElements,"Finley_Face_Elements"));                  FaceElements,"Finley_Face_Elements"));
548    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
549      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedFaceElements,"Finley_Reduced_Face_Elements"));                  ReducedFaceElements,"Finley_Reduced_Face_Elements"));
550    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
551      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Points,"Finley_Points"));                  Points,"Finley_Points"));
552    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
553      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0"));                  ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0"));
554    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
555      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsZero,"Finley_Reduced_Contact_Elements_0"));                  ReducedContactElementsZero,"Finley_Reduced_Contact_Elements_0"));
556    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
557      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1"));                  ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1"));
558    m_functionSpaceTypeNames.insert      m_functionSpaceTypeNames.insert(FunctionSpaceNamesMapType::value_type(
559      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsOne,"Finley_Reduced_Contact_Elements_1"));                  ReducedContactElementsOne,"Finley_Reduced_Contact_Elements_1"));
560  }  }
561    
562  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const
563  {  {
564    return Nodes;      return Nodes;
565  }  }
566    
567  int MeshAdapter::getReducedContinuousFunctionCode() const  int MeshAdapter::getReducedContinuousFunctionCode() const
568  {  {
569    return ReducedNodes;      return ReducedNodes;
570  }  }
571    
572  int MeshAdapter::getFunctionCode() const  int MeshAdapter::getFunctionCode() const
573  {  {
574    return Elements;      return Elements;
575  }  }
576    
577  int MeshAdapter::getReducedFunctionCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionCode() const
578  {  {
579    return ReducedElements;      return ReducedElements;
580  }  }
581    
582  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const
583  {  {
584    return FaceElements;      return FaceElements;
585  }  }
586    
587  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnBoundaryCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnBoundaryCode() const
588  {  {
589    return ReducedFaceElements;      return ReducedFaceElements;
590  }  }
591    
592  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const
593  {  {
594    return ContactElementsZero;      return ContactElementsZero;
595  }  }
596    
597  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactZeroCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactZeroCode() const
598  {  {
599    return ReducedContactElementsZero;      return ReducedContactElementsZero;
600  }  }
601    
602  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const
603  {  {
604    return ContactElementsOne;      return ContactElementsOne;
605  }  }
606    
607  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactOneCode() const  int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactOneCode() const
608  {  {
609    return ReducedContactElementsOne;      return ReducedContactElementsOne;
610  }  }
611    
612  int MeshAdapter::getSolutionCode() const  int MeshAdapter::getSolutionCode() const
613  {  {
614    return DegreesOfFreedom;      return DegreesOfFreedom;
615  }  }
616    
617  int MeshAdapter::getReducedSolutionCode() const  int MeshAdapter::getReducedSolutionCode() const
618  {  {
619    return ReducedDegreesOfFreedom;      return ReducedDegreesOfFreedom;
620  }  }
621    
622  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCode() const  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionsCode() const
623  {  {
624    return Points;      return Points;
625  }  }
626    
627  //  //
# Line 638  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo Line 629  int MeshAdapter::getDiracDeltaFunctionCo
629  //  //
630  int MeshAdapter::getDim() const  int MeshAdapter::getDim() const
631  {  {
632    int numDim=Finley_Mesh_getDim(m_finleyMesh.get());      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
633    checkFinleyError();      return mesh->getDim();
634    return numDim;  }
635    
636    //
637    // Return the number of data points summed across all MPI processes
638    //
639    int MeshAdapter::getNumDataPointsGlobal() const
640    {
641        return m_finleyMesh.get()->Nodes->getGlobalNumNodes();
642  }  }
643    
644  //  //
# Line 649  int MeshAdapter::getDim() const Line 647  int MeshAdapter::getDim() const
647  //  //
648  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(int functionSpaceCode) const  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(int functionSpaceCode) const
649  {  {
650     int numDataPointsPerSample=0;      int numDataPointsPerSample=0;
651     int numSamples=0;      int numSamples=0;
652     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
653     switch (functionSpaceCode) {      switch (functionSpaceCode) {
654        case(Nodes):          case Nodes:
655             numDataPointsPerSample=1;              numDataPointsPerSample=1;
656             numSamples=Finley_NodeFile_getNumNodes(mesh->Nodes);              numSamples=mesh->Nodes->getNumNodes();
657             break;              break;
658        case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
659             numDataPointsPerSample=1;              numDataPointsPerSample=1;
660             numSamples=Finley_NodeFile_getNumReducedNodes(mesh->Nodes);              numSamples=mesh->Nodes->getNumReducedNodes();
661             break;              break;
662        case(Elements):          case Elements:
663             if (mesh->Elements!=NULL) {              if (mesh->Elements!=NULL) {
664               numSamples=mesh->Elements->numElements;                  numSamples=mesh->Elements->numElements;
665               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
666             }              }
667             break;              break;
668        case(ReducedElements):          case ReducedElements:
669             if (mesh->Elements!=NULL) {              if (mesh->Elements!=NULL) {
670               numSamples=mesh->Elements->numElements;                  numSamples=mesh->Elements->numElements;
671               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->Elements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
672             }              }
673             break;              break;
674        case(FaceElements):          case FaceElements:
675             if (mesh->FaceElements!=NULL) {              if (mesh->FaceElements!=NULL) {
676                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
677                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
678             }              }
679             break;              break;
680        case(ReducedFaceElements):          case ReducedFaceElements:
681             if (mesh->FaceElements!=NULL) {              if (mesh->FaceElements!=NULL) {
682                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
683                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
684             }              }
685             break;              break;
686        case(Points):          case Points:
687             if (mesh->Points!=NULL) {              if (mesh->Points!=NULL) {
688               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
689               numSamples=mesh->Points->numElements;                  numSamples=mesh->Points->numElements;
690             }              }
691             break;              break;
692        case(ContactElementsZero):          case ContactElementsZero:
693             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
694               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
695               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
696             }              }
697             break;              break;
698        case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedContactElementsZero:
699             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
700               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
701               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
702             }              }
703             break;              break;
704        case(ContactElementsOne):          case ContactElementsOne:
705             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
706               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElement->Parametrization->numQuadNodes;
707               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
708             }              }
709             break;              break;
710        case(ReducedContactElementsOne):          case ReducedContactElementsOne:
711             if (mesh->ContactElements!=NULL) {              if (mesh->ContactElements!=NULL) {
712               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->referenceElementSet->referenceElementReducedQuadrature->Parametrization->numQuadNodes;
713               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;                  numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
714             }              }
715             break;              break;
716        case(DegreesOfFreedom):          case DegreesOfFreedom:
717             if (mesh->Nodes!=NULL) {              if (mesh->Nodes!=NULL) {
718               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
719               numSamples=Finley_NodeFile_getNumDegreesOfFreedom(mesh->Nodes);                  numSamples=mesh->Nodes->getNumDegreesOfFreedom();
720             }              }
721             break;              break;
722        case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
723             if (mesh->Nodes!=NULL) {              if (mesh->Nodes!=NULL) {
724               numDataPointsPerSample=1;                  numDataPointsPerSample=1;
725               numSamples=Finley_NodeFile_getNumReducedDegreesOfFreedom(mesh->Nodes);                  numSamples=mesh->Nodes->getNumReducedDegreesOfFreedom();
726             }              }
727             break;              break;
728        default:          default:
729          stringstream temp;              stringstream temp;
730          temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceCode << " for domain: " << getDescription();              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceCode << " for domain: " << getDescription();
731          throw FinleyAdapterException(temp.str());              throw FinleyAdapterException(temp.str());
732          break;              break;
733        }      }
734        return pair<int,int>(numDataPointsPerSample,numSamples);      return pair<int,int>(numDataPointsPerSample,numSamples);
735  }  }
736    
737  //  //
738  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right hand side:  // adds linear PDE of second order into a given stiffness matrix and right
739    // hand side:
740  //  //
741  void MeshAdapter::addPDEToSystem(  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
742                       SystemMatrixAdapter& mat, escript::Data& rhs,          escript::AbstractSystemMatrix& mat, escript::Data& rhs,
743                       const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,          const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,
744                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,          const escript::Data& D, const escript::Data& X, const escript::Data& Y,
745                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const          const escript::Data& d, const escript::Data& y,
746  {          const escript::Data& d_contact, const escript::Data& y_contact,
747     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();          const escript::Data& d_dirac, const escript::Data& y_dirac) const
748     escriptDataC _A  =A.getDataC();  {
749     escriptDataC _B=B.getDataC();      SystemMatrixAdapter* smat=dynamic_cast<SystemMatrixAdapter*>(&mat);
750     escriptDataC _C=C.getDataC();      if (!smat)
751     escriptDataC _D=D.getDataC();          throw FinleyAdapterException("finley only supports Paso system matrices.");
752     escriptDataC _X=X.getDataC();  
753     escriptDataC _Y=Y.getDataC();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
754     escriptDataC _d=d.getDataC();      Paso_SystemMatrix* S = smat->getPaso_SystemMatrix();
755     escriptDataC _y=y.getDataC();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, S, rhs, A, B, C, D, X, Y);
756     escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();      checkFinleyError();
757     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();  
   
    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   
    Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );  
    checkFinleyError();  
   
    Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );  
    checkFinleyError();  
   
    Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );  
    checkFinleyError();  
 }  
   
 void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(  
                      escript::Data& mat,  
                      const escript::Data& D,  
                      const escript::Data& d) const  
 {  
    escriptDataC _mat=mat.getDataC();  
    escriptDataC _D=D.getDataC();  
    escriptDataC _d=d.getDataC();  
758    
759     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, S, rhs,
760                escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), d,
761                escript::Data(), y);
762        checkFinleyError();
763    
764     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_mat, &_D);      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, S, rhs,
765     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_mat, &_d);              escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), d_contact,
766                escript::Data(), y_contact);
767        checkFinleyError();
768    
769     checkFinleyError();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, S, rhs, escript::Data(),
770                escript::Data(), escript::Data(), d_dirac, escript::Data(), y_dirac);
771        checkFinleyError();
772  }  }
773    
774    void MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(escript::Data& mat,
775            const escript::Data& D, const escript::Data& d,
776            const escript::Data& d_dirac, const bool useHRZ) const
777    {
778        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
779        Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->Elements, mat, D, useHRZ);
780        checkFinleyError();
781    
782        Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, mat, d, useHRZ);
783        checkFinleyError();
784    
785        Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes, mesh->Points, mat, d_dirac, useHRZ);
786        checkFinleyError();
787    }
788    
789  //  //
790  // adds linear PDE of second order into the right hand side only  // adds linear PDE of second order into the right hand side only
791  //  //
792  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::Data& rhs, const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y, const escript::Data& y, const escript::Data& y_contact) const  void MeshAdapter::addPDEToRHS(escript::Data& rhs, const escript::Data& X,
793  {          const escript::Data& Y, const escript::Data& y,
794     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();          const escript::Data& y_contact, const escript::Data& y_dirac) const
795    {
796     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
797     escriptDataC _X=X.getDataC();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, 0, rhs,
798     escriptDataC _Y=Y.getDataC();              escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
799     escriptDataC _y=y.getDataC();              X, Y);
800     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();      checkFinleyError();
801    
802     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, &_X, &_Y );      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, 0, rhs,
803     checkFinleyError();              escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
804                escript::Data(), y);
805        checkFinleyError();
806    
807     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y );      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, 0, rhs,
808     checkFinleyError();              escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
809                escript::Data(), escript::Data(), y_contact);
810        checkFinleyError();
811    
812     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, 0, &_rhs , 0, 0, 0, 0, 0, &_y_contact );      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, 0, rhs,
813     checkFinleyError();              escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
814                escript::Data(), y_dirac);
815        checkFinleyError();
816  }  }
817    
818  //  //
819  // adds PDE of second order into a transport problem  // adds PDE of second order into a transport problem
820  //  //
821  void MeshAdapter::addPDEToTransportProblem(  void MeshAdapter::addPDEToTransportProblem(
822                       TransportProblemAdapter& tp, escript::Data& source, const escript::Data& M,          escript::AbstractTransportProblem& tp, escript::Data& source,
823                       const escript::Data& A, const escript::Data& B, const escript::Data& C,const  escript::Data& D,const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y,          const escript::Data& M, const escript::Data& A, const escript::Data& B,
824                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,          const escript::Data& C, const escript::Data& D, const escript::Data& X,
825                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const          const escript::Data& Y, const escript::Data& d, const escript::Data& y,
826  {          const escript::Data& d_contact, const escript::Data& y_contact,
827     DataArrayView::ShapeType shape;          const escript::Data& d_dirac, const escript::Data& y_dirac) const
828     source.expand();  {
829     escript:: Data tmp(0.0,M.getDataPointShape(),tp.getFunctionSpace(),true);      TransportProblemAdapter* tpa=dynamic_cast<TransportProblemAdapter*>(&tp);
830     escriptDataC _source=source.getDataC();      if (!tpa)
831     escriptDataC _tmp=tmp.getDataC();          throw FinleyAdapterException("finley only supports Paso transport problems.");
832     escriptDataC _M=M.getDataC();  
833     escriptDataC _A=A.getDataC();      source.expand();
834     escriptDataC _B=B.getDataC();  
835     escriptDataC _C=C.getDataC();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
836     escriptDataC _D=D.getDataC();      Paso_TransportProblem* _tp = tpa->getPaso_TransportProblem();
837     escriptDataC _X=X.getDataC();  
838     escriptDataC _Y=Y.getDataC();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, _tp->mass_matrix, source,
839     escriptDataC _d=d.getDataC();                          escript::Data(), escript::Data(), escript::Data(),
840     escriptDataC _y=y.getDataC();                          M, escript::Data(), escript::Data());
841     escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();      checkFinleyError();
842     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();  
843        Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Elements, _tp->transport_matrix,
844     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();                          source, A, B, C, D, X, Y);
845     Paso_FCTransportProblem* _tp = tp.getPaso_FCTransportProblem();      checkFinleyError();
846      
847        Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, _tp->transport_matrix,
848     Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_tmp, &_M);                          source, escript::Data(), escript::Data(),
849     checkFinleyError();                          escript::Data(), d, escript::Data(), y);
850     /* add mass matix to lumped mass matrix of transport problem */      checkFinleyError();
851     double* tmp_prt=getSampleData(&_tmp,0);  
852     int i;      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->ContactElements,
853     int n=Paso_FCTransportProblem_getTotalNumRows(_tp);                          _tp->transport_matrix, source, escript::Data(),
854     #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)                          escript::Data(), escript::Data(), d_contact,
855     for (i=0;i<n ;++i) _tp->lumped_mass_matrix[i]+=tmp_prt[i];                          escript::Data(), y_contact);
856        checkFinleyError();
857     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,_tp->transport_matrix, &_source, &_A, 0, 0, &_D, &_X, &_Y );  
858     checkFinleyError();      Assemble_PDE(mesh->Nodes, mesh->Points, _tp->transport_matrix,
859                            source, escript::Data(), escript::Data(),
860     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,_tp->flux_matrix, &_source, 0, &_B, &_C, 0, 0, 0 );                          escript::Data(), d_dirac, escript::Data(), y_dirac);
861     checkFinleyError();      checkFinleyError();
862    }
863     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, _tp->transport_matrix, &_source, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );  
864     checkFinleyError();  //
865    // interpolates data between different function spaces
866     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, _tp->transport_matrix, &_source , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );  //
867     checkFinleyError();  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(escript::Data& target, const escript::Data& in) const
868  }  {
869        const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(in.getFunctionSpace().getDomain()));
870  //      const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(target.getFunctionSpace().getDomain()));
871  // interpolates data between different function spaces:      if (inDomain!=*this)
872  //          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");
873  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(escript::Data& target,const escript::Data& in) const      if (targetDomain!=*this)
874  {          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");
875    const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(in.getFunctionSpace().getDomain());  
876    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
877    if (inDomain!=*this)        switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
878      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");          case Nodes:
879    if (targetDomain!=*this)              switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
880      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");                  case Nodes:
881                    case ReducedNodes:
882    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();                  case DegreesOfFreedom:
883    escriptDataC _target=target.getDataC();                  case ReducedDegreesOfFreedom:
884    escriptDataC _in=in.getDataC();                      Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
885    switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {                      break;
886       case(Nodes):                  case Elements:
887          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {                  case ReducedElements:
888             case(Nodes):                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in,target);
889             case(ReducedNodes):                      break;
890             case(DegreesOfFreedom):                  case FaceElements:
891             case(ReducedDegreesOfFreedom):                  case ReducedFaceElements:
892                 Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
893                 break;                      break;
894             case(Elements):                  case Points:
895             case(ReducedElements):                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
896                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                      break;
897                 break;                  case ContactElementsZero:
898             case(FaceElements):                  case ReducedContactElementsZero:
899             case(ReducedFaceElements):                  case ContactElementsOne:
900                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                  case ReducedContactElementsOne:
901                 break;                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
902             case(Points):                      break;
903                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);                  default:
904                 break;                      stringstream temp;
905             case(ContactElementsZero):                      temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
906             case(ReducedContactElementsZero):                      throw FinleyAdapterException(temp.str());
907                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                      break;
908                 break;              }
909             case(ContactElementsOne):              break;
910             case(ReducedContactElementsOne):          case ReducedNodes:
911                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);              switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
912                 break;                  case Nodes:
913             default:                  case ReducedNodes:
914                 stringstream temp;                  case DegreesOfFreedom:
915                 temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();                  case ReducedDegreesOfFreedom:
916                 throw FinleyAdapterException(temp.str());                      Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
917                 break;                      break;
918          }                  case Elements:
919          break;                  case ReducedElements:
920       case(ReducedNodes):                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in, target);
921          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {                      break;
922             case(Nodes):                  case FaceElements:
923             case(ReducedNodes):                  case ReducedFaceElements:
924             case(DegreesOfFreedom):                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
925             case(ReducedDegreesOfFreedom):                      break;
926                 Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                  case Points:
927                 break;                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
928             case(Elements):                      break;
929             case(ReducedElements):                  case ContactElementsZero:
930                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                  case ReducedContactElementsZero:
931                 break;                  case ContactElementsOne:
932             case(FaceElements):                  case ReducedContactElementsOne:
933             case(ReducedFaceElements):                      Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
934                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                      break;
935                 break;                  default:
936             case(Points):                      stringstream temp;
937                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);                      temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
938                 break;                      throw FinleyAdapterException(temp.str());
939             case(ContactElementsZero):                      break;
940             case(ReducedContactElementsZero):              }
941                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);              break;
942                 break;          case Elements:
943             case(ContactElementsOne):              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {
944             case(ReducedContactElementsOne):                  Assemble_CopyElementData(mesh->Elements, target, in);
945                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);              } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
946                 break;                  Assemble_AverageElementData(mesh->Elements, target, in);
947             default:              } else {
948                 stringstream temp;                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");
949                 temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();              }
950                 throw FinleyAdapterException(temp.str());              break;
951                 break;          case ReducedElements:
952          }              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
953          break;                  Assemble_CopyElementData(mesh->Elements, target, in);
954       case(Elements):              } else {
955          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements with reduced integration order possible.");
956             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);              }
957          } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {              break;
958             Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);          case FaceElements:
959          } else {              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {
960             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");                  Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements, target, in);
961          }              } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
962          break;                  Assemble_AverageElementData(mesh->FaceElements, target, in);
963       case(ReducedElements):              } else {
964          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");
965             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);              }
966          } else {              break;
967             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements with reduced integration order possible.");          case ReducedFaceElements:
968          }              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
969          break;                  Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements, target, in);
970       case(FaceElements):              } else {
971          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements with reduced integration order possible.");
972             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);              }
973          } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {              break;
974             Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);          case Points:
975          } else {              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {
976             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");                  Assemble_CopyElementData(mesh->Points, target, in);
977          }              } else {
978          break;                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");
979       case(ReducedFaceElements):              }
980          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {              break;
981             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);          case ContactElementsZero:
982          } else {          case ContactElementsOne:
983             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements with reduced integration order possible.");              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {
984         }                  Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements, target, in);
985         break;              } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
986       case(Points):                  Assemble_AverageElementData(mesh->ContactElements, target, in);
987          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {              } else {
988             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Points,&_target,&_in);                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");
989          } else {              }
990             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");              break;
991          }          case ReducedContactElementsZero:
992          break;          case ReducedContactElementsOne:
993       case(ContactElementsZero):              if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
994       case(ContactElementsOne):                  Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements, target, in);
995          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {              } else {
996             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);                  throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements with reduced integration order possible.");
997          } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {              }
998             Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);              break;
999          } else {          case DegreesOfFreedom:
1000             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");              switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1001          }                  case ReducedDegreesOfFreedom:
1002          break;                  case DegreesOfFreedom:
1003       case(ReducedContactElementsZero):                      Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
1004       case(ReducedContactElementsOne):                      break;
1005          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {  
1006             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);                  case Nodes:
1007          } else {                  case ReducedNodes:
1008             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements with reduced integration order possible.");                      if (getMPISize()>1) {
1009          }                          escript::Data in2=escript::Data(in);
1010          break;                          in2.expand();
1011       case(DegreesOfFreedom):                                Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in2);
1012          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {                      } else {
1013             case(ReducedDegreesOfFreedom):                          Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
1014             case(DegreesOfFreedom):                      }
1015                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                      break;
1016                break;                  case Elements:
1017                    case ReducedElements:
1018             case(Nodes):                      if (getMPISize()>1) {
1019             case(ReducedNodes):                          escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1020                if (getMPISize()>1) {                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in2, target);
1021                    escript::Data temp=escript::Data(in);                      } else {
1022                    temp.expand();                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in, target);
1023                    escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                      }
1024                    Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);                      break;
1025                } else {                  case FaceElements:
1026                    Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                  case ReducedFaceElements:
1027                }                      if (getMPISize()>1) {
1028                break;                          escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1029             case(Elements):                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in2, target);
1030             case(ReducedElements):                      } else {
1031                if (getMPISize()>1) {                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
1032                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                      }
1033                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                      break;
1034                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);                  case Points:
1035                } else {                      if (getMPISize()>1) {
1036                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                          //escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this) );
1037                }                      } else {
1038                break;                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
1039             case(FaceElements):                      }
1040             case(ReducedFaceElements):                      break;
1041                if (getMPISize()>1) {                  case ContactElementsZero:
1042                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                  case ContactElementsOne:
1043                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                  case ReducedContactElementsZero:
1044                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);                  case ReducedContactElementsOne:
1045                        if (getMPISize()>1) {
1046                } else {                          escript::Data in2=escript::Data(in, continuousFunction(*this));
1047                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in2, target);
1048                }                      } else {
1049                break;                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
1050             case(Points):                      }
1051                if (getMPISize()>1) {                      break;
1052                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                  default:
1053                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                      stringstream temp;
1054                } else {                      temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
1055                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);                      throw FinleyAdapterException(temp.str());
1056                }              }
1057                break;              break;
1058             case(ContactElementsZero):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1059             case(ContactElementsOne):              switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1060             case(ReducedContactElementsZero):                  case Nodes:
1061             case(ReducedContactElementsOne):                      throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");
1062                if (getMPISize()>1) {                  case ReducedNodes:
1063                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                      if (getMPISize()>1) {
1064                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                          escript::Data in2=escript::Data(in);
1065                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);                          in2.expand();
1066                } else {                          Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in2);
1067                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);                      } else {
1068                }                          Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
1069               break;                      }
1070             default:                      break;
1071               stringstream temp;                  case DegreesOfFreedom:
1072               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();                      throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");
1073               throw FinleyAdapterException(temp.str());                      break;
1074               break;                  case ReducedDegreesOfFreedom:
1075          }                      Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes, target, in);
1076          break;                      break;
1077       case(ReducedDegreesOfFreedom):                  case Elements:
1078         switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {                  case ReducedElements:
1079            case(Nodes):                      if (getMPISize()>1) {
1080               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");                          escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this) );
1081               break;                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in2, target);
1082            case(ReducedNodes):                      } else {
1083                if (getMPISize()>1) {                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Elements, in, target);
1084                    escript::Data temp=escript::Data(in);                      }
1085                    temp.expand();                      break;
1086                    escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                  case FaceElements:
1087                    Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in2);                  case ReducedFaceElements:
1088                } else {                      if (getMPISize()>1) {
1089                    Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                          escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this) );
1090                }                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in2, target);
1091                break;                      } else {
1092            case(DegreesOfFreedom):                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, in, target);
1093               throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");                      }
1094               break;                      break;
1095            case(ReducedDegreesOfFreedom):                  case Points:
1096               Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);                      if (getMPISize()>1) {
1097               break;                          escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this));
1098            case(Elements):                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in2, target);
1099            case(ReducedElements):                      } else {
1100                if (getMPISize()>1) {                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->Points, in, target);
1101                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                      }
1102                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                      break;
1103                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in2,&_target);                  case ContactElementsZero:
1104                } else {                  case ContactElementsOne:
1105                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);                  case ReducedContactElementsZero:
1106               }                  case ReducedContactElementsOne:
1107               break;                      if (getMPISize()>1) {
1108            case(FaceElements):                          escript::Data in2=escript::Data(in, reducedContinuousFunction(*this));
1109            case(ReducedFaceElements):                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in2, target);
1110                if (getMPISize()>1) {                      } else {
1111                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );                          Assemble_interpolate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, in, target);
1112                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();                      }
1113                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in2,&_target);                      break;
1114                } else {                  default:
1115                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);                      stringstream temp;
1116                }                      temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
1117               break;                      throw FinleyAdapterException(temp.str());
1118            case(Points):                      break;
1119                if (getMPISize()>1) {              }
1120                   escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );              break;
1121                   escriptDataC _in2 = temp.getDataC();          default:
1122                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in2,&_target);              stringstream temp;
1123                } else {              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type %d" << in.getFunctionSpace().getTypeCode();
1124                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1125               }              break;
1126               break;      }
1127            case(ContactElementsZero):      checkFinleyError();
           case(ContactElementsOne):  
           case(ReducedContactElementsZero):  
           case(ReducedContactElementsOne):  
               if (getMPISize()>1) {  
                  escript::Data temp=escript::Data( in,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
                  escriptDataC _in2 = temp.getDataC();  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in2,&_target);  
               } else {  
                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);  
              }  
              break;  
           default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
              break;  
        }  
        break;  
      default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type %d" << in.getFunctionSpace().getTypeCode();  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1128  }  }
1129    
1130  //  //
1131  // copies the locations of sample points into x:  // copies the locations of sample points into x
1132  //  //
1133  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& arg) const  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& arg) const
1134  {  {
1135    const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());      const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1136    if (argDomain!=*this)      if (argDomain!=*this)
1137       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of data point locations");          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of data point locations");
1138    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1139    // in case of values node coordinates we can do the job directly:      // in case of appropriate function space we can do the job directly:
1140    if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {      if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {
1141       escriptDataC _arg=arg.getDataC();          Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes, arg);
1142       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_arg);      } else {
1143    } else {          escript::Data tmp_data=Vector(0., continuousFunction(*this), true);
1144       escript::Data tmp_data=Vector(0.0,continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()),true);          Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes, tmp_data);
1145       escriptDataC _tmp_data=tmp_data.getDataC();          // this is then interpolated onto arg:
1146       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_tmp_data);          interpolateOnDomain(arg, tmp_data);
1147       // this is then interpolated onto arg:      }
1148       interpolateOnDomain(arg,tmp_data);      checkFinleyError();
   }  
   checkFinleyError();  
1149  }  }
1150    
1151  //  //
1152  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object:  // return the normal vectors at the location of data points as a Data object
1153  //  //
1154  void MeshAdapter::setToNormal(escript::Data& normal) const  void MeshAdapter::setToNormal(escript::Data& normal) const
1155  {  {
1156    const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(normal.getFunctionSpace().getDomain());      const MeshAdapter& normalDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(normal.getFunctionSpace().getDomain()));
1157    if (normalDomain!=*this)      if (normalDomain!=*this)
1158       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");
1159    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1160    escriptDataC _normal=normal.getDataC();      switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1161    switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          case Nodes:
1162      case(Nodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");
1163        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");              break;
1164        break;          case ReducedNodes:
1165      case(ReducedNodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced nodes");
1166        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced nodes");              break;
1167        break;          case Elements:
1168      case(Elements):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");
1169        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");              break;
1170        break;          case ReducedElements:
1171      case(ReducedElements):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements with reduced integration order");
1172        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements with reduced integration order");              break;
1173        break;          case FaceElements:
1174      case (FaceElements):          case ReducedFaceElements:
1175        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);              Assemble_getNormal(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, normal);
1176        break;              break;
1177      case (ReducedFaceElements):          case Points:
1178        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");
1179        break;              break;
1180      case(Points):          case ContactElementsOne:
1181        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");          case ContactElementsZero:
1182        break;          case ReducedContactElementsOne:
1183      case (ContactElementsOne):          case ReducedContactElementsZero:
1184      case (ContactElementsZero):              Assemble_getNormal(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, normal);
1185        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);              break;
1186        break;          case DegreesOfFreedom:
1187      case (ReducedContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");
1188      case (ReducedContactElementsZero):              break;
1189        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);          case ReducedDegreesOfFreedom:
1190        break;              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced degrees of freedom.");
1191      case(DegreesOfFreedom):              break;
1192        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");          default:
1193        break;              stringstream temp;
1194      case(ReducedDegreesOfFreedom):              temp << "Error - Normal Vectors: Finley does not know anything about function space type " << normal.getFunctionSpace().getTypeCode();
1195        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced degrees of freedom.");              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1196        break;              break;
1197      default:      }
1198        stringstream temp;      checkFinleyError();
       temp << "Error - Normal Vectors: Finley does not know anything about function space type " << normal.getFunctionSpace().getTypeCode();  
       throw FinleyAdapterException(temp.str());  
       break;  
   }  
   checkFinleyError();  
 }  
   
 //  
 // interpolates data to other domain:  
 //  
 void MeshAdapter::interpolateACross(escript::Data& target,const escript::Data& source) const  
 {  
   const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());  
   if (targetDomain!=*this)  
      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target");  
   
   throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not allow interpolation across domains yet.");  
 }  
   
 //  
 // calculates the integral of a function defined of arg:  
 //  
 void MeshAdapter::setToIntegrals(std::vector<double>& integrals,const escript::Data& arg) const  
 {  
   const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());  
   if (argDomain!=*this)  
      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");  
   
   double blocktimer_start = blocktimer_time();  
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   escriptDataC _temp;  
   escript::Data temp;  
   escriptDataC _arg=arg.getDataC();  
   switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
      case(Nodes):  
         temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );  
         _temp=temp.getDataC();  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);  
         break;  
      case(ReducedNodes):  
         temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );  
         _temp=temp.getDataC();  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);  
         break;  
      case(Elements):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(ReducedElements):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(FaceElements):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(ReducedFaceElements):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(Points):  
         throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");  
         break;  
      case(ContactElementsZero):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(ReducedContactElementsZero):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(ContactElementsOne):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(ReducedContactElementsOne):  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);  
         break;  
      case(DegreesOfFreedom):  
         temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );  
         _temp=temp.getDataC();  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);  
         break;  
      case(ReducedDegreesOfFreedom):  
         temp=escript::Data( arg, function(asAbstractContinuousDomain()) );  
         _temp=temp.getDataC();  
         Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_temp,&integrals[0]);  
         break;  
      default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Integrals: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
   }  
   checkFinleyError();  
   blocktimer_increment("integrate()", blocktimer_start);  
 }  
   
 //  
 // calculates the gradient of arg:  
 //  
 void MeshAdapter::setToGradient(escript::Data& grad,const escript::Data& arg) const  
 {  
   const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(arg.getFunctionSpace().getDomain());  
   if (argDomain!=*this)  
     throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient argument");  
   const MeshAdapter& gradDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(grad.getFunctionSpace().getDomain());  
   if (gradDomain!=*this)  
      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");  
   
   Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  
   escriptDataC _grad=grad.getDataC();  
   escriptDataC nodeDataC;  
   escript::Data temp;  
   if (getMPISize()>1) {  
       if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == DegreesOfFreedom ) {  
         temp=escript::Data( arg,  continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
         nodeDataC = temp.getDataC();  
       } else if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom ) {  
         temp=escript::Data( arg,  reducedContinuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );  
         nodeDataC = temp.getDataC();  
       } else {  
         nodeDataC = arg.getDataC();  
       }  
   } else {  
      nodeDataC = arg.getDataC();  
   }  
   switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {  
        case(Nodes):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");  
           break;  
        case(ReducedNodes):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced nodes is not supported.");  
           break;  
        case(Elements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedElements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(FaceElements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedFaceElements):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(Points):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");  
           break;  
        case(ContactElementsZero):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedContactElementsZero):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ContactElementsOne):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(ReducedContactElementsOne):  
           Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);  
           break;  
        case(DegreesOfFreedom):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");  
           break;  
        case(ReducedDegreesOfFreedom):  
           throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced degrees of freedom is not supported.");  
           break;  
        default:  
           stringstream temp;  
           temp << "Error - Gradient: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();  
           throw FinleyAdapterException(temp.str());  
           break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1199  }  }
1200    
1201  //  //
1202  // returns the size of elements:  // interpolates data to other domain
1203    //
1204    void MeshAdapter::interpolateACross(escript::Data& target, const escript::Data& source) const
1205    {
1206        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not allow interpolation across domains.");
1207    }
1208    
1209    //
1210    // calculates the integral of a function defined on arg
1211    //
1212    void MeshAdapter::setToIntegrals(vector<double>& integrals, const escript::Data& arg) const
1213    {
1214        const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1215        if (argDomain!=*this)
1216            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");
1217    
1218        double blocktimer_start = blocktimer_time();
1219        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1220        switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1221            case Nodes:
1222                {
1223                    escript::Data temp(arg, escript::function(*this));
1224                    Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, temp, &integrals[0]);
1225                }
1226                break;
1227            case ReducedNodes:
1228                {
1229                    escript::Data temp(arg, escript::function(*this));
1230                    Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, temp, &integrals[0]);
1231                }
1232                break;
1233            case Elements:
1234            case ReducedElements:
1235                Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, arg, &integrals[0]);
1236                break;
1237            case FaceElements:
1238            case ReducedFaceElements:
1239                Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, arg, &integrals[0]);
1240                break;
1241            case Points:
1242                throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");
1243                break;
1244            case ContactElementsZero:
1245            case ReducedContactElementsZero:
1246            case ContactElementsOne:
1247            case ReducedContactElementsOne:
1248                Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, arg, &integrals[0]);
1249                break;
1250            case DegreesOfFreedom:
1251            case ReducedDegreesOfFreedom:
1252                {
1253                    escript::Data temp(arg, escript::function(*this));
1254                    Assemble_integrate(mesh->Nodes, mesh->Elements, temp, &integrals[0]);
1255                }
1256                break;
1257            default:
1258                stringstream temp;
1259                temp << "Error - Integrals: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1260                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1261                break;
1262        }
1263        checkFinleyError();
1264        blocktimer_increment("integrate()", blocktimer_start);
1265    }
1266    
1267    //
1268    // calculates the gradient of arg
1269    //
1270    void MeshAdapter::setToGradient(escript::Data& grad, const escript::Data& arg) const
1271    {
1272        const MeshAdapter& argDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(arg.getFunctionSpace().getDomain()));
1273        if (argDomain!=*this)
1274            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient argument");
1275        const MeshAdapter& gradDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(grad.getFunctionSpace().getDomain()));
1276        if (gradDomain!=*this)
1277            throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");
1278    
1279        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1280        escript::Data nodeData;
1281        if (getMPISize()>1) {
1282            if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == DegreesOfFreedom) {
1283                nodeData=escript::Data(arg, continuousFunction(*this));
1284            } else if(arg.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
1285                nodeData=escript::Data(arg, reducedContinuousFunction(*this));
1286            } else {
1287                nodeData = arg;
1288            }
1289        } else {
1290            nodeData = arg;
1291        }
1292        switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1293            case Nodes:
1294                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");
1295                break;
1296            case ReducedNodes:
1297                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced nodes is not supported.");
1298                break;
1299            case Elements:
1300            case ReducedElements:
1301                Assemble_gradient(mesh->Nodes, mesh->Elements, grad, nodeData);
1302                break;
1303            case FaceElements:
1304            case ReducedFaceElements:
1305                Assemble_gradient(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, grad, nodeData);
1306                break;
1307            case Points:
1308                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");
1309                break;
1310            case ContactElementsZero:
1311            case ReducedContactElementsZero:
1312            case ContactElementsOne:
1313            case ReducedContactElementsOne:
1314                Assemble_gradient(mesh->Nodes, mesh->ContactElements, grad, nodeData);
1315                break;
1316            case DegreesOfFreedom:
1317                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");
1318                break;
1319            case ReducedDegreesOfFreedom:
1320                throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced degrees of freedom is not supported.");
1321                break;
1322            default:
1323                stringstream temp;
1324                temp << "Error - Gradient: Finley does not know anything about function space type " << arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1325                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1326                break;
1327        }
1328        checkFinleyError();
1329    }
1330    
1331    //
1332    // returns the size of elements
1333  //  //
1334  void MeshAdapter::setToSize(escript::Data& size) const  void MeshAdapter::setToSize(escript::Data& size) const
1335  {  {
1336    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1337    escriptDataC tmp=size.getDataC();      switch(size.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
1338    switch(size.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          case Nodes:
1339         case(Nodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");
1340            throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");              break;
1341            break;          case ReducedNodes:
1342         case(ReducedNodes):              throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced nodes is not supported.");
1343            throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced nodes is not supported.");              break;
1344            break;          case Elements:
1345         case(Elements):          case ReducedElements:
1346            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);              Assemble_getSize(mesh->Nodes, mesh->Elements, size);
1347            break;              break;
1348         case(ReducedElements):          case FaceElements:
1349            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);          case ReducedFaceElements:
1350            break;              Assemble_getSize(mesh->Nodes, mesh->FaceElements, size);
1351         case(FaceElements):              break;
1352            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);          case Points:
1353            break;              throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");
1354         case(ReducedFaceElements):              break;
1355            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);          case ContactElementsZero:
1356            break;          case ContactElementsOne:
1357         case(Points):          case ReducedContactElementsZero:
1358            throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");          case ReducedContactElementsOne:
1359            break;              Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,size);
1360         case(ContactElementsZero):              break;
1361         case(ContactElementsOne):          case DegreesOfFreedom:
1362            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);              throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");
1363            break;              break;
1364         case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1365         case(ReducedContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced degrees of freedom is not supported.");
1366            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);              break;
1367            break;          default:
1368         case(DegreesOfFreedom):              stringstream temp;
1369            throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");              temp << "Error - Element size: Finley does not know anything about function space type " << size.getFunctionSpace().getTypeCode();
1370            break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1371         case(ReducedDegreesOfFreedom):              break;
1372            throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced degrees of freedom is not supported.");      }
1373            break;      checkFinleyError();
        default:  
           stringstream temp;  
           temp << "Error - Element size: Finley does not know anything about function space type " << size.getFunctionSpace().getTypeCode();  
           throw FinleyAdapterException(temp.str());  
           break;  
   }  
   checkFinleyError();  
1374  }  }
1375    
1376  // sets the location of nodes:  //
1377    // sets the location of nodes
1378    //
1379  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)
1380  {  {
1381    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1382    escriptDataC tmp;      const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(new_x.getFunctionSpace().getDomain()));
1383    const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(new_x.getFunctionSpace().getDomain());      if (newDomain!=*this)
1384    if (newDomain!=*this)          throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");
1385       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");      if (new_x.getFunctionSpace() == continuousFunction(*this)) {
1386    tmp = new_x.getDataC();          mesh->setCoordinates(new_x);
1387    Finley_Mesh_setCoordinates(mesh,&tmp);      } else {
1388    checkFinleyError();          throw FinleyAdapterException("As of escript version 3.3 SetX() only accepts ContinuousFunction arguments. Please interpolate.");
1389  }      }
1390        checkFinleyError();
1391  // saves a data array in openDX format:  }
1392  void MeshAdapter::saveDX(const std::string& filename,const boost::python::dict& arg) const  
1393  {  bool MeshAdapter::ownSample(int fs_code, index_t id) const
1394      int MAX_namelength=256;  {
1395      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      if (getMPISize() > 1) {
1396    /* win32 refactor */  #ifdef ESYS_MPI
1397    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;          int myFirstNode=0, myLastNode=0, k=0;
1398    for(int i=0;i<num_data;i++)          int* globalNodeIndex=0;
1399    {          Mesh* mesh_p=m_finleyMesh.get();
1400      names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;          /*
1401    }           * this method is only used by saveDataCSV which would use the returned
1402             * values for reduced nodes wrongly so this case is disabled for now
1403    char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;          if (fs_code == FINLEY_REDUCED_NODES) {
1404    escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;              myFirstNode = NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
1405    escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;              myLastNode = NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
1406                globalNodeIndex = NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
1407    boost::python::list keys=arg.keys();          } else
1408    for (int i=0;i<num_data;++i) {          */
1409           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);          if (fs_code == FINLEY_NODES) {
1410           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);              myFirstNode = mesh_p->Nodes->getFirstNode();
1411           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)              myLastNode = mesh_p->Nodes->getLastNode();
1412               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");              globalNodeIndex = mesh_p->Nodes->borrowGlobalNodesIndex();
1413           data[i]=d.getDataC();          } else {
1414           ptr_data[i]=&(data[i]);              throw FinleyAdapterException("Unsupported function space type for ownSample()");
1415           c_names[i]=&(names[i][0]);          }
1416           if (n.length()>MAX_namelength-1) {  
1417              strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);          k=globalNodeIndex[id];
1418              c_names[i][MAX_namelength-1]='\0';          return ((myFirstNode <= k) && (k < myLastNode));
1419           } else {  #endif
1420              strcpy(c_names[i],n.c_str());      }
1421           }      return true;
1422      }  }
1423      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);  
1424      checkFinleyError();  
1425        //
1426        /* win32 refactor */  // creates a SystemMatrixAdapter stiffness matrix an initializes it with zeros
1427    TMPMEMFREE(c_names);  //
1428    TMPMEMFREE(data);  escript::ASM_ptr MeshAdapter::newSystemMatrix(const int row_blocksize,
1429    TMPMEMFREE(ptr_data);                              const escript::FunctionSpace& row_functionspace,
1430    for(int i=0;i<num_data;i++)                              const int column_blocksize,
1431    {                              const escript::FunctionSpace& column_functionspace,
1432      TMPMEMFREE(names[i]);                              const int type) const
   }  
   TMPMEMFREE(names);  
   
     return;  
 }  
   
 // saves a data array in openVTK format:  
 void MeshAdapter::saveVTK(const std::string& filename,const boost::python::dict& arg) const  
 {  
     int MAX_namelength=256;  
     const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());  
   /* win32 refactor */  
   char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;  
   for(int i=0;i<num_data;i++)  
   {  
     names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;  
   }  
   
   char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;  
   escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;  
   escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;  
   
     boost::python::list keys=arg.keys();  
     for (int i=0;i<num_data;++i) {  
          std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);  
          escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);  
          if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)  
              throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");  
          data[i]=d.getDataC();  
          ptr_data[i]=&(data[i]);  
          c_names[i]=&(names[i][0]);  
          if (n.length()>MAX_namelength-1) {  
             strncpy(c_names[i],n.c_str(),MAX_namelength-1);  
             c_names[i][MAX_namelength-1]='\0';  
          } else {  
             strcpy(c_names[i],n.c_str());  
          }  
     }  
     Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);  
   
   checkFinleyError();  
   /* win32 refactor */  
   TMPMEMFREE(c_names);  
   TMPMEMFREE(data);  
   TMPMEMFREE(ptr_data);  
   for(int i=0;i<num_data;i++)  
   {  
     TMPMEMFREE(names[i]);  
   }  
   TMPMEMFREE(names);  
   
     return;  
 }  
                                                                                                                                                                           
                                                                                                                                                                           
 // creates a SystemMatrixAdapter stiffness matrix an initializes it with zeros:  
 SystemMatrixAdapter MeshAdapter::newSystemMatrix(  
                       const int row_blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& row_functionspace,  
                       const int column_blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& column_functionspace,  
                       const int type) const  
1433  {  {
1434        // is the domain right?
1435        const MeshAdapter& row_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(row_functionspace.getDomain()));
1436        if (row_domain!=*this)
1437            throw FinleyAdapterException("Error - domain of row function space does not match the domain of matrix generator.");
1438        const MeshAdapter& col_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(column_functionspace.getDomain()));
1439        if (col_domain!=*this)
1440            throw FinleyAdapterException("Error - domain of column function space does not match the domain of matrix generator.");
1441    
1442      int reduceRowOrder=0;      int reduceRowOrder=0;
1443      int reduceColOrder=0;      int reduceColOrder=0;
1444      // is the domain right?      // is the function space type right?
1445      const MeshAdapter& row_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(row_functionspace.getDomain());      if (row_functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
     if (row_domain!=*this)  
           throw FinleyAdapterException("Error - domain of row function space does not match the domain of matrix generator.");  
     const MeshAdapter& col_domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(column_functionspace.getDomain());  
     if (col_domain!=*this)  
           throw FinleyAdapterException("Error - domain of columnn function space does not match the domain of matrix generator.");  
     // is the function space type right  
     if (row_functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {  
         reduceRowOrder=0;  
     } else if (row_functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {  
1446          reduceRowOrder=1;          reduceRowOrder=1;
1447      } else {      } else if (row_functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1448          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");
1449      }      }
1450      if (column_functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {      if (column_functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
         reduceColOrder=0;  
     } else if (column_functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {  
1451          reduceColOrder=1;          reduceColOrder=1;
1452      } else {      } else if (column_functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1453          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix columns.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix columns.");
1454      }      }
1455    
1456      // generate matrix:      // generate matrix:
1457            Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=
1458      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(getFinley_Mesh(),reduceRowOrder,reduceColOrder);          getFinley_Mesh()->getPattern(reduceRowOrder, reduceColOrder);
1459      checkFinleyError();      checkFinleyError();
1460      Paso_SystemMatrix* fsystemMatrix;      Paso_SystemMatrix* fsystemMatrix;
1461      int trilinos = 0;      const int trilinos = 0;
1462      if (trilinos) {      if (trilinos) {
1463  #ifdef TRILINOS  #ifdef TRILINOS
1464        /* Allocation Epetra_VrbMatrix here */          // FIXME: Allocation Epetra_VrbMatrix here...
1465  #endif  #endif
1466      }      } else {
1467      else {          fsystemMatrix=Paso_SystemMatrix_alloc(type, fsystemMatrixPattern,
1468        fsystemMatrix=Paso_SystemMatrix_alloc(type,fsystemMatrixPattern,row_blocksize,column_blocksize);                  row_blocksize, column_blocksize, FALSE);
1469      }      }
1470      checkPasoError();      checkPasoError();
1471      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);
1472      return SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix,row_blocksize,row_functionspace,column_blocksize,column_functionspace);      SystemMatrixAdapter* sma=new SystemMatrixAdapter(fsystemMatrix, row_blocksize, row_functionspace, column_blocksize, column_functionspace);
1473        return escript::ASM_ptr(sma);
1474  }  }
1475    
1476    //
1477  // creates a TransportProblemAdapter  // creates a TransportProblemAdapter
1478  TransportProblemAdapter MeshAdapter::newTransportProblem(  //
1479                        const double theta,  escript::ATP_ptr MeshAdapter::newTransportProblem(const int blocksize,
1480                        const double dt_max,          const escript::FunctionSpace& functionspace, const int type) const
                       const int blocksize,  
                       const escript::FunctionSpace& functionspace,  
                       const int type) const  
1481  {  {
     int reduceOrder=0;  
1482      // is the domain right?      // is the domain right?
1483      const MeshAdapter& domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(functionspace.getDomain());      const MeshAdapter& domain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(*(functionspace.getDomain()));
1484      if (domain!=*this)      if (domain!=*this)
1485            throw FinleyAdapterException("Error - domain of function space does not match the domain of transport problem generator.");          throw FinleyAdapterException("Error - domain of function space does not match the domain of transport problem generator.");
1486      // is the function space type right  
1487      if (functionspace.getTypeCode()==DegreesOfFreedom) {      // is the function space type right?
1488          reduceOrder=0;      int reduceOrder=0;
1489      } else if (functionspace.getTypeCode()==ReducedDegreesOfFreedom) {      if (functionspace.getTypeCode() == ReducedDegreesOfFreedom) {
1490          reduceOrder=1;          reduceOrder=1;
1491      } else {      } else if (functionspace.getTypeCode() != DegreesOfFreedom) {
1492          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for system matrix rows.");          throw FinleyAdapterException("Error - illegal function space type for transport problem.");
1493      }      }
1494      // generate matrix:  
1495            // generate transport problem:
1496      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=Finley_getPattern(getFinley_Mesh(),reduceOrder,reduceOrder);      Paso_SystemMatrixPattern* fsystemMatrixPattern=
1497            getFinley_Mesh()->getPattern(reduceOrder, reduceOrder);
1498      checkFinleyError();      checkFinleyError();
1499      Paso_FCTransportProblem* transportProblem;      Paso_TransportProblem* transportProblem;
1500      transportProblem=Paso_FCTransportProblem_alloc(theta,dt_max,fsystemMatrixPattern,blocksize);      transportProblem=Paso_TransportProblem_alloc(fsystemMatrixPattern, blocksize);
1501      checkPasoError();      checkPasoError();
1502      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);      Paso_SystemMatrixPattern_free(fsystemMatrixPattern);
1503      return TransportProblemAdapter(transportProblem,theta,dt_max,blocksize,functionspace);      TransportProblemAdapter* tpa=new TransportProblemAdapter(
1504                transportProblem, blocksize, functionspace);
1505        return escript::ATP_ptr(tpa);
1506  }  }
1507    
1508  //  //
1509  // vtkObject MeshAdapter::createVtkObject() const  // returns true if data on functionSpaceCode is considered as being cell centered
 // TODO:  
 //  
   
1510  //  //
 // returns true if data at the atom_type is considered as being cell centered:  
1511  bool MeshAdapter::isCellOriented(int functionSpaceCode) const  bool MeshAdapter::isCellOriented(int functionSpaceCode) const
1512  {  {
1513    switch(functionSpaceCode) {      switch(functionSpaceCode) {
1514         case(Nodes):          case Nodes:
1515         case(DegreesOfFreedom):          case DegreesOfFreedom:
1516         case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1517            return false;              return false;
1518            break;          case Elements:
1519         case(Elements):          case FaceElements:
1520         case(FaceElements):          case Points:
1521         case(Points):          case ContactElementsZero:
1522         case(ContactElementsZero):          case ContactElementsOne:
1523         case(ContactElementsOne):          case ReducedElements:
1524         case(ReducedElements):          case ReducedFaceElements:
1525         case(ReducedFaceElements):          case ReducedContactElementsZero:
1526         case(ReducedContactElementsZero):          case ReducedContactElementsOne:
1527         case(ReducedContactElementsOne):              return true;
1528            return true;          default:
1529            break;              stringstream temp;
1530         default:              temp << "Error - Cell: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
1531            stringstream temp;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1532            temp << "Error - Cell: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;              break;
1533            throw FinleyAdapterException(temp.str());      }
1534            break;      return false;
1535    }  }
1536    checkFinleyError();  
1537    return false;  bool
1538  }  MeshAdapter::commonFunctionSpace(const vector<int>& fs, int& resultcode) const
1539    {
1540  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source,int functionSpaceType_target) const      /* The idea is to use equivalence classes. [Types which can be interpolated
1541  {         back and forth]:
1542    switch(functionSpaceType_source) {          class 1: DOF <-> Nodes
1543       case(Nodes):          class 2: ReducedDOF <-> ReducedNodes
1544          switch(functionSpaceType_target) {          class 3: Points
1545             case(Nodes):          class 4: Elements
1546             case(ReducedNodes):          class 5: ReducedElements
1547             case(ReducedDegreesOfFreedom):          class 6: FaceElements
1548             case(DegreesOfFreedom):          class 7: ReducedFaceElements
1549             case(Elements):          class 8: ContactElementZero <-> ContactElementOne
1550             case(ReducedElements):          class 9: ReducedContactElementZero <-> ReducedContactElementOne
1551             case(FaceElements):  
1552             case(ReducedFaceElements):      There is also a set of lines. Interpolation is possible down a line but
1553             case(Points):      not between lines.
1554             case(ContactElementsZero):      class 1 and 2 belong to all lines so aren't considered.
1555             case(ReducedContactElementsZero):          line 0: class 3
1556             case(ContactElementsOne):          line 1: class 4,5
1557             case(ReducedContactElementsOne):          line 2: class 6,7
1558                 return true;          line 3: class 8,9
1559             default:  
1560                 stringstream temp;      For classes with multiple members (eg class 2) we have vars to record if
1561                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;      there is at least one instance.
1562                 throw FinleyAdapterException(temp.str());      e.g. hasnodes is true if we have at least one instance of Nodes.
1563          }      */
1564          break;      if (fs.empty())
1565       case(ReducedNodes):          return false;
1566          switch(functionSpaceType_target) {  
1567             case(ReducedNodes):      vector<int> hasclass(10);
1568             case(ReducedDegreesOfFreedom):      vector<int> hasline(4);    
1569             case(Elements):      bool hasnodes=false;
1570             case(ReducedElements):      bool hasrednodes=false;
1571             case(FaceElements):      bool hascez=false;
1572             case(ReducedFaceElements):      bool hasrcez=false;
1573             case(Points):      for (int i=0;i<fs.size();++i) {
1574             case(ContactElementsZero):          switch(fs[i]) {
1575             case(ReducedContactElementsZero):              case Nodes:
1576             case(ContactElementsOne):                  hasnodes=true; // fall through
1577             case(ReducedContactElementsOne):              case DegreesOfFreedom:
1578                 return true;                  hasclass[1]=1;
1579            case(Nodes):                  break;
1580            case(DegreesOfFreedom):              case ReducedNodes:
1581               return false;                  hasrednodes=true; // fall through
1582             default:              case ReducedDegreesOfFreedom:
1583                 stringstream temp;                  hasclass[2]=1;
1584                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;                  break;
1585                 throw FinleyAdapterException(temp.str());              case Points:
1586          }                  hasline[0]=1;
1587          break;                  hasclass[3]=1;
1588       case(Elements):                  break;
1589          if (functionSpaceType_target==Elements) {              case Elements:
1590             return true;                  hasclass[4]=1;
1591          } else if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {                  hasline[1]=1;
1592             return true;                  break;
1593          } else {              case ReducedElements:
1594             return false;                  hasclass[5]=1;
1595          }                  hasline[1]=1;
1596       case(ReducedElements):                  break;
1597          if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {              case FaceElements:
1598             return true;                  hasclass[6]=1;
1599          } else {                  hasline[2]=1;
1600             return false;                  break;
1601          }              case ReducedFaceElements:
1602       case(FaceElements):                  hasclass[7]=1;
1603          if (functionSpaceType_target==FaceElements) {                  hasline[2]=1;
1604             return true;                  break;
1605          } else if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {              case ContactElementsZero:
1606             return true;                  hascez=true; // fall through
1607          } else {              case ContactElementsOne:
1608             return false;                  hasclass[8]=1;
1609          }                  hasline[3]=1;
1610       case(ReducedFaceElements):                  break;
1611          if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {              case ReducedContactElementsZero:
1612             return true;                  hasrcez=true; // fall through
1613          } else {              case ReducedContactElementsOne:
1614             return false;                  hasclass[9]=1;
1615          }                  hasline[3]=1;
1616       case(Points):                  break;
1617          if (functionSpaceType_target==Points) {              default:
1618             return true;                  return false;
         } else {  
            return false;  
         }  
      case(ContactElementsZero):  
      case(ContactElementsOne):  
         if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {  
            return true;  
         } else if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {  
            return true;  
         } else {  
            return false;  
1619          }          }
1620       case(ReducedContactElementsZero):      }
1621       case(ReducedContactElementsOne):      int totlines=hasline[0]+hasline[1]+hasline[2]+hasline[3];
1622          if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {  
1623             return true;      // fail if we have more than one leaf group
1624          } else {      if (totlines>1)
1625             return false;          return false; // there are at least two branches we can't interpolate between
1626        else if (totlines==1) {
1627            if (hasline[0]==1)              // we have points
1628                resultcode=Points;
1629            else if (hasline[1]==1) {
1630                if (hasclass[5]==1)
1631                    resultcode=ReducedElements;
1632                else
1633                    resultcode=Elements;
1634            } else if (hasline[2]==1) {
1635                if (hasclass[7]==1)
1636                    resultcode=ReducedFaceElements;
1637                else
1638                    resultcode=FaceElements;
1639            } else {   // so we must be in line3
1640                if (hasclass[9]==1) {
1641                    // need something from class 9
1642                    resultcode=(hasrcez ? ReducedContactElementsZero : ReducedContactElementsOne);
1643                } else {
1644                    // something from class 8
1645                    resultcode=(hascez?ContactElementsZero:ContactElementsOne);
1646                }
1647          }          }
1648       case(DegreesOfFreedom):      } else { // totlines==0
1649          switch(functionSpaceType_target) {          if (hasclass[2]==1) {
1650             case(ReducedDegreesOfFreedom):              // something from class 2
1651             case(DegreesOfFreedom):              resultcode=(hasrednodes ? ReducedNodes : ReducedDegreesOfFreedom);
1652             case(Nodes):          } else {
1653             case(ReducedNodes):              // something from class 1
1654             case(Elements):              resultcode=(hasnodes ? Nodes : DegreesOfFreedom);
            case(ReducedElements):  
            case(Points):  
            case(FaceElements):  
            case(ReducedFaceElements):  
            case(ContactElementsZero):  
            case(ReducedContactElementsZero):  
            case(ContactElementsOne):  
            case(ReducedContactElementsOne):  
               return true;  
            default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
1655          }          }
1656          break;      }
1657       case(ReducedDegreesOfFreedom):      return true;
        switch(functionSpaceType_target) {  
           case(ReducedDegreesOfFreedom):  
           case(ReducedNodes):  
           case(Elements):  
           case(ReducedElements):  
           case(FaceElements):  
           case(ReducedFaceElements):  
           case(Points):  
           case(ContactElementsZero):  
           case(ReducedContactElementsZero):  
           case(ContactElementsOne):  
           case(ReducedContactElementsOne):  
               return true;  
           case(Nodes):  
           case(DegreesOfFreedom):  
              return false;  
           default:  
              stringstream temp;  
              temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;  
              throw FinleyAdapterException(temp.str());  
        }  
        break;  
      default:  
         stringstream temp;  
         temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_source;  
         throw FinleyAdapterException(temp.str());  
         break;  
   }  
   checkFinleyError();  
   return false;  
1658  }  }
1659    
1660  bool MeshAdapter::probeInterpolationACross(int functionSpaceType_source,const AbstractDomain& targetDomain, int functionSpaceType_target) const  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source,
1661                                                 int functionSpaceType_target) const
1662  {  {
1663        switch(functionSpaceType_source) {
1664            case Nodes:
1665                switch(functionSpaceType_target) {
1666                    case Nodes:
1667                    case ReducedNodes:
1668                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1669                    case DegreesOfFreedom:
1670                    case Elements:
1671                    case ReducedElements:
1672                    case FaceElements:
1673                    case ReducedFaceElements:
1674                    case Points:
1675                    case ContactElementsZero:
1676                    case ReducedContactElementsZero:
1677                    case ContactElementsOne:
1678                    case ReducedContactElementsOne:
1679                        return true;
1680                    default:
1681                        stringstream temp;
1682                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1683                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1684                }
1685                break;
1686            case ReducedNodes:
1687                switch(functionSpaceType_target) {
1688                    case ReducedNodes:
1689                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1690                    case Elements:
1691                    case ReducedElements:
1692                    case FaceElements:
1693                    case ReducedFaceElements:
1694                    case Points:
1695                    case ContactElementsZero:
1696                    case ReducedContactElementsZero:
1697                    case ContactElementsOne:
1698                    case ReducedContactElementsOne:
1699                        return true;
1700                    case Nodes:
1701                    case DegreesOfFreedom:
1702                        return false;
1703                    default:
1704                        stringstream temp;
1705                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1706                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1707                }
1708                break;
1709            case Elements:
1710                if (functionSpaceType_target==Elements) {
1711                    return true;
1712                } else if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1713                    return true;
1714                } else {
1715                    return false;
1716                }
1717            case ReducedElements:
1718                if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1719                    return true;
1720                } else {
1721                    return false;
1722                }
1723            case FaceElements:
1724                if (functionSpaceType_target==FaceElements) {
1725                    return true;
1726                } else if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1727                    return true;
1728                } else {
1729                    return false;
1730                }
1731            case ReducedFaceElements:
1732                if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1733                    return true;
1734                } else {
1735                    return false;
1736                }
1737            case Points:
1738                if (functionSpaceType_target==Points) {
1739                    return true;
1740                } else {
1741                    return false;
1742                }
1743            case ContactElementsZero:
1744            case ContactElementsOne:
1745                if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {
1746                    return true;
1747                } else if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1748                    return true;
1749                } else {
1750                    return false;
1751                }
1752            case ReducedContactElementsZero:
1753            case ReducedContactElementsOne:
1754                if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1755                    return true;
1756                } else {
1757                    return false;
1758                }
1759            case DegreesOfFreedom:
1760                switch(functionSpaceType_target) {
1761                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1762                    case DegreesOfFreedom:
1763                    case Nodes:
1764                    case ReducedNodes:
1765                    case Elements:
1766                    case ReducedElements:
1767                    case Points:
1768                    case FaceElements:
1769                    case ReducedFaceElements:
1770                    case ContactElementsZero:
1771                    case ReducedContactElementsZero:
1772                    case ContactElementsOne:
1773                    case ReducedContactElementsOne:
1774                        return true;
1775                    default:
1776                        stringstream temp;
1777                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1778                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1779                }
1780                break;
1781            case ReducedDegreesOfFreedom:
1782                switch(functionSpaceType_target) {
1783                    case ReducedDegreesOfFreedom:
1784                    case ReducedNodes:
1785                    case Elements:
1786                    case ReducedElements:
1787                    case FaceElements:
1788                    case ReducedFaceElements:
1789                    case Points:
1790                    case ContactElementsZero:
1791                    case ReducedContactElementsZero:
1792                    case ContactElementsOne:
1793                    case ReducedContactElementsOne:
1794                        return true;
1795                    case Nodes:
1796                    case DegreesOfFreedom:
1797                        return false;
1798                    default:
1799                        stringstream temp;
1800                        temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1801                        throw FinleyAdapterException(temp.str());
1802                }
1803                break;
1804            default:
1805                stringstream temp;
1806                temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_source;
1807                throw FinleyAdapterException(temp.str());
1808                break;
1809        }
1810      return false;      return false;
1811  }  }
1812    
1813  bool MeshAdapter::operator==(const AbstractDomain& other) const  signed char MeshAdapter::preferredInterpolationOnDomain(int functionSpaceType_source, int functionSpaceType_target) const
1814    {
1815        if (probeInterpolationOnDomain(functionSpaceType_source, functionSpaceType_target))
1816            return 1;
1817    
1818        if (probeInterpolationOnDomain(functionSpaceType_target, functionSpaceType_source))
1819            return -1;
1820    
1821        return 0;
1822    }
1823    
1824    bool MeshAdapter::probeInterpolationACross(int functionSpaceType_source,
1825            const escript::AbstractDomain& targetDomain,
1826            int functionSpaceType_target) const
1827  {  {
   const MeshAdapter* temp=dynamic_cast<const MeshAdapter*>(&other);  
   if (temp!=0) {  
     return (m_finleyMesh==temp->m_finleyMesh);  
   } else {  
1828      return false;      return false;
   }  
1829  }  }
1830    
1831  bool MeshAdapter::operator!=(const AbstractDomain& other) const  bool MeshAdapter::operator==(const escript::AbstractDomain& other) const
1832    {
1833        const MeshAdapter* temp=dynamic_cast<const MeshAdapter*>(&other);
1834        if (temp) {
1835            return (m_finleyMesh==temp->m_finleyMesh);
1836        } else {
1837            return false;
1838        }
1839    }
1840    
1841    bool MeshAdapter::operator!=(const escript::AbstractDomain& other) const
1842  {  {
1843    return !(operator==(other));      return !(operator==(other));
1844  }  }
1845    
1846  int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(const int solver, const int package, const bool symmetry) const  int MeshAdapter::getSystemMatrixTypeId(const int solver, const int preconditioner, const int package, const bool symmetry) const
1847  {  {
1848     int out=Paso_SystemMatrix_getSystemMatrixTypeId(SystemMatrixAdapter::mapOptionToPaso(solver),SystemMatrixAdapter::mapOptionToPaso(package),symmetry?1:0);      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1849     checkPasoError();      return SystemMatrixAdapter::getSystemMatrixTypeId(solver, preconditioner,
1850     return out;                 package, symmetry, mesh->MPIInfo);
1851    }
1852    
1853    int MeshAdapter::getTransportTypeId(const int solver, const int preconditioner, const int package, const bool symmetry) const
1854    {
1855        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1856        return TransportProblemAdapter::getTransportTypeId(solver, preconditioner,
1857                    package, symmetry, mesh->MPIInfo);
1858  }  }
1859    
1860  escript::Data MeshAdapter::getX() const  escript::Data MeshAdapter::getX() const
1861  {  {
1862    return continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()).getX();      return continuousFunction(*this).getX();
1863  }  }
1864    
1865  escript::Data MeshAdapter::getNormal() const  escript::Data MeshAdapter::getNormal() const
1866  {  {
1867    return functionOnBoundary(asAbstractContinuousDomain()).getNormal();      return functionOnBoundary(*this).getNormal();
1868  }  }
1869    
1870  escript::Data MeshAdapter::getSize() const  escript::Data MeshAdapter::getSize() const
1871  {  {
1872    return function(asAbstractContinuousDomain()).getSize();      return escript::function(*this).getSize();
1873  }  }
1874    
1875  int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceIDs(int functionSpaceType) const  const int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceIDs(int functionSpaceType) const
1876  {  {
1877    int *out=0,i;      int *out = NULL;
1878    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1879    switch (functionSpaceType) {      switch (functionSpaceType) {
1880      case(Nodes):          case Nodes:
1881        out=mesh->Nodes->Id;              out=mesh->Nodes->Id;
1882        break;              break;
1883      case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
1884        out=mesh->Nodes->reducedNodesId;              out=mesh->Nodes->reducedNodesId;
1885        break;              break;
1886      case(Elements):          case Elements:
1887        out=mesh->Elements->Id;          case ReducedElements:
1888        break;              out=mesh->Elements->Id;
1889      case(ReducedElements):              break;
1890        out=mesh->Elements->Id;          case FaceElements:
1891        break;          case ReducedFaceElements:
1892      case(FaceElements):              out=mesh->FaceElements->Id;
1893        out=mesh->FaceElements->Id;              break;
1894        break;          case Points:
1895      case(ReducedFaceElements):              out=mesh->Points->Id;
1896        out=mesh->FaceElements->Id;              break;
1897        break;          case ContactElementsZero:
1898      case(Points):          case ReducedContactElementsZero:
1899        out=mesh->Points->Id;          case ContactElementsOne:
1900        break;          case ReducedContactElementsOne:
1901      case(ContactElementsZero):              out=mesh->ContactElements->Id;
1902        out=mesh->ContactElements->Id;              break;
1903        break;          case DegreesOfFreedom:
1904      case(ReducedContactElementsZero):              out=mesh->Nodes->degreesOfFreedomId;
1905        out=mesh->ContactElements->Id;              break;
1906        break;          case ReducedDegreesOfFreedom:
1907      case(ContactElementsOne):              out=mesh->Nodes->reducedDegreesOfFreedomId;
1908        out=mesh->ContactElements->Id;              break;
1909        break;          default:
1910      case(ReducedContactElementsOne):              stringstream temp;
1911        out=mesh->ContactElements->Id;              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1912        break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1913      case(DegreesOfFreedom):              break;
1914        out=mesh->Nodes->degreesOfFreedomId;      }
1915        break;      return out;
     case(ReducedDegreesOfFreedom):  
       out=mesh->Nodes->reducedDegreesOfFreedomId;  
       break;  
     default:  
       stringstream temp;  
       temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
       throw FinleyAdapterException(temp.str());  
       break;  
   }  
   return out;  
1916  }  }
1917  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const
1918  {  {
1919    int out=0;      int out=0;
1920    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1921    switch (functionSpaceType) {      switch (functionSpaceType) {
1922    case(Nodes):          case Nodes:
1923      out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];              out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];
1924      break;              break;
1925    case(ReducedNodes):          case ReducedNodes:
1926      throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedNodes does not support tags.");              throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedNodes does not support tags.");
1927      break;              break;
1928    case(Elements):          case Elements:
1929      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];          case ReducedElements:
1930      break;              out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];
1931    case(ReducedElements):              break;
1932      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];          case FaceElements:
1933      break;          case ReducedFaceElements:
1934    case(FaceElements):              out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];
1935      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];              break;
1936      break;          case Points:
1937    case(ReducedFaceElements):              out=mesh->Points->Tag[sampleNo];
1938      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];              break;
1939      break;          case ContactElementsZero:
1940    case(Points):          case ReducedContactElementsZero:
1941      out=mesh->Points->Tag[sampleNo];          case ContactElementsOne:
1942      break;          case ReducedContactElementsOne:
1943    case(ContactElementsZero):              out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1944      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
1945      break;          case DegreesOfFreedom:
1946    case(ReducedContactElementsZero):              throw FinleyAdapterException(" Error - DegreesOfFreedom does not support tags.");
1947      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
1948      break;          case ReducedDegreesOfFreedom:
1949    case(ContactElementsOne):              throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags.");
1950      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              break;
1951      break;          default:
1952    case(ReducedContactElementsOne):              stringstream temp;
1953      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];              temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1954      break;              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1955    case(DegreesOfFreedom):              break;
1956      throw FinleyAdapterException(" Error - DegreesOfFreedom does not support tags.");      }
1957      break;      return out;
   case(ReducedDegreesOfFreedom):  
     throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags.");  
     break;  
   default:  
     stringstream temp;  
     temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();  
     throw FinleyAdapterException(temp.str());  
     break;  
   }  
   return out;  
1958  }  }
1959    
1960    
1961  void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const  void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const
1962  {  {
1963    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1964    escriptDataC tmp=mask.getDataC();      switch(functionSpaceType) {
1965    switch(functionSpaceType) {          case Nodes:
1966         case(Nodes):              mesh->Nodes->setTags(newTag, mask);
1967            Finley_NodeFile_setTags(mesh->Nodes,newTag,&tmp);              break;
1968            break;          case ReducedNodes:
1969         case(ReducedNodes):              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
1970            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");          case DegreesOfFreedom:
1971            break;              throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
1972         case(DegreesOfFreedom):          case ReducedDegreesOfFreedom:
1973            throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
1974            break;          case Elements:
1975         case(ReducedDegreesOfFreedom):          case ReducedElements:
1976            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");              mesh->Elements->setTags(newTag, mask);
1977            break;              break;
1978         case(Elements):          case FaceElements:
1979            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);          case ReducedFaceElements:
1980            break;              mesh->FaceElements->setTags(newTag, mask);
1981         case(ReducedElements):              break;
1982            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);          case Points:
1983            break;              mesh->Points->setTags(newTag, mask);
1984         case(FaceElements):              break;
1985            Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);          case ContactElementsZero:
1986            break;          case ReducedContactElementsZero:
1987         case(ReducedFaceElements):          case ContactElementsOne:
1988            Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);          case ReducedContactElementsOne:
1989            break;              mesh->ContactElements->setTags(newTag, mask);
1990         case(Points):              break;
1991            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Points,newTag,&tmp);          default:
1992            break;              stringstream temp;
1993         case(ContactElementsZero):              temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;
1994            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1995            break;      }
1996         case(ReducedContactElementsZero):      checkFinleyError();
1997            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);  }
1998            break;  
1999         case(ContactElementsOne):  void MeshAdapter::setTagMap(const string& name, int tag)
2000            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);  {
2001            break;      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2002         case(ReducedContactElementsOne):      mesh->addTagMap(name.c_str(), tag);
2003            Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);      checkFinleyError();
2004            break;  }
2005         default:  
2006            stringstream temp;  int MeshAdapter::getTag(const string& name) const
2007            temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;  {
2008            throw FinleyAdapterException(temp.str());      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2009    }      int tag = mesh->getTag(name.c_str());
2010    checkFinleyError();      checkFinleyError();
2011    return;      return tag;
2012  }  }
2013    
2014  void MeshAdapter::setTagMap(const std::string& name,  int tag)  bool MeshAdapter::isValidTagName(const string& name) const
2015  {  {
2016    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2017    Finley_Mesh_addTagMap(mesh, name.c_str(),tag);      return mesh->isValidTagName(name.c_str());
2018    checkPasoError();  }
2019    // throwStandardException("MeshAdapter::set TagMap is not implemented.");  
2020  }  string MeshAdapter::showTagNames() const
2021    {
2022  int MeshAdapter::getTag(const std::string& name) const      stringstream temp;
2023  {      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2024    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();      TagMap::const_iterator it = mesh->tagMap.begin();
2025    int tag=0;      while (it != mesh->tagMap.end()) {
2026    tag=Finley_Mesh_getTag(mesh, name.c_str());          temp << it->first;
2027    checkPasoError();          ++it;
2028    // throwStandardException("MeshAdapter::getTag is not implemented.");          if (it != mesh->tagMap.end())
2029    return tag;              temp << ", ";
2030  }      }
2031        return temp.str();
2032  bool MeshAdapter::isValidTagName(const std::string& name) const  }
2033  {  
2034    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();  int MeshAdapter::getNumberOfTagsInUse(int functionSpaceCode) const
2035    return Finley_Mesh_isValidTagName(mesh,name.c_str());  {
2036  }      Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2037        switch(functionSpaceCode) {
2038  std::string MeshAdapter::showTagNames() const          case Nodes:
2039  {              return mesh->Nodes->tagsInUse.size();
2040    stringstream temp;          case ReducedNodes:
2041    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
2042    Finley_TagMap* tag_map=mesh->TagMap;          case DegreesOfFreedom:
2043    while (tag_map) {              throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
2044       temp << tag_map->name;          case ReducedDegreesOfFreedom:
2045       tag_map=tag_map->next;              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
2046       if (tag_map) temp << ", ";          case Elements:
2047    }          case ReducedElements:
2048    return temp.str();              return mesh->Elements->tagsInUse.size();
2049            case FaceElements:
2050            case ReducedFaceElements:
2051                return mesh->FaceElements->tagsInUse.size();
2052            case Points:
2053                return mesh->Points->tagsInUse.size();
2054            case ContactElementsZero:
2055            case ReducedContactElementsZero:
2056            case ContactElementsOne:
2057            case ReducedContactElementsOne:
2058                return mesh->ContactElements->tagsInUse.size();
2059            default:
2060                stringstream ss;
2061                ss << "Finley does not know anything about function space type "
2062                     << functionSpaceCode;
2063                throw FinleyAdapterException(ss.str());
2064        }
2065        return 0;
2066  }  }
2067    
2068    const int* MeshAdapter::borrowListOfTagsInUse(int functionSpaceCode) const
2069    {
2070        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2071        switch(functionSpaceCode) {
2072            case Nodes:
2073                return &mesh->Nodes->tagsInUse[0];
2074            case ReducedNodes:
2075                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
2076            case DegreesOfFreedom:
2077                throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
2078            case ReducedDegreesOfFreedom:
2079                throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
2080            case Elements:
2081            case ReducedElements:
2082                return &mesh->Elements->tagsInUse[0];
2083            case FaceElements:
2084            case ReducedFaceElements:
2085                return &mesh->FaceElements->tagsInUse[0];
2086            case Points:
2087                return &mesh->Points->tagsInUse[0];
2088            case ContactElementsZero:
2089            case ReducedContactElementsZero:
2090            case ContactElementsOne:
2091            case ReducedContactElementsOne:
2092                return &mesh->ContactElements->tagsInUse[0];
2093            default:
2094                stringstream temp;
2095                temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
2096                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2097        }
2098        return NULL;
2099    }
2100    
2101    
2102    bool MeshAdapter::canTag(int functionSpaceCode) const
2103    {
2104        switch(functionSpaceCode) {
2105            case Nodes:
2106            case Elements:
2107            case ReducedElements:
2108            case FaceElements:
2109            case ReducedFaceElements:
2110            case Points:
2111            case ContactElementsZero:
2112            case ReducedContactElementsZero:
2113            case ContactElementsOne:
2114            case ReducedContactElementsOne:
2115                return true;
2116            default:
2117                return false;
2118        }
2119    }
2120    
2121    escript::AbstractDomain::StatusType MeshAdapter::getStatus() const
2122    {
2123        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2124        return mesh->getStatus();
2125    }
2126    
2127    int MeshAdapter::getApproximationOrder(const int functionSpaceCode) const
2128    {
2129        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2130        int order =-1;
2131        switch(functionSpaceCode) {
2132            case Nodes:
2133            case DegreesOfFreedom:
2134                order=mesh->approximationOrder;
2135                break;
2136            case ReducedNodes:
2137            case ReducedDegreesOfFreedom:
2138                order=mesh->reducedApproximationOrder;
2139                break;
2140            case Elements:
2141            case FaceElements:
2142            case Points:
2143            case ContactElementsZero:
2144            case ContactElementsOne:
2145                order=mesh->integrationOrder;
2146                break;
2147            case ReducedElements:
2148            case ReducedFaceElements:
2149            case ReducedContactElementsZero:
2150            case ReducedContactElementsOne:
2151                order=mesh->reducedIntegrationOrder;
2152                break;
2153            default:
2154                stringstream temp;
2155                temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceCode;
2156                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2157        }
2158        return order;
2159    }
2160    
2161    bool MeshAdapter::supportsContactElements() const
2162    {
2163        return true;
2164    }
2165    
2166    void MeshAdapter::addDiracPoints(const vector<double>& points,
2167                                     const vector<int>& tags) const
2168    {
2169        // points will be flattened
2170        const int dim = getDim();
2171        int numPoints=points.size()/dim;
2172        int numTags=tags.size();
2173        Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2174    
2175        if ( points.size() % dim != 0 ) {
2176            throw FinleyAdapterException("Error - number of coords does not appear to be a multiple of dimension.");
2177        }
2178    
2179        if ((numTags > 0) && (numPoints != numTags))
2180            throw FinleyAdapterException("Error - if tags are given number of tags and points must match.");
2181    
2182        mesh->addPoints(numPoints, &points[0], &tags[0]);
2183        checkFinleyError();
2184    }
2185    
2186    // void MeshAdapter::addDiracPoints(const boost::python::list& points, const boost::python::list& tags) const
2187    // {
2188    //       const int dim = getDim();
2189    //       int numPoints=boost::python::extract<int>(points.attr("__len__")());
2190    //       int numTags=boost::python::extract<int>(tags.attr("__len__")());
2191    //       Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
2192    //
2193    //       if  ( (numTags > 0) && ( numPoints !=  numTags ) )
2194    //       throw FinleyAdapterException("Error - if tags are given number of tags and points must match.");
2195    //
2196    //       double* points_ptr=TMPMEMALLOC(numPoints * dim, double);
2197    //       int*    tags_ptr= TMPMEMALLOC(numPoints, int);
2198    //
2199    //       for (int i=0;i<numPoints;++i) {
2200    //         int tag_id=-1;
2201    //         int numComps=boost::python::extract<int>(points[i].attr("__len__")());
2202    //         if  ( numComps !=   dim ) {
2203    //                stringstream temp;
2204    //                temp << "Error - illegal number of components " << numComps << " for point " << i;
2205    //                throw FinleyAdapterException(temp.str());
2206    //         }
2207    //         points_ptr[ i * dim     ] = boost::python::extract<double>(points[i][0]);
2208    //         if ( dim > 1 ) points_ptr[ i * dim + 1 ] = boost::python::extract<double>(points[i][1]);
2209    //         if ( dim > 2 ) points_ptr[ i * dim + 2 ] = boost::python::extract<double>(points[i][2]);
2210    //
2211    //         if ( numTags > 0) {
2212    //                boost::python::extract<string> ex_str(tags[i]);
2213    //                if  ( ex_str.check() ) {
2214    //                    tag_id=getTag( ex_str());
2215    //                } else {
2216    //                     boost::python::extract<int> ex_int(tags[i]);
2217    //                     if ( ex_int.check() ) {
2218    //                         tag_id=ex_int();
2219    //                     } else {
2220    //                          stringstream temp;
2221    //                          temp << "Error - unable to extract tag for point " << i;
2222    //                          throw FinleyAdapterException(temp.str());
2223    //                    }
2224    //                }
2225    //         }
2226    //            tags_ptr[i]=tag_id;
2227    //       }
2228    //
2229    //       Finley_Mesh_addPoints(mesh, numPoints, points_ptr, tags_ptr);
2230    //       checkPasoError();
2231    //
2232    //       TMPMEMFREE(points_ptr);
2233    //       TMPMEMFREE(tags_ptr);
2234    // }
2235    
2236    /*
2237    void MeshAdapter:: addDiracPoint( const boost::python::list& point, const int tag) const
2238    {
2239        boost::python::list points =  boost::python::list();
2240        boost::python::list tags =  boost::python::list();
2241        points.append(point);
2242        tags.append(tag);
2243        addDiracPoints(points, tags);
2244    }
2245    */
2246    
2247    /*
2248    void MeshAdapter:: addDiracPointWithTagName( const boost::python::list& point, const string& tag) const
2249    {
2250        boost::python::list points =   boost::python::list();
2251        boost::python::list tags =   boost::python::list();
2252        points.append(point);
2253        tags.append(tag);
2254        addDiracPoints(points, tags);
2255    }
2256    */
2257  }  // end of namespace  }  // end of namespace
2258    

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